4F1YA

Cnqx bound to the ligand binding domain of glua3
Total Genus 78
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
78
sequence length
258
structure length
258
Chain Sequence
RTIVVTTILESPYVMYKKNHEQLEGNERYEGYCVDLAYEIAKHVRIKYKLSIVGDGKYGARDPETKIWNGMVGELVYGRADIAVAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLAKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVYEKMWSYMKSAEPSVFTKTTADGVARVRKSKGKFAFLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGVATPKGSALGNAVNLAVLKLNEQGLLDKLKNKWWYDKGEC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein/agonist
molecule keywords Glutamate receptor 3
publication title The loss of an electrostatic contact unique to AMPA receptor ligand binding domain 2 slows channel activation.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
total genus 78
structure length 258
sequence length 258
chains with identical sequence C
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-05-07
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4f1yA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4f1yA02
3VFJA 4RXLA 2DWJA 3N6UA 2I0BA 1LBCA 3B6TA 3QAXA 3RTWB 2HEUA 4AB5A 3IL1B 2DYXA 2I58A 5DVFA 4NF6A 3VLVA 2YPNA 3OEKA 1DTZA 2F6GA 2QMWA 2FA7A 3TFLA 1MXYA 3LSFB 4ESWA 1MQIA 2DWIA 5AA1A 4WXJA 4I62A 3KSXA 2H99A 3RN8A 4OQOA 3IR1A 4QRZA 2GFEA 1P1NA 4GLIA 4OENA 2OLBA 3LR1A 1D9YA 5I57B 4X1DA 4F18A 1B2HA 5H8SA 3PUYE 1FTMA 4F3PA 3G3GA 3Q26A 3FXQA 4DXUA 1MPCA 3L6HA 4R9GA 5I84A 3RQTA 3PUZE 4U21A 3T9VA 3S9NC 4UA8A 3UIFA 1MDQA 1M5DA 3KEIA 1B7ZA 1B3LA 3D4GA 3ODBA 3C34A 3MAMA 4QHQA 4FE8A 2HAUA 2H98A 4LVQA 3TQLA 5ICQA 1EZPA 4QFKA 4BDNA 4NWDA 4YKJA 3EHSA 1IIWA 2F5XA 1O7TA 1MY0A 4IO2A 4H0WA 1SW4A 3CVGA 4X48A 4MLVA 3B6WA 1B51A 1MRPA 3IOWA 1POTA 4U1ZA 4TLMB 1YPNA 4POWA 3QXMA 4BDMA 3O6GA 3KGCA 3FV2A 4GQOA 1SVXB 1SBPA 4OFJA 