1QKAA

Oligo-peptide binding protein (oppa) complexed with krk
Total Genus 189
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
189
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystallographic and Calorimetric Analysis of Peptide Binding to Oppa Protein
pubmed doi rcsb
molecule tags Protein transport
source organism Salmonella typhimurium
molecule keywords PERIPLASMIC OLIGOPEPTIDE-BINDING PROTEIN
total genus 189
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1999-07-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1qkaA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1qkaA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1qkaA02
2F7AA 1Z7ME 2DOJA 3TTLA 4LONB 2I3VA 3VFJA 3AXFA 1GR2A 4ZEFA 3C31A 2VD2A 3OO7A 3PPQA 3QAXA 4NF6A 3RTWB 1Y9UA 4GXAA 4RPOA 1P1NA 5I58A 3IB1A 4Z0IA 1AOVA 3TKDA 3I5OA 4TLMB 1FQCA 1JEVA 1DPEA 4LVQA 4GL8A 5FHMA 3O97A 4IO7A 5H8HA 1MM6A 2ZYKA 2H25A 3TQLA 3LSWA 1N3WA 1M5FA 1LB8A 4FECA 3L6GA 4OFOA 2O84X 3OOAA 1GVCA 4G8MA 4JSOA 4U1ZA 3K6VA 3KOSA 5CM6A 1B7UA 2O1LA 1Y1ZA 4I8CA 1SD3A 3GZGA 3TCFA 5HPQA 1I6BA 2CZLA 1IXCA 1OMPA 2XXIA 3TAJA 4NMYA 3LSXA 2PX1A 4ZZEA 5TP9B 2P0SA 2NVUB 2B4MA 3RY3A 4NF4A 4E0WA 3PU5A 3BFUA 3RLFE 2H99A 4QSEA 2RF1A 4DE8A 3DLNA 2RCAA 2XX7A 4OETA 3FJGA 1LAFE 5FTHA 1T0KA 4F18A 1B4ZA 1MY4A 2OZZA 3OEKA 3IL1B 3VLWA 1A40A 5A5XA 1P1OA 4MF3A 1AH5A 3ZSFA 3KGCA 1ZBMA 5H8QB 4OMBA 4JWYA 3DP8A 3PD8A 2DQVA 4U4XA 1XS5A 2ONRA 2RC7A 3K02A 1S50A 1B3FA 4RPNA 1NMUA 3MWBA 2QL3A 4F22A 4QFLA 3QUJA 1EH3A 1M5CA 2PT2A 2AL4A 3KSXA 1JEUA 3TUSA 1NNPA 1UTHA 3CR9A 4XTCQ 3PPOA 3MVXA 4RXLA 3H6UA 1L5TA 4ZE9A 3MZBA 1B3HA 3O6PA 1URGA 3LSFB 4F3SA 4GFRA 1MPBA 1OVTA 4F1YA 1CE2A 3UORA 4RA1A 2A5TA 3SEVA 1D9VA 5I57B 4XKPA 1LBBA 3R26A 4QSDA 1P99A 5DEXA 4G8NA 5I2NB 1Y20A 3FZVA 4PE5B 3K0VA 3DELB 1N3XA 4OZ9A 3HHGA 1MY2A 1MDQA 3RTFB 5I59B 3H3GA 3BFTA 2VD3A 5I2KA 3ILUB 5TU0A 2DWIA 1US4A 4ELPA 1ZU0A 1XVXA 2NOOA 3V89B 3MVWA 3K4UA 4XKNA 4R75A 5CMMA 3C9HA 1MQDA 1QVSA 1N04A 4IO5A 1HSLA 