3QYTA

Diferric bound human serum transferrin
Total Genus 204
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
204
sequence length
679
structure length
679
Chain Sequence
b'VPDKTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKHSTIFENLANKADRDQYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTCPEAPTDECKPVKWCALSHHERLKCDEWSVNSVGKIECVSAETTEDCIAKIMNGEADAMSLDGGFVYIAGKCGLVPVLAENYNKSDNCEDTPEAGYFAVAVVKKSASDLTWDNLKGKKSCHTAVGRTAGWNIPMGLLYNKINHCRFDEFFSEGCAPGSKKDSSLCKLCMGSGLNLCEPNNKEGYYGYTGAFRCLVEKGDVAFVKHQTVPQNTGGKNPDPWAKNLNEKDYELLCLDGTRKPVEEYANCHLARAPNHAVVTRKDKEACVHKILRQQQHLFGSNVTDCSGNFCLFRSETKDLLFRDDTVCLAKLHDRNTYEKYLGEEYVKAVGNLRKCSTSSLLEACTFRRP'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Iron and bismuth bound human serum transferrin reveals a partially-opened conformation in the N-lobe
pubmed doi rcsb
molecule keywords Serotransferrin
molecule tags Metal transport
total genus 204
structure length 679
sequence length 679
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-03-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3qytA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3qytA04
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3qytA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3qytA03
2DXRA 3SEXA 4GL8A 1FQBA 1M5BA 3BFUA 3VFJA 4ONYA 5I2NB 2OWSA 3IJOB 1DTZA 4U23A 2O1LA 2HZKA 3KGCA 4Q0CA 3UN6A 3T9UA 2DWHA 4N13A 3T22A 3W15C 3MW0A 4X1DA 1JVYA 2CMOA 2F78A 3U92A 3OENA 1USYE 4NF5A 5I56B 1FCKA 4AQ4A 4LUBA 2VD3A 3H6VA 3D4CA 4QSCA 3D4GA 1I6AA 5H8NB 2H9BA 1P1OA 2A5TA 3MVZA 5AA2B 1Y4TA 1FTMA 3MVYA 3SESA 4U1OA 2O1MA 2XXUA 2D5WA 5H8HB 4LQ5A 1B0HA 3CFXA 4FJPA 2CZLA 4GXSB 2Y7KA 4F18A 3G3GA 4R6HA 3PD8A 4PQJA 3SEYA 5M2VA 1RYXA 2XX7A 2XX9A 5DTBA 1VE4A 5J1DA 5EHSA 4NWCA 1T0KA 3FJ7A 4F22A 3FXQA 2ZYNA 4GWOA 2ANJA 4H5FA 4H1XA 3TPAA 3C9HA 3MUQA 2OK2A 3CSBA 1FQDA 2F7BA 4TQUQ 4FATA 4GFRA 4G2ZA 5AA4A 5LOMA 1B5IA 4KCDA 4HS7A 3TDJA 4AB5A 3OO9A 2VGQA 4ELOA 1PEBA 1B1HA 4XIGQ 1MXZA 4AB6A 4OMBA 5H8SA 4EQBA 1UQWA 2PBWA 3MJNA 4FECA 2VHAA 3JV9A 2F5XA 2DWIA 2R71A 1IIWA 2QS4A 3OXNA 