1QKAA

Oligo-peptide binding protein (oppa) complexed with krk
Total Genus 189
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
189
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Protein transport
molecule keywords PERIPLASMIC OLIGOPEPTIDE-BINDING PROTEIN
publication title Crystallographic and Calorimetric Analysis of Peptide Binding to Oppa Protein
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella typhimurium
total genus 189
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1999-07-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1qkaA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1qkaA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1qkaA02
2HZLA 2GH9A 3PV0E 4Q30B 3A09A 2I0BA 4F3GA 1VFEA 4R74A 1SW2A 3IORA 3HPIA 3C36A 3TTKA 2XX8A 1VR5A 4LONB 1PBPA 3FJ7A 3G3GA 3QYTA 4OENA 4X1BA 2DOJA 2F34A 2H25A 2DWJA 5CBSA 2HCAA 2VOZA 4ZDMA 4YMBA 3BKIB 3LSLA 1MH3A 1TWYA 3RUMA 4YZZA 5H8QB 2I58A 2F7CA 3T96B 3PPNA 1IXIA 4G8HA 4PFYA 4GQOA 3E13X 2CZLA 3G3HA 1O63A 4OEVA 1XOCA 3RYAA 3O6IA 2H98A 3RQTA 1NNFA 4AB5A 2Y84A 4GL8A 4IO7A 5TPAB 3U8QA 3AXFA 4R2BA 2OWTA 1MH4A 1B46A 1DMBA 2Z23A 2ZMBA 4I62A 4FE8A 5FHNA 3KN7A 3R7XA 4QFPA 2GFEA 2WOPA 1NKXA 4RK2A 1MQHA 3MJNA 1WVJA 4U2RA 1USYE 4U1OA 3DP8A 3MWBA 3IOVA 1MDQA 4MFIA 3RNNA 4UACA 4R73A 5AA2B 1BTJA 4BDLA 5I2NA 5L8DA 1B7ZA 2FA7A 2Q2CA 4G68C 4LP2B 3H4ZA 2Q2AA 3H3GA 4JSOA 1LAHE 3E9XA 3MQ9A 5A5XB 3S4UA 5I57B 1M5FA 4F2OA 5I56A 2Q88A 2XXHA 5H8QA 2HZKA 5DVJA 1H76A 4MBPA 1EZ9A 3K4UA 3PMXA 1OLAA 3PUYE 4OTEA 1MRPA 3DP4A 3G7WA 1B0HA 3DELB 1FQCA 2IEEA 3FV1A 3HV1A 3VLUA 3JZJA 1NL5A 3FJGA 5TPAA 3U72A 1JEVA 1EZOA 1B4HA 4X48A 4TLMB 4EDPA 4OFJA 2XXVA 4FJPA 4DXUA 1UTHA 1NH8A 3MZ1A 5CMMA 1SW1A 4DDDA 1D9YA 4ZE9A 2NXOA 5ITPA 3EN3A 1IIWA 4KCDA 2OWSA 3K6UA 5EYFA 1P1OA 4QRZA 3EQ1A 5AA2A 1FTMA 1UIUA 1OQHA 1B0LA 2DWAA 3V89B 5I58A 4PP0A 4KQPA 3SEYA 4BDNA 4XIGQ 2QPQA 2V3QA 3KSJA 4NMYA 1JVXA 1QULA 1ZMGA 1MXZA 4C0RA 1PB9A 2PBWA 2Y7RA 1VSOA 4ZEBA 4N6PA 2AL4A 3TAJA 3BFUA 