1MDP1

Refined structures of two insertion(slash)deletion mutants probe function of the maltodextrin binding protein
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
363
structure length
363
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPDPGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTRITK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Sugar transport
molecule keywords MALTODEXTRIN BINDING PROTEIN
publication title Refined structures of two insertion/deletion mutants probe function of the maltodextrin binding protein.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 108
structure length 363
sequence length 363
chains with identical sequence 2
ec nomenclature
pdb deposition date 1994-08-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
1 PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1mdp102
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1mdp101
1B32A 2RKMA 1FQFA 5KZTA 1POY1 3KZGA 4U23A 3MZ1A 4FATA 4UACA 2YLNA 5L9MA 2O51A 2RC8A 2PT2A 2H25A 2F78A 4JXIA 1SW5A 3CFXA 3TMGA 5L9SA 4Q30B 3QUFA 1DTZA 1GV8A 3WAFA 2O68A 4KR5A 4GLIA 1IQ7A 4OYVA 1HSLA 3KSJA 3LC8A 3C32A 3S9NC 1TXFA 3U8QA 2QMWA 1B51A 3N5LA 5A5XB 1A99A 3BBRA 4BDLA 1WODA 3TDJA 1QUJA 2ABHA 1SQYA 1LBCA 3IL1B 4R72A 3U93A 2VD2A 4OFOA 4H5GA 3S2VA 3E3KA 2DWHA 2XXVA 4GD5A 3UN6A 3MZBA 2ZXTA 3FV1A 3R6UA 2Y7IA 3K6UA 2THIA 1PBQA 3IAZA 2DWAA 2P1SA 1IIWA 3HSTA 3H03A 2REJA 1A8EA 1NNFA 5I2NB 2XXPA 3VVEA 1URSA 4GFRA 1BLFA 2HZKA 4PFTA 4F3BA 3RTFB 3W9VA 1N3WA 1QKAA 3G3JA 3IR1A 4DCYA 3C33A 4X48A 4YKIA 3DELB 1XS5A 4RJZA 1OLCA 2XXRA 1FQCA 4ZE9A 4IO4A 4UA8A 1NH8A 1A7LA 4ESXA 2QRYA 5JTYB 1D4NA 5KDTA 5EHSA 3MUQA 2DOJA 2F5XA 2P2AA 2R6GE 5H8HB 5ITOA 2W7YA 4R9FA 4YMBA 3FV2A 1JW5A 2ZNTA 2I58A 1OMPA 4ELPA 1ZJLA 4YZZA 3TTRA 4NF8B 2Z8EA 2F35A 4H1XA 2B65A 4LQ2A 2DYXA 3S4UA 3VFJA 3DP8A 3U94A 1M5CA 4NWCA 3BKIB 3B6QA 3WAEA 1UIUA 3OSRA 4RY1A 4ZECA 1O63A 3KFMA 4U2RA 1FW0A 4U4SA 2H98A 1FQBA 3UORA 1LFIA 3UA8A 1NNPA 2VHAA 2NWJA 2UVJA 3K6VA 4HCYA 3AXFA 4IO5A 