4IO2A

Crystal structure of the avglur1 ligand binding domain complex with glutamate at 1.37 angstrom resolution
Total Genus 78
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
78
sequence length
248
structure length
242
Chain Sequence
GSARLKGITLRIGVIESVPFTIVANVNTTKLTGYVLDLIEYLRDKMGFVADVQLAPPNTSYTGLVLALANGDYDIAIGDITVTSARREIVAFSNSISDNSMRILMRKGTLIDGMDDLKNGKIPYNRIGIRIGTAGEDYYLREISGGSRNFYPLKSRQEMYDSLLAGIIDVSFMDIGTAEYVTNNIYCNLTLVGEDFDKSTFGIVTPKEWLYAKDLDVNILSLRETGILDNLKKKWFQTKACP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Membrane protein
source organism Adineta vaga
publication title Anions Mediate Ligand Binding in Adineta vaga Glutamate Receptor Ion Channels.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutamate receptor 1
total genus 78
structure length 242
sequence length 248
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-01-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4io2A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4io2A02
1BLFA 1OMPA 5AA1A 4DZ1A 2A5TA 2XX9A 4U1ZA 1MDP1 1R9LA 2VD3A 4JWOA 3IB0A 4O3BA 3K6UA 1O63A 1USYE 4EQBA 3N6TA 1B52A 2DP8A 3KGCA 2I49A 4KHZE 1A99A 4JSOA 1VR5A 2RC7A 4IO6A 3U72A 4LQ5A 1SYHA 4U4XA 3GBBA 1FTLA 3GLBA 4LONB 4QFLA 4I9DA 4IO2A 3M3KA 2F7BA 1NNPA 2O84X 3I6VA 2QSXA 3M3FA 2QS1A 5I84A 3USDA 1TXFA 4R74A 2B3BA 2ZYKA 3TEPA 3PUYE 2UXAA 5H8QA 3OMBA 1AMFA 3VDFA 1NMUA 1L5TA 3PPRA 4LVQA 3O97A 1NNFA 1FTOA 3SEWA 2AYSA 4DCYA 1I6AA 2WKYA 1Y4TA 5HBCA 1ZBMA 4U4SA 3PPOA 3RN8A 4AB6A 1EU8A 1D4NA 4YMBA 5AA2D 3TAJA 4ESXA 3IB1A 3CR9A 4R75A 3UIFA 3OO9A 4KR5A 1B58A 1B1XA 4XKRA 1WDNA 4AQ4A 1NNKA 3RPWA 2DE2A 3MC2A 5I59A 3KOSA 1B4HA 2RC9A 3CFZA 4H8JA 4AB5A 2F34A 3MZ9A 1MM6A 4XIGQ 3R6UA 1B6HA 2CZLA 1IXIA 3C36A 5I56A 2HCAA 1LBBA 3PUZE 4WEDA 1B4ZA 3BFTA 4KI0E 4NF5B 3Q25A 4RA1A 1WVJA 3O2AA 