2DWAA

Structure of the complex of lactoferrin c-terminal half with fucose at 2.07 a resolution
Total Genus 110
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
110
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure of the complex of lactoferrin C-terminal half with fucose at 2.07 A resolution
rcsb
molecule tags Metal binding protein
molecule keywords Lactotransferrin
total genus 110
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-08-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2dwaA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2dwaA02
1LSTA 3TQWA 3CVGA 3FV2A 3QK6A 4GVOA 3HHFA 5DVJA 4BDQA 3WAEA 3N6TA 4KR5A 3MP8A 4H0WA 4N13A 3V8XB 3HCQA 5TPAB 3MVYA 3OSRA 2Y7IA 4GF8A 2HXWA 1LAHE 2Y7RA 4HCYA 2A5SA 4ZZAA 3TCFA 2O7IA 3TMGA 4ELQA 2RKMA 3B6WA 2ZMBA 4X9TA 3UK4A 4EDPA 4YAHX 2Q89A 3K6WA 4POWA 4Q0CA 4ECFA 1SBPA 3SESA 2ZYNA 3FJMA 5F1QA 1AOVA 2I6EA 3ZS6A 4E0WA 4F19A 4NF5B 3MC2A 1XVYA 1UIVA 3PD8A 1B4ZA 2O51A 3TPAA 1QUKA 1LBCA 1IXGA 4NF6B 2BJJX 3K02A 4GXAA 3KN3A 4K3FA 3W9WA 4ZEDA 4G77A 1MRPA 1N84A 1XT8A 4OFOA 3UA8A 1I6AA 1LCFA 1BTJA 5TP9A 3VXBA 5I59B 1PBQA 3KSJA 4R74A 1R9LA 2GHAA 3CG3A 3A3CA 3O97A 3OO7A 1PB9A 3P7IA 3JYRA 1CE2A 3LC8A 3OO8A 4X48A 2XXYA 4G4PA 4LZ8A 1GTKA 2RC9A 3T9XB 3DP8A 1F9BA 4HW8A 3VLWA 2D21A 5B70A 2Q9TA 3OOAA 1B5JA 4JBZA 4GXSB 1N3WA 2YJPA 2OK2A 1NFTA 4RNSA 4LQ2A 2GFEA 2DQVA 2XXQA 3C33A 4TLLB 3T96B 3TCHA 1MPBA 3O28A 1FQEA 1M5CA 1URDA 2DE4A 3M3FA 4UACA 2PVUA 2XXRA 3OO6A 3LSWA 1Z7ME 3MPKA 3QUFA 4NF4A 4P11A 4Q30B 3PPRA 1DMBA 1FTMA 2I0CA 2ONKE 2PYYA 5CM6A 3FD3A 4F2QA 3FXRA 3K6UA 3PD9A 2O84X 3H6UA 1OQHA 4R6HA 3S4UA 4THIA 5FHMA 3N26A 4MLQA 1ZIUA 3CFXA 1FQDA 2I49A 3SEYA 4JWXA 3Q27A 1Y20A 2NUVA 3N5LA 3O6IA 4GRKA 1JNFA 