3DELB

The structure of ct381, the arginine binding protein from the periplasm chlamydia trachomatis
Total Genus 65
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
65
sequence length
232
structure length
232
Chain Sequence
EKFIVGTNATYPPFEFVDKRGEVVGFDIDLAREISNKLGKTLDVREFSFDALILNLKQHRIDAVITGMSITPSRLKEILMIPYYGEEIKHLVLVFKGENKHPLPLTQYRSVAVQTGTYQEAYLQSLSEVHIRSFDSTLEVLMEVMHGKSPVAVLEPSIAQVVLKDFPALSTATIDLPEDQWVLGYGIGVASDRPALALKIEAAVQEIRKEGVLAELEQKWGLNNLEHHHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Exploiting antigenic diversity for vaccine design: the Chlamydia ArtJ paradigm.
pubmed doi rcsb
source organism Chlamydia trachomatis
molecule tags Protein binding, transport protein
molecule keywords Arginine Binding Protein
total genus 65
structure length 232
sequence length 232
chains with identical sequence C, D, F
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-06-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3delB01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3delB02
4KR5A 4R2BA 2AL5A 3A3UA 5L9MA 4H8IA 4YKPA 2H98A 2QMXA 1B3FA 3UORA 4KQPA 3MVZA 4U1OA 3EN3A 2P2AA 4IO2A 1ZMGA 5AA3A 3CFZA 2R6GE 1UTHA 2XXQA 3E13X 1LAHE 3EF7A 4F3PA 1P1OA 1BTJA 3DP8A 5I58B 1D3KA 2YLNA 4AB5A 1OLAA 2QS2A 5BUUA 1MY4A 3T22A 1N04A 3K01A 3MJNA 3PUWE 1TXFA 4QFKA 4I62A 2OBGA 4XKRA 4GXSB 2VOZA 1SDXA 3V89B 3H6VA 4LA9A 2FA7A 5TP9A 1IXIA 3Q26A 1FQAA 3M3FA 4F1UA 4R2FA 3KFMA 1OQGA 3OMBA 4NMYA 1NNTA 3UN6A 1LGBC 4YB7A 4EDPA 4ZE9A 4OESA 4POXA 3SEVA 4ELOA 4RK2A 1LB9A 4FEBA 3SEWA 3VDFA 1NKXA 3IO4A 3CG3A 3MZBA 4F2OA 2QRYA 4EUOA 1H43A 5I56B 1A8EA 3KBRA 3T66A 1OQHA 5I57A 3N6UA 5H8QA 2A5SA 2O69A 3TZAA 4DCXA 1AOVA 3K6WA 1LLSA 3KZGA 4OZ9A 1EH3A 2HEUA 1FQDA 1B2HA 1FTOA 1PC3A 2DP8A 3I6VA 4RXLA 1JNFA 3EHTA 4P11A 3TCFA 5L9OA 4I1DA 1N84A 2RCAA 2PX1A 3TPAA 