2DWAA

Structure of the complex of lactoferrin c-terminal half with fucose at 2.07 a resolution
Total Genus 110
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
110
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule keywords Lactotransferrin
publication title Structure of the complex of lactoferrin C-terminal half with fucose at 2.07 A resolution
rcsb
molecule tags Metal binding protein
total genus 110
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-08-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2dwaA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2dwaA02
3TODA 3MAMA 3W15C 1OQGA 5ICQA 2HQ0A 2NUVA 3QYTA 3RN8A 3HHFA 3K6WA 3PUZE 2RC9A 1AL3A 3VVFA 4KR5A 1BP5A 5KDTB 5AE4A 4F2OA 1SW1A 4EF1A 1M5EA 3KBRA 3FGSA 2QS1A 4XKRA 2WKYA 2O1LA 3ZS6A 2I49A 4KD5A 1SW5A 3PGFA 4ZE9A 1B7HA 4F19A 3OMBA 2XXUA 2O69A 4GL0A 1XT8A 4OTEA 1LCFA 2ZYMA 1DTGA 1JETA 1EH3A 2DWIA 4FJPA 2VD3A 1IQ7A 4N13A 1M5BA 1IXCA 4RK9A 1NH7A 2OWSA 2QS3A 3CI8A 5H8QA 4R74A 3EPEA 4G4PA 1BTJA 3MUQA 1P1OA 2A5TA 4MLVA 1Y3QA 4PETA 5JTYB 3Q29A 1XVYA 3H7MA 5EHMA 3GLBA 2H99A 3TCFA 4NWCA 2AYSA 5I2NA 1N7WA 5K2YA 4ZECA 3IB1A 2V25A 3TTNA 4BDQA 1LFIA 1MS7A 2PBWA 2I48A 1H44A 5BWJA 2OK2A 3BFUA 3VXCA 4IGTA 2XD3A 3IJOB 3B6TA 1Y20A 4KQPA 4BDLA 3ILTB 4BDRA 2B3BA 2XXVA 3TPAA 3KZGA 4HW8A 1UTHB 4TLMB 3Q27A 2QMWA 3N6TA 3BFTA 3EN3A 3C9HA 3CG3A 2ZXTA 4YICA 4GVOA 4H5GA 3VLWA 3H06B 5FTHA 1TFDA 2HXWA 3PD9A 4IY5A 1MPDA 2V3QA 1T0KA 2GRVA 2XXXA 1NNFA 5I58A 1GR2A 1B5JA 4JDFA 4FEDA 3S9NC 4I1DA 4PE5B 1URSA 1LAHE 3FASA 3CFXA 2X7QA 1SD3A 3R6UA 3S9LC 3QUJA 1D9YA 3MP8A 3T96B 1UIVA 4O3BA 4GD5A 1SW4A 3VVDA 2GFEA 4YKJA 1MQJA 1MXZA 1F9BA 2PT2A 3OEMA 5DTBA 5CM6A 3R26A 4RPNA 3Q28A 3FXUA 2QL3A 3C4MA 3K01A 3G3FA 3SKPA 