3K6UA

M. acetivorans molybdate-binding protein (moda) in unliganded open form
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
312
structure length
312
Chain Sequence
EVLTVFHAGSLSVPFEELEAEFEAQHPGVDVQREAAGSAQSVRKITELGKKADVLASADYALIPSLMVPEYADWYAAFARNQMILAYTNESKYGDEINTDNWYEILRRPDVRYGFSNPNDDPAGYRSQMVTQLAESYYNDDMIYDDLMLANTGMTLTTEENGTALIHVPASEEISPNTSKIMLRSMEVELSSALETGEIDYLYIYRSVAEQHGFEYVALPPAIDLSSLEYADNYSKVQVEMVNGEVVTGSPIVYGVTIPNNAENSELATEFVALLLGETGQQIFIENGQPPIVPAIAEGKDSMPEELQALVV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Apo and ligand-bound structures of ModA from the archaeon Methanosarcina acetivorans
pubmed doi rcsb
source organism Methanosarcina acetivorans
molecule tags Transport protein
molecule keywords Solute-binding protein MA_0280
total genus 104
structure length 312
sequence length 312
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-10-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13531 SBP_bac_11 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3k6uA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3k6uA02
3L6HA 3MVYA 1OLAA 3BBRA 4JSDA 1B3HA 4FATA 1IEJA 2GHBA 1II5A 5TP9B 1JNFA 4XKPA 1UTBA 4POWA 4EXLA 1LFHA 1P1QA 3UP9A 2F78A 1IXCA 4LA9A 4ZDMA 2Z23A 5FHOA 2ZNUA 1UQWA 3PUXE 4F2QA 4O3BA 3TEPA 3S9LC 4OXVA 1QW0A 3T96B 1DOTA 4XKNA 4F1VA 2ZYOA 3A3UA 1MH4A 1OVBA 2VGQA 3D4GA 3VXBA 4YB5A 2DWJA 3OELA 1N76A 2X7PA 2PYYA 2OCUA 4R74A 4P0GA 4YKJA 5HM4B 4QSEA 1M5EA 4AB6A 4GIZA 3MWBA 1SDXA 1B32A 3FD3A 3ODBA 4K3FA 5FTIA 3V5AA 4F22A 5HBCA 4RNSA 4ZEDA 2PX1A 3I5OA 4QF9A 3T9UA 5I2KB 1FTMA 3V83A 1VSOA 2D21A 2HEUA 3QIMA 3T22A 2H25A 2ABHA 3O9PA 3CI8A 1B7UA 1HSLA 2P2AA 5KDTA 2AYSA 1VR5A 4R9FA 1A8FA 4YZZA 1DTZA 3G3HA 1B40A 1LAGE 4PP0A 3HV1A 4R6HA 2AIXA 2VP1A 1AMFA 1S9TA 3DM0A 4H6DA 3RY3A 4F31B 2Q2AA 3QYTA 3UN6A 1N7XA 3JV9A 2O51A 3TCHA 5DEXA 4FJPA 1T0KA 2A5SA 2OK2A 1LGBC 2G29A 1NH8A 2B65A 2LAOA 1Z7ME 2QJEA 3PMWA 3R6UA 2HFBA 4N07A 4C1UA 4ZECA 3F11A 1FQCA 1MY4A 1O64A 1H43A 2I0CA 2Z8FA 3GZGA 3IL1B 4G2ZA 1JETA 4PE5B 5DVFA 3MUQA 3WAEA 1R1NA 