2PMSA

Crystal structure of the complex of human lactoferrin n-lobe and lactoferrin-binding domain of pneumococcal surface protein a
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
331
structure length
331
Chain Sequence
RRRSVQWCAVSQPEATKCFQWQRNMRRVRGPPVSCIKRDSPIQCIQAIAENRADAVTLDGGFIYEAGLAPYKLRPVAAEVYGTERQPRTHYYAVAVVKKGGSFQLNELQGLKSCHTGLRRTAGWNVPIGTLRPFLNWTGPPEPIEAAVARFFSASCVPGADKGQFPNLCRLCAGTGENKCAFSSQEPYFSYSGAFKCLRDGAGDVAFIRESTVFEDLSDEAERDEYELLCPDNTRKPVDKFKDCHLARVPSHAVVARSVNGKEDAIWNLLRQAQEKFGKDKSPKFQLFGSPSGQKDLLFKDSAIGFSRVPPRIDSGLYLGSGYFTAIQNLR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Metal transport, hydrolase
molecule keywords Lactotransferrin
publication title Structure of a Complex of Human Lactoferrin N-lobe with Pneumococcal Surface Protein A Provides Insight into Microbial Defense Mechanism.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 102
structure length 331
sequence length 331
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2007-04-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2pmsA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2pmsA02
3ZKLA 4RY1A 4BDMA 2Q2CA 3MBPA 4RXLA 1P99A 5DEXB 3IOUA 5L9OA 2O7IA 1R9QA 1FTLA 2OWTA 4X1BA 1OIBA 4IO7A 1MY0A 2F6GA 2DWAA 2DXYA 4LATA 1US4A 1LAXA 2YJPA 2D3IA 3DP8A 4QFNA 4O3BA 5CMMA 3PD9A 1ZJLA 3TDJA 2O7UA 4NF8B 1GTKA 1OLCA 2O69A 5DVJA 3KJ7A 1POTA 3TUSA 4LVQA 1D9VA 4EDPA 1OVBA 3T9UA 1FQAA 3IB2A 2HXWA 5I59B 1N76A 3PV0E 2Z8EA 5KDTA 5A5XB 4FECA 1D4NA 1IUDA 2VGQA 2ZNTA 2VD3A 1N3XA 2F97A 5TPAA 4NF5B 1B5IA 1LBCA 1XOCA 3CFXA 1GV8A 1H44A 3DM0A 1BTJA 3VLVA 2DVZA 3HHGA 5J1DA 3QYTA 4POXA 4RPOA 1NNPA 3K4UA 3PUWE 1XHYA 2I4CA 3RUMA 5AA2A 1B52A 5AA1A 2B3FA 3KGCA 1PC3A 3KSJA 4E0XA 1HSJA 1SW5A 3SEXA 1QKAA 3GBBA 4ZS9A 2P1SA 3KN8A 3OO8A 4NEDA 4U22A 1DPEA 3H6UA 3RPWA 1XS5A 1NL5A 1SDXA 