3HCQA

Structural analysis of the choline binding protein chox in a semi-closed and ligand-free conformation
Total Genus 32
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
32
sequence length
288
structure length
288
Chain Sequence
ESCGTVRFSDVGWTDITATTATATTILEALGYETDVKVLSVPVTYTSLKNKDIDVFLGNWMPTMEADIAPYREDKSVETVRENLAGAKYTLATNAKGAELGIKDFKDIAAHKDELDGKIYGIEPGNDGNRLIIDMVEKGTFDLKGFEVVESSEQGMLAQVARAEKSGDPIVFLGWEPHPMNANFKLTYLSGGDDVFGPNYGGATVHTNVRAGYTTECPNVDKLLQNLSFSLQMENEIMGKILNDGEDPEKAAAAWLKDNPQSIEPWLSGVATKDGGDGLAAVKAALGL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords Putative choline ABC transporter, periplasmic solute-binding
publication title Structural analysis of the choline-binding protein ChoX in a semi-closed and ligand-free conformation.
pubmed doi rcsb
source organism Sinorhizobium meliloti
molecule tags Choline-binding protein
total genus 32
structure length 288
sequence length 288
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-05-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04069 OpuAC Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3hcqA01
3.40.190.100 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Glycine betaine-binding periplasmic protein; domain 2 3hcqA02
2AL5A 1XVXA 3UGWA 1AH5A 1TWYA 1NNFA 4ZDMA 3O6HA 1EZ9A 1JVYA 5I59A 1B1HA 4R75A 1JW5A 2AL4A 5L8DA 2XX7A 1FQAA 5DVJA 1MH4A 3RQTA 4XKNA 2DOJA 4P0GA 2NWJA 4BLAA 4OHNA 1B32A 2UVIA 2I0BA 3QAXA 2D21A 5CBSA 1B6HA 3K6XA 2ESNA 2A5TA 3K0VA 3TDJA 4GXSB 3Q29A 2Q89A 3EHSA 1P1UA 1JETA 1NNTA 2I3WA 1M5EA 4G8HA 3IOTA 1ELJA 1DOTA 1MPBA 2X26A 2XX9A 1R6ZA 1LAFE 2DVZA 3TMGA 1GVCA 2M8CA 4KR5A 4YMBA 2PX1A 1S9TA 2ONRA 4DXUA 3R6UA 3LR1A 4X1BA 1A8FA 3O97A 3W9WA 4OETA 5ELVA 4RNSA 3VVFA 3CR9A 3OOAA 4I1DA 4HTGA 3O6IA 2H5YA 1P99A 1SVXB 4BDOA 1TFDA 3K00A 1AOVA 2VP1A 3BFTA 2GH9A 4MLQA 2ZYMA 3TQLA 3M3FA 4R72A 3FD3A 2HXWA 3IO4A 1IXHA 5KCJB 4G2ZA 4PFUA 4O3CA 4YKJA 4IO7A 4OWDA 2REJA 3K02A 4ISUA 1R1NA 3UN6A 4Q8RA 1B9JA 3T9UA 3IX1A 4P0IA 4Q30B 4C1UA 3K1PA 4I62A 1I69A 5ITOA 2RKMA 3RN8A 4KQPA 4JWXA 1JEVA 2REGA 3TZAA 4YKIA 