3OOAA

Crystal structures and biochemical characterization of the bacterial solute receptor acbh reveal an unprecedented exclusive substrate preference for b-d-galactopyranose
Total Genus 138
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
138
sequence length
395
structure length
395
Chain Sequence
MSVSDGNGPITFGSNYSDEAPKAAFASLMQQATTSTTVPVTVNTTDHNTFQNNISNYLQGTPDSLATWFAGYRLQFFAAQGLLTPIDDVWDKIGGTFNDAAKSLSKGLDGHYYLVPLYNYPWVVFYNKSVFQSKGYEVPASWEAFIALARKMQSDGLVPLAFADKDGWPALGTFDILNLRINGYDYHIKLMKHEVPWTDPGVTKVFDQWRELAAYQQKGANGRTWQDAAKALENKQAGMMFQGSNQVAANYSAKNLPDLDFFVFPAINPQYGTDYMDAPTDGFILPKKGKNAAAAKKVLQYIGTAEAEAAFLKTDHWDVGLANGLIAPTYNDIQKKSVAEIGKCKSVSQFMDADTVPDMANAMIKLIQQFIDQPTPETIATVQKSAEDQAKTIFR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Sugar binding protein
molecule keywords ABC transporter binding protein AcbH
publication title Crystal structures of the bacterial solute receptor AcbH displaying an exclusive substrate preference for beta-D-galactopyranose
pubmed doi rcsb
source organism Actinoplanes
total genus 138
structure length 395
sequence length 395
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-08-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ooaA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ooaA02
3IR1A 3EQ1A 2XXRA 3FXRA 1BP5A 5KDTA 2A5TB 3MAMA 4UA8A 5AA2D 5A5XB 2GRVA 1FQEA 4YU0A 1O64A 4XKQA 1WVJA 4OHNA 2DWAA 1LFIA 2OZZA 2HZKA 5EHSA 4MBPA 5I2KA 2NXOA 4YKIA 4XTCQ 2R71A 4FE8A 5I58A 3HCQA 1YAEA 1XVYA 1B3EA 2XXVA 2Q2CA 4WXJA 4YZZA 2HZLA 1O7TA 1UTBB 3EPEA 4OFJA 4U21A 3TQLA 1GGGA 4F2QA 5CM6A 3VV5A 3Q27A 1ZKBA 3IO6A 2ZMBA 4PP0A 1Y1ZA 3ZS6A 1VSOA 5KCJA 1LB9A 5CI5A 1FTOA 2B3FA 3D4GA 3SKPA 3FVOA 4WKMA 4G68B 3CSBA 4MLVA 4HW8A 2I0BA 