1IEJA 1POY1 1FTLA 3VV5A 3FZVA 3QUJA 2XXRA 3TTLA 1N04A 1GR2A 1ANFA 2QSXA 2Y7WA 3P7IA 4MH5A 1WDNA 4Q8RA 1TFDA 3U93A 4OESA 2F34A 3KOSA 4PFTA 3BKIB 4H8JA 3SEWA 3C32A 5H8FA 3SEVA 3TEPA 3O66A 3N6UA 4BLAA 3BBRA 5ITOA 2QJEA 5TU0A 4IGRA 1URSA 3LSLA 5TPAA 2WKYA 1URDA 2OJTA 4H67A 3FXUA 4OVJA 4YKIA 1MG1A 3T66A 3RT6B 3H4ZA 4POXA 1S7YA 5A5XB 4IY6A 1EU8A 4GF8A 4DCYA 3HCQA 1Z7ME 3K00A 4NF4A 3O2AA 3N94A 4GVOA 4F1UA 1WVJA 3A3CA 2HAUA 3FVNA 1B9JA 2XXYA 5ICTA 3VVDA 1B32A 2E1SA 1R1NA 3C31A 2X26A 2Z8DA 2REGA 2Z8EA 1NMUA 4YKKA 1FQEA 4FEDA 4OETA 1WODA 4OXVA 4NMYA 5CBRA 4GXAA 4KYEA 1SW1A 2H4IA 3CR9A 2OCUA 4PFWA 4FEBA 2OZZA 4OWDA 4IO4A 3K2DA 1B5HA 2OLBA 1LBBA 1JETA 3KN8A 3MQ9A 2AL5A 2H25A 3L6GA 1JQFA 3ILTB 3IOTA 2ZMBA 3DP8A 3U94A 2O84X 1A8FA 3T96B 5EYFA 4MBPA 2RF1A 4DXBA 1VFEA 4KFQA 3Q27A 1Y9UA 3MPKA 4H6DA 1VSOA 3UGWA 1POTA 4MLQA 2UVHA 2X7PA 1PBQA 1B52A 3B6WA 3PPOA 1S50A 4DXUA 3PUVE 2DVCA 3TQLA 2B3BA 2I0BA 1H3DA 3RPWA 5JTYA 4ZEDA 2RCBA 3IB2A 5KCJB 3U1OA 1D3KA 3PV0E 2DE3A 4OZ9A 2F6PA 2VP1A 3OSRA 4OEVA 1YPNA 4XTCQ 1QKAA 1LAGE 1OLCA 3MBPA 1HSEA 4N6PA 2QS2A 1MRPA 1SDXA 5I2NA 5FTHA 4C1UA 3O6IA 4UA8A 2IEEA 1QUKA 4JDFA 1B4HA 3LUYA 3PMXA 3OD7A 4U22A 4ZEKA 2H99A 2IA4A 3N6TA 1LBCA 2I6EA 3KSJA 1B0LA 1YAEA 5CRYA 2DXYA 4I1DA 3EF7A 4RY1A 4YZZA 1LGBC 1H45A 2AL4A 1EH3A 1LFHA 2ALUA 4RA1A 4BDMA 1SD3A 2XXQA 1NFTA 3K6XA 4F3BA 1D9VA 5HBCA 3ZKKA 4WEPA 5ICQA 4OEUA 3K6VA 1IXCA 3USDA 4OFJA 1MXYA 5I2KB 2HFBA 1B2HA 3FVGA 3B6QA 2Q89A 2QL3A 4C1TA 3PUXE 1KWHA 3G3FA 5DVFA 4M1VA 4RYAA 1JW5A 3VDFA 3T9HB 4M4GA 4JB7A 5H8QB 1BLFA 5CMMA 4TOZA 3B7DA 1N84A 1JNFA 2PT2A 2DOJA 4G8HA 2ONRA 2A5SA 3G3HA 1UTHB 3IOUA 1A54A 4PFUA 1DPPA 1RKMA 3MWBA 4R9GA 1B40A 4K3FA 1XS5A 5I59A 1FTOA 2VD2A 1MDP1 2G29A 1QUJA 3FV1A 2RINA 1IITA 3RTFB 5TP9B 3PUYE 3T9VA 5KZTA 4ISUA 4OERA 1USYH 1I69A 3JYRA 3O9PA 2RC9A 3MAMA 2RC8A 1II5A 2D3IA 1US5A 5DEXB 1L5TA 2R9JA 1PDAA 5BUUA 5EHMA 5CI5A 1LCTA 3S4UA 3IOWA 4R75A 2R6GE 4Z0IA 3PUZE 3RY3A 1H44A 4OQOA 4NF6B 1NNPA 1URGA 3V5AA 5ITPA 3UA8A 3PPRA 4FORA 4QF9A 1RYOA 3OEMA 3R26A 4YB5A 1N7WA 3W9VA 5CC2A 4LATA 1BIYA 3ZSFA 4GOTA 4YKJA 1QW0A 