1MDP1

Refined structures of two insertion(slash)deletion mutants probe function of the maltodextrin binding protein
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
363
structure length
363
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPDPGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTRITK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords MALTODEXTRIN BINDING PROTEIN
publication title Refined structures of two insertion/deletion mutants probe function of the maltodextrin binding protein.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Sugar transport
total genus 108
structure length 363
sequence length 363
chains with identical sequence 2
ec nomenclature
pdb deposition date 1994-08-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
1 PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1mdp102
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1mdp101
2D3IA 3N94A 3RN8A 3E13X 4PETA 1EZPA 4OENA 1MXZA 2YJPA 1ZKBA 4QFOA 1IXHA 3G3IA 4MLVA 3BBRA 4NF5A 5I59B 3OEKA 4AB6A 5HPQA 3C32A 2FNCA 1UTHB 3PPQA 2I0BA 2RINA 2G29A 2F78A 4O3BA 2NOOA 2E1SA 3TAJA 4BDRA 4POXA 4JDFA 2ZYOA 4DZ1A 1FTKA 3KSXA 2F6GA 1KWHA 1B58A 4LVQA 3G7WA 5I57B 1MDP1 1EZOA 2Q88A 2XHDA 1H44A 2V3UA 4QF9A 4OTEA 1B4HA 4MH5A 1YAEA 1Y9UA 2PYYA 3TCGA 1OQGA 3OMBA 1MXUA 4XKRA 4IB2A 4N07A 1DPPA 2VGQA 1Y4CA 1LCTA 3DLNA 4F3SA 3O29A 5ITPA 2PMSA 4C1TA 5M2VA 3VLWA 2FA7A 5F7VA 3S9NC 3H6TA 3F11A 1URDA 1DTGA 2OLBA 1LSTA 4ZS9A 3WAEA 3PU5A 5CMCA 1LLSA 2QRYA 4MFIA 5L9OA 3IAZA 4DXBA 3JZJA 1IZ1A 2A5TB 1B4ZA 2Y7WA 3DP8A 4R9GA 1AOVA 4F29A 1LGBC 3UN6A 3C4MA 1N76A 1L5TA 3FGSA 4NMYA 4PFUA 4THIA 1LFIA 3ZKKA 5ICQA 3U92A 3O2AA 4BDQA 1XS5A 3LC8A 5I58A 4G77A 2HAUA 3OO6A 2QPQA 3O66A 3IB0A 2W7YA 2ABHA 1A8FA 1US4A 4O3CA 4U1OA 1USYE 1JNFA 1MPBA 1ZIUA 4U4XA 1PBPA 3B6QA 1EH3A 3N5LA 1B7UA 3DP6A 2G93A 4ZDMA 4ZEDA 1XHYA 5F1QA 1IXGA 2REJA 3DM0A 4OEUA 4OXVA 2AL5A 3CVGA 3PPOA 5A5XA 5IAIA 4GXAA 2D21A 4OESA 3KOSA 4ESWA 3O9PA 4E0XA 3TDJA 1H3DA 1IITA 1MY3A 4HS7A 2XXRA 4YB7A 