3OOAA

Crystal structures and biochemical characterization of the bacterial solute receptor acbh reveal an unprecedented exclusive substrate preference for b-d-galactopyranose
Total Genus 138
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
138
sequence length
395
structure length
395
Chain Sequence
MSVSDGNGPITFGSNYSDEAPKAAFASLMQQATTSTTVPVTVNTTDHNTFQNNISNYLQGTPDSLATWFAGYRLQFFAAQGLLTPIDDVWDKIGGTFNDAAKSLSKGLDGHYYLVPLYNYPWVVFYNKSVFQSKGYEVPASWEAFIALARKMQSDGLVPLAFADKDGWPALGTFDILNLRINGYDYHIKLMKHEVPWTDPGVTKVFDQWRELAAYQQKGANGRTWQDAAKALENKQAGMMFQGSNQVAANYSAKNLPDLDFFVFPAINPQYGTDYMDAPTDGFILPKKGKNAAAAKKVLQYIGTAEAEAAFLKTDHWDVGLANGLIAPTYNDIQKKSVAEIGKCKSVSQFMDADTVPDMANAMIKLIQQFIDQPTPETIATVQKSAEDQAKTIFR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structures of the bacterial solute receptor AcbH displaying an exclusive substrate preference for beta-D-galactopyranose
pubmed doi rcsb
molecule tags Sugar binding protein
source organism Actinoplanes
molecule keywords ABC transporter binding protein AcbH
total genus 138
structure length 395
sequence length 395
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-08-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ooaA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ooaA02
1WDNA 3OOAA 1MS7A 3TUSA 1TXFA 4IB2A 4FEDA 3PMVA 4ONYA 3HHFA 3FVNA 4KCDA 2DE2A 1OQHA 2Z8DA 1QJMA 5ISUA 4NTLA 1YCJA 2BJJX 1O7TA 1FQBA 4IO6A 1AOVA 3IR1A 4TLMB 3TELA 1R9LA 2XXYA 3KN7A 1QULA 1P1QA 2XXQA 3TFLA 1N3WA 3E13X 1IXCA 1XC1A 3EHTA 3VFJA 1EZPA 1LFHA 3K0VA 1D4NA 4IO7A 4FE8A 5H8HB 4UA8A 2XXUA 1BIYA 2HQ0A 5ICTA 2HXWA 1I6AA 1VFEA 1XS5A 4GRKA 3MVYA 3H4ZA 1UTHA 1OLCA 5ELVA 5I2KA 5KCJA 1PB7A 5TPAB 4KCCA 2F78A 4P11A 3K00A 1HSLA 1A54A 2XX8A 1OMPA 2HZKA 1LB8A 3GLBA 1IEJA 1B0HA 5I56B 2VD2A 3K6XA 3MZ9A 4YICA 3KJTA 3EHSA 4F29A 3ZSFA 3OENA 2B3BA 2DWJA 2XX7A 4Z0IA 3MBPA 1MG1A 4ZEDA 1BKAA 4BDMA 3D4GA 1NNPA 1JW5A 4Q8RA 3SEXA 3KEIA 3USDA 2Z8EA 1N7XA 5L9SA 2UYFA 4QFOA 1N7WA 1MDP1 4G68B 4GD5A 3MP8A 3MC2A 2O51A 2QPQA 1ELJA 2W7YA 4IO4A 2OWSA 4DCXA 1BP5A 1FQDA 2GFEA 1FCKA 4Z7EA 5I2NB 