3PPQA 3O6GA 4DIGA 4POXA 3K0VA 3K1MA 3Q26A 4U1OA 5AA4B 2F35A 4IGRA 4GL0A 3KZGA 4GQOA 2Y7RA 4H8JA 3VLWA 1A7LA 1D3KA 2XXRA 2XXTA 1NNPA 3MPKA 4JWYA 4KHZE 3HO7A 4PQJA 4XIGQ 4FAJA 5KZTA 3K00A 1TXFA 4PFWA 4NF4B 3CRBA 3O29A 1IXHA 3PU5A 4KYSA 4Q30B 1POTA 2RC7A 5BWJA 3CG1A 4IGTA 1YAEA 5K2XA 1N3WA 4F39A 1SW1A 1JQFA 2RCBA 3T9VA 2E1SA 1SD3A 1UIUA 4TQUQ 4NE4A 4HW8A 4JWOA 5JTYA 3UIFA 2A5TB 3O6IA 1NNFA 2P0SA 3K1NA 4UACA 3H03A 4YB7A 1PEBA 1FQBA 2VD3A 3H6UA 3KBRA 5FTHA 5L9OA 1AL3A 4IO5A 1UTHB 4NF4A 1N3XA 3MP6A 1LSTA 4JXIA 1Y1ZA 4OEUA 3V89B 1MQDA 4DXCA 4AQ4A 1YCJA 1GGGA 2RINA 3IO6A 1EZPA 3C31A 4HCWA 5F7VA 1B4ZA 4OETA 4DZ1A 4X9TA 2HZLA 3K6UA 5ICQA 1IXIA 3PGFA 2I58A 1FTJA 2V93A 1EZ9A 1MY2A 3M3LA 4NMYA 2B3FA 3OO6A 3QK6A 4Z0IA 3TCGA 3S4UA 3BFTA 1SBPA 2DWIA 1M5CA 3I6VA 4YMAA 2QPQA 3SESA 3LSWA 3ZSFA 1S7YA 1YTVA 3N94A 3SEWA 2Y84A 1JVXA 4G8HA 1MXWA 2F97A 1Y4TA 4JB7A 4R72A 3VFJA 1MXXA 2Z22A 3MW0A 1URSA 3SKPA 4E0WA 2HZKA 4R73A 3VVDA 2QMXA 4U1ZA 3GLBA 3CVGA 4RY1A 5KDTB 2A5TA 2RKMA 3T9HB 4U4XA 1JEUA 1ZTYA 3TPAA 1UIVA 5I59B 2DVCA 3THIA 1IZ1A 2YJPA 4HS7A 2QMWA 3C4MA 3VE1B 4EF2A 4XTCQ 4WEDA 2M8CA 3ZKLA 3K6XA 4ONYA 4U22A 1HSEA 3CSBA 3EHTA 3EPEA 3OO8A 3PUWE 5H8NA 5TPAB 5F1QA 3SEYA 4ZEBA 4DCXA 3Q27A 4OYVA 5CBRA 5H8SA 2Q9TA 1FQEA 4DXUA 1USYH 3FJGA 3L6GA 3W9WA 3IB0A 1KWHA 1DPPA 4QFNA 3PUZE 2DYXA 1PB7A 1M5FA 3O6HA 3FVKA 3PV0E 1ZU0A 3QSLA 3LBSA 3KN7A 2XXXA 3FXQA 1S50A 2IA4A 2REJA 3IB1A 4M4GA 4N6PA 3OSRA 1SI1A 4LONB 3EF7A 3QUFA 3MVZA 5I56A 4BLAA 1D9YA 2UYEA 4OEVA 4E0XA 3DELB 2DE4A 5CC2A 5ISUA 1URDA 2QS4A 5ELVA 4ELOA 3HPIA 4OENA 5DEXB 1H3DA 4MF3A 2GH9A 3W9VA 1Y4CA 4Z7EA 5DVJA 4F3BA 3N26A 1LB9A 1N04A 2I0BA 5JTYB 1XS5A 2O68A 3E13X 1XHYA 1ANFA 1SYHA 4GWOA 5J1DA 4MBPA 1PBPA 2UVIA 5M2VA 1A54A 3TELA 2V25A 3LR1A 4PFUA 1MY0A 2DVZA 2I3WA 4QFKA 4FORA 2X26A 4H1XA 4IO6A 3S9NC 3S2VA 5AA4A 2ANJA 5DVIA 1IXGA 1YPNA 2DXRA 3M8UA 4H5FA 4KR5A 4F29A 1B46A 3PUVE 4R75A 3RT8A 3MVXA 3HHGA 3EHUA 2QRYA 1ZLQA 4ELPA 2FNCA 4KI0E 2R6GE 1OIBA 3E9XA 4LQ2A 1JW5A 3PMVA 1ZMGA 1EZOA 2XHDA 3K1PA 1PDAA 4FEBA 4IY6A 4GLIA 3N5LA 