1LSTA

Three-dimensional structures of the periplasmic lysine-, arginine-, ornithine-binding protein with and without a ligand
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
238
structure length
238
Chain Sequence
ALPQTVRIGTDTTYAPFSSKDAKGEFIGFDIDLGNEMCKRMQVKCTWVASDFDALIPSLKAKKIDAIISSLSITDKRQQEIAFSDKLYAADSRLIAAKGSPIQPTLESLKGKHVGVLQGSTQEAYANDNWRTKGVDVVAYANQDLIYSDLTAGRLDAALQDEVAASEGFLKQPAGKEYAFAGPSVKDKKYFGDGTGVGLRKDDTELKAAFDKALTELRQDGTYDKMAKKYFDFNVYGD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords LYSINE, ARGININE, ORNITHINE-BINDING PROTEIN
publication title Three-dimensional structures of the periplasmic lysine/arginine/ornithine-binding protein with and without a ligand.
pubmed rcsb
source organism Salmonella typhimurium
molecule tags Amino-acid binding protein
total genus 83
structure length 238
sequence length 238
ec nomenclature
pdb deposition date 1993-02-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1lstA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1lstA02
1TFDA 5KCJB 2XXTA 1Y4TA 2R9JA 1Y1MA 2Q2CA 4ZZEA 2QMWA 2RKMA 4N6PA 3N6UA 1J1NA 3QUFA 3PPNA 2R6GE 2Y84A 2Z8DA 3I3VA 3O6IA 4EDPA 1Y20A 3FATA 3B6WA 3MVWA 3KOTA 4LZ5A 1P1OA 3IB1A 2ZXTA 4G4PA 1DSNA 1N04A 2V25A 1EU8A 3B6QA 1B5JA 2I49A 3TTRA 1EZOA 3TTNA 3FD3A 2H9BA 4H0WA 2CMOA 3VE1B 3TEPA 4ONYA 4X1BA 2DE2A 1AMFA 5CMCA 3V89B 2Z23A 1ZIUA 5DVFA 1USYH 1ANFA 4DXUA 4R73A 3TFLA 3UN6A 1SW1A 4E0WA 1OVTA 2B3FA 5EHSA 3HO7A 1SI0A 1Y1ZA 2Y7PA 4IO4A 1TWYA 4ZE9A 2HXWA 3KZGA 3CFXA 4ISUA 4HCYA 2O69A 1Y3NA 4XKQA 5I2NB 2ESNA 1POY1 1B3LA 4AB5A 4QFOA 2ZYMA 1MY0A 4FORA 3O6HA 3RY3A 3EHTA 3VVDA 2D3IA 1MY3A 1MXVA 3TODA 1WVJA 2F8DA 4FJPA 5DVIA 3Q26A 3K00A 2O1LA 3IO4A 3QK6A 2AYSA 1I6QA 1USYE 4OVJA 3KJTA 3K6VA 4LZ8A 4QSCA 3PV0E 4DLDA 3V83A 1OIBA 1S9TA 4KFQA 1IZ1A 1RYXA 1NMUA 2QS2A 3DP8A 3D4CA 1XHYA 1LFGA 4GD5A 1FTOA 1VE4A 2E1SA 4MF3A 4RK2A 4NWDA 2RC9A 4R6YA 1POTA 3TTMA 2F35A 5ISUA 4YMBA 1P1QA 4GL8A 3PUZE 