1II5A

Crystal structure of the glur0 ligand binding core complex with l-glutamate
Total Genus 72
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
72
sequence length
226
structure length
221
Chain Sequence
GSAMALKVGVVGNPPFVFYGAFTGISLDVWRAVAESQKWNSEYVRQNSISAGITAVAEGELDILIGPISVTPERAAIEGITFTQPYFSSGIGLLIPGTATPLFRSVGDLKNKEVAVVRDTTAVDWANFYQADVRETNNLTAAITLLQKKQVEAVMFDRPALIYYTRQNPNLNLEVTEIRVSLEPYGFVLKENSPLQKTINVEMLNLLYSRVIAEFTERWLG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Mechanisms for ligand binding to GluR0 ion channels: crystal structures of the glutamate and serine complexes and a closed apo state.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Slr1257 protein
molecule tags Membrane protein
source organism Synechocystis sp. pcc 6803 substr. kazusa
total genus 72
structure length 221
sequence length 226
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-04-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1ii5A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1ii5A02
4QF9A 3MWBA 1GTKA 1AIVA 2P1SA 3K6UA 3QYTA 4N07A 3TZAA 3MZBA 1MY0A 2NUVA 3TCGA 1FCKA 1IEJA 1OMPA 2ZNSA 4IY6A 3K00A 2H4IA 4TQUQ 4TOZA 4NMYA 3I5OA 4P0GA 3H6VA 1R6ZA 3SESA 1PC3A 4X1DA 3FZVA 3LBSA 1MH3A 4R72A 3CFZA 2CMOA 3H4ZA 2A5TB 4OVJA 1B51A 4Q5TA 2VD3A 3ILUB 1IIWA 2UVGA 3Q26A 1MS7A 3C4MA 4RY1A 3E4RA 1IXCA 2QS3A 2FYIA 3FD3A 1MM6A 3LSWA 4C1TA 3TCHA 1GGGA 2DWIA 1F9BA 1ATGA 4C1UA 5BWJA 3OD7A 2F5XA 2GFEA 4F39A 4FATA 4BDQA 1MG1A 3OOAA 1B4ZA 4JB7A 3TFLA 2ZYNA 1RYOA 3EHSA 1LCFA 5I56B 5F1QA 4GVOA 1O64A 5AA4A 2XXHA 5AA2A 1H44A 3FXQA 2Z22A 3U1OA 2F7CA 1PBPA 1RKMA 4OXVA 3S9LC 2XD3A 1MY1A 3KJ7A 4GQOA 2Q8JA 2OZZA 4TLLB 4X1BA 1A40A 4OEUA 4RK2A 2GHBA 2Z8EA 3S2VA 3V8XB 5ICQA 1H45A 1Y9UA 3H6UA 4XIGQ 1H76A 4MLVA 3M3KA 5I58A 1SD3A 3QSLA 1IUDA 1M5FA 2OWTA 2V3UA 