1Y9UA

Bordetella ferric binding protein
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
318
structure length
314
Chain Sequence
DEVSLYTTREPKLIQPLLDAFAKDSGIKVNTVFVKDGLLERVRAEGDKSPADVLMTVDIGNLIDLVNGGVTQKIQSQTLDSVVPANLRGAEGSWYALSLRDRVLYVEKDLKLDSFRYGDLADPKWKGKVCIRSGQHPYNTALVAAMIAHDGAEATEKWLRGVKANLARKAAGGDRDVARDILGGICDIGLANAYYVGHMKNAEPGTDARKWGDAIKVVRPTFAGGTHVNISGAAVAAHAPNKANAVKLLEYLVSEPAQTLYAQANYEYPVRAGVKLDAVVASFGPLKVDTLPVAEIAKYRKQASELVDKVGFDN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords putative iron binding protein
publication title Anion-independent iron coordination by the Campylobacter jejuni ferric binding protein
pubmed doi rcsb
source organism Bordetella pertussis tohama i
molecule tags Metal binding protein
total genus 112
structure length 314
sequence length 318
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13343 SBP_bac_6 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1y9uA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1y9uA02
1MPBA 3BBRA 2X26A 2XXYA 4ZS9A 4OESA 4RK9A 2O84X 1II5A 4R75A 3IB0A 3RLFE 3TTNA 4GXSB 3ODBA 1LBCA 5H8HB 2B3BA 1FTJA 2DP8A 4U23A 1JW4A 2XXWA 1DOTA 3LR1A 5I59B 4N6PA 1SYIA 3SESA 1B3FA 4RXLA 4LQ2A 3TMGA 2B65A 3CG1A 1S50A 1URSA 4Z7EA 2REGA 5BWJA 2DE2A 2NWJA 1RYXA 3V8XB 3HN0A 1LFHA 3O97A 3CVGA 4U4XA 3C35A 3G7WA 1B3GA 1SW4A 4ELPA 2UXAA 1IXGA 5I56A 4TOZA 4QFLA 5B7DA 1FQBA 3S9LC 3FZVA 4Z0IA 5I58B 4DXBA 2THIA 4OYVA 3USDA 2ZYMA 1GGGA 4FJPA 3QSLA 1B4HA 2ZYKA 1F9BA 2DYXA 3I6VA 3C36A 1I6QA 4YU0A 4OERA 2DE4A 2D21A 4ZZAA 1MM6A 5F7VA 1IZ1A 2M8CA 4X9TA 4GF8A 4Q0CA 1N3XA 1FQCA 3D4GA 2XXRA 4IY6A 2ZNUA 1MQHA 4QRZA 5CI5A 4JDFA 3Q27A 4PFUA 1ZBMA 1VR5A 5AA1A 3MZ9A 1FW0A 1B5JA 2DWJA 2VD2A 1MXVA 4F2QA 1P1QA 1Q1KA 1B7ZA 5ICQA 1XHYA 3KG2A 1SQYA 3V83A 1FTOA 4RNSA 3ZS6A 3QIMA 5JEIA 1JEUA 4M1VA 