3TTRA

Crystal structure of c-lobe of bovine lactoferrin complexed with lidocaine at 2.27 a resolution
Total Genus 111
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
111
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structure of C-lobe of bovine lactoferrin complexed with Lidocaine at 2.27 A resolution
rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lactotransferrin
total genus 111
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2011-09-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ttrA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ttrA02
1MY1A 1LCFA 4LQ5A 4YICA 3JYRA 5A5XA 1FTLA 4IGRA 2PX1A 3OEKA 2M8CA 4OYVA 4Q8RA 2PYYA 2H25A 3CRBA 3GXAA 3OENA 2A5TB 3PGFA 3UGWA 1VR5A 5KZTA 2F7CA 2PBWA 3OSRA 2XX9A 4MF3A 3I6VA 3CFZA 3ECRA 3ILTB 4PFYA 4NF4A 1ZU0A 5HM4B 4PFWA 2ZYOA 3Q28A 3PMWA 4C0RA 4F2QA 4BDRA 1QKAA 3SDFA 4G2ZA 4XKQA 1B5HA 2UVIA 5K2YA 3IR1A 1MRPA 3PD9A 1DTGA 1JNFA 4Z0IA 3W9WA 3H6VA 2I3VA 4KYSA 3FASA 3CSGA 3DP8A 3PUZE 1JEVA 2GHBA 3FATA 5B7DA 2I0CA 2Z8FA 1B51A 1IXHA 2HAVA 4EXKA 3WAEA 2O1LA 2H4IA 4GRKA 4ZEKA 1EZOA 1IEJA 3SEVA 2YPNA 2XXXA 1OQHA 1QULA 1FW0A 1LBBA 3MZ1A 1LFGA 1N04A 3VVFA 4C1TA 4KQPA 2XXVA 3H7MA 4JWOA 3FJMA 4PFTA 1SI1A 4G8NA 2DWHA 4ZEIA 3HPIA 2XXWA 2Q9TA 2F6GA 3ILUB 4EF1A 3TTNA 3O29A 2ZMBA 4G68A 3JZJA 2E0SA 5I84A 1O63A 3CG1A 1WODA 3SEUA 1O64A 1LCTA 3IJOB 5JEIA 4R6KA 3W15C 4IO5A 2WKYA 3GLBA 3SKPA 1HSEA 3OMBA 3K6VA 1IUDA 1NKXA 4F3GA 3IO6A 2DWIA 4BLAA 1Y9UA 3L6GA 1NH7A 2O6AA 1ZTYA 2P2AA 3H06B 4YB6A 3IL1B 1N7XA 5H8HB 4HW8A 1WVJA 3UN6A 4ELRA 4QSEA 3O9PA 1TXFA 2F35A 3K4UA 3TTMA 3C31A 4NTLA 4C1UA 1DOTA 2F6PA 2V93A 4YKKA 4KI0E 3K1PA 3ZKLA 4NF8A 1MPBA 3V83A 4AB5A 1MDP1 1SVXB 3PPQA 1B3LA 3TMGA 4FEBA 4NMYA 3USDA 4BDQA 3PMXA 2RCAA 3PD8A 3D4GA 4Z7EA 2DE3A 2PMSA 2ZNUA 1Y1MA 1NNPA 4EDPA 3KSJA 1NNTA 2ONRA 2NVUB 3K02A 4H8JA 4U21A 4DXUA 4MH5A 1TFAA 3MQ9A 3HCQA 3QSLA 5DEXB 1MQGA 4U23A 1URGA 4H65A 2ZYNA 1XOCA 4NWCA 1UTBA 3K1MA 