2Z8DA

The galacto-n-biose-/lacto-n-biose i-binding protein (gl-bp) of the abc transporter from bifidobacterium longum in complex with lacto-n-biose
Total Genus 145
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
145
sequence length
401
structure length
401
Chain Sequence
DDGGVVNITYMHRLPDSEGMTLVNDIVAKWNKQHPDIQVKATKFDGKASDMIKKLETDVKSGEAPDLAQVGYAELPEVFTKGLLQDVTQYAEQYKNDFASGPYSLVQVGGKAYGLPQDTGPLVYFYNKAEFEKLGITEIPQTADEFIAAAKTAAAAGKYIMSYQPDEAGNMISGLAGASGGWYKVKGDSWVVNTETDGSKATADFYQQLLDAKAATTNPRWDPSFDASIKDGSLIGTVAAAWEAPLFMTSSGGTGSGEWQVAQLGDWFGNAGKTGPDGGSAVAVLKNSKHPKEAMEFLDWFNTQVPDLVSQGLVPAATTEDAETPSEWSTFFGGQDIMKEFKTANNNMGDFTYMPGFSAVAAKMNETAAKATDGSGKVADIFSDAQTTSVDTLKNFGLSVS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords Galacto-N-biose/lacto-N-biose I transporter substrate-bindin
publication title Structural and thermodynamic analyses of solute-binding Protein from Bifidobacterium longum specific for core 1 disaccharide and lacto-N-biose I.
pubmed doi rcsb
source organism Bifidobacterium longum
molecule tags Sugar binding protein
total genus 145
structure length 401
sequence length 401
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-09-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2z8dA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2z8dA02
2HAUA 2R71A 2V84A 2FNCA 3LC8A 3MPLA 4RNSA 3OO9A 3H6VA 5L9OA 3VFJA 4IO6A 2GHAA 1IUDA 1QW0A 2FA7A 4G8NA 3KN3A 4YKIA 3QUFA 4EF1A 4E0XA 4WXJA 3G7WA 3DP8A 3TMGA 5IAIA 3Q29A 4MFIA 4NWDA 5B70A 1D4NA 1MQJA 4JWOA 5AA4A 5JTYA 1VR5A 1S9TA 3U94A 3EQ1A 1P99A 3K00A 3IJOB 4H5FA 1SBPA 3FV2A 4OXVA 4C0RA 1PBQA 3K1PA 4IO5A 3T66A 1A40A 3AXFA 4U1OA 1LSTA 5B7DA 3CSBA 3KJ7A 3KZGA 3Q27A 4R2FA 1XS5A 3LSXA 3SDFA 4OVJA 3CIJA 3M3LA 4QRZA 1N0TA 3MAMA 1P1QA 3K6VA 3FJGA 4ZEBA 5L9SA 1NH7A 4UACA 1B0LA 4FATA 4KQPA 4H65A 1FW0A 2O1LA 3A09A 4OEVA 5A5XA 3RNNA 