2P0SA

Structural genomics, the crystal structure of a putative abc transporter domain from porphyromonas gingivalis w83
Total Genus 31
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
31
sequence length
136
structure length
130
Chain Sequence
DMKTIAIADRTGEYEQLFKENDEFRFVHAEKTAEEYRKMGADKSGIDAVLEIRQDLLEDPNAVAIYGYKQLPASVSNHISRILSDYLSDKKIASYNIPDIKQILADSKIELSVHTYKWSETSGELASGIS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein
molecule keywords ABC transporter, permease protein, putative
publication title The crystal structure of a putative ABC transporter domain from Porphyromonas gingivalis W83
rcsb
source organism Porphyromonas gingivalis
total genus 31
structure length 130
sequence length 136
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-03-01
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2p0sA01
1DSNA 3OENA 4G8NA 5I84A 1B5IA 3S9LC 2UVJA 2XXWA 1ZIUA 5CBSA 5L9MA 3MVXA 3F11A 2PVUA 2IEEA 1US5A 1IZ1A 5H8HA 4ZDMA 3ONMA 5B7DA 1IUDA 3CI8A 3K6XA 5JTYB 2VGQA 3HN0A 4YU0A 2R6GE 3H7MA 4DCXA 2DS9A 1I69A 4F22A 3Q26A 2REJA 3CIJA 3T9UA 4MLQA 1L5TA 1MY2A 3MZBA 2QMXA 1R1NA 1II5A 3DLNA 3TYHA 1P1NA 4M1VA 1NH7A 2ONKE 4IO5A 1B6HA 3O2AA 3BFUA 2X7PA 1LB9A 1Y9UA 4RPNA 4F39A 5TPAB 5CC2A 1MQIA 2H5YA 4NF5A 3OO7A 1Y4TA 1XVXA 3C35A 1YCJA 1B51A 4POXA 1FTJA 1A7LA 4F2QA 2F7AA 4YB7A 1IXIA 4KHZE 4NF5B 4ZEDA 4F29A 5DYHA 3TMGA 5H8FA 1I6AA 3VVFA 2ZYMA 4R73A 5DTBA 3DELB 2O84X 4OZ9A 5CBRA 3MP1A 3H03A 1MPCA 4H67A 2G29A 2H4IA 1MH3A 3TQWA 2Q89A 1CB6A 4ESWA 1AH5A 1FQCA 4OHNA 4DXUA 3VXCA 3EF7A 3ZKKA 3FASA 2ZYNA 4ISUA 1ZJLA 2F7CA 3RPWA 1JNFA 3FV1A 3V5AA 3FVGA 3VE1B 2B65A 4RA1A 3EHUA 3T9VA 1N3XA 1QKBA 4RXLA 4HS7A 3MZ9A 4OWDA 2QL3A 1P1WA 3RN8A 2D5WA 4ELQA 1RYOA 3SERA 3IX1A 5AA1A 5H8SA 2DXRA 2RINA 3PMXA 2E1SA 4GXAA 1AOVA 