3HCQA

Structural analysis of the choline binding protein chox in a semi-closed and ligand-free conformation
Total Genus 32
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
32
sequence length
288
structure length
288
Chain Sequence
ESCGTVRFSDVGWTDITATTATATTILEALGYETDVKVLSVPVTYTSLKNKDIDVFLGNWMPTMEADIAPYREDKSVETVRENLAGAKYTLATNAKGAELGIKDFKDIAAHKDELDGKIYGIEPGNDGNRLIIDMVEKGTFDLKGFEVVESSEQGMLAQVARAEKSGDPIVFLGWEPHPMNANFKLTYLSGGDDVFGPNYGGATVHTNVRAGYTTECPNVDKLLQNLSFSLQMENEIMGKILNDGEDPEKAAAAWLKDNPQSIEPWLSGVATKDGGDGLAAVKAALGL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Putative choline ABC transporter, periplasmic solute-binding
publication title Structural analysis of the choline-binding protein ChoX in a semi-closed and ligand-free conformation.
pubmed doi rcsb
source organism Sinorhizobium meliloti
molecule tags Choline-binding protein
total genus 32
structure length 288
sequence length 288
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-05-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04069 OpuAC Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3hcqA01
3.40.190.100 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Glycine betaine-binding periplasmic protein; domain 2 3hcqA02
3FASA 1LBBA 2Z23A 4FEBA 1R9QA 1BIYA 3QXMA 2B3FA 1Y4CA 2IA4A 4OEUA 5EYFA 4H8IA 3JZJA 4TLMB 4R6KA 4EQ7A 4XIGQ 5I58A 3TQLA 1GV8A 3IOWA 1SDXA 4GL8A 2O7UA 3B6TA 1Z7NE 1EZPA 1CE2A 4DXUA 3LUYA 4IO6A 3SEYA 1B32A 1ANFA 3RY3A 2QL3A 3ECRA 3EF7A 5H8NA 4FEDA 3QSLA 4BDRA 4XKPA 3G3FA 2Q2CA 3W15C 1USYH 2ONRA 4F3PA 2R9JA 2F97A 1QUKA 3U1OA 1DOTA 3N6UA 4P11A 4BDNA 1N76A 1SW1A 2ALUA 4EF2A 1LB8A 3PUYE 4ZE8A 1B3EA 3MZ9A 4ELPA 5JTYB 4X1BA 2QPQA 1JVXA 2Y7KA 3TZAA 3C34A 1AMFA 4WXJA 4U22A 4LZ5A 5FHNA 3OSRA 4K3FA 1URGA 3O6IA 4KI0E 5CC2A 4G8HA 3C36A 3PGFA 3C35A 1SI0A 3DP8A 2PVUA 2XXXA 1TT1A 2OCUA 3USDA 1S50A 2XXHA 1OLAA 5L9OA 2X26A 3K2DA 2Q9TA 2RF1A 4OEVA 1LB9A 5TP9B 3K6XA 1DSNA 1EZ9A 1A8FA 3G7WA 4OZ9A 1YCJA 3N6TA 1QJMA 1B3FA 2M8CA 1JQFA 1WODA 5H8FB 4ESXA 4NF8B 3TFLA 5DEXB 4DLDA 2Z22A 4EXKA 4QF9A 3IOTA 4X1DA 