4QHQA

The structure of a nutrient binding protein from burkholderia cenocepacia bound to methionine
Total Genus 75
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
75
sequence length
241
structure length
241
Chain Sequence
VIKVGTVAGPDSEVWQVVQKVAKEKEGLNVKVIEFNDYVQPNAALDSGDLDANSFQHQPYLDSQVKQRGYKIVSAGLTYISPIGVYSKKFKSLKDLPQGAKLAVPNDPSNENRALLLLQTQGVIKLKAGAGTGGNNATVLDIAENPKKLKISELDAAQLPRVLSDVDAAVINTNYALAANLQPTKDAIALESLTSPYANLIAVRAKDKDQPWVKKLVKAYQSPEVKEFIKKQFKGSMVASF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The structure of a nutrient binding protein from Burkholderia cenocepacia bound to methionine
rcsb
source organism Burkholderia cenocepacia
molecule tags Transport protein
molecule keywords Lipoprotein
total genus 75
structure length 241
sequence length 241
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-05-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03180 Lipoprotein_9 NLPA lipoprotein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4qhqA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4qhqA02
1OVTA 1GGGA 3CIJA 2ONSA 2V3UA 3KEIA 4AQ4A 1CE2A 4HTGA 3QXMA 4F1VA 1SW5A 2RINA 3FXUA 3HSTA 3LSLA 1UTBB 5FHOA 4ZZAA 3TYHA 4WEPA 2XXQA 3SEYA 4FEDA 4MLQA 4JSOA 2PVUA 4BDLA 1MH3A 1LBBA 3B6TA 1B7ZA 1RYXA 2OJTA 3CI8A 4RPOA 4IO6A 1MPBA 1EH3A 5F1QA 4L17A 4U21A 5L8DA 2V3TA 4X9TA 1IXGA 2DVCA 3ZKKA 5ISUA 3PUYE 3EN3A 3H3GA 1SD3A 2WKYA 1TWYA 3FUZA 3P7IA 4FECA 3UA8A 3LSFB 5H8QB 1UQWA 2Y84A 4LZ8A 4QSEA 2O6AA 3E4RA 4KQPA 3MUQA 1PB8A 3OEKA 1KWHA 2GRVA 3K2DA 3QUFA 3VLUA 5AA2B 1MY0A 1NNFA 3FJGA 2XXXA 4GIZA 4R6YA 2RKMA 4H67A 4M4GA 1YAEA 2CZLA 3MVWA 3OOAA 4NF8B 4TQUQ 1P1UA 3HCQA 4R2FA 4EF2A 5AA2A 1FW0A 1ZIUA 3TQLA 2IA4A 4XKRA 3VVDA 4F29A 4GLIA 4H8IA 1LAXA 3B6WA 1JEUA 4GXSB 1A40A 4LA9A 1LGBC 3O2AA 3M8UA 1JQFA 1NMUA 3SESA 1H76A 1SBPA 