1ZU0A 2E0SA 2RCBA 2OCUA 3TTMA 4F2OA 2I4BA 2XXIA 3H6TA 1A8FA 4EF2A 2O1LA 4IY5A 2VP1A 1WODA 1OQHA 2UVIA 4EXKA 3PPPA 1J1NA 3TTKA 3MQ9A 4G68A 2DSFA 3MJNA 3R6UA 3SEUA 4ZECA 3PD8A 4YKKA 3CG3A 2HEUA 3TAJA 3WAEA 5I56B 4Q0CA 4HW8A 1FTKA 3K01A 3OMBA 4OESA 3U8QA 3MP6A 3LSXA 3PUVE 3VLVA 4HTGA 3KOTA 1EZPA 2RCAA 3KN7A 3KJTA 3B6QA 5K2XA 2ZMBA 1PEBA 3TCGA 1LCTA 1MY1A 4R74A 4IO2A 3DP6A 4MF3A 4JWXA 1R6ZA 3S9MC 5HBCA 3RY3A 1LAGE 5AA4A 1XS5A 1NL5A 1MXUA 4OFJA 2NXOA 4ND9A 3I6VA 4JWYA 5CM6A 1EZ9A 3FJMA 4GL0A 1D3KA 5L9OA 4GQOA 2XXPA 4C0RA 5EHMA 2ZYOA 3LSWA 3MVWA 4X1DA 1MDP1 1QUJA 4G77A 2I0BA 2VOZA 4Q5TA 1URSA 3K02A 3QK6A 3FXUA 3T96B 2AYSA 3R26A 4AB5A 3RGYA 3K00A 4ZZEA 3TUSA 4UACA 4U4XA 1MY0A 1RYXA 1M5FA 3T93B 5F7VA 2FA7A 1LSTA 3VLWA 3FXQA 4PFWA 1PB8A 2ZNSA 4R9FA 3CSGA 3MPKA 2CMOA 2XXQA 4AQ4A 1IITA 2F6PA 2F7BA 4U1ZA 3T22A 4NF6A 3E13X 2Y7IA 2O7IA 1MXZA 4N07A 5KZTA 4NF8B 4KD5A 3A3CA 1FTLA 1D4NA 4Q8RA 1A55A 4C1UA 3GZGA 1PB7A 1LBBA 2Z22A 4EQ7A 1SYIA 2PBWA 3K4UA 2XX8A 2HQ0A 4WKMA 2NWJA 3MVYA 1NNPA 3MAMA 2OWSA 1HSEA 3P7IA 3DP8A 2UYEA 1URGA 4R72A 3OSQA 3LBSA 2LAOA 3O28A 2DE3A 3IOUA 1MXXA 1SVXB 1XOCA 4K3FA 1B3LA 3RTFB 3MVZA 2XXRA 3L6HA 2H9BA 1XVYA 4Z0IA 2H99A 5J1DA 1H45A 5L8DA 3ODBA 4X48A 1MM7A 1GR2A 5IAIA 2Y84A 2PT2A 4GOTA 3PMWA 1UTHA 1B52A 3K6WA 4QFKA 4LQ2A 2UYFA 3AXFA 2VD3A 2XXYA 4QF9A 4TOZA 1DTGA 2F5XA 2HCAA 2AL5A 1LAFE 1Y3NA 3TQLA 1N0TA 3M3FA 4JSDA 5I2KA 1YAEA 3H4ZA 2V25A 4KYEA 1LFIA 3H6WA 4MFIA 4UA8A 3WAFA 4KYDA 5I58B 1MXYA 2XHDA 4IO4A 2DWAA 3UORA 1LBCA 1PDAA 1IXCA 3FIRA 5H8NB 4GIZA 4F3GA 3OELA 4YKPA 1PBQA 5H8QB 2ABHA 3E4RA 4FIMA 2DE2A 3C36A 3EN3A 3T9HB 5FHNA 2X26A 2Q8JA 4YICA 4YKJA 2B3BA 2GH9A 2GFEA 1VFDA 3E3KA 4QFNA 1LAHE 3PGFA 4FAJA 3JYRA 1GVCA 3PUYE 5A5XB 2NOOA 1O7TA 5TP9A 4QFPA 3ZKLA 2F6GA 3TTNA 1BIYA 4MLVA 4OEVA 1YTVA 