2NXOA

Crystal structure of protein sco4506 from streptomyces coelicolor, pfam duf178
Total Genus 91
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
277
structure length
272
Chain Sequence
TRPRVGHIQFLNCLPLYWGLARTGTLLDFELTKDTPEKLSEQLVRGDLDIGPVTLVEFLKNADDLVAFPDIAVGCDGPVMSCVIVSQVPLDRLDGARVALGSTSRTSVRLAQLLLSERFGVQPDYYTCPPDLSLMAAVLIGDAALRANMIDGPRYGLDVHDLGALWKEWTGLPFVFAVWAARRDYAEREPVITRKVHEAFLASRNLSLEEVEKVAEQAARWEAFDEDTLAKYFTTLDFRFGAPQLEAVTEFARRVGPTTGFPADVKVELLKP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Structural genomics, unknown function
source organism Streptomyces coelicolor
publication title The crystal structure of a hypothetical protein SCO4506 (gene ID: Q9L0T8) from Streptomyces coelicolor to 2.04 Angstrom resolution
rcsb
molecule keywords Hypothetical protein SCO4506
total genus 91
structure length 272
sequence length 277
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.2.1.151: Chorismate dehydratase.
pdb deposition date 2006-11-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02621 VitK2_biosynth Menaquinone biosynthesis
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2nxoA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2nxoA02
2I3VA 3H3GA 1TWYA 4EF1A 3N94A 4YKJA 3RT8A 5KDTA 2B3FA 1RYXA 3H4ZA 1OLCA 3T22A 1MXYA 1PBQA 3TTMA 2QL3A 5L9SA 1MQIA 2R71A 3ZSFA 1MQDA 4R74A 3PUZE 2XX8A 3W9VA 2F8DA 3H03A 1B4HA 3G3JA 5I59A 3KSXA 4DXCA 1Y3QA 1JVXA 4GRKA 3OD7A 4PE5B 1TFDA 2XXIA 5DEXA 3IOTA 1Z7ME 3CFXA 3M8UA 3TODA 5A5XB 1POTA 5BUUA 4Q0CA 1MG1A 1BLFA 4NF5B 1MY4A 4HCWA 4O3AA 4I62A 4F18A 5FTHA 4F3PA 4Z7EA 4YKPA 5I57A 1SYIA 2HAVA 2XX9A 4JSDA 3S9LC 3P7IA 2REGA 2YLNA 4YMAA 1LB8A 4LQ5A 3HN0A 3VXCA 2DYXA 1LAFE 2AL4A 1N84A 2HZLA 5I58B 3A3UA 5AA1A 5KCJB 2XXYA 1URGA 3M3KA 3S2VA 5JTYB 4JWOA 1MH4A 3MW0A 4GVOA 3KJTA 3GZGA 3ONMA 3HCQA 2GFEA 4YKIA 3IB2A 