1MDP1

Refined structures of two insertion(slash)deletion mutants probe function of the maltodextrin binding protein
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
363
structure length
363
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPDPGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTRITK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Refined structures of two insertion/deletion mutants probe function of the maltodextrin binding protein.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Sugar transport
molecule keywords MALTODEXTRIN BINDING PROTEIN
total genus 108
structure length 363
sequence length 363
chains with identical sequence 2
ec nomenclature
pdb deposition date 1994-08-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
1 PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1mdp102
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1mdp101
4RNSA 3RN8A 2ZXTA 2Q2AA 1GR2A 2GHBA 1NMUA 1R9LA 1MY0A 2UVIA 4LQ5A 3CG3A 4BDLA 2G93A 2O6AA 2I58A 1PDAA 1NH7A 1Z7ME 2H4IA 3H06B 3MZ1A 3PPNA 2GRVA 3A09A 2O7IA 2ESNA 3C9HA 3CR9A 4PFYA 4JSOA 4GVOA 2NVUB 4X1DA 2KLFA 2DYXA 1SYHA 4QFNA 4F2QA 2DWAA 4OTEA 1N84A 3IB2A 4ZE8A 1N7XA 2I0BA 3IOWA 4QRZA 4O3AA 4LP2B 1SW5A 3E13X 3G3FA 2QMWA 2VOZA 4N07A 4QFPA 4AQ4A 4F1YA 3OSRA 4FEBA 1B5HA 3N26A 3TFLA 1B46A 4FJPA 4KD5A 3SESA 1ZIUA 4NF8B 3F11A 4KYEA 3T22A 3PD9A 4BDOA 4BLAA 2DXYA 3KN3A 1NNPA 4IO4A 1BKAA 2F35A 3PUYE 3UK4A 1B6HA 4X1BA 3D4GA 3N94A 4IO6A 5CMBA 4NF6B 3FATA 2REJA 3N6UA 4XTCQ 3RQTA 5KZTA 1P1QA 1ZKBA 4F1VA 3OENA 4WEDA 1RYXA 2E1SA 3Q27A 4NF6A 2D21A 5L9MA 2PT2A 3FJGA 1AMFA 3SETA 1B7ZA 1IQ7A 2X26A 1B40A 1WVJA 3IL1B 4G68B 4ELPA 1MQIA 5H8NB 1YAEA 2O7UA 4POXA 1SVXB 2DWJA 1N7WA 4Q0CA 5TPAB 4KCDA 3IOVA 3LBSA 2YJPA 3QSLA 2Z22A 4FEDA 1N0TA 2VD3A 4PP0A 5FHNA 4Q5TA 3USDA 3N6TA 1QUJA 3SEYA 4JDFA 2B3FA 4N6PA 3UIFA 4UA8A 3FVNA 1A99A 3VLUA 4KR5A 3O28A 1NH8A 4QFOA 3V83A 3G3HA 5HPQA 1N3WA 1IIWA 3U8QA 1SYIA 2PBWA 3S9LC 4FAJA 2F78A 3EHTA 1SW2A 1P1UA 1B3EA 1UTHA 1ZBMA 