3OOAA

Crystal structures and biochemical characterization of the bacterial solute receptor acbh reveal an unprecedented exclusive substrate preference for b-d-galactopyranose
Total Genus 138
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
138
sequence length
395
structure length
395
Chain Sequence
MSVSDGNGPITFGSNYSDEAPKAAFASLMQQATTSTTVPVTVNTTDHNTFQNNISNYLQGTPDSLATWFAGYRLQFFAAQGLLTPIDDVWDKIGGTFNDAAKSLSKGLDGHYYLVPLYNYPWVVFYNKSVFQSKGYEVPASWEAFIALARKMQSDGLVPLAFADKDGWPALGTFDILNLRINGYDYHIKLMKHEVPWTDPGVTKVFDQWRELAAYQQKGANGRTWQDAAKALENKQAGMMFQGSNQVAANYSAKNLPDLDFFVFPAINPQYGTDYMDAPTDGFILPKKGKNAAAAKKVLQYIGTAEAEAAFLKTDHWDVGLANGLIAPTYNDIQKKSVAEIGKCKSVSQFMDADTVPDMANAMIKLIQQFIDQPTPETIATVQKSAEDQAKTIFR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal structures of the bacterial solute receptor AcbH displaying an exclusive substrate preference for beta-D-galactopyranose
pubmed doi rcsb
source organism Actinoplanes
molecule tags Sugar binding protein
molecule keywords ABC transporter binding protein AcbH
total genus 138
structure length 395
sequence length 395
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-08-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ooaA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ooaA02
2QS4A 1GR2A 5J1DA 1OQGA 4GOTA 3SKPA 1MH3A 4P0IA 3MVWA 1QUKA 3C33A 4KPTA 4RY1A 1FQFA 1ZBMA 1ZJLA 3K6VA 5K2XA 3SEYA 4OXVA 2QS2A 3Q27A 1A54A 4LATA 5DVJA 3W9VA 4IY6A 2V3UA 4UA8A 4XIGQ 1H45A 2F7AA 3GZGA 3PD8A 3HSTA 5F1QA 3TDJA 4LUBA 5EHMA 4TOZA 2ANJA 4I1DA 5AA2D 5TPAA 3MWBA 2AL5A 4Z7EA 4GFRA 2DVCA 3GBAA 2I0BA 3RGYA 4TQUQ 3JV9A 3OO7A 4P11A 3MQ9A 1H76A 4ZEBA 1FQEA 1MS7A 1TWYA 3TYHA 3N5LA 4IO3A 3UK4A 3K6XA 1ZKBA 2H25A 2Q2AA 2RCBA 3MVZA 2ZNUA 