2RKMA 5H8NA 1HSJA 2BJJX 3CG1A 4EXLA 3H6UA 3C34A 3DELB 3W9WA 4N6PA 3A09A 3EHTA 4KQPA 2RINA 4WEPA 3IJXB 3JV9A 3UK4A 1Y4TA 3O9PA 1FQFA 4YB7A 1VR5A 1PDAA 3MBPA 3OD7A 1B58A 1Z7NE 2DSFA 3SEWA 3ZSFA 2XHDA 2XXHA 1MQIA 3V5AA 2PX1A 2VD3A 1EZ9A 2Z23A 3V89B 1LAHE 2Q89A 4RK2A 3RN8A 4NEDA 1N76A 1PBQA 1MXVA 4M1VA 2H99A 5LOMA 4QFLA 1IXIA 4FJPA 3FGSA 3IB2A 2QS2A 3VXCA 3TYHA 3PUWE 1QULA 2F7BA 3KGCA 2DQVA 3QXMA 2LAOA 3CFZA 3KJTA 4F3SA 2O6AA 3CVGA 3EN3A 5F1QA 2P0SA 3TFLA 3GBBA 3B6QA 3IAZA 3PPNA 2UXAA 2H9BA 1QJMA 2OJTA 5AA4B 1ATGA 5JEIA 5CRYA 4MLQA 2ONKE 1SDXA 4U1ZA 4Z0IA 4QSCA 4OETA 3HV1A 4GRKA 3JYRA 5H8QB 2OK2A 3HSTA 4EDPA 3S9NC 4DXUA 3K02A 1QKAA 3Q26A 3K01A 3M3KA 3MZ9A 3TEPA 4OTEA 3T9VA 1L5TA 2HAUA 5FTIA 4DZ1A 2FA7A 4RJZA 1S9TA 1KWHA 4U4SA 3QAXA 2XD2A 1B6HA 3LSLA 3UP9A 3LR1A 1D4NA 1TFDA 5ITOA 2UYEA 3FXQA 3FUZA 2B65A 3IO4A 3HPIA 3L6GA 4C1UA 3O2AA 1R9QA 1HSLA 4I8CA 4TQUQ 3FJMA 1AH5A 2XXWA 4HCWA 1LAFE 2HEUA 3PUXE 4PQJA 2QPQA 1RYXA 2P2AA 2XXUA 3UORA 3LUYA 3DM0A 3MUQA 4OWDA 1SI1A 3S9MC 3C9HA 1MXYA 1XOCA 3RTWB 4ND9A 2NWJA 2ONSA 3SETA 1DTZA 3FD3A 4H6DA 3E3KA 2RC9A 4KCCA 2V84A 2F35A 4R6YA 2FYIA 2QMXA 1NKXA 3KEIA 3MZ1A 5ELVA 1FTMA 3PPPA 3O28A 3IOUA 3K0VA 2HAVA 2Z22A 1B5HA 1IITA 1GR2A 1N3XA 4GWOA 3IB1A 3VXBA 1Y4CA 3FVKA 5FTHA 3E13X 3MVWA 5ITPA 3G3KA 5I56B 1JVXA 1JQFA 3KSJA 4NF5A 3FIRA 3U94A 3RT6B 3FV2A 1B7HA 3O6IA 2I0CA 4FORA 1AMFA 1FTLA 3KFMA 4JBZA 4PETA 4AB5A 1LFHA 4NF4B 3ILTB 3IL1B 3OELA 2AIXA 2XX8A 1H43A 1A7LA 3LSXA 3N5LA 2I4CA 4OFLA 4R73A 1JETA 2Q9TA 3TDJA 5ICTA 4N13A 4ZE9A 3TODA 1OLCA 1OQGA 4DLDA 4U2RA 3QIMA 4NWDA 3O66A 3ONMA 4POXA 3N26A 3GXAA 3TQWA 1DMBA 2AYSA 3G7WA 3IK6B 1WODA 1EZOA 1YCJA 3OO8A 1D9VA 4HTGA 2AL4A 2ANJA 4NMYA 1XT8A 3N6UA 2XX7A 2DE3A 3WAEA 1POY1 2Q8JA 5TP9B 