2CZLA

Crystal structure of mqnd (ttha1568), a menaquinone biosynthetic enzyme from thermus thermophilus hb8 (cys11 modified with beta-mercaptoethanol)
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
270
structure length
269
Chain Sequence
ALRLGFSPPNDTFIFYALVHGRVESPVPLEPVLEDVETLNRWALEGRLPLTKLSYAAYAQVRDRYVALRSGGALGRGVGPLVVARGPLQALEGLRVAVPGRHTTAYFLLSLYAQGFVPVEVRYDRILPMVAQGEVEAGLIIHESRFTYPRYGLVQVVDLGAWWEERTGLPLPLGAILARRDLGEGLIRALDEAVRRSVAYALAHPEEALDYMRAHAQELSDEVIWAHVHTYVNAFSLDVGEEGERAVARLFAEAEARGLAAPSPRPLFV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Structural genomics, unknown function
molecule keywords hypothetical protein TTHA1568
publication title Crystal structure of MqnD (TTHA1568), a menaquinone biosynthetic enzyme from Thermus thermophilus HB8.
pubmed doi rcsb
source organism Thermus thermophilus
total genus 94
structure length 269
sequence length 270
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-07-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02621 VitK2_biosynth Menaquinone biosynthesis
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2czlA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2czlA02
3VVFA 5IAIA 4OEVA 3OD7A 4M4GA 2E0SA 2RC7A 3TYHA 2Q2AA 1IXIA 3O28A 3MPKA 4NMYA 4QFOA 4JSDA 4TQUQ 2Y84A 1PDAA 3OSRA 2KLFA 3IJXB 3M8UA 1SDXA 3U72A 1H44A 3O6GA 4Q0CA 1PBPA 4QSDA 4UA8A 3C9HA 5A5XA 1MDP1 2IA4A 4XKRA 4XKQA 2F6GA 2OWTA 4FEBA 1PB9A 2ALUA 4EQ9A 3IO4A 5CMKA 2O1MA 1UTBA 2D5WA 4RYAA 3C33A 1EZ9A 3N26A 1Y4TA 1B3HA 2FNCA 3VE1B 1GR2A 1OLCA 5H8QA 4F39A 2CZLA 3IOWA 1GVCA 3W9WA 4IO3A 3KN8A 1Y1MA 3FV2A 1QKBA 3FVKA 1II5A 3OO9A 4FE8A 3G3HA 1P99A 2QJEA 5CMBA 3FASA 3H6TA 1RYOA 1D3KA 2ZYNA 2QS1A 3EN3A 4GQOA 1M5DA 3IK6B 1A55A 2DXYA 2WKYA 5ITOA 1N7XA 2REGA 4G4PA 1IITA 3UN6A 1CE2A 1XVXA 3PMVA 4NF4A 4FECA 4NF5A 5AE4A 4HW8A 5H8NB 2ONSA 