1BP5A

Human serum transferrin, recombinant n-terminal lobe, apo form
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
328
structure length
328
Chain Sequence
b'KTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKHSTIFENLANKADRDQYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTC'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Ligand-induced conformational change in transferrins: crystal structure of the open form of the N-terminal half-molecule of human transferrin.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (SERUM TRANSFERRIN)
source organism Homo sapiens
molecule tags Metal transport
total genus 96
structure length 328
sequence length 328
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 1998-08-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1bp5A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1bp5A02
1FQFA 2ZXTA 2A5SA 3T9VA 1MM6A 1KWHA 4IY6A 2ALUA 3RLFE 3LUYA 2IA4A 2FYIA 1FTKA 3VVFA 4F29A 1MQIA 1B3LA 1O63A 3KZGA 5CRYA 4HCYA 3PMVA 3U72A 3TTMA 3U92A 2PYYA 3TUSA 2PT2A 3V8XB 3LSWA 3KSJA 3CSBA 4KQPA 2ZYMA 4XKQA 2THIA 4GVOA 4LA9A 3ZKLA 1XOCA 5ITOA 2HQ0A 4YB6A 4F1UA 4ELOA 2UVJA 4QSDA 3V5AA 4M1VA 5BUUA 2H9BA 2GRVA 4F2OA 3MP8A 1MQGA 3MC2A 1B5IA 3MW0A 3WAFA 5AA4A 3FJGA 2KLFA 1DSNA 2OBGA 3QXMA 2Q2AA 4QSEA 1MXUA 4L17A 1ZU0A 2F7CA 4DDDA 1HSJA 1MPBA 4F3GA 1NNKA 3CVGA 3RN8A 2UYEA 2RC9A 1LAFE 3VXBA 1B9JA 4IO3A 2HAUA 1Y4CA 4FORA 4R9FA 2ZMBA 4NF4A 4F22A 2DE4A 4H1XA 3HSTA 1QUKA 1SD3A 4G8MA 1MY2A 4Z0IA 4JWOA 1ZLQA 2ZYKA 2Q89A 1Y3NA 1P1QA 3ILTB 1RKMA 4P0GA 1UTHB 4E0WA 1PB7A 2VGQA 3EHSA 4R6HA 3H6VA 3USDA 4OEUA 4ND9A 2DVCA 2UYFA 4H8JA 2GFEA 1QKBA 2R71A 3EPEA 3G3FA 2I0BA 3A09A 2X7PA 3K1NA 2D3IA 3KN7A 3KJ7A 5I2KB 3B6QA 3C32A 2XX7A 3LSLA 3H06B 1MQHA 1LB9A 1TT1A 5HM4B 3K2DA 2FNCA 3T22A 3H6WA 3UA8A 1BKAA 3PV0E 4POXA 2M8CA 2UXAA 3K01A 4RK9A 5CC2A 1ANFA 2DXRA 4H8IA 4ONYA 1SI0A 1US4A 1URSA 4H65A 4X1DA 3VV5A 4EQ9A 3OSQA 4ZEBA 4IY5A 4GOTA 2QPQA 2B65A 4TQUQ 3VXCA 5KCJB 2Y7KA 3PPQA 3GLBA 2I4BA 