2B3FA

Thermus thermophilus glucose/galactose binding protein bound with galactose
Total Genus 155
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
155
sequence length
392
structure length
392
Chain Sequence
MKLEIFSWWAGDEGPALEALIRLYKQKYPGVEVINATVTGGAGVNARAVLKTRMLGGDPPDTFQVHAGMELIGTWVVANRMEDLSALFRQEGWLQAFPKGLIDLISYKGGIWSVPVNIHRSNVMWYLPAKLKGWGVNPPRTWDKFLATCQTLKQKGLEAPLALGENWTQQHLWESVALAVLGPDDWNNLWNGKLKFTDPKAVRAWEVFGRVLDCANKDAAGLSWQQAVDRVVQGKAAFNIMGDWAAGYMTTTLKLKPGTDFAWAPSPGTQGVFMMLSDSFGLPKGAKNRQNAINWLRLVGSKEGQDTSNPLKGSIAARLDSDPSKYNAYGQSAMRDWRSNRIVGSLVHGAVAPESFMSQFGTVMEIFLQTRNPQAAANAAQAIADQVGLGRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Sugar binding protein
source organism Thermus thermophilus hb27
publication title The crystal structure of a thermophilic glucose binding protein reveals adaptations that interconvert mono and di-saccharide binding sites.
pubmed doi rcsb
molecule keywords glucose-binding protein
total genus 155
structure length 392
sequence length 392
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-09-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2b3fA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2b3fA02
4WKMA 4N13A 5I57B 1CB6A 3R6UA 1JW5A 3OEMA 2DYXA 4R9FA 1B58A 5I56A 4ZEIA 5M2VA 3RLFE 2F7AA 3FXQA 2HFBA 3VLVA 1ZU0A 4ELQA 4G68C 4ESWA 1FTMA 2F35A 1ZLQA 3S9NC 4MF3A 1URSA 2DWIA 3K01A 4JBZA 2O68A 3BBRA 4N07A 3KOTA 4G8HA 3UGWA 1LGBC 4Q30B 1LFHA 3THIA 3E3KA 4AQ4A 4GL0A 1OQHA 1BIYA 4Z7EA 1SDXA 3W9WA 4M1VA 4OFOA 3N6TA 1MXVA 3Q27A 3TCFA 1J1NA 4JWXA 4G8MA 3FVKA 2XHDA 4EQBA 1N04A 2E0SA 4KYSA 4YAHX 4YZZA 3UN6A 4IY5A 4Q0CA 5DT6A 2A5TB 4UA8A 3MQ9A 4C1UA 5ISUA 1N3WA 3N5LA 1LCFA 4EXLA 5BWJA 1B4HA 3T66A 2XXHA 2Z23A 1R6ZA 1HSJA 4ECFA 5I56B 3GXAA 1GV8A 1F9BA 4IGRA 4HS7A 4KHZE 5TPAA 5EHMA 3VV5A 2QL3A 1FQCA 2XXIA 2Y7KA 4AB5A 4YB6A 1SI0A 3TCGA 1I6BA 3EHUA 1TFAA 3KN7A 2PYYA 3TTNA 3IAZA 3O6HA 3IR1A 5L9OA 3KSXA 3K0VA 1URGA 1MM6A 4F29A 3MWBA 2DWHA 4JWOA 2OWSA 3H6VA 2CZLA 1D3KA 2Q89A 5H8FA 1B5JA 4H6DA 3K1NA 2YJPA 4XKNA 5K2YA 4YICA 3KG2A 4IO2A 3U94A 