1RYOA 3GXAA 3LUYA 1B5HA 4F22A 2B3FA 4MLVA 1I69A 3FV2A 5HBCA 2XXQA 3CFLA 3SEVA 4MF3A 5I2KA 3UGWA 2VP1A 5F7VA 2I3VA 2OBGA 4KI0E 4PETA 4JWXA 2VD3A 3L6GA 1H45A 4ELPA 3PUZE 1FW0A 2H4IA 3N5LA 3IO6A 1XHYA 3K1NA 5ITOA 4ZE8A 4DXBA 4GRKA 2R71A 1ANFA 3ONMA 3RPWA 3DRIA 4PE5B 3ECRA 3O97A 1AOVA 3PPOA 1URSA 1MS7A 1B3LA 4AQ4A 4OXVA 4R6KA 2ZNTA 2Q8JA 4RPNA 4KR5A 3OEMA 2DSFA 1FCKA 3PUVE 4R2FA 1B6HA 5BWJA 3H6VA 1B4ZA 1M5EA 1I6AA 3TTMA 2O7UA 4EQ7A 1EZPA 1I6QA 4AB6A 2PT1A 2F35A 2RKMA 1N0TA 1LAGE 2ONKE 1OVTA 1ZIUA 1SW4A 2F6PA 1S9TA 1JEUA 4IO6A 3VVFA 3MP6A 1SBPA 1Y4TA 1Y20A 4U4SA 3RGYA 3GLBA 3KGCA 2FNCA 4F18A 4YKIA 3KSXA 3O9PA 5IKBA 2F36A 3KJ7A 1MDP1 4BDMA 4GOTA 3VVDA 4DXCA 4YB7A 3H06B 3FVKA 1Y1ZA 4TQUQ 3I3VA 4NWDA 4F39A 1A7LA 4QFOA 4OHNA 3FUZA 5AE4A 3K2DA 1N3WA 3MZ9A 4GXAA 3GZGA 3H7MA 1SI0A 4IY5A 2AIXA 3PPPA 3K6XA 3FASA 3DLNA 1UTBB 1N84A 4RPOA 5K2YA 3RLFE 1R9QA 4GWOA 3S2VA 2F97A 2F8DA 2NWJA 3VXCA 3S9EA 3SKPA 1LAFE 3A3UA 3DRFA 4G4PA 2QL3A 3M3FA 1XC1A 1XVXA 5EHSA 4RK9A 3P7IA 1LBCA 3UORA 4KFQA 3MP1A 4YMAA 5JK4A 2UYEA 5CBRA 3K6VA 1A55A 1ZTYA 2UYFA 1URGA 3TTNA 1BIYA 3IO4A 5B7DA 1YCJA 2E0SA 4R6YA 3O28A 3IB2A 3FVGA 3RY3A 2GHBA 4U23A 2ALUA 2THIA 2LAOA 1M5CA 2DXYA 4TLLB 1VFDA 1H3DA 2CMOA 4ELOA 3T93B 3FZVA 3FD3A 4FAJA 3VE1B 2ESNA 3TEPA 4NF6B 4G2ZA 5EHMA 1ZU0A 4IO3A 3EPEA 5DVIA 2HAUA 1MPBA 4ZECA 3VLVA 3TCFA 2XXXA 3OOAA 4C1TA 1FTKA 3O6PA 1OVBA 4EQ9A 2PX1A 3C31A 3SESA 1B5JA 3O66A 3OMBA 5H8HA 4XKRA 3O2AA 3K01A 3MVZA 5FTIA 3EF7A 3CIJA 1GVCA 1ZJLA 4F1UA 2AYSA 4EF2A 3E4RA 1KWHA 4HS7A 3K1PA 4G77A 2V93A 1WODA 3B6QA 3O6HA 5H8FB 5I2NB 1P1NA 1MY1A 2YLNA 3KFMA 1Q1KA 3U92A 3DRGA 1B32A 3OD7A 2XX7A 3MPKA 4EUOA 3CSGA 1PEBA 5CM6A 4ZEKA 1GTKA 3N6TA 5I56B 4GLIA 2V3UA 2D5WA 4H5GA 4ELRA 1ELJA 4NF6A 2OZZA 2UVHA 4KYDA 3CFZA 3M8UA 3C4MA 3OSRA 5DEXA 3TFLA 1NH7A 3SEXA 4ONYA 3HO7A 1DPEA 2DS9A 4ZS9A 1QW0A 1PC3A 5CMBA 1B58A 3OENA 3OXNA 1JNFA 1UTHB 3TYHA 4DIGA 3Q25A 3H6UA 1S7YA 2Y7KA 4BDOA 1DTGA 1B3HA 2QRYA 3M3KA 1SYIA 2O68A 3DRHA 1Z7NE 3QAXA 5I84A 3G3IA 