4ZEBA 3K0VA 2RINA 3B7DA 3HV1A 5H8NB 5IKBA 2O84X 4GOTA 4KD5A 5K2XA 5TP9B 2IA4A 4GFRA 3TCHA 1SDXA 3IK6B 3O6HA 1B7UA 3FVNA 2P1SA 3OO6A 2F78A 4WKMA 2DVCA 1GR2A 2XXTA 4MLVA 5AA2B 4OETA 2VHAA 3HSTA 2A5TA 3KEIA 1SYHA 3IX1A 1LAXA 1PBPA 3FD3A 3T9XB 1YTVA 4RPNA 5FTHA 5I58B 1URDA 4MBPA 4IGTA 1B5IA 4BDOA 1Y4TA 3LR1A 4YMBA 5ITOA 1D9VA 3KJTA 4EXLA 3F11A 2HAUA 1OLCA 4F1YA 2VP1A 4ND9A 3FIRA 2ZXTA 3VV5A 4QFPA 5H8QB 3PU5A 4H6DA 2DSFA 1MQDA 4ZDMA 1IQ7A 3C32A 1QUJA 3DP4A 4OTEA 2W7YA 3U72A 2I4BA 1MS7A 5M2VA 5CBRA 1DTZA 3FV1A 2I6EA 3I3VA 3KSXA 3B6TA 1ZLQA 1NNKA 4ZS9A 2A5SA 2HZLA 2Y7PA 1R6ZA 3K00A 1ZJLA 3MVXA 3O2AA 1VFDA 1VSOA 1ZKBA 1TT1A 3CG3A 4IO6A 3RTWB 1FQFA 1LBCA 3MJNA 4KFQA 1MH4A 2ESNA 1RYXA 1S7YA 1POY1 5L9OA 3DP6A 1IXGA 3H6WA 3C34A 5DVJA 1A99A 3PPOA 3KN8A 4NE4A 3V89B 3S4UA 1MPCA 4X1BA 4FECA 3ONMA 4LZ5A 3MP1A 3SESA 4U4XA 2DS9A 3O66A 1SD3A 5DYHA 2V3TA 1Y20A 2DYXA 3U1OA 4LQ2A 1A40A 1JVYA 2HXWA 1Y4CA 2I3WA 1OIBA 1SI0A 2Z8EA 1SQYA 1MY3A 3M3KA 3C33A 4IY5A 4F18A 1FTOA 2FA7A 4ELOA 4KR5A 1LGBC 4R2FA 3O97A 4QSDA 3QUJA 2F36A 4DIGA 1CB6A 3CVGA 4POWA 1Z7NE 3ZS6A 5F1QA 1B7HA 1LAHE 2QSXA 4Q30B 3HO7A 4WEPA 1SW2A 2V25A 3B6WA 3TQWA 4GXSB 3RT6B 3N26A 1EZPA 2ABHA 3KN3A 1TFDA 4R2BA 2E1SA 2KLFA 3QUFA 4DZ1A 5H8HA 1KWHA 1UTHB 1PB8A 2XXUA 2XXHA 3U93A 2GH9A 3TAJA 3LBSA 3T9VA 2PT2A 2G93A 1B58A 5FHOA 2QL3A 3KN7A 3Q25A 3OO8A 4R73A 3PUVE 4I9DA 2ANJA 3LSLA 4G77A 1FTKA 2H9BA 4GF8A 2CZLA 2IEEA 1PB7A 2DOJA 5DTBA 4FATA 4F1VA 2OJTA 3MPKA 3Q26A 5I59B 3KOSA 1II5A 1P1WA 1OMPA 1B0HA 3LUYA 1ANFA 4YB7A 1LB9A 4ZZEA 4G8MA 1WDNA 4LZ7A 3KOTA 4BDLA 2B3FA 1FTMA 4P0IA 5ELVA 3QYTA 1M5EA 3FVOA 1NMUA 4JWYA 3E13X 3MWBA 2HQ0A 3FJGA 5DEXA 2V3UA 2FYIA 1JQFA 4QRZA 4F22A 1MQIA 5CC2A 5CMKA 3MVWA 2D5WA 5H8NA 2XXRA 5TP9A 1Y3NA 1B1XA 5L8DA 4RXLA 3QAXA 1BP5A 1RKMA 3T22A 4DE8A 2PVUA 1B40A 3MBPA 1GGGA 3RTFB 2Y84A 3OOAA 2O1MA 2H99A 3JV9A 4XKNA 1JVXA 4X9TA 4OENA 2GFEA 4JWXA 2XX7A 3DM0A 1SW5A 2OBGA 2AYSA 5IAIA 3MVZA 5I58A 4N07A 1MY2A 