4U21A 4GOTA 1UTBA 4FAJA 4EF1A 2V3QA 2RCAA 4PFTA 3AXFA 2ZYKA 5AE4A 3TTLA 1N3XA 3RT6B 2O7UA 4PETA 1XS5A 2VGQA 1MXUA 2V25A 3C33A 4ELPA 4OENA 4OMBA 2ZNTA 4NF5B 2G29A 4ZE8A 5TPAB 3PPPA 3O66A 5DYHA 1T0KA 3VXBA 1IQ7A 4QHQA 1KWHA 3PMWA 2A5SA 4XKQA 1PBQA 1B7ZA 4I62A 4F1VA 2DVCA 3W15C 1IXHA 1P1QA 3PPNA 1Y20A 2DWAA 3HHFA 4AB6A 3ILTB 3T96B 3GBBA 2LAOA 2QS2A 1IXGA 1SQYA 1FQDA 2QSXA 2H99A 5FHNA 2OBGA 1TXFA 3E13X 5I2KB 3TCHA 4IO5A 1Y1MA 1XVXA 2XXQA 2D3IA 1RKMA 3QUJA 1DPPA 4F22A 1SVXB 1NNPA 5H8NB 1FQFA 5AA2D 4NEDA 3TAJA 3H03A 1UIUA 1L5TA 4P0IA 2RINA 1XOCA 2O51A 4H0WA 4DXUA 4QSDA 1ANFA 1M5CA 2I3WA 4XKRA 1GGGA 4OFLA 3TKDA 2D21A 2CMOA 3K6VA 3KJTA 3TMGA 1ZIUA 1EZ9A 1P1UA 5I84A 3PU5A 3PMXA 4NF8B 3C35A 4F1YA 4MLQA 1I6QA 4EQ7A 2ABHA 4LZ7A 1MPDA 2RC9A 3PUYE 4KQPA 3CG1A 4R72A 2V84A 4BDQA 3U92A 5TU0A 3CVGA 5CC2A 3PUVE 1RYXA 3P7IA 5F1QA 2VHAA 4IY6A 3OSRA 3QUFA 4ZZAA 5AA1A 4OXVA 4OEVA 1B3GA 1Y3QA 4WEPA 1POY1 4HCYA 2X7PA 3QYTA 2Y84A 4LATA 4ZEKA 1S50A 4MFIA 3SKPA 3ONMA 1B40A 1EU8A 3B6QA 2F6PA 3H3GA 1MH4A 3IL1B 3LR1A 3PGFA 1H3DA 1NMUA 2F6GA 3OXNA 1SBPA 5ICTA 4ESXA 3C36A 5I58A 1MXWA 3FJGA 4X1BA 1Z7ME 3MVYA 3A09A 3CFZA 4I1DA 3GBAA 4YKJA 4NF4B 5KCJA 1Y9UA 3G3KA 4WEDA 1UTHB 4FEDA 1WDNA 4DCXA 2YPNA 3IO4A 4OEUA 2I58A 2ZYOA 4IGTA 1FCKA 3FUZA 3CR9A 5KZTA 4U2RA 2DXRA 4POXA 3HPIA 4GRKA 3SEVA 3KN8A 1SW1A 2I4BA 4OZ9A 4G2ZA 4I9DA 3SEXA 3TQWA 2QMWA 1DSNA 5L8DA 4FIMA 5JTYB 1OVBA 3MVXA 4EDPA 1LAFE 2P1SA 3S9LC 2RC7A 4OHNA 3MPKA 2PX1A 2O1LA 4R6KA 4RJZA 2B65A 2AL5A 4OWDA 5JEIA 4ZZEA 3FATA 3T9XB 2RC8A 1DTGA 5H8QA 3IJOB 1O63A 3T9HB 3OD7A 1PB9A 1AL3A 3C32A 1P1OA 4YKPA 2I0CA 5EYFA 3CIJA 4R75A 4F19A 3E9XA 3Q26A 1FTOA 3PUZE 4P11A 2Y7WA 4YMAA 4OETA 1OQGA 3GLBA 2VD3A 2ZYMA 1P99A 3RY3A 3MUQA 4HW8A 3I6VA 1ATGA 3KJ7A 2ONSA 3FXRA 3BKIB 4PFYA 4XKPA 5H8HB 4EQ9A 2HQ0A 3K6XA 4OVJA 1YTVA 1PC3A 3VVFA 1BP5A 3D4GA 4G68B 4JB7A 4F3PA 4ZEFA 2AYSA 1A55A 4PFUA 2DXYA 2RKMA 2Y7RA 3IOWA 5DVIA 4RXLA 3SETA 4QSEA 3O6GA 3ZKLA 4FORA 1MQJA 2HEUA 4R9GA 1MXXA 3CFXA 2O1MA 2W7YA 4ZS9A 3QAXA 3MJNA 4EUOA 4G77A 1BKAA 1B3LA 1M5DA 2OZZA 1SYIA 1B3FA 5H8QB 4IO3A 