3PPOA

Structures of the substrate-binding protein provide insights into the multiple compatible solutes binding specificities of bacillus subtilis abc transporter opuc
Total Genus 99
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
99
sequence length
272
structure length
272
Chain Sequence
DTIKIGAQSMTESEIVANMIAQLIEHDTDLNTALVKNLGSNYVQHQAMLGGDIDISATRYSGTDLTSTLGKEAEKDPKKALNIVQNEFQKRFSYKWFDSYGFDNTYAFTVTKKFAEKEHINTVSDLKKNASQYKLGVDNAWLKRKGDGYKGFVSTYGFEFGTTYPMQIGLVYDAVKNGKMDAVLAYSTDGRIKAYDLKILKDDKRFFPPYDCSPVIPEKVLKEHPELEGVINKLIGQIDTETMQELNYEVDGKLKEPSVVAKEFLEKHHYFD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structures of the substrate-binding protein provide insights into the multiple compatible solute binding specificities of the Bacillus subtilis ABC transporter OpuC
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Bacillus subtilis
molecule keywords Glycine betaine/carnitine/choline-binding protein
total genus 99
structure length 272
sequence length 272
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-11-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04069 OpuAC Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ppoA01
3.40.190.120 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Osmoprotection protein (prox); domain 2 3ppoA02
3N6UA 1FQCA 5TPAA 4E0XA 3G7WA 2NOOA 3USDA 5ICTA 4QHQA 1DOTA 1DPPA 4F3GA 2UVJA 5TPAB 1A40A 1VE4A 1ZTYA 3B6TA 2V3UA 1N0TA 3EN3A 1ZLQA 1Y3NA 2VP1A 3H06B 2I48A 2QL3A 3HHFA 3FXQA 4ECFA 5H8HA 2Q88A 1EZ9A 3ZKLA 3V5AA 3RPWA 4F3SA 2D3IA 2F8DA 4RPNA 4ESWA 3LSXA 1H43A 3PUWE 4PFWA 3VVFA 3MZ1A 1IIWA 3W9VA 4R75A 1B32A 5TU0A 3MVXA 3CI8A 1B5HA 1ELJA 3JYRA 1P1OA 4PETA 4U22A 5IKBA 1AIVA 4M1VA 3MQ9A 2ONRA 2ALUA 4LZ7A 4U1OA 5K2YA 4RJZA 3CFZA 2F78A 5CMMA 3OEKA 4NWDA 1USYE 5ICQA 2OZZA 3DP4A 1URGA 3OO9A 4ZEBA 3O28A 2HFBA 4FECA 2RC7A 1VSOA 4GLIA 4OMBA 3OO7A 