4NF5A 2I3WA 4Q5TA 5AA2A 2XXTA 1NKXA 3KZGA 5CMCA 4BDRA 5H8NB 1WODA 1P99A 1JEVA 2HAUA 1MY3A 4OFJA 2I58A 3U72A 4NTLA 4DXCA 1O7TA 1TFAA 4KFQA 4F1YA 4GWOA 4AQ4A 3DP4A 1SW5A 4DCYA 3EPEA 5DYHA 3KFMA 4OVJA 5AA2B 2O7UA 3MP1A 3UORA 2HFBA 5HM4B 2KLFA 2P2AA 2ESNA 5JTYB 1FTMA 1LAHE 3IOUA 3IB2A 1M5FA 4KCDA 4ZECA 1XS5A 4G68A 3L6HA 2IA4A 1FCKA 2GHAA 1HSEA 1LCTA 2X7PA 2XXIA 3K6VA 4PP0A 3LBSA 3HPIA 3MPKA 4YMBA 4XKRA 3RTFB 1B3HA 4L17A 2V84A 4G8HA 5H8QA 3LSFB 1IITA 1TFDA 1B7HA 1YTVA 1H76A 5CMBA 5AE4A 3T9HB 1EZPA 1B3LA 4Q8RA 2UVJA 1D9VA 4ZE9A 3N94A 4R6KA 3FXUA 4H67A 3TTKA 4GFRA 5ITOA 4EXKA 3L6GA 3T22A 4DLDA 2PYYA 3MWBA 3C31A 3EF7A 4ESXA 4GXAA 4IGRA 3UP9A 1SW1A 4YMAA 3CFLA 3FIRA 4F3PA 3G3HA 3ZKLA 1MY1A 1P1WA 2DWIA 2DVCA 3PGFA 1N7XA 3I3VA 4WXJA 4NF8A 3CG3A 4F3BA 1SI1A 1B40A 3FASA 1RYOA 5L8DA 2Q8JA 4IY5A 3MZBA 1PDAA 4C1UA 4KCCA 3KSJA 1GR2A 5KZTA 3VXBA 4KHZE 1Y9UA 3VXCA 4MLQA 3K6WA 1B0HA 4MFIA 1NH8A 1Z7ME 2BJJX 2ABHA 4F19A 4NF8B 4R9FA 1N3WA 4LUBA 3FJ7A 4EF1A 3TELA 2F7AA 2YJPA 5JK4A 5ISUA 1A40A 3MUQA 2VP1A 4P11A 2HZKA 1AH5A 2RCBA 3PD9A 3TTMA 1ZLQA 1D3KA 3GBBA 4R73A 3CFXA 3QUFA 3MVXA 5IKBA 3FVNA 3TAJA 3UIFA 3BFTA 4BDMA 4WEPA 3EHTA 4OFLA 3CRBA 3G3KA 2DWHA 3MW0A 1A8FA 1MH3A 2O1LA 4QSDA 1IEJA 5L9SA 3OO9A 4OXVA 4R2BA 2QRYA 3A3CA 1B1HA 5FHMA 1T0KA 4P0IA 1PBPA 3LSWA 3KGCA 1UTHB 1LFGA 3FVKA 4ELQA 4F2OA 2CMOA 1B0LA 1Y3QA 3K01A 4YICA 1S7YA 4JWYA 4NWCA 3RY3A 2Y7PA 3VE1B 5DVJA 5CC2A 2XXHA 3C32A 2DQVA 3WAEA 2RKMA 2DS9A 1UIVA 4OETA 1B4ZA 4DZ1A 4NF4A 1UIUA 4AB5A 1SBPA 4F39A 4THIA 4EF2A 1UQWA 1B6HA 1R9LA 3T93B 4BDQA 3B6WA 4R6YA 3K1NA 5CMMA 3U92A 2HEUA 3SERA 2XXPA 5HPQA 3ZSFA 3O28A 2I48A 1YAEA 4FORA 3B7DA 1D4NA 4ELRA 3O2AA 3S4UA 3IAZA 1N84A 3C34A 5CBRA 4R72A 4O3CA 4R6HA 2QJEA 2H25A 2PVUA 5I2KA 1CE2A 3R26A 4GD5A 2RC7A 1B52A 1LSTA 4NF4B 4X1BA 5DEXB 5I84A 3DM0A 4U4SA 