3HCQA

Structural analysis of the choline binding protein chox in a semi-closed and ligand-free conformation
Total Genus 32
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
32
sequence length
288
structure length
288
Chain Sequence
ESCGTVRFSDVGWTDITATTATATTILEALGYETDVKVLSVPVTYTSLKNKDIDVFLGNWMPTMEADIAPYREDKSVETVRENLAGAKYTLATNAKGAELGIKDFKDIAAHKDELDGKIYGIEPGNDGNRLIIDMVEKGTFDLKGFEVVESSEQGMLAQVARAEKSGDPIVFLGWEPHPMNANFKLTYLSGGDDVFGPNYGGATVHTNVRAGYTTECPNVDKLLQNLSFSLQMENEIMGKILNDGEDPEKAAAAWLKDNPQSIEPWLSGVATKDGGDGLAAVKAALGL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structural analysis of the choline-binding protein ChoX in a semi-closed and ligand-free conformation.
pubmed doi rcsb
source organism Sinorhizobium meliloti
molecule tags Choline-binding protein
molecule keywords Putative choline ABC transporter, periplasmic solute-binding
total genus 32
structure length 288
sequence length 288
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-05-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04069 OpuAC Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3hcqA01
3.40.190.100 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Glycine betaine-binding periplasmic protein; domain 2 3hcqA02
1WODA 2DQVA 3EQ1A 4THIA 2DOJA 4ZEDA 3K4UA 1QW0A 1MY4A 1MQHA 3AXFA 1RYOA 3LSWA 3L6GA 2REGA 5KDTB 1DTZA 2NWJA 2M8CA 2B3FA 1XVXA 3HHFA 1MXVA 2HXWA 3FV2A 1Y3QA 5AA3A 3UIFA 4PFWA 1SYIA 1DMBA 3DM0A 4FECA 3DELB 1GV8A 2QL3A 4C1TA 3RLFE 1JEUA 4EQ9A 3O28A 4LA9A 1D3KA 4FORA 1MY2A 3RPWA 2Y7KA 5I2KA 4IGTA 3CG1A 4KR5A 3UGWA 1B1HA 4P0IA 1MY0A 5HBCA 1P1WA 2VHAA 4F19A 2OZZA 5DTBA 4KYDA 1QJMA 1BTJA 4OENA 1PB8A 3FVNA 4M4GA 5AE4A 1MQGA 1SW1A 3QXMA 4P0GA 3R26A 4MF3A 3PD9A 4YKIA 1A40A 4JWXA 3N94A 5DVJA 2E1SA 4OESA 5K2YA 1SI0A 3SERA 3UA8A 5B7DA 3EHTA 1QKBA 4KHZE 1PB9A 5CC2A 4ESXA 2CZLA 1SW4A 2WKYA 3QK6A 1MDP1 4JWYA 3UK4A 4PP0A 3H6UA 4QSCA 1GTKA 1MY1A 1TFDA 2PT2A 4RPOA 3IB1A 4YKKA 3B7DA 5CMBA 4PFUA 1NFTA 3K2DA 3LSXA 2Q88A 4GL0A 3H03A 4U1ZA 1VR5A 3T93B 4F31B 2HQ0A 2X7QA 4QFKA 4R9GA 4F3BA 5A5XA 1JVXA 2I6EA 