3S9LC 1VSOA 3FJ7A 3D4CA 4ZEFA 3EHUA 1P1NA 4FJPA 2VHAA 2XXYA 3A3CA 1IEJA 1B5JA 4OERA 1M5CA 2I3WA 4BDMA 1D9YA 2QJEA 3DP6A 5KCJB 4PETA 5KZTA 4G2ZA 3K1NA 2DE3A 1B46A 1OVTA 2I58A 1US5A 3L6HA 4NEDA 3FVNA 3H06B 1B5IA 3PUZE 3IX1A 4KR5A 3CIJA 5TP9A 4F1VA 5L9SA 4ZE9A 1JW5A 1Y1ZA 1PBQA 2H9BA 1H44A 3MVWA 5BUUA 4ELQA 5H8FA 4NF8A 4Z7EA 3KJ7A 4QSCA 4I62A 3K1MA 3O6GA 1POY1 2A5SA 4LVQA 3IL1B 5B7DA 2NXOA 3KG2A 5BWJA 3KGCA 4M1VA 4FIMA 2ZNTA 4H5GA 4PFTA 2HEUA 1GR2A 1P1WA 4R6HA 4NF6B 2YPNA 3V8XB 4DCYA 1LCTA 2VOZA 4KPTA 3RUMA 5KCJA 2NUVA 3MZ1A 4RJZA 2P0SA 3IJXB 1MS7A 2H4IA 2F8DA 3N94A 1O7TA 4F31B 1MQDA 5K2YA 1Q1KA 2HZLA 1PBPA 1JETA 1AOVA 3KOSA 1ZJLA 1B52A 5CBRA 2UVIA 4GFRA 2RKMA 2OJTA 3H7MA 5FTHA 2ONKE 5ITOA 4R2FA 1N3WA 1QVSA 5CBSA 1B4HA 1FQCA 3EQ1A 3S4UA 1MDP1 2F34A 3FXRA 4M4GA 1P1OA 4PFYA 3KJTA 1NH7A 1AL3A 5I2NB 4ECFA 2AL5A 1LLSA 4U23A 1FTKA 3R6UA 5EHSA 5L9MA 3PMXA 4LZ8A 4NF6A 2F5XA 3JYRA 3U92A 2VP1A 4F1YA 2QS1A 4I8CA 4OFOA 4OHNA 5ELVA 3G3GA 3OO9A 5KDTB 5J1DA 4KQPA 4BLAA 2VD2A 4IO2A 4IY5A 1BTJA 2I0BA 4UACA 4TOZA 2H5YA 5CI5A 1XVYA 3RN8A 3FVOA 3UORA 1AH5A 3U72A 2CZLA 1MQGA 4L17A 1F9BA 2I4CA 3ZKLA 4JDFA 2F7AA 3A3UA 3FJGA 3OENA 3SEXA 4EXLA 2D21A 3DM0A 2DOJA 4P0GA 4PFUA 4I1DA 5I2NA 2F7CA 3KZGA 4N13A 5TPAB 1TFAA 2BJJX 1M5BA 4R73A 3OO6A 3MQ9A 1MM6A 2QSXA 3ILTB 1HSEA 1P1QA 4OQOA 1MQIA 1MXZA 3M3KA 4R2BA 4U4XA 5KDTA 1Q35A 5IKBA 2OWTA 2HXWA 4RYAA 3R26A 2ZMBA 3S9NC 5H8SA 1B58A 1B7HA 1URDA 4IO3A 1R1NA 1LAHE 1BLFA 5AA3A 1EZOA 3H6UA 4KD5A 3FVKA 3PD8A 4H0WA 3B6QA 1LSTA 3RGYA 3PUWE 4NWDA 4WEPA 1XVXA 3T22A 2NWJA 5F7VA 4OVJA 2F36A 4ND9A 2F6PA 3CFXA 4LA9A 4OETA 3ODBA 3MVXA 1MPCA 4JB7A 1A99A 2RC8A 5TPAA 4YAHX 1IQ7A 4FAJA 3FV1A 2XD2A 4OFLA 3BFUA 2I0CA 4DIGA 4ZEIA 5CM6A 3RTWB 1P1UA 1B3HA 3O2AA 4ZS9A 3D4GA 3WAFA 2FNCA 2PX1A 1WVJA 2B3BA 5DVJA 3FD3A 4WEDA 2HAVA 3MC2A 4POXA 1MXUA 4G8MA 1OVBA 2V25A 1M5EA 4N6PA 2F78A 4QHQA 3LSLA 4F18A 1D4NA 3TTNA 1UQWA 2O1LA 1VFEA 4R75A 1B6HA 1ZMGA 2H99A 1DPPA 2XXVA 3FXUA 1B51A 3LSWA 2A5TB 2ZYOA 3SEUA 3QYTA 4QSDA 1QW0A 5CMCA 3C32A 2GHBA 4MLVA 3KOTA 4NF4B 4GF8A 1LBCA 3TCFA 4GIZA 1XC1A 2NOOA 4JWYA 