3Q29A

Cyrstal structure of human alpha-synuclein (1-19) fused to maltose binding protein (mbp)
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
381
structure length
381
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTNSSSMDVFMKGLSKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Sugar binding protein, protein fibril
source organism Escherichia coli
publication title Structures of segments of alpha-synuclein fused to maltose-binding protein suggest intermediate states during amyloid formation
pubmed doi rcsb
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein/alpha-synuclein chimeric
total genus 123
structure length 381
sequence length 381
chains with identical sequence C
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-12-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3q29A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3q29A01
4EQ9A 5H8HA 3MP6A 3D4GA 5AA4B 2F7BA 3Q27A 1BKAA 4IO5A 2ZYKA 3KJ7A 3O28A 3DELB 3IL1B 3ZKKA 1T0KA 3KOTA 2F78A 3ZKLA 3G3IA 2O7UA 5I2KA 4TOZA 4RK9A 4GF8A 1AIVA 4JXIA 4TQUQ 4R9GA 5ISUA 5I56B 3ODBA 3CFZA 4G68A 2F6GA 3PUZE 1JEUA 4DXCA 4U22A 5L9OA 1LAHE 3H6WA 1MH4A 1SDXA 4BDNA 5ITPA 3G3GA 4K3FA 4O3BA 1H44A 3V89B 4EF2A 1A55A 3GLBA 4AB6A 2X7PA 3TQWA 2LAOA 1VE4A 4QSEA 1LB9A 5AA2D 3OSRA 4IO3A 4OZ9A 2AYSA 3FD3A 4Q30B 1HSJA 4N6PA 4EUOA 2Z22A 5I59B 1J1NA 1SYIA 1MXVA 3F11A 2NWJA 1EZPA 3K6VA 4QF9A 5KDTA 1SW5A 4YB6A 1MXYA 2R6GE 5H8HB 1MPDA 3MZ9A 4OMBA 2CZLA 1SD3A 4GVOA 1M5EA 2D21A 3GBBA 2XXYA 2Y7WA 4XKRA 1B5HA 3M3FA 3EPEA 3VVDA 2DVZA 1XOCA 1JETA 5I2KB 4ZZEA 2ONKE 4DLDA 2XXUA 3M8UA 1JEVA 2F5XA 4IO2A 2R71A 3G3KA 2RKMA 4JBZA 1LSTA 1A7LA 5TPAA 1FW0A 1TXFA 1NMUA 1MM7A 1IXGA 1P1WA 4G68B 4P0GA 2VHAA 4MFIA 1MH3A 1R9QA 5CMKA 2DE4A 3VLUA 3TZAA 2A5TB 2O69A 2F34A 1IEJA 1MPCA 