4YMAA 3T9HB 4F1UA 1A8FA 4QFPA 2Z23A 2QS2A 3MPLA 4H5GA 4OFOA 3K6XA 4X48A 4RJZA 4QFNA 3K1MA 5HM4B 1US4A 4PFUA 1MY3A 2NXOA 1JVXA 3IJXB 4POWA 3ZS6A 1SW4A 3O66A 4LP2B 5I59B 1NFTA 3UN6A 3C9HA 3CG1A 5JK4A 2F97A 3VVFA 1B0LA 2I6EA 4EUOA 3Q28A 5CMBA 3B6WA 5I56B 3TZAA 4ESWA 3MBPA 1P1QA 1ZKBA 3EN3A 4U22A 3KN8A 3FJGA 5CBSA 3N6UA 3K6VA 4I1DA 4OWDA 4QRZA 1AH5A 2Y84A 3CSGA 3AXFA 2YJPA 4NWDA 3PGFA 5FTHA 3RY3A 3TDJA 3Q26A 1IITA 5CC2A 4MF3A 3F11A 3FGSA 2V25A 1ZMGA 3DM0A 2DXRA 2F6PA 4FJPA 1GVCA 1XOCA 1EH3A 1II5A 1JVYA 1XVXA 3BBRA 3FVNA 4KYDA 4MFIA 1B40A 1IXCA 2V3UA 1URDA 3LSLA 3MVXA 2Q88A 3RUMA 3GBAA 2O68A 4OHNA 3FJ7A 1Y3QA 3CIJA 3K2DA 1N3XA 3E3KA 3V83A 3MP1A 1R1NA 3EHSA 2PYYA 2V3TA 4OTEA 1F9BA 3RNNA 4I62A 5H8FA 4RK9A 1MXWA 4F39A 2OWTA 1Y20A 4R6HA 4LZ7A 3VLUA 4NWCA 4DXBA 4BDOA 3PPPA 1PBPA 2REGA 1BP5A 2PX1A 5KZTA 4YB7A 3RGYA 2ZYOA 5L9OA 3G3JA 3PD9A 5EYFA 3LUYA 4NF8A 1M5CA 4HTGA 4F19A 2XXVA 5B70A 3IOTA 4KCDA 1HSLA 1SVXB 2HZLA 2GHAA 4G8HA 2AL5A 2DXYA 1MQJA 1H76A 3TPAA 1MY2A 4M1VA 3R26A 2RCAA 5A5XA 2B65A 4GRKA 5H8FB 1OQGA 4RPNA 1M5BA 4RXLA 2XD3A 5CMCA 3EHTA 5LOMA 2QMXA 4GXSB 3TUSA 5CM6A 2DSFA 1QULA 2FYIA 2RC8A 2I4CA 4JWYA 4OERA 4OZ9A 1LB9A 2O1LA 1O64A 1D3KA 1Y4CA 1XVYA 2D5WA 1MS7A 4NF8B 5DVFA 3DLNA 2O1MA 2RINA 2XXTA 2NVUB 4BLAA 4OVJA 4H5FA 4Q8RA 2H4IA 2E0SA 5I57B 2DWHA 2OBGA 4BDRA 3TKDA 3IJOB 3O9PA 3MP6A 4EQ7A 5A5XB 3C35A 3LSWA 3PD8A 2ZNTA 2XXXA 3D4GA 4GD5A 2PVUA 2DE4A 1FQEA 4QSDA 3SEVA 4DXCA 1ZLQA 4RPOA 2QPQA 4P0GA 4YB6A 5JTYB 1UTBB 3TQLA 1LAHE 4ZEBA 1POTA 4HW8A 2Q2AA 3QXMA 5BWJA 4R6YA 4ZE8A 3KZGA 4F2QA 3EQ1A 2V3QA 4ELQA 3JYRA 5B7DA 5IAIA 1JW1A 5ITPA 4YICA 1NH7A 3E13X 3C33A 3D4CA 4C1TA 2F6GA 3O28A 3I3VA 4OYVA 4JDFA 4OXVA 3C32A 3MPKA 3QK6A 3UGWA 5AE4A 3RT6B 5I2NA 3W9VA 3OENA 4EQ9A 4GOTA 4H67A 4F1VA 4E0WA 5TP9B 4ZDMA 4IGTA 3K1PA 3N94A 4QHQA 4F2OA 4OEUA 