4KR5A

Crystal structure of lactococcus lactis glnp substrate binding domain 2 (sbd2) in open conformation
Total Genus 79
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
79
sequence length
229
structure length
229
Chain Sequence
GMATPKKDVYTIASDNSFAPFEFQNDDKQFTGIDVDLLNAIAKNQGFKLKWNFIGFQAAVDSVQSGHADGMMSGMSITDARKQVFDYGSPYYSSNLTIATSSTDDSIKSWKDLKGKTLGAKNGTASFDYLNAHAKEYGYTVKTFTDATTMYSSLNNGSINALMDDEPVIKYAIKQGQKFATPIKPIPDGQYGFAVKKGSNPELIEMFNNGLANLRANGEYDKIIDKYLE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transport protein
source organism Lactococcus lactis subsp. lactis
publication title Functional Diversity of Tandem Substrate-Binding Domains in ABC Transporters from Pathogenic Bacteria.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutamine ABC transporter permease and substrate binding pro
total genus 79
structure length 229
sequence length 229
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-05-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4kr5A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4kr5A02
3MVWA 5B70A 3U72A 2RCAA 1A8FA 3FV2A 4HW8A 1LGBC 2ZXTA 3CG3A 4DXBA 2F78A 1EU8A 1B4HA 1NNFA 5DTBA 1M5DA 4JSOA 2R9JA 5CMCA 4KYEA 2IA4A 1N7WA 2D3IA 5J1DA 4QSEA 4LQ2A 3EHTA 1DPEA 2ZYOA 3O28A 3LUYA 4QRZA 3DP4A 3OEMA 3TFLA 3TODA 1B3HA 5JEIA 5TPAB 4ESWA 2QJEA 1USYE 2F36A 2ONKE 1N04A 4TLMB 4U21A 4ZEDA 5CM6A 2DWAA 2XXPA 3SESA 3K6UA 4MLQA 1B3EA 3DP6A 3HHFA 1A7LA 3C34A 2IEEA 3PU5A 3O2AA 1USYH 3FVGA 4YAHX 1N76A 4OXVA 2VOZA 3PUZE 2H99A 3TTNA 2VHAA 1FTMA 3C9HA 5CMMA 2HAUA 3EPEA 1GGGA 2ONRA 4BDRA 2OLBA 2BJJX 4R74A 4H0WA 1S50A 2F8DA 2Z8FA 4MFIA 4MLVA 1J1NA 2YJPA 1D3KA 1LBCA 2QMXA 3OENA 5FTHA 2NOOA 5JTYA 1SW4A 3VXCA 1UTHA 5IKBA 4U2RA 1JETA 4DE8A 3C35A 4KHZE 4THIA 3PPNA 4FJPA 4EQ9A 3RT8A 3G3FA 3LC8A 3CR9A 1WODA 3IOWA 3VV5A 4KI0E 