3MBPA 2Q89A 3IOWA 3ODBA 1N3XA 1Y3PA 3C32A 4OQOA 5H8FA 4Q0CA 1O64A 5K2XA 3OEKA 3OO6A 1DPPA 4PFWA 4OEUA 5I58B 4HCWA 4ZZAA 4DE8A 2P1SA 3FXUA 4U4XA 4OETA 1MQIA 1NNTA 3VV5A 2ZYMA 4PQJA 2F78A 4JWOA 2FYIA 1OMPA 3PPQA 3H03A 2I49A 3TUSA 4XKPA 3MVWA 3FTOA 2XXYA 3HHGA 2DVCA 5L9MA 2D3IA 2W7YA 4ESXA 3PMWA 1AMFA 1DTZA 1TXFA 2V84A 5I2KB 1AIVA 3PPRA 3EHSA 3FVOA 2NVUB 1DOTA 2YJPA 2NOOA 3U93A 3SEWA 3TCHA 1MM6A 3GBBA 1QUIA 2REGA 4DZ1A 1MXXA 3FVNA 4KPTA 3IB0A 4N13A 5M2VA 4NF4A 4H6DA 1MY2A 4LQ5A 3MPLA 3SDFA 3UN6A 1MY3A 4KHZE 2RCAA 2UVJA 4OYVA 3ILUB 1N76A 2F6GA 1PB7A 5TP9B 1FQAA 4JXIA 3DP6A 1B1HA 1LBBA 1LB9A 1JQFA 4JDFA 3VXBA 2HFBA 2Y7WA 1A99A 4IO2A 3T9HB 4ND9A 1A8FA 1PB8A 4GF8A 3K0VA 2ZXTA 5CMCA 3I5OA 1CB6A 2XXIA 3EHTA 2DE2A 4RJZA 1MQJA 3VVEA 2O1LA 3UP9A 3CG1A 3FGSA 4GXSB 3IOTA 1SVXB 1LFIA 5H8SA 1QKAA 5AA2D 4QSEA 4BLAA 1I6BA 4H0WA 2Q9TA 4GFRA 3GBAA 3ZKKA 1FQBA 3RTFB 1N7WA 4O3AA 1WDNA 4OWDA 3TKDA 4G8MA 1LAXA 4K3FA 1CE2A 1B7HA 2UXAA 2B4LA 3IR1A 3LSXA 4F29A 1HSLA 4QHQA 5TP9A 4ZEFA 3R26A 1YAEA 4R6HA 3N26A 3DRJA 5ICTA 1JW5A 4EF1A 1BP5A 2ZNUA 2NUVA 4ISUA 3CI8A 3U1OA 2ANJA 2I6EA 2QSXA 2O69A 1II5A 1TT1A 3IX1A 3TDJA 1IUDA 5CC2A 3D4GA 1HSEA 3ZKLA 3OO9A 3D4CA 4LUBA 1MXUA 2VD2A 3HN0A 3UIFA 4I8CA 3TQLA 3KG2A 1R6ZA 4YKPA 4THIA 1MXWA 2O7IA 4FEDA 4OMBA 4KD5A 3S9MC 3JYRA 1B9JA 3RN8A 2WOKA 4RNSA 5AA1A 1GV8A 2IA4A 5L9SA 2BJJX 3QSLA 4H65A 1P1WA 2B4MA 4M4GA 4HCYA 4Z7EA 4NEDA 1B52A 3E3KA 3IB1A 1F9BA 3OSQA 3WAFA 2Z8FA 3MVXA 2ONSA 3HCQA 1POY1 4GIZA 3UA8A 4KCCA 4JBZA 3SEUA 3TTRA 1SDXA 3C35A 1D4NA 1R1NA 4R9GA 1XS5A 4IGRA 2H5YA 5H8HB 5ISUA 2F7AA 3O29A 4H1XA 1A54A 3PUWE 4Z0IA 1IXCA 2REJA 2QJEA 3KBRA 3TPAA 4YKJA 4EQBA 3PAMA 1H43A 1N04A 4O3CA 1NNKA 1SYHA 2QS4A 3N94A 5HM4B 3TMGA 1D9VA 2X26A 4LA9A 1USYH 3LR1A 1JW1A 3W9VA 3TELA 1Z7ME 3V83A 3KZGA 3U94A 1FQFA 2P2AA 2RC9A 4FECA 3ZS6A 3W15C 2DP8A 3OO8A 3IL1B 1P99A 1HSJA 2DE4A 1YTVA 2ZYOA 3LC8A 1SI1A 1B5IA 3QXMA 4WEDA 1B3GA 1Q35A 3H6TA 5DEXB 1L5TA 1NFTA 4GVOA 2Z22A 5H8NB 3ILTB 4F3SA 1QUKA 3LSFB 3CHGA 2I3WA 