5I59B 1LCFA 4PFUA 2GFEA 3A3CA 1LAHE 2RCBA 1M5BA 3MC2A 4K3FA 1R9QA 1MXYA 3S4UA 2REJA 2B3FA 3FIRA 2OZZA 3EHTA 5DVJA 1YPNA 1P1NA 3OO8A 4Q8RA 5BUUA 1FQEA 4ND9A 1TXFA 4TLMB 2HCAA 2V25A 4U23A 2H25A 1B32A 1ATGA 3DELB 1H43A 3H4ZA 2XXYA 1IXHA 4XIGQ 1N3XA 3OMBA 4YICA 2RKMA 4JSOA 5AA2B 2ZYKA 2Y7PA 3O29A 2X7QA 1LB8A 4OERA 3LR1A 4FATA 3U1OA 1B51A 2YLNA 4DCXA 2I48A 3OXNA 1HSLA 1ELJA 2AL5A 4QFNA 4ELPA 1JVYA 3T22A 3O6HA 3OEMA 4F19A 2XXRA 3LC8A 4FORA 3VVDA 1D4NA 4EF1A 1DTGA 4RXLA 5KCJB 2F7CA 2O51A 3KJTA 3G3JA 1USYE 4BDOA 2UVJA 1POTA 1OVTA 1JNFA 2D3IA 1PEBA 2P1SA 2QPQA 3LSFB 3FGSA 5ITPA 2OWSA 3SKPA 2GRVA 3UGWA 3H06B 1FW0A 1EU8A 4JXIA 2ANJA 4Q5TA 2DWAA 5H8FA 1Y3NA 5DT6A 3EHSA 3T9HB 3RLFE 2DVCA 3V5AA 3DM0A 3QXMA 4H5GA 1I6AA 3K6VA 4IGTA 1B3GA 4GIZA 2PBWA 2THIA 5I2NB 1GGGA 1FQFA 2UYEA 4YZZA 4QHQA 3T9XB 1UTHB 4I8CA 3ILUB 1N84A 2XX9A 3DP4A 2VOZA 3RNNA 4RNSA 1FQAA 2XX7A 4IO4A 1SI1A 4ELRA 2RC9A 3KFMA 4E0WA 4DLDA 4U1OA 3A09A 3IB1A 1VFEA 4R73A 3FZVA 1EZPA 1DSNA 3TTKA 4GOTA 5CRYA 1A54A 1EZOA 2IEEA 4DXUA 4ELQA 3PMXA 1HSJA 2HAVA 4NF8B 3TTRA 4F3BA 4NWDA 2F7BA 2Q88A 2XXVA 5ISUA 3KSJA 3KG2A 5L9MA 4JDFA 3B6WA 4OMBA 4KYSA 1LAXA 4OXVA 1IQ7A 1UQWA 1B1XA 4DXCA 4GFRA 4C0RA 2HEUA 3USDA 3IOVA 2Y7IA 3PD9A 2R9JA 2PYYA 4ZEFA 2XXXA 3WAEA 3GZGA 1SW5A 1Y9UA 4NF6B 2F36A 3H6VA 1IIWA 2GHAA 2XX8A 2DWIA 3N6UA 5H8SA 5H8NA 4PE5B 5I59A 2ZNTA 4FEDA 4M1VA 2RINA 3MPLA 2QMXA 5DEXB 1B6HA 1LBCA 2F35A 4UACA 3I3VA 5FHNA 3SDFA 3E4RA 1LAFE 2BJJX 4MLVA 4THIA 3H6UA 4JWYA 2YPNA 2HQ0A 2O7IA 1MXVA 3KN7A 3PUYE 3THIA 1ZBMA 4ZEKA 4U21A 3PUXE 4FIMA 5AA2A 3UA8A 3QSLA 5CM6A 4FAJA 1ZJLA 2O69A 2QS2A 3W9VA 4QRZA 2Z8EA 3O6IA 4F3SA 3FJMA 1FTLA 3FVOA 3VLUA 2G29A 2ZNUA 4PP0A 4I9DA 3MWBA 4ZZAA 3ILTB 3TUSA 1SD3A 1WVJA 2VD2A 3FXUA 5KCJA 2O7UA 4ZEBA 4GL0A 3ZKLA 3GBAA 5J1DA 1SW4A 2ZYOA 1H3DA 4KYEA 4YB7A 2V3QA 4ZEIA 2QMWA 2DXRA 1TWYA 4E0XA 1MM7A 3FJGA 