4R2BA 2B3BA 4G2ZA 4LZ8A 2DXYA 3R6UA 3M3KA 3BFUA 1A54A 1LB9A 4HS7A 4QHQA 5I2NA 3O6GA 1B52A 3D4CA 3QUFA 3CSGA 3LR1A 4EXKA 2PYYA 3TTKA 1FQDA 1BIYA 5LOMA 5HM4B 3LUYA 4U4XA 4ZZEA 1A99A 2P2AA 5I84A 4LZ5A 2DSFA 1FCKA 1NL5A 1XC1A 2XXRA 3MPLA 1ZU0A 2Y7WA 4U23A 3T9UA 1LFHA 3DLNA 3Q27A 4JWOA 4DLDA 4NF5A 3VLVA 4U2RA 3MAMA 3Q25A 2HAVA 4GQOA 3M3FA 4G68C 5DVFA 4RNSA 4IY5A 1EZPA 5A5XB 3CFLA 3O66A 5AA1A 1SQYA 3RUMA 5EHSA 2ONKE 5ISUA 1FTJA 2HCAA 3FATA 1Y3NA 2XXQA 2ZYNA 3FIRA 4O3BA 4R73A 1UQWA 1QUIA 3N6TA 5FHOA 3THIA 4RPNA 1POY1 4MH5A 2H5YA 3MQ9A 4Q5TA 1EZ9A 2G93A 4RY1A 4POWA 5DEXB 4IY6A 3LBSA 2I3WA 4YU0A 2ZYKA 3O6HA 4YMBA 2XXYA 3C33A 2PVUA 3DP6A 1B4ZA 1N7WA 1MQDA 3GXAA 4F1VA 4XKRA 4DDDA 1HSJA 3SESA 3OD7A 2V3UA 5JTYB 2Q9TA 2QMWA 3KN8A 3U93A 3VLUA 4R72A 1FQBA 3KSJA 3UP9A 1F9BA 2VGQA 4L17A 1NKXA 1O63A 3PMVA 3LC8A 1CB6A 4QFOA 2ZNSA 3I6VA 2DE4A 5TP9B 1A8EA 4G68B 3TQWA 2PT1A 3VVDA 1MM6A 2H98A 3E3KA 1B3LA 4FEDA 4I62A 3C36A 1YAEA 4ND9A 5DT6A 4Q8RA 4H8JA 1B32A 2XX9A 1BP5A 3C9HA 4ECFA 3RGYA 3G3GA 1ELJA 1B3GA 1WDNA 2F97A 4F1UA 1Q1KA 3RT6B 3PUZE 3I3VA 1LCTA 3TFLA 1LAGE 3FVKA 4ZE9A 4NWCA 3V83A 3OEMA 1WVJA 4BDLA 4POXA 1R6ZA 1M5EA 5CMCA 2QPQA 1H76A 1N3WA 1QVSA 4X1DA 3PV0E 4YKJA 5DYHA 2O68A 1MG1A 4QRZA 1EU8A 1VSOA 4GXSB 1FTLA 2O7IA 3HV1A 5CM6A 5FHNA 5JK4A 3KN7A 3VLWA 3ZS6A 2NUVA 1B46A 1TT1A 2ZNUA 3OOAA 4NWDA 1USYE 4KYSA 4G68A 4NE4A 4BDOA 2DWHA 3IR1A 3IOWA 1B58A 3OO8A 3PUWE 2V93A 1LAFE 1MRPA 1IXGA 2OBGA 3G3IA 1R9QA 2PX1A 3T9HB 3PPRA 5IKBA 4H8IA 4GLIA 1IXIA 1MXZA 4E0WA 1VFDA 5H8QA 5BUUA 1UTHA 5K2XA 1JVYA 4BDMA 5AA4A 3TPAA 1M5FA 4FIMA 5I2KB 4OEVA 1B7HA 3USDA 1TFAA 1Y1ZA 4DXUA 4F22A 2Q8JA 1MXUA 1EH3A 3TTLA 1SVXB 4OFOA 1RYXA 3H06B 3TCGA 1PEBA 2I48A 3IORA 4MBPA 3A09A 3K1NA 2QRYA 4KPTA 2Z8FA 2BJJX 1ATGA 1LB8A 3PUXE 3T96B 4MLQA 3FUZA 2AYSA 2ZXTA 4PE5B 3KOTA 4DXBA 4H5GA 1S50A 3I5OA 3PPOA 2V25A 4QF9A 1H3DA 4H1XA 4WEPA 2ANJA 2V84A 3UN6A 3S9LC 1NNPA 1MQJA 1MPCA 4NEDA 2P1SA 2VOZA 4HCYA 1O64A 3JYRA 3TTNA 4DCYA 1P1UA 4YKPA 3TEPA 4G8NA 3KG2A 1DTGA 3K6VA 4I1DA 4QFLA 4ZZAA 3TUSA 3TELA 2F6PA 2VD2A 4R6HA 2LAOA 4X48A 3SEUA 3TAJA 3DP4A 