4NWDA 1XVYA 4ZDMA 5KDTA 4ECFA 1R6ZA 3PMVA 2I3VA 3HPIA 3CI8A 5FHMA 3U8QA 4G68B 1MY2A 3M3LA 4ZS9A 1MXWA 4YICA 5JEIA 4H65A 3FXRA 1SW5A 4DZ1A 5A5XA 1B3EA 4H0WA 4PP0A 1LB8A 5AA2D 4R73A 5FHOA 3RLFE 5AA3A 2HCAA 3C33A 3O6HA 3FUZA 3MZBA 3CRBA 3HV1A 1M5CA 4KYSA 5HPQA 1FQFA 3TCHA 3RQTA 2GHAA 1DSNA 5IAIA 1MQJA 5DYHA 2F35A 2ONSA 1B3LA 1MQGA 2UVIA 4LA9A 3EHSA 3O97A 3UIFA 5JK4A 4ELPA 3E4RA 2UYFA 4RK9A 3K1NA 3G7WA 1CB6A 4IO6A 5I58A 1OMPA 1N76A 1B7ZA 3WAEA 1DOTA 1TT1A 3H6UA 2GH9A 3UORA 2RC7A 3PPNA 2ONKE 3IR1A 2QPQA 3CIJA 3IORA 1DPEA 1ZTYA 4U4XA 1QULA 2XD2A 4NE4A 3G3IA 4Q30B 2P2AA 4POWA 2Y7IA 1PC3A 4QFKA 3DP4A 2ZNUA 4F2OA 1Y3PA 1SQYA 3S9MC 4OYVA 3FJMA 2XXIA 2I0CA 2V25A 1JVXA 2UVJA 5KCJA 2NVUB 4P11A 4NF5B 4KCCA 3CG3A 4F2QA 2XXWA 2YPNA 3CSGA 3EHUA 3ZKLA 2X7QA 4JSOA 3RTWB 4HCWA 3EQ1A 4XKQA 5CMBA 3V8XB 3QXMA 5AA1A 2F7CA 2V3UA 1QVSA 4OFLA 1SYHA 4G4PA 1B46A 4RJZA 2GRVA 2Q8JA 3OMBA 1PBPA 1XOCA 4YAHX 2KLFA 3PD9A 3TYHA 1FTJA 1NNKA 1B51A 1SYIA 3GBBA 5CM6A 4MF3A 4RPNA 4RPOA 2PVUA 1XT8A 3IO6A 1MM6A 4IO5A 3TODA 4XKPA 3TQWA 1SI1A 3C34A 2FYIA 2XXXA 3FJGA 2O7UA 1Y1MA 2QRYA 1P99A 5AA4B 1A99A 3OEKA 1SBPA 2HQ0A 2Q2CA 2DE2A 3R7XA 4QFNA 4ZE9A 5I2KA 3MZ9A 4EQ9A 4QSDA 3M8UA 3M3KA 4KD5A 5IKBA 1FQAA 3JZJA 3K01A 4Z7EA 1CE2A 3H6WA 1MY3A 4F19A 1R9LA 4U4SA 1US4A 2I4CA 3KEIA 4QRZA 4U2RA 4YKPA 3RN8A 4THIA 1MXXA 4KPTA 1UTBA 4JBZA 3I6VA 1B3FA 1P1WA 5FTIA 3EN3A 3U72A 3IL1B 1ZBMA 2XD3A 1MY4A 2W7YA 3PMWA 5H8FB 1MY0A 1Q1KA 4O3AA 3G3KA 3IB0A 3CG1A 4LZ5A 4NF8A 4R74A 3K1MA 3W9WA 4F3GA 1LLSA 3QK6A 1O7TA 3N26A 4IY5A 5TPAB 5B7DA 2XHDA 2BJJX 2G93A 4BDOA 3OO6A 1VR5A 3FATA 1N3WA 5AE4A 1BP5A 1JEVA 4WKMA 3S9NC 1NH8A 4EQ7A 1MS7A 1SW4A 1PB9A 2XXHA 3E13X 3SERA 4QFLA 3IX1A 2DE4A 3E3KA 4Q5TA 4TLLB 3Q28A 4NF4B 3V83A 2DWJA 1IXHA 5I56A 3H06B 1VFDA 4NF6A 2O69A 1SVXB 5F7VA 3VVEA 4IO7A 5H8NA 1D9YA 4LZ8A 1FQCA 3HHFA 1SW2A 1J1NA 1B6HA 4U1ZA 5AA2A 1MH4A 4XKRA 3M3FA 4E0WA 1SI0A 4LP2B 3PUWE 1Y20A 3SETA 4XXUA 5H8HA 1B1XA 4JSDA 1YCJA 4EDPA 1P1UA 3N5LA 4ZZAA 2O7IA 4G68A 4X9TA 1O63A 4ESXA 3HO7A 3FVKA 2XXVA 2GFEA 4H5GA 1MM7A 3MVXA 4QFPA 2I4BA 4ELRA 4I62A 4JWOA 4R2BA 