3DELB

The structure of ct381, the arginine binding protein from the periplasm chlamydia trachomatis
Total Genus 65
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
65
sequence length
232
structure length
232
Chain Sequence
EKFIVGTNATYPPFEFVDKRGEVVGFDIDLAREISNKLGKTLDVREFSFDALILNLKQHRIDAVITGMSITPSRLKEILMIPYYGEEIKHLVLVFKGENKHPLPLTQYRSVAVQTGTYQEAYLQSLSEVHIRSFDSTLEVLMEVMHGKSPVAVLEPSIAQVVLKDFPALSTATIDLPEDQWVLGYGIGVASDRPALALKIEAAVQEIRKEGVLAELEQKWGLNNLEHHHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Arginine Binding Protein
publication title Exploiting antigenic diversity for vaccine design: the Chlamydia ArtJ paradigm.
pubmed doi rcsb
source organism Chlamydia trachomatis
molecule tags Protein binding, transport protein
total genus 65
structure length 232
sequence length 232
chains with identical sequence C, D, F
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-06-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3delB01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3delB02
3UORA 1BKAA 1OLAA 1B32A 4H1XA 1PB9A 2GHBA 3QUJA 5I2KB 1H76A 4U23A 1B7HA 3QYTA 2PT1A 3C34A 1A55A 1OQGA 2UVIA 1F9BA 1ELJA 5B70A 1N84A 2Q2CA 4IO4A 3U92A 5DTBA 3IL1B 3TTRA 5TPAA 3O6IA 5EHMA 1LB8A 2ONSA 1M5DA 3O2AA 5F7VA 4IGRA 1B9JA 2Z22A 1SW1A 4OMBA 1NKXA 4QFPA 3V83A 2V93A 4OEUA 1JEVA 1TXFA 1PB7A 3W9WA 3HHGA 4XXUA 3C9HA 4G68C 4H8JA 2F7CA 4FEBA 4ZZEA 1B3EA 1B05A 1MQHA 4OFLA 1LBCA 3EHTA 3K4UA 4LVQA 1MY1A 4E0XA 3SESA 1LFGA 2OJTA 5CMKA 2VD3A 3Q26A 2NWJA 3VLWA 2NUVA 4KR5A 4OHNA 3S9EA 2OWTA 3O6HA 1ZKBA 5I2NB 1BIYA 2FNCA 2HZKA 1ZMGA 4POWA 4ZEBA 4PFWA 2DVZA 1NNKA 3FVGA 4MLVA 4K3FA 2DP8A 1M5BA 5ITPA 1FQBA 5DVFA 3QSLA 2BJJX 1L5TA 2QS1A 4RPNA 3TUSA 3TZAA 5TP9B 2XHDA 3C4MA 1N3WA 4R2FA 3WAFA 2PYYA 1Y9UA 4BDOA 3MJNA 3EF7A 1H44A 4BDQA 3HO7A 3OOAA 4BLAA 4NF4A 