3DELB

The structure of ct381, the arginine binding protein from the periplasm chlamydia trachomatis
Total Genus 65
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
65
sequence length
232
structure length
232
Chain Sequence
b'EKFIVGTNATYPPFEFVDKRGEVVGFDIDLAREISNKLGKTLDVREFSFDALILNLKQHRIDAVITGMSITPSRLKEILMIPYYGEEIKHLVLVFKGENKHPLPLTQYRSVAVQTGTYQEAYLQSLSEVHIRSFDSTLEVLMEVMHGKSPVAVLEPSIAQVVLKDFPALSTATIDLPEDQWVLGYGIGVASDRPALALKIEAAVQEIRKEGVLAELEQKWGLNNLEHHHHHH'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Arginine Binding Protein
publication title Exploiting antigenic diversity for vaccine design: the Chlamydia ArtJ paradigm.
pubmed doi rcsb
source organism Chlamydia trachomatis
molecule tags Protein binding, transport protein
total genus 65
structure length 232
sequence length 232
chains with identical sequence C, D, F
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-06-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3delB01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3delB02
1AMFA 4Q30B 2QL3A 3OEKA 3KSXA 4F3BA 4DIGA 3GZGA 1A99A 1GV8A 1MXZA 2QS2A 4POXA 4EXKA 2REGA 1MXVA 1B0HA 3PPRA 3U1OA 3K6XA 5H8FB 5CMBA 1NH7A 5I2KB 4I62A 4BDNA 3KFMA 1EZOA 4R6HA 1II5A 2H25A 3OO9A 2F7AA 2AYSA 2ZYMA 4FATA 1OMPA 1MQJA 3O97A 1B3LA 1B4ZA 2OWTA 3UORA 4E0WA 2E1SA 2VGQA 1LGBC 2F7BA 4RNSA 4EF1A 3U94A 5A5XA 3PPPA 4F39A 2VD2A 1SYIA 4QFLA 3CI8A 2ZNTA 4DXBA 3N26A 3QUJA 4F3SA 3B6WA 4F2OA 3T9UA 1M5BA 1EZ9A 2I49A 5M2VA 5K2YA 1URSA 1B1XA 4OYVA 4KD5A 3OSRA 4YB7A 1ANFA 1MS7A 3U93A 3I3VA 3MP1A 4KQPA 3GBBA 2UYFA 3KSJA 4C1TA 3BFUA 4IO4A 4U21A 5TPAB 4F1YA 2Q8JA 4PFUA 1B3GA 1XC1A 1N7XA 4HTGA 1FQCA 5I56B 5KDTA 4IO2A 2V3UA 3CFLA 2XXWA 4O3CA 5HM4B 5ITPA 1SW1A 5DVFA 3C31A 3HPIA 2RINA 4XIGQ 3Q29A 4ZS9A 3VVDA 5TP9A 3QXMA 4PFTA 3Q27A 3L6GA 4R74A 2H98A 