1QKAA

Oligo-peptide binding protein (oppa) complexed with krk
Total Genus 189
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
189
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystallographic and Calorimetric Analysis of Peptide Binding to Oppa Protein
pubmed doi rcsb
molecule keywords PERIPLASMIC OLIGOPEPTIDE-BINDING PROTEIN
molecule tags Protein transport
source organism Salmonella typhimurium
total genus 189
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1999-07-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1qkaA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1qkaA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1qkaA02
2DS9A 1HSLA 4IY6A 1Y20A 2F7BA 5DVJA 5IAIA 4OERA 4U21A 3ZKKA 4F3SA 3Q27A 2PT2A 3C4MA 4BDMA 4MFIA 2O6AA 1OQHA 3W15C 3PPOA 2R6GE 3PPRA 1P99A 2F6GA 1D9YA 4KCCA 3EHTA 2RINA 5AA2D 1B4ZA 2AIXA 2HZKA 5EHMA 3K1NA 3GXAA 4GVOA 3OD7A 4JB7A 1YCJA 3WAEA 5H8FA 1B7UA 5AA2A 3ILUB 5CRYA 2XD2A 5I58B 5B70A 4OZ9A 5KCJB 3HHGA 3U8QA 4F1UA 1A8EA 2X7QA 3C36A 4EDPA 3FATA 3KN8A 2H25A 4Z7EA 2H5YA 1BLFA 3FASA 3KN3A 5L9MA 2QS3A 4OEUA 1MXYA 3MP8A 4H1XA 5I2NB 4P0GA 1QULA 1R9LA 4RJZA 3CSBA 1FTKA 2I49A 2RC8A 1A54A 2DVCA 2OCUA 3L6GA 2XXHA 3QYTA 1MXWA 4NF6B 4UACA 1P1QA 3W9VA 4YKJA 3HCQA 1LFIA 3R6UA 4JXIA 3PUVE 4IO4A 2I48A 1DTZA 5F7VA 1B3FA 4P11A 1USYE 4POWA 3RY3A 1MPBA 4AB5A 1IXIA 5JEIA 5H8NA 1I6QA 5AA2B 3SEVA 5ELVA 2OLBA 3U1OA 3MP6A 4RK9A 3MVWA 5HM4B 2DE3A 3UP9A 3DRIA 1MDQA 3S2VA 2ESNA 3OELA 5H8HB 3H06B 4YKPA 2OWSA 3OSRA 2PT1A 4C1TA 5B7DA 2OZZA 2XXQA 2ZNUA 1OLCA 4EXKA 3IB0A 3OSQA 1ZTYA 3LC8A 1IXCA 4U4SA 1D9VA 4LZ7A 3Q26A 3OXNA 3N6TA 1PBQA 3C33A 3FIRA 3IR1A 3PUXE 5I56A 5TP9A 4ELPA 1ZIUA 1XOCA 5KDTA 4H65A 2UYEA 3MZ9A 5DT6A 5FHNA 4DCXA 3K1PA 5BUUA 1XVYA 3FXQA 1GTKA 1S50A 1JVXA 3MVXA 4OENA 3T9UA 4OEVA 3TDJA 1PBPA 2HEUA 2B3FA 3D4GA 1A99A 3TMGA 2Q8JA 3G3HA 3G3JA 4NF8A 3HN0A 3RT8A 5EYFA 4IB2A 3K01A 4EF1A 1B1HA 3M3LA 4GWOA 3OENA 4R74A 3BFUA 4NEDA 4QFKA 5EHSA 2DOJA 1FTMA 1MY1A 2HZLA 