3M3KA 3MP8A 2XXRA 2DYXA 2X7PA 3S9MC 2FNCA 4R2FA 3T66A 1P1WA 4QFKA 4DLDA 1KWHA 4PFYA 1LSTA 3Q29A 3CSGA 4IB2A 4I9DA 3N6UA 4KI0E 4K3FA 2WOPA 3HSTA 4KYSA 2I4BA 2PVUA 4GIZA 3TFLA 3T9VA 4Q8RA 5IAIA 1ZTYA 3LBSA 2I4CA 3VV5A 2RINA 3C34A 2UXAA 4UA8A 1B1XA 5H8SA 1B0HA 5FHOA 4U1OA 1IQ7A 1QKAA 4IGRA 4FEBA 4R6KA 1PB9A 1Y4TA 4POWA 3RNNA 1XHYA 3W15C 1LFGA 5F1QA 4ISUA 5ITPA 1GV8A 1LFIA 1XOCA 3IR1A 4BDRA 1EZ9A 4N07A 4QFOA 1MS7A 4NF6B 1WDNA 2ZNTA 4OHNA 4OFLA 4KR5A 2HAVA 1LFHA 3N5LA 1NKXA 2OCUA 2F35A 1B2HA 1OQGA 1B5HA 2GH9A 1UIUA 3SEXA 4OEUA 1NL5A 3U93A 4XKRA 2DWHA 5H8HB 2PYYA 1JW4A 4RYAA 3MJNA 4R9FA 1IXHA 4EQBA 1HSEA 2DE3A 1PC3A 4ZECA 4H1XA 5HBCA 4RJZA 3EHTA 3G3HA 3G3KA 3CFZA 1D9YA 1N76A 4RK2A 5AA4A 4ZEDA 3M3FA 1B3EA 2O68A 5H8NA 1IXGA 3HV1A 5AA2A 2RKMA 4QF9A 3Q25A 3FXUA 4F31B 3H6TA 4GVOA 3WAEA 3LUYA 1MQJA 1LAHE 4NF4B 3CI8A 2ESNA 1MY0A 3SETA 4AB5A 2BJJX 1B5IA 4ZEIA 3OO8A 3EQ1A 2I48A 4BDNA 3MQ9A 2HCAA 3KBRA 1SW5A 5I56A 3VLUA 4YICA 1LB9A 3H7MA 3FATA 4I1DA 2ZXTA 2O7IA 4JDFA 4DDDA 3TODA 4H6DA 4GWOA 3KN3A 3DP6A 4FIMA 1B5JA 1Y3PA 3K1MA 3UK4A 4EQ9A 4KCCA 1H3DA 2GFEA 5CRYA 5CMKA 4YMAA 4ND9A 3P7IA 2HQ0A 1H43A 4IO3A 2HXWA 3SEYA 4GD5A 1POY1 3RT8A 4QFPA 2I3WA 2QS4A 2PMSA 1GTKA 1QKBA 3UA8A 4OVJA 4LQ2A 1XVYA 3ONMA 3KZGA 2YLNA 4G8HA 3EF7A 3D4CA 1D4NA 1NNFA 1MXVA 3PPNA 1UTHB 4ELQA 2DSFA 2XXWA 1Y4CA 2ZYOA 4ZS9A 3TMGA 3MPKA 4WXJA 3OO9A 1PEBA 1AIVA 4UACA 1XT8A 5DEXB 3HPIA 3K00A 4PFUA 3C32A 1A55A 4OTEA 3S9LC 4F19A 3K1NA 3HO7A 2M8CA 5FTIA 1UTBB 4F2OA 1WODA 4G68A 1MY3A 1B1HA 2OJTA 3IOTA 3KN8A 3K6UA 3FJMA 1S9TA 4OWDA 4YKIA 1N84A 3G7WA 1UQWA 4MBPA 2Q2CA 4Q5TA 1ZJLA 3FASA 4NF5A 1DOTA 5JTYA 1QUKA 3HHFA 2RC9A 4ELRA 2UYEA 3LVUA 4R2BA 3IOUA 2F8DA 2Z8EA 1F9BA 4U22A 2XXYA 2B4LA 2ZNSA 1OQHA 4ZZAA 3K6XA 3S4UA 1YCJA 2LAOA 1QW0A 2Y7PA 3U1OA 3OSRA 1JW5A 3FJ7A 1MPDA 4YB5A 1DPPA 2DVZA 2O69A 3JZJA 1FTOA 4GQOA 4N13A 3PD9A 1EZOA 3S9EA 1MM7A 4F29A 4NE4A 3Q28A 4X1DA 4PETA 3DM0A 2Q8JA 3PMXA 5CBRA 1LCTA 3PUZE 2P2AA 3RUMA 3N94A 3QXMA 3CHGA 2QS1A 3W9WA 