5F7VA 4BDQA 5FTIA 5ICQA 1I6QA 3E3KA 2I4CA 3IR1A 1SW2A 3G3IA 1R6ZA 4BLAA 1MY0A 4NEDA 1QUIA 2P2AA 2VP1A 3T93B 5I2NA 1FQDA 3G3KA 4G8MA 1MXZA 1MQJA 1UTHA 2I49A 3MVZA 3SEYA 1PB8A 1B40A 3U94A 5LOMA 4JBZA 1BIYA 3HCQA 3RQTA 3RY3A 1PC3A 1B7ZA 3HN0A 1AOVA 2FYIA 4C1UA 4GXSB 3TCHA 3TFLA 3QYTA 4POXA 1LCTA 4F3PA 3HV1A 4TOZA 2QS3A 1L5TA 4NF8A 4HS7A 4OTEA 4X1BA 5HPQA 3FVNA 5I58B 2A5TB 3A3UA 4H8IA 1NNFA 3PPOA 4TLLB 4GF8A 2F97A 3AXFA 4X48A 4HCYA 4YB5A 4GL8A 4RA1A 3B7DA 1A40A 4OFLA 3O97A 3TAJA 3E9XA 2H99A 4NWCA 2F7AA 3K00A 3SEWA 1QUJA 4Z7EA 3KJ7A 3D4GA 2XXQA 3CFXA 3K1PA 4QSCA 1Q35A 4U4XA 4XKPA 3QUJA 3S9LC 1MS7A 5B70A 1A7LA 1FTOA 4ZZEA 3S9EA 3PU5A 4NF6A 3M3FA 3CVGA 4ZE8A 3FATA 2B65A 2Z8DA 4IY5A 5FHMA 4G68C 3MP1A 4YU0A 3RTFB 5TPAB 4BDLA 2F34A 1B7HA 5DEXA 1ZIUA 3L6HA 1MQDA 4LONB 3OO6A 3GBBA 3SEVA 1JW4A 3PPPA 4IB2A 1P1WA 3N6TA 1XOCA 1MPDA 4O3BA 3KN3A 4FJPA 2DE3A 2D21A 1B46A 3RUMA 3S9NC 2F78A 4LUBA 3MUQA 2NWJA 3B6TA 3VVEA 3TZAA 3SESA 3U92A 4IO2A 2PMSA 3K6WA 3GXAA 3CG3A 3K1MA 3VDFA 2H9BA 3PUVE 1JVXA 5TP9B 2VGQA 1VFDA 1QUKA 3MBPA 1NH7A 1MH3A 5KDTB 1XT8A 2QSXA 1WODA 3T96B 3R26A 2XXHA 1LFGA 2F5XA 4PFTA 3H7MA 4OYVA 3G7WA 1B4ZA 1A8EA 2V3UA 3QUFA 4WKMA 4F22A 5JK4A 3CSBA 1LB9A 1M5FA 1URDA 2CMOA 3PV0E 3V8XB 3DLNA 4KQPA 3EF7A 4X1DA 3SEXA 3UIFA 4G8HA 4MH5A 5AA1A 3C32A 3BFTA 3PD8A 1FCKA 3MVYA 2P0SA 1XVYA 1KWHA 4WXJA 1P1QA 4O3AA 5I2KB 4IO6A 3E13X 4H1XA 3ZKKA 4ZEDA 4LQ5A 1O63A 3C31A 3JZJA 4YMAA 4R6KA 4HTGA 1B3EA 1QW0A 3PGFA 2M8CA 4GRKA 3KOSA 4EQBA 2R71A 1B2HA 1LAGE 4ZS9A 1B7UA 4N6PA 2VD3A 1FQCA 4R6HA 4RPNA 2GH9A 4N07A 1NNPA 2H98A 4QF9A 4F18A 1OMPA 4BDNA 4I1DA 1OLAA 4O3CA 1ZMGA 3IOUA 5CBRA 4RY1A 4JWOA 1N76A 4XKNA 1Z7NE 3HHGA 1Y1ZA 4NTLA 5I58A 2A5TA 2Q89A 4Q30B 3K02A 2UXAA 4YKKA 1NL5A 2O1LA 3VFJA 1O7TA 1Z7ME 4R2BA 1B9JA 1MY1A 3MQ9A 3F11A 1TFAA 4HCWA 4U22A 3P7IA 3KBRA 5CBSA 4KCCA 1TFDA 3TDJA 4R6YA 