1WODA 1MDQA 2WKYA 3R7XA 4LQ2A 1L5TA 1TFDA 4DZ1A 4GRKA 3TTNA 3K00A 1JQFA 3KOTA 2REJA 2HEUA 4GXSB 4O3BA 1NNFA 4ESXA 3IB2A 1UTHA 4BLAA 4EQ7A 3TFLA 5L9OA 4N13A 2O51A 5DEXB 4XKPA 2V84A 3EHTA 3H7MA 1DMBA 1WVJA 3E4RA 1XC1A 1Y20A 3FV2A 1QVSA 4X48A 5DVIA 4UACA 3OO7A 1LBBA 5I2KA 3TCHA 1Y3PA 3O29A 4OHNA 4OZ9A 2UVIA 1FQAA 4QF9A 1JW4A 1LCTA 4QFLA 3EF7A 2O68A 5M2VA 3DP6A 3QYTA 1B3HA 4PFYA 4LONB 5FHOA 1T0KA 2DP8A 3MAMA 1OLAA 4BDLA 3IL1B 4FJPA 4ZS9A 4KYEA 4AB6A 2B3FA 3C35A 3MPLA 3E9XA 3EQ1A 1MXXA 1USYE 4YKKA 3GBAA 4ZECA 1Y3QA 4QFKA 3IR1A 2DS9A 5FHNA 5KCJA 5FHMA 3T9XB 1Z7NE 2F97A 1MXYA 3KN8A 4IO2A 4GIZA 2QS1A 3IJOB 3OENA 1FQEA 1MPDA 4LVQA 3T66A 1ELJA 3CIJA 1LAXA 4OESA 1O7TA 1JVYA 3Q25A 2CMOA 5DEXA 5AA3A 5I59B 3LC8A 4PFTA 4F31B 3U1OA 4O3AA 1B3GA 4KD5A 3WAEA 3HV1A 3CI8A 1B52A 4M4GA 2DQVA 5TPAB 3Q26A 5IKBA 3FV1A 2H98A 3PUWE 2RINA 4G77A 4OWDA 4F2QA 3BFUA 1A8EA 2X7QA 2XD2A 4H6DA 5DVFA 2QS2A 2OLBA 4OENA 4KCDA 2DXYA 2AIXA 3OSRA 3U8QA 1P1UA 3FJMA 1PB9A 3PUYE 3MPKA 1N7WA 3PMWA 5L9SA 4FEDA 4EQBA 4U21A 3G3KA 1JETA 4GD5A 3I3VA 5I57B 4MBPA 2F35A 1S7YA 4GWOA 4BDMA 1PBPA 4F3SA 1M5FA 3IJXB 3OD7A 4F19A 1BIYA 3IOWA 2HFBA 1LSTA 3UIFA 1F9BA 4PQJA 3FXUA 1B0LA 4F18A 3PUZE 1IXCA 5CMBA 1N04A 5I59A 3AXFA 3PGFA 1XHYA 3H4ZA 3ZS6A 4QHQA 1SYIA 2I58A 1UIVA 3CFXA 4ZEFA 2XX8A 1DOTA 3UN6A 1NH8A 5TPAA 3W9VA 1O64A 1B3EA 4DCXA 5DVJA 1N7XA 1URGA 2NVUB 3O97A 2XXQA 4HTGA 1LFIA 3S2VA 3E3KA 4XKRA 1ATGA 4F1YA 4YAHX 1OVBA 2G93A 3RNNA 4OFLA 1P99A 4G68C 1B1HA 1N3XA 1FTLA 3B6WA 2HZKA 4YB7A 5I57A 3W9WA 3UK4A 4IB2A 2REGA 2D5WA 5AA2D 4LATA 3ZSFA 3KSXA 3O2AA 1Y9UA 2I0CA 3DELB 1LCFA 2NOOA 5ISUA 2W7YA 3S9EA 3MZ1A 5EHMA 2YLNA 1B5JA 3M3KA 2O84X 1NMUA 2H5YA 2Y7WA 4GXAA 3OO6A 1MY1A 4BDRA 5A5XB 2PX1A 4JBZA 2ESNA 1JVXA 4IO4A 2I3WA 3K4UA 2PT1A 3U94A 3O6IA 1DPEA 1UTBB 2Q9TA 4GL8A 3KJTA 2DE2A 4IGTA 3O6GA 4E0XA 4HW8A 3FD3A 5LOMA 3O28A 5FTIA 4ZEIA 3RTFB 2I48A 4R74A 4R2FA 3SETA 4EUOA 4NF8B 4DXBA 1II5A 1PDAA 3OOAA 2Z8FA 4OFJA 4R75A 2O1LA 1PB8A 1PBQA 1D3KA 4NE4A 1HSLA 3OEKA 1B3FA 4WKMA 3MQ9A 