2PYYA 1NNFA 2X7QA 4JWOA 1N04A 1OIBA 3FGSA 4R6YA 2CZLA 3W9VA 3GXAA 4GRKA 3UP9A 4QSDA 5FTIA 3U72A 1B0LA 2I48A 5H8HB 2D21A 1Y4CA 2V3TA 2Z8EA 1PB9A 4LZ5A 3PV0E 3QYTA 4DDDA 4X9TA 1SW2A 1MG1A 1IQ7A 3FV2A 1Y1ZA 4X1BA 4WEPA 3V8XB 3FVOA 3IOTA 3THIA 4DE8A 4H8JA 2H25A 3LR1A 5DEXA 1P1UA 3E9XA 2ONSA 1LAXA 3H6VA 3KSJA 4BDLA 5JEIA 3UN6A 4XKRA 3MUQA 3OOAA 3MBPA 1VFEA 3G3FA 1FQDA 3RQTA 4PE5B 2Q2CA 1TXFA 4RY1A 4KYSA 1QULA 2DYXA 3PPQA 2RF1A 1I6QA 4LONB 3JZJA 5L9SA 1B1XA 1NH8A 3RUMA 1PBPA 2F8DA 1FQBA 3Q27A 3IJOB 1N76A 3FXRA 3T66A 3CFXA 4F18A 1NNTA 4GWOA 1D9YA 1MQDA 2XXTA 2XX9A 5H8FB 5B70A 4WEDA 2HZLA 1JW1A 3QXMA 3FJGA 5FHOA 4ONYA 4PP0A 1JETA 3D4CA 4IO7A 1H44A 3I3VA 4MBPA 2Y7PA 3CFZA 4LP2B 3N5LA 2V3UA 3MWBA 4I1DA 2I3WA 1I6BA 5CRYA 2I6EA 4GD5A 3TTLA 3ECRA 3BBRA 2R9JA 3ZSFA 4DIGA 2A5TA 2YJPA 2ZYKA 4OMBA 3D4GA 4JDFA 4YMAA 3KN8A 5EYFA 3C9HA 3KJ7A 2QPQA 1FQFA 5CI5A 2Z8FA 2HFBA 2QMWA 5EHSA 4IB2A 1B7UA 3BKIB 3PPRA 3KEIA 4NEDA 1B05A 3SETA 3UK4A 3K6VA 3L6GA 5KDTA 1N7WA 1AIVA 1XC1A 2NVUB 1TFAA 2DVCA 3OXNA 1ZKBA 2RKMA 1FQAA 4NTLA 1M5EA 5I2NA 1N3WA 2ESNA 2RC8A 3S9EA 4O3BA 4AB6A 3KBRA 3TKDA 3HCQA 3HHFA 3RTWB 4G68B 2Y7RA 3VFJA 1ZTYA 1FTMA 2DP8A 2DE4A 1NKXA 2THIA 5CMMA 1ATGA 2RC7A 3VLUA 2ALUA 3IR1A 4I9DA 1QJMA 3T9XB 3G3KA 4XTCQ 1EZOA 3OO8A 1Z7NE 4KQPA 3SEWA 3HHGA 1XT8A 1ELJA 2KLFA 4KI0E 4RJZA 4EQ9A 3Q28A 3OO6A 4GVOA 4YKIA 1IXHA 3A3UA 1Y20A 4IGRA 4G8HA 1BKAA 1A99A 5AA4B 1NNKA 4OETA 5BUUA 5ICTA 4FEBA 1SDXA 3O66A 2YPNA 3MZ1A 3FUZA 3PPNA 3PUXE 1S9TA 3CG1A 4H65A 4IY6A 5M2VA 1MM6A 1TFDA 3SDFA 3CVGA 3LSLA 3PU5A 1FW0A 1LFGA 1QUKA 4PFTA 4DCYA 2O51A 1ZBMA 3R7XA 2I49A 4H0WA 4QRZA 2Z8DA 1MQGA 2ONRA 4OENA 1B9JA 2V3QA 2OJTA 2O6AA 4ZS9A 3FJ7A 4XIGQ 3IJXB 3G7WA 2P2AA 1JW4A 5DVIA 2O68A 2P0SA 4H1XA 3TELA 3TDJA 3KG2A 4EF1A 1H76A 5ITOA 2Q9TA 4BDQA 