3DELB

The structure of ct381, the arginine binding protein from the periplasm chlamydia trachomatis
Total Genus 65
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
65
sequence length
232
structure length
232
Chain Sequence
EKFIVGTNATYPPFEFVDKRGEVVGFDIDLAREISNKLGKTLDVREFSFDALILNLKQHRIDAVITGMSITPSRLKEILMIPYYGEEIKHLVLVFKGENKHPLPLTQYRSVAVQTGTYQEAYLQSLSEVHIRSFDSTLEVLMEVMHGKSPVAVLEPSIAQVVLKDFPALSTATIDLPEDQWVLGYGIGVASDRPALALKIEAAVQEIRKEGVLAELEQKWGLNNLEHHHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Protein binding, transport protein
molecule keywords Arginine Binding Protein
publication title Exploiting antigenic diversity for vaccine design: the Chlamydia ArtJ paradigm.
pubmed doi rcsb
source organism Chlamydia trachomatis
total genus 65
structure length 232
sequence length 232
chains with identical sequence C, D, F
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-06-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3delB01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3delB02
3FV1A 1RKMA 3K6VA 1WVJA 3QK6A 1B0LA 2OK2A 3IAZA 1O63A 4AQ4A 2ZYMA 1ANFA 5M2VA 3MP8A 2Z8EA 1M5BA 4XKNA 1PB7A 1NKXA 1QVSA 4RPNA 1ZU0A 3U8QA 1A8EA 2OWSA 1R6ZA 3H3GA 4F3SA 2V84A 4OFOA 2W7YA 3IORA 3QXMA 4ESWA 4ZEKA 5ICTA 3CVGA 4LZ7A 1H3DA 4LVQA 3E4RA 2XXRA 1ATGA 2QRYA 3BFUA 4EUOA 3G3IA 3IJXB 4LQ2A 4MFIA 1LAXA 1QW0A 2P2AA 1MY3A 4YICA 3K6UA 1B1HA 5ELVA 4N6PA 4ELOA 4G8HA 2A5TA 1NNPA 1IIWA 4GXAA 4H5GA 1M5FA 1FQCA 1P1UA 5JTYA 3KBRA 3HN0A 3JYRA 2DE2A 1OQGA 1B3HA 3S9NC 5I59A 3HHFA 4XTCQ 4U22A 2PT1A 1JW1A 2ANJA 4R6YA 1YPNA 3KJTA 3B7DA 4BDQA 3TUSA 1B2HA 1B5JA 2UVHA 4FECA 3C4MA 4BDOA 3OO6A 1P1NA 4WXJA 3Q25A 3KZGA 4C1TA 5JEIA 3ILTB 2I3WA 1NNTA 2UYFA 4KFQA 3TZAA 4NF4A 3EN3A 1JVXA 3LSLA 1VFDA 4KQPA 2GH9A 1YAEA 5H8FB 1QKAA 1NMUA 1LLSA 4U23A 5H8NB 5AE4A 1MXUA 