3TEPA 3C33A 2F36A 4KYDA 4OFLA 5J1DA 5FHMA 3U93A 5ICTA 2A5SA 1NNTA 1Z7ME 5CMKA 4IO3A 4QF9A 3LC8A 1UQWA 1XS5A 4YZZA 2Z23A 3EQ1A 3N94A 1P99A 1B46A 2ABHA 2P2AA 4TLLB 4OMBA 5DT6A 3IX1A 3KGCA 5ITOA 1TXFA 1SDXA 5DEXB 1BLFA 4FATA 1YAEA 4DDDA 4TQUQ 1MXUA 2XX9A 3K2DA 4NF6B 2XXHA 4OERA 5AA3A 3RUMA 4KFQA 3RTFB 4EUOA 2D3IA 4HS7A 1MQHA 1MPCA 1ZMGA 1B51A 3TAJA 2NXOA 2QMXA 1QVSA 4EXLA 5B7DA 2ONKE 1M5CA 3IOUA 3EHUA 5I59B 2DOJA 4DIGA 3EF7A 1MY0A 4UA8A 1JEUA 1FQCA 1S7YA 4LATA 4YB5A 3RNNA 4PFWA 1N0TA 1ZTYA 2DYXA 2IEEA 1MRPA 4GLIA 3UN6A 3JZJA 1ZU0A 4BDOA 4PP0A 3TTMA 1QKAA 1M5FA 3OD7A 3QIMA 4NF5B 3MZ1A 4Q30B 4X1DA 2I0CA 1KWHA 1IXHA 1ZJLA 1MXYA 2RINA 4FE8A 4AB5A 4PFTA 4ZEKA 1FQFA 1P1UA 4JXIA 3KEIA 4LZ7A 1FTMA 3VE1B 2KLFA 3OO7A 4RNSA 5I57B 4R2BA 2O68A 3CFZA 3IJXB 1B5HA 4LZ8A 3EHTA 3K6UA 4H8IA 3UORA 1QUKA 3CSGA 4DXUA 3PPQA 4G68B 3V83A 3KN7A 5CBRA 2G29A 2ZNSA 3FD3A 1US4A 3VVEA 3BBRA 1PC3A 4QHQA 4RXLA 1I6QA 4NF4B 5HM4B 1B2HA 1N3XA 1MM7A 4F1UA 4LZ5A 5I56A 3DP8A 1EU8A 4U4XA 3KOTA 3CSBA 1AH5A 1USYE 3UK4A 3C34A 4KPTA 4NMYA 4PQJA 4IO7A 4QFPA 3MVYA 1SYHA 2HZLA 4O3AA 2DE4A 2HFBA 5L8DA 4GF8A 4ZEIA 2Y7KA 2XXWA 3WAFA 2PT1A 2XXRA 5CMBA 4OENA 4R72A 2NOOA 1P1NA 4EXKA 1B3HA 1UIUA 2OBGA 4GWOA 5AA4B 3A09A 4ZZEA 2F35A 3H6WA 5CMCA 4U1OA 1DPPA 1A7LA 1N7XA 3PUXE 4H8JA 4R9GA 4ONYA 3H6TA 3SEYA 1R1NA 4H5FA 3OO8A 3IK6B 5B70A 2V3UA 2F6PA 1A54A 3TELA 3M3LA 4U1ZA 4HTGA 3K1NA 1N76A 5L9MA 2DE2A 4NF5A 2Y7RA 1QUJA 1JEVA 1POY1 4G2ZA 1HSLA 4LONB 2VP1A 1B4HA 3MP1A 3T9VA 3IR1A 3T9UA 4ISUA 1Y3NA 3MP6A 3AXFA 2UVGA 1MXXA 5I57A 2B3FA 3E4RA 1JW1A 1Y4CA 3KN8A 2RC8A 3PMXA 1B3GA 5HPQA 3ZSFA 5JEIA 1I6BA 3O6HA 3OEKA 4G77A 2LAOA 2D21A 4OFJA 2XD2A 1MDP1 5I2KB 5CMMA 1B40A 4NF4A 1FW0A 4ECFA 3GXAA 4P11A 1US5A 2V84A 4OETA 