4KR5A

Crystal structure of lactococcus lactis glnp substrate binding domain 2 (sbd2) in open conformation
Total Genus 79
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
79
sequence length
229
structure length
229
Chain Sequence
GMATPKKDVYTIASDNSFAPFEFQNDDKQFTGIDVDLLNAIAKNQGFKLKWNFIGFQAAVDSVQSGHADGMMSGMSITDARKQVFDYGSPYYSSNLTIATSSTDDSIKSWKDLKGKTLGAKNGTASFDYLNAHAKEYGYTVKTFTDATTMYSSLNNGSINALMDDEPVIKYAIKQGQKFATPIKPIPDGQYGFAVKKGSNPELIEMFNNGLANLRANGEYDKIIDKYLE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule keywords Glutamine ABC transporter permease and substrate binding pro
publication title Functional Diversity of Tandem Substrate-Binding Domains in ABC Transporters from Pathogenic Bacteria.
pubmed doi rcsb
source organism Lactococcus lactis subsp. lactis
molecule tags Transport protein
total genus 79
structure length 229
sequence length 229
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-05-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4kr5A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4kr5A02
1CB6A 1VFEA 5DVJA 4H0WA 4IO2A 4LATA 3W9VA 5DVFA 4NTLA 1P1OA 1FQCA 4Z0IA 1EU8A 4H5GA 3PV0E 5FTIA 1JVXA 4N07A 2XX9A 3EHTA 3ZKKA 4GQOA 3GBAA 3K2DA 2HAUA 2NXOA 1MM7A 4PFYA 1QUIA 1WDNA 4FJPA 4JWOA 1A8EA 1HSJA 2V25A 4MFIA 3M3FA 3PUYE 3BKIB 3OO9A 2ZYNA 1JW5A 3PUVE 2UVIA 2WKYA 3OO7A 3U72A 2Y7IA 2QRYA 3K6WA 3G3IA 4R6KA 4THIA 1O64A 4XKNA 4H5FA 1EZOA 3G3FA 3CRBA 3TODA 4H8IA 2F8DA 1OMPA 3LSWA 1AH5A 3H7MA 3TEPA 2PMSA 1XC1A 3AXFA 3RT8A 5H8FA 3TTNA 3UP9A 1JEUA 4JWXA 3MZ1A 4OVJA 1HSEA 3N6UA 1BTJA 2HEUA 1LAGE 1H43A 1KWHA 1LCTA 4YB6A 2DVCA 4WXJA 3K00A 2DP8A 3FIRA 1RYOA 3VE1B 1NH7A 1IITA 4R9GA 4U2RA 4R72A 3PPPA 3HHFA 3S9EA 4O3CA 1A8FA 4LUBA 3O66A 1QJMA 3DELB 4F3BA 4IY6A 2Q89A 2ZYOA 2RKMA 3PUWE 2F7BA 1MY2A 4U22A 5HBCA 3H6VA 4KI0E 3M3LA 