5DVJA 5I59B 3S9EA 4UACA 2DXYA 3T93B 1BIYA 4K3FA 1MDQA 3SESA 2DWHA 3UA8A 2RCBA 1OVBA 4F31B 3FV1A 3VVEA 5CMBA 3LBSA 5EYFA 3RGYA 3CI8A 4YKJA 3KSXA 1B3HA 3TTNA 1UIUA 3F11A 3K1PA 3USDA 5CMKA 2X26A 3C32A 1B51A 3R7XA 3RT8A 3H6WA 1P1OA 3PUYE 1S50A 3SERA 4LP2B 2ZYNA 3PMXA 3IX1A 5CMCA 4IO7A 2DWJA 3C31A 1SYIA 3N94A 2DXRA 5KZTA 1NNPA 3GZGA 1BTJA 3E9XA 2O7UA 4GL0A 5AA1A 5I57B 4JDFA 1NH7A 2CMOA 2ALUA 1ZIUA 2DYXA 5H8HA 1DPEA 4RYAA 2F5XA 3QUFA 3B6WA 4KI0E 1LBBA 2P1SA 4GXAA 4OEUA 4EQ9A 2RC8A 4KFQA 2AL5A 1B32A 2D5WA 1LGBC 2F34A 1Y3QA 4H8JA 4AQ4A 1USYE 3MQ9A 3BFTA 2PBWA 4FATA 5CBRA 3GBAA 4IB2A 4LZ7A 1GV8A 3TCFA 1A8EA 1J1NA 5JTYB 5I84A 4IO3A 3OMBA 2G93A 3G3IA 2UVHA 1ZTYA 3MVYA 4OERA 3M3FA 2Y7RA 1Y9UA 1ZLQA 2DE2A 3TZAA 2Z8FA 4OVJA 3FJGA 1FTJA 4QRZA 3KOTA 3PPQA 5J1DA 2Q88A 4DIGA 4NE4A 3K6WA 1FCKA 1LAXA 4DXCA 4JXIA 1MXZA 1SI0A 2Z8DA 3ECRA 5H8FA 2UYFA 4DDDA 2RC7A 2ZXTA 3ZKKA 3M3LA 4YKPA 4RPOA 4OENA 3TMGA 3JZJA 1MPCA 5BWJA 3PU5A 3G3JA 4EXKA 3PD8A 2HXWA 4G8HA 1SQYA 3CFXA 1Y1MA 1I69A 2O1LA 4ONYA 3PD9A 3QSLA 4RK9A 1N7WA 2DVCA 3T22A 1DOTA 1B4HA 2I58A 2QRYA 1B0HA 1MXWA 3C35A 4ZECA 1P1UA 1UIVA 4LQ5A 3PUVE 2KLFA 2B3BA 3K4UA 4HCYA 4FECA 5DYHA 2ZNUA 2REJA 2H98A 1B4ZA 5KDTB 3S2VA 1IXHA 4C1TA 3K00A 3A3UA 1XS5A 4QFNA 5TPAA 1MY2A 4QSEA 4NTLA 2THIA 1S7YA 3IORA 1MS7A 3H06B 1N84A 5I2KB 1UTHA 2DS9A 4Q0CA 1TT1A 5I58B 3MP8A 4ZEKA 2HQ0A 4FIMA 1LBCA 1MY4A 4Q8RA 4RA1A 1N0TA 4ZS9A 1PB9A 1JW1A 3Q28A 2GH9A 3CRBA 4U23A 1IUDA 1QUIA 1A40A 3OOAA 5KCJB 4X1DA 2PT2A 3W15C 5DVIA 3ODBA 1GVCA 3I5OA 5B70A 1D3KA 1YTVA 3FJ7A 4NF4A 4IO2A 3H7MA 1LB8A 4GIZA 3KN8A 2R9JA 1JW4A 3I3VA 2E1SA 2YPNA 4G4PA 4ISUA 5H8NB 1AIVA 4RXLA 5DT6A 3MVXA 2D21A 4JSOA 4XKPA 1B40A 2QJEA 5DEXA 4OEVA 1EZPA 2H4IA 4R75A 4QF9A 5EHMA 3G3FA 3MC2A 4QFOA 