1RYXA

Crystal structure of hen serum transferrin in apo- form
Total Genus 75
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
75
sequence length
686
structure length
686
Chain Sequence
APPKSVIRWCTISSPEEKKCNNLRDLTQQERISLTCVQKATYLDCIKAIANNEADAISLDGGQAFEAGLAPYKLKPIAAEVYEHTEGSTTSYYAVAVVKKGTEFTVNDLQGKTSCHTGLGRSAGWNIPIGTLLHRGAIEWEGIESGSVEQAVAKFFSASCVPGATIEQKLCRQCKGDPKTKCARNAPYSGYSGAFHCLKDGKGDVAFVKHTTVNENAPDQKDEYELLCLDGSRQPVDNYKTCNWARVAAHAVVARDDNKVEDIWSFLSKAQSDFGVDTKSDFHLFGPPGKKDPVLKDLLFKDSAIMLKRVPSLMDSQLYLGFEYYSAIQSMRKDQLTPSPRENRIQWCAVGKDEKSKCDRWSVVSNGDVECTVVDETKDCIIKIMKGEADAVALDGGLVYTAGVCGLVPVMAERYDDESQCSKTDERPASYFAVAVARKDSNVNWNNLKGKKSCHTAVGRTAGWVIPMGLIHNRTGTCNFDEYFSEGCAPGSPPNSRLCQLCQGSGGIPPEKCVASSHEKYFGYTGALRCLVEKGDVAFIQHSTVEENTGGKNKADWAKNLQMDDFELLCTDGRRANVMDYRECNLAEVPTHAVVVRPEKANKIRDLLERQEKRFGVNGSEKSKFMMFESQNKDLLFKDLTKCLFKVREGTTYKEFLGDKFYTVISSLKTCNPSDILQMCSFLEGK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Tertiary structural changes associated with iron binding and release in hen serum transferrin: a crystallographic and spectroscopic study
pubmed doi rcsb
molecule tags Metal transport
molecule keywords Ovotransferrin
total genus 75
structure length 686
sequence length 686
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-12-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1ryxA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1ryxA04
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1ryxA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1ryxA03