2DE2A 2F36A 3K6XA 3TCFA 2H98A 5FTHA 3RNNA 2Y7RA 3ECRA 4R2FA 4N13A 3FJMA 4NTLA 4E0XA 1Y3NA 1IUDA 4OZ9A 1FTJA 3O66A 1WODA 1D3KA 4IGTA 4RJZA 4P11A 2X7PA 5H8QA 4DDDA 5AA2A 3R7XA 3OMBA 3TCGA 3K02A 2XXQA 4R73A 4U1ZA 1P1OA 1B1XA 4GWOA 3ZS6A 3EQ1A 5DEXA 3BFUA 3KBRA 4HW8A 3U1OA 2XD3A 3VFJA 1OQGA 3MC2A 5B7DA 3M8UA 1S7YA 3B6WA 3H6TA 3T9XB 3QUFA 4R6KA 2HXWA 1IXIA 4YB7A 3T9VA 1NKXA 3K00A 3QAXA 3V89B 4FATA 1US4A 2YLNA 2P1SA 4O3BA 5FHMA 4LA9A 4EUOA 4JWYA 4QSDA 1Y20A 4F3BA 3E4RA 5HBCA 1QKAA 2CZLA 4GRKA 1MH4A 2DE4A 3LR1A 3MQ9A 3PUWE 4P0IA 1MY3A 3MPLA 4YMAA 1QW0A 3G3JA 4OESA 2IA4A 4ZEKA 4I62A 3PU5A 2F8DA 3DELB 3K4UA 4RA1A 3H7MA 3W9VA 4ZECA 2QPQA 4YKJA 2Z8FA 2XXHA 3SEWA 2RF1A 3UA8A 4M1VA 4UACA 1B51A 5DEXB 2OWSA 1B7HA 3KFMA 2IEEA 1EZOA 2H5YA 3Q28A 3H6WA 1XHYA 3SEVA 3K1NA 2XD2A 3C4MA 3W9WA 2UVGA 2RINA 1D4NA 1B3HA 2XX8A 4GL8A 4I9DA 1M5DA 1B7UA 1O63A 4NF8A 5A5XB 4IY5A 4H6DA 4F3SA 1FQCA 3BBRA 4ZEDA 2Y7KA 3CIJA 3G3KA 1UIVA 5I2KA 4QF9A 3AXFA 4QSEA 1IXGA 4XKQA 4XKPA 3DLNA 4TOZA 3LSFB 5AE4A 2V93A 5CMMA 1XOCA 3GLBA 3MVYA 1Y1ZA 4JWXA 3U72A 4OHNA 4DXCA 5DT6A 1F9BA 2GH9A 2OJTA 1LCFA 2RC9A 1CE2A 3MP1A 1MXUA 2Q2CA 3MVZA 4GQOA 3RTWB 5K2YA 5I2NB 5L9SA 1MY4A 5L8DA 5B70A 3CG1A 1MRPA 3QK6A 4U4XA 3DP8A 1ZU0A 3K1PA 1PB8A 2AL4A 4OEVA 1XT8A 3FXQA 4LVQA 4QHQA 1SW4A 2HCAA 4R2BA 4WEPA 1Y1MA 5FHOA 2DE3A 3MZ9A 3IAZA 1LGBC 5H8HB 3S9NC 4LUBA 2H25A 5TP9A 5BWJA 5ICTA 5TPAA 4R9FA 1Y9UA 3K6WA 1B3GA 1LBBA 3KEIA 4JXIA 1S50A 4Q8RA 1NNKA 1MXVA 1QJMA 2RC8A 1EH3A 2XXVA 3K0VA 3N5LA 1R9QA 4GD5A 3K1MA 4KYDA 1EZPA 2RKMA 4U2RA 4X9TA 2G29A 4NEDA 3SDFA 5CBSA 3KJTA 4I8CA 2HZLA 2HAUA 4H8IA 3UP9A 1SQYA 3O29A 4IB2A 4IGRA 1LAHE 4HCYA 4IO3A 2REGA 4LONB 4YB6A 5I2NA 5EYFA 2B65A 3QIMA 1H44A 4JBZA 2UYFA 1I69A 1MXXA 4MLQA 4ECFA 3KOTA 2PYYA 1OVTA 3HPIA 1WDNA 2O84X 3C33A 4I1DA 4P0GA 4RY1A 4KCCA 3WAFA 1BTJA 3UGWA 1PEBA 3RT6B 3MW0A 3CFZA 4TQUQ 5H8HA 4R75A 3CI8A 1Y3PA 3IX1A 3OSQA 4KI0E 1NNTA 1MQDA 2AIXA 3MP6A 1B58A 2XXRA 3THIA 1MQGA 1ATGA 3K01A 2UXAA 4ELQA 1JEVA 1FQDA 1JVXA 1MXWA 4U23A 1XVYA 1NNFA 