2ZYOA 3O97A 5EHMA 1AIVA 2ZMBA 2Q8JA 3OELA 3ZKKA 5H8NA 3T96B 2UVIA 3QSLA 4FAJA 2O6AA 2I0CA 2RF1A 1XVYA 2GHBA 5DVIA 3E4RA 2V3TA 3VXCA 1NMUA 4RK9A 3PGFA 2DXRA 5BWJA 2AIXA 3CI8A 5FHOA 1B5IA 3H6WA 1A40A 4ELQA 4LZ5A 4Z7EA 2ONRA 4GWOA 2F6GA 3RUMA 4JBZA 3O6GA 2HCAA 3W9WA 1SDXA 1XT8A 3RLFE 1MDP1 3TQWA 4FEDA 4X1DA 2F7CA 2XXYA 2GFEA 4R6HA 1P1OA 4ELRA 4OXVA 2UVHA 3PPQA 4HCWA 3PD8A 2R71A 2KLFA 1H43A 1A54A 4F1YA 1LB8A 1ZKBA 3C4MA 4EQ9A 5DVJA 4YB5A 3I3VA 1AH5A 5AA4A 1UTBA 4POXA 4OZ9A 1A8FA 3V89B 1LCFA 3M8UA 2OJTA 4QFOA 1S9TA 4GVOA 5HBCA 3CRBA 3H4ZA 4QSDA 2V3UA 1Z7ME 1H44A 1S50A 2Y7WA 1B52A 2I49A 4DIGA 5H8QA 2ONSA 1VFEA 4OERA 1GTKA 1NFTA 2HAUA 1WVJA 2GHAA 2HFBA 2V84A 5K2YA 3OO7A 4LP2B 3OENA 4NF5B 4G8HA 3A3CA 2OWTA 2ZNUA 3TPAA 3LSXA 4R73A 5AA2A 5CMMA 3PMVA 4O3BA 4G8NA 4I1DA 4WKMA 3MW0A 3FXUA 3QYTA 1Y1ZA 2R9JA 1YCJA 3VLWA 3LSLA 2I6EA 5FTIA 1A55A 4KPTA 1OVTA 1BP5A 4JB7A 5AA1A 2Z8FA 2Q88A 1MQHA 1B6HA 2X7QA 1B7ZA 2X26A 5H8SA 4ND9A 4RNSA 2O1MA 2B3FA 3HO7A 2XHDA 5I58A 1LAFE 1B0LA 1Y4TA 2FYIA 1Q1KA 3TTLA 1MPDA 2AYSA 4O3CA 3QUJA 4R74A 1DOTA 4U1ZA 3G3IA 4F18A 4P0GA 1NH7A 3TYHA 5AE4A 1O64A 5I59B 1B7HA 1IXGA 4OFJA 1UTHA 3O28A 4OVJA 4O3AA 1PBPA 3PV0E 1I6AA 4ZEBA 4OTEA 1MM6A 4GXSB 4IO3A 4NF4B 3O6IA 1NL5A 3PUWE 1FQDA 1P1WA 3CIJA 2I4BA 1B2HA 2LAOA 1NNTA 2CZLA 2A5TA 1EH3A 1WDNA 4R6YA 2FA7A 2Q89A 3Q29A 3TZAA 4YB7A 1P1NA 1USYE 3S9MC 4OMBA 4GQOA 2XXWA 3KOSA 1JW4A 5J1DA 2IA4A 1LCTA 3K6WA 3N6TA 1TT1A 4MLVA 2IEEA 1ZBMA 4KFQA 3PUXE 4R75A 4MF3A 2O84X 5I56B 5H8FA 2UXAA 2V3QA 4PQJA 1MQJA 2OBGA 3FUZA 1MQIA 4F22A 2QL3A 4KYSA 1N3XA 2X7PA 3EQ1A 3Q28A 1EU8A 3PPPA 4OFLA 3T9UA 4M4GA 4OEVA 1UIVA 1SW2A 1AMFA 3TCGA 3MP1A 3KN7A 5FTHA 3KN8A 4POWA 2PYYA 3SERA 3USDA 5DTBA 4TLLB 4MFIA 1N84A 5TP9B 4KYDA 3K00A 2GH9A 4OENA 3FATA 3Q26A 3FXQA 3H7MA 3FXRA 3SESA 4ZEDA 2WKYA 3TAJA 4HS7A 3JYRA 3BFTA 1MXXA 4Q0CA 5ICQA 3IJXB 4EQBA 1MY4A 3KGCA 4XTCQ 3GLBA 1JNFA 3SEYA 1ANFA 3FZVA 3T22A 2XX8A 3OO8A 1M5BA 2F34A 2G93A 3TUSA 4X1BA 4EUOA 3U1OA 4N07A 3M3FA 2E1SA 1Y3PA 1FQAA 4IB2A 5I2KA 2XXUA 