3C33A 3H3GA 1LLSA 1N04A 3O28A 2OWTA 2RC7A 1VE4A 3VXBA 1VR5A 2G29A 3MBPA 5CRYA 2REJA 1DPPA 2XX7A 3E13X 2AYSA 1P1UA 2UYEA 2DP8A 3HO7A 1TFDA 3KZGA 2P2AA 3MVWA 3G3JA 2QS1A 4IO3A 1BTJA 2DE2A 3W15C 1DSNA 4G77A 1PBPA 1N7WA 3W9WA 2CMOA 2QRYA 1PBQA 3BBRA 3PUVE 2VD3A 4R6YA 5AA3A 1SBPA 3ILTB 1MPCA 3KN7A 3T9HB 1D9YA 3QIMA 1NNPA 3R7XA 1Y1MA 5ICQA 1VFDA 2F97A 1NNTA 3KGCA 1MY1A 4ELQA 2RKMA 2ZYKA 4F3SA 5I58A 3Q27A 3DP8A 3RQTA 1LCTA 2QSXA 3TKDA 1SYIA 3Q28A 5TPAB 1OMPA 1P1QA 1MM6A 1PB9A 2RF1A 4N6PA 2CZLA 3RY3A 1DTGA 1B4ZA 1PEBA 1BP5A 2KLFA 2ZXTA 3FXRA 3IORA 4R75A 5TP9B 3MZ1A 1FTLA 5I56B 4FE8A 4OFJA 3TFLA 1JNFA 1CE2A 3TPAA 4BDRA 1SW5A 2Z22A 4XKPA 3SEVA 3S9MC 3PPRA 4NEDA 2ZNUA 4H6DA 1MQIA 2R9JA 4POXA 4HW8A 2UVGA 3IJOB 4YZZA 1EU8A 2A5TB 1FQBA 4X1DA 2PT1A 2UVIA 3RPWA 2GFEA 1SYHA 2I3VA 3IX1A 4PQJA 4DZ1A 1XS5A 4ZZEA 4DCYA 2ZYNA 1A54A 4OXVA 5TU0A 4H65A 2DQVA 3KJ7A 2PVUA 3IL1B 4R2FA 1LB8A 4ELPA 3T22A 3MJNA 3S4UA 3UORA 1ZIUA 2VOZA 5I2KA 1ZU0A 3DM0A 5ICTA 1B7HA 1YCJA 5TP9A 3U72A 2GHAA 3VE1B 3K6UA 4E0XA 4EQ9A 5CBRA 1I6BA 3DLNA 1SW1A 3I5OA 3K6XA 1NNKA 2XXHA 4GFRA 5A5XA 3C4MA 4KQPA 3TZAA 1TXFA 5DT6A 5H8FB 1Q35A 3IK6B 3P7IA 2V3QA 1B7ZA 2OCUA 5FHOA 4C0RA 3A09A 1MH4A 2DS9A 2DWIA 1JEVA 2OJTA 4EF2A 2H98A 3PD8A 2OZZA 4MBPA 1FTJA 4DXBA 3SKPA 2F5XA 2XXTA 3MWBA 2VGQA 4OHNA 3G3IA 3KEIA 1A40A 3CRBA 4BDOA 1OVBA 2RCAA 4MLVA 1ZBMA 2H4IA 3RGYA 2F78A 4DXUA 2X7QA 3ODBA 2NUVA 3B6TA 3QK6A 4FEBA 4Q5TA 3RT8A 3FUZA 4DDDA 4FATA 4TOZA 4KD5A 3K1MA 3PPPA 1S9TA 3U1OA 3HSTA 5ELVA 4FECA 2UVHA 4GQOA 4JXIA 1OIBA 3MC2A 1HSEA 3N5LA 1NH7A 4KYSA 5DVJA 5IAIA 5KDTA 4JB7A 4LQ5A 1B32A 3MPLA 3MP8A 1MPBA 3Q25A 1RKMA 3IOTA 2Y84A 1URSA 2H25A 3H6VA 1ANFA 4GVOA 4IO7A 2F35A 3JV9A 3KN3A 4OVJA 4YB6A 5IKBA 5H8HA 3SEXA 2PYYA 2YPNA 4ESWA 5H8NB 1B3FA 1VSOA 1PB8A 3GBBA 4PP0A 2O1MA 1FQDA 1LAGE 1XT8A 2RINA 4QFKA 3TYHA 3UP9A 4AB6A 5JTYA 4HTGA 1MY0A 4H0WA 3SESA 4EUOA 4QSEA 4ZE8A 1TWYA 4F39A 4G8MA 4O3AA 1GVCA 4Q30B 3SEWA 3HN0A 4M1VA 1J1NA 3MUQA 3ZKLA 3K1PA 2X26A 2NWJA 3KN8A 4JDFA 1UTBB 4NF8B 3OSRA 5DVIA 