3OOAA

Crystal structures and biochemical characterization of the bacterial solute receptor acbh reveal an unprecedented exclusive substrate preference for b-d-galactopyranose
Total Genus 138
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
138
sequence length
395
structure length
395
Chain Sequence
MSVSDGNGPITFGSNYSDEAPKAAFASLMQQATTSTTVPVTVNTTDHNTFQNNISNYLQGTPDSLATWFAGYRLQFFAAQGLLTPIDDVWDKIGGTFNDAAKSLSKGLDGHYYLVPLYNYPWVVFYNKSVFQSKGYEVPASWEAFIALARKMQSDGLVPLAFADKDGWPALGTFDILNLRINGYDYHIKLMKHEVPWTDPGVTKVFDQWRELAAYQQKGANGRTWQDAAKALENKQAGMMFQGSNQVAANYSAKNLPDLDFFVFPAINPQYGTDYMDAPTDGFILPKKGKNAAAAKKVLQYIGTAEAEAAFLKTDHWDVGLANGLIAPTYNDIQKKSVAEIGKCKSVSQFMDADTVPDMANAMIKLIQQFIDQPTPETIATVQKSAEDQAKTIFR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords ABC transporter binding protein AcbH
publication title Crystal structures of the bacterial solute receptor AcbH displaying an exclusive substrate preference for beta-D-galactopyranose
pubmed doi rcsb
source organism Actinoplanes
molecule tags Sugar binding protein
total genus 138
structure length 395
sequence length 395
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-08-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ooaA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ooaA02
4KCDA 5I59B 2Z8DA 4PQJA 4U21A 1H44A 4H67A 3RQTA 1VFEA 2Q89A 3G3HA 5IAIA 4IO5A 4YKPA 3TELA 4ECFA 5AA2B 1TFDA 3IOTA 1ZBMA 3MP8A 2QSXA 5I56A 5DVIA 5H8SA 3T9HB 4N6PA 2B65A 4U4XA 4YB6A 4X1BA 3PUXE 3VFJA 4JXIA 4G68B 3P7IA 4LONB 2D21A 4EXKA 4O3BA 3UN6A 5CBSA 3ILUB 1I6BA 4JWXA 4R2FA 4DE8A 1OLCA 3DP8A 1NNTA 4NF4A 2UXAA 4F3BA 4RK2A 3KOTA 4H8JA 2ONSA 1H45A 4GL0A 1URSA 2HAUA 1Y20A 3SKPA 4QFPA 3B6TA 2VD3A 5K2YA 5ICTA 1RKMA 1N76A 4X9TA 1FQEA 3K1MA 4OTEA 4O3CA 4GRKA 4KR5A 3K4UA 2NWJA 4GD5A 3IOWA 4N13A 1MY4A 2F97A 2QPQA 2O7UA 1JNFA 4KD5A 3ILTB 4RYAA 4R6HA 2PT2A 4GL8A 