4QHQA

The structure of a nutrient binding protein from burkholderia cenocepacia bound to methionine
Total Genus 75
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
75
sequence length
241
structure length
241
Chain Sequence
VIKVGTVAGPDSEVWQVVQKVAKEKEGLNVKVIEFNDYVQPNAALDSGDLDANSFQHQPYLDSQVKQRGYKIVSAGLTYISPIGVYSKKFKSLKDLPQGAKLAVPNDPSNENRALLLLQTQGVIKLKAGAGTGGNNATVLDIAENPKKLKISELDAAQLPRVLSDVDAAVINTNYALAANLQPTKDAIALESLTSPYANLIAVRAKDKDQPWVKKLVKAYQSPEVKEFIKKQFKGSMVASF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein
source organism Burkholderia cenocepacia
publication title The structure of a nutrient binding protein from Burkholderia cenocepacia bound to methionine
rcsb
molecule keywords Lipoprotein
total genus 75
structure length 241
sequence length 241
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-05-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03180 Lipoprotein_9 NLPA lipoprotein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4qhqA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4qhqA02
4GQOA 4F3PA 5A5XA 3LUYA 4ZE9A 3MW0A 4U1ZA 2FA7A 1OIBA 5BWJA 4Q8RA 5KCJA 2RC8A 2V3TA 4IY6A 2ONKE 4ZE8A 5H8QA 4WKMA 4UACA 3OMBA 5DEXA 1EU8A 2F34A 4KFQA 4NF5A 3CFLA 1LB9A 3OOAA 1S7YA 3MVXA 1OVBA 4XTCQ 4JXIA 3FXQA 3A3CA 4F18A 3PUWE 3A3UA 3W9VA 2A5TA 1H76A 1PB7A 1VSOA 5IKBA 2AYSA 1D9VA 3GZGA 1H44A 3DELB 1M5CA 4QF9A 1IUDA 3G3FA 3D4GA 1F9BA 5ICTA 3N6UA 4OESA 4F31B 2Y84A 4AB5A 4MH5A 3TCHA 1IXHA 3ZSFA 4OEUA 3EHTA 2HQ0A 3RPWA 4XXUA 5F7VA 1LAHE 2ZNUA 2DE3A 1JQFA 2RCAA 2X26A 3G3GA 2DE2A 2RC9A 1LAFE 2B3BA 2OZZA 3A09A 3K6WA 3OEKA 4LONB 1R9QA 1QUJA 3V83A 1GVCA 2DWJA 1S50A 4YMAA 4F1VA 1BIYA 2A5SA 1OLCA 3O28A 2F7BA 3VLWA 2F78A 3S9LC 3OO8A 3QXMA 5HM4B 4HTGA 3S2VA 4BDLA 2F6GA 2H98A 3QAXA 3PU5A 2XX9A 4G68B 3O6IA 3H4ZA 5I57B 1DSNA 1GR2A 2REJA 