1RYXA

Crystal structure of hen serum transferrin in apo- form
Total Genus 75
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
75
sequence length
686
structure length
686
Chain Sequence
APPKSVIRWCTISSPEEKKCNNLRDLTQQERISLTCVQKATYLDCIKAIANNEADAISLDGGQAFEAGLAPYKLKPIAAEVYEHTEGSTTSYYAVAVVKKGTEFTVNDLQGKTSCHTGLGRSAGWNIPIGTLLHRGAIEWEGIESGSVEQAVAKFFSASCVPGATIEQKLCRQCKGDPKTKCARNAPYSGYSGAFHCLKDGKGDVAFVKHTTVNENAPDQKDEYELLCLDGSRQPVDNYKTCNWARVAAHAVVARDDNKVEDIWSFLSKAQSDFGVDTKSDFHLFGPPGKKDPVLKDLLFKDSAIMLKRVPSLMDSQLYLGFEYYSAIQSMRKDQLTPSPRENRIQWCAVGKDEKSKCDRWSVVSNGDVECTVVDETKDCIIKIMKGEADAVALDGGLVYTAGVCGLVPVMAERYDDESQCSKTDERPASYFAVAVARKDSNVNWNNLKGKKSCHTAVGRTAGWVIPMGLIHNRTGTCNFDEYFSEGCAPGSPPNSRLCQLCQGSGGIPPEKCVASSHEKYFGYTGALRCLVEKGDVAFIQHSTVEENTGGKNKADWAKNLQMDDFELLCTDGRRANVMDYRECNLAEVPTHAVVVRPEKANKIRDLLERQEKRFGVNGSEKSKFMMFESQNKDLLFKDLTKCLFKVREGTTYKEFLGDKFYTVISSLKTCNPSDILQMCSFLEGK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule keywords Ovotransferrin
publication title Tertiary structural changes associated with iron binding and release in hen serum transferrin: a crystallographic and spectroscopic study
pubmed doi rcsb
molecule tags Metal transport
total genus 75
structure length 686
sequence length 686
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-12-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1ryxA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1ryxA04
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1ryxA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1ryxA03
