4LP2B

Crystal structure of monomeric ligand binding domain of s. typhimurium cysb, a lysr transcriptional regulator at 2.2a
Total Genus 64
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
64
sequence length
239
structure length
239
Chain Sequence
EHTWPDKGSLYIATTHTQARYALPGVIKGFIERYPRVSLHMHQGSPTQIAEAVSKGNADFAIATEALHLYDDLVMLPCYHWNRSIVVTPDHPLAATSSVTIEALAQYPLVTYTFGFTGRSELDTAFNRAGLTPRIVFTATDADVIKTYVRLGLGVGVIASMAVDPLADPDLVRIDAHDIFSHSTTKIGFRRSTFLRSYMYDFIQRFAPHLTRDVVDTAVALRSNEEIEAMFQDIKLPEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of monomeric ligand binding domain of S. typhimurium CysB, a LysR transcriptional regulator at 2.2A
rcsb
molecule tags Gene regulation
source organism Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium
molecule keywords HTH-type transcriptional regulator CysB
total genus 64
structure length 239
sequence length 239
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-07-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4lp2B01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4lp2B02
3KOSA 5I59B 4PFUA 4X48A 4ELPA 5ELVA 2DYXA 2FNCA 3IB2A 3I5OA 1UTHA 3OENA 1IIWA 1US4A 1H3DA 5J1DA 5KCJA 1JQFA 1JW5A 1POTA 3R6UA 4GOTA 4OENA 2X7QA 4PQJA 5JTYB 1JNFA 1FQEA 1POY1 3KG2A 3OSRA 3PPQA 4QFKA 1XVYA 4FE8A 2V93A 4PP0A 2QRYA 4OWDA 1NNPA 4WXJA 2F6PA 5FHMA 1QW0A 2ZNSA 3T9UA 2B3FA 4XTCQ 2M8CA 1EH3A 1B5JA 2Z8FA 5ITPA 4AB5A 4EF1A 3FV2A 5ITOA 1MDP1 2RC9A 4X1DA 3H06B 1MY3A 4JDFA 3L6GA 3MC2A 1LLSA 1R9LA 2H9BA 2QS4A 3VLWA 4MLQA 1LSTA 1N3WA 1NH8A 3RPWA 5H8HA 3EN3A 1R1NA 3U72A 1MDQA 4POXA 4ZE9A 1MQHA 2KLFA 3VVDA 3C36A 1FQAA 2F97A 3BFTA 3AXFA 2AIXA 4DE8A 1OLAA 4JWOA 4H67A 5CMCA 3SEXA 1B3EA 5FHNA 3GBBA 3TEPA 3KJTA 1FTMA 3QSLA 4K3FA 1TFAA 3EHUA 1D4NA 3T22A 1HSLA 1JW1A 3IK6B 3RGYA 3TDJA 3DLNA 2X7PA 4QF9A 2B65A 4KCCA 5L8DA 4RY1A 