1QKBA 2Z8EA 3OO7A 1CB6A 4EQ7A 5ELVA 4H8JA 3BKIB 3FD3A 4JXIA 1Y3PA 1B3FA 5TP9B 4MBPA 1PC3A 3H4ZA 4GQOA 2QS2A 4IO6A 1B3HA 4XXUA 1SDXA 4HCYA 4NTLA 3RGYA 3MZ1A 1NNPA 4N13A 1MQHA 4XKNA 1URSA 3Q29A 3OEMA 4I62A 1S9TA 1JW5A 2H98A 2DVCA 1JW4A 4U4SA 4IGRA 2F35A 3C31A 5BUUA 1BIYA 1QUIA 2O6AA 3S9MC 3OO8A 4LZ8A 5TU0A 3OSQA 2R71A 3FJMA 4G68C 2B3FA 3MQ9A 3PV0E 3VLUA 2X7PA 2GRVA 1AL3A 1MH4A 1R9QA 1MY1A 1UTBB 3MP1A 1A40A 4RPOA 2GHAA 2P2AA 2THIA 5FTHA 4U1ZA 3R6UA 4KCDA 2X7QA 4EQBA 1Z7NE 4OFOA 3WAFA 2XXHA 4H1XA 1QKAA 2OWTA 4PFTA 4JBZA 4TLMB 1BLFA 5TPAA 1MM6A 2UXAA 4F3BA 3SDFA 1MY0A 2O68A 4QRZA 1NH7A 1OVTA 4R74A 3K1PA 2DXYA 4GL0A 4QFPA 1ZU0A 3PPPA 3FIRA 4ELRA 1B5JA 4ESXA 2OWSA 3MPKA 1VE4A 3TTLA 3K6VA 3IOUA 3RUMA 3VDFA 4XIGQ 3HSTA 4EXKA 1MDQA 4NF8B 3T93B 2F8DA 5AA2A 4YKJA 4L17A 3MJNA 3RQTA 2ZXTA 2I3VA 1B7HA 2A5SA 4GLIA 1Q1KA 5H8HA 3FJ7A 5DYHA 3H7MA 3CIJA 3FJGA 3HHFA 2I6EA 1TXFA 3PMWA 3W9VA 1I6BA 2BJJX 4WEDA 1II5A 2O7IA 4ZEIA 3DELB 3TUSA 3A3CA 1MS7A 4OETA 4X1BA 2F6PA 1R1NA 4P0IA 2UYFA 2Z8FA 4U2RA 1IQ7A 2XXTA 4I8CA 2H99A 4RYAA 4PP0A 4O3AA 3TODA 1CE2A 3K6WA 2PT1A 5EYFA 3TPAA 3VLVA 4ELPA 4FORA 3KBRA 1MPDA 4ZE8A 4R6KA 4R2BA 4EXLA 4F18A 4JSOA 2F7AA 4LQ5A 1SW5A 5L9SA 2ONRA 2UVJA 2XXYA 3TTNA 4OYVA 1R6ZA 4KYDA 3OD7A 2Y84A 2QS1A 1B05A 2DSFA 3SKPA 1LAHE 4U21A 3T96B 2Y7KA 5AA4A 1P1NA 4GD5A 4G8NA 1RKMA 3V8XB 4NF4A 2X26A 1NL5A 3FV2A 2PBWA 3T66A 1QVSA 3O6HA 2XX8A 1N0TA 5CMKA 4I9DA 2Z23A 1FQAA 3I5OA 4G68B 1WVJA 3SEVA 1YTVA 3O28A 1HSJA 1MY4A 5H8QA 1Q35A 4OVJA 5L8DA 1OMPA 3U72A 2ZNSA 5K2YA 1BTJA 3ECRA 3PMXA 3QIMA 3K6UA 5EHMA 1LAFE 3PUWE 5KCJA 1ATGA 4ISUA 5AE4A 4GRKA 3CG3A 4GXSB 3TQWA 3UORA 1ZLQA 2DWHA 1O64A 2F7BA 5DVJA 3CFXA 3VE1B 4RPNA 4LQ2A 1SQYA 1GR2A 1M5CA 1A99A 2IA4A 1ZMGA 1VFDA 3ILUB 2HAVA 1H43A 2F5XA 3E3KA 1FTOA 1FQEA 4RXLA 2UVGA 4R6HA 1FTLA 3KZGA 4DIGA 1P1QA 1B40A 1EU8A 3GZGA 3G3HA 4ZEKA 3K00A 4RNSA 3T9XB 1N3XA 5BWJA 3MZBA 2GHBA 3KG2A 3K1NA 2I4BA 1SD3A 2F34A 3QSLA 3FVOA 2H25A 3RT6B 2F36A 5H8FB 3K6XA 4R73A 3MWBA 2QSXA 4YMBA 2YPNA 2ALUA 4F3GA 