2DWAA

Structure of the complex of lactoferrin c-terminal half with fucose at 2.07 a resolution
Total Genus 110
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
110
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Metal binding protein
publication title Structure of the complex of lactoferrin C-terminal half with fucose at 2.07 A resolution
rcsb
molecule keywords Lactotransferrin
total genus 110
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-08-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2dwaA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2dwaA02
5CI5A 3UK4A 3CVGA 1B0LA 2P0SA 5I58B 5ICQA 1B58A 2R71A 4TLMB 4RA1A 3IB0A 4PFYA 2NOOA 2XXHA 1IXIA 4O3BA 1GVCA 1AMFA 4IO7A 2WKYA 3SETA 5KCJB 3T22A 4YMAA 4EF2A 4GFRA 4NF6A 3LBSA 4F3GA 4EXKA 4R6YA 3U72A 3KJ7A 4F19A 4KFQA 4AB5A 3EPEA 3VFJA 1NNTA 4BDOA 4YZZA 1OLAA 1LB9A 4ZZAA 3DP8A 3T66A 1B5IA 4KPTA 1FTLA 1QUKA 5BWJA 2PT2A 2Q8JA 3HO7A 1DPPA 1UIUA 4POXA 3TMGA 3TPAA 4P0IA 3L6HA 1TT1A 1B32A 3TTKA 5BUUA 1SDXA 3ZSFA 4LZ8A 1JEUA 3I5OA 4OYVA 3CI8A 1B4ZA 3IOUA 1Y9UA 2HXWA 3O29A 3HSTA 4MLVA 4KYSA 1XHYA 4N6PA 1M5DA 2HCAA 4XKPA 4NF8A 3C31A 3FVNA 2O51A 3MPLA 3V83A 4FE8A 4F31B 5ELVA 4G8NA 2XXPA 3VE1B 4PE5B 3IO4A 1FTKA 3IOWA 3I3VA 3ZS6A 3TTLA 2CMOA 3TTRA 2Q9TA 3PPOA 4ISUA 4Q30B 2ABHA 4U4SA 3USDA 3PGFA 2Z23A 1PB9A 2CZLA 3K6VA 3HHGA 1BLFA 3U1OA 1MXVA 2XXWA 1LAGE 1AIVA 4THIA 3MW0A 2FYIA 3OSRA 3KN8A 1P1QA 2RKMA 2PX1A 3V5AA 3BFUA 3RTWB 2QS2A 3CSBA 3TYHA 5CBRA 5IKBA 4RJZA 4HCWA 2UYFA 4F2QA 1LFIA 1S7YA 5AA2A 4LVQA 3A09A 3MPKA 1MPDA 3N6TA 4ECFA 2D5WA 3N26A 4RK2A 1DMBA 5ICTA 1USYH 3CG3A 1R1NA 4IY6A 3F11A 5I2KB 1CE2A 1BTJA 2RC9A 2THIA 4KI0E 4ELRA 1UQWA 1GR2A 4IO4A 2UXAA 2VP1A 4H6DA 1B0HA 2O7IA 2A5SA 5ITOA 