3DELB

The structure of ct381, the arginine binding protein from the periplasm chlamydia trachomatis
Total Genus 65
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
65
sequence length
232
structure length
232
Chain Sequence
b'EKFIVGTNATYPPFEFVDKRGEVVGFDIDLAREISNKLGKTLDVREFSFDALILNLKQHRIDAVITGMSITPSRLKEILMIPYYGEEIKHLVLVFKGENKHPLPLTQYRSVAVQTGTYQEAYLQSLSEVHIRSFDSTLEVLMEVMHGKSPVAVLEPSIAQVVLKDFPALSTATIDLPEDQWVLGYGIGVASDRPALALKIEAAVQEIRKEGVLAELEQKWGLNNLEHHHHHH'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Exploiting antigenic diversity for vaccine design: the Chlamydia ArtJ paradigm.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Arginine Binding Protein
source organism Chlamydia trachomatis
molecule tags Protein binding, transport protein
total genus 65
structure length 232
sequence length 232
chains with identical sequence C, D, F
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-06-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3delB01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3delB02
3HHFA 1A54A 3MVXA 5H8NB 4ONYA 3OO8A 5L8DA 5JTYA 1B4ZA 3RY3A 4RNSA 1MY4A 3ODBA 1ZMGA 2A5SA 2DVZA 3RT6B 4NF4B 2LAOA 4EXKA 1XOCA 2R9JA 4QSEA 2CZLA 1Y9UA 3TKDA 2HAUA 4X9TA 1A55A 4IO3A 3VVDA 4JXIA 2Z23A 2UYFA 1BLFA 4YMBA 3PUYE 4JSDA 3U8QA 2X26A 3Q27A 5FTHA 5DT6A 3FVGA 2XXWA 1IXGA 4P0IA 3EQ1A 3TFLA 1NL5A 1Y3NA 1Y1MA 2O68A 1QW0A 2HCAA 3FJ7A 1IITA 4R2BA 2BJJX 3W15C 1AH5A 1MPDA 4GQOA 4BDLA 4E0XA 3M3FA 4N13A 4KI0E 2GHBA 5TPAA 3K0VA 3VVEA 3TELA 4DE8A 4DLDA 3LSWA 1B7HA 4OENA 4FE8A 5AA2A 5BWJA 1XHYA 3TTNA 1UIUA 1LAHE 1I6AA 3K1PA 3VLWA 5AA1A 1ZKBA 4TOZA 2Y7KA 5A5XB 4GWOA 1PB9A 3KN3A 4NEDA 4ELRA 3FZVA 4ZEDA 1KWHA 5H8HB 5IAIA 1EZ9A 4KYDA 4QHQA 1POTA 1MQIA 4DCXA 3KSJA 2ALUA 2QL3A 4NF8B 2V25A 1MM7A 4Q8RA 1B1HA 1FTOA 1MH4A 3H06B 1HSJA 1SDXA 