3FUZA 3MUQA 2ZNUA 3D4GA 3UK4A 3JV9A 2I49A 4LP2B 4DXUA 3KN3A 4XKQA 1XT8A 3M3LA 3CI8A 1GGGA 4KI0E 3PGFA 2YLNA 3M3KA 5I59A 3FXQA 4X1DA 1UQWA 1NNFA 1VFEA 3C9HA 3ZSFA 1NKXA 3PUZE 3U94A 1UTHA 4NF6A 1FQBA 2AL4A 4WXJA 3MVWA 1A55A 3PMVA 3IJXB 1XC1A 3EN3A 1TFAA 1PBQA 3RPWA 5L9MA 5KDTB 1SYIA 1SW1A 2NVUB 1AMFA 3CFZA 5LOMA 3K1MA 4IY6A 4TQUQ 4EQ9A 4JWYA 2VP1A 4LUBA 4Q0CA 4ZE9A 3EHUA 3HO7A 1B2HA 4ZEFA 4R9FA 1BKAA 2VOZA 4QHQA 3H03A 4TOZA 2NUVA 2ZMBA 2V3QA 4HTGA 2QS4A 4G2ZA 4OFJA 4IY5A 5HM4B 1N84A 3KEIA 3ZKLA 4H67A 3LBSA 1H76A 5DEXB 3R26A 3SEUA 5I2KB 3S9LC 1B7ZA 1PB7A 4BDNA 3MVZA 2A5TA 2VD2A 3KJ7A 4QSCA 5H8NB 1TT1A 3T22A 2FYIA 2O69A 5CI5A 4H6DA 3M3FA 1B6HA 3C36A 5AA2D 3MC2A 1M5EA 4X48A 3MP6A 3G3KA 2XXPA 4RA1A 5JTYB 2VD3A 1PEBA 3Q28A 4DLDA 3SESA 4E0WA 5I2NB 2RC9A 3FXRA 1TWYA 3ZS6A 4C1UA 4H5GA 4FEDA 4ECFA 5FHNA 3IL1B 3H06B 4F1VA 2ESNA 3EQ1A 2OCUA 3RTWB 3U8QA 3SEYA 3OENA 4F2QA 3TYHA 1P99A 5CMBA 1Y3NA 3TMGA 3OOAA 2V93A 2HZLA 1Y20A 4JWOA 5ITOA 1FCKA 1LBCA 1FQCA 3QUFA 4QFNA 3CR9A 2XXQA 1NNKA 2Q9TA 1LFGA 2E0SA 2D5WA 2VHAA 5AA2B 4ZZAA 1UIUA 1ELJA 4JSDA 4FEBA 4OHNA 2DWAA 1SVXB 1FQFA 5FHMA 5CMMA 1IUDA 1XOCA 5H8HB 1SBPA 5I56B 1MQDA 2PX1A 3CG1A 1IIWA 1IXCA 3VFJA 1NMUA 1ZJLA 4Q8RA 4U22A 3MW0A 3L6GA 4R6YA 4H5FA 4G8MA 2H4IA 4R72A 4HW8A 2O51A 3SEWA 3IX1A 3MZ9A 5HBCA 1N3WA 1A8EA 4GF8A 3SETA 3KFMA 5FTIA 1GVCA 4BDLA 3GBAA 1LCFA 2DQVA 3MVYA 3E9XA 3MBPA 1UTBA 1J1NA 1WDNA 4EF2A 1MXVA 4NE4A 4UACA 1NNTA 1PB9A 3FV1A 2O7UA 4F19A 1MRPA 3KN7A 2DS9A 4GL8A 3FVNA 2Q2CA 1LB9A 3N6UA 4OEVA 2XXVA 3IOTA 1QJMA 3N6TA 3TFLA 4KYSA 1DOTA 3PPRA 1MXXA 1MPCA 1GTKA 3BFUA 2GH9A 1LBBA 5DVFA 4AB5A 3KOTA 2Q2AA 4Z0IA 3IJOB 2V84A 4PQJA 2Z22A 3SERA 4PFYA 4QFKA 2Q89A 2Y7PA 4NF8A 4NEDA 3T9UA 4G8HA 4C0RA 1TFDA 2V3TA 4IGTA 3LR1A 3FVGA 3QYTA 3IR1A 3SEXA 3G3GA 3CSGA 5KCJB 1MQJA 4WKMA 2RF1A 1UIVA 1RYXA 3W9WA 3PUVE 2ZNTA 2IEEA 4NWDA 2DE4A 4LA9A 4GIZA 4ELQA 4YKPA 5CM6A 1FQDA 4PFWA 3S4UA 3USDA 2HFBA 1SI1A 4NF5B 4IO4A 3IK6B 3FZVA 4Q5TA 2R6GE 1JVXA 2KLFA 3G3JA 1YCJA 2DWJA 3VXCA 3VVFA 4H8IA 4GOTA 