4EUOA

Structure of atu4243-gaba sensor
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
313
structure length
313
Chain Sequence
DLVFSSWGGTTQDAQKAAWAEKFMVETGINVLQDGPTDYGKLKAMVEANGVTWDVVDVEGDYAAQAGPKGLLEKLDFSVIDKTKLDPRFVTDYSVGSFYYSFVIGCNVDSVSACPKSWADLFDTAKFPGKRTFYKWSAPGVIEAALLADGVTADKLYPLDLDRAFKKLDTIKSDIIWWSGGAQSQQLIASAEAPFGSVWNGRMTALEQSGVKVETSWAQNITAADSLVVPKGTKNKDAAMKFIALATSAQAQADMATATGYAPVNIESAKLMDPKIAKSLPDQQTESQVNADMNYWAQHRDEIGERWYAWQAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords ABC transporter, substrate binding protein (Polyamine)
publication title Structural basis for selective GABA binding in bacterial pathogens.
pubmed doi rcsb
source organism Agrobacterium tumefaciens
molecule tags Transport protein
total genus 114
structure length 313
sequence length 313
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-04-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4euoA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4euoA01
4OESA 3VVEA 1URDA 4KCDA 4N6PA 5HPQA 3S4UA 2QS4A 3FATA 1UTHB 3W9VA 3IB0A 3LUYA 3CSBA 4RPOA 2Q9TA 1SDXA 3HV1A 3PUWE 5CMKA 3GXAA 3MWBA 2GHBA 3H06B 3K0VA 2GRVA 4TQUQ 4KR5A 4QSCA 3SEWA 4LP2B 2FA7A 2F36A 1GR2A 2RF1A 4XXUA 5AA1A 3H4ZA 1Y1ZA 1B1XA 2DE4A 1P99A 3H6WA 3OMBA 1N7XA 4I9DA 5HM4B 4G68C 3MP8A 3PPQA 2VD2A 3M3LA 2ZYOA 3K01A 3EN3A 2XXIA 4M4GA 2ONSA 4H8IA 5DEXB 4UA8A 5I84A 2B65A 3Q26A 3ONMA 3PUXE 3CG1A 4Z7EA 4KQPA 2QJEA 4IO7A 2V3TA 4NF6A 4RK9A 5H8HB 4EQBA 3IJOB 2Z8FA 2PVUA 4M1VA 5KZTA 2GFEA 3MAMA 3MVYA 5JTYB 2D5WA 4RNSA 4POWA 4JXIA 5ELVA 1B3EA 2HZKA 2NWJA 5ITOA 1QW0A 4YU0A 3HO7A 1A7LA 3MJNA 5H8NA 1YAEA 5H8QB 2V93A 4YAHX 3SEUA 1UTHA 1P1WA 3CIJA 3PUYE 1PB8A 4F2OA 4MF3A 1NKXA 1P1NA 1FTKA 3E13X 5CRYA 4ELRA 4THIA 1R6ZA 3MVWA 4OFJA 2PX1A 1H45A 1XT8A 3ODBA 4Q5TA 2WKYA 4OHNA 1MH4A 4QFPA 1M5CA 4YKPA 1MY3A 4G68B 2DYXA 1AMFA 4QF9A 4FEDA 1I69A 3RT8A 4IO2A 2XX8A 1NNTA 2I4BA 3VLUA 2ZMBA 3PUZE 5I2NB 1B3LA 1MS7A 1CE2A 1SD3A 1Y4CA 2UVJA 4YICA 4R2BA 1VR5A 2PBWA 4RPNA 1DPEA 4RA1A 2UXAA 4R75A 4KYSA 3PMWA 