3PPOA

Structures of the substrate-binding protein provide insights into the multiple compatible solutes binding specificities of bacillus subtilis abc transporter opuc
Total Genus 99
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
99
sequence length
272
structure length
272
Chain Sequence
DTIKIGAQSMTESEIVANMIAQLIEHDTDLNTALVKNLGSNYVQHQAMLGGDIDISATRYSGTDLTSTLGKEAEKDPKKALNIVQNEFQKRFSYKWFDSYGFDNTYAFTVTKKFAEKEHINTVSDLKKNASQYKLGVDNAWLKRKGDGYKGFVSTYGFEFGTTYPMQIGLVYDAVKNGKMDAVLAYSTDGRIKAYDLKILKDDKRFFPPYDCSPVIPEKVLKEHPELEGVINKLIGQIDTETMQELNYEVDGKLKEPSVVAKEFLEKHHYFD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structures of the substrate-binding protein provide insights into the multiple compatible solute binding specificities of the Bacillus subtilis ABC transporter OpuC
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glycine betaine/carnitine/choline-binding protein
molecule tags Transport protein
source organism Bacillus subtilis
total genus 99
structure length 272
sequence length 272
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-11-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04069 OpuAC Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ppoA01
3.40.190.120 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Osmoprotection protein (prox); domain 2 3ppoA02
3AXFA 1PBQA 2DVZA 3SEVA 1A8EA 1MY3A 4YB6A 4KPTA 4ISUA 1I6BA 5CC2A 3T9VA 1LGBC 1ZIUA 1B3LA 1B5HA 1T0KA 1LFGA 3B6QA 3IOUA 1A40A 5HM4B 4RPOA 4ESWA 1XVXA 4AB5A 4Z7EA 1Y3NA 3TELA 2F5XA 2B3BA 2RCAA 1FTMA 4NF4B 4XKPA 4GQOA 4HS7A 2I0CA 2GRVA 3HN0A 2XXYA 2Z23A 4XIGQ 4KR5A 5KCJB 3IB0A 3D4CA 4YZZA 5DVFA 4NTLA 3C9HA 2GHAA 4ND9A 1B3HA 3W9VA 3FJGA 3PPPA 4R6KA 2H98A 4EDPA 3PD9A 1SQYA 2OBGA 4DCXA 2OZZA 4PFUA 2V3QA 3MP8A 4FAJA 1DPEA 1UTHA 4JWYA 3E9XA 5F1QA 5TP9A 1B46A 3O6IA 3FUZA 4YKKA 5I57B 3KEIA 3N6TA 4GFRA 1POTA 2V3TA 4DXUA 