3Q29A 1M5EA 2GHAA 3Q25A 4R73A 1P1NA 4LZ5A 5CMMA 1ZIUA 3IJOB 1B52A 5I59A 1IXIA 3HHGA 4R9GA 4G8NA 1I6QA 3U1OA 1DTZA 3OO7A 1NFTA 3K2DA 5JTYA 3MQ9A 3SKPA 5I84A 2XXQA 3THIA 1N3XA 4LZ7A 2GH9A 5ICQA 1IEJA 1YPNA 3M8UA 2F36A 3EF7A 4N07A 4QFPA 3T66A 3I3VA 5I58B 3OELA 1B4HA 2DQVA 4GF8A 4C1TA 4BDLA 1WDNA 1S50A 1Z7NE 1FTJA 4HTGA 2VOZA 3LSLA 4X1BA 1B3FA 3MP6A 1JW4A 5EYFA 2VP1A 1DPPA 2O69A 1M5BA 2UYFA 1LAGE 1B6HA 1IQ7A 3KZGA 1GGGA 3S9MC 3S9NC 1LAHE 4ZZAA 4G68B 4KYEA 3FXRA 3V83A 1YCJA 2Q9TA 2CMOA 4H8JA 2ZNTA 5KDTB 2OLBA 3K1PA 4NF6B 4LP2B 4MBPA 4ELOA 4DLDA 1MY1A 3FVGA 1B9JA 2XXUA 3SDFA 4KI0E 3D4GA 2AYSA 2OCUA 2P2AA 2I3WA 2ZMBA 4GWOA 1MPBA 3KN8A 1DTGA 4NWDA 1JEVA 3MZ1A 2ONKE 3RT6B 2YLNA 4JBZA 1PC3A 1N0TA 3MW0A 1YTVA 4MH5A 3VE1B 4AB6A 3B6QA 3G3GA 4YKJA 1B3GA 1MY4A 3IORA 3SETA 4GIZA 4FEDA 4I1DA 3RN8A 3UK4A 1TT1A 3FJGA 1D3KA 2HAUA 3UORA 3W9WA 3B7DA 1FW0A 1B3LA 4E0XA 3MJNA 4Z7EA 2ALUA 4OYVA 1GR2A 1Y4CA 5CBSA 2Y7IA 4F39A 1VFDA 4BLAA 3KSJA 2DWJA 3FD3A 4OFJA 3TTRA 4JSDA 4Q0CA 5CRYA 2XXRA 4IGRA 3HHFA 3F11A 4ESXA 3OO9A 2F7AA 1A8EA 3UIFA 3CR9A 2F78A 4TQUQ 2V3QA 3TCGA 1ZLQA 3TAJA 4FECA 4DXUA 3CSGA 4THIA 3V8XB 1DPEA 2D5WA 3ZKKA 3MVWA 5AA4B 3PMVA 2H99A 2D3IA 4RK2A 3ODBA 1SW4A 1SD3A 5I58A 4YB5A 4PETA 3O97A 5I56B 3G3IA 3K1NA 4DXBA 1IXHA 4ND9A 4JWYA 2YJPA 3QUJA 2I4CA 1AL3A 3C4MA 3DP8A 3SEWA 4OETA 1N76A 4LATA 3CIJA 1ZMGA 3FATA 1MH3A 2XXTA 1DMBA 2WKYA 2A5TB 1B0HA 1SW2A 4H5GA 2I48A 3PPOA 1ZU0A 4F22A 1MQGA 3O28A 1MQDA 2ANJA 1ATGA 2OJTA 3PUWE 1FTOA 1B1XA 4G68A 1A7LA 4XXUA 3P7IA 1S7YA 3RT8A 1FQDA 5KDTA 1O7TA 3LSXA 4NF6A 2DXYA 4H6DA 1N04A 2PYYA 4LQ2A 4OZ9A 3PUVE 2PVUA 5L9MA 2HXWA 3V5AA 3HO7A 2XX9A 3G7WA 4PFWA 4XKPA 2PX1A 4Q30B 4OHNA 2NOOA 2QMWA 5DVJA 5I57B 3FASA 5EHMA 3MP1A 1SBPA 3IL1B 4IO5A 3ILTB 3CG1A 1LFGA 1JVYA 2ESNA 4KFQA 5CMKA 2XXYA 3N26A 3VDFA 3T9VA 3C32A 4Q5TA 2HEUA 