3USDA 1O64A 1DPEA 3EHUA 3FJMA 1IQ7A 2Z8FA 2DE4A 4H8JA 5JTYB 3MQ9A 3SEUA 4RXLA 2HCAA 2NVUB 3E3KA 3M3LA 3EHSA 1SW4A 1MXYA 2A5SA 2FA7A 2THIA 2OBGA 2PMSA 2UVJA 3KBRA 1ZKBA 3MP6A 4I62A 2QMXA 4NF6A 3OEMA 1B05A 4PFYA 3ONMA 2E1SA 4DLDA 1JW4A 3ZSFA 2REGA 1PB7A 1TFAA 1UIVA 4LONB 4X48A 4YAHX 2BJJX 1Y3NA 2A5TA 2PBWA 3IB2A 3OMBA 4QSDA 3QYTA 4QHQA 2Y7WA 3G3FA 1RYXA 4BDLA 3U93A 2LAOA 3TAJA 2XXXA 3V83A 5DTBA 4N07A 5K2YA 2UYFA 3RTFB 1B9JA 2RC8A 4LZ7A 4U1OA 4OETA 3H06B 4U2RA 3FD3A 3S2VA 5I2NB 2XXPA 3RTWB 4BLAA 1FTMA 2QS2A 4O3BA 4ZEBA 5EHMA 3VLWA 4OEUA 3HCQA 1B46A 4RPNA 5TPAA 3TCGA 4ZE9A 1B5HA 1LAFE 1Y1ZA 1BKAA 1H45A 2YJPA 3FVKA 2AL4A 3MW0A 5EYFA 5CC2A 3C36A 1Y4TA 1QVSA 4XXUA 3RUMA 1QUJA 3LBSA 5DVFA 4GWOA 4IO4A 1SQYA 3HV1A 5L9OA 1II5A 5F1QA 3IO4A 1B2HA 1H76A 2UXAA 1A99A 1YPNA 4LZ8A 1OLAA 1A55A 1XVXA 2QPQA 3KFMA 1FQFA 1KWHA 2RC9A 1EZOA 4PFUA 1MM7A 3FIRA 1Y9UA 2ONSA 4ELRA 4R2BA 3S9EA 4WEPA 2XXRA 2VP1A 4HCYA 1B1XA 1PC3A 4KCCA 3CFXA 4I8CA 4LP2B 1EZ9A 4GLIA 4NF5A 4YKJA 5JEIA 3H7MA 1T0KA 2F7AA 1F9BA 2F7BA 1AH5A 2H99A 1MH3A 3OENA 4JWXA 5I57A 1O63A 5LOMA 1M5BA 2OLBA 4NWDA 4EQ7A 3TCFA 3IB1A 4TQUQ 4QRZA 3G3KA 1NMUA 2AIXA 2O1LA 1MY3A 3G3HA 4H8IA 5CMCA 3SERA 4EXKA 2I4BA 4LATA 1L5TA 4QFNA 1O7TA 3T96B 4Z7EA 4ZS9A 3KSXA 3PMVA 1JW5A 3N26A 2ZNTA 1MG1A 1S7YA 4LQ2A 3L6HA 4KYEA 4U4SA 4G68A 1NH8A 1QKBA 4OTEA 2V84A 3EN3A 5J1DA 4PETA 3K01A 3PU5A 3PUYE 2Z23A 2DWAA 4G2ZA 5H8SA 1MPDA 1MXUA 4P11A 3FJ7A 1USYE 4H5FA 2Y7RA 3EPEA 2ALUA 1B3LA 3FASA 3K2DA 4I9DA 4OENA 1B0LA 3T93B 2XHDA 2ZNSA 3FVNA 4FORA 3KOSA 3O97A 1IIWA 2NXOA 1ZTYA 3I3VA 1N7XA 2Q89A 3BFUA 3FVGA 2GRVA 4YKKA 3W9VA 4AB5A 4F3PA 2HAUA 2XXWA 4PFTA 5AA4B 2H5YA 1B3EA 2QJEA 3MVZA 1SVXB 4PE5B 3IO6A 4C1UA 5CI5A 5DEXA 2I0CA 1USYH 3A3CA 3E4RA 1IXIA 4RY1A 3K02A 3UN6A 4JWOA 2O51A 4RPOA 5KCJA 