3DELB

The structure of ct381, the arginine binding protein from the periplasm chlamydia trachomatis
Total Genus 65
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
65
sequence length
232
structure length
232
Chain Sequence
EKFIVGTNATYPPFEFVDKRGEVVGFDIDLAREISNKLGKTLDVREFSFDALILNLKQHRIDAVITGMSITPSRLKEILMIPYYGEEIKHLVLVFKGENKHPLPLTQYRSVAVQTGTYQEAYLQSLSEVHIRSFDSTLEVLMEVMHGKSPVAVLEPSIAQVVLKDFPALSTATIDLPEDQWVLGYGIGVASDRPALALKIEAAVQEIRKEGVLAELEQKWGLNNLEHHHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Protein binding, transport protein
source organism Chlamydia trachomatis
publication title Exploiting antigenic diversity for vaccine design: the Chlamydia ArtJ paradigm.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Arginine Binding Protein
total genus 65
structure length 232
sequence length 232
chains with identical sequence C, D, F
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-06-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3delB01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3delB02
4LUBA 3MVWA 3KJ7A 3SETA 3TDJA 1FQEA 1PC3A 3EHSA 4AB5A 1OVTA 3PPRA 3EF7A 2QS3A 1FQCA 3FASA 4YU0A 5J1DA 4HTGA 2AL4A 4NF5B 1H44A 2RC9A 1IEJA 4F3BA 3N6TA 4PFYA 1VFEA 2XXVA 1M5CA 1OLCA 4G68B 4FEBA 4QRZA 2X26A 5L9OA 1N04A 3RN8A 4UACA 4DE8A 2I3VA 4YB6A 3CG3A 3RNNA 2F78A 3HPIA 1N84A 5CBRA 3K00A 3G3GA 5I59A 3E9XA 3PGFA 4ZEDA 1MQJA 4JWOA 1LAXA 1AH5A 3JYRA 4MLVA 3UORA 4F3GA 3MJNA 3RQTA 5I58A 2F8DA 4IO2A 4MFIA 4OQOA 3DP6A 4RYAA 2UVHA 2H9BA 1NMUA 4ELOA 1LAHE 2WKYA 4R6YA 3K6VA 1EZOA 3HHGA 5DVJA 2V3UA 4YB5A 3DP4A 2H98A 4QSCA 4FE8A 3U72A 2UYFA 3K1PA 5JTYA 5EHMA 3SESA 4U4SA 2Q88A 3FXUA 3O2AA 2F7BA 3FJGA 3CIJA 3V8XB 4BDOA 2B3BA 3VLVA 5A5XA 2VD2A 1DPEA 1LFGA 3O9PA 3T9XB 3GBBA 4R2FA 5DYHA 2H99A 1MXXA 3DP8A 3QK6A 1URSA 3MUQA 4LQ2A 2DOJA 3TYHA 