1MRPA 3H3GA 4ELPA 1MQDA 1IIWA 3U8QA 2ZYMA 4ZDMA 4KQPA 5DVIA 4MH5A 3QUJA 2DSFA 5H8HB 5L9OA 1MY1A 3N6TA 4PETA 2XX8A 4L17A 3S2VA 2XXPA 1MXUA 2Z8DA 5H8SA 4U21A 4DXUA 4YKIA 1Y3NA 2ZYKA 1UIUA 5I56B 3ECRA 1QUKA 3FVGA 5CRYA 3PPRA 4G68B 4I9DA 4TLLB 3C34A 1LBCA 3MBPA 4N6PA 3RLFE 4YMBA 2E0SA 4P0IA 3E9XA 3MP6A 3IOVA 3OOAA 3VLVA 4ONYA 3IORA 2P2AA 3U92A 2DXRA 1B32A 4ZEIA 4C1UA 4I8CA 1D4NA 4IO3A 4PFUA 5I59A 2IA4A 5EHSA 2HQ0A 3MUQA 1JW4A 3CG3A 3VVDA 3EPEA 1M5CA 4M4GA 3KSXA 1MXXA 1MQJA 4NF6A 4YMAA 4IGRA 3OEKA 2UVGA 3TPAA 1LB9A 3P7IA 2GRVA 4G8HA 4KHZE 1TFDA 3FATA 3LSFB 3BBRA 4AB5A 4TOZA 1Y20A 3SETA 2UXAA 2OWSA 4ZS9A 1US4A 2Y84A 3RQTA 2H98A 3CFZA 3K0VA 3HV1A 2DE2A 2F7CA 5CMCA 1Y9UA 5B70A 1JEVA 3TQLA 5KZTA 3K4UA 4EXKA 1R9QA 1B6HA 2V3TA 5TPAA 2G29A 1MXVA 4OFJA 3TFLA 2CMOA 1Q1KA 2I3VA 2O1MA 1I6QA 1SI0A 3FXRA 2X7PA 4QF9A 3KJTA 5I58A 1R6ZA 2V3QA 1AOVA 3IAZA 4P0GA 4OWDA 4ELRA 1FCKA 2ZMBA 3Q29A 1FTKA 3C36A 3D4GA 3UGWA 1FQDA 4C0RA 4ESXA 4JB7A 1SVXB 2NVUB 1NL5A 1QKBA 1B9JA 1FW0A 1MQHA 5J1DA 1B1XA 4OETA 2HAVA 1FTMA 2VHAA 4RK2A 5I2NA 1LAHE 3EF7A 3MJNA 4PQJA 3MPKA 5KCJA 4EQ7A 4NE4A 1GV8A 1FQEA 3T9HB 2HXWA 2GH9A 5KDTA 1BIYA 1I69A 3IOTA 2Z8EA 5AA4B 1XS5A 1ZIUA 1UTHA 4WEPA 3OEMA 4YU0A 1MXYA 2RCBA 3RT6B 3ZSFA 1H76A 5TP9B 4GF8A 5TU0A 4F1VA 3I6VA 1MPDA 3O2AA 4YKKA 3S4UA 5DYHA 4GXSB 4R75A 5FHMA 4YZZA 5BWJA 3IO4A 1OVTA 3SKPA 3O28A 1UTBB 1MY0A 4GD5A 2F5XA 1MXZA 2QS3A 2Y7RA 4R73A 4GVOA 3MZ9A 4EUOA 1YPNA 1ZMGA 3THIA 2O51A 3HCQA 4NF5B 3C31A 1OVBA 3FZVA 4LQ5A 3N26A 3LC8A 1ZLQA 2DVZA 1M5BA 1P99A 1JQFA 2VP1A 1USYH 2FNCA 4Q30B 3RY3A 4Q8RA 3MC2A 3U93A 3A3UA 2I48A 1IXGA 4YAHX 4H6DA 1XHYA 4DXBA 3PUZE 2V3UA 2Q2CA 4EXLA 3ILTB 3N94A 4UACA 1DSNA 1Q35A 3QAXA 3UORA 2V84A 4KFQA 4HW8A 3U1OA 1B0LA 2X26A 3LR1A 2XXYA 2OK2A 5CI5A 4I62A 2IEEA 3H4ZA 4POWA 5DEXA 4OYVA 4FORA 2XXUA 1Y3PA 3OSQA 1OLCA 3OO6A 