3OO8A

Crystal structures and biochemical characterization of the bacterial solute receptor acbh reveal an unprecedented exclusive substrate preference for b-d-galactopyranose
Total Genus 145
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
145
sequence length
390
structure length
390
Chain Sequence
GNGPITFGSNYSDEAPKAAFASLMQQATTSTTVPVTVNTTDHNTFQNNISNYLQGTPDSLATWFAGYRLQFFAAQGLLTPIDDVWDKIGGTFNDAAKSLSKGLDGHYYLVPLYNYPWVVFYNKSVFQSKGYEVPASWEAFIALARKMQSDGLVPLAFADKDGWPALGTFDILNLRINGYDYHIKLMKHEVPWTDPGVTKVFDQWRELAAYQQKGANGRTWQDAAKALENKQAGMMFQGSNQVAANYSAKNLPDLDFFVFPAINPQYGTDYMDAPTDGFILPKKGKNAAAAKKVLQYIGTAEAEAAFLKTDHWDVGLANGLIAPTYNDIQKKSVAEIGKCKSVSQFMERDTVPDMANAMIKLIQQFIDQPTPETIATVQKSAEDQAKTIFR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Sugar binding protein
molecule keywords ABC transporter binding protein AcbH
publication title Crystal structures of the bacterial solute receptor AcbH displaying an exclusive substrate preference for beta-D-galactopyranose
pubmed doi rcsb
source organism Actinoplanes
total genus 145
structure length 390
sequence length 390
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-08-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3oo8A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3oo8A02
4F18A 4RYAA 1PEBA 3DP4A 3PU5A 4PETA 1UQWA 1SI0A 3O66A 1P1WA 3PD8A 3VVEA 1IITA 4DCXA 5L9SA 1UTBB 3HHFA 3G3KA 4FAJA 4R9FA 3SDFA 3CR9A 3FASA 3KGCA 3ZKKA 1Q35A 1URSA 1ZTYA 3CIJA 1P1QA 4NF4A 3IX1A 1SVXB 1AMFA 4ELOA 3TPAA 3R6UA 3VLUA 1RYOA 5H8QA 2BJJX 3FXUA 5LOMA 2DWHA 1ANFA 1D9VA 5CRYA 1Y1ZA 2YJPA 2DVCA 5A5XB 4NF8A 1Y3QA 4KR5A 1AL3A 1FQBA 3MVWA 1I6AA 2ANJA 3O6HA 2I6EA 4LP2B 2GH9A 4KYDA 4Z7EA 2V3TA 3U8QA 3IO6A 3R7XA 1VE4A 2XXXA 4EXLA 3C31A 1P1NA 3H4ZA 1EZ9A 1LFIA 3IO4A 4I62A 4OTEA 2V25A 1VFDA 3OO7A 1NH8A 3GBBA 1EZPA 1Y20A 4OETA 1LGBC 1WDNA 2F7BA 5I57A 3EQ1A 