1B1XA 3FJMA 3VXCA 4H8JA 2D5WA 3ILUB 2OK2A 1H44A 3TTRA 3GXAA 1LB9A 3UA8A 3ILTB 4WEDA 3UK4A 2F7BA 1LBCA 4PFTA 4GXAA 4G2ZA 3VVEA 2GRVA 2QS4A 4DXBA 1D9YA 5DEXA 3SETA 1LFIA 1PB9A 1B58A 4G77A 1LAGE 4OMBA 3ODBA 3RT6B 3QUJA 1QW0A 2B3FA 1USYH 4OYVA 5H8QA 3TPAA 3AXFA 3QIMA 4ELPA 3MBPA 3IR1A 4KHZE 2I48A 3T9XB 3MQ9A 3N26A 2ANJA 2WKYA 4H1XA 3MP6A 2RCBA 3O6GA 2HCAA 5H8NA 1VFEA 1B5IA 5AE4A 3K6WA 3FV2A 1UTHA 1NL5A 4IO6A 4NF5B 4JSDA 3SKPA 3K1PA 2OZZA 1ATGA 4N13A 4U2RA 5L9SA 2DQVA 2R9JA 4AB6A 3LSWA 4GRKA 5KDTB 4TOZA 5EYFA 2UVGA 1XC1A 2DE4A 1ZIUA 4ZE8A 2V3TA 4FEBA 2Z8EA 3R26A 1B3LA 3SEYA 1YTVA 3GLBA 2X26A 3TODA 2Z8FA 4NE4A 4NWDA 4GQOA 1DTGA 4X9TA 4H65A 2YJPA 5JTYB 1RKMA 4G68C 4LQ5A 4N6PA 1MQHA 1IITA 2F6PA 2RC8A 4P0GA 2Q2CA 2DP8A 3V83A 5CBSA 2W7YA 1UIUA 4GLIA 3MW0A 4NF8A 4R73A 1S7YA 3MZBA 4PP0A 3MAMA 1BKAA 4OXVA 2Y84A 4HCYA 3E4RA 3TAJA 1H43A 2RCAA 4XKNA 3FXUA 4YB7A 3N5LA 3F11A 1Z7NE 3SEVA 2R71A 2ZNUA 5M2VA 1DMBA 2VP1A 1B7HA 4E0XA 1OIBA 4BLAA 5CBRA 2REJA 1B3GA 3ZS6A 2NVUB 2F78A 4E0WA 3VLWA 3B6TA 1N3XA 2V25A 1H76A 4KCDA 5AA3A 1L5TA 1MQIA 1WODA 1XVYA 3KJ7A 4O3BA 5A5XA 4F1UA 4Q0CA 4BDOA 4ONYA 2ABHA 3V8XB 1XOCA 3M3KA 4QFKA 3U94A 2ZYMA 1Y4CA 3LUYA 3SERA 1B4ZA 1B9JA 3C31A 2V3QA 4F39A 1PB7A 4OFOA 3FATA 5K2YA 1N3WA 1IXHA 3N6TA 4M4GA 3OOAA 4ZS9A 4KQPA 1XT8A 2A5TA 1II5A 2UYFA 3DLNA 5I56A 3OO6A 2OWTA 2IA4A 4R6KA 1XHYA 4OFLA 5L8DA 1MY1A 3JYRA 4RYAA 1A8FA 2O51A 2I49A 3KN3A 4YU0A 4KD5A 2NOOA 1M5FA 1Y9UA 4GXSB 1FTOA 3EF7A 3OENA 5CI5A 4OZ9A 4RA1A 4NF6B 3BFTA 1MXZA 3LSXA 1B0HA 3UORA 4OETA 3H6TA 3LC8A 5CRYA 3CIJA 1PBPA 3FZVA 4EXLA 4OEVA 4FATA 2VHAA 4QFOA 3USDA 4WXJA 3A3UA 2DSFA 2F7CA 5CMCA 4O3AA 3T22A 3FASA 1ANFA 3S9NC 3TCGA 5H8HA 4TLLB 5TPAA 2DXRA 3FGSA 3PMWA 4PFYA 1PEBA 4NF4B 2O69A 2THIA 3MVXA 4AQ4A 4KPTA 4F31B 2DWAA 4TLMB 1VSOA 4ISUA 1IXCA 1P1WA 4IGTA 2XHDA 3GZGA 1JVXA 5FTIA 3OO9A 1MM6A 3K6UA 4BDRA 3SDFA 1DOTA 1POY1 2XXRA 4OVJA 3IOVA 5ISUA 2PVUA 1A40A 1FQFA 2AL4A 3Q25A 1B5HA 1SW5A 2RC7A 4F19A 3K1NA 3PUWE 1DSNA 3UIFA 4Q5TA 5F1QA 3C35A 4NF5A 