4ZE9A 1LFGA 1P1OA 2Q8JA 1B7ZA 1GVCA 2DVCA 4YICA 2E0SA 4F22A 1B0HA 4F3SA 2XXWA 5ICTA 3K4UA 3IR1A 4POWA 3C9HA 3TMGA 3PMXA 4HCYA 1URGA 2DSFA 3AXFA 4XKQA 4DXBA 3TUSA 4ZDMA 3Q25A 1LBBA 4FE8A 1BLFA 1FQFA 1Q1KA 2IEEA 2VD3A 4ISUA 4BLAA 5AA3A 3IB1A 4BDOA 4THIA 3RLFE 3Q26A 1H45A 3JYRA 3JZJA 3MQ9A 4GRKA 4KPTA 4FORA 4YKKA 3RTFB 4U1OA 1B2HA 3V8XB 3KOSA 1GV8A 3QAXA 4P0IA 5TPAB 2GHBA 3W9WA 1DTZA 1NFTA 4ONYA 1R1NA 1S50A 2QS2A 5H8QA 4FJPA 3MVZA 2XXIA 1Y4TA 4H0WA 4FAJA 4JSOA 3IB2A 1LAGE 1PB7A 5K2XA 3U94A 4WXJA 3K01A 3V83A 3ECRA 1MS7A 3C34A 4QSDA 4LP2B 4YZZA 4G68C 1M5CA 3U1OA 3O9PA 5CM6A 1GR2A 2P0SA 1B3LA 3FV1A 2O68A 1FQDA 2E1SA 4R6HA 5F7VA 3OO8A 2ZYNA 3C33A 1N84A 1D9VA 4UA8A 5DT6A 2D3IA 1EH3A 1PBPA 1Z7NE 2DWIA 3VDFA 1PBQA 3GXAA 3TTNA 1D9YA 4NF4A 5TP9A 4GOTA 1OVTA 1B9JA 3O66A 4FIMA 4X9TA 5IAIA 4OENA 3VVEA 1ELJA 2RC8A 2ONSA 2P2AA 2DXYA 3EHTA 3LSXA 4LQ2A 4YB5A 4GXAA 3FXUA 3MBPA 2THIA 1BTJA 1SBPA 1DPEA 5H8NB 3DP6A 3IOTA 4ELRA 1XVYA 1IXHA 3UP9A 1XHYA 4OEVA 2UVGA 1JNFA 1OLCA 2PT2A 3MJNA 5H8FA 1XS5A 4MBPA 2F7CA 3KJTA 4QFNA 4Q8RA 1B4ZA 4IO7A 3M3LA 1YAEA 1SVXB 1MQDA 2I48A 3BFTA 5DTBA 1P99A 1TT1A 4FEBA 3HHFA 2QJEA 3SEWA 4NF5A 2O6AA 1PEBA 2PMSA 4JWXA 1JW1A 2P1SA 4G8NA 4IGRA 1MQGA 3GZGA 1D4NA 3ZS6A 4O3CA 2HZKA 1OLAA 1I6BA 4GXSB 2DQVA 2UXAA 3PUVE 2XX7A 3ILUB 2XXRA 2Y84A 1Y1ZA 3MWBA 4ECFA 3TQLA 5AA4A 3EN3A 3UN6A 1B3EA 5EHSA 3R26A 2PT1A 3S9MC 1FTOA 2XXXA 2RF1A 2XXTA 1WODA 4YMAA 2QMWA 3DLNA 2OWTA 3CG3A 3HV1A 2ZYOA 3N94A 4EXLA 5I57B 4F3GA 3VXCA 1MDP1 5B7DA 2IA4A 3BKIB 2Y7RA 2V3TA 3KSXA 3PUWE 4X1DA 4F1VA 1Y4CA 2XHDA 1ZKBA 4I62A 4ZEKA 1MXZA 3OD7A 1LFHA 2HEUA 2HZLA 4F19A 4BDMA 5H8FB 2HAVA 2XD3A 4NE4A 5KCJB 3G7WA 5FTHA 3MAMA 4TLMB 3CI8A 3UK4A 4KYSA 2HXWA 2ZXTA 3TTRA 4OERA 3TTLA 1A8EA 3OXNA 2ZYMA 3KSJA 3LR1A 3TEPA 3FJGA 5L9MA 3T9UA 3QYTA 1MQHA 