2CZLA

Crystal structure of mqnd (ttha1568), a menaquinone biosynthetic enzyme from thermus thermophilus hb8 (cys11 modified with beta-mercaptoethanol)
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
270
structure length
269
Chain Sequence
ALRLGFSPPNDTFIFYALVHGRVESPVPLEPVLEDVETLNRWALEGRLPLTKLSYAAYAQVRDRYVALRSGGALGRGVGPLVVARGPLQALEGLRVAVPGRHTTAYFLLSLYAQGFVPVEVRYDRILPMVAQGEVEAGLIIHESRFTYPRYGLVQVVDLGAWWEERTGLPLPLGAILARRDLGEGLIRALDEAVRRSVAYALAHPEEALDYMRAHAQELSDEVIWAHVHTYVNAFSLDVGEEGERAVARLFAEAEARGLAAPSPRPLFV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal structure of MqnD (TTHA1568), a menaquinone biosynthetic enzyme from Thermus thermophilus HB8.
pubmed doi rcsb
source organism Thermus thermophilus
molecule tags Structural genomics, unknown function
molecule keywords hypothetical protein TTHA1568
total genus 94
structure length 269
sequence length 270
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-07-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02621 VitK2_biosynth Menaquinone biosynthesis
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2czlA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2czlA02
3S9NC 3TTKA 2F7BA 1B40A 4OZ9A 3K4UA 1MQHA 4R9FA 2O7UA 1IITA 1LCFA 1VSOA 3K6XA 1YPNA 3KJTA 4DZ1A 3H06B 1FTLA 1NKXA 1B3LA 1JQFA 1HSLA 2HZKA 1UIUA 4POXA 4ZE9A 3V8XB 3CSBA 4JWOA 1B3EA 2Y7WA 4IO4A 3OEMA 3KOTA 3TYHA 5I56A 4OTEA 3QUFA 4FJPA 5TP9B 3MZ9A 2RC7A 3S9MC 1JEVA 1XC1A 4OEVA 2VP1A 4F2QA 4F3GA 3RT8A 3AXFA 1S7YA 2DWHA 3E13X 2XXYA 1GTKA 4KPTA 2DE2A 3TZAA 4AB5A 3EQ1A 1SW4A 2I3VA 1LB9A 3G3JA 5I57A 5JK4A 1JETA 3RUMA 2QJEA 4ZZAA 1SVXB 4H8IA 4ELPA 4JDFA 1MPBA 5FTHA 4KQPA 1QW0A 5AA4B 1Y4TA 4H8JA 3N5LA 1OIBA 1N7XA 4QSCA 1T0KA 2G29A 4GVOA 2O69A 3PMVA 4OWDA 4QHQA 2QS1A 2V3UA 3CR9A 2PX1A 3DM0A 3TUSA 1JEUA 1FTOA 3O97A 1I6QA 3PGFA 3FATA 4GWOA 1GV8A 5KDTB 4TLMB 4TLLB 1QUJA 2Y7RA 1MXUA 1B1HA 3HSTA 4G68B 4KFQA 4FAJA 3E4RA 2ESNA 2ONKE 4G8HA 4PE5B 5CI5A 3G3GA 4U21A 3SDFA 2IEEA 4QFPA 4EQBA 1QKAA 3IAZA 1JNFA 3Q27A 3IORA 4R2BA 3UORA 5CRYA 2F8DA 2GHAA 4IO3A 