3K6UA

M. acetivorans molybdate-binding protein (moda) in unliganded open form
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
312
structure length
312
Chain Sequence
EVLTVFHAGSLSVPFEELEAEFEAQHPGVDVQREAAGSAQSVRKITELGKKADVLASADYALIPSLMVPEYADWYAAFARNQMILAYTNESKYGDEINTDNWYEILRRPDVRYGFSNPNDDPAGYRSQMVTQLAESYYNDDMIYDDLMLANTGMTLTTEENGTALIHVPASEEISPNTSKIMLRSMEVELSSALETGEIDYLYIYRSVAEQHGFEYVALPPAIDLSSLEYADNYSKVQVEMVNGEVVTGSPIVYGVTIPNNAENSELATEFVALLLGETGQQIFIENGQPPIVPAIAEGKDSMPEELQALVV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Apo and ligand-bound structures of ModA from the archaeon Methanosarcina acetivorans
pubmed doi rcsb
source organism Methanosarcina acetivorans
molecule tags Transport protein
molecule keywords Solute-binding protein MA_0280
total genus 104
structure length 312
sequence length 312
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-10-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13531 SBP_bac_11 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3k6uA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3k6uA02
3KN3A 4GFRA 1POY1 4AQ4A 3RT6B 3M3FA 3K02A 2F6GA 3MC2A 3OSRA 4ZEDA 4F3SA 1GGGA 1PBPA 2I3VA 3HHGA 4GXSB 1H43A 1P1UA 1XVYA 4ELPA 1B2HA 1QJMA 4Q8RA 1MDP1 4HCYA 3RT8A 3LR1A 2ONKE 2QRYA 3E9XA 1DPPA 4FJPA 4H67A 4OFLA 1IXHA 4JWOA 1IIWA 1XS5A 4I9DA 3FVKA 2QPQA 1USYE 4NEDA 4O3AA 1NKXA 3TTNA 5HPQA 2UVHA 3FVGA 1MH3A 3GLBA 3IB2A 1PB7A 4QFLA 2H9BA 2GRVA 1UIVA 2F7BA 3O28A 3GBBA 4F1VA 5H8NB 3FUZA 3SESA 4L17A 3Q29A 3B6QA 4JXIA 3TYHA 2XXQA 5KZTA 4U4XA 3H03A 4QRZA 1CE2A 1P1NA 4R2FA 1Q35A 4F18A 5ITOA 2Q8JA 3PUYE 3HN0A 2UYFA 4R73A 4NMYA 4FE8A 4MLVA 1DPEA 1M5FA 1VE4A 2FA7A 3FD3A 3K6XA 5JTYA 1Q1KA 3B7DA 3L6GA 1PB8A 4QSCA 4R9FA 2Y7WA 4R74A 1O63A 4R9GA 3N5LA 2YPNA 3QK6A 4GRKA 5CMBA 3VVFA 4X9TA 2OLBA 3UGWA 5EYFA 4GIZA 2REJA 2VP1A 3OEKA 3ILUB 3OXNA 3U8QA 1B7HA 4LONB 5DYHA 1ZLQA 3CG1A 4ZEKA 2ZYMA 4ZEFA 3KOSA 4JWYA 1B0LA 1S7YA 1JEUA 1XVXA 2Z8FA 3HV1A 3TODA 3LBSA 1N84A 2RINA 1A8FA 3OO8A 5L9MA 3V83A 2ZNTA 2KLFA 3KSXA 2ZNSA 1VSOA 1NNKA 