1RYXA

Crystal structure of hen serum transferrin in apo- form
Total Genus 75
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
75
sequence length
686
structure length
686
Chain Sequence
APPKSVIRWCTISSPEEKKCNNLRDLTQQERISLTCVQKATYLDCIKAIANNEADAISLDGGQAFEAGLAPYKLKPIAAEVYEHTEGSTTSYYAVAVVKKGTEFTVNDLQGKTSCHTGLGRSAGWNIPIGTLLHRGAIEWEGIESGSVEQAVAKFFSASCVPGATIEQKLCRQCKGDPKTKCARNAPYSGYSGAFHCLKDGKGDVAFVKHTTVNENAPDQKDEYELLCLDGSRQPVDNYKTCNWARVAAHAVVARDDNKVEDIWSFLSKAQSDFGVDTKSDFHLFGPPGKKDPVLKDLLFKDSAIMLKRVPSLMDSQLYLGFEYYSAIQSMRKDQLTPSPRENRIQWCAVGKDEKSKCDRWSVVSNGDVECTVVDETKDCIIKIMKGEADAVALDGGLVYTAGVCGLVPVMAERYDDESQCSKTDERPASYFAVAVARKDSNVNWNNLKGKKSCHTAVGRTAGWVIPMGLIHNRTGTCNFDEYFSEGCAPGSPPNSRLCQLCQGSGGIPPEKCVASSHEKYFGYTGALRCLVEKGDVAFIQHSTVEENTGGKNKADWAKNLQMDDFELLCTDGRRANVMDYRECNLAEVPTHAVVVRPEKANKIRDLLERQEKRFGVNGSEKSKFMMFESQNKDLLFKDLTKCLFKVREGTTYKEFLGDKFYTVISSLKTCNPSDILQMCSFLEGK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Metal transport
publication title Tertiary structural changes associated with iron binding and release in hen serum transferrin: a crystallographic and spectroscopic study
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ovotransferrin
total genus 75
structure length 686
sequence length 686
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-12-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1ryxA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1ryxA04
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1ryxA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1ryxA03
