2FYIA

Crystal structure of the cofactor-binding domain of the cbl transcriptional regulator
Total Genus 63
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
63
sequence length
223
structure length
223
Chain Sequence
SHMTNDTSGVLTIATTHTQARYSLPEVIKAFRELFPEVRLELIQGTPQEIATLLQNGEADIGIASERLSNDPQLVAFPWFRWHHSLLVPHDHPLTQISPLTLESIAKWPLITYRQGITGRSRIDDAFARKGLLADIVLSAQDSDVIKTYVALGLGIGLVAEQSSGEQEEENLIRLDTRHLFDANTVWLGLKRGQLQRNYVWRFLELCNAGLSVEDIKRQVMES
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Basis of the Sulphate Starvation Response in E. coli: Crystal Structure and Mutational Analysis of the Cofactor-binding Domain of the Cbl Transcriptional Regulator.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transcription
source organism Escherichia coli k12
molecule keywords HTH-type transcriptional regulator cbl
total genus 63
structure length 223
sequence length 223
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-02-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2fyiA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2fyiA02
2I0BA 3VE1B 2V93A 3FV2A 1KWHA 2ZYOA 2XX9A 2ZNSA 1N7WA 3C9HA 4NF5A 1MH4A 2RC7A 1USYE 2AIXA 2W7YA 1XHYA 4QFNA 1LAHE 5KDTA 3OO7A 5K2YA 1RYOA 5H8QA 4U2RA 4R9GA 1IXHA 4FATA 3DP4A 1N7XA 4KCCA 3FVOA 4RXLA 1I6QA 1MPDA 4DLDA 4G68B 5DEXB 1QJMA 5FTIA 2A5SA 1ZU0A 2NWJA 2V84A 2ZNUA 4HW8A 1MG1A 2O1LA 4RJZA 1A55A 3RUMA 2F6PA 1EZ9A 4RPOA 3P7IA 2F36A 2DE4A 3IJOB 5TP9A 2QL3A 3DELB 4HCWA 1SQYA 1LB9A 4EUOA 1MQHA 1WVJA 3DM0A 3Q25A 3CIJA 2Y7RA 5DVFA 1MM6A 4R2FA 3AXFA 4P0GA 3N26A 4KPTA 4RK2A 3HPIA 2O51A 3IB1A 1Y1MA 4YKJA 4XTCQ 4MBPA 5DVIA 3TPAA 4GFRA 3Q27A 4DCYA 1QUKA 3QXMA 1LLSA 4IB2A 5F7VA 4IO3A 3MPKA 4FJPA 3C32A 1R6ZA 3MP8A 4HS7A 3RGYA 2UVIA 3RTWB 3JZJA 3RPWA 2CMOA 2D21A 5DVJA 4FIMA 5IAIA 1SI0A 5AA1A 2NUVA 4G68C 4L17A 3O29A 