1S7YA 2F6GA 2I0BA 2OJTA 3IJOB 3IOTA 1Y3NA 5I2KB 5I2NB 3HHGA 3IK6B 3GXAA 3SEYA 1MY2A 2ALUA 2F97A 4MLQA 1USYH 2HCAA 2XD2A 2Z8EA 3M3LA 2HZKA 3G3HA 2UYFA 1SD3A 1R6ZA 3MP1A 1H76A 2ESNA 4QFLA 3MW0A 1PBPA 2RC7A 2VD2A 4GXAA 3Q28A 3M3KA 4H1XA 4H8JA 3ZS6A 1YCJA 3N6TA 3QXMA 3H6TA 1UTBB 1GTKA 4F19A 2RC8A 2R9JA 1P1UA 2GH9A 3LSLA 1B52A 1USYE 3C34A 4KHZE 3TTRA 1XT8A 3VV5A 1B51A 3S2VA 4NF6B 2PVUA 1MDP1 1RYXA 5CMKA 3K6VA 3LBSA 4EQ7A 2DE2A 5JTYA 4EXLA 2OWSA 3IOWA 1VFEA 3FJMA 4YICA 1B3GA 2F5XA 1QVSA 1MQIA 1N0TA 3FXRA 3PGFA 4QFNA 3V8XB 1LAFE 2V84A 3G7WA 2I4CA 3RPWA 1MDQA 1MPDA 3MC2A 4GFRA 1TT1A 2B65A 2Z8FA 2ZYNA 3T9XB 3C4MA 3CG1A 3CI8A 2IA4A 3M8UA 4G68C 4NF5B 3ZKKA 4KYDA 4JSDA 4F2QA 4F39A 2Y7WA 4F18A 2ONSA 5ITOA 2XXRA 2ANJA 1M5FA 3TKDA 1B1XA 1FTKA 3LC8A 3TYHA 2D5WA 4NF8B 1Z7NE 2Z22A 4KCCA 4GF8A 5EYFA 2NWJA 2PT2A 4OXVA 1H44A 1IEJA 4LATA 1MH3A 3QUJA 1JW1A 2H99A 2PBWA 3AXFA 1QULA 3H6UA 1JW4A 3IX1A 4GOTA 2V3QA 1DSNA 2GFEA 3BKIB 1SBPA 4IGTA 4X1DA 4F22A 1I6BA 5ELVA 4WEDA 4PP0A 2Q8JA 4KYSA 3B6QA 3IO6A 1YTVA 3RNNA 3U1OA 4L17A 1NNPA 4KI0E 3CIJA 4QSCA 4ECFA 1MG1A 4R9GA 2Y7RA 5ICQA 1A55A 2GRVA 4U22A 3TQWA 1Y4CA 2H9BA 2HQ0A 3DP6A 2VGQA 3K00A 3K1PA 2XXTA 4C0RA 4YAHX 1S9TA 4X1BA 5CC2A 3OSQA 1SVXB 1SW2A 4DZ1A 1POTA 4LQ5A 1SI0A 1SI1A 4OWDA 3VLUA 1LAXA 1MPCA 4F1VA 5KDTA 4NE4A 4GQOA 1CB6A 3O6GA 1D9YA 3JV9A 3UIFA 4DXUA 1MXYA 3KEIA 2DWIA 2E1SA 4XKQA 2OK2A 1EZ9A 5H8FB 1OVBA 1FTMA 4LZ5A 5FTHA 1OLCA 3TMGA 1ZBMA 3LUYA 5I57B 2Y7IA 4H6DA 1ZLQA 3BBRA 4FIMA 2XX8A 3IOUA 2X7QA 2ZYMA 5H8HB 4OENA 4PFWA 1XVXA 4YB5A 5KZTA 1NH7A 1SYIA 2Q88A 4Q0CA 5CI5A 1FTJA 1B4HA 1P1QA 2FYIA 3RGYA 1MXZA 5HM4B 2DVZA 4MF3A 2A5TB 4R6HA 2RCBA 1DOTA 2F6PA 1B3LA 4QHQA 3EQ1A 1H45A 2I0CA 4XTCQ 5JK4A 1D4NA 2NUVA 4M1VA 1LBBA 5FTIA 3DELB 5AA1A 5I2KA 1B5HA 1VSOA 3VLWA 4G8HA 3IB0A 4HCWA 4QSDA 1YPNA 1MXWA 2I3WA 3MZ9A 