2NXOA

Crystal structure of protein sco4506 from streptomyces coelicolor, pfam duf178
Total Genus 91
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
277
structure length
272
Chain Sequence
TRPRVGHIQFLNCLPLYWGLARTGTLLDFELTKDTPEKLSEQLVRGDLDIGPVTLVEFLKNADDLVAFPDIAVGCDGPVMSCVIVSQVPLDRLDGARVALGSTSRTSVRLAQLLLSERFGVQPDYYTCPPDLSLMAAVLIGDAALRANMIDGPRYGLDVHDLGALWKEWTGLPFVFAVWAARRDYAEREPVITRKVHEAFLASRNLSLEEVEKVAEQAARWEAFDEDTLAKYFTTLDFRFGAPQLEAVTEFARRVGPTTGFPADVKVELLKP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Hypothetical protein SCO4506
publication title The crystal structure of a hypothetical protein SCO4506 (gene ID: Q9L0T8) from Streptomyces coelicolor to 2.04 Angstrom resolution
rcsb
source organism Streptomyces coelicolor
molecule tags Structural genomics, unknown function
total genus 91
structure length 272
sequence length 277
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.2.1.151: Chorismate dehydratase.
pdb deposition date 2006-11-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02621 VitK2_biosynth Menaquinone biosynthesis
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2nxoA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2nxoA02
3B6WA 3S9EA 4RK2A 4F39A 3IO6A 3LSFB 2NWJA 4HCYA 1UTBB 5I59B 2DYXA 2OBGA 3KJTA 1B51A 1ZLQA 2KLFA 1MDQA 2H99A 3KOTA 3OO8A 4THIA 3T96B 3W9WA 5JEIA 4X1BA 4JXIA 5JK4A 3N94A 4LQ2A 3IL1B 1Y3NA 3EHUA 4ZE8A 3C34A 3UK4A 1LCFA 2G29A 3SERA 1FTOA 3E13X 1WDNA 1D9VA 4PFWA 2O51A 1R1NA 1D3KA 3K00A 1IEJA 4BDOA 4R6KA 1OLCA 1FQDA 1MXWA 2UYFA 4F19A 3PMWA 4GXSB 1N7XA 2I4CA 4DXBA 3T9HB 1Y1ZA 1GTKA 4IY6A 1KWHA 5CM6A 3QYTA 4LVQA 3V83A 5CMBA 4Q8RA 3A09A 1PB9A 2F6PA 2HFBA 1ATGA 4R72A 5EYFA 5FTIA 1B2HA 2F7AA 3TTRA 2VOZA 4AB6A 5L9OA 1DSNA 3Q29A 4LP2B 3N6UA 3KBRA 4C1UA 4BDRA 2ONRA 5K2YA 1MY4A 3K1NA 1F9BA 2V93A 2OWSA 4NWCA 1EU8A 3H3GA 4XTCQ 5ICTA 3H6UA 5KCJB 2V3QA 5DVFA 1Y1MA 2ZYNA 4KR5A 2XXPA 2NVUB 4G8HA 4R9FA 1AMFA 5IAIA 4JDFA 3CSBA 3EN3A 1I6AA 3C4MA 4OVJA 4ZEKA 3CFZA 4KYEA 1IUDA 2XXUA 1UQWA 1S9TA 3MZ9A 3IOWA 3I3VA 1NNFA 4WKMA 3SEXA 1JETA 