4EF2A 3H6TA 5CI5A 4IGTA 1B58A 4MLVA 4IGRA 1S7YA 1PC3A 2E1SA 5AE4A 3CRBA 1B46A 1XT8A 4KYEA 4U4XA 1DPPA 2Z23A 4LQ5A 1FTKA 3TTNA 1MM7A 3IR1A 4R2BA 1SW4A 3RLFE 5CBRA 1Y4CA 2I4CA 1DSNA 2RC9A 4PFYA 2DYXA 1GV8A 4GF8A 4ELOA 4U1OA 4YU0A 1SI1A 1OLAA 3K02A 1ZTYA 4LVQA 3RTFB 1QW0A 4F2QA 1Z7ME 1I69A 4RK9A 3KN8A 1SYHA 3SESA 2RF1A 5H8NB 3W15C 3T9UA 1DMBA 1AOVA 4DDDA 4F18A 3FV1A 4QFKA 1LAFE 1DTGA 5H8HB 4TLMB 3MJNA 4PE5B 1US4A 1PB7A 3E3KA 3N6UA 3PPNA 1H44A 2R71A 4IO7A 4I1DA 3MWBA 3D4CA 1SW2A 4ZS9A 3SEWA 1LSTA 2GH9A 3A3UA 5FHMA 2M8CA 4OTEA 1OLCA 4AB5A 3VVFA 2I4BA 5I84A 4MLQA 5A5XA 4WEPA 2P0SA 1XVYA 2X7QA 1MXUA 2I6EA 3OSQA 4X48A 4GVOA 4POXA 3TTMA 2RCBA 2G29A 1M5FA 4FAJA 1IXGA 4QF9A 4AQ4A 4OFJA 3C36A 3FJGA 1ZBMA 2RINA 2GHBA 3N6TA 4LATA 3U94A 1ZIUA 3KJ7A 4OFOA 2Z8EA 2G93A 3EQ1A 1YAEA 3BKIB 1P1NA 4OHNA 2DQVA 1H76A 3H3GA 5FHOA 4JB7A 3TQWA 1HSJA 4R74A 4OESA 1XVXA 2DP8A 4GD5A 1NH7A 2XXUA 3IO4A 3O6GA 5I2NB 4XKRA 2F35A 1VE4A 4FECA 1Y4TA 3KN7A 5IKBA 5I2KA 1SYIA 1LFHA 3V89B 3KSXA 3FVNA 4OEUA 2QSXA 4KYSA 5FTHA 4BLAA 1N3XA 2E0SA 4F19A 4OXVA 1SW5A 5H8NA 4NF8B 3FJMA 3S9EA 4PQJA 3K0VA 1S9TA 2ZYKA 4P0IA 3H06B 3ZSFA 1POTA 4GL0A 3H6UA 3TYHA 1IUDA 1EZPA 1JQFA 5HM4B 2FNCA 3H6WA 4F3GA 2DXRA 1Q35A 1H43A 4LONB 4OEVA 1SBPA 3S9MC 3I3VA 1JVXA 1LFGA 2VOZA 1MY2A 2PBWA 1B40A 1FCKA 5I56A 5ISUA 4I9DA 5I59B 3TQLA 3H6VA 1VFEA 3K6VA 2ZNTA 5DT6A 4IY5A 2D5WA 4YB7A 4QSCA 2O7IA 2ONKE 1D9VA 2UVJA 2AYSA 1Y9UA 3UK4A 2H4IA 3L6HA 1BIYA 5KCJA 4GOTA 3KJTA 2DWAA 3MPLA 1MY1A 2Y7WA 3RT6B 3UIFA 1A40A 3IX1A 4PFUA 3OEMA 3VLVA 3S9LC 1UIUA 1M5CA 3G3JA 4R72A 2H99A 5JTYA 3G3HA 2XD3A 3GBBA 2XXRA 1QKAA 1SW1A 3T66A 1GR2A 4EDPA 4EQBA 1UTHB 3OENA 3ONMA 3QSLA 4F1UA 3CG1A 4F22A 1UIVA 2XX7A 3PPRA 3TELA 3T9VA 3W9VA 1DOTA 1MXYA 3PUXE 3E4RA 5I2NA 2B65A 1IIWA 4H65A 1URDA 3K1MA 4FEBA 4DIGA 5EHSA 5FHNA 2PT2A 4KQPA 1UQWA 2I3VA 