3H6TA 1O63A 1URGA 5IKBA 4ECFA 4IO5A 2X7PA 2M8CA 3RLFE 3K1MA 3U92A 4H5GA 3VVDA 1NNKA 3TTLA 4P11A 1B3FA 3T66A 1NH8A 1SBPA 2Y7KA 4F19A 3K6UA 2DOJA 1DSNA 3TAJA 3MW0A 4O3AA 1FQBA 1LAGE 4F39A 4ZEBA 5I2NA 3BFUA 2V3UA 1MH3A 4H0WA 5CBSA 3BBRA 1IZ1A 5FHOA 1FQCA 4PFUA 2V3QA 4LVQA 3LC8A 4BLAA 2IA4A 1XVXA 2O68A 4O3BA 5L9SA 2NUVA 4OZ9A 3BKIB 3KZGA 4I62A 4IY5A 1SW1A 2UVJA 3KN3A 3CIJA 1ZMGA 4R74A 3HN0A 3T9HB 2NVUB 5K2XA 4R6KA 1DPPA 5CC2A 1Q35A 2FNCA 2F8DA 1B2HA 3TTMA 3PPOA 4YAHX 5F7VA 4DCYA 3SDFA 3H4ZA 4G2ZA 3N6TA 4NF6B 1MG1A 1XHYA 4QFPA 3MPLA 3KOSA 5FHMA 4IY6A 1PEBA 2PT1A 2V93A 2REGA 4OQOA 3SEXA 4EF1A 1OLAA 4F3BA 4ZE8A 1NMUA 4EUOA 4BDRA 1CB6A 2O84X 1MDP1 3PGFA 4NF8A 3VDFA 1QKBA 4F1UA 5CMMA 2DE4A 3G3GA 1SW2A 2XXYA 4M4GA 3HHGA 3O97A 4Z7EA 1M5CA 2A5TA 2GFEA 3HHFA 3I6VA 1XC1A 5A5XA 1URSA 2R6GE 3TKDA 1A99A 3MP1A 3U72A 4P0IA 1QUJA 3THIA 4JWYA 3SEYA 1PB8A 4JB7A 2F7CA 1P99A 4POWA 4TOZA 4E0WA 4IGTA 2OLBA 3PV0E 1MXUA 1Y20A 1SVXB 1MQGA 1UTBA 4C0RA 1P1NA 3H03A 3PUZE 2DVZA 3MP6A 3CR9A 1B7ZA 1OIBA 4QSDA 4F3PA 4YICA 3LSFB 1MPDA 3IB0A 2Z8EA 3FVGA 3C4MA 2XXXA 4G68A 4Q30B 1B52A 3RQTA 1H3DA 4OESA 3ZKLA 1I6BA 4YB5A 5HBCA 2ZYOA 3FVNA 3TELA 1US4A 3W9VA 1Z7ME 2CZLA 1PBPA 3A3CA 1OQHA 2ZYKA 1AOVA 4GL8A 3IJOB 5HM4B 4ZDMA 1VFEA 3OSQA 1WDNA 1D9YA 2I3VA 2PMSA 4JSDA 1NNTA 1B1XA 4YB6A 4X9TA 4R72A 2F6PA 3UIFA 1Y3PA 3LSWA 3O6HA 4H65A 4THIA 4F1VA 1JNFA 1IQ7A 4U22A 2XXTA 1I6AA 4U1OA 4KHZE 4U4XA 3VLWA 4XIGQ 3S4UA 3T9UA 3TTKA 2A5SA 2XX9A 1NFTA 2F97A 2VHAA 4X48A 3B6TA 2OWSA 3B7DA 1BLFA 3TUSA 2G29A 3H3GA 5M2VA 3CFLA 1MQHA 3TTRA 2Y84A 3WAFA 1TFAA 4AB6A 4IO6A 1RKMA 4ELOA 5AA4A 1LCTA 4YKKA 5DVFA 3RY3A 3DP6A 3TPAA 1JW5A 5HPQA 1MY3A 5AA2B 3OO7A 2OCUA 4PFYA 4F2OA 2W7YA 3Q25A 1RYOA 3AXFA 4N07A 4F3GA 1MM6A 5DTBA 