1UIUA 3K1NA 4MLQA 3SDFA 1MQJA 3LSWA 1A8EA 3CG1A 4IB2A 4JWYA 3EHTA 4QFOA 3TTRA 2P1SA 2M8CA 2ABHA 2O69A 2GH9A 3D4CA 1P99A 3G7WA 3CG3A 4JBZA 4OERA 5I2KB 4Q8RA 3TUSA 2DOJA 3K6WA 2AL5A 2B3BA 3QXMA 4PFWA 4QFPA 4X9TA 2XXIA 3PPQA 4LUBA 2H9BA 4HS7A 4Z0IA 1Q1KA 1NL5A 1I6QA 4F1YA 3JYRA 2HAVA 1NKXA 5I56A 2I48A 3O2AA 5I58B 1RYOA 3R6UA 1LBCA 2O84X 5H8QA 1GTKA 2I4CA 3B6WA 1VFEA 1FCKA 3FZVA 3LUYA 4IO2A 5AA2B 5B70A 3PMWA 2I58A 5FTHA 3GBAA 3TEPA 4YU0A 3VV5A 1B1HA 1MRPA 3FXQA 4OMBA 4YMAA 3O6IA 2I0BA 1R9QA 3OO8A 4L17A 3OSQA 1GGGA 2QS4A 1PDAA 3TTLA 4UACA 3CVGA 4DE8A 5AE4A 1M5DA 3C31A 1NNFA 3TDJA 2FYIA 1QULA 1GR2A 4TLMB 5H8QB 3TODA 3U94A 3A3UA 3G3GA 3OO9A 3OXNA 1D9VA 1D4NA 4IY6A 5AA2A 5FHMA 4U1ZA 5L9SA 3K6VA 1B5IA 4EXLA 2VHAA 4N13A 2XX9A 3C32A 1AOVA 4U4XA 4RA1A 4G8NA 4F31B 2O68A 1LFIA 3OEKA 2FNCA 5CBSA 2O7IA 4YB5A 4Q0CA 3HHFA 4E0WA 3OOAA 2P0SA 3ECRA 3KG2A 2YLNA 1FQCA 5A5XB 3LSFB 1B58A 3RT6B 1MY4A 4F1VA 1OLCA 4R6HA 4XIGQ 2G93A 3MPKA 3GLBA 2I6EA 4X1BA 2IA4A 3EF7A 1SW2A 2DVZA 3THIA 4U22A 1IXGA 2X7PA 1A8FA 4GXSB 2Y7IA 1UTHA 3I6VA 4XKNA 1SI0A 1Y20A 4G4PA 4FAJA 1DMBA 1JW1A 2D3IA 2HEUA 3QSLA 1EZPA 4IO5A 1N76A 2ZMBA 3HHGA 3S9NC 2GHBA 3IJXB 4GL0A 2E0SA 2ANJA 1ZLQA 4AQ4A 4YMBA 3V8XB 5ITPA 3K0VA 1P1OA 5CMMA 1N3XA 1QUIA 2B65A 1WODA 5F7VA 3ZKKA 2XX8A 1QKAA 3N6TA 3PUXE 3OD7A 4R74A 2DXRA 4ZEKA 4RJZA 2QS3A 3O29A 1MQHA 1Y3PA 3T9VA 3GXAA 5CMBA 1B7UA 3U92A 1LAXA 3CFZA 1IXCA 3H4ZA 4K3FA 1P1NA 5KDTB 3VLVA 1LSTA 2Q88A 3PMXA 2Y7KA 4G68C 4KYDA 2Q2CA 4QF9A 3O6HA 1LAHE 3B7DA 4IGTA 4UA8A 1JQFA 2Z8EA 3DELB 1WVJA 4IY5A 5B7DA 4OFOA 1XC1A 3V5AA 1BLFA 3TTNA 3C9HA 4DIGA 5HM4B 1P1WA 1I6AA 5H8NA 3O9PA 5ITOA 1A7LA 4GXAA 5DYHA 5L9MA 3HPIA 2O6AA 4KHZE 1POY1 3TTMA 3VDFA 3WAEA 3MAMA 1AIVA 2DXYA 4WEDA 1QW0A 2XXVA 1DTZA 2ZYMA 4IGRA 1HSLA 4FJPA 3VVFA 1OVTA 