4F1YA

Cnqx bound to the ligand binding domain of glua3
Total Genus 78
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
78
sequence length
258
structure length
258
Chain Sequence
RTIVVTTILESPYVMYKKNHEQLEGNERYEGYCVDLAYEIAKHVRIKYKLSIVGDGKYGARDPETKIWNGMVGELVYGRADIAVAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLAKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVYEKMWSYMKSAEPSVFTKTTADGVARVRKSKGKFAFLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGVATPKGSALGNAVNLAVLKLNEQGLLDKLKNKWWYDKGEC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The loss of an electrostatic contact unique to AMPA receptor ligand binding domain 2 slows channel activation.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein/agonist
source organism Rattus norvegicus
molecule keywords Glutamate receptor 3
total genus 78
structure length 258
sequence length 258
chains with identical sequence C
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-05-07
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4f1yA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4f1yA02
4HS7A 2ZYNA 4BDQA 3THIA 1GTKA 3IB0A 2I6EA 3FD3A 3L6HA 2Y7RA 3KG2A 1L5TA 4YU0A 2PT2A 5CMMA 4JWXA 2XX8A 3M3FA 5FHNA 3Q25A 3CRBA 3OOAA 1XT8A 3IAZA 2AIXA 4YB5A 5F1QA 5I2NB 2QJEA 3C31A 4KPTA 2O1LA 3S9EA 2XXTA 3IR1A 2DVZA 1D9YA 4EDPA 2M8CA 1B51A 4JBZA 1SVXB 3QXMA 3HPIA 2NOOA 3CFLA 4GL8A 4IO5A 5ITPA 3KOSA 3T9XB 3PPQA 3MZ9A 3IO6A 1QKAA 1R1NA 3FXRA 2HAVA 3TKDA 3TCFA 4YZZA 3H3GA 3KN3A 3VLVA 4FIMA 3K01A 4KCCA 5JEIA 4R73A 2B3BA 3RUMA 2Q9TA 2X7PA 4YKKA 1MPCA 2F36A 1USYH 2D3IA 2WKYA 1EZPA 1WDNA 2ZNUA 4OFLA 3RLFE 2OJTA 1Y3QA 2F97A 2XXUA 3MPLA 3EHUA 1A40A 1Y9UA 3CR9A 3G3KA 4DXBA 4NE4A 3B7DA 1HSJA 3B6TA 5F7VA 1IZ1A 5BUUA 1OIBA 1TT1A 1MH3A 3I5OA 1FW0A 1P1QA 4ZEFA 3H6WA 4FORA 5KZTA 1XOCA 1PB8A 3GLBA 2OK2A 