3RT6B 1NNKA 4U2RA 3GLBA 1LAXA 2ONSA 1R9LA 1Y1MA 4C1TA 5AA1A 4ZEKA 3M3LA 1MH4A 2XXQA 3FVOA 3RQTA 1A7LA 4TOZA 2DXYA 3IOVA 3IOWA 2QS2A 3PUXE 4Z7EA 2O6AA 3CSBA 4MH5A 1MH3A 4P0GA 2O1MA 2WKYA 4EXLA 3SEUA 3CVGA 3MZ9A 3ZKLA 1MXYA 4G68C 1OLAA 1YTVA 1I6AA 4H8IA 3MC2A 3LSLA 1EU8A 2XD2A 4G2ZA 2Z8DA 3CIJA 3V83A 1Z7NE 1FQAA 2REGA 4R9GA 3A09A 4FATA 2ANJA 3B6QA 1IITA 4BLAA 1ZMGA 2QRYA 4JB7A 3WAFA 5K2XA 1NFTA 2HFBA 1ANFA 1PBPA 3I3VA 2DXRA 2F6GA 4F3PA 3B7DA 1DSNA 1TFDA 2QPQA 1XC1A 1A54A 3G3IA 1Q1KA 3KOTA 4HS7A 3DRGA 3IJOB 3D4GA 1SDXA 4OXVA 3IX1A 1HSJA 2VHAA 3DRHA 4IY6A 4E0XA 5AA2B 5B7DA 4LZ5A 4MLVA 3K2DA 3PUWE 3EHSA 4JWOA 4U4SA 3G3GA 2XXHA 2I49A 3ODBA 1LCFA 1JVYA 3G3JA 2DE4A 2UVIA 1ELJA 1S7YA 3BBRA 3PMVA 5ICTA 2Y7WA 4XXUA 2DS9A 3F11A 4IY5A 2QMXA 2V3UA 2Q89A 4LP2B 2Y7RA 5AE4A 4OENA 5JK4A 5TP9A 4JBZA 4KHZE 5CBSA 3MVYA 1RYXA 1Y3NA 3QIMA 4DCYA 4EF1A 4C0RA 1LBCA 3RYAA 2R71A 4EXKA 1Q35A 2XXPA 3MPLA 1NH8A 3QYTA 3USDA 4WKMA 2ALUA 4NF8B 1VFDA 1MRPA 5H8QA 1DMBA 1M5EA 1P1QA 2IEEA 4DZ1A 2F97A 5AA3A 2UVJA 3VDFA 4F1UA 3RYBA 4FE8A 4QRZA 5J1DA 4EDPA 1VR5A 2F7BA 5ISUA 3VVEA 5HM4B 3TELA 5I84A 1B52A 1SI1A 1FQBA 5CC2A 3PPPA 2R6GE 4AQ4A 4POXA 1YAEA 4ELOA 2VP1A 5L9MA 5I58B 2G93A 2I58A 4LATA 4F39A 2AL5A 5IKBA 4ZEBA 3A3CA 2QS3A 2B65A 4I62A 5CMCA 2D3IA 3UP9A 2OLBA 3O66A 4R6HA 2R9JA 3ILTB 4FORA 3SEWA 1ZIUA 3IJXB 1MXWA 1H44A 1MXUA 4P0IA 4EQ7A 3E4RA 4C1UA 3IK6B 1RKMA 3KG2A 1II5A 5I59A 1M5BA 3DRJA 3V8XB 5DVJA 1D3KA 1ATGA 1A8EA 4PFWA 2QMWA 2ZYNA 4X48A 1SYHA 3PPRA 4G77A 4ZE8A 1ZKBA 1R9QA 5DYHA 2XXUA 1DTZA 3W9VA 3CFLA 3T9HB 1MQIA 3EN3A 1URDA 3Q26A 4YAHX 1N7WA 2UVHA 3PAMA 5FHNA 4HCWA 1IEJA 3IB0A 3TEPA 3FV2A 4BDMA 2V93A 5A5XB 5DT6A 4Q30B 4LA9A 5KCJA 1BKAA 1SI0A 2XXTA 2HZLA 1O63A 1QULA 2VOZA 1BP5A 1R1NA 2DVCA 3TCHA 3KSJA 1OLCA 3VE1B 3A3UA 4FJPA 3C35A 3OELA 3T9XB 1TT1A 4OYVA 3E9XA 3QUFA 4GXSB 4JXIA 5CI5A 4KYEA 1B3LA 1B0LA 1JNFA 4H65A 3PUVE 4NTLA 1FCKA 2QSXA 1B6HA 1POTA 1BIYA 2F36A 3H06B 1USYE 3E3KA 1TFAA 3G3FA 2YJPA 5KZTA 3IB2A 4Q0CA 2F78A 1QUIA 