3FUZA 1TWYA 4IO6A 3KEIA 4RY1A 3TUSA 4I1DA 1PB9A 3MVXA 2VHAA 3W15C 3H7MA 4F3GA 4FIMA 1OVBA 2DE2A 4P11A 4UACA 3VV5A 4PE5B 3TTRA 3U93A 2G93A 4FEBA 5AA3A 1LB9A 3ZSFA 4FATA 3O97A 1BLFA 3U1OA 1PBQA 2G29A 4DE8A 3H6WA 1NNKA 2NUVA 3DM0A 4OMBA 4ZEDA 2XD3A 3OEMA 1SW2A 3JV9A 2XXYA 4RK2A 4ZEIA 2PMSA 5FTIA 4IO5A 1Z7NE 3EF7A 2O69A 4OESA 3FVGA 1O7TA 4PFUA 2NOOA 2Y7WA 3K01A 3MPLA 1QUJA 1H3DA 3KOSA 3VVDA 2XD2A 1MPDA 3CSGA 1IXIA 2DXYA 2YPNA 2XX8A 1NNTA 1S7YA 1R1NA 1ZKBA 3FZVA 3P7IA 1FCKA 1H44A 1JVYA 2O51A 2O7IA 4QSEA 5ELVA 1Y4TA 4WKMA 2Q9TA 4ZEBA 2P0SA 4KCCA 3OSRA 3VE1B 3Q28A 5H8HB 3TODA 2GHAA 3FATA 2Y84A 4PQJA 4NTLA 3HCQA 3T66A 1LLSA 1ZLQA 3C9HA 5I2KB 2OCUA 3T9HB 5AA2A 1OLAA 5H8NB 2ZNSA 5I58B 3CSBA 3USDA 2DVZA 3TEPA 2FYIA 5DYHA 1TFDA 5L8DA 3RT6B 3HO7A 4F3BA 2O6AA 1SI1A 5M2VA 1LB8A 1NNFA 3OO8A 4KI0E 5TP9B 3MVYA 3QAXA 2I48A 2RC7A 5CBSA 3IOVA 3PGFA 2HAUA 3IL1B 2DE3A 2DWJA 3G3JA 5I84A 3PUYE 1LCTA 3C36A 4FJPA 2HXWA 4OHNA 3MBPA 4F1YA 5B70A 3QYTA 1IXCA 1Y1MA 4GD5A 1A99A 1GVCA 3V89B 3N94A 3QUFA 3FV1A 1XS5A 5DVJA 1D9YA 4JBZA 2Q2CA 2I49A 4ESXA 4OVJA 3UIFA 3E13X 1M5EA 4L17A 1H76A 3S9LC 1JW1A 4KYSA 3O28A 1MXVA 4LVQA 4WXJA 1B3FA 3PMXA 4JWYA 4H5GA 1MQJA 3O6IA 2E0SA 5ITPA 1MXWA 3D4GA 3RT8A 2Z8DA 4NF4B 3KBRA 4XTCQ 2PT2A 1MXZA 2UYFA 1IUDA 4N6PA 2M8CA 2F6GA 5EHMA 5H8QB 1B4ZA 4ZZEA 1XC1A 4G68C 3N26A 1B32A 1B5JA 2RC8A 4GFRA 2KLFA 1USYE 4NF6A 2F34A 2OBGA 1NFTA 1GGGA 2QS2A 3KJTA 3MWBA 4NF8B 4AB6A 4X48A 1MRPA 5KZTA 2H99A 1GTKA 4FORA 3FV2A 2AL4A 1B3EA 1BKAA 1LBBA 4U1OA 4QRZA 3K1MA 4YU0A 1MPBA 4E0WA 3IOTA 4JB7A 4LQ2A 3F11A 3IR1A 3G3GA 5JTYA 1SD3A 1OQGA 5FTHA 5IAIA 1T0KA 3O6GA 1I6QA 1AH5A 1NNPA 2V84A 4IB2A 4PFWA 2NWJA 4GL0A 5I57B 4ONYA 5CMCA 3E4RA 3OO6A 3UGWA 1B0HA 1YPNA 1MY0A 4ZEKA 5EHSA 4OZ9A 3TQLA 3H03A 4YKJA 2ZYMA 4I8CA 4NEDA 4UA8A 2D21A 4OQOA 4E0XA 1DPEA 1N7XA 3ECRA 1PB8A 4MF3A 4F39A 3D4CA 4OFOA 1R9QA 4OYVA 4KQPA 4THIA 