1BP5A

Human serum transferrin, recombinant n-terminal lobe, apo form
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
328
structure length
328
Chain Sequence
KTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKHSTIFENLANKADRDQYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Metal transport
source organism Homo sapiens
publication title Ligand-induced conformational change in transferrins: crystal structure of the open form of the N-terminal half-molecule of human transferrin.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (SERUM TRANSFERRIN)
total genus 96
structure length 328
sequence length 328
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 1998-08-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1bp5A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1bp5A02
1Q1KA 2Q2AA 4QFLA 5H8FA 4JB7A 2UVIA 3W9VA 1UTHB 3H7MA 2YLNA 4JWXA 2ZMBA 3THIA 4OTEA 4ZE9A 4L17A 1MDP1 1FW0A 2OWSA 4PE5B 3MZ1A 3RNNA 2DWHA 2PYYA 3RY3A 4F18A 1LBBA 1DSNA 3RN8A 3ZKKA 2VD3A 3OENA 2XXYA 2UXAA 3T96B 5EYFA 1MXYA 1FQAA 3T9HB 3KN8A 1F9BA 1AH5A 4RPOA 2O7IA 1XHYA 3MPLA 4WXJA 5H8HB 5BWJA 1DPPA 3FIRA 2HXWA 4R6HA 4WEDA 2ZYNA 4POWA 3D4CA 4Q5TA 2RKMA 4F22A 1ZBMA 1B5JA 3F11A 4YKJA 1BKAA 4H0WA 2H4IA 4KPTA 2XXHA 3M3FA 4YKKA 2RF1A 3CG1A 3IJXB 4OVJA 1JW4A 1MXXA 2YJPA 4M4GA 2RINA 3H6UA 3FUZA 1MQJA 3CI8A 5I59B 4G4PA 2HCAA 1XVYA 3I6VA 3MW0A 3KJ7A 4TQUQ 4C1TA 1QUKA 2UVGA 4GLIA 4ZS9A 2XXTA 1YAEA 2ABHA 4IO4A 1Y3PA 2QS1A 3PPQA 5TP9A 2OWTA 3RLFE 1AIVA 4PFTA 3MC2A 3QSLA 1GGGA 5I2NA 4F3SA 1GTKA 2Y7RA 1M5BA 5L9OA 1B05A 2QMXA 2A5TA 1B58A 3TKDA 1A54A 1TFAA 5KDTB 3O66A 1JVXA 4OXVA 2I6EA 5CI5A 5I84A 5BUUA 3B6TA 1B52A 2P0SA 3OEMA 4GQOA 1B1HA 2QL3A 4F29A 3I3VA 2DYXA 1JVYA 2I0BA 3O6HA 2GHAA 3MAMA 3N26A 1US4A 3VVFA 4F1VA 5FHOA 2Q88A 1LB8A 5HBCA 1OVBA 1EZ9A 1NMUA 1NL5A 2V3TA 1EZPA 2XX9A 1BIYA 3Q27A 3USDA 2PMSA 4OEUA 4FEBA 5I56A 3OO9A 3N6TA 1B6HA 1A8EA 1URSA 1NH7A 4NTLA 2OCUA 5H8NB 3H03A 3RPWA 3K1MA 3SEVA 4DDDA 3PUXE 4ESWA 3DELB 