4GXAA 1L5TA 5KCJA 4BDOA 2HZLA 3HHFA 3T9XB 4GRKA 1I69A 3C36A 1PB9A 3FVGA 4K3FA 3PMWA 2NOOA 4LZ8A 4U22A 1XOCA 3GXAA 3HCQA 4AB6A 2Z22A 4OETA 3O29A 3H3GA 1URGA 4FE8A 2HQ0A 3MJNA 3FD3A 3OEMA 3H06B 1OIBA 1USYH 3JZJA 4G68A 3K0VA 4GL0A 4F29A 3S9EA 4KD5A 3THIA 3U72A 1M5EA 4ELOA 1IXIA 4RA1A 1LLSA 3TELA 2HEUA 3O6HA 5ELVA 4G2ZA 2DVZA 5I57A 3R26A 1QJMA 3E9XA 3KG2A 3EHTA 1AL3A 2HXWA 2GRVA 3S9LC 2ESNA 4I62A 3IO4A 1NNKA 4H6DA 1DPEA 3K6XA 1B40A 3KBRA 4RYAA 2AL4A 1MY3A 3RY3A 3G7WA 2XX9A 1N7WA 2PVUA 3VXBA 4IGRA 3EHUA 3KOTA 4PFYA 4YMAA 1TFAA 1US5A 4BDMA 2OK2A 2RINA 5DYHA 2Y7PA 4EDPA 1KWHA 4MBPA 3HHGA 3VV5A 2RCBA 1VR5A 3K1PA 5L9OA 3MVYA 4ZEKA 3EPEA 4F3SA 3GBAA 3SEUA 3N94A 1XC1A 2A5SA 3TCFA 1XHYA 3O66A 1IITA 1ZTYA 2F7AA 4JSOA 1N0TA 5L8DA 1BIYA 4ZEIA 2XD2A 2F97A 2Q2AA 3OO9A 4C1UA 4YAHX 5M2VA 3VVFA 4PFUA 3VLVA 4F19A 4QFNA 4DXCA 2I3WA 4QHQA 1IXHA 3FIRA 1PEBA 4DDDA 2I4CA 1B46A 2Z23A 1JEUA 1B05A 3RNNA 5K2XA 2YPNA 4E0XA 3MQ9A 4XKQA 4ONYA 3UP9A 4ECFA 1FCKA 2D21A 1PC3A 4G77A 3R7XA 1MRPA 1QKBA 3IOUA 1QUIA 4H65A 1Y4CA 4RPNA 3MPKA 3O2AA 1H45A 2DWIA 4FECA 3RQTA 5KDTB 5CMBA 5DEXA 1BKAA 4NF6A 2HAVA 1Y3QA 1URDA 5I2KB 3DP6A 2OCUA 4JWYA 5ITPA 1M5FA 5I84A 2XXTA 3ZSFA 3MVXA 4BLAA 4YKKA 3PUYE 1N76A 3MAMA 1MXZA 3CSBA 1B3GA 1GVCA 4I9DA 4YU0A 2UVGA 3IORA 4XXUA 4YICA 5A5XA 3SETA 2D3IA 3H6UA 3TCHA 3MC2A 3UIFA 4RPOA 2OLBA 3FJMA 4R2BA 3MVZA 1YAEA 2QS2A 4EXKA 4IO7A 2BJJX 4DE8A 3CR9A 1P99A 3G3FA 1LAGE 1QULA 1R9LA 1MQDA 2V25A 2F36A 2F7BA 1N7XA 3OXNA 1QUKA 2ANJA 5I2NA 1I6QA 2NXOA 5LOMA 2OWSA 2ONKE 5H8NB 4EF1A 3H6TA 3PPOA 1F9BA 3DLNA 4OESA 3FVOA 4ZZAA 4QSEA 4Z0IA 4HTGA 1B58A 5AA2D 3TTMA 3UK4A 4F2QA 3N6UA 1Z7NE 4EQ7A 5JTYA 5CRYA 4TQUQ 3HV1A 1FQEA 4OHNA 4Q5TA 4QF9A 2VP1A 3VVDA 3L6GA 1Y3NA 5H8HA 2O1LA 3KSXA 4N6PA 3N26A 4G4PA 1PB7A 1SYIA 5FHNA 3VDFA 3ZS6A 2RC9A 4NEDA 3SEXA 3V83A 3TTNA 4BDNA 1B3HA 1MY1A 3TODA 3T66A 3LR1A 3B6WA 4NF8A 4F31B 3QK6A 1FTJA 4XIGQ 1DMBA 4U4XA 3PUVE 4HW8A 2REGA 1Y20A 1RYXA 4YKJA 1B1HA 1N04A 3U92A 3MWBA 4P0IA 1GGGA 2XXHA 1EZ9A 1JEVA 5F7VA 5TPAA 3EF7A 