4EUOA

Structure of atu4243-gaba sensor
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
313
structure length
313
Chain Sequence
DLVFSSWGGTTQDAQKAAWAEKFMVETGINVLQDGPTDYGKLKAMVEANGVTWDVVDVEGDYAAQAGPKGLLEKLDFSVIDKTKLDPRFVTDYSVGSFYYSFVIGCNVDSVSACPKSWADLFDTAKFPGKRTFYKWSAPGVIEAALLADGVTADKLYPLDLDRAFKKLDTIKSDIIWWSGGAQSQQLIASAEAPFGSVWNGRMTALEQSGVKVETSWAQNITAADSLVVPKGTKNKDAAMKFIALATSAQAQADMATATGYAPVNIESAKLMDPKIAKSLPDQQTESQVNADMNYWAQHRDEIGERWYAWQAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein
source organism Agrobacterium tumefaciens
publication title Structural basis for selective GABA binding in bacterial pathogens.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ABC transporter, substrate binding protein (Polyamine)
total genus 114
structure length 313
sequence length 313
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-04-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4euoA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4euoA01
4F39A 4LZ7A 1FTJA 1MPCA 3QYTA 4MBPA 3FVKA 4U2RA 4GF8A 1LB9A 3VXCA 2CMOA 2E0SA 1M5BA 5CBSA 4WXJA 3TODA 1BKAA 4IO3A 2Y84A 4PFTA 3K2DA 2NXOA 4IO6A 1D4NA 5I58B 3R26A 3RLFE 2YLNA 2I4BA 4U21A 3MP8A 3MVXA 1FCKA 2Z23A 2XXXA 5CMKA 1FQCA 1N7WA 3MVZA 3UGWA 1OVTA 4G8MA 3O97A 5EHMA 3OENA 4ELPA 2ZYMA 4OMBA 4NF5B 3H03A 5H8QB 2VD2A 1YCJA 2I0CA 2XXYA 2X7QA 5CM6A 4FIMA 1LSTA 4QFLA 2ZYNA 2UVJA 1B0HA 4GL8A 3TCGA 4LUBA 3FASA 3MQ9A 1LFIA 4JWXA 3L6HA 3UK4A 2AYSA 2W7YA 3Q28A 3HN0A 2XXHA 5AE4A 5AA2B 2X26A 1YPNA 3G3KA 1CE2A 4QHQA 4OWDA 2F7AA 2PBWA 2FNCA 4DXBA 3MZ9A 5A5XA 2H5YA 1SI1A 1LFGA 2O51A 1SVXB 3SEYA 1OLCA 4BDLA 1FQFA 3IAZA 4YICA 2OCUA 1UTBA 3MZBA 1MXZA 4IY5A 1RYOA 4X1DA 3IL1B 1B3EA 3CG3A 5B7DA 5H8NB 5HM4B 3BKIB 2DYXA 3CI8A 3Q29A 3FUZA 4RPOA 5DVJA 1WODA 1M5DA 4IGRA 3KJTA 4X48A 4OEVA 2XXQA 