4MLVA 3FXUA 2REJA 2F6GA 3FJ7A 3K6XA 4ZEKA 4H8IA 2Z8DA 3T96B 1AMFA 4IGTA 3VVFA 3ZSFA 2O7IA 1MXUA 4BDRA 3IX1A 3LR1A 4F3GA 4FIMA 4POWA 4JWXA 1B0LA 4QSDA 1NMUA 1RYXA 3RQTA 1P1UA 2F7BA 5EHSA 4YMBA 2QL3A 3Q26A 2D21A 4KCDA 1EU8A 1UIVA 4ZEDA 1B32A 3O29A 2HCAA 3PU5A 5AA4A 4EQ7A 2GHBA 5TP9B 4KHZE 3RNNA 1QJMA 3Q27A 5I56A 4PFTA 3LC8A 4NTLA 3MP8A 1D9VA 1QVSA 1MY2A 3A3CA 1A54A 3MWBA 4GXSB 4YKIA 3W15C 5B70A 5I2KB 2F8DA 1SW5A 2QS3A 2A5TA 3R26A 4OESA 1UQWA 3BBRA 3SERA 4N6PA 4C1UA 1P1OA 4UA8A 1IXCA 4WEPA 1VE4A 3VLVA 4PE5B 3I6VA 1MPDA 4RJZA 1BLFA 3SEUA 5CMBA 1OQHA 1L5TA 4F31B 2Y7WA 4KYDA 4RNSA 1S9TA 1QULA 4ZEIA 3C9HA 4R9FA 5I57A 4OEUA 4M4GA 3CRBA 4O3CA 5A5XB 1Y20A 2XXPA 1FCKA 4BDNA 1N84A 3QXMA 1WVJA 4O3AA 3H6VA 3PMWA 1MXYA 3OO8A 1M5DA 1UIUA 2YPNA 1OQGA 4R6YA 4UACA 5CBRA 3H6UA 3FUZA 2W7YA 2I4BA 2OWSA 2DWAA 2R9JA 3IOVA 1Q1KA 3IOUA 2Y7PA 1B2HA 4RA1A 4C0RA 3KSXA 4TLMB 1SYIA 3DP6A 4IB2A 1LCFA 3BFUA 1I69A 5BUUA 4KR5A 3OOAA 2Y84A 3LBSA 3C35A 1PB7A 3KN3A 1MM7A 3IO6A 3FIRA 4U22A 4P11A 1B1HA 2ONSA 1DOTA 4X9TA 3BKIB 3Q28A 3M3FA 3USDA 5TP9A 2ZYMA 1SYHA 1SDXA 4L17A 1PB9A 4ELQA 1QKBA 4LQ5A 3UP9A 1VR5A 4U21A 4XKRA 2OZZA 4KD5A 3O6IA 4IY5A 5HBCA 4H1XA 3RY3A 4G77A 4OQOA 2ZXTA 2DSFA 4U1OA 3QK6A 3KFMA 1JVXA 4LVQA 3S4UA 3O2AA 3IB1A 5FTHA 3LSFB 5H8SA 1OVBA 5I2KA 4LUBA 1N7XA 4YKKA 4ZE8A 1HSEA 3H6WA 3CFZA 4ECFA 3U8QA 5DTBA 3G3JA 2FA7A 4ESWA 1NNKA 4YICA 1Y1ZA 3GBAA 1Y3PA 4P0IA 4H65A 3MUQA 1MXXA 1QUJA 3TCFA 2XXHA 3FVOA 2VHAA 2V3UA 4G8HA 2VD3A 3VXCA 2DE4A 1N7WA 4OFLA 1XT8A 3TQWA 2H98A 3N94A 4KQPA 4DZ1A 2XX8A 4ISUA 1SQYA 2DWHA 3CG3A 5DYHA 2DVZA 3DELB 4R6KA 2DOJA 3GLBA 1AIVA 4HCYA 2NXOA 1B7ZA 3JV9A 5A5XA 3S9LC 2NVUB 4BDOA 3KEIA 3TYHA 2O7UA 3ONMA 4IO3A 4U1ZA 4XIGQ 4QFLA 4ZECA 2H5YA 5AA1A 3HV1A 3TCHA 4NF4B 4HW8A 1PB8A 1EZPA 4H0WA 3ECRA 1NNFA 1R6ZA 4IO7A 4OVJA 2BJJX 1MS7A 1PDAA 4ONYA 1ZKBA 