2B3FA

Thermus thermophilus glucose/galactose binding protein bound with galactose
Total Genus 155
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
155
sequence length
392
structure length
392
Chain Sequence
MKLEIFSWWAGDEGPALEALIRLYKQKYPGVEVINATVTGGAGVNARAVLKTRMLGGDPPDTFQVHAGMELIGTWVVANRMEDLSALFRQEGWLQAFPKGLIDLISYKGGIWSVPVNIHRSNVMWYLPAKLKGWGVNPPRTWDKFLATCQTLKQKGLEAPLALGENWTQQHLWESVALAVLGPDDWNNLWNGKLKFTDPKAVRAWEVFGRVLDCANKDAAGLSWQQAVDRVVQGKAAFNIMGDWAAGYMTTTLKLKPGTDFAWAPSPGTQGVFMMLSDSFGLPKGAKNRQNAINWLRLVGSKEGQDTSNPLKGSIAARLDSDPSKYNAYGQSAMRDWRSNRIVGSLVHGAVAPESFMSQFGTVMEIFLQTRNPQAAANAAQAIADQVGLGRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords glucose-binding protein
publication title The crystal structure of a thermophilic glucose binding protein reveals adaptations that interconvert mono and di-saccharide binding sites.
pubmed doi rcsb
source organism Thermus thermophilus hb27
molecule tags Sugar binding protein
total genus 155
structure length 392
sequence length 392
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-09-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2b3fA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2b3fA02
4RYAA 3TUSA 1BTJA 4C1TA 1J1NA 3CG3A 3MZ1A 1EZPA 5AE4A 1AH5A 1NNTA 4F22A 1OLCA 4GQOA 1Y3QA 1QKAA 1PDAA 3MZBA 4LA9A 2DE3A 5DTBA 4H0WA 5DEXB 3RUMA 3OOAA 4U4SA 3O97A 2I0CA 1H43A 3FD3A 2QS4A 1MH4A 2Z22A 4IO2A 5M2VA 1ELJA 4M1VA 3RT8A 1URDA 3FZVA 4OVJA 4P11A 4ELOA 3EHTA 4WKMA 2D5WA 3FJGA 3LSFB 4UACA 3ZSFA 2Q89A 3G7WA 2RCBA 3U8QA 3THIA 2O84X 5DVIA 3MC2A 2F35A 3O28A 1MRPA 1YAEA 2HAVA 1Q1KA 3K6XA 3N26A 1VR5A 5HM4B 4EQ7A 4XKPA 3HV1A 2P2AA 1B3EA 1QJMA 4FE8A 1JVXA 5B7DA 5JK4A 3TTLA 2Q9TA 1MG1A 3RY3A 3DP4A 1XHYA 3R6UA 1MH3A 1LBCA 3OXNA 4IO5A 5EHSA 5J1DA 4NEDA 3CFZA 3TQLA 3FVNA 4DCYA 4X1BA 1ZBMA 4QFNA 4E0XA 4F3SA 3UP9A 2H9BA 5AA2A 3C35A 3RLFE 3FV2A 3TQWA 1Z7ME 5JTYA 4LP2B 4X1DA 2HQ0A 2F34A 4KCDA 4G68C 4OENA 1WDNA 5AA3A 2I49A 3OD7A 4YB7A 5CBSA 1POY1 2P0SA 1Y4TA 3SDFA 1ATGA 4OYVA 1USYE 4JDFA 1LFHA 3MPLA 5I2NA 3FJMA 1KWHA 3SEYA 1LAHE 1T0KA 