3U1OA 4ZS9A 2X7QA 5CI5A 3PMVA 4JBZA 4R73A 3S4UA 5K2XA 3ZKKA 2ALUA 1IUDA 1SW2A 3VVEA 2F5XA 2HXWA 1YPNA 3MJNA 1JQFA 1SBPA 4C0RA 5EHSA 1HSJA 4FECA 3TFLA 3MWBA 1POY1 4YZZA 1JETA 1MQIA 4O3AA 2H25A 1T0KA 3TCFA 2H98A 5FTIA 1US5A 2I3VA 1RYOA 2UVHA 3E9XA 3ODBA 3CVGA 4EXLA 1DPEA 2RF1A 4KYSA 1MQDA 5I58A 4G68C 3PUWE 4IO3A 1MM7A 5DEXA 2A5TB 5CBRA 2XHDA 4IY6A 1ZJLA 1SDXA 2F78A 2VD2A 4BDMA 1B3FA 3VLWA 1MY1A 3RTFB 2V93A 3ONMA 4F3SA 1OLAA 4G77A 4YU0A 1LFIA 4R2BA 1UTHA 3T66A 4GFRA 1Z7NE 4ZEKA 2XXYA 4EF2A 1USYH 2IEEA 5KDTA 3TCGA 4JB7A 1AIVA 3E4RA 4GVOA 4KCCA 1M5EA 5I58B 2ZYNA 4MLVA 3KSJA 1PC3A 1A8EA 5H8QB 3S9NC 1ZU0A 1Q1KA 3FXQA 2P1SA 4JWXA 1I6BA 3FV1A 3OELA 3TTMA 4ZZEA 4LUBA 4F18A 2CMOA 5ITOA 4LZ5A 2PBWA 1B7ZA 4FEBA 4U1OA 4RNSA 3M8UA 4G4PA 4GF8A 4HCYA 4PP0A 1UIUA 2HQ0A 3TMGA 4R72A 1UTHB 4X1BA 3KBRA 2OJTA 4YKKA 3H06B 5KDTB 4BDNA 4POXA 2IA4A 3B6TA 2ONKE 3G7WA 4NF6A 1LAGE 3IL1B 1GV8A 4X9TA 4PFYA 1LCTA 2QJEA 1YCJA 1B3GA 3G3KA 1JNFA 1MXVA 3ILTB 3TYHA 2XXRA 2HEUA 4KYEA 1FQBA 5DTBA 3IAZA 3H4ZA 4F29A 1QUIA 5H8NA 3EPEA 3GZGA 2VOZA 5L9SA 4LQ2A 1HSEA 4KD5A 1DMBA 1D9YA 4DLDA 2Y7PA 3FUZA 1Y3PA 1B7UA 4YKPA 1VE4A 3MVZA 4FORA 3SETA 4OMBA 4OFJA 1B32A 2XXWA 4Q0CA 2O69A 2HZKA 3ECRA 1JEVA 2F7AA 4F3PA 4E0XA 1VFDA 1B0HA 1H45A 3MP8A 3BFUA 3PMWA 2ZXTA 2I3WA 2V84A 3Q29A 4PETA 4LA9A 2I0CA 3K01A 4UACA 3K4UA 5H8NB 3S9MC 1N7WA 3QAXA 3L6GA 2OWSA 3PUXE 3KJ7A 1QUJA 3T22A 4I8CA 3LBSA 4K3FA 2D3IA 4G8MA 4XKNA 3FD3A 3TTKA 4N6PA 3KN3A 3MQ9A 2UVIA 1J1NA 5KCJA 3K0VA 1DTGA 3H03A 1FQDA 1TWYA 3A3UA 5DVJA 1JW5A 4N07A 1OQHA 4TLLB 2PMSA 2D21A 4ELRA 4OFLA 4G2ZA 2DQVA 1Y9UA 3UP9A 3K6WA 1MPCA 4LZ8A 4ND9A 4XKQA 3QUFA 1GGGA 3H3GA 2HAVA 3B6QA 2Q2CA 2Q8JA 1ATGA 4Z7EA 1QVSA 1MPBA 4H8IA 3DELB 2I58A 2UYFA 3ZKLA 3A09A 1WODA 1XHYA 2X26A 1A40A 2Z8DA 1FTKA 5DT6A 3U8QA 4MBPA 1TFAA 3G3GA 3WAEA 1LB8A 