4BDRA 2I3VA 4R6KA 4OMBA 3ONMA 1NNKA 4MFIA 5ITPA 2RC9A 3UK4A 1B9JA 1ELJA 1Y3PA 2ESNA 3DP4A 4G77A 4EQ7A 3IOWA 3IOUA 4EDPA 1B0HA 3R26A 3B6WA 1FTKA 2ZYNA 3FGSA 4KCDA 2UVHA 3TTNA 4U21A 5BUUA 4OWDA 1NFTA 1US4A 2NUVA 1XVXA 4LZ5A 2UXAA 3FATA 1MM7A 1Z7NE 4YKKA 5EYFA 3RT6B 4RPOA 4P0IA 4U23A 4BDMA 4RJZA 5H8NB 3AXFA 3TCFA 3PPRA 4KCCA 4NF8A 3VLUA 3KN3A 3OO7A 2Y7PA 5A5XA 3KJTA 2DP8A 4GFRA 5TU0A 3B7DA 1TFDA 2CMOA 5L9MA 1D9VA 5B70A 2UVGA 3FXRA 4RPNA 3A09A 1R9LA 2IEEA 2O1MA 3LSFB 1GVCA 4I62A 3PMXA 3C32A 2RCAA 1LCFA 1Y20A 3MP8A 4ZS9A 2PT2A 1LFGA 2ALUA 2QL3A 5CI5A 3T93B 5A5XB 1O63A 2GRVA 3KOTA 1SW2A 3OSQA 3QXMA 4G68C 4OFLA 3QUJA 4GXAA 3DP6A 2F34A 4ZZAA 4QRZA 3MAMA 1MM6A 1QUIA 2HAVA 2H4IA 1N84A 3TDJA 3IOVA 4QFLA 3PD8A 3IX1A 4NWCA 2D5WA 2V3TA 1OMPA 1J1NA 2R9JA 3PD9A 2O7IA 1M5BA 3IB2A 1B51A 3KJ7A 4EXKA 1MPDA 4G4PA 1MQGA 1PB8A 4EF1A 4F2OA 4H0WA 1VFEA 2QS3A 2XX7A 3ILTB 5I57B 2I4BA 3USDA 2GFEA 3G3KA 2OLBA 1MPCA 4LATA 3C34A 1WVJA 3LSXA 4GF8A 1F9BA 2PMSA 1RYOA 1LB8A 2D3IA 2Z8DA 3OENA 4LQ5A 5TPAA 3RUMA 3SEUA 3U72A 4EUOA 2H9BA 1B58A 1QKAA 4M1VA 4ESXA 1B1XA 1URGA 1DMBA 3CR9A 5EHSA 1QUJA 4Q0CA 4X48A 4X1DA 1N7WA 1NNTA 2WKYA 4U4SA 1XT8A 2DXYA 5CMMA 2ONKE 5L8DA 5AA2B 1LCTA 3T9XB 2Y7WA 3H06B 3TKDA 4OESA 1L5TA 2F36A 3S9EA 3DP8A 1H44A 5CRYA 4IO3A 3N6UA 3H6WA 3JZJA 4YICA 1H45A 4G68A 2Q89A 1B5IA 3G3FA 4C0RA 3OD7A 3E4RA 2O1LA 4IO2A 3RGYA 2XX8A 4JWXA 4YB6A 3UORA 3TTKA 5H8HA 4LVQA 1DSNA 3B6TA 4FE8A 2DOJA 1SVXB 3M3FA 1Q35A 4HCYA 3VDFA 1A8EA 4H8IA 4RK9A 3SERA 2F8DA 4R6YA 1MRPA 1SYIA 4XKRA 3U8QA 3GBBA 1P1UA 2XXHA 2XX9A 2ZMBA 1MQIA 4G8MA 1D4NA 1VFDA 4I8CA 2V3QA 4NF5A 3TODA 3D4CA 4DCYA 3A3CA 1Y1MA 4NEDA 3KOSA 1I6BA 3FVNA 3UGWA 1ATGA 4F19A 3IORA 4L17A 3Q29A 4GXSB 4LZ7A 3FUZA 1QJMA 3MZ1A 4OHNA 5ITOA 3HCQA 4H5GA 3OEKA 4NF6A 1R9QA 2G93A 2O6AA 1B3FA 1IUDA 1PB9A 1OQGA 4RYAA 3G3GA 4F3SA 1B3GA 4FEDA 3LUYA 5LOMA 1B0LA 3TAJA 5I59A 2XXYA 1OVTA 3O28A 2ZXTA 2I6EA 3MC2A 4R2FA 3ZS6A 4DXBA 1LAHE 2Z8EA 1FTOA 3KSXA 2E0SA 2NWJA 3VV5A 1EH3A 3FVGA 3TUSA 1SI0A 3C9HA 3R7XA 3SETA 4F3GA 3CFXA 4BDNA 3B6QA 1B3EA 2XXPA 