3A09A 1MDQA 2PBWA 2QS2A 1ATGA 3OENA 4BLAA 5AA4A 3H06B 4ZEKA 2OBGA 3MJNA 3PUZE 3HV1A 4RJZA 3TTRA 1P1NA 5CRYA 3FJMA 1Y4TA 3PUWE 3CIJA 3PMWA 3PPNA 4X48A 3M3KA 1MXUA 3PPRA 1QVSA 5H8FA 3S9NC 3IOWA 3GXAA 3VVDA 3DLNA 1B5IA 4LQ5A 4QFPA 2RINA 1LAGE 5L9OA 1JW5A 3K0VA 5AA4B 2P0SA 4I1DA 1UTBA 3M8UA 3TEPA 3B6QA 2V25A 5K2YA 2Z22A 3IK6B 4EQ7A 1VE4A 4FIMA 3QAXA 4PETA 3KOSA 2XX8A 5FHOA 2F78A 1GV8A 2Y7RA 4DXUA 1Q35A 4O3BA 5H8FB 4DDDA 3FXQA 4ZZEA 3SETA 1B3EA 2O6AA 2O1MA 5TPAA 1URDA 2GHBA 4BDLA 4OFOA 4DCXA 1BLFA 4NWDA 4XTCQ 4OTEA 3EQ1A 3TODA 3SEYA 2Q2AA 3K00A 5I56B 3H6TA 1H3DA 3T9XB 2Q89A 1QKAA 2R6GE 3T96B 1MG1A 3IJOB 4K3FA 1DPPA 3TZAA 4JSOA 2VOZA 3N26A 2AYSA 2HQ0A 1BIYA 2AL4A 3THIA 2D3IA 1WDNA 3RUMA 3OO8A 1LCFA 4FECA 4NEDA 1ELJA 3PPPA 3Q26A 3KEIA 4PQJA 3UN6A 3FUZA 3WAFA 3P7IA 5I57A 4EXLA 1URGA 1Y1MA 4QSEA 1POY1 4FE8A 1OVBA 2DXYA 2XX9A 1AIVA 2B3FA 3SDFA 3FD3A 1I6AA 4QFNA 2RC9A 3OD7A 2QS1A 4GLIA 1L5TA 2XD2A 3F11A 1B32A 4ESWA 2Z8DA 3RNNA 3H03A 2QS3A 1QJMA 2Z23A 4YB7A 1OIBA 4IO5A 5DT6A 4IO4A 4NF5B 4U1ZA 1IXHA 4KYEA 1M5CA 1QKBA 3TYHA 3FGSA 3Q28A 4R9GA 4JSDA 1MQJA 3PV0E 1MDP1 4JBZA 1EZOA 5KCJA 2Q2CA 1N7WA 1M5BA 2ZMBA 2G93A 3PUVE 3PUYE 1B9JA 1ZIUA 3TQLA 3Q29A 4ISUA 4QFKA 2DXRA 3PU5A 1B7UA 3KJTA 2OCUA 2H5YA 3O6IA 3ECRA 2V3UA 3KN3A 3T9VA 2I0CA 4LA9A 3S9EA 1BTJA 1B2HA 4N13A 3RPWA 4IO2A 1WVJA 2DWAA 1LAFE 3M3LA 4WKMA 2XD3A 4EQ9A 3TKDA 1JW1A 3EHUA 1ZKBA 2GRVA 2QS4A 4M4GA 4G68B 3BKIB 3C9HA 1NH7A 3MZ1A 4GL0A 2H99A 5EYFA 2IEEA 5DVIA 5FTHA 4YKIA 2F7CA 1VFDA 2CZLA 1A8EA 3FVGA 2I4CA 3IB1A 4ZEDA 3EN3A 5H8QB 4XKPA 2HXWA 1MRPA 1IUDA 2R71A 1DTZA 1NNFA 2VHAA 1I69A 3RN8A 4F1UA 3LSLA 2OZZA 3IORA 4OENA 4H8IA 1LB9A 3H4ZA 4EDPA 1PB7A 1US4A 5IAIA 3KN8A 2Y7WA 3KOTA 3PMVA 1JVXA 1MPCA 2AL5A 4OEUA 3O29A 1OMPA 4FEBA 3IX1A 2Q88A 5CBSA 1RKMA 4ECFA 2GFEA 3H3GA 4ZEIA 2ONSA 2ZXTA 3CSGA 