5I2KA 1M5FA 1XC1A 1MH4A 3ILTB 2UXAA 1DSNA 3FVKA 5DVFA 3EN3A 1SW5A 4RXLA 1B3EA 4WXJA 2O1LA 1T0KA 1MY1A 2QS2A 3T22A 1BKAA 1N7WA 2LAOA 3T93B 4AB5A 3DELB 4JSOA 1B3HA 3TODA 4ZEIA 3W9VA 5IAIA 2UVHA 3E9XA 2HAUA 1EH3A 1SI1A 3PMVA 1RYOA 3LSFB 3H4ZA 1MXVA 5F7VA 1ZLQA 2ANJA 1DPPA 1Y9UA 2HZLA 5A5XB 4JB7A 1H43A 3HN0A 4IO2A 5H8QB 5KZTA 1MXZA 1B7HA 2AIXA 4X1DA 3FATA 5TPAA 5H8NB 3IJXB 4KYDA 4DLDA 5JTYA 1Y3PA 2W7YA 3ZSFA 3KOSA 4I1DA 5H8HB 4OESA 4OEUA 2B3FA 3MVWA 1B46A 1FQFA 2PMSA 1H45A 4OVJA 4F1VA 3HSTA 1IUDA 3HHGA 1LBBA 4LZ7A 1N7XA 3C9HA 1YAEA 2ZNTA 2V3UA 4MLVA 4F3GA 3Q26A 1TFDA 2H99A 4Z0IA 2V84A 1MY2A 3EQ1A 4PETA 3WAFA 4C1UA 5FHOA 3RGYA 4PFWA 5L9MA 1DOTA 4GIZA 2QRYA 3KSXA 4F1YA 2F35A 1M5EA 3V89B 1HSEA 4O3CA 1P1UA 2RC7A 3SEXA 4I62A 2F34A 4RA1A 2Y7PA 3C35A 3CR9A 3K4UA 3MW0A 4GWOA 4RY1A 3U8QA 5AA4B 4LONB 1I69A 2O6AA 1R6ZA 3C36A 3H3GA 1B0LA 4QFLA 3VDFA 3VLVA 4F1UA 3EPEA 4NF8A 3S9EA 4Q8RA 4EF1A 2GRVA 4H8IA 4NE4A 2XX9A 4QRZA 2E1SA 1QKBA 3RT8A 2VHAA 3IB2A 1IXIA 3Q29A 4NMYA 1KWHA 3T9HB 2X26A 5HPQA 3K01A 1FTOA 1JETA 4FORA 4EUOA 4F31B 4BLAA 3CI8A 3I5OA 4DE8A 1B3LA 3E4RA 3G3FA 2H4IA 4U23A 4F18A 1Y4TA 1IXHA 1ELJA 4ELOA 2E0SA 1GVCA 1O64A 1MXWA 3IORA 3EF7A 3V83A 4KFQA 1B51A 3HO7A 2XXIA 1MXYA 4MFIA 4DIGA 4H67A 1LAFE 3G7WA 3G3IA 5I56A 4ZZEA 5H8FA 4GL8A 3U93A 1QJMA 3C4MA 1I6BA 5A5XA 5L8DA 4G68A 4U4XA 1B4HA 1XHYA 3U72A 5LOMA 1P99A 3OD7A 1MQIA 1MG1A 2CMOA 2KLFA 1FQAA 3L6HA 1LFHA 3C32A 2B65A 2ZYKA 3O2AA 2Z23A 4EQ7A 1MPCA 3KJTA 2XD3A 4C1TA 5I58B 5DEXA 3M3KA 1MS7A 1HSLA 4KCDA 4NWCA 2B3BA 2UVJA 1UTBA 3DLNA 2NXOA 5DVIA 1LAXA 4G68B 2X7QA 4DXCA 4RK2A 2WKYA 2XXPA 1ATGA 3DM0A 1FTKA 1M5DA 1FTJA 3MZ1A 3H6TA 4MBPA 2VOZA 1OLAA 2QS1A 3M8UA 4P0GA 5ISUA 1B40A 3K00A 4F22A 1PBPA 4TOZA 4R2FA 1QW0A 