1OVBA 2PYYA 4QSEA 5FTHA 3AXFA 3VE1B 5BWJA 4WEPA 3FATA 3ONMA 5JTYB 1URGA 1M5FA 3ZKLA 4R2FA 2O6AA 4JBZA 3OOAA 3IO4A 2Z8FA 3N94A 2I6EA 3TTMA 1MXXA 2RC9A 3FIRA 2V3TA 1J1NA 3TMGA 4Q5TA 4QF9A 4G8MA 5L9OA 3IJOB 3WAEA 1MG1A 1OMPA 3V83A 3MBPA 4RY1A 1JVYA 3M3FA 2LAOA 1UTBA 4IO5A 3N5LA 1N76A 2NVUB 4QFNA 4M1VA 1GTKA 5H8HA 4LZ8A 5FHOA 3CIJA 3T22A 2PT2A 2RCAA 2R9JA 3E13X 3OD7A 2ONSA 1L5TA 4N13A 4LA9A 3EPEA 3KOTA 4P0IA 3ECRA 1JEVA 4JSDA 5JEIA 2UVIA 5I58A 2IEEA 2O1MA 3HHFA 5TP9A 3IB1A 4F39A 4EUOA 4M4GA 3RNNA 2F7AA 3Q27A 4O3CA 1JQFA 3U1OA 1IXHA 3QK6A 1MQHA 4NF8A 5IAIA 4QFOA 3W9VA 1O64A 3CG3A 3FJ7A 4GF8A 4H8IA 1QUIA 1CE2A 1F9BA 1JW5A 4Q8RA 3VVDA 4OFLA 4EF2A 2HZLA 1B5JA 4H5FA 2Q9TA 5H8NB 1B7HA 1LCTA 3GLBA 1ANFA 3C9HA 4KPTA 3G3HA 3HN0A 2XHDA 4R6YA 4YB6A 2QL3A 1TWYA 4IB2A 2X7PA 3JV9A 3THIA 1P1OA 5I56B 4ZEIA 1B46A 1QW0A 3MVXA 4GFRA 3TAJA 3W9WA 4GVOA 1Y20A 4ONYA 3KOSA 3CRBA 2O69A 1WODA 5FHNA 3SEWA 3RGYA 5K2YA 1B3EA 2HZKA 1Y3NA 3M3KA 3T9XB 4G2ZA 2PT1A 2ABHA 4OZ9A 4G68B 2QS2A 3T66A 2R71A 4MLQA 3K01A 3CFXA 3ZSFA 2F97A 4ZZEA 1ZBMA 2W7YA 4BDLA 2FYIA 5B70A 4G8HA 1XVYA 5AA2B 4OHNA 3DM0A 4KQPA 4OETA 2AL4A 1Y4CA 3C36A 2XXQA 5K2XA 3SEXA 1MY1A 2E1SA 5DTBA 2NWJA 1IITA 1IEJA 3MJNA 2PVUA 2P0SA 3OEMA 1EU8A 3KN8A 4XKPA 3GBAA 3C32A 3MZ9A 1HSLA 3PU5A 3SDFA 2WKYA 1BIYA 4IO4A 3RUMA 3PPQA 3LSWA 4F2OA 3QYTA 5I59A 2CZLA 3T93B 1NKXA 3R26A 4IY5A 3H4ZA 3QUJA 3TCGA 3TDJA 3K00A 1MXUA 1A8FA 1PBQA 1RYOA 1N04A 1PC3A 1H43A 2ZMBA 1B3FA 1JVXA 3LC8A 2HQ0A 1P1QA 3I6VA 4H67A 5F1QA 4NMYA 3CR9A 4JWXA 5CBRA 2BJJX 4DE8A 4FATA 3EQ1A 2Z8DA 2UXAA 2A5TA 3TELA 4LP2B 2RC7A 4IO3A 1MY2A 1II5A 1EZOA 3P7IA 4ESXA 3PUWE 1PB7A 3IB0A 1OIBA 4AQ4A 3IO6A 2ZNUA 5H8QA 1R9LA 4E0WA 4OYVA 5DEXB 4BDQA 3MVZA 3TTKA 3N6TA 1PEBA 1WDNA 4IO6A 2DVZA 3EHUA 5HM4B 1H44A 4GRKA 2UYEA 4EDPA 4G77A 1FQAA 4IGRA 1SQYA 2GH9A 3H06B 1ZJLA 4DIGA 