2XXPA 1I6BA 3KEIA 3RT8A 3ONMA 1ZBMA 3LSXA 3T96B 2HAVA 2UVIA 5B7DA 2IEEA 5M2VA 4TLMB 1PBQA 1UTBA 4JSDA 2R71A 4F2QA 3U93A 1II5A 3TODA 1URSA 2PVUA 4GOTA 5H8HA 4PFYA 5L8DA 4E0XA 3O6IA 3FIRA 1ZTYA 2Q2CA 1MM7A 2DE3A 4R6KA 1D4NA 2VD2A 3A3CA 3RPWA 2O84X 1A7LA 3VVEA 4JBZA 4F3PA 2PT1A 1B5JA 1MPBA 4UA8A 4F31B 2F78A 4OERA 4R9FA 3K2DA 2DVZA 4PFWA 2ZYMA 4Q8RA 3G3IA 3KN3A 1JNFA 5JTYA 3RNNA 1UQWA 3ZKLA 2HQ0A 1OIBA 2D3IA 3AXFA 1DSNA 3MP1A 5H8NA 4N13A 4ZE9A 3L6GA 3U8QA 4NWCA 1A99A 2AIXA 3IX1A 1M5EA 3H06B 3E3KA 1N7XA 4YKKA 3IOUA 2ZXTA 2ZMBA 4EXLA 4XKQA 4ESXA 3M3LA 4BDRA 4GXSB 1B5HA 1ZMGA 4EF1A 1P1NA 3GLBA 4WEDA 2I3WA 3ODBA 4MBPA 4EF2A 5AA4B 2Q88A 2F7AA 5AA2B 4RPNA 3KN8A 4QRZA 2RCAA 3TKDA 5CI5A 4ISUA 4IO4A 3CSGA 3KGCA 3S9MC 5F7VA 1HSLA 1LB8A 1FQDA 1FTOA 5L9OA 2Z8FA 1MRPA 4H8IA 4R2FA 4F29A 4F1YA 3KG2A 3TPAA 1I6QA 4DZ1A 1H43A 5I58B 2F35A 3VLVA 3FATA 4I9DA 1LBCA 2QPQA 3QAXA 1BP5A 1B6HA 3IB0A 3TQLA 4QFKA 3TDJA 4POXA 1Y20A 5BUUA 4LP2B 1BKAA 5CM6A 1UTBB 3LR1A 1SW4A 2UVHA 1MY3A 4DXBA 2O1LA 4U4XA 1ZJLA 5H8HB 1MQIA 3H3GA 4GLIA 1EU8A 1TFAA 3PUXE 4R6YA 3M8UA 4FIMA 4HS7A 3PPPA 4R6HA 3N26A 1P1QA 3DLNA 1GR2A 4YKJA 4NF6A 3T93B 4THIA 3L6HA 5JTYB 1IXIA 5CBSA 4EQBA 3K01A 4XXUA 2DE2A 1WVJA 2RF1A 1B46A 1LLSA 3OELA 3T9UA 5H8NB 2DOJA 3MW0A 2X7PA 3FVGA 4YB7A 2B3BA 3C35A 4O3CA 4WKMA 3OO6A 2I3VA 4RPOA 4FECA 4F3SA 1SQYA 3T9VA 2I4BA 4G8MA 4NF4A 4OFJA 4F18A 3T22A 4NF5A 4F3BA 4X9TA 4ZE8A 3TAJA 1N3XA 4G8NA 1FQCA 2O68A 2ONRA 4G77A 2F34A 3VFJA 1N04A 3PUWE 3MZ9A 1S9TA 2RCBA 3IJOB 3S9NC 4P0IA 4JWYA 1LSTA 3MBPA 2AL4A 1FTKA 3TYHA 3T9HB 4YAHX 5TP9A 1IQ7A 1AL3A 1P1OA 1AH5A 3O97A 4R74A 5I84A 4DE8A 2H98A 1FTJA 3HHFA 3IR1A 2DWAA 3OMBA 1GV8A 4G68B 1QUIA 2DP8A 5L9MA 4YMAA 3CVGA 4BDMA 2M8CA 1LCTA 2OJTA 2REJA 3IORA 1Y4CA 4EUOA 3PD9A 1M5CA 2ESNA 3BKIB 4IO3A 1JEUA 2H25A 3B6WA 2Y7WA 3N6TA 1NL5A 3R26A 