1FQEA 4IO7A 3RNNA 1N3XA 5I56A 1SI0A 3DELB 1D3KA 3MAMA 5JEIA 4MLQA 4F31B 4LONB 1UIUA 2F78A 3MZ1A 5A5XB 3OO6A 3Q29A 4POWA 2R71A 2XD2A 2GFEA 4MFIA 2RC9A 1QUIA 1Z7NE 1CB6A 4GL0A 2FNCA 3H6TA 1OQGA 1N76A 4IGTA 4U23A 3RLFE 4R73A 4KCDA 2BJJX 4N07A 3B6WA 1OQHA 3HHFA 5CMBA 5CRYA 2O69A 1B5IA 5EHSA 4BDLA 1IXGA 4RK2A 1B9JA 3LSFB 3FVNA 3VLVA 2PBWA 2PT1A 4NF8A 3UGWA 1FTKA 5CI5A 1NKXA 4F2OA 1B58A 4JBZA 4LUBA 1URSA 1NMUA 1TFAA 3VFJA 4NF5A 2H4IA 1BP5A 3SDFA 5K2YA 3BFUA 3EHTA 1FQAA 3H6VA 4AB6A 2DWJA 3FD3A 1MQDA 1LBCA 3FJ7A 3CSBA 3MBPA 3OD7A 1A7LA 1B7UA 5M2VA 2NOOA 5CMCA 3EHUA 2ABHA 1CE2A 3G7WA 2QS1A 3ILUB 1URDA 4GF8A 1UTHB 3CFLA 2I4CA 2LAOA 3QYTA 4M4GA 3JV9A 1MXYA 3A3UA 1EU8A 3TTLA 4WKMA 3FXQA 2H99A 3HV1A 4OMBA 1R9QA 1H3DA 3MW0A 4QSEA 3IL1B 2WKYA 3MUQA 2PYYA 4FATA 1O7TA 1LB8A 1SVXB 3KJ7A 4UA8A 3H7MA 5I56B 1DTZA 3CG3A 3UIFA 4JWOA 2XX8A 2RC8A 4ELQA 2F7CA 4AQ4A 1YCJA 1WVJA 1PB7A 4R72A 3K4UA 2DE3A 1VFDA 2R6GE 4YKJA 3VVEA 4ZEDA 1LAXA 2QS2A 4H5FA 4RY1A 1TWYA 4MH5A 2FYIA 3KZGA 3RN8A 3RTWB 5FHNA 3C31A 1JVYA 4EUOA 2AIXA 3OSQA 4KYSA 3DP8A 4JXIA 1A55A 3SEYA 3ILTB 2RKMA 2FA7A 3RY3A 4IY5A 5I59A 4NF8B 3DP6A 3LUYA 3V83A 1MRPA 1B7HA 4F1YA 1HSJA 3FATA 5AA2A 4YAHX 1RYOA 5H8FA 4NF5B 2P2AA 1IZ1A 3K1PA 3RQTA 5AA3A 2Z8DA 1IITA 1ZLQA 3SETA 1SI1A 4H1XA 3R6UA 3TPAA 1A54A 5ICTA 3VE1B 3UORA 5L9OA 2DS9A 4F39A 3MQ9A 2P0SA 4GIZA 2RCBA 4F1VA 1B2HA 1II5A 2OJTA 3K6WA 3S9NC 4TLMB 2VP1A 5JTYA 1B3FA 1GGGA 4ELOA 1A99A 3CSGA 4X1DA 3SEXA 3IORA 1MQHA 3T96B 1H44A 1AL3A 1ATGA 3KOTA 2Z8FA 1OVBA 3FV1A 3OEKA 1B4ZA 5TU0A 1MXXA 2H9BA 1JVXA 3VXCA 4DCYA 2Q8JA 3FIRA 2VGQA 2ANJA 2OCUA 5IAIA 1SYHA 3E13X 3U94A 2HXWA 3S9LC 5DEXA 3IJOB 2DE4A 2HFBA 4RXLA 2DYXA 1GV8A 3VDFA 2HCAA 5J1DA 1IUDA 3FV2A 2XXIA 1B32A 4U1ZA 2G29A 1NFTA 2O7IA 4G68C 1N3WA 4PFWA 1MXWA 5CBRA 4ZEKA 3T9XB 3TQLA 1M5CA 3K1NA 1B05A 3BBRA 1NH7A 5H8NA 1NNKA 3N94A 3OXNA 2VD2A 5I59B 4LATA 2E0SA 3C35A 