3PPNA 1ZTYA 1IXCA 4EQ7A 1MXZA 4PETA 1Q1KA 4ZEIA 3H6WA 2AYSA 4EXKA 5AA2B 1Y1ZA 3M3KA 1B1XA 4NF5A 3OEKA 2QSXA 1II5A 5ITPA 1B32A 3E13X 1NNKA 1H45A 3BBRA 3W15C 3FV1A 2ANJA 2DXRA 3QYTA 1Y3NA 4G77A 2QS1A 4OWDA 2PBWA 3H3GA 2UVGA 2YJPA 2F35A 4DZ1A 3IJOB 4Q8RA 3RT8A 3M8UA 4F22A 3ILUB 3PU5A 4OETA 2ZNTA 3SEVA 4Q30B 2XXRA 3TQWA 4JSDA 2XX8A 2V3QA 3CFXA 1UQWA 1UIUA 4QHQA 1IIWA 1EH3A 3MWBA 4OVJA 4ZE8A 1D9VA 5HBCA 2KLFA 4NWDA 1MPBA 3LSXA 3T96B 4F3SA 4YKIA 4F29A 5TPAA 2F97A 3F11A 1JVYA 3WAFA 3PUZE 2ONRA 3MW0A 4ELRA 1IITA 1US4A 3MAMA 4JWYA 4F3PA 4OMBA 2DYXA 4POWA 1Z7ME 2ZYKA 2Z8DA 1XT8A 3PMWA 4R2BA 2B3FA 4R72A 3SEUA 3C31A 1SW1A 5EHSA 1MH3A 4ESXA 5M2VA 1NH7A 1MQGA 1PDAA 5I56B 5AA4B 5K2YA 3K4UA 4DCYA 3K6WA 1B6HA 4YKKA 4XXUA 4H8IA 5H8FB 3LR1A 4UA8A 3OOAA 4KFQA 2I3WA 1T0KA 4DXUA 4RPNA 4LVQA 4RK2A 3KSJA 4YZZA 1SYIA 4QF9A 4AQ4A 4ONYA 1CE2A 3W9VA 1TXFA 1B0LA 4R9GA 4RXLA 4G68C 2QPQA 4Q5TA 3S9LC 2V3TA 3IB2A 3IO6A 5DEXB 1H76A 1I69A 2O51A 1L5TA 4FATA 4DIGA 3SKPA 3FXQA 2I4CA 1B40A 4RPOA 1UIVA 2PT2A 2HZKA 5I84A 3CSGA 2FYIA 2H25A 5DT6A 2M8CA 1A54A 2DXYA 2IEEA 3DM0A 2PT1A 1Y1MA 2F7AA 3HHFA 1Q35A 4JSOA 3IOUA 2Y7PA 1TWYA 4FJPA 1IXGA 2XD2A 2XHDA 1MY0A 1DPPA 3BFTA 3C9HA 3V89B 3CVGA 3RGYA 1OMPA 5LOMA 3BKIB 1DTGA 3MZ1A 1QULA 1B7UA 2OK2A 4KPTA 3KEIA 5KCJB 3FV2A 1B3HA 3T9UA 2AIXA 3VVEA 5ITOA 5I57A 3ZKLA 4G4PA 1LB9A 3OSRA 2P1SA 3MVXA 5TU0A 2QMXA 2DE3A 1FTMA 3JV9A 1J1NA 2ALUA 5AA1A 4ZZEA 2HEUA 3OO9A 3FVGA 3OXNA 4O3CA 3B7DA 3LSWA 1SDXA 2HZLA 2GRVA 1SQYA 3RTFB 1B5IA 3N5LA 1ZLQA 3TPAA 3MVYA 3FJ7A 4BDMA 1USYE 2E0SA 2ZNSA 1WODA 4H0WA 3TELA 2O1MA 1AMFA 1B4ZA 4LZ7A 1JETA 3O6GA 1A8FA 2NXOA 4NF6A 2HXWA 2FA7A 1O64A 4N6PA 5H8FA 2OJTA 3Q27A 2NUVA 1MS7A 3UIFA 1RYXA 1ATGA 5CMCA 4FIMA 1MPCA 3GXAA 3TCGA 4ESWA 4YICA 1Y9UA 4KYEA 1WDNA 1EU8A 2DWAA 5FHOA 5BWJA 3C32A 1QUJA 1F9BA 4LZ5A 2OWTA 3FGSA 4ZEBA 