1MY0A 3TCGA 1JEUA 5H8QA 3RTFB 3D4CA 2OBGA 1IXCA 4F22A 3MWBA 1IEJA 4IGRA 3VVFA 1MH4A 4OYVA 1AL3A 2V3TA 1VE4A 1SD3A 4LATA 4L17A 2X7QA 1N04A 3QUJA 4BDMA 3CSGA 1QUKA 4G68C 4BDOA 5L9OA 4GD5A 3K6VA 4KYDA 4XKNA 4ZZAA 4H1XA 4XKRA 3P7IA 1DTGA 4GVOA 1B46A 1H45A 4LUBA 2QS4A 1P1WA 4PFWA 3O6GA 1MY1A 3RUMA 1R6ZA 4LZ5A 1I6QA 5H8HB 5AE4A 3OEKA 3OSRA 1FQDA 4X1BA 4QFKA 2QSXA 3UGWA 4TLMB 1IIWA 3T9XB 1N3WA 1JEVA 2XD3A 2V25A 1US5A 2H5YA 2OWTA 3T96B 4F18A 1Y3NA 2I6EA 4LONB 1PC3A 3KN7A 1OVTA 4LA9A 4KR5A 4GQOA 5ICQA 3KG2A 2D3IA 3M8UA 1FQAA 4H67A 2PVUA 2VOZA 3DP4A 3SEUA 2QL3A 1IXGA 3QK6A 4R9FA 4ZEFA 1LSTA 5I56A 4F29A 1BKAA 4MFIA 4RPNA 1II5A 3H6VA 3U8QA 1QW0A 3Q29A 3FZVA 1B3GA 1NL5A 3K2DA 2Y7WA 3VE1B 1ELJA 3C36A 4NF6A 3U1OA 4I1DA 1LLSA 2RF1A 1LCFA 4PFTA 3VLUA 4GF8A 4P0GA 2XXIA 5H8FB 3OEMA 3EF7A 3U93A 2ESNA 2HFBA 1MXXA 3VFJA 1HSEA 2VD2A 1PB7A 4RNSA 3V83A 4GFRA 1TXFA 2Q2AA 4GOTA 1FTKA 1MM7A 1MQDA 1POTA 4KYSA 3S9LC 3KBRA 3OXNA 1FW0A 1A8FA 3OO9A 5L8DA 1B3LA 4JWXA 1B0LA 1UQWA 4KCDA 5K2YA 2UVGA 2DWIA 3CG3A 1MPBA 2QS3A 3GLBA 5TP9A 4ZEIA 4RY1A 4MH5A 3IOWA 2XXPA 5I59A 4OXVA 4LZ8A 2VGQA 5TPAB 1H44A 1R9LA 2YJPA 4DE8A 1LFGA 4H5FA 2ZNTA 2PYYA 2QS1A 1GTKA 4LQ2A 1B5JA 1NNFA 2GHAA 3DP8A 1B5IA 4I9DA 1UTHB 4E0XA 5BUUA 2UVIA 3FATA 2O1MA 1A55A 5AA3A 3IOTA 2VP1A 4OMBA 1JVYA 3VLVA 1ZU0A 3L6HA 2F6GA 1M5DA 4GXSB 3E4RA 4ELRA 4IO4A 2F36A 2O51A 3SEVA 1OMPA 2ONRA 3RPWA 1M5BA 4R2BA 4R9GA 4O3CA 3KJ7A 1B1HA 5B7DA 2HCAA 1B7UA 3HO7A 5I57A 4EF2A 1CE2A 4GLIA 1YPNA 1A54A 2ABHA 5DEXB 3TCHA 1ZBMA 1EH3A 4Q5TA 1B9JA 1ANFA 2NOOA 4F1YA 4YMBA 4ELPA 2DP8A 2XXQA 4JWOA 3ILUB 3EHSA 4BDLA 3K1NA 4ESXA 2RCAA 5TU0A 3O29A 4KD5A 3MJNA 2F78A 2E0SA 1TWYA 5JTYA 1VFDA 2I49A 2F7AA 2WKYA 5IAIA 2QMWA 5I2NB 3OENA 2I3WA 4XXUA 2Y7IA 4G8NA 3FASA 