3HCQA

Structural analysis of the choline binding protein chox in a semi-closed and ligand-free conformation
Total Genus 32
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
32
sequence length
288
structure length
288
Chain Sequence
ESCGTVRFSDVGWTDITATTATATTILEALGYETDVKVLSVPVTYTSLKNKDIDVFLGNWMPTMEADIAPYREDKSVETVRENLAGAKYTLATNAKGAELGIKDFKDIAAHKDELDGKIYGIEPGNDGNRLIIDMVEKGTFDLKGFEVVESSEQGMLAQVARAEKSGDPIVFLGWEPHPMNANFKLTYLSGGDDVFGPNYGGATVHTNVRAGYTTECPNVDKLLQNLSFSLQMENEIMGKILNDGEDPEKAAAAWLKDNPQSIEPWLSGVATKDGGDGLAAVKAALGL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural analysis of the choline-binding protein ChoX in a semi-closed and ligand-free conformation.
pubmed doi rcsb
molecule tags Choline-binding protein
source organism Sinorhizobium meliloti
molecule keywords Putative choline ABC transporter, periplasmic solute-binding
total genus 32
structure length 288
sequence length 288
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-05-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04069 OpuAC Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3hcqA01
3.40.190.100 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Glycine betaine-binding periplasmic protein; domain 2 3hcqA02
2NUVA 4GL0A 1B3EA 4I8CA 3CSBA 2AL4A 2VGQA 4PFWA 4OFOA 1N7WA 3EHSA 3EHUA 2RC8A 3KN3A 3FD3A 2HAUA 4XTCQ 5EHSA 1LB9A 2PT1A 3R7XA 3TTRA 4IGTA 1P1WA 5DVFA 3C35A 2I0BA 3K6VA 1POTA 3TUSA 1ZTYA 2ZYNA 1LFGA 2DOJA 2F36A 2V3TA 2Y7KA 3OD7A 4ZEBA 1M5DA 3H6TA 1MXWA 3S4UA 3T9XB 4QSDA 4H5FA 3UIFA 4NF6A 5DEXB 1MY3A 1B58A 3IL1B 5DVIA 1VFDA 2D5WA 5H8FB 5IKBA 5KCJA 4PQJA 2A5TA 2DVCA 2E0SA 4POXA 2H9BA 3HN0A 4JB7A 4Z0IA 2Y7WA 1MQHA 1P1OA 1MQJA 3I5OA 3LSXA 3RY3A 2AIXA 3RT8A 1Y4CA 4DLDA 3K6WA 3S9EA 4IO5A 3H7MA 1JW4A 1AMFA 3TCHA 4BDMA 3K6UA 1B0LA 1PBQA 2XXHA 1MH4A 2X7QA 1EZPA 4P0GA 3QIMA 3FV1A 1IITA 2VP1A 