2CZLA

Crystal structure of mqnd (ttha1568), a menaquinone biosynthetic enzyme from thermus thermophilus hb8 (cys11 modified with beta-mercaptoethanol)
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
270
structure length
269
Chain Sequence
ALRLGFSPPNDTFIFYALVHGRVESPVPLEPVLEDVETLNRWALEGRLPLTKLSYAAYAQVRDRYVALRSGGALGRGVGPLVVARGPLQALEGLRVAVPGRHTTAYFLLSLYAQGFVPVEVRYDRILPMVAQGEVEAGLIIHESRFTYPRYGLVQVVDLGAWWEERTGLPLPLGAILARRDLGEGLIRALDEAVRRSVAYALAHPEEALDYMRAHAQELSDEVIWAHVHTYVNAFSLDVGEEGERAVARLFAEAEARGLAAPSPRPLFV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Structural genomics, unknown function
source organism Thermus thermophilus
publication title Crystal structure of MqnD (TTHA1568), a menaquinone biosynthetic enzyme from Thermus thermophilus HB8.
pubmed doi rcsb
molecule keywords hypothetical protein TTHA1568
total genus 94
structure length 269
sequence length 270
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-07-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02621 VitK2_biosynth Menaquinone biosynthesis
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2czlA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2czlA02
3O2AA 3S4UA 4OERA 3RT8A 1OMPA 3A3CA 4TLLB 2I6EA 3V5AA 5L9OA 1QVSA 1XHYA 5H8SA 1B05A 4ZEBA 1OQGA 3OSQA 1TWYA 1LBCA 2DP8A 5FTHA 1FQBA 1N76A 2XXQA 1US5A 2Z8FA 1MXZA 2XD2A 1Y20A 3FXRA 3CR9A 5F7VA 2XXRA 4NF6B 5KCJA 2Q88A 3LC8A 4F3BA 1BP5A 1SW2A 4BDNA 2O7IA 2HZLA 3VFJA 5CMBA 4ESXA 2I58A 2DSFA 5DTBA 1M5BA 3M3LA 3BFUA 1SD3A 4ZE9A 3FVOA 3PPOA 1UTBA 1SDXA 2A5TA 5DVIA 1JW1A 1SQYA 4PQJA 3H3GA 1Y1MA 3TUSA 1TT1A 1FTMA 1H45A 1B1HA 2IA4A 2RF1A 3SEVA 3TYHA 1QKBA 4WEDA 4OENA 3K6WA 1NNKA 4YAHX 1XT8A 4EUOA 3PUZE 4TLMB 2NUVA 4F1UA 1WVJA 3MVXA 4F3GA 4KYEA 2DXYA 2RINA 1EZPA 5TPAA 2D21A 1VR5A 1DSNA 2DWHA 2Y84A 3DP8A 1JVYA 3G3KA 4YKKA 3T9VA 3FJMA 