3PUWE 4THIA 4YKJA 5I56B 3A3UA 2BJJX 4O3CA 4ZEFA 4EQ7A 3SEWA 3MZ9A 1Y1ZA 3VVDA 5FHNA 3WAFA 5AE4A 5AA2D 2X26A 1MY0A 2H98A 5ICTA 3TTRA 1B46A 1B6HA 2Z23A 5JK4A 3SERA 5CMCA 5H8QA 1R9LA 3RNNA 1AH5A 3R26A 2RKMA 5FTIA 3PPNA 2F7BA 2RC7A 4G4PA 4UA8A 3LSFB 1N7WA 4LUBA 4O3BA 5JTYB 4JSOA 3ZSFA 1M5DA 5H8FB 3GBBA 4XIGQ 2NUVA 2I4CA 3G3JA 2DQVA 3UA8A 4N13A 3EHTA 3BFUA 4QFKA 2Q8JA 3H4ZA 1D3KA 5EHSA 3UK4A 2Y7RA 4IO3A 4OEUA 3LSXA 3T9UA 3RY3A 3TPAA 3TODA 1MXYA 4POXA 3RT8A 1P1NA 4U1ZA 2XX8A 3IOTA 2HEUA 1IXIA 3VFJA 2REGA 5B70A 1SBPA 1QKBA 3K2DA 4YB5A 2ZYMA 5CI5A 4DXCA 1XS5A 4OFLA 4AQ4A 4KHZE 1N76A 5I2KA 3RN8A 3UP9A 2CMOA 1Z7ME 4YKIA 1JETA 1M5CA 4WXJA 3IOUA 1PB9A 3TDJA 3QXMA 4PETA 2F7AA 1JW4A 5A5XB 4FORA 1P1UA 4KPTA 5FHMA 2QS1A 3MPLA 3O6GA 2AL5A 3T93B 4GWOA 5EYFA 2QS2A 4F39A 1B3EA 1I6QA 3PUXE 3DLNA 4U1OA 1UTHA 2QMWA 1H43A 4H0WA 5BUUA 1NFTA 1LB8A 1B52A 4TQUQ 3IOWA 2Z8DA 5AA4A 3FGSA 2OK2A 4ZE9A 4M1VA 4PFUA 3C36A 2HFBA 3OXNA 1MXZA 3H3GA 4F3PA 4XXUA 4U2RA 4OHNA 4E0WA 4QHQA 1YPNA 4DXBA 4H8IA 3RQTA 5I59A 1M5FA 2F8DA 3T96B 4KCCA 2P0SA 3EHUA 4PE5B 3TQLA 3EN3A 3MZBA 2AIXA 1EZ9A 1LSTA 1L5TA 2Y7WA 4FAJA 3RUMA 3PUYE 2Y7KA 1MQJA 2RC9A 4JXIA 5DVIA 3R7XA 2XXIA 4P0GA 3MP6A 3IORA 3MP8A 4YMAA 1P99A 4R9GA 4XKRA 5TPAB 2REJA 1D9YA 4RYAA 3LC8A 5HPQA 4HS7A 1LAFE 3OO7A 1B0LA 1DPPA 4OXVA 4G68B 2AL4A 5CM6A 2R9JA 1XHYA 1P1QA 3VLWA 1NL5A 1EU8A 3VXBA 1PC3A 4L17A 1I6BA 3IB2A 5L9SA 1MXXA 2DWJA 2F97A 2ONSA 4I8CA 5KCJB 4MLQA 1TWYA 3Q27A 2H5YA 3KZGA 3AXFA 3K6WA 5KDTB 3I5OA 3TCGA 2R71A 5I56A 3BBRA 3KGCA 4X1DA 3N5LA 3TUSA 3IB0A 4RA1A 5CRYA 3EF7A 1DPEA 1MH3A 3HHGA 1MM7A 1IXCA 4I62A 4ELQA 3D4CA 2Z22A 1B05A 4ESXA 4Q0CA 4FIMA 3SEYA 3G3FA 3OEMA 3K6XA 5JTYA 1MM6A 2Q2CA 4LATA 2I0BA 3EQ1A 4EQ9A 1OVTA 2VGQA 1B5JA 5H8FA 1POTA 1M5BA 3V8XB 3CSBA 1YCJA 2RC8A 3KJ7A 2D21A 2XXPA 4KYEA 4DLDA 2G29A 4JDFA 1Y3QA 1LAGE 4LVQA 1B4HA 1VFEA 4FJPA 1OQGA 1BTJA 4ZZAA 1AIVA 1HSLA 1PDAA 2ZNTA 3M3FA 5ICQA 1MG1A 4OEVA 3G3IA 1MDQA 2O51A 3FV2A 1H76A 