4GD5A

X-ray crystal structure of a putative phosphate abc transporter substrate-binding protein with bound phosphate from clostridium perfringens
Total Genus 77
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
77
sequence length
243
structure length
243
Chain Sequence
NSVSISGSTSVGPVMEAEAEAFKTKKPDVSIEINQIGSSAGIKNAMEGVSEIGMASRDLKGEEKQAGLKEVEIAYDGIALITHKNNPVKDLTLVQIKDIYTGKITNWKELGGNDAPIVVVSREDGSGTRDAFQEIVGFKAEELTVNSQISDGSGNIKSLVQGNENAIGYISFSYVDDSVSAVKVDGVEATPENVLNKSYKVSRPFLAVYKEENLTESGKSFIDFILSEEGQDIVAKEHLIKVK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein
source organism Clostridium perfringens
publication title X-ray Crystal Structure of a Putative Phosphate ABC Transporter Substrate-Binding Protein with Bound Phosphate from Clostridium perfringens
rcsb
molecule keywords Phosphate ABC transporter, phosphate-binding protein
total genus 77
structure length 243
sequence length 243
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-07-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF12849 PBP_like_2 PBP superfamily domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4gd5A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4gd5A01
2O1LA 4YB6A 3EF7A 1OLCA 3DM0A 2ZNSA 5FHMA 5ITOA 3RQTA 3I3VA 2PYYA 4H8IA 4PETA 3G3JA 4F1VA 5DT6A 4TQUQ 3FJGA 1LAFE 3PMWA 2OLBA 1VFDA 1N0TA 3OMBA 4R75A 2DWIA 2REJA 4KYDA 3VFJA 3VV5A 1IIWA 3U1OA 1A55A 3G3IA 3MZBA 4H5FA 3CI8A 4UA8A 4LA9A 1SD3A 2Z8DA 3IOTA 3KN8A 2ZNUA 4AB5A 4F3BA 4F2OA 1BLFA 4G77A 4KCCA 2ZYMA 1OVTA 4NF5B 1JW1A 3A09A 2LAOA 1B5JA 2DSFA 2O6AA 3U93A 1IXCA 2Q2AA 2OCUA 3CSBA 3FVNA 2XX7A 1QKBA 1YTVA 1QJMA 2THIA 5K2YA 3T9VA 1NNFA 1D9VA 3LR1A 2P2AA 1R9QA 1LBCA 1ZTYA 2V25A 3Q28A 5CMBA 1A99A 1EZPA 1LFIA 1B9JA 4R74A 1OMPA 3RUMA 1B7HA 4ZEDA 3VLVA 4NF4B 4KQPA 1M5FA 3EQ1A 4G68C 3S2VA 4O3CA 2HCAA 1UQWA 5I58A 2ZYKA 3CFZA 