4BDLA 4F2QA 1OIBA 4YKPA 4GQOA 3OENA 4IY6A 3IOWA 3HCQA 4XKRA 3KOTA 2F35A 3RN8A 4RK9A 1N76A 4RPNA 3MP8A 5HPQA 4H5FA 3DLNA 3S4UA 4N13A 3S9EA 2DYXA 4ZEKA 3PMWA 2XX7A 2XXVA 3FVNA 2O1MA 1B2HA 2HAUA 4QSEA 2DP8A 1BP5A 3T9XB 1DPEA 5AA2B 4GXSB 4YU0A 3ONMA 3PV0E 3PUWE 2QMWA 1FTOA 1JVYA 2HXWA 4JSDA 1KWHA 2GRVA 4JBZA 3TELA 1R6ZA 3OXNA 3ILTB 3R26A 4YMBA 3QUFA 3DP8A 2R9JA 1VSOA 5H8NA 4LQ5A 1URGA 2PX1A 2ONKE 3W9VA 5I57B 1FQFA 1SQYA 1FTJA 3OO7A 1Z7ME 1IZ1A 3CIJA 1IXHA 1LBCA 1URDA 5J1DA 4NWDA 2V84A 3IAZA 4OXVA 5TP9B 2PYYA 1QJMA 4LQ2A 2O7UA 4R2BA 1PDAA 1IQ7A 3K1MA 1QKBA 3DM0A 3O29A 4M1VA 4H67A 4C0RA 3C33A 1N84A 1GVCA 3DP6A 2V25A 1DTGA 3JYRA 5KCJA 4OWDA 1ZBMA 2ABHA 1MY2A 4DE8A 4X9TA 2DVCA 4H8JA 1LFGA 1SI1A 4THIA 3H06B 4WXJA 4H5GA 2DE2A 4IO5A 1LSTA 3LSLA 3TZAA 1MXYA 4F3PA 4G68C 5EHMA 2DQVA 4NTLA 3G3IA 3RGYA 4IO7A 3USDA 1Y3QA 3O6GA 2REJA 4DXUA 3FIRA 1DSNA 1DOTA 2VP1A 2F34A 4RPOA 4AB5A 4TLMB 4ZEFA 3JZJA 3CG1A 2Y7PA 3OELA 1BLFA 1M5EA 3MQ9A 3V89B 1P1WA 3DELB 2HQ0A 3U8QA 2W7YA 1VE4A 1A54A 1GGGA 4LP2B 3TQLA 4F31B 3ILUB 1QUJA 2DWIA 3ZS6A 2G29A 1NNPA 3SESA 3FGSA 4KPTA 4EUOA 2H99A 1MY3A 4G4PA 1WVJA 1NH8A 1DMBA 5I58A 2CZLA 1JVXA 1HSJA 2ZYKA 4OFOA 4WEDA 3VVEA 1VFDA 3CG3A 1YTVA 1DTZA 3OEMA 3OO8A 4NF4A 3FVOA 1R9LA 1FW0A 4X1BA 1A7LA 1MQHA 3A3CA 4O3AA 3BFTA 4RY1A 1P1QA 1OVTA 3T66A 2DS9A 1IITA 4BDQA 2RC8A 4O3BA 1Y9UA 1Y3PA 2QRYA 3G3KA 3KJ7A 1VFEA 3A09A 2DVZA 5KCJB 3K1PA 3N6TA 5CMMA 2I4CA 1QUKA 4U4SA 3N94A 3RQTA 3B6TA 2PMSA 5JTYA 3OO6A 1R1NA 1IEJA 3CSBA 2UYEA 3B6QA 4PFYA 3DP4A 3HSTA 4H8IA 2FYIA 4PQJA 1LAFE 1JW1A 1D4NA 4HW8A 1B3EA 4KYEA 4XKQA 4U1OA 3OMBA 4PFWA 1OLCA 3PPOA 4JWYA 4FAJA 1OLAA 4GL8A 2PT1A 3BKIB 2O1LA 1US4A 3FVKA 3IO6A 1JNFA 3MUQA 4YB5A 4QFPA 4ZEBA 3UIFA 3RT8A 3MAMA 1ATGA 2P1SA 1LCTA 1MPCA 3EQ1A 4OEVA 1YCJA 4ZECA 4AB6A 3KZGA 3LSXA 3KN7A 1A8EA 4OHNA 3LBSA 2XXUA 