5H8NA 3C34A 3KOSA 4IO3A 2DE4A 4KCCA 2Q9TA 3OEKA 1XT8A 2RC9A 4YB7A 1JW1A 4C0RA 1B51A 4THIA 2PVUA 3OSQA 4R75A 3PPNA 2HZLA 1IEJA 4EXLA 4H1XA 4FE8A 3IAZA 1MS7A 3ILUB 4PFYA 1YAEA 2CMOA 3K6VA 5FHMA 3TQLA 2ABHA 1QUJA 2GRVA 3UORA 1VFEA 4H67A 2Q88A 3PPPA 4YKJA 3VDFA 1FTOA 4KD5A 5FHNA 2QL3A 3EF7A 1ZLQA 1PEBA 3V89B 1MQGA 3K02A 4GL0A 2O1LA 3H6TA 1B7HA 5TP9A 2DWIA 5CMKA 4F2OA 5ICTA 4ZEBA 5DVIA 4LONB 3G3FA 2F6PA 2ONKE 3TKDA 3FV2A 3T9VA 3MQ9A 4TLLB 1Y3PA 4F18A 2E1SA 5H8FB 3MZ9A 3RLFE 4DCYA 2Z8DA 3T93B 2Z22A 1H45A 4U4XA 3K0VA 4AB5A 5K2YA 4XKRA 2DWJA 3C32A 4TOZA 1ELJA 3H03A 4N13A 3R26A 1LB9A 4Q5TA 4EQBA 2DWHA 2XXQA 4OHNA 1B0LA 2PT2A 2XXRA 3V5AA 3KN7A 3HO7A 3H6WA 3IO6A 5I84A 2DYXA 2H5YA 4QSDA 3MJNA 2F8DA 4KQPA 1CB6A 1NNTA 1SI0A 3C31A 1URDA 4IO4A 1MQIA 1DPPA 2DE2A 3FJMA 1HSEA 1NH8A 4R9FA 4OEUA 4PE5B 4U4SA 4LZ8A 1FQBA 1DMBA 2OCUA 3IB1A 4ZECA 4QFLA 4OETA 5B70A 1PB8A 2QS1A 3W9WA 3UIFA 3QUFA 5I2NA 3K01A 3MWBA 2Z8FA 2R9JA 3CIJA 1OQGA 4OXVA 3N6UA 1A8FA 4ECFA 1DOTA 3L6GA 1Q1KA 4IGTA 5CMCA 3CRBA 1MY4A 3QXMA 4KYSA 2QS4A 3MP6A 3VXCA 5DT6A 1A54A 3OO9A 2HAVA 4DE8A 2I49A 2R6GE 3MVWA 1UQWA 4U21A 4IO6A 5K2XA 4EUOA 4QSEA 1MPDA 3CSGA 4H5GA 3TTKA 3PD8A 4NF6A 3A09A 2AIXA 1P1UA 2Y7RA 3FJ7A 4H8IA 4F29A 1UIUA 1UTHB 4OENA 1QKBA 3DP4A 3I5OA 5L8DA 1IQ7A 4ZEIA 1O63A 2XD2A 3H6VA 2NOOA 2X7QA 3H4ZA 3VVDA 2NVUB 1I6BA 4DIGA 3JV9A 2IEEA 1XVXA 5ITOA 2HEUA 4G68A 3K1MA 3SKPA 2DVCA 4X9TA 2PBWA 5JTYB 2LAOA 1JQFA 5F7VA 1ATGA 4NE4A 1I6QA 1N0TA 5ICQA 1EH3A 1P1NA 4QSCA 3IO4A 3VFJA 1MPBA 2DXRA 2UVGA 1POY1 2Y7KA 2GH9A 3GBAA 2V84A 3TAJA 4ZZEA 4MLQA 5I58A 1UIVA 3C9HA 2P2AA 4FATA 2XXHA 4M4GA 1TWYA 2I58A 4IY5A 4XKQA 4F3GA 1SBPA 4ZE9A 4GOTA 2ALUA 4AQ4A 1ZTYA 1AMFA 4GLIA 3S4UA 3Q29A 2KLFA 4XTCQ 2OK2A 4YMAA 1AL3A 3B6WA 3H7MA 4PFWA 3VXBA 4OFJA 1MXWA 3MZBA 5HBCA 3K1PA 5JK4A 2QS2A 2Q89A 4NF4A 2WKYA 4R6YA 1I69A 4F31B 3K2DA 