5HBCA 3R26A 2IEEA 2P0SA 3HN0A 4R6KA 4ONYA 3CFZA 4O3AA 4XKPA 2O1LA 5ITOA 3F11A 4FECA 5A5XA 3S9EA 2VOZA 5DEXA 1A7LA 4X48A 3SEWA 2A5TA 4YAHX 3TCFA 3KSJA 4YB7A 4FIMA 3VLUA 5I84A 1ZTYA 3FATA 1B3FA 3W9VA 4F22A 4Z0IA 2RINA 1GTKA 1N3XA 1II5A 2OLBA 4ND9A 5H8HA 1OIBA 5ITPA 2UYFA 2DWHA 2QMWA 4ZE8A 3TQWA 2XXIA 4F3PA 4ELQA 3K1NA 4QFKA 3I5OA 3LBSA 1R1NA 1MY0A 3MZBA 3MAMA 4ZDMA 3G3JA 3O2AA 3ZSFA 4YU0A 1B51A 4NWCA 1LB8A 4OEVA 4AQ4A 3EN3A 4QRZA 1QKAA 4KFQA 4WEPA 4F2QA 1B2HA 2OBGA 4LVQA 4DZ1A 2Z23A 1MM7A 4GWOA 5KZTA 4EXLA 2NXOA 4TOZA 3E3KA 2F78A 1LCTA 3S9LC 2VD2A 2ZYMA 3C32A 1LAFE 4EDPA 1B0HA 2DVZA 3IAZA 1Y1ZA 4F29A 4OQOA 1OQGA 3THIA 3PPRA 2YJPA 2H25A 2QS2A 4QHQA 3MP6A 2H98A 4GFRA 3WAEA 3RT8A 4R75A 4RK9A 3EHSA 4JSDA 3H03A 4XKNA 1MXVA 3LR1A 3TODA 3SEXA 1MQGA 1VFDA 3PUWE 1YTVA 3C34A 1MY3A 4OENA 1IITA 1WVJA 3S9NC 1B9JA 1UIVA 4QSDA 2HXWA 3MVZA 2XXVA 3RY3A 1Y9UA 4XIGQ 2ONKE 5I58A 4PFYA 4FAJA 1SW2A 2ZNUA 4FORA 3FJMA 4IO2A 3WAFA 3VXBA 3FUZA 4NF8A 5H8NB 3ODBA 3R6UA 3U1OA 3UGWA 5BUUA 5KCJA 3OXNA 3O6IA 2OWTA 2DWAA 4AB6A 2Y7PA 2O51A 3U92A 5I57A 3K1PA 4DXBA 3H4ZA 2XXTA 1S50A 2AL5A 2A5SA 2UVHA 1P1QA 5KDTB 2F8DA 4NMYA 4IGTA 1B6HA 4RXLA 2Y84A 3QUJA 1BP5A 3FV1A 4NEDA 4NF5A 4TQUQ 2X7QA 3FVOA 3IORA 1QVSA 1FTOA 3EPEA 1FQFA 5B7DA 5CI5A 1JQFA 2ZMBA 1B32A 2UVIA 3VVDA 4BDNA 2I3WA 3OEMA 1AOVA 5AA4A 2Z8FA 4BDQA 4U1ZA 2H5YA 2Q2AA 1ATGA 1OMPA 1Y4CA 1S9TA 2GRVA 3H3GA 5H8FB 3V83A 3KBRA 4RPOA 4KHZE 1NH8A 1L5TA 2VP1A 1UTBA 1LBBA 4OFLA 3BBRA 1IXCA 1PBPA 3PU5A 3VXCA 3UA8A 1B4HA 2DS9A 3BFTA 3KZGA 5AA3A 1UQWA 3TAJA 4EF2A 3N26A 1OQHA 3OELA 5JEIA 2Q2CA 3TCHA 4LZ5A 3UIFA 5ISUA 3B6QA 3T66A 3QK6A 3FJGA 3TDJA 5FTIA 2ABHA 5DT6A 3O66A 4FEBA 1GGGA 1P99A 5JK4A 3D4GA 4LP2B 4E0XA 4QFNA 1MXUA 3KN8A 2AL4A 2OCUA 3MWBA 4G8MA 3FGSA 4YB5A 4NF6B 3VLVA 4HW8A 3MW0A 2I4CA 4YMBA 1UTHB 1LAGE 3MP1A 3CI8A 2XHDA 4XKRA 1B0LA 1JEUA 2HQ0A 2Y7WA 1FW0A 3OO8A 