4OXVA 5I58B 4IO2A 2QMWA 1PEBA 1VFDA 4MFIA 3IORA 1B05A 1JW5A 4PQJA 1R6ZA 4F29A 4N13A 1NH7A 4X48A 3TQWA 4G8NA 3TCGA 2F97A 1QUJA 4K3FA 2B3BA 2PX1A 2B65A 4KYSA 2FYIA 2Z8FA 5H8FA 4P0GA 3FVKA 1IXCA 2PMSA 2XXRA 1USYE 1T0KA 1B5IA 5CC2A 3SEYA 5TU0A 4O3BA 5CRYA 2ONSA 4EQ7A 2RF1A 3MWBA 3GBAA 3ZKKA 3PD9A 1SW5A 2Q2CA 3JZJA 3UIFA 2Q89A 3KN8A 4EF1A 2XD2A 3PMXA 4NF8B 2XD3A 2A5TB 2O6AA 2QRYA 3RN8A 3O6HA 4R73A 3B7DA 1B0HA 5I57B 1HSJA 4F1UA 3OENA 1YPNA 3K1MA 4F3GA 1SD3A 4U2RA 4GL8A 1ZU0A 2D21A 1EZPA 5A5XA 1N0TA 4FJPA 1US5A 2HXWA 2X26A 3M3KA 2XXVA 4G2ZA 3KJ7A 4JSDA 4JWYA 1D4NA 1QKAA 1R9QA 4OENA 4JBZA 1P1QA 1L5TA 2RC8A 2DWAA 4NTLA 1B9JA 3VFJA 3M3FA 1N04A 3E4RA 1MQHA 5AA1A 3O2AA 4OERA 1B32A 2Q2AA 1JEVA 2FNCA 4F2OA 1QULA 4MH5A 1M5FA 2YJPA 5FTHA 2I6EA 1LFHA 3PU5A 3RGYA 4ELPA 3QIMA 4JSOA 3TTKA 1ANFA 3TMGA 3RNNA 1NFTA 5H8QB 2GHAA 1XC1A 1MY0A 1JNFA 1USYH 3T9XB 4E0XA 4H8JA 2ABHA 1MQDA 4QRZA 3JV9A 2AYSA 4RY1A 4YU0A 4H1XA 2O1MA 2V25A 4F3PA 1Y20A 3S9LC 2DXRA 2RKMA 3T22A 4GLIA 1JW4A 4F3BA 2Z8EA 1Q1KA 4GVOA 1B3EA 1B0LA 4G77A 1A7LA 1NKXA 2BJJX 5FHMA 1FQBA 1OVTA 3O6IA 4PFUA 5DYHA 2PVUA 1BIYA 4N07A 4FE8A 2F78A 3CFXA 2NUVA 4Z7EA 2E0SA 3VVDA 5ITPA 3O9PA 2QS1A 3ZSFA 3H6TA 1MQGA 4HS7A 3PMVA 3TZAA 1H3DA 3PPQA 3C31A 4F18A 1FTJA 1RYXA 2VP1A 3RTWB 5EHSA 2OWTA 1MXXA 4OTEA 4U23A 2NXOA 3UN6A 2I3VA 1UIUA 1VR5A 4OWDA 4NMYA 3OXNA 1Q35A 2ZNSA 1A8FA 3C32A 5AA2B 4RPNA 3THIA 3VLVA 3QAXA 1POY1 1TFAA 3PD8A 4H5FA 3LC8A 3OEKA 5EHMA 1B4ZA 2GFEA 3CG3A 1LCTA 2ZMBA 1LFIA 3IB0A 1LFGA 2V3UA 2CMOA 2Z23A 3DM0A 1POTA 3QK6A 3H03A 5JTYA 3SEWA 2OJTA 1BP5A 3T93B 3ZKLA 3FVNA 3FATA 4AB5A 4EUOA 4R74A 2E1SA 1TT1A 4UA8A 3FXQA 4NF4A 4M1VA 3PPNA 1RKMA 2XXWA 5H8HA 4QSCA 3IAZA 5I56A 3MPLA 2RC7A 1URGA 4YZZA 1HSEA 3ONMA 5K2XA 1H44A 1MH3A 3FGSA 1ZJLA 3FZVA 3RQTA 5M2VA 2Y7WA 2M8CA 3OO9A 3LSLA 4P11A 1P1UA 4OFOA 4ZECA 4FAJA 3SEUA 3HO7A 4YB6A 3DELB 1MM6A 5CI5A 3E3KA 3OSQA 4TOZA 2RC9A 3LUYA 3D4GA 1D9YA 3PUZE 3K6XA 3BKIB 1DTGA 1MXUA 2HZLA 1MXZA 2F34A 3RTFB 3WAEA 4RJZA 3TELA 4O3CA 3R7XA 3MVYA 5CBSA 5H8FB 4PETA 3KEIA 3OELA 1OLAA 5TPAA 5DEXA 4GIZA 2ZYKA 4R2FA 4ONYA 