2P0SA

Structural genomics, the crystal structure of a putative abc transporter domain from porphyromonas gingivalis w83
Total Genus 31
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
31
sequence length
136
structure length
130
Chain Sequence
DMKTIAIADRTGEYEQLFKENDEFRFVHAEKTAEEYRKMGADKSGIDAVLEIRQDLLEDPNAVAIYGYKQLPASVSNHISRILSDYLSDKKIASYNIPDIKQILADSKIELSVHTYKWSETSGELASGIS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein
source organism Porphyromonas gingivalis
publication title The crystal structure of a putative ABC transporter domain from Porphyromonas gingivalis W83
rcsb
molecule keywords ABC transporter, permease protein, putative
total genus 31
structure length 130
sequence length 136
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-03-01
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2p0sA01
1US5A 1Y3QA 4E0WA 3LR1A 4X48A 4DDDA 2O7IA 4O3CA 3C31A 4RK9A 3CG3A 5M2VA 3U8QA 1WVJA 3T9VA 2ONKE 4GWOA 4H6DA 3FD3A 4ZEIA 4HCYA 5I2NB 1XT8A 5DVJA 5HBCA 5BWJA 1JNFA 2ZXTA 2Z8FA 4NF4B 3C33A 1YAEA 3FJ7A 3KJTA 1FW0A 2OCUA 4MH5A 3UIFA 1SW1A 2H25A 3FXQA 3B7DA 3SEYA 3PD8A 1USYE 2IEEA 1VFDA 3TZAA 3K4UA 3S4UA 1DTZA 1MXUA 4IGTA 4OYVA 1A55A 1H45A 1QKAA 3M8UA 3PPPA 4QFLA 1MQIA 1B4ZA 3MZ9A 3VLWA 4X1BA 1R9LA 3HSTA 3MPLA 2H9BA 5CC2A 5H8FA 4P0IA 2GHAA 2ALUA 3CFLA 4G8MA 1QW0A 4EXKA 4IGRA 3FXUA 5TP9B 5I57A 5DVFA 1B0LA 1Y4CA 1AL3A 2HZKA 4DXUA 2DSFA 4MBPA 2H98A 2ZYNA 4LZ8A 4ZE8A 2DS9A 4I9DA 2ZNTA 1I69A 1D9YA 3EF7A 3N94A 1II5A 1P1OA 2P0SA 1D9VA 2QS3A 4MF3A 1JEUA 5CMKA 1M5FA 4YU0A 3S2VA 3H03A 2X7PA 1B46A 3Q29A 3TCFA 3K02A 4PE5B 1SW2A 3TEPA 4F3BA 2I0BA 2I4CA 1NNKA 2DP8A 1B3EA 1B3GA 4GVOA 4NE4A 3VFJA 1DPEA 4UA8A 4G4PA 5ICTA 1LFGA 1LCFA 5CRYA 4ZZEA 4KQPA 2O7UA 2H5YA 4JB7A 5H8SA 1OLCA 3RLFE 3W9WA 4Z7EA 2OJTA 