4OFLA 2FNCA 3VV5A 5L8DA 4TOZA 4WKMA 2ONSA 4I8CA 1IIWA 2F8DA 3PPQA 4QSCA 1MXWA 1FQAA 3E4RA 3D4CA 1MDP1 3LC8A 1TWYA 4Z0IA 3K2DA 1B6HA 4ELRA 2OK2A 4RYAA 2D21A 3E13X 5I59B 1H3DA 4K3FA 3AXFA 3QK6A 1B51A 3FATA 1S7YA 3IR1A 2HZKA 2QS1A 3TTMA 2Q89A 4XKPA 3PMVA 1WODA 3HHGA 4R75A 5KZTA 4ESXA 1HSEA 4LONB 4NF5A 4LATA 3MZBA 3IJOB 1JW5A 1JQFA 4KYSA 2I4BA 4M4GA 4R9GA 5K2XA 2CMOA 4IO6A 2O7IA 3ECRA 1RKMA 2O51A 2O84X 1NL5A 5JTYB 1PBQA 4FE8A 3C35A 1MY1A 4IGRA 1BKAA 1M5CA 4R9FA 2QPQA 4F1VA 1JEUA 1P1NA 3TAJA 5AA4A 5L9MA 3LR1A 3CFXA 1Y4TA 1AL3A 4GOTA 3IOUA 2ZXTA 3D4GA 2I3VA 1GR2A 1N3WA 3VLVA 5CC2A 3RPWA 3FD3A 3EF7A 1POY1 1SW2A 3MPLA 3IL1B 3WAFA 3FJ7A 2B3BA 3C36A 1S50A 5JK4A 3K0VA 3SKPA 4GD5A 2Z8FA 2I48A 3K6WA 1QULA 1SD3A 2OZZA 1N0TA 1Y3NA 1RYXA 3VXBA 5H8HA 1B0LA 1UTBA 3SEXA 4GWOA 1AH5A 2PVUA 4ZE9A 2Y7WA 3RUMA 3EPEA 3KGCA 3SEWA 4MF3A 5H8QA 4G68A 3TTLA 4U23A 3HV1A 1IUDA 5A5XB 1B32A 1SYHA 3PD9A 1L5TA 4QRZA 2NWJA 2F7CA 3O2AA 1TT1A 2V3QA 3FVGA 3IB2A 1IXIA 1TFDA 3K4UA 3RY3A 1O64A 2R6GE 4DZ1A 1MM6A 3V8XB 3VDFA 2UXAA 1XHYA 3Q26A 4HS7A 3M3FA 3GLBA 1MPDA 4G8HA 2XXIA 4Z7EA 2O69A 3UN6A 5H8SA 4XTCQ 1EU8A 3ZKKA 3CVGA 2VOZA 4LZ5A 2Z8DA 2HEUA 1MG1A 2XXPA 1I6AA 3HHFA 5EHSA 3VLWA 3UA8A 1SBPA 3RLFE 1FTLA 3T9VA 4TQUQ 1PB7A 4NF6A 3LSFB 5EYFA 4EQ7A 5B7DA 4YKIA 1O7TA 5KDTB 3TODA 2THIA 4LVQA 3IJXB 4OFJA 2I3WA 3P7IA 1MM7A 1IXCA 5I2NA 4JSOA 3I5OA 3SEYA 1B7ZA 1B5JA 1NFTA 3MVXA 3SETA 1QUIA 5I84A 4NE4A 3VFJA 3IORA 3SEVA 1YAEA 1Z7NE 2HAVA 1BIYA 1UTHA 4JDFA 3I6VA 3PU5A 3HO7A 5CMKA 2XXTA 3FXUA 3QIMA 3T9HB 3H6TA 1I6QA 5H8HB 2O68A 3C9HA 1UTBB 4DXCA 4OEUA 5ICTA 3TCFA 4FORA 4GRKA 1B58A 3CRBA 5H8QB 1N3XA 1UIUA 2XXHA 2X7PA 4LZ8A 2A5TA 1CB6A 1B05A 1LB9A 2XD2A 5BUUA 4I9DA 5FHOA 4H6DA 3G3HA 2P0SA 1POTA 4ISUA 3G7WA 5ICQA 3BBRA 1M5FA 4ESWA 4FIMA 2H5YA 5CBRA 3QAXA 2DWAA 4KR5A 1D3KA 5CMCA 3U72A 3FXRA 