3OENA 4F29A 3VVFA 4F31B 1SW2A 2V93A 4FEDA 1JW4A 4ZZAA 4C0RA 1I69A 4YICA 3UP9A 3K1PA 4JWYA 3IX1A 1IXGA 4GXAA 1LFIA 3CFLA 5JK4A 4WEDA 3ZKKA 2O68A 4UACA 2O7UA 4QFPA 5KCJA 2F6PA 2DS9A 3H03A 4X1BA 1OQGA 1P1UA 5CRYA 2DOJA 1HSEA 2QRYA 2RKMA 1DPEA 3DP8A 2DE3A 3QUFA 1M5EA 2HFBA 3U92A 4GXSB 5AA2D 5L9SA 3G7WA 4LQ5A 1I6BA 4KYSA 4ZEBA 3VDFA 3PMVA 2Q8JA 3SETA 1US4A 1ZIUA 4H65A 1R6ZA 2I48A 2O84X 3S9LC 3MVYA 5CC2A 1D4NA 2Z23A 3U93A 1FW0A 3G3IA 3T9HB 4I9DA 3KG2A 5ITOA 3FASA 5DT6A 1LAHE 1FQBA 3TCHA 3KJ7A 2FNCA 3TYHA 2XXHA 1ZU0A 4FJPA 3DELB 4FIMA 2OZZA 4RYAA 4HTGA 3O6HA 4PQJA 2QS4A 4KYEA 3T96B 1B9JA 1DPPA 5M2VA 1JEUA 3GXAA 4XTCQ 3FUZA 3DP4A 4RNSA 5EHSA 1D9VA 2GRVA 3PPRA 2Y7WA 2A5SA 5I2KA 5AA3A 4R6HA 5KDTA 4FAJA 4KCCA 3TZAA 1LAFE 2OBGA 2XX9A 4ISUA 1MXVA 1VSOA 4FECA 4PFTA 1SYIA 4YMAA 1IUDA 2XD3A 2ZYKA 3S2VA 1MH3A 3EN3A 3RTFB 3O97A 3JZJA 3IORA 1POY1 1A99A 3V8XB 2PBWA 5DVJA 3U94A 1UQWA 4EQ7A 4TLLB 2QMXA 1ZLQA 4X9TA 2Y7PA 1IXIA 1S9TA 1NFTA 1LSTA 4R72A 2XXPA 3SERA 2GHAA 2HCAA 4R75A 3Q28A 1JNFA 3UGWA 1GV8A 2I3VA 3MQ9A 3PD8A 2B3BA 2CMOA 1GVCA 2I3WA 4PETA 2THIA 1NH8A 4MF3A 1LB8A 2Z22A 4KFQA 1FCKA 3HHGA 5EYFA 4O3BA 2VHAA 3OO7A 1B5HA 2ZNTA 2QSXA 3A3CA 4BDRA 1N7XA 3HO7A 4GL0A 4YKIA 3K6UA 1LAGE 2V25A 2O51A 1H3DA 1AMFA 2ZNSA 3HSTA 1PBPA 2OWSA 4ND9A 2HAVA 1UIUA 3PPNA 3IOUA 1SDXA 5I58B 3O29A 4NF4A 5DYHA 3TQWA 2H25A 2DWAA 3VLWA 5TP9B 1B4HA 1MXZA 5IKBA 4F2QA 3K6XA 4GIZA 4ELPA 1N84A 5TPAA 2ONRA 3FZVA 3K6WA 4NF8B 4KD5A 3PUXE 3CI8A 2YLNA 3LSXA 3KN7A 2XXIA 3G3FA 4U23A 5BUUA 3H6TA 1MQDA 2VGQA 2I49A 3T9UA 5ICTA 1P1WA 4GWOA 1AOVA 2V3QA 4ELOA 4NF5A 3A09A 1UIVA 1FTJA 4KCDA 1BLFA 2ESNA 3RY3A 1LBBA 5AA4A 4LZ5A 4OVJA 1QUJA 1N7WA 5FTIA 4Z7EA 4NEDA 4PFWA 1FTKA 2I4BA 4YU0A 4MFIA 4I1DA 1FTOA 3PMXA 3VV5A 4U1OA 2DVCA 4KYDA 4LUBA 4P11A 5AE4A 4P0GA 4H6DA 2Q89A 1M5BA 4RK2A 4YKKA 4OTEA 1MS7A 3TKDA 3QIMA 