2PMSA

Crystal structure of the complex of human lactoferrin n-lobe and lactoferrin-binding domain of pneumococcal surface protein a
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
331
structure length
331
Chain Sequence
RRRSVQWCAVSQPEATKCFQWQRNMRRVRGPPVSCIKRDSPIQCIQAIAENRADAVTLDGGFIYEAGLAPYKLRPVAAEVYGTERQPRTHYYAVAVVKKGGSFQLNELQGLKSCHTGLRRTAGWNVPIGTLRPFLNWTGPPEPIEAAVARFFSASCVPGADKGQFPNLCRLCAGTGENKCAFSSQEPYFSYSGAFKCLRDGAGDVAFIRESTVFEDLSDEAERDEYELLCPDNTRKPVDKFKDCHLARVPSHAVVARSVNGKEDAIWNLLRQAQEKFGKDKSPKFQLFGSPSGQKDLLFKDSAIGFSRVPPRIDSGLYLGSGYFTAIQNLR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structure of a Complex of Human Lactoferrin N-lobe with Pneumococcal Surface Protein A Provides Insight into Microbial Defense Mechanism.
pubmed doi rcsb
molecule tags Metal transport, hydrolase
source organism Homo sapiens
molecule keywords Lactotransferrin
total genus 102
structure length 331
sequence length 331
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2007-04-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2pmsA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2pmsA02
1VSOA 1LAFE 3MAMA 3MZ9A 2ANJA 4EDPA 1ELJA 5H8QA 4WEPA 3MJNA 4OENA 5I59A 5JK4A 2ZNTA 4PFUA 3VFJA 2DYXA 1LAHE 1FTKA 1LGBC 4O3BA 3PUYE 4OESA 2F7AA 2F97A 4ESWA 1POY1 1L5TA 4RYAA 2XHDA 1R9LA 3JYRA 3KSJA 4LONB 3IOWA 4QFNA 5FHNA 2D3IA 4ZDMA 1B4HA 3CG3A 5DEXA 2R71A 4IO2A 3L6GA 3FD3A 2NOOA 3M3KA 4G2ZA 2HEUA 3FUZA 2V93A 1B3FA 1MRPA 4ZZEA 4YB6A 1ZKBA 4XTCQ 1USYE 2RC8A 4U23A 5AA2B 3T22A 2QS4A 1OMPA 3RQTA 4H1XA 1UTHB 3UIFA 5M2VA 2VD2A 4BDQA 1B3EA 2G29A 1HSLA 3N6TA 2PT1A 4GQOA 4C1TA 1Z7NE 3H6TA 3O29A 2HFBA 1Z7ME 1DSNA 1BLFA 3IB0A 3IOTA 4EF1A 1YPNA 2ZYKA 2V25A 3OO8A 2HAVA 4DXUA 4G77A 3LSWA 4EF2A 3FASA 1N0TA 4ZEKA 3O66A 4PFWA 3QSLA 3H6WA 4F3BA 1DPEA 5CI5A 3LSXA 3TYHA 1B7HA 3TUSA 2DWIA 2G93A 2O51A 4LZ7A 3OEKA 2GRVA 3OSQA 4U4SA 3TTRA 4KPTA 2OLBA 4L17A 4R74A 1B58A 1O64A 1Y4CA 5KCJA 1S7YA 2ZYOA 3IOVA 3OENA 2RCAA 3FGSA 1MDQA 2OCUA 2Z8FA 3E13X 4HS7A 3K01A 4RJZA 3CFZA 1P1UA 1JEVA 1DPPA 5CMCA 