4ZEDA 1MH4A 2H99A 2I6EA 5KZTA 1XVYA 5KDTB 4N07A 3KFMA 4GXSB 2Y7WA 2PT1A 5I57A 2XX9A 2F7AA 5TPAB 3O29A 1FQFA 4IY6A 3ODBA 1B5JA 2RKMA 3TEPA 4OTEA 3G3KA 2I3WA 1PB7A 3EHSA 4FORA 3DP6A 2ZYNA 4YKIA 5I56A 5AA2B 2OJTA 3MPLA 4P0GA 1QW0A 4U23A 5HPQA 4JBZA 4AB6A 1MXZA 2D21A 1ZIUA 3EN3A 3MP8A 2QMXA 1MPCA 4OFOA 3K6UA 2F35A 1Y1ZA 3SEVA 3KG2A 1KWHA 3R7XA 1OMPA 1TFAA 4I62A 5H8NB 4WXJA 3PMVA 2VD2A 1MG1A 5DTBA 2ZYKA 4RA1A 1VFDA 4RK2A 3N5LA 2ESNA 4P0IA 5I2KA 2YPNA 4XIGQ 1LFHA 1ZBMA 3TCHA 1A55A 1B4HA 3PPQA 1JW5A 1RYOA 4HCYA 4XKPA 3TQWA 2RC8A 4RK9A 3IB0A 2NXOA 4F3SA 3EQ1A 5ELVA 1B1HA 5CC2A 3S9EA 3HV1A 2V3QA 4XKNA 5H8HA 4ZE8A 4HTGA 1DTZA 1II5A 4TLMB 1US5A 4POWA 3TCGA 3UP9A 4LZ5A 1TT1A 1VE4A 2F34A 4U1OA 3SESA 3MP1A 5TP9B 3KJTA 3GXAA 1MH3A 3Q28A 2ZMBA 3FVKA 1B32A 3B7DA 3LUYA 5CI5A 2DP8A 3OELA 3IOTA 3BKIB 4KYDA 4IO2A 1O64A 4KCDA 3LBSA 4G68C 3IOWA 1ZMGA 4YAHX 2NWJA 1D9YA 1USYH 1B3GA 1P1WA 1OLAA 1MXVA 5KCJA 1A8EA 5CRYA 5LOMA 1NH7A 1M5FA 5L9SA 3O66A 2O68A 3AXFA 3A3UA 3G3IA 4YKKA 3M3KA 2AL5A 2ZXTA 3HN0A 1P1QA 3Q25A 4R74A 1OVTA 3PMWA 3SEWA 3BBRA 5FTHA 1MY1A 2Y84A 2QMWA 1EZOA 4MLVA 2XHDA 5HM4B 1Z7ME 3TMGA 2QRYA 3TTMA 4KYEA 3IL1B 3G3GA 3MC2A 4ND9A 2VHAA 1URGA 4WEDA 1WODA 1PDAA 1B1XA 4I8CA 1JEUA 3M8UA 3M3LA 2ANJA 3H3GA 1M5CA 1B3EA 4ISUA 5IAIA 1B05A 2O84X 3OO7A 1SVXB 5IKBA 1Y4TA 2ONSA 3PU5A 1MY3A 2V25A 1Z7NE 3ZKKA 4LQ2A 4G8HA 3VV5A 4MFIA 3V83A 5I2NB 3RY3A 4Q8RA 1NNKA 4OEVA 3T9HB 1LB8A 1A99A 1IXIA 4JWXA 3TFLA 3TTLA 1Y1MA 4EF1A 4DDDA 2UYFA 5AA2D 1N04A 4IB2A 5FTIA 1BLFA 2THIA 1LLSA 5ITPA 1FW0A 1GVCA 4F3BA 4H65A 2X26A 3OD7A 1YCJA 3KOTA 2ONRA 1MQHA 2XXVA 1LSTA 1QULA 3CI8A 1SQYA 1B40A 2B3BA 2G29A 2A5TA 1RYXA 1P1OA 3B6QA 4DXBA 5AE4A 2Y7IA 4NF6B 3U8QA 3FZVA 1GGGA 2XXXA 5L9MA 4JB7A 4KR5A 1BIYA 2RCBA 4P11A 4H6DA 1B0HA 4HS7A 4M1VA 4BDLA 4OYVA 3OOAA 4H0WA 2XX7A 1DTGA 2FYIA 3E4RA 4DCXA 4F2QA 4PFTA 