3OO8A 4ZE9A 3K01A 3G3GA 3O6HA 3QAXA 4IO5A 4DZ1A 3MBPA 4BDNA 2QPQA 1NH8A 4WKMA 4R75A 2O69A 2HEUA 3EHSA 4NF6A 4FORA 3IOVA 3FVKA 1N3WA 1RKMA 4NF4B 5JK4A 1B6HA 1D3KA 4F3SA 3FZVA 3PGFA 5M2VA 3PMWA 2GRVA 4R6YA 5I59A 2YJPA 4KHZE 5CC2A 5I57A 1SD3A 3CI8A 1A99A 2FA7A 1IXIA 4YAHX 1ATGA 1OVTA 1H3DA 4QFLA 1MY0A 4PP0A 5AA3A 3KOTA 2H98A 4U22A 4Q0CA 3TCGA 4IO6A 4H6DA 1HSEA 2HZLA 2LAOA 4EXLA 4GRKA 4IO4A 1LAGE 3PV0E 4ESWA 1NNPA 3KN3A 3TCHA 5B7DA 1NKXA 3LSWA 3SEVA 4DXCA 2XXQA 3TMGA 5CMBA 1O63A 3CG3A 5TPAA 1WODA 3HN0A 3OEKA 4OERA 1MY4A 4P11A 4ZEDA 2A5TA 3MP6A 4Q8RA 1NNKA 2VD3A 1TFAA 4YB5A 3O28A 4RA1A 1US5A 1XC1A 2B3BA 5ITPA 5CRYA 4TLLB 3PMVA 2RKMA 2Q2AA 3OELA 3PPPA 4H5FA 4F31B 4JSOA 2OZZA 3UP9A 4MFIA 3CR9A 1I6AA 1D4NA 1B3GA 1JW5A 2HQ0A 1ZLQA 3FXUA 4UACA 1BLFA 3SEUA 3QIMA 3HV1A 1B5HA 3T22A 4THIA 4ZZAA 3IOUA 5AA4B 2QMWA 2REJA 3N94A 2NXOA 2OWSA 1PB9A 2OCUA 4BDLA 1FQFA 4G68A 4FE8A 5DEXA 4IY6A 2OK2A 1ANFA 2QJEA 2V3TA 4QFOA 5JEIA 5EHMA 4YZZA 2Q89A 4R9FA 2O7UA 3OXNA 3MVWA 1FQAA 4GXAA 2ABHA 2R9JA 3TTKA 4JWXA 3MAMA 1GVCA 3MVZA 3V8XB 4PETA 1BP5A 4OWDA 1QULA 1B3HA 3K6UA 4F29A 1NNTA 3C35A 4QSEA 3DP6A 5H8FB 3ZKLA 2Y7PA 4POWA 4ISUA 4G8MA 1IQ7A 1LFIA 1IEJA 4PFTA 4E0WA 1B3EA 4ZECA 4ELPA 4EXKA 3G3FA 2DOJA 4JBZA 3U1OA 3R7XA 5CMKA 3HSTA 1D9YA 2H9BA 4MF3A 3TZAA 1ZJLA 3VXBA 4H8IA 5L9MA 3TKDA 3TTRA 4JDFA 1QUJA 1P99A 4G77A 1SDXA 4BDRA 3MUQA 2ANJA 4TOZA 2IEEA 1LBBA 4MH5A 4NWDA 2UXAA 4O3CA 3M3LA 2RC8A 2P2AA 3VV5A 4O3AA 1UTBB 3LC8A 2FYIA 3IJXB 2VD2A 1A54A 3EN3A 3CSBA 2ESNA 3O97A 4NMYA 3IB0A 4QFPA 1N76A 2F34A 4GQOA 2DWIA 1PBPA 1POY1 3RT8A 3TAJA 5I58B 1MQIA 4F39A 4QSDA 4H5GA 2DWJA 4LUBA 3C34A 4Q30B 3FJ7A 4ECFA 1OIBA 3IK6B 2AL4A 3E9XA 5CMCA 1FTJA 2O6AA 3ILTB 3LSLA 2DVCA 3TUSA 2F78A 2OWTA 4KD5A 1R1NA 1L5TA 2HAVA 4ZEIA 4ESXA 3MP1A 4LA9A 2PT1A 2HCAA 3VDFA 3R6UA 2Q9TA 4WXJA 3ODBA 1P1OA 1B51A 