2H99A

Crystal structure of the effector binding domain of a benm variant (r156h,t157s)
Total Genus 71
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
71
sequence length
215
structure length
215
Chain Sequence
KTIRIGFVGSLLFGLLPRIIHLYRQAHPNLRIELYEMGTKAQTEALKEGRIDAGFGRLKISDPAIKHSLLRNERLMVAVHASHPLNQMKDKGVHLNDLIDEKILLYPSSPKPNFSTHVMNIFSDHGLEPTKINEVREVQLALGLVAAGEGISLVPASTQSIQLFNLSYVPLLDPDAITPIYIAVRNMEESTYIYSLYETIRQIYAYEGFTEPPNW
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transcription
source organism Acinetobacter sp.
publication title Inducer responses of BenM, a LysR-type transcriptional regulator from Acinetobacter baylyi ADP1.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HTH-type transcriptional regulator benM
total genus 71
structure length 215
sequence length 215
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-06-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00126 HTH_1 Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2h99A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2h99A02
3O6HA 3BKIB 2CZLA 2O1LA 3LC8A 4Z0IA 1USYE 5KDTA 1EU8A 3O6IA 3MPKA 5EHMA 3DP8A 2OWSA 4M4GA 2GFEA 4U1ZA 1BLFA 2V3TA 1QKAA 4LUBA 1P99A 3K02A 3RGYA 3C4MA 4P0IA 1NKXA 1A8EA 1FQDA 5ITOA 4AB5A 3MVYA 3G3KA 1BKAA 4G2ZA 1Y3PA 4X48A 4ZEKA 3SERA 4NF6A 3RTWB 4GQOA 2QSXA 3IO6A 2DWHA 2OZZA 1EH3A 2V84A 4QSDA 1KWHA 5I2NB 4RNSA 3D4CA 1JQFA 4KCCA 1ZIUA 1IXHA 2I4BA 5FTHA 2B65A 2I58A 2XXHA 3LSLA 2XD3A 3H4ZA 1Y4TA 2UVJA 3QUFA 4U4XA 4Q5TA 1LCFA 1PBQA 3AXFA 1B4HA 1MY0A 5AA3A 4EQ7A 4HTGA 1M5EA 1VE4A 3SEVA 1TT1A 3C9HA 1T0KA 2YJPA 3N6UA 3KJ7A 1EZOA 5TP9A 2UYFA 4ZZAA 3CSBA 3C36A 3QSLA 3CFZA 2HQ0A 4QFLA 4R73A 4OZ9A 4F3SA 1XS5A 4XKRA 4H67A 4TLLB 4RPOA 3OSQA 3VLUA 4KI0E 2PT2A 1A40A 1NL5A 1GTKA 3O9PA 3HHFA 4OERA 1EZPA 3T22A 3U1OA 1MQJA 1B9JA 1N7WA 1YCJA 