4RXLA 1IITA 2OWSA 2YPNA 4N13A 1OLCA 1RYXA 2REGA 2UYFA 1JW1A 2PVUA 4THIA 3V8XB 3FVOA 5FHNA 1USYE 3OMBA 3C33A 4YU0A 3ILUB 4TLLB 4XKQA 1I6AA 5I56B 1MY1A 3MZBA 1I6QA 2AL5A 4KD5A 4QSCA 1FQDA 5H8HB 4NTLA 5H8QA 2AL4A 3Q28A 2B3BA 5TP9A 1B2HA 3VLVA 2Y7IA 1R6ZA 3HN0A 2DWHA 1MQJA 1BLFA 1JEVA 1FQAA 3KEIA 4R2BA 1LBBA 1A55A 1MQHA 2ZNSA 3IR1A 4QSDA 1BP5A 4ZZEA 4F18A 5CMKA 3U92A 1N0TA 3FIRA 4EQ9A 2DWAA 3O66A 5KCJA 3RLFE 1XOCA 3TZAA 2F6PA 3PPNA 1MS7A 3RPWA 4NF8B 1BKAA 4YMBA 5KCJB 5H8FA 5I84A 4YKPA 2F6GA 2XXWA 1DTGA 3H7MA 3KGCA 5AA1A 4BDQA 5AA2D 2OZZA 2I48A 1IIWA 1B52A 3U94A 4F1UA 1QVSA 2OBGA 5I2KA 2QSXA 1I69A 2FA7A 3IO4A 1MXZA 2I49A 4NF6B 3FZVA 4C1TA 1B1HA 1Y9UA 1QKBA 3CG3A 3LC8A 4LZ8A 4MH5A 2HQ0A 4NWDA 4Q5TA 1M5DA 1ZIUA 4UA8A 3ZKKA 2XXIA 1JVYA 1LFIA 3G7WA 4HTGA 4YKIA 3FXUA 4ZEIA 3RN8A 4JBZA 1BIYA 4ND9A 1P1NA 1POY1 4PFTA 4YAHX 1MDQA 1CB6A 2F5XA 4IO7A 4ESWA 2QS2A 2XXVA 2VHAA 1MG1A 3M3KA 3OEMA 3K4UA 3T66A 1GR2A 1B7HA 3OOAA 3KFMA 2DE3A 3UA8A 4GOTA 1WODA 1ZJLA 3WAFA 3S9MC 5CMBA 2OJTA 4OTEA 1IQ7A 2OWTA 1WDNA 2DQVA 2W7YA 2VD2A 3BFUA 3GBAA 3C35A 2V84A 1DPEA 4ECFA 1MDP1 3TFLA 1FQFA 1NKXA 2FYIA 3OO9A 4G68B 1US5A 5DTBA 2V3UA 2O7UA 1LAFE 1O7TA 2RF1A 1AH5A 1A99A 4DE8A 5I58B 5CM6A 1FCKA 3G3IA 4U2RA 3IJOB 4PETA 4AB5A 5I2NB 2QS1A 3TMGA 5EHMA 2ONRA 5IKBA 4TOZA 2ONSA 5AA2A 1MXUA 5HPQA 3H3GA 4QFPA 3VVFA 1P1WA 5CBSA 5JK4A 1HSJA 3GXAA 1TFAA 3K6WA 3KN8A 3P7IA 2YLNA 4LP2B 3N6TA 4O3AA 1OQHA 1NMUA 1CE2A 4ZEKA 2PT1A 3LSLA 3TQLA 5CMCA 4ELQA 4ELRA 1AIVA 1SW5A 4KYEA 3BKIB 3O97A 5H8FB 2Q8JA 3Q25A 4IB2A 4OERA 3PPPA 3EN3A 4MLQA 2ZYMA 3RNNA 3HSTA 2HAUA 2BJJX 3C36A 3FJ7A 3G3JA 3PUYE 2KLFA 1PC3A 2O69A 4I1DA 2NVUB 3OXNA 3RTFB 3O2AA 3SEXA 3TYHA 5I57A 1GV8A 3SDFA 3TTRA 4IY5A 3IAZA 1TWYA 4I9DA 4F1YA 2F7BA 2NXOA 3MQ9A 5AE4A 1LAXA 4XXUA 2VOZA 4OZ9A 1UTBB 3MP1A 5DT6A 4ZEFA 3VVEA 4F3PA 2RC8A 2H5YA 1B05A 1P99A 3MBPA 4KFQA 1Q1KA 1MPBA 2H98A 2H99A 2XD2A 3E3KA 4QHQA 4H67A 1XVYA 2I4CA 3TTMA 4O3CA 1VE4A 3U1OA 4KYDA 2Q2CA 3ECRA 1ZKBA 4DLDA 1LLSA 1B5JA 5I58A 1PBQA 3HHFA 3CSGA 4GL8A 5FHMA 1BTJA 3CFLA 4EQBA 1QUKA 2PBWA 