1MY2A 5DVFA 5I2NB 4HCYA 1LAXA 2GHAA 1VFDA 2F35A 4ESWA 2DE4A 3C31A 3C33A 5DVIA 4R2BA 4DCXA 1SW1A 3Q26A 4KYEA 2F36A 1IXCA 2OWTA 1DPEA 4ZEFA 1PDAA 1OQGA 3PPNA 1B4HA 2V3UA 3JYRA 3PPRA 5AA3A 1SYIA 4R74A 2V84A 3OO7A 4XKQA 3U92A 4H1XA 1ANFA 1POTA 1AMFA 5I2KB 3VFJA 1L5TA 3FVNA 1PB8A 4NF6B 5CMMA 1QW0A 5DT6A 4QFPA 1O64A 4OFLA 4IB2A 1HSEA 1QUKA 4BDQA 4JSDA 5AA4B 2HCAA 4R75A 1P99A 2P2AA 1BLFA 4KQPA 1QJMA 4DE8A 3Q28A 1P1QA 2QJEA 1UTBB 3O9PA 4ISUA 2VGQA 1FQBA 2QRYA 4YB6A 2KLFA 1PB9A 4QFOA 2Q88A 3QUJA 4EUOA 3UK4A 4JWOA 4Z7EA 2LAOA 1N3XA 2ZXTA 2RC7A 3H03A 4XKNA 4RPOA 4GD5A 3FV1A 5JTYB 1N84A 4GLIA 2ONSA 3F11A 5TPAB 4R73A 3T9VA 4I62A 1URDA 2F97A 4POWA 3FGSA 4FEDA 3M8UA 3TTKA 3RTFB 1P1OA 3UIFA 3PGFA 3OO9A 5L8DA 2HFBA 1SW4A 4F19A 2NVUB 5FHNA 3RQTA 3TZAA 4ZZAA 1RKMA 3RN8A 4IY5A 1FW0A 1JETA 4AB6A 1B3HA 2NOOA 2QSXA 3L6HA 3LC8A 3GLBA 4N07A 2IEEA 3SEUA 1LCTA 1N76A 2ANJA 1A99A 2OJTA 5FHMA 4EXLA 1B9JA 1MY1A 1R6ZA 3IORA 1PBPA 5K2YA 3K1NA 3EPEA 1D9YA 1QVSA 4KD5A 5CMCA 3KGCA 1B5IA 2O51A 5EHSA 4NEDA 5H8FB 4YMBA 3M3FA 3ECRA 1ZJLA 2PT2A 4GF8A 1PEBA 2O1MA 3ILTB 1WVJA 2XHDA 1NNKA 3PUZE 3G7WA 4QFLA 5CI5A 2PYYA 1B05A 2DP8A 1GGGA 4Q0CA 2Y7WA 3W9WA 3GBAA 3O6HA 4ELQA 1B7HA 1SYHA 2X7PA 2RINA 1QKAA 4X9TA 4KCDA 3DM0A 4FEBA 1YCJA 3DP4A 1USYH 3JV9A 4YAHX 3SERA 3EHSA 5H8HB 1PC3A 2Z8FA 3FJ7A 3MP1A 3B6TA 1MY4A 1M5DA 3KFMA 2REGA 2H5YA 3MZBA 1EZ9A 4U21A 2V93A 3HO7A 3H3GA 3I5OA 1B1XA 3E9XA 4NF8B 1WODA 4KHZE 4G68A 4E0WA 3C36A 3LR1A 1DOTA 5I57A 1B6HA 3LBSA 4P11A 3G3KA 4FJPA 2V3QA 2DXYA 4OEVA 3K02A 3EN3A 4IO6A 5AA2D 3KOSA 1O7TA 2HZKA 2Z22A 3ZKKA 4LVQA 3BFUA 1MH4A 5AA2B 1NKXA 4FORA 4EQBA 3RT8A 1AOVA 2VD2A 3VV5A 1N04A 3M3LA 3O66A 4TQUQ 2ESNA 3TTMA 3IOUA 2ZYOA 3KZGA 4YB7A 2O7IA 4GVOA 4LA9A 5AA1A 3K01A 1GV8A 1SI1A 3TKDA 1D4NA 3OSRA 2R71A 1WDNA 3KN3A 2XD2A 1N7WA 2XXVA 5I2KA 3H6TA 4NF4B 3GXAA 