1LSTA

Three-dimensional structures of the periplasmic lysine-, arginine-, ornithine-binding protein with and without a ligand
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
238
structure length
238
Chain Sequence
ALPQTVRIGTDTTYAPFSSKDAKGEFIGFDIDLGNEMCKRMQVKCTWVASDFDALIPSLKAKKIDAIISSLSITDKRQQEIAFSDKLYAADSRLIAAKGSPIQPTLESLKGKHVGVLQGSTQEAYANDNWRTKGVDVVAYANQDLIYSDLTAGRLDAALQDEVAASEGFLKQPAGKEYAFAGPSVKDKKYFGDGTGVGLRKDDTELKAAFDKALTELRQDGTYDKMAKKYFDFNVYGD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Amino-acid binding protein
source organism Salmonella typhimurium
publication title Three-dimensional structures of the periplasmic lysine/arginine/ornithine-binding protein with and without a ligand.
pubmed rcsb
molecule keywords LYSINE, ARGININE, ORNITHINE-BINDING PROTEIN
total genus 83
structure length 238
sequence length 238
ec nomenclature
pdb deposition date 1993-02-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1lstA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1lstA02
4RPOA 1JW1A 5J1DA 5CI5A 2Q88A 1A99A 1QUIA 2Z8DA 4GL8A 3OO9A 1FTMA 3H4ZA 1QKAA 1AH5A 4GF8A 4RYAA 3K1NA 2QRYA 3TTKA 4F29A 2YJPA 4ZDMA 1F9BA 4KPTA 1A7LA 3DLNA 1VFEA 3MZBA 2GHBA 2PT2A 1I6AA 4N6PA 4F3GA 1LFGA 4HCWA 1IZ1A 4R74A 4OHNA 1USYE 1JVXA 2V3UA 3RT8A 4C0RA 4JSDA 2I3WA 4X1BA 4QFLA 1B7ZA 2O84X 1S50A 3MZ9A 4ZECA 5DEXA 1DPEA 3HSTA 4OFJA 2D5WA 3MJNA 2HXWA 3O97A 1B3GA 2DWJA 1AMFA 1IUDA 3EN3A 4OEUA 1FW0A 1GGGA 3G3HA 3ODBA 1ZTYA 3T22A 3CG3A 4XKRA 3HV1A 2DE2A 2DE3A 3KBRA 5DVIA 1FQAA 3I6VA 3WAFA 3M3LA 3BFTA 5I2KB 1HSLA 3PUVE 2I48A 1XC1A 3FVGA 1R9QA 1O7TA 3V83A 1NNFA 5L8DA 3TMGA 1MQDA 1M5DA 4WKMA 5L9MA 4F1VA 3K01A 3FJMA 3KJ7A 4RPNA 4KQPA 1B40A 3CVGA 5I57B 2HZKA 3G7WA 3RNNA 3K6UA 1P1QA 4F1YA 2QPQA 4X48A 1LB8A 4KI0E 3MP6A 1HSJA 1B3LA 4WEDA 4LP2B 3UP9A 4MFIA 