3Q25A 2O1LA 4LQ5A 2VHAA 1ELJA 3TMGA 5B70A 5TPAA 5FHOA 2F6PA 1AIVA 2OJTA 1LAGE 1BTJA 4F1YA 3UORA 1DMBA 3IORA 1A8FA 3OSQA 3RTWB 3IJOB 2NWJA 2AYSA 4YB7A 4XKQA 5I2KB 1JEUA 3RQTA 4LVQA 1HSJA 3FXQA 3LUYA 1Q35A 1A54A 1VR5A 1ZU0A 1SYHA 4XKRA 1D3KA 3CR9A 4ZS9A 3DELB 4BDNA 2XXVA 4YB6A 1IEJA 2GFEA 5AA3A 4DE8A 4OHNA 3SESA 1R6ZA 3IR1A 1YAEA 1P1QA 2P0SA 2ALUA 1MQDA 4H1XA 5EHMA 1AH5A 2PT2A 5DEXA 3E9XA 3S9MC 1PDAA 4RPNA 4XKNA 3IOVA 1QJMA 1MXYA 1ANFA 1ATGA 4KCCA 4GVOA 1UTBB 2OK2A 1PB9A 4KYDA 1WDNA 4KI0E 1SW4A 1MM7A 3VXBA 4GQOA 3A3UA 2H4IA 1ZJLA 1GGGA 4ELOA 3GBAA 2HEUA 1IIWA 2HZKA 3BFUA 4YZZA 4KR5A 2UVGA 3SKPA 4P11A 2I3VA 4BLAA 1TWYA 5AE4A 3MVWA 1NNKA 4ZEDA 3CVGA 3TCGA 3VLWA 3O29A 4G8HA 3T9UA 4ZZAA 1GR2A 2XD3A 2R6GE 2ZNTA 3PMVA 4NF4B 3K01A 2F78A 1NNFA 3K6XA 4X1DA 4GF8A 4IB2A 2RF1A 1B6HA 1Q1KA 3U8QA 2Z8FA 1LCTA 2WKYA 3FGSA 3G3JA 3TPAA 4H8JA 5I59A 4EF1A 5L9SA 3FVKA 1GV8A 1UTHB 5FTIA 3N6UA 4TLLB 1FQEA 4LZ7A 1XVXA 3KEIA 4JDFA 2RCBA 4JXIA 1D9YA 4ZEFA 4U23A 2O7UA 2QS2A 1SBPA 3RLFE 2G29A 3CFZA 1H43A 3USDA 3G3FA 2H99A 3K00A 1Y4TA 3OO7A 3B6QA 2QS1A 1B51A 1B2HA 2QS4A 2LAOA 3L6HA 1J1NA 3LSFB 4YKPA 4F1VA 4NF8A 3MP6A 5JTYA 3KOTA 4OYVA 4GLIA 3H3GA 4ELPA 4NWCA 4IY6A 3S9NC 1PBPA 3G3GA 2DWHA 3T66A 1WVJA 4QSEA 3M3KA 1AOVA 1BKAA 2FNCA 1RYOA 4R75A 3PD8A 1TT1A 4R2BA 3RTFB 5H8HB 3C4MA 1LLSA 1MQIA 3PGFA 3FVGA 3ONMA 5I57A 1N84A 1MPCA 5H8QB 1S7YA 4OETA 3JV9A 2BJJX 3EPEA 3TKDA 3P7IA 3R26A 1RYXA 3VVDA 4H65A 4OVJA 3KOSA 3PD9A 1LFHA 3VFJA 4U1OA 4PFTA 4LATA 1BIYA 1SI1A 3H03A 2ONSA 5DT6A 4DCYA 1B1HA 3TTNA 4OQOA 3FZVA 3RN8A 3QUJA 1YPNA 1II5A 1OVBA 1R9LA 1LBBA 1ZLQA 2A5SA 5DTBA 5CMBA 3JZJA 4RXLA 2XXQA 2RC9A 4KYEA 4NF6B 1MG1A 1PEBA 4H67A 3VXCA 4QHQA 5KCJB 3SEYA 4YICA 2A5TB 3OO9A 3MBPA 2Q88A 4OWDA 1M5FA 1URSA 5F1QA 4F29A 3K02A 4R72A 3MZBA 4F1UA 1POY1 2AL5A 4DZ1A 1VSOA 4XKPA 3H4ZA 3S2VA 1A8EA 5CM6A 1FCKA 4GXAA 5AA2D 1Y3PA 