4F1YA

Cnqx bound to the ligand binding domain of glua3
Total Genus 78
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
78
sequence length
258
structure length
258
Chain Sequence
RTIVVTTILESPYVMYKKNHEQLEGNERYEGYCVDLAYEIAKHVRIKYKLSIVGDGKYGARDPETKIWNGMVGELVYGRADIAVAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLAKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVYEKMWSYMKSAEPSVFTKTTADGVARVRKSKGKFAFLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGVATPKGSALGNAVNLAVLKLNEQGLLDKLKNKWWYDKGEC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein/agonist
molecule keywords Glutamate receptor 3
publication title The loss of an electrostatic contact unique to AMPA receptor ligand binding domain 2 slows channel activation.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
total genus 78
structure length 258
sequence length 258
chains with identical sequence C
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-05-07
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4f1yA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4f1yA02
4H8IA 4JB7A 2Y7PA 2Y7IA 4QFKA 2XX9A 5A5XB 1B58A 2H4IA 3OEMA 4IO4A 4HCYA 4NF4A 1SYIA 4BDOA 4EXKA 2R9JA 3H7MA 4GVOA 1AH5A 2VOZA 4MH5A 5ISUA 3OMBA 1OLAA 1POY1 1MQGA 4KCDA 3TCFA 3UA8A 4NWCA 3FASA 1MY4A 1B5JA 3O6HA 1XVYA 2RCBA 3CI8A 5H8FA 1XC1A 3HO7A 1P1WA 4BDRA 2ZNUA 2OK2A 1N84A 3FGSA 3PUWE 4G77A 3Q27A 5M2VA 3RLFE 3DELB 1LAHE 2F97A 3UN6A 1EH3A 1USYE 1B5HA 1WODA 3OENA 1I6BA 4ZE9A 3CVGA 4KI0E 2UXAA 4JWOA 2Q2AA 3VV5A 5H8NA 4PE5B 3UK4A 4G8MA 3U72A 3MP8A 4R74A 1H76A 3RT8A 3K6UA 4KFQA 3CFLA 3M3LA 4QFLA 1UTBA 1SQYA 1HSJA 4OWDA 3N26A 3G7WA 2VP1A 2UYFA 2GHBA 2XXYA 4F31B 2RKMA 5I59B 4OEVA 2DE3A 5BWJA 3EPEA 3KGCA 3TFLA 2IA4A 4XKQA 4ZS9A 4TLLB 2HAVA 5L8DA 3A09A 3K1NA 3MP6A 2DWAA 3THIA 3H6TA 4HTGA 1UTHB 4GLIA 2DXRA 