2Z8DA

The galacto-n-biose-/lacto-n-biose i-binding protein (gl-bp) of the abc transporter from bifidobacterium longum in complex with lacto-n-biose
Total Genus 145
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
145
sequence length
401
structure length
401
Chain Sequence
DDGGVVNITYMHRLPDSEGMTLVNDIVAKWNKQHPDIQVKATKFDGKASDMIKKLETDVKSGEAPDLAQVGYAELPEVFTKGLLQDVTQYAEQYKNDFASGPYSLVQVGGKAYGLPQDTGPLVYFYNKAEFEKLGITEIPQTADEFIAAAKTAAAAGKYIMSYQPDEAGNMISGLAGASGGWYKVKGDSWVVNTETDGSKATADFYQQLLDAKAATTNPRWDPSFDASIKDGSLIGTVAAAWEAPLFMTSSGGTGSGEWQVAQLGDWFGNAGKTGPDGGSAVAVLKNSKHPKEAMEFLDWFNTQVPDLVSQGLVPAATTEDAETPSEWSTFFGGQDIMKEFKTANNNMGDFTYMPGFSAVAAKMNETAAKATDGSGKVADIFSDAQTTSVDTLKNFGLSVS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and thermodynamic analyses of solute-binding Protein from Bifidobacterium longum specific for core 1 disaccharide and lacto-N-biose I.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Galacto-N-biose/lacto-N-biose I transporter substrate-bindin
molecule tags Sugar binding protein
source organism Bifidobacterium longum
total genus 145
structure length 401
sequence length 401
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-09-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2z8dA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2z8dA02
3KFMA 3K1MA 4YB6A 4LP2B 4DE8A 4NF6B 4QSDA 2QJEA 4LZ5A 3A3CA 3EHTA 3W9VA 1VFEA 1SW5A 1NFTA 3KZGA 1BIYA 3SESA 5FTHA 2I48A 3S4UA 5ITOA 4MH5A 4ECFA 1NH7A 4GOTA 3IORA 1POY1 5TPAB 1MXZA 1UTBA 1H43A 4RA1A 3TCHA 4NEDA 3U72A 4NF8B 4O3BA 3E13X 4I62A 4X9TA 1TWYA 4UA8A 1A8FA 4GLIA 1BKAA 2HEUA 3FVGA 3FIRA 4HW8A 2XHDA 1MQDA 4RY1A 3VFJA 2X7QA 1NNTA 2UVGA 3IJOB 1B7ZA 5EYFA 3TDJA 1MY4A 4OFJA 3KN3A 2DWJA 5I58B 2I4BA 2DS9A 3HPIA 2PX1A 3EQ1A 5L9MA 2ONRA 3FJMA 4Q5TA 4BDNA 2GHAA 2F34A 2DWIA 2O1MA 4KI0E 1MQIA 1Y3PA 4F39A 3BFUA 2GHBA 4YICA 2V3TA 