2DVZA 3LC8A 2G93A 5AA4B 3MP6A 3VVEA 3K6WA 5DVFA 5ITOA 1JEVA 3ODBA 5AA2D 1ANFA 2FNCA 3IR1A 4NF8B 4LZ7A 1O64A 1VE4A 3N5LA 3R7XA 1BLFA 4BDOA 4DLDA 2H99A 2XXVA 1WODA 4GOTA 3FXQA 3L6HA 4WKMA 4PETA 3MZBA 3IOVA 2E1SA 3FVNA 3H6WA 3D4GA 4N13A 2F35A 4F39A 2DOJA 3TAJA 1IZ1A 2REGA 1USYE 4H8IA 3TMGA 4N6PA 2DE3A 4EF1A 1FQCA 2Z22A 4IO6A 1ZTYA 3TFLA 3PD8A 3RTFB 5ICQA 2RCAA 1WVJA 3IB1A 4XKQA 2V3UA 1PB9A 4OQOA 2F36A 4RK9A 1MQDA 3IL1B 2XHDA 3A3CA 2X7QA 1JQFA 3TCGA 4ZEBA 4ZDMA 1XC1A 4KYDA 3UP9A 2F6GA 1P1NA 1H3DA 1XVXA 2ZXTA 1GR2A 3MUQA 5H8FB 5DVIA 4NWDA 5M2VA 1B4HA 3IB0A 1S9TA 2O68A 3ECRA 2O51A 1LCTA 3E13X 3E3KA 3VXCA 3KBRA 4GD5A 3OELA 1SI0A 3TUSA 4HCWA 1R6ZA 3TQWA 4TLMB 1JNFA 4GF8A 1OMPA 1H76A 5I58A 3HCQA 4YKPA 3P7IA 1DOTA 2XXXA 5LOMA 3VLUA 1GVCA 3BFUA 2HZLA 1LGBC 4LQ2A 4NF6B 2F34A 3JYRA 4YICA 3RGYA 2D3IA 3EHSA 3FJMA 5CRYA 1HSEA 3MJNA 1S50A 4R72A 2DWIA 2Q89A 4NF5A 1SW1A 1I6AA 4LQ5A 2AYSA 1PC3A 3S9EA 3PMXA 4RJZA 4OYVA 2VOZA 5F7VA 1MPDA 3RT8A 3H06B 4E0WA 1FTKA 2DE4A 5EHMA 1YCJA 1NNTA 4XKPA 4F1YA 4G8NA 4THIA 3VVDA 1FCKA 2PVUA 1SW2A 1PB8A 3FVKA 3GXAA 4IGTA 4OMBA 1MQGA 1AOVA 3GBAA 3MPKA 4Z7EA 3AXFA 1N3XA 3RUMA 5CM6A 2O6AA 1UQWA 2XXIA 1B3EA 3G3JA 5TP9B 4XIGQ 1LB9A 4FATA 1D9VA 1Y1MA 1M5CA 5ICTA 5I2NB 4Q0CA 2XXWA 5L9MA 1Z7NE 3C36A 2R71A 3TTMA 1B4ZA 1J1NA 2O7UA 4PFWA 3LSLA 3CSBA 3CR9A 2A5TB 1LFIA 2HAUA 1FTOA 3O97A 3W9WA 4BLAA 5IAIA 3W15C 4OHNA 3TPAA 3EN3A 4LZ5A 3PV0E 2VGQA 4EDPA 3E4RA 1FTLA 4ECFA 4OFLA 3HV1A 1AL3A 1NH8A 1MXWA 5B70A 2NOOA 3FJ7A 3UORA 1D3KA 3JZJA 2Z8EA 3QUJA 3PPNA 1LAFE 4ZEDA 4P0GA 4EUOA 1EZOA 3SETA 3SEUA 2FA7A 1H45A 5AA2A 1LAGE 4F3BA 5I57A 4RNSA 2H9BA 1A99A 3JV9A 3IAZA 1PBQA 3Q26A 3TEPA 1YPNA 2DS9A 4P11A 4KD5A 4TOZA 1XOCA 2HZKA 3K1NA 1B5HA 3HO7A 2B3FA 4I8CA 2HFBA 4MFIA 4DXCA 1QULA 3ZKLA 1B5IA 3MVZA 2NWJA 4GFRA 3HHFA 2H5YA 1B32A 3BFTA 3K02A 3K2DA 1MQIA 1B0HA 2OLBA 3K6UA 1QKBA 3S9MC 1MPCA 4HTGA 4ZEKA 1M5EA 4E0XA 4O3BA 4O3AA 3C9HA 4GL0A 1DPEA 2O1MA 4YU0A 3G3FA 5IKBA 1SW4A 1T0KA 3TTNA 2I49A 1I6QA 1Y3QA 2KLFA 3OO6A 