3FV2A 4GVOA 2HXWA 3MZ9A 1MY3A 2NOOA 4BDLA 1JW4A 2THIA 1GTKA 4WEPA 5AA3A 3QAXA 1P1OA 2X7QA 2R71A 1B3LA 1NL5A 2F7CA 2XXQA 1B4HA 3FJMA 3KG2A 4PFYA 4DDDA 3RQTA 1NH7A 3IOTA 2O84X 3FV1A 2XXUA 3K6VA 3I3VA 2XD3A 2ZNTA 4IO4A 5IAIA 1QULA 4JSOA 1B7ZA 5L9SA 1TT1A 3H6VA 3VXCA 1B6HA 4H65A 3CFZA 5K2YA 4FECA 1MH3A 1ZBMA 3FASA 1B5HA 1Y3NA 3EHSA 3MPLA 5DYHA 4KQPA 4OFOA 4QFOA 3K01A 1EU8A 2P1SA 2Q88A 2UVJA 4GRKA 1FW0A 4OVJA 1MXVA 4ZE9A 5JEIA 1UTHA 4P11A 2Y7KA 1AOVA 4WXJA 3H4ZA 1A40A 4OQOA 3U93A 3EQ1A 4KPTA 2DSFA 3W15C 2DE2A 2ZYKA 1H76A 1LBCA 1RKMA 2HCAA 3K2DA 4MLVA 4TLMB 4WKMA 4GD5A 2GHAA 3TQWA 3H6TA 1Y3QA 5B7DA 3CIJA 4RK2A 4FIMA 3SEVA 1MXYA 4R9GA 4LUBA 4G8NA 4BDOA 3IJXB 3JYRA 3K02A 1SW4A 2F7AA 3IK6B 4OFJA 4NF5B 4X1BA 3KSJA 2CZLA 4ZE8A 3RTWB 4Q8RA 1SQYA 3DLNA 5I2NA 2DS9A 3MJNA 1FTLA 4ISUA 4JDFA 4RA1A 5ICTA 3MVWA 5H8QB 1XC1A 3PPOA 3TTLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3L6HA 3BBRA 5IM2A 5TP9B 1JNFA 1UTBA 4ZDMA 1UQWA 3TEPA 4HE2A 1MH4A 2VGQA 3D4GA 2DWJA 4PDDA 1N76A 2X7PA 4R74A 1M5EA 3V5AA 2PX1A 5LDZA 1VSOA 2HEUA 3CI8A 2AYSA 1LAGE 4PP0A 3HV1A 1AMFA 1S9TA 3DM0A 4N6DA 4F31B 4FJPA 2OK2A 1YZ0A 1FPEA 4XTCQ 4ZECA 1MY4A 1O64A 3WAEA 1JETA 1R1NA 3PPQA 3O6GA 4DIGA 3K0VA 5AA4B 4GL0A 3KZGA 4PFRA 3VLWA 1D3KA 2XXRA 2XXTA 1RDZA 4KHZE 4AS4A 1IXHA 1POTA 4F39A 2Y5LA 1SW1A 2RCBA 4TQUQ 4UACA 3H03A 1PEBA 1FQBA 3H6UA 5L9OA 1N3XA 3MP6A 4JXIA 1Y1ZA 2WX9A 1B4ZA 4OETA 2HHMA 5IZZA 1AWBA 1IMAA 3TCGA 2VPNA 3BFTA 5EQAA 3I6VA 1M5CA 4YMAA 4PAKA 1YTVA 5ESYA 4P3LA 4G8HA 2F97A 5I3SA 4U1ZA 3GLBA 2RKMA 1ZTYA 3TPAA 1UIVA 5I59B 2DVCA 4HS7A 2QMWA 3VE1B 1NUZA 2M8CA 4GWUA 4ONYA 4U22A 3EPEA 3EHTA 3TDJA 4DXUA 3FJGA 3W9WA 5I7IA 1KWHA 3PV0E 1PB7A 1M5FA 3FVKA 1VDWA 3LBSA 3KN7A 2XXXA 4M4GA 2IA4A 1SI1A 4LONB 1IMBA 4MF3A 3W9VA 4Z7EA 1LB9A 3CHGA 5J1DA 3ROJA 3LR1A 4JVDA 4JVCA 4QFKA 4IO6A 3S9NC 2DXRA 4R75A 3RT8A 1JP4A 3PMVA 1DK4A 1ZMGA 2XHDA 4FEBA 4IY6A 4GLIA 3N5LA 1NNKA 3UK4A 1B9JA 1ELJA 1Y3PA 3FXBA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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