1HSLA 4P0IA 4RJZA 5LOMA 1UIUA 3P7IA 1FQEA 3W15C 2RF1A 3C33A 5KCJB 4RPOA 3Q27A 1B7HA 4C1UA 3JYRA 3KN3A 4KPTA 2QL3A 4RYAA 3FGSA 1P1NA 1EU8A 2AIXA 3U92A 2PT1A 3WAFA 2F35A 4ONYA 2B3BA 1FQCA 4TQUQ 5EHMA 1LB8A 1SW4A 1Y3QA 2QS4A 1LSTA 1NH8A 1PB7A 3CRBA 3HCQA 3OSRA 5CMMA 2VHAA 1CE2A 4FATA 1MY1A 4YZZA 3H7MA 5AA4A 2Y7KA 1N3WA 1ZKBA 3KJTA 2YPNA 3VXCA 3E3KA 1I69A 1AIVA 3CVGA 3RQTA 1MRPA 1QKAA 1TFAA 2HAUA 4LUBA 5DEXA 1VFDA 1JQFA 4R74A 3EPEA 5DT6A 4ZZEA 3FVKA 3K1MA 1SW5A 3ILUB 3K02A 1ELJA 3LSFB 3PUZE 4NWCA 4OERA 4ZDMA 5ISUA 3RT8A 1M5BA 1AL3A 1MQHA 4H5FA 5J1DA 4BDRA 4IY5A 3L6HA 4BDOA 2XXWA 4YMBA 1UQWA 3HV1A 3PMWA 3IR1A 3B7DA 3R7XA 4ELPA 1QKBA 2OLBA 4LQ2A 4U2RA 1A54A 4E0XA 1FW0A 1O64A 1VE4A 1B0LA 5H8NB 4WKMA 3TTKA 3ODBA 1A8FA 3KN8A 1LCTA 1II5A 3THIA 2UVIA 1R9LA 1B6HA 3HN0A 3UGWA 3S9LC 1MY3A 5A5XB 4Q5TA 3TELA 5I56A 2VP1A 3CFXA 2XXYA 3OD7A 3PPQA 2ZXTA 1B4ZA 1B5JA 3OO6A 1PEBA 1B05A 2I48A 5TP9B 4FAJA 4WXJA 4NTLA 4JBZA 3Q25A 2I4BA 3UK4A 3BFTA 1LFHA 1Q35A 3UA8A 5CBRA 1N76A 3N26A 3D4CA 2F7BA 3I5OA 4MBPA 4R6YA 3T93B 2O1LA 5H8NA 2Y84A 3ZSFA 3MAMA 2ONRA 4GVOA 4M4GA 1BLFA 2CZLA 2F7AA 4QSEA 2I58A 2Q89A 1B58A 2DSFA 4EQBA 4KFQA 5ITPA 4PETA 4R75A 2B3FA 1MXVA 4AQ4A 2UVGA 5FHMA 4YU0A 1Y1ZA 1AMFA 2ZNUA 3GLBA 3FD3A 3O6IA 5B7DA 4YMAA 3VVEA 4ZEIA 2Z23A 1WODA 4FECA 4GL0A 5CMBA 3TCGA 1MXUA 4R6KA 4DLDA 2IEEA 1MXXA 3K0VA 2V3TA 1SYHA 4XKPA 2XD3A 2I49A 1NNFA 3MUQA 3OO7A 4JSOA 4ND9A 1UTBA 4NF8A 2XXPA 3K6XA 1QW0A 3O97A 1XS5A 5AE4A 3H3GA 2QJEA 2DYXA 3OEMA 1QUIA 2RKMA 3MPLA 4OQOA 1JEVA 1ZJLA 4RA1A 4Z7EA 4F3SA 1O7TA 4MFIA 4PFYA 3U72A 4DE8A 2H4IA 2V3UA 1LAGE 1PDAA 2Q2CA 4UACA 4YB6A 1MY0A 3TDJA 3C36A 1OVTA 3HHFA 4F31B 1NL5A 4E0WA 4ZEKA 4I9DA 3FUZA 2VD3A 2BJJX 2ZMBA 3HSTA 4GIZA 4IO4A 4DXBA 3H03A 4OFOA 4U4XA 4O3AA 2HAVA 1GR2A 2RC9A 5TU0A 4N6PA 4ESXA 3RTFB 3E9XA 5F7VA 1IXHA 2F78A 