3KFMA 4MF3A 3U8QA 4OERA 1XVYA 1SI1A 1A54A 2OK2A 3PMVA 3FXRA 4GIZA 5J1DA 3S4UA 2REJA 3TKDA 4ZEKA 4H65A 5AE4A 1QW0A 3PPPA 1FQCA 1B7ZA 1B4ZA 3ZKKA 5LOMA 1MPCA 1SBPA 3I3VA 4HCWA 1LB9A 3O28A 4U1OA 3N6UA 4ZZEA 5CRYA 1ZU0A 4QFOA 1MDQA 3IO6A 4GOTA 1MQIA 1FQBA 2XXQA 4HS7A 1M5EA 4RNSA 2HCAA 2O7IA 4EUOA 1LSTA 4G2ZA 3FXUA 4M1VA 1LBCA 2DOJA 3IOVA 1B40A 4H1XA 2F36A 3ECRA 5I2NA 3JZJA 1FTJA 4R9FA 5F1QA 4F39A 4C0RA 1CE2A 4WKMA 3G3FA 5JTYB 1SYHA 2CZLA 2XXXA 3V8XB 1BKAA 2DWJA 4OYVA 1AL3A 1B3GA 2Z22A 3MBPA 3TTKA 4EF1A 4LA9A 2FA7A 4ISUA 3SESA 4MBPA 3LUYA 5CM6A 5IKBA 3IB0A 1IUDA 1A40A 3CG3A 4HTGA 1LCFA 3K01A 1URGA 2V3UA 4OZ9A 3U94A 2XD2A 4R74A 3PUZE 1SYIA 4FEDA 5CMMA 2M8CA 4OXVA 4IO7A 5TPAB 4NWDA 2DXRA 3H6UA 2XX7A 1S7YA 1XC1A 4OMBA 3TUSA 2I58A 4IB2A 3C9HA 3U72A 3MPKA 4DLDA 3DLNA 1BTJA 5FHMA 3T9XB 1O64A 1MG1A 3LSLA 2D5WA 4C1UA 1D4NA 2V84A 2G93A 3USDA 3EQ1A 2I6EA 3TZAA 2QS3A 4LZ8A 4DDDA 3FXQA 5L8DA 5AA1A 2F7AA 1JVXA 1JW4A 3G3IA 3Q27A 3MJNA 4PE5B 2PX1A 1POY1 3H6WA 2NOOA 2LAOA 2DQVA 3TEPA 2ESNA 4U23A 4H6DA 4YMAA 1XT8A 1J1NA 1HSJA 4R6YA 5I59A 1ANFA 3TTNA 1Y3NA 4KPTA 3HCQA 4U2RA 3PUVE 2XXWA 4DCYA 5AA2A 4I8CA 1OVTA 2Q9TA 4GF8A 4N07A 2Z8EA 4ZEFA 3SETA 3N6TA 3KN7A 3BKIB 4G8HA 4KI0E 1UTBB 2O68A 1Y3QA 1NKXA 1DOTA 2DE4A 3CIJA 1EZPA 1XOCA 1LLSA 4U4SA 4G68A 4AB5A 1WODA 1T0KA 2B3BA 2KLFA 1D9VA 2F35A 2QMXA 3QUFA 4RJZA 3FIRA 5CMKA 2V3QA 2IA4A 2R6GE 4G68C 1HSLA 3T96B 2P1SA 3W15C 4L17A 3TFLA 3RTWB 2V25A 4NE4A 1MRPA 1MQJA 3OOAA 3FV2A 5CBRA 1SQYA 4XTCQ 4I1DA 3TTLA 1Y3PA 3TQLA 5TP9B 1B5IA 2QL3A 3PD9A 1HSEA 1YAEA 3QXMA 4UACA 3N94A 1O63A 1P1UA 2RC9A 2W7YA 1MM6A 2HZKA 2X26A 3C4MA 3QSLA 2HEUA 5I2KB 3HO7A 1MXYA 4OVJA 1O7TA 1NMUA 4LUBA 5EHSA 4ZS9A 4TLLB 4FATA 4LATA 3SERA 2R9JA 3TPAA 1UIUA 2XXRA 1IQ7A 3A3UA 4RY1A 5FHNA 4H0WA 3T93B 2DP8A 4K3FA 4PP0A 1NNPA 2I4BA 1P1NA 2WKYA 4F19A 4R73A 3M3KA 1B5JA 1NFTA 5I56B 5EHMA 1FQAA 3MVWA 1Y4TA 