1Y9UA

Bordetella ferric binding protein
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
318
structure length
314
Chain Sequence
DEVSLYTTREPKLIQPLLDAFAKDSGIKVNTVFVKDGLLERVRAEGDKSPADVLMTVDIGNLIDLVNGGVTQKIQSQTLDSVVPANLRGAEGSWYALSLRDRVLYVEKDLKLDSFRYGDLADPKWKGKVCIRSGQHPYNTALVAAMIAHDGAEATEKWLRGVKANLARKAAGGDRDVARDILGGICDIGLANAYYVGHMKNAEPGTDARKWGDAIKVVRPTFAGGTHVNISGAAVAAHAPNKANAVKLLEYLVSEPAQTLYAQANYEYPVRAGVKLDAVVASFGPLKVDTLPVAEIAKYRKQASELVDKVGFDN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Metal binding protein
source organism Bordetella pertussis tohama i
publication title Anion-independent iron coordination by the Campylobacter jejuni ferric binding protein
pubmed doi rcsb
molecule keywords putative iron binding protein
total genus 112
structure length 314
sequence length 318
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13343 SBP_bac_6 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1y9uA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1y9uA02
1P1UA 2F34A 3E3KA 3AXFA 3CSBA 5CMBA 2OJTA 1DPEA 4ZEFA 3MPLA 1AOVA 4JWYA 2A5SA 3ILUB 1ZU0A 1MXWA 5JEIA 1JEVA 2W7YA 3PPRA 3FASA 1EZ9A 4JSOA 3IOVA 5FHMA 5IAIA 2ABHA 3H6VA 1SYHA 1Y9UA 3RLFE 3K4UA 3MP1A 3M3FA 3TCGA 3VXCA 2Z23A 3DM0A 1P99A 2I0BA 2XXTA 1B7UA 3TODA 3TEPA 3KN3A 5AA4B 1FQAA 4PP0A 2G29A 3C34A 4POWA 3KSXA 1IITA 4N07A 4DXUA 1BIYA 3O9PA 4LZ8A 4PQJA 1B1HA 1QKAA 1XT8A 3VVEA 3FUZA 3TZAA 1JVYA 2HZKA 3S9EA 2Y7PA 4P0GA 3W9WA 2VP1A 5I84A 4NMYA 4Q30B 1NNTA 1B3EA 3I5OA 4GL8A 5K2YA 3C4MA 1UTBA 4JXIA 5DTBA 2YJPA 4WEPA 4LP2B 4Z0IA 1LBBA 1MXYA 1SW4A 3UIFA 2OBGA 4KD5A 2O6AA 1NMUA 4IO5A 4U21A 3S9LC 2P0SA 3SEUA 1NNFA 2HXWA 2Y7RA 3PUVE 3EQ1A 2XX9A 1TFAA 2VGQA 3IORA 3TUSA 1Q1KA 5LOMA 1GTKA 4PE5B 4QFOA 3MBPA 2V25A 4PFWA 5FHNA 3RN8A 1BLFA 1IIWA 4KYDA 4GXSB 4JB7A 1B05A 3H03A 4JDFA 