3P7IA 2I6EA 1P99A 2OWSA 1FQBA 4H1XA 4R6KA 3TTMA 4QHQA 5JEIA 1MPDA 3S9LC 1RYXA 3FASA 3LUYA 1OMPA 2I0CA 3M3KA 3RTWB 3OSQA 4JBZA 4EXLA 3LSXA 3RT6B 1H44A 1IXHA 4DXBA 3HO7A 5TPAA 2H99A 1Y1ZA 4RNSA 2Q2AA 1QULA 5EHSA 1A7LA 5HPQA 1FTKA 5CBSA 1MS7A 4OESA 4FAJA 3QIMA 3VVEA 3VXCA 2THIA 2YLNA 2HXWA 1MXZA 2XXRA 3W15C 5ITOA 2RCBA 3DM0A 1LBBA 2GFEA 3MVWA 1PB7A 3KEIA 1B5IA 1Z7ME 2YJPA 1T0KA 3FIRA 5I59A 3S9NC 2Y7PA 1MM7A 1M5CA 3GXAA 1B1HA 4QF9A 1MY3A 1AH5A 2DWJA 1H76A 1B7HA 2QJEA 2HAVA 1VE4A 3KSXA 4YKKA 2AIXA 2V3QA 3CSGA 3SDFA 5H8FB 1MY1A 4EDPA 3MAMA 2UYEA 5H8HA 4QFNA 4PFYA 2QL3A 4AB5A 1B5JA 3LBSA 4H65A 3BBRA 4ELPA 5I57B 4F1YA 3TODA 3TAJA 3MC2A 4KYDA 4RXLA 1QJMA 3E9XA 4GOTA 3SKPA 4KFQA 3OO8A 4WKMA 2XXHA 2XX8A 3VE1B 4QSEA 4F18A 4C1TA 2QS1A 3ONMA 1UTHA 3A3UA 1HSEA 4P0GA 5F1QA 1MM6A 4MFIA 1M5BA 3FJMA 1IXIA 4R9FA 3PUXE 1N04A 3V8XB 4U2RA 1XVXA 3K6UA 4NF8A 3HCQA 5DYHA 5FTHA 3OOAA 2RINA 4IO5A 1OVBA 3K2DA 4YB7A 1XOCA 1B1XA 3EQ1A 4OZ9A 4QSDA 4XIGQ 3IB2A 3PU5A 2G29A 4GD5A 2E0SA 1SI0A 4PP0A 2R71A 3CI8A 5I2KB 3U94A 1B7ZA 4Q0CA 3IOUA 3U1OA 3EHTA 3TTNA 4GFRA 4H0WA 1AMFA 3KJ7A 4EQBA 2BJJX 1MH3A 2F8DA 3SEWA 3F11A 4HTGA 3N6TA 2W7YA 4JSOA 4NF6A 2VP1A 5DT6A 2Q2CA 4XKQA 4XKNA 1IIWA 4ELQA 3MVYA 1FCKA 1PBPA 2D3IA 1SYIA 1L5TA 2HFBA 3R26A 3I5OA 5TPAB 1MG1A 2QS2A 5L8DA 1MXYA 2F36A 2G93A 4PFWA 5KDTA 3PPRA 4PFUA 3FZVA 3O9PA 2PYYA 5AE4A 4C0RA 3UP9A 4KR5A 3ILUB 5HM4B 4TOZA 2DXRA 5KCJA 4JWXA 1O63A 2UVIA 3N5LA 1LLSA 2F6PA 3T9XB 1N3XA 2XHDA 3PGFA 1NNFA 3Q27A 1MQHA 5I59B 1Y1MA 2F5XA 1LFIA 3KSJA 3HHGA 1J1NA 1NMUA 5L9SA 5A5XA 3BFTA 2RC8A 3IB0A 3K1PA 5CMBA 3RNNA 1POY1 1B0HA 4QFPA 3ZKLA 4KCDA 1B4HA 3HV1A 3U93A 2O1LA 1N7WA 3OMBA 5H8HB 3CSBA 4R73A 2QMXA 1H43A 1IQ7A 1MQJA 2O51A 3H7MA 4LUBA 4DE8A 1LGBC 2F78A 3ILTB 1RKMA 3VDFA 4F22A 2DYXA 3DP6A 3O66A 3IORA 