3U94A 3ODBA 3SETA 3PMXA 3QYTA 1MS7A 4ND9A 2RCBA 2XXPA 2G29A 4F1VA 4F1YA 1MPBA 2I48A 2A5TB 1LAFE 3GLBA 4DDDA 1ZTYA 3HO7A 1H43A 3PPRA 3K1NA 4IO2A 4F18A 1B3GA 4OHNA 4E0XA 1FCKA 4C0RA 4F29A 1M5CA 5DTBA 2AYSA 4F3PA 1FTOA 3T66A 1PB9A 1ZBMA 3TDJA 1RYXA 3LR1A 2DYXA 5I2KA 3TFLA 4RK2A 5JK4A 2THIA 5AA2A 1RYOA 5FHMA 3M3FA 1MH3A 5CMBA 4RXLA 4JBZA 1TWYA 2Q2CA 4ZEIA 3FATA 2ONKE 4QHQA 4H65A 5DVJA 1SW5A 1B46A 1MXWA 4ONYA 1GR2A 2F5XA 4NEDA 1I6QA 1IZ1A 5I58B 4GWOA 4FIMA 1B1XA 1ELJA 4IO6A 2QS3A 2O84X 4POWA 3MUQA 1OVTA 2ONRA 2NOOA 1P1OA 4R72A 3OMBA 3FIRA 3MP8A 2YPNA 3KOTA 3H6UA 3FVGA 3IB0A 5IKBA 3HN0A 3K00A 3KN7A 4G68C 4ELOA 3T9VA 2YLNA 3M8UA 3VV5A 4G8NA 1SW4A 4LQ2A 3LBSA 3K0VA 4ZEBA 3T9XB 4G8HA 2V3UA 2ZNUA 2UXAA 5H8NA 4EDPA 3V5AA 1R6ZA 4NF4B 1FTJA 2Q2AA 4G4PA 3W9VA 2Z8DA 2DE2A 4O3AA 2XXVA 1B2HA 3TTRA 2DSFA 1MM7A 5I56B 1OQHA 3IOWA 4PFWA 3CI8A 3KN3A 4R2BA 1NNFA 1H3DA 3S9MC 4JWOA 3T9HB 4WEPA 5CRYA 2H25A 1M5FA 3E13X 1NH7A 4OEUA 5DVFA 1QVSA 4I1DA 3C32A 1NNTA 3K1MA 4F3GA 3TQWA 3H06B 1MXYA 2Y7WA 1R1NA 3RY3A 5AA4B 3Q26A 3FUZA 3R6UA 2E0SA 3THIA 3TTNA 1MXXA 4ZECA 2RF1A 3ONMA 4G68A 5A5XB 4MFIA 3SEXA 3MZBA 3TTKA 2DOJA 3FJMA 1FQCA 2ZMBA 1D9VA 3HHGA 4IO4A 1MQDA 3UORA 4KYSA 2I0BA 3H7MA 3MW0A 2PBWA 2O68A 2ALUA 2DP8A 3KFMA 1MG1A 3KGCA 2FYIA 4KHZE 4ZE8A 5H8FA 3RLFE 1ZKBA 1ZMGA 1JW5A 5L9MA 5AA1A 3C35A 3SEWA 1JW1A 2F7CA 3MBPA 1BP5A 1UTHB 1P1WA 3RT8A 3SKPA 2HXWA 4P0GA 1QUIA 2ESNA 4DCXA 2O7IA 1II5A 3CR9A 3RQTA 4PP0A 3Q28A 4FATA 1FTLA 3K6XA 3TTMA 4X9TA 3FXUA 3EHUA 4LP2B 4ECFA 1UIUA 2OCUA 3FZVA 3KBRA 3OD7A 3R7XA 3FGSA 3V83A 4LONB 4F1UA 4GXSB 2XXIA 1LAGE 1B32A 4YB6A 4ESXA 5I57B 2DE4A 2I0CA 4ELQA 5CBRA 4QSCA 1AL3A 1DMBA 1POTA 1SW2A 3H6WA 4OFJA 3LUYA 4RJZA 2H9BA 4DLDA 4DCYA 4OWDA 4TQUQ 1A8FA 4ISUA 2OJTA 5AA2B 1R9QA 4L17A 3IB2A 4ZDMA 1LLSA 4FEDA 4PFYA 2QL3A 2DS9A 4EUOA 2A5SA 1WVJA 