2F78A 1FTJA 2PVUA 3DELB 3LSFB 4KYDA 5H8FB 1IXCA 3TCFA 1LFHA 4F29A 4NEDA 2WKYA 3O9PA 5EHSA 1O64A 4R9FA 1URDA 1FTMA 2LAOA 1MDP1 4R6KA 5I57B 5FHNA 1IXIA 1SW4A 3IOVA 4JDFA 1B3EA 1RYXA 3KN3A 1I6BA 4XKPA 3QYTA 2ZYKA 3MPKA 2DWAA 1PEBA 3C4MA 1H3DA 3TTMA 4KYEA 3U8QA 1OVTA 4U1OA 1SI1A 5M2VA 3MZBA 2XHDA 5I2NA 2H25A 4Q0CA 4YKKA 1B3LA 3KFMA 3KSJA 3CIJA 4YICA 4K3FA 3G7WA 4POXA 3FJGA 1SI0A 3C33A 4GF8A 1OLCA 3FXRA 5HBCA 4U2RA 1Y3QA 3RT6B 2F5XA 1MM6A 2DVCA 1B7HA 4U1ZA 3FVOA 1H45A 1SDXA 3R7XA 3B6QA 3K4UA 3E4RA 5FTIA 3I3VA 3IK6B 3TKDA 3U94A 4KHZE 4JB7A 4EXKA 3R26A 4FATA 3FZVA 3MUQA 1H43A 2ZYOA 4JSOA 2FYIA 3ZKLA 5TU0A 3MZ1A 3DM0A 4R6HA 3VV5A 3MJNA 1JW1A 1F9BA 3K6UA 3UORA 3UK4A 3H3GA 4OYVA 1HSLA 3PPQA 5AA4B 2HZLA 3BFUA 4F1UA 1II5A 1AL3A 4KCDA 2VGQA 1QUIA 3N94A 4POWA 4HCWA 4FEDA 4JBZA 2R9JA 1EU8A 3MBPA 3D4GA 1B58A 4Z0IA 4H1XA 2R6GE 2P2AA 4LUBA 3IORA 4ZEKA 2XX8A 1IUDA 4GL0A 5AA2B 3UP9A 1TFAA 3LC8A 1N7WA 4QHQA 1URSA 3O66A 5K2XA 5DEXB 1NH7A 5H8HB 3FVNA 3FV1A 5CI5A 2XXIA 5JK4A 4FEBA 2QPQA 4F3SA 2NXOA 4H5GA 4XXUA 3RY3A 4IB2A 1MPCA 4IO4A 2Q88A 4U4XA 3TTKA 1N04A 2F6GA 4FJPA 1OMPA 1WVJA 2E1SA 3K1NA 4XIGQ 1AIVA 2UVJA 4QSEA 1MY1A 3OEKA 3TPAA 2XD3A 5I59B 2PT2A 1PB7A 3C9HA 2XXUA 4C1TA 3EPEA 2F8DA 3DP8A 1PBQA 4F3BA 5L9OA 4X9TA 5CBRA 1OIBA 1ZBMA 5BUUA 4WEDA 2DXYA 1MQGA 3PU5A 1O7TA 1UIVA 1VSOA 3Q28A 1FQFA 4OMBA 4EUOA 1MQIA 3MVYA 2DE4A 1YPNA 2PBWA 2ZYNA 4PFWA 3EN3A 1CE2A 2HAVA 4RA1A 4M4GA 4QSDA 3N6UA 5AA2D 1BTJA 4ZEDA 2QL3A 3E9XA 1A55A 3SEXA 4UACA 3SESA 2V84A 4IY6A 5AA1A 3FGSA 3K2DA 3EHTA 3SEWA 2O6AA 4IY5A 2QS1A 3K6WA 2V3UA 4U21A 1QUJA 2O84X 1MXVA 2RCAA 4KPTA 4BDMA 2B65A 1VFDA 2F36A 4QFOA 4OZ9A 1P1NA 5CM6A 3W15C 2YPNA 5TP9A 4H65A 4ESXA 3C31A 3SEYA 1UQWA 1B46A 3VXCA 5ICQA 1SW5A 3KN7A 2H4IA 4NF5A 3ILUB 3F11A 3KJ7A 1MM7A 2Z8DA 4TLMB 1HSEA 3KOSA 4KI0E 4AQ4A 3DP6A 3M3KA 5TPAA 1UTBA 3OD7A 1NKXA 2V3TA 1OVBA 2XXYA 4F3PA 3C36A 3QK6A 5CC2A 3LSWA 3U1OA 4H6DA 4OENA 5DTBA 2QS2A 4GIZA 3GBAA 2OZZA 2V93A 4NF4A 4GL8A 3M8UA 2I49A 3MP1A 4ZEFA 2XXWA 4RXLA 2Q8JA 3UIFA 3QUJA 3LSLA 1NNPA 2OJTA 4U22A 4OFLA 4FE8A 3PPNA 2UXAA 3OO6A 2DYXA 