3W9WA 1DPEA 3RTWB 3VVEA 3SERA 4RK9A 3OXNA 1MQDA 2DWIA 3LSXA 4OEUA 4Q0CA 2PYYA 4N07A 1B5HA 3W9VA 4H8IA 3RT8A 3KN3A 3IOWA 3R6UA 2IEEA 1LFHA 4YKKA 1B9JA 3IB2A 4HS7A 4NEDA 3S9MC 1CE2A 1FQCA 4I8CA 1KWHA 1MRPA 1PEBA 3O97A 3V5AA 5A5XA 3Q27A 3L6GA 1M5DA 4F31B 5L9OA 1H44A 2A5TA 1FQEA 2DWJA 5FHOA 3HSTA 5I2KB 1P1WA 1B4ZA 5H8FA 1OLCA 2Z8EA 3OSQA 4JSDA 4RNSA 4KYSA 1URSA 1MXXA 2I0CA 3T22A 1T0KA 3FZVA 4BDOA 3GZGA 5BUUA 3C36A 4ND9A 4IO5A 4OENA 3OSRA 1QUIA 5CMKA 4ZECA 1XVYA 2UVJA 3TTLA 4QHQA 4G8MA 5CM6A 4F2OA 2XD3A 1UIVA 3MP6A 3C31A 5TP9A 3I6VA 4F22A 3HN0A 3C33A 1IXCA 4FIMA 1Z7NE 3TMGA 1SW2A 4RXLA 4U1OA 5M2VA 3PU5A 1ZBMA 1ATGA 3MZ9A 3T9VA 4X48A 1BLFA 1XC1A 3EPEA 4RYAA 1A55A 4EQ9A 2PT1A 1B51A 4QF9A 4H65A 3BKIB 4POWA 4F3BA 5A5XB 3SEWA 3KOSA 4BDLA 2ALUA 2OK2A 2UVIA 2DQVA 5F1QA 2XXPA 2A5TB 1B7HA 4IY5A 3PD9A 4R74A 3C4MA 3TAJA 2I0BA 1D4NA 4YZZA 1NL5A 3RNNA 3HHGA 2F78A 1I69A 1MXYA 2XX7A 3OO9A 1DTZA 3ZKLA 2X7QA 5H8FB 3SETA 1SDXA 4DCYA 2QL3A 4LP2B 1PB9A 4KQPA 3CFZA 4F18A 4RPNA 5B70A 1SD3A 3SKPA 1HSLA 4YB6A 4DIGA 2V93A 1IEJA 3CG1A 2XXUA 1PBPA 1GGGA 3K6WA 4THIA 4BDQA 4F3SA 4DXBA 2REGA 1NNPA 3MZ1A 1ELJA 4U21A 5I57A 4LUBA 4QFLA 3GXAA 3N94A 1B32A 1AOVA 1GR2A 3OO7A 4BDNA 1LLSA 2UYEA 5AA4A 2X7PA 4ZS9A 4ESWA 3OO6A 4JSOA 2DWHA 3T9HB 4YKJA 4ZE8A 4F1YA 4U4XA 3H03A 3S9EA 3V8XB 4U4SA 5I59A 2O7IA 2XXHA 5H8NA 4NWCA 3KSJA 3CVGA 2HAUA 4AB6A 3TELA 4KCDA 1N3WA 3O28A 3LSLA 2DXYA 1P99A 4XIGQ 2V3QA 1M5BA 5CMMA 3FXUA 3K02A 3MVXA 1JNFA 1S50A 3FJMA 4JWXA 1S7YA 4YKIA 3K01A 2PT2A 3BFTA 3FVOA 4ZEIA 2QPQA 2XHDA 4R6HA 3KGCA 3ONMA 1F9BA 2V84A 2VOZA 5AE4A 3BBRA 3G3HA 4FEBA 3UA8A 1IUDA 1FQFA 2OWTA 4QFPA 4DZ1A 4H6DA 1JW4A 2F34A 5CMBA 1JEVA 5IKBA 1WDNA 4G68B 5DTBA 3MAMA 2DE3A 3VXBA 4G2ZA 4YB7A 1SI1A 3JZJA 1GV8A 3SEXA 1LGBC 4DE8A 5BWJA 3K1PA 1PDAA 3OENA 5AA4B 3DELB 2F7AA 3B7DA 3H6VA 4OEVA 5CBSA 1B40A 4EF2A 1MY1A 3WAFA 4LQ5A 2AL4A 5I59B 3K1MA 3PMXA 4R9FA 4M1VA 5KZTA 1SQYA 5H8NB 3RUMA 4PE5B 4LVQA 4G8NA 4IGTA 1XVXA 