4QFLA 4GFRA 1RYOA 1QKAA 2I3VA 2KLFA 1H76A 5DVFA 2REGA 5I59A 1MRPA 2Y7IA 4EQBA 4LVQA 3UORA 4G2ZA 2VD2A 3FJMA 4PFUA 2RC7A 1II5A 2AL5A 1UTHB 4AQ4A 2OWSA 4BDRA 1EZOA 4NF8A 2HFBA 3H7MA 3S9NC 2DWAA 3I5OA 2X7QA 3OO6A 2O1LA 5JTYB 5CRYA 3I3VA 1QVSA 4YB7A 1SW4A 5AA2B 1B3HA 4RK2A 5DEXA 3FZVA 1A8FA 3DP8A 2RINA 4RXLA 1A54A 1Y9UA 2DWJA 1NNTA 3WAFA 4FECA 3CFLA 2UVIA 2A5TA 4Z7EA 4XXUA 3USDA 4H5FA 1FQCA 3JV9A 4IY5A 1D3KA 4R74A 2I0BA 3FVKA 2QSXA 3D4CA 3TCHA 2H25A 1MQIA 4YU0A 4IB2A 2HQ0A 5CMMA 2GRVA 4NWCA 3HHGA 4G77A 1YTVA 1S9TA 3B6TA 1NNKA 1VSOA 4IY6A 1RKMA 1B7UA 1MXUA 1GGGA 2V3UA 4DIGA 1OIBA 4RJZA 2PX1A 2YPNA 3OEMA 1PDAA 3M3KA 4PFTA 1IUDA 4NF8B 5L9SA 3LBSA 1Y20A 1P1QA 1MXWA 1JW5A 4KQPA 3IORA 4G8MA 1A99A 4POXA 3C36A 5IKBA 1QUKA 4FEDA 1DMBA 5DEXB 2Y7PA 5JK4A 3O6GA 4EDPA 1ZU0A 1RYXA 4M1VA 2X26A 2AL4A 3MZBA 5H8SA 1YCJA 2DWHA 4F29A 4KD5A 2ZNTA 1B05A 1GTKA 4GL8A 3IX1A 5J1DA 3PPNA 3KN3A 1AMFA 1QULA 1MY2A 3KG2A 5I2NB 2Z8EA 3MPLA 2OCUA 3TFLA 2I3WA 3OEKA 3IJOB 4LZ5A 1DOTA 4X48A 3SERA 1N7XA 3EHUA 4Q5TA 1QJMA 1US5A 3U8QA 5JEIA 3K02A 1ZJLA 4F31B 3PU5A 1FQEA 1MY0A 2XX8A 3IO6A 4PQJA 3Q28A 1CB6A 3PD8A 1I69A 4MF3A 4N07A 2YJPA 4G8HA 5ITOA 1OQHA 3G3FA 4ND9A 1DTGA 4ZEDA 3RY3A 2HAUA 2F7AA 3U72A 3S9LC 2O51A 2PBWA 3H3GA 2H4IA 1B6HA 1KWHA 4KR5A 5H8NA 3EHSA 2AIXA 2V3QA 1ZIUA 4DXUA 3RN8A 4ELQA 1H43A 4NF6B 4GWOA 3R6UA 5CMBA 4YKPA 3VV5A 1H3DA 1PB8A 3LUYA 4WEDA 3KN8A 4XIGQ 4E0XA 4OFLA 2REJA 2NVUB 1BP5A 2B3BA 3EQ1A 3RT6B 4F2OA 3K6XA 1BIYA 4EQ7A 2H98A 5I84A 5AA1A 1OMPA 1N04A 4RPOA 4OTEA 5K2YA 2B3FA 2FNCA 1PC3A 1Y3QA 4ZE8A 4F1YA 4OETA 4JDFA 4O3AA 3CR9A 3PPRA 4JWYA 1IQ7A 2DP8A 4TLLB 4IO4A 4C0RA 4JB7A 5F1QA 4GL0A 4R2BA 3MZ1A 2F97A 3C32A 1N76A 2Z23A 1UQWA 1A40A 4ELPA 1FTMA 2G93A 2OJTA 5AE4A 3W9VA 2ALUA 3CSGA 2W7YA 4GLIA 2ABHA 3RQTA 2VGQA 1VR5A 4XKPA 5I57A 