4I62A 3ZSFA 1B5JA 1IEJA 1AMFA 1IUDA 1FTJA 1VFEA 4GF8A 2PYYA 3FJGA 4RK2A 4IO4A 1KWHA 5DVIA 5KZTA 1XOCA 3K1NA 1NH7A 2DYXA 2H4IA 2B3FA 5AA4A 4OERA 5H8HB 1B52A 2A5SA 2XD3A 3LUYA 4N07A 1B3LA 2DWAA 2GHBA 1XVXA 2F6PA 2V93A 4WEPA 3KEIA 4OFJA 4OMBA 4PFYA 4YB6A 1S50A 4H8JA 2G93A 5DT6A 1AL3A 4ZDMA 4KYSA 2FNCA 3R6UA 2GHAA 3DELB 3H6VA 4LZ5A 1URGA 5DYHA 3H3GA 1LLSA 1M5EA 3PPOA 4G8NA 5KCJA 4XXUA 5DTBA 2ABHA 4GD5A 1IXCA 3KN3A 4I9DA 4YMBA 5ISUA 3CG3A 1UIVA 5IKBA 4O3CA 4G68C 4U21A 1DTZA 1JNFA 4QFLA 2OWTA 1B6HA 3FIRA 2G29A 1P1UA 1VFDA 2UXAA 1Z7NE 2H98A 3DP6A 3L6GA 1IXHA 1YPNA 2LAOA 2PX1A 2YLNA 1I6BA 2ZMBA 3H06B 2RC9A 5CI5A 5FTHA 1ATGA 1MQHA 2DP8A 3T9XB 3CSBA 1SW2A 4R2BA 1UTHA 5CBRA 2H5YA 1EZOA 1MQGA 5ICTA 4DXBA 1II5A 1SYIA 2OJTA 4AQ4A 3H4ZA 3MP1A 1SQYA 2GRVA 5BWJA 2O51A 3E3KA 3QAXA 4TLLB 3TTLA 5I59B 1SBPA 1A8EA 3T9HB 4OQOA 4DLDA 2HAUA 3EHSA 2V3TA 4YZZA 2NVUB 3TELA 2Y84A 4R6HA 4AB6A 4YB5A 4HTGA 3RT6B 4X9TA 1FTLA 5DEXA 5KDTB 3UP9A 1B3HA 3Q26A 4OVJA 5FHNA 2F5XA 1MY2A 3FD3A 5H8NA 3ZS6A 2UVHA 2F7CA 1N76A 4KI0E 3THIA 4EF1A 1POTA 3S9MC 4C1UA 3MP8A 1M5BA 2X7PA 3O6GA 4IO2A 3JYRA 1TFAA 3HO7A 4E0XA 1MXZA 1B46A 1GGGA 1HSJA 1OMPA 2R9JA 4X48A 1JQFA 4ONYA 4OETA 3TKDA 4ZZEA 4EF2A 3U1OA 3O66A 3IB0A 3KG2A 5HPQA 2RINA 4C0RA 1URSA 5B7DA 4LQ2A 4BDNA 1MM6A 3K4UA 4F1UA 4F3BA 1B7HA 4DCYA 4OEVA 1XS5A 2WKYA 1DPEA 3RTWB 3CSGA 1QVSA 2I3VA 1MXXA 3TCGA 1D3KA 3K01A 2I49A 3SEVA 3SESA 1SI1A 2QRYA 3MZBA 4JSOA 3FXUA 4NF5A 1NNTA 1WVJA 1EH3A 1MPCA 3A3UA 3IOVA 4U23A 1O63A 3SERA 2QS3A 1MM7A 1Y4TA 5I84A 4QSDA 2I4CA 5HM4B 4H65A 4YKKA 3UORA 1LBCA 1QJMA 2REGA 4N6PA 4FECA 2I6EA 2Z8DA 3TTRA 3UGWA 3OEMA 1B0HA 2DE2A 2V84A 3PPPA 4QFKA 4F3SA 1B2HA 3EHTA 2NWJA 1ZU0A 1MXVA 4KCCA 4H6DA 2QSXA 3OSQA 3H6TA 1EU8A 1MRPA 3CVGA 