3O28A 4GLIA 3EN3A 4YKKA 3S9NC 4IY6A 2O7UA 1ANFA 1TXFA 3G3IA 1N3XA 3MQ9A 5I59B 3MVZA 1B0HA 3OO6A 1LGBC 1LAHE 2PVUA 4M1VA 4N6PA 5TPAB 1DPEA 3IJXB 2P0SA 1P1QA 3TPAA 3U93A 2QRYA 3MP6A 1MDQA 3K6VA 2Q88A 4F2QA 2F34A 2VOZA 5H8QB 1JEUA 1FTMA 2Q89A 2Z8EA 1FW0A 1B3HA 3S2VA 5H8HB 3V89B 4XKNA 1N84A 4KCDA 2GRVA 3FV1A 3IAZA 3OELA 4H5GA 2LAOA 1QUJA 5H8NB 2UVHA 4ZZEA 2ONSA 3GBAA 1LFIA 1MPDA 4MF3A 3T9UA 1R9LA 2GH9A 1FQFA 3HPIA 3TMGA 2O6AA 2RC8A 4FAJA 3TCGA 4OENA 3KJTA 1EZ9A 1S9TA 4U22A 1YAEA 2X26A 1JETA 3TELA 2QS4A 1S50A 2HCAA 3TYHA 4I9DA 4OXVA 2GHAA 1O7TA 3N6TA 4IO7A 3M3KA 1PEBA 4BDLA 2NVUB 3TCFA 1L5TA 4OFOA 2RINA 1JEVA 2PYYA 1MQIA 2W7YA 1LAXA 3ZS6A 1ZU0A 3VLVA 1UIVA 3KG2A 4XXUA 3OENA 1VSOA 1DPPA 4H8IA 3EF7A 4RA1A 2X7PA 2REJA 1SBPA 1QW0A 2R71A 3S9LC 1SI0A 3L6GA 4EQBA 1XT8A 3CG1A 2H98A 4P11A 5L8DA 3D4GA 4H0WA 4R6HA 1GVCA 4ZEDA 4TLMB 3DP6A 2Y84A 3G3GA 4F39A 3CSGA 5CMCA 1B52A 4LA9A 3PPQA 1US5A 1B0LA 4RK9A 4NF8B 3Q27A 5KCJA 3CFLA 1YTVA 1UQWA 1Q1KA 5JTYB 3EHTA 2HEUA 3KOSA 5JEIA 1M5BA 3KEIA 1TFAA 2H4IA 2VD2A 4UA8A 4IO3A 5AA2D 4TOZA 5B7DA 4YMBA 4GIZA 1H45A 2ZYNA 2XD2A 1PC3A 5TU0A 4NF5A 4U4SA 2X7QA 3IK6B 1B58A 1A7LA 3MPLA 4FJPA 1MY3A 2PT1A 4R6KA 1LFHA 4U1OA 1URDA 5FHNA 4U2RA 3RNNA 1RKMA 4DXCA 3A09A 3EHSA 5ITPA 4R2FA 2RCAA 4HCYA 4QRZA 2ANJA 1US4A 3C33A 1SW1A 3T96B 1Y1ZA 4KQPA 4MBPA 1Y1MA 4R9GA 4QFKA 3MZ1A 4BDRA 1D9YA 4HCWA 3OO8A 1I6BA 2F36A 5KDTB 1BTJA 1NH8A 1N7XA 3DELB 2OLBA 2QPQA 3PUXE 3CFXA 2R6GE 3KSJA 1XVXA 1ZLQA 3PUZE 1LBBA 2GHBA 1MXVA 4GXAA 4R6YA 1TFDA 3PUVE 2F7AA 2F78A 5KZTA 3N5LA 2HZLA 1NNPA 1VFEA 4R74A 3B6WA 5L9OA 2F7BA 1DTZA 3FVOA 3TZAA 4BDOA 4I8CA 4JXIA 4NF6B 4YKJA 2IA4A 3K6UA 4OEVA 4POXA 3O66A 2FA7A 5K2XA 4IY5A 2R9JA 1FQAA 1IQ7A 4X1DA 2P2AA 2QMWA 4I62A 1USYH 1QJMA 3M3LA 1ZJLA 3OEKA 2PMSA 2NWJA 4JB7A 3W15C 1Z7ME 2Y7PA 2ABHA 2I3WA 3MJNA 1Y3NA 3K4UA 3SEYA 