4YKIA 2H25A 1B51A 2BJJX 1VE4A 4JB7A 1I6QA 4Q5TA 3A09A 2GHAA 3MC2A 2YLNA 4IGTA 1QW0A 1XHYA 4OYVA 1IZ1A 5HBCA 3VV5A 3QAXA 3FXUA 3TMGA 1AL3A 5H8QB 5I59B 3OOAA 3TKDA 1Y20A 2DS9A 2IA4A 3IO6A 5I58B 4YB7A 1SYIA 2OWTA 2Y7WA 3QK6A 5EHSA 1URDA 3K4UA 4H65A 1MDP1 5ITPA 4HCYA 1WVJA 1TFAA 3S9MC 5DEXB 3KSXA 1ZIUA 3HN0A 3SEXA 1OVTA 4F2OA 2QJEA 1B4ZA 3G3KA 4AB5A 4F29A 2ONSA 3CSBA 3K2DA 3PUZE 3IO4A 4LUBA 3G3HA 2XX8A 2HQ0A 3T9VA 4R2BA 2XX9A 4DCYA 4KD5A 1POTA 3K0VA 1LCTA 4I1DA 4P11A 3AXFA 5CC2A 1A8EA 4OEUA 1CB6A 2ZYMA 1MXYA 4IO6A 4NWCA 4ELOA 1MY0A 1FTOA 1GV8A 3FVKA 2H5YA 3SEWA 2I3WA 2I48A 3IJXB 4OEVA 1XVYA 1FQCA 5HM4B 4XKQA 3FJMA 4XKNA 2V3QA 1B1XA 1N7WA 3RTWB 4IO5A 5DTBA 1JETA 2DE2A 3U93A 4IB2A 4POWA 1USYH 1IEJA 5KCJB 4BDOA 4AQ4A 1IIWA 2UXAA 3DLNA 2X7QA 1UIVA 4LATA 4R73A 4PFTA 3S4UA 4M4GA 1P1QA 1NNKA 2XXHA 3BFTA 1SDXA 5ITOA 4PETA 1CE2A 1B52A 1AOVA 1D9VA 4LQ5A 2QRYA 4ZEIA 4PP0A 1FQBA 3GXAA 3GBBA 4MLVA 2XXIA 3MVZA 4FJPA 3KOSA 1IXHA 3QIMA 3MWBA 2RF1A 4F3PA 3LBSA 1MQHA 3SDFA 4GWOA 5AE4A 3N5LA 4X48A 1B9JA 4BDMA 3S2VA 3R7XA 1R1NA 3BKIB 3PPOA 1FW0A 2A5SA 3U94A 1JNFA 3U92A 1ZJLA 2DVZA 3CSGA 3PPPA 5CBSA 4OETA 4GRKA 1BIYA 4RK2A 1B40A 3IB1A 4UA8A 4H5FA 1SW1A 1RYXA 2HZLA 1EZ9A 2M8CA 2Q88A 2AIXA 2Q89A 3TCGA 3GLBA 1H76A 3EPEA 4OHNA 2P2AA 2YPNA 3G7WA 4JSOA 3RNNA 2H9BA 5I84A 2ESNA 1NL5A 2CMOA 2E0SA 3TTMA 1PDAA 3A3CA 3KZGA 1OQGA 4MBPA 3R6UA 2RCBA 3Q26A 4YB5A 5CMBA 1MH4A 3K1NA 5CBRA 1O63A 4XKRA 3U8QA 1FTMA 5BUUA 1MM7A 3HSTA 4KFQA 1MPCA 3IX1A 4FE8A 3ECRA 3V8XB 3IAZA 3I5OA 1AMFA 3KOTA 1UTBA 1PB8A 1B1HA 2PX1A 4N13A 3VXCA 3PPNA 2I3VA 4JDFA 2D21A 3SEVA 1P1OA 1MG1A 2VHAA 1I69A 4NWDA 4ONYA 2XXPA 3TELA 4NMYA 1LAGE 3R26A 5CRYA 4IY5A 4FAJA 1PB7A 3H6VA 2LAOA 3FV2A 3CIJA 4KYDA 1ZBMA 4EQ9A 3HCQA 2QS2A 1MQDA 5I58A 3PV0E 1I6AA 3RGYA 3CG1A 2VD3A 3MUQA 5EYFA 1LAXA 3RTFB 5I2NA 3ZSFA 3L6HA 4GL8A 4NF5A 3PGFA 5ICQA 5IAIA 1XOCA 3H3GA 4WEDA 2I4CA 2Q8JA 2H98A 4H6DA 1FTJA 3VLVA 2ONRA 4I8CA 2GHBA 1QVSA 4P0GA 1EZPA 1EU8A 1ANFA 3MVWA 3TQLA 1MS7A 1MM6A 4PFYA 4F19A 4R9GA 1WODA 4F3SA 3UGWA 1O7TA 3IOUA 4ND9A 3OO9A 3QUJA 4P0IA 