2F7BA 4G68C 3MC2A 1Z7ME 4G68A 4R6KA 1Y1MA 4PE5B 1US5A 4Z0IA 1LGBC 3CSBA 3WAFA 2HXWA 2DP8A 2RCBA 3I3VA 1AH5A 3UN6A 3MP8A 1YCJA 1GGGA 2OCUA 2KLFA 2VD3A 4G4PA 4IY6A 3H6VA 3C4MA 4AB6A 5I59B 3Q29A 3KJTA 4RJZA 1B1HA 4RPOA 3EF7A 2PX1A 2REGA 1OLAA 3O66A 1MPDA 2XXYA 2X7QA 1BTJA 1FQEA 5CMBA 4KR5A 1UTHB 1WVJA 1B32A 4IGTA 4YB5A 4DLDA 3LSLA 4BDOA 3FGSA 4E0XA 4THIA 1USYE 3K1NA 3IOVA 1BP5A 3TCFA 2NOOA 2A5TB 1NNFA 3OSRA 3K0VA 3V89B 2QJEA 4GD5A 3CFZA 5A5XB 4BLAA 4F1VA 1OQHA 1SI0A 1FTLA 5I2NA 1MQGA 4YKPA 1ATGA 4OMBA 1DSNA 1Q35A 2D3IA 5H8QB 2OWTA 3HCQA 4C1TA 5H8FA 1DOTA 3L6GA 1NH7A 1M5CA 1QVSA 1FQFA 2ALUA 1EZ9A 3FV1A 2XXUA 3VXCA 3DLNA 4ZECA 3OO8A 4NE4A 3HV1A 2RC8A 5ISUA 1A54A 1MM7A 1LAXA 4OEUA 1XHYA 4ZEDA 3FJGA 2Y7RA 4EQBA 3JYRA 1TFDA 2D5WA 4U2RA 1VFEA 3MWBA 1DMBA 2H5YA 2Q2CA 4U22A 3KN3A 2Z8EA 3E4RA 4EXLA 1MDP1 4N07A 2I4CA 1B58A 1MH4A 2XXXA 4JWOA 3K6VA 3LBSA 2Y7KA 3O28A 3PUVE 2F35A 1ZTYA 1QULA 1TT1A 3SESA 3QSLA 5FHMA 2O1LA 5KCJB 4XXUA 1Q1KA 4NF6B 1A55A 2P1SA 1IQ7A 5DVIA 2F7CA 2ANJA 4OERA 1I6AA 4C1UA 4PFUA 1LFHA 3HPIA 2ZYNA 3GZGA 1XS5A 1URDA 2AIXA 3KZGA 4F19A 2DQVA 2XXTA 1B0HA 4Q30B 3BBRA 1B0LA 1S7YA 4I8CA 3OMBA 4GL8A 3RT6B 3PGFA 2XXVA 3TODA 4YAHX 4XKNA 4MBPA 1Y3QA 1YTVA 2QS3A 4DCYA 3KBRA 1IXCA 1PB8A 5I57A 2B3FA 3ILTB 4JSOA 2XXWA 3K1MA 3MVWA 2VP1A 4XIGQ 1MY4A 3IAZA 3E3KA 1PB9A 1T0KA 3I5OA 3V5AA 4KI0E 1SW1A 1I6QA 1XC1A 2GHBA 3EHTA 1FQCA 1RKMA 2VOZA 4RA1A 3PD9A 3O6IA 2XXRA 4ELRA 2OK2A 4OFOA 2PMSA 1DTGA 1VR5A 3G3KA 4OWDA 1R1NA 1N3WA 4FEBA 3C35A 4YMBA 1A7LA 3D4CA 1N0TA 1VE4A 3MPLA 2ZXTA 5I2KB 3MZ1A 3M3LA 5KDTB 4NWCA 5HPQA 3VXBA 2DE2A 5L9MA 1SW5A 3SKPA 1XOCA 3IOTA 1QUKA 2NXOA 3W15C 3K2DA 2D21A 4PP0A 3TPAA 2M8CA 3OELA 4Q0CA 4OXVA 1USYH 1B5IA 4R73A 3DP6A 1CB6A 1OLCA 1PDAA 5CI5A 2AYSA 1NMUA 4YZZA 1XVXA 2DE4A 4K3FA 3BFUA 3RT8A 2NUVA 3VVEA 4G8NA 2QS1A 1A40A 5CM6A 1SD3A 