3OO8A

Crystal structures and biochemical characterization of the bacterial solute receptor acbh reveal an unprecedented exclusive substrate preference for b-d-galactopyranose
Total Genus 145
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
145
sequence length
390
structure length
390
Chain Sequence
GNGPITFGSNYSDEAPKAAFASLMQQATTSTTVPVTVNTTDHNTFQNNISNYLQGTPDSLATWFAGYRLQFFAAQGLLTPIDDVWDKIGGTFNDAAKSLSKGLDGHYYLVPLYNYPWVVFYNKSVFQSKGYEVPASWEAFIALARKMQSDGLVPLAFADKDGWPALGTFDILNLRINGYDYHIKLMKHEVPWTDPGVTKVFDQWRELAAYQQKGANGRTWQDAAKALENKQAGMMFQGSNQVAANYSAKNLPDLDFFVFPAINPQYGTDYMDAPTDGFILPKKGKNAAAAKKVLQYIGTAEAEAAFLKTDHWDVGLANGLIAPTYNDIQKKSVAEIGKCKSVSQFMERDTVPDMANAMIKLIQQFIDQPTPETIATVQKSAEDQAKTIFR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Sugar binding protein
source organism Actinoplanes
publication title Crystal structures of the bacterial solute receptor AcbH displaying an exclusive substrate preference for beta-D-galactopyranose
pubmed doi rcsb
molecule keywords ABC transporter binding protein AcbH
total genus 145
structure length 390
sequence length 390
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-08-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3oo8A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3oo8A02
2ONRA 3OO8A 4L17A 5DVIA 4ELOA 3L6GA 5H8NB 1MQIA 4RXLA 3OD7A 4EQ7A 3EHSA 2ALUA 1H43A 1B40A 2H99A 2VGQA 3PGFA 3V5AA 4H8JA 1QKBA 2F78A 2QMXA 5I58A 1QULA 2OWTA 1B2HA 2PX1A 1OQGA 3MAMA 2QPQA 1B3HA 5ICQA 3A09A 4YKIA 1LLSA 1BP5A 4ONYA 3A3CA 3O9PA 3W9VA 2UYFA 3BKIB 1MDQA 3BFUA 5HBCA 2VP1A 3FXQA 1URDA 3MP6A 2ESNA 2OJTA 4OWDA 1LAXA 3KEIA 3KZGA 3FXUA 4PFTA 4QRZA 1XC1A 1ZJLA 5CMCA 2ZYMA 2DP8A 2V3QA 4NF5B 4OQOA 3LSFB 2B65A 3CSBA 3OENA 2UVIA 3U93A 1MH3A 3GLBA 1A99A 3UN6A 1B0HA 3QIMA 4RA1A 1D9VA 1BTJA 1N7WA 3KGCA 5AA2B 3TAJA 3K6WA 3HHGA 3B6WA 5H8SA 3ZKKA 2OBGA 1PB9A 1XHYA 2DSFA 4GFRA 4YAHX 4GRKA 4POWA 2XXWA 1QVSA 2D5WA 4AQ4A 2QS1A 3VE1B 4MFIA 2G29A 1FTMA 3IK6B 5BWJA 3D4CA 3VLWA 3PUWE 5TU0A 4NF6B 1B7ZA 4F2QA 3N6TA 2PT2A 3I3VA 4ZS9A 4U1OA 3TMGA 2DWAA 2YLNA 3PPOA 4YKPA 2GHAA 