3OOAA

Crystal structures and biochemical characterization of the bacterial solute receptor acbh reveal an unprecedented exclusive substrate preference for b-d-galactopyranose
Total Genus 138
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
138
sequence length
395
structure length
395
Chain Sequence
MSVSDGNGPITFGSNYSDEAPKAAFASLMQQATTSTTVPVTVNTTDHNTFQNNISNYLQGTPDSLATWFAGYRLQFFAAQGLLTPIDDVWDKIGGTFNDAAKSLSKGLDGHYYLVPLYNYPWVVFYNKSVFQSKGYEVPASWEAFIALARKMQSDGLVPLAFADKDGWPALGTFDILNLRINGYDYHIKLMKHEVPWTDPGVTKVFDQWRELAAYQQKGANGRTWQDAAKALENKQAGMMFQGSNQVAANYSAKNLPDLDFFVFPAINPQYGTDYMDAPTDGFILPKKGKNAAAAKKVLQYIGTAEAEAAFLKTDHWDVGLANGLIAPTYNDIQKKSVAEIGKCKSVSQFMDADTVPDMANAMIKLIQQFIDQPTPETIATVQKSAEDQAKTIFR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords ABC transporter binding protein AcbH
publication title Crystal structures of the bacterial solute receptor AcbH displaying an exclusive substrate preference for beta-D-galactopyranose
pubmed doi rcsb
source organism Actinoplanes
molecule tags Sugar binding protein
total genus 138
structure length 395
sequence length 395
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-08-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ooaA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ooaA02
1USYH 3C34A 4L17A 3O66A 3Q28A 3SKPA 2ZYOA 1SI0A 1HSLA 3TTMA 5J1DA 3IO6A 1MH4A 3K2DA 4KCCA 4HTGA 4I9DA 2Z8EA 4DCXA 1IXCA 4EF2A 4R74A 3HCQA 4GXAA 4F18A 4EQBA 4Q0CA 5BUUA 4FECA 2Y84A 4QSEA 4IO2A 5IKBA 3PMWA 2XX8A 1JETA 1H44A 4BLAA 3T66A 3I3VA 3LSLA 1TT1A 4YZZA 4LVQA 1USYE 2O7UA 1P1QA 5H8NA 2P2AA 3KGCA 1JW4A 4R72A 4GF8A 3K1NA 1A99A 4OERA 4GXSB 4I8CA 1FQEA 3KN7A 2WKYA 3ZKLA 1SBPA 5I2NA 5FTIA 5I58B 5I59B 3KJ7A 1LB9A 2X7PA 5L9MA 1TFDA 2Q88A 2Y7RA 4ELPA 4RPOA 2QRYA 1LBCA 2RINA 2DWAA 1L5TA 3JYRA 2QJEA 3G3GA 1A7LA 2DSFA 3USDA 1EU8A 1D3KA 1OIBA 4F3PA 5EHMA 4G77A 5EYFA 4MLQA 1FTJA 2UVGA 3RY3A 1PEBA 3EHTA 1QJMA 3O6IA 3V89B 5H8FA 1MY2A 1B2HA 1LCFA 1A8FA 1URDA 3OSQA 4F1VA 3E13X 5CC2A 5I84A 3VVFA 3O2AA 1OVBA 4ECFA 3RTFB 2XXUA 4THIA 1M5DA 1QUJA 1SDXA 3LUYA 4R73A 2H5YA 