3I5OA 4ZEDA 5L9MA 1B5IA 1IXGA 4L17A 1QUIA 1HSLA 3G7WA 1XVXA 3VDFA 3FVKA 3B6WA 3RLFE 5F1QA 1NL5A 4RYAA 4GF8A 1I6QA 5TPAB 3E3KA 4R6YA 5JTYA 1A54A 3C32A 3TZAA 4NMYA 3O28A 4IO6A 3TELA 4BDRA 1BIYA 1S7YA 1DOTA 5AA2B 3Q28A 2ZNTA 3H6UA 2DS9A 3SEYA 2I49A 3TCHA 5KCJA 4LA9A 3PPRA 3OO6A 1MQIA 3EF7A 4I8CA 2I0BA 3LSLA 3ZKKA 3EPEA 1N0TA 2I3VA 2AYSA 3P7IA 4F19A 3Q25A 3IOWA 2DXYA 1AOVA 2R71A 2H4IA 2AIXA 1VFDA 3DP6A 4OFLA 1FTOA 1FCKA 2I3WA 3OEKA 4JWOA 5ICQA 1N04A 4ZEBA 3QXMA 1B5JA 4XKQA 5I2NA 4I62A 4HTGA 1LFHA 3KSXA 2P1SA 3O29A 2OJTA 3BBRA 4WEDA 2HAVA 5I56A 4N07A 2I6EA 4WEPA 2UVGA 4ZE9A 1EU8A 2O7IA 3JYRA 5CM6A 3TUSA 2G93A 1B7HA 2DP8A 3SETA 2O69A 1ZTYA 1D3KA 1N7WA 4BDNA 1OLAA 4GIZA 4FORA 2F78A 5AA4B 4KFQA 5DVIA 3FD3A 4LONB 4DE8A 1N84A 4BDQA 4DCYA 2DVCA 4FECA 4PFYA 4AB5A 3VLWA 4R73A 3IB2A 1IXHA 1T0KA 3BFTA 1JEVA 1B3FA 4TOZA 4QSDA 4ELQA 1SQYA 5ICTA 5B7DA 4QFLA 4WKMA 1BTJA 3U72A 1URSA 3UP9A 2NOOA 1FQCA 2UVHA 1XC1A 2H25A 5JEIA 1QUJA 3T9HB 1B3HA 3FIRA 1MXVA 2I0CA 5CI5A 2O84X 1IQ7A 1POY1 3DM0A 4IO4A 1NNPA 2H99A 3FXRA 4F1UA 2H5YA 3KJTA 4P0IA 1PEBA 2Q2AA 2F97A 4OERA 4OYVA 1GGGA 4PE5B 3SERA 4ECFA 2Y84A 1TFAA 3FVNA 3BKIB 1BP5A 3THIA 2Z8EA 3MZ9A 1MY1A 3PV0E 1MQJA 2OK2A 4BDLA 1EZPA 4PFTA 4GWOA 3GZGA 5DVJA 3OSQA 2RCBA 3K6WA 2QL3A 1R9QA 4TLMB 1TFDA 4NWDA 1URGA 2QS2A 1LAFE 5KDTA 1UIVA 3IB1A 3IOUA 4GOTA 1MDP1 3TTNA 3LSXA 2DOJA 3KOSA 1MM6A 2HZLA 1UIUA 4ISUA 4KCCA 5AA4A 1MXUA 1OVTA 4ZEFA 3TDJA 2UYFA 1A40A 4ZS9A 5I57B 2F8DA 3I6VA 4RXLA 2ABHA 2HCAA 2YPNA 1MY2A 3EQ1A 1B1HA 1GV8A 4ONYA 2NVUB 2ZXTA 3S9MC 3C31A 3RT6B 3U92A 3O9PA 5AA3A 3EHUA 5ISUA 1Y3QA 5TU0A 1LCTA 1B05A 2P0SA 4U23A 1FW0A 4FE8A 1WDNA 3HCQA 3N26A 1SW4A 1DTGA 1R1NA 3B6QA 1SW1A 2X7PA 3FASA 4KD5A 2PT1A 3TAJA 3MPKA 3RN8A 4P0GA 4NE4A 4MH5A 1JNFA 2HFBA 1N76A 4XTCQ 1PBPA 3CFLA 3R26A 3MP1A 3OO8A 1B9JA 3RPWA 3O97A 1I6AA 4KPTA 2VHAA 3Q29A 1FQAA 4EF1A 4ZDMA 2E0SA 2DSFA 5FHMA 4RK2A 4U2RA 1B46A 1USYH 1J1NA 1MY0A 1QKAA 5IKBA 4I1DA 5I58A 2XXWA 4HW8A 4X48A 2HQ0A 4FJPA 4EDPA 2RINA 3PMVA 4R9GA 4K3FA 4F22A 3S9LC 4LUBA 3U1OA 