3V89B 4ND9A 3IORA 4RPOA 1NKXA 4R6HA 2I4BA 3C32A 4NWDA 4LA9A 1Y3PA 1B7ZA 4XTCQ 3PPRA 4X48A 2DVCA 1PBPA 3RT8A 3B6WA 4G8MA 1H76A 5DVIA 1MH4A 4R9FA 3OSRA 4Z0IA 4F22A 4DZ1A 1O63A 5H8FB 2ANJA 2DXYA 2R9JA 5F7VA 2FNCA 2PX1A 2ESNA 3IAZA 2XXPA 3O2AA 4GFRA 1A8FA 3O28A 3M8UA 1VFDA 3K1PA 4OFOA 1H43A 4WXJA 3KJTA 4IO6A 1GVCA 4YAHX 3RTWB 3KSXA 1JVYA 1POTA 2AL4A 4ELRA 4LVQA 1NNPA 4MF3A 5H8NB 3FJMA 3HV1A 5AA2A 1I6AA 3FATA 3LSLA 3QUFA 1XVXA 2RF1A 4OHNA 1N84A 1QW0A 4GL8A 2Z22A 1GGGA 2CZLA 1QULA 2IA4A 1LAFE 3QXMA 5KDTA 3KN3A 1ZIUA 1MQGA 1PB8A 4LUBA 4XKQA 4OZ9A 2RKMA 2D5WA 3KFMA 3G3IA 4R75A 4KHZE 3PUYE 5DVJA 1GV8A 3N26A 1A55A 2ZYNA 4QSCA 4HCWA 2Z8EA 2UVIA 2H98A 4OEUA 1LB8A 1S9TA 3O6IA 5L9OA 1R9LA 3B6QA 1SVXB 1O64A 3K02A 1VE4A 1IXGA 3B7DA 2QS4A 4K3FA 2QPQA 3HHGA 2F8DA 2O1MA 1RYOA 3O6GA 1MY3A 1TT1A 1VSOA 2H4IA 1B1HA 4C0RA 3HSTA 3IO6A 4H1XA 1SI0A 2Q89A 5JTYA 2F78A 4U2RA 3MPKA 4C1TA 4OESA 3FJGA 1YPNA 3IL1B 3UP9A 3OXNA 3K6XA 3TTKA 1LAGE 4E0XA 4DXBA 4OQOA 3U8QA 2H5YA 3I5OA 3LSXA 3MPLA 3HCQA 5KCJB 1Y1ZA 3KJ7A 4ELQA 2XHDA 5EYFA 1MH3A 5FHNA 4FEBA 2Q88A 1IUDA 1EZPA 5FHOA 3SESA 1M5DA 2THIA 3SETA 5IKBA 4BDNA 3OOAA 1XOCA 4XKNA 3ONMA 4H65A 3HO7A 5TPAB 4AB6A 4R73A 2I6EA 1UTHA 4I62A 3TTLA 5TP9B 1XHYA 3W9VA 3OELA 3H6UA 4DLDA 5H8NA 4FAJA 2VGQA 3V8XB 4F3BA 1NNKA 4GOTA 5CC2A 3PPNA 1IEJA 1B32A 1EZOA 2XX8A 2OJTA 3G3GA 3LR1A 4OYVA 2AL5A 1NL5A 4FIMA 4HCYA 2UVJA 3K1MA 2H9BA 3MC2A 4F2QA 1TWYA 1YTVA 1LBCA 3A3CA 1ATGA 3IO4A 3UGWA 1QKBA 2ZNTA 4JWXA 2DWAA 2OLBA 3MQ9A 3DP6A 5H8SA 3U1OA 3S9MC 3E3KA 4JBZA 4ELPA 5LOMA 4H0WA 1ZBMA 3CVGA 1XC1A 2QRYA 3SEVA 3ILUB 1II5A 2VD2A 3C31A 3VLVA 1B4ZA 2NWJA 4MFIA 4Q5TA 3N5LA 4DCYA 4KYSA 2Y7IA 1LLSA 3TUSA 4Q0CA 1RYXA 2UXAA 1IITA 2RCBA 4EQBA 1NMUA 1MM6A 3UA8A 2HEUA 2DQVA 