2QS4A 1H45A 2B3FA 3LSLA 1TFDA 2O1LA 1EZPA 1XC1A 3OO9A 4XXUA 1H43A 2DXRA 2OBGA 4U1ZA 4XIGQ 2OLBA 4BDQA 3N94A 3MPKA 3C9HA 3N26A 3C34A 4Q0CA 3RNNA 5JK4A 1MY2A 3N5LA 3U93A 5CBRA 3ODBA 1OMPA 1OLAA 3VDFA 4X1BA 3L6GA 4AB5A 2REJA 1T0KA 4YKKA 2ZNTA 5ITOA 1A55A 4N13A 5BUUA 4IO5A 1DTGA 4F1VA 1MM6A 4FORA 3DLNA 3QIMA 1USYE 3TQLA 4R6KA 2F7BA 4XKQA 5TP9A 2A5TA 1XVXA 1JW5A 1HSLA 1JW1A 1B5JA 3HPIA 2H4IA 3A3UA 3N6TA 5ICQA 1Q1KA 3G3IA 2YJPA 4FAJA 1R1NA 4ELRA 1BP5A 4QRZA 3S9EA 1SYIA 3KJ7A 1P99A 3TKDA 4MF3A 2HEUA 3ILTB 4HS7A 4PFWA 5I2KB 3QUJA 1B05A 1UIUA 1MS7A 4YZZA 4PETA 2VP1A 4OETA 1IXCA 4ZEIA 1O63A 4FE8A 4N07A 2RC8A 1US4A 1MPDA 4DXUA 4LATA 1HSJA 1MDQA 3W15C 4OXVA 1N3WA 1NFTA 4YB5A 4HW8A 3TTLA 4DCYA 3ILUB 2F7CA 3FGSA 4BDMA 1DMBA 2RKMA 1GR2A 4DZ1A 3RQTA 2O68A 1QW0A 3JYRA 1LAXA 3TTNA 2XD3A 3H6UA 4DXCA 4P11A 2I3VA 3BFUA 3VFJA 2ALUA 5LOMA 4NF5A 3RTFB 5H8QA 3O28A 1Y3PA 4YB6A 3VLWA 3I6VA 1NNTA 1FQBA 3TCHA 3IB0A 4MFIA 1UTBB 3CFLA 3S9NC 1J1NA 3Q27A 4QFKA 3MUQA 2O69A 1QKBA 2B3BA 1LFHA 1B7HA 1US5A 4H6DA 4ZEKA 4R9GA 1QUJA 3EHUA 2PX1A 3T9HB 3U1OA 4I62A 3LSFB 1MY0A 1MXXA 4OTEA 4LZ5A 4X9TA 3B6WA 3THIA 3W9WA 3M3KA 2D3IA 2H9BA 3QUFA 2OWTA 1B32A 3T9UA 3C35A 3TTKA 1URDA 4E0XA 4ELOA 3OO7A 4LZ8A 2Q2AA 2UXAA 2ONSA 2Y7KA 1LB8A 1B40A 1NNPA 1Y4TA 1RKMA 3MP1A 2QPQA 3K1PA 2R6GE 4MLVA 4H8IA 2M8CA 3TTMA 1A8EA 1JETA 5I59A 1WDNA 3K01A 4U4XA 5CI5A 2DXYA 1SBPA 3EN3A 1AMFA 3RN8A 2A5SA 1B58A 1XT8A 5FHNA 4AB6A 4DIGA 4R72A 4ZDMA 1POY1 1NH8A 5J1DA 3V83A 3F11A 3G7WA 5H8HB 3KOSA 5FHMA 1JVYA 2R71A 1TFAA 3B6QA 2DWAA 2A5TB 4NEDA 4F31B 4KFQA 4NF8A 3VVFA 2YPNA 4IY6A 4I9DA 2Q88A 2ONKE 4RK2A 2H98A 3TEPA 3G3HA 4F3PA 2IA4A 1B1HA 1PB9A 2F8DA 3OOAA 1QJMA 3SEVA 4BDRA 4QFNA 2XXUA 3RGYA 2G29A 2XXVA 5CMCA 2QMXA 3OO8A 2HZLA 5JTYB 2ZYKA 3MPLA 4KQPA 1R9QA 3HO7A 2PT1A 2DP8A 1RYXA 5HPQA 1N0TA 1QULA 1A8FA 