1VR5A 3IORA 3FZVA 4OVJA 3T9HB 2XXXA 5DVIA 5H8SA 3T9UA 1MPBA 1RKMA 1URGA 5AA2A 1EZPA 2H25A 4U1ZA 3G3JA 4QFPA 1B1HA 4EQ9A 2DE4A 1IITA 1DTGA 3EHSA 4OEUA 2QS3A 4HS7A 2O7IA 4GLIA 3SDFA 4BDQA 1IXGA 3D4GA 1B7UA 1PBQA 2Y7PA 1F9BA 1S50A 2QS1A 5IAIA 3KG2A 4X9TA 3PUYE 4TLLB 2G93A 3O28A 4ZE8A 4G77A 1URDA 2WKYA 1ZTYA 1Z7ME 4H0WA 1SQYA 3PPRA 1D9VA 1M5DA 2E0SA 3G3FA 4TOZA 3RY3A 3B6WA 5CRYA 1ANFA 4JWYA 4PE5B 5DTBA 1RYOA 2XXUA 3PUXE 3TTNA 3U8QA 5I59A 5I84A 4BDNA 4JDFA 2XHDA 3TEPA 2THIA 4LZ8A 2UYEA 2P1SA 5M2VA 3ZKLA 3BFUA 4FORA 4ZECA 4LZ7A 1MQGA 2X7PA 3KOSA 3MVWA 1H3DA 2I3VA 1UTHB 1TFDA 1LFIA 1LFGA 4H67A 4THIA 4BDMA 4ESWA 1JVYA 5I58A 1JVXA 3A3CA 1POY1 1B3EA 3B6TA 3PU5A 3IB2A 4IB2A 2ZYOA 3DLNA 4H65A 2Q2AA 1DMBA 2ONKE 2FNCA 4ZZAA 2D21A 3VVFA 3K1NA 3G3KA 4OETA 1DTZA 4HW8A 3KN7A 3V5AA 2G29A 1J1NA 4ELQA 1MS7A 3E4RA 1FCKA 4OFJA 4Q30B 1MM7A 4EF1A 5JEIA 1IUDA 2V25A 2CMOA 3C9HA 4MH5A 2V93A 2GHBA 2W7YA 3PD8A 4YKJA 4F3BA 2DVCA 2NXOA 4DIGA 4I8CA 4BDLA 1B3HA 4PFUA 1IZ1A 1YAEA 1URSA 1JW5A 3CR9A 3O66A 4ISUA 4BLAA 1QUJA 4G68A 4IO6A 4MLVA 3L6GA 3OO8A 3TTLA 3CSGA 4Q8RA 3ONMA 2XXVA 4LVQA 5DVFA 5BWJA 3U93A 5FHOA 1R1NA 2UVHA 3TODA 4LONB 5KCJA 1OIBA 3KSJA 4ZEDA 1XVYA 4FJPA 4KCDA 3G3IA 1Y3PA 1SW1A 3GBBA 3QYTA 4XIGQ 4DDDA 3SERA 2NOOA 3GZGA 3S4UA 3MQ9A 2REJA 1XOCA 3TQLA 4O3BA 3RTWB 1M5EA 5I59B 4R9FA 3T96B 2O51A 2O7UA 3KSXA 2F8DA 5K2YA 5L9SA 2F36A 3QIMA 4F3GA 4KD5A 4F1YA 1T0KA 2AYSA 3F11A 1N3XA 4IO3A 4IY6A 4RK9A 4NEDA 3Q29A 3SESA 3K4UA 3TAJA 5H8FA 5DYHA 1WVJA 4IO7A 4OYVA 3H6WA 2HFBA 3R26A 3A09A 5H8HA 3VXBA 2Z8DA 5HBCA 3C31A 3LSWA 1Y20A 5IKBA 5AA2D 4U4SA 2XXHA 3OO9A 3QAXA 1FQFA 5CMCA 3RLFE 4NF4B 5EHSA 1N7WA 3PPPA 1IXCA 2AL4A 1MQJA 4R72A 3IJXB 4YKIA 2DXRA 3PMVA 1GV8A 2DWJA 5B70A 3UP9A 1WDNA 2DQVA 3QUFA 1BIYA 1B5IA 3FVOA 5AA2B 4G4PA 1I6AA 4ZEBA 3S9MC 2YJPA 2I6EA 4EF2A 3O9PA 1QUKA 