1OQGA 4EXKA 3OO8A 2HZLA 2FNCA 1SVXB 5DVJA 1SW5A 2Z8DA 3VVFA 4AB6A 1SYIA 2V84A 3U92A 3HV1A 3SETA 3PUYE 3PU5A 3Q29A 5IAIA 2Y7PA 4NF8A 4KQPA 5DVIA 4NF6B 2DQVA 1KWHA 4ZZAA 2VP1A 2P0SA 1POTA 1OQHA 4K3FA 5KCJA 1OLCA 3OSQA 3CG1A 3T66A 3VXBA 5ELVA 4MF3A 3IOTA 5AA3A 3C36A 1B4HA 3MVXA 3MZ1A 1O7TA 1D9YA 1A54A 3K4UA 4OEVA 3Q27A 1B3LA 4GF8A 1XVXA 4LATA 5CMBA 3OEMA 2Y84A 3SEXA 3C32A 4NF4B 4QFOA 4RNSA 4YMBA 3FV1A 4DXCA 4NF5B 1A8FA 2HAUA 4H5FA 1MDP1 1MH4A 3TTLA 3IO6A 4KD5A 4DXUA 3EHUA 2O6AA 1N76A 4ZEFA 2VHAA 1USYE 5FHOA 2QMWA 3K0VA 2ANJA 3RY3A 3B7DA 3G3GA 3CRBA 1QJMA 3K6WA 2X7QA 4OETA 5DTBA 3O9PA 5TP9B 4LA9A 3E13X 3VVDA 5AE4A 3KJTA 1BIYA 3HHGA 1LAGE 4F1VA 5ISUA 2ZNUA 3P7IA 2YLNA 1BLFA 3H03A 3SEWA 1YPNA 2R9JA 2V3QA 3GBBA 3G3HA 4GWOA 1XOCA 1ZKBA 4HCYA 1Y3QA 4IO5A 1QKAA 4DDDA 4KPTA 3PMWA 2QL3A 3OO7A 2RINA 1MXUA 1POY1 3G3KA 1XT8A 1PDAA 1Y1ZA 1NH8A 4QSDA 1N84A 1NNPA 4NWDA 2D21A 3H6WA 3U94A 2NVUB 1FTLA 3DP4A 4OTEA 4NF8B 1PB8A 5KDTB 3WAFA 3FXUA 4ELRA 3HCQA 1T0KA 3RUMA 5JEIA 1CE2A 4GRKA 4OMBA 3G3FA 5KCJB 2UVJA 1B9JA 2DSFA 3TEPA 2O7UA 1MQGA 4LUBA 2QS1A 4G8HA 5H8SA 3UA8A 4Q30B 4U21A 3MUQA 3PV0E 2V3TA 4GIZA 3THIA 2PMSA 3C33A 1JETA 2DE4A 3A09A 1LFIA 4ESWA 4RA1A 3DP6A 3MJNA 3O66A 3FVKA 4M4GA 3DP8A 1B05A 5CC2A 4LQ2A 4ZEDA 3FVNA 1VE4A 2HZKA 3MAMA 1ZLQA 4U1ZA 1J1NA 4ZDMA 2HXWA 2XXXA 1DTZA 2THIA 4F3GA 1S50A 3TUSA 3KOTA 3UN6A 1MDQA 4NEDA 1R9QA 2XX9A 2P2AA 5B70A 4IGRA 3CFXA 3V5AA 1I69A 5EHSA 1ANFA 3PUZE 4I1DA 4PP0A 2I49A 5H8QA 1NNKA 2VGQA 3PMVA 4H8JA 1GVCA 2YJPA 3PPOA 1PB7A 3W9WA 3O6GA 2RC8A 1LFHA 3BFTA 1HSJA 3GZGA 5FTIA 4PETA 2UYEA 4IY5A 4U22A 2AL5A 2X26A 1SYHA 4XKPA 3K1PA 3TTRA 3O6HA 3K1MA 2UXAA 2UYFA 3OEKA 1QVSA 4G68A 1Y3PA 3MP6A 1B32A 1SI0A 4G4PA 2DXRA 4JDFA 2I0CA 3ECRA 1BTJA 1EZ9A 3SEUA 4FORA 1JW4A 1FW0A 3G7WA 3TCFA 4RK9A 3UK4A 3DELB 3Q28A 4YICA 4FEDA 3FVOA 