3PUXE 3SESA 1MS7A 3OENA 4U1ZA 1B58A 2H9BA 5ITOA 4PP0A 3FV2A 1ZTYA 4PFTA 5JEIA 4OTEA 1LFHA 3K6UA 3KFMA 3T22A 3VLUA 3T96B 3VXBA 5CBRA 5FHOA 4EF1A 1N7XA 1QW0A 5DT6A 3DM0A 4R6YA 1N76A 3Q25A 2YLNA 1VSOA 1IUDA 1VR5A 5F7VA 5AE4A 4RNSA 4MLQA 1OIBA 4U4SA 1GR2A 1S50A 4FEBA 3UK4A 5H8FB 4RPOA 3T66A 1YTVA 2P0SA 4X1BA 4KYEA 5CMKA 5IAIA 3TKDA 3U94A 3FXUA 2E1SA 4U1OA 3L6HA 3W9WA 4OENA 1QULA 3TTKA 4QFLA 1PDAA 4OMBA 1AL3A 4E0XA 3HO7A 1L5TA 1EH3A 1LSTA 2ONRA 1NFTA 1SBPA 2F34A 4YKJA 5CMBA 1LLSA 1II5A 4H65A 3CSGA 5EYFA 4JDFA 3USDA 4FEDA 3G3JA 4IO4A 2I58A 3KJ7A 1NH8A 3FVNA 4YB5A 3SEUA 1B7ZA 4LONB 3CVGA 5ISUA 4C1TA 3IB1A 1IXHA 4O3AA 3IB2A 1I6BA 4DLDA 3O6IA 1T0KA 4KPTA 4AQ4A 1OLAA 4GOTA 5F1QA 3H06B 3IO6A 3KSJA 3PMXA 5FHNA 2RINA 2QS2A 4I1DA 1GTKA 2F7AA 4QRZA 3R26A 1B5IA 1R1NA 2ANJA 3T9XB 3CG1A 4Z7EA 3C9HA 5I59B 4GXAA 4ND9A 2B3BA 1WVJA 2ONKE 1FQFA 3WAFA 3RPWA 2OCUA 1P1NA 4OERA 1Y4CA 1IEJA 4NF6B 1IQ7A 2UVHA 3O6HA 3IK6B 4LVQA 4ZEFA 3E13X 4HCWA 5CC2A 4FAJA 3TMGA 3OXNA 1FQAA 4F1YA 3SDFA 5A5XA 4G68C 2PT2A 5L9SA 2I6EA 2ZNUA 3RN8A 3S9LC 4GWOA 2O68A 1S9TA 2XXIA 4DIGA 4GIZA 1YAEA 4MF3A 3EHUA 3B7DA 2QS1A 4DCYA 3IX1A 5AA3A 3O9PA 1MQIA 2QSXA 1CE2A 3QK6A 3I5OA 4TQUQ 4H1XA 2ONSA 5TPAB 5LOMA 2Q2AA 2A5SA 2ZXTA 2P1SA 1LAFE 2ALUA 4XKPA 3MVXA 3TTRA 2XX7A 3TDJA 5I58B 3DP6A 2R9JA 1WODA 1NNPA 2Q9TA 2REJA 3E3KA 2VD2A 1URDA 1ZBMA 3O6GA 1DTGA 4ELQA 3Q26A 3VV5A 5ITPA 4YB7A 4BLAA 1SW5A 4DZ1A 2A5TA 2O84X 1LGBC 2OWTA 3QUFA 4O3BA 1LFIA 1R9LA 1B51A 3VLWA 1NKXA 2YPNA 5I2NB 4NF8A 2FYIA 4XIGQ 5KCJB 3A09A 3K02A 2AL4A 1B40A 3LBSA 5KDTB 1D9YA 3RTFB 4NEDA 3S9NC 2O6AA 1TXFA 3I3VA 4OESA 4ESWA 4E0WA 1UTHB 2OBGA 1I6AA 1XOCA 1A40A 4R9FA 2XXHA 3WAEA 2B65A 1VFDA 3C32A 1US5A 1O63A 2NOOA 3JV9A 4XXUA 3M8UA 1LFGA 2THIA 4QFNA 4G8MA 3MQ9A 3SEWA 1MPBA 2F78A 2DWHA 5H8QA 5B7DA 2GHBA 2Q8JA 4OEVA 4JXIA 3EN3A 3PMWA 