1D9YA 2OLBA 4JBZA 1LBBA 2BJJX 3TTNA 4POWA 1P1NA 2XD2A 4PE5B 1ZTYA 4YKKA 2F8DA 3GBBA 5DEXB 2F7AA 1DPEA 4ZEFA 3U1OA 3C4MA 1B3FA 4ELQA 1B52A 1FQAA 1LFIA 3JZJA 1B51A 1H45A 4QHQA 1B32A 4G68A 3QK6A 5I2KA 4DIGA 1Y3PA 4MH5A 1IZ1A 1JEVA 4Q5TA 3OXNA 3GLBA 1FTKA 1POY1 1JEUA 3IJOB 1TFAA 3HO7A 2V3QA 2QS2A 3G3FA 1WVJA 3QXMA 4JB7A 4U21A 1DSNA 5K2XA 5H8HA 3OO8A 1FQBA 3SEUA 1UTHB 3H03A 4U23A 3CG3A 3H3GA 1H43A 2XX7A 3FD3A 1SYIA 1QW0A 4IB2A 2O84X 4FE8A 5KZTA 1LFGA 2V3UA 4POXA 3FIRA 1P1OA 1IXGA 4NF8B 3K1MA 4LATA 1NNKA 5IAIA 3IR1A 2DVZA 3KN8A 4AB6A 3L6HA 1B0HA 5ITPA 3M3LA 1FCKA 1GGGA 3THIA 3CFLA 3OEMA 1IIWA 1S50A 3PU5A 2GH9A 1RKMA 3VLVA 1Q35A 3T93B 1Y1MA 2RC9A 2RCAA 1SD3A 3VFJA 2UXAA 5AA4B 1R6ZA 4FEDA 2PYYA 2O68A 1B5IA 2I49A 4AB5A 2B3BA 3W9VA 1XOCA 3HN0A 3H6UA 3H4ZA 1BTJA 1MQIA 2R9JA 5ICTA 2NWJA 4ZECA 5CBRA 2F6GA 2I0BA 3KEIA 4LONB 3TZAA 3U93A 2PT1A 3AXFA 4YB7A 1FQFA 1TXFA 4OENA 5JTYA 1S7YA 4GWOA 4WXJA 3TPAA 1XC1A 1PDAA 3U94A 4C0RA 3V5AA 1LLSA 2O1MA 2X26A 4R9FA 1OMPA 4FEBA 1M5EA 3M3FA 1MG1A 1MPCA 4QFLA 2QMWA 3EF7A 3K02A 3VVDA 2OWTA 2I58A 4TQUQ 3SETA 4OFJA 1Y1ZA 3MQ9A 3UORA 4F2OA 3R7XA 4WEDA 2E1SA 3S9LC 1FTMA 4NF4A 3PUYE 4HS7A 3PUXE 3B6QA 3TMGA 1O7TA 1I6AA 4YMAA 4H0WA 4U4SA 1QUKA 5FHMA 1ZIUA 2HCAA 2Q9TA 3DP6A 1N84A 4ZEKA 1LCTA 1F9BA 4O3CA 4KD5A 3FXRA 5I57A 1NH7A 3IOTA 2F5XA 2Z22A 3IL1B 2XXRA 3LSFB 1JNFA 2I3WA 2ESNA 3C9HA 2HQ0A 3K6VA 3PPQA 5F1QA 3SEYA 1MY1A 1CB6A 4GQOA 4M4GA 1JQFA 2PX1A 1R9QA 1US5A 3PUWE 1SI1A 2Y7WA 1XVYA 3EPEA 4ND9A 4F29A 3N5LA 2XD3A 4JWXA 2NUVA 3B6WA 3CFZA 4IO7A 2Y7KA 4F31B 2DXYA 1B46A 3T9UA 3TCHA 4NWDA 3G3HA 4ZEBA 3FVNA 4YKJA 3TEPA 3MVWA 4XTCQ 3G3JA 1URGA 4ZZAA 1QKBA 4BDNA 5DT6A 3RNNA 3MAMA 3LSWA 4IO3A 4TLMB 2VOZA 4XKNA 3MPKA 4KR5A 2ZMBA 4Z0IA 3EQ1A 2ZYNA 3FXQA 3RUMA 2DWHA 4EQ7A 1MXZA 3RT6B 3TTKA 5A5XB 1B7HA 2V3TA 2B65A 1IXHA 1MXWA 1DMBA 2HFBA 1QKAA 3KFMA 3T22A 3MC2A 4JSDA 4H67A 2NOOA 4IO6A 5CMMA 3KG2A 4LZ8A 1FTLA 1CE2A 4NWCA 3MWBA 1OQGA 3PPPA 1B40A 3PD9A 1B58A 5DEXA 4C1TA 3O28A 4ZEDA 5CMBA 3H7MA 5K2YA 3PPOA 3H06B 2Q2AA 2IEEA 3TYHA 4DXUA 4NE4A 4QSCA 1DPPA 1XHYA 3D4CA 4MF3A 3Q27A 2UYFA 1AMFA 