1XOCA 4R74A 3IO4A 3FJGA 2ZMBA 4EUOA 2DE2A 4OESA 3C34A 3MP6A 5DT6A 1M5FA 4BDRA 5KCJB 4OXVA 3H03A 2HEUA 4DE8A 2NVUB 2O1MA 1B4HA 4QRZA 3UA8A 5AA1A 2O6AA 5I2KA 5FTHA 1VR5A 4QFNA 2G29A 2GH9A 4YKIA 4M4GA 4ZS9A 3PD8A 4HCWA 2ZNUA 2OLBA 3TZAA 3C33A 4DZ1A 1D9YA 3KJTA 1MY4A 2UYEA 3IK6B 3UORA 4NEDA 4H8JA 1FTLA 4LATA 4MF3A 3MAMA 4IO5A 3BBRA 2DOJA 5ISUA 1JNFA 3MZ9A 3O6HA 2OK2A 1M5DA 1MQGA 3RLFE 2Q9TA 1IXHA 2Z8DA 1BKAA 4MLVA 5L9SA 1QW0A 4ZEIA 1MXVA 2O7IA 3K6UA 1PC3A 4KFQA 4G68A 3VLVA 5BWJA 2I49A 2XXTA 4G2ZA 3PGFA 4BDNA 1NKXA 4YKJA 1ANFA 1B3FA 2RCAA 4G68B 4I1DA 3FJMA 1JVXA 1XT8A 2KLFA 4ZZAA 3I5OA 3K02A 4NF8B 1LFHA 5EYFA 3G3GA 4R9FA 1Y3PA 1SW2A 3TTMA 4FEDA 3IJXB 3RT8A 3L6GA 3H7MA 4GQOA 3OELA 1IXCA 3U1OA 4TLMB 3T96B 4QFKA 5DVIA 1IQ7A 4R6HA 2PT2A 3IOWA 4KCCA 2HQ0A 4EF1A 4F1VA 3GBBA 3L6HA 4F18A 4C1TA 4P0IA 5CMBA 4G4PA 1YPNA 2Q2AA 1FQFA 1LGBC 2Z23A 3V89B 1M5EA 3GXAA 3TTNA 3RGYA 4XKQA 4JDFA 3K4UA 1UQWA 1NMUA 2QSXA 3I3VA 3Q29A 1HSLA 3K2DA 3WAFA 2D5WA 1B52A 1N04A 4DXUA 1B1HA 1Y3QA 2H25A 5KDTA 3G3JA 4FEBA 4TOZA 2IA4A 3D4GA 2YPNA 4OVJA 3QIMA 4WKMA 5KDTB 2X7QA 2F97A 3KG2A 4KYSA 1IITA 3FGSA 3G3KA 4EQBA 4R6YA 4ND9A 2QJEA 4GRKA 3K0VA 2LAOA 3SERA 1SI0A 1UIUA 2Q2CA 1B51A 3QK6A 1B3GA 4QSEA 3CFLA 5I56A 3Q26A 3K00A 3MZBA 5HPQA 3W15C 2R71A 2GFEA 1PB7A 4ISUA 4KPTA 1JETA 3PPQA 3RQTA 2REGA 3DP8A 4NE4A 5AA3A 3IB0A 4QFLA 4OENA 1OMPA 2PBWA 3CG1A 1XC1A 4U21A 2ZYOA 1OQHA 5JK4A 1L5TA 3MPKA 3T9HB 1D4NA 1AMFA 3LSWA 2PVUA 4XTCQ 1B3EA 5EHSA 4F3BA 4P11A 1N84A 1JEVA 1CE2A 2RINA 2ONSA 1BIYA 4I8CA 5TP9A 1JEUA 4LP2B 1O64A 1DMBA 4PP0A 4IY6A 3FV1A 4U2RA 5CM6A 1SW1A 1FTMA 5L8DA 4K3FA 1Y20A 4POXA 4G8HA 3C35A 2FYIA 4XKPA 4N13A 3Q27A 4AQ4A 1B7ZA 1FW0A 3H6TA 4FIMA 1LCTA 4IO3A 5CMCA 2DXYA 4QSDA 3ZSFA 1SVXB 1N7XA 3VVEA 3VFJA 2XXIA 4QFPA 5I2NA 3T9VA 1SW4A 4NWCA 4KCDA 1LAGE 2QPQA 1OLAA 3T22A 1ZJLA 3C32A 5I2NB 1TT1A 4OERA 4JWOA 4GOTA 4OHNA 3VVDA 