3CSGA 3QK6A 3KBRA 4C1TA 1LAFE 1NL5A 2REJA 3PUWE 1POTA 5AA1A 3PMVA 2FYIA 1US5A 5CI5A 3MVXA 1MPBA 2QS1A 1FTJA 4FEDA 1D3KA 1M5EA 3PUVE 4ESWA 4QFOA 4H0WA 4YB5A 3MP1A 2Y7IA 4F19A 4IY6A 1WDNA 1ZBMA 3C34A 1FQFA 4F3GA 4HCWA 3O9PA 4F1YA 4E0WA 4OFLA 4NF8A 4OYVA 1XHYA 2M8CA 5ITPA 1GR2A 2YLNA 3FV2A 4KYDA 2I3VA 1B05A 5H8FB 2V3QA 2UVJA 4ELRA 2XXQA 3FASA 5ISUA 3R7XA 4KCDA 2QS4A 3VLUA 1F9BA 1H44A 3LSXA 4FIMA 3LUYA 3VXBA 4RYAA 3EHSA 4F1UA 1MDP1 2AYSA 2O51A 1MH3A 4LA9A 3PPRA 3O66A 1DPEA 4JWYA 4G68A 5FTIA 2R71A 2F78A 5HPQA 4HS7A 4BDRA 4YKPA 1QULA 3KOSA 2ZNUA 3K1NA 1EU8A 5I2NA 5HBCA 4LZ8A 3SESA 2O84X 3M3KA 2RF1A 2VP1A 5K2YA 3TCHA 1IZ1A 4H5GA 2XXPA 4R6HA 4XTCQ 3TKDA 3OELA 1MXYA 2QS3A 2XXHA 3H6VA 2GHBA 2NWJA 4OVJA 3VVEA 2RCBA 3PPPA 1AH5A 2E0SA 1VFDA 1NMUA 2HEUA 3U93A 1I6AA 2NVUB 3C4MA 1FQEA 4NF8B 3T93B 1YPNA 3CFXA 1MQIA 3B6TA 1NNTA 2XD2A 2GRVA 3FVKA 3IORA 1N3XA 2I48A 3ODBA 4KPTA 3JYRA 1GTKA 5H8QA 5DTBA 3HHGA 4PQJA 2PYYA 4F1VA 1BP5A 4BDQA 1PB8A 3E9XA 1YAEA 3VV5A 3PD8A 5KDTA 4GLIA 1B9JA 1A8EA 1NFTA 5FHNA 4JBZA 1TXFA 4G68B 2I0CA 2XXTA 3O28A 2OJTA 2ONKE 1P99A 1SYIA 3CRBA 1A99A 4DCYA 2DE3A 4JDFA 1ANFA 1FTLA 1SYHA 5AE4A 5I2NB 4X1BA 2RC9A 3RY3A 4JB7A 1B7UA 4N13A 3E13X 4H5FA 5CMMA 1HSJA 5CRYA 3M3FA 4H1XA 3TCGA 2DXYA 3N5LA 1J1NA 4AB6A 4QSCA 3KGCA 3OXNA 5B70A 2DVCA 2QPQA 4RJZA 4AQ4A 1ELJA 2ABHA 4G8HA 4R9FA 1OMPA 3DM0A 1B6HA 4U22A 2XXXA 4F39A 2X26A 4O3AA 4GF8A 4F3PA 4IO4A 3MQ9A 2UVIA 3MBPA 2Z22A 3LSFB 5BUUA 3SEYA 4N6PA 4H8JA 3MWBA 2ONRA 2H98A 4OEUA 4GXAA 5H8QB 5CBRA 2F97A 4EF1A 4PP0A 3V89B 3S9LC 5ITOA 1P1QA 1IXGA 1AOVA 3FZVA 5KDTB 3TMGA 2RKMA 2O1LA 4ND9A 3IJOB 2DE4A 1XC1A 1JW4A 1MDQA 1H3DA 1MY2A 4MH5A 3W15C 3TTMA 3K2DA 4YB6A 1I6QA 3H03A 1JW5A 1USYE 1OQGA 1IXHA 2QJEA 1EZPA 1DPPA 1H76A 1TT1A 3KG2A 2A5TA 5BWJA 3OMBA 4YICA 4EXKA 1Y9UA 3OENA 3G3KA 3U72A 2I6EA 4FATA 3C9HA 3VE1B 2PBWA 1LFGA 5TP9A 1M5DA 4G8MA 1A8FA 1P1WA 4YU0A 1SDXA 4QSEA 1A40A 4OMBA 3ZSFA 3IOWA 3EN3A 3CI8A 4KHZE 1PB7A 4Q8RA 3RTFB 4P0GA 2XHDA 3MJNA 5TU0A 3JV9A 3UN6A 4FE8A 