3SDFA 3FVOA 2QMWA 1JEUA 4YZZA 5HBCA 4WEDA 2ONRA 1ZJLA 3CR9A 4PETA 1MG1A 3PUVE 3ZKKA 1BTJA 1LBCA 3P7IA 1QW0A 3K6WA 3HN0A 1SYHA 5TU0A 3SEXA 4DCYA 5ELVA 1VR5A 3VDFA 2RC7A 4NF6B 2OZZA 4AB5A 4LQ5A 5DT6A 2LAOA 3FASA 4GFRA 5A5XA 4H5GA 3DM0A 2ZNTA 1NH7A 4F3BA 3TKDA 2PMSA 4R2BA 4EDPA 5KZTA 1XVXA 3CFLA 1D9VA 2BJJX 1UTBA 1CE2A 4F1VA 1WDNA 4R6YA 1H45A 3T9HB 3C34A 2V3TA 2AL5A 3OO8A 2X26A 4P0IA 3TTRA 1QJMA 3N6TA 1I6AA 1M5BA 1B58A 3KEIA 4NF8A 4THIA 4IGRA 4WEPA 4KHZE 5K2XA 2XD3A 3C4MA 2AL4A 1SW4A 3G3GA 4U1ZA 2RKMA 3MZBA 4ZEDA 3QUJA 3JZJA 2I3VA 1A40A 3PUXE 5EYFA 5DTBA 3CG1A 3VVDA 3PPNA 2Y84A 3RY3A 4QFPA 5ITPA 1MY3A 1IQ7A 1Y4TA 4OFOA 3OEMA 2Z23A 4NF6A 4C0RA 3GBBA 1B1XA 1SW1A 3LSFB 1A7LA 3THIA 3S9LC 1I6QA 1MDP1 2PVUA 4KFQA 3MP6A 4JWYA 1P1WA 2RF1A 1YCJA 5EHSA 2IEEA 4QFNA 2NWJA 3HO7A 4MLQA 4QRZA 4JXIA 3GZGA 4FIMA 3O66A 3IOUA 4G8NA 2P2AA 3K0VA 2DOJA 3GXAA 4Q30B 1UIUA 1M5DA 5I84A 3K1MA 1SDXA 2E1SA 3MZ9A 4R73A 3HHFA 1H3DA 2H4IA 3FZVA 1RYOA 2A5TB 1QUIA 2XXHA 3ECRA 2O6AA 2XXRA 3ONMA 3TELA 1SW5A 3F11A 2OWSA 1B7ZA 1B6HA 3VLVA 4DXUA 1MM7A 1ZKBA 3CFZA 4YMBA 3N6UA 4XIGQ 5JK4A 3G3IA 5I56B 1US5A 1PEBA 2Z8EA 1EZ9A 4DXCA 4F39A 2XXYA 4LP2B 2VD3A 1B4ZA 1NFTA 4R6KA 3LR1A 1ZTYA 3KGCA 4ELQA 1QULA 3MJNA 4DE8A 1I69A 1PC3A 3MVWA 3OELA 1M5EA 3B7DA 4YU0A 1S50A 3SEYA 3TEPA 2I6EA 4LUBA 5IAIA 2DVZA 3O9PA 3CSGA 3PPPA 3VFJA 5B7DA 3IO6A 2VP1A 1ZBMA 1LAHE 4K3FA 1IXGA 4U2RA 5H8FB 4MFIA 4YKJA 5B70A 1M5CA 2Z8DA 1SQYA 2XXIA 4EXKA 3H6UA 2ZYNA 3IK6B 1N3WA 2A5TA 5CMMA 4RJZA 3QK6A 1B51A 1TWYA 4JDFA 5J1DA 2Y7RA 1JEVA 5JEIA 2I4CA 3PD8A 4MF3A 4EXLA 5CBSA 3D4GA 3IB1A 5I56A 2DWJA 2OCUA 2Q8JA 2HAVA 4QSCA 2QMXA 2XXVA 4YB5A 1JW1A 4RPNA 3VVEA 2F6GA 2VOZA 3HPIA 3FVNA 4PFWA 4F3PA 4U22A 3OO9A 3K1PA 3QIMA 4G4PA 4GF8A 2V93A 1FCKA 1R9LA 4LZ5A 1MPCA 5H8SA 4HS7A 1TFAA 4C1TA 2GHAA 1Z7ME 2H99A 3TYHA 4ZDMA 1N84A 1FQCA 4RNSA 3TAJA 3IORA 3UORA 1R6ZA 2QJEA 3IOTA 3DP8A 1GR2A 4TOZA 2F6PA 1MH3A 2DWIA 3DP4A 5H8FA 1FW0A 4G8HA 3OMBA 3TZAA 1B5HA 3QUFA 4P11A 2P1SA 3S9NC 2Q88A 1N76A 4RPOA 3JYRA 