3PUXE 3H7MA 5DEXA 4GQOA 1AOVA 1B1HA 1TXFA 2DXYA 3IJOB 3H3GA 2Y7IA 1ZU0A 3MBPA 4M4GA 4IO5A 2DSFA 3RLFE 1GR2A 2DWAA 3TFLA 4GL0A 1B52A 5KDTB 2D5WA 1B4HA 3C33A 1H3DA 2W7YA 2XXVA 3IL1B 4Q5TA 1O64A 1SI1A 4YKKA 2OK2A 3T96B 2REGA 4QFPA 1YAEA 2R9JA 2XD2A 4PFUA 3HPIA 3OENA 4C0RA 4RK9A 3Q25A 3MZ9A 4RXLA 1NH8A 3K1NA 1OIBA 3KJTA 3H6TA 3OOAA 5DEXB 3MW0A 3N26A 2I49A 2B3BA 3F11A 4NF5A 3CG3A 3V89B 1IUDA 4X48A 2Y7KA 1Y20A 3T9VA 3U72A 3VLVA 3FVOA 5I59B 3D4CA 4FAJA 3DLNA 4IO4A 4YKPA 1SI0A 4DE8A 3PUZE 1JW4A 4ELOA 2HAVA 1FQBA 2OBGA 1GVCA 2THIA 3CI8A 4Q30B 4M1VA 3C34A 2Y7RA 3QSLA 3SEYA 3IJXB 4OEUA 2PBWA 4HTGA 1YTVA 4F3BA 1SW2A 4GWOA 3SEXA 4WEDA 5CMKA 2VGQA 4F31B 4G68A 5CI5A 4I8CA 4NWCA 3KN7A 3PMVA 1NNFA 2HAUA 1NH7A 1NFTA 4NF5B 1N7WA 2NOOA 4XIGQ 1JQFA 2AL4A 1LAFE 3I3VA 3IB0A 1R9QA 2VHAA 4ZZAA 3OELA 2O7UA 3QXMA 2XXIA 1LBCA 4KCCA 3SETA 3BFTA 2NVUB 3WAEA 4PFWA 3AXFA 4THIA 1B4ZA 1I6AA 3WAFA 1B6HA 2UXAA 5DT6A 4U4SA 5ISUA 2QMWA 3MWBA 4H65A 3CRBA 4BDQA 1FTOA 2A5TB 4LZ7A 3EHSA 3QYTA 2RCBA 5TPAB 4FEDA 2F78A 1URSA 4RA1A 3RN8A 5BUUA 2QS2A 3T9UA 1B3HA 5KDTA 1XOCA 4G77A 5AA1A 5I58A 1LFGA 1QULA 4RYAA 5TP9A 1R1NA 4PE5B 3IOWA 2ZYKA 3O2AA 4F39A 4F1YA 3FGSA 4LATA 4BDRA 3O66A 4N6PA 1M5BA 3TCFA 2I0BA 1R6ZA 2DE3A 3UIFA 2I4BA 2XXXA 3K6UA 3MVWA 4MBPA 1PBQA 2G93A 3HHFA 2GFEA 3I6VA 4G2ZA 2V3TA 4IY5A 3SDFA 1SW4A 5EHMA 2LAOA 3TEPA 3OSQA 1B46A 3VV5A 2QSXA 4OESA 4XKRA 1MG1A 4QFKA 4ECFA 3K1MA 1CB6A 2O1MA 3Q27A 1LBBA 5JEIA 4BDLA 1F9BA 1BTJA 4QSEA 3G3HA 4KYDA 4F3GA 4FATA 1LB9A 4KHZE 3ILTB 4XKNA 3VXBA 1ZBMA 1VR5A 2P2AA 1A7LA 4LVQA 1MS7A 5EHSA 1UTHA 5AA3A 2HFBA 2XX9A 3CSBA 5CM6A 2R6GE 2UVGA 2HEUA 4R72A 3VLUA 1D9YA 2O1LA 3G3KA 3IOTA 2CMOA 4R2BA 1N3WA 3VLWA 2F97A 4IO7A 3DM0A 1MM7A 3JZJA 3QUJA 1IQ7A 2OJTA 1B40A 3RY3A 3UORA 5A5XA 4ZE9A 3VVEA 1YPNA 2QL3A 1FTLA 4AB5A 1HSJA 2P0SA 3LSWA 3ZKLA 1UIUA 3IB1A 5J1DA 2GHBA 3MQ9A 2YJPA 4KCDA 3MP1A 1SBPA 2XXYA 4OHNA 5I2NA 1PEBA 3VFJA 2X7PA 2AL5A 3S2VA 3LUYA 4KR5A 3QUFA 2XXPA 1LCFA 1VFDA 4OMBA 2Q2CA 3GXAA 4DXUA 2BJJX 4Z7EA 4FIMA 3PPNA 3EPEA 3PU5A 1QKAA 1N76A 1B3EA 3OEMA 