1RYXA

Crystal structure of hen serum transferrin in apo- form
Total Genus 75
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
75
sequence length
686
structure length
686
Chain Sequence
APPKSVIRWCTISSPEEKKCNNLRDLTQQERISLTCVQKATYLDCIKAIANNEADAISLDGGQAFEAGLAPYKLKPIAAEVYEHTEGSTTSYYAVAVVKKGTEFTVNDLQGKTSCHTGLGRSAGWNIPIGTLLHRGAIEWEGIESGSVEQAVAKFFSASCVPGATIEQKLCRQCKGDPKTKCARNAPYSGYSGAFHCLKDGKGDVAFVKHTTVNENAPDQKDEYELLCLDGSRQPVDNYKTCNWARVAAHAVVARDDNKVEDIWSFLSKAQSDFGVDTKSDFHLFGPPGKKDPVLKDLLFKDSAIMLKRVPSLMDSQLYLGFEYYSAIQSMRKDQLTPSPRENRIQWCAVGKDEKSKCDRWSVVSNGDVECTVVDETKDCIIKIMKGEADAVALDGGLVYTAGVCGLVPVMAERYDDESQCSKTDERPASYFAVAVARKDSNVNWNNLKGKKSCHTAVGRTAGWVIPMGLIHNRTGTCNFDEYFSEGCAPGSPPNSRLCQLCQGSGGIPPEKCVASSHEKYFGYTGALRCLVEKGDVAFIQHSTVEENTGGKNKADWAKNLQMDDFELLCTDGRRANVMDYRECNLAEVPTHAVVVRPEKANKIRDLLERQEKRFGVNGSEKSKFMMFESQNKDLLFKDLTKCLFKVREGTTYKEFLGDKFYTVISSLKTCNPSDILQMCSFLEGK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Tertiary structural changes associated with iron binding and release in hen serum transferrin: a crystallographic and spectroscopic study
pubmed doi rcsb
molecule tags Metal transport
molecule keywords Ovotransferrin
total genus 75
structure length 686
sequence length 686
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-12-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1ryxA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1ryxA04
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1ryxA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1ryxA03