3MW0A 1S50A 3A3CA 3LC8A 5I57B 1US5A 1FCKA 2F36A 3HPIA 1PC3A 4H65A 4THIA 3ODBA 3EHSA 4R6YA 2F34A 3CG3A 3IR1A 2KLFA 3IO4A 4U1ZA 4BDOA 4YMAA 4OERA 2F6PA 3CIJA 3L6HA 1SBPA 3N6UA 2DE4A 3MWBA 4OHNA 4UACA 3TCGA 1Y1ZA 3FVKA 4IB2A 4R75A 4RK9A 1LSTA 1KWHA 1SI1A 2R9JA 2DE3A 2M8CA 3RLFE 4AQ4A 2PVUA 3OO6A 3O6HA 4F3SA 1M5CA 3MQ9A 3O29A 3RTWB 1B7ZA 2X7QA 4NTLA 4OXVA 4UA8A 2XXUA 4JSDA 5JTYA 3OO7A 3PMXA 4BDRA 3QAXA 4F31B 3ZKKA 3S4UA 5EHMA 2V25A 3W9WA 1I6BA 1MM7A 3H7MA 3GBAA 1DMBA 3K6WA 4NF4B 4HW8A 2Q2AA 4O3CA 2Q89A 1J1NA 1F9BA 3SEVA 3VFJA 1R6ZA 3PPOA 5L8DA 1XOCA 3KFMA 2R71A 2XD2A 4F39A 1H45A 3GLBA 1YTVA 3OENA 4EQ9A 3M3LA 4IY5A 2ZYKA 3IOTA 3K2DA 4E0WA 1ZMGA 2UYFA 3N94A 5H8HA 2ZYNA 3Q28A 3G3HA 4F1YA 1HSEA 3EN3A 3T9UA 2ABHA 2Y84A 4JWYA 3THIA 3BFUA 3UGWA 4R6HA 5CMBA 4N6PA 3DP6A 3G3IA 2LAOA 1R9QA 2B3FA 4OYVA 2Z8DA 3VLWA 1B58A 4K3FA 5B70A 5JEIA 4PFWA 1I6AA 4F18A 3DLNA 2I0CA 1ELJA 1WODA 4IO7A 1FTKA 1JVXA 4IY6A 4ND9A 1A40A 3IJOB 4OVJA 5H8SA 2GH9A 4ZEKA 3I6VA 4GFRA 3VLVA 1PB8A 2E1SA 2I3WA 3WAEA 4BDMA 5KDTA 3F11A 3O66A 1IZ1A 2WKYA 5TPAA 1SYIA 4ISUA 3PV0E 3B6QA 4OFLA 1ZLQA 4G8NA 4YKKA 3WAFA 1NMUA 3I5OA 2FA7A 4Z7EA 1B4ZA 1UQWA 1D9VA 1P1QA 4WXJA 1N7WA 4LQ5A 5H8QB 3B6TA 3IX1A 4X1BA 2DWIA 3IB2A 2H9BA 4FATA 2A5TA 2D5WA 3OD7A 2Q88A 5ITPA 3LBSA 3FVNA 3K6VA 2I58A 2XX7A 1IQ7A 3GXAA 3M8UA 4GD5A 3C4MA 4LA9A 4LP2B 4H5GA 4N13A 2PBWA 4P0GA 4YB6A 4OETA 4ESXA 1VE4A 4FIMA 5I59A 3Q26A 4RNSA 4RPOA 4IO6A 3UK4A 3S2VA 2RCBA 1FQBA 1MQGA 3MPKA 1JW1A 4ZS9A 3HO7A 3TTRA 3SETA 1D4NA 1B4HA 3KSXA 1A8FA 1DPEA 5CMMA 1UTHA 2Y7KA 1H3DA 4KYSA 5ITOA 4ZEFA 3TCHA 3PUWE 4ZEIA 3EHUA 2DWAA 1WDNA 2O51A 5EHSA 5I84A 4NE4A 2HAUA 3ZS6A 1MXZA 3USDA 3EF7A 2HQ0A 4C1UA 1BTJA 1Y9UA 2AL5A 2F78A 2H5YA 2Y7PA 3JV9A 1QVSA 3C33A 3KGCA 3P7IA 4X1DA 4YKIA 5JTYB 2O84X 3LSFB 1POY1 3PUZE 4WEDA 3K0VA 4RK2A 3FJGA 1SQYA 1US4A 3CVGA 3MBPA 3TTLA 1B51A 3LUYA 2HCAA 3C36A 1CE2A 3K1PA 1IXGA 3U94A 2GRVA 3PPNA 2I0BA 3MVXA 1MY3A 3OO9A 3OSQA 5H8HB 1H76A 4DE8A 4OFJA 1OQGA 2DQVA 4FE8A 1VFEA 3VV5A 2I49A 3TAJA 4U4SA 3W15C 2A5SA 2BJJX 5FHMA 4ESWA 2OBGA 3H3GA 2NVUB 4C0RA 1LAXA 