1MPCA 2P1SA 3PD9A 1N3XA 2KLFA 1N04A 4YZZA 5I2KB 2H5YA 4NF6B 4RXLA 4NF4A 1BKAA 1AL3A 4FIMA 2PVUA 2BJJX 4RY1A 4ZE8A 1HSJA 3H4ZA 5K2XA 5BUUA 1MXXA 1PB9A 5KCJA 1QUJA 4LUBA 4TLMB 5IKBA 3MZBA 3O9PA 2I58A 4EXLA 3VDFA 4GL8A 3C35A 4RA1A 4TQUQ 4LQ5A 3N26A 1MQIA 1UTHB 4E0WA 2PMSA 1RYOA 3CVGA 1H45A 5L8DA 4H5GA 3GLBA 1S50A 3CI8A 4U23A 3CFXA 3MZ1A 1HSLA 4KCDA 2NVUB 3V89B 4U4XA 4RYAA 1PEBA 1URGA 1DPPA 2OZZA 1XHYA 3SEVA 1JW4A 2I6EA 4NF5A 2OJTA 1NNKA 4G68B 1I69A 4R74A 2UYFA 4EUOA 3KG2A 2F6GA 4ESWA 3HHFA 1YCJA 4OEUA 3W9WA 3K6WA 5DEXA 1MM6A 4F1YA 4GWOA 1NKXA 2XX7A 4KPTA 4OESA 4G8MA 4TOZA 2V3UA 1DSNA 3W9VA 3OXNA 1OVTA 4YB7A 3C32A 3B6TA 3CFLA 3RT6B 1L5TA 4IGTA 4ZE9A 3E4RA 3PMXA 2UVGA 3KFMA 4F22A 2DWAA 1B51A 2HAVA 3VVDA 1DOTA 1B40A 3TQWA 3PUXE 3T96B 3DELB 3IOUA 1FQFA 3RTFB 5HPQA 4X1BA 4OFOA 1IQ7A 1EH3A 3S2VA 3G3GA 4LONB 1LB9A 2A5SA 2O1MA 3OO8A 2H9BA 4ZZAA 4QF9A 4R9GA 2XXWA 4ELOA 5EYFA 1MQDA 3K6UA 2Y7PA 4GF8A 4F3GA 3O66A 1QUKA 2QS4A 3ECRA 4ONYA 1ATGA 5H8FB 4ISUA 1XT8A 4HW8A 4OYVA 5H8HA 4WEPA 2YLNA 1RKMA 4N13A 4R72A 5EHSA 3ZS6A 3PPQA 3PGFA 3CFZA 3SETA 4PETA 3EF7A 4HCYA 1LCTA 2GFEA 5I56B 4U4SA 5CBRA 4BLAA 3OENA 4OZ9A 5H8NB 4C1TA 2DXRA 2O7UA 2VGQA 2DE4A 3DLNA 4LZ5A 1A8FA 1Y1MA 2VHAA 5I59A 3GZGA 3DM0A 3VV5A 3QIMA 3GBBA 4IO4A 4X48A 2Y7IA 1MDP1 3TCHA 2DWIA 4FECA 4NE4A 2F7CA 3PPPA 5DT6A 2F7BA 2G29A 4IO3A 2GH9A 3FVKA 2Q8JA 1Q35A 2RINA 4OTEA 4EXKA 2QS2A 3N6TA 1M5BA 1MXZA 2RC7A 1IZ1A 4YMAA 3O6IA 3C31A 2THIA 5TP9B 1VFDA 3V5AA 2UVIA 3EHUA 5HBCA 1ZU0A 3LBSA 4IB2A 5DVFA 4G77A 2ALUA 1FQAA 4NTLA 3IX1A 1EZ9A 3BBRA 1R9LA 4PFWA 5DVIA 1AOVA 1FQBA 1H43A 2I3WA 3M3KA 3IJXB 3T93B 4KI0E 2OCUA 1Y3NA 5ITOA 3K02A 4ELRA 4F2QA 2CMOA 2I4CA 3ZKLA 3MQ9A 4O3CA 3I3VA 1MH3A 3IB2A 1FCKA 1LBCA 2QMWA 3MVYA 3C34A 3UGWA 2RCAA 3PMVA 4GOTA 2F78A 1QJMA 2QL3A 2H99A 2B3FA 4F39A 3FV1A 5JEIA 3BKIB 5DTBA 3TELA 4LQ2A 2M8CA 1NMUA 1N76A 1MXVA 4YICA 3UORA 4F18A 