3G3JA 3KJTA 4F22A 1MY4A 2Y84A 5I58A 3BKIB 4E0XA 1LSTA 1Y4TA 4UA8A 2ZNTA 4DIGA 5B7DA 5DVIA 3GZGA 2HQ0A 3O29A 1NL5A 3RGYA 3EQ1A 3THIA 3PD8A 5H8SA 2Q2AA 4FORA 3TTLA 1MQHA 4BDLA 2I0CA 4FIMA 2GHBA 3KOTA 3Q25A 3SDFA 3TCGA 1OQHA 1DTGA 4G68C 3S9MC 4OXVA 3T93B 2CMOA 5I2NB 4I8CA 4G8MA 4YKPA 5DYHA 2HZKA 3TAJA 5JTYA 3AXFA 3KBRA 4WKMA 2I6EA 3PUYE 2DP8A 3CRBA 4H5FA 4IO6A 1LFIA 2DQVA 3TFLA 3CI8A 2FA7A 2Y7IA 3MZ9A 3TELA 1LBCA 4EF1A 3EHUA 3IOWA 4P11A 2DXRA 5HM4B 4HW8A 1ZIUA 4NF6A 3TODA 1RKMA 4IGRA 2B3BA 4H8IA 1TXFA 1NMUA 2QMWA 1IQ7A 5F7VA 4C0RA 4ELRA 4HCYA 4NTLA 4QFNA 2H99A 3CFLA 3PPPA 3MVXA 2HAUA 4QFKA 1ZMGA 4AB5A 3SETA 3ZKKA 2Q2CA 4F3GA 2OBGA 4BDQA 3T22A 3V5AA 4ZZAA 3S9NC 3E3KA 2UVGA 4H67A 3RPWA 4Q5TA 4Z7EA 1MXYA 4G68A 4MBPA 2D3IA 1B7ZA 1MQDA 1QJMA 4IO5A 1MXWA 3Q26A 1AMFA 3VLVA 5L9SA 4LZ5A 3GLBA 3IJXB 2PT1A 2VD2A 1US5A 4OFOA 4FECA 1M5DA 1SD3A 1B7UA 2Y7PA 3ZSFA 1OQGA 1UTHA 3DP4A 3FXQA 1PB8A 4NE4A 1XVYA 3CFZA 4PFYA 2RCBA 3N6TA 3H6UA 3A3UA 3H6WA 3VLUA 4XKQA 4E0WA 1LAHE 2O7IA 3VLWA 3HV1A 3U72A 1IZ1A 1FQEA 2IA4A 3QSLA 3VVEA 2X7QA 4MF3A 3GBBA 3K01A 4KFQA 4ND9A 3PPOA 2PMSA 1R9LA 4QSCA 1A54A 5CMMA 4YU0A 1N7XA 3HSTA 4EQ7A 2AYSA 2F7CA 4JWOA 1LB9A 2H98A 1MXUA 2B3FA 2I3VA 1FTOA 3V89B 2UYEA 2O69A 1N3WA 4R6YA 2QS4A 5KCJA 4LATA 1GGGA 3H03A 3RTWB 3P7IA 1FCKA 4NF8A 1R9QA 2RC7A 1B4ZA 4THIA 2ONSA 4XTCQ 4KYSA 5I2KA 1VE4A 1JQFA 1P1WA 3MP6A 1GR2A 1WDNA 3RTFB 1B3HA 3PUZE 4R9GA 1LAGE 1J1NA 1YTVA 1KWHA 3V8XB 2THIA 4QRZA 3N26A 3L6HA 2GHAA 1N76A 4LQ5A 1RYOA 1LFGA 1SYHA 3MW0A 3VE1B 4JSDA 5TP9B 3TCHA 4QFPA 4OQOA 5I56A 3GXAA 3HO7A 5KDTA 2NOOA 3FVKA 1SW2A 4YB6A 2P1SA 2BJJX 5K2YA 3G3GA 3MVWA 2DWIA 3KEIA 1MY3A 3MC2A 4NF5B 1QULA 2W7YA 1SQYA 2QMXA 4LA9A 3JZJA 3KN8A 3SEVA 1O63A 3IOUA 2R71A 2ZNSA 2O51A 1DPEA 1POY1 3SKPA 3JYRA 4O3AA 5TPAB 1UTBB 1I6AA 2QJEA 1A40A 3A09A 1B51A 1MXXA 2DE3A 1EH3A 4GWOA 3FVGA 4BDRA 4LP2B 4EDPA 3T9VA 3QXMA 3PMVA 2Y7WA 4NF4B 4G77A 2GRVA 1XOCA 3USDA 3K1MA 4X48A 3FASA 2XXRA 3LSXA 2A5TB 4OEUA 4F31B 4G8NA 4NWDA 3KZGA 5IKBA 1M5BA 5I58B 2D5WA 2ANJA 2UVHA 2Z23A 4IO2A 3JV9A 4OEVA 3RT8A 3I6VA 2Z22A 4N13A 3ZS6A 5CMCA 