3K0VA 3K1MA 1LGBC 3N5LA 1GVCA 3TAJA 1B5HA 4ZE9A 4FEBA 4DE8A 1A8EA 1PB9A 1MXUA 1ZTYA 4TLMB 1I6BA 3B6TA 3QK6A 3M3KA 3MW0A 3MVXA 4FIMA 4R2FA 3QSLA 4F39A 1B2HA 4HTGA 4DDDA 1LLSA 1VFDA 2XXUA 4QFOA 3W9VA 2I58A 4H5FA 2H98A 5H8NA 4DCXA 3S9MC 1MXXA 2RCAA 2FYIA 1EZ9A 3MPKA 1F9BA 3U1OA 2HZKA 1FTMA 5FHMA 3VE1B 4XXUA 3KBRA 3IO4A 3E3KA 1P1NA 1URSA 4U22A 3IOVA 3G3IA 4H5GA 2G29A 4BDMA 1MY3A 1EZOA 2ESNA 3TPAA 2V3QA 3R26A 4QFPA 3LUYA 2GHAA 2H99A 2YJPA 1FTLA 4EF1A 3V89B 1ANFA 4EXKA 3K4UA 2DWHA 3GXAA 2F6GA 2F7CA 5TP9A 4F1YA 3TEPA 4ZEIA 2F7AA 2LAOA 4ZEFA 3H6TA 4MF3A 1SW2A 4IGRA 3G3KA 1MQJA 2P1SA 3R7XA 5CMBA 3RPWA 3WAEA 3FGSA 3HHGA 2OWSA 4OHNA 1IZ1A 4OWDA 4NF8B 3IB2A 3L6GA 3MAMA 2O7UA 3PUVE 1B58A 1XVXA 5DT6A 2Q2CA 1B52A 1MPDA 2DQVA 2IA4A 1QKBA 2NWJA 4YKKA 4OFLA 3IK6B 1H45A 1GTKA 4JWYA 1B3HA 1Y1ZA 1P1UA 2Y7WA 4KPTA 4JXIA 3VDFA 5JEIA 3LSWA 4QSEA 3BKIB 4M4GA 5FTHA 1UTBB 3SERA 2O51A 3S2VA 3G3HA 3QYTA 3HO7A 3ZKKA 3G3JA 2GH9A 3M3FA 4BDNA 1IXIA 4EQ9A 2GRVA 1IXHA 4H8IA 4WXJA 3DP6A 3PMXA 3FUZA 3O6HA 1TFAA 4KR5A 5FTIA 5H8FA 1O7TA 3SESA 2E1SA 4TLLB 4U1OA 2OLBA 3M3LA 1NFTA 2R9JA 2OCUA 1B1XA 2NOOA 3H3GA 3AXFA 2QSXA 2XXIA 1B5IA 2DE2A 1JW5A 2F7BA 2QS1A 1P1QA 3SKPA 1CE2A 4IB2A 5A5XA 3SEVA 2B3FA 3B6WA 5CRYA 3HHFA 3A3CA 3C9HA 2UVGA 5AA2D 4R9FA 5CM6A 3RNNA 1MY0A 3QUFA 4RXLA 4KFQA 3TKDA 2ZNTA 4YKPA 1B1HA 2D21A 4KYEA 4EDPA 1BKAA 3IORA 1MPCA 3SETA 2ONRA 5DEXA 4G8HA 2E0SA 3HSTA 5ITOA 3OMBA 3TCGA 1ZJLA 3LSXA 2PVUA 3MBPA 5F1QA 4R72A 3ONMA 3U94A 1H76A 3MWBA 4G8NA 2UVHA 1SYIA 1ZU0A 4HW8A 5ELVA 2F8DA 2BJJX 5TU0A 4F3BA 1N3WA 2Z23A 4XTCQ 3QXMA 3KJTA 1VE4A 4OETA 1SDXA 3K02A 1LCTA 4RK2A 1RYXA 3ECRA 4F2OA 3N6UA 3TODA 2FA7A 2XXTA 4PQJA 2XD2A 3U72A 1MXWA 5HBCA 1MY1A 3E9XA 1XOCA 1D3KA 4U23A 4U1ZA 4DXCA 1SQYA 1B3GA 1HSJA 1B05A 2I3VA 3K1NA 2XXWA 1LB8A 3MUQA 3TCFA 4GWOA 4R9GA 3C31A 4AB6A 2XHDA 1II5A 1POTA 5L9SA 2M8CA 1IQ7A 4FATA 3TTRA 4DXUA 2PT2A 3GZGA 4GLIA 5H8QB 5L8DA 5I59B 2REGA 1Y4CA 4F29A 1A8FA 2O68A 1XVYA 2REJA 4KQPA 3FJ7A 1FQCA 2ABHA 4ISUA 3O29A 3ZS6A 3BFTA 4RNSA 1IIWA 1A7LA 3EF7A 3UGWA 1USYH 3IX1A 3T66A 3VV5A 2ONKE 4GD5A 