2NVUB 4G77A 4ZEDA 3C36A 4FEBA 4QSEA 2UVIA 5L9OA 4JSOA 1UTHA 1H76A 1OIBA 3R7XA 1ZIUA 2Z8FA 1LBCA 4ND9A 3UN6A 4BDNA 3S9MC 4ZZEA 4KYEA 2H99A 3IOWA 4EDPA 2V84A 2Q2CA 4LVQA 5I2KA 2F6PA 3PUWE 3TPAA 2FYIA 3O2AA 3T22A 4NF4A 4OVJA 4PFUA 4RXLA 2F35A 3LSXA 1B5HA 1B3GA 3MVWA 3K6VA 3PMVA 3K1MA 3FVGA 3SDFA 1GTKA 4RJZA 1OQHA 1M5FA 3FJGA 1M5CA 3O6IA 3S2VA 3KN8A 1OQGA 3UORA 2O1MA 1N04A 1SYHA 2XHDA 3LC8A 5L8DA 1IXHA 2REGA 1LLSA 2PYYA 4ECFA 4BDOA 4PQJA 3PPNA 3QXMA 1IQ7A 3H4ZA 4K3FA 1A7LA 1ZBMA 4RYAA 3H06B 3PD8A 2WKYA 4NMYA 3FJMA 1VSOA 3WAEA 3C31A 2ZNUA 2XD2A 4H5GA 3DP6A 4GL0A 5DEXB 4C1UA 3K4UA 3G3FA 3K0VA 2ZMBA 5CRYA 1O7TA 2O6AA 4P0GA 3CSBA 3SEWA 1B4ZA 3VE1B 4ELQA 2Y7IA 4ZZAA 1ZTYA 1BLFA 4LA9A 4XKPA 1LAGE 3IOTA 1LBBA 4IO7A 2DE3A 2V3TA 4GFRA 5F1QA 3DP8A 1TXFA 5I59B 1TT1A 1MPBA 1FQAA 1B2HA 3VVEA 3RUMA 3EPEA 3CIJA 1MY4A 4KI0E 3IO4A 1FTMA 1ZMGA 3H3GA 3QSLA 4GRKA 2HAUA 5AA4A 4ONYA 5KCJA 1MQDA 2XX7A 4JSDA 1A54A 3PPOA 2XXWA 3RT6B 3R6UA 3B7DA 3K6UA 4ZE8A 1SD3A 1UQWA 1IEJA 3DM0A 4NF8B 2BJJX 3FXRA 3A09A 3HCQA 2F97A 3KBRA 3GBBA 1EH3A 2DE4A 2XX8A 1ZKBA 1LAFE 4DE8A 2ONRA 1PEBA 4NWDA 1B5IA 4UACA 3H6TA 4F1UA 4GVOA 4PFYA 3IB1A 3U94A 1LGBC 3PPPA 4XTCQ 3E3KA 3T66A 1MXWA 2HXWA 1R9LA 3HSTA 3G3JA 5TPAA 4NF6A 3MAMA 4JDFA 3TYHA 2VHAA 5H8HA 3MC2A 3PMXA 3C32A 2RC9A 1OVBA 1MRPA 1NKXA 4GXSB 4GLIA 1P1UA 3CFXA 1AOVA 1Y1ZA 3PUZE 3U72A 1B7ZA 1KWHA 4M4GA 4OHNA 3VV5A 2DWJA 1PC3A 4U23A 2NWJA 3G3GA 3TMGA 1UTHB 3GZGA 1ZJLA 5M2VA 3T93B 2ESNA 4Z0IA 3EF7A 4R6YA 1NMUA 1NNKA 5CC2A 2UYEA 3USDA 2ZXTA 2Z22A 5AA3A 4G4PA 4RA1A 3IOVA 5JTYA 4JB7A 2DWIA 4QF9A 1JQFA 4NF4B 3KZGA 4G8NA 4JWOA 4EQ9A 3FXUA 2KLFA 3ZS6A 1Y3QA 1ATGA 1URGA 2HZKA 1XS5A 5ICTA 3U92A 4OFOA 4F18A 4ZEFA 3M3FA 4OQOA 1VR5A 1VFEA 1MY3A 3FIRA 4GWOA 1GVCA 4DLDA 1NH7A 4RK9A 1Z7NE 3H6WA 4UA8A 3VLUA 1UIVA 3OELA 4QSCA 3TUSA 1JVXA 