3O6HA 4IO6A 3RT6B 5H8QB 1USYH 4TLLB 4PE5B 1UTHA 1R9LA 2F5XA 4IO4A 3OD7A 2YLNA 1QKBA 2H5YA 3ECRA 1FTOA 4EF2A 2Z22A 3BFUA 4XKNA 2F36A 3RPWA 1MXYA 3IK6B 2QS4A 3FVKA 3N6UA 3KN8A 1UTBB 4O3BA 3VFJA 1ZKBA 1QVSA 3CR9A 2ONSA 3ZS6A 1I6QA 4HCYA 1DMBA 1URDA 1I6BA 4XTCQ 3TTMA 4OXVA 1OLAA 2GHAA 1P1NA 2R6GE 2Q2AA 4IGTA 3U8QA 4X1DA 4F31B 4R9FA 3KGCA 2Q9TA 3HO7A 2R71A 1P1OA 3RLFE 2DVZA 5DVFA 3TTRA 3V83A 3O6IA 4OFJA 4XKQA 5CRYA 3TMGA 3KBRA 1PB9A 1SW5A 2A5TA 3UP9A 2I48A 4IY6A 5ICQA 3GZGA 3S4UA 4PFTA 1EZPA 4ZZAA 4R6HA 2Q8JA 3HV1A 3TEPA 3TAJA 3H6VA 3FZVA 5H8HB 2HQ0A 1NH8A 4IO7A 4KYDA 3A3UA 4U4XA 2VOZA 2VHAA 3H4ZA 1Y3QA 2ESNA 4TLMB 5TP9B 1FTKA 1LBBA 1D4NA 3MZ9A 5DVIA 4O3AA 1MQIA 2PMSA 4GOTA 1A8EA 1GR2A 1FQDA 5I2NB 3PMVA 1IQ7A 1PBPA 2FNCA 1B51A 4ZEKA 4EDPA 4GD5A 1B9JA 3Q29A 1BP5A 3KN7A 1JW5A 1MY1A 1O7TA 4P11A 2Z23A 4LQ5A 1ZBMA 4U1OA 4LP2B 4TOZA 3DLNA 4P0IA 4RJZA 3G3KA 5IKBA 3C34A 3K0VA 4ECFA 2VP1A 2DWHA 3L6HA 1JEVA 5I2KB 3U1OA 2Y7RA 4F2QA 1NNPA 3SDFA 1ZU0A 3K01A 3D4CA 3PUYE 1B3GA 1MPDA 4KQPA 4G68A 4NTLA 2O7IA 4ZEFA 1UTBA 4ELQA 4C1UA 1R9QA 4QFKA 2UVJA 4TQUQ 4M4GA 1SYHA 1FQAA 4AB6A 4R75A 4BDNA 3K6XA 3FVNA 2AL5A 4OERA 1ZIUA 1PBQA 2DWIA 3LUYA 3USDA 1VR5A 1R6ZA 3ZSFA 4BDRA 1FQFA 3IORA 4GIZA 2O6AA 2XXPA 2I4BA 1OVBA 3T66A 1LFIA 4H8JA 1XVXA 2UVIA 3RTWB 2XXXA 2V93A 4XKPA 4U22A 3VXBA 5HPQA 4KR5A 2OWSA 1YTVA 2I0BA 3VV5A 1B3EA 4IY5A 2LAOA 1Y20A 2VD3A 2I0CA 1B58A 4YAHX 3FATA 3Q26A 1AL3A 4KI0E 1A99A 4X1BA 2XXUA 3RY3A 4QSDA 4OFLA 1B4HA 3H6TA 1P1WA 1QJMA 3B6QA 3R26A 2BJJX 2DSFA 4P0GA 1LGBC 2DQVA 1XHYA 3B6TA 4X9TA 1VFDA 3C4MA 2R9JA 5CBSA 3IOTA 3LSFB 4RNSA 4YB7A 3CI8A 4I9DA 5KDTB 2QJEA 3OO6A 1Y3PA 3OENA 1TT1A 4OEVA 4H65A 3VDFA 4QFOA 1GVCA 4OTEA 1YPNA 2ZMBA 4JBZA 1Y4TA 5CMBA 1BTJA 3QXMA 4IB2A 4NF4B 4I62A 4KYSA 1FTLA 1M5FA 3C33A 4GL0A 4H67A 5JEIA 3TQLA 3PPOA 5AA2A 4ELPA 4Z7EA 