1R6ZA 3EF7A 3MVWA 3QAXA 5JTYB 3I5OA 4GVOA 4H8JA 4OFLA 3KOSA 3U93A 2YPNA 3VDFA 1DSNA 2DP8A 4GD5A 4QSEA 1CE2A 2OWSA 3FVOA 1MXWA 2V25A 3KGCA 1TXFA 4H0WA 3SEYA 1N3XA 2Q89A 1P1UA 2DXRA 4KQPA 3TTMA 3VE1B 3TCGA 2B3FA 1BKAA 3H6WA 4U4XA 1OLCA 4ZZAA 2Z8DA 4RA1A 5I56A 4GXAA 5JEIA 1LAFE 1MXZA 1VFEA 4OEUA 4Z7EA 3HSTA 4LQ2A 4NEDA 1AMFA 1URGA 4XXUA 1DTGA 4NE4A 4F3SA 5AA2D 3MC2A 4HW8A 1MY2A 4IO3A 3SDFA 3TELA 3HHFA 1QKBA 3AXFA 5CBSA 1TWYA 1EU8A 1P1NA 5CM6A 4WEDA 3MPLA 4ZE8A 2VHAA 1EZPA 4LA9A 1I69A 1FQBA 3HO7A 3MP6A 2YLNA 4KYEA 2AL4A 2O6AA 2H5YA 1Y3QA 1N76A 4QF9A 3E4RA 4QHQA 5TU0A 4JBZA 4R6YA 3PMVA 3A3UA 1B9JA 5CMMA 4NF8B 2DXYA 3MVYA 1ANFA 1N04A 4O3BA 5HBCA 1OVTA 2DVCA 4KI0E 2B65A 4DXUA 3ZSFA 2ONRA 3TYHA 3FVNA 1MXUA 2O84X 3MVXA 1HSJA 1NMUA 1ZBMA 2I6EA 3Q25A 4U23A 4HCWA 4ZZEA 5H8FB 3OD7A 3TTNA 5JK4A 2M8CA 5BWJA 1DOTA 2OJTA 1USYE 3H06B 5AA3A 3HCQA 3H03A 1O64A 1UIUA 4IO7A 1URDA 4HS7A 2HAUA 3IOVA 2PT1A 4AQ4A 1Y3PA 3D4CA 3MPKA 4LZ7A 1RKMA 1D3KA 3G3IA 3O29A 3T9HB 4IO6A 1JETA 3L6HA 4U4SA 4F39A 1P99A 3GZGA 3UGWA 5ICQA 1H45A 4EQ9A 5KDTB 1AL3A 4QSDA 3O6IA 2H98A 2RCBA 4OVJA 4FATA 3VLUA 5I57B 2DOJA 4IY5A 2E1SA 2H25A 1NH8A 4KYSA 5I58A 3PUXE 1MM7A 2AIXA 1UQWA 2OK2A 1B0LA 3PUVE 2QL3A 1A54A 3RLFE 2Q8JA 1IXHA 3UA8A 3RTWB 4EQ7A 4G68B 1SW1A 3Q28A 4ISUA 4FEDA 1B4HA 3RN8A 3VFJA 4ONYA 1WODA 1MQHA 5I59B 5FHMA 1PB7A 1URSA 2ZXTA 3CFLA 1GVCA 1B3HA 3S9MC 4FIMA 4BLAA 1NNPA 1ZKBA 4PFWA 4QFLA 2PX1A 4EXKA 3K6VA 4Q30B 4YMAA 4YAHX 3K01A 1H76A 4GXSB 1B46A 1H3DA 3FIRA 3IR1A 4ELPA 3KN3A 2I0CA 3I6VA 3H6VA 2V84A 2BJJX 2XX9A 3K0VA 5AA4A 4FECA 3SEXA 4G68C 3K00A 3KBRA 4YKKA 1A40A 1POTA 3C33A 1B2HA 3UIFA 4TLMB 5ICTA 2V3UA 2HAVA 5H8SA 3QYTA 3KOTA 1PEBA 2CMOA 2DE2A 4GRKA 4GWOA 5K2YA 5J1DA 5ITOA 1B5JA 2D21A 2XX8A 3IX1A 3BKIB 1IIWA 4H8IA 1MQIA 1Y3NA 3S9NC 2X7QA 2XXHA 1I6BA 1OVBA 4ND9A 3RT8A 4R75A 4DIGA 1Y1MA 1IXGA 1B0HA 3G3JA 3LSFB 2F7CA 3MP8A 1MQJA 4C1UA 3QSLA 5JTYA 4LP2B 3OOAA 1DPEA 2DYXA 5TP9B 5KCJB 3G3KA 1IZ1A 3R7XA 4EDPA 2RCAA 4G8NA 1LAXA 4PFTA 2GHAA 3B6QA 4ZS9A 2NOOA 2R6GE 