4YKPA 4F3SA 3HN0A 3KSXA 1B4HA 4OMBA 1B5JA 2RCBA 3ILTB 5ICQA 1UTHA 5DT6A 3PPRA 5BWJA 1XOCA 3B6TA 4IO3A 4R6YA 2HZKA 3FXRA 4ECFA 1MY3A 1NNKA 1MPDA 2AIXA 2V84A 1OMPA 3FV2A 2UVHA 3N6TA 1WODA 2DE4A 4WEDA 3PUWE 1FQEA 1MXYA 3C35A 1B40A 3SKPA 1LB9A 1B1HA 3CRBA 1JQFA 1P1NA 3IOVA 2Q88A 3TYHA 4U1ZA 3S4UA 5AA4B 2VGQA 5A5XB 1GVCA 5AA2D 3B6QA 1SYHA 4WEPA 3GZGA 4LATA 3FVGA 3IO4A 4OYVA 3MZBA 4EXLA 1ZKBA 1MQIA 2XXXA 4GD5A 5H8NB 4OEVA 2DXYA 2F6GA 3S9NC 3RLFE 2O68A 4GL0A 4I9DA 1B7ZA 3IB1A 4GF8A 3K0VA 2PT2A 3P7IA 3RT6B 3EPEA 2R9JA 2X7PA 4IO7A 5I84A 4RNSA 4UACA 3EHTA 2H5YA 3FASA 3TDJA 1B6HA 4OFLA 4NE4A 2YPNA 4H6DA 4ISUA 4ZEFA 3K02A 4RPOA 4LZ8A 3IK6B 2NOOA 3EQ1A 3TFLA 3K01A 3K6UA 2R6GE 1QW0A 3PUYE 4XKQA 2H98A 5CBRA 4FECA 1LSTA 1CE2A 5BUUA 3MBPA 4I1DA 3TTMA 3L6HA 3UORA 2HQ0A 4DE8A 2F8DA 1B3LA 3K4UA 3W15C 2QJEA 4H67A 2QL3A 1A54A 3IB2A 3VLUA 2ZYOA 4OESA 1B52A 2AL5A 3R6UA 3M8UA 2DVCA 2AL4A 1YCJA 2D3IA 1UIVA 3FD3A 1DOTA 1R9LA 4R6HA 1Y3PA 4HCWA 4TLLB 2D5WA 4ZEDA 1XT8A 1P99A 4EQ9A 1I69A 3FUZA 3CI8A 4DCYA 3OSRA 1SW2A 4ESWA 1B58A 3D4CA 2UVJA 3C33A 4XIGQ 1N84A 1S7YA 3LSXA 4R9GA 1M5DA 4F1YA 3HPIA 4XKNA 2V3TA 2UVIA 1LBBA 4NWDA 5HPQA 2Z22A 1SI1A 1LAHE 3OEMA 1Y3QA 1FCKA 1N3WA 3MVZA 1IXIA 3O29A 2HCAA 4MLQA 1MS7A 5DVIA 1ZMGA 2QPQA 4I8CA 3UA8A 1ZIUA 4NF4B 3TCFA 3FJGA 5DTBA 1FTKA 1EZ9A 5H8HB 4H65A 3PGFA 3PPPA 5I56B 3FVOA 2PBWA 3CSGA 1M5CA 1H76A 4QSDA 3MQ9A 3DP8A 1O64A 2ZNUA 4BDQA 5HM4B 3TUSA 1GR2A 1MPCA 4GRKA 5KDTB 2OZZA 4LZ5A 4GXAA 5I2NA 5FHNA 3I5OA 3M3LA 5FHOA 3V89B 2VD2A 1PDAA 1JW1A 3MZ1A 2F7CA 4HW8A 2DWIA 3UGWA 3QSLA 3O66A 3F11A 3IJXB 2ZYMA 4DCXA 4KPTA 4KCDA 3LR1A 5F1QA 2GRVA 3K6VA 2HAVA 4ELOA 4C0RA 1S50A 3QXMA 4KFQA 3VE1B 3Q28A 1YTVA 1Y4CA 1HSLA 1SQYA 4Q0CA 3I6VA 1MM7A 1DTZA 3K6WA 3TEPA 2XXHA 1OQGA 4KHZE 3SESA 1SYIA 1LLSA 3KN3A 1VSOA 4U21A 4H8IA 5TPAB 4U4SA 1ZTYA 5DEXB 3FJ7A 1AIVA 3MP8A 4MLVA 2I0CA 1B3GA 1JVXA 5L9SA 3KZGA 3V8XB 3O28A 3TTNA 1GGGA 1NNTA 3PV0E 3BFTA 4ZZEA 3IR1A 1UTHB 4G68C 1M5BA 1SW4A 2DS9A 4NF6A 2GHBA 4YB7A 1PB7A 3IOUA 2P0SA 1MRPA 4FEDA 3E9XA 1MH4A 3U8QA 4ELQA 2HAUA 1FQAA 4G68A 4ZS9A 4QFLA 1J1NA 