2O1LA 3TTLA 1IEJA 2A5SA 5KCJB 4XIGQ 4H8JA 1B1HA 4POWA 3SKPA 1B9JA 4TLMB 4GLIA 1CB6A 2QSXA 3M3LA 4E0WA 3IOUA 4R74A 1IXHA 5I59B 1DMBA 2Y7PA 3FVOA 3OD7A 3T9UA 1Y3QA 3TQLA 3U92A 3KZGA 4FORA 2O68A 4DXUA 2F6GA 4G68C 3I6VA 4OETA 4R72A 3FZVA 2VHAA 1MPDA 2DOJA 1P1NA 3EHSA 3FJ7A 1A54A 3R6UA 1MQHA 4ZEFA 2O69A 3VXCA 2VD2A 3OELA 2I0CA 3KOSA 1FTMA 1QUIA 1B3LA 4AB6A 1KWHA 2D3IA 3LSLA 2DWHA 3PMVA 3VE1B 5ITPA 5IKBA 1SW1A 3MWBA 4DZ1A 4PFWA 3OXNA 3O9PA 4THIA 4BDQA 1R6ZA 3O2AA 1H45A 3GXAA 1A8FA 1VFEA 3MUQA 2Q8JA 4QFKA 5H8FB 1M5CA 3IK6B 4G77A 3WAEA 3IJOB 4GF8A 4KPTA 3S9EA 1LSTA 3KN7A 4ZDMA 4ZZEA 1GVCA 1L5TA 3OEKA 5DVFA 3TELA 3VVFA 3CSGA 5AA1A 1PBPA 5J1DA 1XVXA 4YU0A 2HZKA 3MJNA 1I6QA 1A40A 2GFEA 3MPKA 3ODBA 3PV0E 3DP6A 2FNCA 2XXWA 3OEMA 4JB7A 4G8NA 4WXJA 3C31A 3TZAA 4IY6A 4OFJA 3FV1A 4ESWA 2HQ0A 2THIA 3GBBA 1AIVA 2DWIA 4PETA 1MPBA 1B0LA 1OVBA 5CMCA 3KJ7A 4G68A 4ZEBA 3VDFA 2YPNA 5I84A 4RK2A 4LQ2A 1SI1A 1JEUA 2RCBA 2XX9A 4KQPA 5CC2A 5AA2B 3K6VA 1OQHA 3SERA 4RXLA 3GZGA 1VFDA 3B6TA 3GBAA 3IO4A 1TT1A 1P99A 2Q9TA 1JW5A 2ZYOA 1GTKA 3O6GA 3IOTA 1B4ZA 1Q35A 2UVHA 4AB5A 5H8FA 1PC3A 3TDJA 5FTIA 5F7VA 1LFHA 5TP9B 4NMYA 4ZS9A 2QL3A 1VSOA 1POTA 2F97A 3TYHA 3MAMA 3VV5A 3IJXB 4YMBA 3A3CA 2ANJA 3HO7A 3EHUA 1S9TA 3Q26A 1SBPA 5ITOA 1ELJA 4H5GA 5KCJA 3CFLA 1LCTA 1PBQA 5ICQA 2DVZA 3EPEA 4XKRA 2PMSA 3IB0A 3PUVE 5K2XA 4YKPA 4BDRA 3CSBA 1MM6A 3ONMA 3O6HA 4YAHX 4EDPA 1B52A 4U22A 4ELOA 3PPQA 2QRYA 4OMBA 5ELVA 3ZKLA 4Z0IA 3V5AA 1A7LA 5H8SA 3TAJA 1JQFA 3S9MC 4IO5A 1SD3A 1MXZA 3C32A 3ZSFA 3IO6A 1QVSA 1Q1KA 1QUKA 1FQBA 2F6PA 2XXXA 1IZ1A 2ALUA 3MP8A 4TLLB 5EHSA 1DOTA 5IAIA 4EXLA 2O51A 1R1NA 5ISUA 2NXOA 2Y84A 4H1XA 3VVEA 4OFLA 4NF4B 3VXBA 2RCAA 5CMKA 1A55A 2O1MA 5KDTB 2OLBA 1MY2A 4ZZAA 5TU0A 3RT8A 3PGFA 2PVUA 2ZYMA 4XKNA 3KN8A 4K3FA 5I57B 1MDQA 4H67A 1ZMGA 2NOOA 4MFIA 1DPPA 4DLDA 3L6GA 1ZLQA 1D9YA 3R26A 4F19A 4QSCA 1FCKA 4C0RA 3HV1A 3PMWA 3O97A 4F29A 3FXUA 3UN6A 3E9XA 3RY3A 3G3IA 4BDNA 4YKIA 1FQEA 3DP4A 1YCJA 1BLFA 3MBPA 2F7AA 3PUXE 3M3FA 2Y7WA 3TMGA 1NFTA 3H03A 2Z8EA 