4NF6A 2RCAA 3K1MA 3OEKA 5K2XA 4R2FA 5ELVA 2FNCA 1ZTYA 1MQDA 2NOOA 2DOJA 4F3GA 5I2NA 2A5TA 1O64A 4GIZA 3FV1A 1EH3A 4XIGQ 2F7BA 1H44A 2G29A 4ZEBA 3O66A 4F18A 2OJTA 4C1TA 4O3AA 3K1PA 4F31B 1FQAA 1NNPA 3I5OA 3TQWA 3VLVA 4IO6A 3V89B 2XX7A 4U2RA 5H8SA 4YB6A 3VVFA 4G8MA 4N07A 2H4IA 4G2ZA 1PB9A 3MC2A 3U8QA 1DTGA 2NUVA 2V93A 2A5TB 3S9MC 2PX1A 1VSOA 5CMKA 1MXYA 3MVZA 4GOTA 4POWA 4TQUQ 4EQBA 1MQIA 2I49A 3GBAA 1MM7A 1GVCA 4OQOA 4H5FA 4OZ9A 1YCJA 2NVUB 2ZYOA 2ZNTA 3H7MA 3TPAA 3W15C 3VLWA 3AXFA 4U22A 3ONMA 5B70A 4KYSA 3IR1A 2F8DA 4RK2A 2H98A 1B46A 3QYTA 4YKJA 5TU0A 5AA3A 2LAOA 1BP5A 4PFYA 4KQPA 1VFEA 2Y7IA 1GTKA 4UA8A 4RYAA 1JETA 3E9XA 3H6VA 1DSNA 4RA1A 4H5GA 4NE4A 3G3FA 3TCFA 3ZKKA 2W7YA 3MAMA 3T9UA 2DE3A 2Y84A 4G68C 1HSLA 1TXFA 1NMUA 1R9QA 3QUJA 3RTWB 3C4MA 5H8HA 1JNFA 4KPTA 2I3VA 4H6DA 3CI8A 1Y4CA 1ANFA 5I59A 2UVHA 2OWSA 4XXUA 2QPQA 1Y3PA 3M3FA 1NFTA 4HCWA 5I2KB 1H45A 2I4BA 1FQFA 2YPNA 4IB2A 1R6ZA 3SEXA 3HCQA 1S9TA 4RPOA 1MXXA 1NNKA 5ICTA 3IJXB 4QFOA 4I9DA 4JWXA 3R6UA 4IO7A 1QUIA 4LATA 3KSXA 4DIGA 4P0GA 3QK6A 5I58A 2H9BA 1PC3A 2HCAA 3DP8A 4HW8A 3MQ9A 3PPOA 1XT8A 1QULA 2O69A 3TDJA 2V3QA 2D5WA 1LB8A 3IL1B 3IOTA 1BKAA 3BFUA 2FYIA 4OEVA 2F5XA 1J1NA 2Z8EA 5L9MA 1B5HA 1NNTA 2DSFA 3FXRA 4IGTA 1MY2A 3ILTB 4BDOA 4H1XA 1Z7NE 1MXZA 5BUUA 4HTGA 2X7QA 4FATA 1UTBB 3ILUB 2UVGA 2F35A 4G77A 3JV9A 3FATA 2XXXA 2AIXA 2HAVA 3B6TA 3CFZA 4I8CA 2Y7KA 3LUYA 1FQEA 3TTLA 2ALUA 2XHDA 2ONRA 4H0WA 3KJ7A 1Y3NA 5H8NA 1SYHA 4RY1A 2A5SA 4LONB 4ND9A 2PMSA 3UK4A 1IXCA 4ZEFA 5TPAB 4G4PA 4ELOA 3O9PA 1IQ7A 1KWHA 4LZ5A 3OELA 4YZZA 4OMBA 4RPNA 3DP6A 5DVFA 3HHFA 1JQFA 3UA8A 3U1OA 3DELB 3Q25A 2UVIA 3K02A 2I0BA 3OO6A 1USYH 4C0RA 2QL3A 4MH5A 2RC8A 1AL3A 3RGYA 2Q9TA 4ZDMA 3OEMA 4YKKA 1QUJA 2V3TA 1N0TA 5JTYA 1PEBA 3D4CA 3MBPA 1OVTA 1LFIA 4KI0E 2YLNA 1EZ9A 4PE5B 3UGWA 2DVZA 1P1UA 2HZLA 