1FTKA 1OVBA 3E9XA 4KYSA 1VE4A 4N07A 1FW0A 4FE8A 1ANFA 1A7LA 1HSLA 5DVFA 1Y3QA 4XIGQ 4C0RA 4O3CA 2GH9A 1USYH 4OESA 1B51A 2RC8A 4O3BA 1LAFE 2AL4A 1N3WA 1LAHE 1N04A 3CFLA 3UA8A 1YTVA 1LAXA 1JW5A 2VOZA 4UA8A 1JW4A 3M8UA 2I4CA 4WKMA 1H44A 1CE2A 2I0CA 4ND9A 2XXVA 5DYHA 3H6VA 5L9SA 2DWJA 3TPAA 3SDFA 5KCJB 3GBAA 5AA3A 4R74A 1UQWA 4LQ5A 1R9QA 3E13X 4OYVA 4MFIA 4HW8A 2GHBA 4ELRA 2F97A 3K4UA 1UTBB 2QPQA 2A5TB 4I9DA 3HO7A 4C1TA 2VGQA 3CFXA 1Y4TA 4GD5A 1BTJA 4XKPA 1P99A 2O84X 4DCXA 4LA9A 1LCTA 4OFLA 1D4NA 1J1NA 3CFZA 1GV8A 4H6DA 4H67A 3FJGA 3VLUA 3TDJA 3QK6A 4KI0E 4OMBA 4YB7A 3FD3A 5TP9A 1B5IA 1EU8A 2F7CA 4RPNA 2A5SA 3OEKA 4R73A 4M1VA 4E0WA 3ECRA 1B3HA 1FQDA 1LGBC 4IO6A 1WDNA 4POXA 3JV9A 5I84A 5I57B 4U22A 1XOCA 5EYFA 3TKDA 3M3KA 2P0SA 2X7PA 3MVWA 4R2FA 3OEMA 1T0KA 4ZEKA 1GVCA 2HCAA 2ABHA 2Y7WA 5CM6A 4YKIA 4DIGA 4F39A 1ELJA 3D4GA 5JK4A 2XX7A 1USYE 1DPPA 3KOSA 2QMXA 5I2NA 1URGA 4N13A 1B2HA 4RJZA 4Q0CA 2DYXA 2UYEA 5JTYA 2ZYMA 3FATA 3A09A 4QFOA 1SW1A 2O1LA 1R9LA 3FXQA 4RA1A 3HHGA 1US4A 2Q8JA 2Z23A 3QYTA 3Q28A 3FVKA 4BDQA 4AB6A 3OMBA 1OVTA 3PUXE 2XHDA 4H8JA 2Z22A 3MZBA 3TELA 1XS5A 5LOMA 4G77A 2R71A 4FEBA 4OQOA 5I58B 5TP9B 2H99A 4OFJA 3KBRA 4YKJA 2LAOA 2DWIA 4LZ8A 1MXVA 3KEIA 2I4BA 1SYIA 5JEIA 1NFTA 5FHNA 3VDFA 2WKYA 1QUIA 4MLQA 3PD8A 4GOTA 3IORA 4OVJA 1Z7NE 3MP1A 4LUBA 3UP9A 1IQ7A 5CMCA 1UIVA 4OWDA 2DWAA 3L6HA 1KWHA 1GGGA 1NH7A 2FNCA 4OHNA 2ZMBA 3QUFA 5I2NB 1FQAA 5CMMA 2OK2A 3IOUA 1N3XA 2GHAA 1B52A 1AIVA 2XXPA 2Q89A 5IAIA 3B6WA 3C4MA 1SVXB 4QRZA 5JTYB 3O6IA 1MXXA 2I49A 3E3KA 3ZSFA 3PPNA 3C35A 4DCYA 4R72A 4ZZAA 4OETA 4R9GA 1B6HA 3IK6B 4QHQA 5J1DA 1DTZA 2UVIA 4XXUA 1LB9A 1B0LA 4LVQA 1MPBA 4QSEA 2REGA 1B7HA 2OBGA 4GLIA 4FEDA 4U1OA 3SEUA 4PP0A 3KOTA 4F31B 3EF7A 3MPLA 4AB5A 3MZ9A 5DEXA 1EZ9A 3O97A 4H5GA 1ZBMA 3FIRA 1POTA 1MXUA 2QS1A 4F18A 4N6PA 1B1XA 5KZTA 4KPTA 3O6GA 3K6VA 1A8EA 4BDLA 