1IUDA 4QFLA 5TPAB 3N6TA 2B3BA 5HBCA 1M5EA 2PVUA 2D3IA 2HZLA 5H8QA 4PFUA 1ZBMA 3KSJA 3RT6B 4I62A 1LAFE 3KG2A 3IB2A 4OENA 5FTHA 4ZEKA 4ONYA 3O2AA 3DLNA 3FXUA 2DE3A 4F3SA 3VLUA 4FIMA 3VV5A 1B1XA 4U22A 4RK2A 1GTKA 4AB6A 1OLAA 4H6DA 3LBSA 4EXLA 1DPEA 3THIA 1N04A 1H44A 3MQ9A 4E0WA 5L9MA 1MQGA 5CBSA 2UVIA 5A5XA 4R6HA 2I4CA 1QW0A 2ANJA 1I69A 3PUZE 4LP2B 2QS3A 1FTOA 5ICQA 2UXAA 4GXSB 2O84X 1BP5A 4MBPA 2VD2A 1EZOA 4THIA 4E0XA 4NE4A 4YAHX 3GXAA 2V84A 3UK4A 3K1NA 3MZ9A 4QFNA 1XHYA 4RNSA 3TQWA 5K2YA 5I84A 4NWDA 2KLFA 3IO6A 3QXMA 4O3BA 1QKBA 3OELA 2PMSA 2O68A 1IXHA 5L8DA 4TOZA 4NF5B 4EDPA 4IO4A 4ECFA 3H6WA 1LGBC 3ZS6A 4ISUA 4PE5B 2OWSA 4M1VA 2ZNUA 4RK9A 1EZ9A 3ZSFA 4GD5A 4NMYA 4U4XA 2UVHA 4RPOA 1I6AA 4OFLA 2I6EA 4XXUA 4H5GA 1SVXB 4C1TA 2D21A 4GFRA 5F7VA 1WODA 2XXWA 1H76A 4RYAA 3IAZA 2XX9A 4QFPA 1PB7A 5I59B 2IA4A 1A99A 3EN3A 3OSRA 3HV1A 3JYRA 2ZYMA 2RC7A 3DP4A 3DP8A 5AA4A 2REGA 4FEDA 2ZYKA 3WAEA 4U21A 4GOTA 3IB0A 2I4BA 1PC3A 4YMAA 4LONB 5L9OA 1H45A 1YTVA 3C32A 1I6QA 3CRBA 3H6VA 4MF3A 1LSTA 3PUYE 5BUUA 1SD3A 1A40A 1MDP1 4PP0A 4KQPA 1QUJA 4Q8RA 3U94A 1SYIA 3VE1B 4H8IA 1MH3A 4ZZEA 1N7XA 2Q8JA 4NF8B 5JTYB 1P1UA 1T0KA 1JETA 3ZKKA 2DE4A 4FJPA 3O6GA 3KSXA 4YKIA 3M3LA 3KN8A 4FATA 2XX8A 3O6IA 1B5IA 2F5XA 1NNPA 3TDJA 4G2ZA 3ZKLA 3OMBA 4F18A 4WEDA 3EQ1A 4NTLA 3BKIB 2VD3A 2XHDA 4NF5A 2R71A 2X7PA 2HFBA 4ND9A 3TYHA 4FECA 2ONRA 3SEWA 4OFJA 4DDDA 3FVNA 4HCYA 2CMOA 2YPNA 4IO6A 2V25A 4IO2A 4R9FA 5I57B 3O97A 3TODA 2DWIA 4OERA 3PUWE 3PMWA 5ITPA 1MY1A 2ABHA 1FQBA 4R6KA 5AA1A 1MM6A 2Z8EA 2DS9A 5FHMA 1XT8A 2F35A 1N3WA 2I49A 4G8NA 4MH5A 1Z7NE 4F2QA 1B3LA 1SI0A 2W7YA 3TEPA 1O64A 1OVTA 4AB5A 5I2NA 4F3GA 2DWAA 3UGWA 1UIVA 3U93A 3CIJA 2QMXA 1B4HA 3AXFA 4PETA 5H8NA 3WAFA 2O1MA 2REJA 3TTKA 1Y3NA 5K2XA 4F22A 3CFLA 5CBRA 4L17A 1XVYA 3TELA 4YU0A 2O69A 4WKMA 5BWJA 4KCDA 1B9JA 4KHZE 3N94A 4F19A 1TFDA 2FYIA 4MFIA 1HSLA 1LAXA 