4Q0CA 5I57A 1GGGA 1SW2A 3TCHA 2PVUA 4RXLA 3EHTA 1LB8A 1XVXA 4QFKA 2NVUB 4U2RA 2XX7A 1FQAA 3B7DA 4ELQA 1B0LA 1RYOA 3C34A 4GXAA 3HHFA 3TFLA 4IO7A 4F2QA 5AA1A 4DDDA 4KCCA 3O9PA 2UYEA 3F11A 3C4MA 1VFEA 2XXXA 1B05A 1IUDA 5CM6A 2OZZA 4ZEFA 1FQFA 4LA9A 1JVYA 3OELA 4YKKA 4ECFA 2F6GA 4FORA 2XXYA 5AA3A 4TQUQ 3VDFA 4F39A 4QSCA 2ZNUA 3PUWE 4DZ1A 1T0KA 2F6PA 1OIBA 1MPBA 2Y84A 2B65A 2Y7IA 3Q28A 2F8DA 3D4GA 1SW4A 5H8NA 2NUVA 4UACA 3O97A 5KDTB 4EQ7A 1VFDA 3E3KA 1GR2A 3BFUA 4U1ZA 1WDNA 3SKPA 4LZ5A 1N3WA 3K6WA 1N76A 3H7MA 4NTLA 4PE5B 4DIGA 1UTBB 3CI8A 5H8HA 4EXLA 2OWSA 5L9OA 3FJ7A 5TU0A 3N26A 1LFHA 3KFMA 4H67A 2QPQA 1NNTA 4G8MA 3RUMA 2OK2A 5DVFA 4X9TA 1TFDA 1D4NA 2Z22A 1HSEA 2HZKA 4H5GA 4BDNA 4IO3A 1MY2A 2THIA 4Z0IA 4F1YA 3H06B 4H8IA 4TLLB 3KN8A 4ZECA 4DLDA 4NF4A 2ABHA 4Q8RA 4GD5A 3O2AA 2XD3A 2REJA 1DTGA 2XXQA 1Y1MA 2Z8EA 2ZMBA 1NFTA 1IXCA 3M3LA 3N6UA 1PC3A 2CZLA 1DMBA 5I2NB 4G68A 3MQ9A 2OJTA 1AH5A 3C33A 2F7CA 4NF5B 1N3XA 3MW0A 3SERA 2VP1A 4H0WA 1LBCA 4ISUA 4DE8A 4MH5A 3TQWA 4N07A 3A3UA 5H8SA 4R6HA 2UVHA 3CRBA 4LZ8A 2IEEA 3RPWA 3GBAA 2P1SA 1R9QA 2I49A 2AYSA 5I57B 2O69A 3KEIA 3USDA 5TP9A 1R6ZA 2V84A 4EQBA 4KR5A 3CFXA 1Y4TA 3B6QA 1H3DA 1JW4A 4GVOA 3G3GA 3GZGA 3UORA 2Z8DA 3TTLA 3Q29A 4LVQA 1SVXB 3BBRA 3WAEA 1QUKA 2RINA 1QUJA 3FV1A 4GL0A 1B32A 2Y7RA 4N6PA 2QL3A 3MVXA 4QRZA 2VGQA 5EHMA 5DVIA 1LB9A 4HCWA 1A8FA 4JWXA 4NF6A 4IY6A 4XIGQ 1Q1KA 4R75A 3QUFA 1OQHA 2F5XA 4ZE8A 3KGCA 5H8NB 5IKBA 1IQ7A 2QMXA 3FVOA 2PT2A 3RT8A 3MZBA 2YJPA 4F3GA 4THIA 3T96B 3V5AA 2R9JA 3Q27A 1I6BA 4R72A 1M5DA 2RC9A 3C31A 1MXXA 5H8HB 1OLCA 2A5TB 4NF8A 3W9VA 2XXWA 4MF3A 3IK6B 4YU0A 1Y3NA 3OXNA 3O6GA 1FQDA 4DXCA 4RNSA 1KWHA 3OO7A 4NF4B 3KN3A 4FEBA 4OWDA 4RY1A 1N7XA 3RN8A 3SETA 1M5FA 1DOTA 2X26A 4G4PA 3KG2A 1YAEA 2AL5A 1MQGA 4G68B 2UVJA 3S9LC 1QKAA 3JZJA 3ILUB 3PUVE 1AIVA 1SI0A 2I0CA 3B6TA 3IORA 2QS1A 4KHZE 1OVBA 2RC7A 5AA2D 1LFIA 4KQPA 3TODA 3HHGA 1MY1A 2Q2AA 3K1MA 4R2FA 4OMBA 2QSXA 3E9XA 4FIMA 2ALUA 2V3UA 5DVJA 1SI1A 4YKPA 4FEDA 1NH8A 4MLQA 1D3KA 2D5WA 5TP9B 5KDTA 2QMWA 3FXRA 3FIRA 1LSTA 3U72A 1NH7A 3PMVA 2WKYA 