1LSTA

Three-dimensional structures of the periplasmic lysine-, arginine-, ornithine-binding protein with and without a ligand
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
238
structure length
238
Chain Sequence
ALPQTVRIGTDTTYAPFSSKDAKGEFIGFDIDLGNEMCKRMQVKCTWVASDFDALIPSLKAKKIDAIISSLSITDKRQQEIAFSDKLYAADSRLIAAKGSPIQPTLESLKGKHVGVLQGSTQEAYANDNWRTKGVDVVAYANQDLIYSDLTAGRLDAALQDEVAASEGFLKQPAGKEYAFAGPSVKDKKYFGDGTGVGLRKDDTELKAAFDKALTELRQDGTYDKMAKKYFDFNVYGD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Amino-acid binding protein
molecule keywords LYSINE, ARGININE, ORNITHINE-BINDING PROTEIN
publication title Three-dimensional structures of the periplasmic lysine/arginine/ornithine-binding protein with and without a ligand.
pubmed rcsb
source organism Salmonella typhimurium
total genus 83
structure length 238
sequence length 238
ec nomenclature
pdb deposition date 1993-02-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1lstA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1lstA02
4DDDA 3PGFA 3EN3A 4ELRA 3K0VA 4NEDA 1BP5A 1M5BA 3TELA 3C35A 3G3FA 4DXBA 2PX1A 4WEDA 1B0HA 4AB5A 4PFWA 5A5XB 2OZZA 3CG1A 1MS7A 4ZEBA 1PB9A 1Z7NE 1LCTA 1A55A 4Q8RA 5TPAB 2OK2A 4YB5A 4GIZA 3KOTA 4ZEKA 4RJZA 3K2DA 1J1NA 3MVYA 3CR9A 4KYDA 2RKMA 3K4UA 2ZNSA 4RK9A 1A54A 5L9MA 4LONB 2QJEA 2QS2A 3U72A 1JEUA 2H5YA 1XC1A 3MWBA 4AB6A 4QHQA 5B70A 1EU8A 3KSJA 1UIUA 2X26A 3RN8A 3K6VA 1PEBA 4OESA 3EHSA 5KZTA 3CRBA 3TYHA 4R6HA 1LFHA 1PBQA 2NXOA 3RUMA 4HW8A 3OENA 5DVJA 3SEXA 5ISUA 4R74A 4G68A 4GD5A 2GRVA 5B7DA 1JW5A 4QF9A 3FXQA 4ONYA 1FQDA 3G3HA 1P1UA 3K1PA 4JWYA 1ANFA 4FAJA 4Q5TA 4OWDA 4F3BA 1MDQA 2DOJA 1DSNA 4QFPA 4ZEFA 2UVHA 4OENA 3VVFA 3VLWA 5K2YA 3R6UA 5KCJA 3DELB 3E3KA 2F34A 1LLSA 3C32A 4KI0E 4I1DA 2Q2AA 2Y7KA 5EHSA 3M3FA 3S9MC 1PBPA 1LB8A 5AA2D 4I8CA 4MF3A 