2NUVA 3Q26A 4OESA 5FHOA 4FATA 3IORA 1MXUA 1QVSA 1SW1A 1HSEA 4ISUA 1B3LA 3SKPA 5L9MA 1PDAA 3MJNA 3BBRA 1POTA 3LBSA 3V89B 3JZJA 4WEPA 3RPWA 1I69A 1IUDA 1JW4A 1YAEA 3PUXE 1O64A 3KGCA 3OD7A 4NTLA 2F36A 2VD3A 3N6UA 4RNSA 4HCYA 4R73A 4EQ7A 1MQHA 4E0WA 2UVHA 1EU8A 3T9XB 4YB7A 4EF2A 2DSFA 1QUKA 4IO2A 4QSDA 2VGQA 3V8XB 2OZZA 5AA4B 3HV1A 1SW4A 1USYH 5KCJB 1BIYA 4IO4A 2Z8EA 1JEUA 5DEXA 3OSQA 5I57B 1DPEA 3H6VA 3IB2A 4H5FA 4OEUA 1B6HA 4F19A 3I5OA 1B0LA 3O66A 1Y1MA 5BWJA 3AXFA 3KEIA 4H65A 4M1VA 3KN3A 3U8QA 1AL3A 1FW0A 4H0WA 3WAFA 3IJOB 1EZOA 4Q30B 1PBPA 3E9XA 1B4HA 3UA8A 2FA7A 1PB7A 1PBQA 4R75A 5KDTA 4H67A 3TDJA 1MQIA 4C0RA 2O7UA 2D5WA 3SEXA 2ZNSA 1IITA 5TPAB 3LUYA 2PVUA 4NF6B 3IX1A 2RCAA 1IXIA 1M5EA 1I6QA 5HBCA 4ZEBA 2GFEA 4PP0A 5L9SA 1TWYA 3QK6A 5CMBA 4G68B 4KYDA 1JEVA 4I1DA 4EXLA 4LONB 1LCFA 4ZS9A 5F7VA 5FTIA 4FJPA 5K2YA 5I56B 3TZAA 3SEUA 3VXBA 2OWSA 1Y20A 4F3BA 5DT6A 1B46A 4MH5A 5H8FB 1IXGA 4F1YA 4OFJA 2XXTA 3PMWA 3V5AA 4HCWA 1QUIA 4KHZE 2I3WA 4YU0A 1MQJA 2DVCA 2PT2A 2RINA 2CZLA 1H44A 2UVGA 1II5A 3HHFA 1B52A 1P1OA 3LR1A 3PV0E 3H7MA 1GV8A 4MLQA 4GD5A 1FTLA 5DVIA 3P7IA 3HHGA 3TCFA 1IZ1A 5DYHA 1MY1A 4DDDA 3Q25A 4KCCA 4F2QA 1YTVA 4N6PA 1NL5A 2OK2A 3E4RA 2QS2A 5DTBA 1ANFA 4WEDA 5KZTA 2I58A 3O9PA 2NOOA 1URSA 5IKBA 2I4CA 4OYVA 4LP2B 3O6GA 3IJXB 2ABHA 4F22A 5I2NA 3VLVA 1S9TA 4O3AA 2HAVA 3PU5A 4Z7EA 4GOTA 4YKPA 2Q9TA 3ZKKA 3D4GA 3MP6A 4R9FA 1MH4A 2XXPA 3RT8A 4C1TA 2Y7RA 1N84A 3PUVE 2V93A 4FECA 1DSNA 2QS3A 4YMBA 2H25A 1P1QA 2V25A 2ZYOA 3MVYA 3UIFA 4OENA 1VFDA 4JBZA 3MZ1A 4OERA 4BLAA 2PMSA 1SW2A 2DS9A 4GXAA 3CVGA 1N3XA 3SERA 1Q35A 2XX9A 2I6EA 3M3LA 2F5XA 1H3DA 5TU0A 2Q8JA 3TQWA 1VE4A 2GHBA 4KR5A 1DOTA 5KDTB 4XKNA 2P2AA 4EF1A 1MXYA 2V3UA 1LCTA 4GQOA 1D3KA 4R2FA 4TOZA 2F78A 3FV2A 2P0SA 4I8CA 4NWCA 5I57A 3GLBA 1FTKA 5JEIA 4GIZA 4TQUQ 1SDXA 1MH3A 