4ZE9A 3SEWA 1FTJA 2QL3A 2VHAA 3Q29A 3RQTA 3CRBA 2ZNUA 5FTHA 4OEVA 1P1OA 4Q5TA 1H44A 1ZIUA 1B05A 3Q27A 3Q28A 3K02A 5DYHA 2XHDA 5H8HB 4I1DA 2RC8A 4RY1A 3MBPA 4OVJA 1NNPA 4I8CA 2DE3A 3IAZA 4IO6A 4LZ8A 2F78A 3EN3A 1I6BA 2HXWA 2O7IA 5I58B 3FJ7A 2PBWA 4H5FA 2ANJA 2ZYOA 2YJPA 1IXHA 4ESWA 1OMPA 1D9YA 2NUVA 5CI5A 4KCCA 1MQJA 3LBSA 3ILUB 2CZLA 1S9TA 3MWBA 3JV9A 2F36A 5L8DA 4FE8A 3H03A 4NEDA 2ONSA 4H0WA 2OWTA 3G3HA 4N07A 2F8DA 1DTZA 4X9TA 1UQWA 4H67A 1MH4A 1JW5A 1AIVA 1TXFA 3TTKA 1GTKA 1IUDA 1CB6A 3IOVA 4I62A 1IXIA 4LZ7A 1P1NA 2V25A 3H3GA 3MP1A 1HSEA 1NNTA 4BDNA 3HCQA 5H8HA 2XXUA 3U93A 1XS5A 3MVXA 5H8QB 3SEVA 4KYDA 3R26A 3I5OA 2D21A 3BBRA 5AA1A 1Y1MA 1AMFA 1N0TA 4ZZAA 5I58A 5HPQA 4G68B 1B40A 3PD9A 3PPRA 2GHBA 2XXWA 1GGGA 4IO7A 3S4UA 3TMGA 3R6UA 3RPWA 1OLCA 4DIGA 3N5LA 2DYXA 1Q35A 3HHGA 1A8FA 1JNFA 3V83A 1NL5A 3T96B 1Y1ZA 1VSOA 5CMKA 3M3LA 3O6HA 3C9HA 2FA7A 4EF1A 3IO4A 1EZPA 3VLUA 3MUQA 1B7HA 4NF5B 4POWA 4R9GA 1LFHA 1FQBA 4OERA 1IIWA 4JSOA 4X1BA 3K6XA 3N94A 4IO5A 3KOSA 3IB0A 2XX9A 4MLVA 2NXOA 1MY0A 4KPTA 3RT8A 1MY4A 3H6TA 5H8NB 4R72A 1NKXA 3N26A 1QUJA 3I6VA 5JTYB 3SKPA 4O3CA 2DSFA 2HZLA 4AQ4A 5H8QA 1SVXB 3D4CA 4KYSA 1BLFA 4C1UA 2R6GE 3RGYA 1AOVA 1YAEA 2XXXA 4PP0A 1B2HA 4G68A 1MXZA 3M3FA 4NWDA 1B7UA 3TPAA 4BDQA 2ABHA 1GVCA 1B46A 1FTOA 1OVTA 4BDOA 4U4XA 2DWAA 2V3QA 5CBRA 1R9QA 1A54A 1EU8A 1H76A 2RCAA 2QS4A 2Y7IA 2O1MA 5I2NB 3KFMA 3TDJA 2QSXA 3K6VA 3QSLA 2I49A 1LLSA 5ICQA 4N6PA 3VE1B 4I9DA 4NF5A 3A3CA 3KG2A 1AH5A 3FATA 4Q8RA 3TQWA 1RYXA 3RTWB 1SI1A 4GL0A 4RXLA 4ZEKA 2OJTA 5H8NA 2UVHA 1LAGE 2G29A 1MS7A 5JTYA 5TP9B 4PFUA 3FIRA 1URDA 1IZ1A 1YPNA 2QRYA 1EZOA 4ECFA 4NWCA 3EHUA 5F7VA 2HCAA 3C36A 3IX1A 3TODA 4JSDA 4GLIA 2B3BA 4G2ZA 4OYVA 2QS3A 4ZZEA 4ELPA 3K6UA 1QKAA 3KN3A 2RCBA 4OTEA 3L6HA 5CM6A 3A3UA 1B0HA 4YKPA 4TLLB 4YICA 5I2NA 4YKIA 1MXVA 4PE5B 1OQGA 1B32A 1IEJA 3L6GA 3OXNA 4KR5A 2AYSA 1MRPA 5AA2B 3BFTA 1ZMGA 2Y7PA 4ISUA 4RA1A 4U4SA 3C31A 1GV8A 3FXRA 3T9UA 1A55A 4ZE8A 1YTVA 5F1QA 2VD2A 5TP9A 5KDTB 3TCGA 2O7UA 4OETA 1D4NA 3TCFA 