2R9JA 4EQ9A 3B6WA 2UVHA 4O3AA 3IJOB 3K1NA 3KSJA 2ONKE 3OELA 3M3KA 3VLWA 4R9GA 5J1DA 3C4MA 3LSXA 5HBCA 4PFTA 2QSXA 3IB0A 3JZJA 1A54A 1FTMA 4BDRA 4F22A 1EH3A 2F5XA 3CRBA 2Y7PA 3TELA 1GV8A 4X9TA 5B7DA 1IXGA 5CMMA 1O64A 1M5DA 3ZS6A 1FTLA 3S4UA 2YLNA 2OJTA 4WEDA 1Y3NA 4YKIA 4BLAA 2REJA 2O7UA 3HV1A 3OMBA 1LCFA 3QUJA 1II5A 2CZLA 3MQ9A 3SEYA 5CBRA 2A5SA 3T93B 1LAGE 5DEXA 4QFPA 3TDJA 5I2NA 1P99A 3PMVA 3UA8A 5I56A 3TZAA 1DPPA 1R9LA 2F7CA 3H6VA 3MVZA 4YMBA 3L6GA 1QW0A 4ZECA 1A8FA 4U21A 3K00A 2QS1A 2XHDA 4NE4A 1B9JA 3TTNA 3Q26A 5AA2B 3T9VA 4IO3A 1FTKA 3GBAA 1MY1A 1PB7A 4Q0CA 3FD3A 5H8SA 2ABHA 1XT8A 4OEUA 4PFYA 3GZGA 1BTJA 1Q1KA 4OXVA 1MY2A 3TTKA 1NMUA 3RPWA 3G3IA 1S9TA 2Q2AA 5JEIA 2QS4A 3K6WA 1QKBA 4XXUA 2QMXA 2R6GE 3QK6A 3RNNA 2XXPA 3TQWA 1DOTA 4ZZAA 4OERA 3H3GA 3RY3A 2AIXA 1MH4A 4QSCA 3QSLA 1JEVA 4YKPA 5EYFA 3RTWB 2ZYKA 3DELB 4M1VA 1IXHA 2I3VA 3FJ7A 3PD9A 4G2ZA 3GLBA 3VVFA 3TCHA 4YB7A 2HAVA 1MQIA 4GF8A 1URDA 1EU8A 3LBSA 3FJGA 1NL5A 1B6HA 1OVTA 2CMOA 4Z0IA 3TAJA 1P1OA 1B51A 1DMBA 1N0TA 4C1TA 1S50A 4PP0A 4DZ1A 1MH3A 2I0CA 2O68A 4KYEA 1SDXA 3ZKLA 4WEPA 1JNFA 3SEWA 1J1NA 1QUKA 4YKKA 4KFQA 3VXCA 2ONRA 1DTZA 3TTMA 4F3SA 3MJNA 1N04A 4YB5A 4ZS9A 1LAXA 3RQTA 2Y7IA 2F36A 4R74A 4Q5TA 2P2AA 2ZMBA 1D4NA 4TLLB 1Y3PA 2H25A 2D5WA 4NF6B 3LR1A 4G77A 4JSDA 2NXOA 1NH7A 4KCDA 1YTVA 4RA1A 2ZYOA 4MLQA 3ODBA 4G8NA 4H67A 4R6YA 2XXIA 1MXYA 2I3WA 4G8MA 4JDFA 3FJMA 3A09A 4GXSB 1RYXA 3ONMA 3MP6A 5JTYB 4HCYA 2HQ0A 2H5YA 4ELPA 5CI5A 4ISUA 2H98A 1B1HA 4ZEFA 1B7HA 3PPQA 1N84A 2GHBA 2VD2A 3UORA 2XXUA 1LAFE 2XXVA 2DE4A 2B3FA 4MBPA 4DXBA 4EQ7A 5FHOA 3KFMA 4AQ4A 2GFEA 1M5FA 1URGA 4EXKA 4MLVA 3O9PA 3U94A 1HSLA 2V93A 4GQOA 4BDLA 3FGSA 3BBRA 1ZU0A 2DYXA 3KN7A 4YZZA 1LSTA 3G7WA 1B4HA 3RGYA 2A5TA 1B5IA 1MS7A 1PDAA 3IOUA 5CMKA 3JYRA 3M3FA 1IEJA 5AA4A 4LA9A 1XVXA 2RF1A 4JXIA 3UP9A 3OENA 3IAZA 2Q89A 2O84X 2F6PA 4RNSA 3T96B 5JK4A 