2DXYA 4IO3A 1ZJLA 4P0IA 1MDQA 2NVUB 1B3FA 1Y1ZA 5CBSA 5H8NB 2X26A 4Q8RA 3SDFA 5AA1A 3SERA 4JWXA 4G8NA 3CFZA 3K01A 1B7HA 2I6EA 4I1DA 3GBAA 5JEIA 1B46A 3O6IA 1MQGA 1A40A 4YB6A 1NNFA 3QSLA 1QVSA 1EZPA 3WAEA 1A8FA 1B5IA 4XKNA 3TFLA 4NF6B 4QFNA 4KCDA 4OERA 3QYTA 5AE4A 1JEVA 3PMXA 3MPKA 2GHBA 5H8FA 3FV1A 5I2NB 5I2KA 4P0GA 4MBPA 1LFHA 1PB9A 2LAOA 2XHDA 3O66A 3M3LA 4F19A 4F1UA 1P1UA 3R7XA 2F78A 4H65A 2XXQA 3KG2A 4Q0CA 2B3FA 1TFAA 2QMXA 1ELJA 1N7WA 3PPNA 1P99A 2BJJX 2IEEA 2NOOA 3IOVA 2ZMBA 4JWOA 4E0XA 3W15C 3FJMA 3Q25A 4KCCA 4BLAA 3MVYA 3PUXE 1OQHA 3B7DA 3TTNA 2XX8A 3V5AA 1DPPA 2DWHA 3N6UA 4LA9A 4GL0A 2PBWA 1AIVA 3VLUA 3W9WA 4X1DA 4GXAA 1FTKA 4QSDA 4FEBA 4LUBA 5ELVA 5CRYA 4DDDA 1MPBA 3G3GA 2D3IA 3TCGA 4EXLA 3S9NC 4EF2A 3HN0A 3S9LC 1H44A 4NWCA 5TPAA 2NXOA 1MY0A 2RKMA 3TPAA 1QW0A 3LSWA 1MY4A 2I0CA 4MLQA 1O63A 3T22A 3UGWA 4KFQA 1FQDA 5I56A 1T0KA 4ECFA 5TU0A 2RCBA 2RF1A 4TLLB 3S9MC 1YPNA 1LCFA 3KN3A 1MH3A 5F1QA 4NMYA 3TQWA 3H6VA 3H3GA 5FTIA 3LUYA 3OSQA 3T93B 5I58B 4HCWA 3FV2A 2QS4A 1B4HA 4EQBA 4POWA 1ZMGA 4NF4B 3IK6B 3TDJA 2AL5A 1ZTYA 4ZZAA 2AIXA 4PE5B 3RTFB 1XVXA 1B3HA 4QHQA 2UVHA 4GFRA 4OETA 5DEXA 1XT8A 1D9YA 3H03A 4QF9A 1Y20A 1USYH 4ZDMA 1XOCA 3EHSA 5AA3A 4ELQA 4ZE8A 5FTHA 3TKDA 5BWJA 2QJEA 5AA2A 3MP6A 2D5WA 3SEUA 2ZYNA 4ZEDA 3FUZA 3O9PA 3KOSA 2OBGA 3PUYE 4GLIA 3RT6B 3IX1A 3PGFA 5AA2D 1LAHE 1LB8A 4BDOA 3GXAA 1NMUA 4LZ7A 5IAIA 1NNKA 2PT2A 1MH4A 2RCAA 1MXUA 2HZLA 4ND9A 2VHAA 4BDRA 2HCAA 3E3KA 4YZZA 2VD3A 3C4MA 1AOVA 1FTMA 2QSXA 5DT6A 5I57A 1LAGE 1M5DA 4YMAA 2OWSA 3MVWA 5B70A 4YKKA 4U4XA 1FCKA 2FA7A 3TYHA 2OJTA 2DE3A 2ONRA 4F29A 3MZ9A 2YLNA 4GVOA 4L17A 2IA4A 2H4IA 2GH9A 2E0SA 3KEIA 4G77A 4IB2A 2H9BA 3M3KA 1LFIA 1SW5A 2UVGA 3R6UA 3K6VA 4KI0E 4OQOA 3MC2A 4KHZE 2NUVA 3RNNA 1PB8A 2P2AA 1RYOA 2F6PA 4ONYA 1A55A 3N5LA 4NF8A 4X48A 3H7MA 1ZLQA 1FQEA 2ZNUA 