3G3GA 3TUSA 2V93A 3KSJA 3TTNA 4EQ7A 1QULA 3ONMA 1DOTA 4H5GA 3SKPA 4THIA 3USDA 4KYEA 2NWJA 3C35A 5B7DA 3FXUA 2RINA 5I2NA 1LAGE 4R9FA 2VGQA 1GTKA 4OERA 4BLAA 2AL5A 3VLWA 4WEDA 4XKRA 1A8FA 3FJGA 4NF5B 3B6QA 3VDFA 2PBWA 3UGWA 3IO4A 4YMAA 5BUUA 2I48A 1P99A 2Y7WA 4XTCQ 4F18A 1LAFE 1I69A 2XXUA 3DLNA 5A5XA 3PUZE 1URGA 2O7UA 4EF2A 2F34A 5EHMA 1MDQA 2OWSA 1XS5A 4ELQA 2Y7KA 1URDA 4X9TA 1FCKA 2R6GE 5AA4B 4F19A 1QUIA 3N6TA 5CMBA 1CB6A 4F3SA 5DVIA 1SW4A 4IO5A 1Q1KA 3H3GA 1M5BA 3LSFB 3U92A 1I6AA 5CRYA 1FQAA 2DWHA 3VVFA 4Q8RA 1HSLA 2ZNTA 4HW8A 5I56B 2F7CA 3ZSFA 4L17A 3TKDA 3OO7A 3G3KA 4LONB 1MPDA 3C33A 2ALUA 4R72A 1KWHA 3L6HA 3SESA 2OLBA 1WDNA 3K6VA 1L5TA 4F1VA 3TQWA 4NEDA 4QSCA 3LSWA 3UIFA 1P1OA 4UACA 3LR1A 5AA2B 2DSFA 2UVHA 4LA9A 4RK2A 4F2QA 2H98A 2H9BA 1SD3A 2I0BA 2DWJA 3O28A 3RTWB 5H8HA 3EF7A 4AQ4A 1Y3NA 4KR5A 1B51A 1H43A 3E9XA 5ELVA 4LVQA 5K2XA 2XXHA 2AL4A 2DVZA 3CRBA 3MPLA 4FJPA 5I59A 2VD3A 1DSNA 4F29A 4NF4B 3MPKA 3TMGA 1JW4A 1DMBA 5ICQA 3GXAA 3EN3A 3M3KA 4RXLA 1UTHA 3B6TA 4PP0A 3GZGA 1EZ9A 3VFJA 3K1PA 1B46A 4YB5A 4OHNA 1JW1A 3HHGA 2CMOA 3IJXB 1LBBA 2HZKA 1RYOA 5ITOA 2DOJA 1M5CA 4GL8A 3TAJA 4IGTA 3U1OA 3HN0A 1Y1ZA 1B2HA 3KJ7A 3TQLA 4MFIA 4KPTA 4Z7EA 1A40A 4NF5A 5LOMA 1MH3A 2XXQA 4RNSA 1LAXA 2PT2A 1CE2A 3D4GA 4GXSB 3KSXA 3LC8A 4DCXA 4MLVA 3P7IA 4KCCA 4FAJA 4EDPA 2V3UA 1YAEA 4DIGA 4ISUA 5CM6A 3HSTA 1ZU0A 5AA4A 2VHAA 4H67A 2WKYA 1ZKBA 1LFHA 1ATGA 4GL0A 4LZ8A 4ZEFA 1MS7A 5JK4A 1TT1A 1BTJA 1FTOA 1USYH 1AMFA 5I56A 2DS9A 4F22A 2Z23A 2XHDA 4RY1A 3AXFA 3CSBA 2I3VA 3FVKA 1T0KA 1MG1A 3K6WA 1D4NA 4FE8A 3MW0A 3T9HB 2ZYOA 4DXCA 4X48A 3PPNA 1MXXA 3H03A 1AIVA 5CC2A 3F11A 3S2VA 3FV2A 3IB2A 2I0CA 5DTBA 1N7XA 2XXXA 4OMBA 4YB6A 2FNCA 3MUQA 5TP9B 2THIA 2RC7A 3I3VA 4R6HA 1UIVA 1MM7A 4Q30B 3G3JA 5DEXA 4IO3A 4LUBA 3W15C 5CMMA 1NH8A 4OFLA 3V8XB 2IEEA 3CR9A 4O3CA 4LQ2A 5FHMA 