5L8DA 5L9SA 1PBQA 1B46A 2E0SA 3U92A 1N0TA 4PQJA 1EZPA 4F1VA 2PBWA 2A5TB 3OO6A 1H45A 4HCYA 3T22A 1AL3A 2Y7IA 3O2AA 3FVNA 3K6WA 4ESWA 3R6UA 1DTGA 1P1UA 2RC8A 1O7TA 4QSCA 5I2KB 3FVKA 2XX9A 4O3BA 1I6QA 3PUYE 2IA4A 1B40A 1FTLA 1WVJA 3VVDA 5LOMA 3ZS6A 3QK6A 4YKKA 4U23A 3H4ZA 1OIBA 2NWJA 1FTMA 3OEMA 4O3CA 3IORA 5BUUA 5TPAA 1B9JA 3HN0A 2V84A 3LR1A 2V3QA 4KCDA 1JVXA 1MG1A 3VXCA 4OESA 2B3BA 1USYH 3O9PA 3DRIA 2ONKE 3E13X 2D21A 1MXXA 1ZLQA 4HTGA 3H6VA 1R6ZA 4NWDA 2GHBA 3R7XA 3TTMA 3GXAA 2H9BA 1MXZA 5B70A 1QUJA 2FA7A 5KDTA 4F2QA 5H8FA 2G29A 4FEDA 3OSQA 2I0CA 4YB6A 3N26A 4XKQA 3UIFA 1SW1A 3MBPA 1JW1A 4RK9A 1SYIA 4YB7A 5DVFA 3PV0E 4F3BA 3MZ1A 2DE2A 5L9OA 3FD3A 3UGWA 2UYFA 1SBPA 4GOTA 4EF2A 2UVGA 2F5XA 3U8QA 3OENA 2P1SA 2XD3A 1O64A 3FVGA 3N6TA 2OBGA 1US5A 5K2YA 3MVZA 4H0WA 1I69A 1SVXB 2XHDA 4NEDA 3C33A 4M4GA 2I6EA 4BDQA 2F34A 4XIGQ 1IIWA 3KFMA 5ITOA 1AMFA 1NNTA 4OFJA 3K01A 3MP6A 5ELVA 1PDAA 3TTRA 4AB6A 2Z23A 3CG3A 4GL0A 4YKJA 3K1PA 2H4IA 5EHMA 1OVBA 1LLSA 1J1NA 1LAGE 3OMBA 3MP1A 1FTKA 2YPNA 4H5FA 1B51A 3DP4A 4H5GA 4X1BA 3SKPA 3B6WA 4LZ7A 5EYFA 3TTNA 5BWJA 4MFIA 3H03A 3MW0A 3IO6A 3FV1A 3PGFA 3TCGA 4H67A 1UIVA 1H76A 3JYRA 2DWAA 3DRFA 3TYHA 3U94A 4FAJA 5AA4B 4F3GA 4KD5A 2AYSA 1SW4A 1UTBA 3TTKA 5H8NB 3DRKA 5JEIA 3IO4A 2X26A 2V3TA 2I0BA 4DCXA 3T93B 3I6VA 1LGBC 1FQDA 3LC8A 2DWJA 3Q27A 4PP0A 1CB6A 4U21A 3MUQA 1YPNA 2ZMBA 1IUDA 4QFNA 3V5AA 2XX8A 2GRVA 3RN8A 4YU0A 5I56B 2O7UA 3T96B 3M8UA 2GHAA 5KCJB 3THIA 3KJ7A 5F7VA 4NWCA 1SW2A 2Q2AA 3CRBA 4LZ8A 3U72A 2WOLA 2D5WA 2ZNUA 1A8FA 3FGSA 3KN7A 4YZZA 1IZ1A 3SDFA 3GBAA 3TPAA 2V25A 2Y7KA 2NXOA 4MLQA 2F7CA 3VVFA 4BDLA 1NH7A 4JWXA 4R72A 3JV9A 2HZKA 4LUBA 3OXNA 1B4HA 4H8JA 1B32A 2O51A 4IO4A 4DXUA 1JETA 4KYDA 3FXQA 1N7XA 2RCBA 3VLVA 4WEDA 5M2VA 4PFTA 2QJEA 3T9UA 2B3FA 3CG1A 3B6TA 3EHUA 4EUOA 4ESXA 1VSOA 4KQPA 3IAZA 3KEIA 2FYIA 5EHSA 4QHQA 3PMWA 1MQHA 4R73A 3SESA 5DTBA 4X9TA 3BKIB 1MPCA 4RNSA 4OERA 3TDJA 1VE4A 1Y3QA 1PB7A 3O28A 2KLFA 3O29A 4G68B 2REJA 1FQFA 1PB8A 1A99A 4L17A 