4ONYA 4GRKA 3IL1B 3FJMA 3HCQA 1Z7ME 4R2FA 3C35A 4U23A 2X7PA 3OENA 1QVSA 4RJZA 1FQBA 4NMYA 4GVOA 3H6TA 4ESWA 1A8EA 1PBPA 1YAEA 1MRPA 3TUSA 3PMWA 4WXJA 2HCAA 4IGTA 1Y1MA 4PFTA 1N84A 2QS3A 5JTYB 4YMAA 1OLAA 3VDFA 1EZOA 1MQJA 4O3BA 4GFRA 2F6PA 3I5OA 2UYFA 4JXIA 3CG3A 2I58A 2YJPA 3SERA 3S9LC 3IB2A 1YCJA 2V25A 1M5FA 4QFLA 3KSXA 2VD3A 3U93A 4NF6B 2OCUA 1I6QA 1QKBA 1S7YA 5H8HA 3VVDA 4DXBA 2Z8EA 1ATGA 3OO7A 2XD2A 1TT1A 1N3XA 2RC9A 4DDDA 4R73A 1GTKA 5H8QA 4NWCA 3FIRA 2V3QA 1B1XA 3D4CA 3CFXA 1M5CA 3CVGA 3QIMA 4DCYA 2DE2A 1MPDA 3H7MA 1Y3NA 4YB5A 4LONB 3T96B 4ZE8A 1B05A 1BLFA 1B0LA 3OO9A 4ELPA 1ZU0A 1MY2A 3OELA 3T66A 5H8NA 3L6GA 2NVUB 1B2HA 3DLNA 1ZKBA 1QW0A 4F2OA 1FTKA 2OWTA 2O1LA 4EXLA 1DPPA 1ZTYA 4G68B 3VFJA 4QF9A 1DSNA 1Y9UA 5FHMA 1D3KA 5FHOA 3B6WA 3PPRA 1JVXA 3OSQA 4DCXA 4ZZEA 4HS7A 5I84A 1UTHB 1ZLQA 4DZ1A 2FNCA 1A7LA 1LB8A 1QKAA 1Y4CA 4YAHX 5J1DA 4MFIA 2PYYA 4N07A 3OEMA 1BKAA 3PV0E 1IEJA 4ZECA 1ANFA 5A5XA 4H8JA 4I9DA 1DMBA 1NFTA 3CSBA 4OTEA 1LAXA 4RYAA 4GXAA 2Q9TA 3IJOB 1N0TA 1JEUA 1POTA 4GLIA 4OERA 3M3LA 1S50A 2OK2A 1VFEA 4N6PA 1P1QA 1XC1A 4EF2A 2XXXA 2XXVA 5HPQA 1Q1KA 3KG2A 3FUZA 4YZZA 3G3KA 2HEUA 2VHAA 4DLDA 4GQOA 3RLFE 3ONMA 1B4HA 3FATA 3MPLA 3MAMA 5CMBA 4OFJA 1HSJA 3C34A 4JWYA 2NUVA 5LOMA 1FQDA 3U92A 2RC8A 5CMKA 5AA3A 4NF8B 3Q27A 1LLSA 3H06B 4PETA 3IAZA 5L9MA 5I2KB 2F35A 3RNNA 3TEPA 3VXBA 5IAIA 3TYHA 1B3FA 4RPNA 3ILTB 5BWJA 1FW0A 3HN0A 4OVJA 4MH5A 1B3GA 4MLVA 1LGBC 4RK2A 4ECFA 4RPOA 1IIWA 4U4SA 4F18A 2I48A 4BDNA 5ITPA 4ZEBA 3PUVE 2H9BA 1H44A 5DT6A 5F1QA 3TQWA 2HFBA 2ZNUA 4RY1A 5I56B 5KDTB 1Q35A 3ECRA 4G4PA 2GFEA 1XHYA 2RINA 4ZE9A 5DVFA 1Z7NE 4GOTA 3N5LA 1ZJLA 2ZMBA 1PC3A 5EHMA 4F1YA 5JEIA 2Z8FA 5EYFA 3MWBA 1URGA 4PP0A 1D4NA 1MH3A 3G3HA 4X1DA 3IR1A 3PUWE 4ZS9A 3SEUA 2O68A 3W9VA 3RUMA 3KGCA 4YB7A 4LVQA 1WODA 3MVZA 3FV2A 3O2AA 3TTRA 1Y1ZA 1LBBA 1DTZA 1USYH 2O7UA 3HPIA 1MDQA 3CSGA 1SBPA 3C32A 1MG1A 3WAFA 2Y7KA 2ZXTA 3T9HB 1B5IA 1A99A 3ODBA 3B7DA 4TLLB 1IXGA 3IB0A 1VR5A 4EQ9A 2G93A 1MY0A 1D9VA 3PMXA 4F39A 2XXPA 3MP8A 1T0KA 2RF1A 5CRYA 5H8FA 1SW1A 1CB6A 3A3CA 2ONKE 4IO3A 3IO6A 1L5TA 1MS7A 