1OQGA 3LSXA 1XS5A 3SDFA 1B9JA 2ESNA 4M4GA 3MAMA 4GFRA 5H8NA 3SETA 4XTCQ 1ZMGA 2Z8EA 4OMBA 2DSFA 2VD2A 2I4BA 1ZTYA 2P2AA 1LFGA 1S7YA 3VXCA 5CRYA 5ICQA 3KG2A 2FYIA 3MZ9A 4EF2A 3LSLA 3R6UA 3GXAA 2ONRA 4R2BA 1USYH 4RYAA 3IK6B 2XX8A 4H6DA 3MVZA 3KN8A 4HCWA 4LATA 1SW4A 2D3IA 4H65A 5I84A 4FJPA 2H25A 2XXWA 1QUJA 1A7LA 5EHMA 2P0SA 4ZE8A 3IL1B 1Y3QA 3L6GA 5DTBA 2DWHA 2F7BA 2HQ0A 3CFLA 1PDAA 1EZOA 3MQ9A 4F39A 3K1MA 4OFJA 3UGWA 4ESWA 3TTMA 1B1HA 2Q2AA 5K2XA 3GZGA 4QSCA 3R26A 2I0BA 3GBBA 3K6XA 3IR1A 3RY3A 3IJOB 4YB5A 4YMBA 4OXVA 1NL5A 4BDLA 4BDMA 1RKMA 4F3PA 1N3XA 3PV0E 1US4A 4XIGQ 3FASA 4NF4B 1POTA 1B52A 3RN8A 5I57B 3MWBA 4GOTA 1OVBA 1NNFA 1MH3A 2F97A 2PT2A 3VVEA 4FATA 3IO6A 1VR5A 4LVQA 3G3HA 5CMBA 3RTWB 3TFLA 3KN7A 3E3KA 3FVNA 2Q2CA 2F5XA 5HBCA 1TFAA 2XX7A 4ZECA 3EHUA 1ANFA 1NNTA 3H06B 1OIBA 1SI0A 3KGCA 4XKRA 1B3GA 3T66A 3JV9A 4KYEA 4OHNA 3B6TA 1IQ7A 2I3WA 2F78A 4ND9A 5BWJA 5AA2A 2RCBA 1QKAA 2O69A 3EHSA 4PQJA 3THIA 3BBRA 4FECA 4WEDA 3USDA 3D4CA 4OQOA 3LUYA 2DYXA 4PFYA 3PUVE 3LBSA 3U94A 2F8DA 1USYE 2ABHA 3CSBA 3OO9A 4FE8A 1B6HA 4LQ5A 5FHNA 5I59A 1P1OA 2O68A 1Z7NE 4IO6A 2F6PA 2QJEA 2DVCA 1CB6A 4YICA 3R7XA 2AYSA 3CRBA 2GHBA 3DP6A 1N76A 1VFEA 2IEEA 3PPOA 1QUIA 2UVIA 3FJGA 3QIMA 3T9UA 4BDNA 3PPPA 3V5AA 3PUYE 1JW4A 5K2YA 1B7UA 2DOJA 2I3VA 2FNCA 4YMAA 2QMXA 5J1DA 4GQOA 2UVGA 4KI0E 1EZPA 3RLFE 1TWYA 4NF8B 4E0XA 4JWOA 1ZU0A 2P1SA 4MH5A 3VV5A 3TEPA 2OCUA 4OEVA 1MQGA 4P0IA 4OTEA 1MQHA 4YB7A 2R9JA 1MDQA 4YU0A 4RPNA 1O63A 5BUUA 4QSEA 4ZEBA 1Q1KA 4ESXA 1ZBMA 2H9BA 3O9PA 4Q5TA 1AMFA 3GLBA 5H8HA 2ALUA 3W15C 5I2NB 1L5TA 4U22A 1SQYA 2XXUA 3SERA 3ODBA 4HS7A 4QFOA 1DTZA 4R72A 1P1QA 1NMUA 1PB8A 1Y1ZA 5H8QA 4DCXA 5AA3A 2VP1A 5CMCA 4F2OA 1Y4CA 5H8SA 3K6VA 3B6QA 3GBAA 1A99A 1LFIA 