1N04A 1IXGA 5L9OA 2XX9A 1J1NA 1OQGA 1WDNA 3Q28A 3M8UA 4OMBA 5DEXB 4JXIA 4R6KA 3C34A 4NF5B 2F36A 3ZSFA 5LOMA 2GHAA 2YJPA 5CI5A 5L9SA 4YKJA 1H43A 3EHTA 3IB0A 1B7UA 3K6UA 4G8MA 4R73A 2DWJA 4QFOA 3A3UA 3C32A 1USYE 4PETA 2XXYA 2O6AA 2XD3A 5IKBA 3OOAA 4RJZA 3UP9A 5AA4B 3THIA 4R6YA 3KBRA 1HSLA 2QS3A 4HCYA 2RC7A 3O6HA 1P1OA 3K02A 1S9TA 3L6HA 4MH5A 4AQ4A 4DCXA 4BDMA 1XVYA 4EDPA 2AL4A 5DVIA 5CM6A 3MVZA 4R2FA 1BTJA 1LAXA 2WKYA 4F18A 1PC3A 3IOTA 4C1UA 3S2VA 3PUVE 1VR5A 2DE4A 3TEPA 2OCUA 3F11A 1LLSA 5DTBA 3UK4A 4IGTA 2ALUA 3CR9A 1TXFA 4OESA 3JV9A 3TUSA 5F7VA 1I69A 2X7QA 3TTKA 1GTKA 2B65A 4GIZA 1ZKBA 4KYDA 4MLVA 2F97A 3O28A 3VXCA 2Y7RA 1QKAA 4ZEIA 4NF8B 3TTRA 1I6BA 3FASA 2M8CA 3CSGA 4G68B 1SVXB 4NEDA 2ANJA 4ELPA 2Y84A 3MW0A 5DYHA 1B5HA 3K1NA 3EHUA 4RXLA 1FQBA 2UVJA 1F9BA 4YICA 3H6UA 3IO4A 4UACA 2UVIA 1ZU0A 4FJPA 4R72A 1CE2A 5ITOA 1UQWA 3V83A 4GF8A 2HFBA 4DLDA 4ELOA 4DCYA 3K00A 3TCHA 2R71A 1MQDA 4EQ9A 3T96B 3KJTA 4UA8A 1NNTA 4F22A 1B1HA 3PUZE 1MRPA 2YPNA 3H6WA 3MWBA 2Y7KA 4P11A 3MZ1A 3VE1B 3ZKLA 1B9JA 1PBPA 2KLFA 3KN8A 3OD7A 2RC9A 1OVBA 2A5SA 4RK2A 4FEDA 4JB7A 1JETA 1SDXA 5FHMA 1B52A 1PEBA 3U92A 2Q2CA 5ISUA 1LBBA 4H0WA 1B40A 4WEPA 3MBPA 3G3FA 1D9VA 2DSFA 1H45A 2ESNA 3E9XA 5FHNA 1NKXA 1SW4A 4PP0A 2I0BA 2DOJA 3G3JA 1ZIUA 1XS5A 1UTHB 2I58A 1US5A 5HBCA 4N07A 5I59A 3FJGA 1Y1MA 2V93A 2G93A 4G2ZA 2ZNSA 4OZ9A 1H76A 2GFEA 3H4ZA 1JW4A 2Z8EA 4U2RA 2Q9TA 2Z23A 1UIVA 4IY5A 4H1XA 5DVJA 4XXUA 1Q1KA 3TMGA 4YAHX 4FECA 2A5TB 3MJNA 1R9QA 2F5XA 2Q88A 4F3GA 3ODBA 3IB1A 4OVJA 4ZZEA 4RA1A 2DXRA 3EN3A 2OLBA 2Z22A 1MQIA 3VVFA 4MFIA 4U1ZA 3PD8A 4QFKA 4OTEA 3FXQA 2Q2AA 1SI0A 1Q35A 2XXXA 3FZVA 3RTWB 2XXRA 2F6GA 4OENA 4U22A 2ZYOA 1MXXA 4N6PA 1EH3A 4Q5TA 2Y7IA 1Y4CA 2V3TA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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