3LUYA 5CRYA 3H7MA 5CMCA 5ICTA 2H9BA 4YU0A 3GLBA 1ZIUA 5BWJA 5DT6A 3QSLA 2P2AA 2ZYOA 1R1NA 4OTEA 3C32A 2G93A 3IOWA 2HFBA 3S9NC 4JSOA 3HHGA 4JWXA 3LSWA 4EF1A 2O7UA 3UK4A 4G8NA 2RC9A 1SW2A 1DSNA 2QMXA 3TAJA 5CBSA 1N04A 3Q25A 1LBBA 3SETA 2Q8JA 5BUUA 2REJA 4RA1A 4NTLA 3UIFA 4FE8A 3W9WA 3O6GA 4G68B 2OJTA 1SYHA 2KLFA 4FORA 1NMUA 1LLSA 5I57A 4DZ1A 4NEDA 5A5XA 3DP8A 3U94A 2NWJA 3RUMA 4YB6A 1FCKA 1P1OA 3T9VA 3FXRA 1B3FA 5AE4A 1IEJA 4H6DA 5DYHA 4R6KA 1NNTA 3V5AA 3CR9A 2CMOA 3FV2A 3IK6B 3GZGA 1MXWA 3LSFB 2W7YA 1SDXA 4GFRA 1MH4A 2UVJA 3V89B 2Z8EA 1A8EA 1UTHA 4YKPA 5AA2B 4BDOA 3FGSA 4NE4A 3PPQA 2XD3A 4O3CA 3R26A 3A3UA 1YAEA 1IITA 1LAXA 1URSA 2F8DA 4KD5A 3GXAA 3B6QA 5AA3A 3SKPA 1B32A 2UYFA 4PETA 3A3CA 2XX9A 2F5XA 4HW8A 4AB5A 4IY6A 3H6WA 4PFYA 4H5FA 4EF2A 1SI1A 2Q2AA 4YICA 5AA1A 2AL5A 3FV1A 3C4MA 4H65A 5K2YA 4ZEBA 2XXTA 1B4HA 1FQBA 4EQBA 4G77A 3EHUA 1BTJA 2RF1A 4GRKA 3QIMA 2OK2A 1SVXB 3IR1A 1VE4A 1SBPA 4DDDA 3FXQA 4G8HA 1FTJA 3VXBA 3FIRA 2IA4A 3FATA 4F3BA 3G3KA 1IQ7A 1QJMA 2ZYMA 4F19A 2F7BA 4PE5B 4BDNA 2DS9A 1WODA 4F2QA 5KDTB 4F22A 1GR2A 4FJPA 2HAVA 4YB7A 4JWOA 1LSTA 1LCTA 4ND9A 4LQ2A 3VV5A 2XXWA 2I49A 5ITPA 5ITOA 3TODA 1IXIA 3ZSFA 4Q30B 1CB6A 1EZOA 3IB2A 1MRPA 1ZBMA 1UIVA 2GH9A 3VVFA 1J1NA 2DQVA 4NWDA 3O2AA 4ELPA 4JWYA 1OVBA 4YMBA 3SDFA 4H1XA 4PFTA 1PB9A 1D4NA 5FHNA 3N94A 5KCJB 2GHAA 2ZNTA 1LAGE 1SI0A 4POWA 1M5EA 2NVUB 2BJJX 1FTLA 4GXSB 1B9JA 4XIGQ 3IAZA 4IGTA 4LONB 3U1OA 3EHTA 1UTBA 1SD3A 2R9JA 3D4CA 1M5CA 5L9SA 1A8FA 1B0HA 4TLLB 2V84A 5KDTA 1B0LA 1DTGA 3LC8A 3R6UA 2YPNA 3EF7A 4GVOA 3ZKKA 5H8HA 1WVJA 4RY1A 3QUJA 4YZZA 2PBWA 3KZGA 3JZJA 4QSDA 1JVYA 4F31B 3T9UA 2HQ0A 3H6VA 1Y1ZA 1IXCA 2ONRA 3B6WA 1JW4A 1YTVA 2H99A 3H6TA 4O3AA 5HBCA 2ONKE 2RC7A 4R9GA 4H5GA 4LVQA 1FQEA 3QYTA 1B3HA 3CG1A 4MBPA 1ATGA 2Y7KA 5CMBA 3QUFA 3TPAA 3KN7A 4X1DA 3MVZA 2QSXA 