4U22A 3C36A 4ZE9A 5CBSA 2XHDA 1RYXA 3O6GA 4LQ2A 1SYHA 4DIGA 3FVNA 3MPKA 3T93B 4F18A 2P1SA 4GXAA 1P1UA 2V93A 2ZYOA 1ZJLA 4FATA 4KFQA 1TXFA 1B3EA 1PC3A 2F34A 3T9UA 1B40A 3W9VA 1IEJA 4H5GA 1PBQA 1Q1KA 2H4IA 1UIVA 3EHSA 3OENA 1L5TA 5B7DA 1SYIA 2OZZA 3HSTA 3K6VA 1SW1A 2HZKA 3S4UA 4IO7A 2A5TB 1MDP1 4TLLB 3T96B 3MVWA 2RC8A 4PE5B 3IOTA 3S9LC 4F1VA 3SDFA 4DCYA 1URSA 4NF5B 3C32A 1B3GA 2E1SA 1VFEA 1O7TA 4LUBA 1LFGA 1A8FA 2OWTA 1FCKA 2ONKE 1NKXA 4FEBA 3QSLA 4IB2A 3FXRA 4OVJA 1IQ7A 4EF2A 1MH3A 1O64A 4ESXA 4FECA 4E0WA 3H6VA 3K1MA 1UQWA 4YB7A 2O51A 5ISUA 4OMBA 1EZPA 5CM6A 3K2DA 4PFUA 2O1LA 4N6PA 2XD3A 5TP9A 1DTGA 1IXIA 5H8FB 4R72A 1FQAA 2F6PA 2DQVA 2QS1A 2GRVA 2THIA 2VD2A 1IIWA 4HS7A 3IOUA 4GFRA 3VXCA 3N6TA 4H6DA 3T66A 3D4GA 1P1WA 4IGRA 2PYYA 4JWYA 4YAHX 1LAGE 3MC2A 1SW2A 2AIXA 3HO7A 3K4UA 4YZZA 4OFJA 3O9PA 3I3VA 4LZ5A 4K3FA 1LCFA 4I8CA 3SEVA 4R75A 3IK6B 3O2AA 2XXUA 5FHMA 4U23A 1I6BA 2ZMBA 2O1MA 3IO6A 4EQ9A 3V8XB 2XXIA 4PFTA 1JNFA 2NVUB 1N76A 3H7MA 4LZ8A 1MG1A 1NMUA 3V5AA 4PQJA 4OTEA 1ANFA 4JB7A 1B52A 2KLFA 1B5JA 3U72A 1P1QA 4XIGQ 3SERA 4U2RA 3ILUB 1N3XA 1GR2A 1IUDA 3TMGA 2Y7IA 4HCWA 1F9BA 3KZGA 4JWOA 3I5OA 1POY1 2NOOA 3EN3A 3H6TA 4LZ7A 2DP8A 3RLFE 3RT8A 2DWJA 4U1OA 4EF1A 4OHNA 2F78A 4F2OA 1AMFA 2UVIA 3TYHA 4ZECA 2XXXA 1MXZA 5FTIA 1OVTA 3MVZA 1B3HA 4TLMB 2RINA 5DTBA 4G68C 4LVQA 4QF9A 3FV2A 2QS3A 1FTMA 1B7ZA 3KG2A 3H03A 3FVOA 1MQJA 3MPLA 5CMMA 3ZS6A 3IORA 3GLBA 4OESA 4KPTA 3QIMA 1BP5A 1ZTYA 5ICQA 4RPNA 4YICA 2F97A 2Q2AA 3H6UA 1MQGA 2HQ0A 4TQUQ 4KHZE 1MPBA 4BDNA 3K6UA 2XXYA 2RF1A 2RCAA 1NNPA 3RNNA 2ZNTA 3MWBA 4IY6A 3IB2A 3KOSA 3UIFA 3EF7A 1LLSA 3O6IA 3FASA 1HSEA 3D4CA 3MP6A 1VR5A 1MXUA 1NNFA 3R26A 4NF6B 4G4PA 5I56B 3MP1A 2M8CA 4NE4A 5I58A 3A09A 4ND9A 2ZYKA 1H44A 1I69A 2I4BA 5I57A 4GIZA 4OZ9A 4U1ZA 3KN8A 4OEUA 3ZKKA 4EQ7A 1MXXA 3M3KA 3E4RA 5CRYA 3SEWA 