3SDFA 3RQTA 1O64A 3ECRA 4ISUA 1I6AA 4TQUQ 3FV2A 4FJPA 1ZMGA 4NF6B 4QSCA 3VVDA 3H4ZA 1EH3A 3U93A 3R26A 2ALUA 1Y4CA 2FNCA 3LSLA 5DVJA 3TTMA 1MDQA 3M3LA 5FHMA 5AA2A 4HCWA 1POTA 1S7YA 2F8DA 3N6UA 3LC8A 2HZKA 3KFMA 2V3TA 4F3SA 1NH7A 3MAMA 4F3GA 2DE2A 3KGCA 3MC2A 1SI1A 4QFLA 4OERA 1HSLA 4X9TA 1IUDA 4EXKA 3FXUA 5CM6A 4OYVA 5CMBA 1IIWA 4YB5A 3OMBA 3U1OA 3V83A 3JYRA 1HSEA 4DXBA 2G93A 2Z8FA 3Q28A 2OLBA 3QIMA 3O2AA 2VD2A 3SEUA 2XD2A 4MH5A 3G3JA 3M8UA 1M5EA 5IAIA 1FQAA 3PPOA 1FTLA 3UIFA 2ZYNA 3MZ9A 3TQLA 1MQIA 3I5OA 2O7IA 4BDRA 4GLIA 3VFJA 3L6GA 4BDNA 1SD3A 2HZLA 4RPOA 2D5WA 1WVJA 3F11A 5AA2B 1OLAA 3S4UA 2REGA 3TTKA 3TPAA 4GVOA 5CMMA 3H6WA 5J1DA 2QRYA 4LONB 5L9SA 1ELJA 1A8FA 4M4GA 4BDMA 2Q2AA 4LQ2A 3V8XB 3LSWA 1MH3A 1VFEA 3HO7A 4GL8A 2QJEA 3RUMA 3O97A 5H8SA 4JWYA 5FTIA 2XD3A 1FW0A 2M8CA 1NL5A 4QRZA 1H45A 3WAFA 3FGSA 3IX1A 4GXAA 4Z0IA 1MQHA 1B5HA 1DPEA 2IA4A 4TLMB 5H8FB 3ZKKA 2F78A 4KI0E 3S9EA 3IO6A 3ZS6A 1GR2A 1Y3NA 4QFOA 4G8NA 4BDOA 1UTBB 1US5A 3G7WA 1IXCA 3PD8A 2RCBA 1B51A 3USDA 4DLDA 2V93A 2XXRA 1AIVA 1SW4A 2Q2CA 3B6TA 3K1PA 4PFWA 2ZMBA 3DP4A 4RK9A 5I2NA 3VLUA 1USYE 2Y7IA 1N7WA 1QULA 5I59A 3JZJA 3FJMA 2XXPA 1NFTA 4H8IA 2NOOA 2GFEA 1GTKA 4DDDA 1MXYA 2Q88A 2UVGA 3K6UA 3T93B 1ZKBA 4MBPA 5IKBA 2FYIA 3IORA 1EZPA 2Y7PA 4GD5A 1JEVA 3U72A 2X7QA 5TP9A 1OMPA 3T9UA 4E0WA 5FHOA 1PEBA 1M5BA 1A40A 3CSBA 4XTCQ 3FVOA 4H8JA 1TT1A 3FJ7A 3C4MA 3KOSA 4KCDA 4F1UA 5A5XA 1FQBA 5CBRA 4POWA 4ELRA 3DP8A 4PP0A 1URDA 1UIVA 1LSTA 2ZXTA 1JW4A 1FTKA 4KCCA 2H9BA 2Q9TA 3EPEA 3LSXA 1OVTA 4Q5TA 3FVNA 4R2BA 3HSTA 1PB8A 1YPNA 4RA1A 3Q25A 5CMKA 3OO6A 2PT1A 1XC1A 2BJJX 4P0GA 4Q8RA 3MP6A 2H4IA 3N26A 5AA4A 2I0BA 3VE1B 2NWJA 1N76A 4DIGA 4OESA 3RPWA 4ZE9A 4KYEA 1I69A 2O84X 3RTFB 3VVEA 2DE3A 1B7HA 1R1NA 3SERA 5TP9B 2Q8JA 4RNSA 1BTJA 4BDLA 1ZBMA 3BFTA 2ANJA 3I3VA 4HTGA 2F7BA 4H67A 5DVFA 1O7TA 2R6GE 3TODA 3TTRA 5KDTA 3PPRA 1DMBA 3TEPA 1SW2A 4U22A 1AH5A 1B1XA 1MPCA 3MP1A 1B1HA 1QW0A 4LUBA 1QUJA 1B05A 3MP8A 3PMVA 4QFNA 5HBCA 4F2QA 4F2OA 4U1ZA 2UYFA 1B0HA 3HCQA 2I49A 1QKAA 3RNNA 5FTHA 1H43A 1EZOA 4R74A 4TLLB 4EF2A 4DZ1A 