1A8FA 3S9LC 3HCQA 4KCCA 4DXCA 5JTYB 3SEYA 3IJXB 5KCJA 3MZ9A 4FE8A 2ONRA 3E4RA 1LAGE 3FJMA 4G8HA 1MPBA 4KPTA 2V3QA 1D9VA 3ZSFA 4FAJA 1QW0A 1QUKA 4JWOA 4EQBA 1A40A 1XT8A 4XKNA 3PU5A 1PC3A 2F7BA 3C31A 3CRBA 3CR9A 1IXCA 3OEMA 5I57A 1Z7NE 2YLNA 5ICTA 4IGTA 2RCAA 4QSCA 4G68A 3KJTA 1A8EA 5I59A 1JQFA 2ZYNA 4GL8A 2HFBA 1SBPA 1MM7A 2HZLA 3JYRA 3DLNA 4F2QA 4GVOA 4R72A 3TEPA 3HN0A 3N5LA 4NF6B 4U2RA 2H4IA 5A5XA 3IX1A 1EZ9A 1MPCA 1AH5A 1B52A 5L9MA 1MY4A 4JWYA 2RKMA 1DTZA 4PQJA 4E0WA 2DXYA 1QJMA 2Q9TA 3PGFA 1B40A 3IAZA 2Z8FA 3BFUA 4ECFA 1YPNA 1OMPA 3I3VA 4OYVA 4EQ7A 4POXA 1SYHA 1GTKA 3E13X 2I6EA 5H8NB 1QKAA 1IZ1A 3H06B 3DM0A 4GOTA 2P2AA 3KBRA 2GFEA 2ALUA 2P0SA 4DXUA 1ZIUA 4TQUQ 2XX7A 2Y7PA 4DIGA 1B51A 1O64A 1MQGA 3K2DA 5KDTB 3RTWB 1NL5A 2DQVA 3UGWA 1Y1MA 3UA8A 3D4GA 4YB5A 3DP6A 4ZS9A 3LSXA 4OZ9A 2F78A 1FCKA 3L6GA 3CFLA 3TTMA 3IO4A 4F3BA 3WAEA 2GH9A 2YPNA 1B4ZA 3O66A 2QMXA 3TCFA 4EDPA 1URDA 2OBGA 3PUWE 3VVEA 4GWOA 2I0BA 4IO6A 2QS4A 2G93A 1UTBA 3OD7A 3FV2A 1CE2A 4YKJA 3S9MC 3QIMA 1Y3QA 3MW0A 4KYDA 1N04A 1MDQA 1JEUA 2ZXTA 4KCDA 3H6VA 3H4ZA 3RTFB 2HXWA 4LP2B 1JVXA 4GLIA 3VLUA 3S4UA 3LSLA 4H5GA 1USYE 2HQ0A 1IIWA 3MPLA 3LC8A 3EHUA 3LUYA 1PDAA 3EQ1A 3IJOB 1DPPA 3Q29A 2DWHA 3TCHA 4ZZAA 2DE2A 3C36A 3G3GA 3ILTB 1R6ZA 4BDRA 2Y84A 4RY1A 3FXQA 3IORA 1OQHA 1MH3A 5DVJA 4M4GA 1B3FA 4EQ9A 3M3LA 4ELOA 1N3XA 1XC1A 2DXRA 1HSLA 1D4NA 3UIFA 2FYIA 1FQDA 4DXBA 1I6BA 5M2VA 3S9NC 2QPQA 3KSJA 3OSQA 1B5JA 4PFUA 4I8CA 4OWDA 1LAHE 2F35A 2OK2A 1FTKA 3MPKA 4BDNA 5AA4A 1B7ZA 1P1UA 4OETA 2DYXA 3S2VA 5H8HB 2O51A 4H67A 3B6QA 2QSXA 3ECRA 3FUZA 3A09A 3FVKA 3W9VA 3V5AA 3LR1A 1POTA 2QRYA 5CRYA 1YTVA 2O1LA 5AE4A 1WVJA 5DEXA 2B65A 1MDP1 3PUXE 4U21A 3TAJA 2CZLA 5I56A 2HAUA 1II5A 4JWXA 2M8CA 3K00A 1J1NA 3PV0E 2Z23A 1NNFA 3UK4A 1P99A 4F2OA 2CMOA 1Y1ZA 4GFRA 4I62A 4DE8A 3VE1B 2RC7A 3KZGA 5TPAB 