1ZBMA 2XX8A 1NNKA 4FORA 1FTJA 2XD2A 2XXPA 3TYHA 3MVYA 2QMWA 3QIMA 2V3QA 1I6QA 5AA2D 1EZPA 3OSRA 1PDAA 3ZS6A 3I6VA 4KYDA 4R6YA 3SETA 4EUOA 1A55A 2DP8A 3VLVA 1RKMA 1PB7A 1IXIA 4QF9A 1B3GA 4GOTA 2P1SA 3KOSA 1MQDA 4G4PA 2YLNA 4FIMA 3MC2A 1UQWA 1O64A 1JVXA 4I9DA 3KBRA 3MP1A 4X1DA 1IXCA 1URSA 2DQVA 4H8JA 4H6DA 4LQ5A 1TFAA 4RK9A 3PMVA 4OYVA 3OELA 1OVTA 1O63A 3SDFA 4U1ZA 4OENA 1AL3A 2KLFA 4ZEKA 4KYSA 1HSEA 1IITA 3A3UA 1B6HA 2ZYMA 2V84A 4HCWA 3DP6A 1Y3PA 3TTRA 1N04A 2QJEA 3FV1A 3E3KA 5L9SA 4WEPA 1Y4CA 1NFTA 1R9LA 4DDDA 4ND9A 2XXTA 5H8SA 4JBZA 1B4ZA 3V5AA 5H8QB 3FVNA 2X26A 1JNFA 3ECRA 2ZYNA 3RGYA 5H8HB 3N5LA 2B3FA 2OZZA 1FQCA 2OWTA 2FYIA 2HEUA 2D5WA 4E0WA 5JTYB 1B9JA 4C1TA 1B40A 1M5EA 1II5A 3Q29A 2F35A 1NNTA 1A99A 4U23A 3CFZA 2A5SA 4M1VA 2G93A 3OO6A 1J1NA 5L9MA 4ELOA 1IZ1A 4YKJA 4GQOA 4E0XA 2REGA 4IO6A 3R7XA 3TTMA 2XXIA 3LSLA 3KN8A 5IAIA 1Y20A 1M5DA 3QUJA 4GF8A 1TWYA 2HAUA 3T96B 2G29A 1ZLQA 1GVCA 3PU5A 4XXUA 5TP9A 3FJ7A 2F36A 4ZZAA 1GR2A 1FTKA 2P2AA 4PQJA 5ITPA 3TCHA 1N7WA 4IO7A 3IL1B 1MPBA 3ILTB 4XKPA 1NMUA 3VXCA 4U4SA 4ELRA 2OCUA 3ZKLA 1JQFA 3O66A 5F1QA 2O69A 3IOWA 2DYXA 3I5OA 2Z8DA 1SW1A 3DM0A 3TPAA 3K01A 1MXVA 2OBGA 5TPAA 3E13X 1PB8A 4ZDMA 2DE4A 3VVDA 3WAEA 3N94A 2REJA 1VR5A 3SEXA 2O68A 3FXRA 3O6GA 1MQIA 2NVUB 3OEKA 3CG3A 4WXJA 2F7BA 1NH7A 3MZBA 2NOOA 1MPCA 3QYTA 1LFGA 1JETA 3RQTA 4ELPA 1SVXB 4U1OA 3CG1A 1MM6A 2ONSA 2RCAA 3H4ZA 3BFTA 3C34A 1LCTA 4JWYA 4U22A 3IORA 4BDMA 3IJOB 3G3IA 4Z0IA 4HS7A 3JV9A 4FEDA 1QKBA 2O51A 1FQDA 2I58A 3TEPA 4BDNA 2V25A 4MF3A 4OZ9A 4EQ9A 3PMXA 2F8DA 5L9OA 1VFEA 4H65A 4RA1A 4X1BA 4TOZA 4XIGQ 2Z8FA 4GIZA 3MBPA 3K2DA 3PMWA 3V89B 3T9VA 3PGFA 3N6UA 5DEXB 1FTLA 3EQ1A 1B0LA 5I58A 5H8QA 4DE8A 1BLFA 3PD9A 2PVUA 2B65A 3T66A 4G8NA 1IQ7A 4U2RA 4N07A 4LZ5A 4R6KA 2PT1A 1ZTYA 2RC9A 3LBSA 4LP2B 1Y1MA 5F7VA 5JTYA 3H6VA 2PMSA 4QRZA 2BJJX 5I57A 