3RY3A 1MY0A 2ABHA 3K4UA 1MXVA 1QKAA 2F34A 3D4GA 2QS2A 3G3HA 4KR5A 3MAMA 2I48A 5AA2A 3TUSA 1WDNA 1II5A 5EYFA 5TPAA 2LAOA 3WAFA 3K6XA 5CI5A 4DDDA 4HCYA 3V8XB 2E0SA 2REJA 4U1ZA 3FGSA 3MWBA 4G2ZA 4KHZE 1B7UA 2DS9A 3IAZA 4P0IA 1QUIA 3E3KA 2NWJA 2Z8FA 3GXAA 4H65A 1A55A 3FXRA 3IB1A 3CFZA 3KFMA 1ZMGA 3OSQA 1ZTYA 4NF6A 4XKNA 3DP6A 4F3GA 1UTHB 2NUVA 1XHYA 3CI8A 4ZEBA 3OO9A 3SEWA 4G8HA 2Y7IA 5I84A 3KN8A 4OZ9A 1S7YA 1R9QA 2XXVA 2D5WA 1I6AA 1B58A 3V83A 1LB9A 5IKBA 1LB8A 4AB6A 2UVHA 4PFYA 2VOZA 5H8QB 1BTJA 4NF5A 4NMYA 4XKRA 5M2VA 4MBPA 1MH3A 3T22A 2ZNSA 4EF1A 2ANJA 1US4A 4GL0A 1FW0A 3EHSA 3CG3A 3U8QA 3P7IA 4NTLA 2XXTA 4O3AA 3KG2A 1PDAA 1TFDA 2F5XA 3L6GA 3GBBA 4OFOA 1IQ7A 1D9VA 4RYAA 4LUBA 2Q88A 3THIA 4ECFA 4U22A 3G3GA 4RXLA 3T9XB 3TAJA 4JWYA 1IITA 4JWOA 4K3FA 3B7DA 5DEXA 2AYSA 3UN6A 4EQBA 3CVGA 2ZYOA 3VLWA 3ZKKA 3SERA 2HZKA 1OQHA 3PMXA 4XTCQ 1LAHE 4LATA 5KCJA 3OXNA 2XD2A 2IEEA 1FCKA 1XS5A 2PYYA 2XX7A 4XIGQ 4YMBA 3KJ7A 4DCYA 2F6PA 3VXBA 3M8UA 2O51A 1NKXA 4P11A 4GFRA 4KFQA 3VVEA 2A5TB 1N7WA 1LCTA 3TDJA 3Q29A 4G4PA 4TOZA 3U92A 2Y7PA 1M5CA 4H5GA 1PB8A 2D3IA 3FV1A 4N07A 5HPQA 4WKMA 2O1MA 5A5XA 3FJGA 3LC8A 3U94A 5AA2B 2F7BA 3K1NA 4KPTA 1T0KA 2DE3A 1IUDA 2PBWA 3LSWA 3Q26A 5CMBA 1B7HA 2XXRA 5ELVA 1FQEA 4ZEIA 1BP5A 1OLAA 1VE4A 4OERA 1FQAA 2ZYKA 1WVJA 4C1TA 3S9EA 1FTOA 2I3VA 2I58A 1LFHA 3VV5A 2KLFA 2V3QA 1GGGA 1LGBC 5I2KA 1USYH 1ZLQA 4F2QA 4BDOA 5CBRA 4RPNA 3KSJA 1JW1A 4ZE9A 1JW5A 2UYEA 5H8QA 3QK6A 4NF5B 1NFTA 4M4GA 1DMBA 4OESA 5FTIA 1MM6A 4DXBA 4NWCA 5F1QA 3TODA 4OENA 1EZOA 3K6UA 4THIA 1B32A 3IOWA 4U2RA 1SW5A 4OTEA 3OO6A 3RPWA 2GFEA 1OIBA 3IL1B 1MDP1 1ZJLA 4IO2A 4KCCA 4YB7A 4ELQA 4X1BA 1Y20A 1B3FA 2HEUA 3T66A 2V93A 3TCFA 4ESWA 4G8MA 2O1LA 1UTHA 2RC8A 1GTKA 2DE4A 3I3VA 3N94A 3PPPA 3FASA 3PUZE 3MJNA 3C36A 4IGTA 5ISUA 