1B5HA 1OIBA 4LQ5A 1I6AA 2CMOA 1VFEA 4NWCA 1IXHA 2F6PA 5CMBA 1P1WA 2VD3A 4L17A 3EHTA 2QPQA 5I57A 4F31B 1PB7A 4DLDA 4GWOA 1MY0A 2R71A 3M3KA 3ZS6A 4C1UA 1FQEA 1JW4A 2REGA 3EQ1A 1HSLA 5AA4A 3OO8A 2DXYA 3R7XA 5I2NA 2AL4A 1JNFA 1ZLQA 4HTGA 4OFOA 1MG1A 2XD3A 3TODA 3Q28A 1LB9A 1SW5A 3DP4A 4DXCA 3ILUB 5FTIA 3L6HA 2Z23A 4M4GA 4ECFA 4ZECA 2XXVA 2A5TB 2ZYMA 1YAEA 1N0TA 5AE4A 3VV5A 1D9VA 2DQVA 2I0BA 3RTWB 1I69A 5CI5A 5BUUA 3KBRA 4IO7A 4O3AA 4BLAA 4OXVA 1P1QA 4M1VA 5H8SA 1FTKA 4XIGQ 3P7IA 1LAXA 1S50A 2W7YA 3RPWA 4MLQA 3TCGA 3KN8A 1MM6A 3OD7A 3LBSA 1P1OA 1Q35A 2OWSA 2V93A 1DOTA 1OLCA 4GL8A 4JB7A 1OVTA 1ZIUA 2HZKA 1LGBC 3Q27A 3FV1A 5L9SA 5CMMA 3JZJA 4JWOA 3DP8A 2Z8EA 4KHZE 4IGTA 3OXNA 3GZGA 1VFDA 3VE1B 4NF8A 4JWXA 3QIMA 4BDLA 3PD8A 1MPCA 2YJPA 2UXAA 3IB2A 3HHGA 1TWYA 2DE2A 1P99A 3KG2A 4OFLA 4DCXA 3A3CA 3MAMA 3Q29A 3T9XB 1PDAA 4MFIA 3LSFB 1UTBA 2F97A 3IJOB 1LAHE 3UORA 3OO9A 5EYFA 1MY4A 4H5FA 1D9YA 3SEUA 1AMFA 3C4MA 3FXUA 4G2ZA 3N6TA 2R6GE 1URGA 2Y7WA 3DP6A 4G8MA 4PQJA 3H3GA 3H6VA 1ATGA 5CBRA 3C31A 2GHAA 3U1OA 1OQHA 2HAUA 2VHAA 5DVFA 4K3FA 3H06B 3TMGA 4GF8A 2XXPA 3O6IA 1DTZA 1JETA 2VP1A 1B2HA 2PMSA 1IIWA 4ESXA 5ICQA 3OEKA 5DTBA 3WAEA 3K1NA 2E0SA 2XXYA 4FECA 3OELA 1S7YA 4P11A 1OQGA 4N07A 1BLFA 2GH9A 3IO6A 1H76A 3H4ZA 1N3XA 2FYIA 2PBWA 1MXYA 2B3FA 3TCFA 4C1TA 2RCBA 1SW4A 1EZ9A 3MUQA 1USYE 4NTLA 2Z8DA 3PV0E 4OQOA 2F5XA 2I6EA 1GV8A 5H8NA 3M3LA 2RINA 3H7MA 4G4PA 4YICA 3CSGA 1UIVA 3MZBA 4BDNA 1MXVA 4OHNA 3B6TA 2DP8A 3K6UA 5DEXA 3FGSA 4RPOA 3RY3A 4MH5A 2H25A 5AA2A 4LVQA 1BIYA 2OJTA 2M8CA 2R9JA 1TT1A 4F18A 3ZKLA 4U2RA 4NMYA 4TLMB 5K2XA 1VSOA 3I3VA 4DCYA 3IR1A 1LBBA 3OSRA 2UVJA 3OEMA 2LAOA 3PPPA 1ELJA 4ZEIA 1EH3A 3K02A 3PMWA 1D3KA 3LSLA 1USYH 2VGQA 2QS3A 1B5IA 4OMBA 1TXFA 1UTHB 3W9WA 2GFEA 5H8FA 1DPEA 4F29A 1POY1 1IXGA 5TP9A 1FQFA 4PE5B 2RC8A 5FTHA 1NH7A 