2HXWA 1N76A 1BP5A 2QPQA 3K6UA 1B0HA 2XXRA 4N07A 5H8FA 2OJTA 2H25A 3EPEA 5L9OA 2Z8FA 4FEBA 4KCDA 2PYYA 3CFZA 3IOWA 1LAFE 5H8NA 1EZPA 2X7PA 3FXUA 1D3KA 1QUKA 1S9TA 1QULA 2D21A 3GZGA 3ILUB 1IUDA 3KSJA 3PPQA 2H99A 5I2NB 3V5AA 4NEDA 3C35A 3PUVE 3TELA 4DXBA 1MH3A 4DCXA 3H6UA 3PPRA 2XXHA 1M5DA 4NF4A 1MY2A 1SD3A 4H6DA 1BIYA 3TMGA 3EHTA 2XXTA 4H1XA 1A7LA 1XHYA 4EUOA 1JW5A 4ELOA 4P11A 3OMBA 1IIWA 2DVZA 4EQ7A 2F5XA 3SEYA 3U93A 4DDDA 2VD3A 1RYXA 4G68A 5K2XA 5KCJA 4U2RA 3IL1B 2NOOA 3FV1A 1DSNA 5KCJB 1H43A 4F2OA 1GR2A 5B7DA 1EZ9A 2YPNA 4ECFA 1PBPA 3DELB 3BKIB 4YKPA 1IXCA 1PDAA 4U23A 4P0IA 1MY0A 1B46A 2F7CA 1IXIA 1MXVA 3G7WA 2AYSA 4WEPA 2O1MA 5M2VA 1AOVA 4MLQA 4OQOA 4F29A 2B3BA 4XKQA 4I8CA 4F3PA 3RGYA 5F7VA 3RTFB 4Z0IA 2UXAA 3IB0A 1DOTA 1NH8A 3MPLA 4U4XA 5ICTA 1B3HA 4H0WA 5KZTA 1A55A 3QUJA 4PFYA 4HCYA 1SYHA 1LBCA 1OVTA 1BKAA 2PT1A 3OO8A 1B3FA 4GL0A 4QFLA 4QFKA 2F6GA 4NWDA 4KCCA 3C34A 4LVQA 1ATGA 1Y4CA 1Y1MA 2XHDA 5I58B 3MP1A 1II5A 5AA3A 2P0SA 3L6GA 3N6TA 4KD5A 3HV1A 4MH5A 2UVHA 2F7AA 3PUYE 3SEUA 3R7XA 4DCYA 5CBSA 3SKPA 1SI0A 2RKMA 3OELA 1LAGE 4Q8RA 3HCQA 5AA2B 1RYOA 2DP8A 1CB6A 1SW5A 1AH5A 3JZJA 5IAIA 3T9HB 3MVWA 4RJZA 3U92A 5I59B 1TFDA 2DOJA 2QS3A 1MY1A 4DIGA 3S9LC 3QXMA 1IEJA 3KN7A 1MDQA 4PQJA 1O7TA 1USYE 4KYDA 2Z23A 2A5TB 3KEIA 1LCTA 1PBQA 4DXUA 3QSLA 3OEKA 4PP0A 3TQWA 1FW0A 1B5HA 1ZJLA 4U22A 2O7IA 3TDJA 1MY4A 4YB7A 2Z22A 4LATA 1YCJA 3DP8A 4O3BA 1LFIA 1MXWA 2RC9A 1P1WA 3LSLA 3MZ1A 4LZ5A 2IA4A 4F3BA 2H98A 1EU8A 1OLAA 3MVZA 5I56B 3QIMA 2PT2A 1B7UA 4NF6A 3RQTA 4Q5TA 2QL3A 2VGQA 3CFXA 1P1OA 1DTGA 4LUBA 5HM4B 4F19A 2DYXA 4GOTA 3UN6A 3K02A 4NF5A 4BLAA 3TEPA 4M4GA 4MBPA 4OENA 3ONMA 2UVGA 3PU5A 1FTJA 4GXAA 5TPAB 4GQOA 3FJMA 2QMXA 3T66A 3TQLA 1FQFA 2DVCA 4RA1A 4R6KA 2REJA 2UYEA 2V3QA 1URGA 3D4CA 2G93A 4FECA 5I58A 2NXOA 2RC8A 3FASA 4IO2A 1OQHA 3FUZA 4XXUA 5I2KB 1OVBA 2I6EA 4QRZA 4C1TA 3CI8A 1HSJA 1SW1A 3D4GA 3R6UA 1MS7A 4G4PA 4POWA 3CRBA 3PD8A 2P1SA 3UP9A 2XX8A 1MRPA 2XX9A 4LZ7A 1MQDA 1QJMA 2OK2A 1ZKBA 1A54A 2RCAA 2DS9A 1B3GA 3FZVA 3IOUA 1LB8A 3B7DA 4OFOA 3K1MA 2OZZA 4O3AA 3FVOA 2QS2A 