3DELB 4NF8A 1XVXA 3PPOA 4HCYA 2Y7WA 4QF9A 2ZNTA 4QHQA 1USYH 4YKKA 2IEEA 3MZBA 4NF5B 1HSJA 4WEPA 2V3TA 3FIRA 5CMCA 4RK2A 3T66A 3OELA 3T9XB 4YZZA 1A7LA 1B2HA 4O3BA 1POY1 2DWJA 3G7WA 1QUJA 3K6VA 3MBPA 5ICQA 4OTEA 1R9QA 5EYFA 2O1MA 3K6UA 1GR2A 5FHMA 2XX8A 3HPIA 3SEVA 3KN3A 4WEDA 4OQOA 4OESA 4NTLA 4OERA 1GGGA 5CMBA 4F22A 2F36A 1FTOA 2F5XA 3VVFA 4Z7EA 4HTGA 4DCYA 3C33A 3MVZA 3M3FA 3M8UA 3IOWA 3BFTA 1TFAA 2VD2A 2AYSA 2O6AA 2H25A 3JZJA 1OIBA 2ESNA 5AA2A 3U72A 4FECA 3KN8A 4FJPA 4X1BA 3MZ1A 4L17A 3TTLA 4F1VA 1SW2A 3Q27A 2QL3A 4PE5B 3MVXA 1FQEA 3OMBA 2R6GE 4OXVA 2H5YA 5ITOA 3PUVE 4R75A 4DCXA 2OLBA 4EF2A 4C0RA 1SW5A 2I3VA 1HSEA 5FTIA 4GRKA 2DE4A 3KFMA 3IB0A 2Y7IA 3OO8A 3KJ7A 3GBAA 4Q5TA 2E0SA 1NH7A 3OSRA 1AOVA 3PPQA 5I58B 3K0VA 3HHFA 1AIVA 1LBBA 3TTNA 1S9TA 4OENA 2QS3A 3ZKKA 3N94A 1JW1A 4KYSA 1ZU0A 3CFXA 4U1ZA 2F6PA 2DWAA 2I3WA 5H8SA 1UIVA 3CVGA 2QJEA 2G29A 2REJA 4ELRA 2RCBA 4IO2A 3TPAA 1EH3A 4F3SA 3K1MA 1M5CA 3T9HB 5I57B 3FXRA 3B6TA 1ZBMA 3G3HA 3T9VA 1DOTA 3CG3A 2O68A 5I59B 5KZTA 4GD5A 3TYHA 1N7XA 2RC8A 1LAFE 4R73A 5HM4B 4H6DA 3M3KA 3BKIB 2HAVA 1NMUA 5IKBA 2XXIA 2FA7A 2NVUB 1B5HA 3B6WA 3PMVA 2HEUA 2I49A 2DVCA 3OO7A 4XKPA 3V89B 5DT6A 1LLSA 1M5FA 4RPOA 4TLMB 3OXNA 4WKMA 2DOJA 3RGYA 2DE3A 4O3CA 1TFDA 1JVYA 4ZEDA 4QSDA 3TFLA 2O7IA 4NE4A 3VV5A 2ZYMA 3O9PA 2XD3A 3I6VA 3U8QA 3V8XB 3H6WA 3GXAA 4LZ8A 4GXSB 2GHAA 1R1NA 1B7UA 4MLQA 4AB5A 3VXCA 2XXPA 5EHSA 3PPRA 4R9GA 4KYEA 2UVGA 4U4XA 1P1OA 3FATA 3H6TA 3FJGA 1P1NA 1EZOA 2I48A 1Y4TA 2ZYKA 3VFJA 3E3KA 1Q35A 5DYHA 4P11A 1P1QA 3G3IA 2XXTA 4DZ1A 4G4PA 3IOVA 4BDLA 3G3KA 1B3LA 4F3PA 2E1SA 1MM6A 4ELPA 1PBQA 3CSGA 3O28A 2D5WA 3T93B 3GBBA 4KI0E 3AXFA 4HCWA 2D21A 3ZS6A 2PT2A 1UTBB 1R9LA 5AA1A 4RK9A 4G2ZA 3HV1A 1CB6A 4JSOA 1P1WA 3MVWA 2KLFA 5LOMA 5I84A 4ZECA 4Z0IA 5K2YA 2ZMBA 3D4CA 4GF8A 5HBCA 2QMWA 3K1PA 4OVJA 