1LGBC 4WXJA 4F3GA 1MXVA 3FATA 4MFIA 1B5JA 2XD3A 4R9GA 4GL8A 3ZS6A 1ZMGA 3IAZA 1B52A 3U8QA 4QSCA 4U21A 4F29A 5HBCA 2F6PA 3ILUB 1M5EA 4YKPA 3FV2A 1S50A 3M3FA 3M8UA 4GOTA 5DEXB 3C34A 4TLLB 5HPQA 3GZGA 1LB9A 2F34A 1HSJA 3MVYA 1ELJA 2ESNA 3UK4A 3H6WA 4F22A 1MQDA 1Z7ME 3CIJA 4G68B 4KI0E 3TELA 3LR1A 4EQBA 3PPNA 4ZZAA 3N6UA 5AA4A 5I59A 1LFHA 3UA8A 1B3GA 2V93A 2Q2AA 3JZJA 3KOTA 1US5A 2QMWA 3FJGA 3TMGA 1Y4CA 5AA2D 2HZKA 4LVQA 4NE4A 4OQOA 4ZDMA 1MDP1 4EDPA 3H6UA 3PPOA 4O3CA 2I49A 3Q29A 4YB7A 3RN8A 3AXFA 3PGFA 4F1UA 2B3FA 3H6TA 3BKIB 4OFLA 1JETA 1FW0A 1IITA 3O66A 4THIA 3QUFA 4XTCQ 4F19A 5L8DA 1MXWA 4P0GA 5AA1A 1JVYA 1XHYA 4GRKA 3DP4A 4NF5B 4ESXA 5I59B 3OELA 1DOTA 1MS7A 4ELOA 1AL3A 3IOVA 1R6ZA 3FVOA 3M3KA 4KR5A 3QAXA 5KZTA 2V25A 3D4GA 3IOUA 4U23A 3PUZE 4MF3A 4H1XA 3T9UA 5I2NA 4NMYA 1LCFA 3UIFA 2WKYA 2DVCA 3VXCA 1N84A 1US4A 5ISUA 1M5FA 5FTIA 3OO7A 4ZEIA 5BWJA 4GF8A 3KJTA 1QUKA 2V3UA 5I57B 3VLUA 2V3TA 2PT2A 2XXUA 3VVEA 1POTA 1SI1A 1JVXA 2DE3A 4M4GA 3EQ1A 3TTKA 2QL3A 3CSGA 2O7UA 3KSJA 1SDXA 4NF4B 4XKRA 3VVDA 3LSLA 1MXXA 1NFTA 4H67A 2F7CA 4NF8A 3TQLA 1IXHA 1TT1A 2DYXA 2DSFA 4FIMA 5M2VA 1MDQA 4C1TA 3DP6A 4KPTA 3Q26A 4IO6A 4MH5A 3FV1A 4KCDA 4F2QA 3MP1A 1IZ1A 3PUWE 1D3KA 1ATGA 4R73A 3V89B 3K4UA 4RK9A 2Q9TA 4BDNA 4GD5A 3RLFE 1WDNA 2Z8DA 4LA9A 3MVXA 4I1DA 1B4HA 1UTHB 2HQ0A 2F36A 4GIZA 2OWSA 4YKIA 3BFTA 4HCWA 3IR1A 1R1NA 4OEVA 3O6GA 4R9FA 4NWCA 5EHSA 1FTOA 3B6QA 3SEYA 4ISUA 1H43A 2ZYOA 2DWJA 2IEEA 2XXQA 4NF6B 4BDMA 1QJMA 3T66A 3H03A 4ZECA 5BUUA 1B40A 4F3BA 3CR9A 1UQWA 2XXYA 4OYVA 4XKQA 1Y3QA 1MY2A 4R72A 3SETA 3FXUA 1URGA 4KFQA 4ONYA 3LC8A 4OWDA 2ONRA 1UTBA 3IB0A 4R6KA 4BDQA 3CI8A 3WAFA 2ONKE 2Y7PA 4JSDA 4POWA 2F8DA 3K00A 2R6GE 4NTLA 1N0TA 3TCHA 3T9XB 3S9LC 4RK2A 1YAEA 2W7YA 4H5GA 5CMKA 1URDA 3OO6A 1OQGA 2I3WA 1JEUA 4DXCA 