4G77A 3VLWA 2GRVA 4EQ9A 3LBSA 1IQ7A 4KYSA 5DVJA 2Q9TA 3LSXA 2RC9A 2ZNUA 4GRKA 4NF4B 5AA1A 1A8FA 4ELPA 3KG2A 2CMOA 1N7WA 5L8DA 4LVQA 2DQVA 4ISUA 1LAHE 3QAXA 3VV5A 3IJOB 4ZECA 2X26A 4KCCA 4DXBA 2V93A 3KSJA 1Y1ZA 3FVGA 2QS4A 4XTCQ 4O3CA 5DTBA 3N94A 3ZSFA 2PBWA 4EF2A 4RA1A 2B3BA 4G68A 1PDAA 3OO7A 5KCJA 4F3GA 2DWJA 2GH9A 2Y7PA 3PUVE 5H8QA 2ZYOA 5A5XB 3U92A 3LSWA 4Z0IA 2OZZA 2O1LA 4IO3A 1LFHA 4LP2B 2ALUA 1MS7A 2X7PA 1ZIUA 3A09A 5EHSA 1Y4CA 3VE1B 3DLNA 1POTA 4Q8RA 2B65A 4OZ9A 3IO4A 2W7YA 2I58A 2XD2A 4HCYA 1URDA 4IO7A 3K0VA 3T9XB 3FATA 1IXCA 1Y3NA 4G68C 1PEBA 1OLCA 2GHBA 1JETA 1R9LA 4FORA 3IK6B 4MBPA 3FASA 1P1UA 3QIMA 3QYTA 4GIZA 3QUFA 4MLQA 5HM4B 2P1SA 1B3FA 5ELVA 3CFLA 3BBRA 2E0SA 3L6GA 3U93A 4OFOA 1P99A 4ELOA 4GVOA 1OIBA 1LSTA 3ONMA 2AL4A 4NF5B 3O9PA 1SQYA 1QVSA 4QSDA 3IO6A 4QFNA 3Q29A 4F19A 1L5TA 1MH3A 4ZEFA 1B7ZA 4YAHX 2G29A 1FQBA 1FQDA 1FQFA 1D9YA 1NFTA 3GBBA 3K6XA 3RTWB 4BDRA 4G2ZA 4KHZE 3T93B 2QSXA 3RT6B 1CB6A 3TDJA 4AB5A 4PP0A 1KWHA 4R75A 4LA9A 4FECA 3FGSA 1H44A 3T66A 3IOWA 1SYHA 4EXLA 4QHQA 2ZNSA 2RC7A 5CC2A 3Q28A 2DXRA 3O2AA 5CMCA 1IUDA 4JSDA 3OEKA 4U22A 5CMBA 3H6VA 2QPQA 5J1DA 3K01A 4NMYA 3T9UA 5FHMA 2XX8A 4U1OA 4ONYA 4OETA 1QKAA 1A40A 4U4SA 2UVHA 3HSTA 1EU8A 3FVOA 1SYIA 4OFJA 1MY1A 5JTYA 2V84A 1O63A 3DP4A 3QK6A 2D5WA 3PD9A 1BTJA 3PGFA 2DP8A 1M5FA 1MDQA 3PMWA 3SESA 4ND9A 3FV2A 4IO5A 2DSFA 1O7TA 3OSRA 4OENA 3M3KA 1OLAA 2Y7WA 3V8XB 4GXSB 4P0IA 3UK4A 2H25A 4QFPA 2BJJX 5CBSA 1ZU0A 2QMWA 1MXZA 1MXVA 1US5A 5I2KA 3PPRA 4F2QA 1ZKBA 3LUYA 1PBPA 1SI1A 5CMKA 3GLBA 1ELJA 2QS3A 5AA2B 4KFQA 4JBZA 5ITPA 5I57B 4LZ8A 1HSJA 3PUYE 1B9JA 4I62A 4FIMA 4WEPA 3EHUA 3WAEA 5AA4A 2XXQA 3OXNA 1QUIA 4BDQA 2CZLA 2Q2CA 1Y9UA 4FEDA 3PMVA 3KFMA 3S4UA 2Z8DA 1R9QA 5ISUA 1B40A 1IITA 4NWCA 4ZZEA 1MQHA 1MPBA 4K3FA 3S2VA 1USYH 3KZGA 3TZAA 3O6IA 1UTBA 4JWYA 4H5FA 1D4NA 4POXA 1DMBA 3UIFA 3G3GA 4DIGA 4R9FA 2XXUA 4MH5A 4YZZA 1XT8A 1SVXB 4ESXA 3MP8A 3IORA 5K2XA 2DE2A 4Q30B 5TPAA 4H67A 4F31B 3DM0A 2F97A 3DP6A 4KYEA 3MQ9A 4ELQA 5FTIA 1IXGA 