2QPQA 3QUJA 3Q25A 4U1ZA 2AL5A 1OQGA 4P11A 4QSEA 1D9YA 5BWJA 1UIVA 1A99A 3S4UA 1O63A 3T9VA 1CB6A 3QYTA 3KOSA 4F29A 4HCWA 3M8UA 4G68C 3TAJA 2XD3A 3KSJA 1R1NA 2GRVA 2Y7WA 5M2VA 3HHGA 4HTGA 3N94A 3KGCA 4U21A 3P7IA 2P2AA 2HQ0A 2XXTA 2I49A 2Z8DA 4H67A 4NF8A 2F7AA 1GTKA 2Y7KA 1JW1A 2XXVA 2X7QA 4Z7EA 2HCAA 4BDNA 3IOWA 3MVXA 1XOCA 4MLQA 4KHZE 3EHTA 1A55A 4QFLA 3KSXA 2F34A 4F31B 3FASA 1QVSA 1URDA 1BLFA 1SW4A 1TFAA 4O3BA 1T0KA 2F8DA 3MZ9A 4GQOA 1SW5A 3G3KA 3EN3A 4OFJA 2AL4A 2DOJA 1Y9UA 1DTGA 3C9HA 3LSWA 2NWJA 2I48A 1SD3A 2ZNUA 4LZ7A 1I6QA 4NEDA 1TWYA 3L6HA 4XKPA 3JYRA 3M3FA 4X9TA 1FTLA 4PP0A 4BDOA 4JBZA 4EQ7A 4GRKA 2UVJA 2CZLA 4UA8A 4OQOA 1LB8A 2O68A 4O3AA 2XXUA 5H8QA 3RLFE 3IR1A 1B2HA 2DYXA 5LOMA 3U92A 5ITPA 4I8CA 4M1VA 3LSLA 1Y20A 2ZYOA 1IXGA 2XXIA 3IB1A 3IOVA 4RPNA 2F35A 1B3LA 2DSFA 4ELPA 1ANFA 3U1OA 5KDTA 5K2YA 2REJA 5KZTA 1MY2A 1B0HA 4JXIA 2PT2A 2GHBA 3THIA 1IXIA 2FYIA 1FQDA 3MWBA 3T9XB 3PUYE 1SQYA 4DXBA 4FAJA 4JB7A 3HSTA 3TYHA 3MJNA 3FUZA 1LLSA 2I0BA 1H44A 5I2NB 2O7IA 2Q2AA 4ZDMA 2AYSA 1WVJA 2XXHA 2IA4A 4JDFA 4POXA 3H7MA 4Q5TA 3KN7A 2ONSA 1MQGA 1B5HA 1FTJA 4LZ8A 2O84X 3H03A 3SEXA 3RTWB 2ZYKA 1UTBB 3RY3A 1B32A 2OWSA 4OWDA 5I57A 3OSRA 4I1DA 2DP8A 5AA3A 2ABHA 2DWJA 1YTVA 3D4CA 4GXSB 3IO6A 4QFPA 3CSGA 1Y3PA 5AA2B 2HXWA 3QXMA 4N07A 1RYXA 3IORA 1Y4CA 2F97A 2XXRA 3USDA 3RGYA 1SVXB 4F2OA 4XXUA 3H6WA 1B05A 4QSCA 2Z8FA 2ZXTA 3FIRA 3VLUA 1N7XA 3O2AA 3R26A 4MLVA 2A5TB 2HZLA 1PB7A 2Z23A 4R75A 4GXAA 4P0GA 1JW5A 3R6UA 4RK9A 3K2DA 1SYIA 1OLCA 3UIFA 2LAOA 2WKYA 1M5CA 3EHSA 1URSA 5TPAA 2NUVA 1LGBC 4IY6A 3MP8A 3B6WA 1LAFE 1VE4A 3K1MA 4OERA 1AIVA 2ZMBA 1F9BA 2XX9A 3DP6A 3EPEA 5F7VA 2V3QA 3OOAA 5TU0A 4QFOA 1XC1A 4AB6A 1LFHA 2I4BA 3FD3A 3K4UA 2D5WA 3MVWA 1VFEA 4PFTA 3OSQA 2D21A 5H8SA 2Q9TA 2Y7RA 4LATA 3KEIA 3LSFB 3E9XA 3LR1A 2XD2A 4EQ9A 2UXAA 3O6GA 1SYHA 4XKRA 3FVNA 2G93A 5JTYB 5AA4B 2R6GE 3OEKA 5CMBA 4ZEFA 1BTJA 