3GBAA 1NNFA 3KOTA 1H44A 1VFEA 2PYYA 5IKBA 3S9NC 1JVYA 5TPAB 1MS7A 2OBGA 1I69A 1LCFA 4FECA 2DE2A 2HXWA 1RYOA 2DP8A 1JEUA 2NUVA 4IO2A 1YAEA 2I3VA 2H99A 2XX9A 4R2BA 5AE4A 1FQDA 3PUYE 3KSXA 5AA4B 2QS2A 4NF4A 2I58A 4OETA 4U1ZA 3N26A 1MXXA 2F7AA 1B0LA 2B3BA 4QSDA 1CB6A 3A3CA 3VV5A 2X7PA 2F6PA 2XXYA 1QKAA 1SYHA 4KPTA 1XVXA 3JV9A 4ZEIA 4DXBA 3ILTB 2ANJA 1MQHA 4DDDA 2E0SA 3MUQA 2F97A 4KQPA 1TFDA 4H8JA 2VP1A 3CG3A 2QMWA 5CBSA 3DP8A 3H3GA 1MQIA 1M5FA 1A8FA 1GGGA 1AIVA 1LFHA 1I6AA 1POY1 3FXUA 4ZZAA 3KG2A 3DELB 1LFGA 1XC1A 2Y7PA 3PD9A 4OFOA 3RLFE 1O63A 3K0VA 1NH7A 4KFQA 3FTOA 2FYIA 4KYEA 4BDOA 1PB9A 1XHYA 3VXBA 5H8QB 4LZ5A 1URSA 4NF5B 4OYVA 3TQLA 4X48A 4I1DA 2F78A 2B65A 3Q28A 4ZEFA 2RF1A 3QAXA 2QPQA 1H3DA 5JTYA 1MY3A 4H67A 3MBPA 4G8MA 2XXTA 4R6YA 4NE4A 2D5WA 4H5FA 4GL8A 3IL1B 1NH8A 1NNKA 4N6PA 3CG1A 3O28A 4LZ8A 3SEXA 3SERA 3CR9A 2F5XA 3K4UA 4HCWA 1JQFA 3I3VA 1JNFA 1NNTA 4PFTA 4U22A 3H4ZA 5L9OA 2WKYA 3O97A 4X9TA 2QSXA 3RTWB 2B4MA 3PU5A 5CMMA 5K2YA 4PFWA 3PUZE 4BDRA 3QUJA 1US5A 5JK4A 1B5JA 4ZE8A 4ESWA 1FQEA 1ZMGA 4I9DA 2UVGA 4PFUA 2ALUA 4G68B 3UGWA 1IIWA 3N94A 3N6UA 2WOKA 4H0WA 4R6HA 1M5EA 5BWJA 3G3IA 1CE2A 5FHOA 4GLIA 3K6UA 5I58A 5KCJA 5JTYB 2DYXA 4F2QA 4M1VA 3O6HA 2DXYA 4U23A 1Y1ZA 3G3KA 4U1OA 4EQ9A 1QVSA 1VE4A 1N3WA 5DVIA 4LVQA 2HQ0A 4JWOA 5ICQA 5I2NA 1QJMA 1MXZA 1SW4A 4QSEA 2Z23A 3O6PA 1PEBA 3DP4A 3TAJA 2ONSA 4G8HA 1N04A 1Z7NE 4F2OA 3V89B 1A7LA 3LVUA 4JWYA 3TFLA 4NF6A 4HW8A 1EZOA 3U92A 3UN6A 4NWDA 2ONRA 2REJA 2Z8EA 1N0TA 3QSLA 1NFTA 2VHAA 2PVUA 5HBCA 4RYAA 4X1BA 1H45A 3FZVA 1M5CA 4XTCQ 4TLMB 1N84A 4BLAA 3BFTA 1I6BA 5H8HA 3TPAA 4G68C 1B3GA 5I2KB 3IB2A 1MH3A 1NKXA 2KLFA 1MY0A 3VDFA 5CBRA 3MAMA 3PMVA 1FQFA 2XHDA 1B40A 4IY5A 3C34A 4OTEA 4RPOA 1IXGA 3QXMA 1L5TA 1DPEA 3OO6A 1UIVA 4ND9A 2F7CA 4R9FA 3SDFA 1ZU0A 5F1QA 3IO6A 4BDLA 3H6UA 4M4GA 4WEDA 3IOWA 3PGFA 1RKMA 3MJNA 4POXA 4ZEBA 5FTHA 4OXVA 1SI1A 1DPPA 2REGA 1B1XA 3OO9A 1P1NA 4QSCA 3RT6B 3RUMA 3B7DA 4F19A 1S9TA 3USDA 4H8IA 1MG1A 3O2AA 2RC9A 4YICA 2W7YA 