3DP6A 1YAEA 4EXLA 3A09A 4O3CA 1MG1A 4F1VA 3CG1A 4EDPA 1B2HA 1LAFE 1SW1A 2A5TA 5DVFA 5ICQA 3KSXA 3UA8A 4JB7A 3UGWA 1Y1MA 4TLMB 3VDFA 4F2OA 4GQOA 3RT6B 4X1DA 4OFOA 1XT8A 4U4SA 4IO4A 3U93A 5AA2B 2QS3A 2XXXA 1XVYA 4F1YA 1IITA 2XD3A 2XXTA 4ZZAA 1D9VA 1I6BA 2P2AA 4GXSB 4C1TA 4FECA 1OQGA 2HZKA 2XXVA 4YAHX 4OXVA 3TFLA 5A5XA 3FV2A 1TXFA 3V8XB 4OERA 4QSCA 1ZBMA 3C34A 4MF3A 4YMAA 2O1LA 4NWDA 1I69A 2Z8DA 2UXAA 4F3SA 1FQEA 2V3UA 2CMOA 3KJTA 4K3FA 3GBAA 3TYHA 3IO6A 2VOZA 2RC9A 3O9PA 3FATA 3MZ9A 3H6TA 3MP6A 5AA3A 3MW0A 3PMXA 4DCYA 5ICTA 4R6HA 1FTKA 4X48A 3H6UA 3PUVE 4G8NA 1US5A 3MAMA 1EZOA 2F7BA 4ZDMA 4KYSA 3VLWA 4OWDA 3RGYA 3G3HA 3V89B 3S9NC 4ESXA 1MXYA 2H25A 1VFDA 5KDTA 1BP5A 4JBZA 2F36A 4EQ9A 2HXWA 4LUBA 1Y3NA 3Q28A 4OQOA 4H5FA 4F3GA 1A55A 3K2DA 4H67A 2PVUA 3QYTA 1S7YA 1QUJA 4MBPA 1Z7ME 1DOTA 1B32A 4PE5B 1OLAA 4GL0A 3QIMA 1FQDA 2F6PA 1B5JA 5CC2A 1QVSA 4JWOA 4KCCA 3ZSFA 4H1XA 4EF1A 2OK2A 2OZZA 3V5AA 3DP4A 5H8QB 4OYVA 2X7PA 4NF6A 2PT1A 5FHNA 1MPBA 5DEXB 4NE4A 1IIWA 4M1VA 3T9UA 4POWA 5ITPA 3S9MC 3SDFA 1D4NA 1JVYA 1P1UA 3O29A 1LFGA 3TELA 4BDLA 1R1NA 5TPAA 1WVJA 3L6HA 4POXA 3EF7A 3PMWA 5H8HB 3K6UA 3CG3A 4IO2A 2ZYKA 1B4HA 4NF8A 3RN8A 3N6UA 4H8JA 1MS7A 3OO9A 1VR5A 2B3FA 3I3VA 3EHUA 5BWJA 2QPQA 4ZEFA 4KR5A 2E0SA 2ZNTA 1LB9A 5CMCA 2ANJA 4ISUA 2Q9TA 3UP9A 4KHZE 3OSRA 4F19A 4XKRA 3SERA 4F29A 1O64A 3RUMA 4ND9A 1M5EA 3PUXE 2Q88A 3U94A 5K2YA 4XXUA 3CFXA 1UIVA 3WAEA 4OZ9A 1DPPA 1XS5A 2O6AA 1QULA 4KQPA 1PB8A 1B51A 2XXWA 4OESA 2ONSA 1UTHB 1ZTYA 2REGA 4JXIA 3C33A 4ZEKA 3MUQA 1UIUA 5CMMA 4F31B 3IOWA 1LAGE 1M5DA 5HPQA 3S9LC 3S9EA 2QS2A 3OENA 2P1SA 4QSEA 1EH3A 4FE8A 1WODA 4Z7EA 3T66A 1PB9A 1AMFA 4G8HA 4QFNA 2ESNA 3LBSA 1P1NA 3T9HB 2REJA 3DP8A 5I84A 1TFAA 3OSQA 4YU0A 1P1WA 1B7HA 2ZXTA 1N04A 2H99A 4U1OA 1PBQA 2QSXA 3LSFB 4R9GA 1ANFA 2D5WA 3SEUA 4P0GA 3T9XB 1B3LA 3LC8A 4OETA 2AL4A 3QUFA 3L6GA 2DWAA 3LSWA 1N3XA 3KN7A 2G29A 