1MY4A 1B4HA 4R75A 3C32A 3CIJA 4BDLA 3OELA 4PFWA 3Q25A 1TWYA 4QF9A 1SI1A 4HS7A 1LCFA 2R6GE 3IO6A 4OXVA 1M5EA 4ESWA 2I4CA 1B51A 4G4PA 3TZAA 4N6PA 4ZEDA 1MM7A 3OEMA 1JEUA 5TPAA 4G68A 2VP1A 3PPOA 1NH8A 4KD5A 3QUJA 3B6QA 1IUDA 1FQAA 1B32A 4NF6A 2A5TB 3PMVA 3UIFA 1PEBA 3TELA 3VLVA 3H6WA 1B5JA 4LONB 2UVJA 4Q0CA 1AOVA 5AA4A 1JNFA 1A40A 3EHUA 2Y7KA 3IR1A 1N04A 1MDP1 5CMMA 2B3BA 3SEUA 2OBGA 4RA1A 3TTKA 4Q5TA 2DXRA 2VOZA 1RYOA 2QS2A 4LUBA 3I6VA 2XX7A 1GGGA 1GV8A 2O69A 1MPBA 5FHNA 3TTMA 2X7PA 1MY2A 4GL8A 3O6GA 4YMAA 2B65A 3U93A 3FXUA 2DSFA 2I0BA 2AL4A 3ILTB 4AQ4A 3RTFB 3K01A 1UIVA 4GXSB 1JETA 3LR1A 4R6YA 1NL5A 3EHSA 4NF4B 3ZKLA 1JEVA 5KCJB 1URGA 1SW5A 4NF8A 3E4RA 4YKJA 4NF5B 1OIBA 1LBBA 2Z8DA 2XXXA 4L17A 3L6HA 1YTVA 1JW1A 4AB5A 3KJ7A 3PUYE 3EPEA 4EXLA 1SYHA 2DVZA 2X26A 1FQEA 4POXA 3H7MA 4R73A 4ELPA 5CI5A 1UTBA 5KZTA 2XX9A 4FAJA 3C33A 4FJPA 4DXBA 5I58B 5ITPA 2X7QA 4DIGA 3VVDA 2GHBA 2PMSA 3IB1A 5H8SA 1Z7NE 5ICTA 2NVUB 3FIRA 2PBWA 2V3UA 3I3VA 1Y20A 2ONSA 3MVWA 1R1NA 1MXZA 1A54A 2ZNUA 1NNPA 4BDOA 3FVOA 4NWDA 1YCJA 4N07A 4O3AA 5AA2B 1TFDA 2V84A 4WEPA 3PUWE 3ILUB 1LFGA 1WVJA 3USDA 4PFUA 1O63A 4PFTA 2NUVA 4ONYA 1ZKBA 1LAFE 1NNFA 1IEJA 4NTLA 3LBSA 2I6EA 4YU0A 4ECFA 1MXYA 3TMGA 2O6AA 1B3FA 1ZMGA 2RKMA 3V83A 4BDRA 4U21A 2W7YA 4E0WA 2Q2AA 1ZIUA 3OO7A 4KYSA 4YKIA 1GR2A 2QL3A 5EHMA 5I57B 2RF1A 2H25A 3PPNA 2DYXA 2Y7PA 4O3CA 2CMOA 2RINA 3E13X 1P1OA 1JVYA 1FTKA 2RC9A 1DOTA 3JYRA 4GF8A 3C4MA 2RC8A 2I48A 2V3TA 1XT8A 1FTJA 3VFJA 1M5BA 4N13A 3O6IA 4GVOA 3CVGA 2XXYA 4ZEKA 4JB7A 4YB6A 3HCQA 3LC8A 2ZYNA 2GFEA 1SW1A 1OQHA 1N7WA 5IKBA 3KOTA 3PD9A 3S9EA 4YAHX 1R6ZA 4Z0IA 2ZXTA 1QUIA 2THIA 1M5DA 4YB5A 2DOJA 4QSDA 3HPIA 4ZZEA 3V8XB 1TXFA 1XC1A 3FATA 1MQIA 3V5AA 5I56B 4I9DA 3RGYA 3W15C 3PUXE 1S7YA 3OEKA 3CFLA 1QUJA 2I4BA 4LATA 2HZLA 1B0LA 3PPRA 3IL1B 2QMWA 4ND9A 2OJTA 2V93A 2DWAA 1B9JA 3GBAA 3HN0A 1QW0A 5TP9B 3FASA 2UXAA 1MQGA 2CZLA 4F31B 1M5FA 4RK9A 4OEUA 5H8QA 3F11A 1LAXA 4I62A 5EYFA 5I59A 1B40A 2YPNA 5ICQA 5L9MA 3Q28A 2WKYA 3K00A 4UA8A 4NWCA 2XXQA 3RQTA 1MQHA 2VHAA 3MVYA 4HCYA 3S9NC 4MH5A 1PBPA 1H3DA 