5KDTA 1SD3A 4G68B 4KCDA 5DVIA 2D21A 5CMKA 4P0IA 3SETA 3S2VA 2XXTA 2O1LA 1ZKBA 1IXCA 3OO6A 3VLVA 4TOZA 3LR1A 1Y4TA 3BBRA 3B6WA 5AA1A 1O64A 1SYIA 1Y3QA 4OETA 3FVKA 3TPAA 1FQAA 3S9NC 5KCJB 1B4ZA 3QK6A 2ABHA 3TKDA 1XHYA 3BKIB 4LQ2A 1EZOA 1XS5A 4GQOA 4WKMA 4DXUA 4EQBA 1US5A 3MZ1A 3OMBA 5HM4B 3EHUA 2QMXA 1QKAA 4X9TA 2QMWA 3E13X 3E4RA 2H4IA 1D4NA 4XKQA 4X1BA 3PPRA 3PPQA 1A99A 4ZZAA 2DVCA 1AH5A 3UIFA 5I57B 3UK4A 3PUYE 5I59A 3D4CA 5H8HA 2I4CA 1SQYA 3KGCA 2QS4A 4KYSA 1N84A 3T9VA 3T66A 2I49A 1RYXA 5AA4B 3N5LA 1KWHA 2OCUA 4KYEA 1B40A 2VD2A 4H65A 5I2NB 3B6QA 3U94A 5IAIA 4F39A 5ICTA 2XHDA 1RKMA 4ND9A 1MY1A 4NF6A 4EF1A 4G68C 3T93B 4DE8A 3IOTA 4GFRA 4HCYA 2PVUA 5CRYA 2F35A 3CI8A 2I58A 4YKKA 4OVJA 4IO5A 1B3HA 3FVNA 2O7IA 3GLBA 2YPNA 3FZVA 3UP9A 3N26A 3SEVA 4H5GA 4R75A 3CVGA 3ILTB 3KN7A 4X1DA 5IKBA 1P1NA 4OEVA 4WEPA 2ZNTA 1B51A 1B7UA 2UYFA 1Y20A 1FTOA 2Q89A 4JXIA 4LUBA 2ONRA 1YTVA 3HV1A 4YMBA 3GBAA 1A8EA 4EXLA 2D5WA 2Q88A 3QSLA 5ITPA 1SW2A 4AQ4A 2RC9A 3I5OA 3TAJA 2D3IA 3FJMA 2DS9A 4KR5A 1M5EA 3GXAA 2OBGA 3FUZA 2O68A 2WKYA 4NF8B 2BJJX 2IEEA 4JSOA 3PUXE 1B3FA 4GL0A 2O84X 1JVXA 3KN3A 1UQWA 4H1XA 1B1XA 3MP6A 1B52A 5M2VA 5I58B 2I3VA 3AXFA 2Q2CA 1JW1A 3K01A 4MLVA 3G3IA 2HZLA 3IX1A 4FATA 1UTBB 3HSTA 4OTEA 4PFTA 4YKIA 4XXUA 2QL3A 4Q30B 3SEYA 3CG3A 5CMCA 3SEWA 5TU0A 1N76A 4FJPA 3V83A 1T0KA 3IL1B 3TTMA 4IY6A 4OERA 3ZSFA 3BFTA 4EQ7A 4EQ9A 2XX8A 4E0WA 3RT6B 3M8UA 2HAVA 3TFLA 1NFTA 3HHFA 2X7QA 1FTJA 3O66A 4ESWA 3MPKA 3KJ7A 1B9JA 3JYRA 1RYOA 4F1UA 4IO2A 4F3PA 3PU5A 4BDOA 2YLNA 3FATA 2B3BA 4F3SA 2O1MA 4I9DA 2H9BA 1B0LA 1M5CA 3RTFB 3IB0A 1Y3PA 4GRKA 4I62A 1PB8A 4RK2A 5I84A 1MPDA 3MW0A 1ZBMA 3T96B 3KEIA 1GR2A 4OFJA 4GVOA 5F7VA 3TQWA 2A5SA 3VLUA 2REJA 1QUJA 1MRPA 4UA8A 2XXWA 3LSWA 1NNKA 1JEVA 4FIMA 2ZYOA 3CIJA 1N7XA 4IB2A 3I6VA 4G77A 4H0WA 2DYXA 3T9HB 4XKNA 4O3CA 5H8NB 