1I6QA 1UQWA 1ZJLA 1JW4A 2I4BA 2QS4A 1MQDA 4PFYA 1N3WA 4EF1A 3IO6A 3PD9A 2RC9A 3CRBA 2Z22A 2DE3A 3VXBA 2X26A 1RKMA 4FJPA 1OQGA 4KPTA 1MRPA 4GD5A 1J1NA 2F36A 4IO6A 3SEVA 2RKMA 3TQWA 1UIVA 1P1NA 2REGA 3O6IA 5DVFA 3PPOA 3N6UA 3V5AA 3GBAA 4NF5B 1MY2A 3UP9A 4XKRA 3EF7A 2R71A 1M5BA 3LC8A 3Q25A 2VHAA 3THIA 1PC3A 2I0CA 3EHUA 4DCXA 4R9FA 3TELA 1FTOA 4F29A 2Q8JA 4ZEDA 2DE2A 2YPNA 4ZS9A 1S9TA 1B0HA 4GQOA 2DVZA 3RQTA 2O51A 4OXVA 4IY6A 4KCCA 3U92A 1PBQA 1FQFA 5DVIA 3K01A 1B5HA 4GXAA 1GV8A 2V3TA 3KJTA 1MQHA 1B52A 4XKQA 3C32A 3GLBA 3DLNA 5CMMA 3CR9A 4IO2A 2A5TA 1N3XA 4NF8B 3MVWA 4H8IA 3FXRA 1Y1MA 1DPPA 3FZVA 4BDLA 3JZJA 4ELPA 3I6VA 3IR1A 2V3UA 3TMGA 1JVXA 5ISUA 3U72A 1CE2A 5TU0A 1BKAA 4TLLB 4ZDMA 3LSXA 3SEXA 1Y4CA 2OLBA 4G68C 3EN3A 4KFQA 4U23A 5A5XA 4H67A 3SKPA 5CMCA 5I56A 1MM7A 1OLAA 4KHZE 3RY3A 1NH7A 5K2XA 4IB2A 2I4CA 3Q29A 1I69A 1QUKA 4ELOA 5EYFA 1FQEA 3FVOA 2UXAA 1M5CA 3T93B 4Z7EA 3DP4A 2QSXA 4LQ2A 3B7DA 4XIGQ 2DWAA 1B6HA 4YU0A 4MF3A 3KEIA 3K1PA 4NF5A 2XXYA 2XXIA 3RUMA 1T0KA 1USYE 2G93A 4WEDA 5L9OA 1IXGA 5AA3A 4AQ4A 2ZNSA 4FEBA 5JTYB 3TTMA 2QJEA 3K02A 4OESA 2F6PA 2X7QA 2F6GA 1KWHA 2XXWA 1LB8A 3P7IA 2O7IA 3SERA 1SQYA 3PUWE 3CFLA 1L5TA 1Y3PA 2PMSA 3FVNA 3HHFA 1ZIUA 1OVTA 4XKPA 2REJA 1BTJA 4C0RA 1HSLA 4JBZA 3K1NA 4FEDA 2UVIA 1LLSA 2Q89A 3QAXA 1QVSA 3VV5A 2F97A 1WDNA 2DOJA 1M5FA 2XXQA 5CI5A 5FTIA 4PETA 5AA2D 3BKIB 3UORA 1MQGA 4GWOA 3DELB 2Z8FA 1GGGA 1MY1A 4YICA 2O69A 4F2QA 3OMBA 1PB8A 1F9BA 2UVHA 5TP9A 4XKNA 3BBRA 1B3FA 4G8MA 1JW5A 3G3FA 4ZEKA 1D3KA 4IO4A 4R6YA 5BWJA 4THIA 4R6HA 2XXHA 1XVYA 5F1QA 2DWHA 1Q35A 3B6WA 4ZZEA 3MAMA 3OENA 4NTLA 4JSDA 2P1SA 4U1ZA 1RYOA 2F8DA 2OWSA 1UTBB 2ONRA 5HM4B 5M2VA 5F7VA 2ANJA 4M4GA 1ZBMA 2ALUA 4C1UA 2HFBA 1NKXA 3RPWA 1OLCA 4F31B 3MZ1A 2ZNUA 2F7AA 4Q8RA 4RXLA 1QW0A 4IO3A 3SDFA 1SDXA 1MXXA 1VFEA 4OZ9A 4OWDA 