4PQJA 2O6AA 3QUJA 4IO5A 4OTEA 3MVZA 2RC7A 2GRVA 4FJPA 5H8QB 3EN3A 5KCJB 2QSXA 2F36A 1AH5A 4EDPA 3IB2A 3MJNA 4UA8A 5TPAB 3FJ7A 4U1OA 2V25A 1ZMGA 2OBGA 2D21A 2F34A 4X1DA 3TELA 2I4BA 1OQHA 3IOVA 5FHNA 1B7ZA 2PT2A 1N3XA 3UK4A 1MPDA 2XXYA 4HW8A 3OO9A 2ONSA 1OLAA 4F2QA 1A40A 3LSXA 2I6EA 4YKIA 3PV0E 1YCJA 5H8SA 4BDRA 3LR1A 2H98A 4YAHX 2HAUA 5FHOA 5LOMA 1ELJA 2DOJA 2GHBA 4GVOA 3E9XA 1VFDA 4ZDMA 3OOAA 2FA7A 3L6GA 4OEVA 3N6TA 4ZE9A 1QULA 5KDTB 1NH8A 3VXBA 5HM4B 4UACA 5AA2D 5F7VA 3SEXA 1US4A 5CBSA 5TP9A 3RT8A 2REGA 5M2VA 3N6UA 4LQ5A 3S9EA 1O64A 2FNCA 3OEKA 3MUQA 2A5TB 4OVJA 4KYSA 4TOZA 1ANFA 4I1DA 3RTWB 4G4PA 4JWYA 5AA2B 4NEDA 4F1YA 3C33A 3ILUB 3BBRA 1VE4A 1XVXA 2G29A 4RXLA 4ONYA 3MVYA 4DXCA 4HCWA 4KQPA 3Q25A 2HAVA 2DS9A 1DOTA 2I4CA 2I3VA 5L9SA 2RC8A 5AA1A 1T0KA 5I2KB 5I56B 2V93A 3V83A 2AL4A 2O7IA 4RY1A 5EHSA 5B70A 4PFWA 3R26A 4R75A 2D5WA 3W9WA 1BLFA 2P1SA 3K6XA 1MH3A 1MY3A 3C31A 2I0CA 3T96B 2DE4A 1NNFA 4M1VA 4QRZA 1N76A 3O97A 4IO4A 1YTVA 1Z7ME 2HZKA 4ESXA 1Y4CA 2F35A 3CR9A 1JVXA 4G2ZA 4O3AA 4OFOA 5H8NB 4G68C 5L9OA 5CRYA 2DVCA 4GL8A 1IEJA 1MQJA 3I6VA 3K6WA 3ZKKA 3E4RA 4FIMA 5ISUA 1MY0A 5HPQA 3DLNA 5I2NB 3M8UA 1B0LA 1NFTA 3ECRA 1Y4TA 3O9PA 1ATGA 1AIVA 1BP5A 4PFTA 2VP1A 1UTBB 1AL3A 3FVOA 4RK2A 4ELRA 2B3FA 3QIMA 4ESWA 3UIFA 3FJMA 3FUZA 5JEIA 4NF6A 5H8FB 1B1HA 3RPWA 1SVXB 2HEUA 3PMVA 4C1UA 3TQLA 5B7DA 1HSJA 3MVXA 4BDMA 2HXWA 4RNSA 1UIVA 1WODA 4GOTA 2LAOA 4BDOA 2PVUA 2H25A 2A5SA 4KPTA 2OZZA 3IOUA 3GBAA 3DP4A 2DYXA 4R2FA 4YKPA 5CMKA 3PD8A 3PPNA 1IQ7A 4H5GA 2YJPA 4QFKA 3MZBA 2YLNA 3MPLA 2QMXA 2QS1A 4X48A 1MS7A 4QFNA 2CZLA 1NNTA 3QYTA 4GFRA 4Q8RA 2W7YA 5KCJA 4F19A 3KOSA 4WEPA 1UQWA 1NMUA 4N13A 1MDP1 2Y7IA 4OETA 2VHAA 3VE1B 1MQGA 3FVGA 1P1UA 1NNPA 4FAJA 1B5HA 4PP0A 4OXVA 4OEUA 1ZLQA 3EHSA 3JV9A 3DP8A 5H8HB 3S2VA 1B6HA 1VFEA 3RLFE 5DYHA 1Y3QA 5I58A 3CSBA 4GLIA 4H8JA 5I59A 4QFPA 4DXBA 1D9VA 1B3HA 4DE8A 2ANJA 2F7CA 3OD7A 1ZU0A 3KSXA 2F6PA 1B5JA 3N26A 1M5BA 2I48A 2QS3A 2R6GE 3QSLA 1JW1A 4F39A 3T9HB 3O6HA 3LC8A 3A3UA 2KLFA 2PBWA 3VDFA 3OELA 4IGRA 4YB5A 4R9GA 3RN8A 4LZ7A 2CMOA 1LFHA 3MP1A 3SEVA 3MBPA 3T9XB 2XXWA 