3W15C 1Q1KA 1PBPA 5AA3A 3IB2A 4ISUA 4ZEIA 3WAFA 4X1BA 1FTKA 3QK6A 1VSOA 3M3FA 5CM6A 1D9VA 4XKQA 3G3KA 1QVSA 3VVFA 1OQGA 3FXQA 1UTBB 2OK2A 1H76A 4OQOA 4F1VA 3LSLA 4ZZAA 1XVYA 3U92A 3A3CA 5FHNA 4P0GA 3L6GA 1S50A 3C4MA 2QJEA 3G3IA 1M5FA 3VXCA 1S7YA 2RF1A 3QSLA 3IOWA 1MPDA 4F39A 2DP8A 2XXTA 3N6UA 4QRZA 2D21A 3SDFA 4L17A 5HM4B 4GQOA 1LAGE 3W9WA 1WODA 4FIMA 3GBBA 3SESA 2Q2AA 1URGA 2VGQA 2I6EA 2I49A 1USYH 3ZKKA 4RPOA 1QW0A 2IEEA 3EHUA 4RYAA 1FW0A 1IUDA 4H1XA 3CSBA 3FD3A 1GV8A 3C9HA 1MQIA 3AXFA 4BDLA 3H6VA 4GL0A 4O3CA 4M4GA 1JVXA 5FHOA 4GXAA 2KLFA 4R74A 4LP2B 3N94A 1GTKA 4IO5A 3H3GA 3KN3A 1AIVA 4FORA 3B6QA 1A8FA 3C31A 5H8HA 3UK4A 1B3GA 1MY2A 4OVJA 3PD8A 1VR5A 3CVGA 1NNTA 4OEUA 1GR2A 3V5AA 2UVHA 2RC8A 3K6UA 1B0LA 3DP6A 1EU8A 3O9PA 2F35A 4H6DA 3KSXA 5TPAA 2QL3A 4R72A 5B70A 4EUOA 5I57B 1QKAA 4OZ9A 4KPTA 3VVEA 4EQ9A 1EZOA 2DWAA 5I56A 4R73A 2QS1A 4RPNA 3ECRA 1BLFA 1MQDA 1JETA 3MZBA 1LFIA 3TEPA 2RKMA 5AA4B 3OO6A 4U4SA 5L8DA 1SI0A 3CSGA 1I6BA 3QIMA 5JTYB 4O3AA 3C32A 4P0IA 2F6GA 3B6WA 4IO3A 1D9YA 1FTOA 3TTKA 1B6HA 2ANJA 4GFRA 4MH5A 4G68A 4Q5TA 4X48A 3CFXA 3IB1A 3OO9A 3IB0A 4LQ2A 4BDNA 3K01A 1FTJA 2F6PA 5I2NA 1B3HA 2OWTA 5ICQA 1N76A 3FATA 2AYSA 4YKPA 1MXZA 1Z7NE 1GGGA 4AB5A 5H8NB 1P99A 3TODA 4XIGQ 4OERA 3T9VA 4YMAA 3E3KA 4RA1A 1TT1A 5L9MA 3CFZA 1Y1MA 4H8IA 1N0TA 4IO2A 1UTBA 5I84A 3BFTA 1ZIUA 3FUZA 4QF9A 3RLFE 4NWCA 2UVIA 4OESA 5JEIA 2AIXA 2RINA 1Z7ME 4AB6A 4KYSA 3TCGA 3RT6B 4U4XA 5L9OA 5IAIA 2GH9A 2DVCA 2O7UA 1M5DA 1SD3A 2Q2CA 2VOZA 1SW2A 4QSEA 4ESWA 4F3BA 4X1DA 4E0XA 3FXRA 2HFBA 4X9TA 2V3UA 3LR1A 1PDAA 1FQAA 4NF5B 3DLNA 4JDFA 4Q30B 2VP1A 3VE1B 3G7WA 4K3FA 3Q26A 3RTFB 4R9GA 1BTJA 2X7QA 5I58B 1B3EA 4U23A 2Z8FA 5DVFA 3T9HB 4FAJA 3GXAA 4R2FA 3TMGA 5DTBA 2V93A 1F9BA 1UQWA 3ZKLA 1A8EA 2DWIA 2DE3A 4QSCA 1NNFA 1EZ9A 5DVIA 1IITA 3SEWA 3WAEA 4OWDA 1O64A 2I48A 2CZLA 2B65A 3N5LA 3IJXB 3H6TA 3MW0A 2F7AA 4IY5A 3MWBA 2V3QA 3EQ1A 2I58A 1US5A 5I57A 2O69A 4HW8A 4R2BA 3S4UA 3PPRA 4HTGA 4DXUA 3ZS6A 2P1SA 3FVGA 3HV1A 1ZMGA 3KGCA 1YPNA 1UIVA 4ZS9A 1IIWA 3O97A 3KG2A 5AA4A 1ZTYA 3PPQA 2REJA 3THIA 4JWXA 3HSTA 4C1TA 4F2OA 