2HFBA 4X1DA 1LFGA 1AH5A 3A3UA 2UVIA 3EN3A 1LBCA 2OLBA 3W15C 3LSLA 5ITPA 2OCUA 2IA4A 3S4UA 1H76A 3RTFB 1A55A 4H1XA 4DLDA 4QSDA 2H9BA 5H8FA 4JWYA 4H8JA 3KEIA 4BLAA 2Q2AA 3K02A 1UIVA 2HQ0A 2F7BA 3DLNA 4GQOA 3K6UA 5JK4A 4QFKA 1JW4A 3T9XB 4F1UA 2AYSA 3HHFA 2D21A 2LAOA 1P1UA 2Z22A 1MQJA 3K1NA 2RCBA 3O97A 2PVUA 4GD5A 1B5HA 4H5FA 5I59B 4GRKA 4G8HA 1VFDA 1P1WA 1IZ1A 5CMKA 1H43A 4QFOA 3MZ1A 3UIFA 1OQHA 2X7PA 2XX8A 4OHNA 3JZJA 2F97A 5I84A 2QS1A 2PMSA 5CRYA 3MP8A 2AL5A 1MH3A 1ZJLA 4C1TA 4DIGA 1MY0A 3SEXA 2XD3A 4U23A 4H5GA 5K2XA 2XHDA 3E4RA 3SEVA 4NF4B 5TP9B 2O1MA 3QUJA 5JTYA 3Q26A 4MLQA 1B1XA 2P2AA 4QHQA 3DP4A 1JVYA 2F6GA 4X1BA 5AA3A 4H8IA 2ZMBA 3LR1A 2XXUA 1B7ZA 2I58A 3IK6B 5H8QA 4FEBA 2DVZA 2RC8A 2Q88A 5AE4A 1NNPA 4O3AA 3BFTA 5H8NB 1QULA 1M5EA 1FTJA 3TAJA 3O66A 3RN8A 5CMBA 5TPAA 3K1PA 3TEPA 2REJA 5CMMA 1TFAA 3GZGA 3MQ9A 3PUZE 2PYYA 4H0WA 1IUDA 4GXSB 3H03A 3PMXA 1MXZA 2QMXA 1DSNA 4BDNA 4C1UA 3IJXB 2H5YA 1JQFA 3O6IA 2M8CA 3SKPA 3MZ9A 4OWDA 3M3KA 1FQEA 3R26A 1FCKA 4PFTA 1SI1A 4G68C 2NUVA 1GTKA 3R6UA 2I4BA 1HSLA 4PQJA 3VXBA 2QS4A 4U22A 3LUYA 3QSLA 2R9JA 2O1LA 1MQHA 1RYXA 1XVYA 3OOAA 4F2OA 3ILTB 2ONRA 3G3GA 3H3GA 1T0KA 4DCYA 4OFLA 2XXIA 4FATA 3CRBA 4YAHX 1N3XA 3FVGA 1FQCA 3PV0E 3OO6A 4XIGQ 3K0VA 5KDTB 1NNKA 1MG1A 1B52A 3H6UA 4POWA 3T9VA 3U92A 1SI0A 4FEDA 3SEUA 4ESWA 1LAHE 4K3FA 4R9FA 1JNFA 1SW4A 1OQGA 2ZNTA 2IEEA 3EF7A 4ZEBA 1DPEA 1B3HA 4GXAA 4FJPA 1MM6A 3MC2A 4NF5B 2VOZA 2F7AA 4H65A 1QUIA 1FQAA 4QFPA 3B6QA 4TQUQ 4JSOA 5I56B 3V89B 5DVIA 4GIZA 3H06B 3OO8A 4DDDA 3IR1A 1LCFA 2E0SA 3OSQA 1NNFA 3RNNA 3IX1A 4G68A 2ZNSA 5IAIA 4FAJA 2RINA 1PBQA 3O6HA 1TFDA 3V8XB 2I6EA 4NEDA 5FTHA 1A99A 3PPPA 4RK9A 1M5CA 1OVTA 4YKPA 1VE4A 4R73A 4Q8RA 3FASA 3I6VA 1OMPA 4MF3A 3JYRA 1PB7A 