3H6TA 3T93B 2ESNA 5ISUA 3OSQA 1MQDA 1LAHE 2F6GA 2OWTA 1LFGA 1MXVA 3C4MA 3ILUB 3DELB 1A8EA 1B7HA 3TUSA 3G3JA 4F31B 3FD3A 3K0VA 3DM0A 1TFAA 3SDFA 1B4ZA 2FNCA 3K4UA 5JTYB 2Q2AA 1AH5A 1JW4A 1M5FA 4TLMB 1NKXA 3FIRA 3MC2A 3MZ1A 4R6KA 2Y84A 1NNFA 3HHGA 1TWYA 1HSJA 4HCYA 1A55A 1MXUA 4L17A 1MQIA 2ZXTA 4ESWA 4F29A 2AYSA 4RXLA 1IXIA 1UIVA 5CMCA 1IUDA 3LBSA 3K6WA 4U21A 3LSXA 1B05A 2ZYMA 4DE8A 1B7UA 4IO2A 4YMBA 5I57B 1YTVA 2D21A 1Y1ZA 4PFYA 1ELJA 3TCFA 4R6YA 4F3SA 2UVGA 3TAJA 4ZE8A 1B3HA 2XXPA 2B3FA 2DVZA 5DT6A 1P1QA 3VXBA 3TELA 1GV8A 4OENA 4JWXA 1MPBA 2ZNTA 1PB7A 3IOVA 3I5OA 2I49A 1R9QA 1MY1A 1GGGA 1LSTA 3SEUA 5FHNA 2PT1A 1JW1A 3OELA 1O64A 3IB1A 3IK6B 4KHZE 4GIZA 3TFLA 4ZZEA 1ZMGA 3HN0A 3TTNA 4UACA 4O3CA 3TZAA 3QSLA 3T9XB 4RNSA 1QUIA 5ELVA 3VXCA 4QHQA 1IQ7A 2PMSA 3TTMA 1P1NA 4FAJA 3KOTA 4GLIA 2Z8FA 4MFIA 3CFLA 2I48A 3E9XA 3UK4A 1A40A 3LSWA 1DMBA 2THIA 1QJMA 3MPLA 4FIMA 2GHBA 3F11A 3RGYA 5I59B 5DVIA 4EF1A 3FVOA 4EXKA 3V89B 5CBSA 3S9EA 3THIA 3QUFA 5CMKA 3B6TA 3DP6A 3S2VA 3DLNA 4IO3A 3O28A 3KJTA 4DDDA 3FV2A 4G8MA 1FW0A 3ODBA 2M8CA 4DIGA 1GVCA 1OQGA 1JEUA 1LCFA 2V3TA 3VLVA 3GBAA 4YB6A 3TMGA 5I84A 1B58A 3IO4A 2VOZA 2O6AA 1DTGA 4G68C 4DLDA 4I8CA 3OO8A 1OQHA 4HTGA 4BDQA 4F1YA 1Y3QA 3MP8A 3PPQA 4JXIA 1EZOA 2HEUA 1I6QA 2A5TB 3KBRA 2YLNA 2ZNSA 3I3VA 2F97A 3IAZA 5L8DA 4NEDA 5B70A 1NH7A 2F7AA 1AOVA 4YMAA 4LONB 4YU0A 3Q25A 1Y4CA 3ONMA 5KDTB 2PYYA 3MVWA 1XC1A 4EXLA 2ZYKA 2O51A 4DCXA 1MDQA 3KSXA 3LC8A 3Q29A 2DSFA 3H3GA 1M5EA 4F39A 4GQOA 2Y7RA 3RT8A 2YJPA 3TTKA 3QAXA 2RKMA 3AXFA 1Y3NA 3PU5A 2F8DA 1N0TA 4ELQA 4EF2A 3GXAA 4PETA 3EPEA 2HZLA 4NTLA 3A09A 3WAFA 1M5DA 1F9BA 1ZKBA 4ND9A 1ZIUA 5HM4B 1Q35A 2LAOA 3HSTA 1XHYA 3RNNA 2QMXA 3TKDA 3O29A 4HW8A 3K02A 3O6GA 1LAFE 3CVGA 3VLUA 4YB7A 1Z7NE 4WXJA 4G8NA 3PGFA 2I58A 5I58B 4DXCA 1TXFA 2F36A 2ZYOA 1EZ9A 1OLAA 4R72A 1N3XA 5L9SA 3A3UA 2QS3A 3LR1A 5H8QA 3QIMA 1MH3A 3K6UA 3VVFA 4BDLA 1QKBA 4I9DA 4P0GA 1UTHA 4F1VA 2DWAA 4P0IA 1I6BA 3KN3A 3VLWA 4KQPA 3RUMA 1A7LA 4F3PA 5BWJA 2DQVA 1AL3A 1B3GA 1MPDA 3OO7A 3BFTA 4KYDA 3GZGA 4XKNA 2H98A 1D4NA 4GRKA 4E0XA 1N7XA 2HAVA 2Q9TA 5TP9A 4WEDA 