3PPQA 1FTKA 3MJNA 4TQUQ 1LCFA 2QL3A 3OD7A 1MDQA 2UVHA 1NFTA 5I57B 4KYEA 2Z23A 3BBRA 5I59B 1EZOA 3G3GA 2QJEA 3O6IA 1MXVA 3KN8A 2UVIA 5DTBA 4Q8RA 4QFLA 5ELVA 2XXYA 2Y7WA 5L9OA 4DCXA 5JTYA 4YMAA 3W15C 4G68A 4YKIA 3WAEA 3HHFA 1OLCA 3EQ1A 3VV5A 4IO5A 5KZTA 2F8DA 5IKBA 4IO4A 4X1BA 1MPDA 4THIA 5CMBA 4MBPA 5DVJA 2XXXA 3OXNA 1B3EA 1B6HA 1SYIA 3JZJA 4LONB 1N7WA 2Y7RA 1EH3A 3PUZE 1EU8A 4R9GA 2OWSA 3ZSFA 3MVZA 2UVJA 3K6XA 3PPPA 3VDFA 4U23A 1SI0A 4EF2A 2DOJA 2XXHA 4QSDA 4Z7EA 2ONSA 5I58A 3S9MC 4NTLA 2Q88A 4C0RA 4QHQA 3K4UA 4FORA 2ZNSA 4K3FA 3R6UA 1O63A 2HEUA 1B3FA 4NEDA 3KFMA 4DDDA 5I2KB 1UTBA 5AA1A 5TP9A 4ZDMA 2ZNTA 2GFEA 2H99A 3DP4A 1NH7A 4H6DA 2PT1A 3VE1B 1US4A 3EHTA 3SEXA 3FVGA 4I1DA 4OESA 4U1OA 4RY1A 4NWCA 3T66A 1DPEA 3B7DA 1R9QA 4HW8A 2XX7A 4MLVA 4KYSA 3PUVE 1JEUA 1HSEA 1M5DA 2ONKE 3EHSA 3IO6A 3TDJA 1A8EA 2OCUA 3TQLA 3MP1A 2X7PA 1JVYA 4FECA 2I3WA 4ELRA 3IJOB 3CFXA 2QRYA 1MS7A 1O7TA 5JK4A 1US5A 1PB8A 5J1DA 5DVFA 3PUYE 4U4SA 1WDNA 4NF6A 3G7WA 4ZEFA 4LZ5A 3CRBA 4H5FA 1YPNA 2DVZA 2I6EA 1B52A 5FHOA 3C9HA 4OERA 1N76A 2Q8JA 3VLVA 1SDXA 2P0SA 4XIGQ 2ZYOA 2V3UA 2M8CA 2XD3A 4NMYA 4R74A 4G8NA 3G3HA 1P1OA 2GHBA 4JWOA 1BLFA 5BWJA 4R9FA 2ZMBA 1CE2A 1SYHA 3FUZA 4N07A 5AA2B 2I4BA 1MY2A 3H3GA 4NF4A 3E3KA 1I6QA 1MY3A 3KN7A 3QAXA 2RKMA 1IXGA 4HS7A 4FJPA 1FW0A 3O97A 3IX1A 3O2AA 2I4CA 3KJTA 5ICQA 1ZLQA 2V84A 2E0SA 2H4IA 5ITPA 1SI1A 3RTFB 3I3VA 4ELOA 1OVBA 4RJZA 2F34A 4ZEBA 2I0BA 3IOWA 3OMBA 4YMBA 3D4GA 3Q26A 4U22A 2FNCA 2H25A 2ZYKA 1LAFE 3E13X 4ELQA 2DE2A 4DE8A 1TT1A 2NXOA 1LB8A 1Q1KA 4RNSA 4ESXA 1I6BA 1B4HA 5IAIA 1TXFA 2GH9A 1SD3A 2QMXA 4R72A 1BP5A 2DS9A 1AOVA 1LSTA 5I59A 5HPQA 1MH3A 3T9VA 3DP8A 4XXUA 1EZ9A 1A99A 2H98A 4JWYA 1AL3A 3OEKA 2D21A 3PD8A 2GHAA 4BDLA 3FD3A 2B3BA 4GFRA 2RF1A 3PV0E 3VLUA 1JQFA 5EHMA 4EQ9A 4ZECA 4IY6A 