5EHMA 3T9HB 2X7QA 2ZYOA 1SYIA 1P1NA 2F5XA 2DS9A 1JVXA 5H8SA 1ATGA 1HSEA 1ZMGA 1Q35A 5DVJA 5FHOA 3TELA 1B3LA 2REGA 1AL3A 4YICA 2RF1A 4R75A 1Y3PA 1LFHA 5I57B 4U1ZA 1LB8A 3VVEA 1JEVA 1MXYA 2OK2A 1VFEA 4EDPA 1B51A 5AA1A 3R7XA 2QJEA 3RPWA 3GBAA 4GWOA 4EF1A 1H3DA 2I0CA 1B5JA 1GV8A 5HBCA 3OELA 3KFMA 1RKMA 5H8HA 2VD3A 2HZKA 4OFOA 1PC3A 4WEDA 3PUXE 2DE3A 2FA7A 4EXLA 4PETA 5A5XA 1FW0A 2PT1A 3MZBA 4BDRA 2QSXA 1MM7A 1J1NA 4GLIA 3N6UA 3RLFE 2W7YA 3MUQA 2VD2A 2NWJA 1ZBMA 2I0BA 3PUWE 4R74A 1D3KA 4N07A 5TU0A 4F22A 1OIBA 5L9OA 3OO7A 2O68A 2XD2A 3IB1A 1MS7A 2F78A 4QSEA 3G3IA 2R6GE 1II5A 1BIYA 4YB5A 4DXUA 3VDFA 2ZYKA 1SVXB 2HEUA 3KSJA 1IITA 3IOTA 2H4IA 1MQDA 1M5FA 4EQBA 3W9VA 1TXFA 1SBPA 4LZ5A 2YLNA 5DYHA 1MPCA 4OMBA 1DOTA 3KN3A 1SW1A 2ONSA 1I6AA 5L9MA 3P7IA 5HPQA 1YCJA 1MY2A 4ZE9A 1Z7ME 2A5TA 4WEPA 3FXUA 4ZECA 1ZKBA 3S9MC 4WKMA 5FHNA 3LSWA 3MVWA 3CFLA 3OEKA 4ESXA 3UORA 1LCTA 2DSFA 3TDJA 1JETA 4JBZA 4GF8A 1RYOA 5DVFA 1POTA 1DTZA 4IY5A 1Z7NE 2Q2CA 1I6QA 3ODBA 3DELB 4DXCA 3U94A 2XXQA 4JDFA 1B40A 3K6WA 4G8MA 3MWBA 3C34A 2GHBA 2V25A 3N5LA 1QKAA 1S50A 5CM6A 1PEBA 5HM4B 1UTHA 3K00A 3A3CA 3D4CA 2QMWA 1LAXA 3IJOB 3QAXA 2PBWA 3PUYE 4HS7A 1ZU0A 4QFLA 4MFIA 1SD3A 5F1QA 3CR9A 1LSTA 3LC8A 4F3SA 4ZEFA 4FORA 1UTBA 1NMUA 3KN7A 3ECRA 5J1DA 3RY3A 1SQYA 2ZXTA 5AA4A 3KZGA 4BDQA 4OFJA 4ZEDA 4IO5A 2H25A 1NFTA 1Y20A 1N04A 5CC2A 4ELPA 3E3KA 3VVFA 2DWIA 3UN6A 3QK6A 4LQ5A 4YB6A 5I2NB 3U93A 2I48A 2YPNA 1QW0A 3Q25A 4DZ1A 1LLSA 3B6TA 1B3FA 5H8FB 1OLCA 1N7XA 4F29A 1A40A 4Q5TA 2XXYA 2ZYMA 2F36A 1IQ7A 2X26A 4ND9A 4MH5A 4JWOA 1FTMA 3MP6A 3VVDA 4TOZA 3VV5A 2FNCA 5L8DA 2OZZA 4OQOA 4OVJA 4ZDMA 4U2RA 4IGRA 3KOTA 1MY4A 1N76A 4PFUA 1N3WA 4U4XA 2F6PA 3DM0A 4M4GA 4R6KA 1MRPA 1ANFA 3FXQA 2DWAA 1EZPA 3K2DA 1KWHA 