4LZ5A 5HBCA 3OOAA 4ZE9A 4KHZE 3SERA 1TT1A 4U1ZA 2XD3A 2NVUB 1URGA 5JEIA 1YTVA 5L9SA 5JTYB 4DZ1A 1NFTA 3MVWA 4LP2B 1OQHA 3M3KA 3I5OA 4LATA 4U2RA 4DXBA 1AMFA 1T0KA 4PETA 3BBRA 3MZ1A 3TTLA 3ZS6A 4R9FA 1B5JA 4DCYA 1YAEA 4OESA 1VSOA 3DP8A 1AIVA 1FTJA 4H8JA 1Y3PA 1N7WA 1MY3A 4P0IA 5HM4B 2XXIA 2DSFA 4R75A 1USYH 5TPAA 1UIVA 2O68A 2I4BA 3RPWA 4OHNA 4GLIA 4QSEA 4ESWA 2Y7WA 2ESNA 4ZECA 5KZTA 4MBPA 1JQFA 1D9VA 4IGRA 3JYRA 1VR5A 2HFBA 5B7DA 3CRBA 1DPPA 1BLFA 1IUDA 1MQIA 1M5EA 4RPOA 1SI0A 2OK2A 5L9OA 1J1NA 3TPAA 1SBPA 4BDRA 1QJMA 3PPRA 5TP9A 4KI0E 1B0LA 5KDTA 2PVUA 4KR5A 1SYIA 3HPIA 1LLSA 1B0HA 4WEPA 1POY1 3MJNA 4YB6A 3H3GA 3L6GA 5I84A 2DOJA 4IY6A 5K2YA 2W7YA 1MQHA 3PPQA 1MXWA 3IB0A 2NXOA 1NMUA 2DQVA 3VV5A 4G68B 2G93A 3I6VA 5AA3A 5AA4B 3LSXA 1MRPA 4N13A 5I56B 4XTCQ 1URSA 3Q26A 4KD5A 4R72A 4BDMA 4EUOA 5I2KA 3GLBA 3G3GA 4OQOA 3K2DA 3QK6A 4YMBA 1BKAA 2HXWA 4H65A 4IO7A 2F8DA 4DDDA 1IZ1A 3W15C 4F2OA 1LFHA 1AL3A 3N5LA 4KYDA 1IEJA 3H6WA 2ONKE 1MXXA 3MZBA 2Y7RA 4OWDA 2X7PA 1GTKA 2HZLA 4RJZA 4XXUA 2I6EA 4L17A 4JB7A 3Q28A 3EQ1A 4P11A 1OQGA 3UORA 1LGBC 1N3WA 1NNTA 5DVIA 4H0WA 5EYFA 2QL3A 5BWJA 1MY2A 2Z23A 3KZGA 4F1UA 4KFQA 3Q27A 3MW0A 5FHOA 3O2AA 4QFLA 2Y7KA 3N94A 2YJPA 4YKPA 1MM6A 2Q2CA 3EPEA 3K1NA 5CI5A 3Q25A 2NOOA 3ODBA 5DYHA 2O84X 3PMWA 1ANFA 1OVBA 2VHAA 3CG1A 3OO7A 2OCUA 3FD3A 1S7YA 3KGCA 3VLVA 2PX1A 2RF1A 4H5FA 4EXLA 5JTYA 4IO5A 3K4UA 3TCFA 3SEUA 4JWXA 1PBQA 4OEUA 1NKXA 5DVFA 1QULA 3FJ7A 5EHMA 2ZMBA 1Y3QA 1B52A 1NH8A 2ZYMA 4F1VA 2RC8A 4POWA 1QKAA 2I3WA 3IORA 4AQ4A 1B5IA 4Z0IA 4EQ7A 4QFKA 4DE8A 1I6BA 3T66A 2DVZA 3UP9A 4GVOA 3PUWE 4ELOA 3QIMA 3HHFA 4PQJA 4R9GA 1BP5A 4DIGA 4OFJA 5TU0A 1DMBA 1EH3A 4OVJA 3CFLA 2A5SA 4ONYA 4GXAA 3KOTA 3LSWA 1RYXA 4G77A 2PT2A 3V89B 3LSLA 3BFUA 1F9BA 2DS9A 4LA9A 2Z8FA 4RK9A 1R9LA 5CC2A 1JEVA 4H67A 4G8NA 2AL4A 3ECRA 3TEPA 3O66A 1JW5A 2HZKA 3C34A 2DE2A 1H45A 