1TWYA 5A5XA 1M5CA 2XXIA 4OTEA 3CSBA 3OELA 3QK6A 2ZNTA 3HO7A 4XKNA 4Z0IA 1GVCA 5L8DA 3CFLA 4KYEA 1PB9A 1NNKA 2DXYA 3LR1A 3MWBA 3SETA 5TPAB 3GBAA 2PYYA 2H5YA 1US4A 2KLFA 1P99A 3H4ZA 3IAZA 1A99A 1US5A 3MVXA 4RY1A 3OEKA 3VE1B 1ZIUA 1EZOA 2UXAA 3FXQA 1NFTA 2DOJA 3MP8A 2XX9A 3ILTB 2UVJA 2O1MA 5F1QA 2O6AA 1Y9UA 4OFLA 2DWAA 4TLMB 4ZEFA 2OCUA 2P0SA 3ECRA 1BKAA 2XX7A 3O6HA 4IO5A 3W9WA 4DCYA 3KOTA 3QSLA 4HTGA 1FTLA 3OXNA 1DPEA 3C32A 4UA8A 2QSXA 1NMUA 1Q1KA 2X26A 3KJ7A 4PQJA 4QFOA 3O2AA 3JZJA 1JETA 2ABHA 1R9QA 3HPIA 4LP2B 4O3CA 3RT6B 1MM6A 3R6UA 4U21A 1BP5A 4AB6A 1B7ZA 1B0HA 3OENA 1MH4A 4NF6A 4NF4A 1XHYA 1MQDA 2LAOA 5FHNA 3V83A 3DM0A 2HZLA 2RINA 4G8NA 5JTYB 3FATA 4PFTA 4YKKA 5ICTA 5DVJA 3FJ7A 3KGCA 2OWTA 4G2ZA 3IL1B 4C1TA 4QRZA 3N94A 3SKPA 1IQ7A 1FQBA 2D3IA 3VFJA 2R71A 4OEVA 2ZNSA 4N13A 1HSJA 2F7CA 2PMSA 3H06B 2M8CA 4X48A 1KWHA 3U94A 1OMPA 2DE3A 2REGA 5CBSA 2DWHA 3EHUA 3IOVA 3T9VA 1GGGA 3DP4A 4JXIA 4GWOA 3G3GA 5I2NA 3PUVE 4JWXA 3PPNA 4EXKA 2GHAA 4H5GA 4N07A 2Q9TA 3C35A 2ZYKA 5KDTB 1B40A 4NWDA 1B46A 3I3VA 5HPQA 5TPAA 1IIWA 3FIRA 4OHNA 4U23A 3FASA 1JEUA 3OOAA 4ELRA 2DS9A 3PPOA 1I6QA 1Y1MA 1Y4TA 1ATGA 1ZU0A 3FV1A 3FVGA 4JWOA 4K3FA 4ZS9A 2F34A 3TCHA 4QF9A 3W9VA 1XC1A 4WEPA 3FXUA 3VLVA 3LSXA 3S9NC 4F29A 3RN8A 1DPPA 3FV2A 1A40A 3IB1A 3N5LA 2A5TA 1AH5A 1HSEA 1LCFA 4HCYA 1UIVA 1LBCA 2QMWA 2OZZA 3TUSA 4R73A 3O29A 1PB8A 2QPQA 1O63A 3USDA 1B32A 1B9JA 4OMBA 4P0GA 3SEXA 3SEUA 3PV0E 3MPKA 4FEDA 1A7LA 2O68A 3WAEA 4GL8A 5H8QB 5K2XA 3MVYA 4FE8A 3RUMA 4G68B 3TFLA 1P1WA 3S9EA 5AA4B 4XXUA 3MZ1A 3FJGA 5DEXB 3K2DA 4DXCA 2O84X 3MBPA 4G8MA 4RNSA 4RPNA 5CM6A 3TTMA 2HXWA 4GRKA 4NF5A 3K6UA 4GD5A 3PMXA 4JB7A 3VVDA 1QJMA 4POWA 3MP6A 4IGRA 3FVNA 1L5TA 2NVUB 3PD9A 1N7XA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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