1LBBA 4H5FA 4DLDA 1DPPA 3H03A 3LR1A 4ZEBA 2P2AA 3I3VA 1NL5A 1MXXA 4FEDA 4ZZEA 4EXLA 4GLIA 1ANFA 1H44A 1TFAA 5AA2A 1LGBC 3LSWA 2ZYMA 4RPNA 4NMYA 4ZDMA 2NWJA 5CC2A 4L17A 5ELVA 2Q8JA 3VDFA 1JW4A 1P1NA 1B0LA 3RY3A 2RF1A 2OWSA 1N84A 5AA2D 4MF3A 1MG1A 2PMSA 2V3TA 4YB5A 4QFOA 2CMOA 2OCUA 4PFTA 4XKPA 3TFLA 3V83A 2W7YA 4I1DA 1D9YA 5DYHA 2O6AA 4XIGQ 4ELQA 5CMKA 4R9GA 3M3FA 2V93A 3UA8A 3VVEA 4BDNA 3VLUA 1OMPA 3G3FA 1DTZA 1Y3QA 3MUQA 1PEBA 1B2HA 1UTBA 1LAHE 3T22A 4EF1A 5FHOA 3T96B 2O68A 1MDP1 3PUXE 3TTMA 3FD3A 3OXNA 2ZNUA 4AB6A 4QSEA 4E0XA 1A8EA 3H6TA 4M1VA 5AA1A 3RPWA 1FQDA 4KI0E 3ZSFA 4X48A 5TP9A 2CZLA 2DXRA 3VE1B 4BDLA 3SEXA 5L9MA 1URDA 1N3XA 3O9PA 4DXCA 3GBBA 2XXPA 2AL4A 1ZIUA 3FVGA 3K1NA 3E9XA 4YMBA 1AIVA 1PB9A 1B05A 3PPPA 3MP6A 2HZLA 3O6IA 2AIXA 2DSFA 3FXQA 1B52A 3O6GA 4BDQA 2O1LA 4NF5B 2NUVA 4XKRA 4PFUA 4JSOA 5H8NB 3M3KA 1TWYA 4YKJA 4NF6B 1BLFA 4YICA 1URSA 5CBRA 3HN0A 1MM6A 1B6HA 1Z7NE 2RINA 2XD3A 3CFLA 3E3KA 3HHGA 2VD2A 3MVYA 2HAVA 3O2AA 1M5EA 1RKMA 3OSRA 3QYTA 3IOVA 3RN8A 3MP8A 3C32A 1VFDA 3S9EA 4R74A 5H8QA 1FTMA 1VR5A 2I48A 2X26A 1NFTA 1MPDA 1TT1A 1XVYA 4IO5A 1XVXA 2HEUA 2XXWA 4GRKA 2V84A 3H6WA 2I4BA 5H8FB 1JVYA 5DVFA 4JWXA 1MQIA 3RNNA 4HTGA 4YZZA 4G2ZA 1SDXA 3U72A 4HCWA 3MAMA 2VHAA 2FYIA 4NF8A 3SERA 3VXBA 2F97A 1EH3A 1B32A 1XS5A 2R6GE 4MFIA 5AA4A 1MQJA 1AMFA 5I2NA 5ICQA 4ZE8A 4WKMA 3FV2A 5DEXA 5FTIA 3IB1A 4JB7A 5TU0A 5ISUA 2HFBA 3C31A 5HBCA 3IO6A 5K2YA 1UTBB 3VVFA 1IXHA 4ZECA 1O63A 3CG1A 4EXKA 1Q35A 1UTHB 2ANJA 3KOSA 4Q30B 4Q0CA 4MLVA 1QKBA 2XXQA 3QK6A 4XKNA 5BWJA 5F1QA 3KN3A 2OWTA 4RXLA 4XTCQ 3SEWA 1TXFA 1N0TA 4ZEDA 2Z8EA 2D3IA 2QRYA 2XXXA 4LONB 4GL8A 4F1VA 1M5BA 1XT8A 1P1UA 2I4CA 1Y3NA 2H4IA 3A09A 3SESA 1WVJA 1ZBMA 4TQUQ 5A5XB 2VOZA 3FXRA 3ZKLA 1NNPA 2ZNTA 3FIRA 1SW2A 3K00A 3Q25A 3FGSA 2DWJA 1NH7A 2OLBA 3MC2A 3PMWA 4R72A 2XXVA 1GVCA 4LZ8A 1LFGA 4RYAA 2ONRA 1Y20A 3N26A 4H67A 2THIA 3TKDA 2REGA 3R26A 4IGTA 4X9TA 4QSDA 3T9VA 3TPAA 5BUUA 1OLCA 5DT6A 3DP4A 4GIZA 4ONYA 1USYH 4YU0A 3U1OA 5CM6A 3TODA 4ELRA 4QFNA 3Q29A 1GGGA 4G8MA 5IKBA 3H6VA 4NF8B 4LQ2A 3KN8A 5FHNA 3G3KA 