3E3KA 4DXBA 4RXLA 1B3GA 4E0XA 3PD8A 3FZVA 2GH9A 5I57B 4YU0A 2F6GA 1MQGA 3O6HA 4U22A 5J1DA 3WAFA 2O51A 3UA8A 4XKNA 2Y7PA 3M3LA 3FXRA 1JW5A 3HSTA 4QFPA 4ESXA 4PQJA 1TFDA 5H8SA 3B6WA 3N94A 2GHAA 3PMXA 1NFTA 2KLFA 4LZ8A 1MPBA 3QUFA 3GBAA 3B7DA 5I2KA 1S7YA 2XXVA 1ZLQA 3OSQA 4RK2A 4ZE8A 3UK4A 1JVYA 1YPNA 1URGA 2H5YA 3FVOA 5AA4A 4FIMA 4ZECA 2DE4A 1ZKBA 3OO8A 2UVHA 1XT8A 1XS5A 1FQCA 3IX1A 1Y3NA 2X26A 2RCAA 1B1XA 1ELJA 4IGTA 3V89B 1PB7A 3G7WA 3I6VA 3JYRA 4H6DA 2XHDA 1DTGA 3LC8A 2XXHA 1US5A 5EHSA 5FTIA 2VOZA 1NNTA 2VP1A 1SI0A 4AQ4A 2X7QA 4MLQA 1NH8A 4N07A 5DEXB 3R26A 4JB7A 2Y7IA 2RC9A 2BJJX 3D4CA 1PB9A 3MVYA 3U94A 3H6VA 4WXJA 3CG3A 4BDMA 3M3KA 5DYHA 3PU5A 2ONRA 3FXQA 4OETA 2QJEA 3VXCA 3MP6A 3LBSA 4BDNA 1IITA 3RT6B 3TEPA 3MVWA 3RY3A 1PBPA 4ZEBA 4OESA 5ELVA 3K1MA 1N84A 2V3TA 4GWOA 2H4IA 4ZEIA 2GHBA 1DPEA 4PFWA 3V8XB 2RF1A 1URDA 1NMUA 1VSOA 3IL1B 4H65A 2HAUA 2RC7A 4LQ5A 1D9YA 5I59B 3SEYA 4H1XA 2WKYA 4NWCA 1EH3A 1A40A 2A5TB 1SW1A 3KEIA 3VXBA 4YZZA 5IKBA 1AL3A 1T0KA 1UTBA 2H98A 2UYEA 3TCGA 1LFHA 2OK2A 2NWJA 4RPOA 2F36A 5TP9B 4PP0A 2XXWA 2XD2A 1OIBA 2I0BA 4LONB 3T66A 4X48A 4YKJA 4QF9A 2I6EA 3H3GA 2I3VA 2HZKA 3BKIB 3S9MC 1LGBC 1LAXA 2ABHA 3G3FA 5KDTB 4HTGA 3CVGA 3TZAA 4U21A 2DYXA 4QHQA 4X1DA 1N76A 1SW5A 1POY1 1B46A 4GXSB 2HAVA 1TXFA 3S9EA 1NNPA 3H06B 1VE4A 3HCQA 2F8DA 4KD5A 4GF8A 4NTLA 4Z0IA 3L6HA 3O28A 4GOTA 4OFJA 4OENA 2ONKE 5AE4A 1FQAA 3T9UA 4THIA 4RYAA 2XD3A 1SVXB 5ITPA 1B3LA 4BDLA 3BFTA 2IEEA 4OFOA 1N7WA 1A54A 4R72A 5ICTA 1LAGE 4LVQA 1O64A 1B7UA 1OVBA 4RNSA 4F19A 1FQEA 1R9LA 4P11A 1ATGA 3KSJA 4GL0A 2D21A 1EZOA 4L17A 4QFKA 1AOVA 4G4PA 1MY1A 4FEDA 5H8NA 4DE8A 2NXOA 4OHNA 3EHUA 1XHYA 3RTFB 2DWAA 1URSA 5L9OA 4FEBA 3JZJA 3ZKLA 2ANJA 1N7XA 1B52A 3DELB 4R2FA 1CB6A 1RYXA 2AL5A 1MS7A 3KN3A 3W9VA 5AA2A 3N26A 3R7XA 4F1YA 3OEKA 5TPAB 3N5LA 2XXPA 3G3HA 5H8QB 3RGYA 1TFAA 2DXYA 1PB8A 3MUQA 