5DEXB 3MWBA 5I2NA 4LZ5A 3FZVA 3O28A 2O1LA 2XXHA 4G68C 1HSEA 3PUXE 1CE2A 1BKAA 3W9VA 4NF8A 2ONSA 3KJTA 3IO4A 4RNSA 1VR5A 1MQJA 4O3BA 3UGWA 2ZXTA 4OZ9A 2DP8A 2I0BA 3IJXB 2DVCA 1MXUA 1N84A 3DELB 4NWCA 3ILTB 1N7XA 4YKIA 4QFNA 1Y3PA 4FECA 4HTGA 2XXXA 2I3VA 3C33A 4ZEIA 4GD5A 2F97A 2Y7IA 3KEIA 2A5SA 5HM4B 4XKPA 1PC3A 3CSGA 2OZZA 2UVHA 3I5OA 4RK9A 4DIGA 2FA7A 3TTNA 3KFMA 3OEMA 4IO5A 3IORA 4R2BA 4LQ5A 5I59A 3PPNA 1MG1A 2HEUA 3RLFE 3K1PA 3C9HA 4R75A 3RGYA 1MDQA 2Q89A 4P0GA 3OSRA 1QKBA 1LAFE 3MW0A 1LFIA 1A54A 4MF3A 3HO7A 5I58A 1M5BA 1O64A 3PD9A 4MH5A 2QMWA 1LAHE 4GLIA 4OFLA 2F6GA 4ZZAA 4ECFA 5I56A 3PMVA 1TFDA 1I6BA 3EQ1A 1P1UA 1B5JA 2F34A 2HZLA 4MLQA 1H44A 1TT1A 5M2VA 4EXKA 2FYIA 3VVDA 4AQ4A 1UIUA 1XOCA 1OQGA 2Z8FA 2PT1A 1MM7A 3RQTA 3C35A 2UVGA 4I8CA 1URGA 5A5XB 3Q29A 4F18A 2I58A 4F1UA 3MC2A 3PUZE 2V93A 1Z7ME 4OFOA 4R6HA 4EQ9A 2VHAA 2QS1A 2X26A 1MY4A 2XXVA 4MLVA 1H3DA 4U1ZA 3Q26A 4XTCQ 1JQFA 1VSOA 4PQJA 3UA8A 3QXMA 2RCBA 3K6XA 1ZU0A 4IGRA 3HPIA 4DXCA 2RKMA 3TEPA 1EZPA 4M1VA 3KSXA 4KYSA 3OSQA 1LCFA 4YKKA 4F3SA 2R71A 3PMWA 2XXQA 1PEBA 1EZ9A 1UTHB 1PDAA 3VFJA 1R6ZA 3MAMA 3ILUB 4BDLA 2Y7WA 4F39A 4F3PA 3TQWA 1GTKA 3SERA 2OBGA 2Q9TA 3KOSA 3OXNA 3RY3A 1ZJLA 3O66A 2ZNSA 1LGBC 5IAIA 1Y9UA 4M4GA 2CZLA 2RCAA 3P7IA 4I1DA 1RYOA 2LAOA 1LB9A 3OMBA 2XXYA 1Y3NA 4DCXA 2QL3A 4YB5A 1MS7A 3FVKA 1MXZA 1N3XA 4FEDA 2F35A 1MXXA 3MPLA 4KYDA 1QUKA 4U4XA 5CC2A 2O68A 2H25A 2E0SA 3ZS6A 2Y84A 1US5A 3PMXA 4QSEA 3BFUA 1PBQA 3TUSA 3MVYA 3SEVA 1QVSA 3ONMA 4NF6A 1WDNA 2O6AA 3MBPA 4OEVA 4XKQA 4DXUA 3LR1A 3K4UA 3MQ9A 3VLUA 1N76A 3PV0E 4JXIA 3USDA 2XX8A 1FQCA 5F1QA 3OO6A 3IOTA 4GL0A 3IO6A 4ZZEA 5DVJA 3HHFA 1O63A 2Y7RA 2OWSA 2YLNA 2UYEA 2F7CA 3CSBA 4ZE9A 3LSLA 1S9TA 4TLMB 1NFTA 4KYEA 4IO2A 4DCYA 1DMBA 2QS2A 1AL3A 1MY2A 3FVNA 2IEEA 1QUJA 3CRBA 5B7DA 3Q27A 2DYXA 4R73A 1KWHA 1EU8A 3G3GA 