1SYHA 2Y7KA 3GBBA 3LSFB 4DXCA 1NFTA 1ZLQA 3TTRA 1EU8A 3KOSA 4NF6B 4XKQA 4O3AA 1USYE 4OYVA 3PUWE 5ELVA 4FATA 4POWA 3QUJA 5KCJA 2XD2A 2ZXTA 3M3LA 4M4GA 2XX7A 1MY4A 1URDA 1OMPA 1UTBA 4TLMB 4KFQA 1TT1A 2F97A 2O1MA 4FECA 3GBAA 4EUOA 4RYAA 4ECFA 4OERA 1UTBB 4NWCA 3U92A 4NE4A 4U22A 1POTA 1O64A 2O69A 3KGCA 2XXUA 3SEYA 4TQUQ 1QKAA 3UIFA 3HO7A 1RKMA 5JK4A 3K1MA 2OLBA 4EQBA 4EDPA 2V93A 3SKPA 3QUFA 1JW5A 4LQ5A 3GLBA 1H3DA 1M5BA 4YB5A 5ICQA 1B7HA 4C1TA 2B3FA 3C34A 5HPQA 4FE8A 1SI1A 3G3JA 3RLFE 2OBGA 3C31A 3G3HA 1SQYA 4ZE8A 4OFLA 1UTHB 3KSXA 1M5DA 4U2RA 4WXJA 4PFYA 1POY1 4N6PA 3CRBA 3EHTA 4YZZA 4GLIA 4YB6A 1Y1MA 5ISUA 5I2KB 3H6UA 1OVTA 4LVQA 2XXVA 1O63A 3CR9A 4IO6A 4IGTA 1LGBC 4OEUA 1LB8A 5CMCA 1N7XA 2FNCA 4NWDA 3BFTA 4NF4A 5I57A 4FEDA 4DXBA 3RNNA 2P1SA 3EQ1A 3PPOA 3TODA 2PX1A 2F36A 4QHQA 4JB7A 2QS2A 4R75A 1SW4A 1MS7A 4ELRA 2ANJA 2OK2A 2I0CA 3IOVA 3IB0A 1P99A 4O3CA 4XKNA 4BDOA 2AL4A 2UXAA 3KFMA 5TP9B 4G2ZA 5JTYA 2DVZA 3K1PA 3M8UA 4R6HA 3OEKA 4E0XA 2OWTA 3V83A 4R9GA 4TLLB 2VD2A 5K2YA 1SW1A 1BTJA 2DOJA 4KR5A 3JV9A 4U1OA 3VDFA 1PC3A 4QFLA 3TEPA 3RT8A 1LFHA 2OZZA 3C4MA 3K2DA 4R2FA 5TPAA 3IL1B 4I8CA 3DM0A 4OQOA 1UIUA 5DEXB 1R9LA 4JXIA 3U93A 3UA8A 3OSRA 4F1YA 4ZEFA 3UGWA 3QIMA 4OTEA 3OEMA 3CSBA 2QRYA 3FVKA 1IXGA 1UQWA 4Z7EA 1H43A 2QS4A 2HZKA 3O29A 4P11A 3QSLA 3VVDA 1MH4A 1B0HA 5I59A 4PETA 2A5SA 3PUZE 4F1VA 1GGGA 1QUIA 5AA2A 1MXVA 2AIXA 4ZEKA 4I62A 1DPEA 1DTZA 5I59B 1S7YA 1A40A 5AA2B 4PQJA 1HSJA 3N94A 5AA3A 4E0WA 3O6GA 4NMYA 4R2BA 3B7DA 1B3FA 3KZGA 1BP5A 1P1QA 2I4CA 2QS3A 1B7ZA 2PT1A 3IK6B 3IB2A 1GV8A 3U94A 1LCFA 1D9VA 4OVJA 2I3VA 1MRPA 2RC9A 5F1QA 1VE4A 3TZAA 5AE4A 2Q2AA 2YLNA 2I58A 1Y3QA 2M8CA 3S9NC 1OQGA 3ZS6A 2A5TB 4HCWA 1WDNA 5CMKA 4KCDA 1ANFA 4N13A 1A8EA 2QSXA 4U23A 4RK2A 3TCHA 5FTHA 1OVBA 4L17A 3SEVA 3O9PA 1JQFA 