3Q25A 3E3KA 3MZ9A 5AA2B 1Q35A 1TXFA 1LFHA 4BDOA 3VVFA 5H8FB 4IB2A 2OLBA 4LVQA 5DYHA 4F2QA 3O28A 3G3FA 2I3VA 3SKPA 1A8FA 3QXMA 3O66A 1DMBA 4XKNA 1D4NA 2A5TA 4LZ7A 1B51A 4MF3A 1H43A 3C4MA 2CMOA 2CZLA 2DWHA 2E1SA 4H65A 3G3HA 1MY1A 2QPQA 2UVHA 3OENA 2X7PA 4YB5A 4ELRA 1P1NA 2ONRA 1MH3A 2I48A 5EYFA 3U8QA 2YJPA 1UQWA 1FTJA 1PDAA 1TT1A 2I49A 3IO6A 3IR1A 4EQBA 4GXAA 3G3KA 2O68A 2HEUA 4G77A 3A09A 5ITPA 3UP9A 2UYFA 5DEXB 3FASA 1RYXA 4GL8A 4GRKA 2DXYA 3T22A 2O7UA 5KDTA 2VHAA 2ZYKA 3K1MA 4NEDA 4QFKA 1S7YA 1LB9A 1JW1A 4NWCA 2F6PA 3MC2A 5AE4A 2XXRA 3TTRA 3O97A 1GVCA 3QSLA 1B5JA 1ZMGA 1MY4A 4JWXA 1LAGE 3PUXE 3EF7A 3EHSA 1BTJA 1UIVA 1QJMA 3H06B 5H8NB 4U22A 1B7ZA 1XOCA 2F8DA 4ZE8A 1MY2A 3C33A 4ESXA 1UTBA 1NNTA 4Q8RA 4YU0A 4OZ9A 1D9VA 3KFMA 5CBSA 2O84X 3O9PA 4PE5B 3VLWA 2V93A 4QFLA 3LSLA 3KN3A 1TFDA 1PEBA 5ICQA 4RA1A 3SESA 4PFTA 1IIWA 4WEPA 3G3IA 2A5TB 2D5WA 1B4HA 4DLDA 2Y7WA 2ZYOA 2ZXTA 3MVXA 2DOJA 1LSTA 2Y7IA 2Y7PA 3THIA 4R6YA 3S2VA 4C1TA 5L9MA 3KBRA 1PC3A 1Y1MA 4ECFA 2PMSA 4R2BA 5DVJA 3OMBA 4G4PA 3USDA 1M5FA 2IA4A 3PPQA 1SW1A 3MVYA 3KOSA 5FHOA 1N84A 3K00A 1FTLA 1R9LA 1IEJA 5ISUA 1JW5A 1LAHE 4EXLA 2Z22A 5KDTB 3PUWE 1FQDA 3I5OA 2O51A 5HBCA 1DTGA 2F34A 2H5YA 2I58A 3U92A 4ZZEA 5CM6A 2XXPA 5JK4A 2B3FA 3K2DA 2Q9TA 3Q26A 3PGFA 1BKAA 4R9GA 4OTEA 3FVOA 5HPQA 3HCQA 5BWJA 1O64A 2DQVA 1ZJLA 4OVJA 4F3BA 1EH3A 2QMWA 3GXAA 3UA8A 4F19A 3CI8A 4JDFA 4R9FA 3K01A 3V5AA 3K0VA 1QKBA 3QIMA 3MP1A 3TUSA 4FECA 2XX7A 1Z7ME 1UTBB 3TTKA 4KHZE 4WXJA 3TAJA 4N6PA 4Q0CA 4IO3A 2ONSA 4OETA 3RTFB 1ZBMA 3IOVA 4NF6A 4ZEIA 2DP8A 3C34A 1EZPA 1ZKBA 3LSWA 4Z0IA 3N5LA 1KWHA 4O3BA 5L9SA 2AYSA 4XTCQ 1DPPA 1USYH 1RKMA 1FW0A 3K6UA 2NVUB 2OWSA 2RINA 3MPKA 3RT6B 3VLUA 2PT2A 1URGA 2XXQA 1IQ7A 4FE8A 1Y9UA 2Q89A 4DXCA 4FEBA 2I4BA 2DXRA 3HPIA 3S4UA 4IGRA 1VE4A 4XKQA 3KN8A 1WDNA 1PBPA 4RNSA 4FORA 4ONYA 4F29A 1B0LA 2O1LA 3F11A 3EPEA 4G8NA 5I84A 1B52A 3GLBA 