1NFTA 1XT8A 3U94A 3E4RA 4KPTA 2DQVA 3UA8A 4MLVA 3Q25A 1B1HA 4XKRA 2Z23A 3E13X 5AA4A 4U4SA 2UVHA 1B52A 5TP9A 5ELVA 2E1SA 3RLFE 1B7UA 3KN8A 3FVGA 3FD3A 1CB6A 4IO2A 1NNFA 3DP6A 3CSBA 2O7UA 2PX1A 4RYAA 1JVXA 4BDMA 3T96B 3HHFA 1MDQA 3CR9A 5JTYA 3UP9A 5TPAA 5F1QA 3FXUA 3K4UA 4P0IA 5LOMA 1IEJA 3IB1A 4DDDA 4X48A 3MVYA 2P1SA 4YU0A 4EQ9A 1P1NA 4IO5A 1LFHA 1PBQA 1FTLA 4G68C 2QS3A 3T9UA 3T9XB 4RJZA 2RF1A 1B5JA 1B58A 1Y3PA 2UYEA 1IXGA 1YTVA 4F22A 4TLLB 3RUMA 4NTLA 3RY3A 3TUSA 2XXXA 4UA8A 3CIJA 4FE8A 3VLUA 2AIXA 4IGTA 1IIWA 4GXSB 4X1BA 5FTHA 1NNPA 3KSXA 1MXVA 3V5AA 1CE2A 3KEIA 1FQDA 4NWDA 1XVXA 2UVIA 3CFXA 2Y7KA 3ODBA 3K00A 3MP6A 3G3JA 4BDRA 2YPNA 1DTGA 3FXRA 2I4CA 5CC2A 5CBSA 3FVOA 1NL5A 2Y7RA 4WEPA 3FIRA 1B2HA 1DMBA 2F6PA 1JEVA 1MXWA 4I9DA 4KCCA 5KDTB 3C9HA 3K6VA 5ICQA 2GHBA 5AE4A 5I59B 1B46A 3P7IA 1B3LA 4E0XA 4ZECA 4HS7A 1TFAA 3PPQA 2O84X 4G2ZA 2UYFA 4F39A 3S9EA 3QK6A 2B65A 2NWJA 1UQWA 1SW2A 1IZ1A 2I49A 1ZLQA 5TU0A 1IITA 4TOZA 5H8HA 1SVXB 2VD3A 2X7QA 4KR5A 2D21A 3SKPA 1N3WA 3TMGA 3IO6A 3T22A 3IB2A 4IO7A 3D4CA 4DCYA 4OXVA 1M5BA 1LSTA 3PMVA 1AL3A 1MQIA 4NF8A 4ELOA 3WAFA 4XIGQ 3H6WA 1DTZA 3KG2A 3USDA 4PFTA 1URGA 2UXAA 4R6KA 2IA4A 1NH8A 4Q5TA 1UTHA 4QSDA 4PETA 1P1WA 1Y3QA 5CMBA 4DLDA 4WEDA 5H8NB 1I6QA 4O3AA 1ZU0A 3U8QA 4YB5A 1FQAA 4F1YA 1MQHA 1OLAA 1OMPA 5A5XB 1SQYA 4JB7A 5AA2A 3FJMA 5M2VA 4FATA 4RA1A 4H8IA 5FHOA 1A54A 2I6EA 2XXRA 4IGRA 1XC1A 3H6UA 2PBWA 5KCJB 3PUVE 4H6DA 3O2AA 3KJTA 3MVWA 1II5A 2M8CA 2DWIA 1JW1A 4R2FA 3HN0A 4PFUA 1B7ZA 3PMXA 4U1OA 3CRBA 1MG1A 2RCBA 1N0TA 4KI0E 1FTOA 3JZJA 2PT1A 4R72A 1Y9UA 3RNNA 2A5TB 4F2QA 4ZEBA 4MLQA 3SEYA 4LZ5A 1MY0A 2Z8DA 4H67A 3OD7A 2H99A 4GOTA 1Y20A 3FUZA 4HW8A 2XXWA 2PVUA 1Z7ME 5K2XA 3VDFA 1B51A 3R6UA 2ALUA 3LSXA 2PMSA 2WKYA 3W15C 2OCUA 3L6GA 1B0HA 3LSWA 4PFYA 2NUVA 2YLNA 1LGBC 1B40A 4C0RA 1A8EA 5CM6A 4H8JA 1URSA 