4QFNA 1B40A 2RF1A 2V84A 3KGCA 3TTKA 2RCAA 3TQLA 1QJMA 2QPQA 3OO6A 1MPCA 1MXVA 1H45A 1ZTYA 1URDA 4TOZA 2D21A 4ZE9A 1LFGA 3MPKA 3D4GA 2QS2A 3C31A 3CFZA 4GLIA 3VFJA 4UA8A 4POXA 4U1OA 2V3QA 2ONKE 2VD2A 5I57B 2ONSA 3O97A 3Q26A 1VFDA 5AA2B 2Z8DA 4R72A 3RTFB 3KOSA 1LAGE 1XHYA 4ZEIA 4RPNA 3Q27A 3H4ZA 3QUFA 1Y1ZA 4NWDA 2B65A 1YTVA 3U93A 3CI8A 4NWCA 3FATA 3K6UA 1NL5A 3IK6B 1B2HA 4IY5A 1LBCA 4EQBA 3VLVA 2QS3A 3EHSA 3IB0A 4F3PA 3E9XA 5I2KA 3PPPA 1LFIA 1B4ZA 3T96B 3EPEA 4ECFA 3FV1A 5EHMA 4DIGA 4ZEBA 1LCFA 5J1DA 4U4XA 3C33A 5JK4A 1PB7A 2V93A 1SBPA 1SVXB 2H4IA 4G4PA 4OFLA 1MY0A 4X1BA 2DQVA 2A5TB 3C9HA 4XXUA 3IAZA 4ND9A 4H8JA 1IZ1A 4EDPA 2Y7WA 4NF6B 2Q2AA 4R9GA 5FTHA 3CG1A 4KQPA 3LR1A 4WXJA 3PUZE 2XD3A 2ZNTA 2E1SA 4C1TA 2PX1A 4EQ7A 1FTLA 4OFJA 4F1YA 4MBPA 5A5XB 4G8NA 4OENA 5I56B 2ESNA 4OHNA 4PFUA 1FQBA 5I2NA 3S9NC 1QUJA 3WAEA 1Y3NA 2O84X 5I57A 1AMFA 4GFRA 1MDP1 5HBCA 4EXKA 3O66A 5AA2A 1B46A 5L9SA 3MW0A 4F39A 4QSCA 3G3JA 2RINA 2UVJA 4IGRA 1JEUA 1MY4A 1B4HA 3MQ9A 1O64A 2LAOA 4F2OA 4H5GA 2IA4A 4HW8A 1FCKA 4G68B 1MH3A 1B5IA 3W9VA 2NOOA 2VOZA 1Y20A 5H8NB 3PUXE 3UGWA 1UIUA 3CVGA 1BP5A 3HHGA 3VVDA 4U2RA 5H8QA 3BFTA 1DOTA 5KCJB 1RYXA 3HCQA 1M5DA 3N94A 1A8FA 1N04A 3N6TA 5H8FB 2R9JA 4GRKA 3OSRA 1FQCA 3H7MA 3S9MC 1NNPA 1B3GA 3UK4A 2HZLA 5KDTB 5KZTA 4QF9A 1SYIA 3N26A 4LONB 4NF6A 3ZS6A 1US5A 3DP6A 1SD3A 4FAJA 4OYVA 3OO7A 4FECA 4E0XA 2R6GE 1B32A 2XD2A 5TP9B 3QSLA 4DE8A 3IO4A 3O2AA 3MC2A 1JETA 5H8SA 1DMBA 3E4RA 3MUQA 4P11A 4YMBA 5DEXB 2Y7KA 5ITPA 3IJOB 1JW1A 4QSDA 1XOCA 3HV1A 3R6UA 4KYSA 3RT6B 5AE4A 3CSGA 4YB6A 4DLDA 3PUYE 4RJZA 2Y84A 3MVZA 1H76A 1XVXA 1IXIA 4R2BA 2ZYNA 3PMXA 4RK2A 2KLFA 2OWTA 3IOUA 4DDDA 2CZLA 2Y7IA 4ZECA 4KYEA 1D4NA 3O28A 2PYYA 1TWYA 3HPIA 2ZYMA 1FQDA 5I58A 4NF4A 4G68A 5BUUA 3FVGA 2QRYA 2NUVA 4ELQA 1SW2A 4H0WA 2OZZA 4JWXA 5H8NA 3H6WA 2PT1A 