2QPQA 2QS1A 3PMVA 3PUZE 3MJNA 1NH7A 3PD9A 3KJ7A 3CG1A 4OMBA 2IA4A 3QXMA 5F7VA 2VHAA 1XC1A 4RY1A 2F7BA 1JVXA 4XTCQ 3G3KA 2I58A 3SEVA 4F18A 3FXUA 1D3KA 5BUUA 3HHGA 4IO2A 1PC3A 3F11A 2B3BA 2H9BA 4JBZA 4NEDA 1I6QA 3EHSA 1BKAA 3T9XB 2OWSA 3KFMA 4XIGQ 2F7AA 1Y3QA 5CC2A 5I2NA 2O7UA 3PUVE 3MP1A 2HEUA 4IY5A 3E9XA 3V83A 4I8CA 1UTHA 3TCHA 2XXTA 4F22A 4ONYA 4N6PA 3QAXA 3MBPA 3LUYA 4YMBA 1B0LA 2QS4A 3IR1A 1B05A 2QS2A 3I5OA 1ZIUA 4M4GA 4OYVA 1B51A 3S9NC 2I4CA 2D5WA 1B3EA 3MPLA 1H45A 3TELA 2V3QA 1AIVA 4PE5B 4PFUA 5KCJA 5FTHA 3GXAA 1B0HA 3VVFA 1LAHE 2E0SA 3VVDA 5CBRA 4OXVA 4DCXA 5LOMA 2OZZA 2H25A 4H5GA 2AYSA 3QSLA 1NNKA 1N3WA 1D4NA 3ONMA 3T96B 2ZNTA 3K4UA 3FGSA 4U4XA 4GIZA 5DVJA 4BDRA 1M5EA 3C34A 2W7YA 1TT1A 1BTJA 3TYHA 3IOWA 4OVJA 1N3XA 1Y3PA 3OD7A 4YKIA 3ZKKA 2XXIA 4XKPA 1BIYA 4NMYA 3O6IA 4Q8RA 4RK9A 1HSLA 5ICQA 2I3WA 4OQOA 1EU8A 1POTA 4G68B 1JEUA 3H03A 5B70A 4ZEKA 3EN3A 3DP4A 3VLWA 1P1WA 1QULA 3D4GA 5I56A 5JK4A 1Y9UA 4ISUA 1WDNA 2XXUA 3OEMA 3V5AA 1MH3A 1OQHA 4KYSA 1Q1KA 4MF3A 2HQ0A 3UGWA 1FTKA 3K01A 4ZZEA 3MQ9A 1YAEA 5JTYA 4YAHX 1FTLA 3UORA 3TTKA 1ZMGA 3IOUA 3BFUA 2Y7RA 4IO4A 4ZE9A 2YJPA 2E1SA 1XVYA 1Z7NE 1VFEA 3HHFA 2ZXTA 3H4ZA 1GR2A 1GTKA 3VVEA 2QMWA 5FHOA 3OOAA 4LQ2A 2DS9A 1Z7ME 4R6HA 3IO4A 3TTMA 5HPQA 1MXZA 4NF4A 2B3FA 1FW0A 2CZLA 3LSWA 1MQHA 3MPKA 4IO7A 3UP9A 3SESA 4G8NA 4EDPA 4F1UA 3RTWB 1H43A 4HCYA 5H8FA 3K6UA 4JWOA 4YKKA 3K6WA 1JEVA 1B3FA 4EQ9A 4ELOA 5IAIA 2XX8A 3O2AA 2XXXA 4MBPA 1P1NA 3G3GA 1FQFA 1MY3A 5EHMA 3ODBA 2OBGA 4TOZA 4BDQA 5AA2B 1RYOA 3W9WA 3DP6A 4EXKA 3T93B 3VDFA 4QSEA 4R9FA 3KJTA 4EF2A 3KN7A 4O3BA 2PX1A 3PGFA 1VR5A 1MXWA 3U92A 2OJTA 3IO6A 3CR9A 2I4BA 5CI5A 5AA3A 1AMFA 1XOCA 3TMGA 4GL8A 1P1QA 1SYHA 4R6YA 3IB0A 1LFGA 3FV2A 4EXLA 1Y4TA 3TCFA 1IXHA 2Z8EA 4POXA 3IB2A 3K02A 4H67A 3QK6A 4Q0CA 1FQBA 2QS3A 4NF8A 2QL3A 2RCBA 2QRYA 2F7CA 4OTEA 1I69A 4R2BA 1SW2A 5L9MA 