3KJ7A 5I2KB 3A09A 3RPWA 5HM4B 2PYYA 4YMAA 2RC8A 3G3GA 3KBRA 4KQPA 3S9MC 1MY4A 1JVXA 2B3FA 3SEVA 1LLSA 1LAHE 3K1PA 5BWJA 3O97A 3A3UA 2NWJA 3QIMA 2O68A 1JEVA 3KZGA 3MVZA 3PUWE 4HCWA 4GF8A 1MY1A 1OQHA 2ZYOA 4I62A 1QKBA 3FVNA 3VDFA 1SYIA 2DXRA 1Y1ZA 3C32A 4ZDMA 5KCJA 2ZNUA 2F6PA 4G8NA 2O69A 3TPAA 3U93A 3KSJA 3OO7A 1SW1A 4E0XA 4ISUA 4F19A 4U21A 4BDOA 4NWDA 5AA4A 5I84A 1PC3A 4ZE8A 2Z23A 3LSXA 2P1SA 4TQUQ 5L9OA 3MP8A 1UTBB 2I48A 1MQJA 2V25A 1MPCA 4NF4B 3TQWA 3CFLA 1B7ZA 3THIA 3U92A 1FTKA 2DYXA 3T22A 1I6QA 1MQIA 2I3WA 2O51A 3Q26A 1URDA 4QSDA 3ZSFA 4F2OA 3C9HA 4E0WA 1TFAA 4EQ9A 4F3PA 3K01A 5A5XB 2YLNA 4YB7A 1A54A 3V8XB 1MY0A 4C1TA 5AA2A 4NF8B 1MXYA 3SERA 1B7UA 3HCQA 2F5XA 3TTRA 3C31A 4ZS9A 1B3GA 1MY2A 5H8SA 3MJNA 1FQEA 1US4A 5I57A 3BBRA 2H98A 3K2DA 4DZ1A 2PX1A 2V3UA 3H6VA 4PP0A 1AIVA 4NF8A 3R6UA 3C35A 3EQ1A 1ZKBA 3MP6A 1HSEA 1TT1A 1AH5A 1US5A 2ANJA 2RCAA 2DWHA 2XXUA 4LQ2A 4YU0A 4IY6A 4OWDA 3FJMA 4EQBA 4UA8A 4R6KA 1OLCA 3I5OA 3KEIA 2ESNA 5FHOA 2QS3A 2UYEA 1MY3A 3ZKKA 4GVOA 5TP9B 3IOVA 4KYSA 2HXWA 1A99A 3CFXA 3CVGA 4LZ8A 4EF2A 1JETA 1Y3NA 4RY1A 5LOMA 4O3BA 4PQJA 1S50A 2D21A 3D4GA 3O29A 3PPOA 4XXUA 5TPAA 3OD7A 3T9XB 3PPRA 1ZIUA 3ZS6A 3HSTA 3DELB 5I2KA 3MVYA 2DWIA 4GD5A 1QW0A 4ZEBA 3UP9A 4ZECA 3EHTA 4ELQA 1KWHA 3TUSA 1AMFA 4GL8A 3ODBA 4ESWA 2X26A 1OLAA 2Q2AA 4X1BA 1LGBC 1Y9UA 4F2QA 1EU8A 3IK6B 2ONSA 4NF4A 5F1QA 3RQTA 2IA4A 5H8NA 2XHDA 4PETA 4DCYA 2ZXTA 4C1UA 3MZBA 3OMBA 5H8FA 3DP4A 4U23A 4UACA 4YKIA 2OWTA 3IORA 2UVIA 4AB6A 5AA2D 1WODA 1LFIA 4OVJA 3EN3A 2I58A 1Y3PA 4PFTA 1T0KA 4I1DA 1ZJLA 3TQLA 3UA8A 4WEPA 1XHYA 3K4UA 4BDMA 3S9EA 3IO4A 1XT8A 1P1OA 1JW5A 4OETA 1EH3A 1QVSA 4G8MA 4RPOA 4YKJA 2F7AA 2QS1A 3RNNA 4MH5A 4QHQA 4X1DA 1AL3A 1FQCA 3W15C 4DXBA 1Y4CA 1UTHB 1JNFA 3CFZA 3JYRA 3H6UA 3PV0E 4O3CA 4WXJA 1WDNA 1I69A 5B7DA 2Y7PA 1B58A 1P1WA 1FQAA 3T93B 1RYOA 3PD8A 3RTFB 1XC1A 2DP8A 3EF7A 3KG2A 3KN8A 1MPDA 4H5GA 2X7QA 1I6BA 3H06B 3HO7A 3MPKA 4LP2B 3IOUA 5FHNA 3O6HA 1MXXA 3A3CA 2O7IA 3BFUA 3QAXA 4KI0E 1EZ9A 4OZ9A 3S4UA 1B3LA 4IGTA 4EF1A 4G8HA 3FXUA 1FTMA 3L6HA 2G29A 