3FIRA 4BDLA 3HHGA 2Q89A 4U1ZA 1POTA 5HBCA 1CB6A 4KCDA 2O1MA 4YB7A 2ZNUA 2HQ0A 4ESWA 4U2RA 1ZLQA 4DXBA 3ONMA 4HTGA 4OFJA 3MP8A 2D5WA 1ZBMA 2HFBA 3HV1A 2THIA 3QUJA 1VFDA 3FVGA 4H1XA 2F7BA 3FUZA 4EDPA 2Y84A 5I59B 4OTEA 2AYSA 5ITPA 4JXIA 3U8QA 2A5TA 3KN8A 2DE4A 4R6YA 3SKPA 4MF3A 3TUSA 4GXSB 5JEIA 1Y3PA 3MVYA 1S9TA 5AA2B 4NTLA 2XXWA 3VLUA 3IORA 1FTOA 4OMBA 1N7XA 2O69A 3PV0E 3V89B 2QMXA 2H25A 3L6GA 4YZZA 4Q8RA 4O3AA 1B0HA 1TWYA 2ZYKA 4QFOA 3T66A 4GVOA 1GTKA 3RT6B 4THIA 4C1UA 1O64A 2PYYA 3K6WA 1XT8A 3CFLA 2DQVA 1MXYA 5H8HB 2ANJA 3TQWA 3MAMA 1H3DA 3OELA 3G3HA 4Q30B 1PB8A 5I59A 1Y1MA 5DTBA 5JTYA 4U4SA 1DMBA 1MQJA 1XHYA 2GHAA 1IXGA 3MP1A 3Q27A 4LONB 5IAIA 5B70A 5JK4A 3E3KA 4F29A 1MY0A 5AA2A 2Z8DA 2DXYA 3IO6A 1SBPA 1URSA 4G68C 3K4UA 3CG1A 4PQJA 3OXNA 1MM7A 4ZZEA 4Q5TA 1IITA 2I4BA 2Z8FA 1NKXA 2OBGA 1HSJA 3MVZA 2DVZA 3IO4A 2O51A 1QUIA 3JV9A 4XKNA 1N04A 2PMSA 3VLWA 4LQ5A 1SD3A 1LFIA 1OIBA 3SEWA 1UTHB 1GVCA 3B6WA 5DEXA 4ZEDA 3KBRA 4OWDA 4TLLB 4NMYA 2O7IA 2DE2A 4IO5A 1I6QA 1NH8A 2PBWA 5AA4B 4MFIA 5CMBA 3VVDA 2DVCA 1H76A 1FQDA 1N7WA 2X7QA 3OD7A 4F1UA 1DPEA 1FTJA 1I6AA 4LQ2A 3E4RA 3LR1A 2GH9A 4PP0A 1L5TA 4ZZAA 3TEPA 3IR1A 3H3GA 1NNFA 5DYHA 2VD3A 3PU5A 1IIWA 3T9UA 4FATA 4H8JA 1WDNA 3SESA 1PC3A 3HO7A 1B05A 1MH3A 3O66A 3W9WA 2REJA 4NF5B 4RNSA 4HS7A 1M5FA 4YMAA 2UYEA 1PEBA 1PB7A 1ZTYA 2XXQA 3TAJA 1RKMA 4POWA 3TMGA 3OEKA 1UTHA 3O9PA 4IY6A 3O29A 3K00A 2QS4A 4G4PA 4X9TA 4LUBA 2DSFA 1XOCA 3RT8A 4ISUA 3MUQA 5AA4A 1D3KA 5LOMA 3M3FA 3FV2A 1MY2A 3C4MA 4RPNA 3LC8A 4AQ4A 2XXRA 3PPOA 2LAOA 1MY3A 4F2QA 2Y7IA 1FTLA 1S7YA 3M3LA 3G3IA 5DT6A 3O28A 3K6UA 3OSQA 4NWCA 2V93A 1VE4A 3KN7A 4O3CA 4JSDA 5I84A 3O97A 4N07A 2QMWA 2R6GE 4PE5B 1UIUA 3UP9A 3BBRA 3GBAA 1LFGA 1B0LA 2DWAA 1YPNA 3IB2A 4NF5A 3O6HA 1H45A 1A55A 4R72A 1II5A 1T0KA 4QFNA 4ZECA 1FQAA 2P1SA 1IZ1A 1ZKBA 4G68B 4LATA 4FECA 3K02A 3M8UA 4GWOA 5EHMA 2R71A 3CVGA 5CRYA 3K1PA 4YKJA 1TFDA 4NE4A 2F35A 5HM4B 4KYSA 3I6VA 2FYIA 2KLFA 4LP2B 4O3BA 3FZVA 4UA8A 4ZEBA 1I6BA 2QS2A 3A09A 3KEIA 4GRKA 1MXWA 3TKDA 4P0IA 2Y7WA 3V5AA 3F11A 3S2VA 3IAZA 4RK2A 4C1TA 1H43A 2H98A 4YICA 