2Q8JA 1LAXA 3BFTA 3DLNA 3RQTA 4F22A 1NNKA 3E9XA 1A40A 1I69A 1LB9A 3B6WA 1JEVA 3IAZA 2P2AA 1FCKA 2VD3A 4R2FA 1ZLQA 5L8DA 4IB2A 3AXFA 3K1PA 1NL5A 2DS9A 4IGRA 5I2KB 1LCTA 3TCHA 2XXQA 4IY5A 4FATA 3KJ7A 4QSEA 3MVXA 4BDMA 3PUXE 5L9MA 2M8CA 3N26A 5AE4A 5BUUA 1A8FA 3C31A 5IAIA 1ELJA 3T9UA 1NMUA 5L9OA 1NH8A 1LCFA 4U2RA 1B4HA 4MLVA 1O64A 4AB5A 2XXVA 1LBBA 5CMKA 3C4MA 4GWOA 1GV8A 2NOOA 1VSOA 3I5OA 2O1LA 2HQ0A 1CE2A 2DVZA 3MPLA 5I2NB 4Q30B 1MDP1 3M3KA 4MBPA 3C35A 3TTNA 4H8IA 3CFZA 4G4PA 3UN6A 5KCJB 3K6WA 3TPAA 1CB6A 2OWSA 4P0GA 3T66A 2RC8A 5I59A 3PD9A 4LZ8A 4F31B 4G68A 2R6GE 1Y1MA 2R71A 1OVBA 1NNPA 1IITA 1QKBA 2AL4A 2HFBA 4NF8A 1XT8A 3OENA 3QYTA 5CMBA 3SEWA 4LONB 4XKNA 4F2QA 3VDFA 1MXUA 1FTOA 2NUVA 2QL3A 1PDAA 4DZ1A 4Z0IA 1B0LA 2KLFA 1OLAA 2VGQA 3KSXA 4XKPA 3I6VA 1VE4A 4NWDA 4PFWA 3B6TA 4O3BA 1JW5A 4F3PA 2Z8EA 5CM6A 1I6QA 3C36A 2A5TA 1DOTA 2XXPA 3PPQA 1PEBA 1O7TA 4NF6B 3EHUA 2Z8FA 4RK9A 5AA3A 3PU5A 2XXRA 3LBSA 2CMOA 4LZ7A 2ONKE 3HHGA 4NEDA 5I2KA 5L9SA 4NMYA 3O2AA 3D4CA 3VVDA 3IR1A 3K1MA 2ZYMA 3KFMA 4ELOA 3IB2A 3IL1B 3CR9A 3L6HA 5F7VA 4OESA 2I58A 1P1NA 2XXXA 2O1MA 3TQWA 2D3IA 2FA7A 2ESNA 2O7IA 3BBRA 1YAEA 2X7QA 1RYOA 3M8UA 4GRKA 3EQ1A 4TLMB 3EF7A 1BLFA 4X1BA 1BIYA 3FGSA 3MZ9A 2PT2A 3OO9A 4YMAA 2DWIA 1B5IA 1MXYA 1M5FA 3GLBA 5EHSA 2P0SA 3FVGA 5AA4B 4THIA 5JTYB 1FQBA 2OZZA 2DXYA 3E4RA 3FUZA 4RPNA 2XXIA 4F3GA 5I57A 3IJOB 2XX7A 1Y4CA 1L5TA 3U8QA 3S2VA 4Q8RA 2UYEA 1IQ7A 3LR1A 2DSFA 3N94A 1D9VA 2REJA 3ILTB 4MFIA 5CMMA 5I56B 4EUOA 3KN8A 1YCJA 4FIMA 1S9TA 4N13A 1P1QA 3G3HA 3PMWA 3W9WA 3TEPA 2NXOA 3V5AA 4KYDA 1Y3NA 4POWA 5I58A 5ITOA 2RKMA 4WXJA 4RA1A 4NE4A 2OK2A 4RXLA 3TZAA 2DQVA 3KOTA 3ODBA 1UTBB 3G3JA 3PPNA 1MG1A 4MH5A 3PGFA 2OCUA 4H67A 3WAFA 4DDDA 1LFGA 5H8FA 3RT8A 1QUJA 