3OXNA 5HBCA 3IR1A 4NF8B 1OLCA 3W9VA 1PBPA 3M8UA 3RN8A 2QS4A 2XX7A 4G68A 2H25A 3E4RA 3MJNA 4G8HA 1A7LA 3IOVA 3IAZA 1D9VA 4OFJA 3K1MA 3QUFA 1BP5A 1Y9UA 2QS2A 1JEVA 1B1XA 1QJMA 4R9GA 3QSLA 1DPEA 1PBQA 3RPWA 1N76A 5FHNA 2Q8JA 3T22A 2F5XA 1DPPA 5KDTA 4F39A 1LCFA 3ILUB 3PPRA 1MDP1 3BBRA 3C32A 2UVGA 3H06B 3FUZA 3U93A 2LAOA 2O1LA 3GBAA 1SW2A 1O7TA 4I8CA 1N0TA 5DT6A 1JVYA 4ZEIA 4OVJA 1B52A 4DXBA 4RJZA 1B05A 2ABHA 4EQBA 2Y7RA 5CMKA 1VSOA 3PUYE 1YPNA 3EHTA 2Q88A 2W7YA 2ZXTA 1GGGA 3K02A 1WVJA 4POXA 3Q25A 1SI0A 3MQ9A 3M3FA 3O6IA 3PV0E 1B7ZA 2I6EA 4Q0CA 2ZNSA 1B4HA 4EF1A 4TLMB 3KZGA 1H45A 3FIRA 4F2OA 4TQUQ 1XHYA 4IGRA 5J1DA 1FQEA 1IXGA 1OQGA 3BFUA 2R71A 2DE2A 2GFEA 5HM4B 4G2ZA 1MXWA 3W9WA 5AA3A 3JZJA 4GD5A 3TZAA 3VXBA 2O7IA 4R73A 3K00A 1ZMGA 4ECFA 1D3KA 2DWIA 2O6AA 3BKIB 4NF6B 4KQPA 4YZZA 4QHQA 4AB5A 3IK6B 5KZTA 1TFDA 1B32A 2B3BA 2O84X 3KN3A 5CBRA 3OO8A 4C1UA 3JYRA 5FTIA 2ZMBA 3A3CA 2HZLA 2X7QA 2I4CA 4OFOA 1R1NA 1N3XA 5TPAB 1Z7ME 3T9UA 2PX1A 3FZVA 2PYYA 4KD5A 1B3FA 3B6WA 4KHZE 4OETA 4P11A 5KCJB 2QRYA 2E1SA 4NF8A 1JEUA 3VVEA 1S9TA 3B7DA 1LLSA 3TTKA 1B1HA 4ZECA 4O3BA 1NKXA 4RPNA 5IKBA 4ZE8A 3IB1A 1FQBA 2QMXA 1SI1A 1ELJA 3O2AA 1YCJA 2ZYKA 4P0GA 3IOUA 5AE4A 4H0WA 1LB9A 3R6UA 3PPQA 2VD2A 3TDJA 3VLUA 3DP4A 1MY0A 3LSXA 3OO9A 1IXHA 3HV1A 4YKIA 3C31A 4NWDA 3U94A 2I4BA 2XXVA 3MVWA 1NNFA 4DXUA 2UYEA 3C9HA 2ONKE 3T9XB 3S9MC 3CFXA 2ANJA 1NNPA 2XD3A 2AIXA 1B7HA 5I58B 2Q9TA 3HPIA 3G3FA 1SBPA 2OJTA 1IIWA 1XT8A 1MQHA 4POWA 4H1XA 5I2KB 2Y84A 1MXZA 2QS3A 3TCGA 1Y3QA 2D3IA 3K6XA 4YU0A 5CMCA 4ZEBA 4F3PA 1UIUA 4DLDA 4QFPA 1US5A 2I49A 2A5TA 3C4MA 5I57B 5I84A 3G3HA 1YTVA 3O9PA 4NE4A 3L6GA 1LBCA 5ICTA 4DCYA 3DP8A 3UP9A 2D21A 4QSDA 5TU0A 4ZZEA 1MY3A 4G68B 1S50A 4Q5TA 3O29A 4UA8A 1POTA 4R2BA 2FA7A 3R26A 4RYAA 1BIYA 4NF6A 4YMBA 1EU8A 3TODA 4ESWA 1MXYA 1B3EA 1N3WA 4YICA 2YJPA 4N6PA 