2RCAA 3C34A 2REGA 1QVSA 1XOCA 4QRZA 5EHMA 2ANJA 4IO3A 2XXVA 5H8FB 2DE3A 3V5AA 4R74A 5DYHA 3LSFB 5TP9B 2H98A 4QFNA 2VD3A 1SYIA 2F6GA 3KN7A 5M2VA 2OBGA 4JB7A 2Y7WA 4NEDA 1JETA 1YTVA 1JW4A 3LC8A 4YMAA 4OEVA 1L5TA 3CG3A 3ECRA 4OETA 1QULA 1MPDA 2V3QA 1ELJA 1P1UA 4F3GA 1MQGA 1JEUA 1Z7ME 3WAEA 3FUZA 2Q2CA 2QSXA 1QUKA 2DQVA 2Q8JA 3F11A 4YKJA 2XX9A 2Y7KA 2DWHA 2IEEA 1B7ZA 4MFIA 2DVZA 3B6TA 2F7CA 3KOTA 4U4SA 2REJA 3M8UA 3VFJA 4GLIA 2QPQA 2F7AA 2UVIA 4G8NA 3KFMA 1VE4A 4EUOA 2Y7IA 3PUVE 3E4RA 3LSWA 3O6HA 4DXUA 1D9YA 1ZJLA 1FQDA 2NUVA 3FJGA 3S9NC 3FZVA 5CMMA 2Q89A 1SW5A 3ZS6A 4HCWA 1IUDA 3HHGA 3MPLA 5DEXA 5BUUA 1KWHA 3EHSA 5AA2D 4JBZA 1MM7A 5LOMA 2D21A 3TPAA 1AH5A 3CSGA 2IA4A 5DT6A 5H8HA 4N13A 4NF5B 1IEJA 1ZBMA 4JWXA 1MRPA 2P2AA 4E0WA 2Y7PA 1EZOA 1OMPA 4E0XA 2ZYMA 2ZYKA 3OELA 3T9XB 4IO5A 3TODA 3K6VA 2ZNUA 4XKNA 5TP9A 2CZLA 3W9WA 4YMBA 4PFUA 4POXA 3FVOA 3C35A 1LBBA 2O7UA 1LLSA 2A5TB 4ELPA 5H8QA 3OEMA 2BJJX 2QS3A 3IOTA 4OXVA 3K1MA 4AB6A 3G3KA 1IITA 1ZLQA 1YCJA 2CMOA 3QSLA 3GLBA 4F3SA 4LVQA 2X7QA 4F29A 1M5BA 5I2KB 4G8MA 3V8XB 3TFLA 3DLNA 4G68A 4Q0CA 4O3AA 1HSEA 1B52A 4Q8RA 4OWDA 4F3PA 2XXUA 1QKBA 1Y3NA 5J1DA 2B3FA 2I48A 3UORA 1DTZA 1GTKA 5F7VA 5H8SA 1MH3A 4IGTA 3UIFA 3C4MA 4P11A 3TTMA 4ZEIA 4BDMA 4GXAA 2Z22A 3VXCA 1FQFA 2DWJA 2DXRA 3OXNA 3G3HA 1TWYA 5HBCA 4NF8B 2OWTA 2V25A 3SEXA 2XXPA 3RQTA 3G3IA 2O1MA 3G3GA 1UTBB 4QHQA 3T66A 1B7UA 1IXCA 4DIGA 1LCFA 1RKMA 5FTHA 3GBBA 1I6BA 2AL5A 3IK6B 4NF4B 3FGSA 4OZ9A 2RC7A 1LSTA 5TPAA 2VGQA 1B4HA 3ZKLA 4OMBA 4PFWA 1Z7NE 4YB7A 2DWIA 3R6UA 2Z8DA 3TTLA 3QUJA 1M5EA 3K2DA 3FJMA 1HSJA 5AA2A 4G77A 3N5LA 2VP1A 5DTBA 1POTA 3KN3A 4GQOA 1OQHA 2W7YA 3I3VA 3AXFA 4KYEA 3OO9A 1SI0A 3H03A 3DELB 4OTEA 3K4UA 4ESWA 1PB7A 3OSRA 3MVXA 3D4GA 2RC9A 4X9TA 3HPIA 4R6KA 1F9BA 4H0WA 3CI8A 1B58A 3A3UA 3KJ7A 4HS7A 4YB6A 2Z23A 1MPBA 3UA8A 3U93A 4MBPA 3PPOA 2DE2A 4H1XA 1AL3A 3JV9A 5L9OA 3MC2A 4WXJA 3V89B 4DXCA 2YJPA 4R2FA 3FXUA 3SKPA 3MP6A 4LZ8A 3QAXA 1B5HA 4BDOA 3UK4A 3S2VA 4DDDA 4JDFA 4EQ9A 1VSOA 1UTBA 3H3GA 2XD2A 3DP4A 4F1VA 4OEUA 2XHDA 