4OEVA 1VR5A 5EYFA 2O51A 2VP1A 1MRPA 4PFTA 3VV5A 2ZNSA 1I69A 5L9MA 4TLLB 3PV0E 4DDDA 1XVXA 3HSTA 3CVGA 5H8FA 1MY2A 5FTIA 1PEBA 5DT6A 2RF1A 3CSGA 3IK6B 4GOTA 3KOTA 3G3GA 4RYAA 3QK6A 2UYEA 4I8CA 3ZKKA 4ZECA 3FVGA 2G29A 3G3HA 4ZEBA 3S9LC 4AB5A 3TQWA 5CBRA 5JK4A 4H67A 3S2VA 5L9OA 4H6DA 1B5IA 4QF9A 1LGBC 3TQLA 1OVTA 3T22A 4YB6A 2RCAA 2UXAA 3LSLA 3PGFA 3K6UA 1VSOA 2XHDA 2UVHA 3OXNA 5I2KA 1SD3A 2XD3A 3RGYA 1B9JA 2RC9A 3I6VA 5ISUA 1QUKA 4U1OA 2I49A 4DXUA 4F29A 4FJPA 2XXXA 4R74A 2OBGA 4HW8A 1LAGE 4LQ5A 2F34A 1JVYA 4F1VA 3MAMA 3FZVA 4PFWA 1I6BA 1SW1A 5A5XB 1H44A 1NNTA 4R2BA 5TU0A 3KZGA 4C1UA 3OD7A 1ANFA 1DTGA 3N6UA 3OEKA 3QIMA 2I58A 1FTJA 3KN8A 1MG1A 4HCYA 1FTMA 2NVUB 1IITA 4YKPA 2F7CA 5I2KB 3DP8A 1ELJA 5CMBA 2DWJA 2O69A 4E0WA 4FATA 3MZ1A 3K1NA 1TWYA 2O68A 2H25A 4OTEA 4HTGA 5CMKA 4OFOA 3RY3A 2ANJA 2Z8DA 4MLVA 1B3HA 3PU5A 1B2HA 1RYXA 4OZ9A 1NL5A 4XTCQ 2AL5A 4ESXA 3U93A 1QJMA 3RPWA 4KCDA 4N6PA 1A8FA 1S9TA 1PB9A 1AIVA 4G8MA 3ILTB 2O7UA 3QUFA 1OLAA 1YAEA 3HV1A 1DPEA 3JZJA 1EZOA 3K0VA 1B4HA 3FATA 1A54A 4FAJA 1B40A 1SI0A 1XC1A 4EF2A 4G2ZA 5KCJA 2OZZA 1AMFA 1ZJLA 3TCHA 5JTYA 2DSFA 1YTVA 1D9VA 3UP9A 1J1NA 4XKPA 5ITOA 4BDNA 2RKMA 5I84A 1SQYA 3FUZA 5AA2B 1FQBA 4G68B 4OYVA 3S9NC 3O9PA 4U4XA 3CIJA 1SI1A 3A09A 3IL1B 1POTA 1ZTYA 4NWDA 4QSCA 5AE4A 3C36A 4YKIA 4U4SA 3RNNA 3N6TA 1DTZA 1B3GA 5H8NA 4NF8B 1MY3A 1B6HA 3PUZE 3R6UA 1LCTA 1SW5A 2RC8A 1T0KA 3SKPA 1B52A 1B7HA 4MFIA 3G7WA 3MP6A 4G8HA 4F3PA 1NMUA 1UIUA 3TEPA 5KCJB 4JWYA 1FQFA 4DCXA 4BDLA 3RTFB 3PMWA 4RPOA 5TPAB 1FCKA 3GBAA 5IKBA 1JW5A 2FYIA 4H8IA 4KYSA 3CSBA 3RN8A 3C35A 1NFTA 2PYYA 2V3TA 2OWSA 5L9SA 4IB2A 1I6QA 3N94A 3H7MA 1QUJA 5H8NB 1H43A 4ND9A 3FJMA 3R7XA 3PPNA 4F18A 1B0LA 2H4IA 1MH4A 1JEVA 1CB6A 3Q29A 4DCYA 3O29A 5I2NA 4Q0CA 4U23A 3QAXA 4OHNA 3SEXA 1JETA 4IY5A 2QL3A 4JB7A 4R6KA 3FXUA 2HFBA 3ONMA 3VLWA 3C4MA 3SEVA 