3RGYA 3TQWA 1TFDA 4R2BA 1JEVA 1TT1A 1NNFA 2XXRA 3PD8A 4F22A 3VV5A 2F6PA 3F11A 5CRYA 3KN7A 1LFGA 5A5XA 2Y7RA 2F6GA 2OLBA 3VXCA 1XS5A 1QUJA 2Q9TA 4RJZA 3O29A 2F7BA 1DPEA 2R6GE 4OFOA 1B7UA 1M5DA 1SDXA 1MXYA 1N3WA 2WKYA 4I8CA 3SKPA 2QJEA 3K02A 2F8DA 3H6TA 1UIVA 4JWOA 4GD5A 4HTGA 3UGWA 2E1SA 1NKXA 4UACA 4ELQA 2XXIA 3IO4A 1US4A 3N5LA 1VSOA 2NXOA 3RLFE 1LAXA 3PPRA 5TU0A 2YPNA 5H8FA 3EF7A 3K6VA 2QSXA 4OYVA 4YB6A 3TTKA 2REGA 5AA1A 4H67A 3HN0A 4BDLA 4POWA 5H8QB 1B2HA 4DCYA 3R6UA 1Z7NE 3MVWA 1QULA 1MXXA 3MPKA 1R9LA 1D3KA 4AB5A 5IKBA 4BLAA 3V83A 1B7ZA 4OESA 2QMXA 1IITA 2ALUA 3FJ7A 4ONYA 1IXHA 1JVYA 3I3VA 3MP8A 1YAEA 4LZ5A 4N6PA 4KCCA 1B58A 2DYXA 5DVFA 4KHZE 4XKNA 2H9BA 2LAOA 4QFNA 2OCUA 3ZSFA 3VLUA 3N94A 4Z7EA 3CFLA 3MQ9A 3IJXB 3SEVA 3JYRA 5HPQA 3MPLA 3B6TA 4IB2A 3Q25A 5CMMA 4H0WA 3WAEA 3OXNA 2DWHA 5LOMA 3ILTB 4E0WA 5DYHA 1XHYA 4ELPA 2I0BA 1A8EA 2XXTA 4F19A 1H3DA 4XKRA 3CIJA 3K1NA 1Q1KA 4H5GA 3CI8A 1N0TA 4ELOA 3KSJA 1NNTA 4U23A 5A5XB 4HCWA 1QW0A 4LONB 1NMUA 4ZEKA 1VFDA 2HEUA 4X48A 5KDTA 2H5YA 3TMGA 1MQDA 1S7YA 3OENA 2A5SA 3IK6B 3TTMA 3ZKKA 5CMCA 1SBPA 4KYDA 1TXFA 1VR5A 5FTHA 1JW5A 3UP9A 1JQFA 1DOTA 2I4CA 4IGTA 2XXVA 3FASA 4NE4A 2XXWA 1Z7ME 5I2NA 4DCXA 5I2KB 3S9EA 1B40A 5KZTA 1MPCA 3T9XB 2ONKE 5H8FB 3H7MA 3MVYA 1YCJA 1B0HA 3VE1B 3QUFA 3R7XA 4R73A 5DT6A 3GXAA 1M5BA 1US5A 2OK2A 4RYAA 4EDPA 1WDNA 4PFUA 3TTNA 4QFPA 1SI1A 3UIFA 4Z0IA 4GL8A 3PMXA 3RTFB 1OLAA 2PYYA 1B52A 1ZIUA 1EZOA 4NTLA 1DPPA 1URGA 4P11A 1ELJA 3K6XA 2Y7KA 4L17A 4O3BA 4QHQA 5FHNA 2Y7IA 4EQ7A 2OBGA 1JW1A 3HSTA 2W7YA 4O3AA 5TPAA 3A3UA 4QSCA 3M3FA 4H1XA 2B65A 3QK6A 3IAZA 2QRYA 1UIUA 1P1WA 3SEYA 4KR5A 1SW2A 1FTMA 3KFMA 1FQBA 1N7WA 2XD2A 4OQOA 4HW8A 2V93A 3OO9A 1FQAA 4LVQA 1ZU0A 4KI0E 3TELA 5K2XA 3PUVE 3V89B 3FXRA 4KFQA 1VFEA 4YB5A 1B3HA 1DTGA 2PX1A 4H6DA 3RTWB 4IO6A 1NFTA 5I59A 1YTVA 4MFIA 