4PFUA 4R75A 5AA1A 1QKAA 4LZ7A 4H5FA 3KJTA 4LATA 5DVJA 5KDTB 3EHSA 3OSQA 1OIBA 1A8EA 3FVOA 4OESA 4AB6A 5CBSA 1P1NA 4FECA 3SEUA 1P1QA 1ANFA 4QSEA 2F6GA 3FATA 5KCJA 1XOCA 1MRPA 3KG2A 3PUVE 3CIJA 4QFNA 4PFTA 2AYSA 3SERA 5K2YA 5FHOA 1JW5A 3ZKKA 1D9YA 1LFIA 2DVCA 4OQOA 2GH9A 4BDLA 4U4XA 4IO2A 4OEUA 1Y4TA 4G68C 1B3HA 1LSTA 3QK6A 2UVJA 1PB9A 3S4UA 2H5YA 4F3GA 1R6ZA 1P1UA 2Q89A 3RUMA 2Z8EA 3T93B 3KOTA 4N13A 4PFYA 4NMYA 1SW5A 1XVXA 3PPOA 1EZOA 4YB7A 1B3LA 4FATA 2M8CA 3HHFA 1QUJA 3ODBA 3PUXE 4PETA 1LGBC 4IY5A 4OXVA 3RNNA 3MVZA 4P0IA 4I62A 3MZ1A 3C36A 1US4A 1F9BA 4JXIA 3EHUA 1B0HA 3MWBA 3FXQA 5I2KA 3D4CA 1PC3A 4IB2A 5DVFA 5EYFA 1FW0A 3RTFB 4GXAA 4U21A 3OOAA 3TELA 4F3BA 1RYXA 4ESXA 1S7YA 1MY2A 3S9EA 4BDQA 3QAXA 3WAFA 1H44A 1OMPA 4PFWA 3KN7A 2Q2CA 3K4UA 3FD3A 1SDXA 1TXFA 3SEYA 4JSOA 1IEJA 2QPQA 1VE4A 4IY6A 5HPQA 3TTLA 3V83A 1QW0A 2GHAA 2UVIA 2GRVA 5JEIA 3U8QA 1FQFA 3SEWA 3OD7A 4GWOA 3RT6B 4ZEDA 3S9LC 1R9QA 2Z22A 2O1MA 1LB8A 1PEBA 3LUYA 3QXMA 4QFOA 2ESNA 1MQJA 5H8FB 5FTHA 3H6WA 1MY1A 3HCQA 3CSGA 2CZLA 4I1DA 2F6PA 1B7UA 2I3WA 4C0RA 4JWXA 3H6UA 4JSDA 2NUVA 4WKMA 1OQHA 2XXRA 4EXLA 1IUDA 4GFRA 2HQ0A 1AOVA 1BKAA 3KEIA 1A54A 2NXOA 4F1UA 2X7PA 5B70A 1FTMA 3RY3A 4XKNA 2RC8A 3IO6A 4YAHX 5H8NB 3SEVA 3S9NC 1M5FA 3IX1A 2A5TB 3IOTA 4K3FA 5CI5A 1Q35A 2V3TA 1SYHA 2ONRA 3GLBA 1UTBB 3PPPA 1GV8A 2QL3A 2F78A 3MAMA 2QSXA 2QS1A 4JDFA 3FVGA 3GBBA 1NL5A 4NTLA 2HFBA 1MXUA 1H3DA 3Q28A 2P0SA 4YKPA 4RPOA 1ZJLA 1B5IA 4O3AA 2YPNA 1Z7NE 4M4GA 1MH4A 3MVXA 2HCAA 2E0SA 4F1YA 1OVBA 4DZ1A 2DXYA 1DTZA 1QVSA 2XXWA 4FEBA 3KFMA 3O97A 1ZIUA 3UORA 4MBPA 3IB0A 4OTEA 3FJMA 1QUKA 3VE1B 5AA2A 2H99A 4GRKA 2HXWA 5I2NB 4R2FA 2RF1A 2F7AA 1VFDA 3Q26A 4YKKA 5EHSA 3PD8A 4ONYA 1DTGA 3K0VA 5DYHA 3MZ9A 4MLQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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