4C0RA 3T96B 2R71A 2F6GA 1B7UA 1B52A 3FXQA 1ZJLA 1EU8A 2IA4A 1QKAA 1URGA 3MJNA 1FTMA 1ZU0A 1GV8A 4F3BA 4BDOA 5AE4A 1QJMA 3IJXB 2E1SA 4Z0IA 3H6VA 3PMVA 3HCQA 3PPQA 5DTBA 4N6PA 1OVTA 5HM4B 4NF4B 3ONMA 4ESWA 4DXCA 2VGQA 1JW4A 1H3DA 3DM0A 3Q27A 1HSLA 3D4GA 4PFUA 5I59B 2XX7A 5L8DA 3I6VA 1MH4A 3KGCA 4M4GA 3LR1A 2NVUB 3D4CA 3I5OA 1B05A 3QSLA 3TTNA 4KYDA 4GWOA 4ZEBA 1BLFA 5EHMA 2WKYA 3EN3A 2DXRA 3HN0A 4U23A 3KN8A 1MXVA 4F1UA 4EQ7A 1MQGA 3C31A 2OWSA 3O97A 1LCTA 5BUUA 2Y7RA 4QFPA 1JNFA 1B3EA 1P1OA 1SQYA 3K1PA 5H8QA 2V25A 2RC7A 5I57A 2XXHA 5DEXA 5TU0A 4P11A 3PPOA 4OHNA 3Q26A 3CSGA 2Y7PA 2LAOA 2AL5A 2UYEA 1ZMGA 5B70A 1MXUA 5I2KB 5H8HA 1NNPA 1LAXA 4PQJA 2QRYA 3IO4A 3IOVA 2FNCA 4E0WA 1LFIA 1LFHA 3K02A 4GIZA 3MP8A 1M5FA 5AA4B 4RNSA 3TUSA 3RLFE 1MPDA 2BJJX 4GXAA 1PB7A 3IL1B 3H7MA 4R6KA 4JDFA 4MFIA 3FVOA 1WDNA 3CVGA 2OBGA 2UYFA 1YPNA 3N6TA 2DE3A 2OLBA 5JK4A 1UTHA 1Y20A 2G93A 3K6XA 4GD5A 4U2RA 4EF2A 4OVJA 3OO7A 3TODA 3IX1A 2Q89A 3O6IA 2HZLA 3CR9A 2XXIA 4DXBA 5K2XA 1OMPA 4RXLA 1FQAA 1F9BA 5CMBA 3QUJA 3GXAA 4FIMA 3UN6A 4RJZA 4R9FA 3IR1A 4C1UA 2O68A 3M3KA 4NTLA 4DXUA 3R26A 2THIA 3PU5A 2DXYA 5CBSA 3ZKLA 3VE1B 3CRBA 2QMXA 3SEYA 4KCDA 1QW0A 2DOJA 2ZYNA 4DDDA 1FW0A 2XXUA 2NXOA 3QK6A 1S50A 1B0HA 4NWCA 5EHSA 3G3IA 3SETA 3U8QA 3OELA 3OO6A 3GLBA 3TTRA 3VXBA 5ELVA 1D9YA 1GR2A 2XXRA 2VHAA 1LBCA 3VLVA 2Z8EA 3GZGA 3UORA 4AQ4A 2I3VA 1IXCA 4JSOA 4IY6A 3UK4A 4MLVA 1IUDA 3K00A 4EXKA 4KD5A 1ATGA 1OVBA 1DSNA 2HAVA 1B4ZA 5DYHA 1US4A 4ZEDA 2YLNA 4NF4A 1AL3A 3MQ9A 3G3FA 3T9VA 3LSXA 1ZKBA 3M3FA 1R9LA 1MXXA 3BFTA 1N84A 3PD9A 4YMBA 1H76A 5I59A 4G68B 3TEPA 1CE2A 3B7DA 3A3UA 3CSBA 4GFRA 2H4IA 3IOUA 4FEBA 4JSDA 1PC3A 5F1QA 4OFLA 2DP8A 2R9JA 2XX8A 2RKMA 4PFTA 2VD3A 3OXNA 2F8DA 4ELRA 3O6GA 2Q2CA 4WKMA 5CRYA 3VVFA 4THIA 2GRVA 2V84A 4IY5A 4ZE9A 4YKIA 3JYRA 2W7YA 4U1ZA 2RCBA 3MPLA 2ABHA 1I6AA 4PFWA 2YJPA 2I0CA 1N0TA 2I0BA 3KOSA 4OEVA 4YB7A 