3MVZA 1MPDA 3O6HA 4KYDA 3OSRA 1A40A 3EN3A 2HAVA 2XD3A 2CMOA 4ZDMA 1BIYA 4GVOA 1B7ZA 4R9FA 1LLSA 1LBBA 4OFOA 3LSXA 5CMKA 4YKPA 1PEBA 1I69A 4NF5A 1N84A 1OIBA 3EHTA 4HCYA 4KFQA 5ITOA 1MH3A 1DPEA 4ELPA 1OLCA 3IL1B 2I0BA 3DP6A 3CI8A 3K01A 3DP4A 5HBCA 4KQPA 1MY3A 4WEPA 2HZKA 1MQHA 2P2AA 4F1YA 1QULA 1O7TA 4WXJA 1PB9A 3MAMA 4XKNA 2H25A 2CZLA 4QSDA 3MBPA 3W15C 4EDPA 2H9BA 2O6AA 5A5XA 2YJPA 1FQFA 3TTRA 2F7AA 4X9TA 4RY1A 2O68A 1N7WA 2Z8DA 3GZGA 4HS7A 4ZECA 3FUZA 4ECFA 1I6BA 3RT6B 1A54A 2Q2CA 5H8FA 2H98A 4XKQA 5DEXB 4OXVA 4ZEDA 3OO6A 4Z0IA 4F2OA 3KN7A 3KGCA 4ISUA 5FTIA 3TZAA 3FV2A 2YLNA 4XTCQ 5AA2D 5ICQA 1MG1A 4IO3A 3K02A 3SEXA 3VLVA 2UVJA 2E0SA 1JEVA 1B3EA 3TCFA 1NKXA 2HQ0A 5FHOA 4ELQA 4GIZA 3RPWA 4NTLA 4IB2A 3SETA 4JXIA 4JSOA 4NEDA 4RNSA 3TCGA 1DTGA 4GL0A 3F11A 1B5JA 1XVXA 4PFYA 4NF8A 4U4XA 3ZS6A 3HSTA 5H8QA 4DXCA 4ELOA 3TQLA 3M3FA 5ELVA 4YMBA 2QRYA 4DXBA 2QMWA 5I2KA 1S7YA 1MQIA 3HPIA 3PMWA 1VFDA 1Z7ME 3I3VA 4JSDA 2ALUA 2DXRA 5ICTA 3VVDA 1MY2A 5A5XB 4BDRA 3TEPA 1I6QA 4PFUA 4ZEFA 5AA4A 1P1UA 1NH8A 1ZIUA 3JYRA 4F19A 2XXWA 4KCDA 4FORA 2V25A 3K1NA 2XXXA 5B70A 3MW0A 3KFMA 2UVHA 1IITA 1TXFA 4EQ7A 2G93A 1YAEA 3TAJA 2V84A 4NF4A 4F2QA 1VFEA 3TTNA 3IB2A 4MF3A 5KDTA 1SI0A 3KN3A 2H4IA 3IO4A 2D5WA 3TTLA 5L8DA 1H76A 3LUYA 1Q1KA 3MC2A 3IX1A 2VP1A 2X26A 3U93A 2ANJA 3RY3A 3OELA 3H03A 4TQUQ 1MY1A 1B3GA 1N7XA 3IOWA 1PB8A 5I56A 2OWTA 3VVFA 4L17A 5TPAB 3UGWA 4RK9A 1MDQA 3KSJA 4MLVA 3RTFB 1QJMA 4NF8B 3P7IA 2V93A 3G3IA 1M5DA 1MDP1 1SW4A 5H8QB 4DDDA 1MQDA 1LFHA 1MM7A 4DXUA 3BKIB 1L5TA 1MM6A 3ONMA 5F1QA 4ZZEA 5CBSA 4GXSB 3W9VA 1B9JA 3U94A 1F9BA 3OOAA 5CC2A 2Y7KA 2RKMA 4U1ZA 3ILUB 4R6YA 3K6UA 4Q8RA 3EPEA 3IOVA 1GTKA 3H4ZA 2UYFA 3KZGA 3MP6A 3VXCA 1R1NA 3U72A 2Y7PA 4U2RA 3O28A 3V89B 1ATGA 4NF4B 3N5LA 2G29A 1ZTYA 4X1DA 5KDTB 4QFNA 3KSXA 3O9PA 4G8HA 3KJ7A 4EF2A 4F3SA 1NMUA 1XVYA 1D3KA 2F6PA 4MH5A 