2F34A 4F2QA 3TCHA 2M8CA 1UIVA 1MH4A 4GF8A 3RPWA 3OD7A 1FQAA 4NWDA 5CM6A 2XD3A 1UTHB 1MY4A 3LC8A 1MQGA 1SBPA 3IX1A 3GZGA 4ZEDA 5BUUA 4NWCA 2AL4A 2DQVA 2PVUA 3T66A 3EN3A 4NF8B 3JYRA 2REGA 2Z8EA 3K6VA 1B58A 3PUZE 4R2BA 1GVCA 4H8IA 5I58A 5B70A 3O97A 3K00A 1M5EA 1QUKA 3W9VA 1ANFA 4YB6A 3JV9A 4DLDA 2OLBA 3OENA 1XC1A 3SEUA 2F35A 3QSLA 4G68B 4OHNA 1LAHE 1QKBA 2ZNSA 3RY3A 2I48A 4AB6A 2Z8DA 3THIA 3MQ9A 3G7WA 3E3KA 4G8NA 1LB9A 2O1MA 2NUVA 4JDFA 1A40A 2V3TA 4NF6B 4XKPA 4RK2A 3KG2A 3E4RA 4BDQA 4BDMA 3IK6B 2FNCA 4RYAA 3IOTA 3FVGA 3A3CA 1B3FA 3C4MA 3HPIA 2OWTA 4KYEA 3R6UA 1B2HA 4NEDA 3MBPA 2QRYA 3O2AA 1B6HA 3RQTA 3B6TA 1FQDA 3M3FA 5DEXA 3DP4A 5KCJB 1JVYA 1VFEA 4LP2B 1R9QA 3TTKA 5KZTA 1DOTA 2UVGA 1PBQA 2NXOA 1GTKA 2O69A 3ECRA 3EPEA 3V5AA 2VOZA 4KD5A 3IR1A 4ZZAA 4F29A 2V25A 3G3GA 5JK4A 4X9TA 1PDAA 2DOJA 5A5XB 1MRPA 2HEUA 2RCAA 1DPPA 1D3KA 4YKPA 3H4ZA 1ZKBA 1QUJA 2XXVA 3C34A 2O68A 1WODA 3Q26A 2DXYA 4FORA 4C1UA 2ONRA 1OQHA 1NH8A 3CFZA 4EQ9A 4RA1A 2Z22A 4Q5TA 1XS5A 4EQ7A 5CBRA 4ESXA 3H06B 2F7CA 4NF5A 1R6ZA 2XXIA 3OEKA 1LCTA 4F2OA 3VXBA 1YPNA 2KLFA 3K6WA 4LA9A 1JVXA 3G3JA 2FA7A 4F1UA 1YCJA 1PC3A 3N6UA 4ZDMA 1B3LA 3PPQA 2WKYA 4L17A 3DLNA 3UORA 4BDOA 4F31B 2HCAA 4M1VA 3IJXB 1EZ9A 4RPNA 5FHMA 3M3LA 4R74A 2P2AA 4WXJA 4IO4A 3QAXA 5I58B 3VV5A 4LZ5A 5ISUA 2A5TA 3FGSA 5I56A 3C35A 5FHOA 3MWBA 4GL0A 1DMBA 1LB8A 2NWJA 5AA2A 2OZZA 1IZ1A 4TLLB 5TU0A 3MZBA 1SDXA 1EH3A 1MDP1 4P11A 4U4SA 3B6QA 3QUFA 2ABHA 2F6GA 1ZMGA 1EZPA 1GGGA 2RKMA 3V83A 4U23A 1FTLA 1I6BA 2F7AA 4N6PA 3ZSFA 3USDA 3T9HB 2NOOA 3T22A 3MP6A 2CZLA 1Q35A 3C32A 4WEPA 2DWHA 3EHSA 2QSXA 5FHNA 3TELA 3FVNA 4LQ2A 2Y84A 4I62A 1SVXB 1LAGE 1JETA 2Z23A 2XXQA 4NF4A 4H5FA 3IOVA 3KFMA 3D4GA 3CIJA 4DZ1A 3QXMA 3PMXA 4Z0IA 3IB1A 4BDNA 4POWA 1TXFA 4OTEA 5DEXB 4YMAA 4PQJA 1NNPA 3ZS6A 