1Y1ZA 2D21A 1USYH 1BKAA 1MY3A 3HCQA 5DVFA 1NNFA 1URDA 2F34A 4U1ZA 5H8SA 3U92A 4OFLA 3O28A 3B7DA 3S9NC 2Y7IA 2V25A 4F39A 4QRZA 2XX8A 1Y3PA 3IOTA 3IJXB 4KFQA 4WKMA 4OZ9A 3IO6A 1UIUA 3OEKA 2Y7PA 4KHZE 4ISUA 3IORA 3K02A 3KSJA 3PV0E 4LQ5A 5CMCA 5JK4A 5CBSA 2QMWA 4JDFA 4R9FA 1IXGA 3R7XA 4KYEA 1P99A 4QSCA 1Q1KA 4F2OA 4O3AA 4I8CA 1LB8A 5KDTA 1EZPA 3EPEA 3VFJA 1B3EA 2DWHA 4OWDA 4ZZAA 4BDLA 1JW4A 3LSFB 2AIXA 1AOVA 4GXAA 2DWJA 1XVYA 3PMXA 3C32A 1FTKA 3I3VA 2XX9A 3PUYE 1Y20A 3E13X 3FATA 4MF3A 1F9BA 5I58B 3H6WA 3K00A 4JWYA 3C34A 1HSLA 1YTVA 3HN0A 1Y9UA 3FVOA 4JBZA 4G68B 1FQAA 1EZ9A 4GL0A 2VD2A 3T96B 2E1SA 1OVTA 4JWXA 2OLBA 5HBCA 4BDRA 3WAEA 4IO7A 4OFOA 3S9EA 4YAHX 1FQCA 1N84A 1N3WA 2YPNA 1JW1A 3O6HA 4PETA 4YKPA 1FW0A 1B7UA 4GQOA 2F97A 4FAJA 4ZE9A 4GLIA 1JVYA 3RUMA 2PVUA 3V8XB 3VXCA 1UQWA 2A5TB 3PPRA 4DCXA 4OEUA 4JSDA 1LGBC 1OIBA 2OBGA 4YKJA 3RNNA 1BTJA 3VLUA 2VHAA 3H6UA 4ZECA 4XKRA 5ITPA 2ALUA 3FV2A 2ZNSA 4BDOA 1RYXA 4EQ9A 3T93B 5H8NB 2BJJX 4QF9A 2I3WA 3G3KA 1DSNA 3GXAA 1SI0A 4ESWA 1B5HA 2O6AA 4GVOA 1B40A 2VOZA 3U93A 3S4UA 3VLVA 4XTCQ 3TUSA 3K2DA 2F36A 3A3CA 5JEIA 2DE4A 1SVXB 4PE5B 4IO6A 3UA8A 1J1NA 1SDXA 4KR5A 4LP2B 3G3GA 4Q0CA 5LOMA 2UVIA 1B9JA 1HSEA 1SYHA 3PUZE 4ND9A 4R74A 2DOJA 1MPDA 4YU0A 3DP4A 1M5CA 1SW1A 3T9VA 2GFEA 1M5DA 1LAFE 2HXWA 3KZGA 2I4BA 4NF4A 1TXFA 3EN3A 1MDQA 3MJNA 4ECFA 3B6QA 1TFDA 2Z22A 4EXLA 1H44A 3ILUB 2Q89A 5TP9B 3Q28A 1RKMA 1ZMGA 5AA1A 1IZ1A 3IX1A 2UVJA 4L17A 3VVEA 1N04A 1S7YA 3FXRA 3MUQA 4LVQA 4NF5B 4FE8A 4G8MA 5JTYA 5AA2A 4FEDA 3QK6A 2O7UA 3K0VA 1D4NA 3MW0A 1IIWA 1FQDA 3IK6B 1B32A 3R26A 3W15C 4EQ7A 4JXIA 3CRBA 1MY4A 3VVFA 4H5GA 3PUVE 3VXBA 1B51A 4BDQA 3DP8A 1QW0A 3SEUA 3GBBA 1A55A 3USDA 1JVXA 2IEEA 4F19A 5M2VA 2W7YA 2V3QA 1R1NA 3OO6A 4HS7A 