3T9UA 1JNFA 1N0TA 2XHDA 5B70A 3H03A 3CVGA 4BDMA 1NNFA 5DTBA 4LQ5A 1D9YA 4G68A 4DIGA 4WEDA 2REJA 1POY1 1AMFA 1PB8A 1NL5A 2PVUA 2D3IA 3IB1A 4YB7A 1MM6A 3OELA 3PPRA 2PX1A 4P11A 4ZECA 1MXVA 3EN3A 1J1NA 1SW2A 1XVYA 4RJZA 1Y4CA 4DE8A 3QUJA 1P99A 3BFTA 2XXVA 2GH9A 4PP0A 4LP2B 3W9WA 4RK9A 4IO2A 2I0BA 4H0WA 1SYIA 3ZKKA 1Y1ZA 4KQPA 4NF6B 3FVGA 3RGYA 1QVSA 3GBAA 2HAUA 4EQ7A 3CIJA 4HCYA 3N6UA 3DM0A 2I3WA 3SEUA 4LZ8A 2XXHA 1LAFE 2F6GA 3TTMA 1R1NA 4U4SA 2A5SA 2OK2A 4OERA 4TOZA 4E0WA 2R9JA 2X7QA 3HHGA 1R6ZA 1LCFA 3RT8A 5FHMA 3QK6A 1WODA 2IEEA 2OWTA 1BLFA 1MXZA 3QAXA 3U1OA 4QHQA 4PQJA 2X26A 3OO7A 2D21A 3TFLA 5I2NA 2Y7RA 1M5BA 4H67A 3KGCA 3TEPA 4JB7A 1QKAA 3M3FA 3CR9A 2QS3A 4I9DA 2HZKA 3R26A 4HW8A 3Q28A 4G68B 2YLNA 3TZAA 4GWOA 2ZNSA 4EXKA 1FCKA 3PPOA 3OO8A 1EZOA 4F3SA 4QSDA 2NXOA 1IXCA 3PD8A 3TDJA 4TQUQ 4QRZA 3T66A 3MP6A 4IO6A 4EF1A 2UVGA 4DZ1A 3UN6A 5TPAB 4G8HA 2RF1A 3U72A 3C36A 3KG2A 3H3GA 4GD5A 5ITOA 2DSFA 3IOTA 4XKRA 4P0IA 4QFNA 3O29A 4K3FA 4F3GA 2F97A 4IY6A 1GR2A 2Y84A 4X48A 3ZKLA 1MM7A 2XXXA 1P1UA 4EQ9A 2DWIA 5AA1A 2THIA 1MH4A 3GZGA 3G3GA 4GXSB 4KD5A 3PUYE 3DP4A 4YMAA 1P1QA 3PPNA 1US4A 1H45A 4F18A 4LZ5A 3SEWA 4ZEBA 4GOTA 2ONKE 5AA2D 3FXRA 3RUMA 3FZVA 2Q88A 4ZS9A 2AL5A 1MQGA 4R74A 5FTIA 2M8CA 1LBBA 1EZ9A 1AOVA 1MQIA 5I2NB 1SBPA 3OSRA 3WAFA 1N7XA 4NMYA 3S9EA 3H6UA 4OFOA 3PV0E 5K2XA 3SERA 5IKBA 2DWAA 5KZTA 1JW4A 1B3GA 3VV5A 2DVCA 1B6HA 3I6VA 4JSOA 4X9TA 4C0RA 3A3CA 3KJTA 5EHMA 1IXHA 3MVZA 1OLAA 3PMWA 1F9BA 1B1HA 5I58A 1Q1KA 4FJPA 4BDNA 4O3AA 1AIVA 4R6HA 4QF9A 3W15C 2ZMBA 4XXUA 1YPNA 4X1BA 4BLAA 1SW4A 4YMBA 1LFIA 1I6AA 1OLCA 3TCFA 1VFEA 2UXAA 2QMXA 1S50A 4IO4A 4YKPA 1P1WA 4EF2A 2O6AA 3ODBA 3B7DA 4H6DA 1N04A 4KYDA 1JEUA 1QULA 3IAZA 4F3PA 4PFYA 5AA4A 3O2AA 4F1UA 5I2KA 3PMXA 4I62A 5ELVA 2F35A 3TTNA 4U1OA 3CG1A 2GHBA 3KSJA 3I3VA 4L17A 3M3KA 1MDP1 4OQOA 3VVDA 3OOAA 3HSTA 2XX9A 3G3JA 3FGSA 1L5TA 1NNPA 4F22A 3MVWA 