1B5IA 1A40A 1MQGA 4YZZA 5M2VA 4DIGA 4DLDA 4NF6A 5L9SA 1UTBA 2RF1A 4OFOA 1MPBA 3BKIB 1LSTA 1HSLA 1OVTA 4FORA 4QF9A 5FHMA 5CBRA 4LUBA 4F22A 3ONMA 3S9NC 2XXTA 1BIYA 1BP5A 5DVIA 1LFHA 5CRYA 3USDA 4LZ5A 2I6EA 1DSNA 2ALUA 4KYEA 4N13A 4NF6B 2H4IA 2WKYA 3TCHA 3U94A 2IEEA 1WVJA 2OZZA 2Q9TA 3M8UA 3TELA 3PMWA 1JW1A 4JB7A 1FTJA 2V84A 3K6WA 2FYIA 5H8QB 2RKMA 4LQ5A 4OTEA 3TAJA 1N3XA 1LAGE 3LSLA 4GOTA 5ICQA 4DXCA 3EHUA 3CIJA 2FNCA 1TFDA 2O6AA 1MQDA 1S9TA 3B6TA 5HBCA 4YB6A 4OEVA 3DP8A 1IXIA 3E3KA 4JSDA 3S9LC 1Y1MA 3B6WA 1LCTA 4H8JA 3O6GA 5CMCA 4IO3A 1MRPA 2V93A 5H8FB 3VE1B 1LAXA 3ECRA 2F8DA 2E1SA 3PUVE 3FJGA 2M8CA 3K00A 4H0WA 5IAIA 3N6UA 5FTIA 1QUKA 1B51A 1MH4A 2DVCA 3E13X 4PFYA 1ATGA 4YICA 2XD3A 5JTYB 5CC2A 4KD5A 4MFIA 1B32A 1IXCA 2QJEA 2XX7A 1VFEA 3IAZA 2H5YA 4H1XA 2F36A 4YAHX 2CZLA 3TTLA 5CBSA 1Y3QA 2DE4A 2Z8EA 3PMXA 2VD3A 1H45A 4YMBA 1IITA 4IGRA 4TOZA 3E4RA 1IXGA 1TWYA 4U1ZA 5H8HA 2Y84A 4LA9A 3W9VA 1MM6A 2HQ0A 1MXUA 2B65A 2V3QA 5TU0A 1QUJA 1L5TA 3PPQA 3MVXA 3SEWA 2DVZA 2HZKA 4JWXA 3FATA 3O9PA 4ONYA 3KFMA 2QS4A 1RKMA 2Q88A 1POTA 1MXVA 4KFQA 3C4MA 1M5CA 1RYXA 4N07A 4R75A 1QUIA 5H8HB 1PB9A 2HCAA 2PVUA 2NXOA 3N94A 4EXLA 5AE4A 4POWA 3P7IA 4P0IA 1FQFA 1Y4TA 1P99A 1MQHA 4F29A 4ZZEA 1B0HA 3IO6A 3TMGA 1OVBA 1DMBA 1USYH 3O6IA 4TLMB 3KGCA 1BKAA 3VVDA 1DTGA 1R9LA 2R71A 2DQVA 4R6HA 4DDDA 5AA4B 2XXWA 2GHAA 4BLAA 4P0GA 5AA2B 1SW5A 1A8EA 2I0CA 4R6YA 4U2RA 4NE4A 4ESXA 3M3LA 3PGFA 5K2XA 5I56A 4U1OA 2OWSA 3TTKA 4RPNA 1SVXB 5L8DA 4G4PA 3R7XA 3FXRA 2RC9A 4EUOA 1EZOA 1FW0A 4EDPA 4OYVA 5I58B 1N0TA 1SYHA 1GTKA 2I4CA 4ND9A 2PMSA 3SEUA 5I56B 2H25A 4XKQA 2A5TA 4K3FA 1D4NA 4OERA 2NUVA 1ZMGA 3G7WA 3K0VA 4OXVA 4RK2A 2ZMBA 3CSGA 2XX8A 3RUMA 5ITPA 3GBAA 4TLLB 1O7TA 5DVJA 3TKDA 2OCUA 1SDXA 2AYSA 3IR1A 3OO9A 3LC8A 4POXA 4BDNA 5KCJB 1ELJA 2ZYNA 1LB8A 3FZVA 1MXWA 3OO6A 3IX1A 3MZ1A 4GXAA 1M5EA 1URGA 3FV2A 2F34A 1YCJA 4FEBA 4H6DA 4HS7A 3GZGA 4OQOA 1N7XA 3G3JA 4G68B 5I2NB 4P11A 4U22A 2D3IA 3FXQA 3TDJA 3N6TA 1DTZA 4Z0IA 3LSFB 5ICTA 4IO2A 3G3FA 3RTWB 1FQDA 4DCXA 2UVJA 4OENA 3C36A 4RNSA 1ZTYA 5CMMA 1JVYA 