5IAIA 3GBAA 1Y1MA 4NF4A 4MLVA 3CRBA 3MQ9A 5CMBA 3IJXB 4ESXA 3IORA 3IR1A 2FYIA 4NF6B 4XKRA 1DPPA 2OZZA 3RY3A 3L6HA 1BKAA 3TEPA 2QMWA 3EHTA 4OQOA 2XXXA 3LR1A 3RTWB 1Y20A 4C0RA 2X26A 3RUMA 3O6GA 2XXQA 5I59B 3T96B 2F34A 4G2ZA 4LQ2A 4U1OA 2Y7RA 4ELOA 5FHOA 3V83A 4OVJA 1SBPA 4ZZAA 1Q1KA 1FQBA 2R6GE 1WVJA 4NTLA 3HN0A 5H8NB 4JSOA 3VVFA 5FTIA 2M8CA 3UN6A 2OCUA 3MW0A 1OQGA 4IB2A 3TQLA 5A5XB 3QK6A 1MG1A 3K1NA 1YPNA 2XXTA 1MXZA 5L8DA 3QUFA 1NH7A 3VLVA 3MBPA 3M3KA 3FV1A 2GHAA 4H6DA 3IO6A 3M3FA 2R9JA 5FHNA 3JZJA 4PP0A 3H6TA 3MZ1A 5CMCA 1NH8A 1Y9UA 1BLFA 3G3JA 2I58A 2RKMA 1XHYA 3IOVA 1MQHA 1D4NA 3PU5A 4OENA 1RYOA 2O51A 3T9UA 3TCFA 4HCYA 4EF2A 1FQEA 2E1SA 4FIMA 4Q30B 3SEVA 3VV5A 4U22A 4ZZEA 2H9BA 3T93B 4DXBA 2QS1A 2A5SA 3G3FA 1A99A 1Q35A 5K2YA 3WAFA 3PPPA 1MDQA 5I57A 4H5FA 3CFXA 3FJ7A 4GFRA 2B3BA 1LAGE 4JWYA 1S50A 5CC2A 4YZZA 2OLBA 2V84A 1NFTA 3U8QA 5ITPA 3N94A 1OLCA 4IY5A 5I59A 1A8EA 4YKIA 4EXKA 2VOZA 3ILUB 1UQWA 1XVYA 4H65A 3KG2A 1TXFA 2QMXA 4O3CA 1NNKA 4ZE8A 2THIA 1H3DA 3SDFA 1A8FA 1M5DA 3KBRA 4XKPA 3B7DA 5EHSA 1D9VA 5KCJB 3IL1B 4MLQA 4KHZE 3TKDA 5EYFA 5A5XA 3ILTB 1FTLA 5B70A 1ANFA 4ND9A 3TQWA 1US4A 4RJZA 1H44A 3HHFA 1LFIA 1EZ9A 4DLDA 3KN8A 4H8JA 3OOAA 3VVDA 2ONKE 3R7XA 1ZU0A 2ONRA 1JQFA 4GRKA 1B0HA 1MY4A 2QRYA 4R9FA 2XXHA 4F18A 1B51A 4AQ4A 2D3IA 5K2XA 2ESNA 5I56B 3IO4A 3OO7A 4C1UA 1FTJA 3TTKA 1MPCA 4GL0A 3N6TA 1LAHE 4QSEA 4ZEKA 2NXOA 5H8FA 1LB9A 3OD7A 3D4CA 1FTMA 2XXYA 3KZGA 1B6HA 1GVCA 4U1ZA 1R9LA 1B40A 2PMSA 2F7BA 1A55A 1CB6A 3FXQA 1PDAA 3HSTA 3KGCA 1MQDA 1ZMGA 4NWCA 4FEBA 4RY1A 1IZ1A 3TYHA 4GD5A 4H5GA 3T9VA 3H7MA 1P1OA 2YLNA 1US5A 4XIGQ 1NMUA 4KYDA 1PBQA 2KLFA 5DVFA 1JW5A 4GXSB 1ATGA 2ALUA 1USYE 3N6UA 1WODA 2Q88A 2HXWA 4X1DA 1N3WA 3MUQA 4G8HA 2XX7A 2O68A 1PC3A 3A09A 3USDA 3PPNA 3RTFB 2RC8A 3LBSA 1N3XA 4IY6A 2DWAA 1M5FA 4LQ5A 1MXWA 1ZKBA 1EH3A 5BWJA 3TTRA 4UACA 1O7TA 4PETA 1SI1A 1OIBA 3KEIA 3PD8A 1NNFA 2GH9A 4DCXA 3O6IA 4YB5A 4F3BA 3U94A 4KI0E 1S9TA 1IIWA 4X1BA 3K00A 3IX1A 1DMBA 4JSDA 1LAXA 4F39A 1RYXA 3L6GA 4NF5A 1LB8A 4QFOA 3UGWA 4C1TA 