4WEDA 3BFUA 1UTHB 5H8HB 3C36A 2PX1A 1DMBA 3OSQA 4R6HA 1B7UA 4ZECA 4H8JA 3KN8A 4DZ1A 3MZ9A 4IO4A 4Q8RA 3G3GA 2HAUA 1B7ZA 4MBPA 4H1XA 5AA1A 3N6TA 3FXQA 3H4ZA 1LAGE 2A5SA 2AIXA 4PE5B 2DVCA 4HCWA 3VLWA 2PT1A 4NE4A 3ODBA 1R9QA 3Q27A 1LB9A 4ZS9A 5F7VA 4ELQA 5K2YA 3K6UA 2A5TA 3IOUA 3UK4A 5CC2A 3KOSA 5H8FB 4G77A 1NKXA 3PGFA 1Q35A 4RJZA 4EUOA 3N94A 3CSGA 1AIVA 4RPOA 4Q30B 1R9LA 4OZ9A 1AL3A 3KN7A 4YMBA 2ZMBA 3T9XB 3W9WA 4XKQA 4Z7EA 3QAXA 3IOWA 1WODA 4IO3A 4ELRA 5A5XB 3MP1A 2F6PA 1LFIA 2R71A 5I2KB 1B4ZA 1A99A 4LZ8A 3RT6B 3CG1A 3CSBA 2UYEA 1Y3NA 2H5YA 1D9VA 4U2RA 5DYHA 4EQBA 1UIUA 4GL0A 2IEEA 3KGCA 3H06B 3TYHA 2UYFA 4NF4A 1Y3PA 5KCJA 1MS7A 3A3UA 4R74A 2ZYMA 4NF5A 1N7XA 1US4A 4XKNA 4OQOA 3VXBA 2Q88A 4LZ7A 4KI0E 1RKMA 5CMCA 1QVSA 5HPQA 1JW4A 4ESXA 3RTWB 4OFJA 3DM0A 4IGTA 3C34A 1IXCA 4OERA 1Y1MA 1HSLA 3SEWA 5IAIA 3UORA 2DWJA 1N3XA 3JZJA 4GOTA 5I58A 2ZYOA 3KEIA 1BLFA 4LQ5A 2XXVA 5KDTB 2VD3A 4QFLA 4F19A 1Y9UA 4GRKA 2Y7IA 2H4IA 2F97A 2QPQA 4QHQA 3OSRA 3TTNA 3M8UA 3O66A 2V25A 3I5OA 1SI0A 1US5A 1SD3A 4OESA 3CR9A 3KZGA 4JSDA 4F3PA 1M5CA 2Z8EA 4XKRA 1DTZA 1I6QA 1B7HA 2G93A 1S50A 2XD3A 3OO9A 2OWTA 3WAFA 2O7IA 1L5TA 4ZE8A 2I3WA 1FQFA 4FORA 4LVQA 4C0RA 1B0HA 1H44A 4OTEA 3PD8A 3KN3A 3JV9A 5CMKA 2KLFA 3FV1A 1EU8A 2DE4A 4BLAA 1D9YA 5DVFA 2AYSA 4TOZA 5I57A 2NXOA 2AL5A 1I6AA 3LSLA 5BUUA 4C1UA 3FVKA 3DELB 5TPAB 3IOTA 4G68B 3PU5A 2ZNSA 3MJNA 3OO8A 5B70A 4F2QA 4MLVA 3SEXA 3UN6A 1XS5A 3O2AA 3KSXA 3S9LC 4BDQA 2F78A 3H6UA 4NF6B 3MP6A 2HCAA 1DTGA 5AA4B 1LSTA 3KFMA 4ZEBA 3G3FA 1AMFA 4F1VA 3VXCA 1BP5A 4G2ZA 1NMUA 3TCHA 4IY5A 4P0GA 1N76A 3TFLA 1PB8A 1DPEA 3MVZA 2DP8A 3OO6A 5JTYB 4U4XA 1OQGA 1B46A 1ZLQA 2QS3A 3T22A 5I56A 4G8MA 4JSOA 1HSEA 4I1DA 2XXHA 3PPQA 4I8CA 3IJOB 4GFRA 2ALUA 4PFYA 1OMPA 1OVBA 3H6VA 4DLDA 4OMBA 4QSCA 4POWA 3T9HB 5I2NB 3GBBA 2QMXA 1DSNA 1JQFA 4KCCA 1UQWA 1SW4A 1DPPA 2DS9A 1O64A 4EF2A 3QIMA 3K2DA 2D3IA 3D4GA 1TT1A 3CI8A 1NNKA 4F3GA 2RC7A 3T93B 4RY1A 1N0TA 1UTHA 5H8HA 1EH3A 1QULA 4ZZAA 3U92A 3VLUA 4RPNA 4R2BA 4LQ2A 2DWIA 1P99A 2Z8FA 1MXVA 3K6VA 5H8NB 1VFEA 2VD2A 4KYDA 3KSJA 3T9UA 5FHOA 5K2XA 