4R2FA 2I4BA 4HS7A 1T0KA 4QHQA 1R1NA 1SYHA 1USYH 4MF3A 3C33A 2ZNSA 1H76A 5AA2A 1EU8A 4EQ7A 4ZEDA 4YMAA 3EHUA 1QVSA 3MZBA 2O7IA 1M5FA 1SW4A 3FXUA 1F9BA 4G77A 1M5EA 4BDNA 3OO6A 4FEBA 4NF5B 3PMWA 5L9MA 4PE5B 5H8SA 1MQJA 1URDA 2ZYMA 1SW5A 5JK4A 1MRPA 4NWCA 4FAJA 3RNNA 1ZJLA 4OFOA 3UN6A 4ELQA 4ZZEA 3MPKA 3R26A 1B05A 2IEEA 2I48A 2Y7PA 2YLNA 2O69A 3R6UA 3QYTA 1N7XA 4FEDA 3PPRA 1Q1KA 3MVZA 4TLLB 2GHBA 3IOVA 3PMVA 4H8IA 4WEDA 3V8XB 4NF8B 4DCXA 4EQBA 4KYEA 3K6XA 4DXBA 4ESWA 3G3HA 2H25A 4BDQA 5ISUA 4G8MA 5FHNA 4KPTA 3DLNA 1P1QA 4R6HA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3IR1A 3EQ1A 2Q8MA 2XXRA 3FXRA 1BP5A 5KDTA 2A5TB 3MAMA 4UA8A 5AA2D 5A5XB 2GRVA 1FQEA 4I3YA 4PAFA 4YU0A 1O64A 2ZZWA 4XKQA 1WVJA 4OHNA 2DWAA 1LFIA 5I7IA 2OZZA 2HZKA 2CZKA 5EHSA 4MBPA 5I2KA 2NXOA 4YKIA 4XTCQ 2R71A 4FE8A 5I58A 4UABA 1NUZA 3HCQA 1YAEA 2FBPA 1XVYA 1B3EA 2XXVA 1YYZA 2Q2CA 4WXJA 4YZZA 2HZLA 1O7TA 1UTBB 3EPEA 5ET5A 4OFJA 4U21A 3TQLA 1GGGA 4F2QA 5CM6A 5EQ8A 3RPLA 3VV5A 3Q27A 1ZKBA 3IO6A 2ZMBA 4PP0A 5EYGA 1Y1ZA 3ZS6A 1FPIA 3BIGA 1VSOA 5KCJA 3KBZA 1LB9A 5CI5A 1FTOA 2B3FA 3D4GA 3SKPA 1FBGA 3FVOA 1FBCA 4WKMA 4G68B 3CSBA 4MX6A 2R8TA 4MLVA 3CHGA 2HPGA 3NOHA 4HW8A 2I0BA 2RKMA 5H8NA 1HSJA 2BJJX 3CG1A 4EXLA 3H6UA 3C34A 3DELB 3FXBA 3W9WA 4N6PA 4HE0A 3A09A 1VDWA 3EHTA 4KQPA 2RINA 4WEPA 3IJXB 3JV9A 3UK4A 4N91A 1Y4TA 3O9PA 1FQFA 4YB7A 1VR5A 1PDAA 3MBPA 3OD7A 1B58A 1Z7NE 2DSFA 3SEWA 1LEVA 3ZSFA 2XHDA 2XXHA 1MQIA 3V5AA 2PX1A 2VD3A 1EZ9A 2Z23A 3V89B 5IGAA 1LAHE 2Q89A 4RK2A 3RN8A 4PBHA 4NEDA 1N76A 1PBQA 1MXVA 4M1VA 2H99A 5LOMA 4QFLA 1IXIA 2WEFA 4FJPA 3FGSA 3IB2A 4PGNA 2QS2A 3HFUA 3KC0A 1JP4A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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