1IXGA 1NNTA 3S9EA 2DWIA 1URDA 2XXVA 2FYIA 1MRPA 4NF5B 5DEXB 3SESA 2UVHA 1URSA 1H43A 3CVGA 4WEDA 4QRZA 4FJPA 1OIBA 1FTLA 4TOZA 3C34A 3G3FA 1JEUA 3T9HB 2ONRA 4AQ4A 3MBPA 1SI1A 4F1UA 2XD2A 1USYE 4LA9A 4LZ8A 2V3TA 4OTEA 3CSBA 1JETA 2HZLA 4DXCA 2I58A 4YKPA 1LFHA 3HCQA 3SEYA 3U93A 2QPQA 1TWYA 2IEEA 4F29A 2DXRA 4ELRA 4G2ZA 3WAEA 3HN0A 2GFEA 3U92A 1MXWA 1O64A 4QFNA 3VXBA 3FXQA 3QUFA 1QKAA 3O6GA 4QSCA 2HZKA 1GTKA 1ELJA 1P99A 1I6AA 1B3HA 2Y7KA 1FQFA 5AA2D 1PBPA 2HAVA 5K2XA 4NWCA 1TXFA 4EF2A 4F3SA 2VGQA 2P1SA 4KPTA 3TFLA 2UYEA 1PBQA 4XKQA 3PPRA 1MY0A 2QS2A 1MXZA 3IJXB 3C33A 3UGWA 1Y9UA 3PD9A 5I2NB 3TTNA 1KWHA 4HS7A 3T93B 4RXLA 3OEMA 4JXIA 4FAJA 2DVCA 2UVJA 1OLCA 3FV1A 2DE3A 3MZBA 1QUIA 5TU0A 3FJMA 2I3VA 5AA3A 1IZ1A 1LB9A 1ZBMA 2GRVA 3H4ZA 4G68C 2E1SA 4DDDA 4RYAA 3PV0E 3KGCA 3DM0A 3TTMA 4FATA 5IAIA 2P0SA 1ZJLA 3K1MA 3QYTA 3E3KA 2QSXA 2O1MA 1OVTA 4GXAA 5JK4A 1LB8A 1ANFA 4PFYA 5IKBA 4JB7A 3TQLA 2UVGA 3O66A 1NL5A 3PD8A 3LUYA 1B4ZA 3K00A 4NF5A 5DEXA 2H4IA 1M5CA 1WODA 2RCBA 3H6TA 3IO4A 4GVOA 2PBWA 3GZGA 4F1VA 4GL0A 1MXVA 3MZ9A 4OFOA 2I0CA 4ZDMA 1GVCA 3C31A 1Q35A 5FTIA 4GL8A 3B6WA 3G3HA 5H8QB 3MAMA 2CZLA 3DP4A 3T9XB 3TKDA 4NMYA 2Q88A 3IB0A 3W9VA 1I6BA 1P1WA 5CM6A 3RUMA 3WAFA 4QHQA 4QSEA 4U4XA 4EXLA 1AH5A 3TODA 2HQ0A 2O84X 2A5SA 3TMGA 3ZS6A 2Q2CA 3H03A 3JZJA 3N6UA 3UN6A 4FEBA 5M2VA 1MPCA 3N6TA 3QAXA 2H25A 3R7XA 3FGSA 1A99A 1ZTYA 1FQCA 2IA4A 3JYRA 1T0KA 2ABHA 1GV8A 1VFEA 4YB6A 1BKAA 4Q8RA 3HSTA 2LAOA 2Z8EA 2XHDA 4R72A 3ILUB 1MM6A 4EUOA 5I2NA 4G8MA 5CC2A 1UTBB 2V25A 4F2OA 2RCAA 1A55A 4EQ9A 3GXAA 5LOMA 3TTKA 5H8FB 4EXKA 5H8NB 1R9QA 5HPQA 2PT2A 4DCYA 5BWJA 1EZOA 3MVXA 2DE2A 4R2FA 3K6VA 1Y3QA 4I8CA 1TFDA 3K6WA 4BDMA 2DP8A 2PMSA 1NH7A 3TELA 3PUZE 3A09A 2Z22A 1FTKA 3EPEA 1B5HA 1LBCA 3OEKA 3IR1A 1B5IA 4OMBA 3CFLA 1BIYA 2RKMA 3VVEA 2UXAA 1YAEA 4R2BA 4U23A 5AA2B 2XXWA 