4G8HA 1D9YA 4GD5A 2QS3A 5CBRA 5I59A 1A99A 3QK6A 3GZGA 3OD7A 5ITOA 4H6DA 1XOCA 4O3CA 1H3DA 3C9HA 1L5TA 3OMBA 2XXHA 1MS7A 5F7VA 4EXKA 1B3EA 4FJPA 5A5XA 4KR5A 3MVZA 1VR5A 4ZS9A 4OESA 3VXCA 2OK2A 4NWCA 1UTBA 1Y4TA 3U1OA 5DT6A 4F3SA 5BUUA 5FHNA 1MY1A 1DOTA 4NE4A 5JEIA 3K00A 1POTA 5DYHA 1AH5A 4N07A 1NNTA 1S9TA 3LR1A 2Z8DA 2F34A 2HAUA 2XHDA 3PU5A 5L9SA 3C33A 3GBBA 3MZ1A 4EQ9A 1B5JA 1IXIA 2I4CA 2X7PA 4XIGQ 4F39A 5KCJB 3VDFA 4LATA 1SYHA 3VXBA 4ZEIA 4EUOA 2OZZA 1HSEA 4XKPA 2DXYA 1D9VA 2AIXA 3FXQA 3RUMA 5JK4A 1AOVA 1O63A 3KGCA 1GVCA 4IB2A 1TXFA 1Z7ME 2XXYA 1ZU0A 1OIBA 2REJA 1N7XA 3TMGA 2ALUA 3GXAA 3KFMA 1SQYA 3PV0E 3MW0A 1BP5A 2UYEA 3HPIA 3O29A 2A5TA 4R9FA 3LC8A 2F8DA 4G2ZA 4C1UA 1T0KA 2E1SA 4IO3A 3CFXA 5LOMA 1M5FA 3FATA 3L6HA 1FQFA 2Y7WA 3VV5A 1WODA 1FTLA 2QRYA 3RY3A 1R1NA 2PBWA 4FORA 1JW1A 1MH4A 2IEEA 1B1HA 1M5EA 3KSXA 3GLBA 4PE5B 4R2BA 4NF5A 3ILTB 3T93B 4LUBA 1MY2A 2UVGA 4LONB 1QKAA 2AL4A 3T9UA 4DCXA 5KDTB 2RC8A 4OFOA 3FVGA 5L9MA 1JETA 2AL5A 4JWOA 3RTFB 1NFTA 1OQGA 2DE3A 2ZYKA 3MWBA 5HBCA 4H0WA 3MP6A 1I69A 2ZNUA 3CG1A 3MZBA 3TCFA 4C1TA 3B7DA 4HCWA 3BFTA 1GV8A 1FCKA 3O6HA 2O1MA 2YLNA 2PX1A 5KZTA 2R71A 1FTKA 2UXAA 4OFLA 4OETA 3V8XB 3H06B 3TDJA 3W9WA 1NL5A 3U94A 1JW4A 1LCFA 1PC3A 3H03A 3OEMA 2I3WA 3FXRA 1EU8A 1IXCA 3IR1A 5EHMA 1Y20A 2NWJA 4QHQA 4XXUA 1R9LA 2X7QA 1A55A 5I56B 5CMBA 3TTRA 3HHFA 2F5XA 2F7AA 3K1MA 3OO6A 2GHAA 3IOTA 3ONMA 2M8CA 3AXFA 2V93A 4RA1A 3KOTA 5DVJA 3UORA 4DDDA 1MXYA 3KBRA 1B52A 4FATA 1Y1ZA 3FJMA 4ZZEA 2PMSA 2W7YA 4E0WA 3K4UA 2F6GA 4GXAA 2QJEA 2V25A 3IX1A 3PPQA 1PB7A 4O3AA 4THIA 4ECFA 3PPOA 2Q88A 3MP1A 1MDQA 3CSGA 4GQOA 2DS9A 1ZKBA 2O7IA 4H65A 4OZ9A 5FTHA 3TTNA 1I6AA 4JBZA 1Y4CA 3A09A 4QSDA 4EF1A 3H6VA 5I57A 3OO7A 2DXRA 4I9DA 4G4PA 2DSFA 4QFNA 4F2OA 5JTYA 1N7WA 2Q9TA 2ZYMA 1B2HA 4NTLA 3U8QA 1POY1 1MXZA 3PD8A 5H8FB 2HQ0A 2I0CA 1SDXA 