3A3CA 1Z7NE 3UN6A 4OMBA 1SD3A 5HM4B 2I6EA 3H03A 4QF9A 3PUYE 1FQBA 3GBBA 4EF2A 3E9XA 3IOVA 3OO9A 5TP9B 5B70A 5FTIA 3RN8A 4RYAA 2NXOA 2KLFA 5IAIA 1B7ZA 3PV0E 3O2AA 1F9BA 3FV2A 3HV1A 2I3VA 3TCHA 4BLAA 5I2NA 1IXGA 1Y4CA 3G3FA 1VFDA 4DXBA 5CI5A 2Z8FA 5DVIA 1Y20A 3U72A 3E4RA 3FXRA 1JW4A 4QFPA 1QULA 4N07A 5CMKA 4WXJA 3I3VA 3RUMA 4R9FA 4JDFA 5J1DA 1XC1A 4NMYA 4ZS9A 1AOVA 3ILTB 2DQVA 5I2KB 3GZGA 4WKMA 3B7DA 2OBGA 3MC2A 2Z22A 3PU5A 4R75A 3TUSA 2O69A 4YKIA 4BDQA 4ZE9A 3MVXA 4PQJA 4PETA 3IX1A 4THIA 1JVYA 1MRPA 2XXYA 3UA8A 3H6TA 4ELPA 2I4CA 1SVXB 2D3IA 1OLAA 1B3LA 2A5TA 1YPNA 3CVGA 1AIVA 4RPNA 1N76A 4JSDA 3FXQA 1LB9A 3BFUA 2XXTA 2NUVA 3VE1B 2O1MA 1NFTA 3CG3A 2Z23A 4LZ8A 1QUKA 5FHOA 2XX7A 3IOTA 4YICA 3ZSFA 2XX8A 4FE8A 3DLNA 1DTGA 1AMFA 4KYEA 4LZ7A 4IGTA 3IB1A 3KSXA 1URGA 1PB8A 3FVKA 1MXZA 1LSTA 4F3BA 4KPTA 2XXRA 4JSOA 4Q8RA 2QMXA 1PBPA 4O3CA 3RT6B 2Y7KA 3OO7A 3I6VA 3S9EA 2CMOA 2ZXTA 1OLCA 4OESA 5I58A 1HSLA 4HS7A 4IO5A 1O63A 3BFTA 4EF1A 4KYDA 3T93B 4GD5A 3PUWE 4ZEFA 3FJ7A 4RY1A 3K1PA 5DEXA 4U21A 3SDFA 3HCQA 1B40A 4O3BA 2M8CA 4PE5B 2DVCA 2BJJX 4G68B 5DYHA 3L6HA 1B05A 3DP4A 2WKYA 2XXXA 4LATA 1B3EA 2VP1A 3FJGA 4MLVA 5H8FB 1CE2A 2V25A 2XXQA 3O29A 3RPWA 4NE4A 4NF4A 4YKPA 3PD9A 4GOTA 2FNCA 1B5IA 1HSJA 5I56A 2P1SA 4JWXA 3FD3A 4OFLA 2HFBA 3F11A 1B5JA 1WDNA 1AH5A 2D5WA 2ZYOA 3IL1B 3PPNA 3OOAA 3K2DA 4ESWA 3Q29A 4KR5A 4K3FA 3ZKLA 5AA4A 2IEEA 3I5OA 1B4ZA 4GL0A 1IUDA 4FECA 3O6GA 4OVJA 3PPPA 1UTBA 1IEJA 3SESA 4YB7A 1D3KA 3O97A 1S7YA 5A5XA 5CMMA 1XOCA 3VDFA 1MY2A 4QFOA 4YMAA 1M5DA 2RC9A 3QK6A 2XX9A 2HZKA 3QXMA 3K01A 3V8XB 1Y3QA 3QIMA 1IITA 1P1NA 3USDA 2Y7RA 2OWTA 2F35A 2RC7A 2ZYKA 3G7WA 4BDMA 1UTHA 1FQEA 2UVGA 3C31A 1XVYA 5BUUA 5BWJA 3IOUA 2E1SA 5HPQA 3E3KA 1OIBA 2QS1A 2QJEA 3FASA 2VGQA 1ATGA 1DOTA 4DZ1A 4XKQA 4G77A 3S4UA 4OQOA 4LVQA 4XTCQ 5EHSA 3KZGA 2QS2A 4F31B 