2UVHA 3MVZA 1Y1MA 2V3TA 2QSXA 2O7IA 4QSEA 3K6VA 3TTRA 3MJNA 4IB2A 3DLNA 3E9XA 3Q26A 4F3SA 2VOZA 1LFGA 4U22A 4LQ5A 2HCAA 1JNFA 2X26A 3SEUA 4F3GA 1VR5A 5DEXA 1B7UA 3TCHA 1JQFA 2HAVA 5KCJA 4OXVA 4R6KA 4KCDA 1H3DA 4XKPA 5H8HB 4NF6A 5H8QB 3H03A 1FQBA 1HSEA 3SEWA 4EF2A 2Q8JA 3MWBA 3ZKKA 4Q8RA 1PB7A 3FJ7A 3FZVA 1OVTA 1ZLQA 2RC7A 1LB9A 2DS9A 1PB9A 2F34A 5CBSA 3G3JA 4F1YA 5TPAA 4JWYA 1VFEA 3FVKA 4YB6A 1JW4A 4DXCA 4RA1A 4U4SA 4N6PA 4RK2A 1SQYA 4MH5A 5I59A 3N6UA 1MY1A 3U94A 1B3FA 4YU0A 4RYAA 5TU0A 2GHAA 4OEVA 1UTBB 1MQIA 1H45A 4JSOA 5L9SA 1B52A 4GXSB 3QSLA 2YLNA 3FXRA 4N07A 2YPNA 1FQAA 1Z7NE 3PMVA 3DP4A 2I4CA 2Y7WA 3QAXA 3VV5A 5F1QA 2GHBA 5ITPA 4YMBA 4O3CA 4ZE8A 3CFLA 2Q2CA 4GIZA 2YJPA 3O66A 2I3WA 1J1NA 1ANFA 3CRBA 3OO6A 3G7WA 5I58B 5A5XB 3PUWE 4MLQA 2F97A 3V5AA 1MY4A 3SEXA 5I84A 4BLAA 3ECRA 4H67A 4F29A 4G68A 4XXUA 3SERA 2BJJX 1O7TA 1DMBA 1FQEA 2ZNUA 1MPBA 3OO9A 3ODBA 4QSDA 2F6GA 3RQTA 2PYYA 1QJMA 1S50A 4KCCA 3G3KA 3DM0A 4JB7A 2P0SA 2DSFA 4ESWA 3LBSA 4TOZA 1D9VA 4EDPA 1OMPA 2REJA 4P0IA 4FECA 2PVUA 2O51A 3M3KA 3RY3A 2I0BA 5H8HA 5EHSA 4NEDA 2F7AA 1OIBA 4UACA 3SDFA 3I6VA 3TYHA 3OENA 4QFNA 1OVBA 4R6YA 1FCKA 4JSDA 1AOVA 4IGRA 1MXVA 4POXA 2OZZA 5AA4A 2HAUA 3MVWA 4QRZA 2Z8DA 4OVJA 4ZEDA 2XX7A 4WEDA 3G3HA 2E1SA 5DYHA 3U72A 3F11A 3FV1A 4DCXA 2H25A 4ELOA 1A99A 3VFJA 3FXQA 1UTBA 3H3GA 4Z7EA 1JW5A 3GBBA 4AQ4A 1B05A 3FVNA 4G8HA 3CIJA 3TFLA 1MG1A 5CRYA 5ELVA 4F1VA 4DE8A 1JVXA 4NTLA 1D4NA 3VXBA 2QJEA 4X1BA 3U92A 2F7BA 3RGYA 4NF8B 4KI0E 4EQ7A 4X9TA 1B3LA 1N04A 1I69A 4G68C 1DSNA 4ZEBA 3W9WA 1YCJA 5IAIA 1FTLA 1B58A 5A5XA 4THIA 2F5XA 1PEBA 1BIYA 3PD8A 4M4GA 3D4GA 1IZ1A 1GTKA 3K0VA 2RCAA 5HBCA 5DVFA 1RKMA 2R6GE 4LQ2A 1LFHA 2VHAA 5I2KA 1OQHA 1DTZA 3T9XB 3FUZA 3HPIA 4YB7A 1B1XA 3Q25A 