4ELQA 3G3HA 1SDXA 1FTLA 1EZOA 1MPDA 3SEYA 1BIYA 2A5TA 2OK2A 1MXWA 4R6YA 4R72A 4ZEKA 2DOJA 2PBWA 1KWHA 3KFMA 3VXCA 3MVXA 2RCBA 1SI0A 4K3FA 2ZMBA 5I84A 1SYIA 4I1DA 3FIRA 1B7HA 4KI0E 3TKDA 2GH9A 4DDDA 1P1OA 1FQCA 3MUQA 5I56B 1MM6A 2OWSA 4F2OA 1PC3A 1SW4A 1PDAA 3A3UA 1R6ZA 3UK4A 2DWHA 1MQGA 3TTLA 5CC2A 5L8DA 1CE2A 3G3FA 4O3CA 2DWIA 1P99A 4RJZA 3FZVA 2Y84A 2O51A 2XXYA 1LCFA 1PB7A 4YB6A 1LB9A 1B46A 4KCDA 3PMWA 1NMUA 5H8FA 3TDJA 5F1QA 3FJMA 5AA4B 3OEMA 5KDTA 1B4ZA 1SI1A 2V3TA 5L9OA 4KD5A 3EPEA 1DOTA 4YB5A 4AB6A 3JYRA 1FTKA 2VHAA 1OVBA 2R9JA 1I6BA 1LFHA 3IL1B 4LZ5A 3CG1A 3GBAA 2RCAA 3RN8A 4X1DA 1A8FA 1ZLQA 2XHDA 3G3JA 4RYAA 4IO3A 1FTOA 4PE5B 3K00A 2V93A 1MQDA 2REGA 1MXXA 2FNCA 5I59A 3BBRA 3THIA 3ILUB 4F39A 3HV1A 3LSLA 1HSJA 1B7UA 4OMBA 1ELJA 3U1OA 1SVXB 2XX8A 2H9BA 4KYEA 3CFZA 1MDP1 5I2KB 5A5XB 4ZE9A 1B58A 3IAZA 5L9SA 2HXWA 2XXQA 2ZNTA 1Q1KA 5B70A 2F5XA 1QUJA 2ZNSA 1OLCA 3O29A 1JW5A 4R9GA 3TCFA 1MY3A 2O69A 1S50A 4ND9A 5CRYA 3H6UA 3DP4A 3HSTA 4R73A 2HQ0A 1UTHB 3IO6A 1DTGA 3MZ1A 4NF6A 2FYIA 1QJMA 1DSNA 4G8NA 2DE4A 1JNFA 3C35A 2HEUA 2F34A 3CG3A 1EU8A 3T9XB 3SKPA 4LA9A 3CVGA 3PMVA 4NWCA 1H3DA 1SW2A 2DWJA 1FQFA 3PD8A 4KYSA 2H98A 3CFXA 4F3GA 3TCHA 4F31B 1MXVA 3IX1A 3S9MC 1MS7A 4TLMB 4DXBA 4DCYA 3ZS6A 3KG2A 5CBRA 2WKYA 3PPRA 3QK6A 5F7VA 2R71A 4N6PA 2UVJA 3IB1A 4OEVA 3HHFA 3ZSFA 3UORA 1LSTA 1AL3A 4ZZEA 1DPEA 3G7WA 4PP0A 3EF7A 4MLQA 4IO5A 1AOVA 2GHBA 2XX7A 2PVUA 3QAXA 2QS2A 3O28A 5DVFA 3V83A 1NH7A 1MXYA 2ONSA 4BLAA 1Y9UA 4C1UA 4YKKA 1ZMGA 2RF1A 3H03A 5ICTA 1MPCA 2REJA 1XOCA 4ELRA 3E4RA 3P7IA 3H3GA 4POXA 4F22A 3R7XA 4I62A 4OFJA 1OIBA 3KN7A 4RK2A 3PPPA 4G68A 3MBPA 4Z7EA 1AMFA 3MW0A 2RKMA 4G8HA 3TQLA 3V89B 2Z22A 3M3KA 4GXAA 1YTVA 4NF8B 2R6GE 2V25A 1US4A 5I57A 4EF2A 4DCXA 1JVXA 3RUMA 1LBBA 4PFYA 4EQBA 3FVNA 4QFOA 1N0TA 1H44A 1IXCA 4OEUA 3H6VA 2O7UA 1T0KA 3E9XA 3MZ9A 1MG1A 3OSQA 3TPAA 4QHQA 1XVXA 1MY4A 3IJOB 3KN8A 1NL5A 2D21A 3IORA 4XIGQ 5CM6A 1NNFA 2O1LA 4F1YA 1GTKA 1YAEA 3VVDA 1USYE 1TFAA 3S9NC 1N76A 3PU5A 4G4PA 1NKXA 1MY0A 3WAFA 5ITOA 2PMSA 4LZ8A 3SEVA 2AL4A 4M4GA 5TP9A 3O2AA 2Q2CA 5A5XA 2E0SA 3ONMA 