3MVYA 4MH5A 3JZJA 3OEKA 1PB7A 3VLWA 4QHQA 1ZJLA 3MW0A 1B2HA 1TXFA 4YAHX 3TEPA 4PQJA 3I5OA 4ELQA 3H03A 1H43A 1MXVA 5CC2A 2I4CA 4GD5A 4IO5A 2Y7RA 3HSTA 4Z0IA 3KJ7A 2DWAA 5FHMA 3N5LA 5TPAA 4IO3A 1HSEA 1MM7A 2Q9TA 1EU8A 1YPNA 4Q8RA 1WDNA 3IB1A 4H5GA 4WXJA 5DEXA 4OVJA 2I3WA 3IOTA 3PV0E 2PX1A 5AA4A 1FCKA 1Y3QA 3M8UA 3U94A 3RNNA 1SDXA 2O1LA 1R9QA 2RC7A 3DM0A 3IOVA 5DVFA 3TYHA 3HV1A 3QIMA 1URDA 1EZPA 1QUKA 3G7WA 3PAMA 1LAFE 1LBBA 1WODA 4X1DA 1PB8A 2NXOA 3FUZA 2NOOA 2XX7A 1QUJA 3TZAA 5CMCA 5CMKA 3PMXA 4YZZA 4U4XA 4E0WA 1YTVA 1S7YA 3KGCA 3O66A 1FTLA 1DOTA 3RTFB 1T0KA 2XX8A 2H4IA 4F31B 3CI8A 1ATGA 2O51A 2I0BA 1BTJA 3V83A 4G8NA 3T9XB 4DXCA 4N07A 1DSNA 4JWXA 4OFLA 4QFOA 4C1UA 3GBBA 3T22A 5DEXB 4OESA 4YMAA 3TQWA 3I6VA 3IO4A 3F11A 3RYAA 3ECRA 5I57A 1B0HA 3Q29A 1BKAA 2UVJA 4GL0A 2PMSA 5H8QA 1SW5A 2I6EA 1MQGA 1A40A 3FV2A 4NF5A 3VLUA 1O64A 3KSJA 4EXLA 2RCAA 2WOPA 3U93A 3IJXB 4YKIA 3MZ1A 4EF2A 2DE4A 3IJOB 1LAHE 2R71A 2THIA 3P7IA 1USYH 3FV1A 3R7XA 2O1MA 4O3CA 4LUBA 3A09A 2HAVA 3K6XA 3RN8A 4PFYA 4IGRA 3VVDA 1B5IA 3MC2A 4GXAA 4R6KA 1XT8A 1ZBMA 4U2RA 1LCTA 2ABHA 4KHZE 4L17A 3CHGA 3V5AA 2BJJX 3MWBA 4HCYA 3E13X 3EN3A 5I57B 2Z8FA 1IEJA 3IORA 4AB6A 4ZEDA 1LGBC 3W9WA 4G68A 3OMBA 2ZNTA 4FATA 4NTLA 1ZLQA 2DWIA 3WAFA 1ELJA 5L9SA 2IA4A 3ZS6A 3RYBA 2H9BA 4ZECA 3MQ9A 1SD3A 1QUIA 3CFLA 3CSGA 1P1WA 1DMBA 1F9BA 2Y84A 3CIJA 1MH4A 3QUFA 1B58A 1B52A 2V3TA 4QFNA 3K6VA 2V84A 1BIYA 3CFZA 4UA8A 4XKRA 5ICTA 4GXSB 4DIGA 1NMUA 3OO7A 5CM6A 1MQDA 3IK6B 4R72A 2ZMBA 3FVGA 2WOLA 4YB6A 1IQ7A 4OWDA 3TTNA 3UIFA 2GRVA 2OJTA 1RYXA 4FJPA 3KN7A 3CRBA 3H6TA 4OMBA 1ZKBA 4KCDA 3TCFA 5I59B 3FVNA 4GRKA 2DQVA 3MPKA 4I62A 4XKNA 3UK4A 4ONYA 5DYHA 1SBPA 4FEBA 1OQGA 4O3BA 2DWJA 4R2FA 4ZEKA 5I2KA 4G2ZA 4MLVA 3IX1A 3FGSA 3C31A 3T96B 4Q0CA 2XXXA 3VVEA 1GV8A 1FQAA 4ZS9A 3HPIA 1D4NA 1P1OA 3PPQA 2VGQA 4DE8A 2Q88A 1TFAA 3KZGA 1UTHB 5J1DA 2D21A 4C0RA 4MLQA 3PMWA 3MVZA 2A5TA 4HS7A 2ZNSA 1FTJA 1JW1A 3TTLA 1OMPA 1M5BA 2DSFA 2Y7WA 3E4RA 3DLNA 3PD8A 4FEDA 5K2XA 1B51A 1PC3A 