3FVOA 1B40A 1HSEA 1JVYA 4LVQA 3T66A 3T93B 1FQDA 1JQFA 4IO4A 3TUSA 4GD5A 2DP8A 4G8HA 3MAMA 1YPNA 1Y3NA 2I4CA 1IITA 1Z7NE 4R2BA 4F19A 4OFLA 1FQFA 4OFOA 4PQJA 3QSLA 3HN0A 1QULA 3R6UA 2XXQA 4OESA 3A3UA 3N5LA 3S9EA 1ATGA 4LA9A 4NF6B 1B7HA 1IXGA 4LZ7A 3IJXB 3MWBA 2UXAA 4Q0CA 3KOTA 1MXXA 4NF4B 4H67A 3PD8A 2PBWA 1Y20A 1DOTA 3Q26A 4RNSA 3O9PA 1LLSA 1ZIUA 2THIA 4DXUA 2XXYA 2H25A 1OVBA 4H65A 4ND9A 4DCXA 4YU0A 3DLNA 2HEUA 3LSLA 2Q2AA 3H3GA 4FIMA 5HM4B 1R6ZA 2OWSA 1QUIA 4LZ5A 4BDQA 4OZ9A 3PD9A 2ANJA 3N26A 4AQ4A 1MPDA 2HZLA 4NTLA 1ANFA 3JV9A 4KR5A 1US5A 2QSXA 2DVCA 1Q1KA 2ABHA 3K1PA 3GBBA 3CFLA 3HPIA 4HCYA 5LOMA 1MQHA 4AB5A 2X7PA 4YB5A 3E13X 4Z7EA 4JSDA 4H6DA 2DE4A 2QL3A 2XXWA 4GRKA 3KGCA 3UORA 1LFGA 1A99A 1AL3A 4F39A 5BUUA 4OYVA 2B65A 3W15C 3S9NC 3FATA 3SEUA 1B1XA 3KN8A 4BDLA 5H8QA 2OBGA 1NNKA 4IGRA 2DWIA 1R1NA 3UGWA 3KFMA 5I56A 4DDDA 3TTMA 5DVIA 4GIZA 2R6GE 2HXWA 1URGA 3K1MA 2ZYMA 4QF9A 2DWHA 4ZS9A 4OFJA 2Q9TA 3FGSA 4I9DA 2GHBA 2O84X 2XX8A 3GBAA 1A8EA 1R9QA 2QS4A 5I58A 1Z7ME 5H8HA 4AB6A 1I6QA 4JWXA 5H8NA 2XX7A 3ZKLA 2VD3A 4IO2A 3ECRA 2ZYKA 3OXNA 1MY0A 3O6GA 3WAEA 1UIUA 1MY1A 2D5WA 1B5JA 2UVGA 4FAJA 5IAIA 3THIA 3MP6A 1B4ZA 1JW5A 1P1NA 4PE5B 3IOTA 4PFWA 2F6PA 3OELA 5JTYB 1UTHB 1S9TA 2O7IA 4TLLB 1MXVA 5ITOA 1FQBA 3OSQA 3KSJA 4GF8A 1UTBA 3OEKA 4ELOA 3C31A 2Q88A 2HQ0A 4EF1A 1MDQA 1YAEA 3D4GA 4R75A 4GWOA 1AIVA 3E9XA 4YB7A 4G68C 1B2HA 2FA7A 5H8FA 5FHMA 3OO9A 4F29A 1LAFE 2VD2A 1SQYA 3SEXA 2Z23A 3OO8A 3K6VA 1OMPA 1A40A 4DLDA 1Y9UA 3KOSA 4ZEBA 4JB7A 3T9HB 4C0RA 1LFHA 1B5HA 1MQGA 2DE2A 1A54A 3UIFA 4UA8A 3SEYA 4G2ZA 3VXBA 1IQ7A 3S2VA 4MF3A 3RN8A 3SETA 3M3LA 3EQ1A 4ZEFA 2UYFA 3QK6A 4NF8A 2DVZA 4ESXA 1ELJA 1URDA 3K4UA 4XKRA 1MY2A 1ZU0A 1LAHE 3C36A 3H6TA 1CB6A 3RGYA 3FXRA 3TCGA 5ISUA 3HHGA 1B6HA 2I0CA 4IO5A 4R73A 1POTA 1Y3QA 2F6GA 4XKPA 3PGFA 4HS7A 5KCJA 4P0IA 3PUWE 