4ESXA 2O1MA 1PBPA 1MH4A 3S9LC 3G3IA 2NOOA 3T9HB 2Y7PA 1S9TA 1N3XA 4X9TA 2KLFA 3V8XB 1IUDA 4QSDA 4AB5A 2RINA 2DXRA 3MVZA 3VVFA 5H8QB 3CFLA 4H65A 4RK9A 5FHMA 3PUZE 2I0CA 1N7XA 1D4NA 2GFEA 3L6HA 4JWOA 3TQWA 4PETA 4GQOA 3H06B 3PUYE 1JQFA 4H1XA 3S2VA 3WAEA 2M8CA 1S7YA 4C0RA 2F35A 2I3VA 2XXPA 5DYHA 5TPAA 4LQ5A 1VFDA 1Y1ZA 1YPNA 3RNNA 2UVGA 2ONKE 1ANFA 4R2BA 2ANJA 4Q30B 4Q5TA 3FUZA 4BDRA 2H25A 4JSDA 1J1NA 1PB8A 3PUXE 3AXFA 3K2DA 4O3BA 1TXFA 3TTKA 3VFJA 1FQDA 1IQ7A 4QFNA 3R26A 3M3FA 3FGSA 3RT8A 3FV1A 1M5CA 2DVZA 4BDOA 3PPNA 4XKRA 1NFTA 3SEUA 1M5FA 2O84X 4ZE8A 4IO6A 3ILTB 1IZ1A 4E0XA 5AA3A 1LAFE 4YMAA 1D9YA 4E0WA 4EUOA 3K1MA 5JTYA 2XD3A 4WEDA 1R9QA 1MQHA 4LATA 3K02A 3C33A 1FQAA 3QUFA 2QRYA 1QW0A 5DT6A 4YZZA 1POY1 2XXHA 3EQ1A 2DYXA 2UVHA 3SESA 3I5OA 4IGRA 1D3KA 3EHTA 1B5IA 4C1TA 4DIGA 2HCAA 5DEXA 1P1WA 1LAHE 1M5DA 3MQ9A 3PD9A 2HFBA 5CMMA 5CBSA 3VV5A 4LONB 1IEJA 4FIMA 4UA8A 2QL3A 2OLBA 1I6AA 2HAVA 2B3FA 2V84A 4PQJA 5H8NA 1N3WA 5CMBA 1FW0A 1QUKA 4QFLA 2A5SA 3R6UA 1NNPA 1BLFA 3VXBA 4JDFA 1AIVA 2ZYNA 1YCJA 5JK4A 4QSEA 4JXIA 1M5EA 4LUBA 3TEPA 4OFLA 1B9JA 1JEVA 3JZJA 2F97A 3HO7A 4YMBA 2AL5A 3VLUA 1PEBA 1B3LA 4I8CA 4OESA 1RYOA 1ZIUA 4KYDA 2XXXA 4R2FA 3PV0E 1Q35A 3OO6A 4U4SA 1EH3A 4OYVA 4GVOA 4TOZA 3UP9A 4NF5A 2F7CA 1FTJA 1I69A 2G93A 1UIVA 1Y3NA 4IY5A 2O7IA 4N07A 5AA2A 3CR9A 4THIA 3O66A 4DLDA 3KSJA 3TFLA 3USDA 2HZKA 2UYEA 3IOUA 2Z8DA 5AA2D 1RKMA 4OENA 3RGYA 1VSOA 1MY2A 4R6KA 3KSXA 3CI8A 2F7BA 3MP8A 1XS5A 2Y7WA 1URSA 2DVCA 3O97A 1IIWA 3N26A 3VVEA 5FHOA 2QSXA 3CSGA 1B1HA 2RC7A 3Q28A 1SBPA 4P0IA 3S9EA 4G77A 1UQWA 2ZYOA 3D4GA 4GXSB 4NTLA 3UGWA 1Y3PA 2Z23A 3GBBA 3N5LA 2ZYKA 1RYXA 1HSLA 1I6QA 3C31A 4XXUA 4F19A 3IJXB 3W9WA 4MF3A 3B7DA 3G3KA 1O64A 1OLAA 4NE4A 1NH8A 1B6HA 3N6UA 1SYHA 4RNSA 3T93B 5I56A 3IB0A 3MZBA 4R75A 2Q89A 3OELA 4FAJA 2D3IA 4XTCQ 4U21A 5K2YA 1B1XA 4WEPA 3DM0A 1A7LA 2ABHA 2YPNA 3K1NA 2DE3A 1L5TA 3FXRA 3BFTA 4OETA 2OZZA 2Z8EA 4ESWA 3H6WA 2F6GA 3W15C 2Q2AA 1TT1A 3B6QA 5H8HB 4I9DA 4Q8RA 4HW8A 1HSEA 3KBRA 1BKAA 2XXUA 1WVJA 3RTFB 1LB8A 1NNTA 2I0BA 4NF4B 5IKBA 3K01A 1H76A 2AIXA 1P1QA 4P0GA 2E1SA 3K6VA 