2DWHA 1Z7NE 3F11A 1ZJLA 1SD3A 2D21A 4QFLA 4ZEDA 4OZ9A 3L6GA 2R71A 3QUJA 5H8FA 1FTKA 5H8HB 1IUDA 3CFLA 5I84A 4EF1A 4JSOA 1CB6A 4F18A 1B0HA 5CM6A 1B3HA 1EH3A 1I69A 2VD2A 3IOWA 1H44A 1LFGA 1XOCA 2F6GA 3LSXA 1FQAA 1R9LA 1XVYA 4FEDA 4LZ5A 4WKMA 2XD2A 2Q8JA 4RNSA 1GV8A 5K2XA 1YTVA 3TQWA 3N94A 3PV0E 1MQGA 3CSBA 2HFBA 4NF4A 1BIYA 3C35A 4DCXA 4ECFA 3E9XA 1FQEA 1H3DA 4ND9A 4RYAA 3RNNA 2HXWA 4YICA 5JK4A 5KCJB 3UGWA 2OK2A 1IEJA 4F2OA 3PD9A 1B51A 4OESA 2HZLA 3VFJA 3FGSA 1LBBA 4P0IA 1MXZA 2D5WA 2RCBA 1N3WA 5FHNA 4G8HA 1B6HA 2PX1A 3R26A 3MZ9A 3MZBA 1OQHA 1M5CA 1AMFA 4ZEFA 2NOOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5IZ3B 3GYYA 1VE4A 4NGUA 1DPPA 2XX7A 2DP8A 3MVWA 3W15C 4G77A 4I3EA 1N7WA 3W9WA 2QRYA 3BBRA 3ILTB 3KN7A 3T9HB 1NNPA 3R7XA 4F3SA 5I58A 3DP8A 3TKDA 1LCTA 1OMPA 1P1QA 1PB9A 3RY3A 2CZLA 1DTGA 5TP9B 1FBEA 4BDRA 3PPRA 4NEDA 2ZNUA 1EU8A 1FQBA 2PT1A 2UVIA 4DZ1A 1XS5A 2ZYNA 2DQVA 3IL1B 4R2FA 3T22A 2FHYA 4HE0A 5TP9A 3U72A 5CBRA 3K6UA 3I5OA 3K6XA 4GFRA 5DW8A 1NV7A 3P7IA 2OCUA 2DWIA 3PD8A 2OZZA 4DXBA 1FTJA 3MWBA 3G3IA 1A40A 3ISPA 3FUZA 3FBPA 4KD5A 1S9TA 3HSTA 4KYSA 5KDTA 3H6VA 1JP4A 5IKBA 2PYYA 2YPNA 5H8NB 1B3FA 3GBBA 3KC1A 2O1MA 1FQDA 3SZPA 1XT8A 3SESA 2B4MA 1TWYA 4Q30B 4M1VA 1J1NA 3ZKLA 2X26A 3OSRA 5DVIA 3USDA 3SEUA 4RXLA 1SW4A 4ZEFA 3MP6A 3KBRA 5DT6A 3ONMA 2REGA 1PB7A 4PGPA 4QSDA 5EQ7A 3QYTA 4GWYA 3U93A 2LAOA 2GQ1A 4U2RA 2QVUA 3RTWB 4AS5A 2QS2A 1B46A 1B5HA 1Y1ZA 1H45A 3FVKA 5EYFA 3C36A 3RUMA 3LBSA 3QMFA 2KR0A 4GWOA 3PTYA 5L9OA 1FPFA 3IO4A 1A99A 1A55A 2QPQA 2RC9A 1KZ8A 3FIRA 4WEPA 4HCYA 4KCCA 4YKJA 4GBVA 1YZ0A 1AH5A 1O63A 3KC0A 3IB1A 2AIXA 4EXKA 1MY3A 3G3HA 3SERA 3T96B 1O7TA 3PMVA 1MG1A 4U4SA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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