4FE8A 1PDAA 5F1QA 3TCHA 3RTWB 5JTYA 2X7PA 2O51A 1SD3A 3D4GA 1LFGA 2O1MA 4PFYA 3W9WA 3K1PA 1R9LA 3U94A 1LBBA 2R71A 2UVHA 3IO6A 3JV9A 3MC2A 1SBPA 1ZIUA 2AL4A 3CG3A 3PPNA 5KDTA 1IIWA 4KI0E 4ZE8A 1B7UA 3SEXA 1RKMA 4IO4A 1UIUA 4GL8A 2PMSA 4LQ2A 5M2VA 4DIGA 1UIVA 3KJ7A 3RTFB 3CIJA 5JEIA 2ZNTA 1S9TA 4JSDA 4RK2A 5CRYA 1UTHB 3FXUA 5FTIA 1UTBA 5I57A 1J1NA 2CMOA 2ZYOA 4NF6B 1B5JA 4Z7EA 4X1BA 4R74A 3T9XB 3HPIA 3MVYA 4X9TA 3CFZA 1HSLA 3CRBA 1AL3A 1MPBA 3IL1B 3S9NC 1B4HA 1P1OA 2I58A 1I69A 3G7WA 1LLSA 3V8XB 2XXVA 3K02A 3OO9A 4AQ4A 3MZ9A 3O97A 3TKDA 3PPQA 2GHBA 2NOOA 3FXRA 4H5FA 1YTVA 4FEBA 3OXNA 3C4MA 4JB7A 3RN8A 1H43A 3C31A 5I58A 3LSFB 2RC7A 2RKMA 3O9PA 4YAHX 3K1MA 1B9JA 4WEDA 1N7XA 1R1NA 3K01A 4GF8A 2HAUA 2Z22A 4GFRA 4LUBA 5KZTA 1SDXA 4O3CA 1MY3A 4H0WA 4TLLB 4AB6A 3CVGA 4DZ1A 4YMAA 1T0KA 2XD2A 3K6XA 2I0BA 4OMBA 1JETA 2GFEA 1BKAA 4OEUA 2XXXA 5L9MA 3C34A 4NF4B 3HHGA 3TODA 3M3LA 1JW5A 3GZGA 3VVFA 2F7BA 4HW8A 2ZMBA 3KN3A 1Y9UA 1IITA 4IGRA 5CMKA 4BDNA 5AA2A 3QYTA 4G8HA 2Z8EA 3OEKA 3PMXA 4ISUA 4OQOA 3VDFA 4F3PA 3E13X 2F34A 2F6GA 2QS2A 2DWAA 2ZYMA 3BKIB 3GLBA 1Z7ME 5TP9A 1PC3A 2O6AA 4ONYA 3FVGA 4IO6A 2HEUA 5B70A 4TLMB 4ZEBA 4U4SA 1OLAA 2XX8A 1NH7A 2HZKA 2RCBA 3MVWA 1GVCA 3S9MC 3OMBA 4GVOA 3FJMA 1B51A 1FQEA 1B40A 2W7YA 5L8DA 3K00A 3V89B 2UYFA 2XXWA 3VXBA 3OELA 2F36A 4IO3A 5FHMA 2DP8A 2I4CA 3EHSA 3KSXA 1IZ1A 2DS9A 4JXIA 1O7TA 1SYHA 5I56A 4ZEIA 1DOTA 3VXCA 4GIZA 2PBWA 3TMGA 2XHDA 3P7IA 5I59A 3Q26A 1II5A 3EHUA 3G3FA 4KD5A 3OENA 1PBPA 3TZAA 3S2VA 3VFJA 4F39A 4IO7A 4XKQA 3B6TA 4MFIA 1ZLQA 2QS3A 4YZZA 4XIGQ 3FZVA 3Q28A 2B65A 4JDFA 4Z0IA 5H8NB 3FJGA 2Q2CA 4DCXA 3V5AA 3MVZA 4G77A 2IA4A 4GXAA 1FQFA 3FASA 1B2HA 1MDQA 1JW4A 1P99A 3DP8A 1LAHE 3IJOB 3JZJA 1MPDA 3RQTA 1M5BA 4EDPA 5KCJB 1Y3PA 3MZ1A 4NF6A 2XX7A 4RXLA 2Y7PA 1H45A 4RA1A 1JQFA 5BWJA 2A5TA 2O7UA 1US4A 3MZBA 5AA2D 2Q89A 1Y20A 5ICTA 4BDRA 3SEYA 2DYXA 5H8HB 1JNFA 2QS1A 3G3KA 1B0LA 5H8HA 1QUJA 1QKAA 3OO7A 2HFBA 4XKNA 1A7LA 4M1VA 5ITPA 3FD3A 1MXYA 2Y7IA 1L5TA 1IEJA 3PMWA 4QSEA 3TTMA 1FQCA 2G29A 2XXHA 4OTEA 4PETA 1XS5A 2X26A 3N6UA 4KCDA 4AB5A 3LSLA 2DWIA 