2DP8A 3PPPA 4OWDA 1LCTA 4RJZA 4C1UA 4PFYA 4WKMA 3TMGA 3TQLA 2W7YA 3CR9A 2QS2A 3MZBA 3PU5A 1OLCA 4H6DA 3KSJA 1P1QA 4ZEFA 1R6ZA 2XXIA 1DPEA 1MXWA 3S4UA 1PBQA 5AA2D 4NE4A 1WDNA 2G93A 3D4CA 2REGA 3T22A 4GRKA 1EZ9A 3K4UA 4RY1A 3MVXA 4U23A 4GXAA 3GZGA 2X7PA 2R71A 5H8FA 5M2VA 2AIXA 5I56B 1L5TA 2DWJA 4WEPA 3IB0A 4F39A 1FTOA 1SW2A 3RLFE 3K00A 2B65A 2HZKA 2M8CA 3IOVA 3IOTA 3LUYA 3S2VA 4IO5A 1MY2A 1DOTA 2ONSA 1PDAA 1A40A 3T66A 3RT6B 2P1SA 2OCUA 1QUIA 3THIA 3O9PA 3C36A 1MQDA 4YKKA 5KZTA 3EHSA 4IY6A 1SBPA 3A3UA 3H6VA 4JWOA 1B6HA 1HSJA 3OSQA 1LAXA 2Q9TA 3USDA 2XXYA 1OLAA 2Q2AA 1N3WA 4QFLA 4ZZAA 4M1VA 3WAEA 1B0LA 3QK6A 4YKPA 1Y4TA 1BKAA 3KG2A 4NF8A 1SI1A 2ALUA 3H4ZA 4P0GA 3P7IA 3PUVE 1AMFA 2O6AA 3T93B 2I3VA 3L6HA 1IXIA 2V93A 3TCGA 4E0WA 1FTKA 1URGA 2DVZA 2FA7A 5ISUA 2ZMBA 2PMSA 3PPOA 4KYEA 3BKIB 3MW0A 1WVJA 1P1WA 3FVOA 3JYRA 3T9HB 4I9DA 4XIGQ 2E0SA 3ZKLA 1Y9UA 1R9QA 2UYEA 4R2FA 1NFTA 3L6GA 4EQ9A 3TKDA 1CB6A 3FV2A 3M3FA 3MBPA 5AA1A 4GQOA 1URDA 1LSTA 2Y84A 1SYIA 5FTIA 2I58A 4IO2A 4F31B 1TFAA 3C35A 3I3VA 2O84X 1LBBA 3MZ9A 1D3KA 2UYFA 3TDJA 4F3PA 1LGBC 4I8CA 5CI5A 3UIFA 3E13X 3DELB 5BUUA 3O29A 3GBAA 1FTJA 2CMOA 5K2XA 1AIVA 2Y7PA 4QFKA 3IB2A 4ZDMA 1WODA 1ELJA 3PMWA 4LP2B 3KOSA 3FVGA 4QFOA 2A5TB 4MBPA 2GH9A 1USYH 5JK4A 4U21A 1Q1KA 3O97A 5I2NB 2FYIA 4G8NA 3S9EA 3HN0A 3JV9A 5TP9A 3FIRA 3LSWA 3VLUA 3PV0E 1A8EA 4PFUA 1IIWA 2Z8FA 3IOWA 2XXTA 2ZYOA 2XXQA 1B9JA 4IO4A 3VDFA 4BDMA 3R7XA 1NH8A 2DE3A 3TQWA 3TZAA 4L17A 1B5IA 1B0HA 2NVUB 2DXRA 2ONRA 4FORA 4ESXA 2ZYKA 4YKIA 3LSFB 4F18A 1FQDA 1ZKBA 4YMAA 1CE2A 1MDQA 4ZS9A 1B3EA 2O7UA 4POWA 3RPWA 5AA2B 2F7CA 3CG1A 2DWHA 1Q35A 2OWTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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