1A54A 1B7HA 3OEMA 4XIGQ 3EPEA 4GL8A 5I57A 4Q0CA 4OETA 1D4NA 2V93A 2AL4A 4XKPA 5L9SA 3VVFA 1XHYA 5ICQA 1GGGA 1IXCA 2DVZA 2F6GA 1QKBA 1A99A 1OQGA 4H6DA 5CBSA 1JNFA 3VXCA 2DWAA 2REGA 4EXKA 1PDAA 4X1BA 3TTLA 1GV8A 2HAVA 3VLWA 4NWDA 2F8DA 2AIXA 4FEBA 1MH4A 5I59A 3PPOA 2G93A 1N04A 4QSEA 1MQGA 2HAUA 5TPAA 1Y9UA 3IJOB 3VFJA 3MWBA 3CIJA 1SDXA 2PX1A 3LSXA 3PMWA 4HW8A 1B6HA 1J1NA 4IB2A 2Q8JA 5DEXB 2XXWA 5H8QA 4LZ5A 3N94A 5ELVA 3WAFA 1VR5A 3UP9A 1B1HA 1SI1A 1OMPA 1MY4A 5H8HA 5HBCA 4NTLA 5AE4A 1WODA 4F2OA 3W9WA 1I69A 3FVNA 1H76A 4H5FA 3UGWA 3GXAA 4KD5A 4UACA 3TKDA 2H99A 2DXYA 1POY1 2UVIA 1MPCA 3CRBA 3JV9A 1A55A 3OSRA 1URSA 1FTKA 2VD3A 3P7IA 3KN8A 4GVOA 1Q35A 2ZNTA 3K6WA 1B51A 1LB8A 2D21A 4N13A 1IIWA 4DE8A 4OTEA 3LSWA 3QAXA 3U92A 2DWJA 3MP1A 4Q30B 3UK4A 3A3UA 3PD8A 1MQHA 3RTFB 2V3QA 4YU0A 3TEPA 1BIYA 4C1TA 1UTBB 2O51A 4LQ5A 4DXUA 2DXRA 5KCJB 4OYVA 1O64A 1SYIA 3VVDA 1SQYA 3VXBA 5EYFA 4AB6A 2VHAA 3MZ9A 4WEDA 1P1UA 5ICTA 3ILUB 5ISUA 4PFTA 3MAMA 4F22A 1LCTA 1MXUA 3UIFA 5M2VA 1H44A 1IXIA 4JWYA 2DE3A 5DT6A 4YAHX 2DWIA 1N0TA 4GFRA 4EQ9A 2AL5A 4IGRA 4NF5B 3TAJA 4NWCA 1DSNA 4KFQA 3ECRA 1N3WA 3IO4A 1NMUA 5F7VA 3BBRA 3H6VA 3TODA 4BDNA 4U23A 3Q25A 1NNKA 2H5YA 4H1XA 4F19A 3EQ1A 1HSEA 2Y7IA 3ZKKA 3G3HA 3JZJA 4FORA 4EXLA 3QUJA 5K2YA 3WAEA 1OVBA 5F1QA 4DIGA 3B6QA 4NF8A 5LOMA 1B7UA 4YB5A 2OK2A 2F97A 1CB6A 5JTYA 5I84A 3JYRA 4YZZA 2B3BA 4AQ4A 3MVWA 1MM6A 5H8SA 3H3GA 2I49A 1JVXA 5CC2A 1MDP1 2XHDA 2UYEA 3N26A 1MY1A 3G3JA 3VVEA 4C1UA 4G8MA 3PMVA 4QFNA 1LFGA 3HSTA 4MLQA 3IORA 1PB7A 2RKMA 1I6AA 1B5HA 3DM0A 2XXUA 4Z7EA 2Q9TA 3C34A 1SYHA 3B6TA 4ELRA 4H8JA 3LSFB 1B3FA 3R26A 4PFUA 2B3FA 3TQLA 3OXNA 3SEUA 4GRKA 2ZYMA 4MH5A 3U8QA 3IR1A 3PGFA 1LBCA 4GF8A 2ZNSA 5CM6A 4E0WA 2F6PA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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