3HV1A 3WAFA 4G77A 3USDA 3TZAA 5IAIA 4QRZA 3H7MA 4XKRA 2Z8DA 2X7PA 2XX7A 1AMFA 2V84A 1SW5A 1SW1A 3D4GA 1B7ZA 4OWDA 2OZZA 3K6VA 2Y7RA 4C1UA 1S50A 4F22A 3MZBA 4QFNA 2B65A 2QMXA 3C33A 2AL5A 1ZU0A 3HN0A 1SQYA 2GFEA 4BDOA 4NEDA 1D9VA 4ZEFA 3MP6A 4H67A 3MVYA 1N3WA 4ZE8A 1D4NA 3K01A 3T9UA 3R6UA 1SBPA 4L17A 4GD5A 4BDLA 2PMSA 3O6IA 2KLFA 2VD3A 3V83A 3MPLA 4EDPA 4MF3A 4LZ5A 2A5TB 3FXRA 1UTHA 2CZLA 4OEVA 4BLAA 3RT8A 3PPNA 3U8QA 1ZLQA 2QMWA 1JVXA 4RPNA 4WEPA 5TP9B 3N26A 1JNFA 1DMBA 4BDMA 4DXBA 4MFIA 1LB9A 1RYOA 2OLBA 4RY1A 2I3WA 1NH8A 2HZLA 4RA1A 3DP6A 1FCKA 3Q29A 1ZJLA 3K02A 3GZGA 3TCFA 3KEIA 1GV8A 4F2OA 3K6UA 4UACA 3G3HA 4H65A 2DOJA 1TFDA 4EF2A 5K2XA 2PT2A 3FUZA 3QAXA 2VHAA 2W7YA 1VE4A 4ZZEA 2HXWA 3H06B 3EPEA 4GXSB 4ZECA 2RC7A 1M5FA 5EHSA 4ELPA 4KR5A 2I0BA 5EHMA 1AL3A 2ZYNA 3OSQA 1UTBA 3OO9A 1OQHA 3M8UA 1B0LA 1B1HA 2R9JA 4RNSA 1QVSA 2Q8JA 2XD3A 4POWA 1R1NA 3G3FA 1IXCA 1CB6A 2IEEA 5DT6A 1US4A 3KZGA 4FECA 1UTHB 4IO3A 4P0IA 3UA8A 3GXAA 2HAVA 2DE2A 1NNKA 1QW0A 4RK2A 4EQ7A 2FA7A 1H45A 2B3FA 2Y84A 3OD7A 1B52A 4FORA 4FEBA 3PD9A 2X7QA 4YKJA 1T0KA 4M1VA 3PUYE 2CMOA 4XKPA 2F8DA 1Y4TA 1D9YA 3G3JA 2PX1A 4Q0CA 2ANJA 4OZ9A 3B7DA 4QSDA 3C36A 2I49A 3E3KA 1FTKA 2OWTA 4R2BA 3K6XA 4ZS9A 3GBBA 4U4SA 1WODA 4F31B 2DXRA 3HHFA 1LAGE 1N7WA 4PFTA 5CC2A 1Y3QA 1SVXB 4PFWA 1O64A 4F18A 3H4ZA 2YJPA 3FATA 5DYHA 3H6WA 1B3GA 3E4RA 3IK6B 4MLQA 1MY3A 1GGGA 2XX9A 1SI0A 5DVJA 3IJXB 4LP2B 2GH9A 1XS5A 4QFLA 4U4XA 1SD3A 4GL0A 1UTBB 4U1OA 2D3IA 4PFYA 4R74A 4TOZA 3OOAA 4IGTA 3S2VA 1P1OA 2QRYA 2ESNA 2NXOA 2P1SA 4RPOA 1O63A 5EYFA 2XXYA 1N7XA 5H8NA 2D21A 3OSRA 2P0SA 2O1MA 2NOOA 1DOTA 3ZKLA 1UIUA 1LAHE 3UIFA 4WKMA 4DIGA 3M3LA 1B4ZA 1MM6A 3S9NC 4ELQA 3TDJA 1LBCA 4HCYA 3H6UA 3ILTB 1MQHA 3UORA 1B2HA 3BFTA 3I3VA 1B5IA 2Y7KA 5TPAA 4JWOA 1N0TA 3RQTA 4IO7A 4O3BA 