5I58A 2D5WA 3OO9A 2BJJX 2H99A 2QS1A 3CRBA 1LBCA 3I5OA 5CRYA 1UTHB 3T66A 1FTLA 3VVDA 4BDMA 3MVWA 4ELRA 3H3GA 2ONSA 3TTMA 1TFDA 1ZJLA 2HAVA 2OBGA 3C36A 3ILTB 4G2ZA 4NE4A 1XC1A 4RPOA 4KHZE 3TKDA 4Z7EA 1B3FA 4JWOA 4H5FA 2V3QA 3BKIB 1NL5A 2B3BA 4YB5A 3D4CA 2DS9A 1A8EA 1LLSA 2ZNTA 4DXBA 1FQFA 1US5A 2ZYNA 1D9VA 1UTBA 2VP1A 3CFXA 1RKMA 3FASA 4MLVA 3TQWA 3TCHA 3K2DA 2AL5A 4NWDA 4PFUA 5JTYB 2DVCA 3FVKA 1USYE 1LAGE 2F7CA 2Z8DA 1YTVA 3HHFA 3OO7A 2DSFA 1FW0A 2XXPA 2A5TA 3G7WA 4GOTA 1B32A 4R6YA 2Z23A 3TTNA 4HCWA 3U93A 3SEUA 5CM6A 3HSTA 2ZNSA 5KDTA 4IO2A 4ESXA 3RUMA 3IORA 3KSJA 4NF4A 3S4UA 3H6UA 4JSDA 2XXYA 3KSXA 3S2VA 5AA2D 4F18A 1PB7A 3K6UA 2H9BA 3QYTA 1TXFA 2XXUA 1AH5A 4YKKA 1LAFE 1OIBA 5EHMA 1MG1A 4GL0A 1JW4A 4MF3A 3TODA 4ZEIA 3M3KA 2OZZA 2CMOA 4EQ9A 1RYOA 2I48A 3KG2A 1LFGA 4G8HA 1URSA 3B6QA 1FTKA 1IXCA 2E0SA 2I4BA 3FD3A 3IB1A 4OXVA 2HFBA 2PT1A 2XX7A 1DPEA 3EN3A 4R9GA 3VLWA 3ILUB 4OVJA 3FVGA 3PPOA 3C35A 4F22A 1B5JA 1AOVA 4EF2A 1H3DA 5I56B 3TTKA 1O64A 2I3WA 4EQ7A 3RGYA 4IO7A 1ANFA 1I6AA 4LATA 3JYRA 2OK2A 4NF5A 4OEUA 1JW1A 4X48A 3FGSA 2NWJA 2V25A 1UIUA 4KYSA 3I3VA 4F3PA 1N04A 1MS7A 5A5XA 2RC7A 3Q29A 5H8QB 2AYSA 4MBPA 2QS4A 2LAOA 2I49A 4U1OA 2QJEA 1MDP1 2V3UA 4GIZA 3DM0A 4RPNA 3H6VA 1N3XA 5I59A 3FV2A 4YICA 2XXTA 1N76A 3P7IA 1JVYA 3H4ZA 1YPNA 4NWCA 2ZMBA 1Y4CA 4FE8A 3TTRA 3TPAA 3UORA 2ZNUA 1MY1A 5LOMA 1DTGA 3QXMA 4GXAA 4H65A 4PFTA 5AA4B 4OFOA 1T0KA 1MH3A 3HCQA 2V3TA 3A3UA 4OQOA 1HSEA 1JNFA 2I4CA 3PPRA 4U4SA 4YZZA 3JZJA 3KGCA 3MZBA 4PQJA 3FUZA 3G3GA 3RLFE 2V84A 1MQJA 4RYAA 5H8NA 1POY1 4HS7A 3T93B 2OCUA 1B05A 4FECA 1LAXA 4GXSB 1FTOA 5DYHA 3T9HB 4QFLA 5BUUA 3LSXA 1USYH 1QKBA 2ONKE 1M5FA 2X7QA 1URDA 3LSWA 1UTBB 3MVXA 3SEXA 5I57A 1OMPA 2I6EA 4LZ5A 5M2VA 2FA7A 4F31B 2FYIA 2QMXA 3VLVA 1MPCA 4GFRA 1AL3A 3E3KA 2I3VA 2DXRA 3LC8A 3PMXA 1JETA 4ZE9A 5JEIA 1H76A 2UVJA 4DE8A 3BFTA 2P2AA 1HSJA 1PB9A 4M4GA 4Q30B 3JV9A 3O6IA 5CI5A 4XXUA 5AA4A 1B2HA 4H0WA 1DSNA 3V8XB 3LUYA 2WKYA 1BP5A 5DVIA 4DCXA 2DQVA 4G4PA 5I56A 4DIGA 5CBRA 3TUSA 1TFAA 5I2KB 