2Z8DA 3OEKA 1Y1MA 1SBPA 2X7QA 4GXAA 3DLNA 1LFHA 3SETA 4EQ9A 4NEDA 3THIA 5CBRA 4IGTA 2UVIA 1UIUA 2UXAA 1FQEA 2Q2AA 3Q26A 1CB6A 3T93B 2FNCA 3MJNA 1SW1A 4G8NA 1LAXA 4F29A 3RGYA 4IO4A 4DLDA 4PFYA 5CMKA 2O1LA 1I6AA 5CI5A 1A8EA 3KZGA 4KYSA 2XX7A 3B6QA 1PDAA 4ESXA 4U23A 4KHZE 1J1NA 4IY6A 4N6PA 3QYTA 2G29A 1M5DA 1Y4TA 1B1HA 3RNNA 2BJJX 3KG2A 3HO7A 1ZTYA 4HW8A 5I2NB 2QS1A 4U4XA 1QW0A 5AA2D 4XKPA 4R2FA 4RK9A 3SERA 3MZBA 1NNPA 1P1UA 3IORA 4R9GA 3V5AA 3FATA 3IOVA 2O1MA 4N13A 1R6ZA 2NOOA 3U1OA 4H67A 1P1NA 1IZ1A 3E13X 3IX1A 2Q8JA 1D4NA 2ZXTA 4M1VA 1WODA 2WKYA 4U2RA 1MRPA 2V3UA 2V3TA 4E0WA 5I56B 2UYEA 4GLIA 2LAOA 4KR5A 1D3KA 3S9EA 5FTIA 2QS2A 2DWIA 3MAMA 3PPOA 5TP9B 4F2OA 2QMXA 3FXRA 4R72A 3VE1B 4OFOA 4QFOA 3MP6A 4ZEBA 2V93A 4U1OA 3N6UA 1B3GA 4RPNA 2OJTA 1GR2A 4EXKA 1IUDA 4HCYA 4C0RA 1VFEA 3IOWA 2PT1A 2RC9A 1US4A 2I0BA 1QJMA 4EQBA 3SKPA 4YU0A 4U22A 3DP8A 3SESA 3LUYA 1JW1A 4KI0E 3C33A 2ONSA 3OO9A 5H8QA 5JK4A 1GGGA 3G7WA 1URDA 3OO7A 3QXMA 4H1XA 4YB7A 4XXUA 1WDNA 1VE4A 1LAGE 4LA9A 3N26A 2D3IA 4FEBA 4QSDA 3HSTA 3I3VA 2XXQA 2DQVA 3FASA 1GVCA 4ZE8A 3MVWA 3LSFB 2I4CA 1MDP1 3R6UA 3IO4A 1EH3A 2H4IA 4ZEIA 2QJEA 5CM6A 1B40A 1USYH 2QSXA 3KN8A 3ZS6A 2YPNA 3FUZA 4OFJA 3TPAA 2O84X 3EHTA 3DELB 4NF8A 4GF8A 3T9UA 3VVEA 4LONB 3DM0A 4GL0A 1EZ9A 2O7IA 5AA4A 3CR9A 4JBZA 3KN7A 3FJMA 3L6HA 1ATGA 1B5JA 2GRVA 5CBSA 3MPLA 2HEUA 1UTBA 2F34A 4L17A 2XXXA 1WVJA 5KZTA 3MC2A 3MBPA 2RC7A 1TT1A 4I8CA 3K6WA 1CE2A 4XKRA 4R6HA 1BKAA 2XHDA 5TU0A 2V25A 4PP0A 4NF4A 1SW5A 1LCFA 4ELPA 1FTKA 4OESA 4QRZA 4H5GA 1ZU0A 5AA2B 4MF3A 1N04A 1B0LA 5DTBA 1EU8A 1M5FA 4DZ1A 3K6VA 4ZS9A 4YMBA 3M3LA 3FVNA 3O6IA 2IA4A 1T0KA 3RLFE 4ISUA 3DP6A 3B7DA 2E0SA 3ZKKA 3Q29A 1Z7NE 2P1SA 2NWJA 4YICA 2ZYKA 4G68B 4RJZA 3RQTA 1NKXA 3U92A 2UVJA 4ONYA 3OEMA 4BLAA 2A5SA 3UP9A 2Q88A 4ZEFA 3SDFA 1KWHA 4NF6B 1IEJA 3TYHA 1Y3PA 3S4UA 4N07A 3FV2A 3B6TA 3I6VA 3B6WA 