2HXWA 2XX7A 3C4MA 2Q89A 2G93A 3PPPA 1DPEA 4P0GA 2PYYA 5TP9A 1B5IA 3H6TA 4TLMB 1SW4A 1A8FA 3K6VA 5TU0A 5ICTA 2D3IA 1USYE 3S2VA 3UK4A 5FTIA 3SERA 3I5OA 4OWDA 2Z23A 4R6HA 4F18A 1DTGA 2F78A 3SETA 2P2AA 1SI1A 4IGRA 5EHSA 5AA4A 1B3HA 4GFRA 4F22A 3CFLA 4NEDA 1O64A 1SYIA 3H6UA 4OEUA 2XX9A 2QPQA 3IORA 4G8MA 4RK2A 4OTEA 3K01A 3LBSA 3S4UA 3T9XB 2H5YA 1QULA 2O1LA 4YAHX 5I2NB 4HCYA 4NMYA 1VFEA 1MQIA 4WEDA 3U93A 1AMFA 2V84A 3DLNA 1F9BA 2HCAA 3FV2A 3K6WA 3BFUA 3KSJA 4GL8A 1YPNA 4LQ5A 4QFOA 1BIYA 1FQDA 4R6KA 3ZS6A 5J1DA 1P1WA 1B51A 1PEBA 1US5A 2ZNSA 4U4SA 4YICA 2QS4A 2DWJA 1BKAA 4ZEDA 4ZDMA 3I3VA 5DVIA 1MY4A 2DE4A 2YJPA 3K1NA 1TFAA 1NH8A 2ONRA 3PD9A 3PPNA 4GRKA 4PP0A 3USDA 2R6GE 4ELRA 3UGWA 4IO4A 3WAEA 4I62A 4OXVA 4U4XA 4EXLA 4FAJA 3KJTA 5EYFA 3CRBA 2DE2A 2DVZA 3JV9A 1ZJLA 3TCHA 3S9NC 2Q2CA 1DPPA 3TUSA 2XXUA 3FVNA 3Q26A 1B46A 2Z8FA 5IAIA 1JNFA 1WVJA 4DCYA 5H8SA 3Q25A 3IAZA 4QSCA 1GTKA 5I2KA 5IKBA 2ZYNA 1ELJA 1USYH 4DXCA 1MXUA 2DWIA 3K6XA 1P1NA 1RYOA 4IO5A 3T9VA 1UIVA 3KOSA 3OXNA 2Z22A 1P99A 5FHMA 3E13X 2ZXTA 3G3GA 3MPLA 4N13A 4WXJA 1N3XA 2HEUA 3HO7A 1XHYA 2XXRA 3CG3A 4RPNA 4DZ1A 3SEXA 3CVGA 5HM4B 2D21A 1ZMGA 5ICQA 1N0TA 1JW5A 4LZ7A 5AA2D 1B32A 3PMVA 2VD2A 1OQHA 4K3FA 2Q2AA 3FGSA 1IUDA 4QFKA 4R72A 3UP9A 1P1QA 3OENA 1Y3PA 3S9LC 3Q29A 4BDRA 2I6EA 1VFDA 5I84A 4G8NA 1A8EA 3TPAA 5I59B 4RNSA 1AL3A 2VP1A 1HSLA 4GVOA 4I8CA 3V89B 1M5DA 1XVXA 2VOZA 4IY5A 1LFGA 1B5HA 1LBCA 4ONYA 2H25A 5DTBA 3O28A 4PFYA 3IK6B 3RTWB 2XXVA 4U2RA 2ESNA 3TODA 5CMCA 4BLAA 1R9QA 3VVEA 4AB6A 5ITPA 4GOTA 3C36A 4YU0A 4ZEKA 1IZ1A 5H8FA 1D4NA 3ILUB 3O6IA 1IEJA 2NXOA 4KCCA 4FIMA 3C32A 3OELA 3RN8A 2AYSA 4JWXA 3JYRA 1M5CA 1M5BA 5KDTA 3U72A 2REGA 1XC1A 3Q28A 1MM6A 1QVSA 1Y9UA 3IB2A 3G3FA 4ELPA 3DP6A 4AB5A 3FV1A 1II5A 1B40A 3CFZA 3MBPA 2VHAA 2I58A 3TAJA 4PFUA 1FQEA 1N3WA 1TFDA 3SKPA 4F31B 1H45A 5I2NA 