2I6EA 1POY1 1ZMGA 4F3BA 3U93A 3B6WA 3QXMA 3U92A 1N0TA 2QS4A 4BDQA 3BFUA 1NKXA 4LATA 3TCFA 1B3GA 2QS3A 4ELOA 1O63A 1B58A 4LZ7A 5BWJA 3WAEA 5HM4B 4U4SA 2R9JA 2Q88A 2XXPA 3N26A 5KCJA 4OHNA 1LB8A 1FCKA 3SEYA 3CFXA 4KYEA 3CRBA 1SYHA 3N6TA 2M8CA 4H5GA 3O29A 4RA1A 4MH5A 5DVIA 1OQGA 2CMOA 2DS9A 3CG1A 4KHZE 4KI0E 2DOJA 3IJXB 3E3KA 3IOVA 1MXXA 1IZ1A 1EU8A 2DXRA 1N7WA 3FXRA 1ZBMA 1B7HA 4OQOA 1UTHA 3A3CA 2NXOA 4RPNA 4ZEFA 5FTIA 4PP0A 4R75A 3MP1A 1FTJA 3DP4A 1US4A 4OVJA 1N3XA 1Z7ME 2XD2A 1NNPA 2A5SA 4OFOA 5JTYA 3UIFA 1VFDA 4H8JA 5AA2A 4WKMA 2NOOA 3RNNA 3PMVA 4HCWA 3KBRA 1M5BA 1LBCA 1B1XA 1FTKA 4Z0IA 3MC2A 1QUIA 4QRZA 5FHMA 3LSWA 5DVJA 2XXQA 1I6QA 3K1PA 1USYE 1IXIA 2QPQA 4F18A 3RUMA 2F36A 2OZZA 1AL3A 3R7XA 4IGTA 3TKDA 1UTBA 1URSA 2HCAA 4PETA 1B32A 1NH7A 4OXVA 2V84A 4NMYA 4MLVA 3K2DA 5KZTA 3VFJA 1LFIA 4U4XA 3O2AA 4U21A 3KZGA 1QKBA 1MY1A 3TTKA 5DYHA 3K00A 2I0CA 1HSEA 1QW0A 2I4BA 3T22A 3FGSA 1LLSA 1B46A 3K1MA 2FYIA 2RC9A 1Y1MA 1MPBA 4OWDA 2Y7KA 3KFMA 1JVYA 3W15C 2V93A 4H8IA 2B65A 4YKJA 3FASA 3QIMA 3L6HA 1UIUA 4QHQA 2ANJA 3EF7A 1TWYA 3ILTB 3H4ZA 1PB9A 1ZTYA 2GH9A 2RCAA 4EXKA 2ONRA 1LGBC 3TPAA 4I9DA 5B70A 1ANFA 3PD9A 3OENA 2ZNSA 3HPIA 1DPPA 3PPQA 4C1TA 3FVGA 3O97A 1UTBB 3MVXA 4KYDA 2UYFA 5FHNA 5I2NA 1SI0A 2H99A 3FVOA 1ATGA 3QSLA 1AOVA 1B3FA 2D5WA 3TTMA 4ESWA 3OMBA 3ONMA 2DE2A 3RGYA 3B6QA 4JWOA 2NUVA 3LC8A 1B1HA 2QS1A 4C1UA 3HSTA 1DSNA 3N6UA 2O7IA 4KCDA 2V25A 4P11A 3T66A 4QFKA 2O1MA 2WKYA 2ZMBA 5ELVA 1NH8A 3TAJA 1M5DA 4HW8A 4U23A 2QL3A 5CBRA 4BDLA 1SW1A 2F35A 3VXBA 1UIVA 2RCBA 4M4GA 3PPPA 3MPKA 4NF6A 2I49A 3MP8A 3H6TA 3T9VA 2Z8FA 4RYAA 1FQBA 1S7YA 2I58A 4FATA 1Q35A 1XT8A 3VE1B 3MW0A 1B52A 1MY3A 3OSQA 3K6WA 3IK6B 3CVGA 3UGWA 1FQAA 4F2QA 2QMXA 3DM0A 3OO9A 4DCXA 3SETA 4IO6A 3P7IA 3FVNA 1EZ9A 3PGFA 1WDNA 4F3PA 1VFEA 3KEIA 1LCFA 