1Y3QA 2ZNSA 3MUQA 3U72A 3HCQA 5F1QA 1H76A 4LZ7A 5ISUA 3RNNA 4G68B 1MXXA 4RNSA 1MRPA 3C33A 4GRKA 4JXIA 4Z7EA 4GQOA 4C1UA 3QIMA 1LBBA 4OERA 3KN3A 4ESXA 5CMBA 5I58B 4UA8A 1TXFA 3QSLA 2OLBA 3C4MA 1H43A 4EQ9A 4R73A 2O1MA 4R2BA 1EZPA 3QUJA 4YB6A 2XXUA 1D3KA 4F19A 4ELPA 3KEIA 1HSLA 1A7LA 1N7WA 4TQUQ 3PUVE 5CBRA 4GIZA 2ZNUA 4QFOA 2NUVA 2AL4A 3FUZA 1IXCA 2QJEA 4YZZA 1FTMA 4MBPA 3TODA 3O6IA 4F1VA 1QVSA 2FA7A 4NF4B 3FGSA 2UVHA 3ECRA 1LFIA 4R6KA 3IJOB 4I9DA 4IO5A 4EQ7A 3RTWB 2HZKA 3CR9A 4U1ZA 1MXYA 1B58A 3CVGA 1N7XA 2ZYMA 2XXWA 3SDFA 4NTLA 1YTVA 4QFPA 1Y20A 5I57B 3CFZA 4NWCA 1LGBC 1QUKA 1I6AA 4BDOA 4ZEKA 3V8XB 4FEDA 1PBPA 3DELB 4Q0CA 5CBSA 4H5FA 3N6TA 4YB5A 2H4IA 3FXRA 4O3AA 2CZLA 1B3LA 2I3VA 1JW4A 1Y3NA 3TZAA 5I56B 1LAFE 4WKMA 2RINA 1VSOA 3T9XB 3PUXE 3KZGA 3ZS6A 2FNCA 3BFTA 5B7DA 4BLAA 3FVOA 2G93A 2ZYOA 2UYEA 2XXPA 4R6HA 3D4CA 2I48A 3TCFA 3IX1A 1NKXA 1F9BA 3RT8A 1LCFA 3PUYE 4RYAA 1YPNA 3RN8A 3VLWA 4GD5A 4JWYA 1IITA 1BP5A 3VLUA 4JWOA 4OQOA 2OBGA 2VP1A 4KHZE 1Q35A 4K3FA 1JVYA 1ZKBA 5DYHA 5I2KB 1R9LA 3A3CA 3EHUA 4N6PA 5FHOA 5H8QA 2F78A 1Y4CA 3CFLA 5H8HB 3OXNA 2F36A 1M5BA 3FXQA 3HHFA 3F11A 1UTBA 3IORA 1ANFA 2H9BA 4G4PA 3CSBA 4PP0A 4ZZAA 1JNFA 3U92A 4L17A 1L5TA 1SW4A 3K6XA 4GVOA 4IGRA 2F7CA 1USYE 2DQVA 3I6VA 1B4ZA 3K6WA 3WAEA 3FVNA 4PETA 3SEUA 4XXUA 4WEPA 3LSXA 2P0SA 5DVFA 5KCJB 3CG3A 3RGYA 2UVJA 3EPEA 5AA4A 1DSNA 2RC7A 3OSRA 5AA3A 2V93A 1AIVA 4OFLA 1NFTA 4LQ5A 1URSA 1XC1A 2OWSA 2HAUA 3ONMA 2A5SA 3MZ1A 4X1DA 5DEXA 2O51A 4G2ZA 3LSLA 1MQJA 2HCAA 4ELRA 1WDNA 3OO6A 2W7YA 3S9LC 3O2AA 4EXKA 2R71A 1R1NA 4KI0E 3GLBA 4NF8A 3N94A 4GFRA 4KPTA 1LCTA 3U93A 5JEIA 1B7UA 4ZDMA 4BDRA 3THIA 2XX8A 3OMBA 1OQHA 3G7WA 1M5EA 2PX1A 4GF8A 3E13X 5TU0A 1IZ1A 2F7BA 5EHSA 5I59A 4R72A 3PUZE 1LFGA 1VR5A 5A5XA 2YLNA 1LAHE 2I4BA 1EZ9A 4BDQA 4E0WA 2X7PA 4NF5A 4UACA 2DSFA 2V3TA 1PBQA 3O6GA 1N84A 1FQEA 