1MH4A 2ZYNA 3OEKA 4F1VA 3R7XA 1BIYA 3QYTA 5FHOA 2I48A 3Q26A 3TCGA 2Q8JA 3HV1A 4ZZAA 2RC7A 4JSOA 1QKBA 4I9DA 2R71A 1N7XA 1B58A 2PMSA 4MLQA 1QUIA 1ZKBA 5BWJA 2NUVA 4IGRA 1USYE 1USYH 3MZ1A 2OWSA 1PDAA 3UK4A 2ONRA 1Q35A 4NF4B 1MPBA 3DELB 4IY6A 1D9YA 3L6GA 3FVKA 3HHGA 2ALUA 4POXA 1MXXA 4GXSB 3ZS6A 4BLAA 3IX1A 4OESA 2VHAA 4TLMB 1R9QA 1CB6A 1LGBC 1R9LA 2QS1A 4YZZA 4Q8RA 4Q0CA 3RN8A 3RTFB 2V93A 3IL1B 1SW1A 3DM0A 2DVCA 3A09A 4MH5A 4FJPA 1ZIUA 3E13X 3K00A 4I62A 5EYFA 3CRBA 1M5BA 1ZMGA 3IOUA 1AIVA 2ANJA 4POWA 5A5XB 4H8IA 3HPIA 2B3FA 3CFLA 5DEXB 4GQOA 3E9XA 1SD3A 2NVUB 2A5TB 3EHTA 3IK6B 1EH3A 4KYEA 2BJJX 4BDRA 2DE2A 3VVEA 3CSGA 3LSFB 3Q28A 3I6VA 2DYXA 1FTLA 1ELJA 1URDA 1OVBA 2QJEA 1QUJA 2RF1A 3FVNA 3GZGA 3TYHA 3VV5A 1NNFA 3K2DA 5H8HB 5H8NA 3IO4A 3DP4A 3C36A 2XXPA 4Q30B 4RPNA 1IZ1A 1QUKA 3JV9A 1TFAA 4R2BA 4ESWA 4ZEDA 3BFUA 2XX9A 2O6AA 4HCYA 1F9BA 1DPPA 3IR1A 1A8EA 1VR5A 2GHAA 1N3WA 2F7BA 1US4A 5KDTA 1B7UA 2P2AA 5F7VA 3CG1A 1D3KA 1QJMA 4ELPA 3K02A 3IB1A 3ONMA 4G4PA 2QRYA 1H76A 4R9GA 2ZXTA 3OSQA 5M2VA 4KCCA 3C35A 4C1TA 2HZLA 2F6GA 3KJ7A 3OD7A 1Z7ME 2F7CA 1ZLQA 4JDFA 2XXHA 4R72A 4P0GA 4LZ7A 1B1HA 4F1UA 1WDNA 1N84A 3LSWA 4OETA 3MVYA 1US5A 4NTLA 5DVFA 5B70A 1XVXA 5H8FA 2UYEA 4DCXA 1MY2A 2F34A 1NNKA 4QFLA 2E0SA 1B1XA 3PMXA 2RCAA 3OSRA 1FCKA 1TWYA 3GXAA 1B05A 1EZ9A 1B3LA 2HAVA 2AIXA 1B3HA 5L9MA 1MXWA 4ZEBA 5ICQA 1MPDA 2RCBA 4F31B 5I58B 2AYSA 2G29A 3CVGA 4BDOA 4GVOA 1POTA 1PB8A 1EU8A 1H43A 1P1WA 2I0BA 4NF8B 2REGA 4IO6A 4ELRA 1GVCA 1SW4A 3Q29A 1P1OA 2PYYA 5KCJB 2UVJA 4EQ7A 2GHBA 5HPQA 5CMCA 1M5CA 5I57B 4OWDA 3OO9A 3RUMA 3MPLA 1DTZA 5H8QA 3FJ7A 3RLFE 1MS7A 1B3EA 2XXUA 4XKQA 4F1YA 4YKKA 1DPEA 2H4IA 3MUQA 4NF6A 1JW5A 3L6HA 3MZ9A 2RC8A 1Q1KA 3IB2A 3PUYE 3OMBA 1UTHA 2H9BA 4NF5B 4KYDA 2Y7KA 1RYOA 1OLAA 3RT6B 3DP6A 3KN3A 4YICA 1VSOA 4BDLA 3T9VA 4OHNA 3ZKLA 4G77A 2F5XA 4FE8A 1H3DA 1JW1A 3CSBA 3UP9A 1A99A 2DWIA 