4OXVA 3VVFA 3TMGA 1QUIA 3VVDA 1MM6A 2NXOA 4EQBA 1EH3A 2XXWA 3C32A 3E13X 1MQDA 5FTHA 4QFNA 3OSRA 2QMXA 2ONRA 3MWBA 3MPKA 4GLIA 5I58A 3LUYA 3HHGA 2P2AA 5CMCA 1JW4A 3RT6B 4OENA 4G4PA 3EF7A 4R75A 2GHBA 1MXXA 2BJJX 1MQIA 1QVSA 2HAUA 2QMWA 3ECRA 3UN6A 2ZYMA 4UA8A 1MXZA 3D4CA 3PD8A 1S7YA 4OESA 2GFEA 2THIA 2V84A 1VFDA 3RT8A 4JSOA 1MXYA 1B7UA 3K2DA 3HCQA 3GXAA 3B6QA 2Y7PA 1PDAA 3KJTA 2G93A 3MVXA 2GHAA 4R2FA 2OLBA 3H6UA 3TTKA 4G8NA 5I58B 1BLFA 3H6TA 3V89B 4Z7EA 2VOZA 3VE1B 1P1NA 2Q89A 3W9WA 2XXVA 5DVIA 4F1UA 5AA2D 4TQUQ 3TPAA 3ILUB 1LB8A 4ZS9A 4EXKA 2PBWA 3SERA 2F8DA 4EUOA 4HCWA 3UIFA 1O7TA 2GRVA 1RYOA 3H03A 1LCFA 4G77A 2VHAA 2Z23A 1GV8A 1PBPA 2Y84A 1DSNA 2V93A 2H98A 4JSDA 2F78A 4RA1A 4WEDA 2QS1A 1MPBA 4XKRA 2E1SA 4RXLA 4WXJA 4H65A 3T93B 1HSEA 4F31B 3MJNA 1NNPA 4XKNA 3O6HA 3MZBA 3CI8A 2CMOA 2V25A 4TLMB 2GH9A 5K2XA 1D3KA 1MDQA 3IOVA 1N04A 1NNKA 3M8UA 3JYRA 4QSDA 1LFIA 5FHMA 3EHSA 1MY1A 3FVKA 1N7WA 3RQTA 1FTKA 5KDTA 3HO7A 1Q35A 3IORA 5EHMA 4P0IA 3HN0A 3SEUA 3PPOA 4QFLA 2UVIA 2B65A 1AH5A 1B1HA 3QYTA 1SW4A 4X1DA 4LVQA 1PBQA 5I57B 1I6AA 1IXIA 2D21A 4GFRA 4Q8RA 1URGA 1ZIUA 1FQCA 5A5XA 5CRYA 3TTNA 1OQHA 2P0SA 4NEDA 2VD3A 3H6VA 1LB9A 1AOVA 3E9XA 3F11A 1A7LA 3USDA 5TP9B 5CM6A 2ESNA 5KDTB 4POWA 1YCJA 1B3FA 4LZ7A 4NF5B 4MLQA 5H8QB 5CC2A 4QFKA 2XXQA 2F35A 2ZNTA 2I4CA 3T96B 3S9MC 4ZZAA 3MBPA 4LZ5A 4PP0A 4QFPA 2ZMBA 1JEUA 1N76A 4IGTA 1QKBA 2DWHA 1LAXA 1SDXA 1B46A 4QFOA 4KR5A 5J1DA 4P0GA 3N26A 1MM7A 3R26A 1MY0A 4R6YA 2Y7WA 1FQEA 2I3VA 4F1YA 5I59A 4OMBA 1O63A 2Q8JA 1N7XA 3T9HB 3IO4A 4KFQA 3DP4A 4IO7A 3VLUA 3P7IA 1B5JA 4WKMA 2X7QA 4RNSA 3FGSA 3MVZA 2AL4A 1RKMA 4XIGQ 4R9FA 1WODA 1UTBA 3UORA 4GIZA 1PC3A 5IAIA 4ONYA 1LAHE 1IIWA 4MH5A 3OO7A 5AA2A 5I59B 4G68A 4H5GA 2ONKE 2PVUA 4X1BA 3IOUA 3IOWA 1Z7NE 1B0HA 1OLCA 4IO3A 1PB7A 1Y3PA 2QSXA 1XHYA 2VGQA 1H76A 4LP2B 2A5SA 1SYHA 4NF8A 