4F1YA

Cnqx bound to the ligand binding domain of glua3
Total Genus 78
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
78
sequence length
258
structure length
258
Chain Sequence
RTIVVTTILESPYVMYKKNHEQLEGNERYEGYCVDLAYEIAKHVRIKYKLSIVGDGKYGARDPETKIWNGMVGELVYGRADIAVAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLAKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVYEKMWSYMKSAEPSVFTKTTADGVARVRKSKGKFAFLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGVATPKGSALGNAVNLAVLKLNEQGLLDKLKNKWWYDKGEC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The loss of an electrostatic contact unique to AMPA receptor ligand binding domain 2 slows channel activation.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Transport protein/agonist
molecule keywords Glutamate receptor 3
total genus 78
structure length 258
sequence length 258
chains with identical sequence C
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-05-07
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4f1yA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4f1yA02
3FZVA 4IY6A 2GH9A 3TODA 5JTYB 2P0SA 4XTCQ 3TPAA 1XOCA 5L9OA 1Q1KA 1P1UA 1GR2A 1MXXA 3GXAA 3K6XA 3UGWA 1ANFA 2Y7KA 4H6DA 2QSXA 3K1MA 2HCAA 4Q0CA 4ZEKA 1AL3A 2I3VA 4LATA 2RC7A 2RCBA 3N94A 2H98A 1LAXA 5H8SA 2XXRA 1NKXA 1WODA 3K02A 3R6UA 1SYHA 3KN3A 4KQPA 4RK9A 3SDFA 3O9PA 5JK4A 2XX8A 2D21A 3TCGA 1LB9A 5L9MA 3WAFA 5I59A 4UACA 4YU0A 1JQFA 1Y4TA 3MC2A 1YCJA 3W9WA 4FE8A 4U4XA 1UIVA 4ELPA 2XXPA 4YB6A 4G68A 1VSOA 4DZ1A 3MZ1A 3G3GA 4FORA 1N3XA 1USYE 3QXMA 4MBPA 3KBRA 4ZEBA 3CFXA 1LBCA 2F7AA 1LCTA 1JW5A 5FHMA 2PBWA 3IB1A 3G3KA 2F6GA 3IB0A 4NMYA 5EYFA 1JW4A 2HQ0A 3V5AA 3OD7A 4EQ7A 2VGQA 1S7YA 4RJZA 3DELB 1LLSA 2KLFA 2OBGA 3FJ7A 2UXAA 3T22A 1CB6A 1SDXA 3K01A 3C33A 3T9UA 3EHTA 3PD8A 4F2OA 1BP5A 5HM4B 3O29A 4RA1A 4ZZAA 4GF8A 4EXLA 3PUVE 4I62A 4F1UA 2X7PA 2ONSA 2ZNSA 1B7HA 4F1YA 1UQWA 1IXHA 2CZLA 2X26A 3N6TA 4KFQA 3TZAA 1OQHA 3FIRA 2RINA 1SD3A 4KHZE 1MY3A 2THIA 4P0GA 3RQTA 1Z7ME 3OELA 1F9BA 1EZ9A 1DTZA 1FQEA 2UVJA 2VHAA 4GQOA 