4F3PA 1I69A 3K6VA 3IX1A 3KN3A 1B1XA 4H5GA 2GFEA 4ZZAA 3QXMA 3K00A 4HW8A 4H6DA 3VDFA 3PU5A 3TTLA 4U1ZA 4I9DA 4QSEA 2THIA 4R9GA 1LLSA 3E9XA 3MP1A 2AL5A 4QRZA 2HAVA 3ZS6A 1RYXA 2DXYA 4IY5A 5H8SA 4G68B 3TODA 3OD7A 2AIXA 5KCJB 1NNPA 1TFDA 1B3HA 4YB7A 3KJTA 3KOTA 1HSLA 1MY3A 5H8QB 3R6UA 5AE4A 2A5SA 2UYEA 3Q25A 2NVUB 3TELA 1ATGA 5DEXA 1IXIA 4PQJA 1P1WA 3GZGA 2I4CA 4HS7A 5I56B 2O69A 4R74A 2H98A 3M8UA 3FXUA 4LONB 4BDNA 1XS5A 1VSOA 2XX7A 2UYFA 2F5XA 4G8MA 4XKRA 1II5A 4NF6A 2V25A 4R2BA 1JW1A 5KZTA 3EPEA 3FJGA 4AQ4A 5JEIA 4YMBA 3U94A 1NKXA 4BDMA 2ZYMA 3SDFA 4R2FA 1VR5A 3I5OA 1Y20A 1N04A 2I3WA 4YKIA 4F2OA 1CE2A 1N7XA 3KSXA 2ANJA 1IEJA 3FD3A 4X1BA 1TWYA 2D21A 2ZNTA 3C4MA 1MY0A 3U8QA 1OQHA 3B7DA 1AMFA 3PPPA 4GXAA 1R1NA 3K4UA 3TTKA 2NXOA 5CBRA 3CFXA 3UN6A 3FV1A 2I0CA 1ZJLA 1Q35A 5F1QA 4DCXA 4RPNA 2ONRA 2FYIA 4LATA 2Z8FA 4H65A 3SEWA 2VP1A 4C1UA 4TLLB 4JDFA 3SERA 3DP8A 3C34A 3A3UA 3TYHA 1A7LA 3PPOA 2ONSA 5JK4A 4DXUA 1LAXA 1B0LA 3MWBA 1DTGA 1RKMA 4I1DA 1BP5A 4H8JA 1PB7A 4LUBA 3G3HA 4QFKA 3VXBA 1UTHA 3R26A 2IEEA 3MVXA 3S9LC 2RCBA 3ILTB 4R73A 3VFJA 3B6WA 1IIWA 4U23A 1TT1A 4GL8A 3O6GA 1ZLQA 3KOSA 4R6KA 2ZYKA 3U72A 1JEUA 2HEUA 3KEIA 4EQBA 5JTYB 3V89B 3CFZA 3WAFA 4KCDA 3FXRA 3KN7A 2IA4A 3HHGA 3MVWA 4FE8A 3EHTA 5I58B 3HPIA 3SEYA 3C33A 5TU0A 2PX1A 2F7BA 5I2KB 3UGWA 4JSOA 3PUZE 1URGA 2PT2A 5H8HA 3O29A 3OMBA 4KQPA 3B6QA 3CSGA 4MF3A 4X1DA 4PFYA 5HPQA 2OK2A 1RYOA 1ZMGA 3G3KA 4KI0E 2OBGA 5FHNA 4DE8A 1QUJA 3KGCA 2LAOA 2NUVA 1LCFA 3CRBA 5AA3A 2XD3A 1NNKA 2QS2A 4R6YA 5I59A 4RXLA 4IY6A 1P1QA 5FTHA 1B3GA 1JW5A 5B7DA 1MXUA 3V83A 2WKYA 1I6BA 5K2YA 4X48A 3EQ1A 1Y4TA 1MH4A 3C35A 4U4XA 2M8CA 2I3VA 1VFDA 1UTBB 1FTJA 1MY4A 3IOUA 1S7YA 3SEXA 3G3IA 1EH3A 1N3WA 4RY1A 5DYHA 3VLVA 1LFGA 1MM6A 2REJA 1MRPA 4NF4A 2Y84A 2Z23A 1FQEA 5TPAB 1UIUA 3H6TA 4DZ1A 3CIJA 2VHAA 1SBPA 2F7CA 3TCHA 4QFOA 1A55A 2XXPA 1YTVA 5KDTA 4ELRA 3T22A 4DCYA 2DVCA 2ONKE 4YB5A 4KR5A 1B7HA 2F6PA 3G7WA 1GV8A 5L9SA 3PUWE 2I48A 1B46A 4IGRA 2I4BA 3TTRA 3IOTA 4M1VA 1QJMA 2QJEA 