2ABHA 5K2YA 2OZZA 5J1DA 2ZNUA 5JTYA 1H3DA 4POWA 2PBWA 4U1OA 2ZYMA 4PFTA 1MM7A 3B6TA 4OFJA 4R6HA 3V83A 3OXNA 5CBRA 3OEKA 4XKPA 4R6YA 2D5WA 3Q25A 3OO8A 3PMWA 3KOTA 2NXOA 1GVCA 1LLSA 1P1UA 3KSJA 3RGYA 4PETA 3K6WA 3MUQA 3FJGA 3TAJA 1SVXB 4I9DA 1IXGA 3QAXA 1OLAA 5H8NA 4BDOA 1PB9A 3G3FA 2Y7RA 3R26A 2Y84A 4GIZA 4OETA 1ZU0A 4QSDA 3T9XB 1MXWA 3DP4A 2XD3A 4YB7A 2XXVA 4NF4B 4I8CA 1SW4A 2QS2A 5F7VA 3CR9A 4EF1A 4EQ7A 4ZE9A 2DVZA 3K1MA 4ZEBA 4ESXA 3KOSA 3I6VA 4DE8A 3S9NC 1MH3A 1J1NA 5ITOA 1B7ZA 5FTIA 3O6IA 1NH7A 3V89B 1QUIA 3LC8A 5EHMA 1IZ1A 1IQ7A 3K1NA 3LSWA 1B2HA 2ZNSA 2V25A 1S9TA 3T96B 2H25A 4HCYA 2I3WA 3IOVA 3VVDA 1A55A 3MVWA 1URDA 1B05A 3B7DA 2GRVA 3TCHA 3FXUA 4NF5A 2ZXTA 4MLQA 1NNKA 1B1XA 3UN6A 2QMXA 4YKKA 2XXRA 1OVTA 3TYHA 3O66A 1XOCA 1LBBA 5I58A 5AA2B 2DS9A 1R9QA 4F31B 2XXPA 2HCAA 3O28A 2NOOA 1RYOA 2F97A 3LSFB 2XXHA 4FJPA 1AH5A 3T93B 5AA2D 2GHAA 1MQHA 2WKYA 4FEBA 3U8QA 4LVQA 2DYXA 1TFAA 4ZEFA 4WEPA 4JSDA 3O29A 3A3UA 4F19A 5EYFA 4EQBA 1B7UA 1SYHA 4PP0A 3ONMA 5ITPA 4TOZA 1M5CA 4LUBA 3T9UA 3PGFA 2A5TB 4YMBA 5TU0A 1B4ZA 4F18A 3K1PA 5K2XA 3SEYA 3S9EA 3MAMA 4TLLB 4KYEA 1PBQA 4XTCQ 1EH3A 1B32A 3O6HA 2REGA 1NFTA 2F34A 3DP8A 1RYXA 3P7IA 4QFLA 4XXUA 3QYTA 3TPAA 2H99A 1RKMA 4XKRA 5KDTB 3HN0A 4QHQA 1FQFA 4QFNA 3U1OA 3CRBA 2Y7PA 2NUVA 2AL4A 4I1DA 2NVUB 1YAEA 3RNNA 2RC7A 2LAOA 2O1MA 2RCBA 3LSXA 4JSOA 3RQTA 1CB6A 4G77A 4GXSB 4I62A 4WKMA 3A09A 4R6KA 5H8FB 1DOTA 4F3GA 3T22A 5LOMA 2V3TA 4EDPA 4M1VA 5IKBA 2GHBA 4RK9A 3HHGA 1MPCA 4OTEA 1KWHA 1MPBA 4ZDMA 2UVGA 2PVUA 3M3KA 4NF4A 4G68C 3OSQA 2UXAA 1B51A 3CFLA 3H06B 4KQPA 1B5JA 2ZNTA 1B40A 5FTHA 1MQGA 4HCWA 1B5HA 1P1OA 3BFUA 1SQYA 1Q35A 3U72A 4NMYA 5DYHA 3SEVA 4H5GA 5CMMA 1MXVA 4NEDA 2QMWA 4YB5A 4NF6B 1JW1A 5KZTA 4QFPA 1B52A 1Y20A 4DCYA 4EXKA 3S9MC 4BDQA 4PFYA 5CBSA 3G3HA 3IX1A 1B58A 2XX9A 2QRYA 4ELRA 4YZZA 3O2AA 3Q29A 5AA2A 3FJMA 1UIUA 3TTMA 4G8HA 4U21A 4GF8A 1PC3A 4F22A 5H8QB 4C0RA 1N84A 3OELA 4G2ZA 3FV1A 5DT6A 4WEDA 4KD5A 4FATA 3Q27A 1XVXA 1WVJA 3V8XB 4JWYA 3KJ7A 3CIJA 3PPNA 3TTLA 2D3IA 5DEXB 2ESNA 5EHSA 1Y1ZA 4N13A 3PV0E 1R1NA 4G8NA 3N26A 2Y7WA 3PPPA 2NWJA 1A40A 