5K2XA 4I8CA 3HN0A 4THIA 1MY2A 3L6HA 3MVZA 5I58B 4RK2A 2H25A 3PV0E 2I6EA 3FIRA 3FV1A 3TZAA 2AL4A 4PQJA 2QPQA 3MZ1A 5AA4B 3EHTA 3QK6A 4F39A 3H6UA 1P1WA 4PE5B 5F7VA 5KCJB 3H06B 1B7UA 4GIZA 4QFPA 3O28A 1MDP1 2P2AA 1VSOA 2UXAA 4KYDA 3EF7A 5CRYA 5BUUA 3C34A 4C1TA 4LQ5A 5KDTB 4ZECA 4LP2B 1AOVA 1SYHA 1NNFA 3S9MC 2DQVA 2A5TA 3LUYA 4OTEA 2X26A 1LBCA 2PT2A 4DCYA 4WXJA 3CI8A 4YMBA 5ITOA 1LFGA 1NNKA 3BFUA 2V3UA 2F7CA 2H98A 4BLAA 1MG1A 3B7DA 2UVIA 1TWYA 4YKKA 4GFRA 2XXXA 5CI5A 3OEKA 3Q29A 3JV9A 1B32A 4JSOA 4NWDA 3KZGA 1Z7NE 1AMFA 1DTZA 1N84A 3K02A 3MVWA 1QKBA 4R73A 3PUWE 1YAEA 3IB0A 1RYOA 3EN3A 4KPTA 1MS7A 4C0RA 2DS9A 1ZJLA 2O6AA 3V89B 3T22A 1IEJA 3OELA 4ONYA 1LAHE 3UA8A 1QVSA 3K00A 2F34A 4RPNA 3PD9A 4U4XA 3DM0A 3K1MA 4R2FA 3KEIA 3IB1A 4ZEDA 2B3FA 2OJTA 3SESA 3CFLA 2XX9A 3B6WA 4NF5A 4QFKA 3VLWA 4NMYA 1N7XA 4K3FA 2XXYA 2XXWA 1B6HA 2QS4A 1MPBA 4X1DA 2ZNSA 2VOZA 4U23A 1TFDA 1VFDA 1CE2A 1R9QA 3PPQA 3TDJA 4ZEBA 1B0LA 3FVGA 3KN3A 1MM7A 1B3EA 3OO8A 1II5A 2ZNUA 1LB8A 3WAEA 4JSDA 5EHSA 1IITA 1M5FA 5I2KA 1Y4TA 4NWCA 4DXCA 1NKXA 1MY3A 2H5YA 4LVQA 2R9JA 3G3GA 3ZSFA 1D9VA 4O3CA 1LAXA 4GF8A 4YU0A 2DSFA 1PBPA 1VE4A 3T9VA 3O6IA 5H8NA 4FECA 3UORA 3IJXB 1JVXA 2XXTA 1MY4A 1QUIA 1Y1ZA 5DTBA 3TELA 4QF9A 4H5FA 2OWTA 5ITPA 4GXSB 4LA9A 1H44A 1Y3PA 5AA3A 2NXOA 1PB7A 4F3BA 2P0SA 3UK4A 4FEBA 3KBRA 4IO6A 3TYHA 3K4UA 3ODBA 1A7LA 4NF8A 4ND9A 4FE8A 2DE4A 2PBWA 3K6WA 1Q35A 1DOTA 1XT8A 1JNFA 2NVUB 1JETA 2Z22A 1JW1A 4UACA 2XX8A 2REJA 2I3VA 4L17A 4RYAA 4U4SA 3DLNA 5ICQA 2R71A 2I4CA 1NH8A 1A8EA 3E4RA 1S9TA 1XHYA 4LZ8A 2DVZA 3IOUA 4LZ5A 3O9PA 2B3BA 1P1NA 5ELVA 2IEEA 3CG3A 3S2VA 3MPLA 4ELOA 3DELB 2GHBA 4F31B 1PDAA 1SW5A 4H1XA 3IOVA 5HPQA 1BLFA 3C31A 2GHAA 1OIBA 1UQWA 3G3FA 1A99A 2RF1A 1D9YA 3LBSA 3FASA 1ZTYA 4NF4A 4NE4A 1B4ZA 1VR5A 3CSGA 1LCTA 1IZ1A 1NNTA 3C9HA 2XX7A 4IO7A 2XXUA 1MRPA 1UTHA 3TUSA 3RN8A 2GH9A 1B2HA 5CBSA 3OSQA 2UVJA 3O29A 3KSJA 2ONRA 1B46A 3FD3A 1YCJA 2UYEA 4OFJA 2WKYA 3OENA 2O69A 3HHGA 2THIA 1FQEA 4IB2A 5JK4A 4OQOA 3UP9A 1GVCA 3A3CA 4KD5A 3IK6B 4G4PA 1JVYA 1LB9A 3SEWA 3G3IA 4R6YA 3K2DA 1WODA 5I2NB 4MLVA 