1US4A 2VOZA 5FTHA 1XT8A 5I57A 4M1VA 1Y3PA 4EQBA 3IB1A 3H6VA 4LZ8A 2F7BA 2XXTA 3O6GA 4F1VA 4PQJA 3V83A 4GD5A 4F19A 3UA8A 1LCFA 1NH8A 2CZLA 1B5HA 3LUYA 2P0SA 1GV8A 3G3IA 2DS9A 4TOZA 2XXHA 3PUXE 1LCTA 2XXQA 1JNFA 4R74A 3OO8A 4H0WA 2A5SA 1B0HA 5H8QB 2DWJA 3E13X 3HHFA 2G29A 1B5JA 1EZPA 1QUKA 3S2VA 1FQCA 4PE5B 1UIUA 4XKRA 1USYE 5AE4A 2DWHA 3O28A 1PDAA 3PD9A 5H8NB 2KLFA 1IITA 2ALUA 4ELQA 4KD5A 4ZEIA 1H76A 3H4ZA 1NNKA 3LBSA 2OWSA 3B6TA 4FAJA 2O1MA 3OXNA 4TQUQ 2ABHA 4LQ2A 1B40A 3QUFA 2QRYA 3EF7A 3T9XB 1Y20A 3TTNA 4LZ7A 5KZTA 5AA4A 5ICTA 3FJ7A 1JW4A 4WEPA 2I4CA 2IEEA 4OESA 3OSRA 4KCCA 4DXCA 3FXUA 4L17A 2YLNA 4AB6A 1MXZA 5A5XB 2OLBA 4F2QA 1SYIA 4RK9A 1FTLA 3MQ9A 3G3FA 2F34A 4DE8A 2Y7RA 1BP5A 2I4BA 2QSXA 2F97A 3S9EA 5AA2A 4ELOA 1B52A 2E0SA 4R2BA 3CG1A 5B70A 5ISUA 1P1OA 2AIXA 3WAEA 1BIYA 5DEXA 3S4UA 1D9YA 3K6VA 1XS5A 2F7AA 3PGFA 3OMBA 1PB9A 3BBRA 3HHGA 2DSFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2AL5A 1XVXA 1EYIA 3UGWA 1AH5A 1TWYA 2JJKA 1NNFA 4ZDMA 3O6HA 1EZ9A 1JVYA 5I59A 1B1HA 4NQ8A 4PDDA 4R75A 1JW5A 2AL4A 2HPGA 5L8DA 2XX7A 1FQAA 5DVJA 1MH4A 3RQTA 4XKNA 2DOJA 4P0GA 2NWJA 4BLAA 4OHNA 1B32A 2UVIA 2I0BA 1D9QA 3QAXA 2D21A 5CBSA 4PAKA 5EQAA 1B6HA 3K6XA 2ESNA 2A5TA 3K0VA 3TDJA 4GXSB 3Q29A 2Q89A 4GWWA 3EHSA 1P1UA 1JETA 1G0HA 1NNTA 2I3WA 1M5EA 4G8HA 3IOTA 4PFRA 1ELJA 4I3YA 1DOTA 1MPBA 2QVVA 2X26A 1FPDA 2XX9A 1R6ZA 1LAFE 2DVZA 3TMGA 1GVCA 2M8CA 4KR5A 4MAGA 4YMBA 2PX1A 1S9TA 2ONRA 5T3JA 4DXUA 3R6UA 4PBHA 3LR1A 4X1BA 1A8FA 3O97A 3W9WA 4OETA 5ELVA 4RNSA 3VVFA 3CR9A 3OOAA 4PFBA 1FPKA 4GBWA 4KXPA 4I1DA 4JVCA 4HTGA 3O6IA 2H5YA 1P99A 3LUZA 1SVXB 3KC1A 4BDOA 1TFDA 3K00A 1AOVA 2QVUA 2VP1A 3BFTA 3D1RA 2GH9A 4MLQA 2ZYMA 3TQLA 3M3FA 4R72A 3FD3A 2HXWA 3IO4A 1IXHA 5KCJB 4G2ZA 4PFUA 4O3CA 4YKJA 4IO7A 4OWDA 2REJA 3K02A 4ISUA 1R1NA 3UN6A 4Q8RA 1B9JA 3T9UA 3IX1A 4P0IA 4Q30B 4C1UA 3K1PA 4I62A 2VPOA 4MNCA 1I69A 5ITOA 2RKMA 3RN8A 4KQPA 4JWXA 1JEVA 2REGA 5IGAA 3TZAA 4YKIA 2F78A 1FTJA 2PVUA 3DELB 3LSFB 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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