4G8MA 1PB7A 4GFRA 1M5DA 3H6UA 1SD3A 3MQ9A 4GWOA 3EHTA 4OFOA 4E0XA 1MXVA 1LFHA 1Z7NE 3FVOA 3IR1A 4U21A 3Q25A 1MG1A 5FTIA 3T93B 1ZMGA 4KCDA 1JVXA 1IZ1A 1SW2A 1SI0A 1NNFA 4HS7A 3RUMA 3KOSA 3R6UA 2XXIA 2HAVA 2F7CA 1QUIA 1SBPA 1HSJA 1YAEA 3O66A 3VXCA 2XX9A 3AXFA 3A09A 1M5BA 3K1NA 5H8SA 3PPPA 3EHUA 4THIA 5BUUA 4XKRA 4QFNA 3IJXB 1S9TA 3S9EA 3HCQA 4F39A 1LCTA 4JWXA 2RINA 2Y84A 2OZZA 4H6DA 2ABHA 4WEPA 4I1DA 1AOVA 2X7QA 1B46A 1LLSA 1MM6A 1FW0A 3PD8A 2O7UA 5I58B 3GLBA 2CZLA 1OIBA 1PEBA 2W7YA 5L9SA 5I56A 4KHZE 1BLFA 5AA4A 4RY1A 4MF3A 3OSQA 2A5SA 3IAZA 1MM7A 3K1MA 4G8HA 3QSLA 1A55A 3TKDA 4NWCA 3IO4A 4R74A 2ONKE 3A3CA 4E0WA 3S2VA 5JTYB 3PPQA 2QRYA 3CFZA 1JW1A 4NF4A 3TCHA 3U94A 1QKAA 5ELVA 4JXIA 3V5AA 3TFLA 5A5XB 5DEXA 4Z0IA 1FQBA 1NL5A 1MDP1 3Q28A 2CMOA 3MVZA 3S9NC 4BDQA 1WVJA 1JEUA 4U2RA 3IOVA 1XC1A 3VLWA 2DP8A 1PB8A 1B05A 5HM4B 1S50A 4ZE9A 3MP1A 3PD9A 2HCAA 2XXHA 2B65A 2RKMA 3THIA 1MH4A 2I6EA 2Z8EA 5FHMA 4QFPA 4F18A 5IAIA 4BDLA 4Q0CA 3G3HA 4YKJA 2Q2CA 2DWJA 3QIMA 2XXYA 4G2ZA 4MBPA 3DELB 2F34A 4RK9A 5JK4A 4NEDA 4FORA 3TTLA 2XXQA 4JDFA 1MY3A 5KCJA 3H7MA 1ELJA 2Y7WA 3OMBA 3T9VA 1LB8A 5KZTA 5CI5A 4OEUA 1D9YA 2O1LA 3MP6A 4OYVA 4U1ZA 1KWHA 2I58A 1P99A 2UXAA 1I6AA 4OZ9A 4GXAA 4F2OA 2XX7A 3H06B 1HSLA 3ODBA 1US5A 3KOTA 2XXWA 4POXA 1OQHA 3MC2A 4YMBA 1NKXA 4R73A 3OELA 2G93A 4DDDA 1IXHA 2DS9A 3JZJA 2RCBA 1MRPA 3B6WA 5TPAB 2DE2A 4KD5A 4M1VA 1B52A 3QAXA 2REGA 4DCXA 3QUFA 1S7YA 3TZAA 1SVXB 3MBPA 1GTKA 2DVCA 3OO7A 3EPEA 3SEWA 3FJMA 5H8NB 3QUJA 4LZ8A 4HW8A 1JNFA 3G7WA 2HAUA 1RKMA 2HFBA 3PUVE 4N07A 3PUXE 4ZECA 1D3KA 3CSBA 3GBAA 5L9MA 1AIVA 5B70A 1B1HA 2THIA 4DXBA 3S9MC 4WKMA 2ZXTA 1N0TA 1N3WA 4I8CA 5H8QA 2PYYA 2OCUA 5CC2A 3MP8A 4EUOA 4IO5A 3UN6A 1MQDA 3C35A 1FCKA 3O29A 1B2HA 4FEDA 3E4RA 2NVUB 4NF8B 3G3IA 1POY1 1A40A 3P7IA 3WAEA 4WEDA 1XVYA 2G29A 4PP0A 3LBSA 4GF8A 