4H5FA 1P1QA 3OD7A 1IEJA 3Q27A 3F11A 1BKAA 2XX9A 4JWOA 3WAFA 1YTVA 4YICA 4DZ1A 1IIWA 5ICTA 1SW2A 3H4ZA 3C33A 2CZLA 1UIVA 3RY3A 5H8QB 4BDOA 3PPQA 1FQEA 1VSOA 3USDA 2F7AA 3JZJA 4LQ5A 1LB9A 3W9WA 3O6IA 2OK2A 1MPBA 5I56B 3PMWA 3OO6A 4KYSA 3FXUA 1FTLA 3VLUA 1BIYA 2I3VA 2XXRA 4EQ7A 3O66A 1T0KA 1H45A 3G3GA 1PB9A 3EHUA 4EF2A 3T9VA 1II5A 3RTWB 4HCWA 1MQIA 3BFUA 4EXLA 5I58B 5L9MA 4LUBA 3IB1A 5H8HB 3KSXA 3R7XA 3ILTB 2PX1A 5H8NB 2UVIA 4U23A 2G93A 4L17A 4PFTA 2O1LA 1XHYA 3RTFB 2Y84A 3PPOA 3ONMA 5K2XA 2XXXA 3RT6B 3QIMA 1B7ZA 4G4PA 3T22A 1B7UA 4GVOA 3MP8A 4EXKA 1TFDA 1DPPA 5CBRA 4KCCA 2ONSA 2A5SA 1EH3A 3IK6B 4K3FA 2LAOA 4F3PA 3QUFA 1PBPA 2DYXA 1UTBB 2QRYA 3VLWA 1I6AA 3PMVA 4F2OA 3VVFA 4PP0A 2D21A 3Q29A 1ZBMA 5H8FB 1MY3A 1B46A 2H5YA 3I6VA 4RPNA 4LZ8A 1TWYA 4X48A 1P1UA 2H4IA 1URSA 4ELQA 1MH3A 2ZNTA 4KFQA 4F22A 2DQVA 4H8IA 4WXJA 1O7TA 1N3XA 4FEDA 3RQTA 4WEDA 5I57A 3H6VA 3Q28A 4H1XA 4LONB 1EZ9A 4KYDA 5B7DA 1IUDA 1OIBA 3FV1A 1OQHA 3G3KA 1SYIA 2RC8A 3CVGA 5I84A 1MDP1 1PB8A 2I58A 1PDAA 5ICQA 2Z8DA 3GZGA 3ODBA 4EDPA 4G68A 5A5XA 2XD2A 1WDNA 3KZGA 1I69A 2XXHA 1XS5A 2NUVA 3AXFA 1P1WA 4QFKA 1Q35A 1I6BA 4EUOA 2P1SA 1ZLQA 1FTKA 2HZKA 3K6XA 4FEBA 1B32A 4KPTA 2HCAA 4OWDA 4X9TA 3TZAA 3IJOB 1B9JA 4FATA 5AA2D 4IO6A 3IR1A 1F9BA 1Y3PA 5KCJB 1VFDA 4F1YA 1XC1A 4I62A 1BP5A 5I2KB 1DTGA 4QFOA 1MM7A 4ZE8A 5AA4A 4OVJA 1MQDA 1D9VA 1LFIA 4GXSB 3KN7A 4RXLA 2XD3A 2RINA 1M5EA 4OEVA 4GLIA 1KWHA 4OEUA 1LSTA 1O64A 1QUJA 3K6WA 3Q25A 1ZJLA 4JDFA 2M8CA 2RF1A 2B3BA 4ZECA 2NWJA 5CMKA 5AA1A 3MP1A 3KG2A 5M2VA 2DOJA 1MY4A 2H9BA 4XTCQ 1B5IA 1SW1A 2I49A 4XKNA 3G7WA 3TQWA 2O69A 3IX1A 1AOVA 4P11A 2KLFA 1P99A 3IORA 2UYEA 4NF5A 4EQBA 1EZOA 5HPQA 1GV8A 3TAJA 5K2YA 3IB2A 4Q5TA 2R71A 5F1QA 1B1HA 4E0XA 4NE4A 1EZPA 1RYOA 4XXUA 1QKAA 3V8XB 2F34A 1JVXA 5CI5A 1NMUA 3B6TA 2HFBA 1ZTYA 2YPNA 5DT6A 3U92A 2OZZA 4X1BA 