2UVGA 1A7LA 1DTGA 1XHYA 4M1VA 4ZEIA 3RY3A 1ANFA 1JETA 1B3FA 3MPKA 4DE8A 4DXCA 4QFNA 2F78A 3BFUA 4R73A 1QKAA 2QS1A 2XXHA 4U4XA 4XKQA 4YKIA 5H8FB 4NF8B 1I6AA 1OQHA 4U1OA 3TMGA 2Q88A 2VP1A 4Q5TA 1UTHB 1B3GA 3OMBA 1P1OA 5TU0A 3TODA 2ZYNA 4OHNA 4POXA 5A5XA 2FYIA 2XXWA 4HW8A 2ZNTA 5TP9A 4ZEDA 3CIJA 4JWOA 4IGTA 3PUWE 5FTIA 5FHMA 2QJEA 1QUIA 1WDNA 3O9PA 1AH5A 2I48A 4OTEA 4ZE8A 5ICQA 2Q2CA 3VV5A 4NF6A 3G7WA 4WEDA 3HPIA 4RNSA 2HCAA 4EXKA 1IXIA 2P1SA 4H0WA 2O69A 5H8QA 2ONSA 3OXNA 1MXWA 3CFXA 4QFOA 5TPAB 3ZKKA 4E0WA 1H3DA 3CI8A 3KBRA 3U72A 3U94A 1AIVA 2UYFA 1VR5A 5EYFA 1P1WA 1MPBA 3IOWA 2RCAA 3OSRA 4G77A 5CRYA 4EDPA 3TQLA 3K6UA 2Y7WA 1B7ZA 1SD3A 4H5FA 4KD5A 3TAJA 2HZLA 4FEBA 4RJZA 4ZS9A 3LSXA 4U4SA 1GVCA 1N7XA 1PBPA 4OENA 1LAGE 1SW5A 1PB9A 3UIFA 5H8HA 2ZYOA 1FTMA 2IA4A 2X26A 4QHQA 1D9YA 2AYSA 3MVYA 3QIMA 1PBQA 4UACA 1TT1A 2ONRA 2Y7RA 4BLAA 2Z23A 4IO5A 2F6GA 4OYVA 1POY1 5A5XB 2ZYKA 3RN8A 1Q35A 4ELQA 2H9BA 4KQPA 3LSLA 4F18A 4PFTA 3O29A 3G3FA 4NTLA 3SETA 4ELRA 3BKIB 1WODA 1LSTA 2D5WA 4FJPA 4HCWA 4PQJA 3FASA 3LSWA 2I0CA 2XXYA 1N3XA 3HV1A 3MZ1A 1Y3QA 3OO8A 4GIZA 3FVNA 4H1XA 3D4GA 3A09A 1MQDA 4LA9A 3KGCA 3KOSA 3TCFA 1MQIA 5I56A 1NKXA 2GH9A 5H8QB 2F35A 3M3LA 3RTFB 4DIGA 5B70A 1LFIA 3N6UA 3H03A 3VLWA 5CC2A 1BP5A 4R6KA 3RPWA 1US4A 3QUJA 3SDFA 1MY1A 3ONMA 3O6IA 3M3FA 4RPOA 2XXUA 2Q9TA 2O68A 3LC8A 1H43A 4NWCA 2RC7A 3N6TA 4KCDA 4YICA 1ZTYA 3OELA 4EQBA 2ZXTA 4ESXA 4GL8A 1DPPA 2XD2A 4NF4B 4K3FA 3O97A 1R9LA 2QPQA 4C1TA 2PBWA 3FV1A 2DE3A 1Z7ME 4ZEKA 3QSLA 3TTKA 4RYAA 3IO4A 1OLCA 2RF1A 3KJTA 3MAMA 4FORA 3FXQA 3CG1A 2THIA 3MC2A 4GXSB 5AA2B 3Q29A 5I57B 1B1XA 3SEXA 1PB7A 1PB8A 2F7BA 2Y7KA 1A99A 3DM0A 1NFTA 3G3IA 3IB1A 1USYE 4MLQA 1B58A 1JEUA 4R72A 5FHOA 5I2NA 4X1DA 3TFLA 1B1HA 2O84X 3C9HA 