2Z8EA 2VOZA 3PV0E 5H8QB 3LUYA 1MY0A 1FTOA 1B52A 3BFUA 5FHOA 2Q2CA 4TLLB 1I6BA 2D3IA 3JZJA 3ZKKA 4JSOA 2Q89A 4OMBA 1IEJA 2QMXA 2ONRA 1B6HA 1A7LA 2O69A 2XHDA 5A5XB 1FQEA 1PB8A 1O7TA 3FVOA 1MY1A 1NFTA 5CC2A 2O6AA 4IO7A 4NF4B 4F19A 3ODBA 3TKDA 2AIXA 1B9JA 2DWHA 2ONKE 4C1UA 5KCJB 1YPNA 1B1XA 4YB5A 3D4GA 1Y3QA 4HS7A 1NNFA 1B7ZA 4DZ1A 3OO7A 3KOTA 4GLIA 3RN8A 3C33A 3G3FA 3RPWA 3G3HA 3VVFA 1IITA 2PBWA 1LFGA 1TT1A 3TTLA 1P1UA 2ZNSA 1LBBA 1XVYA 3F11A 3E13X 2QRYA 4KYSA 4THIA 1SW2A 1JVYA 3OELA 2UYEA 4LA9A 5CM6A 4Q8RA 4WEDA 1QKAA 4ESXA 3O28A 3MP6A 4WKMA 4H8IA 4XKNA 3QAXA 5EHMA 1M5DA 1POTA 3H3GA 4NF5B 4YU0A 4DXUA 5JK4A 3A3CA 3VVEA 3HV1A 3H6UA 4OFLA 3CRBA 4QSDA 2Z22A 1B5IA 1JEVA 5DEXB 2XX8A 3PUZE 3B7DA 3IK6B 1MH4A 5ELVA 1SI1A 1J1NA 1MG1A 3RT8A 3Q26A 2H25A 1QKBA 3R7XA 5I2KA 4F3SA 4NF6A 1B4ZA 2OBGA 1A8EA 1LAGE 4ND9A 3WAFA 1ELJA 3U72A 4YB6A 4R6HA 4ZECA 4L17A 1S7YA 2PT1A 3DP4A 5CMCA 4G8HA 1UTHA 4YKKA 4X1DA 1H3DA 3MP1A 3S9MC 2RC8A 4XIGQ 2QS3A 3N6UA 2REGA 4QHQA 3S9NC 4RPOA 5H8HB 1Y4TA 1UQWA 3FGSA 3UK4A 3MC2A 4FORA 4FE8A 1B3GA 4PE5B 1MDQA 3G3IA 3T22A 5DYHA 4DCYA 4F1UA 2UVHA 3ILTB 1MPBA 3IL1B 4GIZA 1B58A 3TUSA 3Q28A 3GBAA 1TFDA 3HN0A 2RF1A 3HPIA 1BP5A 5I59B 1N84A 1R9QA 1SDXA 3H6TA 5FHMA 3C36A 2RKMA 3O29A 1R6ZA 2Y84A 4MF3A 3V83A 4F3BA 2ANJA 4U22A 3K1NA 3PU5A 2Q88A 3K0VA 4N6PA 2DQVA 3FATA 1IIWA 3A3UA 1NNPA 3MW0A 1D9VA 4AQ4A 4I62A 4P0IA 1ZBMA 3TTRA 3S9LC 2HEUA 4YKPA 3KBRA 1QUIA 4BDLA 3T9HB 3BFTA 3SERA 1LAXA 4GFRA 2VD2A 1SW1A 4F1VA 2HZKA 4R73A 4Z0IA 4XKQA 3U8QA 5J1DA 4NWCA 4KYDA 2P0SA 5H8FA 3FJMA 4QFNA 4H8JA 2XXPA 3MUQA 2RCBA 1US4A 3PPNA 1GGGA 3TODA 3CG3A 2B3BA 3K6XA 3TTKA 1N7WA 2E0SA 1N3WA 1H76A 2VD3A 5AE4A 2PX1A 5I56A 1A54A 5I84A 2O51A 4R6YA 1B4HA 4F3PA 1VSOA 5H8NA 3SEWA 3HCQA 4DE8A 4M4GA 4BDRA 3IOTA 3SEYA 1TXFA 3I5OA 3V8XB 1Y1ZA 4KFQA 4I9DA 2IEEA 4EQBA 2QSXA 4IO2A 3RQTA 1DPEA 3O97A 4ZEKA 3G3JA 4ZZEA 4ELQA 1M5FA 