1UTHA 2Z23A 4L17A 4YKPA 1ZMGA 2DYXA 3D4GA 1DSNA 1B4HA 2DWAA 3CRBA 1I6BA 2CMOA 3T93B 2DE3A 1UIVA 4H0WA 3G3GA 4DCXA 1XHYA 4MH5A 3LC8A 1A54A 2HAUA 4FJPA 1J1NA 2DP8A 2NOOA 1US5A 4X48A 1LSTA 3ONMA 3PUWE 2O69A 2NWJA 5EHMA 3P7IA 2IEEA 3G3JA 4PP0A 2REGA 2QPQA 4P0IA 3ZSFA 3K4UA 3TFLA 2ZNTA 1H45A 1JQFA 3TTKA 2F7CA 5H8HA 1ZIUA 3MJNA 3G3HA 3OOAA 5H8QA 2F6GA 2AL4A 3TCFA 4EQ9A 3WAEA 4N07A 3VLUA 1MXXA 3U94A 5ICQA 1OQHA 3FIRA 2A5TB 4G68A 4YAHX 4R73A 3OEMA 3QUJA 2P1SA 3ZKKA 4DXBA 3HHGA 3IB0A 5JTYB 3OD7A 4OTEA 1JVYA 4I9DA 2ZYNA 4OVJA 3T9XB 5TP9B 2DQVA 4ZEIA 2DE4A 4HW8A 3S9MC 4R6KA 1SW5A 1TWYA 3C36A 4OETA 5I56A 1UIUA 2D21A 3A3CA 5EYFA 1LFHA 2CZLA 5K2XA 3VLWA 1N7WA 1IXGA 3UGWA 1GGGA 3VE1B 1A8FA 4GWOA 3TTMA 1MH3A 3A09A 4R2BA 4G68C 2X7QA 4ZZEA 4GFRA 2H4IA 1MY0A 1FTLA 4ELQA 1OMPA 1BTJA 3IO6A 1MM7A 4BDLA 3CR9A 5AA2D 2DWJA 4OEVA 2DVZA 4ND9A 1IXHA 1H43A 3QSLA 1IXCA 3KOTA 2YPNA 3H03A 3Q28A 4JSDA 1B0HA 1POTA 3SEUA 4BDMA 2G93A 4U21A 4QFLA 2ZMBA 3H6TA 5BWJA 2DWIA 3MQ9A 3PUVE 4ZE8A 5LOMA 3MVZA 4YKKA 1B6HA 2DS9A 1FQBA 4X1BA 2VP1A 5IAIA 5DT6A 3MP1A 1HSJA 4TQUQ 3PPRA 5H8HB 3ECRA 3UP9A 3FJ7A 4HTGA 4JSOA 5H8QB 5ITPA 1JW5A 1MQHA 2F8DA 2F97A 1GV8A 1TXFA 2I49A 4G68B 5AA4B 3K2DA 2XX9A 3VV5A 3RT8A 2RKMA 2H98A 1L5TA 2F35A 1P1QA 1B7UA 4H8JA 2QS3A 2E0SA 2I58A 5HPQA 3TKDA 5CMKA 1MM6A 5I56B 1SW4A 3SKPA 5I2KA 3TPAA 2UYEA 4NF6A 4RNSA 2H99A 2REJA 1XT8A 3UORA 1GR2A 1URSA 3O6HA 1MXYA 3CSBA 2HXWA 2X26A 3USDA 3O66A 3RGYA 2B3BA 4IO4A 2O68A 2XX8A 1N7XA 3K02A 2Y7IA 1USYE 1T0KA 1NNFA 3TQWA 4OXVA 4N13A 1B40A 3LSWA 4FAJA 1B05A 1SW2A 3S9LC 5ISUA 2O7IA 2R6GE 3E13X 3VLVA 2M8CA 4PE5B 4RK2A 3EHTA 4ZEDA 4E0XA 2PT2A 1P1OA 3VDFA 3IOWA 5KDTB 2I6EA 2F34A 2F7BA 2PX1A 2NVUB 2GFEA 2Q9TA 3C31A 1KWHA 3T96B 2F6PA 3B6QA 1JEVA 2YJPA 3DP4A 3GLBA 1N0TA 1PBPA 2AIXA 1B3FA 3V5AA 1B3EA 4O3CA 5L9OA 1ZTYA 3PD9A 