2I49A 3HN0A 4H67A 4LQ5A 3SESA 2OWTA 2WKYA 2QPQA 3CRBA 3FV2A 4DE8A 3FZVA 3FJMA 4ZECA 1LFIA 3SEVA 1XC1A 3O28A 1SD3A 4EUOA 5KDTA 4QFPA 5EHSA 1B3EA 5DYHA 3UORA 3U72A 3E13X 3W15C 1Z7ME 3RQTA 4ESXA 3IO4A 2THIA 1B7ZA 5DEXB 5I2NB 5I2NA 2QJEA 5B7DA 5DVIA 1B05A 4RJZA 5FHOA 1Y4TA 5A5XB 3HHGA 2P1SA 4X9TA 2HZLA 2G93A 2QMXA 3H4ZA 4PQJA 4HTGA 4RPOA 2QS1A 3DELB 4H6DA 1EH3A 3FD3A 3KSXA 4L17A 4PETA 4TQUQ 4EF2A 4F2OA 5L9MA 1MY1A 2H4IA 3MW0A 1N3WA 3DM0A 3FVKA 4OMBA 1TFAA 4QFNA 1QULA 1YCJA 4DLDA 3VXCA 3EN3A 1YAEA 4I9DA 3V89B 1JVYA 2OZZA 3ZS6A 3O2AA 1JVXA 4ELRA 3QUJA 5I57A 3G7WA 1MQGA 1H44A 1VFDA 1N0TA 3HPIA 3RUMA 4F3BA 4YB6A 4LONB 4LVQA 4POWA 4FORA 2F7AA 3TFLA 1PB9A 2RF1A 3B6WA 3CR9A 3F11A 4IY6A 1ZU0A 5ITPA 1CB6A 1PC3A 3K02A 4GF8A 5H8HB 4OETA 2QS3A 5EHMA 2XXPA 4R2FA 4BDRA 1M5EA 4RK2A 1B5IA 4X48A 1NNKA 3PU5A 1AOVA 3O9PA 3PUYE 4XKQA 3ODBA 1LLSA 1P1OA 2ZYMA 3O66A 4QFKA 2DWIA 3M3LA 2QS4A 2H9BA 5TPAB 3E9XA 1LCFA 1GV8A 3FXUA 4Q5TA 3PD9A 4MLQA 3IB0A 1N84A 1KWHA 1VSOA 5K2XA 1QW0A 1AIVA 2O7UA 2QSXA 1XVXA 3LUYA 2PT2A 4FJPA 1UTBA 1QUJA 4GLIA 1IXIA 3EPEA 3M3FA 3U1OA 2ONKE 3DP4A 1AH5A 2F6GA 1S9TA 2Q2AA 5DVJA 1D4NA 5L9SA 2R9JA 3OELA 2I4CA 3FXQA 3QUFA 1Z7NE 3Q27A 4EXLA 2A5TA 3BBRA 2GRVA 3MUQA 5L9OA 2ZYNA 3K1PA 1M5BA 4NF6B 4MH5A 2GH9A 3MZBA 5CMCA 4WEPA 2P2AA 3PD8A 4I8CA 3S2VA 1P1QA 1MH4A 2Y7KA 3T96B 3TTKA 4BDQA 4FAJA 1MPDA 1MXXA 1XOCA 1MXYA 2F36A 1JEVA 4YKJA 1ATGA 1B1HA 4IB2A 1A7LA 4NF4A 1F9BA 2ZMBA 4RK9A 2Y7WA 2X7PA 4ZEKA 1HSLA 2Z23A 4M1VA 1H43A 2RKMA 1PBPA 3DP8A 1FQCA 1YPNA 4KD5A 2UYFA 2O69A 4QFOA 2NVUB 3FJ7A 3TCHA 4IO5A 5DVFA 4ZDMA 4DCXA 4KYDA 2VD3A 4JB7A 3JV9A 4E0XA 4AB5A 3K6WA 3TKDA 2I0BA 1NH7A 2ZNTA 1NL5A 3IORA 3OEKA 3TZAA 2YJPA 2AL5A 4N6PA 1LBBA 3RNNA 4BDLA 4F3PA 2OLBA 3WAEA 4IGRA 5FTHA 2HQ0A 3ONMA 3G3FA 5L8DA 4ELOA 2RC9A 