3VFJA 5AA3A 3LR1A 2O68A 4LP2B 3K6WA 3E9XA 2QRYA 3S4UA 4E0XA 1B3HA 3GZGA 4FIMA 1AMFA 1B05A 2F34A 4KYSA 1LBCA 4YMBA 4F22A 3DRHA 3ZSFA 3TKDA 4OFJA 2R9JA 2Z22A 4RK2A 4F1YA 2LAOA 1N76A 3TODA 4DLDA 2O7UA 3K1MA 1UTBB 1PDAA 3VXCA 3M3FA 3O6IA 4WKMA 5CMBA 3KFMA 3FVOA 5M2VA 4F18A 1VR5A 2XD3A 3OO8A 1FQBA 4I8CA 3OEMA 1SQYA 2V3QA 4AQ4A 4QF9A 3EPEA 3RQTA 4EUOA 4N13A 3A3UA 4GQOA 5DTBA 2XXRA 4KI0E 2VOZA 4F1VA 2DVZA 2F35A 2A5TB 2QL3A 1B46A 1FTOA 2F8DA 1B32A 1AH5A 3C35A 3MPLA 3K2DA 4GFRA 4KD5A 3ODBA 2I4BA 4YB7A 4IO7A 1Y4CA 2UYFA 4JSOA 4XKPA 3LSLA 3S9MC 3K02A 3TTRA 4DZ1A 4G77A 1ANFA 2OWTA 3THIA 3LSXA 1VSOA 3SEWA 5CI5A 3IOUA 2UXAA 1UIUA 2GHBA 2HAUA 5TU0A 3TCHA 1QKBA 4MF3A 4DCYA 3B6QA 3VLVA 1O7TA 1IITA 3K00A 2AL4A 4PE5B 5ITOA 2PBWA 3D4CA 5ITPA 4F29A 2QJEA 1MY2A 4TLLB 1MDP1 2RCBA 1Y3NA 2VD3A 2Z8DA 2IEEA 5H8FB 4OQOA 1FW0A 1DTGA 1Y9UA 2GH9A 4ZZEA 1VFDA 3KOSA 4NWCA 4WEPA 3S9LC 1OVBA 1M5DA 3DRKA 2Q2AA 1Y3PA 1US4A 1NNPA 4FORA 5AA1A 3HO7A 4ZE9A 3TTKA 1POTA 1BP5A 1TT1A 2I0CA 1FQCA 2O69A 3Q25A 1XS5A 4RA1A 5FTIA 2B4LA 3RPWA 3CFXA 1TWYA 4LA9A 1SI0A 1B3EA 3O6GA 2H98A 3OOAA 2ZYKA 2V25A 2AL5A 1OIBA 4FE8A 5A5XA 2ZYMA 4GOTA 3TUSA 3LBSA 3TTMA 1B3LA 2UVHA 4RPNA 1URGA 3R26A 1AL3A 1B5HA 5KZTA 3VE1B 2GHAA 1IXHA 2X26A 5H8NB 3SESA 4BDNA 2YPNA 4Q30B 3HHFA 4XXUA 4R73A 1B7HA 2O84X 1JETA 2XXIA 1R6ZA 3B6WA 2ONKE 3SKPA 1N7WA 4FAJA 1Q35A 1LAXA 3UA8A 3O9PA 3PPPA 3EQ1A 3MZBA 3C9HA 3E3KA 3H7MA 4LATA 3ZKLA 2P2AA 3CVGA 3BKIB 1LLSA 4YKKA 4H6DA 5I56B 5TP9B 4YB5A 2Y7KA 1MRPA 3FJMA 2GFEA 5LOMA 1OLAA 4BDQA 4R9GA 4P0IA 1A55A 3M3KA 5KDTB 1LB9A 1N3XA 4LQ2A 5A5XB 3RGYA 1MM6A 3QK6A 4MBPA 1MPDA 1SW1A 1Q1KA 2ZXTA 3B6TA 5H8SA 3T66A 4ESXA 4XKQA 3G3GA 2V93A 4RXLA 2AYSA 3T9VA 2O7IA 2A5SA 2ZYOA 1MQJA 4GIZA 4NF8B 4R75A 1SVXB 3ONMA 4XIGQ 3FXRA 3U72A 1IZ1A 3S9EA 1LAGE 2ZYNA 3KEIA 1B7ZA 3JYRA 2P0SA 4PETA 3EHSA 2Q89A 3EF7A 4JDFA 1HSJA 1LB8A 3UORA 4KR5A 4QFPA 3V8XB 2M8CA 4QRZA 1UQWA 2YJPA 1JW4A 2FA7A 1SYIA 3MP1A 2UVIA 4G4PA 3EHUA 2XXPA 1JW5A 4ZDMA 2QS4A 2DXRA 1SW2A 