4U22A 3O97A 2YJPA 2Y7KA 1JNFA 2ABHA 3K6VA 3G3FA 4NF6B 4NMYA 4KQPA 3KJ7A 1LAFE 4IO4A 3OEMA 1R6ZA 1UTBB 4ZE8A 2I3WA 1B5HA 4WEPA 3UA8A 3VFJA 3IJOB 4BDRA 4PE5B 4KI0E 3TDJA 3JV9A 2REGA 3G3IA 4U21A 4FECA 2LAOA 5TPAA 3TYHA 5ICQA 2QS4A 1IEJA 3I3VA 3T66A 2A5TB 3TFLA 1B3LA 5H8HB 3BFUA 4Z0IA 4F3GA 2FA7A 3TZAA 2OCUA 2FNCA 2NWJA 1OMPA 1H3DA 4XXUA 3U1OA 2PMSA 1SBPA 4DE8A 3DP6A 1KWHA 4QHQA 3TUSA 2F6GA 3N5LA 4ELPA 3TODA 2DOJA 1SW2A 1UTHB 2VD2A 3PPRA 4GVOA 2HQ0A 4N13A 2O6AA 3EQ1A 1VFEA 3GZGA 5BWJA 1M5DA 3L6GA 3Q27A 4DXCA 1US4A 4OETA 4DLDA 4LZ8A 4F19A 1JQFA 4ZZEA 4THIA 4ELQA 2ONSA 3A3UA 4IY6A 1YPNA 4GRKA 1A8EA 2DXRA 2O7IA 4EF1A 1B32A 3MP8A 1SYIA 4YMBA 4KYDA 4L17A 5K2YA 5CI5A 4LATA 1Y4TA 1XS5A 3Q28A 1LBBA 5AA4A 4F22A 2I4BA 2YLNA 1FTLA 2H99A 4RJZA 3KSXA 4YKJA 4POXA 1Y1ZA 2AYSA 5DVFA 2YPNA 4DIGA 1URSA 1MS7A 2DE2A 4C0RA 2XXYA 1N84A 3WAFA 2DE4A 1JW1A 3PUWE 1Y20A 3TAJA 1II5A 4OQOA 4YMAA 1MQJA 4RPNA 2XD2A 4ISUA 3K02A 1R9QA 4PQJA 1MXVA 3MC2A 4OERA 2Z8EA 3O6GA 3DELB 3VXCA 5AA4B 4ELOA 3U94A 3M3LA 1M5EA 3K00A 1EU8A 1ZKBA 3IB2A 3OO6A 1M5CA 1IQ7A 4FE8A 3ZSFA 1M5FA 4F2QA 3PMVA 2X26A 4NWCA 1B7ZA 3PUYE 2OWTA 4LONB 2RC7A 4QSEA 1URDA 2Q88A 4BDMA 4X9TA 5AA1A 1GR2A 3T9VA 4GD5A 3DM0A 1Q1KA 3SDFA 2HCAA 1TFAA 5B70A 3UGWA 1IXCA 1IXHA 4RY1A 3MQ9A 3VDFA 4QRZA 2ZYOA 2R9JA 3SESA 4O3BA 2DS9A 4R9GA 2F5XA 1OQGA 1NKXA 3U92A 3C33A 1DPPA 4AQ4A 1O64A 5EHSA 1AL3A 2XXPA 2ZXTA 3SEWA 3HHFA 4IO6A 3CFZA 1N3WA 2R6GE 3TTLA 3S4UA 5I57A 1LBCA 3K6XA 1Z7ME 1UQWA 1B3EA 1BTJA 3V83A 3QUJA 4MBPA 4BLAA 3LSWA 1VE4A 1US5A 1N3XA 3O66A 3ZS6A 3D4GA 2REJA 1Y1MA 4FEBA 4OVJA 5AA3A 3MUQA 3BBRA 4OEUA 4TOZA 1B4ZA 3C34A 5TP9A 2Z22A 4K3FA 3LSXA 4JDFA 2XXHA 4KYEA 4KHZE 1MQHA 4NF5A 3O2AA 5H8QA 5M2VA 3VVEA 3WAEA 3GBBA 4EXLA 5L8DA 3K4UA 3TELA 3CG3A 3OSQA 1LFHA 2HEUA 5H8SA 4X48A 1B58A 3V8XB 2RCBA 3KBRA 4F39A 4PETA 1ZU0A 4OWDA 