1B05A 4GIZA 4YKPA 1S50A 4R6KA 4K3FA 1TXFA 1YPNA 2UVGA 3RN8A 3PUZE 1M5BA 3KSJA 2NOOA 1Y3PA 5H8HA 3OD7A 2H5YA 3SEYA 3M8UA 1VSOA 3TTLA 1A8FA 3FXQA 4N6PA 3BFTA 3MZ9A 2OLBA 2R6GE 5H8QB 3HCQA 1FQEA 1R9QA 4IO2A 1LB8A 3FD3A 4Q5TA 5K2XA 4M1VA 1B5IA 4G8NA 2XXXA 4PFWA 2Q2CA 3B6QA 4LZ5A 4JXIA 4OETA 3GLBA 4F3BA 4G4PA 4NWCA 4OENA 3CFZA 2ZYNA 3MZ1A 1PDAA 5TP9B 3JV9A 1AMFA 3SKPA 3BFUA 4NTLA 1JEVA 3O9PA 1I6BA 2V3UA 2X26A 4ZE8A 2Q88A 2O68A 1TT1A 3L6GA 2ONSA 3O66A 3B6TA 2GHAA 5L9OA 3QUJA 3LR1A 3Q26A 1P1WA 5KZTA 3S4UA 1Q1KA 3PD8A 1JVYA 1B1HA 1B3LA 3T9HB 1Y3NA 3OOAA 2F8DA 3D4GA 3M3KA 4DXUA 1NFTA 3VLUA 3OO9A 4XIGQ 3SERA 4EF1A 1TFDA 4H8JA 3A09A 1B7ZA 2YLNA 2VGQA 3LBSA 2PYYA 3I5OA 4ZEKA 4ZZEA 4EQ7A 4U23A 2ZYMA 4RYAA 3MVXA 1FQCA 3CFXA 3TODA 1MXVA 1ELJA 2XXYA 4RY1A 3M3FA 2WKYA 4NF8A 2UYEA 4YKIA 1OQGA 4ELQA 1B0LA 3VLWA 3GZGA 1AH5A 2V3QA 2UVHA 2DS9A 3HHGA 2O84X 2DSFA 3KBRA 3SDFA 3TCFA 2Y7KA 3WAEA 4XKQA 4JSDA 1TWYA 5ITOA 3O2AA 2F7AA 3T9XB 5BUUA 4Z7EA 2XXIA 4R6HA 1M5EA 3FASA 4ZEFA 3UGWA 3K4UA 3FUZA 4YICA 4OYVA 1OVBA 2XXVA 4BDQA 1NMUA 4F3PA 4LZ7A 2X7PA 4R73A 2I3WA 4OZ9A 1B2HA 2XXWA 4H0WA 1SVXB 4BDOA 1VFDA 1USYH 3WAFA 2I0CA 2DWHA 2HZKA 2OBGA 4G8HA 1JW4A 5CM6A 3K1PA 4X1BA 5ELVA 4YMBA 1Z7NE 3T96B 3G3KA 4Z0IA 3EF7A 4GL8A 2XD2A 4XXUA 2DXYA 1UTHA 2PVUA 5A5XB 2XHDA 1MY3A 4F2OA 1MDP1 3RY3A 3OO6A 1B7UA 3KOSA 4LZ8A 3KEIA 3K6XA 2REGA 4DE8A 3TEPA 1LGBC 3VVDA 3K00A 4TQUQ 4OFLA 3V83A 2CZLA 3H7MA 3K2DA 1B4HA 3HO7A 4EQ9A 1O64A 2F97A 2O1MA 1J1NA 3B7DA 4X1DA 4G2ZA 4NE4A 3KGCA 3KFMA 3UORA 4E0XA 2QS3A 3RNNA 2PX1A 4X9TA 3TFLA 5LOMA 5DYHA 1URGA 3KZGA 1FTMA 1ZMGA 5HPQA 2QS1A 2ALUA 1MXWA 1ZKBA 1MXXA 5ICQA 3LSFB 1IITA 1EH3A 3THIA 4GWOA 4JWOA 2XXHA 3SEXA 4NF4A 2XX8A 5I2KB 1F9BA 3QYTA 3FATA 5L8DA 4U4SA 3PUYE 1IXCA 5DTBA 3G7WA 2GFEA 4N13A 5H8SA 1YTVA 4YB6A 1LBCA 2Q8JA 5L9SA 2VP1A 4LQ2A 3MVYA 5HBCA 