2ZNTA 2DWJA 2I49A 5ITOA 2DSFA 4FEBA 3HHFA 3MPKA 4H5GA 5TP9A 4ESXA 3BFUA 2F36A 1VFEA 4GFRA 3HCQA 3Q27A 2UYEA 1IIWA 4U1OA 3V5AA 1FTMA 1IQ7A 3HSTA 2DWHA 1Y9UA 2Z8DA 5DVJA 1AOVA 3CR9A 3L6GA 2I4BA 3ODBA 3TODA 2QS2A 3RUMA 3KG2A 1LAFE 1A8EA 3G3JA 3G3FA 1B5HA 2THIA 4L17A 3VLWA 1YAEA 4ZE9A 1QJMA 3IJOB 4ZZAA 1FTLA 2DVZA 3OMBA 4OZ9A 3CVGA 5CMCA 5J1DA 4KI0E 2XX7A 3DP6A 1IXHA 2F35A 1II5A 3H06B 4NEDA 3K2DA 2Y84A 1B46A 5CMKA 2LAOA 1FQFA 1AL3A 4IO6A 1US4A 3G3GA 3FIRA 4EQBA 5AA2A 4G8MA 1DPEA 1M5EA 1QVSA 2ZXTA 1SBPA 2DE2A 1SI0A 3U1OA 4PP0A 5H8SA 3OOAA 2I3WA 4KCCA 2X7QA 4GQOA 4KD5A 2Q9TA 1TFDA 1OQHA 1XHYA 4BLAA 2O69A 1CB6A 5L8DA 1MXVA 4OQOA 2XXTA 1B3HA 4OEUA 4DDDA 2I58A 3N5LA 3U72A 4QHQA 4JWOA 3QUJA 5CMMA 4BDMA 5LOMA 5I2KA 1BKAA 1BLFA 3CFLA 3PUVE 3K1PA 3VDFA 4YKKA 1A99A 2Y7IA 1FQCA 2O7UA 3VVEA 4NF5A 3IOTA 3EF7A 4FIMA 4IGRA 5ELVA 2VHAA 2ANJA 4I62A 3MW0A 3RY3A 2HEUA 4DIGA 3KGCA 3U94A 3G3HA 1UTBA 5I59A 3O6GA 3S9MC 1O63A 2GH9A 3VXBA 1IXGA 1NH8A 3EHSA 3TQLA 1SVXB 3A3UA 2XHDA 4YB5A 1XVYA 3IX1A 4TQUQ 4OETA 2QSXA 2YLNA 2H4IA 3UP9A 4PFTA 4C1TA 1N76A 4LUBA 4YICA 1MY1A 3G3IA 4DXCA 3GBBA 4POXA 1A40A 3SEVA 3VXCA 4DXUA 3H6WA 4U22A 4TLMB 4Z0IA 3CG1A 3W9VA 3MAMA 3C9HA 4YKIA 1SDXA 2CZLA 1ZBMA 2QMXA 4KYDA 4LA9A 2Y7PA 3G3KA 1DPPA 5KZTA 2PYYA 3BBRA 3FV1A 4POWA 4RA1A 3HV1A 1OIBA 3RPWA 1MG1A 3JYRA 1DMBA 4F2QA 3MJNA 1ELJA 1MPBA 3FJMA 2H25A 1RYOA 4X9TA 1I6QA 5KCJA 2IA4A 5I2NB 4IGTA 5IKBA 4JWXA 3T9UA 1MQJA 4MBPA 4XKPA 3SDFA 5AA4A 4DLDA 2Y7RA 3MC2A 4H0WA 3USDA 1H45A 3HHGA 3H4ZA 3C36A 3WAFA 2A5SA 3PPOA 2UVGA 4IB2A 4LONB 3TPAA 1B7UA 2RINA 3TAJA 5I58A 3TKDA 3RT8A 3TCHA 1PB8A 3OD7A 2WKYA 1XS5A 4BDLA 4IO5A 4YMBA 4DZ1A 1MDP1 5F7VA 3G7WA 4GWOA 2OLBA 5H8NA 4XKRA 1LAGE 3PUXE 4FORA 4QFKA 1EZOA 4XXUA 1O7TA 4YKJA 2F7BA 1Y4TA 3H6VA 2Y7KA 4KQPA 3GXAA 1N7WA 3VV5A 4OHNA 1LB8A 4F31B 2XXIA 1EH3A 2QS3A 3OO7A 4R75A 2ALUA 1BTJA 4NF6B 1PC3A 5JTYB 1I6BA 1JVYA 2F5XA 1N3XA 2RCAA 3DLNA 3MP1A 3MVWA 4QFOA 4YMAA 2ESNA 1IITA 4G68B 4U4XA 4NF8A 2XXQA 3N26A 2A5TA 3A3CA 4GOTA 2I48A 3R26A 5TP9B 2IEEA 5I57A 3ECRA 4P0IA 3LSWA 4IO4A 3GLBA 4FATA 1FW0A 