1UTBB 3IJOB 4LZ8A 5H8NA 1NL5A 4TQUQ 1UQWA 3V8XB 3PD8A 1A55A 5DTBA 3SEWA 1DPPA 5H8HB 4IO6A 5IKBA 2VOZA 4H8JA 3C34A 3DP6A 4HCYA 5F7VA 4PFUA 4ZS9A 4H0WA 4Z0IA 3TDJA 1Y4TA 4ZEFA 3VXCA 3JYRA 3I3VA 3H03A 3SEXA 4R6YA 3GBBA 4QHQA 1B7HA 1OMPA 2AL4A 1SW1A 4C1TA 1B1XA 4P11A 3TYHA 4PP0A 3U72A 1ZLQA 2XX7A 1B1HA 3S9EA 1B2HA 1POY1 1M5FA 3K6VA 3UN6A 5H8SA 4FEBA 3F11A 5CBRA 4WEPA 3TQLA 2DWAA 2V3TA 2H98A 4OXVA 4GOTA 5I2NB 4P0IA 4POXA 2NUVA 4DLDA 4HS7A 3MVWA 2E1SA 4BDRA 1JNFA 3RTFB 3UORA 1IIWA 5AA2D 3O6HA 4NF8B 1N3WA 5H8FB 4YMAA 3E13X 3MP1A 2XXIA 1RYXA 4KFQA 5H8QA 2I0CA 5KZTA 1NNKA 3CIJA 1YCJA 3IX1A 3S2VA 3WAEA 2VGQA 3BBRA 3T9XB 5FHMA 2I4CA 4L17A 4N13A 4U2RA 3S9MC 2QS4A 1MPDA 5JTYB 4DE8A 1Y1MA 5FTHA 3PUYE 4R72A 3THIA 4LUBA 1JW5A 3K0VA 3CI8A 1YPNA 5TPAB 2UVIA 1TXFA 4Q8RA 4U1OA 2P0SA 2ZYKA 3FASA 5I59B 2O51A 2PX1A 1DOTA 1LBCA 1B46A 3S4UA 5ISUA 5H8FA 1MDP1 2AYSA 3VE1B 5I58B 3A09A 3U92A 2Q2CA 3K2DA 4Z7EA 3N26A 3KGCA 4EDPA 1TWYA 5I56B 3HCQA 1QULA 1XVYA 1OLCA 2PMSA 1MH3A 4U4SA 1POTA 3SESA 1B51A 2Z22A 2UXAA 5AA4A 1L5TA 1P1NA 3IB0A 5JTYA 4X9TA 5FHOA 4Q0CA 1RKMA 1USYH 3O9PA 2GRVA 2XD2A 3MUQA 4JBZA 1AOVA 4FATA 3K1MA 3RPWA 5TPAA 3QK6A 4TOZA 4QFOA 1D9YA 2B65A 4OYVA 3OENA 2I6EA 2G29A 2VD2A 1B6HA 4FIMA 3N6TA 3TCFA 5HPQA 4EXLA 2DXYA 1B4ZA 4Q5TA 4YAHX 3T66A 3RTWB 1R9LA 4N07A 1I69A 2REGA 1FTKA 4OVJA 4RK2A 1BIYA 2DE4A 1AIVA 4THIA 2XXPA 4JB7A 5K2XA 1MXVA 1H76A 2B3FA 5TP9B 1JEVA 3VLWA 2Z23A 3MZ1A 3ECRA 1VFDA 1MXYA 2DWHA 1MQHA 2RINA 2OLBA 4EQ7A 2M8CA 3CFZA 4ISUA 2O69A 1Y20A 1EH3A 3MP8A 3VLVA 1II5A 2ALUA 1B5HA 2ANJA 3LBSA 4G4PA 4OERA 5EHSA 4ELOA 3L6GA 4RJZA 3TKDA 4QFPA 3RT6B 3MVXA 1SW5A 3OD7A 4BLAA 1MM6A 2ZNUA 3H06B 2V25A 4IO3A 3PGFA 1B58A 1B7UA 2X7PA 1OLAA 1FQDA 3Q28A 5CM6A 4KCCA 4IY5A 2THIA 2DVZA 5TP9A 2VP1A 4UACA 1B3EA 1IXHA 4NF6B 5JEIA 4R9FA 4GXAA 1PB8A 4NF4B 4E0WA 