3QAXA 3RGYA 5AA4B 3K6UA 4IO4A 5L9OA 4LQ2A 3VE1B 4E0WA 4F3GA 3C31A 4QSEA 3KGCA 2O69A 3AXFA 4F18A 1PBQA 2I3VA 1PB9A 1MQDA 1FQDA 4IO3A 4EQBA 3EF7A 2Y7IA 1LFHA 3FVGA 4BDMA 1EZOA 3O29A 1B52A 1BLFA 4G8NA 1NL5A 4H5GA 4DIGA 3QIMA 1LFIA 4JBZA 1DTGA 1LAXA 4ELOA 1GR2A 2CMOA 2E1SA 4OFJA 3V89B 1N0TA 4U22A 3H06B 4DXCA 4ZECA 2RKMA 3IJXB 3OO6A 2YPNA 1Z7NE 5JTYA 1DSNA 1IXGA 1N04A 3KOSA 1AMFA 2YLNA 1PB7A 3CR9A 2PVUA 5DYHA 2ZYKA 4KYSA 2H99A 3OO7A 1JETA 2ZYOA 3PPNA 4PFUA 1GV8A 3SEUA 3PPQA 4EQ9A 4THIA 3JYRA 3B6WA 3GBAA 5FTHA 2PT1A 1FTKA 1DMBA 4P11A 2ZNTA 4WXJA 3TTMA 4UA8A 4IY5A 1JEVA 1IXIA 3SDFA 1PEBA 2DE3A 3PMWA 5DTBA 3K6XA 2DSFA 5TPAA 3SEYA 3S2VA 3S9MC 3PD8A 3TMGA 2FYIA 3VVFA 1I69A 2F6PA 4PETA 1B7HA 2OZZA 1I6QA 3KSXA 1MXZA 1I6AA 3B7DA 2GFEA 3FASA 3IJOB 1IXHA 2V3TA 4ZEIA 4H5FA 3T22A 3T9UA 5HM4B 4KQPA 2XXYA 4RA1A 4GXAA 1MH3A 4OFOA 4ESXA 1IEJA 1VE4A 3K6VA 4JB7A 4P0IA 2FNCA 1TT1A 4JWOA 1MQHA 3G7WA 4Q5TA 3O6HA 1TXFA 4ZE9A 2X7PA 3N5LA 2I49A 4DXUA 2THIA 4PFWA 1MY1A 4OEUA 5I2NB 1LFGA 4YKIA 2UVGA 3MQ9A 5CC2A 3H7MA 4JWYA 2XD3A 1R6ZA 1B46A 3MVXA 3PGFA 1YPNA 5ELVA 4Z7EA 3UORA 1A8FA 3VDFA 3FD3A 3FZVA 1IIWA 4LQ5A 5CMBA 3TTRA 2I0CA 3MC2A 2HFBA 4XXUA 3Q25A 3V5AA 3RPWA 1FTMA 2VGQA 2Q88A 2OJTA 4QF9A 3M3LA 1A55A 5DVJA 1N7WA 3RNNA 1JVYA 3W9WA 3CFXA 2PBWA 3M8UA 1XHYA 2O84X 2O1MA 1QULA 1B5HA 3LSXA 3M3FA 3GLBA 1SDXA 3A3CA 3KJTA 3HSTA 3O9PA 2XX8A 1SI0A 3C33A 4MLVA 4MFIA 3OENA 1PC3A 3GBBA 3U93A 3KG2A 5L9SA 1LAHE 1SW5A 4X1DA 3O97A 3KEIA 4F2OA 3G3GA 4YKJA 5TP9A 1Y1MA 1ZJLA 5H8QB 1XS5A 3K6WA 1KWHA 2ZNSA 5K2XA 3O6GA 3E4RA 2DXYA 1RYXA 1MDP1 4GLIA 5I2KA 3H6TA 3G3KA 3D4CA 3PPOA 1SVXB 4WEDA 2QS4A 2D3IA 3HHFA 1AH5A 2GH9A 4QSCA 4F3SA 5AA2D 1YCJA 3PV0E 4PFTA 1M5DA 2Y7RA 4M4GA 5TU0A 3EHUA 3K0VA 3VLWA 3H6VA 3LC8A 1NH7A 3SEVA 1M5FA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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