1Y4CA 3BKIB 1LLSA 3SEYA 2Z8FA 2HZKA 3H4ZA 4Q5TA 3PPPA 5HM4B 3MP1A 2V3UA 3K6WA 2CZLA 4M1VA 1N0TA 2DE3A 1FQDA 3O6IA 1DOTA 1FTOA 3MVWA 1IUDA 2I48A 2W7YA 3FV1A 4EQ9A 2DQVA 4GF8A 3IX1A 1MPDA 1NH8A 5DVJA 4E0XA 3M3KA 4NF4A 1A99A 1TXFA 1S50A 4ELRA 3OELA 2F6PA 1MDP1 3CG1A 1JVXA 1QW0A 4GL0A 2XXRA 4ZDMA 5H8FB 1XVYA 4YICA 5DYHA 3C9HA 5HBCA 1B05A 3K1PA 3FJ7A 4LUBA 2V3QA 4G68C 2IEEA 1P1OA 3PD9A 2ALUA 1NH7A 3FJGA 4FEDA 4ESWA 3B6WA 2RINA 2E0SA 2DVCA 4ZEIA 3PUVE 4F3SA 1TFDA 1LFGA 4XKQA 1M5BA 5CBSA 2XX7A 4NF4B 1CE2A 2H5YA 1EZ9A 4NF6A 3G3JA 4LA9A 3FASA 3FV2A 5B7DA 3CFXA 1MY4A 4KD5A 4OFJA 4IGRA 3RTWB 3ZKLA 1D4NA 2PX1A 4RK2A 2QS2A 3LR1A 4AB6A 4H8JA 4O3CA 3KEIA 3TTRA 5FHOA 2A5TA 5H8HA 4C1TA 4EQ7A 2KLFA 5DEXA 1P1UA 4MF3A 4I9DA 4GQOA 4YAHX 4GXSB 1DMBA 1MXWA 1GVCA 3T9UA 3V5AA 4H1XA 3OO9A 4BDOA 3IOTA 1A55A 3IB1A 4PFUA 1ATGA 2QPQA 3TCGA 1UTHA 4LQ2A 5ELVA 1MQGA 4I1DA 2B3FA 1BKAA 2HZLA 2Q2CA 3LBSA 2D5WA 2ZYKA 5ICTA 4H5FA 3LSFB 3H06B 4JWOA 3KSJA 5HPQA 4H0WA 3E3KA 4P11A 2P1SA 1R9LA 3FIRA 2Q2AA 5DEXB 3A3CA 2F7AA 4DZ1A 2O1MA 4F2OA 1FQAA 5LOMA 2UYFA 3VXBA 4U1ZA 2QRYA 1F9BA 2R71A 3OENA 4GWOA 1BIYA 4F3BA 1Y3NA 3KGCA 4ECFA 3W15C 3TTMA 2IA4A 4N07A 4ZEDA 4IO2A 3FXQA 3OMBA 3W9VA 2NUVA 3BFTA 3O28A 1OVBA 4YB7A 2F7BA 3KN7A 5I56A 1P1WA 1P99A 1MXUA 3SETA 1QULA 2QS3A 2O84X 4R72A 5JTYB 2I0BA 2DXYA 3FVOA 4O3AA 2XXIA 2UVJA 1HSLA 3PMXA 1UIVA 4UACA 2I0CA 3U72A 3AXFA 4PFYA 1B1XA 4NTLA 4M4GA 3U8QA 1USYE 4Q30B 1NNFA 4GXAA 1ZMGA 3MW0A 2XX9A 4RK9A 3Q26A 2H9BA 3KFMA 3FVNA 1IXGA 2UVGA 4ZE9A 1BP5A 3UK4A 5DTBA 2DYXA 3ODBA 5I56B 3IJXB 2Y7IA 1GGGA 1POY1 3EPEA 4U2RA 2DWAA 1ZBMA 1WVJA 3QSLA 2HXWA 1LSTA 2PT1A 2DP8A 4JXIA 4ZEKA 3E4RA 3K1MA 1H45A 4R6HA 4I62A 3MVYA 2DWIA 3EHTA 3OO8A 3LC8A 1ZLQA 3PUXE 3EN3A 3DLNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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