3LC8A 3ILUB 5AA2D 3W9WA 1MQJA 3N6TA 4XKPA 1SI0A 5KDTB 3VV5A 1AL3A 4G4PA 3W15C 2F35A 1B32A 1N84A 2IA4A 4U4SA 2XD3A 1Q35A 5I56A 3USDA 2XXHA 5I2NB 1DMBA 1R9QA 1XHYA 2DWJA 1KWHA 4H5FA 1JEVA 4LATA 1DPPA 4EXLA 4IO3A 4U21A 3EHSA 2Q88A 4Q30B 3TCFA 2H98A 1MDQA 4YAHX 1WVJA 4GFRA 3C32A 3N26A 4P0GA 1Z7ME 4ESXA 3G3GA 1OLCA 3IOWA 3MPLA 3OD7A 3S4UA 4ZE9A 5DVFA 3IAZA 2ZNTA 1B2HA 4GF8A 1F9BA 1AMFA 3Q25A 1B58A 2DQVA 1GTKA 3FATA 1S50A 4QSCA 2DWIA 3VVEA 4F3BA 4RPOA 2G93A 3C33A 2O7UA 1LLSA 2W7YA 1FQEA 1Q1KA 4ELPA 1B3GA 3CFLA 3K0VA 2F34A 4BDRA 1B1HA 4LA9A 2PMSA 1VR5A 4OFOA 1B3HA 3IORA 2HAVA 1BLFA 1MPDA 2GHAA 1USYH 4F1UA 3I5OA 1VSOA 2F78A 4LZ8A 5DVJA 4LZ7A 4RNSA 4MH5A 4YMBA 2Y7WA 1SBPA 3LUYA 4LUBA 1MQHA 4BDMA 3MW0A 1MY3A 1IIWA 2NUVA 4F31B 3O6IA 2GRVA 1CE2A 2UVHA 1YPNA 3SESA 4R6KA 1Y3PA 2ZNUA 2FYIA 2QS1A 4KPTA 3FZVA 4NF8A 2DXYA 2DWHA 5LOMA 3HPIA 2REGA 3RT6B 2D3IA 5TU0A 4F3SA 3K6UA 3H3GA 2HXWA 4G8MA 5IKBA 3HV1A 4PFUA 5HM4B 1JVYA 3A09A 4BLAA 1IEJA 3S2VA 5KCJB 3HSTA 5BWJA 3IB1A 2UVGA 3MP8A 3DP4A 1FCKA 4XXUA 4ZZAA 1UIVA 3O6HA 4THIA 4GL8A 1OLAA 3Q29A 2QJEA 4ZEIA 4RK9A 3IO4A 3OO9A 1M5CA 1US4A 2VHAA 3B6WA 1HSLA 2GHBA 4KCCA 3KN3A 3M3KA 5ITPA 4JSOA 3H06B 4OXVA 3PD9A 1DOTA 1B4HA 1JEUA 1QW0A 1SW5A 4H5GA 2XXXA 3O97A 3ILTB 2V84A 3MC2A 1B40A 4QSEA 5CMBA 1TWYA 1NMUA 5I58A 4ZEBA 3FVNA 4JBZA 4H6DA 2BJJX 4FORA 3TFLA 1ZMGA 3VXBA 1FTOA 5DT6A 3PMVA 5H8NA 4ELOA 2R71A 1P1OA 4G68C 1MPBA 1T0KA 1EH3A 4HCYA 1B4ZA 4F19A 4GXSB 3QAXA 5H8QA 4DLDA 2HAUA 3V89B 3G3IA 3SEXA 3K1NA 3IO6A 3N6UA 4NF4B 5I57B 1JVXA 2WKYA 3FD3A 1B3EA 3TPAA 4H8IA 3EPEA 4P0IA 4BDNA 1QVSA 1MXWA 1B46A 5A5XA 3U1OA 3B6TA 4F3PA 5FHMA 2Z23A 4QFOA 1A54A 4FJPA 1B5HA 1B5JA 1SD3A 4DZ1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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