4MF3A 2P1SA 2ONKE 1NNPA 1LAXA 5L9MA 4QFPA 4HTGA 3CIJA 1JEUA 3QUFA 1XVXA 1TWYA 1AH5A 1URSA 1P1WA 1OVBA 4Q30B 4E0WA 2P2AA 3MP6A 4ND9A 5B7DA 2XXYA 1PBQA 1Z7ME 3AXFA 4QFNA 4ELRA 1URDA 2O84X 3FXUA 4WXJA 1PBPA 4F22A 2REJA 1QUKA 3KSJA 2PT1A 4ZDMA 2DOJA 3SETA 1IZ1A 3ZS6A 2REGA 4Q5TA 1NL5A 2G93A 2XX9A 4YAHX 1SW1A 3U92A 3LBSA 4G4PA 5AE4A 3O97A 3T9VA 4LQ5A 2H9BA 3KOSA 4AQ4A 2OK2A 1P1OA 3H7MA 3Q25A 2O1LA 1H43A 1Z7NE 2DQVA 3DP4A 1LGBC 2DE3A 4BDNA 1QUIA 3Q26A 2OCUA 3ILUB 4F1VA 4ZEIA 4QF9A 3MVXA 3OO6A 4RK9A 1WVJA 4EDPA 5H8QA 4IY5A 5ISUA 1LBCA 2UXAA 3S2VA 4JB7A 1NMUA 1B3FA 4EXKA 4R2BA 2DP8A 4RYAA 3U93A 5HBCA 4ZEBA 4O3AA 4EF2A 5AA3A 4X1DA 1QKBA 4PFYA 4M4GA 1TXFA 2I0BA 2Q8JA 5B70A 1VE4A 3MUQA 2VD3A 2W7YA 1A55A 4LZ7A 4OFJA 3VVFA 1B7HA 5I2KB 3TTLA 3T66A 4QSEA 3KN7A 2QS4A 1MY2A 4N6PA 2B3FA 2XX8A 1GV8A 4PE5B 4RXLA 4NF5B 1B1XA 2FA7A 5KDTA 3KFMA 2R71A 2O7IA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2REJ A;  1QUK A;  3KSJ A;  2PT1 A;  1EYJ A;  4ZDM A;  2DOJ A;  3SET A;  1IZ1 A;  3ZS6 A;  2REG A;  4Q5T A;  3RPL A;  1NL5 A;  5EQ7 A;  1LBX A;  2G93 A;  2XX9 A;  4YAH X;  1SW1 A;  3U92 A;  3LBS A;  4G4P A;  5AE4 A;  1SPI A;  3O97 A;  3T9V A;  4LQ5 A;  2H9B A;  3KOS A;  4AQ4 A;  2OK2 A;  1P1O A;  3H7M A;  3Q25 A;  2O1L A;  1H43 A;  1CNQ A;  1Z7N E;  2DQV A;  3DP4 A;  1FPL A;  2HHM A;  1LGB C;  2DE3 A;  4BDN A;  1QUI A;  3Q26 A;  2OCU A;  3ILU B;  4F1V A;  2Q8M A;  4NF0 A;  4ZEI A;  4QF9 A;  3MVX A;  4OA4 A;  3OO6 A;  4RK9 A;  1WVJ A;  2QVR A;  4EDP A;  5H8Q A;  4IY5 A;  4GX3 A;  5ISU A;  1LBC A;  2UXA A;  3S2V A;  4JB7 A;  1NMU A;  1B3F A;  4EXK A;  4R2B A;  2DP8 A;  4RYA A;  3U93 A;  5HBC A;  4ZEB A;  4O3A A;  1LBY A;  4EF2 A;  5AA3 A;  4X1D A;  2MKZ A;  1QKB A;  4PFY A;  4M4G A;  1TXF A;  2I0B A;  2Q8J A;  5B70 A;  4PBQ A;  1VE4 A;  2ZZX A;  3MUQ A;  2VD3 A;  2W7Y A;  1A55 A;  4LZ7 A;  4OFJ A;  3VVF A;  5EYG A;  1B7H A;  5I2K B;  3TTL A;  3T66 A;  4QSE A;  2WEF A;  3KN7 A;  2QS4 A;  3GYY A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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