2FYIA 3SEWA 2F97A 2F5XA 5ITPA 1H76A 4OETA 3VDFA 2O1MA 3HV1A 3UK4A 3TTRA 2QS1A 1NNTA 4RYAA 2P2AA 4KD5A 3PPRA 4JXIA 1B3LA 3CSBA 1H44A 3U1OA 3MVXA 3OO7A 3K01A 3MUQA 3E4RA 3VE1B 3A09A 2VGQA 3N6TA 1JW4A 5I57B 2OWTA 2F7CA 1O63A 4YZZA 3FUZA 1OLAA 1B05A 3U93A 4FECA 4F3SA 4QSDA 1MPCA 1LCFA 3TKDA 2V25A 2I6EA 3IL1B 3RNNA 2Y7WA 4E0WA 1JW1A 4GFRA 2DS9A 1MS7A 2Y7KA 4G68B 5A5XB 1SI1A 1HSLA 2REJA 4F2QA 1IZ1A 2DE3A 3CIJA 4PFUA 5DEXA 4ELRA 3MZ9A 2H98A 2ESNA 3MVZA 2OCUA 2O68A 4U4SA 2QS3A 1ZMGA 1SD3A 4Z0IA 3OSRA 2NVUB 1SVXB 1OVTA 1B0LA 4FE8A 3HSTA 3VFJA 4F31B 2P0SA 2PVUA 2A5TA 4QFLA 2V3TA 5AA3A 4R9FA 4XKQA 2V84A 5H8SA 1TFAA 5AA4B 3H03A 4RK9A 4GL8A 1NL5A 2B3FA 4OQOA 1MXWA 3UN6A 1WVJA 3BFTA 3KJTA 2Q8JA 4G77A 4QSCA 1BTJA 4NWCA 4Q30B 3W9VA 1LCTA 1QUKA 2GRVA 2Z8EA 5EYFA 1MXUA 1N3WA 3SDFA 2DWJA 3MQ9A 4TOZA 3ZKKA 5DVFA 4WKMA 2XHDA 4F1UA 2O51A 3PUXE 4PFYA 4ISUA 3MPLA 2I48A 3KEIA 3S9LC 4IY6A 2RKMA 4NF5B 3FXQA 2E0SA 4YKIA 3TPAA 3IO4A 4ZZAA 2ZNUA 2RC7A 3G3HA 3IOVA 4OTEA 3TTLA 3FASA 1SW5A 1LB8A 4O3AA 1VE4A 4NWDA 1GTKA 3SKPA 4HTGA 1B58A 4M1VA 4IGTA 3IOUA 1FCKA 4OENA 4IB2A 3EN3A 4RA1A 4DCYA 3PUYE 4OMBA 4LP2B 2AYSA 3U94A 1SDXA 3V83A 2XXIA 3CFXA 3FJ7A 2NXOA 1Y4TA 3O29A 4GOTA 4YMAA 3T9XB 3CFZA 3B6WA 4QFNA 4M4GA 3FVNA 2AL5A 1H3DA 1RKMA 1NFTA 3RUMA 4IY5A 3LR1A 2RCBA 3N6UA 4R72A 4YKKA 1XT8A 4N13A 1FQAA 4U1OA 4QFPA 3ZSFA 1JNFA 2PYYA 5AA2A 3FD3A 4YMBA 4F18A 3KN3A 3P7IA 5AE4A 1MM6A 5JK4A 1FTJA 1A55A 1NNPA 3VVEA 2W7YA 1FQCA 3SEVA 5KDTA 4N07A 4YB6A 1M5CA 3UA8A 3K00A 3FZVA 2Q2CA 4BLAA 4IO7A 3GXAA 4R6HA 3I5OA 4R9GA 4OERA 1VFEA 5DEXB 3V89B 3VLVA 1POY1 5I2NA 1B51A 4ELPA 3FJMA 1RYXA 3B6QA 4Q8RA 1OLCA 3I3VA 3L6GA 2ZYNA 3D4CA 1IXHA 4NF8B 4RK2A 2F35A 3IO6A 1VR5A 1AMFA 1GR2A 2V93A 3IAZA 2XXTA 2A5TB 2RC9A 4BDNA 4QHQA 3TELA 1SI0A 2YLNA 5TP9A 2HAVA 4R2FA 5FTIA 2X7QA 1R9LA 1XVXA 1DTZA 4GXAA 2GHAA 