1Y3PA 3I3VA 3PPRA 3KN7A 1UTBB 3H6WA 1B1XA 3QUFA 3MVYA 4KYSA 1QJMA 1EH3A 4IO7A 4U21A 3THIA 1ELJA 4O3BA 4N07A 4EF2A 4F3SA 1N0TA 3M3KA 3U94A 3VLUA 1T0KA 5CRYA 3EN3A 4AB6A 2QS1A 4G8HA 1MQDA 1YAEA 5ITPA 4QFKA 4GXAA 4F1VA 3QK6A 3TUSA 2XXHA 4ISUA 4IY5A 2PX1A 3DP8A 1I69A 3H4ZA 4XKQA 3LSXA 4DXCA 3IOVA 3A3CA 2FYIA 1H76A 1R9QA 2V93A 4Z0IA 2O51A 4PETA 3MP6A 4Z7EA 1UTBA 1XT8A 1O64A 3O6HA 5HBCA 1JVYA 1DPPA 1B05A 2B65A 2DE3A 3MW0A 4JXIA 1SI0A 4XIGQ 4AQ4A 4F18A 2Z8DA 1B4ZA 1TWYA 4ND9A 3ILTB 2OJTA 3FUZA 2QMWA 1ZTYA 1B52A 1N84A 3PU5A 4NTLA 4YMBA 3KN8A 5F7VA 3IORA 3PD9A 3MP1A 1HSJA 2A5TA 1I6BA 4IGTA 1UTHB 1MXYA 1US4A 4KYEA 2O69A 3T96B 4Q8RA 1MH3A 2Q2AA 2Q88A 1P1OA 4ONYA 4ZE9A 3TTMA 5K2YA 3TQLA 1A8EA 1USYH 4LZ8A 2XD2A 5I2KA 3V8XB 4JDFA 1Y3NA 2NXOA 1SW5A 2QRYA 4H67A 4HCWA 4JB7A 5FHNA 3RN8A 3TKDA 4TQUQ 4FECA 5ITOA 1A7LA 2ZYNA 3TMGA 5H8QA 4ELOA 4OEUA 3FVGA 3PPNA 3LR1A 5CMCA 3T66A 1A99A 2F78A 3KOSA 1NH8A 1PEBA 4G68B 1AH5A 2DE4A 1H43A 1LSTA 1GTKA 2H99A 4BDOA 3KZGA 5DEXA 1OLAA 1SI1A 1Q35A 2H25A 2I0BA 5M2VA 3W15C 2GHAA 2WKYA 3B6QA 3OEMA 3F11A 4RK2A 3EQ1A 3SEXA 4F22A 1I6AA 2HEUA 3IOTA 2Q9TA 5AA2A 1XC1A 2O7IA 3N6UA 1OQGA 4ELQA 5ICQA 1NMUA 3MVWA 3I5OA 2OK2A 3T9VA 3K1NA 3O66A 3SERA 5I58B 2VD2A 5I84A 1QKAA 2V84A 1POTA 4I1DA 4KYDA 5H8NB 1FQFA 5JEIA 1IQ7A 1TFAA 1YPNA 5KDTB 3VE1B 2OLBA 3MBPA 4ZECA 3IK6B 3O28A 4LQ5A 5F1QA 1A8FA 1Y1ZA 1SW1A 1LB8A 3OO8A 4E0WA 4X9TA 4EF1A 2Z8FA 4XXUA 1TFDA 2D3IA 5FHOA 3Q27A 3QYTA 4BDQA 1MQIA 3PV0E 5CBRA 4G4PA 5I57B 3MAMA 4LZ7A 3GBBA 4I9DA 4HW8A 1FTLA 4YMAA 5KDTA 2UVGA 3CFLA 2DWAA 1IXGA 2DWJA 4U1OA 3D4GA 4KI0E 3FVNA 2RC8A 3H7MA 4JWYA 1OLCA 4QHQA 4NWCA 5CBSA 3IJXB 3PUZE 3B6TA 3PUXE 2LAOA 3CSBA 3O6IA 2Y7WA 4G2ZA 4OTEA 5KCJA 1QUIA 4P11A 3TEPA 5DEXB 2ZYMA 1D9YA 2ANJA 2B3FA 3B7DA 4X48A 3T9XB 5AA3A 1EZPA 1S50A 2IEEA 2V3TA 5H8HB 2DVCA 4N6PA 4U23A 4NF5B 3QAXA 1PB8A 4M1VA 5I2NB 4ZEFA 3MVXA 3U93A 4OMBA 1IXIA 4PP0A 2D5WA 1SQYA 2UYFA 3HCQA 1RYOA 1OVBA 3IL1B 3IX1A 3PMVA 4F3PA 4R2BA 5CMKA 1IEJA 3RPWA 3LSLA 3ECRA 1JW1A 3O97A 4DCYA 5FTIA 1DSNA 4U2RA 4IO4A 1B3GA 2DVZA 