1MQJA 1FCKA 4DIGA 4F3PA 3HV1A 4EUOA 3K6WA 5I58A 3W15C 3K01A 4HCYA 1JVXA 1TFDA 3CFZA 3K4UA 1USYE 1PBPA 3FVNA 5AA4A 2RF1A 1HSEA 3IK6B 1A8EA 3KG2A 4ZS9A 1SI0A 4G68C 1I6QA 4XKNA 4ELOA 3QAXA 1NMUA 3H6WA 4F22A 3HHFA 2F7CA 3TCFA 1MDP1 1N7XA 1A40A 1B58A 1IXGA 1OQHA 4IB2A 3KEIA 1B1HA 5AA2A 1URSA 1POTA 2O7IA 4JWYA 3QXMA 1FTLA 3M8UA 4JWXA 1O7TA 4G77A 2ZYMA 3FV1A 2NUVA 4R74A 4PETA 4E0XA 5H8SA 1LGBC 2ALUA 2I49A 3PUYE 3AXFA 3HO7A 1LB8A 2UVHA 3KOTA 4BDRA 1R9QA 1Y4CA 5DVIA 3H3GA 2PYYA 4G8MA 1MPCA 4BLAA 5JEIA 3KSJA 4OMBA 2Q8JA 2DVZA 4HS7A 3M3LA 3OEKA 4Q8RA 4H6DA 1SW2A 3PPRA 1B5HA 4YZZA 1GTKA 1B46A 3ODBA 2PMSA 3OD7A 4BDMA 1B0LA 2B65A 3C35A 3TPAA 1MY2A 4WXJA 3PD8A 2GFEA 5H8NB 1XVXA 1SBPA 5LOMA 4ELPA 4U21A 4N07A 3IB2A 1B3GA 5KDTB 1AOVA 3V83A 3FXUA 1J1NA 3LUYA 3VV5A 2GH9A 3SEXA 4WEDA 3TMGA 4OTEA 1Y3QA 2ZMBA 4H8IA 3JZJA 1SVXB 3O66A 3FJ7A 2ZNSA 4Q30B 5I2NB 4FAJA 2O84X 2D21A 4GVOA 2F5XA 1ZIUA 3LSLA 5JTYB 3N5LA 3MZ1A 3RY3A 2DE2A 4IO5A 4EQBA 1YCJA 3S2VA 4FORA 5B7DA 4AB5A 4G68A 1KWHA 4LZ8A 4R2BA 3E4RA 1II5A 3MVYA 2FA7A 1EZ9A 3RQTA 1M5BA 2DSFA 2ONKE 3W9WA 4H5GA 3K1NA 3FXRA 3P7IA 1MXWA 1IQ7A 1QUIA 2OJTA 3TKDA 3TQWA 3H06B 1SYIA 4DLDA 1HSJA 1GGGA 3VXCA 2XD2A 4LQ2A 5I56B 1MQHA 3TTLA 2IEEA 1H45A 3TTKA 2M8CA 5CMKA 3R6UA 1PEBA 1DTGA 3Q29A 5AA2D 4RK2A 5DT6A 4RPNA 3EHSA 1LBBA 4IO7A 4PP0A 4FATA 3USDA 1FTOA 5TP9B 3FJGA 1JETA 3TTMA 4ZEIA 2PBWA 4GRKA 3CI8A 1A54A 5H8FB 3HHGA 2NWJA 1B3HA 2D3IA 1SI1A 1NNFA 1DMBA 2XXYA 4LZ7A 1N7WA 5HBCA 4YKKA 2VD2A 3KBRA 2CZLA 4XIGQ 4WEPA 2XXPA 1A99A 1USYH 3TAJA 3SEVA 2H9BA 1UQWA 4ZECA 1IEJA 1CB6A 3MVZA 4IGRA 2AIXA 3CFLA 3FGSA 1YTVA 3U92A 2DWHA 2RCAA 5J1DA 2Y84A 4LVQA 1AH5A 2OCUA 4NF5B 2HAUA 3SKPA 2FYIA 4XKQA 1SW4A 2O51A 2R6GE 4HCWA 1FTJA 3MP1A 3RT8A 1SDXA 3MPKA 4H65A 4Q0CA 1IXHA 4L17A 3T22A 3KJ7A 1JW1A 2UVIA 4AB6A 4OEUA 1Q35A 3F11A 4G2ZA 2QS4A 1ELJA 2V93A 2QMWA 5FHOA 3PGFA 2ZYOA 1XC1A 4QF9A 