4PETA 1ATGA 3KN7A 3T22A 3O6HA 4K3FA 5I56A 1JETA 4NE4A 1MXXA 4ZE9A 2I4CA 1FQDA 2VGQA 1SW2A 1QJMA 1QUIA 1Y3PA 1OLAA 3O2AA 3HO7A 3K4UA 4YMAA 1USYH 1QUJA 1Y3NA 5ICTA 4OXVA 1URDA 3CG1A 3IO6A 3RLFE 3U94A 3RNNA 4MBPA 2XXIA 5FHMA 4XXUA 1ZMGA 4DLDA 1XVXA 4QF9A 3ZKKA 5I2KA 4X1DA 4ZEKA 1HSEA 3B6WA 4NTLA 2V93A 1A54A 4G8NA 1B7HA 4LUBA 4KYEA 3ONMA 1NKXA 3IAZA 2Z23A 3ECRA 1PDAA 4OQOA 5AA2A 4TQUQ 1DTGA 1KWHA 5I84A 5H8NB 3PGFA 2IA4A 2ZNTA 3F11A 3TYHA 3A3UA 3PUXE 4QHQA 3CSBA 4OETA 3IX1A 4U1ZA 3FVNA 4GL8A 3W9VA 4R6YA 1P1NA 2UXAA 1QKBA 1LGBC 1B40A 2UYEA 3KJ7A 5TPAB 1FQAA 4LZ7A 4O3CA 4EXLA 4NWCA 2F5XA 3CIJA 3I6VA 3UGWA 5I56B 4KFQA 4I8CA 4LONB 3AXFA 3P7IA 1BTJA 1YCJA 3K1MA 4ELOA 2F7CA 2V3TA 3OO6A 2UVHA 4N07A 1B3FA 1B3HA 3TTLA 3KJTA 1B5HA 2AL4A 3D4CA 4Z7EA 3EQ1A 5L9OA 5HM4B 1N76A 3BKIB 4BDNA 5L9MA 1MY1A 3GLBA 4LQ5A 5I2KB 3A3CA 3UP9A 3G3GA 3O29A 3DLNA 2A5SA 4Q30B 3N6TA 1PEBA 1A7LA 4JWXA 3IR1A 1LAXA 3FJGA 4IO6A 5LOMA 2OWSA 5DEXA 4OFOA 5AA2B 2DS9A 2ALUA 3K6WA 5H8SA 1QKAA 4TLMB 3PUZE 3KSXA 1GVCA 2XX8A 4I9DA 3KSJA 4OTEA 1UIVA 4NF4A 3N6UA 2HAUA 3SEUA 2H25A 2G93A 4C0RA 4DCXA 1OLCA 3TELA 4IY5A 3EHTA 3EHUA 3IL1B 2NUVA 3FXQA 3MVWA 1AIVA 1B58A 1MY0A 4OFJA 3RPWA 2F7AA 4OENA 4DZ1A 3CFZA 4E0XA 3MUQA 1MH4A 3QXMA 4IB2A 3CFLA 3SKPA 3FV1A 3JZJA 2UYFA 3THIA 2DWIA 1LBBA 3MVZA 1MXZA 2G29A 3H6TA 3PPQA 4R9GA 4RXLA 1B46A 2ZYKA 1VFEA 4Z0IA 3T9HB 1B0HA 3TPAA 1WVJA 2VD2A 1FQCA 2OCUA 3FJ7A 3MW0A 4MLVA 1IIWA 2Q2AA 2P2AA 1S7YA 3MZ9A 4R72A 1JVYA 4PFUA 4NF6A 1OVBA 2VOZA 4X48A 1TWYA 3DP4A 3W9WA 2QSXA 5CMBA 4FAJA 5DEXB 3HCQA 2I58A 1B1XA 1N04A 1IUDA 3C32A 4ECFA 3LC8A 4WEDA 3QIMA 5KCJA 4QFPA 5CBSA 1YTVA 3CR9A 3FIRA 4P11A 4LQ2A 3VDFA 1B5JA 4NF4B 2HCAA 1B3EA 2ONSA 2PT1A 2PVUA 1FTMA 2BJJX 1MRPA 2DP8A 3VVFA 2ZMBA 3Q25A 5AA2D 5CM6A 2F7BA 1DTZA 5AA3A 4YKKA 5F1QA 