3ZKLA 1A8FA 3O9PA 3VLWA 1B1HA 1S9TA 4G4PA 5I58A 1Y1MA 3AXFA 3FJGA 2V93A 2VGQA 1POY1 1NKXA 1I69A 1B2HA 2DOJA 5KCJA 3U8QA 2HAUA 3HV1A 1MDQA 5KZTA 1EZ9A 3H6WA 1GGGA 3G3FA 1AOVA 4MBPA 3ZKKA 5JTYB 3RGYA 2ONKE 1ZLQA 2HZLA 2DWHA 2DXRA 2H99A 1VR5A 2Z8DA 2DXYA 1MXXA 1Q1KA 3T93B 4OTEA 3OO9A 4GVOA 2D3IA 2GRVA 5H8QB 2G93A 3FUZA 3KG2A 4G2ZA 5I57A 3FVOA 4HCYA 1O63A 1SW2A 4FECA 1URGA 4P11A 3FATA 3L6GA 2QS3A 4F39A 1B4HA 1MXWA 5TPAB 3UGWA 3OD7A 1Y4TA 4TLLB 3M3LA 3PMWA 1PB8A 4AB6A 2ANJA 3HCQA 1N7WA 1MY3A 2Y7RA 1B6HA 3OEMA 2AL4A 4JWXA 1Y1ZA 2F35A 2Q89A 4LUBA 1P99A 3BBRA 4I8CA 4OEUA 3S9EA 4R2FA 4GL8A 2H98A 4HTGA 3RUMA 1Y3QA 3E9XA 3KSXA 3PUVE 2UYEA 3QIMA 3KOSA 5DT6A 3EHTA 3SEYA 3H7MA 3FVKA 3LSFB 3ONMA 1B9JA 4RXLA 1SYHA 3DP6A 4DXBA 2XXVA 3SERA 1BP5A 4RYAA 5M2VA 1MQGA 2DVCA 4E0WA 5DEXB 3B7DA 2DP8A 3TFLA 4NMYA 1SW5A 3OXNA 4LZ7A 4ZZEA 4DE8A 1XVXA 2DE2A 4FIMA 2VHAA 4XKRA 2O69A 4IGTA 5I2KA 1JW1A 2UVJA 4KD5A 3IAZA 3TUSA 2NVUB 4EQ9A 3RT8A 1LAFE 3KGCA 4LQ2A 2GH9A 4YB7A 1TWYA 5ISUA 5B70A 4XTCQ 3FJ7A 2E1SA 2DWJA 2V84A 4F1YA 3O28A 3IORA 3RT6B 2Y7IA 5FTIA 2BJJX 3C9HA 3QXMA 3Q28A 1M5BA 1WODA 4XKQA 1URSA 2P1SA 1XT8A 4Q0CA 2QRYA 1A54A 3TZAA 4RPOA 2QL3A 3M8UA 3CFXA 4WXJA 3TCHA 5AA2D 1B3GA 3W9WA 4F3BA 3KBRA 1YTVA 4N13A 4R72A 3THIA 4KHZE 1YPNA 4G68B 3MVZA 3GXAA 3B6WA 3TCGA 3FV2A 2RC7A 4LATA 3HPIA 3UA8A 3C4MA 1IIWA 4NF6B 3K1MA 3CSGA 4GOTA 4R9GA 2UVGA 3TODA 2ESNA 3T9UA 2RCAA 3M3FA 2XXXA 3GBBA 5I59A 1ZTYA 4Z0IA 5L9SA 4IO6A 3K4UA 3QYTA 2UVHA 1EU8A 1D4NA 1QKBA 3Q29A 2Y7WA 3TQWA 4QF9A 1P1OA 3SDFA 3WAEA 4IB2A 2G29A 1B3EA 3IB2A 3CFZA 1PDAA 1IEJA 3IOVA 4LONB 1B46A 1MDP1 1US5A 3PPNA 1MPBA 2Y7PA 3BKIB 4YU0A 1FQFA 5B7DA 3FJMA 3EHUA 3K01A 2XXTA 4NF4A 5TP9A 4X9TA 4NF8B 4OERA 4I1DA 5JEIA 3PU5A 4F1VA 