3DELB 4PFWA 3LSLA 4GWOA 3K1MA 3MPKA 2O1MA 1UTHA 3N6TA 4IO4A 4GFRA 3N94A 1B3LA 5CI5A 4C1UA 1D9YA 2DE4A 3OENA 3HCQA 3G7WA 4P11A 4BLAA 2Y7RA 3FASA 1FTJA 1LCFA 1P1WA 2PBWA 2B3FA 2QJEA 2RCBA 3R6UA 2ZNUA 4ZE8A 3VE1B 1Y3NA 2O7UA 5K2XA 1QUJA 4NE4A 1IUDA 2I48A 2P1SA 3IOTA 4KR5A 1NL5A 1CB6A 3EQ1A 3QIMA 2XXIA 4LZ5A 3CSGA 1H3DA 4OEVA 3CG1A 4XKRA 4F1VA 1P1NA 4GQOA 2OZZA 4EXKA 3T96B 1EH3A 1NNTA 4Z7EA 4EF1A 5CBRA 4HCWA 1Q35A 4OTEA 4YZZA 4R2BA 2O51A 3U8QA 3MZ1A 3RTWB 4ZS9A 1H43A 4ESWA 3CG3A 3MVYA 1SW5A 3VLWA 1PBPA 1IXGA 4F3PA 2AIXA 5EHMA 3S9MC 4AQ4A 1B4ZA 4THIA 4IO5A 3RNNA 2F7BA 3MP8A 3QUJA 5EHSA 3N6UA 4FJPA 4R6HA 4P0GA 1UTHB 3C33A 3SEWA 2AYSA 3EHUA 3UORA 1AL3A 3LSWA 3PUWE 1MS7A 1JVXA 4HTGA 3UIFA 1NNFA 1S50A 3TQWA 2X7QA 4BDOA 1BLFA 3OD7A 3C36A 4IY6A 1B5HA 3UN6A 4FIMA 1GR2A 5ITPA 4E0XA 2B65A 1MY0A 1A99A 2PVUA 3U92A 2F8DA 2VHAA 3I6VA 2DS9A 1SYHA 2GRVA 4KD5A 3L6GA 4I8CA 1O63A 3IAZA 3ILTB 3IB1A 1M5CA 4F22A 1FCKA 4QFPA 5AE4A 4QF9A 5IKBA 2I3VA 2F36A 3FZVA 2F35A 2F34A 2E1SA 2ZNTA 2XX8A 2PYYA 2NXOA 2ONSA 3PPRA 1FTOA 4JB7A 4GRKA 3K2DA 2DE3A 2PT1A 4UACA 3G3JA 1I6AA 2VD2A 5K2YA 3QAXA 1ZMGA 2PX1A 2QSXA 1DOTA 3AXFA 3IB0A 4GXAA 4G68A 3PD9A 3UK4A 2HFBA 4FAJA 2UXAA 3MUQA 1XC1A 1OQHA 1Y3PA 3IO6A 3TTMA 1IXCA 2QS3A 3W9WA 3USDA 1B46A 3PUVE 3WAEA 1IIWA 3QXMA 1LB8A 2OLBA 3SEYA 5TU0A 5M2VA 4Q5TA 1ZLQA 1B32A 1PBQA 3DLNA 4H5FA 5L9MA 2Y7IA 3SKPA 4QFKA 3MQ9A 3T9HB 4YB6A 3QSLA 3TODA 4U21A 3RLFE 3O66A 1D9VA 3FVNA 4POWA 1MXWA 5AA1A 3B6QA 1MQGA 3PPPA 2RC9A 1B40A 4U4SA 3KG2A 3K00A 3FVGA 4O3AA 4RPOA 4EXLA 3VVEA 2OWSA 3PGFA 1A55A 2HAUA 1M5EA 1MXYA 4G68C 4NF5B 2ESNA 2NOOA 2GFEA 4LONB 5HPQA 3GLBA 1ZKBA 4GF8A 1HSEA 2BJJX 1DMBA 1JETA 2RCAA 2PMSA 3TCHA 4IO7A 4MBPA 3OO8A 5DT6A 5I57A 3S2VA 4EQBA 3S9NC 4R75A 3GXAA 4G68B 1ZJLA 2Z8EA 2KLFA 3MJNA 3CIJA 4EQ9A 3IJOB 1RKMA 2ZYOA 4IY5A 1Y4CA 3KJTA 3ZKLA 2F6GA 4M4GA 3PUYE 1B3FA 