4U2RA 3H4ZA 1DSNA 1XS5A 4MBPA 3UK4A 3FVKA 3IB2A 2QSXA 4NE4A 4O3CA 2Z8EA 3RPWA 4C1UA 1BIYA 3GBBA 3LSXA 5BUUA 2HQ0A 2ZYMA 3PU5A 4E0XA 4YICA 1LLSA 5H8QA 5LOMA 2UVIA 3L6GA 3KSXA 4OFLA 2ZNUA 4POXA 2VD3A 1MPCA 4OEVA 2NUVA 4GVOA 5DT6A 2QS4A 4NWDA 4QFPA 3M8UA 3JYRA 2O1MA 4I1DA 3V89B 1IXIA 2QRYA 1S9TA 3TCHA 4R2FA 4RPNA 4THIA 4ZE9A 4G8MA 3HO7A 3K02A 1Y3QA 1O63A 2H25A 1SDXA 5TP9B 1ZU0A 4U21A 5I58B 1B3EA 4LQ2A 1XHYA 2Q2CA 4P0GA 3ECRA 2HZLA 3T9HB 3TMGA 1H76A 3K6XA 4IO5A 4ZDMA 3L6HA 2P1SA 2ESNA 2ALUA 4H8IA 2XD3A 5CMKA 3JZJA 3QUFA 5AA4B 1LCTA 5I2KB 4LA9A 4H8JA 1QUKA 2REGA 2DE2A 3OEMA 3BKIB 3FXUA 4UACA 1JETA 1PB9A 4N13A 3MWBA 4FEDA 1N7WA 3CFZA 3P7IA 4KI0E 4OWDA 4Q5TA 3CRBA 1JQFA 2V25A 2ZYNA 4OHNA 3T93B 1XC1A 1AH5A 3LC8A 1DOTA 4OFJA 1YTVA 4JSDA 4YKIA 1MG1A 2V84A 1QW0A 1Y4TA 1US5A 3TKDA 1B0HA 2KLFA 3LR1A 3PUVE 5H8HA 3D4GA 1ANFA 5H8QB 1QUJA 2G93A 1OIBA 1GTKA 3Q27A 3TCGA 4HTGA 3ZSFA 4OEUA 1MDQA 3MJNA 1USYE 4DXBA 2XXWA 2F7BA 4PETA 2F36A 3U93A 4KYEA 1M5DA 1FQFA 4ZZAA 5TPAA 3TODA 2RC7A 3EQ1A 4KFQA 2XXTA 1NH8A 2YPNA 1B1XA 4M1VA 1MPDA 1I6QA 3ZS6A 3H6WA 3B6TA 1JEVA 4DDDA 1FQBA 1HSLA 1MS7A 3OO9A 1MXUA 4OESA 3TQWA 3S9MC 3C32A 1VSOA 2Q2AA 3TYHA 4MLVA 1ZTYA 4GLIA 2W7YA 2UVJA 4BDRA 1FQCA 2ZNTA 4NF4A 3R7XA 1I69A 2QJEA 5DVIA 4ELPA 1HSEA 4QFOA 5KCJA 2UYEA 3M3LA 4G2ZA 1YAEA 4R75A 4FIMA 3MPLA 1MPBA 3CFXA 3IK6B 3PMVA 4OENA 3IOWA 5B7DA 3V8XB 4KCCA 2Y7KA 3KN7A 4BDQA 4QSCA 3N26A 4H5GA 1MQJA 1OMPA 1Y20A 3FJMA 1VR5A 3PUZE 3ONMA 1P1OA 2VOZA 3IJXB 1SD3A 2NWJA 4OXVA 2V3UA 2HAVA 5H8HB 4Q30B 1FTOA 3WAEA 3IX1A 5L8DA 5FTHA 1OVTA 4HCWA 1ELJA 5I57A 2F7AA 4I8CA 5F7VA 2AL4A 3O6GA 1SW5A 4TLLB 5H8SA 3E4RA 1XT8A 3IO4A 3DLNA 1M5EA 1MY0A 1B40A 2XXUA 2QL3A 5CMMA 3VXBA 3O6HA 4ZEFA 5A5XA 2I6EA 4U4XA 4RYAA 1Y3PA 3MZBA 3K6VA 2B65A 5JTYB 3LBSA 4OYVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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