4UACA 2ESNA 4QSCA 3MVYA 5A5XA 2Y7IA 3O28A 4H1XA 4F1UA 3UA8A 3LSFB 4EXKA 3N6UA 1P1OA 4OEVA 4FJPA 1H43A 4OESA 1N0TA 3HN0A 2R9JA 4XKNA 3BKIB 3C31A 3TQLA 4JXIA 3SKPA 2F8DA 5DEXB 2Y7KA 3OO8A 1LBCA 4IO2A 5H8NA 3H4ZA 2OJTA 1MG1A 4UA8A 3U1OA 4N07A 3EF7A 1SD3A 4NEDA 1IXHA 4NE4A 4NF8A 4YMAA 1M5DA 3MZ9A 2XXRA 3OOAA 3V5AA 2UVJA 3S9NC 2F78A 3LR1A 4JWOA 1SDXA 1DTZA 3C32A 3TCFA 3CG3A 2F7AA 5DT6A 4C0RA 5CMMA 2VD2A 1NNFA 4IB2A 1N84A 4QF9A 3IB2A 1POY1 1OQGA 1MY2A 3MBPA 4MLVA 4BDLA 3H3GA 4U2RA 4ZEIA 1B2HA 2YPNA 4AB6A 1OVTA 1B51A 4XXUA 4RK2A 2RC8A 4OWDA 2Q8JA 1VFEA 4GWOA 1Z7ME 3CVGA 1MM7A 3M3LA 4RYAA 1WDNA 1B7UA 2P2AA 3T9VA 3K1PA 4G8HA 1SW5A 4FAJA 1B3LA 4PFUA 2QRYA 4OERA 1QW0A 2V3QA 3FZVA 2R6GE 4ZE8A 2HQ0A 3RQTA 1UIVA 3ILUB 4EQ7A 4U21A 2O84X 1TXFA 4X9TA 1FTMA 4YB6A 2PT1A 3OSQA 1N76A 2DWAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4QBAA 1Q1KA 2Q2AA 4QFLA 5H8FA 4JB7A 2UVIA 3W9VA 1UTHB 1LBYA 3H7MA 2YLNA 4JWXA 2ZMBA 3THIA 2XA5A 4OTEA 4ZE9A 4L17A 1MDP1 1FW0A 2OWSA 4PE5B 3MZ1A 3RNNA 2DWHA 2PYYA 3RY3A 4F18A 1LBBA 1FBFA 5LTCA 1DSNA 3RN8A 3ZKKA 2VD3A 3OENA 2XXYA 2UXAA 3T96B 4FBPA 4GX3A 5EYFA 1MXYA 1FQAA 3T9HB 4OVPA 3KN8A 1F9BA 1AH5A 4RPOA 4N15A 5IZ1A 2O7IA 1XHYA 3MPLA 4WXJA 5LDZA 2FBPA 2WYKA 1IMCA 2HHMA 5H8HB 5BWJA 1DPPA 3FIRA 2HXWA 4R6HA 4WEDA 2ZYNA 4X04A 4POWA 3D4CA 4Q5TA 2RKMA 4F22A 1ZBMA 1B5JA 3F11A 4YKJA 1BKAA 4H0WA 2H4IA 4KPTA 2XXHA 3M3FA 4YKKA 2RF1A 3CG1A 3IJXB 4OVJA 1JW4A 1MXXA 2YJPA 4M4GA 2CZIA 2RINA 3MYUA 3H6UA 3FUZA 1MQJA 3CI8A 2WYPA 5I59B 2GQ1A 4GWUA 1FBEA 3E78A 4G4PA 2HCAA 1XVYA 3I6VA 3MW0A 3KJ7A 4TQUQ 4C1TA 1QUKA 2UVGA 4GLIA 4ZS9A 3ROJA 2XXTA 1YAEA 2ABHA 4IO4A 1Y3PA 2QS1A 3PPQA 1EYKA 4MAGA 4N8GA 5TP9A 4XEQA 5ET6A 2OWTA 3RLFE 1AIVA 4PFTA 3MC2A 3QSLA 1GGGA 5I2NA 4F3SA 1XI6A 1GTKA 2Y7RA 4QXDA 1M5BA 5L9OA 1B05A 2QMXA 4N6DA 2A5TA 1B58A 2KQZA 4OVSA 3TKDA 1A54A 4N8YA 1TFAA 5KDTB 3O66A 1JVXA 4OXVA 2I6EA 5CI5A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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