3TTLA 4C1TA 3EPEA 2OLBA 4AB6A 4MBPA 3LSWA 1UTHB 4QFKA 2F36A 3KEIA 2HZKA 1MXZA 4F3GA 1JW4A 2H98A 4XKNA 3BKIB 1IXIA 4G68C 4AB5A 5J1DA 1A55A 4PETA 5JEIA 2Z23A 3RUMA 3GXAA 2RC8A 2D21A 1B3LA 3PMWA 3ILTB 4FEDA 1HSJA 3O6GA 3TZAA 2V84A 3RPWA 1H43A 4LZ8A 3K4UA 3VVFA 5H8HA 3C4MA 4UACA 1P1WA 2ZNSA 3QUFA 1SVXB 1AL3A 4U4SA 1UQWA 4KD5A 2HXWA 5K2YA 4QSCA 2VP1A 4LQ2A 4LZ7A 1B7HA 1OMPA 2UVGA 3BFTA 3EQ1A 4HS7A 5H8FA 3EF7A 1LFGA 3UA8A 3RTWB 2REJA 3TDJA 3O6HA 1S7YA 1N0TA 3SEXA 2Q9TA 2ONKE 3O66A 2Z8FA 4ELQA 1OQGA 1JVYA 4ZDMA 2YJPA 1S50A 3EHSA 3E9XA 1MY1A 4KYEA 3ZKLA 3LBSA 1I6BA 5ITOA 4BDNA 4MFIA 3VV5A 3T9XB 4GWOA 1UIVA 1B5IA 3FIRA 1MY0A 2O68A 4QFPA 3S9MC 3SEUA 5HPQA 3E3KA 1H44A 3FV1A 2O69A 2UVHA 3PUWE 2ALUA 2I48A 1B46A 3D4CA 1AMFA 3IAZA 5H8SA 3Q27A 4ZZAA 4PFWA 5DT6A 2OCUA 3OO8A 4HTGA 1I6QA 1HSLA 3V8XB 3OENA 5EHSA 4E0XA 1MY3A 4IGRA 1NNTA 3TMGA 2QPQA 3I5OA 2D5WA 1SQYA 4OENA 3TCGA 5FHOA 1AOVA 3ODBA 3O9PA 3GBBA 3E4RA 3U8QA 3SEYA 2I58A 1JEVA 1II5A 2XXPA 2VD3A 2AIXA 3S9NC 3CSGA 5B70A 5H8NA 4XIGQ 2G93A 3EN3A 1OVTA 1DTGA 4H8IA 2ZYOA 2QRYA 1O7TA 2A5TA 2B65A 3V83A 1B3HA 5FHNA 1PB7A 4P0IA 1B32A 3H6WA 5I2KB 2O7UA 2UYFA 4F19A 4DXBA 1B2HA 1S9TA 3QAXA 1MM7A 2QS3A 2DSFA 1YCJA 4OEVA 1XOCA 3UGWA 3Q28A 4I9DA 4OQOA 3FJ7A 2DWHA 3HHFA 3HV1A 2NXOA 4IO2A 2VD2A 3M3FA 2F7AA 3CIJA 3KN3A 5A5XA 2QMWA 1FTMA 5ISUA 1NFTA 4NF5A 1A99A 1FW0A 3TKDA 2H25A 1B7ZA 2ZNUA 1N7XA 3T9HB 3U94A 2OWSA 1D9VA 2HCAA 4H0WA 4OEUA 4Q8RA 3TAJA 1GTKA 4BDQA 1JQFA 3U93A 2PX1A 3K2DA 4IY5A 2IEEA 5ICQA 3N5LA 1N7WA 2VOZA 3K01A 5KCJA 5I58A 2I4BA 4GD5A 4ELOA 1B58A 1JNFA 1QKAA 4JDFA 5JTYA 2GHBA 4LP2B 4H8JA 1AH5A 3GLBA 3MZ9A 3PUVE 3U72A 3CFZA 4IO6A 3T9VA 2F5XA 1BTJA 4K3FA 4C1UA 1N3XA 5L9OA 1MQHA 1TXFA 1US5A 5KDTB 4JXIA 3MQ9A 1OVBA 4RNSA 1TFAA 3FVOA 2PVUA 3MVZA 3W15C 1FCKA 4FE8A 3PD8A 3CI8A 4GXSB 1NMUA 5I59B 3K6UA 3FXUA 3LSXA 1B4ZA 2I3WA 4Z0IA 2Y7IA 