3E4RA 3TTLA 4IO7A 2DE2A 3C4MA 3PPPA 5H8SA 2QS3A 4ZECA 2VD3A 3FUZA 2OCUA 3FXUA 3O6IA 3OD7A 1UTBB 1B7ZA 1B32A 4NF6B 1F9BA 1XT8A 1USYH 2NWJA 4TOZA 1FTJA 2THIA 4H67A 1BLFA 3PMVA 4PP0A 1T0KA 3TFLA 3U94A 3OELA 1EH3A 4R9FA 2ZNSA 3MVYA 1Y3PA 5AA1A 1HSJA 2I49A 3OSQA 2UVJA 2HCAA 3FXQA 3T9HB 3L6HA 1GTKA 1N84A 4QFNA 2VOZA 1P1OA 1XVYA 1QJMA 1AOVA 3VLUA 1MXVA 4WEDA 3DELB 4QFLA 4HTGA 3C35A 3FJ7A 3V5AA 2VD2A 2OWTA 4TLLB 2DVZA 4DDDA 1JW5A 1S50A 2Q88A 4QFOA 4LONB 4H5GA 1I69A 3TEPA 5I57B 1QUKA 3U8QA 1LLSA 2PT1A 4ONYA 1Q35A 1FQBA 5BWJA 5AA2A 1Q1KA 3CFXA 4YZZA 1AMFA 2Y7IA 4F3BA 2QPQA 5DVFA 2QS4A 4FEDA 2UVHA 2XXYA 1PEBA 4RNSA 2RF1A 3SETA 1AL3A 1US4A 3S9EA 4K3FA 1B3FA 1J1NA 1SYIA 1FCKA 3VXCA 3VLVA 4UACA 2DP8A 2YJPA 3G3GA 4XTCQ 1A7LA 1SW4A 2NXOA 5AA3A 3IO4A 1OVBA 4LZ8A 5ITPA 4R74A 1H3DA 5TPAA 1MXWA 4ZE8A 3N6TA 1QVSA 5LOMA 2GRVA 3MW0A 4G68C 2DXYA 1D4NA 2V84A 2LAOA 3FXRA 1FQEA 2QMXA 1VE4A 3BFTA 1MQHA 4N6PA 4R75A 3OO9A 4GLIA 4AB6A 5I2NB 1MY4A 4GXAA 3U92A 3KG2A 4OESA 1A8EA 3ZKKA 3HHFA 3TZAA 3KBRA 5KCJA 2ZYKA 4IB2A 1H45A 4G8HA 1DSNA 5KDTA 1R1NA 2O7UA 4OMBA 4KYDA 3E3KA 3ODBA 1QW0A 4R6YA 1URSA 4RPOA 4ELPA 4NWDA 1CE2A 3QIMA 2FNCA 1BKAA 3CFLA 2F5XA 4XKPA 4OFJA 1FQAA 3IB1A 3S2VA 4OVJA 4ESWA 1N3XA 4GL0A 5L9MA 3EHSA 3IOVA 4F31B 3UIFA 3FZVA 4NF5B 1JW1A 3M8UA 3H03A 4OZ9A 1ZMGA 4LA9A 2XHDA 4I1DA 3N94A 4DCXA 4DCYA 1ATGA 2DE4A 4F3SA 1DMBA 1BIYA 4QF9A 1MXUA 3RPWA 3N6UA 3G7WA 1LFIA 4LP2B 5DT6A 2DWAA 4F1UA 3A09A 3VDFA 3G3KA 3R6UA 4RK2A 1RYOA 3PV0E 3TCFA 1FQCA 4ZEDA 4NF4B 4JBZA 1B2HA 3O28A 3K1NA 2D3IA 2R6GE 2XD2A 4E0XA 4ISUA 4OFOA 1NH8A 3PPRA 1B3HA 3SEXA 1JEUA 4NF6A 5EHMA 2OLBA 3M3LA 4IY6A 3CIJA 3BKIB 4JSDA 1GVCA 4F19A 2OZZA 4H5FA 3VVEA 1GV8A 4HCWA 1B3GA 1PBQA 4OQOA 3CR9A 1IIWA 2QJEA 1O7TA 3FVKA 1UQWA 3UORA 3VE1B 3TTKA 1S9TA 5CMBA 4RJZA 3T66A 3RLFE 1IZ1A 1ZBMA 4R72A 3S9LC 3H6TA 1ZIUA 3RGYA 1SW1A 4R6HA 5CBSA 4QSCA 3EPEA 2O68A 5I57A 4U4SA 4BDNA 4RY1A 2OWSA 4FE8A 2UYFA 4MFIA 4YAHX 4NEDA 2O69A 5CMMA 