5I58B 2QS2A 5L9OA 2R71A 1VE4A 3OO8A 1MM7A 3PPPA 4F2OA 2F7BA 3PD8A 4OENA 1J1NA 5F1QA 1O7TA 4L17A 3FXRA 3FIRA 3HN0A 1QULA 4NF5B 4F39A 1UQWA 1EU8A 1M5BA 5DTBA 2F34A 1GGGA 1OLAA 2PX1A 3EF7A 1Y4TA 3TEPA 1ZTYA 2W7YA 2OWTA 2Y7IA 1IITA 1XS5A 3OO6A 1LB9A 1H43A 4HTGA 1HSLA 4LZ7A 3RTFB 2VGQA 4LZ8A 5AA3A 2GHAA 2XHDA 4F3GA 4ONYA 1TWYA 1B0HA 2F5XA 1LB8A 1II5A 1Z7NE 2Q88A 4OYVA 2R6GE 4R6HA 3T96B 4RK9A 2UYEA 3C34A 3PUZE 4G8MA 5DVJA 4PE5B 1I6BA 5JK4A 4EXKA 4C1TA 1LFIA 2R9JA 4FIMA 1P1WA 1OLCA 2Q89A 4WKMA 3L6HA 3W15C 4EQBA 1B4HA 3Q25A 3QUJA 4ND9A 1BIYA 4O3CA 5HM4B 2NUVA 1SI0A 4DCYA 1DTZA 1M5EA 2ZYKA 4ISUA 1B5IA 1FQAA 2A5TB 4U21A 4EF1A 5JTYA 4OWDA 3OOAA 2QS3A 2XXIA 2ABHA 2M8CA 2P0SA 4MH5A 4KFQA 3RPWA 1VR5A 2DP8A 3B7DA 1URGA 2ONRA 1EZ9A 1MXYA 3HHGA 4F1UA 3U94A 1GV8A 2HEUA 3IR1A 4OERA 3CVGA 4C1UA 1SDXA 3ZKKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4RNSA 3RN8A 2UVIA 2XWOA 3CG3A 4UACA 2GRVA 3CR9A 4PFYA 4GVOA 4F2QA 3U65A 4OTEA 1N84A 3IB2A 3IOWA 1SW5A 4N07A 2QMWA 4AQ4A 4FEBA 1B5HA 5ET7A 2FBPA 3F11A 3KN3A 1BKAA 1FBPA 1B6HA 4X1BA 4NF6B 4AS4A 4GWSA 4WEDA 2E1SA 3BIHA 3SETA 1LBZA 2X26A 4G68B 1B40A 5H8NB 1KA1A 4ELPA 1FBCA 2BJIA 3IOVA 2Z22A 1QUJA 1DBZA 4UA8A 1A99A 3VLUA 4KR5A 1IIWA 2QVVA 1UTHA 2DE2A 2H98A 2Y7RA 1IUDA 1WODA 4IGTA 5H8QA 4DDDA 3GYYA 3TCGA 4MEVA 3PTYA 1B1XA 3EQ1A 3BFUA 3KBRA 4HW8A 3IFAA 1S7YA 3B6WA 3T9VA 2P1SA 5A5LA 1QKAA 4GRKA 1MH4A 3MQ9A 3PUWE 4P0IA 2F8DA 5T3JA 3H7MA 3W9VA 2XXHA 4M1VA 1G0HA 1B51A 2IEEA 3H6WA 2UVGA 4I9DA 5A5XB 4IY5A 4ZEDA 2Y7KA 3CIJA 1FPGA 3LSFB 1XOCA 3A29A 1NV4A 4OHNA 2OJTA 5L9SA 1MXUA 4GQOA 5B70A 2AL4A 4QHQA 4R2BA 5H8HB 4Q8RA 4JXIA 1S50A 2RKMA 4U2RA 4N6DA 4MNPA 4MX6A 3UP9A 4IGRA 1LAHE 4HCYA 2REGA 2B65A 4ECFA 2UYFA 1I69A 3KOTA 2PYYA 3HPIA 4RY1A 4KCCA 1BTJA 3MW0A 5H8HA 2XXRA 3K01A 4PAFA 1FBEA 1XVYA 2A5SA 3SKPA 2CZHA 4E0WA 1IXHA 5I59B 1DMBA 3OD7A 1Y3QA 3U92A 4FORA 4PAIA 3I6VA 3FZVA 4GBVA 3FJ7A 3EHSA 1A54A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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