3CG3A 1SW2A 1AL3A 3E13X 3V89B 3UGWA 1A99A 3DLNA 1Q1KA 1LB8A 4Q0CA 1R1NA 4U1OA 3G3JA 2H25A 1BP5A 4QFOA 2F7AA 3SESA 1MQDA 1SBPA 3MVYA 3ODBA 2F7BA 1IITA 1J1NA 1USYH 4DLDA 4FECA 3PU5A 3SERA 2OK2A 3VLWA 3C33A 3T93B 3FGSA 2Z22A 1VE4A 3S9MC 4Z7EA 2P0SA 4HCWA 4U23A 3BKIB 4FATA 3TQLA 2XXPA 4NMYA 4RK2A 2O69A 5AA2A 2XXTA 2E0SA 4XTCQ 2Q2CA 1OIBA 3KBRA 4OXVA 4KI0E 1VFDA 4OQOA 4GQOA 4JWXA 1FQDA 1FTMA 5KDTA 1LGBC 4WXJA 1MXWA 5CMCA 4EF2A 5BWJA 3G7WA 3W15C 1DPPA 2ZNSA 1XVYA 3QAXA 1POY1 3M8UA 2GH9A 1EH3A 3PMXA 5ICTA 2V3UA 2ONKE 4XKNA 4MH5A 2F5XA 3TTLA 1B4HA 1H43A 5AA4B 3FVGA 1POTA 4YMAA 4TLMB 4ELRA 3B6TA 4JB7A 3FXQA 2F34A 3MVZA 3RUMA 5AE4A 1OQHA 3UP9A 2DWHA 4OMBA 4UA8A 4XXUA 2YPNA 3FVKA 4FEBA 4RYAA 5K2YA 1DTGA 2UVGA 3PPOA 3FUZA 1XT8A 4NTLA 2R9JA 3LSXA 1LFGA 1VFEA 5L9MA 4NF4B 4FAJA 3RT6B 3SEUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1FQFA 2ZXTA 2A5SA 3CHGA 2QFLA 3T9VA 1MM6A 4NHBA 1KWHA 4IY6A 2ALUA 3RLFE 3LUYA 2IA4A 4O8MA 2FYIA 1FTKA 3VVFA 4F29A 1MQIA 1B3LA 1O63A 3KZGA 5CRYA 4GWSA 4HCYA 3PMVA 3U72A 4NGUA 3TTMA 2DDKA 4MJOA 3U92A 2PYYA 3TUSA 2PT2A 3V8XB 3LSWA 3KSJA 3CSBA 4KQPA 2ZYMA 4XKQA 2THIA 4GVOA 4LA9A 3ZKLA 4LN5A 4OANA 1XOCA 4N81A 5ITOA 2HQ0A 1FBHA 4YB6A 4F1UA 4ELOA 2UVJA 4QSDA 3V5AA 4M1VA 5BUUA 2H9BA 2GRVA 4F2OA 3MP8A 1MQGA 3MC2A 2HPGA 1B5IA 3MW0A 3WAFA 5AA4A 3FJGA 5LTCA 4DI3D 2KLFA 3ISPA 1DSNA 1NV2A 2OBGA 3QXMA 2Q2AA 4QSEA 1MXUA 4L17A 1ZU0A 2F7CA 4DDDA 1NV5A 1HSJA 1MPBA 4F3GA 1NNKA 3CVGA 2ZZXA 3RN8A 2UYEA 2RC9A 1LAFE 3VXBA 1B9JA 4IO3A 1K9YA 2HAUA 1Y4CA 4FORA 4R9FA 2ZMBA 4NF4A 4F22A 1KA0A 2DE4A 4XF5A 1NV3A 4H1XA 3HSTA 1QUKA 1SD3A 4G8MA 1MY2A 4Z0IA 4JWOA 4AS4A 1ZLQA 2ZYKA 2Q89A 1Y3NA 1P1QA 4NG7A 3ILTB 1RKMA 4P0GA 5DW8A 1UTHB 4E0WA 1PB7A 2VGQA 3EHSA 4R6HA 3H6VA 4G61A 3USDA 4OEUA 4ND9A 2DVCA 2UYFA 4H8JA 2GFEA 1QKBA 5ET8A 2R71A 3EPEA 3G3FA 2I0BA 3A09A 2X7PA 3K1NA 2D3IA 2P3VA 3KN7A 3KJ7A 5I2KB 3B6QA 3C32A 2XX7A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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