3HHFA 2O69A 2AIXA 3F11A 3KN3A 1I69A 4OHNA 1P1WA 2ZYMA 4E0XA 5CM6A 4GD5A 3CG1A 2RKMA 3UP9A 4IGTA 2OJTA 1A55A 3H6WA 4H1XA 2M8CA 3IO4A 4X1BA 3HHGA 5JTYB 1MXVA 3I5OA 4GRKA 3U72A 3PUZE 1I6QA 5DVFA 3WAFA 3MZ1A 4YICA 1LAXA 3S9MC 3OENA 3TTRA 1VR5A 4N6PA 2Q8JA 3OMBA 1SW2A 1B4ZA 2DWJA 3UA8A 1ZKBA 4OQOA 4RJZA 4EXKA 4YB6A 1P99A 3B6TA 3TCGA 4F3SA 1QUIA 1MXXA 2DWIA 4KI0E 4H5FA 1MQDA 4ZZEA 4JWOA 2QL3A 1SYHA 2DE2A 4R6YA 4RYAA 3IOWA 4NF4B 1UTHA 3TFLA 4U1ZA 1WDNA 4NMYA 2ZNSA 2Z8DA 3KZGA 5HBCA 4KYDA 3UGWA 1II5A 3A09A 5ELVA 3EHUA 4QFOA 4G8MA 5FTHA 2OK2A 3TKDA 1H3DA 2REJA 3K4UA 4NF8A 5I57B 5DVJA 3ONMA 2D3IA 5DVIA 2XXTA 1XT8A 1B9JA 4HCYA 5TU0A 3U92A 1MRPA 2DE3A 3SEWA 3FVKA 4G8NA 1D4NA 4OYVA 2FYIA 5ICQA 4P0GA 4KYEA 3CRBA 1TWYA 4EUOA 4N07A 4ISUA 3VVEA 3R6UA 1JW5A 4OWDA 1B3GA 5AA4A 5DTBA 1LAHE 1Y20A 1B4HA 5AA3A 4PFYA 2R71A 3K01A 2YPNA 4DCYA 2V84A 3S9NC 4ZE8A 4OESA 4U2RA 1IITA 1UTBA 1LGBC 4GIZA 4P0IA 1OLCA 4JSOA 4Z7EA 4NTLA 1SW1A 4H65A 4XXUA 1LB8A 5L8DA 4NF5B 1OVTA 4QSDA 3PPRA 4FATA 4ZEIA 3E3KA 1FW0A 5CMCA 3GZGA 1Y3NA 2DXRA 1B05A 2XXVA 2THIA 3G3KA 1A8EA 3VLWA 4Q30B 3KBRA 4OMBA 4MFIA 1URSA 2DQVA 2O1LA 1PBPA 4F3GA 1B3LA 3FZVA 4JXIA 2XHDA 1MPBA 2ABHA 3C32A 2P0SA 2XXHA 3TUSA 2Z23A 4QF9A 3K0VA 2XX9A 4U22A 1B1XA 3KSJA 2XXIA 4EQ9A 3S4UA 2E0SA 1PC3A 1DTZA 4BDLA 1Y9UA 2XXXA 2H9BA 4JDFA 2OCUA 3BKIB 2QS4A 4DZ1A 3CSGA 4LA9A 3FJGA 3C35A 4XKPA 2HZLA 2F78A 4KHZE 4X9TA 2UYEA 3SESA 4RPNA 2XXQA 1MXUA 2AYSA 3G3IA 4K3FA 3K00A 3O6GA 3BFUA 3HV1A 1PB8A 4LUBA 4LP2B 2IA4A 1EZ9A 1SQYA 1EZOA 5AE4A 3QUFA 4IY5A 3Q29A 3OO7A 3SERA 3ZS6A 3H6TA 4H6DA 2VD2A 4GL0A 1LAGE 1AOVA 2Q89A 3IX1A 3OSRA 1B3EA 2DP8A 4P11A 3B7DA 4R6HA 5A5XA 1LAFE 2ALUA 4R6KA 2H99A 2ZNUA 3IJXB 4F22A 1GV8A 2ONRA 1KWHA 2O51A 1RYXA 1FTOA 3RGYA 3FV1A 1NKXA 1GTKA 4RA1A 1PBQA 3U8QA 3LBSA 1HSEA 1YAEA 3IB1A 3ILTB 3TAJA 4PFUA 4FORA 1QVSA 4TLLB 1M5FA 3VXCA 4MBPA 5TP9B 5JK4A 3V8XB 1IUDA 3N94A 4G8HA 4AQ4A 3IAZA 1XS5A 3VV5A 5CI5A 4R2BA 4OFLA 3TCFA 1JVYA 1GR2A 4KCDA 1SW4A 1EZPA 3MZ9A 3MP8A 2PMSA 4OZ9A 1FQCA 1DTGA 1UIUA 2ZYKA 5H8QA 2Y7PA 3DELB 3CI8A 2X7QA 4EF1A 1N04A 1A54A 1Z7NE 3MP6A 