1MY4A 3TZAA 3K4UA 3SDFA 1LAHE 1QUIA 1JQFA 4TQUQ 5IAIA 1M5CA 2F8DA 2Q2CA 1B05A 3PU5A 4XIGQ 5I58A 3W9WA 4DXBA 2GRVA 2PYYA 1ZKBA 4OEVA 1FTLA 1B3FA 1QVSA 3OO6A 4G8MA 4GWOA 2I48A 3QAXA 3MVZA 2DXYA 5H8SA 1XS5A 3PPQA 1N0TA 2V3QA 2OBGA 4F39A 4N6PA 1L5TA 3ILUB 1IXCA 1FQDA 1DSNA 2NXOA 3Q29A 5LOMA 4OXVA 1UIUA 4OZ9A 4YKJA 4LQ2A 3O9PA 3D4GA 3UA8A 2HAVA 3G3HA 3CG1A 3QK6A 4DXUA 2THIA 3IO4A 3ODBA 4R6YA 3UP9A 3T9HB 3CFXA 5CI5A 4OMBA 4JSDA 1URGA 3OXNA 4LUBA 2YJPA 3OEKA 2Z8DA 1FTKA 4ZEIA 2NOOA 4HCWA 3MPLA 1LFIA 2GHAA 2UVJA 1MXXA 4Q30B 3TQLA 3H6UA 3RGYA 4EQ9A 3SEVA 1SW2A 1MRPA 4RA1A 4OTEA 3PPPA 3N26A 4ELRA 2Q2AA 4WXJA 1D4NA 5A5XB 4HTGA 4U2RA 3FJMA 2M8CA 1IXIA 1B0HA 4U4SA 3QUFA 1DOTA 1Y3QA 5CMCA 1SQYA 4KYSA 1QUKA 1MXZA 3K2DA 3MJNA 4KPTA 2OCUA 3SETA 1D9VA 1LB8A 3IK6B 4F3BA 2Q89A 5CRYA 4O3AA 4F3PA 2QSXA 4R9GA 4BDQA 2XXPA 5AA2A 3TTMA 5JK4A 4OESA 1OLCA 1B7ZA 5KDTA 4QFOA 2F6GA 1NL5A 2Y7RA 2DVZA 2XXXA 1P99A 1QULA 4GRKA 3VVFA 3IJXB 2I0CA 2RKMA 3W9VA 3G3IA 1OQGA 3SERA 1SDXA 3FIRA 1B7UA 5JEIA 3MUQA 2F7CA 4G4PA 2B65A 4C1UA 4JSOA 2P1SA 2UYFA 3E4RA 1US4A 2O51A 3IOWA 4ZE8A 3V5AA 2B3FA 3FJ7A 4LZ8A 3EF7A 1NH8A 2PX1A 2UYEA 2DYXA 2XXUA 1IZ1A 2RCAA 5AA4B 4WEPA 4G68A 2Z22A 2QJEA 2ZXTA 3K0VA 1MXUA 4Z7EA 4JWYA 1US5A 4FE8A 4NEDA 1TFAA 2F7BA 3Q27A 4X48A 2H5YA 5I56A 5HM4B 4PFYA 3C9HA 2H98A 2DQVA 3TAJA 1B5JA 4OEUA 1Z7ME 4YKKA 1IXGA 3U92A 2Z23A 2ZYOA 1MPDA 3I6VA 1FQFA 4QSCA 4C0RA 1XC1A 1OMPA 2R9JA 3S9LC 5ITOA 1S50A 3UN6A 3MAMA 3KGCA 4X1BA 2HXWA 5ELVA 5DVJA 4N13A 1H3DA 4YB5A 1VFEA 3V8XB 3HSTA 3C36A 1A55A 5CMMA 3FXRA 2XXIA 4UACA 4IO3A 4FEBA 1B40A 3F11A 1UQWA 4BDOA 3MPKA 4G77A 3O28A 3A09A 2GH9A 1SW1A 3V83A 3T96B 4BDLA 4ESWA 4EQBA 5TP9B 2ONKE 4F2OA 4P0IA 3ILTB 4ZE9A 2DE2A 1CE2A 1USYH 3GZGA 2ESNA 1B52A 1O7TA 3G3KA 1MY2A 4G68C 1B7HA 1DPPA 4O3CA 1I6BA 2Q9TA 4KFQA 5FHNA 2OLBA 1OIBA 5I2NB 3B7DA 1MDQA 1EH3A 1B32A 5HPQA 3PPOA 