4THIA 4ESXA 4DZ1A 2VD3A 1IITA 1AH5A 1JETA 3IR1A 4FEBA 4OESA 4QF9A 3UIFA 1OLAA 2F5XA 2I0BA 4Q8RA 2GHAA 1XVXA 5DVJA 2XD2A 3FXQA 4KD5A 4QRZA 3TDJA 1Y9UA 4G8MA 4LQ5A 4DIGA 1MQJA 1RYXA 2XXPA 1OIBA 4BLAA 2PBWA 1P1WA 3T9UA 3KJ7A 3PU5A 4OYVA 3MVXA 2O6AA 4NWCA 3IO4A 3SETA 1ZKBA 5I2KB 4NF6B 3O29A 1Y20A 2LAOA 4PFTA 5TP9A 1MPDA 1IQ7A 4R74A 4EF2A 4ZDMA 1ZJLA 3BKIB 3WAFA 2Y7WA 2GRVA 3C32A 2Q2AA 4F3PA 1GTKA 2H5YA 4XKRA 1AIVA 3H4ZA 3IJOB 4PETA 2RINA 3CIJA 3FVNA 3C33A 4NEDA 1MQIA 5F7VA 1WODA 2RC9A 3FZVA 3JV9A 3MPLA 4ZEBA 3ZKLA 3SERA 4KR5A 1M5CA 2H9BA 2Q88A 3TQLA 4R2FA 2HAVA 3OSRA 3TODA 1SVXB 1JW4A 4G4PA 1LBBA 1LAGE 2R71A 2HZKA 3G3FA 4P11A 1XVYA 4GD5A 1ZBMA 1PDAA 3MZ1A 4NTLA 2THIA 2UVIA 3DELB 2VD2A 5AA3A 1FTJA 5KZTA 3D4CA 3SDFA 3M3LA 1USYH 3LSXA 1OLCA 2XX7A 3EHSA 5TPAA 3S2VA 1B3LA 3VVDA 2F78A 1P99A 4EDPA 4ISUA 3HPIA 1MH4A 3C34A 3RN8A 2O51A 1QUJA 2GHBA 1DPEA 4YU0A 2OJTA 1LGBC 3SEWA 4H5FA 4LONB 3MP6A 1AMFA 1UTBA 3OSQA 3LUYA 4GL0A 4HCYA 3CI8A 1VFEA 1LB9A 1MXVA 2UVGA 1FTKA 1AOVA 1IZ1A 3A3UA 2XXUA 3MPKA 4DXCA 3Q27A 5AA4A 4GL8A 1TT1A 3PUYE 4F2QA 3RNNA 1MS7A 1HSLA 3TELA 2IA4A 3T9HB 1EZ9A 1SBPA 4H8IA 4XKPA 2ESNA 2FA7A 4F2OA 3CG1A 4X9TA 2Q8JA 2AL5A 2Y7RA 3CG3A 1CE2A 1D9YA 3K1MA 3RTFB 4ONYA 4MLVA 3PMVA 4OHNA 4OMBA 3HO7A 4NF8A 3VXCA 1SDXA 3FVKA 5FHOA 3TAJA 4RYAA 4HS7A 4F22A 4U2RA 3I5OA 3JZJA 3MVWA 1SYHA 3W15C 4JWOA 1AL3A 1IUDA 1MPCA 3OO8A 3CFXA 4WEPA 2V3UA 3GBBA 1NH8A 4IO6A 1DMBA 3T22A 2ZXTA 3FASA 1VE4A 3TTLA 3PPPA 4UACA 3FGSA 5KDTA 3HSTA 1MXWA 1R1NA 5I57A 4R72A 3Q26A 3QAXA 5DVIA 4JXIA 5TPAB 3KN8A 2Y7KA 4IGRA 4ELPA 5CMBA 1F9BA 4QFOA 2F36A 2DXYA 1D3KA 2PYYA 3H6UA 3MUQA 4QFKA 4EQBA 2OZZA 4DLDA 3PMWA 3O6GA 4NWDA 3RUMA 3H6VA 3N6UA 4GOTA 2XXWA 1EU8A 2QS1A 2X7PA 1Y3NA 4OFJA 2OWTA 3K1NA 1FTOA 1UTBB 4U1ZA 4F29A 3G7WA 3SEXA 4KYEA 1MY1A 3HCQA 4F1YA 2H25A 4KPTA 1I6QA 1A7LA 