3C34A 1EZPA 2AYSA 4ZEBA 3BBRA 3ZS6A 2O51A 3EHTA 3LSFB 4GL0A 3QXMA 5I2NB 5FHMA 4WEPA 1CB6A 4I62A 2H99A 2Z23A 4IO2A 3O28A 4YU0A 3USDA 4JWXA 2DWJA 3W9VA 2OWSA 5DEXA 4MH5A 3OSRA 1LB9A 1Y3NA 5ICTA 1IXGA 3G3JA 3HPIA 5AA2D 1AMFA 4U4SA 4DIGA 5EYFA 2RC9A 3O2AA 2XXYA 2E0SA 5J1DA 3KOSA 4U2RA 4ZZEA 4ZECA 4QSEA 4FAJA 2Q2AA 3UORA 2F97A 1P99A 2PBWA 5K2YA 2GH9A 5ITPA 1Y4TA 1QKBA 2RC7A 4BDOA 3DM0A 2ZYOA 1SW1A 3N6UA 4PE5B 3LUYA 4OHNA 2B3FA 4OZ9A 4R75A 1B0LA 2XHDA 3D4GA 1XVYA 2FA7A 4MLQA 5TPAB 3FJGA 2PT2A 3PGFA 3FV2A 4C0RA 1UTHA 3CG3A 4ECFA 1LGBC 2DVCA 4F1UA 2XXUA 4KYEA 2NOOA 3LC8A 3HO7A 4LZ8A 1D9VA 3FJMA 3VDFA 1TWYA 3MVZA 2O69A 2NWJA 1B3FA 3KZGA 5I57A 1EH3A 3BFUA 1B1HA 1HSEA 1B1XA 2DS9A 4YZZA 2DXYA 4LZ7A 4GFRA 2XXQA 3RT6B 5ITOA 3IOWA 3SERA 5CMKA 1MXZA 2F36A 1PB9A 3C9HA 5I59B 2RKMA 3IOVA 2I6EA 3IL1B 3RN8A 4Q0CA 1A55A 4OENA 2GRVA 4ND9A 4AQ4A 1O63A 3FGSA 1XC1A 2Q89A 1QUKA 4R9GA 1I6AA 2ONSA 3LSLA 3KSXA 3FUZA 4KCDA 4YKPA 4G68C 2VOZA 4G2ZA 1FQFA 2I48A 3EN3A 3CR9A 3W15C 5EHMA 1RYXA 5DEXB 5HBCA 3S4UA 2IA4A 2XX7A 2G93A 1B5IA 3RQTA 3MC2A 4M1VA 4OFLA 1PEBA 4KYSA 4FEBA 4U1OA 1NH7A 5I2KA 4ZEIA 4GXAA 4RXLA 2HCAA 4WXJA 3IB1A 2I58A 1OVBA 1OVTA 1B3EA 3EQ1A 3SDFA 1AOVA 1R1NA 4PFTA 4QFLA 2O1MA 3B6QA 4JXIA 3QUJA 2A5TA 2V25A 2ZNTA 1LAHE 2ABHA 1MXWA 3PPNA 1WODA 3I6VA 1JVXA 2ZYKA 4EQ9A 4H65A 4BDNA 3E9XA 2QS4A 1MXVA 1P1UA 3C31A 1MY4A 4FJPA 1MPDA 4FE8A 1DMBA 2G29A 1B3GA 4F2OA 1Q35A 3IB2A 3GBAA 3JZJA 1UTHB 2GHAA 3QIMA 1FQEA 2XX8A 3CSBA 4PQJA 1LBBA 1Y1MA 1USYH 4ZS9A 5HM4B 4XTCQ 3PPQA 1MY2A 1L5TA 2KLFA 5CBRA 2HFBA 3JV9A 4DLDA 5I56A 5L9SA 2D5WA 4JSOA 1B7HA 5I57B 3KBRA 4YKIA 1URDA 1MQHA 2O7IA 1MQJA 3U72A 4OWDA 4IO7A 2CZLA 3D4CA 1LAFE 2BJJX 3VLWA 2QS2A 1IZ1A 4LQ5A 5JK4A 3EPEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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