4JDFA 1N0TA 4GQOA 5I59B 1R9LA 1US4A 5JTYA 1LFIA 2I48A 3EHSA 2HAUA 2DP8A 2PVUA 3MZBA 3U8QA 3IB2A 2ONKE 4NTLA 2HAVA 5B7DA 2YLNA 1JEUA 2DOJA 1MQGA 5L9MA 5DEXA 4X48A 2F36A 4JXIA 3R7XA 1B52A 1IXIA 4R6HA 1LBBA 3EQ1A 1MY0A 3M3KA 4H65A 2OK2A 1MXZA 4RY1A 5A5XB 2UVHA 1JQFA 3G3HA 1MY1A 4YKIA 5B70A 3OOAA 4IO4A 2KLFA 3TFLA 5I57A 3A3UA 3IOTA 4KR5A 3H6TA 3V5AA 3MBPA 2E1SA 2XXVA 1OLCA 1B9JA 4N6PA 3RT8A 3MW0A 4F18A 2QMXA 3W9VA 2Z8DA 5H8HA 1A54A 1B5IA 2NUVA 4TOZA 1FTJA 3OO7A 3OO9A 2HCAA 4G68A 3RTWB 3CRBA 1B3HA 1H76A 3VDFA 4O3BA 2QS1A 4KFQA 4ZDMA 2HXWA 1XVYA 1LLSA 2OCUA 2DWJA 4O3AA 2ESNA 3N94A 3SEYA 4H5GA 3QXMA 4FATA 4XXUA 3M3FA 4E0XA 4DE8A 3HV1A 5HM4B 3FZVA 3RGYA 3ILUB 1QJMA 4GWOA 3QSLA 5DEXB 1LAGE 2F97A 1USYH 3D4CA 2VP1A 4XIGQ 3PUXE 4YB7A 1D4NA 3GZGA 3DP6A 3VXCA 3LSFB 1Q1KA 2QS3A 2Z8EA 1MQDA 5CMCA 2F5XA 3H7MA 2GRVA 2AIXA 2PMSA 4U1OA 5LOMA 1QUKA 2FA7A 4NF6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4P3LA 4WKMA 4N13A 4GX4A 5I57B 1CB6A 1AWBA 2DDKA 4HE2A 3R6UA 1JW5A 3OEMA 2DYXA 2CEXA 2B4LA 4R9FA 1B58A 5I56A 4ZEIA 5M2VA 3RLFE 2F7AA 3FXQA 2HFBA 3VLVA 1ZU0A 4ELQA 4G68C 4ESWA 1FTMA 2F35A 1ZLQA 3S9NC 4MF3A 1URSA 2DWIA 3K01A 4JBZA 2O68A 3BIGA 3BBRA 1FPIA 4N07A 2XA5A 4MNCA 3KOTA 4G8HA 3UGWA 4PBHA 1IMCA 1LGBC 3KBZA 4Q30B 1LFHA 3THIA 3E3KA 4AQ4A 4N6DA 4GL0A 1OQHA 1BIYA 4Z7EA 1SDXA 3W9WA 4M1VA 4OFOA 3N6TA 1MXVA 3Q27A 3TCFA 4X8RA 1J1NA 4JWXA 3T1BA 4G8MA 4O8MA 3FVKA 2XHDA 4EQBA 1N04A 2E0SA 2ZZVA 4KYSA 4YAHX 4YZZA 3UN6A 4IY5A 4Q0CA 5DT6A 1FPEA 2R8TA 2A5TB 4UA8A 3MQ9A 4C1UA 5ISUA 1N3WA 3N5LA 1LCFA 4EXLA 5BWJA 1B4HA 5ET7A 3T66A 2XXHA 2Z23A 1R6ZA 1HSJA 4QXDA 4ECFA 5I56B 3GXAA 1GV8A 1F9BA 4IGRA 2QFLA 4HS7A 4KHZE 5TPAA 5EHMA 3VV5A 2CZKA 2QL3A 1FQCA 2XXIA 2Y7KA 4N91A 2B4MA 4AB5A 4YB6A 1SI0A 3B8BA 3TCGA 1I6BA 3EHUA 1TFAA 3KN7A 2PYYA 1K9ZA 3TTNA 3IAZA 3O6HA 3MSTA 3IR1A 5L9OA 3KSXA 3BIHA 5LDZA 2P3NA 3K0VA 1URGA 1MM6A 4F29A 3MWBA 2DWHA 4JWOA 2OWSA 3H6VA 1FPGA 2CZLA 4PC9A 1D3KA 2Q89A 5H8FA 1B5JA 4H6DA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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