1MXWA 4FIMA 2VD3A 1ZBMA 3FUZA 2O6AA 2Q9TA 4TLMB 3MVXA 1URGA 2LAOA 3KOTA 3IL1B 5ITPA 4GIZA 3OO9A 3MPKA 5JTYA 2PMSA 5CMMA 3CR9A 2PT2A 3H6TA 4GXAA 5AA3A 4ZEBA 1JW4A 1IEJA 3WAEA 4ZEKA 4ESWA 2PX1A 4H5GA 1I6QA 5EYFA 2E1SA 3PPNA 2AYSA 2XX7A 2ZNUA 4GLIA 4OERA 1Q1KA 3LSFB 5CMCA 3UK4A 1MPCA 1MY0A 3FXRA 3KN8A 2QMWA 3S9EA 3PV0E 3VVDA 1NKXA 1B51A 2YPNA 2D21A 3KGCA 4ECFA 1SD3A 3SEVA 3O6IA 3OEMA 3FVKA 3IAZA 4NF5B 4OEVA 5IAIA 1BP5A 4FE8A 5H8QA 2DVCA 3K0VA 3OXNA 1HSJA 3C9HA 2ANJA 4YMBA 3H6UA 3EHUA 3UN6A 4Q8RA 4ELOA 3HHFA 1H3DA 3K1MA 5AA4A 1UQWA 2Y7RA 3U92A 2DWIA 3IO4A 4EF1A 2Y7WA 4IO7A 2IA4A 2Y7IA 4FATA 2A5TB 4LATA 3TMGA 4DXCA 1Y20A 4OEUA 3SESA 5ICQA 1RYOA 2R6GE 3OSRA 3TQWA 4HCWA 3FVOA 1JW5A 1UIUA 3TDJA 1P1QA 1ZTYA 4EF2A 1BTJA 5AA2B 2XXXA 1ZIUA 5H8NA 3O6GA 3RT8A 2VGQA 3Q25A 3S9MC 4GXSB 5K2XA 1LFHA 1PB9A 3H6WA 2HQ0A 2XXTA 4ONYA 2R9JA 1SW5A 3C36A 4LQ5A 2PBWA 4OQOA 4JSDA 2OBGA 1NL5A 2GH9A 3E13X 1MXXA 4OWDA 1PEBA 2I3VA 1EZOA 1BIYA 1UTBA 1B5HA 4PFTA 2D5WA 4HS7A 4RJZA 1DSNA 4FECA 2QPQA 3B6WA 2Q89A 4IO3A 1A54A 4OVJA 3PMWA 4HW8A 1ATGA 1CB6A 3GBAA 1Y3PA 3QUJA 3T96B 4JXIA 1VR5A 5DVIA 1MXVA 4ZECA 1OLAA 1Y9UA 1FQFA 1US4A 4JWYA 3UGWA 4ZEFA 2UYFA 5JTYB 4FJPA 3PUWE 3U72A 3FV2A 2Y7KA 4DIGA 2XXPA 4U1OA 2PT1A 1USYH 2RC9A 4IO2A 4YZZA 4ZS9A 4N13A 2B3FA 1SQYA 4MLVA 4X1DA 4F3PA 1MY2A 2REJA 4F3GA 3ZKKA 4F1VA 4U21A 1ELJA 3SERA 1LBCA 1NFTA 1FQCA 1XHYA 3TUSA 2X7QA 5KDTB 1IXGA 3HN0A 2QS4A 4H67A 3CVGA 1IITA 2UVHA 4WEDA 3UA8A 3T9UA 4LZ7A 1POTA 1FTOA 3O28A 5H8QB 1B9JA 3MZ1A 4QFKA 1N7XA 3IOWA 4YAHX 1NNTA 4ZE9A 2OK2A 3D4CA 1N0TA 1F9BA 4E0XA 5I2KA 3JZJA 1S7YA 4ND9A 4AQ4A 2DE4A 4DCXA 5J1DA 3VLUA 2I4BA 3BKIB 4BDRA 4F19A 5AA4B 2ZYKA 3MJNA 4G77A 2Q8JA 2I3WA 4OMBA 4KHZE 3O29A 1LAFE 5K2YA 3QYTA 3BFUA 1TFDA 1QVSA 1P1NA 2B65A 1JEVA 4KYSA 3RUMA 3H3GA 4YB5A 