3IJXB 1NNPA 2FA7A 3BBRA 3V83A 3RGYA 3H06B 2HEUA 1EZOA 1P1QA 2M8CA 4R6KA 4G8NA 2H5YA 5H8FB 1LSTA 2UVGA 2DQVA 3PPQA 3MWBA 1R6ZA 3K0VA 4F29A 4KHZE 2OJTA 4U23A 4JWXA 4PFTA 5B7DA 1P1OA 2PT2A 3Q27A 3T9XB 1II5A 4IGTA 1FQCA 1M5FA 4H65A 1MH4A 2B3BA 4QFLA 1PB7A 3HV1A 4I1DA 3H7MA 1LAGE 1TFDA 1AH5A 3K1PA 4FECA 3TMGA 2Q2AA 3RQTA 4DLDA 1A8FA 4G8MA 3G3HA 2ONKE 4JWOA 3S9EA 5FHMA 2XXTA 3FJ7A 3H6WA 5I58A 2ZYKA 1YCJA 3E4RA 2THIA 3TTKA 1IZ1A 2F78A 1B4HA 1PDAA 2V3TA 3R26A 1FTLA 3K6XA 1UIUA 4G4PA 5I2KB 3DM0A 3VV5A 4NWCA 1LFGA 3C9HA 3PMXA 1MY4A 5AA2A 2AL5A 3Q29A 3CVGA 3A3UA 3G3GA 1POY1 1Y1ZA 5I59A 5AA4B 3IR1A 4H0WA 3RUMA 1JEUA 2VD3A 2Q9TA 4DE8A 4JDFA 4LATA 4ZEIA 5H8NA 4K3FA 1S9TA 3FXUA 2HXWA 3ZKKA 5H8HA 4YICA 4YB5A 3SERA 5DVJA 4DZ1A 3BFTA 3U1OA 2ZYNA 3JZJA 4YMAA 2NWJA 2R6GE 3FV1A 3PV0E 3HN0A 4PETA 1IEJA 4YU0A 2XX9A 1HSJA 4JBZA 2XXUA 1URDA 4KCCA 1PC3A 4BDMA 1IXHA 1JNFA 3FGSA 3G3FA 5I56B 5CRYA 2DVCA 1Y9UA 1MPCA 2XXYA 4RK2A 3GBBA 1YPNA 1URSA 3S9LC 1JQFA 4Q30B 1QUKA 4GL8A 1AOVA 3CSBA 3LBSA 2OCUA 4LZ7A 3ODBA 3R7XA 3Q25A 3VXBA 3V8XB 5BWJA 4PE5B 2F5XA 4X48A 1FQEA 3LSFB 1TFAA 4H1XA 4QSCA 1BKAA 2FYIA 4TOZA 1RYOA 5AA2B 3WAFA 3RN8A 2IEEA 3H6TA 2REJA 4P0IA 1OLAA 2QS4A 3H6UA 1LFIA 3CRBA 5I59B 3C31A 3C34A 5H8NB 2RC7A 3T66A 5H8HB 1N0TA 4RXLA 4FATA 1QKAA 3LR1A 1O64A 1B58A 2V3QA 1RYXA 2DOJA 1QW0A 4NWDA 4IO2A 4ONYA 1MQJA 4OZ9A 2QL3A 3O29A 2V3UA 4LP2B 4OEUA 1ZU0A 4I62A 4IGRA 1SBPA 2YPNA 3Q26A 1B0HA 4NF6A 3T22A 2O69A 5ISUA 3PU5A 2D3IA 1B7UA 4LQ2A 4RYAA 3B7DA 4X1BA 1IXIA 2DVZA 3OO9A 2XXHA 3I5OA 2W7YA 3C32A 3SESA 2DE2A 3PMVA 1MRPA 3KN8A 3OXNA 2ONRA 1SI1A 3B6TA 4H8IA 3OO7A 3EHSA 5HM4B 3HHFA 3N26A 1AMFA 2QS2A 3D4CA 3T9UA 1VSOA 2ZNSA 4JWYA 3THIA 2R9JA 3T93B 5BUUA 2I3WA 4NMYA 2ZXTA 3TFLA 2NVUB 1WODA 4G2ZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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