5ISUA 5F7VA 4MLQA 4R6KA 5K2XA 3M3LA 5DTBA 1GV8A 1JQFA 1MY4A 1B7HA 3PUWE 4OHNA 4F1VA 2P2AA 4K3FA 2I49A 4HCWA 4DLDA 1NNTA 4IGRA 3O28A 3SEYA 1IUDA 1B5JA 4GL8A 3N26A 1H3DA 1FTJA 3TTNA 3TCFA 1MQHA 3SEXA 4QSEA 3ILTB 4LONB 4DXCA 1ZJLA 5H8HA 5I57B 1M5EA 2E1SA 5FHNA 2OLBA 2RF1A 1JW4A 3I6VA 4L17A 3M3FA 4PFWA 3IOWA 3MZBA 1B3FA 3TODA 4F1YA 1B5HA 5TP9A 3IB0A 3D4GA 2H4IA 1B7ZA 2ZYMA 3HSTA 4X48A 3IX1A 3IB1A 3CG1A 2ZNUA 5I2NA 1HSEA 5H8NA 1MXUA 2OBGA 4GQOA 1N7WA 5AE4A 1LAFE 1P1UA 2VGQA 4G8NA 4H1XA 3W9WA 3KFMA 1N76A 3MPKA 3KG2A 3U93A 5CM6A 4GXSB 3PV0E 4FAJA 1TFDA 4PQJA 4NF6B 1OQGA 1LAGE 1NFTA 4EQ9A 4GLIA 2NOOA 3C36A 1N3XA 3E3KA 3G3JA 1CB6A 2GH9A 2PX1A 3VE1B 2GHBA 2V25A 1R1NA 3KSXA 1XOCA 2REJA 4RA1A 4H5GA 3L6GA 3VVFA 5I2KA 1LCFA 3T9HB 4F19A 4ISUA 1MXWA 1BIYA 4PFUA 4IO3A 3HN0A 3UGWA 4F1UA 4YMAA 4NF8A 3N94A 4GRKA 3I5OA 1QUKA 2YPNA 4ND9A 1DTZA 5L8DA 1SW4A 4QFLA 3OEMA 4OESA 3KZGA 4EQBA 3ONMA 1IXIA 3VLUA 1RYOA 3LC8A 4C1TA 3ZKKA 3K6UA 1UTHB 4U23A 2PVUA 5AA2D 2O69A 4N13A 2X7PA 4KCCA 5CMKA 2D5WA 4OENA 1H43A 4GVOA 3H03A 1POTA 2GFEA 2QL3A 2QMWA 3SERA 3U92A 2RC7A 2RCAA 2O84X 3I3VA 3EN3A 1MDQA 4NE4A 3IL1B 2ZYOA 1B0HA 2Y7IA 1GGGA 1MY2A 5I59B 4LA9A 3R7XA 1Y4CA 1DSNA 5FTHA 3VVDA 3UA8A 2P0SA 2DE4A 3OO8A 3PMXA 2IA4A 1ANFA 4BLAA 1O63A 3UK4A 3G3FA 2V84A 2A5TB 1YCJA 4FECA 2Z8FA 1P1QA 2D21A 1LSTA 1DOTA 5AA3A 2QS2A 4ZS9A 3FXRA 4LATA 1TFAA 3FUZA 1EZ9A 5ICTA 5KDTA 5CMMA 4EF1A 3CRBA 3KJTA 4WXJA 3FD3A 2XXTA 3TTKA 4XIGQ 1VE4A 4C0RA 3K02A 2O68A 3O97A 4H5FA 1B3LA 2RC8A 3TUSA 3T22A 3K2DA 5B7DA 3EQ1A 2NWJA 4YKPA 5F1QA 3CFLA 2D3IA 2F6GA 2UYEA 3MPLA 3FIRA 2Q89A 1XS5A 1SI1A 1QW0A 4ZDMA 2ZYNA 5EYFA 4JB7A 2F6PA 4NMYA 3LSLA 1LBCA 1N7XA 2Y7KA 2XD3A 1BKAA 3KN3A 1A7LA 1VSOA 4MH5A 1URGA 4EXLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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