2B3FA 4DLDA 2H4IA 1SI1A 4ELQA 2A5TA 4F1YA 1DPEA 1LCFA 3VDFA 3FVOA 3N6TA 5I59B 3U94A 3PUYE 5CRYA 3TCFA 4OHNA 5BWJA 3RTWB 2I4CA 5H8SA 1MXXA 4EXLA 2E0SA 3L6HA 3K2DA 5KDTA 3PU5A 3MQ9A 1PEBA 1XHYA 3FJ7A 2FNCA 2HEUA 1DTGA 2G93A 3PUXE 3PPOA 2RC9A 4LZ5A 3RPWA 4H8JA 3FASA 3OD7A 2G29A 3H6WA 3IK6B 1Y4TA 5A5XB 3C35A 3T66A 4LQ5A 4POXA 1NL5A 2PT1A 1DMBA 1JW4A 4U22A 4N07A 2Q9TA 5AA1A 4YB6A 3KN8A 5H8FA 3F11A 4U2RA 4BLAA 2ALUA 2F5XA 1POTA 1D3KA 2I0BA 1LGBC 3K6VA 1II5A 1MY4A 1LAFE 2R6GE 4ND9A 3TQLA 3GZGA 3K4UA 1AL3A 5CMKA 1I69A 4O3BA 1ATGA 2Q88A 3M3LA 3I5OA 3VLUA 4XKNA 3PMXA 4PFUA 2Y7KA 1Y3QA 1XT8A 2DXRA 4H67A 3IORA 3BBRA 1PB8A 3UA8A 4HS7A 3VLWA 1CE2A 3UGWA 4NE4A 2ZYNA 4NF6A 3TTRA 5AE4A 2FYIA 3HCQA 4QFKA 2I0CA 3I3VA 2PX1A 2V84A 1I6QA 4KHZE 1T0KA 3IAZA 4BDRA 3FV2A 5F1QA 4IGRA 3K02A 1JEUA 3RT8A 3SKPA 1JNFA 1A99A 3W9VA 1LAHE 4WXJA 5CMCA 4R75A 4NF8B 1B46A 4PQJA 1US4A 2Q89A 4KI0E 5H8QA 1MRPA 1IXHA 1NMUA 2UYEA 3SETA 4DDDA 2M8CA 1MXUA 1POY1 2QS4A 2F7BA 4GWOA 1B9JA 3C34A 5DEXA 4ZE8A 2PT2A 3ILTB 1OIBA 4H5FA 1LCTA 3TDJA 2R9JA 3IOUA 3OSRA 1B7HA 4RY1A 1QKBA 1MY1A 1LSTA 2O7IA 2Z23A 4DXCA 3H03A 3EF7A 1ANFA 5I59A 1QUJA 3KBRA 5FHMA 4RK2A 4Q0CA 3R7XA 4F2QA 1LFGA 1Y3NA 4H65A 2DSFA 4YKIA 3ODBA 3UP9A 3MJNA 1JQFA 1QUKA 3DM0A 1FQEA 3FVKA 1Y4CA 2ONKE 4F3PA 4YU0A 2F7CA 4GOTA 2RCAA 3UORA 1MY3A 4ZECA 4MFIA 4DZ1A 3H7MA 3S2VA 4JBZA 4DIGA 5A5XA 3LBSA 4JXIA 1ZKBA 3E4RA 3RY3A 2ONSA 4F3SA 2VD3A 4R9FA 3JZJA 4YAHX 1L5TA 4U1ZA 2FA7A 4MLVA 4OEVA 3C36A 1DSNA 4YKJA 1R6ZA 4H0WA 2IA4A 3SERA 2HAUA 1SW5A 1DPPA 3EN3A 4N6PA 1AMFA 1NH8A 3Q28A 3IL1B 2H5YA 3QUJA 2XD2A 1H44A 3D4CA 3IJOB 4IY6A 4ECFA 3PD9A 2F8DA 3RN8A 4KYDA 3PUWE 1B1HA 4KFQA 1LB9A 3LUYA 4MF3A 4TQUQ 2E1SA 1M5BA 1Y9UA 3BKIB 3CI8A 1N3XA 3FIRA 3IOTA 2DXYA 3MPKA 2THIA 4LATA 4KR5A 4THIA 1MDQA 3JYRA 3VLVA 3TQWA 3GBAA 2UVJA 2O1LA 3FGSA 3PUVE 5TP9B 1SDXA 1MY0A 2ONRA 4OYVA 1A7LA 1IXIA 3IO6A 1HSEA 2OBGA 4LA9A 2ZMBA 3HO7A 1ZLQA 1MM6A 4PE5B 1OVBA 2YPNA 2DWHA 2Y7IA 2P0SA 3MZ1A 1M5EA 2QS3A 2OLBA 1Y3PA 3R6UA 4NF8A 2Z22A 4NWDA 2ZYKA 4ZEKA 3CG1A 2O68A 3SEUA 5B7DA 4ELPA 1B4HA 1TWYA 3KFMA 1O63A 2DOJA 