3ODBA 3C35A 2R6GE 2Z23A 4WKMA 5L9OA 1CE2A 3MP1A 5J1DA 3E9XA 3PPPA 4I8CA 5H8NA 1LFIA 1BLFA 3A3CA 3B6QA 4NF8A 3PU5A 1ZBMA 2D5WA 1IUDA 3KGCA 1DPPA 1P1QA 4JBZA 4KYEA 3CFXA 1SI1A 4OXVA 5TPAA 5H8QB 4R9FA 3IB2A 3IOTA 1FTMA 3W15C 3H6VA 3A3UA 3T66A 4FAJA 1D4NA 1N84A 2Y7RA 1A8FA 2UVJA 4P11A 3FJ7A 4WXJA 4ELRA 1USYH 1B3EA 3HN0A 4PFTA 1LAXA 3EF7A 3F11A 1LCFA 3K6UA 3MBPA 2VD3A 3QSLA 4TOZA 5FTHA 3MJNA 4OETA 4BDQA 4F3GA 1SW5A 2ESNA 3MP8A 4ZEFA 5I59B 2QS4A 2I4BA 3EN3A 4U1OA 5I56B 1OVBA 4LZ7A 2P0SA 4HTGA 1NNKA 1POTA 1ZKBA 3N26A 4OFLA 3KJTA 3IO4A 3SETA 4F3SA 2KLFA 3K6WA 1AIVA 2ONRA 3SDFA 4ZECA 1FTKA 4LONB 1MH3A 4U21A 3SEVA 1AH5A 3BFTA 2I49A 1LGBC 1TXFA 1ZMGA 4R75A 4N6PA 1JEVA 2QSXA 5CI5A 1JW1A 4H67A 3FXQA 2FYIA 2XXTA 3PGFA 2F5XA 2THIA 4OYVA 1B0HA 2GH9A 2F7AA 1YPNA 5CBRA 1I6BA 1AOVA 1OVTA 2ABHA 2V3QA 4C0RA 4EQBA 2QMXA 2V3TA 1XVYA 3H6TA 3U72A 1LBCA 2XXIA 2D3IA 1GGGA 2XD3A 1N04A 1I6AA 4GRKA 1MXXA 1M5DA 2O1LA 4UACA 4F1YA 2RF1A 2R9JA 1US5A 4N13A 3H6WA 4DXCA 3VVEA 2DE3A 2XXPA 3ILUB 3ZKKA 3BBRA 1GR2A 5H8FA 4F2QA 1NMUA 3MUQA 1MXWA 1N0TA 4R6KA 4ZS9A 5CBSA 3IOVA 2F35A 3N5LA 1OMPA 1Z7NE 2ONSA 4R6YA 2F78A 1PBQA 2FA7A 2YPNA 4GOTA 4IO2A 1B5IA 4YICA 4IB2A 5ITOA 4EF2A 3L6HA 1NNTA 1ZTYA 3GBBA 3T9VA 3TCFA 1NH8A 3G3HA 4I9DA 2QJEA 5CMMA 3VE1B 4NF4A 2YJPA 3OSQA 2OWSA 2RC9A 4OFJA 4QFNA 1OQGA 4YB5A 2ALUA 4QSDA 3T22A 3U92A 2UVGA 1SW2A 1Y1MA 2F8DA 1LSTA 1QULA 1N76A 2A5TB 4TQUQ 2GRVA 3ZSFA 2HZLA 3M8UA 3WAFA 1N3XA 2DWJA 2Z8DA 3RY3A 3ZKLA 1D9VA 1DSNA 3MP6A 3PD8A 3OO6A 4GD5A 4OZ9A 3PUVE 4EF1A 4ELPA 5DVIA 3H3GA 4JSOA 3HO7A 2H9BA 5H8SA 3SKPA 3G3JA 4BLAA 4NF5B 1M5CA 4N07A 1VE4A 3CSBA 3RT8A 3ECRA 3IAZA 3KZGA 4RJZA 4ELQA 1FQAA 4EQ7A 2E0SA 4NMYA 3FV1A 5TPAB 1MM7A 3MVXA 4KQPA 1B6HA 4HCWA 4KCCA 5IAIA 5ICQA 5F7VA 2UVIA 4NTLA 4DE8A 5I57B 2H4IA 2RC8A 4MLVA 3W9VA 4ZEKA 1Y4TA 4XKPA 5DEXA 1EZOA 4YB7A 3ILTB 3R7XA 1OIBA 1IXCA 1URGA 4G4PA 1YCJA 4Q0CA 1FW0A 3H7MA 3E4RA 3C32A 3KEIA 3CI8A 1OLCA 2OK2A 3HCQA 3TYHA 1HSEA 4U22A 4ELOA 4LQ5A 2D21A 4G8MA 1MH4A 1Q35A 3Q29A 4PQJA 4ESWA 4FATA 4F2OA 3FVOA 3FGSA 1B1XA 4XTCQ 1B5HA 3CR9A 2O69A 1IXHA 2A5SA 3KFMA 