3ILTB 1M5DA 3D4CA 4HCWA 1S50A 1JW1A 4PE5B 5DT6A 2XXIA 4KD5A 2CMOA 1PB8A 2DXRA 4IO5A 2QL3A 3QAXA 4RJZA 4DCYA 4LONB 4KQPA 3HPIA 1O63A 3IB1A 2DP8A 2UYEA 1SYHA 1LAXA 4ELOA 2HXWA 1SW2A 3IORA 4YKKA 1B1HA 3A3UA 4G68A 5ISUA 2I4CA 2GFEA 3VVDA 1Y1ZA 3PUYE 2OBGA 1DSNA 2ANJA 3TZAA 2ZYKA 1Y1MA 5DTBA 2XD3A 4NF6B 3MP8A 4F22A 2H5YA 4GFRA 2RCBA 3C34A 2XX7A 2O1LA 3EPEA 3HCQA 1BP5A 3OELA 2RC7A 4FE8A 3QUJA 3KSJA 4Q30B 4FECA 1JVYA 2I48A 3QXMA 3QK6A 3TKDA 4DE8A 3MPLA 5I84A 4GVOA 1HSEA 1OLAA 3H6VA 4F39A 4ONYA 3RT8A 1WODA 2DE2A 4JB7A 5I58B 2AYSA 4I1DA 3KN8A 2HEUA 1SI0A 4KYEA 3VV5A 3N26A 3LUYA 1S7YA 2P0SA 2Y7IA 2I58A 1O7TA 1T0KA 3T9HB 2QMWA 4F1YA 1OLCA 1B3EA 1VSOA 3GLBA 1OQHA 1DTZA 3UIFA 1B3GA 1JQFA 1POTA 3PD8A 1A54A 5I57A 2HCAA 4P11A 2OK2A 2Y7RA 4X9TA 2LAOA 4IO2A 4KPTA 3VXBA 5H8FA 5A5XB 2RC8A 3CFLA 2NXOA 2RCAA 1URGA 3CSBA 3FVKA 3MVXA 2ZYMA 5ICTA 5CC2A 3I3VA 1QW0A 1QULA 3TCHA 1LFHA 1DMBA 4NWCA 1XVXA 1B46A 1P1UA 5KZTA 1A7LA 2H9BA 4KCCA 3UP9A 2QMXA 3FASA 2O1MA 4M4GA 2I0CA 3HV1A 3UGWA 3W15C 3K0VA 4FIMA 2QS3A 4YICA 4GWOA 5K2XA 3CRBA 2UVHA 4ZECA 4YB6A 3IOWA 1N7WA 1MXYA 2I3WA 3S9EA 3KGCA 1LB8A 4BDMA 4DDDA 5KDTA 3H6WA 4R2FA 4IO3A 1B0HA 4OERA 3ONMA 1B0LA 4OFLA 4RK9A 4YAHX 2XXXA 4H0WA 2ZYNA 5J1DA 3H6UA 3LSXA 1EZ9A 1FW0A 1JEVA 1I6AA 4N6PA 2NWJA 4YZZA 3OXNA 3ODBA 3V5AA 3BFTA 2WKYA 1US5A 3TTMA 1N04A 3K01A 4QSEA 1ZBMA 3H3GA 3IO6A 1P1WA 4XTCQ 1B1XA 4R75A 4G4PA 2DWIA 3TEPA 3VVEA 1B3LA 4UA8A 3GXAA 4F3PA 1M5FA 1MH3A 1AIVA 1JETA 5TPAB 3U1OA 5DEXA 3E4RA 4F1UA 3V83A 5I2KA 2Z8DA 1AH5A 4OQOA 1QUJA 2OZZA 3B6WA 3C35A 3B6TA 3C33A 3FATA 3M8UA 4U23A 5H8NA 4P0GA 4Z7EA 4K3FA 1ZTYA 1B52A 1M5BA 4BDOA 1VR5A 4OMBA 3P7IA 2B65A 4JWXA 5TP9A 2V25A 5JTYA 4FAJA 4MLQA 3G3FA 1D9YA 4YU0A 3RTFB 1B5IA 5I2NA 3RNNA 1POY1 4MF3A 2DOJA 3HHGA 4POWA 1RYOA 3AXFA 4BLAA 2AIXA 3Q26A 3RY3A 5CRYA 3O97A 3GBBA 2RKMA 2XD2A 4XKPA 1D9VA 4EF1A 2UVIA 4RK2A 3FXUA 5FHOA 5EHSA 3HN0A 2HQ0A 5CBSA 4OWDA 4FATA 1YPNA 1MXWA 3OO9A 2REGA 4OZ9A 1DPEA 1B51A 5DVIA 1FTJA 1PDAA 4KHZE 3R7XA 1FTMA 3K02A 2DVZA 4QSDA 1N7XA 