4PFYA 4OFJA 5ISUA 4C1UA 2DWIA 3SEUA 1H3DA 3RUMA 4OFOA 3H7MA 2H98A 3FV1A 3IB1A 3PUYE 2AL4A 2H9BA 1T0KA 5H8FB 4F39A 3IOUA 2R9JA 5H8QB 1MQJA 1B0HA 3FVNA 1QULA 3U1OA 1WDNA 2F6GA 3FXUA 3I5OA 3H6UA 1IUDA 1DPEA 1MXYA 1B6HA 4H0WA 1JETA 4N13A 1JW5A 1EZPA 4KD5A 5AA4B 2O7UA 3UN6A 4X1DA 3Q25A 3ZKLA 1PBPA 1UTHA 4PP0A 3VDFA 1FQCA 4QSEA 4EXLA 3IOTA 4YKIA 3GLBA 3K1NA 2XD2A 3EN3A 3HSTA 4OEVA 1BTJA 3PPPA 2XXQA 2UYEA 1AL3A 3OO6A 2UYFA 5FTHA 4JB7A 1DSNA 3LSWA 1MY2A 4F1YA 5I56B 2PMSA 1N0TA 4YMAA 4LA9A 2I4BA 1H43A 4ZDMA 1B3GA 3EHSA 2OWSA 3MQ9A 2ONKE 3LBSA 4ESXA 2V84A 5FHOA 4WXJA 3PPNA 1IEJA 1QUIA 4C1TA 3RY3A 1NFTA 4Q8RA 3IR1A 4NF8B 4ZEIA 2Y7KA 1GV8A 5AA2D 3B7DA 4TOZA 2ZNUA 1BP5A 2Q2AA 1PB8A 1WODA 4ND9A 2O69A 1MY3A 4JDFA 3RLFE 1NNPA 2F8DA 1MH4A 3OEKA 1AMFA 2XX9A 1LB9A 3VVDA 1MXZA 4H65A 3IB2A 5TU0A 4XKRA 3C32A 4DDDA 5L9OA 1B5IA 5CMMA 1Q1KA 3OO9A 3FD3A 3H3GA 2F7AA 4AB6A 4KHZE 1PEBA 1Y20A 3W15C 1LCTA 2XXUA 4UACA 4P0GA 3MAMA 4IY5A 2RINA 1FTLA 3SDFA 2A5TA 5AA2B 4EF1A 4LUBA 1B46A 3F11A 2LAOA 1RYOA 2RC9A 4GXAA 4THIA 1LCFA 3KEIA 1JNFA 1B58A 3RT6B 2UVJA 3SEXA 4QFOA 3K01A 4FORA 4XIGQ 3FASA 1LFIA 1B1HA 1D3KA 3PMWA 1FQAA 3RPWA 4LONB 3MP1A 1Y3PA 3MWBA 2AIXA 3R6UA 1DTGA 2OCUA 3TMGA 4X9TA 4LQ5A 5CBSA 1H45A 3RNNA 3SETA 1MXVA 3IK6B 4MH5A 1SI0A 3Q28A 4NF5A 5CI5A 3SEWA 3CI8A 1LFHA 4FATA 1KWHA 4GQOA 2W7YA 2XXWA 4H5FA 1A54A 3PMXA 3TQLA 5I2KA 1IXIA 1NNTA 4RXLA 3TTKA 3TQWA 3CIJA 3O97A 2DS9A 2THIA 2VOZA 4ELQA 5IAIA 4R2BA 3TDJA 4EXKA 1BLFA 4FIMA 4G8NA 2Q8JA 4FEDA 3UP9A 3MP6A 4HS7A 4NF4B 1Y3NA 4I1DA 3CFZA 1LAXA 5KCJB 3ILUB 5JK4A 3TODA 3EPEA 1GVCA 2ZYOA 1I6AA 3KOSA 4N6PA 1FTJA 1QKBA 1O63A 1UIUA 4G77A 4IO3A 2X26A 4MBPA 3R7XA 3LSFB 2PX1A 4EUOA 1MXUA 3K6WA 2AL5A 2XXRA 1B4HA 3TKDA 1URSA 4ONYA 3TCGA 4QRZA 1QVSA 1MG1A 4Q30B 4G68B 1Y4CA 2YJPA 1MQDA 4N07A 4LZ7A 3O29A 5DVIA 1ZJLA 1VE4A 5ELVA 