4GL8A 4GVOA 3H6VA 1SYHA 2O6AA 4IGRA 2F5XA 4U21A 4LATA 5KDTB 3K02A 1SW2A 3PMXA 1P1QA 3BFUA 3VE1B 4QFKA 3RGYA 1B3GA 2A5TA 1QJMA 3FVGA 3A3CA 3PD9A 1IXIA 3C36A 1ZIUA 3KSJA 4PQJA 4F2QA 3RNNA 1AIVA 1JVXA 4O3BA 2ZYNA 2HAUA 1OVBA 2XD3A 3TCGA 3OENA 1B0LA 1LGBC 4LZ7A 5I2KA 2HEUA 3W15C 4LZ5A 3E9XA 4EXLA 3Q27A 1B32A 1MXYA 2PT2A 4FATA 3S9EA 1H43A 2F6PA 4TLLB 1H76A 4ZECA 1LBCA 3CFZA 5AE4A 5CBRA 3QYTA 1JW1A 5L9SA 3MZBA 2F35A 3QIMA 2OWSA 3FV2A 1JVYA 3C33A 4YKKA 2O1LA 4Z0IA 3TMGA 1Y3PA 3CR9A 2XXRA 5JK4A 3K6XA 1PB9A 4NF8A 3SESA 1XS5A 2G29A 3O2AA 2UYEA 4R72A 1SVXB 3K1PA 3O66A 5CBSA 2V3UA 1MXXA 3VXBA 4DZ1A 4BLAA 2FNCA 4G4PA 1VFEA 2AL4A 3MVZA 1DSNA 3DP8A 3ZSFA 5I58B 2ZNSA 3CVGA 4U4XA 1TT1A 2PYYA 1O64A 4FAJA 3K6UA 1Y4TA 3IAZA 3C9HA 1II5A 2LAOA 4EQ7A 4OFOA 4F31B 3T22A 1LFGA 3PGFA 1B4ZA 4F1YA 1O63A 4R6HA 1B2HA 4H67A 2I4CA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4OESA 3VVEA 5LTCA 1URDA 4KCDA 4N6PA 5HPQA 3S4UA 2QS4A 3FATA 4NG7A 1UTHB 3W9VA 3IB0A 3LUYA 3CSBA 4RPOA 5ET5A 2Q9TA 1SDXA 4GX3A 3HV1A 2WBDA 1YZ0A 3PUWE 5CMKA 3GXAA 3MWBA 2GHBA 3H06B 3K0VA 2GRVA 4TQUQ 4KR5A 4QSCA 3SEWA 4LP2B 2FA7A 2F36A 1GR2A 2RF1A 4XXUA 5AA1A 4PGNA 3H4ZA 1Y1ZA 1B1XA 5LDZA 2DE4A 1P99A 3H6WA 3OMBA 1N7XA 1G0IA 4I9DA 5HM4B 5IGAA 4G68C 3MP8A 3PPQA 2VD2A 3M3LA 2ZYOA 3K01A 3EN3A 2XXIA 4M4GA 2ONSA 4H8IA 5DEXB 4UA8A 5I84A 2B65A 2F3BA 3Q26A 4NF0A 3ONMA 3CHGA 3CG1A 3PUXE 4Z7EA 4PBQA 4KQPA 2QJEA 2MKZA 4IO7A 2V3TA 4NF6A 4RK9A 5H8HB 4EQBA 3IJOB 2Z8FA 2XA5A 2PVUA 4M1VA 5KZTA 2CEYA 2Q74A 2GFEA 3MAMA 3MVYA 5JTYB 2D5WA 4RNSA 4POWA 4JXIA 5ELVA 1B3EA 2HZKA 4NGUA 2NWJA 5ITOA 1QW0A 4YU0A 3HO7A 1A7LA 3MJNA 3BIGA 5H8NA 1YAEA 5IM2A 5H8QB 2V93A 4YAHX 3SEUA 1UTHA 1P1WA 3CIJA 3PUYE 1PB8A 4F2OA 4MF3A 1NKXA 1P1NA 1FTKA 3E13X 5CRYA 1IMBA 4ELRA 4THIA 1R6ZA 3MVWA 2VPNA 4OFJA 2PX1A 1H45A 1XT8A 3IFCA 3ODBA 4Q5TA 2WKYA 2HXRA 4OHNA 1MH4A 4QFPA 2FHYA 1M5CA 4YKPA 1MY3A 4G68B 5IZ3A 5A5LA 2DYXA 4GWYA 1AMFA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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