3EF7A 4ZDMA 2DQVA 1VSOA 5FTHA 3RTWB 5JEIA 1PBQA 3KFMA 1MQDA 1BKAA 1MS7A 1Z7NE 3GBAA 1URSA 5I58A 4GIZA 3LR1A 2RCAA 3TTKA 1Q35A 3QUJA 3K00A 4LVQA 1SI1A 2AIXA 1IXIA 3MC2A 3U1OA 3Q26A 3K0VA 1NH7A 4YB7A 4KD5A 2V3UA 1BIYA 1Y1MA 3RN8A 3U92A 2Q88A 3V8XB 1URGA 3SERA 5J1DA 4QFKA 4NF6B 1LLSA 3CVGA 3VXCA 3S4UA 5I57A 3TUSA 3IOTA 2O69A 3WAEA 2XXWA 4OESA 4YKIA 4HTGA 1JEUA 4U2RA 1IEJA 3Q28A 4X9TA 1R9QA 4JSDA 3O6GA 4G2ZA 3SETA 5KCJB 3MPKA 4GWOA 3S9EA 4OHNA 3T9XB 3L6HA 1MXUA 3Q27A 5JK4A 4H6DA 1FQBA 4G68C 3TQLA 4M4GA 2ZYOA 3QUFA 1TFAA 5AA4A 1N84A 5DVFA 4R6KA 2H9BA 2O6AA 2HQ0A 3BBRA 1O7TA 1VR5A 1NNFA 4R73A 5ICQA 1PC3A 1ZTYA 2F6GA 3DELB 4GQOA 2ZNSA 3TAJA 3TODA 4DXUA 4POXA 1Q1KA 4EQBA 5FHOA 5I58B 1M5BA 5CMKA 3PMXA 3CG3A 3G3IA 4GVOA 2DVZA 1Y20A 1EH3A 1OIBA 2ZYMA 3QSLA 3IOUA 1MQJA 1UQWA 2R6GE 3SDFA 4ZZAA 1BLFA 3LBSA 4XIGQ 2Q89A 2O7UA 2GHAA 2ZXTA 4F3BA 1RYXA 1CE2A 2FNCA 3L6GA 4RK9A 3RUMA 4IGRA 2E1SA 2REGA 3VLWA 3H3GA 2F34A 1B4HA 2HZKA 5I57B 3KN8A 1XT8A 3TTRA 5CMCA 3T9VA 4PE5B 1MXVA 2B3BA 1B3LA 1LSTA 4IO2A 1I69A 2QS2A 4U23A 3TQWA 3FD3A 1LCFA 3LSLA 5DVIA 2UVGA 3PMWA 2RC8A 4U21A 5AA4B 1MY4A 4ONYA 3ILUB 3VFJA 2O7IA 3UK4A 3N94A 1MPDA 4XKQA 4ZEDA 3MAMA 4OERA 2YPNA 3I5OA 3K1PA 3IB1A 4GRKA 1NNPA 2I4BA 4YMBA 5A5XA 1IQ7A 1FTOA 3SEXA 2Y7WA 4DE8A 5ELVA 1OVTA 1MQGA 4FJPA 4ISUA 5JTYA 4UA8A 1M5CA 3T96B 3TTNA 1P1UA 1LB8A 1QUKA 4IO5A 4GOTA 4ZEBA 4ZEIA 3MP8A 3ZS6A 4HW8A 4DDDA 1EZ9A 4YAHX 4YZZA 1RKMA 1ZKBA 2H4IA 3FJMA 2O68A 4Q5TA 3OEKA 4NF5A 4AB5A 4DXCA 4XKNA 4EUOA 4KQPA 3IOVA 2HFBA 1R9LA 4JXIA 4LATA 3VVDA 4KYSA 3VLVA 1A55A 3B6QA 1B32A 3IO4A 4R2FA 2V25A 1XOCA 3DP8A 5H8HA 4EQ9A 3LSWA 4GFRA 3RT6B 5I59A 3TEPA 4F2QA 2OK2A 1Z7ME 4NWDA 2DWHA 1B51A 2F35A 1SW4A 2Q9TA 3PV0E 5A5XB 3FXUA 2H5YA 5B7DA 1MPCA 1JEVA 3A09A 3FGSA 1DSNA 2Q2CA 1HSLA 4THIA 3HSTA 