4YZZA 1TFDA 2BJJX 4L17A 2QS1A 1ANFA 1WODA 1B7ZA 5DYHA 3C36A 4O3BA 4EF2A 5CMKA 5KCJA 4AB5A 4MLQA 4MLVA 1HSJA 2H9BA 3A3UA 5H8FA 1CB6A 3KZGA 2AYSA 4HCYA 1GVCA 4DXBA 1PBPA 1US4A 1PEBA 5KDTA 3TKDA 3FVKA 1N0TA 3M8UA 3KG2A 4YB5A 1MG1A 1IXCA 2PBWA 1DSNA 3VVFA 4IGTA 3JYRA 4OTEA 3PU5A 3V89B 1MH4A 3KSJA 4OFOA 2GHAA 1LGBC 1P1QA 2FYIA 4OETA 5DEXA 5IKBA 2P2AA 2UVGA 3TCFA 4BDOA 1B9JA 1MDQA 2XX7A 1JNFA 3K6VA 5I2KB 3FXQA 2H99A 3FJGA 1B1XA 4JWOA 1LCTA 2CMOA 3GBBA 3OXNA 2XXPA 1I6BA 3WAFA 2XXRA 3TDJA 1II5A 5H8HA 1B51A 4DZ1A 3PPQA 2Z8EA 4GOTA 3C35A 2F5XA 2QL3A 4YMAA 1R6ZA 3FGSA 3UA8A 1QULA 4X48A 2PT2A 2DXRA 3EHTA 1YAEA 2I6EA 2RC7A 3FIRA 4R74A 3PMWA 3MZ9A 4R6KA 1IXHA 5DVJA 3O6GA 1DTGA 4FORA 3K6WA 4R2FA 3CFXA 4UACA 3Q28A 1IUDA 4F1UA 2F78A 3LSWA 1EU8A 4QHQA 2X7PA 1JQFA 4YB7A 4OERA 4R73A 5I2NB 4I9DA 2Q88A 5I59B 4U22A 3VLWA 4RYAA 3KN7A 3FXUA 4ESWA 3UN6A 4DCYA 3H3GA 1MY3A 1MQIA 2D5WA 1HSEA 4N13A 4WKMA 2NXOA 3KFMA 4LUBA 2VD3A 1SW5A 2DXYA 2PVUA 4F3GA 3FJMA 1IEJA 2RCBA 4TLMB 1M5EA 3M3LA 3TYHA 3OSQA 5DT6A 3OELA 5CBSA 3KN8A 4BDMA 1VE4A 2O1MA 1B3LA 3B6QA 4FATA 1R9LA 3IOTA 1MXZA 1ZLQA 1Z7ME 2HEUA 4EQ9A 4H6DA 3LUYA 3IB1A 5ICQA 2DWJA 3VE1B 4GF8A 2B3FA 4E0WA 1URGA 1Y4TA 4LA9A 1SW1A 5H8QB 5HPQA 3H6TA 2F7BA 4HS7A 1IQ7A 2UYEA 3OO8A 2I58A 4U4SA 2Q9TA 1H43A 3ZSFA 1A7LA 1ELJA 3S4UA 2XXUA 1P1WA 3SEWA 3GZGA 1OQHA 5TPAB 4RPOA 4I1DA 3HSTA 5ITOA 1B0LA 3U1OA 2H25A 1PB9A 3MWBA 3T9HB 1ZKBA 3K00A 3T9UA 4GIZA 2XXVA 1NFTA 2GH9A 3A09A 3R7XA 3LSFB 4GVOA 1FW0A 3RNNA 4F3BA 2M8CA 4G77A 2WKYA 3T66A 1POTA 3PGFA 2AL4A 4X9TA 3B6TA 3QK6A 3U8QA 2NWJA 1MS7A 3QXMA 4H65A 4F22A 4ESXA 1OIBA 1LSTA 5I59A 4BDNA 3CG3A 4G8HA 1A99A 2UYFA 1OVBA 4OMBA 1YPNA 1TXFA 3TTNA 2QMWA 2XX8A 3QUJA 2DYXA 4QFPA 4RY1A 2I49A 3SEYA 3G3GA 3D4CA 1MPBA 3KOTA 5AA1A 3FD3A 1XC1A 2OK2A 3I3VA 3V8XB 2HAVA 3MVYA 4F18A 1P1OA 5I58B 