4JWYA 3G3KA 3GBBA 3V5AA 2H4IA 1A7LA 3K01A 5AA2D 2RCAA 5H8NA 2DYXA 2O69A 4UA8A 3KZGA 4JSOA 3FJMA 3TYHA 4F3GA 3S9MC 4K3FA 1B46A 2B3FA 1JVYA 2OZZA 2I3WA 2QJEA 4OEUA 2F6GA 3KN8A 5ICTA 3TELA 1SYHA 4GRKA 2Z8FA 3V89B 2W7YA 1MH4A 2I4CA 2BJJX 3FVKA 4ISUA 3T9UA 4DXCA 2REGA 3FJGA 2F97A 4BDMA 4GFRA 4LZ5A 5JTYA 4G8NA 3PPQA 5DEXB 1MPCA 2F35A 3RTWB 3JYRA 1MQGA 1PEBA 5IKBA 4KCDA 1MDQA 2O7IA 1MXWA 1Y1MA 3T93B 1IZ1A 4IB2A 4KYSA 3KOTA 3IB0A 4QFKA 3PPNA 5I2KA 2O1LA 1O7TA 1TFAA 2DWIA 4OXVA 1B7HA 2XXRA 4BDLA 1LCFA 3H6UA 2I49A 3FASA 2GHAA 1SDXA 2R6GE 3KEIA 4RPNA 5AA2A 3KN7A 2DWJA 3TCHA 4JBZA 1SW2A 2DWAA 2XD2A 4X48A 5I84A 2RC9A 1D3KA 3KBRA 2H5YA 3R7XA 4ZE8A 3DLNA 4R6HA 4F3SA 3Q27A 1XVXA 2DS9A 3OELA 4QSDA 4G2ZA 2UYFA 4H67A 1SD3A 4OQOA 4NF4A 3VVFA 4QSEA 1FTOA 3PD9A 1QUJA 2Q88A 3CFLA 2QL3A 4F22A 4F29A 4G4PA 3MZBA 3V83A 4GL8A 4BDOA 3Q28A 4ZE9A 2UVJA 2AL5A 3ODBA 4PE5B 5I57A 4ECFA 3CR9A 2HCAA 4BDNA 1JW1A 3IOWA 3FV1A 5M2VA 1EZ9A 4XTCQ 3GLBA 3UA8A 2NWJA 1NMUA 1P1QA 4EF2A 4OFOA 3ILUB 2X7QA 4IGTA 3ZS6A 4EQBA 1ELJA 2OLBA 4F2QA 2VOZA 1P1WA 4XKRA 4EDPA 1SW1A 5ICQA 4GL0A 1F9BA 3M3KA 2RF1A 2DOJA 3ZKLA 1NNTA 3K6XA 3JZJA 3HN0A 3TAJA 3K1MA 1GVCA 3LUYA 4NWDA 1UIVA 3A3CA 2D3IA 3QIMA 4X9TA 3KOSA 1JETA 4LZ7A 2GFEA 4X1DA 1AIVA 1NNKA 3CI8A 1NNFA 1LAXA 1POTA 2NUVA 4F3PA 1B3EA 4KR5A 2RC7A 4KD5A 3HSTA 3HPIA 3VFJA 1B05A 2XD3A 4YICA 4BDRA 1YCJA 4HCYA 1PB7A 4EQ9A 3IJOB 3MVYA 1IXCA 3K1PA 2VD3A 2PYYA 3EHSA 3FD3A 2XXTA 4FECA 1FTJA 3B6TA 3O29A 2OJTA 3MP8A 4WEDA 3K6VA 4H8JA 5A5XB 3V8XB 4ZEKA 4GLIA 1H44A 4HS7A 3G7WA 4F1UA 5L9MA 4RY1A 4JSDA 1BKAA 1AMFA 1LBBA 4IO6A 3DP4A 4KYDA 1TWYA 4QFPA 1MDP1 3CSBA 4QSCA 3B6QA 1MH3A 3PU5A 5AA1A 3TTMA 4R2BA 2YJPA 3MVWA 1B0HA 2QPQA 4LZ8A 1OQGA 4FIMA 2ZNTA 4PFWA 3HHGA 2M8CA 2DQVA 3LSXA 2HZLA 1B3LA 1SW4A 4XKQA 1URGA 3H6WA 3MW0A 5H8HA 4TLMB 5FTHA 1B4HA 1OQHA 4BDQA 4ZEDA 