1O64A 5L8DA 3CFLA 2DE2A 5DEXB 1EZPA 3C32A 5TPAA 3UORA 1LCTA 3QSLA 3CSBA 2I0CA 4RYAA 3OSQA 4F2QA 1FTLA 3RTFB 2DWAA 3K0VA 3KFMA 4POWA 3H6VA 5I57B 3K1PA 4JWYA 5I2NA 1IXGA 4PQJA 2PT2A 2RKMA 1B52A 2Y7KA 2PYYA 3KGCA 1R9QA 1LB9A 1ZIUA 3FVGA 4P0GA 2DWJA 2X26A 1USYE 4FORA 4RK2A 3G3FA 3OELA 2XXHA 1LSTA 4ECFA 3IB0A 4IO7A 1PBPA 3OSRA 4LZ5A 4DDDA 1SI1A 1XHYA 4MLQA 4NE4A 4RA1A 1GV8A 3LSLA 4H6DA 4F1VA 3KBRA 2RCBA 1R1NA 4AQ4A 2PBWA 4PFUA 4WEPA 5CRYA 1FQDA 1SW2A 5I56A 2ANJA 3PU5A 4EF2A 1EZOA 4YKKA 4ELRA 4QF9A 3K6XA 4F39A 2GHAA 1B7UA 4BDOA 1Q1KA 2DOJA 5F1QA 5TP9A 1QVSA 1A40A 3T66A 5F7VA 2CMOA 2ONRA 3FXQA 4Q30B 4G2ZA 3PPRA 4R6KA 3JV9A 3OXNA 2X7PA 2ABHA 4XTCQ 2ZNTA 3TTNA 3K02A 2Y7PA 4IO5A 1MS7A 2O51A 2CZLA 1NL5A 4NMYA 2DXRA 4RY1A 3USDA 3PGFA 3FGSA 3MZ1A 3QUJA 1D9YA 4ZE9A 4X1DA 1HSEA 5IAIA 2THIA 3C34A 2QS4A 4DCYA 4KPTA 3SEWA 4EQ7A 2NUVA 5CMCA 4FECA 5H8NB 5ICTA 3N6TA 1FQCA 1JEUA 3QIMA 3PD9A 3RY3A 2ZYMA 1SYHA 1I69A 1ZMGA 5AE4A 2PMSA 1IITA 3TELA 4WKMA 5CMMA 5CC2A 2H99A 1B6HA 5DYHA 5ELVA 4OZ9A 4EXLA 3IOUA 2M8CA 3TQWA 2XD2A 1M5BA 2VHAA 2NVUB 1DOTA 3AXFA 3MWBA 5IKBA 2Z22A 4EDPA 1VR5A 1DTZA 4BDRA 5LOMA 2DVZA 2DE3A 1VFDA 4OYVA 2Y7WA 1MDQA 3PUXE 1NNKA 1AIVA 1XS5A 3MUQA 3QK6A 2Y84A 4LUBA 3VFJA 3LC8A 4OERA 3K00A 3TQLA 2F7BA 1NNFA 3IL1B 1IQ7A 1P1OA 3VLUA 1A54A 1H45A 4DIGA 4WEDA 3FVKA 1F9BA 1B0HA 1MPCA 4KCCA 5FHMA 5L9MA 3MP1A 5H8QB 2VGQA 3LR1A 1BP5A 5EYFA 3VVDA 3FJGA 3IK6B 1XVXA 3JZJA 2DXYA 3A09A 3V89B 4OTEA 1NH7A 1YPNA 4IB2A 4TOZA 1A7LA 4U1ZA 1VSOA 4NTLA 1SD3A 4ESWA 3UK4A 4ND9A 1DPEA 5AA2A 1L5TA 5CMBA 3H6TA 4GL8A 3IB1A 3MVXA 4YB6A 4X9TA 1B9JA 4OXVA 2KLFA 1P1QA 1QUJA 2FA7A 5I84A 1O63A 1Y3NA 2F6GA 3UIFA 1YAEA 3MP8A 1LLSA 2ZYNA 1ANFA 4ZECA 4RXLA 1M5EA 1B3EA 2OWTA 2HAUA 4G77A 3H06B 4M4GA 5HM4B 2Q2CA 4NF8B 1MQJA 3O97A 3KSJA 4MH5A 4G4PA 4G68A 4O3CA 2W7YA 1IXHA 5AA4B 5EHMA 4F22A 5TPAB 4YB5A 1DSNA 4MLVA 3C9HA 