4NF4B 4RK9A 2Q2CA 4QRZA 4HCWA 1EZPA 4X1DA 4QFKA 1WVJA 5AA4A 3H6UA 4OQOA 3ILTB 3O6HA 4YAHX 1O63A 2OCUA 1EH3A 3IOWA 1SI0A 3KJ7A 1ATGA 1UTHB 3TPAA 1B7HA 1Z7NE 2ZYKA 3ZKKA 1B58A 3OOAA 4K3FA 3OD7A 1MM6A 3DP8A 3PD8A 3VLUA 1OMPA 4N6PA 4AB6A 2B3BA 5CC2A 2DVCA 5TPAA 3RTWB 1GR2A 2O68A 3ECRA 4Q0CA 4KI0E 4OEUA 1MPDA 4YKJA 3ONMA 2AIXA 3IX1A 4HTGA 5CRYA 3V83A 1FTMA 5ICTA 4BDRA 4MH5A 3RGYA 3N5LA 2I3WA 3G3KA 4Q5TA 3LSLA 4RA1A 3TFLA 3FJ7A 1LB9A 3GXAA 2F7CA 3RT8A 3G3HA 3TTRA 1N76A 2GRVA 1D9YA 3OEKA 4RNSA 3USDA 1NNKA 2DSFA 4YKIA 3K6XA 4QSEA 3JV9A 2O7UA 2THIA 3CIJA 2XXXA 3OEMA 4O3AA 4BDQA 2HCAA 2E0SA 4F1VA 3QIMA 4OEVA 1I6AA 3H06B 3MP8A 2HQ0A 1QUIA 1LAFE 4H1XA 1A54A 3K1MA 5H8HB 4ELRA 4R75A 3HN0A 4EUOA 2ZYOA 2H5YA 1B3HA 2YLNA 4PFTA 3W15C 1B5JA 4NEDA 1AL3A 1N84A 3PV0E 2FNCA 4EXLA 4LVQA 4LZ7A 2IEEA 2NVUB 3IB2A 2DE4A 4LQ5A 1NH8A 2HAUA 3L6HA 3ODBA 1H44A 2ZMBA 2XHDA 3ZKLA 1O7TA 4YKPA 4FE8A 5L8DA 1UTHA 1H3DA 3FV2A 3HO7A 3T22A 4I62A 1EZOA 1A40A 1URSA 4LZ5A 3F11A 3S2VA 1LAHE 4M1VA 3T9XB 4O3CA 5EHSA 2QMXA 1ZMGA 4F19A 3A3CA 3IL1B 4F3SA 1LFHA 3SESA 3KBRA 5B7DA 1N7WA 2AL5A 2DS9A 2DWIA 2H98A 4ONYA 4NF8A 4P0IA 4KCDA 4G2ZA 4ZZAA 4IO7A 4MFIA 5B70A 3LBSA 3R26A 2GFEA 3QYTA 1D9VA 3T9VA 4QFLA 1LAXA 3K2DA 3MP6A 3IJXB 3G7WA 1DTZA 1S50A 1R1NA 4BLAA 2I3VA 2O1LA 2FA7A 2RC8A 4LATA 1MQJA 4I8CA 2ZXTA 2DP8A 5FHOA 1POY1 1N7XA 3O29A 3MJNA 4ISUA 1Y3QA 4NE4A 2F35A 1VR5A 2D3IA 3TTLA 4KR5A 1A55A 1AIVA 3L6GA 3BFUA 3MVXA 1QKBA 3PPNA 4GL0A 3PMVA 1A8EA 4ZE8A 1FTKA 1VSOA 1MXUA 3E13X 4OVJA 5L9MA 4YKKA 1SI1A 1PDAA 3OO9A 5ELVA 1TT1A 4XTCQ 3TAJA 3VDFA 4FIMA 3K0VA 1R9QA 1FTJA 4H5FA 2I48A 2GHBA 1YCJA 5JTYA 3SETA 1USYH 3G3IA 1S7YA 3MZBA 3U94A 3M3KA 1AH5A 1XS5A 4DXCA 5CM6A 3TCHA 5CBRA 4TQUQ
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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