1F9BA 3TQLA 1CB6A 2O7UA 4JB7A 1H44A 4OENA 5LOMA 4G77A 4EQ7A 5H8HB 2V3QA 5I2NA 3FXRA 1H45A 1HSJA 2O84X 4JSDA 5A5XB 3CG1A 3S2VA 3S9NC 5H8NA 1MY1A 4QFNA 3HN0A 3K6XA 3TTMA 3D4GA 1MH4A 3EHSA 4ONYA 3UP9A 1MXUA 1QJMA 3SEWA 1A8EA 2Z8EA 2KLFA 2GFEA 1QVSA 1LBBA 3MAMA 3MVXA 5F7VA 1R6ZA 1EZOA 1Y4CA 3QUFA 2XXRA 1US4A 4RY1A 2DQVA 4OEVA 2I3VA 3KJTA 4QSCA 4KCDA 2F7CA 5AA2B 2QPQA 1IXCA 2F8DA 1LGBC 4OETA 2V3UA 2I49A 2ZNUA 1BKAA 4RNSA 3H4ZA 2OWTA 4KYDA 4X48A 2OBGA 4IO3A 5CMCA 3PD9A 2YJPA 1XC1A 4ELOA 4M1VA 4YMBA 1URDA 3ILUB 4I62A 4DCXA 3JV9A 3H6TA 4PFWA 3RQTA 5K2YA 4AQ4A 4F3PA 3T96B 2B3FA 2A5TB 1B7UA 1O7TA 3EQ1A 3IO6A 3N94A 1QUJA 1DTGA 3OENA 3VLUA 3C32A 2ALUA 3FZVA 4L17A 3C35A 4XXUA 3CIJA 1A7LA 1D9VA 4KR5A 1EH3A 3G3JA 1ELJA 3C33A 5KDTA 2F34A 1O64A 2XX9A 4IO2A 4HW8A 4O3CA 3O2AA 3FGSA 4ZE8A 3G3KA 3TKDA 4UACA 1FQDA 4OZ9A 2B3BA 1Y3NA 1ZIUA 1YAEA 3VLVA 5CBSA 2DYXA 4EUOA 4P0GA 4OESA 4KCCA 1D9YA 4NF5A 4R6HA 4U21A 1UTHB 1L5TA 3FIRA 1FTOA 1JW5A 3WAFA 3PD8A 3G7WA 3PPRA 3MBPA 5I56A 4LA9A 4NWCA 2Y84A 3MJNA 4NTLA 1PBPA 4OXVA 2B65A 4C0RA 1B7HA 1USYE 2AIXA 1IXGA 3C36A 3OMBA 4F18A 4ELQA 4XKNA 3FV1A 1UTBB 2HAVA 4LP2B 4YKIA 4I9DA 1NH7A 3H6VA 5FHMA 1WDNA 3FD3A 1MQIA 5AA4B 4R2BA 3Q27A 4QRZA 1IXHA 4Z7EA 4KYEA 3LSXA 4UA8A 4ZEKA 1B05A 4BDMA 4ZEIA 3SESA 1N84A 5DEXA 4BDLA 4PP0A 4NWDA 4KQPA 1N0TA 2Y7KA 5DTBA 2I4CA 4U1OA 3S9LC 3MP1A 1NH8A 2NXOA 3E13X 4YKJA 3G3HA 4ZS9A 1I6BA 1VSOA 1NL5A 3IL1B 4RPNA 3TTNA 4JXIA 2O6AA 3VXCA 1R9QA 4E0XA 1R9LA 3MVYA 3GLBA 1FQBA 1OVBA 2V3TA 2ZYNA 2GHAA 3O6GA 2XX7A 4NE4A 3TCFA 3PMVA 1XOCA 4YKKA 2Z8FA 5EHSA 2DE4A 4GL0A 2OJTA 1WVJA 3PPQA 4H67A 2I3WA 5EYFA 2OWSA 1XS5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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