4WEPA 3FGSA 3OEKA 2HFBA 2ZXTA 4JSDA 2V93A 3FZVA 3TTKA 3TZAA 1YCJA 4N6PA 2I4CA 3RT6B 5JEIA 1WDNA 3KJ7A 4R6KA 1AH5A 1B3FA 1UTHA 4H5GA 1YTVA 3T9VA 1TXFA 3TTRA 5ICTA 4NTLA 3IO4A 4QFPA 4RJZA 3EHTA 2V25A 1JQFA 4RPOA 2PT1A 5ELVA 3UP9A 4O3AA 2DWAA 1IXCA 3O66A 2ZYMA 4G8HA 3IB0A 4H1XA 2DWIA 4G68C 2OWTA 3MBPA 4OFLA 3MP6A 2ZNSA 2R6GE 4YB6A 1H3DA 3O6HA 5IKBA 3U1OA 3H6WA 4Z7EA 1LB8A 3BKIB 1MM7A 4RK9A 4U1OA 1B5IA 3QSLA 2R71A 1M5BA 1RYXA 3B7DA 3ILUB 4QHQA 2HZKA 1A55A 5L9OA 4FIMA 1P1NA 2HCAA 1B58A 5TP9B 3FVOA 4JWYA 1ZKBA 2O7UA 1MQJA 3ECRA 3UORA 3OSQA 2PX1A 1NKXA 1A40A 3QXMA 4G8MA 1IZ1A 2I48A 4HTGA 1QULA 1DTGA 5CI5A 1WVJA 2F7CA 5EHSA 1PC3A 2GH9A 4DCYA 4X1BA 4YKPA 3SEWA 3VLUA 4XKNA 3TCGA 3OMBA 1SW2A 3DP4A 1HSJA 4IB2A 4OYVA 4R9GA 3RTFB 3SEVA 4UA8A 2QS3A 2ZNUA 1AIVA 1IIWA 4YKIA 4DXUA 5ITPA 1NH7A 2YPNA 1URGA 1FQBA 1EU8A 4PP0A 1FTLA 1MY4A 3LR1A 1B7ZA 1NH8A 4TLMB 4ZDMA 2V3TA 1OMPA 1LAGE 4KQPA 2QMWA 4ONYA 1MXXA 4OETA 1R1NA 4KD5A 1A8EA 1LB9A 1EZ9A 2RINA 3K2DA 5ITOA 3VFJA 3OELA 3VVDA 2Q8JA 2OWSA 2Y7KA 4EQBA 1SYHA 1LLSA 2XXTA 2Z22A 3UN6A 4ZE9A 5AA1A 3RUMA 4R75A 1AL3A 1P1WA 2G29A 1S9TA 3KEIA 2DS9A 1UTHB 1JVYA 1ZJLA 4F29A 2OJTA 1LCTA 4PFTA 3O6GA 4R73A 4G2ZA 1VFDA 3G3JA 4BDRA 1SW1A 1MQDA 5CBSA 3MJNA 3PUZE 2DE3A 1OVTA 1FCKA 2XXHA 5KCJA 4ELRA 3KZGA 1FQCA 4NF6A 1S50A 3TQLA 4L17A 4MF3A 3PU5A 4KYSA 3K1PA 3KOTA 4ZS9A 1MPDA 5EYFA 1N04A 4XKQA 1D9VA 2VD3A 4U21A 2QS4A 1JW5A 1PB7A 1OLCA 1YPNA 2QPQA 5CC2A 4I8CA 2Z8FA 3S9MC 3FXQA 1WODA 2AL4A 3CFZA 5L9SA 1BLFA 2OBGA 5AE4A 1XOCA 1B32A 4QFKA 4PFUA 1XVXA 3TELA 1JVXA 1UQWA 1D9YA 4M1VA 4OZ9A 2NWJA 3TAJA 4F3BA 3QAXA 3FV1A 2ZYOA 3ONMA 3VE1B 1B2HA 1B5HA 3IX1A 4YKKA 4OENA 4BDOA 3TKDA 4EXLA 1A8FA 2D5WA 2V3QA 3A3UA 2HEUA 2DVZA 2F6GA 3D4GA 3H03A 1SVXB 