3OXNA 4HS7A 1FQCA 4U4XA 1JW5A 2PVUA 2Y7KA 5AE4A 2V3UA 1WVJA 5H8FA 5ISUA 2OLBA 3B6TA 1Y4CA 4OWDA 5L9MA 1M5CA 5AA1A 1JW4A 4ZDMA 4FECA 1UTHA 4ELQA 1MY3A 4IO7A 3QXMA 4ESWA 3UN6A 3N6TA 3T22A 3RN8A 2THIA 2HEUA 5DEXB 4N07A 1I69A 2HZKA 4ZE9A 2PT1A 5I2NB 2ZXTA 4F3PA 4NMYA 3IK6B 3PPOA 4QFLA 3A3UA 4F2OA 4POWA 3KN3A 3C35A 5I56B 2UYEA 4R75A 1POY1 3PUWE 4IO4A 3I6VA 4O3CA 4OFJA 2XXWA 3BFTA 1CE2A 4XKRA 5L9OA 5F1QA 1MQHA 2Z22A 3IB1A 4ECFA 2VP1A 4U2RA 2PBWA 3FVKA 1FW0A 3U92A 3DP8A 2D3IA 4BDQA 1B7ZA 1WODA 2FNCA 3S9MC 1FQAA 5FHNA 4FE8A 3LUYA 4K3FA 1LAHE 1VSOA 2UXAA 1MM6A 1MQGA 4X1DA 4U23A 3MP8A 1B0LA 3K6VA 1FQDA 1B3LA 2ALUA 3MZ9A 3IORA 4RPOA 4DXCA 3EHUA 3FIRA 1XOCA 4Q8RA 2LAOA 2X26A 3L6HA 4OENA 1PBPA 4TQUQ 1KWHA 4IY6A 4FEDA 5ITOA 3TFLA 4XKPA 1N3XA 1N76A 3TKDA 4RJZA 4H8JA 3K0VA 3B6QA 5CM6A 1JQFA 3IOWA 3WAFA 1JETA 4BDOA 4NF5A 3VFJA 3IJXB 3QIMA 2H4IA 2XX7A 3H06B 2DSFA 1SW1A 3W9WA 3KZGA 3V5AA 4DIGA 2I4BA 1N3WA 1IIWA 4C0RA 3MP1A 3G3FA 4NWDA 4I9DA 1B58A 3PPPA 5KDTA 5KCJA 3CFXA 4RK9A 2F35A 1SYHA 3CFLA 3H6TA 1A7LA 4EF2A 1L5TA 3LSWA 1DTGA 1SW4A 1DSNA 2RCAA 3N5LA 3FXQA 1MM7A 4H6DA 4XKQA 3B7DA 4ELRA 5CC2A 1YCJA 5TU0A 2OZZA 4M4GA 1AOVA 2XXQA 4GWOA 3FVOA 4LONB 4G68A 4BDNA 2Z8EA 4HTGA 5I59A 4QF9A 3W9VA 4YAHX 2I58A 3C32A 5BUUA 1US4A 4P0IA 4Q30B 4R6HA 3CVGA 5FHMA 4H0WA 2HFBA 1ELJA 4OFLA 4JWOA 2X7PA 2HCAA 3SEXA 2I0BA 2QPQA 4POXA 2B3BA 2QRYA 1B5HA 3I5OA 2DQVA 2RCBA 4IGRA 2ZNUA 2F8DA 4F2QA 5ICQA 2IA4A 4IY5A 4DDDA 1ATGA 4EDPA 3LSLA 4H5FA 4GXAA 3SEUA 3OOAA 3CG3A 4DLDA 1QVSA 1O63A 4R2FA 2A5TB 3H6UA 4U22A 3K1PA 3EN3A 5TPAB 4F1VA 1TXFA 2UVJA 4MH5A 1F9BA 5AA4B 3C33A 4R72A 3MZBA 2XXTA 3KOTA 1JEUA 1MDQA 3CFZA 1YAEA 3EHSA 4LQ5A 4YICA 3DLNA 4KHZE 4HCWA 2W7YA 1D3KA 1TFAA 4G8HA 2DWIA 3K4UA 3LC8A 2P1SA 1POTA 3TCGA 1QKAA 3PPNA 5H8FB 3TCFA 2REGA 4LZ5A 4EQBA 4QHQA 2X7QA 1FQFA 3Q25A 3PV0E 1QUIA 1UTHB 2HZLA 4LZ7A 3SESA 3S2VA 1B46A 1XVYA 