2ONSA 3UN6A 2V84A 4G68A 4Z0IA 1B2HA 1SI1A 1SW2A 4BDQA 1J1NA 3VXCA 2Z8EA 3CSGA 3LSXA 3MJNA 3RLFE 2XX7A 4JBZA 3IOUA 3FATA 2E0SA 4ZDMA 1MPDA 1A40A 4ZEKA 1FQEA 3N5LA 1ZIUA 3TTRA 4DZ1A 2O6AA 3OMBA 3RPWA 1YTVA 2HCAA 2Q2AA 2AL4A 3Q29A 3G3JA 5I58B 2RC7A 2QS3A 5FHOA 3PMVA 4QFPA 1BP5A 4G8NA 4WKMA 3IJOB 3ILUB 5ICQA 3TYHA 3TTKA 1SYIA 3N26A 3KFMA 2XXPA 3GLBA 1SW5A 1LAFE 4IO7A 5M2VA 3PD9A 3VDFA 2ZXTA 1RYXA 3TTMA 3S9EA 3RNNA 3Q26A 1ATGA 1QULA 1US4A 4GXAA 4JWOA 2O68A 1USYE 4EF1A 1MY4A 1SVXB 4ELRA 2G93A 3QIMA 3LBSA 5DVFA 3H03A 2V3QA 3MZBA 2UYFA 3Q28A 2CMOA 1PB9A 1B3LA 1B7UA 3ZSFA 2B65A 1A8EA 4IO4A 3K0VA 3U93A 1ZU0A 4GLIA 3PPPA 3FJMA 4OYVA 4ELOA 3CFZA 1PDAA 1TXFA 2Q8JA 2RC9A 3HHFA 2OLBA 3GXAA 1B7ZA 3IOVA 1Y9UA 2YJPA 3TDJA 4KYEA 1FCKA 4JSOA 3TCGA 2RCBA 3ZKKA 3THIA 1Y3NA 3I5OA 4R9FA 4ONYA 2I49A 1UIVA 2ABHA 1I69A 2XHDA 3PUXE 3EHSA 3VLVA 1SYHA 5FHMA 2UVJA 3U94A 2GFEA 4KHZE 1FTMA 3UA8A 3QK6A 1JEUA 3KSXA 3VVEA 3FGSA 2DXRA 3P7IA 3PPQA 2NVUB 4NF4A 2XXIA 1Z7ME 3K01A 3DP4A 1JEVA 2FA7A 1GGGA 5I2KB 4OENA 3SEVA 4MLQA 4QRZA 1JW4A 2OK2A 3S9MC 4AB6A 2X7PA 1MG1A 4AB5A 3E13X 1RYOA 2I6EA 2XX8A 1B40A 4RA1A 2V3UA 1OLCA 4C0RA 2OWSA 3UIFA 1MXXA 5I56B 3R7XA 4YKKA 3HPIA 4EQ9A 1KWHA 3SDFA 4JWXA 4IGRA 5ICTA 1JW1A 3T9XB 5I57B 3VV5A 3B7DA 3PPRA 3TODA 1LAXA 4Q0CA 4IGTA 3PPNA 4LZ7A 1OQGA 4E0WA 3KN3A 4YB6A 4GL0A 1EU8A 2YLNA 5I2KA 1M5DA 3SERA 3DLNA 3H6TA 3TTLA 4MH5A 4RXLA 4EQBA 4OXVA 3H6WA 1ELJA 4RY1A 3WAEA 4FE8A 4R9GA 3QAXA 5I56A 1Y3QA 3GZGA 2REGA 3RTFB 1SQYA 1O63A 5H8HA 2I3VA 5ISUA 2Q88A 1LGBC 4U21A 3UK4A 2UVHA 5I57A 4KYDA 1FQFA 1HSLA 1Y20A 2DWHA 2ESNA 2DWIA 4XTCQ 1VR5A 3AXFA 5CMKA 4X48A 1MH4A 4YKIA 4OESA 1R6ZA 4U1OA 4DXCA 3IK6B 1NMUA 5HPQA 3MBPA 4F2OA 2ZNSA 3UGWA 2O84X 3FXQA 4PFWA 4RK9A 3CR9A 4EUOA 1UTBB 4QFKA 4DDDA 4YMBA 4TQUQ 1NL5A 4H5FA 2PT2A 1IXHA 4QSEA 3EPEA 1D9VA 2HZKA 3TCHA 5DVIA 4H67A 1IUDA 2G29A 1JNFA 3HCQA 3Q25A 1QKAA 1B1XA 3PMWA 2VGQA 4GOTA 3T9VA 3T93B 1SW4A 3HN0A 1DTGA 2DYXA 2WKYA 4F3GA 2UXAA 2HAUA 3W9VA 3PUVE 3K6VA 1EH3A 2DS9A 1LCFA 3C33A 1UTBA 1Y4TA 4HW8A 4HCYA 2Y7RA 2ZYMA 4YU0A 4H6DA 1NNKA 1DTZA 1LAGE 3HSTA 2I48A 