1B3FA 4TLLB 1B6HA 4UACA 4R73A 2I3WA 4XTCQ 1NH8A 2B3BA 3PPPA 1JEUA 3RTWB 1N76A 2I58A 1QUKA 3N26A 1IZ1A 1B1XA 3TQLA 3FUZA 1MY1A 1IXIA 3C9HA 1RYXA 4O3AA 3MC2A 3K0VA 2VP1A 2Y7KA 1B9JA 2O69A 4IO6A 2F78A 3PV0E 2DE4A 1OLCA 1MY3A 3H4ZA 4OENA 4U4XA 5KZTA 5KCJB 1MRPA 3K6VA 1SD3A 3FD3A 5L9OA 1FQCA 5H8NA 3B6WA 2Z22A 1H44A 1L5TA 1VSOA 4XKPA 4TOZA 2Z8FA 1S9TA 2HFBA 2OWTA 3N94A 2KLFA 1JQFA 1R6ZA 4R72A 2QL3A 2F97A 3PPNA 1P1QA 5I2NA 1NKXA 3FASA 4TQUQ 1D3KA 2NOOA 4LQ5A 4LATA 3MVXA 4QHQA 4N13A 5JTYA 4I1DA 1UTBB 5IKBA 2V3QA 5AA1A 3C32A 1MDQA 2RINA 4X1BA 3MWBA 3FZVA 1LCFA 3G7WA 2HQ0A 3B6QA 4QFKA 3DLNA 5I57B 3R7XA 5L9SA 2ZNUA 3VVEA 3O28A 3ECRA 1QKBA 2H98A 4GF8A 1T0KA 4ZZEA 1VE4A 5CBRA 1MH3A 3VLUA 2F7AA 1B5IA 4ZE8A 3ILUB 1JEVA 4RPOA 4QRZA 3ILTB 3E9XA 4QFLA 3MBPA 2RC8A 2DQVA 5I56A 3G3KA 1DTZA 5I2KA 3WAFA 4NMYA 1Q1KA 1LSTA 2Y7WA 4IGTA 1URDA 1JW5A 3CIJA 2Y7IA 4I9DA 2I6EA 4MLQA 1M5CA 2H5YA 4QFOA 3OO8A 3IB1A 1DPEA 1ZLQA 1Y4TA 4ELQA 3U1OA 4KYEA 3TCGA 1Y1ZA 4LONB 5TP9A 2A5TB 5CM6A 3MVWA 1B40A 2XXQA 1SYHA 2F35A 2HCAA 1PDAA 3B6TA 3OEMA 3UIFA 4KFQA 2DYXA 4F2QA 3OMBA 5H8FA 4R6YA 3IAZA 4IO3A 4FJPA 3THIA 4H0WA 1XHYA 2AYSA 4YKPA 5DVJA 1O63A 1FQBA 2Z23A 4I8CA 4YKJA 3MZBA 5F7VA 3VVDA 1MM6A 4DZ1A 5IAIA 3C4MA 4P0IA 1P99A 3IOTA 4HTGA 3JV9A 5A5XB 3PUZE 4RYAA 3G3GA 4ONYA 4F18A 4NF5A 2QS1A 1NNKA 4YB5A 3GBBA 1BTJA 1RYOA 1Z7NE 3Q25A 4U22A 1MM7A 1GVCA 4R2FA 3FVKA 3SEWA 3BKIB 2PT2A 2YPNA 3RNNA 2P0SA 2X26A 2A5SA 4LA9A 3BBRA 4BDQA 3IB0A 2XX9A 3OOAA 3RPWA 3DELB 3TZAA 3C36A 1NL5A 3EPEA 4R75A 4GL8A 2DVCA 5FHMA 1TT1A 1MY0A 3HSTA 5CI5A 1FQFA 1N3WA 3G3JA 1A7LA 2Q2AA 3H03A 4KPTA 4PFYA 1AIVA 4DCXA 2I4CA 3E3KA 5ISUA 3O6HA 4G4PA 4RK9A 1Y9UA 3ZS6A 4FEDA 5KCJA 1XOCA 5M2VA 1RKMA 3PUWE 1LLSA 3T93B 1LAHE 5FTIA 3ZKKA 2O7UA 3O2AA 1EZPA 2UVJA 3RTFB 1OIBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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