3OO8A 1MXWA 2XXRA 3C31A 5JTYB 2D5WA 3HPIA 1ZIUA 4G4PA 2H99A 3G7WA 2DWJA 4ESXA 3O97A 1II5A 3V5AA 3SEWA 3KN3A 4R75A 5L8DA 4TLLB 2LAOA 3OO7A 4JSOA 4I1DA 1POY1 2THIA 1MM7A 2DYXA 2WKYA 3S9MC 2Z8EA 4KCCA 2Y7PA 1PBPA 3RGYA 3TFLA 4NF5B 1LFHA 1PB9A 3QYTA 3T66A 3MZ1A 3IB0A 1L5TA 4H8IA 3IB2A 1S9TA 5H8FA 1MG1A 1EZOA 3KOTA 1Y4CA 1IITA 3SEVA 2F36A 2OBGA 2DSFA 3BFUA 4I62A 1H43A 3PU5A 2DWAA 2Z8FA 1R6ZA 5M2VA 2XXUA 2RINA 5F7VA 3FVOA 1XVYA 4F3SA 1FW0A 5IKBA 5L9SA 1LCTA 5H8HB 2F6PA 2XXVA 4KI0E 5KZTA 4WXJA 1JQFA 1I6BA 4F29A 3PPOA 3OEMA 4NMYA 2QL3A 5I59B 1LFIA 3R26A 3FVGA 3C35A 1Y1ZA 1JW1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1KA0A 4P3LA 3CSGA 1NUZA 3QK6A 3KBRA 4NF0A 4C1TA 1LAFE 1NL5A 2REJA 3PUWE 1POTA 5ESYA 5AA1A 3PMVA 2FYIA 1US5A 5CI5A 2L5VA 4N4UA 3MVXA 1MPBA 2QS1A 1FTJA 4FEDA 1D3KA 1M5EA 3PUVE 4ESWA 4QFOA 4H0WA 4YB5A 3MP1A 2Y7IA 4F19A 2FHYA 4IY6A 1WDNA 1ZBMA 3C34A 1FQFA 2Q74A 4F3GA 4HCWA 3O9PA 4F1YA 4E0WA 4PE3A 4OFLA 4NF8A 4OYVA 1XHYA 2M8CA 5ITPA 1NI9A 3SZPA 1GR2A 2YLNA 3FV2A 4KYDA 2I3VA 1B05A 5H8FB 2V3QA 1IMDA 2UVJA 4ELRA 2XXQA 3FASA 5ISUA 3R7XA 4KCDA 2QS4A 3B50A 3VLUA 1F9BA 1H44A 3LSXA 4FIMA 4HXVA 3LUYA 3VXBA 4RYAA 3EHSA 2PFZA 1MDP1 4F1UA 2AYSA 2O51A 1MH3A 4LA9A 2HHMA 4XFEA 3PPRA 3O66A 1DPEA 4JWYA 2B4LA 4G68A 5FTIA 4PDHA 4NGUA 2R71A 3RPLB 4H46A 2F78A 5HPQA 4HS7A 4PF6A 4BDRA 4OVPA 4YKPA 2KQZA 1QULA 3KOSA 2ZNUA 3K1NA 1EU8A 5I2NA 5HBCA 4LZ8A 3SESA 2O84X 3M3KA 2RF1A 2VP1A 5K2YA 3TCHA 1IZ1A 4H5GA 2XXPA 4R6HA 4XTCQ 3TKDA 3OELA 1MXYA 2QS3A 2XXHA 3H6VA 2GHBA 2NWJA 4OVJA 3VVEA 2RCBA 3PPPA 2CEYA 4PBQA 4O8MA 1NV1A 1AH5A 2E0SA 4PDDA 1IMFA 4OVTA 1VFDA 1NMUA 2HEUA 3U93A 4MEVA 1I6AA 2NVUB 3C4MA 1FQEA 4NF8B 3U65A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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