5IKBA 3QIMA 5AA4B 4ISUA 2XD3A 1UTBB 5ICTA 1RYOA 3ODBA 4QFKA 1HSJA 1MQGA 3RTWB 4AQ4A 1SI1A 3LBSA 2H5YA 4F2OA 1MS7A 2OZZA 1UQWA 4KHZE 1MPCA 4FORA 3RT8A 5H8QB 1MH4A 1MG1A 5IAIA 1MH3A 2NUVA 1YTVA 2F8DA 1ZIUA 5CBRA 1LSTA 2DQVA 3ILTB 5HPQA 5DEXB 2DS9A 2QS1A 4NF6B 4R2FA 1GR2A 4F3PA 5JEIA 4F1UA 5B70A 3PPRA 1DTGA 4Q8RA 4BDQA 4NE4A 4EXLA 2PT1A 1LGBC 1SW4A 3KEIA 1Y1MA 2I48A 3TTKA 2VGQA 4C1TA 3C34A 5AA2B 3VLUA 5ISUA 4G8MA 4FJPA 3MZ9A 4DCXA 3UGWA 1MM7A 3LUYA 4YB6A 2Y84A 2RC7A 1VSOA 1SVXB 3K01A 3MPLA 3IB2A 4LZ7A 4YKPA 1RKMA 2P0SA 2XX7A 4EF2A 3OO6A 1TWYA 2QJEA 1MXYA 1JW1A 2O7IA 3MP6A 3E13X 1MXWA 1D9VA 3K2DA 4GOTA 2I0BA 2QS3A 3DM0A 1FTOA 2AL5A 1O7TA 2H9BA 1JQFA 4JDFA 2G29A 4IY5A 4PFWA 4QFPA 4FEBA 3LSWA 3PU5A 4PE5B 1ZU0A 4N13A 3LSFB 1XVXA 2H4IA 1R1NA 3I5OA 1B9JA 5I58B 1P1QA 4XKPA 4RK2A 3M3LA 4WXJA 4E0WA 3D4GA 1NKXA 3CFZA 5CBSA 2PBWA 2PX1A 4KI0E 3TEPA 3CFLA 5FHMA 1B0HA 5B7DA 1MY0A 1AOVA 1FTKA 4OQOA 4NF5A 4I8CA 1VFDA 3OEKA 1UTHB 3FVKA 3IO6A 2ZYNA 3FJGA 4L17A 5AA3A 1ZLQA 1FTMA 2H99A 3DP4A 4QSCA 1B4ZA 2A5TB 2QPQA 2M8CA 2Y7RA 1B3LA 5TPAB 1LBBA 1US4A 3TQLA 1IEJA 4ZE8A 4IY6A 2QMXA 4U1OA 3RT6B 4IGTA 1SW1A 2DP8A 3TFLA 1D3KA 3FJ7A 4AB5A 4KCCA 4PP0A 4MH5A 3Q27A 1T0KA 4KQPA 1SYHA 5H8FB 3SKPA 1IUDA 3CVGA 3K1NA 3A09A 4DZ1A 3EN3A 3JV9A 4OEUA 2D5WA 3V5AA 4JWOA 3HPIA 3PD9A 1PB8A 3F11A 3PPNA 4ZDMA 4U21A 1D9YA 4H67A 2UYEA 3IK6B 4H0WA 3H6VA 2DE4A 1MXVA 3PMXA 1Y9UA 1MY2A 1SD3A 5TU0A 3ECRA 4QRZA 2ZNSA 4JWXA 2UYFA 3TKDA 2Q9TA 1B3EA 1LAXA 5I59A 4P11A 5CM6A 1TFDA 1H3DA 3B7DA 4ESWA 4LATA 1II5A 5CMKA 4NF4A 1S7YA 1BTJA 4OWDA 5JK4A 1ZMGA 4ZS9A 4LONB 5HM4B 1B5HA 1OVBA 1ELJA 1B4HA 4XKNA 2XXXA 3MVWA 5CMCA 3ONMA 1JVYA 1EZPA 4H8IA 2XXQA 1JETA 2VD3A 2PMSA 4KYEA 1P1UA 3K02A 3RGYA 1SBPA 2VOZA 4PETA 1POTA 4F1VA 1YPNA 3P7IA 5BUUA 1FTLA 3G3GA 3GZGA 3Q25A 1Q35A 2QS4A 3IOVA 3MBPA 1B1XA 3T9VA 1R9QA 1LFHA 1DSNA 5I56A 3B6TA 5KCJB 3SEVA 3CG1A 1SI0A 5DT6A 3D4CA 3C31A 1JVXA 2O69A 4NMYA 4THIA 4G68C 1B7UA 2DSFA 1LAHE 4XKRA 2I3VA 3C35A 2E0SA 4GL8A 4LUBA 4NTLA 2Z8DA 1J1NA 2Q2CA 4G68B 