1ZMGA 5FTHA 3M8UA 3G3JA 3TTNA 2OJTA 1OMPA 4RPNA 1XS5A 1MRPA 3U8QA 1J1NA 2XXUA 2Z8DA 4ZE9A 1H3DA 2REGA 5H8FB 2CMOA 3TEPA 2HAVA 4PETA 2ESNA 2ALUA 1DPPA 1MQJA 3MPKA 3S2VA 1D4NA 5DVIA 2F35A 1POTA 3S4UA 4YB5A 1ZBMA 3H6VA 4OEUA 3L6GA 1M5CA 1MXXA 1XVXA 4Z0IA 3G3FA 2VOZA 4UACA 3UN6A 4H0WA 5DEXB 3KBRA 4BDMA 1MH4A 3C33A 2F97A 1FTJA 5I2KA 3TELA 4OTEA 3CFZA 1B32A 3N6UA 3U72A 4U4XA 3PGFA 1ZTYA 2NWJA 2ZYNA 4FIMA 1N0TA 3K00A 3H7MA 4MLQA 3UGWA 1HSLA 4IB2A 5AA2D 3MUQA 1NNPA 2QMWA 1JETA 1Z7ME 2DWIA 4YKJA 4F3PA 3SESA 4RPOA 2FYIA 5H8NB 1A55A 3I6VA 1FCKA 1B3HA 4ZZEA 3QSLA 4YKKA 3T9HB 2HXWA 3RGYA 3QK6A 3O66A 2E1SA 2DXYA 4FE8A 2I3VA 1MY0A 4IO7A 1B46A 4ZEDA 1KWHA 2F7AA 2DWHA 2VD2A 1ZJLA 1FTLA 1P1QA 1VR5A 3IK6B 2Q9TA 3GBBA 4G4PA 1B7UA 4DXCA 1QUIA 4JXIA 4POXA 4HCWA 1EZPA 3K02A 1T0KA 3O9PA 3QUFA 3FIRA 2ZXTA 5ICTA 3TCFA 5B7DA 4FAJA 3T93B 2YLNA 3ZKKA 4IY5A 4IGRA 1BTJA 2ONRA 5ITOA 1H45A 3IB1A 3TTLA 4G8HA 3KEIA 4KFQA 5KDTA 5AA2A 1Y1MA 1IEJA 1B1HA 1A7LA 1I6AA 1B05A 4PFWA 3H6UA 3HN0A 3H03A 3W9WA 3OEMA 4GIZA 3TCHA 2PT2A 2O1LA 4G8MA 4GWOA 3T9UA 1GGGA 5I2NB 1LFHA 2Q89A 1UIVA 3W9VA 5TU0A 3TMGA 3H06B 3QYTA 3FVKA 5JEIA 2XXQA 4YAHX 1R6ZA 3VXBA 3JV9A 5A5XB 1GV8A 5BUUA 1A54A 2F6GA 5CC2A 1LGBC 3HCQA 2PYYA 3KSXA 1P99A 2XXIA 3TQWA 4WKMA 4I62A 1LAHE 4O3CA 1YCJA 1MXWA 4LZ7A 3ZKLA 4MH5A 1IIWA 2KLFA 4R2FA 1ELJA 4EDPA 1GVCA 1TFAA 4EQBA 3VFJA 3CG1A 1SW1A 1CB6A 4GVOA 4KCCA 5CM6A 3TZAA 3K2DA 4ZEKA 1FQDA 2HZLA 3TTMA 4R6YA 1OVTA 3DM0A 3B6QA 1TFDA 4DZ1A 2DYXA 4KYDA 3MC2A 3U93A 3R7XA 4F3GA 3OSQA 3MVWA 3U92A 5L9MA 1P1NA 1GR2A 2G29A 2P2AA 1URGA 4PFUA 5H8FA 4AB5A 3EN3A 3HSTA 5FHMA 3G3IA 1OLAA 5KCJB 1ZKBA 2X7QA 4GL0A 2IEEA 3KOSA 5FHNA 3RPWA 3KSJA 3UP9A 3IOTA 1R9LA 4HTGA 5H8HB 1MY4A 2PMSA 1PBQA 5TPAB 2G93A 1VE4A 4R6HA 3E9XA 3H6WA 4ECFA 1N04A 4LZ8A 1O64A 2P1SA 