3SKPA 4DCXA 5AA2D 3LBSA 3CR9A 1UTHA 3K2DA 3CRBA 1ZKBA 1B9JA 1B5IA 1FQBA 3G3IA 3FVKA 3H03A 1LFIA 2Q2CA 1Y1MA 3JV9A 5B70A 1CE2A 4OESA 1FQDA 1MY1A 3M8UA 1ATGA 3UN6A 4DDDA 4JSOA 1MPCA 1MDQA 4R2FA 1B3EA 1II5A 1NH7A 4H5GA 4KCDA 2RF1A 3SEUA 2FA7A 1LGBC 3CG1A 3HHGA 3S4UA 4ESWA 3TCHA 2XD3A 4R9FA 3TCFA 4LONB 4F3BA 2ONRA 2H4IA 4XKRA 1MXZA 2GFEA 2Y7PA 2ZNTA 5I57A 1FQCA 2PYYA 4I8CA 2RCAA 2REJA 4R6KA 3WAEA 2R9JA 4E0XA 1VE4A 2I0CA 1BKAA 2Y84A 3PPQA 4R73A 5DVIA 3IO6A 4BDNA 1IITA 3DP6A 5H8FA 3HHFA 3K6VA 1B3HA 1B51A 4POWA 3CFZA 4QFPA 5I2NA 4LA9A 5TPAB 3CIJA 2G29A 4RNSA 1EU8A 3VXCA 1RYXA 3S9MC 5LOMA 3SETA 4QFLA 3K6UA 4BDMA 3ZKLA 1SW4A 1R6ZA 1NNKA 3V83A 4OERA 2HZKA 1FTOA 3M3FA 3CVGA 3MVZA 2ALUA 1TT1A 1A54A 4H5FA 1QULA 1QUJA 4KCCA 3HN0A 1BTJA 2GRVA 4RYAA 5L8DA 2ESNA 3VLVA 1M5FA 1J1NA 1TXFA 3S9LC 2V3QA 4IO6A 4GL8A 2RC9A 1B1HA 3H06B 3U8QA 5KZTA 1B3FA 2NUVA 1ZLQA 2DYXA 2HFBA 1IIWA 3T9HB 1QW0A 1US5A 1NNPA 4R9GA 1QUKA 3GLBA 3UP9A 1N76A 2HAVA 4IO5A 1N04A 1S9TA 1SW2A 1MQJA 3KOTA 3TTLA 2G93A 3K4UA 3L6HA 5AE4A 3SEWA 3N5LA 1FCKA 1N3WA 4ZEDA 4ZE8A 1LFHA 1PBQA 1JEUA 1URSA 3KSXA 1NFTA 5DVJA 5I2KB 1FQAA 1MXVA 1B40A 3JZJA 4FEBA 4QRZA 2NVUB 1DTGA 3RUMA 2Y7RA 3CI8A 3LSWA 5H8FB 2Y7IA 3A09A 1ZIUA 4PFWA 5K2XA 3RT6B 4AB5A 3MUQA 2F97A 5I59B 3P7IA 2BJJX 2F7CA 4NF5A 4PFUA 3U92A 1HSEA 1PC3A 3K00A 3OMBA 3KJTA 3VFJA 2AL4A 4KD5A 2QS4A 4OQOA 2E0SA 3RY3A 3BKIB 2QMXA 1HSLA 2PMSA 1DMBA 4NEDA 2B3BA 3S9EA 1JEVA 2O68A 1IXCA 3VLWA 5AA4B 1B58A 1H45A 1MH4A 4QSDA 3VVEA 2DSFA 4IGRA 5AA4A 3EHUA 1EZOA 2F35A 3HPIA 4MFIA 2ZNUA 4X1BA 3OO7A 4YAHX 3C34A 3ZS6A 3PGFA 1GGGA 2H9BA 3AXFA 1Y20A 1MM7A 2R6GE 1ZMGA 1FTJA 2VP1A 3D4CA 2PVUA 3FASA 2ZYKA 3MZ9A 4HS7A 4EUOA 4FIMA 4EQ9A 1PDAA 2DWIA 4FEDA 3ZKKA 4R72A 5ELVA 3O6GA 5B7DA 3M3LA 3FD3A 4ZDMA 1GVCA 4K3FA 4QFOA 5JTYA 4H8JA 3FV1A 5ISUA 3FXUA 1MPBA 4UA8A 3E3KA 2H5YA 3QIMA 2I49A 4WKMA 5DYHA 1Y3QA 4GWOA 1Z7NE 2F8DA 4P0IA 3TAJA 1OVTA 2R71A 3MPKA 4FAJA 1AIVA 1QKBA 3OO9A 2YLNA 3U1OA 4LP2B 2FNCA 2AIXA 4JWOA 3Q25A 4KPTA 4OFLA 5DTBA 1AOVA 2I3WA 3EF7A 1B32A 4RPOA 3RLFE 4KR5A 3TTNA 