5AA4A 3SEWA 1ZTYA 3M8UA 4ZZAA 4MH5A 1MM7A 1O63A 5CMKA 3C4MA 3O6HA 3OO7A 4F18A 5HM4B 1SD3A 5HPQA 2Y7KA 4P11A 5ISUA 1N04A 4XKNA 2P0SA 4GF8A 3IR1A 3IB2A 5J1DA 1TFDA 3IOWA 4HS7A 1TWYA 2QS4A 2AYSA 2Y7IA 1LCTA 5KDTB 2DS9A 2HZLA 5LOMA 2QMWA 3K0VA 3K1PA 1A40A 3DP6A 3OEKA 3Q29A 1MQJA 4O3AA 1LGBC 4GL8A 3IO4A 3UIFA 5M2VA 2F6PA 2F7AA 3TCGA 4U4XA 1MXZA 4U1ZA 1ZU0A 3H7MA 1MXUA 1H45A 3FD3A 2THIA 1ZBMA 4TQUQ 2DQVA 4F3SA 3DELB 1EZPA 2DE2A 4H8IA 1GGGA 3JV9A 5K2XA 5I2KA 5AA1A 4BDNA 1DTZA 2P2AA 3OXNA 1A55A 3KOTA 5ITPA 4HCYA 3C32A 3C36A 3MC2A 1B32A 1Y20A 5I59B 2PYYA 3IOVA 3K6XA 3Q26A 1B0LA 1JW4A 4PFWA 4PFUA 1FQEA 4ZECA 1LAGE 3IOTA 1WODA 2Q8JA 4RPOA 3RQTA 3OSRA 1UTHA 4H5GA 3LBSA 1MRPA 4BDLA 2LAOA 4FEDA 3RLFE 3HCQA 5KCJB 4QSCA 5B7DA 5KZTA 1B51A 4JWXA 3ODBA 4GIZA 2XXVA 3Q25A 1VFEA 2PT1A 3U92A 4BDMA 4G68C 4OTEA 3EHUA 4FATA 3FJGA 1GR2A 4H0WA 4OZ9A 4H67A 1IXGA 2H4IA 3KJ7A 5I2NB 1SW1A 3RPWA 4G8MA 4OVJA 1N84A 3K6UA 1FCKA 3E3KA 4FORA 1Y1MA 4ZDMA 3T22A 3KN3A 1JEUA 3DP8A 3T9UA 3ECRA 5EHMA 2HAUA 5ELVA 4IO2A 2F8DA 4JB7A 4KHZE 1PBQA 1B5HA 3H4ZA 3PPQA 1B05A 3QYTA 3K4UA 5L9MA 3PMXA 3LSWA 1M5BA 4IO4A 1DPPA 2O6AA 3G3GA 4GD5A 4FJPA 5BUUA 2OCUA 4KPTA 4NEDA 5JEIA 2V3UA 3MP1A 3T9VA 4XKPA 5IAIA 1POTA 5H8HA 3TTMA 4R9FA 4Q0CA 1P1NA 4ISUA 2CZLA 4BDQA 4JBZA 4IO7A 4EXLA 2I3WA 1GVCA 3SETA 4NF4A 3B6TA 5FTIA 1B3EA 1B4HA 3C9HA 3FJ7A 4OHNA 1IITA 3I6VA 3O6GA 4NMYA 2W7YA 1P1UA 2F36A 3KOSA 4IGTA 1II5A 1EZ9A 4NF8A 1JW1A 4NWDA 4JWYA 2B3BA 3S4UA 4F1VA 4GL0A 1UTBB 3CRBA 2I6EA 2RC9A 4M1VA 3FVGA 1R1NA 3MPKA 1OMPA 4FE8A 3GZGA 1UIUA 4G68B 1Z7ME 4DZ1A 4ELPA 1LFIA 4TLLB 4F3PA 3CIJA 3HN0A 3T96B 4DE8A 4EF1A 4YICA 3GXAA 5EYFA 2XXIA 4DXUA 5I57B 3QUJA 4QFPA 4ECFA 3C34A 1WDNA 4KR5A 2VD3A 3TELA 1VR5A 2FA7A 1CB6A 1URGA 3DLNA 5FTHA 3N94A 5FHNA 4RPNA 4RY1A 3LR1A 4Z0IA 4JSOA 3OMBA 1JETA 4QFKA 3SDFA 3TYHA 4KCCA 3T66A 4QF9A 4LVQA 4OXVA 5I58B 4F29A 1IXIA 4EXKA 2XXTA 3E13X 4R74A 1DMBA 1SW5A 2QJEA 2I48A 3RTWB 4MLVA 4ZEBA 3F11A 4WXJA 2X7PA 2XD2A 4HTGA 2QS3A 3LC8A 3RY3A 2Q9TA 3MVYA 5H8QA 5TP9B 3SEXA 5KCJA 4F3BA 3QSLA 1SQYA 2IEEA 4LQ2A 1F9BA 1Y4CA 4EQ9A 1B52A 5DVJA 