2XX8A 4O3BA 5DVJA 4F18A 2QJEA 3FVGA 4F1UA 3IJXB 3P7IA 4IO7A 1FCKA 4IO6A 4ZDMA 3Q26A 1FW0A 1MDQA 4TQUQ 1QUKA 4KHZE 1OLAA 1BIYA 2F5XA 4YICA 4X9TA 4K3FA 3Q29A 3K6WA 1S9TA 4THIA 3T96B 2F36A 1MM6A 1PB7A 4YZZA 3KG2A 3MQ9A 2VGQA 3RN8A 4FECA 4QFKA 4MFIA 1SVXB 1NH7A 4GIZA 4JWXA 2O1LA 1N84A 1IITA 3PV0E 2Q8JA 3K1PA 4H67A 5BWJA 3PMWA 4MLQA 3H03A 4H6DA 1SBPA 4P0IA 5I2KA 2XXRA 2YLNA 3OENA 2ZYKA 1PC3A 3IAZA 3S4UA 1FQDA 1MQDA 3VVFA 5LOMA 2QRYA 3O9PA 3FXRA 1PBQA 3D4CA 4JBZA 1B6HA 4OFOA 1YPNA 4JWOA 2PYYA 1A55A 5CBRA 3A09A 1OVTA 1CB6A 2HXWA 2HFBA 2ANJA 4IY6A 1FQBA 2UVIA 4H65A 2HEUA 3IB0A 2XXPA 2FNCA 4R6KA 3CRBA 5L9OA 1I69A 2Y7RA 3DLNA 3TDJA 3MP8A 3T9VA 5ISUA 3PPPA 1FTOA 2OZZA 4GXAA 3VVEA 4QRZA 4XIGQ 2O1MA 4PP0A 3BBRA 3UA8A 4LZ5A 4FEDA 3PUZE 4OEVA 4NMYA 1D4NA 1VSOA 3GLBA 1IXGA 1P1WA 3EQ1A 4PETA 3CFXA 2DXYA 2Y84A 5KDTA 5I84A 3B7DA 2OK2A 3EN3A 3DP8A 1B3LA 4X48A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4RYAA 3TUSA 1BTJA 4GX4A 1INPA 4C1TA 1J1NA 3CG3A 3MZ1A 1EZPA 5AE4A 1AH5A 3E78A 1NNTA 4F22A 1OLCA 4GQOA 1Y3QA 1QKAA 5ET8A 4N4UA 1PDAA 3MZBA 4LA9A 2DE3A 5DTBA 4H0WA 5DEXB 3RUMA 2QVRA 3OOAA 4U4SA 3O97A 4MCOA 2I0CA 5ESYA 1H43A 3FD3A 2QFLA 2QS4A 1MH4A 2Z22A 4IO2A 5M2VA 1ELJA 4M1VA 3RT8A 2V4CA 1URDA 4IR8A 3FZVA 4OVJA 4P11A 4ELOA 3EHTA 4WKMA 2D5WA 3FJGA 3LSFB 4UACA 3ZSFA 1NUYA 2HXRA 2XWKA 2Q89A 5T3JA 2PCRA 3G7WA 2RCBA 3U8QA 3THIA 2O84X 5DVIA 3MC2A 2F35A 3O28A 3MSTA 1MRPA 1YAEA 2HAVA 1Q1KA 3K6XA 3N26A 3RYDA 1VR5A 5HM4B 4EQ7A 4XKPA 2FIEA 3HV1A 2P2AA 1B3EA 1EYJA 1QJMA 4FE8A 1JVXA 5B7DA 3D1RA 5JK4A 3TTLA 1BK4A 4XEQA 2Q9TA 1FJ9A 1MG1A 3RY3A 4MX6A 3DP4A 1XHYA 3R6UA 3B8BA 2WYKA 1MH3A 1AWBA 1LBCA 3OXNA 4IO5A 5EHSA 5J1DA 4NEDA 3CFZA 5LTCA 3TQLA 3FVNA 4DCYA 4X1BA 1ZBMA 4QFNA 5IM2A 4E0XA 4F3SA 3UP9A 2WYPA 2H9BA 5AA2A 3C35A 3RLFE 3FV2A 3TQWA 1Z7ME 5JTYA 4LP2B 4X1DA 2HQ0A 2F34A 4KCDA 4G68C 4OENA 1WDNA 5AA3A 2I49A 3OD7A 4YB7A 5CBSA 5J16A 1POY1 2P0SA 1QGXA 1Y4TA 3SDFA 1ATGA 4OYVA 1USYE 4JDFA 1LFHA 4O7IA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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