1HSEA 1H76A 1MPBA 1OQGA 1OQHA 4ZZEA 3KN3A 4QFLA 2DWJA 4FIMA 4JSDA 2B3BA 3K1MA 2V93A 3CSGA 1IZ1A 2FNCA 5TP9A 3FGSA 3OMBA 2RCAA 3VE1B 4M1VA 2ZYKA 4KCDA 1B5JA 1MDQA 3QXMA 4IO6A 4NWDA 1I6BA 4F3GA 4R9GA 4MLQA 4DXUA 3ILUB 3L6HA 5CC2A 5I57B 3IOTA 1DPPA 2CMOA 3W15C 2ALUA 3MP8A 3IX1A 1LB9A 4RXLA 4C0RA 1CE2A 3V8XB 4LVQA 3RN8A 4ZEFA 4DLDA 1QVSA 5EYFA 1QW0A 3IJOB 2QSXA 1IXCA 3OD7A 1MXUA 3G3HA 3IB0A 2ZYMA 4X9TA 3ZKLA 3G3KA 4H5FA 3OSQA 1EZOA 5CI5A 4LQ5A 3SDFA 4F39A 3A3UA 1CB6A 2Y7KA 4BDRA 3M3KA 1LFGA 4H8JA 3CG3A 2F6PA 3IB1A 5DVFA 2DXYA 5F1QA 2DVCA 3EHSA 2O7UA 3KJTA 3T9HB 4R6KA 4WEPA 4GF8A 4TOZA 3SEWA 3HN0A 2NVUB 3I6VA 1PDAA 1B3FA 3PUZE 4IO2A 1M5DA 3O9PA 3T93B 1R6ZA 4LA9A 1VE4A 3KJ7A 3BFUA 3OOAA 2DE2A 2DE3A 2YJPA 3GBBA 3RPWA 3IOWA 3FASA 4DXBA 3QAXA 1OLAA 2XXIA 3C9HA 3K4UA 1ATGA 4GIZA 4TLMB 4WEDA 3FVNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1B32A 2RKMA 1FQFA 5KZTA 1POY1 3KZGA 4U23A 3MZ1A 4FATA 4UACA 1NV1A 2YLNA 5L9MA 2O51A 1LBVA 4PGNA 4I3EA 2RC8A 2PT2A 2H25A 5IGAA 4GWSA 4OVPA 2F78A 1LBZA 4JXIA 1SW5A 3CFXA 3TMGA 5L9SA 4Q30B 3QUFA 1DTZA 1GV8A 1FPKA 3WAFA 2O68A 4KR5A 4GLIA 1NV2A 1IQ7A 4OYVA 1HSLA 3KSJA 3LC8A 3C32A 3S9NC 1TXFA 5FBPA 3U8QA 2FHYA 1NV7A 2QMWA 1B51A 3N5LA 5A5XB 1A99A 1YXIA 3BBRA 1JP4A 4BDLA 1WODA 3RYDA 3TDJA 1QUJA 3NOHA 1KZ8A 2ABHA 1SQYA 1LBCA 3IL1B 4R72A 3U93A 2VD2A 1FJ9A 4OFOA 4H5GA 2CEXA 3S2VA 3E3KA 4PBQA 2DWHA 2XXVA 1LBYA 4GD5A 3UN6A 3IFAA 3MZBA 2ZXTA 3FV1A 3R6UA 2Y7IA 3K6UA 2THIA 1PBQA 3KBZA 3IAZA 2DWAA 2P1SA 1IIWA 3EKIA 3U65A 3HSTA 3H03A 2REJA 1A8EA 1NNFA 5I2NB 2XXPA 3VVEA 1URSA 4GFRA 1BLFA 2CEYA 2HZKA 4PFTA 4F3BA 5EQ9A 3RTFB 4PGPA 1N3WA 3W9VA 1QKAA 4H46A 3G3JA 3IR1A 4DCYA 3C33A 4X48A 4YKIA 3DELB 1XS5A 4RJZA 1OLCA 2XXRA 1FQCA 4ZE9A 4IO4A 4UA8A 1NH8A 2ZZVA 1A7LA 1XI6A 2CZHA 3T1BA 4ESXA 2QRYA 5JTYB 2QVUA 1D4NA 5KDTA 5EHSA 3MUQA 2DOJA 2F5XA 2P2AA 2R6GE 5H8HB 5ITOA 2W7YA 3MSTA 4R9FA 1YZ0A 4YMBA 3FV2A 1JW5A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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