1B7UA 2OWTA 3TCGA 1M5EA 4Q30B 2RC9A 3L6GA 4EDPA 3TZAA 1EZPA 4MBPA 3K01A 2R9JA 4RK2A 5HM4B 5TP9A 2B65A 5AA1A 5L9MA 4Q0CA 5FHNA 1FTMA 1B46A 1MXYA 5FTHA 4NF8B 2NXOA 1NH8A 1YAEA 4H6DA 1NNTA 3MBPA 3ILUB 4MH5A 2XXYA 4ZEIA 4NMYA 3TTNA 3U93A 2F36A 4K3FA 1USYE 4KD5A 3FVGA 4YKJA 3TTMA 2H4IA 4XTCQ 4H0WA 1JQFA 4IGRA 4BDQA 3TDJA 1GR2A 3VXBA 2I3VA 3MVZA 3KJTA 1B5JA 4KYEA 3RUMA 2DE3A 1FQCA 2I0CA 1P1WA 1Q1KA 2DE2A 4YMBA 1O64A 1DTZA 1IXCA 1IXHA 4FEBA 3OEMA 3TFLA 1HSEA 1POY1 1B7HA 1MXUA 1MRPA 4GD5A 1XVXA 4LP2B 4DXCA 2DS9A 4OENA 4PQJA 1PC3A 1US5A 3VLWA 4ZEDA 3OO6A 3SESA 4BDMA 3W15C 3TCFA 1PDAA 2H98A 2OK2A 1ZKBA 3UP9A 1D3KA 4DDDA 3PPRA 4PFYA 5CBSA 5CMMA 2ZYNA 1Z7NE 3TEPA 3S9EA 4YAHX 3PUVE 2QS1A 5KDTB 3T9UA 5CRYA 4U2RA 2V93A 3PD8A 2F5XA 3MPKA 5I58A 4JSDA 4ECFA 4EF2A 2XXQA 4GL0A 3B6QA 5AA2D 3ONMA 1MY4A 2ZNTA 1P1NA 3IO4A 3OMBA 5ICQA 3GXAA 1OMPA 1I6AA 4FJPA 3CR9A 1LCFA 4FEDA 1WDNA 1OVBA 4IY5A 1II5A 4KCCA 5I57B 4DLDA 3PUWE 2OLBA 5CMKA 3N5LA 3ZSFA 3SKPA 1USYH 4R2BA 1NL5A 5ISUA 3QK6A 1JEUA 1BIYA 3QSLA 5ICTA 3SEUA 3PPOA 1MXWA 2XXXA 3IAZA 4DCXA 1B3FA 1LFIA 1MS7A 1OQHA 2HFBA 4KR5A 4LVQA 5FTIA 1PBPA 1Z7ME 4H1XA 3E3KA 2YPNA 2PYYA 3C4MA 3HO7A 1AMFA 4PFUA 1B3HA 2E1SA 4JWYA 4RJZA 3VXCA 2DVZA 5F1QA 5TPAB 1JNFA 1B3EA 3I6VA 1OLAA 5DVJA 4G4PA 1MPDA 2V3TA 3JV9A 1JVXA 3UN6A 2F6PA 1QULA 1JETA 1B1HA 2DXYA 1ZJLA 2ZYMA 2DVCA 3VLVA 5I2NA 3TQLA 2VP1A 2YJPA 1UIUA 1EU8A 4ZS9A 3H06B 3KN8A 5CI5A 1MQHA 1OIBA 3FXRA 4GVOA 1GV8A 1UTBA 4R9FA 3FXUA 3TPAA 3WAEA 3O6HA 3FJ7A 3IB0A 2NOOA 4JWXA 2W7YA 5AA2A 2X7PA 1P1OA 1LAHE 2X26A 4QFKA 4OHNA 1AH5A 3UA8A 1FTKA 1WODA 2ESNA 3CG1A 4G68A 4AB5A 2A5TA 1MY3A 1ZMGA 4OETA 3VE1B 2V25A 4G2ZA 5I58B 1EZOA 4POWA 3PMWA 4R6KA 1MM7A 1KWHA 2QJEA 4DIGA 1ZTYA 3FXQA 1ZIUA 3FZVA 1SI0A 1ZLQA 1CE2A 1GVCA 3OD7A 1DMBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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