4I62A 1QUIA 1Z7ME 5L9SA 4EF2A 3H4ZA 3VXCA 4R73A 3U8QA 3UIFA 1EZOA 1LFHA 1NNFA 2FNCA 1I69A 1Q1KA 2ALUA 3C9HA 3JYRA 1PB7A 4FORA 5DVIA 5HPQA 1P99A 2Y7IA 3FJ7A 4IGRA 4JBZA 2YJPA 3ILTB 4TOZA 1B5JA 2XXIA 4G68C 2Q2CA 2ONSA 3BFTA 5I2KA 1O64A 1A99A 3W9VA 1B7HA 2Q9TA 1B9JA 3TTNA 3PD9A 3RT6B 1NNKA 5EYFA 4EDPA 4KHZE 1AL3A 1FQCA 1B5IA 3MZBA 3KJ7A 2YLNA 2QMWA 1N04A 1YAEA 5DEXB 1LLSA 3IJXB 1L5TA 1ZTYA 3VVDA 4I9DA 3KZGA 5AE4A 3HHFA 2F35A 3CSGA 4OEUA 4RY1A 1MPCA 4YAHX 3KG2A 3O28A 4R2FA 4PETA 1NNTA 1ZU0A 3LSXA 2B65A 4JXIA 3B6WA 4HS7A 5DTBA 5A5XA 3KBRA 1MH4A 2QS4A 5LOMA 2ZNSA 4OESA 5DVJA 4F1UA 3MJNA 2GHBA 4G77A 3ECRA 1N3WA 2QSXA 2UVJA 2UVIA 3IK6B 4OMBA 1POTA 4GF8A 3BBRA 4GXSB 3V89B 1Y3PA 2ZMBA 5J1DA 5CMCA 4KR5A 4F22A 2ZXTA 1UIVA 3T9XB 4QF9A 1R1NA 3K01A 3OOAA 3T93B 3TCFA 4KYEA 2DXYA 1M5FA 1B1XA 2ZYOA 3A3UA 4NWCA 1FQEA 2E0SA 1R9LA 4U1OA 2GFEA 1MXYA 1FQAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3TTKA 4OZ9A 3K4UA 2XA5A 3K6XA 4DZ1A 3KJTA 1NKXA 1JQFA 1UIUA 3KOTA 5I56A 5TP9B 3S9MC 4F2QA 2L5VA 1S7YA 2DWHA 3EQ1A 1SW4A 4KQPA 4H8JA 1IMEA 2O69A 4OWDA 4QBAA 2QS1A 3TUSA 2PX1A 1FTOA 3O97A 4GWOA 5KDTB 2Y7RA 4G68B 2ESNA 4G8HA 5CI5A 3SDFA 4EQBA 2IEEA 3IAZA 4R2BA 2F8DA 1FBPA 1S50A 5I57B 1FCKA 2F36A 4H65A 3ODBA 2F34A 3IR1A 4I40A 3MWBA 3E79A 4N81A 4R75A 1FPJA 1M5CA 5JTYA 4UA8A 4F31B 2V25A 3W9WA 4NF4B 1DMBA 1FJ6A 5L8DA 4F39A 3GLBA 1YTVA 3M3LA 1EYJA 4OA4A 3IOTA 1ZMGA 2ZYNA 3Q28A 1HSEA 2Y84A 3THIA 2B4LA 1FPBA 3G3IA 4OYVA 2Z8DA 5B70A 4F18A 1ELJA 1JVXA 3D1RA 3IJOB 4ZEKA 2GH9A 5KDTA 3VLVA 4BDMA 4P8BA 5EQAA 4GWYA 4N8GA 4YKKA 4Z7EA 4WXJA 5H8QB 4X1BA 3IX1A 3IB2A 5ITPA 3FVNA 3GXAA 4GD5A 3A29A 4YB6A 1VE4A 4RNSA 4RPOA 3S2VA 2RCBA 3HO7A 1H3DA 4ZEIA 3EHUA 1WDNA 5EHSA 1LBXA 3EF7A 2FIEA 1BTJA 2Y7PA 2H5YA 3P7IA 5JTYB 2O84X 3LSFB 3CVGA 3C36A 1CE2A 2GRVA 3MVXA 3OO9A 1OQGA 3W15C 4FE8A 3VV5A 2I49A 4U4SA 4H45A 4MAGA 1LAXA 3K6UA 1B0HA 4N07A 2OJTA 4KCDA 1LAFE 1S9TA 1IUDA 5I2NB 3H6UA 2XXHA 1M5DA 4H6DA 4H1XA 1FBEA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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