3TAJA 4TOZA 4ESXA 3C36A 4TLMB 1Y1ZA 3MP1A 4KCDA 4E0XA 1MXWA 3JV9A 1B46A 2XXVA 3HPIA 4U1OA 4HTGA 2PMSA 3Q25A 1URSA 3B6WA 3IJOB 3VVEA 3VVFA 5ISUA 2GFEA 4LP2B 3MP6A 4YKJA 3PMWA 2DOJA 4LQ2A 4NF6B 3ZKKA 3RY3A 4I62A 3OMBA 4OZ9A 5F1QA 2XXUA 4GF8A 4ZZAA 2Z23A 4WXJA 4E0WA 2HAUA 1MPDA 2P0SA 1MY4A 2O68A 2R6GE 3VLUA 4IGRA 1M5BA 5H8FA 1GTKA 4EXKA 4C0RA 5FHMA 3KJ7A 3T9HB 3LSLA 4NF8B 1IITA 4F31B 3O6HA 4R6KA 3IB2A 1QUIA 2V3TA 2ZNSA 2F34A 5AA4A 3OO6A 1MQJA 4U22A 3EQ1A 1ZLQA 1LBBA 1SBPA 1BTJA 5DT6A 1YTVA 1M5EA 3ZKLA 2O7IA 4OFOA 2DE4A 2PBWA 1N84A 1XS5A 1M5CA 1NMUA 2NXOA 1LFGA 3S9NC 1MY3A 4POXA 2XXTA 3VXBA 2O7UA 2PYYA 3H4ZA 3N94A 2DWHA 1Y3PA 3P7IA 1D9YA 3O28A 1B3HA 5TPAB 5BWJA 1PB9A 1MXZA 3LUYA 3K6XA 3G3IA 3V83A 2HXWA 1B3LA 1P1NA 2O1MA 4YICA 4GXSB 1B7UA 4F22A 1NNFA 2DE3A 3THIA 4ZEDA 1B5IA 3KBRA 1B6HA 3PD8A 1FCKA 4FECA 3MP8A 3W9WA 1II5A 2UYFA 4ZEBA 1US5A 2ZYNA 4YMAA 3SEYA 5CMKA 1RKMA 3ZS6A 3CFLA 5B7DA 3FATA 5A5XA 2DVCA 5I2KA 1HSJA 3M8UA 3UP9A 2QS3A 4FATA 1YCJA 1PBPA 5KZTA 3DM0A 2B3FA 5FHOA 3HV1A 5F7VA 1A40A 1F9BA 3MPLA 1US4A 2NWJA 3C35A 1JW5A 2A5TA 3PU5A 3K00A 2I58A 3FVGA 4RPNA 4GIZA 3E4RA 1TT1A 2DSFA 5HPQA 3PPRA 5B70A 3V89B 4JWOA 1UQWA 5FTIA 2FYIA 4K3FA 3LR1A 2Y7PA 3OEMA 4H8JA 4JSDA 4C1UA 3IL1B 3EN3A 4DXBA 3WAFA 2I0BA 3PD9A 2Q9TA 1B5HA 5J1DA 3H6UA 4OERA 3K6UA 4OVJA 1SYHA 5L8DA 3TTKA 1H45A 4I9DA 4KYEA 3VLWA 1A55A 2VOZA 4QFOA 4PQJA 1OLAA 5CMMA 5I56A 1S9TA 3MPKA 2H99A 5FTHA 2DQVA 4QF9A 5K2XA 3PUXE 4JXIA 4X1DA 5H8FB 5L9MA 4HW8A 2W7YA 3DELB 4KI0E 1PBQA 1QULA 4AB6A 1B2HA 2O1LA 3KJTA 2I4BA 3UK4A 4GLIA 3MZ1A 1NNPA 5JTYA 3G3FA 3I6VA 1XT8A 3OSRA 5AA4B 3T9XB 4G68C 1TWYA 3FVNA 4DCXA 2F78A 3LC8A 4QSEA 3TDJA 1IXIA 4BLAA 2O84X 3ODBA 4JBZA 1H43A 4RPOA 1ZU0A 3O6IA 4ELPA 3C9HA 3UA8A 2F36A 1JW1A 4X1BA 4OTEA 1JEUA 3FXQA 2DXYA 2DP8A 5JEIA 3K6VA 2H4IA 2ZXTA 4XXUA 4IO4A 1MQIA 1NKXA 1ZMGA 1H44A 1MXVA 4F18A 1MXUA 4JWYA 3T93B 1PEBA 5ICTA 4Q30B 3EHSA 4MFIA 1DTZA 1S50A 3SESA 4RK9A 2XXRA 4RA1A 5K2YA 2HCAA 4OQOA 3CR9A 4OFLA 3FJGA 4Z7EA 5A5XB 3ONMA 5I2KB 2KLFA 3CVGA 3G3JA 3EHUA 3RLFE 3HO7A 1B7ZA 4QSDA 