1B1HA 1N84A 3QYTA 1VE4A 3PGFA 2ZNSA 3FVOA 4Q5TA 1B2HA 4DCXA 5I56A 4R74A 2A5TB 1DTZA 3L6GA 2D5WA 1P1UA 4P11A 3OSRA 1SQYA 2QS4A 4G68A 4IO5A 4F18A 2XXWA 3T9VA 1B5HA 4QHQA 4LA9A 4NF8B 2Y7PA 1PBPA 3UN6A 4F2OA 4IO7A 3SEXA 1D9VA 4POXA 3MP1A 3RNNA 2V93A 4ZZEA 1FQBA 1SYIA 4LQ2A 1POY1 4QFOA 3TZAA 3W15C 1PB9A 1N04A 1B3HA 1S7YA 5K2XA 2F6PA 3C35A 2Z22A 3OO8A 1B3GA 1DPPA 4OZ9A 1A99A 3BFUA 3B6WA 5HM4B 3G3GA 3PPOA 1J1NA 3KN3A 1UQWA 4ZECA 3MPLA 4ZEBA 3G3HA 3VDFA 1IXIA 3CIJA 2I0BA 5H8QB 1TT1A 2UYEA 1Z7NE 3C33A 1B52A 3QSLA 4FE8A 4LP2B 1B3FA 3H6TA 3RUMA 2AYSA 4U23A 2QMXA 4YKPA 3CFXA 1HSLA 3GZGA 1MG1A 1Y4TA 2PT1A 4G77A 5H8NB 1BP5A 2AIXA 2QMWA 3SEVA 4ZZAA 1Y3QA 4F19A 4RK9A 1LB8A 4NWCA 1RKMA 3IJXB 4MBPA 2Y7WA 3EQ1A 3LSLA 4OFLA 1QVSA 4F31B 4DE8A 3RGYA 1GGGA 1MM6A 3DP8A 3VVEA 2DXYA 5L8DA 4Q0CA 1DMBA 4U4XA 5K2YA 3SERA 3FJ7A 5JTYB 3MAMA 1B7UA 1ATGA 5BUUA 5CM6A 5CMMA 1M5EA 1N3XA 1EZPA 2F36A 2PBWA 1ANFA 2Y7KA 3O97A 1M5DA 3QXMA 4FATA 1Z7ME 2CZLA 1H45A 4DDDA 2RC8A 1N3WA 1BLFA 1XT8A 2KLFA 1B5JA 3IL1B 3VXCA 1PB8A 5HPQA 5I2KB 4IY5A 2Z23A 1DOTA 4RXLA 4RYAA 2DE4A 1USYE 1ZJLA 3OMBA 5EHMA 3E4RA 3IR1A 4OHNA 5CBSA 5AA2B 5AA4A 2ESNA 3C4MA 1ZKBA 4RA1A 1DPEA 2XXVA 3D4CA 2D21A 4ELOA 3IOUA 2PVUA 3PMVA 3TCFA 2XHDA 3TQWA 2O7UA 3H03A 1ZU0A 5TP9A 3MWBA 1XVYA 3BFTA 3TCGA 2LAOA 2VGQA 2HFBA 2XXXA 1N0TA 1PC3A 1B4ZA 2XXQA 4NF4B 3R6UA 3FUZA 4HTGA 1RYXA 3TUSA 3PD8A 1H3DA 2I4BA 1N7WA 1SI1A 1UTBA 2R71A 3TTLA 5DTBA 3OD7A 2PX1A 1URSA 1MY4A 4MLVA 3KG2A 2FA7A 4F39A 3MVZA 5I57B 4KCCA 5JK4A 4NF5A 3F11A 2H99A 4NMYA 1MY3A 3ONMA 1PBQA 1Y1ZA 3K1NA 1A55A 5ELVA 4N13A 4RJZA 1M5FA 2G93A 3GXAA 4M1VA 2DE3A 1QKAA 3FGSA 2ABHA 4WKMA 2I0CA 3UIFA 4AB6A 2H25A 3KGCA 1A54A 2HZKA 3SEYA 1FTLA 4R2FA 3FXQA 3N5LA 1JNFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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