4R2FA 3O28A 2GHAA 2XXTA 4YU0A 2QPQA 3T66A 2O6AA 2B65A 3W9VA 3JYRA 3ZSFA 1BKAA 3S9NC 1QUIA 1GR2A 3RT6B 3H06B 2PYYA 3PPOA 3K1NA 3S2VA 1FTKA 1S9TA 3W15C 4JDFA 4DLDA 4FEBA 3ILTB 3UK4A 4LUBA 3FASA 3MVZA 1FTJA 4MH5A 4ESWA 1FCKA 1SD3A 3IOVA 3JZJA 4OVJA 3D4GA 2A5TB 3R6UA 1B5HA 4KFQA 1EU8A 1B2HA 4FIMA 1MDQA 3TTRA 4DXCA 3FVGA 1SI1A 1SYIA 3C35A 4OESA 4X48A 3MVYA 1LAGE 3L6HA 4GL8A 3VVEA 2D5WA 1MM6A 4RJZA 3FV1A 1B7ZA 1FQDA 3T22A 3FJGA 4GXAA 2VOZA 4U2RA 2REJA 3VVFA 1SW2A 1TFDA 3QK6A 3HSTA 5BUUA 3OEMA 4BDNA 2V3UA 1QJMA 1S50A 3FD3A 2HFBA 3RTFB 3CG1A 3E9XA 2AYSA 1O7TA 5EYFA 3O6HA 3LSFB 4F3PA 1IXGA 4QF9A 4FJPA 2GFEA 3U1OA 4PQJA 3FATA 5H8SA 1IIWA 3WAFA 3LC8A 2REGA 3LSWA 4LP2B 3EHTA 1H3DA 5H8FA 3PGFA 4G77A 2QSXA 1IXHA 4NWDA 4F1UA 3PPRA 4G8MA 1MQDA 1B3HA 4OWDA 4HW8A 2PMSA 3MPKA 2Q8JA 3TYHA 4Z0IA 1J1NA 2RCAA 1MDP1 2UVIA 3SERA 3IR1A 4G8NA 4F39A 3GZGA 2HQ0A 3N26A 2DOJA 4ELOA 1MXUA 4F22A 3KSXA 4ONYA 4GWOA 1SYHA 2IA4A 4C1TA 1RKMA 3P7IA 3LR1A 1B3FA 1B9JA 3O97A 4DXUA 2XD3A 2F5XA 4F1YA 3IJXB 4O3CA 4QHQA 1MM7A 2DE3A 2RF1A 1FQCA 4QRZA 1R6ZA 3G3HA 4YICA 4PFUA 1M5DA 4JSOA 4OMBA 1NNFA 1T0KA 4ELQA 3I3VA 4YMBA 3Q26A 4HCWA 3IK6B 2Z23A 3SETA 2M8CA 1ZU0A 3S9MC 4MF3A 2E0SA 3BFUA 4NMYA 4Q30B 1PB9A 2Y7PA 2H25A 1JVXA 3MVXA 5BWJA 2DS9A 4ZEFA 4JSDA 2H98A 3MW0A 2XXYA 2I0BA 1MY2A 1WVJA 3TPAA 2Q2AA 3FXUA 1S7YA 4FAJA 4QFKA 1AH5A 4RPNA 3O9PA 1JETA 5H8QB 3HPIA 1UTHA 3VE1B 3SEYA 4YKPA 1JEVA 3U94A 3M3FA 3USDA 3TTNA 1AOVA 2I0CA 1B46A 3UGWA 3KBRA 3T96B 3E3KA 2XXIA 1UTBB 3QAXA 1N3WA 5JTYA 5EHMA 3TELA 2OZZA 3K00A 3PMXA 5M2VA 4EF2A 1CE2A 1A40A 4I1DA 2BJJX 2QS3A 2GHBA 1Y9UA 3OENA 4LA9A 4DZ1A 4H8JA 3FIRA 3C36A 4R9GA 1B6HA 4OZ9A 3UN6A 2UXAA 3UA8A 3G3JA 3RQTA 5AA4B 3Q27A 1NMUA 3B6TA 1SW1A 5CM6A 3MAMA 3DLNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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