2Y7KA 3C36A 3GBBA 1TWYA 3ZS6A 1MM7A 4OFLA 5I2NB 2V3UA 1USYH 1ZJLA 3ZSFA 3E13X 3HN0A 2DWHA 3C32A 2Y84A 5CM6A 4C0RA 2P0SA 3SETA 2D3IA 1FQDA 4H0WA 4LZ7A 3EHTA 2NOOA 2O69A 2VD3A 3CFLA 3FVGA 3PPPA 1B1HA 2B65A 2XX9A 4PFTA 3MVZA 1MRPA 2YPNA 1MXUA 3K1NA 4H8JA 1MM6A 3MAMA 4X9TA 2ONSA 3M3FA 4MH5A 4ELQA 2XXQA 3K6XA 2FNCA 1Y1MA 1MH4A 3VE1B 3MZ9A 2UXAA 4NF6A 2REGA 3WAEA 1M5BA 4I1DA 2Q8JA 4F3SA 2QMXA 1R6ZA 3U8QA 4DDDA 5F1QA 5K2XA 4DZ1A 5HM4B 3USDA 5I59A 1PEBA 4U1ZA 3KGCA 1P1UA 3IORA 2ZMBA 3PPNA 3CSGA 5I58B 4IGRA 4GRKA 5HBCA 2QSXA 1LBBA 3OO7A 3H6TA 1A8FA 4U2RA 1M5DA 4G2ZA 1J1NA 1DMBA 5L8DA 4QFLA 2I0CA 3M8UA 2FYIA 1S50A 1MPCA 2HXWA 2Q89A 1PBQA 3TODA 2DE3A 2GRVA 3IAZA 5H8HA 5KDTA 4EUOA 1MPDA 2AL4A 3C35A 4YMAA 1MY2A 4GLIA 1WODA 4LP2B 4DCYA 2Q2CA 1IZ1A 1B32A 4JSDA 4E0WA 4Q5TA 1UIVA 5I2KB 1LLSA 1H44A 2V84A 2YLNA 5DVFA 3C33A 3TTRA 2GFEA 3A3CA 1QUJA 4K3FA 2UYFA 5I56B 2X7PA 2FA7A 3ILTB 4I9DA 4EQBA 5AA4B 3TKDA 3SERA 2OWTA 1IXIA 3A3UA 3Q29A 1IEJA 4JWYA 4QSCA 4WKMA 2O1MA 3FD3A 2Z23A 5FHNA 3CFXA 3T22A 4HS7A 3MZ1A 2DOJA 3FJMA 5KZTA 1ZBMA 1IXGA 4HW8A 1FTJA 4PFYA 4FECA 5JTYB 3FATA 4MFIA 2Q9TA 2F34A 3FIRA 4IB2A 4ZS9A 2H99A 4IO5A 1DOTA 1DPPA 3SEUA 3K0VA 4N13A 3S4UA 2I48A 4F29A 1BP5A 1B5IA 2AIXA 2F6PA 3PV0E 4TLMB 3O66A 4KHZE 2Y7WA 2PVUA 1XVXA 4IO3A 2HFBA 1HSEA 1F9BA 1O7TA 1P99A 3OSRA 4TLLB 1LCTA 1USYE 4LZ5A 4ZZAA 2ZYOA 1QUKA 4AB6A 3C4MA 1QW0A 3RLFE 1ZU0A 3RN8A 2RKMA 3FUZA 3H6UA 5TPAA 1S9TA 5H8QA 1JETA 3IJXB 3PUYE 5A5XA 1Y1ZA 2F35A 4JWXA 3FJ7A 3TAJA 1B7ZA 1B4ZA 4U1OA 5H8FB 2DVCA 1EZ9A 2HZLA 3E4RA 1AH5A 3TTNA 4U23A 4F2QA 4JXIA 2DVZA 2ZYNA 1FTMA 1B4HA 5CMCA 3K00A 2A5SA 1MXVA 3K2DA 4R73A 4JSOA 2DXRA 3HO7A 1I6AA 2F97A 1A8EA 3HV1A 1P1OA 3OELA 4UACA 4EQ7A 1IQ7A 1UTBB 4GFRA 5AA2D 4FAJA 1UIUA 3UN6A 3KOTA 1MDQA 1IUDA 1OLAA 3ILUB 4F39A 4FORA 4ELPA 4XKRA 3KZGA 3GLBA 5CMMA 4RPNA 4ECFA 2VD2A 1JQFA 2ESNA 