5LOMA 3U1OA 5DYHA 4R9FA 1SD3A 4OFJA 4U21A 3K1PA 3TCFA 2I6EA 2F35A 3RT6B 5L9SA 1B3GA 1Y9UA 4KYSA 1BP5A 1IXGA 3PMXA 2DWJA 3K02A 3DP6A 1JQFA 1EZOA 3EF7A 3I3VA 2UVGA 4O3AA 1SQYA 3VE1B 2Y7KA 4BDLA 3IR1A 3ILTB 4R6YA 3C32A 2E1SA 4YZZA 1GVCA 2DXRA 4O3CA 4BDRA 5AA2A 3VVDA 3SEUA 1A54A 1XC1A 1ZTYA 1UTHA 1A7LA 3TEPA 3TTNA 3LSFB 4ZE9A 3MBPA 4G8NA 2ONKE 4M1VA 1P1WA 2REGA 2X7PA 1B0HA 5I56B 5TPAA 1MH3A 2Q2CA 3OD7A 3TPAA 1FTLA 4YAHX 3S9EA 4NEDA 4QFPA 5JTYB 2UVIA 4NE4A 1BKAA 1SW5A 3DP8A 3PPQA 2RKMA 1A99A 4GOTA 2GH9A 4G8HA 1QKBA 3T9UA 2FNCA 3W15C 2XD2A 1EH3A 1LCFA 1JVXA 3D4CA 4WKMA 1N04A 3UN6A 2FA7A 4XKPA 1URGA 3FZVA 1UIUA 4U4XA 4ZS9A 4ELRA 4QHQA 2OBGA 4OXVA 2AL4A 1J1NA 4QFLA 5ELVA 2O6AA 3H03A 3T66A 3TZAA 4GFRA 2F7BA 3QYTA 2B3BA 1VR5A 4F1UA 1QJMA 1FQEA 4F1VA 1LLSA 4YMBA 1TXFA 2DWAA 3KN7A 3DP4A 1Q35A 1Y3QA 1ATGA 1P99A 3M3FA 3MVYA 1B5JA 3QXMA 4EUOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1VSOA 1LAFE 3MAMA 3MZ9A 2ANJA 1FPLA 4EDPA 1ELJA 5H8QA 4WEPA 3MJNA 4OENA 5I59A 5JK4A 2ZNTA 2XA5A 4PFUA 3VFJA 2DYXA 1LAHE 1FTKA 1LGBC 1YXIA 3PUYE 4O3BA 4OESA 2F7AA 2F97A 4ESWA 1POY1 1L5TA 4RYAA 2XHDA 1R9LA 3JYRA 3KSJA 4LONB 3IOWA 4QFNA 5FHNA 4OA4A 2D3IA 4ZDMA 1B4HA 3CG3A 2CEYA 5DEXA 2R71A 4IO2A 3L6GA 3FD3A 2NOOA 2WBDA 3M3KA 4G2ZA 2HEUA 3FUZA 2V93A 5IZ1A 1B3FA 1MRPA 4ZZEA 4OVPA 4YB6A 1ZKBA 4GWWA 1IMFA 4N15A 4HXVA 5ET8A 4XTCQ 1USYE 2RC8A 4U23A 5AA2B 4PFRA 3T22A 2F3DA 2QS4A 4QXDA 3IFAA 3RPLB 1OMPA 4OVQA 1LBWA 3RQTA 4H1XA 1AWBA 1UTHB 3UIFA 5M2VA 2VD2A 4BDQA 1B3EA 2G29A 1HSLA 3N6TA 2PT1A 4GQOA 4C1TA 1Z7NE 4GX3A 3H6TA 3O29A 2HFBA 1DSNA 1Z7ME 1BLFA 3IB0A 3IOTA 4EF1A 1YPNA 2PFYA 4O7MA 2ZYKA 2V25A 3OO8A 2HAVA 4DXUA 4G77A 3LSWA 4EF2A 3FASA 1N0TA 4ZEKA 3O66A 4PFWA 3QSLA 3H6WA 4F3BA 1DPEA 5CI5A 3LSXA 3TYHA 4PC9A 1B7HA 3TUSA 2DWIA 2G93A 2O51A 4LZ7A 3OEKA 2GRVA 3OSQA 4U4SA 3TTRA 4KPTA 2OLBA 4L17A 4R74A 1B58A 1O64A 1Y4CA 5KCJA 1S7YA 2ZYOA 3IOVA 3BIHA 2QVRA 1FPGA 3OENA 2RCAA 3FGSA 1MDQA 2OCUA 2Z8FA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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