3USDA 5H8FA 1UIVA 3UK4A 3MBPA 1QJMA 3N26A 2XHDA 1B40A 3C31A 5B70A 1M5FA 2W7YA 3BFUA 4OFJA 3OEMA 1A99A 3TQLA 2PMSA 5I56B 4H5FA 1MY3A 3EHUA 4NWDA 2VGQA 1BIYA 3CIJA 3IO6A 3QIMA 5I59A 2F97A 2UVGA 2XXYA 3IK6B 1LFGA 2NXOA 4G68A 4I1DA 1JQFA 1MY4A 2HCAA 1IEJA 3FATA 5AA1A 5CRYA 5IAIA 2CZLA 4QSCA 1SI0A 3SEUA 5AA4B 3PPOA 4U1OA 4UA8A 4YKPA 5FHNA 2DQVA 3K2DA 1SYHA 2H99A 3IJXB 3A3CA 3OO7A 4GOTA 4PP0A 5H8HA 4ZEFA 4BDMA 3O6GA 4PFUA 2ZNUA 3T93B 3W9WA 5H8NB 1OQGA 4F1UA 2IA4A 1JEUA 4UACA 3MZ1A 3S4UA 3O6HA 4Q8RA 1R9LA 2G29A 3H3GA 3PGFA 4LZ8A 1MPBA 3JZJA 2QMWA 3SKPA 3HV1A 2Y84A 3CFXA 1IXCA 3N6UA 1XT8A 2RC7A 3O97A 4O3CA 2ALUA 3TQWA 3ZKLA 4IO4A 3C9HA 4R72A 4R6HA 1SYIA 2Q2CA 1D9YA 3C32A 3DLNA 3LSXA 1Y1ZA 3C34A 3MZ9A 1RYXA 3CSGA 4OEVA 5CMKA 1SW2A 1ZIUA 3PMWA 3OO8A 1MS7A 4F1VA 1SI1A 4JSDA 3PPQA 1ELJA 3UP9A 3OMBA 1SQYA 4P0GA 1Q35A 5BUUA 3N5LA 4R9FA 2HFBA 3BFTA 4OQOA 4Q0CA 4U21A 4GL8A 3W9VA 2FNCA 3LSLA 3C4MA 1FQDA 3V5AA 4DXCA 2I4BA 5I58B 3GLBA 4YZZA 3MVZA 3TEPA 2GHBA 3OENA 2P0SA 4FE8A 4OXVA 1TT1A 1O7TA 1FTJA 1VR5A 1M5DA 1GR2A 2B3BA 3C35A 3PPRA 2Q9TA 1JNFA 4GQOA 4KCDA 4F31B 2R71A 5H8NA 3QXMA 3TPAA 1DTZA 1EZ9A 4F18A 5HM4B 4E0WA 3KJTA 1N7XA 1A8FA 2DWJA 3KZGA 3KN7A 2XXUA 3H6UA 2ONSA 1SDXA 1Y9UA 3PPNA 1O63A 4WXJA 3IJOB 3FUZA 2ESNA 4YU0A 3S9LC 1J1NA 2I3WA 2X26A 4GIZA 1LAGE 1POY1 2QRYA 4JDFA 3RT6B 4MLVA 5KZTA 4X1DA 1FQFA 1QUKA 2VD2A 5LOMA 3R26A 4YICA 2OBGA 1NNTA 1DPPA 2OCUA 3CG1A 4DZ1A 3PUWE 4C0RA 4R73A 2Z8EA 2A5SA 4TLLB 3IB2A 1S50A 2XXQA 4NF8A 4RY1A 4ZEDA 3JYRA 4F29A 1JW4A 3TMGA 2Z22A 1I6QA 3IOUA 2XXXA 3SETA 5CC2A 2F35A 4YB5A 1PBQA 4FEBA 4LZ5A 1LBCA 3GBAA 1SVXB 3KEIA 4I62A 3T9VA 1B51A 4QRZA 3FVGA 3RGYA 4F19A 3TTRA 4F22A 1MQDA 1B5HA 1B3LA 1BLFA 4R74A 2FA7A 2FYIA 3EQ1A 4R2BA 4R9GA 5F7VA 3LBSA 2XXIA 4OHNA 2UVIA 2XXWA 1FTMA 3OSRA 1Q1KA 