5I57A 3TQWA 2W7YA 1TXFA 4YKPA 1FQEA 1MDP1 5I2NA 1FW0A 2X7QA 3VXBA 1M5DA 4LQ5A 3L6HA 4NF5B 5JTYB 3GBBA 3S9NC 4ECFA 1VFEA 1MY1A 5TPAB 2Z8FA 2Q9TA 4GLIA 1RYOA 4WEPA 4DXCA 3ZKKA 1GGGA 5AA2D 2ZYMA 1B7HA 1IXIA 4N6PA 3H6WA 4GRKA 3HCQA 4OEVA 3ECRA 2OK2A 4R6YA 4IO2A 3FXRA 4O3AA 2NUVA 4JSDA 2OWTA 2Z22A 4ZDMA 5KDTB 2VGQA 3O6GA 5H8FB 1MQGA 2H98A 1B58A 3RGYA 2A5SA 4HW8A 3OD7A 3FIRA 4OQOA 2WOKA 4M1VA 4G4PA 3QSLA 4ONYA 3MAMA 2XXXA 4KPTA 1BTJA 1QJMA 1B7ZA 3KJTA 3FTOA 1B3GA 4IO6A 1BLFA 2DP8A 3C4MA 3C36A 2Y84A 1JQFA 4KFQA 2XXVA 4RY1A 2PT1A 2CMOA 3S2VA 4GF8A 2HEUA 4IGTA 1URSA 2E1SA 2HAUA 4P11A 1B05A 3O6IA 5ICQA 2Q88A 3UN6A 3O6HA 3RPWA 3TZAA 1FTJA 4DIGA 3EPEA 4TLLB 4BDOA 3CFXA 4DXBA 3SERA 4THIA 2THIA 2AIXA 3FUZA 4NF8A 1TWYA 4R74A 2OWSA 1SQYA 2H5YA 4YMBA 2F6PA 4TQUQ 2ABHA 5CMBA 5DVIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2F7AA 1Z7ME 2DOJA 3IFCA 1NV2A 3B8BA 3TTLA 4LONB 1NV5A 3FBPA 2I3VA 3VFJA 3AXFA 1GR2A 4ZEFA 3C31A 2VD2A 3OO7A 5T3JA 3PPQA 3QAXA 4NF6A 3RTWB 1Y9UA 4JVCA 4GXAA 4RPOA 1P1NA 5I58A 3IB1A 4HE2A 4Z0IA 1AOVA 1DBZA 3TKDA 3I5OA 4TLMB 1FQCA 1JEVA 1DPEA 4LVQA 4GL8A 5FHMA 3O97A 2PCRA 4IO7A 4NHBA 5H8HA 1MM6A 2ZZXA 2ZYKA 2H25A 3TQLA 3LSWA 1N3WA 2Y5LA 1M5FA 3KC1A 1LB8A 4FECA 3L6GA 4OFOA 4N4UA 1FPIA 3T1BA 2O84X 3OOAA 1GVCA 4G8MA 4JSOA 4U1ZA 3K6VA 3KOSA 5CM6A 1B7UA 2O1LA 1Y1ZA 4I8CA 2QFLA 1SD3A 3GZGA 3TCFA 5HPQA 1I6BA 2CZLA 4OVSA 1IXCA 1OMPA 2XXIA 3TAJA 4NMYA 2QVUA 3LSXA 2PX1A 1G0IA 4ZZEA 5TP9B 2P0SA 2NVUB 2OWZA 2B4MA 3RY3A 4NF4A 4E0WA 3PU5A 3BFUA 3RLFE 2H99A 3HFUA 4QSEA 2RF1A 4DE8A 3MSTA 3DLNA 5ET7A 2RCAA 2XX7A 4OETA 3FJGA 1LAFE 5FTHA 1T0KA 5EYHA 4F18A 1B4ZA 1MY4A 2OZZA 4GX3A 3OEKA 3IL1B 3VLWA 1A40A 5A5XA 1P1OA 4MF3A 1AH5A 3ZSFA 3KGCA 1ZBMA 5H8QB 4OMBA 4N6DA 4JWYA 4NF0A 3DP8A 3PD8A 1SPIA 2DQVA 4U4XA 1XS5A 2ONRA 2RC7A 3K02A 1S50A 2FIXA 1B3FA 1FBEA 4RPNA 1NMUA 3LUZA 1CNQA 3A29A 1XI6A 3MWBA 2QL3A 4F22A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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