5AA4A 2V3QA 4GL0A 2ZNSA 1SBPA 4U4XA 3ILTB 3IL1B 2VOZA 1LFIA 1LSTA 5AA4B 4DIGA 3TUSA 2F7CA 5HM4B 1I6BA 4RPOA 2O84X 2V25A 4ZDMA 4GD5A 4E0WA 3OEMA 3KFMA 1QUJA 4PFYA 2AL4A 2BJJX 2REJA 4WEDA 2UVIA 3PUXE 5JTYA 3K6VA 1URDA 4JWXA 1US4A 3Q28A 3CVGA 1POTA 1SYIA 5JTYB 3A3CA 1MM6A 3LR1A 4IO6A 5H8HB 2F36A 1Z7ME 3M3LA 2X7PA 1SQYA 1B58A 4GXAA 3ONMA 4GXSB 4YICA 4H0WA 4PFUA 2XX7A 1A7LA 3ZKKA 2DE3A 3CRBA 4Q30B 3K01A 3G3HA 3H4ZA 4YB6A 4I9DA 1H76A 2Q8JA 3JV9A 4MFIA 1OIBA 5ITPA 2VD2A 4ELQA 4KYEA 3TEPA 3FUZA 4DXBA 1YAEA 4G77A 2DWIA 3CSBA 3FVNA 3O29A 3Q25A 4ZECA 5J1DA 3UGWA 1MY1A 1A54A 3GBAA 2RC9A 5M2VA 4BLAA 4FATA 2O69A 3MJNA 2GRVA 2FA7A 2F6GA 3GZGA 2R9JA 4R2BA 3S2VA 1Y1ZA 2DVZA 2B65A 2VGQA 4IO7A 1ZKBA 4THIA 2NWJA 3U92A 5I2KB 4F19A 5FHOA 4R9GA 4H65A 1UTHA 3D4CA 2DWAA 2B3BA 4H5FA 3IOTA 1EH3A 1UTHB 4DCXA 2XXVA 1XHYA 4HS7A 2I3WA 3K1MA 1P1QA 1N3XA 3EHUA 2OWSA 1LB9A 1SI1A 5CBRA 4AB6A 1JW5A 1N7WA 1BLFA 3KEIA 3SDFA 3FXRA 2THIA 3FASA 1Y4CA 3TODA 3KZGA 1PBQA 1H44A 3QYTA 1S50A 1NH8A 4RNSA 1B4ZA 1FTKA 2XXQA 3IB1A 1MXUA 4H67A 2ESNA 3O2AA 3RNNA 1NNTA 4HTGA 4F22A 4YB5A 2WKYA 3FXUA 2P0SA 5JEIA 5AA2A 1FTJA 1D9VA 4O3AA 2DYXA 5I59A 1LBBA 3S4UA 4ZEDA 1IUDA 1OVTA 3BFTA 5I59B 4FE8A 4NTLA 4FORA 4RA1A 4MLQA 3CG3A 4OEUA 5CRYA 2Y84A 2G93A 4RY1A 1GGGA 2IEEA 4U23A 5AE4A 3EQ1A 1ZBMA 4Q5TA 1MY2A 5HBCA 3MPLA 3PPRA 4NF6A 3LUYA 3SKPA 1WODA 1QJMA 2I6EA 4IO4A 3TQLA 4F2QA 2PMSA 2HXWA 4NF6B 3E4RA 1QUKA 3HSTA 3IX1A 4ZEFA 1H45A 3QUJA 1I69A 1A8EA 4FAJA 4DXCA 5H8NA 4MH5A 3SEXA 4Q8RA 4NF5A 3VLUA 1Q35A 1B0LA 5H8NB 2DE4A 4EQ9A 1IXIA 2I4CA 3A3UA 4ELRA 4RXLA 2F7BA 4U1ZA 5H8QA 3PU5A 4XXUA 3VV5A 1GTKA 2RF1A 5H8QB 1A8FA 1BP5A 2ZYKA 4QSCA 3UK4A 3MBPA 1S9TA 2R6GE 5DEXA 3VDFA 5CMKA 1US5A 2XD2A 3OD7A 3RUMA 3LSFB 3U72A 1AL3A 1ZIUA 5IAIA 3IB2A 4ELPA 5H8SA 2OJTA 3N6TA 2Y7IA 4H8IA 1NL5A 3IOVA 3N94A 2F7AA 1R9QA 4G68C 1MQJA 4YMAA 2RCBA 3HV1A 1JQFA 4BDQA 1B0HA 4GWOA 