4FORA 1H43A 3IJXB 2PT1A 2QSXA 3S9EA 3TZAA 2V84A 2QS1A 1MY2A 4JDFA 2Z8FA 5JK4A 2O7UA 3QUFA 4NWDA 1QUIA 4NF4A 3FXRA 3SDFA 5DEXB 3N6UA 1L5TA 1MH3A 2DWAA 3K00A 3ONMA 1GVCA 1Y1MA 3W15C 1Y3NA 4BDQA 1URDA 2ALUA 2Q8JA 3TTRA 3KSXA 5AA2B 3KFMA 1OVBA 2F6GA 4N13A 1IITA 3TTNA 5JTYA 5J1DA 4H8JA 5HPQA 2ONSA 1B4HA 5FHNA 3PMXA 3FASA 2ZYKA 3MC2A 3FD3A 2NWJA 4RYAA 4ZE8A 5I2KA 1SDXA 1B58A 4GLIA 1YCJA 3FJGA 3Q26A 4WXJA 4YAHX 3RGYA 3GBBA 4IGRA 2V3TA 2Z22A 2Y7PA 3H6WA 1GGGA 4EDPA 4FEBA 4Z7EA 3FVGA 3O2AA 2XXUA 5TP9B 1IEJA 3IOVA 3R26A 2UVGA 4TQUQ 1OMPA 3U92A 5KDTB 2FA7A 3QAXA 3BFUA 1BTJA 3O97A 1N7WA 1HSEA 2UYEA 4KCCA 1MPBA 1MQHA 1B3EA 4GOTA 4QFOA 4RA1A 4LA9A 1QVSA 1B46A 3HCQA 4XTCQ 4RNSA 4KD5A 1QULA 1Y9UA 4POXA 1XVYA 2ONKE 4QSCA 2ZMBA 1B6HA 4DZ1A 4QSEA 1MM7A 1FQBA 5ITOA 4NE4A 4TLLB 3N94A 5I56A 2XXQA 3PUVE 3U8QA 3VXBA 2QRYA 2XXXA 3S4UA 3THIA 2DWHA 4HS7A 1MH4A 1FQCA 2RF1A 5H8QA 1B7ZA 3L6GA 1SBPA 2AIXA 1NKXA 1NNPA 4F1YA 1SVXB 3LUYA 1DMBA 4THIA 2F8DA 5I59B 5H8HB 3MP1A 3MZ9A 4YU0A 1B1HA 4QSDA 2XXHA 4BDMA 2XX9A 4R9FA 2F7CA 4RY1A 1O7TA 3TCHA 1O63A 4NF5A 1QJMA 4ZDMA 3K6XA 3QXMA 4ZE9A 2O69A 3PUWE 4G8HA 1JVYA 3FJ7A 1SI1A 3KOSA 4NF6B 4YZZA 3KZGA 4EUOA 5AA3A 1B3LA 1POTA 2DE4A 1ZTYA 2Y7IA 4QFLA 1NL5A 1LFGA 4KFQA 2V3QA 1UTHA 3E9XA 3PD9A 4YMAA 1MQIA 1GTKA 5FHMA 2DWJA 4R6YA 2E1SA 1VE4A 1YPNA 5BWJA 1LBCA 4EF2A 4QFNA 4JBZA 3VXCA 3O28A 4YKJA 3TTLA 3UA8A 5A5XA 4YKPA 1II5A 1H44A 3K1MA 1WVJA 3KJTA 4F3GA 5LOMA 4FE8A 5TPAA 1NH8A 1FW0A 1S9TA 3VFJA 3T22A 2OLBA 3QYTA 3A3UA 4KQPA 1LSTA 3T9UA 2PYYA 1MQGA 4IY5A 3MVZA 4G8NA 1DTGA 4MBPA 3LC8A 4H8IA 2V25A 3JV9A 2P1SA 1M5DA 3C36A 1EZPA 3IB1A 3UN6A 3RLFE 4R9GA 4R6KA 3DLNA 2Y7RA 2P2AA 1A7LA 1A40A 3RQTA 5HBCA 3ZKKA 3G7WA 4PFYA 3OSQA 4IO4A 3O6GA 1ZJLA 4U23A 3RNNA 2DE3A 4C0RA 3H6UA 4EXKA 1WDNA 2F78A 3K6WA 3D4GA 3TTKA 3UGWA 1FCKA 2KLFA 2Q9TA 