4NMYA 1MQGA 5J1DA 4NTLA 1N0TA 1H44A 3C4MA 3SERA 1N7XA 5KCJB 3IK6B 5FHNA 3TTRA 1LAFE 1XC1A 1IQ7A 3U93A 2ZMBA 3O6GA 4H65A 1PB9A 2DWAA 3LSFB 1MH4A 3B7DA 2OK2A 4P0IA 1H43A 1I6QA 1OIBA 2F8DA 2X7PA 1MXUA 1LFGA 3FZVA 3S9LC 3O29A 1FCKA 1B2HA 3IX1A 5H8SA 1DOTA 3PPQA 4F3GA 1URSA 1R6ZA 4U23A 4WKMA 1N3WA 3OXNA 4M4GA 3KFMA 3T9VA 3HHFA 1LLSA 4U2RA 4G8NA 1M5DA 1B3HA 3GXAA 2NOOA 2XXIA 3CI8A 1LFHA 1AL3A 1SI1A 1O7TA 1IZ1A 4PQJA 5ICTA 2A5SA 3W15C 1PB8A 4Q30B 1VSOA 1QKBA 3ZSFA 2LAOA 3MUQA 2AIXA 5HPQA 2O7UA 3A3CA 1ZTYA 2GRVA 2QS3A 4X1DA 3QYTA 4IY5A 1N84A 1RKMA 2ESNA 3HV1A 4NE4A 3G3FA 1DSNA 2XX7A 3OO6A 1OLCA 3CFLA 2B3FA 1D9VA 4DCXA 3KSXA 1EZPA 3KJTA 4ELOA 1JEUA 1MG1A 2GH9A 2ZNUA 5DYHA 1XT8A 2QMWA 4QFKA 4OESA 1LGBC 3TODA 3IO4A 4GL0A 4FEDA 1A54A 1LCFA 2H9BA 3JV9A 3ILUB 3FVGA 2NUVA 3LR1A 3W9WA 2QRYA 3QSLA 2ONSA 2UYEA 1MXZA 5CMKA 4ZEIA 5TPAA 2AL4A 3IOUA 3OO8A 3S9EA 4KFQA 3C31A 4GIZA 1B51A 4JXIA 1FTMA 5I2NB 5I2KA 3UK4A 4OETA 3PUVE 1N76A 1OVBA 3T9UA 2Z22A 1CE2A 1B3LA 1BKAA 4TOZA 3HCQA 3RQTA 3IOVA 3K00A 3TQWA 3PPNA 4UA8A 1NKXA 3DP4A 1PB7A 1H3DA 1B3EA 3BKIB 1SYIA 4MLQA 3KN7A 3LC8A 1RYXA 4ONYA 1MY4A 3HHGA 2P0SA 3H6UA 4P11A 4Q5TA 4FATA 2F35A 3HO7A 3VXBA 5TPAB 2RKMA 4QF9A 2Z8FA 2H5YA 1R9QA 1EZOA 2REJA 4R2FA 1MH3A 1TFDA 5I2KB 4NF5A 3KEIA 1KWHA 2Q9TA 4H0WA 2DS9A 3M3LA 2FA7A 3LSXA 3FXRA 1S7YA 3T93B 2XXQA 2BJJX 3FASA 1MPDA 4FAJA 3OEMA 5F1QA 4BDQA 2YPNA 4EDPA 2XX8A 5JEIA 2UVGA 2DYXA 1B05A 4YAHX 1SW1A 3OOAA 4H6DA 4R6KA 2DVZA 3SEXA 3T9XB 1Y3NA 4FIMA 5DEXB 4BDLA 4RK2A 3K1NA 4YKJA 1LAXA 4HS7A 4WXJA 2DWJA 4DDDA 3WAFA 4QSEA 2DVCA 1LSTA 1B5HA 1NH8A 1ANFA 3QIMA 1A55A 4DXUA 5FHMA 5AA2A 4RY1A 4IO5A 3TTNA 3VXCA 3G3HA 5DVIA 2HAUA 1OVTA 1UIVA 4IO4A 2VGQA 3DP8A 5L9MA 2F7CA 4KQPA 4H1XA 3KG2A 2Y7RA 2GHBA 2NWJA 4QSCA 2HFBA 1P1UA 3O6IA 4ELPA 5ICQA 4NF4A 2I4BA 1PDAA 3H7MA 3I5OA 2YLNA 