3FVKA 5ELVA 4DXCA 1SQYA 4MFIA 1R9LA 3V89B 3KBRA 4N07A 2HAVA 3SEUA 4JDFA 3CG3A 3LSLA 2VP1A 1QKAA 3FD3A 2D5WA 5KZTA 2XXHA 5I2KB 3PD9A 1S50A 1M5EA 1MDQA 3PUXE 4NWCA 4Q30B 1MQDA 2F7BA 1XT8A 5KDTA 4X1BA 2UXAA 1QKBA 1PB8A 3R6UA 1R6ZA 4QFPA 3BBRA 5CMKA 4F39A 5I2NA 2PT1A 5DVFA 5DVIA 5EHSA 3CIJA 3CI8A 1B1XA 1MS7A 4H67A 2P0SA 4H5FA 3MZ1A 4G8MA 1LB8A 1EU8A 2D21A 5CMBA 1TWYA 1SI1A 4F19A 1DOTA 3HCQA 1MXWA 2I48A 2OJTA 3B6QA 3G3IA 3IOWA 4XKRA 3SESA 1DMBA 3CG1A 1PDAA 2UVHA 3T9XB 3FGSA 3KSXA 4ZZEA 2RCBA 3PPOA 3O6HA 1J1NA 3LR1A 3PUVE 4FJPA 4F3BA 4C1TA 3G3HA 4HCYA 3QYTA 4R74A 4U4XA 3QUFA 1BTJA 4IO4A 4M4GA 1N0TA 1OVBA 1Z7NE 5DEXA 1BIYA 2YLNA 2DOJA 4EXLA 1B58A 3C4MA 4G68A 2Y7PA 3G3JA 1PBPA 1D9VA 4GL0A 3SKPA 3CFZA 1D9YA 4IO2A 3H6WA 1UTHA 1VE4A 4PFWA 2B3FA 4POWA 3A3CA 4ELQA 3S9NC 4GF8A 3PMVA 5H8QA 1ZLQA 5CBRA 3KGCA 2QS2A 1I6QA 2XX9A 4QSDA 5JTYB 2Z8DA 3OELA 3DLNA 2FYIA 4LA9A 3DM0A 5AA4A 1LAXA 1QUIA 2I0BA 2ZNUA 5CMCA 3IJOB 5FHOA 2E0SA 1YCJA 3P7IA 4YKIA 1WDNA 3HPIA 3VLUA 4F2QA 1P1NA 3DP8A 2YPNA 4AB6A 4ISUA 1US5A 3QAXA 2ZNSA 1FQBA 3JYRA 3N6UA 1B2HA 3VFJA 3C34A 3SETA 3WAEA 1ELJA 3FATA 3CSGA 5K2YA 3T22A 1Y4CA 4RA1A 1D4NA 1MRPA 1IZ1A 4R6HA 2DYXA 5TPAB 2AYSA 1YAEA 4MLVA 3OEKA 2NUVA 5AA2B 2AL5A 3H3GA 3TODA 2OCUA 4OXVA 3L6HA 1ATGA 1LB9A 1URDA 3TEPA 3QK6A 3DELB 2P2AA 3Q25A 2UVJA 3GZGA 2ONRA 3FXQA 1P1OA 3VDFA 2OWSA 4QFNA 2F6GA 1JQFA 4ZE8A 2XXTA 3IX1A 1SI0A 1M5BA 2I0CA 4P11A 4U21A 3IB0A 3LC8A 4ZEFA 3VXBA 3C35A 5EYFA 1Y4TA 2DVCA 4YB6A 4R6YA 1URGA 1B4HA 2ABHA 1B3FA 3FJGA 2NXOA 3TDJA 3TPAA 2Z22A 4G77A 1OQGA 1LFIA 1JVXA 2F35A 2QPQA 1EZOA 3MZ9A 5B70A 1S9TA 3N26A 3H4ZA 5L9MA 4WEDA 3K6WA 1HSLA 3TUSA 4BLAA 1H43A 2F7CA 1OIBA 2XXPA 3CFLA 2O6AA 1H76A 1M5CA 5IKBA 5AA2D 1LGBC 4U4SA 3BKIB 3RUMA 3GBBA 4MF3A 2R71A 4R9GA 3OEMA 3O97A 3C9HA 3TQLA 3IOVA 5I59A 3GBAA 1UTBA 4H65A 1OQHA 5FHNA 1Y3PA 