4F18A 4YB6A 4JWXA 2H5YA 3Q28A 3KGCA 4LQ2A 3ONMA 2UXAA 2XXTA 2B65A 1QJMA 1AH5A 5H8SA 3BKIB 1QUKA 1WVJA 1TWYA 2VD3A 3TUSA 3C32A 2VGQA 4JSOA 2F5XA 3CSBA 2HAUA 1IQ7A 3PPOA 2HQ0A 1FQEA 3IB2A 2Y7KA 4KI0E 4R2BA 3MP8A 1B2HA 4F22A 2DWJA 2I58A 3G3KA 4XKPA 4JB7A 3FXQA 5LOMA 4I9DA 2AIXA 3RNNA 5HBCA 3LR1A 3VVDA 1PC3A 2DVCA 3FJ7A 2XXVA 3HO7A 3PPNA 2OBGA 2RINA 4GF8A 1SBPA 3PMXA 3TTKA 1AMFA 3PPRA 3KOTA 1MXUA 2XD2A 1QKAA 3N94A 4H5GA 3V89B 4EQ7A 4G68B 2O7UA 4LUBA 2O1MA 3OELA 2OLBA 3A09A 1B5JA 2H9BA 4ND9A 1MQGA 1PDAA 2QS1A 2DE3A 1LAXA 3Q27A 5AA4B 2XX9A 2PX1A 3K01A 1LFGA 3IOUA 5I57A 3EHUA 1JNFA 1FQBA 3RY3A 4F1VA 1YAEA 4UA8A 1JW4A 2D3IA 5HM4B 1SQYA 3RQTA 1MQDA 3OO8A 1P1UA 4EXKA 4F3SA 1Y3PA 1NKXA 1GTKA 1VFDA 3CSGA 3SEUA 3IAZA 1B51A 5I58B 3M3FA 4DXUA 3LBSA 3EPEA 4H67A 4MF3A 5I2NA 1D3KA 3CVGA 4OFJA 3KG2A 1I69A 1SW2A 1LCTA 5EHSA 1OQGA 3HPIA 3VVFA 1B40A 4QSEA 2QSXA 3T96B 3DP6A 3MZ1A 4OENA 4BDQA 3KZGA 4XTCQ 1UTBB 5TP9B 3CG3A 1B0LA 3H4ZA 1B7ZA 3CR9A 4R75A 1MPCA 2HZKA 4LATA 4POWA 1IUDA 1DTZA 3C36A 1MXYA 3RT8A 3MVYA 4YKPA 4C1TA 3O28A 3MZ9A 3B6WA 3D4CA 4H8IA 4P0IA 1NNTA 3P7IA 4YICA 4LA9A 1NMUA 2BJJX 4U1ZA 4X48A 2Y7PA 4WEPA 4C1UA 3MPLA 2XXWA 2PBWA 3PD9A 5K2XA 2O6AA 3FJGA 3RLFE 2YPNA 4P11A 3HHGA 3I5OA 5H8QB 4BDNA 4YZZA 4M1VA 1SVXB 4F3BA 3RN8A 1RYXA 4DCYA 2V93A 3IO4A 4LVQA 2AYSA 1NH8A 2Q2AA 3C34A 1SW4A 3TYHA 3TFLA 4Q30B 2Z22A 2QS3A 4DLDA 1JW1A 1UTHB 3FVNA 3LSFB 5KCJA 1Y4TA 3FXRA 4QF9A 4DIGA 2FA7A 3IB0A 4I8CA 3WAFA 1Y1ZA 3DELB 4MFIA 4XKQA 3FVOA 4OWDA 4ZZAA 2NUVA 3K6VA 3CI8A 1QVSA 2XX8A 2Y7IA 4FEDA 3SEWA 4GL8A 1S9TA 1N84A 3O29A 1RYOA 3LSLA 4RK9A 3GBAA 3A3CA 1MM7A 4XKRA 2F36A 1LLSA 1JEVA 4LP2B 3IJXB 5B70A 1QUJA 4F1YA 3IL1B 5F7VA 4NF8B 4F2QA 3PUXE 1QKBA 5DT6A 3RUMA 3QXMA 2AL5A 1R1NA 4PQJA 3M3LA 4PE5B 4QSCA 3S9LC 2I0CA 1NNFA 5I84A 