2A5SA 3IOUA 1Y9UA 2E0SA 1LFGA 5I56B 4XIGQ 4OYVA 3RT6B 2RC8A 2O7UA 2UYFA 3QSLA 2VD3A 1FQBA 3FV2A 3I6VA 2Z8FA 2HCAA 3GLBA 3KOTA 3E9XA 4ESXA 2XXUA 4RK9A 1TFDA 3LC8A 4MBPA 4BDMA 4DCYA 2FNCA 3THIA 3R26A 3QXMA 2F34A 5LOMA 4F39A 3TTRA 3IAZA 1RYOA 3UP9A 1N76A 3B6QA 3VXCA 4LQ2A 5ITOA 1SD3A 3K1NA 1M5CA 1MXWA 4F1UA 2I4BA 4NF4A 3IO6A 3JZJA 4DDDA 3H3GA 4YU0A 1VFDA 1QVSA 1O63A 4NF4B 4LONB 1B40A 3KN7A 4IGTA 3ODBA 1PBPA 1TFAA 1LAXA 3HPIA 5TP9B 3N5LA 3T9XB 4H6DA 1VFEA 2XX9A 4LVQA 2H4IA 3V83A 3HN0A 1GR2A 3MVWA 3IR1A 3KOSA 4QF9A 2GHBA 2QS3A 1FQAA 2Y7RA 4X48A 3KGCA 2XXXA 1RKMA 1MXZA 4RK2A 4F2OA 1S7YA 4F31B 4OQOA 3IJOB 3KSJA 2HZKA 3K6XA 4HW8A 2QRYA 5EHMA 3TTKA 3PUZE 5L9MA 3B7DA 1IXGA 3FATA 4X9TA 3FVGA 3DELB 4QFOA 3FVKA 3PUYE 1UTBA 2XHDA 2D21A 1MXYA 3ECRA 3TPAA 2A5TA 1OVBA 3BKIB 3TAJA 4JB7A 1D3KA 3M8UA 1MM7A 3ILUB 1IZ1A 3T66A 1F9BA 1ZU0A 1YCJA 3S9MC 1UTBB 3VLWA 1HSEA 2A5TB 4OTEA 4IB2A 1DTZA 5I58A 1R9LA 4XKNA 2GHAA 1MDQA 1B46A 4UA8A 5H8FA 4O3BA 1B7UA 3DM0A 4PQJA 5H8FB 3MUQA 2E1SA 1I6QA 3DP6A 4LUBA 3M3KA 4KQPA 4PFTA 3PUVE 2OWTA 3DLNA 4LQ5A 4OZ9A 1NFTA 2V3TA 1PB8A 4KHZE 3MW0A 1B1XA 4EF2A 3TYHA 3S9LC 1Y1MA 3K1PA 4N07A 4ZE9A 3CFXA 3PPPA 2O1LA 2M8CA 4R6KA 3PPOA 4LA9A 1MH4A 4C1UA 3M3FA 1O7TA 2Y7PA 4GFRA 4LZ5A 5B70A 4EXLA 3MVYA 2ZYNA 2Y7WA 4RYAA 1B3HA 4H5GA 4WXJA 3KSXA 4JBZA 1HSJA 2I0CA 3MC2A 3RY3A 4YMBA 1DTGA 1B5IA 1GVCA 5I57A 3O97A 3C36A 1NNFA 3O6IA 1ZMGA 2QS2A 3OO6A 3TFLA 3U8QA 5I57B 1FQEA 1N3WA 3H6VA 1T0KA 1Y4TA 3OSQA 5KZTA 1Z7NE 2DVCA 3R7XA 3R6UA 3HCQA 3FZVA 3U94A 4YAHX 4GIZA 1MPBA 3S9EA 1R1NA 3B6WA 5KCJA 3P7IA 3SESA 1WDNA 3VXBA 1QKBA 3OO8A 2NUVA 3FJ7A 3PMXA 2DP8A 4TLLB 3UN6A 4OFOA 1II5A 2P1SA 1FQDA 2O68A 2CZLA 3MVZA 1B2HA 2PT1A 2Y7KA 1TWYA 3WAEA 5K2XA 3E13X 2CMOA 3OXNA 3H6WA 2F5XA 2O51A 2OCUA 1WVJA 1LCFA 2H98A 3KN3A 3MP1A 2F35A 3LBSA 2Z8EA 5FTIA 4ZEKA 2ZXTA 3V8XB 1LAFE 2ZNTA 1B9JA 4ELOA 4I62A 1MQHA 2Z22A 