2Q9TA 1JEUA 1ZLQA 3CFZA 3DP6A 4NE4A 3T9UA 3VXBA 1Q1KA 4U4SA 3QAXA 3H03A 3FXRA 3UK4A 3M3LA 3Q29A 3VXCA 2DE4A 1MPBA 2DYXA 3TELA 4H6DA 5I57B 1SYHA 3TQLA 1IXGA 4I62A 3HSTA 2I0CA 1D9YA 2V93A 5H8HB 1BTJA 1B3LA 1B05A 1MY4A 4F31B 3IJOB 4F2QA 1PB7A 2XD2A 1O64A 5F1QA 2ZNSA 1Y20A 3SETA 3RN8A 1US5A 1XC1A 1IXCA 3OELA 3LUYA 3TMGA 2UVIA 3LBSA 3MZ9A 2PT1A 4G68A 3HO7A 3IOTA 5AA4A 5I56A 4MLQA 4YKIA 2DWHA 1RKMA 3CR9A 4P0GA 3OSQA 1MXUA 4PFWA 3U8QA 1LFIA 4RK2A 4ECFA 5A5XB 1XHYA 1FQBA 2QS4A 2F6PA 1S50A 1JETA 1XS5A 3KEIA 3T9VA 1UTBB 3RT8A 1GV8A 2ZXTA 4MFIA 1SW1A 3TTNA 3CIJA 5H8QB 1P1UA 3TQWA 2QRYA 2XHDA 2UVGA 1M5CA 1MPCA 5L8DA 1B4HA 3RTWB 3U93A 3FXQA 3B6QA 3BKIB 2Q8JA 2I0BA 4EDPA 4QFPA 3K6UA 3CI8A 1A99A 4C1TA 2OJTA 4OETA 2XXTA 2UVHA 2DP8A 4LQ2A 1B3FA 4AB5A 3IAZA 3TODA 1N0TA 1A8FA 3K6XA 1ZU0A 3IX1A 3WAFA 1ZTYA 4OFOA 4OENA 4LVQA 4NF4B 4NF5B 4X9TA 4R74A 3S2VA 3RGYA 3VLWA 2XXUA 1S9TA 4R2FA 1ZKBA 2O6AA 2NUVA 1OIBA 3S9MC 4LZ7A 1MDQA 3IO6A 3ZSFA 2ABHA 2R6GE 3IL1B 3K01A 1YCJA 3OEKA 2OLBA 4YAHX 1MG1A 4KCDA 1B58A 1I69A 2I3VA 1UIUA 2GHBA 1Y4CA 3RT6B 1NNKA 2UYFA 2DWJA 2V84A 2X26A 5M2VA 4F3GA 4F1YA 1LBBA 3FVGA 3G3FA 1P1OA 4WEDA 1H76A 4ESXA 1US4A 5IKBA 4ZDMA 4PFYA 3R6UA 2B3BA 2E1SA 1B5HA 2XXPA 3PUZE 3PPNA 5ICTA 3JV9A 1VE4A 1DOTA 1QVSA 1HSEA 2FA7A 3TTMA 4OZ9A 2LAOA 1SQYA 1DPEA 4YKJA 1N04A 3C4MA 1FTMA 5DTBA 1B1HA 2AYSA 5CMCA 2Z22A 3MAMA 1FTKA 1JW1A 3IB2A 1SVXB 4EXKA 2I58A 4MF3A 5K2XA 3K0VA 3FV1A 1LSTA 3C36A 2HAUA 1CB6A 1R1NA 1MH4A 5I57A 2ONRA 4ISUA 5ELVA 3O9PA 2RCAA 5H8FB 2H4IA 3KSXA 4G2ZA 5EHSA 2OBGA 5AA2D 2XXWA 5H8HA 3OENA 1MQGA 5CMMA 4LZ8A 5FTHA 4AB6A 4F29A 1WDNA 3C35A 1DTZA 1AH5A 3FUZA 3MVXA 4GD5A 2V3TA 2H5YA 3ONMA 3R7XA 3EHUA 3V83A 4GWOA 3TCGA 3D4CA 2AIXA 3TKDA 4KPTA 3CSGA 3MP6A 4EF2A 3MP8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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