3VLVA 2Y7RA 2BJJX 2GRVA 5AE4A 1JVYA 3ZKLA 4N13A 4G2ZA 3U8QA 3U94A 2I49A 5I2NA 1ZKBA 4KQPA 3OO9A 3QXMA 4OFOA 2NUVA 1GV8A 1B3GA 3VDFA 1XVYA 2CMOA 2IA4A 3M3LA 3KJTA 4ZEIA 2XX9A 1AH5A 4FEBA 3FV2A 1QKAA 4GOTA 4LZ7A 3HPIA 2VOZA 5TPAB 2ZXTA 1IXHA 2Z8FA 4X48A 3FVKA 2UXAA 4HCWA 1Y4TA 3TODA 4KFQA 3MVWA 2X26A 2A5TB 4H6DA 4OERA 1FQBA 1MPBA 1LBCA 4X1BA 4ZEFA 3H6TA 2I58A 4YU0A 2YJPA 1A54A 2NWJA 2DXYA 3O6IA 5EHSA 2I4BA 4GWOA 4UACA 2P1SA 5DTBA 1Z7NE 3PUVE 4F1UA 3TUSA 4DXCA 3LUYA 4XKQA 4H5FA 3FATA 3TTRA 1OVTA 4IB2A 2VD2A 3MJNA 4U23A 3TTNA 3RT6B 1XT8A 4YB7A 4ZEDA 1R9LA 4U2RA 1VE4A 4IY6A 3EN3A 1B5JA 1UTBA 4LP2B 4U22A 2H5YA 3SERA 5JTYB 4WKMA 1QUIA 4MBPA 2ZNUA 1Y3QA 3LSXA 3MPLA 1B3FA 1US5A 1LFGA 1O7TA 3Q27A 3FVOA 1NNKA 3FASA 2XXRA 1A8EA 1MY1A 2RC8A 1OQHA 4EDPA 5CI5A 1USYH 3TZAA 2I4CA 3MWBA 2X7QA 4YKJA 5H8FB 2NVUB 2Q88A 4FECA 5DEXB 2O68A 1ATGA 3U72A 4R6HA 2NXOA 3UA8A 4GLIA 3OOAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2ONRA 3OO8A 5IZZA 4L17A 5DVIA 4ELOA 2CZKA 3L6GA 5H8NB 3IFCA 1MQIA 4RXLA 2XA5A 3OD7A 4EQ7A 3EHSA 2ALUA 1H43A 2F3BA 1B40A 2H99A 2VGQA 3PGFA 3V5AA 4H8JA 1QKBA 2F78A 2QMXA 5I58A 1QULA 2OWTA 1B2HA 2PX1A 1OQGA 3MAMA 2QPQA 1B3HA 5ICQA 3A09A 4YKIA 1LLSA 1BP5A 4ONYA 3A3CA 3O9PA 3W9VA 2UYFA 3BKIB 1MDQA 3BFUA 5HBCA 2VP1A 3FXQA 1URDA 2FVZA 1G0IA 3MP6A 2ESNA 2OJTA 4PBQA 4OWDA 1LAXA 3KEIA 3RPLB 2QVRA 3KZGA 3FXUA 4PFTA 4QRZA 1XC1A 1ZJLA 5CMCA 2ZYMA 2DP8A 2V3QA 4NF5B 4OQOA 3LSFB 2B65A 3CSBA 3OENA 2UVIA 3U93A 1MH3A 3GLBA 1A99A 3UN6A 1B0HA 3QIMA 4RA1A 1D9VA 4PBHA 1BTJA 1N7WA 3KGCA 5AA2B 3TAJA 3K6WA 3HHGA 3B6WA 5H8SA 3ZKKA 2OBGA 1PB9A 1XHYA 3FXBA 2KR0A 2DSFA 1DCUA 4GFRA 1FBDA 4YAHX 1K9YA 4GRKA 4POWA 2XXWA 2L5VA 1QVSA 2D5WA 4AQ4A 2QS1A 3VE1B 4MFIA 2G29A 1FTMA 3IK6B 5BWJA 3D4CA 3VLWA 3D1RA 3PUWE 5TU0A 4NF6B 3GYYA 4N8GA 4PGNA 3B8BA 3HFUA 1B7ZA 4MNCA 4F2QA 3N6TA 2PT2A 3KC0A 3I3VA 1FJ9A 4ZS9A 4U1OA 3TMGA 2DWAA 2YLNA 3PPOA 4YKPA 2GHAA 4ELQA 4GWUA 3G3HA 1SDXA 2VPOA 1FTLA 1EZOA 1MPDA 3SEYA 4PE3A 1BIYA 2A5TA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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