2DWJA 3HV1A 4TQUQ 4YKJA 3TYHA 3QYTA 4ELPA 1Y3NA 1JW1A 1MDP1 3FUZA 5H8FB 5DEXB 5I56B 2OLBA 4GLIA 3UIFA 5AA2B 2Z8DA 4LZ5A 1Q35A 1IITA 4NF5A 1BP5A 2M8CA 5TU0A 3BFTA 2RCAA 2G93A 3FXUA 3PUWE 4FAJA 2ONSA 1B1XA 2H5YA 2QL3A 4IY6A 2CZLA 4JDFA 3N94A 1Y1MA 2XHDA 3I6VA 4JXIA 4XXUA 4ZEKA 3TTLA 3OEMA 1MM6A 4NWDA 2F7AA 2THIA 2UYEA 4G8NA 1MY3A 5DYHA 3S9NC 1PEBA 3IOWA 1SD3A 2Y84A 4U2RA 4WKMA 3AXFA 3FVGA 5JTYB 3KFMA 1R9QA 2NVUB 3FIRA 3TUSA 3MZBA 4EXKA 2DP8A 4O3BA 3ZKLA 4DZ1A 3MVXA 2DXYA 1A54A 3H7MA 4IO4A 1VE4A 4IO3A 3RNNA 5AA4A 3Q28A 3CG1A 2A5TB 3S2VA 3TTNA 3FJ7A 1B05A 1URSA 3HPIA 5CBRA 2F36A 2YLNA 3IAZA 3PGFA 2XD2A 3E13X 3RQTA 4R6YA 4C0RA 4U4SA 5AA2D 4KPTA 1POY1 1H44A 1UTBB 4IGRA 1GV8A 1JEVA 4H5FA 1LGBC 2VGQA 2XXXA 4DDDA 4U1ZA 2AL5A 5I2KB 1VSOA 5KDTA 2I58A 1TT1A 3MP1A 3O29A 5FTHA 1O7TA 3TDJA 1JEUA 4F3SA 5CMKA 1SDXA 1I6QA 2HAVA 3KBRA 3PPNA 5CMMA 3PMXA 3JZJA 3OXNA 3PMWA 3G3KA 4PE5B 2H98A 1IEJA 2RC8A 4LUBA 4POXA 4QSDA 3SKPA 3S9LC 3OENA 1N0TA 2PBWA 3IOVA 2UYFA 5M2VA 3CSGA 4I9DA 1FW0A 2O1MA 4N07A 4EQ9A 4FEBA 4FEDA 4YZZA 1NNKA 1US5A 3C34A 3F11A 4AB6A 3PUXE 3N6UA 1GGGA 5B7DA 5HM4B 5I57A 3I3VA 4ISUA 4OERA 3MPLA 1II5A 3M3LA 4GL0A 1MXUA 1D3KA 5FTIA 3VVFA 2X7PA 3PPQA 3U92A 3K1NA 4AQ4A 4DXBA 2DXRA 5I2NA 5KDTB 1QVSA 3Q25A 5KCJB 2XXVA 3C31A 3G3GA 2Q88A 4IY5A 4LA9A 5I58A 2REJA 4IGTA 3CIJA 4QFNA 2OZZA 4GD5A 4LP2B 1MY0A 3ZKKA 3BFUA 2FA7A 3QUJA 5JK4A 2QSXA 4IO5A 3K0VA 2A5TA 5DT6A 2DE2A 1DPEA 3RPWA 3IOTA 3IOUA 1D4NA 1J1NA 1GR2A 2IA4A 2REGA 1B0HA 1NNPA 4IO7A 4KHZE 4NEDA 3SEUA 4H8JA 3IB1A 1UIUA 2Y7WA 3MUQA 2NOOA 3H6VA 4XKPA 4OWDA 1BIYA 3A09A 4KCCA 4ZEFA 1H76A 4QF9A 2RF1A 4R9FA 1SYIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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