2Q89A 1R9QA 4O3AA 1A55A 4F29A 2UXAA 4KCDA 4EF2A 4IO2A 2X7QA 3A3CA 3S9MC 1B9JA 1N3WA 4GVOA 5J1DA 3C9HA 3E9XA 4OERA 3K01A 2GHAA 4Q5TA 4YKPA 3GZGA 3TELA 1XVXA 3CI8A 5HBCA 2B3BA 1A54A 2RCBA 3G3HA 3QK6A 3GBAA 3TKDA 1I6AA 1QUIA 2UVGA 1LFHA 4GD5A 4EUOA 1UIUA 4RK9A 3IAZA 4YU0A 3MUQA 5TU0A 2B65A 3FVGA 4X48A 4NF8B 2ONKE 1OLAA 4P11A 4EQBA 3MAMA 5I2NA 2HZKA 2XXQA 5I2KB 2F34A 4M4GA 4BDMA 3THIA 2UYEA 3KFMA 2I58A 4GIZA 4GL8A 2YLNA 1YAEA 1N0TA 3S9NC 3LSWA 5ISUA 3Q29A 1US5A 4OWDA 4PQJA 4H1XA 1A8FA 2Q2AA 2O7IA 1MPDA 4JB7A 4GQOA 2V3QA 1USYE 3H6UA 1FQDA 3MC2A 2QRYA 3W9VA 1XC1A 3HN0A 2I48A 2X7PA 3TYHA 3B6QA 1IITA 4HCYA 4U22A 2DXRA 2XD3A 3P7IA 1B4ZA 4IO4A 1NNFA 5AA4B 2ALUA 4NF5A 1UIVA 2NOOA 4F2OA 1B1HA 1H44A 3K6UA 4ECFA 5F7VA 4TLMB 1ELJA 3IJXB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1MY1A 1LCFA 4LQ5A 4YICA 3JYRA 5A5XA 1FTLA 4IGRA 2PX1A 3OEKA 2M8CA 4OYVA 5ET8A 4Q8RA 2PYYA 2H25A 3CRBA 3GXAA 3OENA 2A5TB 3PGFA 3UGWA 1VR5A 5KZTA 2F7CA 2PBWA 3OSRA 4O94A 2XX9A 2OX3A 4MF3A 3I6VA 2VPOA 3CFZA 3ECRA 3ILTB 4PFYA 4NF4A 1ZU0A 5HM4B 4MAGA 2QVUA 4PFWA 2ZYOA 3Q28A 3PMWA 4C0RA 4F2QA 4BDRA 1QKAA 3SDFA 4G2ZA 4XKQA 1B5HA 2UVIA 5K2YA 3IR1A 1MRPA 3PD9A 1DTGA 1JNFA 2MKZA 4Z0IA 3W9WA 3H6VA 2I3VA 4KYSA 3FASA 4PFIA 3CSGA 3DP8A 3PUZE 1JEVA 2GHBA 3FATA 5B7DA 2I0CA 2Z8FA 1B51A 1IXHA 5EQ9A 2HAVA 4EXKA 3WAEA 2O1LA 3BIHA 2H4IA 4GRKA 4ZEKA 1EZOA 4PFBA 3SZPA 1IEJA 3SEVA 2YPNA 1FBFA 2XXXA 1OQHA 1QULA 1FW0A 1LBBA 3MZ1A 1NUXA 1LFGA 1N04A 3VVFA 4C1TA 4KQPA 2XXVA 1QGXA 3H7MA 4JWOA 3FJMA 4PFTA 1SI1A 4G8NA 2DWHA 4ZEIA 3HPIA 1EYJA 3PTYA 2XXWA 2Q9TA 2F6GA 3ILUB 4EF1A 3TTNA 3O29A 2ZMBA 4G68A 3JZJA 2E0SA 5I84A 1O63A 2GQ1A 3CG1A 1WODA 3SEUA 1O64A 1LCTA 3IJOB 5JEIA 4UABA 4R6KA 3W15C 4IO5A 2WKYA 3GLBA 3SKPA 1HSEA 3OMBA 3K6VA 1IUDA 1NKXA 1FJ9A 4F3GA 3IO6A 4G61A 2DWIA 4BLAA 1Y9UA 2WBBA 1AWBA 3L6GA 1NH7A 2O6AA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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