3QUJA 1QUJA 4F3PA 2AL5A 4E0WA 4XKQA 3HHFA 4WXJA 2B3BA 1B05A 5KCJB 1BLFA 2A5TB 4UA8A 3Q27A 1MQGA 3PGFA 2Y7PA 3C33A 2PYYA 2RINA 2G29A 3FIRA 4BDQA 5BUUA 5AA4B 4R75A 3MP8A 3QUFA 2OLBA 4PFTA 3N6UA 5FHMA 3G3JA 4U22A 4Q5TA 3UK4A 5AA3A 1SW5A 1LFGA 1OQGA 3DRKA 4C1UA 5IAIA 4JSDA 5KDTA 1LCTA 4R72A 1J1NA 1EH3A 3T22A 4IGTA 1O7TA 2B65A 2PT2A 2DE3A 1A40A 4U21A 1R9LA 5H8NA 1N7XA 3MVYA 1IZ1A 4HTGA 2XHDA 5J1DA 2QS1A 3PU5A 3V5AA 4OFLA 1QVSA 5JTYA 3K02A 1VE4A 3OELA 3IK6B 5DT6A 5KCJA 3TZAA 3FATA 4DLDA 4HW8A 1T0KA 4EXKA 1BKAA 2O1MA 2A5TA 4RYAA 3PD9A 4GD5A 3V8XB 1S50A 4QSDA 5TU0A 4NF4B 4NF8B 2V25A 5DYHA 2RC7A 2VHAA 1MY4A 3LVUA 3H6WA 4P0GA 4F3BA 4IO5A 5AA4A 1MM7A 1P1UA 2PMSA 3QK6A 4QF9A 3IJXB 4YICA 2V3TA 4F1VA 1ZLQA 4E0XA 1B40A 4LZ5A 1URDA 1SQYA 2GHAA 3RT8A 1TFDA 3I6VA 3CFXA 4I1DA 4LZ8A 2XXTA 1NMUA 2ABHA 3Q29A 1IEJA 2ZNSA 3L6HA 3TTLA 5FHOA 4GL0A 2HXWA 2O84X 4QFKA 4POWA 4NWCA 3G3FA 3M3LA 4LVQA 5DVFA 2WOLA 2HAVA 3ZSFA 4ELQA 1B2HA 2X7PA 1H44A 1Y4CA 1B3FA 2H99A 2XD3A 4TOZA 2H9BA 2I0CA 2Z8DA 3CVGA 3QIMA 4ZEIA 3KOTA 2R9JA 4NF8A 4G68B 5LOMA 3W9WA 2A5SA 1RYXA 3T9UA 4WEPA 1IITA 1QJMA 3TODA 3RTWB 3CG3A 2QMWA 1EU8A 2X7QA 4ZZEA 1US4A 1LB8A 5B70A 3CR9A 3KJTA 5I59B 1JETA 4ESWA 3F11A 4P0IA 1MQDA 1MY0A 1JVYA 3KN3A 2I4CA 4LATA 5CRYA 2UVGA 5A5XA 5I57A 1POTA 4F19A 2XXUA 4YB6A 4ZEDA 4LZ7A 4G8NA 3BBRA 4EXLA 4JB7A 1AH5A 1LGBC 1IXHA 3B7DA 1M5DA 3VFJA 2XXRA 3RYBA 3PUXE 2Y7IA 4OESA 5KZTA 3LSWA 1OIBA 4X9TA 3HSTA 2O51A 2XXPA 5FTHA 3DM0A 4P11A 1P1QA 1Y3NA 2RF1A 4M1VA 2UVIA 4RA1A 1IXGA 2I4BA 3B6TA 1PBQA 4ECFA 4G68A 1AL3A 4WKMA 1XVYA 3RT6B 1LSTA 1UIVA 1ZKBA 1B1XA 3KEIA 2QS2A 4H67A 3SERA 3PMVA 4NTLA 2DQVA 1YPNA 5HPQA 4XXUA 1Y3QA 3C9HA 3USDA 4OFOA 4U1ZA 5I59A 1Y9UA 4O3BA 2QS3A 5CMKA 4LQ2A 4QFNA 3Q28A 2XXWA 1RKMA 1US5A 5ELVA 2WKYA 4POXA 4RXLA 3JV9A 2OJTA 3R6UA 1LLSA 4MH5A 1GR2A 4DCXA 4OZ9A 4YAHX 1OLCA 2G93A 1ZBMA 2YPNA 2XD2A 2F5XA 1FTOA 5JEIA 1MXVA 4NF5B 2DVZA 4YB5A 3MC2A 1PDAA 1TFAA 3T66A 3S9LC 2HQ0A 4H5FA 3BFTA 4OERA 3FXQA 1FTJA 4N07A 1DSNA 1B7UA 