3H6WA 4FECA 3TZAA 1OQGA 1DOTA 3G3IA 4IO6A 1PDAA 4Q0CA 3V5AA 4EXKA 5DVFA 1J1NA 3FJ7A 3JV9A 3W9WA 3PD9A 2E0SA 1IEJA 3MPLA 4RJZA 5I59A 4GLIA 1FCKA 5F7VA 1P1QA 3H4ZA 2PT1A 5JK4A 1SQYA 4H5FA 3SKPA 4F1UA 5K2YA 2Q89A 3FASA 3KOTA 1Z7ME 1D9VA 3Q28A 1II5A 1MXZA 3UK4A 1UQWA 2AIXA 4XTCQ 4YB5A 3CR9A 1B1XA 3T9HB 2H99A 4H8IA 1IZ1A 3FIRA 5FTHA 5H8QA 3VXCA 4MF3A 1MDQA 1D3KA 2GH9A 2Z22A 4ELRA 1B3FA 2VD2A 2XXRA 3UN6A 4NTLA 4XKPA 5ELVA 2F7CA 1GV8A 3PPPA 2ONRA 3U1OA 2QMXA 5IKBA 4IB2A 1N04A 1OMPA 4QFNA 3M3KA 4KPTA 4ZEIA 5B70A 3MUQA 2DWJA 1EZPA 4QFOA 2A5SA 2Z8DA 1H76A 1BLFA 1A55A 2O84X 1H44A 2DS9A 2VOZA 1B9JA 2ABHA 2DE2A 1B5HA 2F35A 2RC7A 3T66A 5I57B 5DTBA 2PT2A 1B05A 3DP6A 3K6VA 1NNPA 1B5JA 1NNTA 2XXHA 3FV1A 4G68C 4WKMA 4OFJA 4HW8A 4MLQA 4JDFA 4EQ7A 2DOJA 4JSOA 1ANFA 4JBZA 3TCGA 3TTMA 1M5DA 1NL5A 3MAMA 2HZLA 1NMUA 3RGYA 1Z7NE 1SD3A 3R26A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4GFRA 4I3YA 3B50A 3RT6B 2F6GA 3MC2A 1GGGA 1H43A 4ELPA 4PAIA 2ONKE 2QRYA 4OVQA 1IXHA 4JWOA 1IIWA 2FIXA 4OVPA 1UIVA 4L17A 3TYHA 1CE2A 4R2FA 4R73A 1DK4A 3B7DA 4R9GA 3QK6A 2OLBA 4GIZA 3OEKA 1NV3A 2HXRA 4ZEKA 4LONB 2ZYMA 1S7YA 3HV1A 1NUYA 3OO8A 3KSXA 2ZNSA 1GR2A 4GL0A 1B52A 5IZ1A 4N8YA 2W7YA 2XXVA 2ZZWA 4YKKA 2R9JA 2XD2A 3EKIA 3MZ9A 1OIBA 3F11A 3CG3A 3T9VA 4YKPA 3PUZE 1JW4A 2HAVA 3CI8A 4Q30B 4M1VA 2Y7RA 5FBPA 1SW2A 4GWOA 3SEXA 2VGQA 4G68A 1NNFA 1N7WA 1XI6A 1R9QA 4XFEA 3OELA 2O7UA 3QXMA 2NVUB 1NI9A 3WAFA 4MJOA 3CRBA 2A5TB 5BUUA 5TPAB 3RN8A 4RA1A 4H46A 2QS2A 5EQ7A 3T9UA 2ZZXA 5I58A 3IOWA 4F39A 3FGSA 2DE3A 2I4BA 4MBPA 1PBQA 3I6VA 2GFEA 4IY5A 1NV4A 3OSQA 4OESA 2O1MA 1F9BA 4PDDA 3G3HA 1LB9A 4XKNA 2XX9A 2QVVA 5CM6A 2FHYA 3QUJA 2OJTA 3VVEA 3RPLB 2QL3A 4O7IA 3MQ9A 5I2NA 3VFJA 3QUFA 1VFDA 3GXAA 4KQPA 1LAHE 3MVZA 4HCWA 4GF8A 1QKBA 1SYIA 1Y1ZA 2ZNUA 3U93A 4E0XA 4F19A 1INPA 2Z23A 2P1SA 4NF4B 1MQJA 1FTKA 2DYXA 3T22A 3C9HA 4EQ9A 1TFAA 4P3LA 5I7IA 2YLNA 1MY0A 1B7UA 3HCQA 3C31A 4ZS9A 3BBRA 2V3UA 1AIVA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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