3H6UA 1H43A 1ZBMA 2O84X 2PYYA 1SYIA 3FZVA 4AQ4A 3VXBA 1N04A 2HAVA 1SW1A 1JEVA 1MH4A 2ZYOA 1B3LA 4GLIA 5M2VA 4OMBA 2YJPA 2DE4A 4F1UA 3OO7A 3MP6A 4JWOA 3ILUB 4RXLA 3CG3A 1LBCA 1URSA 1UTHB 5I2KB 5KCJB 3M8UA 3UIFA 3MVZA 2O6AA 2F36A 2XXXA 5DVJA 2H98A 1H45A 1HSJA 3O6GA 4FECA 3E9XA 4GVOA 1FTMA 4C1UA 3PUZE 4ELOA 4G8MA 4E0WA 4GL8A 1LAXA 5BUUA 3G3JA 5CI5A 3JV9A 1JVYA 3OMBA 4UACA 4PFWA 1P1WA 3S9LC 3DELB 2DQVA 1VE4A 3EPEA 2OJTA 4OFLA 3C33A 4OENA 3RUMA 4IGTA 2H9BA 3VV5A 4LONB 3TZAA 2I3VA 4MBPA 2CMOA 4DXBA 5HBCA 1MQJA 3TKDA 4OXVA 2HZLA 1ZJLA 3QXMA 2PMSA 4OFOA 4ZZEA 1VFDA 5CC2A 2YLNA 1FTLA 1USYE 5JK4A 1DTZA 4RNSA 5CMBA 4JB7A 3TTNA 1YTVA 3MVXA 1FQCA 2P2AA 2QSXA 2XXIA 1P1NA 3IO4A 2X7PA 3QUFA 1SBPA 2I4BA 1NKXA 2X26A 4RJZA 2A5SA 3G3GA 1TFDA 2AL5A 3KZGA 4G4PA 2Q8JA 3MPLA 2R71A 3MP1A 3U93A 5HPQA 1B5IA 4EF2A 4LZ7A 1B3FA 3HPIA 1MXYA 2VHAA 2XXWA 3OEMA 2OCUA 5TP9A 2XHDA 4LZ8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1WDNA 4DI4B 1XI6A 3OOAA 1MS7A 1YXIA 3TUSA 1TXFA 4IB2A 4FEDA 3PMVA 4ONYA 3HHFA 3FVNA 4KCDA 2DE2A 1OQHA 4OVQA 2Z8DA 1QJMA 5ISUA 4NTLA 4AS4A 1FPIA 1YCJA 2BJJX 1O7TA 1FQBA 4IO6A 1AOVA 3IR1A 2FVZA 4TLMB 3TELA 1R9LA 1NUYA 2XXYA 3KN7A 2QVVA 1QULA 1P1QA 2XXQA 3TFLA 3B50A 1N3WA 3E13X 1IXCA 1XC1A 3EHTA 3VFJA 1EZPA 1LFHA 2HPGA 1IMFA 3K0VA 1D4NA 4IO7A 4FE8A 5H8HB 4UA8A 2XXUA 1BIYA 4MAGA 4UABA 4GBVA 2HQ0A 5ICTA 2HXWA 2P3NA 3ISPA 4P8BA 1I6AA 1VFEA 1XS5A 4GRKA 5IGAA 3MVYA 3H4ZA 1UTHA 1OLCA 5ELVA 5I2KA 5KCJA 1SPIA 1PB7A 4XEQA 5TPAB 4KCCA 2F78A 4P11A 3K00A 1HSLA 1A54A 2XX8A 1OMPA 2HZKA 1LB8A 1YZ0A 3GLBA 4OA4A 1IEJA 1B0HA 4X8RA 5I56B 4N6DA 2VD2A 3K6XA 3MZ9A 4YICA 3KJTA 5F24A 3EHSA 4F29A 3OENA 3ZSFA 2B3BA 2DWJA 1FPBA 2XX7A 4Z0IA 3MBPA 1MG1A 4ZEDA 5ET5A 1BKAA 1D9QA 1FBFA 1FPLA 4BDMA 3D4GA 1NNPA 2FBPA 1JW5A 4Q8RA 3SEXA 3KEIA 3USDA 3A29A 2Z8EA 1N7XA 5L9SA 2UYFA 4QFOA 1N7WA 2CZHA 1MDP1 4G68B 4GD5A 3MP8A 3MC2A 2O51A 2QPQA 1ELJA 2W7YA 2XWIA 4IO4A 2OWSA 4DCXA 1BP5A 1FQDA 2QFLA 2GFEA 1FCKA 4Z7EA 3LUZA 5I2NB 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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