3SEYA 2VD3A 3Q28A 5TP9A 2O84X 1A55A 1P1QA 4QFNA 3ODBA 3Q29A 4X1DA 4H8IA 4GFRA 3G3HA 5DT6A 3MJNA 3USDA 4PQJA 2ONKE 5CMMA 4YICA 2HZLA 1OMPA 4H0WA 1IUDA 4FJPA 4U4SA 4GLIA 1MQGA 4POXA 1SVXB 2W7YA 1XVXA 3MWBA 4OZ9A 4FATA 1YTVA 1DOTA 2P2AA 2XXVA 3DM0A 4WEDA 5I56B 3HO7A 4M4GA 3MQ9A 5I56A 2XX7A 1SBPA 4XKNA 4GVOA 1M5BA 3H3GA 4R6HA 3TFLA 5EHMA 1WDNA 2PT1A 3HV1A 3GBAA 3LC8A 3UA8A 1JVXA 4Q30B 4MF3A 1MQHA 3R7XA 1URGA 1B6HA 2I4BA 3K6WA 1IZ1A 3FV2A 4OXVA 3TQWA 1O63A 4LZ5A 3VV5A 4GOTA 4ZZEA 2REGA 2QJEA 2HAUA 1M5CA 4YZZA 1Y4CA 4C1UA 1D4NA 2DS9A 3MZBA 1N7XA 1DPEA 3JYRA 2QPQA 2Z23A 1M5DA 4IO3A 4JWXA 4NF8B 2I48A 4PFTA 4NF8A 5AA2B 2F6PA 5CI5A 4EDPA 3C35A 2XXTA 3MPLA 2GHBA 3C31A 3R26A 4GRKA 1LCFA 2M8CA 4OVJA 3E4RA 4OETA 1ZU0A 3MP8A 4THIA 3TELA 2VOZA 4MLVA 3OO6A 4ZEIA 2Z22A 2UYEA 2ZMBA 4OWDA 2AYSA 3HSTA 5CMBA 4DXBA 1MM6A 1MY4A 3G3JA 5CM6A 4DE8A 1D3KA 3OXNA 4OEVA 1B46A 1O7TA 4QSEA 4R74A 4U22A 2DOJA 2XX9A 1URDA 4F29A 1R9LA 1JETA 2UVIA 3FXQA 2I6EA 3OOAA 1LAFE 4LUBA 3KSJA 5H8NA 3UK4A 3PUWE 2Q89A 3KGCA 3K1PA 4RY1A 5I58A 5ICTA 4GIZA 4N13A 2RKMA 2O1MA 1B7ZA 1XHYA 3CSGA 5A5XB 4LVQA 4XKPA 1ZBMA 3FJMA 2XXWA 3QUJA 4LQ2A 1MPDA 4G8MA 3Q26A 2E1SA 3BBRA 5DVFA 2A5TB 4IB2A 1LAHE 1NNTA 3OSQA 1VR5A 5TU0A 1A40A 1MRPA 1MXUA 2YJPA 1MXWA 3VXBA 1WVJA 3E9XA 4ESXA 1B4HA 1P1WA 2O1LA 3FGSA 1B5JA 3PUYE 2OZZA 2XHDA 3FXRA 3SESA 3UORA 3L6GA 2ZXTA 3C32A 1UIUA 3IOWA 3IR1A 4PFYA 3H6VA 2XXUA 4PE5B 4HTGA 4YB5A 4YKPA 2NOOA 2NWJA 4F19A 1PBPA 3C9HA 4NF6A 4OYVA 1FTMA 2IA4A 2XXQA 3PPPA 1BIYA 4H65A 2QS2A 4NF6B 4YKKA 5FTHA 2V25A 2DXYA 1LBBA 2A5SA 4G8NA 2P1SA 3K0VA 3ONMA 1P99A 1M5EA 3UIFA 1P1NA 2XXYA 2O7UA 5HPQA 2Z8EA 1AMFA 3B6WA 3TDJA 1MG1A 2OWTA 3EHSA 2ZYOA 3RTFB 1LFGA 4DIGA 4H1XA 4BDLA 4ECFA 3S2VA 5BWJA 1PB7A 3I6VA 1Y9UA 1MS7A 3CG3A 3DP4A 3VVFA 4NWDA 3BFTA 4C0RA 3OENA 1N7WA 4G68C 4OFOA 2F34A 1XVYA 1B3LA 1B7UA 2O6AA 4EXKA 3DLNA 2DQVA 5EHSA 5TPAA 4OHNA 2HXWA 4ELRA 3H6UA 4TLMB 1I6QA 1SYIA 5A5XA 4YKJA 3G3FA 3C4MA 4ZS9A 2I4CA 4YKIA 3RNNA 1D9VA 4O3AA 2UVHA 4MH5A 4R75A 4O3CA 1LAGE 4YB7A 4GD5A 3ZSFA 2QS3A 3C36A 3LSFB 