1KWHA 2HEUA 4I1DA 1LBCA 4POXA 4GRKA 3FZVA 2E0SA 4XKPA 4C1TA 4QSEA 1MXUA 4NE4A 1UIVA 2QS1A 4OWDA 2O68A 3VVEA 2Q9TA 5FTIA 3MAMA 3TTRA 2BJJX 4H65A 4F1UA 2NXOA 1US5A 3QSLA 5I56B 2RKMA 3FASA 3TTNA 2F8DA 4GXAA 2OLBA 3PPPA 4BDNA 1MPDA 2I0BA 4F3GA 1RYXA 2DOJA 1VFEA 5HPQA 2HAUA 1Q1KA 4X1DA 3ZS6A 5ITPA 2GH9A 3K2DA 3TQWA 5B70A 4JBZA 3RT6B 3I6VA 3HV1A 2ZMBA 4G77A 2V25A 3MJNA 4OVJA 2QS4A 3WAEA 1J1NA 4QRZA 1FTKA 3EQ1A 3H06B 3TTLA 3PUYE 2G93A 1EZOA 3N26A 3OSQA 1MQJA 1Q35A 1QUIA 3BBRA 3IOVA 5I2NA 1Z7NE 1A40A 4YKKA 1HSLA 3PMWA 5KDTA 3HHGA 2ZYKA 4O3BA 4FIMA 3SDFA 3CI8A 3VVDA 4LZ7A 1FCKA 3IJXB 4DXBA 4JWYA 1N7XA 1LLSA 4N6PA 4ZZEA 3DLNA 4ELPA 5B7DA 4GIZA 1MPBA 1M5FA 3MP8A 1H43A 3MPKA 2ZNSA 1ZMGA 3N94A 1LFGA 4LP2B 1MS7A 3O6GA 4OZ9A 4C1UA 4U23A 4BLAA 4F29A 4MBPA 5BUUA 4RK9A 1MPCA 2O69A 1MY3A 5L9SA 2CMOA 3R7XA 1BTJA 5L9MA 4NF6A 4MFIA 2VP1A 1D3KA 1AIVA 3OO6A 4NMYA 1US4A 4G8NA 1FTMA 5J1DA 5H8NA 2XXTA 4PE5B 5JK4A 2O1LA 2DXRA 4KYDA 4THIA 3C32A 2F5XA 2FYIA 2I0CA 4HCWA 1XVYA 4H5GA 4OENA 3N5LA 2B3FA 4YKPA 4QSCA 1XHYA 1UTBA 2G29A 3N6TA 3TDJA 1I6BA 3CVGA 4OYVA 2H9BA 5DVJA 4EXKA 2Q2CA 5EYFA 1XOCA 3IK6B 3TYHA 1FQCA 4P0GA 5CMKA 3B6WA 3I3VA 4OFJA 1A55A 1MXZA 2I3VA 4LQ5A 1YAEA 4RXLA 1AH5A 3U72A 1Y1MA 4QHQA 2OK2A 4OTEA 3VE1B 3HPIA 3MPLA 4GL0A 1JW5A 3IOWA 3T93B 3KN7A 3QUFA 1B0LA 4GFRA 1R9LA 4DXCA 4PP0A 2HXWA 3BKIB 1JNFA 1ZKBA 4ONYA 1HSJA 1UIUA 3K1MA 5JEIA 3MZ9A 2DWAA 5I58B 4RY1A 1SW5A 2Q2AA 4G8HA 1O63A 1BKAA 1ATGA 4ZDMA 3PUXE 4R6HA 3TCGA 3U1OA 4FECA 3MVZA 1QULA 3VXBA 1YPNA 3O29A 1FTJA 1FQFA 1ELJA 3DP8A 4YKIA 1I6AA 4YICA 4KYSA 3C35A 5H8FA 4L17A 1Y4CA 4NWCA 2ZYMA 1T0KA 3CG3A 3S4UA 4JSOA 2DSFA 1ZIUA 4EF1A 3HCQA 2I48A 4LATA 1B3GA 2H4IA 2YJPA 1QKBA 1GTKA 2Q89A 5I56A 2R6GE 4OFOA 3C34A 4LZ8A 3TELA 4F3SA 1MH3A 2QMXA 3KBRA 3K0VA 2CZLA 2Y7PA 1ZTYA 1USYE 3R26A 4BDOA 1S9TA 2ZNTA 1ZBMA 