2XXYA 2O84X 2ALUA 2DP8A 4C1TA 1PDAA 2F5XA 2CMOA 3SKPA 3CIJA 1R1NA 3TUSA 2NUVA 3C9HA 3LSXA 3MP8A 3PUXE 3QUJA 3P7IA 4WEPA 4U4SA 2Z22A 1OQGA 4KI0E 4DXCA 3GZGA 4LUBA 4Q30B 3S9LC 3U72A 4POWA 1WVJA 4YB5A 3RT8A 4NF8B 1ANFA 3AXFA 4NF5A 4KYEA 2RINA 4KFQA 1Y4CA 3O6GA 3RNNA 1NKXA 4YKPA 4IY6A 3IOVA 4I62A 5B7DA 3FVKA 4EF1A 4G8MA 3PPQA 4F3PA 4P0GA 4ELRA 1LB9A 3QYTA 1MQIA 3KG2A 1I6BA 4OEUA 3H7MA 2Q88A 3DP8A 3H6WA 1MXYA 3T9HB 4DXUA 4G8HA 4MLVA 1MY0A 4F31B 4OZ9A 3C31A 1YCJA 4QSDA 5H8NB 3W15C 5I57A 2G29A 1LSTA 4IO6A 4DLDA 4R6KA 4DIGA 4ND9A 4KCDA 3PPOA 3SDFA 2R6GE 1FTOA 4P0IA 5CMKA 3FV1A 3QIMA 4OEVA 2Z8FA 3OENA 4NF6B 5AA1A 3KBRA 4JDFA 1CE2A 3N6UA 1QUIA 4GD5A 2PT2A 1B2HA 3OO9A 3TFLA 3O9PA 3FASA 4QRZA 1Y20A 4XXUA 5DVIA 1JW4A 1Q35A 1SI1A 3UIFA 4GXAA 2F78A 1SW4A 4O3AA 3R6UA 3EPEA 3Q25A 1US4A 5CBSA 3PPRA 3O97A 4WEDA 5M2VA 4G68A 3KSXA 1GGGA 1B5HA 1LB8A 2PBWA 3L6GA 1KWHA 4M1VA 4R9GA 1DSNA 3B6TA 4ZDMA 1II5A 4KPTA 3O29A 5H8HB 2VGQA 3THIA 4KR5A 2O68A 4FE8A 4YB7A 1NL5A 1O63A 1RKMA 1GV8A 4GQOA 3PUWE 4YICA 4ZEFA 1B6HA 1SQYA 3Q27A 5DEXA 2UVIA 2G93A 3TQLA 1DTZA 2DE2A 2XXRA 2P1SA 4XKQA 4BDOA 3TQWA 4OERA 1N04A 2DQVA 2R71A 2UVJA 1UTHB 2R9JA 4FJPA 3SEWA 4NE4A 3RPWA 1JNFA 2DWJA 4LATA 1MQDA 2PMSA 1FCKA 2V93A 1H76A 1SDXA 4BLAA 3CRBA 5JEIA 4ESWA 3LSFB 1B40A 1MG1A 3JV9A 1GVCA 1M5CA 3MWBA 1MY4A 1B3HA 3MVXA 1QVSA 4GVOA 3HPIA 3K1PA 3LSLA 1MQJA 1L5TA 2PT1A 2RC8A 3VLUA 1LCFA 5DTBA 1SYIA 1SBPA 3IK6B 4RA1A 5KCJB 2NVUB 3IJOB 3OXNA 1A7LA 3TPAA 1HSJA 5BWJA 2O7IA 2M8CA 2A5TA 4Z7EA 3ECRA 4NWDA 4FATA 3IB1A 3DLNA 5EYFA 3MW0A 2I49A 1MDP1 5A5XB 2UVGA 3SEXA 4RJZA 5CRYA 3B6QA 5TU0A 3MC2A 5TP9A 3TDJA 5ISUA 5L9SA 4QFOA 3OO6A 4C1UA 1H3DA 3Q26A 4X1BA 4HCWA 1MXXA 4QFNA 3KOSA 1B58A 4F3GA 5I84A 1QKAA 3N6TA 3K6VA 3TTLA 4OWDA 3BBRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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