2B65A 2NOOA 1LB9A 3GLBA 4KI0E 4ZECA 2XX8A 1ATGA 1GTKA 3IJXB 3KZGA 2Z23A 2PX1A 2AIXA 4BDRA 4LZ7A 4KR5A 3Q26A 4OTEA 5DEXA 2DYXA 3S9LC 1B5JA 2Y7PA 3EHTA 1ZLQA 3CFZA 3ZS6A 2NWJA 1LFIA 3OOAA 2QS1A 5I57A 1H43A 3KG2A 4IB2A 3FASA 1FTKA 4ZEFA 1LAXA 4X48A 1IXGA 1AMFA 5K2XA 4EUOA 1OIBA 2Q88A 4LVQA 3KN7A 3QYTA 2FA7A 4X1BA 3UP9A 3TTRA 4ZEBA 1MPCA 2NXOA 1NL5A 2RCAA 3KJ7A 4R9FA 2NUVA 2P1SA 5K2YA 1PB8A 1BTJA 3FGSA 1ZU0A 4GD5A 2V3QA 4RK2A 2I3WA 3MP6A 2DP8A 3R6UA 3L6HA 1HSLA 4R2FA 3MP1A 4PE5B 4OHNA 2Z22A 2O68A 1OVTA 3C35A 3C36A 1XVXA 3H03A 3K1PA 2P0SA 4G77A 5L9MA 4QFOA 1AIVA 1EZPA 4OFOA 1UIUA 1IZ1A 4LQ2A 2ABHA 1ZJLA 1MQHA 2H5YA 1UTBB 2XXTA 2E0SA 2DS9A 3VE1B 4O3BA 2REJA 3SKPA 2V93A 2UXAA 4JWYA 2HXWA 2V84A 4QSEA 4H8IA 5F1QA 4GL0A 3TCGA 4FE8A 1S9TA 3PPPA 4N07A 4BDNA 3ECRA 3LSFB 5DVJA 2QMWA 1BKAA 4MLVA 3H7MA 4ZEIA 3KFMA 4NF8B 4C0RA 1H76A 2UYEA 5L9OA 1OVBA 2OBGA 4IGTA 1NNTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2DXRA 3SEXA 4GL8A 1FQBA 1NUWA 1M5BA 3BFUA 3VFJA 4ONYA 5I2NB 4MJOA 2OWSA 1FPBA 3IJOB 1DTZA 4U23A 2O1LA 2HZKA 3KGCA 4Q0CA 3UN6A 3T9UA 2DWHA 4N13A 3T22A 3W15C 3MW0A 4X1DA 1JVYA 2CMOA 4PAIA 2F78A 3U92A 2Y5LA 3OENA 1USYE 2VPNA 4NF5A 5I56B 3E78A 1FCKA 4AQ4A 2P3NA 4LUBA 2CEYA 2VD3A 3H6VA 3D4CA 4QSCA 3D4GA 1I6AA 5H8NB 4MNCA 2H9BA 1P1OA 2A5TA 1DBZA 3MVZA 4PBHA 5AA2B 1G0HA 1Y4TA 1FTMA 3MVYA 2BJIA 2V4CA 3SESA 4MNIA 4U1OA 2O1MA 2XXUA 5EQAA 2D5WA 4N15A 5H8HB 4LQ5A 1B0HA 3CFXA 4FJPA 2CZLA 2R8TA 4GXSB 2Y7KA 4F18A 3G3GA 4R6HA 3PD8A 4PQJA 1FBGA 3SEYA 5M2VA 1RYXA 2XX7A 4GWYA 2XX9A 1INPA 1LEVA 5DTBA 4KXPA 1VE4A 5IZ3A 1EYIA 5J1DA 2FIEA 5EHSA 4NWCA 4OVRA 1T0KA 3FJ7A 4F22A 3FXQA 2ZYNA 4GWOA 2ANJA 2OX3A 4H5FA 4H1XA 3TPAA 3C9HA 1YZ0A 3MUQA 2OK2A 3CSBA 1FQDA 2F7BA 4TQUQ 4FATA 4GFRA 4G2ZA 5AA4A 5LOMA 4N6KA 1B5IA 4PF6A 4KCDA 4HS7A 3TDJA 4AB5A 3OO9A 2VGQA 4GWUA 4ELOA 1PEBA 1B1HA 4XIGQ 1MXZA 4AB6A 4OMBA 5H8SA 4EQBA 1UQWA 2PBWA 3MJNA 4FECA 2VHAA 3JV9A 2F5XA 2DWIA 3LV0A 2R71A 1IIWA 2QS4A 3OXNA 1IEJA 1POY1 2ZZXA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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