3PV0E 4RNSA 3TTLA 3IOTA 3MQ9A 1MG1A 2O7IA 3N6TA 1SBPA 2V3TA 2PVUA 1RYOA 3ILTB 1MPCA 2DWHA 1SW4A 4N13A 4R6KA 4XKPA 4Z0IA 3RTFB 1MDQA 1B3GA 1FTLA 3M3KA 2Y7RA 5AE4A 4BDNA 4JSOA 1B6HA 4POXA 1Y4CA 1OMPA 2RINA 2UXAA 5DT6A 3MP1A 1B52A 3EHTA 2DWAA 1P1WA 2UVJA 3VVDA 1NNFA 2F78A 3T9UA 1YTVA 4OWDA 5I2KB 3H7MA 2HXWA 3LR1A 3A09A 3CSBA 3ECRA 1XVYA 3VVFA 3VLVA 3ILUB 4YKIA 2REGA 2DSFA 3R6UA 4MFIA 1UTBB 2XD3A 4PE5B 2F8DA 4OYVA 4G77A 4JWXA 4MF3A 5DTBA 1HSEA 1MRPA 4F1YA 1US5A 1FTKA 1B1XA 2O68A 3H6TA 3K1MA 1R1NA 4JXIA 1LSTA 3B6TA 1A8EA 4H1XA 1B4ZA 2VP1A 5TP9A 4NF4B 1QVSA 1L5TA 2DVZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3EF7A 3MVWA 3QAXA 4GVOA 4H8JA 1KA1A 5IM2A 3U93A 2YPNA 3VDFA 2DP8A 4NHBA 3FVOA 1TXFA 3TTMA 1N3XA 3VE1B 4PFBA 1OLCA 3FBPA 2Z8DA 1LAFE 3HSTA 4NEDA 2ZZXA 1XI6A 1DTGA 5IZ1A 5AA2D 3SDFA 4PGPA 3E79A 1P1NA 4WEDA 4ZE8A 1EZPA 1I69A 1FQBA 3HO7A 2AL4A 1N76A 3E4RA 3PMVA 4NF8B 4GWXA 5HBCA 3ZSFA 4NAPA 3MVXA 3Q25A 4ZZEA 5JK4A 4NN3A 2KQZA 3H06B 1AWBA 1RKMA 1D3KA 3O29A 2VPNA 5I7IA 4KYSA 3V5AA 1B0LA 3PUVE 4EQ7A 2Q8JA 3RN8A 5I59B 2ZXTA 3CFLA 4BLAA 2FHYA 4QFLA 4EXKA 4YMAA 4IR8A 1B46A 1H3DA 3IR1A 3KN3A 2I0CA 1NV4A 2BJJX 2XX9A 5AA4A 4G68C 4YKKA 3C33A 4P47A 1PEBA 5J1DA 1B5JA 3IX1A 1YYZA 3BKIB 4N8GA 2X7QA 1LBZA 4ND9A 4DIGA 4R75A 4P8BA 3LSFB 2F7CA 3MP8A 4MAGA 3OOAA 1DPEA 1IZ1A 1FBGA 5ET5A 1LAXA 4ZS9A 2ABHA 3V89B 4F3GA 5AA2A 1QKAA 2F34A 2QS2A 4GBVA 2I48A 1G0HA 1WDNA 5TPAA 3GYYA 5CI5A 3V8XB 2E0SA 2FBPA 4KHZE 4P0IA 4ZE9A 3KFMA 4NF6A 1NV7A 2NUVA 5I84A 4OZ9A 1S7YA 4X8RA 3V83A 5IKBA 1LB8A 5FBPA 2VOZA 1BTJA 4NMYA 4MBPA 4GL0A 3D1RA 3U8QA 3CG3A 4NTLA 4O3AA 1FPDA 4NGUA 3TAJA 4K3FA 3B7DA 2Y5KA 2XD2A 1FSAA 4KFQA 1FBPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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