1POTA 1LLSA 5DTBA 3U93A 4BDNA 3K2DA 2F36A 3A3UA 4POXA 3LSXA 4MLVA 5I57B 1SDXA 3JYRA 3OMBA 1MY0A 3VLUA 2XXVA 1SW2A 3SEVA 4GVOA 1OLAA 1A55A 3G3GA 4YB5A 1ZU0A 4FAJA 3KN7A 2ANJA 3MVYA 3IO6A 3CR9A 4GRKA 4HCYA 3TUSA 1TT1A 2GH9A 1JVYA 4KYDA 1SD3A 4EUOA 1QUKA 4LP2B 3RQTA 3E3KA 1LBBA 1P1OA 3MP8A 4WEDA 3K6XA 3T66A 1XVYA 3K4UA 1B58A 4G8NA 2VD3A 2O7IA 2XXQA 2NXOA 2WKYA 1SVXB 2R9JA 1ZMGA 1PB8A 4JWOA 5KCJB 2I6EA 3N6TA 4MBPA 2OK2A 4JXIA 3TCGA 4Q30B 4QSCA 4F29A 2Z8FA 1M5DA 3JZJA 4I62A 3MVWA 4NMYA 4AB6A 5EHMA 1CB6A 3E13X 4HS7A 4MF3A 5A5XA 4YAHX 5KDTA 4TLLB 1IXIA 4LZ7A 1OQHA 5ITPA 3OO7A 3IOVA 3W9WA 2F6PA 4F3SA 3KBRA 3W9VA 4LVQA 4ZE8A 1TWYA 1HSJA 4PFWA 3HHGA 1A99A 5FHNA 3HO7A 3SEWA 3PMXA 1AOVA 4KR5A 3VDFA 3OXNA 1O63A 1B05A 3S2VA 1OQGA 1MPDA 5FTIA 5J1DA 1MQGA 2PT1A 1IIWA 3OOAA 3H6UA 5A5XB 4ONYA 4X1DA 1SI0A 3OSQA 5KDTB 3C33A 5M2VA 3EHSA 3FV2A 2VGQA 1ZJLA 3SKPA 1I6BA 3MP6A 1FTKA 3RT6B 2XXUA 3CSBA 1FQDA 3K6UA 1H43A 3LC8A 1DMBA 1UTHA 1EU8A 1M5EA 2REJA 4FEDA 3MPLA 2ONKE 4UACA 1A54A 1A7LA 4KD5A 2PT2A 4E0XA 3OSRA 2ZNSA 4OWDA 3PPQA 5CM6A 4GL8A 5TP9A 1MH4A 3U94A 3HSTA 4XKQA 3RT8A 5EHSA 3GLBA 4H65A 4NF6B 5LOMA 2F6GA 2UYEA 1MY4A 1NL5A 3N5LA 1PBQA 3V5AA 5F1QA 1N04A 4YKPA 5I2NB 3IO4A 4QF9A 2E1SA 2QSXA 1B1XA 5AA2D 1B51A 1MS7A 4H8JA 3R7XA 4JB7A 2RF1A 2OLBA 3O6GA 4XKNA 1N76A 1OLCA 3O6HA 2QMXA 4E0WA 4LZ8A 3GZGA 4F22A 5TP9B 1AMFA 4U1OA 4PFTA 3H6WA 5HBCA 4GQOA 3PUXE 4OHNA 4U21A 1XOCA 2O68A 3QXMA 1FTLA 1YPNA 5DEXA 2UYFA 2P1SA 1LGBC 3FJGA 3G3IA 3VV5A 1LAXA 4IO3A 3VFJA 4R74A 2FA7A 3FVOA 1MXWA 1D9YA 1R1NA 2E0SA 3VVEA 2QMWA 2OWTA 1US5A 3G3JA 1XC1A 4DE8A 1DPEA 4QHQA 3TCHA 3SEUA 2ZYNA 2F97A 1QW0A 1XVXA 1USYE 1Y1ZA 2F34A 3PD8A 4TLMB 4F1VA 2O51A 3E4RA 3N6UA 3TFLA 1Y20A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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