1Z7ME 4KCDA 3VE1B 3TCHA 4PFYA 4ZS9A 3MUQA 2ONSA 4MH5A 1B0LA 4AB5A 3KOTA 4DDDA 1O63A 1USYH 5H8NA 4RK9A 3MBPA 4ZDMA 1IXCA 1JVYA 3G7WA 3DP6A 4JSOA 4RJZA 3TAJA 3W9WA 2Q88A 1H45A 3CFXA 1R1NA 1LBBA 4C0RA 4NF4A 3T9HB 2Z8EA 4RXLA 4Z7EA 3T9VA 3FXUA 1LAFE 5DVJA 1QVSA 5TP9B 2O7UA 2V3QA 1MY3A 2DXYA 3HN0A 4ELPA 1A8EA 4IGTA 3TTRA 1DPPA 4C1UA 2RC9A 3O29A 1LSTA 5JK4A 3ONMA 3RTWB 3THIA 3KFMA 3LSFB 1IXHA 4MBPA 3N94A 4OEVA 1FTJA 2IEEA 3VV5A 1FTKA 1GGGA 4RY1A 4I1DA 1XC1A 3RQTA 3KN7A 1B32A 5L9SA 2XX8A 4OFLA 4HW8A 2XXVA 2AL4A 1PEBA 2ZXTA 4WXJA 1M5DA 1B0HA 2I3WA 2GH9A 3RPWA 4G8NA 4ECFA 5JEIA 3PPQA 4EQBA 3G3KA 2VD3A 3FV1A 1B46A 2QMWA 3B6WA 4NWDA 1DTZA 3MP8A 4QSCA 4RYAA 4QRZA 4KD5A 5A5XA 4UA8A 4OYVA 5AE4A 2OBGA 1FQDA 1YTVA 2X7QA 5H8HA 1N04A 2FNCA 4XKQA 1A99A 1FTLA 3HV1A 3TCGA 2H99A 1YPNA 2HEUA 4F1UA 1A40A 4NF8A 4P0GA 3G3FA 3N5LA 1M5FA 2O84X 1B9JA 4FORA 4F3GA 1AL3A 5ITOA 4DXBA 3BFTA 4OETA 4KQPA 4ZEIA 1SD3A 3TTLA 2D3IA 4H0WA 3JZJA 2UYEA 2Y7WA 4G2ZA 2DWHA 1MQHA 1VFDA 1NFTA 3PUZE 1XS5A 3DP4A 3OOAA 4WKMA 4F3PA 1Y1ZA 1MY1A 2I58A 4F3SA 3IB1A 1SW4A 1NH7A 3O66A 3I6VA 1JW5A 2GHAA 3PMXA 3M3LA 2H5YA 2A5TA 1QUJA 2PBWA 2OLBA 1II5A 2DE3A 2V3TA 4UACA 3E9XA 4QFLA 1OMPA 4PP0A 5KCJA 1FW0A 4O3CA 4IO6A 3K00A 4OFOA 3L6GA 3MJNA 3OO7A 4NF5A 1MM6A 3ILTB 4BDMA 1GTKA 4FIMA 1LFHA 4YMAA 5ICTA 1XVXA 4F29A 3UN6A 3F11A 4R73A 2OK2A 4THIA 2H25A 4I9DA 2DXRA 5M2VA 4I62A 5HPQA 2Z8FA 2V3UA 2HFBA 2B3BA 2XXRA 4LP2B 4Q5TA 4DXUA 4YKJA 4ZZAA 4QFOA 2Q9TA 5ITPA 4AQ4A 5I84A 4XTCQ 3OO6A 1B7UA 2PVUA 4HTGA 1N7XA 5I58B 4GD5A 2Q89A 2HXWA 3CR9A 2REGA 1TT1A 1N84A 1PB7A 3K6XA 2QSXA 4KCCA 3ZKLA 1B3LA 3S9MC 5I57B 4IY5A 1Y3QA 2Y84A 3E3KA 2PX1A 3G3GA 2V84A 4JBZA 1QUKA 4YKKA 5F1QA 3OXNA 3GXAA 5H8FA 4KYEA 2G93A 1WODA 4O3BA 2GFEA 3BFUA 5H8SA 3LBSA 3WAFA 3OMBA 4XKPA 2DSFA 3LUYA 1RYOA 3K02A 4F22A 1SVXB 3PPRA 4YU0A 2ESNA 