1J1NA 4HTGA 5I59A 4ELRA 3SEUA 1WVJA 3T93B 3LUYA 4IO6A 4F39A 3IAZA 1D3KA 1JEVA 4NF4B 2VD2A 1R1NA 3PUWE 4YU0A 3LSFB 2HCAA 2XXWA 2Y7IA 4QFLA 1MY4A 3TCGA 2HFBA 5I84A 3TELA 4RY1A 3T9HB 3FVKA 3FJ7A 1EZ9A 1OVTA 4LQ5A 3H6WA 3L6HA 4F3BA 1Y1MA 4JSDA 4EQ7A 2XXVA 1B6HA 3KJTA 1KWHA 3BBRA 1QW0A 2G29A 1UTHA 4TQUQ 3DRJA 1GVCA 3H6VA 1IUDA 3DP6A 2YLNA 5HPQA 2FNCA 3SETA 3C32A 4F3PA 2XXUA 3G3FA 2F36A 4F3GA 3DRFA 4OHNA 1MXUA 1Z7ME 4EQBA 4ECFA 3AXFA 4IGTA 1N7XA 3PPNA 2D3IA 5ISUA 1II5A 4RNSA 3FJGA 4O3AA 1UTBA 2QS1A 2QMXA 4NMYA 3VVFA 3SEYA 2E1SA 2NWJA 1NL5A 1H76A 2DWHA 4GF8A 3KBRA 2V3UA 4ELOA 1LSTA 4PP0A 1B4HA 2Q2CA 2NVUB 2P1SA 4K3FA 3O29A 4TOZA 2RKMA 1GR2A 3LSWA 2CMOA 1B9JA 1AOVA 1Y4TA 3DRGA 4KYDA 4Q5TA 1EH3A 2OK2A 1P1UA 3GLBA 4THIA 4JBZA 2CZLA 4LONB 4DXUA 2G93A 1MPCA 5L8DA 4ISUA 3FD3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2DS9A 1HSLA 1FBPA 4IY6A 4PF6A 1Y20A 2F7BA 5DVJA 5IAIA 4OERA 4U21A 3ZKKA 4F3SA 4GX6A 1IMCA 3Q27A 2PT2A 3C4MA 4BDMA 4MFIA 2O6AA 1OQHA 3W15C 3PPOA 2R6GE 3PPRA 1P99A 2F6GA 1D9YA 4KCCA 3EHTA 2RINA 5AA2D 1B4ZA 2AIXA 1FBGA 2HZKA 5EHMA 3K1NA 3GXAA 4GVOA 3OD7A 1FJ6A 4JB7A 1YCJA 3WAEA 1FRPA 5H8FA 1B7UA 2HHMA 5AA2A 3ILUB 5CRYA 2XD2A 5I58B 5B70A 4OZ9A 5KCJB 4NQ8A 3HHGA 3U8QA 4F1UA 4XF5A 1A8EA 2X7QA 4PC9A 3KBZA 3C36A 4EDPA 4P3LA 3FATA 3KN8A 2H25A 4Z7EA 2H5YA 1BLFA 3FASA 3KN3A 4HE1A 5L9MA 2QS3A 4OEUA 1MXYA 4PTKA 3MP8A 4H1XA 5I2NB 4P0GA 1NV4A 1QULA 1R9LA 4RJZA 3CSBA 4PBQA 1FTKA 2I49A 2PFYA 2RC8A 1A54A 2WEFA 5I7IA 2DVCA 2OCUA 3L6GA 4MNPA 2XWOA 2XXHA 3QYTA 1MXWA 4NF6B 4UACA 1P1QA 3W9VA 4YKJA 3HCQA 1LFIA 3R6UA 4JXIA 4MNCA 3PUVE 4IO4A 2I48A 1DTZA 2ZZVA 5F7VA 1B3FA 4P11A 1USYE 4POWA 3RY3A 1MPBA 4AB5A 1IXIA 5FBPA 5JEIA 1KZ8A 5H8NA 1I6QA 5AA2B 1NV6A 3SEVA 5ELVA 2OLBA 3U1OA 3MP6A 4RK9A 3MVWA 5HM4B 2DE3A 3UP9A 5IGAA 3DRIA 1MDQA 3S2VA 2ESNA 3OELA 5H8HB 3H06B 4YKPA 2OWSA 3OSRA 2PT1A 4C1TA 5B7DA 2OZZA 2XXQA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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