1B3GA 3OO6A 4R2BA 4JB7A 1QKBA 3IK6B 3USDA 5JTYA 4HS7A 1GR2A 4H8JA 1YAEA 1D3KA 5ITPA 4F3GA 1TFAA 4F22A 2V3UA 1UTBB 4DXBA 4U4XA 4F1YA 2RF1A 5H8HB 3FXUA 3RPWA 1LLSA 3TTNA 4POXA 1A8EA 5KZTA 1QKAA 5CMCA 3FVGA 2XX7A 3FVOA 2AL5A 4LQ2A 3KFMA 4NF4B 1MQJA 4WKMA 1AL3A 3FVNA 3MP6A 3GBBA 4ZDMA 4QFLA 3SEYA 1B05A 3F11A 4KHZE 5TPAB 3U8QA 3A3UA 3BKIB 2V84A 2I0CA 1TXFA 1B3HA 4F3SA 1Y1ZA 3PPPA 3R7XA 1VFDA 2UYFA 2F78A 3FD3A 4F3BA 3ILUB 3KSJA 3M8UA 3H3GA 2X26A 1JETA 3PPOA 3K02A 2R6GE 5ELVA 4R9FA 1Y3PA 4EF1A 1URSA 4NF5B 3TTLA 3MP1A 3C31A 5CMMA 1MM6A 3SEVA 5H8NA 4HCYA 5AA4B 4OESA 3PMWA 4H1XA 3H6WA 5EHMA 4DDDA 3OSQA 3S4UA 4IO7A 4ZE8A 3G3JA 2IA4A 1ELJA 4LZ7A 4ELQA 4DCXA 1EH3A 5F7VA 2UVHA 5I56A 1B6HA 1Z7NE 2Q88A 3SEUA 3S9MC 3U72A 3CG1A 4PFYA 3IJXB 1NNKA 1S50A 2XX8A 3CSGA 5J1DA 3MUQA 1Y4TA 3TEPA 5CMKA 5HBCA 2G93A 1LB9A 3MZBA 1B4ZA 4RPNA 1Y9UA 2F34A 3UK4A 3C33A 4O3AA 1H45A 1JW1A 1HSJA 4F1UA 5L8DA 4TQUQ 3K4UA 4LONB 3Q25A 1SYHA 2RINA 2Q2AA 5LOMA 3LUYA 1IZ1A 5AA2A 3OXNA 3R6UA 2ONKE 3FXRA 1BKAA 4JXIA 3FVKA 1NL5A 4XKRA 2Y84A 3B7DA 2OJTA 4DXCA 1ZKBA 4QSCA 3TUSA 4RK9A 3MW0A 4ZE9A 4JDFA 1MPBA 2P2AA 2DXRA 4GOTA 3O9PA 1SI1A 3ZS6A 1FQDA 1MXWA 4L17A 3IB2A 3PV0E 1XT8A 2H4IA 2F8DA 2G29A 2O7IA 1ZMGA 2UVGA 3RLFE 4TOZA 4LATA 2DXYA 5CBSA 2F36A 2DWHA 4ZEFA 1KWHA 4MH5A 1UTHA 3VLUA 4NTLA 1NNTA 4U4SA 3TTRA 4DZ1A 1NNPA 1MY3A 1LFGA 1P99A 5I2NB 2ZYOA 4H5GA 1H76A 3O2AA 3MPKA 2H9BA 1QJMA 5A5XA 4OEVA 2QPQA 5H8FB 4FORA 3BFTA 1B1XA 1B40A 2DSFA 1B52A 2B65A 3H6UA 2ZYMA 2YJPA 2UVJA 3N26A 4ZEKA 1B7UA 4ZS9A 3UORA 4HW8A 3OO9A 5B7DA 4XKQA 2REJA 5DEXA 5TU0A 1LCFA 1O63A 3FJMA 4YB7A 3E9XA 3S9EA 1AIVA 4R74A 2XD2A 1N3XA 4HCWA 4EXKA 1R9QA 3H7MA 3UA8A 2VD2A 4QSDA 2Y7IA 3B6QA 4EQ9A 4ECFA 2E0SA 4N6PA 1OVTA 1RYXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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