3QXMA 3UGWA 5KDTB 3UA8A 1N3WA 3IL1B 3UK4A 2XD2A 1B6HA 3B7DA 2I3VA 1P99A 4M1VA 2VGQA 5I2NB 1QULA 1OLCA 1JW1A 2DE4A 3RN8A 1MY2A 3FIRA 3HHGA 1JW4A 1MPCA 2IA4A 2F5XA 4ESWA 3A3UA 1RKMA 1QJMA 4GRKA 2PMSA 1JETA 3MZBA 4ZEBA 4ELOA 1CB6A 2WKYA 1EH3A 1ZBMA 4FEDA 5BUUA 4R6KA 5EHMA 3VLVA 3KEIA 2B65A 1DSNA 2DWIA 5KCJB 3K01A 3Q28A 4Z0IA 4X48A 4F31B 4GOTA 3RTFB 1MXYA 4OERA 3TZAA 4LONB 1AOVA 4DZ1A 3PUWE 1ZIUA 4RK2A 3R7XA 1NNKA 4R2FA 4F1YA 3PGFA 3LSXA 1NH8A 5DEXB 3VVFA 5DYHA 4H8IA 2YJPA 4G68B 1A7LA 1LBCA 1UTHB 1MY0A 5CI5A 1SBPA 1H3DA 2I6EA 2X7PA 2O7IA 2HZLA 4PETA 1GVCA 2Y7RA 1Y20A 5J1DA 5H8QB 4BDRA 1TFAA 4MLQA 1N7WA 2ZYNA 1B5HA 3PPPA 5CC2A 3USDA 3U94A 5AA3A 1SW5A 2O69A 5AA4B 1VSOA 3PV0E 2ANJA 2Q2CA 3PPNA 3MW0A 3K1NA 5F7VA 4BDQA 1US4A 3PMWA 3PU5A 4OWDA 1GV8A 1XVYA 4EDPA 2R6GE 2UVGA 5HM4B 2ZYMA 1OLAA 2RC7A 3C31A 2F7AA 4EUOA 2QRYA 3KJTA 3OO9A 3O28A 4H1XA 4WEPA 3OSRA 5HBCA 2H9BA 2VHAA 4NF6A 4XKNA 4IO5A 2XX7A 5I56A 4Q0CA 3M8UA 3S9EA 1MXVA 2DS9A 3OSQA 3QUJA 4JWXA 3UP9A 3FJMA 4NTLA 1D3KA 1LCTA 4OQOA 2F8DA 4R9FA 3EHUA 5L9OA 1B51A 2F36A 1JEUA 3TCFA 3UORA 2W7YA 1FQFA 2CMOA 2FA7A 4BDOA 4XXUA 1DPEA 4NMYA 5I2KA 2I4CA 1R9QA 4YB5A 3ECRA 3IAZA 3JV9A 4GVOA 4RPOA 2I49A 1BKAA 5TU0A 4KR5A 3EHTA 3ZSFA 4X1DA 1JEVA 3IJXB 1Q35A 3PD8A 4FAJA 4GXSB 1CE2A 3V83A 1B5IA 2QJEA 1TFDA 3E13X 4KYSA 3MQ9A 1AIVA 2G29A 3TTKA 3MVYA 2VOZA 3EPEA 3TTMA 4GL8A 2DE2A 3U92A 1T0KA 3CVGA 1FQCA 4G8HA 4O3AA 3C33A 1USYE 2RKMA 2PT2A 3S2VA 4QFKA 3KJ7A 3IR1A 3B6TA 3SEXA 5LOMA 1NNTA 3OD7A 3Q29A 3MAMA 1WVJA 1FQEA 2QMXA 4L17A 4YKPA 3IO4A 2NWJA 3CSBA 3CRBA 1ZU0A 3U1OA 3TQWA 2REJA 3RGYA 1B05A 4LQ5A 3SEYA 5I59B 2DWAA 2QS4A 3FUZA 1UTBB 3Q26A 4GLIA 4POXA 4ZEKA 3AXFA 5K2XA 2Q8JA 4H8JA 2XXQA 1S7YA 4LATA 3U93A 2H98A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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