3RN8A 4RA1A 1US5A 2A5SA 3VLVA 1TT1A 5I2NA 3DP4A 3VXBA 5A5XB 1UQWA 4ISUA 4U22A 3TELA 4G8MA 1URGA 5I58A 3CG1A 4RYAA 1MXXA 3FZVA 2XXYA 1VR5A 2F34A 4QFKA 2OZZA 4U1OA 5TP9A 1S7YA 1RYXA 3CSBA 3ODBA 4YAHX 2V3UA 3K02A 4Q0CA 1ATGA 4QFLA 3O6GA 4YMBA 4YU0A 4R6KA 4M1VA 2V25A 4BDMA 3U94A 5JTYA 4XTCQ 1SI1A 2IA4A 3USDA 1LGBC 2QS2A 1B3HA 1ANFA 3A3CA 2PVUA 1RKMA 1SD3A 1SVXB 2VP1A 3QUFA 2XXVA 1Z7ME 2XXHA 1XOCA 2O84X 4AQ4A 3QK6A 4IB2A 1ZTYA 2VHAA 2NXOA 3RT8A 4TLLB 4ZEKA 1MY0A 1OLCA 3KGCA 3GZGA 3T9UA 4PFTA 4KFQA 3MUQA 1VSOA 3L6HA 4JBZA 1XVYA 1I69A 1ZLQA 5JEIA 1US4A 3KSXA 4RJZA 4HW8A 2H99A 2ABHA 1MRPA 4GL0A 3R26A 2Y7RA 5CBRA 4GIZA 4F29A 4NF6A 1B1XA 1NH8A 4R9FA 3K6XA 4F18A 3N6UA 2ZNSA 1IQ7A 1VFEA 2I58A 4ZE9A 1LSTA 2R71A 1SYIA 1FW0A 2ANJA 1XHYA 2GRVA 3U93A 2B3BA 4KQPA 1UTHB 3BBRA 1JW4A 1MQIA 4F1UA 3OENA 4P0IA 1DMBA 2Q89A 2I4CA 4QFNA 1MPDA 4F19A 4MF3A 4NEDA 3ONMA 2Q88A 5H8NA 1N7WA 4IO7A 4YB7A 4U4SA 5BUUA 1MS7A 1O7TA 3KN7A 3T96B 2REGA 4YKPA 3KG2A 3MVYA 3N6TA 1D9YA 1OVBA 4LQ2A 5CM6A 4X48A 5KDTA 2UVHA 3G3FA 4PETA 3SERA 3THIA 4ESWA 2P1SA 2RF1A 3PUZE 4LATA 1IITA 4R6HA 1OVTA 4IY6A 4IO5A 2WKYA 1FQFA 5DEXB 2VGQA 3N26A 2UXAA 4XKQA 2Z8EA 3FVOA 2I0CA 5H8FA 2B3FA 5H8QA 1IXHA 2F97A 4UA8A 3MC2A 3P7IA 3QAXA 2HCAA 4RNSA 1SQYA 4LZ5A 4F31B 4ZE8A 5BWJA 3IO6A 5AA3A 2NOOA 1I6QA 4ZEFA 3RQTA 4NWCA 3PD8A 5FHNA 2X7PA 4F3GA 4NWDA 3FGSA 1MXWA 2A5TB 1TWYA 3SKPA 2DSFA 5HPQA 1VFDA 1YAEA 5F1QA 1M5EA 1EU8A 2D3IA 2PBWA 3T22A 3E9XA 4O3AA 3KOTA 5L9SA 2X7QA 1SW4A 4YB6A 3QXMA 1IXGA 5K2XA 1YCJA 4YICA 4NMYA 5CC2A 2Z8DA 3FJ7A 3MP8A 4I9DA 4MFIA 3DP8A 1SDXA 4H8IA 5L8DA 5H8HA 3C35A 1A99A 1XS5A 4DLDA 5J1DA 3A3UA 3JV9A 1B0LA 4R74A 5B7DA 4JXIA 1N76A 1FTMA 4JSDA 2XXXA 1S50A 3PD9A 4R6YA 3G3JA 3H03A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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