3E4RA 1Y3QA 1PBPA 4I9DA 1Z7NE 1D9VA 3PUWE 4U21A 3OEKA 5I2KA 3FUZA 1OQHA 3MPKA 2HCAA 4G2ZA 2ESNA 4R2FA 4WXJA 1GVCA 3TZAA 1NH8A 3VVEA 4XXUA 1MPBA 4ELRA 1GV8A 3K6WA 1MPCA 5JK4A 5EHMA 1ZMGA 2ABHA 4PFWA 2DSFA 4G8MA 3R7XA 3TTMA 4I62A 3FJ7A 3RN8A 3H3GA 3OO7A 4RXLA 3DP4A 4F2OA 3SEUA 4ZEDA 2A5TB 3FVOA 2D21A 3C31A 1ANFA 4JDFA 4IB2A 5H8NB 4KR5A 1OVTA 2D3IA 3L6HA 3S9LC 3VDFA 2DOJA 4NF4A 3LSXA 3TCHA 3TTRA 3DM0A 1QW0A 1D3KA 2P1SA 2H4IA 4AB6A 4KHZE 1FQFA 4EUOA 2AIXA 1URDA 1N0TA 4ESXA 2O1MA 3ZKLA 1T0KA 1NH7A 3QAXA 3M3KA 3FXUA 3IOUA 3KN8A 1XT8A 2RC8A 1XHYA 2V3QA 4U22A 4G68A 3G3FA 3SEYA 4GQOA 3E9XA 4LZ7A 2QS3A 2F7AA 4NF5B 4GWOA 1I6QA 4UA8A 5CMKA 4QSCA 3TCGA 3OO8A 4ZE8A 1MQIA 2A5TA 1BP5A 3HN0A 1XVXA 4U23A 5ELVA 1MY1A 1NKXA 3IB1A 3B7DA 3TFLA 3EPEA 1B52A 5H8QB 2VD3A 3T96B 2X7QA 4H67A 1SQYA 5TU0A 3KN3A 2Y7PA 5AA2A 4BDMA 2WKYA 2R6GE 3N5LA 4OMBA 3W15C 2B3BA 4ESWA 3KSJA 2H5YA 1LFHA 1US4A 3M8UA 2F78A 3AXFA 2DWIA 5I84A 3N6UA 1MQGA 1N7WA 1Q1KA 3K00A 2I4BA 4OENA 2NXOA 4NF5A 4IO7A 4H8IA 1JETA 3CFXA 3B6TA 4GIZA 3PPPA 4K3FA 1S7YA 4OQOA 1P1WA 4OWDA 2FNCA 1ELJA 2HAUA 3G3JA 4LA9A 3U8QA 1NNPA 1MY3A 4OETA 1JEUA 1TFAA 5EYFA 3FJGA 3K02A 2GFEA 1A40A 1MY0A 4YKJA 2F6PA 3OOAA 3T9HB 2OWTA 1DTZA 2PVUA 3CFLA 1OIBA 4BDQA 4XKNA 1IXGA 3IOVA 3JV9A 1H45A 2O7IA 1BLFA 2XXRA 3H6UA 5L9OA 4IO4A 3E3KA 3D4GA 5AA4B 3KOTA 4ELQA 5B70A 1Q35A 2F36A 1P99A 2DXRA 4LATA 1SW4A 3O29A 4OESA 2OCUA 3PU5A 3OELA 5CMMA 3PPOA 2ZMBA 4ZEKA 2NOOA 3BKIB 3TTLA 3IL1B 3PPRA 1B05A 4C1UA 3GBAA 4FAJA 1ZKBA 4KCDA 1H43A 1SYIA 5KCJA 4NMYA 3T93B 2QJEA 1XS5A 4QRZA 3M3FA 1FTOA 1Y4CA 2XXUA 1B5IA 3C36A 2PYYA 4E0XA 5FTIA 1PB7A 2XHDA 5LOMA 4QF9A 4DXBA 3KG2A 3FD3A 3EHSA 4ONYA 5DVFA 5ICQA 3TELA 3U93A 2ZYNA 3G3IA 3O6IA 4QFKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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