1B0HA 3QUJA 3O97A 4KCDA 4JBZA 1US4A 3MPKA 3TEPA 4R6KA 2VP1A 2GH9A 3DP8A 3TCFA 4DIGA 2Q89A 4TQUQ 1AH5A 4GQOA 2PT2A 2DSFA 1JEVA 1N7XA 4P0GA 3CI8A 3S4UA 4POXA 3UP9A 1XVYA 3BBRA 5CBSA 1IXCA 3MBPA 5I59A 4ZZEA 2Y7IA 1Y4CA 1JEUA 4RJZA 4YKPA 3TYHA 3M3FA 1FTOA 3MZ1A 1DMBA 3QYTA 4ZEIA 3VVDA 5FHOA 3U8QA 1DSNA 1D9YA 3K02A 3PMXA 4ONYA 3V5AA 4C1TA 1LBBA 1TT1A 1S7YA 4PETA 1Y1MA 3KJ7A 2FNCA 4XIGQ 5EHMA 3QAXA 4ZEKA 3LSWA 2WKYA 3JYRA 2PT1A 4POWA 4BDMA 2V3QA 1MG1A 3CRBA 1SYHA 1LAXA 1QVSA 2QMWA 4WEPA 3A3CA 3S9MC 3KBRA 3G3IA 3H7MA 2REGA 3G3JA 3M8UA 1IXIA 4U4XA 1MXYA 4G8NA 1BLFA 2Y7PA 2Y7RA 3OOAA 1N84A 1H43A 3DELB 1PC3A 2X26A 1P1OA 4MBPA 2UVJA 5ELVA 2PMSA 2QPQA 2GFEA 4G8MA 1GVCA 5TPAA 3HO7A 3K1NA 4ZE9A 4ZDMA 5BWJA 4H5GA 3HCQA 3CG1A 4O3BA 3EF7A 5AA2B 3DM0A 2OJTA 5F7VA 3BKIB 2DXRA 3MC2A 5KZTA 1SBPA 1LAGE 3LSXA 2ZMBA 5KDTB 1B3GA 4I1DA 2QS2A 1L5TA 2UVHA 5CMBA 2ALUA 1NH7A 3PV0E 4UACA 4F3BA 2XXVA 3K2DA 4KQPA 2V3UA 3SERA 4ECFA 1QJMA 2CMOA 3MW0A 3FIRA 1ZKBA 3PUVE 5EHSA 4H8JA 4FORA 1NH8A 1OQGA 4R6YA 1FW0A 2I4BA 5DVJA 4LATA 4MH5A 5I2NB 1TXFA 2E1SA 1D4NA 2O7UA 2F7BA 1CE2A 3GLBA 5L9OA 3TQLA 4GL0A 1QKBA 4JWYA 5CC2A 1XOCA 2AIXA 3M3KA 5TU0A 2I3WA 3C32A 3FJGA 1B3FA 1N0TA 4IO3A 4U1ZA 2Z22A 5FHNA 3MJNA 1HSJA 5HBCA 3PPPA 4RY1A 3E3KA 4NMYA 1MRPA 3LBSA 3TTKA 4C1UA 3OMBA 1MH4A 5TP9B 4DXCA 3L6HA 4RPOA 2DXYA 1NKXA 2AL4A 3MVYA 3IB0A 1PEBA 3ZS6A 3N94A 3H06B 3TCHA 1QW0A 3RLFE 4F1VA 2I0BA 3TMGA 2G29A 1YCJA 1PB7A 1MQJA 4U22A 4I8CA 5L9SA 3H6WA 4NF6A 2XXUA 1PBQA 1UQWA 3R26A 3B7DA 4O3CA 3LSFB 3K0VA 1Y1ZA 3MZBA 4NF4A 2ZNSA 3ILUB 2O6AA 5L8DA 1MXZA 3QXMA 5I59B 5CRYA 3CSGA 3TDJA 3O6HA 3RPWA 3EHSA 4YKJA 1B52A 4NEDA 4X1DA 3H6UA 3T96B 4OHNA 1M5BA 4N6PA 1M5FA 3T9UA 5I2KA 3FVKA 3C4MA 5DYHA 4F3GA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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