5CRYA 1DTZA 4Z0IA 3RLFE 5EHMA 3IB2A 4R9GA 2I0BA 1URGA 5BUUA 4N13A 2R71A 1S9TA 3K02A 4PE5B 5AA2B 3QUJA 2ZNSA 5K2YA 1QUKA 5F7VA 1IIWA 1TT1A 3FV2A 1I69A 2DOJA 2I48A 2OCUA 1CB6A 4U21A 1Q35A 4WEPA 3MW0A 3DP6A 1JW4A 2PT1A 3G3IA 2GFEA 4F1YA 4OEVA 3U94A 3OO7A 4NF6B 4ZEFA 4NF4B 4MH5A 1UQWA 4XTCQ 1MXYA 3CSBA 1MRPA 4ZZAA 3RT8A 1IEJA 4THIA 1P1WA 2XXHA 2Z8EA 5TU0A 4HCWA 4LATA 3V5AA 1SW5A 1PEBA 1IXGA 3FIRA 2W7YA 3PU5A 3OSRA 2H99A 1S50A 4GQOA 3VVDA 1BIYA 4IGRA 2VP1A 4NEDA 4ZE9A 4ZEDA 1DPPA 4YB5A 3V89B 2O51A 1SD3A 3TELA 4PFTA 3L6HA 1AOVA 2G93A 1MDQA 2XXUA 1B5JA 5M2VA 4G68A 1SQYA 1QW0A 2QS4A 3VLVA 3IO6A 2UVJA 1LBCA 3SESA 3O6HA 2ONRA 1P1NA 2QL3A 2Q89A 4F3BA 2O7IA 3R7XA 4QFOA 2XD2A 3P7IA 2R9JA 1P99A 3MAMA 1FQFA 3H6WA 3FVKA 5L8DA 5AA3A 4EF1A 4RYAA 1B7HA 3N26A 5I57A 1Z7ME 3MVYA 3H6VA 2Y7KA 4GWOA 5IKBA 2ABHA 3Q27A 1EZ9A 3SEYA 1B46A 1QJMA 1Y1ZA 3UA8A 4C1UA 4IO7A 4L17A 3CFXA 3TTLA 4GL8A 3TCHA 3RTWB 4G68B 1FQCA 5CMMA 2THIA 3C34A 4DIGA 4ISUA 5JTYA 1UTBA 2M8CA 1GTKA 3THIA 1BTJA 3MZ1A 2R6GE 4OQOA 4XXUA 4F31B 3MZBA 4GLIA 3IR1A 3VV5A 1M5FA 4ZECA 3KOTA 1FTJA 3FATA 3FXUA 3PMXA 3N5LA 4OENA 1XS5A 3VE1B 4R9FA 4FE8A 5AA4A 2OZZA 3U92A 3IORA 3PV0E 3SEUA 2G29A 3CRBA 1A7LA 3FVOA 3JZJA 2OLBA 2RCBA 2Y7IA 3SDFA 2ANJA 3UORA 5TP9A 4EXKA 1MY0A 3CG3A 4ECFA 2XXPA 2FNCA 4KPTA 2VHAA 1SI0A 3HN0A 2ZYMA 1MQHA 1N04A 1B9JA 5ISUA 3SKPA 4YKIA 5H8HA 2E1SA 2F36A 1Y1MA 4IB2A 3HPIA 1ELJA 1FQAA 4TQUQ 3H6TA 1B1HA 1PBQA 4JSDA 1B5IA 3EF7A 1MXXA 2DWIA 5AA4B 2O6AA 1GR2A 3OEKA 2PT2A 4XKPA 3VFJA 2Y7WA 4DE8A 4O3CA 1YAEA 1NL5A 2DE3A 3MVWA 5ELVA 1VFEA 3V8XB 3IOWA 3HSTA 1FW0A 3FJMA 4TLMB 4F22A 2P2AA 1NNTA 1QKAA 3T96B 1P1OA 1YTVA 4GXAA 1IXHA 3OSQA 3S2VA 5FHOA 1ZIUA 4PFWA 3EHUA 5H8HB 3OD7A 2KLFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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