2F7BA 3A3UA 1KWHA 4WXJA 2ABHA 1PB9A 3GZGA 4G77A 4GL0A 3PMXA 4RPNA 3KJ7A 3TTKA 5BUUA 3IO4A 1R1NA 3QSLA 5AA1A 1BLFA 1FTKA 3G7WA 1H3DA 3VVDA 3IJOB 4F31B 4MLQA 5J1DA 4R6YA 3KG2A 3PPOA 3IB2A 3W9VA 1QVSA 3OEKA 5H8QB 4JSDA 4QSCA 3PMWA 4OFJA 1MY0A 4JBZA 3TTRA 2QL3A 3O2AA 3LUYA 5IKBA 3SEVA 2F36A 4Q5TA 4NF4A 1POY1 3U72A 1OIBA 3FJGA 1B2HA 4HCYA 1B0HA 4WEPA 3N26A 4F39A 4BLAA 2Q8JA 4TOZA 2X7QA 3KEIA 4L17A 1B0LA 4TLLB 2DP8A 5H8HA 5L9SA 1L5TA 1VFEA 5KCJB 3EPEA 4OENA 4RXLA 3RGYA 1NL5A 1MDP1 2AL5A 2DWHA 3E13X 3FVOA 2YPNA 3IOUA 2DXRA 3H6TA 4GXSB 5IAIA 1XS5A 3S9NC 1FW0A 5TP9B 4BDRA 2V3UA 3V89B 2PT2A 4NF4B 1GV8A 1MY2A 1ZJLA 3IAZA 4QF9A 4F3GA 1B5HA 1RKMA 3T93B 3TYHA 4DLDA 4EQBA 2DE2A 5CC2A 1H44A 1JNFA 3FATA 2F5XA 4C1TA 3VDFA 2XXXA 2I58A 2OCUA 3ILUB 1NNFA 2CMOA 4NE4A 3RT8A 3RTWB 4U1ZA 1VFDA 3OSRA 2XXIA 4IO2A 3BFUA 2OWSA 3KFMA 4F2QA 4DXUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2WYPA 4IY6A 2GH9A 3TPAA 3GXAA 4NHBA 2RCBA 2H98A 5H8SA 1WODA 1SYHA 1LB9A 1FPEA 4YU0A 1YCJA 3W9WA 4PE3A 4U4XA 1UIVA 2XXPA 3G3GA 4FORA 1USYE 4ZEBA 1LBCA 5FHMA 1JW5A 3IB1A 5ESYA 4KXPA 4NMYA 3DELB 4PFIA 3EHTA 4F2OA 3O29A 4GF8A 2ZNSA 1FPJA 1UQWA 1EZ9A 2UVJA 4N6KA 1ELJA 3U94A 3EN3A 2QS1A 4MNIA 4QFKA 4GXAA 4F1VA 4ISUA 4IY5A 3H4ZA 3LSXA 3IOVA 1R9QA 4PETA 1UTBA 1DPPA 2B65A 4AQ4A 2Z8DA 4N8YA 3ILTB 2QMWA 3FXBA 1HSJA 1I6BA 4Q8RA 2O69A 1P1OA 4LZ8A 5I2KA 3V8XB 4JDFA 2NXOA 2QRYA 4HCWA 3KC1A 1A7LA 5H8QA 4OEUA 2F78A 2DE4A 1GTKA 1OLAA 1SI1A 3W15C 3OEMA 3EQ1A 3SEXA 1FPFA 2Q9TA 4I3EA 3T9VA 3FBPA 1POTA 5H8NB 5KDTB 1YPNA 4FBPA 3O28A 5F1QA 1A8FA 4EF1A 1TFDA 5FHOA 4G4PA 3MAMA 3RPLB 4YMAA 5KDTA 2DWAA 2FHYA 4O7MA 3D4GA 3IJXB 3B6TA 3PUXE 3CSBA 3O6IA 4G2ZA 2B3FA 3T9XB 1DK4A 3U93A 4OMBA 3IX1A 1OVBA 1IEJA 5IM2A 4DCYA 5FTIA 1DSNA 3SKPA 1ZKBA 1B9JA 1FQBA 5B70A 5B7DA 4ESWA 1LGBC 4R9FA 4O8MA 2ONRA 1MXZA 2ZNTA 2PYYA 1Q9DA 4I8CA 5DVIA 3PPQA 5H8FA 2G29A 1EU8A 3VXCA 1RYXA 4BDMA 2Q74A 3V83A 1FPGA 3CVGA 2GRVA 1M5FA 2V3QA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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