3SEVA 1B51A 4XKNA 1B40A 1HSJA 3RLFE 1B7UA 5DT6A 3H3GA 5FHOA 3ZKLA 3IAZA 3D4CA 1H45A 3PGFA 4P0GA 4YB7A 4YZZA 2NWJA 2QS1A 5DVFA 3S2VA 1IITA 4N13A 4YMAA 3IOWA 3H7MA 1CE2A 5H8QA 3VFJA 1RKMA 1XVXA 4ZEFA 2PT1A 3TUSA 5K2YA 1XHYA 1OMPA 2RF1A 3L6HA 1US5A 4OXVA 4YU0A 4DCXA 4F18A 4YAHX 3OD7A 1LFIA 1A40A 3IOTA 1B58A 4GRKA 1B7HA 2Q8JA 4GLIA 3A3UA 3VV5A 4MFIA 3O6HA 4F3BA 5AE4A 2V84A 2THIA 1CB6A 2R71A 4FORA 2XXXA 4IY6A 1URGA 4JSOA 1BTJA 4QFOA 3EHTA 1B05A 4EQBA 5TPAB 2DS9A 1AOVA 4GQOA 3TPAA 4NF8B 2I0BA 5L9SA 3OXNA 3KN7A 5B7DA 2QJEA 2F5XA 1SI0A 4LONB 1UTBA 1H44A 2REGA 4NE4A 2O51A 4RK9A 3MVZA 3V89B 4M1VA 4IO6A 1P1QA 3EQ1A 3K01A 3RTWB 5H8FA 5H8NA 4RPNA 1SW1A 3MVYA 2RINA 4E0WA 4ZZEA 1UTHB 5F7VA 3K4UA 5KCJB 1Y4TA 4DIGA 5HM4B 2I49A 1A8FA 1USYH 3PUXE 4IO4A 4U4SA 2R6GE 2UVIA 2G93A 5CI5A 2RC7A 4I62A 3U94A 3CI8A 3PUYE 3K0VA 5ISUA 1M5FA 4GFRA 1Y3NA 4TLLB 3EHSA 3RTFB 3N5LA 5AA2A 4ZEBA 1LBBA 2XXIA 1LCTA 1MQJA 2Z23A 1H76A 4F1YA 2Q89A 3E4RA 5DVIA 1XOCA 1IUDA 1Z7ME 2F35A 4NEDA 2B3BA 3O9PA 3PPNA 1EZ9A 4WKMA 3HPIA 4OERA 2OBGA 3K6UA 3CFXA 2O68A 3QIMA 3PMXA 4ZS9A 3OMBA 5F1QA 3VLUA 3FZVA 1O63A 2Y7RA 3M3LA 3FVKA 2VD2A 4F2QA 2ZYKA 4U2RA 2OK2A 4O3BA 5H8HB 1MH4A 1II5A 4I9DA 2Q2AA 1PEBA 2F34A 2AL4A 3M3KA 3KOTA 2QMXA 3KJ7A 4IO2A 5JEIA 4BDQA 3FVNA 4G4PA 1B46A 3MPLA 2RC8A 3E13X 4EDPA 3B6TA 2ZNUA 4R74A 2O1LA 2XD3A 5KZTA 2XX7A 1DSNA 4KYSA 4OEVA 2NUVA 2OWTA 3MPKA 5TPAA 4GD5A 4Z0IA 1D9YA 1XS5A 3UA8A 2F7CA 3K02A 5ICTA 3OSQA 1Y1MA 4NF8A 4HCWA 1RYOA 2G29A 1LGBC 2E0SA 1XC1A 2I6EA 1MQIA 2ZYOA 3LSWA 4MF3A 3G3KA 4R6HA 1VSOA 4F3PA 3E9XA 5L9OA 1FQBA 1BP5A 2O6AA 1F9BA 4H5FA 1LAXA 3PPPA 1J1NA 1QUKA 1NKXA 1SVXB 4R75A 1MG1A 3KBRA 4NF4A 1LAFE 3OO6A 3TTLA 3TZAA 2ZYNA 4RPOA 4F19A 2AL5A 2HFBA 2X26A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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