5CBRA 1B46A 4MF3A 1CB6A 3PV0E 1BKAA 1N3XA 4YZZA 1IEJA 4IY6A 3OEKA 2VOZA 1Y1MA 1UQWA 4GVOA 1MXZA 4JWXA 2D5WA 1LAFE 4Q0CA 2OCUA 3OXNA 3O6IA 3GBAA 4QSDA 1IXIA 1Y3QA 4GQOA 3KSXA 3IB1A 3OENA 5I2NA 3K6WA 1US4A 3F11A 2HCAA 4IO5A 2ABHA 3O97A 4IO2A 4G77A 4XKQA 4DXUA 4F1VA 1BP5A 2R9JA 3SEYA 4NF8B 2OLBA 2RC8A 2HZLA 2HFBA 4YB5A 4I8CA 2I48A 4KI0E 2XXIA 4WEDA 2V25A 4KCDA 1URDA 4R6HA 5F1QA 1MQDA 2XHDA 4H67A 5FTIA 2O7UA 3IOTA 4GXSB 5DTBA 5FHMA 2QMXA 1N3WA 1SQYA 1S9TA 1A40A 3EPEA 4XIGQ 5HBCA 3C9HA 3N5LA 4HCWA 1M5EA 2RF1A 3KOSA 4RA1A 1GVCA 1SW1A 3MZ9A 1II5A 4MBPA 2D3IA 5I57B 4C0RA 1JNFA 1ZLQA 4ZS9A 4LUBA 3QIMA 4IO7A 3BFTA 5DEXA 2O1MA 1RYOA 2B65A 3L6GA 3U92A 5BUUA 3VFJA 2F7AA 1Y4TA 1FQFA 2A5SA 4YB7A 3IOVA 3PUZE 3TTRA 4F31B 1LCTA 2Q2CA 1FTMA 2DVCA 1XC1A 5J1DA 2Q89A 3FXRA 4P0GA 5JK4A 4KYDA 5CC2A 3IX1A 2Y7PA 3IB2A 1R9QA 3C35A 5FHNA 4ZE9A 3SEVA 3KEIA 4POWA 4BDNA 4H65A 1TFDA 1B1XA 3KN7A 3U72A 2FNCA 2V3TA 1FCKA 1QUIA 2QS2A 3CFZA 3GXAA 3R26A 1OVBA 4X1DA 4M4GA 2O84X 4PFWA 5CM6A 3RQTA 3DP8A 3M3KA 3R6UA 4K3FA 3EQ1A 4UA8A 1SYIA 4GRKA 3IL1B 5I2NB 4ECFA 3KG2A 5CBSA 4OENA 4POXA 4EQ7A 4EXKA 4BDRA 4ZECA 5B70A 1XOCA 4LP2B 1SD3A 4Q5TA 5DVFA 4PQJA 2QL3A 1N76A 4I1DA 4F19A 3TMGA 3R7XA 3HV1A 3OELA 3RT6B 1D9VA 3EF7A 3VVEA 1S7YA 4ZZAA 4YMBA 1R9LA 2P0SA 1SI0A 4RY1A 3N94A 3W9VA 3S9EA 2VHAA 4FIMA 2Z8FA 4U4SA 3DM0A 4LZ5A 2XXTA 1VSOA 3K01A 3OO7A 3PUXE 3IK6B 3OO9A 3KSJA 2BJJX 3MC2A 4GLIA 4LZ8A 1DTZA 2I3VA 4Z0IA 1LAHE 3U1OA 3S4UA 5EHSA 3V8XB 1BIYA 3PGFA 1N84A 2QS4A 1B32A 4DCYA 4H6DA 1B5IA 3QYTA 2RC7A 2XXQA 2I4CA 3DP6A 5DEXB 3T66A 1NL5A 3K1PA 1EH3A 3PMXA 4YMAA 3LSFB 3MW0A 4M1VA 1OVTA 3TCHA 3UA8A 4O3AA 4OEUA 5L8DA 4YKIA 2YLNA 4F3GA 4G2ZA 1PB8A 2RCAA 2NXOA 5CRYA 3UN6A 3KN3A 2HEUA 3H6WA 4TLLB 3H7MA 3MVYA 1Y1ZA 3FUZA 3CFLA 2DXRA 3FV2A 3TYHA 1MQGA 3B6WA 3W9WA 5CMCA 1TFAA 1O64A 4XXUA 3FJGA 