4YMAA 1LLSA 5CMKA 4KCDA 2QS1A 2DOJA 3DP4A 4OHNA 1LCTA 2XD2A 4KFQA 3R6UA 4YKPA 2O69A 4F1YA 4ELQA 4Q8RA 2UVHA 4UA8A 1URGA 5BWJA 3OO8A 1PBQA 1MY3A 1Q1KA 1EZOA 3IOUA 4PETA 1HSJA 1NNKA 2CMOA 2HFBA 1EZ9A 1URSA 1Y3NA 5TPAB 4FE8A 4NF8A 3UIFA 1J1NA 1D3KA 3FVOA 1VE4A 4NF4B 2ANJA 2Q8JA 3O6GA 3VE1B 1BLFA 4BDQA 2ZNTA 3QIMA 2UVIA 4QF9A 1QJMA 4F1UA 4U22A 3VFJA 4JB7A 1ATGA 1MQJA 4Z7EA 4KI0E 3FIRA 4MF3A 4PFTA 4F2QA 1FTMA 2FNCA 1FTJA 2P0SA 3I6VA 3H6WA 3KN7A 4KD5A 3RT8A 2DP8A 3PUZE 1H43A 2QL3A 4FEBA 4IO7A 3V83A 3FD3A 2GHBA 1LFIA 1I6QA 4JWYA 3T9HB 4EDPA 3Q27A 2PT1A 1GR2A 1O7TA 4Q30B 4HS7A 4YB7A 4IY6A 2DWAA 4P0IA 1B1XA 3KN3A 2F36A 2GH9A 1B6HA 3ECRA 3MC2A 3MVYA 4Q5TA 1P1OA 4R75A 2A5SA 1B0LA 3MZ9A 3VLVA 3DELB 2B3BA 3BBRA 2QS2A 1YTVA 5TPAA 1PB9A 3D4GA 4GWOA 4BDNA 3B6QA 4LQ2A 3G3JA 1JEVA 2I3VA 4OYVA 3RNNA 1IITA 4RY1A 3G3IA 4LVQA 1A7LA 1CB6A 1B0HA 2BJJX 3N5LA 2ZYOA 1XS5A 3QYTA 1LFHA 1XVYA 3H4ZA 4NF6B 2QSXA 5I57B 4MFIA 3N94A 2UYFA 1XT8A 1ZTYA 3QSLA 2F97A 3SEVA 1B58A 4DIGA 3SEUA 2FYIA 1MG1A 2DQVA 2O84X 2XXIA 4H8JA 4LZ5A 1N04A 2THIA 3DP8A 3LUYA 4U1OA 3T96B 3T22A 1LSTA 1TT1A 4F3BA 4NF4A 4KYEA 2RF1A 3O66A 3SDFA 1LB9A 3W15C 3THIA 2F7BA 4HW8A 1MXWA 1LAGE 3IOVA 5TP9B 4DE8A 4ZE8A 1QKBA 4JSDA 3TCGA 2I48A 4ESWA 3TZAA 2FA7A 4OVJA 4PQJA 2HZLA 2P1SA 3W9VA 1QUJA 5A5XB 4H5FA 4X1BA 1S50A 3IO4A 4MH5A 4XKQA 2OLBA 3OSRA 5M2VA 4P11A 4WKMA 2VGQA 3R7XA 3CR9A 1B05A 2XD3A 4OMBA 3DM0A 3FVKA 4YKKA 3MAMA 1OMPA 3M3KA 4GF8A 3PGFA 4KHZE 3HV1A 4ELOA 1AIVA 5CM6A 2DYXA 2Y7PA 3EHUA 1OVBA 1B3GA 5K2YA 4RYAA 5CC2A 5I58A 4QFPA 4G77A 3U92A 3TEPA 1Y3QA 2A5TB 2XXTA 1MM7A 4KYDA 4ZEBA 1BTJA 1FQAA 3EHTA 3KZGA 4XTCQ 5CI5A 3TTLA 3N26A 1H44A 4X1DA 3TTKA 3G7WA 1UTHA 3ODBA 1N84A 3K1PA 3OO9A 4TOZA 1EZPA 5I56A 2O51A 4OERA 3CSBA 2OWTA 4G68A 4POWA 1NKXA 2I49A 2ZMBA 1PDAA 3TELA 3FJ7A 3PMWA 3KN8A 3TTMA 3RPWA 4C0RA 3S9MC 