2UVHA 2F7BA 5TPAA 3D4GA 4G68B 3UN6A 4BDQA 1Q1KA 3PUVE 1MQHA 3TQWA 3Q26A 3GXAA 3C36A 3FV2A 4U4XA 1SW5A 1M5CA 2AL5A 1FQDA 2NVUB 1LSTA 4LZ5A 2RF1A 1IXIA 4DDDA 2OWSA 3CIJA 3ODBA 1H76A 1PB9A 3HSTA 3PGFA 4DLDA 1ZBMA 4KFQA 1PB7A 3O29A 3PMXA 1N7WA 3QAXA 1O63A 4F3BA 5BWJA 1R9LA 3KOTA 4ZS9A 3DM0A 1GVCA 3W15C 1N7XA 4XIGQ 3CVGA 4YU0A 3HPIA 1R1NA 1VSOA 3TDJA 2RCBA 1J1NA 2F97A 2Q2CA 1MY4A 2G93A 2GHAA 3K1PA 1MM6A 4PETA 3K6UA 2H4IA 1I6BA 3RQTA 1MDQA 1RYOA 5KDTA 1POTA 2NXOA 3H6VA 3CFXA 3T9VA 2VD3A 3FATA 2ZNTA 3IB0A 2Z8FA 4XKRA 2QPQA 1S9TA 1ZJLA 4MLVA 4I62A 3ZSFA 3M3KA 3FGSA 3G7WA 3TODA 1MM7A 4YMBA 4LQ2A 3TTLA 4H8IA 4RK9A 4XKQA 2VGQA 4NF5A 3P7IA 2XXPA 3MW0A 2A5TA 4O3BA 3SDFA 3KJTA 4F1UA 1N0TA 3IK6B 1MXYA 2ONKE 2ZXTA 1B7UA 1YPNA 5AA2A 2UVIA 1EH3A 4E0WA 3A3CA 5ITOA 3FASA 2GFEA 4NF6B 3IORA 4ELOA 3OO6A 4EXLA 3BFTA 3WAEA 4WKMA 4IY6A 2UVJA 3VLUA 1N3WA 1BIYA 1BKAA 3FXUA 1NL5A 5I56A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1USYH 3C34A 4L17A 3O66A 3Q28A 3SKPA 2ZYOA 4PFRA 1SI0A 1HSLA 3TTMA 5J1DA 3IO6A 1MH4A 3K2DA 4KCCA 4HTGA 4QBAA 4I9DA 1FPIA 2Z8EA 4DCXA 1IXCA 4EF2A 4R74A 3HCQA 3T1BA 4GXAA 4F18A 4EQBA 4Q0CA 5BUUA 4FECA 2Y84A 4QSEA 4IO2A 5IKBA 3PMWA 3A29A 2XX8A 1JETA 2CZKA 1H44A 4BLAA 3T66A 3I3VA 3LSLA 5T3JA 1TT1A 4YZZA 4LVQA 4PFBA 1USYE 2O7UA 1P1QA 5H8NA 2P2AA 3KGCA 1JW4A 4R72A 4GF8A 3K1NA 3LUZA 1A99A 4OERA 4GXSB 4I8CA 1FQEA 4JVCA 3KN7A 2WKYA 3ZKLA 1IMCA 1SBPA 5I2NA 5FTIA 5I58B 5I59B 3KJ7A 1LB9A 2FHYA 2X7PA 5L9MA 1TFDA 1FBFA 2Q88A 2Y7RA 4ELPA 4RPOA 4KXPA 2FIEA 2QRYA 1LBCA 2RINA 2DWAA 1L5TA 3JYRA 1G0IA 2QJEA 2MKZA 3G3GA 1NV2A 1A7LA 2DSFA 3USDA 1EU8A 1D3KA 1OIBA 4F3PA 5EHMA 4G77A 5EYFA 4PCDA 4MLQA 1FTJA 2UVGA 3RY3A 1PEBA 3EHTA 4H45A 1EYJA 1QJMA 3O6IA 3V89B 5H8FA 1MY2A 1B2HA 1LCFA 1A8FA 1URDA 3OSQA 5EQ7A 2Y5KA 4F1VA 3E13X 5CC2A 5I84A 3VVFA 3O2AA 1OVBA 4ECFA 3RTFB 2XXUA 4THIA 1M5DA 1QUJA 1SDXA 3LUYA 4R73A 2H5YA 1D9YA 5IZ3A 2OLBA 4JBZA 1LBBA 2BJJX 3TTNA 4POWA 1P1NA 2XD2A 4PE5B 1ZTYA 4YKKA 1CNQA 2F8DA 3GBBA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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