4OQOA 1Y20A 2R6GE 2O7IA 3O6HA 1URSA 4KR5A 3PMVA 1S50A 4OHNA 3PU5A 3CFLA 3THIA 1M5BA 4ESWA 3C4MA 2A5SA 1BIYA 1F9BA 4RK2A 2O84X 2HFBA 2O68A 1Y3QA 3S9EA 3K1MA 5DYHA 4QFNA 2RC9A 1QULA 1AIVA 3Q29A 1URDA 1NNKA 3BFUA 1UQWA 2XXPA 1LBBA 4X1DA 3OO7A 1ZU0A 4QFPA 1USYE 3K0VA 5AA4A 1MG1A 1IZ1A 4U21A 1FTMA 3TKDA 4F2OA 4GOTA 4QRZA 2QPQA 5CMKA 1N7XA 3ECRA 2A5TB 2LAOA 4GD5A 5I56B 4L17A 1FQCA 4RXLA 1FQAA 4JBZA 3V5AA 1MDP1 1IXIA 1MPBA 3L6HA 4IO2A 4EUOA 3HV1A 3MWBA 4EF1A 1Q35A 4IO3A 1D9VA 3U1OA 4ZEIA 1JW5A 4F29A 2CZLA 2UYEA 2QS2A 1OQHA 1M5EA 3RTWB 4JDFA 5CMMA 3FV1A 1HSJA 1Y3NA 3OSRA 3IORA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1B1XA 1IMEA 3FJMA 3VXCA 4H8JA 2D5WA 3ILUB 2OK2A 4HXVA 1H44A 3TTRA 2WEFA 3GXAA 5I7IA 1LB9A 3UA8A 3ILTB 4WEDA 4MCOA 3UK4A 2F7BA 1LBCA 4PFTA 4GXAA 4G2ZA 4N6DA 3VVEA 2GRVA 2QS4A 4DXBA 1D9YA 5DEXA 3SETA 1LFIA 4PAIA 1PB9A 1B58A 4G77A 1LAGE 4NAPA 4OMBA 3ODBA 3RT6B 3QUJA 1QW0A 2B3FA 1USYH 4OYVA 5H8QA 3TPAA 3AXFA 3QIMA 4ELPA 4OVTA 3MBPA 3IR1A 1DK4A 4KHZE 1Q9DA 2I48A 3T9XB 4O7IA 3MQ9A 2BJIA 3N26A 2ANJA 2WKYA 4H1XA 3MP6A 2RCBA 3O6GA 2HCAA 5H8NA 1VFEA 1B5IA 2XXKA 3K6WA 5AE4A 1K9YA 2Y5KA 3FV2A 1UTHA 1NL5A 4IO6A 4PAKA 4NF5B 4JSDA 4P8BA 3SKPA 3K1PA 2OZZA 1ATGA 4N13A 4U2RA 5L9SA 2DQVA 2R9JA 2VPOA 4AB6A 3LSWA 4GRKA 5KDTB 3CHGA 4DI3D 4TOZA 5EYFA 2UVGA 1XC1A 2DE4A 1ZIUA 4ZE8A 2V3TA 4FEBA 2Z8EA 3R26A 1B3LA 3SEYA 1YTVA 3GLBA 2X26A 3TODA 2Z8FA 4NE4A 4NWDA 4X04A 4GQOA 1DTGA 4X9TA 4H65A 2YJPA 5JTYB 4AS4A 1RKMA 4G68C 4LQ5A 4N6PA 5EYGA 1FBCA 1MQHA 1IITA 2F6PA 1YZ0A 2RC8A 4P0GA 2Q2CA 1LEVA 2DP8A 2WBBA 3V83A 5CBSA 2W7YA 1UIUA 4GLIA 3MW0A 4NF8A 4R73A 1S7YA 3MZBA 4PP0A 3MAMA 2KR0A 1BKAA 4OXVA 4PFBA 2Y84A 4HCYA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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