4BDMA 1B3LA 5H8NB 1ANFA 2E0SA 3K02A 4H1XA 2I0BA 5DEXA 3FZVA 2B3FA 1ZLQA 3RLFE 4X48A 5DEXB 2UVJA 1IIWA 1Y1MA 1A54A 4Q0CA 3MVXA 2HZKA 1SW2A 4UACA 1FQBA 1SI0A 1WDNA 5AA1A 2ABHA 2OBGA 3S9EA 3MP8A 3KG2A 4GL0A 1LAFE 2B65A 1MQDA 1PBPA 4XKNA 1FQCA 5H8HB 4QFLA 4YB6A 5L9OA 1MXXA 4TLLB 2R9JA 4F3GA 1R6ZA 3RGYA 1MRPA 3MJNA 3O9PA 2F35A 5I58B 3M3LA 1B7UA 4OFJA 3HHGA 5AA3A 2Y7RA 1RKMA 3PUVE 1B7HA 3K0VA 5CBSA 4OENA 2PT2A 1URDA 4KPTA 2XXPA 2D5WA 2XX8A 4G68C 1ZBMA 4MLVA 2H98A 2O7UA 4YZZA 3RQTA 2QMXA 5AA4B 1QW0A 4YKIA 5KCJA 3A3UA 3IJOB 2RC9A 4POXA 5H8QA 4LP2B 4RJZA 3FASA 5K2XA 1Z7NE 1NH7A 4OEVA 3ZKLA 5CRYA 1N76A 2NVUB 5I2KB 2V3QA 3C34A 5H8NA 3GBAA 4R74A 3EQ1A 1MXVA 3IOWA 1DSNA 1QUKA 2GFEA 3F11A 4U23A 3RT6B 1IXHA 1US4A 2KLFA 3E3KA 3C35A 3IL1B 1LAHE 5DVFA 3JZJA 3L6GA 1Q35A 3QUJA 4QRZA 2O68A 1VSOA 3C31A 2LAOA 3OSQA 3LSWA 4ZEFA 2F6PA 4R73A 4F3PA 4Z0IA 1JVYA 3LSXA 3MPKA 3PPRA 4R9GA 3VVFA 3V5AA 2NUVA 3D4CA 3TFLA 1MPDA 1MDP1 2Y7KA 3TKDA 5ELVA 4PFWA 3ZSFA 5B70A 4NF6A 4ZECA 3EF7A 4DXUA 1OLCA 1LB8A 4JXIA 2NOOA 4H5GA 3MQ9A 4JDFA 4RXLA 3A3CA 4ISUA 3IJXB 3O97A 5JTYB 4DLDA 3HN0A 1S7YA 4F19A 1FTOA 1OLAA 2HAVA 4IGTA 5H8HA 1MQHA 3IB1A 1DMBA 1B9JA 2F7CA 3IO6A 3TQWA 2H99A 3QAXA 5HPQA 5CMMA 4MBPA 2QMWA 2H9BA 3SEWA 4RK9A 4YMBA 1B4HA 3G3HA 2OWSA 3BKIB 3EPEA 4YKJA 1YCJA 3N6UA 3VLWA 3WAFA 1UIUA 2DWHA 3H7MA 1SVXB 2H4IA 2Y7IA 3EHSA 1IQ7A 4IO2A 4ESXA 4ZE9A 2G29A 4E0XA 1NNPA 4ND9A 2RCBA 2X26A 4N6PA 4DXBA 3PUWE 4KYSA 4BDOA 2RC7A 4NWDA 1SW1A 4M1VA 1B3FA 1I6BA 4I1DA 2I4BA 4EQ7A 1UTHB 2XXWA 4G68B 5AE4A 1QUIA 3E9XA 2OCUA 3UN6A 3IB0A 4YB5A 3G3KA 3R26A 4NF5B 4O3BA 4U1ZA 3PMXA 1JVXA 3N6TA 3T66A 1MQGA 2VD3A 1MPCA 2YPNA 3KJ7A 2RCAA 3M3FA 2Z8EA 3PUXE 4EQBA 1DTZA 4OQOA 5B7DA 3K6UA 1B4ZA 2ONKE
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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