4XKPA 1JNFA 3QUFA 3E13X 3FGSA 1N0TA 1A7LA 3TDJA 1AIVA 2F6GA 5CBSA 1NNFA 2QMXA 5J1DA 2DE3A 2XXTA 5AA2D 3U72A 4C1UA 3T93B 5ICTA 2D3IA 1B3FA 5AA2B 3UN6A 4BDMA 3H03A 3SETA 4U1ZA 5TU0A 2AL5A 3K1NA 1O7TA 2I58A 3C4MA 1MPCA 3HHFA 2QRYA 5I56B 3PUWE 4KR5A 3S2VA 1IZ1A 1MRPA 1JW1A 4O3BA 3OMBA 4KI0E 3ZS6A 4WEDA 4U21A 4JWYA 4LP2B 3K6WA 2YPNA 2V25A 3ECRA 5CMMA 4KCDA 1HSLA 1QKBA 1B0HA 3LUYA 2NVUB 3A3CA 3IO6A 1YCJA 4M4GA 1BKAA 3U92A 3IOTA 3W9WA 1GGGA 5KCJB 1MPBA 4H67A 1EU8A 3IB2A 3FXRA 1QUIA 1JEUA 1Y1ZA 4KFQA 2QS2A 3EHUA 4ELRA 1OQHA 1PB8A 2IA4A 5JTYB 2BJJX 1B1XA 2ONRA 4C0RA 1QVSA 4OMBA 4OQOA 4C1TA 2ZMBA 4UA8A 3UA8A 5AA4A 1OMPA 1Y3QA 2B3FA 3ILUB 4OVJA 4RNSA 4ZEBA 3MQ9A 4ZDMA 1R9LA 4GXSB 1MXZA 3Q28A 3ZKKA 2Z8FA 1PEBA 1DTZA 1B52A 3MW0A 3IAZA 5B70A 2I48A 1NL5A 2Z8DA 1B7HA 4I62A 1FTOA 4ONYA 2ZXTA 2DE2A 3PPOA 1EZOA 4QHQA 1XOCA 1URSA 4XKNA 3USDA 3VFJA 4NF5B 3V5AA 1XS5A 5H8FA 2THIA 1RYXA 1T0KA 1H45A 1DPEA 2XXPA 5KDTB 1MQGA 4QRZA 3PD9A 4KYDA 2H25A 3IORA 3PUVE 3B6WA 4YKKA 3N5LA 5F1QA 3MC2A 3PMXA 1CE2A 2RCAA 1BTJA 4NF6B 3F11A 5AA2A 3CVGA 1LCFA 2Y7IA 1GTKA 3IL1B 4I8CA 1LCTA 3GBAA 1WDNA 5BWJA 3EPEA 1A8EA 2KLFA 4HTGA 4YMAA 3O6IA 3DLNA 5I57B 3RQTA 2UYFA 3H4ZA 4DXBA 2HAUA 2DVZA 1M5DA 1N84A 1MQJA 4H1XA 3S9NC 1UTBA 3FVGA 2F7CA 1B32A 1MS7A 1B9JA 3OSRA 2P1SA 3C31A 1Y20A 1AL3A 1CB6A 3MZBA 2F5XA 4AB6A 2VHAA 2I49A 3CFLA 2QS4A 3IOWA 4HCYA 1P1QA 1FTLA 3GXAA 2Y84A 5I58A 4ND9A 1B5JA 3VVEA 3U93A 3LSXA 1MDQA 3EHTA 2F7BA 1B4ZA 3R26A 4RPNA 5TPAB 3U8QA 1JETA 3CSGA 4F1YA 3C33A 3QK6A 2HXWA 3VXCA 1MQDA 1LAXA 2A5TB 1VR5A 2HFBA 1P1UA 5EYFA 1FQDA 3I6VA 3DP8A 1II5A 2OJTA 4GLIA 3FIRA 4NEDA 3PU5A 1FQBA 4FEDA 2PMSA 3G3IA 3PPQA 1N04A 3BBRA 3JYRA 4DCXA 3KG2A 1MH3A 1PBQA 2Z22A 4N07A 3Q29A 1FW0A 4F1VA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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