3IO4A 1WODA 1QW0A 2ANJA 4U1OA 1IZ1A 1R1NA 1N3WA 2F36A 1US4A 5CBSA 1LFIA 4DIGA 5DYHA 3VDFA 1AIVA 3V8XB 1LCFA 4H6DA 4ZS9A 3IK6B 2I48A 1MXUA 2XD2A 4PP0A 2G29A 2CZLA 3CFZA 4U22A 3FVOA 1I6BA 3MPLA 3O9PA 1F9BA 4OEUA 3H03A 3G3KA 4U4XA 3QUJA 1OLAA 3MJNA 3MVXA 2UVIA 2ESNA 3PMVA 4BDRA 4F22A 3RT8A 4POWA 4U4SA 4LP2B 4IO6A 3OO7A 4RXLA 4ELOA 4R2FA 3SERA 3MVWA 4JSDA 3PPOA 2HEUA 1AOVA 1R9LA 3ECRA 2XXIA 3IORA 4GXAA 3A09A 2AL5A 2THIA 2X7PA 1N04A 1QUKA 3TEPA 4F19A 4Z0IA 4LATA 5L9OA 2O51A 4GXSB 2F7AA 5CM6A 1JQFA 3SKPA 2H99A 1ZU0A 2A5TA 4NF4B 1B32A 3OOAA 4LZ8A 3USDA 4YB7A 3HPIA 1LAGE 3HO7A 4H67A 1IQ7A 5L8DA 1A8FA 1CE2A 3C34A 3MQ9A 1Y4CA 4Q0CA 1NNFA 5I58A 2RC7A 4F2QA 1XT8A 1MY3A 2B65A 5JTYB 1VR5A 1MQDA 5EHMA 1LAFE 2VOZA 1SW1A 2AYSA 3HN0A 4O3BA 1B5JA 4P0GA 3IAZA 2I0CA 5I2KB 4ZEDA 3O29A 2Y84A 4F1VA 1Z7ME 2DXRA 4PFUA 4ELPA 3EF7A 4IO3A 3V89B 4LZ7A 3CFLA 1ZMGA 3CFXA 1Q1KA 1URSA 2XXRA 1I6QA 1MQJA 1CB6A 4QRZA 2OWTA 1M5FA 2P0SA 3FIRA 3PUZE 5F1QA 5JEIA 3C9HA 1TFAA 3G3GA 2NOOA 4PETA 1SYHA 1IXIA 1H45A 2F7BA 2I4BA 4ISUA 4XKRA 2O6AA 3VVEA 1XVXA 5DT6A 2GHBA 3IOWA 3MBPA 3TQLA 4ELQA 4N6PA 2RCAA 3SESA 3C33A 1SI0A 3EPEA 4FEDA 1NMUA 3VVDA 3TUSA 4LZ5A 3PPNA 4QFKA 1MXXA 1MXZA 1PC3A 4U21A 1H3DA 3ODBA 1FTMA 2XX7A 2HQ0A 2FNCA 3FV2A 4RPNA 4U1ZA 1NNTA 4R72A 4ZZEA 3H6TA 3U93A 1IUDA 5I56B 1MXWA 3IOUA 1AL3A 5CC2A 1QKBA 2HXWA 5H8FB 4OZ9A 5FHOA 1BKAA 1B05A 4KPTA 4OYVA 2G93A 4F2OA 2H98A 4XKPA 5ELVA 2I3WA 5H8QB 4HCWA 2HFBA 3F11A 4R73A 1FTLA 2NUVA 4YB6A 2NVUB 2ZNUA 1B7HA 3MP8A 3WAFA 3TDJA 1B3GA 4UACA 2DSFA 3B7DA 3S9LC 2V3UA 1TFDA 1MDP1 1HSJA 1XOCA 3CSBA 2DVZA 3Q25A 2ZXTA 1R6ZA 4NF5B 3W9VA 2DWIA 1DPPA 1R9QA 3G3JA 2PT2A 4X48A 2ZYNA 3O6HA 4E0XA 2IA4A 2HCAA 3V5AA 4R2BA 1Y1ZA 3LSXA 3DM0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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