5L9MA 4AB5A 1MG1A 2NUVA 1MRPA 2E1SA 1YCJA 1B5HA 3G3KA 4ELRA 1B4ZA 3MWBA 2I0CA 4TOZA 3FXUA 2ONSA 3UK4A 3GZGA 4PFYA 3M3FA 4R75A 2WKYA 3LBSA 4FEDA 1URGA 2AYSA 1Z7NE 2ALUA 2ZNUA 4FORA 4OERA 3FJMA 3RPWA 3E3KA 5I58A 3M8UA 1Y4CA 1B9JA 3KFMA 4F1UA 4WKMA 2ZNSA 5ITOA 5I59B 2XXVA 2DOJA 5AA2A 2B3FA 4JBZA 1MY2A 5FTHA 2QSXA 2VGQA 3L6HA 1VR5A 1LCFA 4RJZA 3K6XA 1Q35A 3MAMA 3K00A 1B52A 4U4XA 3TEPA 4AB6A 2XXHA 2DSFA 5IKBA 1S50A 4DE8A 5KCJA 3FD3A 2OBGA 1M5DA 5DYHA 3H06B 1QULA 3KGCA 3LR1A 1A55A 2XXXA 4FATA 4NF4B 3N26A 1MPBA 4JDFA 1DTGA 2UXAA 4IY5A 1MDQA 3I6VA 2KLFA 3PPQA 3O9PA 1UTHB 3V89B 2Z8DA 1B58A 2ZYOA 4TLMB 4EF1A 1EZPA 1Z7ME 4YKJA 3VXBA 2RCBA 4C1UA 3PPNA 4QFPA 1QUKA 2V93A 3THIA 1SI1A 3BBRA 3V83A 4F18A 1ELJA 2G29A 4NF5A 4OQOA 1HSEA 4U1OA 4H1XA 5A5XA 4QHQA 1XS5A 4NMYA 3ODBA 3PD8A 5AA1A 4OWDA 1B51A 4KCCA 4RK9A 3CSGA 2PMSA 1DPPA 4RXLA 3QUFA 3EHUA 3E9XA 2ONKE 3B6TA 2ZYKA 2UVJA 4JWYA 1YTVA 1DOTA 2V3QA 5CI5A 1LBCA 4R9GA 3RTWB 3TCGA 1LFIA 1PC3A 4QSCA 2O1LA 1B7HA 1N04A 4O3BA 1I6AA 4QSEA 5TU0A 4LATA 1FQDA 5K2YA 1A99A 4YB6A 4PFUA 1Q1KA 1PBQA 3K0VA 1H76A 3OMBA 5I58B 2Y84A 1EZOA 1NH7A 3RY3A 4IO3A 5H8SA 3IOUA 4FE8A 4I62A 3T9VA 3I3VA 1QKBA 2ONRA 3AXFA 1PB9A 4Q30B 2FYIA 4GF8A 3O2AA 1POY1 5AA2B 3TTNA 1JEUA 1B3GA 4NE4A 4R9FA 3FVGA 1FQEA 4ZEFA 3FVOA 2QJEA 2XXYA 2I4BA 4KHZE 4Z7EA 1LFGA 1FQAA 4G8NA 3ZS6A 3FATA 3U93A 5I84A 2HQ0A 5KCJB 1BLFA 1MY4A 1QJMA 4MLQA 4E0WA 2QMWA 3N6TA 5B7DA 4RPOA 3PPOA 3O28A 4OZ9A 1FW0A 1NFTA 3MZBA 4IGTA 4IB2A 4LA9A 4OFLA 1O7TA 1PEBA 3Q29A 1WDNA 3SESA 1NNKA 4GIZA 5L9SA 5CMMA 5HM4B 1Y3PA 3VVFA 5H8FA 4DDDA 2XD3A 1B7ZA 3RLFE 1MDP1 5H8NA 4QFNA 1H44A 2DWHA 2Z22A 1I69A 3ILUB 3DLNA 4KYSA 4F3BA 1D4NA 4NF5B 4F39A 1LB8A 5A5XB 4EXLA 4JB7A 3MBPA 2PVUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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