4MLQA 4H6DA 3IOUA 2Q89A 1B0LA 4ZEBA 1URDA 4R72A 1JVXA 3C4MA 3S4UA 3LSFB 1M5FA 3IOWA 1TFAA 3HCQA 4H1XA 1B51A 3TDJA 3SEVA 4H67A 1MDQA 5LOMA 1LAFE 4F1UA 3VVFA 3H06B 4YMBA 5KDTB 4QSCA 2F6PA 1POTA 4JSDA 4EF1A 4G4PA 3SEUA 2UYEA 4R73A 4KFQA 4DZ1A 3TODA 4GD5A 3PUXE 1JW4A 1OVBA 3T9XB 1NNFA 2GHAA 5CMCA 1HSLA 3E9XA 3E4RA 4X1BA 4GIZA 1USYH 4UACA 4YKIA 4DCYA 1FTLA 4F39A 3CSBA 2Z8DA 5TU0A 4U2RA 3PUYE 3IO4A 4AB5A 3ZSFA 3HO7A 2GFEA 1MQJA 4HS7A 5A5XA 3C35A 1MY4A 1WVJA 5EHMA 4PFYA 4GQOA 2Q9TA 3CIJA 3C31A 3SDFA 2PVUA 3KN7A 4LONB 1MG1A 3VLVA 3H6VA 1NL5A 3S2VA 4ZEIA 5L8DA 2XXVA 4YAHX 3MUQA 1O64A 2PYYA 4OYVA 4KCCA 2BJJX 3SKPA 4LUBA 2Q2AA 4I8CA 1MM6A 3O6IA 2UVJA 4U1ZA 3T9HB 1XC1A 4ZS9A 2ESNA 3O6HA 4ESXA 3MVWA 3MVYA 1IITA 4XTCQ 3VLWA 3PMWA 4RY1A 3FV2A 3KGCA 4RNSA 3BBRA 2OBGA 3K0VA 3I6VA 3K1NA 4LA9A 5I58A 1R9LA 1N3WA 1P1NA 3PPOA 5CC2A 2XXHA 1P1UA 3LSLA 2FA7A 4R9FA 5BUUA 3RT8A 1ZLQA 2VP1A 4NEDA 4R6YA 4NTLA 3PV0E 3L6GA 3K6UA 2DE3A 2O84X 1B4HA 2ZNUA 3H03A 4PE5B 3SESA 5H8QB 3OO7A 4QFPA 3TCGA 1B5JA 4H65A 1IIWA 1Y3NA 4QFOA 4WEPA 3QUFA 5HPQA 5A5XB 4N13A 1LAXA 3THIA 3IB0A 3RPWA 2I4CA 1LCTA 5M2VA 3QK6A 4I1DA 3FIRA 3SEXA 4HTGA 3H6UA 3UA8A 5CBSA 3FUZA 1B40A 5CI5A 3G3JA 4ZZAA 3OELA 4ZECA 1QUJA 4LZ8A 2H9BA 2UVHA 3FJ7A 4OESA 1CE2A 2YLNA 4R6KA 3S9EA 4NF4B 2QRYA 3N5LA 5TP9B 3T96B 2Q2CA 5I58B 2OLBA 3G3HA 1B5IA 1Y3PA 4PFWA 4L17A 3A09A 2G29A 5ICQA 1YPNA 1O7TA 3FATA 1SW2A 5HBCA 3E13X 3IAZA 4NWDA 2OK2A 1I6AA 3B7DA 5FHOA 3GBAA 3A3UA 5I56A 2H5YA 2DYXA 3QUJA 1IXCA 4OEUA 4XKNA 3TELA 3OOAA 3T93B 1TFDA 3FXQA 4Q0CA 1SQYA 1JQFA 1F9BA 1SI1A 3V5AA 4LQ5A 1AH5A 2XX9A 5EYFA 4DE8A 1R6ZA 1XVXA 4E0WA 4NF5B 1L5TA 4R2FA 2F8DA 3HN0A 4DDDA 3Q29A 3RTWB 2VOZA 3TYHA 4OFJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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