3MW0A 3TTRA 3VV5A 1ZJLA 4OVJA 5I58B 2F7CA 2YLNA 3IK6B 3PUYE 2OJTA 3QAXA 3UORA 3S9EA 2UXAA 4LVQA 4UA8A 5EHMA 2DE2A 2DXRA 2H99A 1XT8A 4F29A 4XXUA 1VFEA 3K0VA 4FJPA 4IO5A 4F18A 5I2NB 1PB7A 4OWDA 3H4ZA 1UTBB 1I6QA 5H8FB 3HSTA 3QIMA 1B3FA 2NXOA 1TWYA 1MQIA 1AMFA 2O84X 2RINA 5ELVA 4LP2B 2VP1A 3QUJA 1DPEA 3B6WA 2GHAA 3MPKA 4C1UA 2OLBA 5L9SA 3IB0A 2AIXA 3O2AA 3IOUA 3SEWA 2FNCA 4ZDMA 3S4UA 4E0XA 4H65A 4RK9A 1H44A 3O6IA 3U8QA 1IQ7A 4EXLA 3MWBA 5HPQA 4R2FA 1FTOA 4OHNA 4OERA 1B7ZA 4YB6A 3WAEA 1ANFA 1QUKA 1NNFA 4K3FA 3TDJA 4KFQA 2NVUB 1P1NA 1XHYA 2OWTA 2Q2AA 5EYFA 1B05A 1A55A 1Y4CA 2H25A 2XXUA 3EPEA 4NF8B 5KCJA 4H6DA 1OQHA 3U1OA 1B3HA 3IJXB 5AA4B 4QFPA 2UYEA 1D9YA 2REJA 1URDA 4Q30B 1MS7A 5TU0A 4EUOA 3RNNA 1URSA 2DVZA 2OCUA 2I3VA 1S7YA 2Y84A 3OSRA 4RYAA 1XOCA 2RCAA 3GBAA 3O29A 3ONMA 3KBRA 1KWHA 2DVCA 4O3AA 2IEEA 3IX1A 4GWOA 3KOSA 5AA2B 4LATA 2AL5A 3TQLA 2I0CA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1WODA 4ZEDA 1NV3A 3K4UA 5IZ3B 1MY4A 1IMCA 2REGA 1DTZA 4PFBA 2B3FA 1XVXA 2HXWA 3UIFA 4PFWA 3DM0A 4FECA 4C1TA 4FORA 5IZ1A 2XA5A 4IGTA 3CG1A 2Q74A 1MY0A 4IR8A 4AS4A 5AE4A 1MQGA 1A40A 3EHTA 1PB9A 1SW4A 3QK6A 1GTKA 1NV5A 4YKKA 3B7DA 3K2DA 3LSXA 2Q88A 4P47A 1LBYA 4MJOA 2HQ0A 2X7QA 1JVXA 4G2ZA 4LZ8A 3R6UA 4HS7A 3O6GA 1B52A 4EXKA 1YXIA 1BIYA 1A99A 1FCKA 1XC1A 4U23A 2XXRA 2Y7WA 4JWOA 3M3FA 4RNSA 1LBZA 3CFLA 2PFYA 2XXQA 2ZYNA 4PGPA 3THIA 2G93A 3LBSA 4MX6A 2ZYKA 3O6HA 2P3NA 3D1RA 2XXYA 4OVSA 2VPNA 1HSJA 3OD7A 5JTYB 2QMWA 4XEQA 2CEYA 2VGQA 1O63A 3I6VA 2DE4A 5TP9B 4G68B 4ND9A 1YAEA 2HXRA 1B32A 3G3GA 1ELJA 2F97A 3RT6B 3I3VA 5CMCA 1N3WA 4YKJA 4H46A 2O7IA 5FHNA 4P1EA 5JK4A 3ZS6A 4BDOA 4G68A 1MRPA 4GBVA 1R9QA 3T9HB 1MXZA 4PF6A 1VFDA 1UTHA 1JVYA 5AA4A 4FIMA 5I2KB 4OEVA 1NUYA 1EH3A 1SVXB 4I3EA 2CZKA 4GX6A 4H5GA 1S50A 3PPOA 1FPEA 3ISPA 4WEPA 3S9LC 4JVIA 1NNPA 2VOZA 4HCYA 3JYRA 3TEPA 4I1DA 3K6VA 2VD2A 3SEUA 5F1QA 2O51A 3U94A 2UVHA 2R71A 3IO6A 4O94A 3JV9A 4KI0E 3SEXA 4O7IA 3RTFB 3CIJA 2ZNTA 3RPLA 3GYYA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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