1XHYA 3RTWB 4KCDA 4WKMA 3TELA 3UP9A 3KG2A 1A40A 1FQDA 5AA2D 2HCAA 4KD5A 4ZE9A 4OFLA 3PPRA 3CRBA 4TLLB 2XXRA 1DTZA 2AIXA 4Q5TA 4AQ4A 4THIA 3C33A 3FXQA 1Y3NA 4EUOA 3CFZA 2DE2A 3K00A 2D21A 3ZKLA 4L17A 1S7YA 1ZLQA 2XXIA 1FQEA 2RF1A 4TLMB 2R9JA 4KYSA 2QS1A 2Z8DA 3A3CA 3FVNA 3O6HA 4KPTA 1Z7ME 1B1XA 4G68A 3W9VA 1MXVA 5ELVA 3TFLA 1I6AA 3VVDA 4R74A 3DELB 1GGGA 4QFPA 4YKIA 1B3FA 4ESWA 5EHSA 5FTHA 5I56A 1SQYA 4RY1A 3TAJA 3MBPA 2Y7PA 3PGFA 4JXIA 4F2OA 3O29A 5H8FA 5AA1A 3S9LC 2G93A 4ESXA 3LSWA 3KOTA 5B70A 1N76A 2LAOA 1XVYA 3K6XA 3OO6A 4YKJA 1L5TA 2E1SA 3M8UA 4OZ9A 3IOUA 3KN7A 4U4SA 2VOZA 4O3BA 3MW0A 2QRYA 2I49A 1A99A 5H8SA 4G2ZA 4YMAA 1P1NA 3OEMA 1NNFA 4U22A 2IEEA 5I2NB 2QJEA 2GRVA 1D9YA 1JNFA 3OMBA 4QFOA 2HFBA 5I58A 2GHAA 2O84X 3KSXA 2F6GA 4F3SA 2AL4A 1MQGA 3I3VA 2I48A 1Y9UA 2RCBA 3SETA 5K2XA 2DQVA 1B51A 2DOJA 4P0IA 4PE5B 1PB8A 1MDP1 4JWYA 4R6HA 3RY3A 4ZECA 1S50A 5A5XB 3PD9A 4POWA 4F3GA 1BTJA 3MWBA 1IIWA 4H8JA 4NE4A 2HQ0A 3KFMA 3QAXA 4FEDA 3OXNA 3S4UA 3GXAA 3ZSFA 1R6ZA 3K02A 3PUYE 2DVZA 1Y4CA 3EHSA 1D9VA 3JV9A 3OSRA 2B65A 5AA2A 3GBAA 1FTOA 2O7IA 1EZ9A 3DP4A 2Y7WA 1SI0A 1WVJA 3E13X 2F34A 4G68C 4RPNA 4EXKA 2QSXA 3FJ7A 4DCXA 1SW5A 1QKAA 3FATA 3ECRA 1LAHE 1AH5A 4Q8RA 5H8NA 5ITPA 5EYFA 4XKRA 1N7XA 4HTGA 2ANJA 2V3QA 4F29A 2DWHA 5CMMA 3FVOA 1P1WA 4LQ2A 1DPPA 3FV1A 2X7PA 1CB6A 5DVFA 4G8HA 1F9BA 3OEKA 3T9VA 2QMWA 3EQ1A 4IB2A 3K1NA 1B3HA 1MM7A 5I84A 5IAIA 2UYFA 3CG1A 3IR1A 3C4MA 5ISUA 1B9JA 4H1XA 5TP9B 2OJTA 1I6BA 4POXA 2I0BA 2THIA 4O3CA 4R2BA 3IO6A 3BFTA 2P1SA 1AIVA 3PPQA 3KSJA 4IGTA 3TTRA 4U1OA 3EHTA 1ZU0A 2Q89A 3CSGA 2GH9A 3CR9A 3K6WA 3IK6B 3B6TA 1MG1A 3ONMA 1XOCA 1B7UA 2QL3A 2RC7A 3FD3A 3T96B 1ELJA 3D4CA 2AL5A 3FZVA 4EQBA 3SESA 4YAHX 4LQ5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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