5DTBA 2DYXA 1D3KA 2O6AA 1NNPA 1SD3A 4Q8RA 4L17A 2OCUA 1XT8A 5CI5A 4H8JA 4F31B 2DXRA 5L9OA 2DWHA 1FQDA 2P0SA 1M5BA 4H8IA 3MUQA 4QSCA 2OK2A 3VDFA 3TCGA 2VGQA 3EHUA 4X1DA 3SETA 2I48A 4YU0A 4IY6A 1QKBA 2XX9A 4FIMA 4I9DA 1MXYA 4YKKA 3CSBA 3CRBA 1Y1MA 4BDRA 1UQWA 4MLQA 3MW0A 4DCYA 4NF5A 2KLFA 2RC8A 3T9XB 2RCBA 1GGGA 3Q26A 3VLWA 3KN8A 2DWIA 3MAMA 4NE4A 2GRVA 3A3CA 3IOUA 2ONRA 3FXRA 3FJMA 2E1SA 2QMXA 4OVJA 4F2QA 1ATGA 2ZYNA 1A8EA 4IB2A 5KDTB 1FQEA 2ZYKA 3THIA 1MPCA 2M8CA 4FEBA 2R6GE 2PVUA 3T9VA 2HEUA 4KYEA 1LCFA 1MG1A 4PFUA 3MZBA 5ICQA 3B6WA 2Z8EA 3G3KA 1IQ7A 4KYSA 4FATA 1LFHA 4XKNA 3S9NC 1FTLA 4RY1A 1B3EA 3K6WA 4QFLA 1UTBA 3O6GA 2F7BA 4XTCQ 1B51A 3LBSA 3KOSA 5JTYB 3WAEA 3TQWA 3PD8A 1MPDA 2D21A 3K1MA 3OO7A 3IJOB 4JWYA 3C34A 1JW4A 4F1YA 4FORA 5F1QA 3K00A 4IO4A 3IAZA 4R9FA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2HZLA 3IFAA 2GH9A 3PV0E 4Q30B 3A09A 2I0BA 4F3GA 1VFEA 4R74A 1SW2A 3IORA 3HPIA 3C36A 5A5LA 3TTKA 2XX8A 1VR5A 4LONB 1PBPA 3FJ7A 3G3GA 3QYTA 1EYJA 1FPBA 1NV6A 4OENA 3T0JA 4X1BA 2DOJA 2F34A 2H25A 1FRPA 2DWJA 5CBSA 2HCAA 2VOZA 1DCUA 4ZDMA 4YMBA 3BKIB 3LSLA 1MH3A 1TWYA 3RUMA 1JP4A 4YZZA 5H8QB 5IGAA 2I58A 2F7CA 4PAFA 1BK4A 3T96B 3PPNA 1IXIA 4G8HA 4PFYA 4GQOA 4P8BA 3E13X 1YXIA 2CZLA 2WBDA 3G3HA 1O63A 4OEVA 1XOCA 3RYAA 3O6IA 2H98A 3RQTA 1NNFA 1LBZA 4AB5A 2Y84A 4GL8A 4IO7A 5TPAB 3FBPA 3U8QA 3AXFA 4R2BA 2OWTA 1MH4A 3BIHA 1B46A 1DMBA 4MAGA 2Z23A 2ZMBA 4I62A 4FE8A 5FHNA 3KN7A 3R7XA 4QFPA 2GFEA 2WOPA 1NKXA 4P47A 4RK2A 1MQHA 3MJNA 1WVJA 4U2RA 1USYE 4U1OA 3DP8A 3MWBA 3IOVA 1MDQA 4MFIA 3RNNA 4I3YA 4UACA 4R73A 5AA2B 1BTJA 4PGPA 4BDLA 5I2NA 5L8DA 1B7ZA 2FA7A 2Q2CA 4PDHA 4G68C 4LP2B 3H4ZA 2Q2AA 3H3GA 4JSOA 4HE0A 1LAHE 1NI9A 3E9XA 3MQ9A 4MCOA 5A5XB 3S4UA 5I57B 1M5FA 4F2OA 5I56A 2Q88A 2XXHA 5H8QA 1NUYA 2HZKA 1FPIA 5DVJA 1H76A 4MBPA 1EZ9A 3K4UA 3PMXA 1OLAA 3RPLB 3PUYE 4OTEA 1MRPA 3DP4A 3G7WA 1B0HA 3DELB 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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