1JVXA 1MS7A 2P2AA 3T9VA 2Y7PA 5H8NB 3PPNA 5EYFA 3KJTA 3PMXA 1LCFA 3MW0A 1NH7A 3FVOA 3A3CA 4IY5A 4ZDMA 5H8FA 3MP1A 3LSLA 1R1NA 3DM0A 3W15C 3I3VA 3U1OA 5I58B 1JEVA 1KWHA 3IOTA 2F34A 2HCAA 4FAJA 3PUXE 1B5HA 2ZMBA 4DCXA 2V93A 3KFMA 3SEUA 3IB1A 4POWA 1CB6A 4HW8A 5TU0A 3RUMA 1NMUA 1AL3A 4HS7A 4GIZA 3V89B 3QSLA 1P1NA 1O63A 2NVUB 1NKXA 3E13X 1RKMA 1DTZA 4H0WA 1HSEA 3LSWA 2XXTA 1Y1MA 4LZ5A 2O6AA 1QKAA 2XX7A 3GBBA 2Y84A 4JWOA 4KD5A 2OWTA 5TP9A 3FATA 2G93A 3B6WA 4JBZA 1Y20A 2GHBA 3Q28A 4I9DA 3OOAA 1FTJA 2H25A 4MLVA 3FV2A 5I2KA 3OEMA 3FASA 4QFKA 1B3GA 4RY1A 3DP6A 3G7WA 3OENA 1BLFA 1NFTA 1B3HA 4K3FA 4IGRA 2Y7IA 2DWJA 4JWXA 1JNFA 2PBWA 3MC2A 3HHFA 3VDFA 2DXRA 3C34A 3VVEA 1SW5A 4ELQA 1R9QA 3O6HA 1MY0A 2I3WA 4Q5TA 2QRYA 2V3UA 2QMWA 1URDA 2VOZA 4M4GA 2I58A 3R6UA 3N5LA 3ECRA 3MZ1A 2F7AA 2YLNA 3GLBA 4DIGA 3PV0E 5AA2B 1TXFA 1UTBA 4EXKA 3C31A 3D4CA 4TLMB 4YMBA 5KDTB 2OZZA 2CZLA 2XD2A 3QYTA 3LR1A 3K1MA 1FTMA 2XXRA 3CI8A 3O66A 4AQ4A 4Q0CA 3E3KA 2X26A 3M3FA 3K1PA 3TTLA 3PPRA 3FUZA 1VE4A 4DXCA 3KBRA 3HO7A 1F9BA 1N3XA 2RINA 4IO7A 5B7DA 3T22A 3OO8A 4EF2A 3VLVA 3RNNA 4NF4A 4ESXA 3CG3A 4RJZA 1PB8A 1FW0A 4QRZA 3T93B 5ISUA 4G68B 2DSFA 1ZMGA 3PUVE 5DYHA 3MVYA 1GVCA 1UTHA 3MP8A 4U1ZA 2FA7A 4ZECA 1B46A 4MLQA 3LC8A 1S9TA 5I56B 1Y1ZA 5J1DA 1JW1A 2XXYA 3KN7A 1YCJA 1N76A 3HPIA 1USYE 3FJGA 1EU8A 5CMKA 4LA9A 1Y9UA 3L6GA 3HCQA 3EHTA 1JVYA 1NNTA 3MVXA 1FQAA 1A7LA 1DTGA 1LBCA 4EQ7A 3M8UA 3CSGA 2F97A 3KZGA 3TFLA 4EUOA 2QL3A 3H06B 3HHGA 1XOCA 1ZIUA 3BFTA 5CC2A 3Q26A 1IQ7A 4UA8A 3IX1A 2IEEA 3TCFA 1JW5A 5ICTA 3IOUA 1FQCA 3SEXA 1MPBA 4R74A 3KJ7A 3BBRA 4F31B 4GL8A 2QPQA 2O7IA 4FORA 4N07A 4I1DA 2HQ0A 3RPWA 3U72A 2ZNSA 4BDRA 5H8HA 4R73A 2DP8A 1B4ZA 5M2VA 4R2FA 1MXVA 1OQHA 5KZTA 1M5BA 4QF9A 3B6TA 2E1SA 3C33A 4X9TA 3MWBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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