1Y3NA 1R1NA 1LAGE 3FVKA 4F2OA 3TODA 4F3BA 4ZEIA 2F7CA 3LSLA 4YKJA 3FV2A 4M4GA 4IO4A 3IR1A 3IO4A 3T9HB 4M1VA 1Y1ZA 3MZ1A 1H3DA 2QMWA 4ELRA 3PD8A 2QS2A 1MXYA 2VOZA 4EQ7A 2R9JA 4QFKA 3TAJA 3ZKLA 2THIA 5DYHA 5H8SA 3TCFA 2XXHA 4H0WA 4U4XA 4Z0IA 1B3FA 3V89B 1NH7A 2DVZA 2ABHA 3TPAA 4RPNA 3U93A 1I69A 1NNTA 4ZEDA 1JW4A 4OETA 2ONRA 3THIA 1DPPA 3IJOB 1RYOA 2ZYNA 2UVJA 3T66A 4YZZA 4WXJA 2DVCA 3O97A 5TP9B 5H8QB 1SI0A 3MBPA 3PPOA 3H6VA 3QYTA 3H7MA 5DEXB 2DWHA 3EF7A 3E3KA 3MWBA 4NF5B 4R9GA 1LBBA 3RTWB 3VLVA 1BP5A 3M3KA 3G3IA 3SESA 3C4MA 3UGWA 3VVFA 1MQGA 5KZTA 3TEPA 1B3EA 3K6UA 4RK2A 1IQ7A 4EDPA 3EHUA 1IXIA 4NF4A 2D3IA 4TLMB 4ECFA 1B5HA 1TFDA 5L9OA 3CFZA 4GWOA 2XXUA 2XD3A 1TT1A 3CG1A 2UVGA 3CSGA 1EZPA 4OMBA 4DIGA 2XXQA 2HAVA 3TFLA 2QL3A 1XS5A 2Q8JA 4DZ1A 1VR5A 3OEMA 2I4BA 3IB0A 3KJ7A 3PV0E 3UORA 3FATA 3OELA 4EF2A 1EH3A 2XXIA 4G4PA 4N13A 2P0SA 1TXFA 5IAIA 3SEVA 1MQDA 1SD3A 1OVTA 3RGYA 3SETA 4PFWA 3UN6A 3KOTA 2XX8A 4ESXA 3TQLA 3ILUB 2GFEA 4Q30B 1H45A 1A7LA 5CBRA 4MF3A 4U22A 2W7YA 4R9FA 4IO3A 3K1PA 2H25A 4LQ2A 4OERA 3AXFA 3LSFB 1JVYA 1A8FA 2QPQA 5I58A 4R6YA 5ISUA 2I3WA 3S9NC 2AL5A 2XXYA 3SEXA 1MM6A 1NMUA 2VHAA 3MQ9A 3SEWA 4AQ4A 4PQJA 2GRVA 1LCFA 3Q27A 1VE4A 3G3HA 3HSTA 1Y4TA 3QIMA 4U2RA 3IOTA 2D5WA 1M5EA 5EHMA 4H5FA 2O6AA 2OBGA 2HZLA 4DXUA 3V8XB 5I59A 3IX1A 2FNCA 1FQEA 1UTHB 3OXNA 1SDXA 1MDP1 4K3FA 3Q29A 1TWYA 1SBPA 3PD9A 3BFTA 4OQOA 4LUBA 4O3CA 2AL4A 4QFNA 1LFIA 1B32A 2I58A 2DS9A 2Y7IA 3IAZA 3MUQA 3KSJA 3OENA 1JEUA 3S9MC 3MC2A 2XX7A 5CRYA 2OWSA 5I84A 4I8CA 1LB8A 3B6QA 3VXCA 4JWXA 1MRPA 3GBBA 4JDFA 4G8MA 3IL1B 4GL8A 3ONMA 2XXPA 3FJGA 1POY1 3K6XA 2Z8EA 1MM7A 5HBCA 4ZS9A 1P1UA 4ND9A 5ITOA 4RNSA 4OHNA 5DTBA 3B7DA 2F7AA 1B4ZA 1MXXA 2DYXA 1OQHA 4ZEKA 4FAJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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