1I6BA 3M8UA 4R2BA 2F97A 2DWAA 1R6ZA 3VDFA 4DXUA 2QL3A 3T9XB 3RLFE 3CI8A 2B65A 3BKIB 1BP5A 1VR5A 2RINA 5HPQA 3K2DA 4GIZA 1A8EA 3UK4A 2I4CA 1N7WA 3EPEA 4LATA 4GRKA 1FQEA 4OEVA 1SW5A 3VLVA 3C34A 1B2HA 1SQYA 4KD5A 4JWXA 3RUMA 1US5A 1QJMA 1FTOA 4IO2A 4GLIA 5BWJA 3E9XA 3EHTA 1IZ1A 5AA2D 1HSJA 1RKMA 1OIBA 3FVNA 1UTBA 2E1SA 1UIVA 3THIA 4EF1A 2VGQA 1OQHA 2R71A 5DTBA 4U4SA 2DXRA 4IGTA 3WAEA 5IKBA 3HPIA 5DVIA 4H1XA 4GVOA 4EUOA 3S9EA 4QFKA 4H65A 1MY4A 1PC3A 3HSTA 2RC9A 4F31B 1VFEA 4QFOA 3Q27A 1LFGA 3G3HA 4R6KA 4RXLA 5CMBA 2PX1A 3SERA 1MXUA 3V83A 5A5XA 3V8XB 2XXRA 2RKMA 2ZYNA 5TPAA 3HHGA 1QULA 4RPNA 1B1XA 4O3BA 4NF5B 3TMGA 3KSXA 3TYHA 1BIYA 5ICTA 4LUBA 3Q29A 1B7UA 1P1UA 1XHYA 3MW0A 2XX9A 2ESNA 4TLMB 1B40A 4LZ8A 1UIUA 1FTJA 4GL8A 5KDTB 5KCJB 2Q88A 5DT6A 3GXAA 1A55A 3PUXE 1B05A 4G4PA 1OLCA 1ZBMA 4ND9A 1AIVA 4C1UA 4H8IA 1B3GA 3T9UA 1GR2A 4R73A 2O1LA 4F19A 4XKNA 4HW8A 2UVIA 3O29A 1JVXA 3ILTB 1SYIA 1M5BA 2IEEA 3A3CA 1LFHA 4G68B 1ZJLA 1USYH 3SETA 3U72A 1ZIUA 1IQ7A 1MDP1 5I59B 1MG1A 3OSQA 5K2YA 4BDMA 2Y7RA 3OEKA 1SBPA 3AXFA 2OWTA 2Z8FA 4U1ZA 2ZNTA 1ZMGA 3S9NC 4DCYA 2F7AA 1OMPA 2DS9A 3PMWA 1Z7ME 2QMWA 3KN8A 4XIGQ 2QJEA 3OO9A 3BFUA 2WKYA 1A40A 3DP6A 2QS3A 3MUQA 3SEVA 3PPRA 3IB2A 3N6UA 4JSOA 1H45A 3MC2A 3SKPA 4N13A 4ZE8A 3HN0A 2GRVA 3K6XA 3I3VA 3KJ7A 4MFIA 2OWSA 2Z23A 4F1UA 2F78A 2UVGA 1B3HA 2O1MA 1H43A 2FA7A 3K6UA 2V3QA 5H8HA 3FXRA 2VD3A 3OD7A 2DP8A 1MPCA 4AB5A 1TT1A 5I2KA 2XXHA 3K02A 3O2AA 4QSDA 2H9BA 5H8NA 5I58A 5DVFA 1LBCA 2PYYA 1MQDA 2OK2A 3VXBA 4X1BA 4YB6A 1HSEA 1MXXA 4TOZA 3MAMA 4GOTA 5TP9A 3RTFB 3E3KA 4QFNA 1NKXA 3KG2A 3PUZE 4KPTA 1EZOA 2VOZA 1B52A 3LSFB 3PUVE 3ILUB 4F29A 2AL5A 5K2XA 5HM4B 3MZ1A 2ONSA 3MPKA 4YMAA 2NVUB 3CG1A 2Q8JA 3TTLA 2DOJA 2AYSA 1Y9UA 3M3LA 4P0GA 4NWCA 5F7VA 3R26A 1CB6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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