4G2ZA 5DEXB 3RLFE 1N0TA 3FJMA 1N7WA 3PMVA 3OOAA 3TTMA 3FJ7A 3QXMA 4PP0A 1B05A 1GTKA 1T0KA 4F29A 1US5A 4U22A 3V83A 1MY0A 2XHDA 4F1VA 1R6ZA 4R75A 3HHFA 1QULA 4F1YA 2PMSA 4ZEFA 2XXTA 1UTBA 2F8DA 3V89B 1PC3A 2QMXA 2HAVA 1XC1A 1MH4A 1R9QA 2B65A 3ECRA 3IOUA 3P7IA 4PFUA 2PT1A 3QUFA 4R6YA 3H7MA 3KN7A 5K2YA 1DMBA 4QFPA 3ZKLA 1B4ZA 5ELVA 3VE1B 1MQJA 2YJPA 3MP6A 3OD7A 3FVKA 1ZIUA 4R9GA 4YB7A 3S9LC 3CFLA 3MBPA 4ELPA 4HCYA 4DXUA 4G8HA 2CZLA 2DXRA 3Q25A 3T22A 1LAHE 3F11A 3FZVA 4M4GA 4JB7A 1LFHA 3JZJA 1SW4A 2H99A 2HEUA 2HZKA 2B3BA 2E0SA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GR2A 1ZJLA 4IY6A 2V3UA 5F1QA 4LUBA 5TPAA 3MWBA 4Z7EA 4PF8A 3OO7A 1G0HA 4ZEBA 3ISPA 3MVZA 2RCBA 4DIGA 1IEJA 3FJGA 5AA4A 2B3FA 2XD3A 2L5VA 2DWAA 2V93A 4OFJA 4I3EA 1S50A 4H8JA 5DYHA 4G8NA 1LLSA 1M5EA 1UIVA 4G68C 2WEFA 1JNFA 3FIRA 5EYHA 3L6GA 1YPNA 5CI5A 2PX1A 4PF6A 2H5YA 1EZOA 1MQGA 2Q8MA 1LBZA 2GRVA 2KR0A 1A8EA 3T9HB 3EHSA 3A29A 3HFUA 4HTGA 5KDTB 1B3HA 1FPKA 4KI0E 4EF1A 1POTA 4C1UA 1M5BA 4PFBA 3HO7A 4P8BA 4PGPA 5IKBA 3U1OA 4C0RA 4F3BA 1B7HA 3B50A 2WKYA 5IZ1A 4PDDA 4PGNA 3CHGA 2I49A 3SEVA 2QRYA 3A3UA 1O63A 2XA5A 3UORA 1LBCA 4N6PA 2I6EA 2Z8DA 2WYKA 3TTRA 3OSQA 3H6TA 5LDZA 4MJOA 1LAXA 3BFTA 1A40A 1LB9A 3GYYA 1ZLQA 4IB2A 3AXFA 3K1PA 2FIXA 1NL5A 2DS9A 4N4UA 3MVXA 3PUXE 5AE4A 5BUUA 1A8FA 1NH8A 1O64A 4NN3A 4AB5A 2CZIA 2XXVA 1LBBA 2WBBA 2WYPA 3C4MA 3I5OA 4GBWA 2DVZA 3MPLA 3M3KA 1FBEA 3CFZA 5KCJB 3TPAA 4P0GA 2RC8A 4NF8A 3SEWA 2QL3A 4DZ1A 4Z0IA 2KLFA 3KSXA 1VE4A 4NWDA 2WX9A 4RK9A 5AA3A 2XXRA 4LZ7A 4NEDA 4N91A 2CEXA 3O2AA 3L6HA 1P1NA 4G61A 1YAEA 2X7QA 5EQ9A 1BIYA 4YMAA 3GLBA 4JVIA 5AA4B 3FUZA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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