3C31A 3KBRA 4O3CA 4OFLA 1JW1A 2I3VA 3O66A 3SEVA 3UIFA 2UXAA 1MPDA 4Q0CA 1B5JA 2XXWA 3CIJA 2ZYMA 1MDP1 4HCYA 1A55A 1PEBA 3F11A 4JXIA 2V93A 5F1QA 4P0GA 3HHGA 3OMBA 3SEUA 4OWDA 1ATGA 4KD5A 4IY5A 1R6ZA 3AXFA 3VE1B 5AA2B 4UACA 3PMVA 4ZZEA 2XXPA 4NF8A 2I58A 4R2FA 2OBGA 2RKMA 4ZE8A 1CB6A 1B6HA 5DYHA 1JVYA 4FJPA 1B3LA 3G3IA 3KN8A 1QUIA 1PDAA 3TELA 4YKKA 1SW5A 2PYYA 1LAHE 4IGRA 4F1YA 4X1DA 4EQ7A 4F3PA 5CC2A 3T93B 3TMGA 1MRPA 2QS1A 1I6AA 1GV8A 1USYH 3MP8A 3PD9A 1YTVA 3PMWA 4WEPA 3K6WA 4NF5B 3EHSA 2QMWA 4JSOA 5DVFA 3TDJA 1P1WA 3OSRA 1H3DA 1MXXA 2HZLA 1EZPA 4GF8A 5DVJA 4AB5A 5A5XA 2XXYA 2DWHA 3OOAA 4OFJA 2H99A 4EDPA 1NH7A 2HAVA 1TXFA 3TCHA 4Z7EA 5A5XB 4YKPA 1B7HA 4YB7A 2PX1A 1LB8A 3RTFB 2DXRA 4F29A 3TKDA 5DEXB 5CI5A 4N6PA 4NMYA 1SYHA 2QMXA 4KYDA 3PV0E 5FHNA 3PPNA 4LZ8A 3EHTA 3OENA 4YZZA 1A99A 3T9UA 4R73A 3TTLA 1OLCA 3FD3A 3ZS6A 1LLSA 1RYXA 3E3KA 3LSLA 2AYSA 2DS9A 3FVOA 2DQVA 1MG1A 1KWHA 2F6PA 1PB9A 2ABHA 2NXOA 5L9OA 2H5YA 2AIXA 4DLDA 4IO2A 1P99A 1AOVA 1UIVA 4OEVA 2DSFA 2YJPA 3S9NC 5FHMA 2UVHA 1EZOA 2ANJA 4OETA 2XXRA 3CR9A 3SEYA 1SDXA 1DSNA 3SETA 1FTOA 2AL5A 2XD3A 2Q89A 2HAUA 3EPEA 3HO7A 3TCFA 1EU8A 1M5BA 3RTWB 3H6UA 3BFUA 1MPCA 3C9HA 2ONKE 1XVYA 4G8NA 1OQGA 1NNPA 5DTBA 1B05A 5CBSA 2H9BA 3KJ7A 3U93A 1QULA 3SEWA 4R72A 3TQWA 3O6GA 3W9WA 1J1NA 1QKAA 3CSGA 1NNKA 5I84A 1P1UA 1MH3A 4BDOA 1MQIA 2B3FA 5AA2D 4TQUQ 4JWYA 2YLNA 1Q1KA 4JSDA 3QAXA 4X1BA 4G8MA 1MY3A 1MY0A 2DWJA 4POWA 3EF7A 3FIRA 4EXKA 4U4SA 3C4MA 3N26A 2VHAA 4GVOA 1FCKA 4BDLA 2QS4A 2V84A 3IORA 3O9PA 2XXHA 5F7VA 4ONYA 4KI0E 4KR5A 1P1NA 2X26A 2UVGA 1LBCA 5B7DA 1MQDA 2XX8A 1IEJA 1MS7A 1XVXA 1AH5A 3QUFA 5ELVA 3A09A 1BTJA 1DPEA 2P2AA 1POY1 5I58B 3MWBA 4H1XA 3TCGA 4XKRA 4GL8A 2I0BA 1URSA 3RN8A 1XS5A 4Z0IA 4PE5B 4L17A 5BUUA 3G3FA 1JW4A 2W7YA 4C0RA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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