2RF1A 4OWDA 1A8FA 1NH8A 3CRBA 1UTBB 3OMBA 4YAHX 1ELJA 1QUIA 4NF6A 4QSEA 3OOAA 1PB8A 3JYRA 3WAFA 1IIWA 3H6UA 5AA3A 4TLLB 1POY1 4BDMA 1LBBA 2V3QA 3RN8A 2XD3A 2FYIA 1UTHA 3K1NA 3HPIA 2OK2A 1B05A 4TLMB 1LBCA 4X48A 4ZZEA 4OHNA 2AL5A 1MXXA 3KOSA 3TTKA 1LGBC 4FIMA 4KFQA 2O6AA 2I49A 4NF4B 2XXTA 4GFRA 3FD3A 4NWDA 4XKQA 2ZMBA 4ZEDA 5ITPA 2R6GE 5DVFA 3BBRA 1MQGA 1Y4CA 3PPNA 1BIYA 1SI0A 3H7MA 4JWXA 1QKBA 2ESNA 2HFBA 3BFUA 3C31A 1OLAA 3TCHA 3VLWA 4F1UA 2RINA 4QFNA 2F35A 3F11A 1Q35A 1XVYA 2Q89A 3IJXB 4OMBA 4OETA 1H76A 3C36A 4G8HA 3FZVA 4R2BA 4R73A 1LAHE 1DPPA 4F31B 1ZJLA 3ILUB 4P11A 2DP8A 2GH9A 1Y9UA 2XXUA 3EHUA 2E1SA 1OIBA 1H3DA 3OO6A 1M5CA 1MXVA 2Y7RA 3K1MA 3HHGA 3RT6B 1FQBA 1FQFA 4DCXA 1QUKA 3PMVA 1B3FA 4GOTA 3WAEA 1MY2A 1B1XA 4H65A 1LFIA 1IXCA 1N76A 4F1YA 2AYSA 3TUSA 3G3IA 1ZKBA 3DP4A 4GIZA 3CG3A 3W9WA 1B5HA 2P0SA 4R75A 1MM6A 4LATA 3A3CA 4UA8A 1RKMA 2F7CA 4KYDA 3IO6A 3TFLA 5DVIA 4I1DA 2DS9A 1DMBA 3CVGA 3T96B 1PC3A 2H9BA 4IO3A 4F3SA 3UN6A 4G8MA 4QHQA 5DVJA 5H8HB 4GQOA 4WXJA 1Y1ZA 2DVCA 3G3KA 1R9LA 3Q25A 4KCDA 3D4GA 3TEPA 5B7DA 2F78A 3VXBA 3PPQA 1MXWA 5H8FB 1Y20A 4X1BA 3TCFA 5M2VA 1RYOA 2B3BA 3KJ7A 1P99A 4PFTA 3TTRA 3CG1A 1SDXA 2Z8EA 4OVJA 2R9JA 3O2AA 1XC1A 2XXRA 1JETA 1YTVA 4FATA 1MPBA 1URSA 3IJOB 4NWCA 2F6PA 4TQUQ 2XXVA 4LVQA 5I2KA 1PB9A 3SEVA 4F3BA 3PMXA 2XXWA 1XT8A 4EUOA 3VLVA 1PEBA 4JSOA 4OFLA 3PUYE 3IR1A 3KOTA 4FAJA 3MPKA 1MPDA 3PV0E 1JW5A 4JB7A 4POXA 4O3BA 3O29A 4DE8A 1MXUA 3R26A 2HQ0A 4R6YA 4RPOA 3C35A 2OBGA 5HBCA 1N3WA 3GBAA 2OZZA 1FTJA 1QULA 5K2XA 3G3GA 4U21A 3VDFA 4H5FA 4DXUA 4QFLA 1ZBMA 3PPPA 3R7XA 3L6GA 5BWJA 4KQPA 2P2AA 1SW4A 3G3HA 2RCAA 4R9FA 2F97A 1MH3A 3MVYA 4THIA 4Q5TA 4YZZA 1OQHA 2DE4A 4FJPA 2H5YA 3O28A 3ECRA 1FTOA 4BDLA 1ZLQA 1FQAA 2I6EA 2A5TB 1B51A 4ZEKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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