1AIVA 1B3GA 4R74A 1A7LA 3MW0A 1B4ZA 3OO7A 5L8DA 4I9DA 3ZS6A 2V3TA 3CI8A 1MQHA 1P99A 1JVYA 3VE1B 4YKPA 3MP6A 1OQHA 3OEMA 2DP8A 4XKQA 1YAEA 3MPKA 3VFJA 5AE4A 1B9JA 3G3KA 1R9LA 4E0XA 2XD3A 3OOAA 5A5XB 2ZYNA 5AA2D 3EN3A 2E1SA 1IXCA 4GQOA 4MBPA 3VVFA 1N3XA 3LSFB 4DCXA 1OMPA 2XX9A 1B1HA 3T96B 3CG3A 3SETA 3V83A 1B5HA 4XKRA 3CRBA 5FTIA 4XXUA 3QUFA 2D3IA 1QKBA 3EHTA 4F39A 2XXUA 1MRPA 5K2XA 4KCCA 5CMMA 4HCWA 1NNTA 3MPLA 1LFHA 4G77A 1MDQA 1NFTA 3H6VA 3DELB 2XXTA 1N0TA 2UVGA 4IB2A 4YB5A 1XS5A 3CSBA 5F1QA 1A54A 5H8QB 3C31A 2OZZA 2W7YA 3I3VA 4F3BA 3C9HA 2IEEA 4DE8A 1NNPA 1IXIA 3VXBA 5A5XA 4F22A 3IB0A 1N84A 2PT1A 2RINA 3OO8A 1MPBA 2AIXA 1FW0A 3IB1A 3E9XA 2GRVA 3RQTA 3T9HB 1MY1A 3BFTA 2DWJA 2QRYA 2F6GA 3BKIB 3TELA 4GD5A 4F19A 3KSJA 3GBBA 3H4ZA 2P2AA 4H65A 1BKAA 4F3SA 1FQBA 4QFLA 4KFQA 2RCAA 1QUJA 5AA1A 3TPAA 2Y7PA 4FORA 1MXVA 3MWBA 4RPOA 5H8QA 4BDOA 5H8NB 5TU0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3FASA 1LBBA 2Z23A 4FEBA 1R9QA 3HFUA 1BIYA 3QXMA 2B3FA 1Y4CA 2IA4A 4OEUA 5EYFA 4H8IA 4IR8A 3JZJA 4TLMB 4R6KA 4EQ7A 4XIGQ 5I58A 2QFLA 3TQLA 1GV8A 3IOWA 1SDXA 4MJOA 4GL8A 2O7UA 4PDHA 3B6TA 4XF5A 1Z7NE 1EZPA 1CE2A 4DXUA 3LUYA 3E79A 4JVIA 4IO6A 3SEYA 1B32A 1ANFA 4N4UA 3RY3A 2QL3A 3ECRA 3EF7A 5H8NA 4FEDA 1IMDA 1EYJA 3QSLA 4BDRA 2HPGA 4XKPA 3G3FA 2Q2CA 3W15C 1USYH 2ONRA 4F3PA 1IMCA 2R9JA 2F97A 1DBZA 1QUKA 3U1OA 1DOTA 3T0JA 3N6UA 1CNQA 2WYKA 4P11A 4BDNA 1N76A 1SW1A 2ALUA 4EF2A 1LB8A 3PUYE 4ZE8A 1YYZA 1B3EA 3MZ9A 5IZ3B 4ELPA 2DDKA 5JTYB 4X1BA 2QPQA 1JVXA 2Y7KA 3TZAA 3C34A 1AMFA 4WXJA 4U22A 4LZ5A 5FHNA 1NV3A 4JVDA 3OSRA 4K3FA 1NUWA 1NV4A 1URGA 4MEVA 3O6IA 4KI0E 5CC2A 4XEQA 4G8HA 3C36A 3PGFA 3C35A 1SI0A 3DP8A 2PVUA 2XXXA 1TT1A 2OCUA 3USDA 1S50A 2XXHA 1OLAA 5L9OA 2X26A 5FBPA 3NOHA 3K2DA 1LBZA 2Q9TA 2RF1A 2P3VA 4OEVA 3B50A 1LB9A 4O94A 5TP9B 3K6XA 1DSNA 1EZ9A 1A8FA 3G7WA 4OZ9A 1YCJA 1YXIA 4OVQA 3N6TA 1QJMA 1B3FA 2M8CA 1JQFA 1LBYA 1WODA 5H8FB 4ESXA 4NF8B 3TFLA 5DEXB 4DLDA 2Z22A 4EXKA 4QF9A 3IOTA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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