2DYXA 4YB5A 3UA8A 1Z7ME 3JYRA 1IEJA 2CZLA 5H8SA 1JEUA 4AQ4A 5I56A 5AA4B 1IXIA 3RLFE 1MM7A 1LAGE 1P1OA 2ONKE 2Q8JA 3U93A 4WEPA 1NFTA 5JEIA 3A09A 2M8CA 4RY1A 4LZ5A 4EDPA 4NF4B 1F9BA 2XXWA 3LSWA 3TELA 3IB2A 4F31B 4ND9A 3OSRA 2P1SA 4IO7A 3S2VA 3K4UA 2PVUA 4QFLA 5AA3A 3O6IA 1OVBA 4EUOA 2ONSA 1USYH 3K2DA 1Y4TA 4KR5A 4FJPA 5H8QB 3O6GA 4KFQA 4YMAA 3LSFB 3MAMA 2HZKA 1NH8A 5JK4A 4M1VA 3I6VA 3V89B 4DXCA 3PD9A 3EHSA 1QUKA 1OIBA 1B5HA 3LSLA 3Q27A 1MQIA 2QJEA 5IKBA 4DCXA 2R9JA 1D3KA 3TTRA 3IO4A 4TLLB 1B32A 1D4NA 3EHTA 4H65A 2O84X 3T9VA 3THIA 5AA1A 2F7CA 3PUXE 3TTKA 3TQLA 1SW4A 3L6HA 1R9LA 3IOVA 1HSLA 1MY2A 2XXUA 4ZEBA 4YKIA 3DP4A 5CBRA 1GV8A 3TCFA 3PPNA 1ANFA 1XVYA 5B7DA 2DE3A 3KJTA 1MQGA 3EF7A 2OJTA 4LATA 1B9JA 3Q25A 1MG1A 5B70A 4ZZEA 1Y3QA 1H45A 3B7DA 2B3BA 2PT2A 1I6QA 2XX9A 4F2OA 1I69A 4LZ7A 2F97A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1DCUA 2D3IA 3N94A 4N8YA 3RN8A 3E13X 1FJ9A 4GX3A 4PETA 5IZ3B 4AS4A 1EZPA 4OENA 1MXZA 3ROJA 2YJPA 1ZKBA 4QFOA 4NQ8A 1IXHA 3G3IA 4MLVA 3BBRA 4NF5A 5I59B 2L5VA 3OEKA 4AB6A 5HPQA 3C32A 2FNCA 1UTHB 3PPQA 2I0BA 2RINA 2G29A 2F78A 4GWZA 4O3BA 2NOOA 2E1SA 3TAJA 3QMFA 4BDRA 4POXA 4UABA 3KC1A 4JDFA 2ZYOA 4DZ1A 1FTKA 3KSXA 2F6GA 1KWHA 1B58A 4LVQA 3D1RA 3G7WA 5I57B 1MDP1 1EZOA 2Q88A 2XHDA 1H44A 2V3UA 4QF9A 4OTEA 1B4HA 4MH5A 1YAEA 1Y9UA 2PYYA 2QFLA 3TCGA 1OQGA 3OMBA 1MXUA 4XKRA 4IB2A 4N07A 1DPPA 3ISPA 2VGQA 1Y4CA 1LCTA 3DLNA 4F3SA 3O29A 5ITPA 2PMSA 4C1TA 1FPEA 5ET8A 5M2VA 3VLWA 1NUZA 2FA7A 5F7VA 4HE1A 2ZZWA 3S9NC 3H6TA 3F11A 1CNQA 4MCOA 1URDA 1DTGA 2OLBA 1LSTA 4ZS9A 3WAEA 3PU5A 5CMCA 1LLSA 5I3SA 4GWYA 5IM2A 2QRYA 2CZHA 4MFIA 5L9OA 2PCRA 3IAZA 4DXBA 3JZJA 1IZ1A 2A5TB 1B4ZA 2Y7WA 3KBZA 3DP8A 4R9GA 1AOVA 5EQAA 4F29A 3T1BA 1LGBC 3UN6A 4I3EA 3MYUA 3C4MA 1N76A 1L5TA 3FGSA 4NMYA 3CHGA 4PFUA 4THIA 1LFIA 4MAGA 3ZKKA 5ICQA 3U92A 3O2AA 4BDQA 1XS5A 3LC8A 5I58A 3IFCA 4N6KA 4G77A 2HAUA 3OO6A 2QPQA 1NV3A 3O66A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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