4O3BA 4OETA 2ESNA 5H8NB 1SI1A 4POXA 2XXYA 3I6VA 3CFXA 2V84A 3DELB 4KPTA 1N3WA 4KCCA 2AL5A 2X26A 1IXCA 3TTRA 4H8JA 3MUQA 4YKJA 5B7DA 3V89B 1O7TA 1S50A 1DTGA 3N26A 1WDNA 4GQOA 3R7XA 3PMVA 4U1ZA 1TWYA 1URSA 3SEXA 2GHBA 1OQGA 3H6VA 4U22A 3K6XA 1UTBB 1B7UA 3FATA 3GLBA 2FYIA 3TFLA 3KZGA 1MPBA 1P1WA 1ZLQA 1OVTA 4THIA 3OO6A 3TKDA 4EUOA 1B52A 4BLAA 4PETA 2VHAA 4IB2A 2XXWA 1FQEA 1FTMA 3K01A 4XTCQ 1NH7A 4F3SA 2HAUA 2HZLA 3I3VA 3MW0A 1SYHA 1Y4TA 1A99A 3KN3A 1TFAA 4NMYA 2UXAA 1MQDA 3CG1A 1S9TA 1N76A 3G3IA 2XD2A 4JWOA 1A8EA 3GBBA 2ONSA 1URDA 1TT1A 4DCYA 3L6GA 1BKAA 3SETA 5LOMA 1PB8A 4RPOA 3Q28A 1JQFA 5I2NA 1IUDA 2V93A 4OFOA 1JW1A 4LONB 1AIVA 4FEDA 1BLFA 4K3FA 3TCGA 4UACA 1LAXA 1FTJA 2V3UA 4I8CA 3PPOA 3ODBA 1EU8A 4R6YA 3MVZA 4MLQA 5DTBA 4R75A 1VSOA 1M5DA 3VVFA 1YTVA 3LSLA 3OO7A 4IY6A 3CRBA 4KI0E 5CI5A 2CMOA 2DE2A 3PD9A 3PUYE 1ZJLA 1MDQA 3WAFA 3KOSA 2GRVA 1GR2A 3OELA 3L6HA 5I84A 3G3FA 2H4IA 1LSTA 4R9GA 2RC7A 1B05A 2F97A 4O3AA 3IJOB 1B32A 5F7VA 5TP9A 2Q88A 4GL8A 5FTIA 3FV1A 4YICA 1O64A 4QFOA 1CE2A 3TQLA 3QK6A 3AXFA 2UVJA 3TTLA 4G68A 4R6HA 2ZYMA 4G8HA 5ELVA 4G68C 1GV8A 3LSWA 4IO6A 4OXVA 3RTFB 4OFJA 2DVZA 1HSLA 2DE3A 4ELRA 3IO6A 1B40A 1P1UA 2DWAA 4FEBA 3PUVE 3FJGA 5AA2D 1SW4A 3TYHA 2RF1A 1I6AA 3DP8A 1Y3NA 2XX9A 3MP1A 4Q30B 1D4NA 4QSCA 3KN7A 1ZU0A 3MP8A 2O84X 5EHMA 3A09A 5L9OA 3G3KA 4OENA 3KBRA 4OFLA 4BDLA 2VD2A 1R1NA 4U4XA 2B3BA 2I58A 1KWHA 4LVQA 5L9MA 5IKBA 3T93B 2P1SA 4NTLA 4YKIA 4R72A 4ISUA 3RN8A 4F39A 2NVUB 1N84A 1OIBA 1Z7NE 2ZMBA 1AOVA 3RGYA 3G3HA 1A8FA 2XXUA 4I1DA 4XXUA 1XVYA 3TPAA 4XKRA 2F7BA 4TQUQ 5AA1A 4GRKA 3O6HA 4M4GA 5I56B 1QUIA 2I49A 2A5SA 4QRZA 4G2ZA 1B3HA 4RY1A 3K1NA 4IY5A 4N07A 4R2FA 2ZYOA 3VLVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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