4WEDA 3C35A 3KSXA 1NNFA 3TPAA 4N13A 3PUWE 4FEDA 3E4RA 2F97A 1NFTA 4TLMB 3KN7A 1WODA 4HTGA 3OD7A 4FAJA 2DP8A 2O6AA 1YPNA 2UVGA 1EH3A 1VFDA 5TU0A 3ECRA 2OLBA 1BIYA 2O1MA 3PUVE 4JXIA 3I5OA 4F19A 1LAFE 1N3XA 3TCHA 2UVHA 1URGA 1A99A 3T93B 1LAXA 4KI0E 3E13X 2I4BA 3P7IA 4KR5A 2OJTA 2DVCA 1BP5A 1OVBA 2UXAA 2ZYKA 1LAHE 2IA4A 2VP1A 3QYTA 3RQTA 4OXVA 3FXRA 4IGRA 2G29A 2ZNUA 1Q1KA 2QSXA 4YICA 4P11A 1NH7A 1JEUA 4XTCQ 2O84X 2DE4A 1B1HA 1IXIA 4U23A 1IXGA 5I2KA 4EXLA 1MDP1 3HHFA 3THIA 1ZJLA 2KLFA 4ELRA 2VGQA 3TYHA 3G3JA 3PD8A 3H7MA 1SYIA 3MP8A 4FATA 2H25A 2F6GA 3N26A 3SEYA 1IITA 2ZNTA 3MPKA 3H6WA 1B46A 2O7UA 3K4UA 3KJ7A 1MPCA 4TQUQ 4H5GA 3LSFB 4LZ7A 2RC7A 4WXJA 4X9TA 3U1OA 4NF5A 3LR1A 3FVKA 4OETA 2GRVA 3FUZA 3Q25A 3LBSA 1A40A 2Y7IA 3C32A 4EQ7A 3M8UA 2B65A 4K3FA 5EYFA 3RPWA 1FTMA 1MPBA 1B0LA 2RCBA 3LUYA 3OEKA 4OFOA 3QSLA 2YPNA 4R75A 1TXFA 4P0IA 4OHNA 4BDRA 1SW4A 4ZDMA 4P0GA 3AXFA 2XX8A 2ZYNA 3FJ7A 4BLAA 1YCJA 2DVZA 3IOVA 1MY4A 3R7XA 3D4GA 3M3KA 4IB2A 1PBQA 4DCXA 3CRBA 3IR1A 5ICTA 4XKPA 4PFWA 3EQ1A 4IO7A 2P1SA 4GWOA 4OQOA 1R6ZA 4LONB 2GFEA 3S2VA 5DEXA 3KBRA 3KFMA 3A3CA 1B5IA 3RTFB 1B2HA 3T66A 1EZ9A 2NVUB 4R2FA 2I4CA 3VXCA 2XX9A 5H8HA 4YKPA 4O3AA 4KD5A 4FE8A 3UK4A 4OZ9A 4Q5TA 3SEUA 2W7YA 4NF5B 3O9PA 2YLNA 4IO2A 5L8DA 4KYDA 1P1NA 1XS5A 3H6UA 3K6XA 3ZKKA 2AIXA 4EQBA 4R72A 1D9VA 4LA9A 2OBGA 4QFNA 3K2DA 4Z0IA 2D5WA 4E0XA 4GOTA 4ELPA 5JK4A 4GLIA 1VFEA 4OERA 4F1UA 4QFKA 2ANJA 1H76A 2A5SA 2GHAA 5I58A 4NF6A 3DP6A 3EN3A 3MVYA 4C1UA 3OO8A 3IOUA 3U92A 2P0SA 2DYXA 4OWDA 3PMVA 1MDQA 2DXRA 2XXIA 4PP0A 3FGSA 1H3DA 2HFBA 3PPQA 1A54A 2PX1A 3OOAA 1NNTA 4GQOA 3DP4A 4U2RA 2O68A 1NKXA 2XXXA 4OESA 5DEXB 1YAEA 4GFRA 1M5EA 3KG2A 4BDMA 2V3TA 3TKDA 1B3EA 3CSGA 3MW0A 2PVUA 1MQGA 1QKAA 1B52A 5H8HB 1I6BA 3ODBA 1R9QA 3JV9A 4G68A 2RINA 3LC8A 2M8CA 1TFAA 1AH5A 1MH3A 4PETA 2QS1A 2ZMBA 3S9LC 5IAIA 5K2YA 4LQ2A 2ZNSA 1FTJA 5H8QA 3N5LA 1B7ZA 2REJA 1SW5A 2H5YA 2Z8FA 2HCAA 2GH9A 1MXWA 1O64A 4I1DA 2G93A 4MFIA 1Y3PA 1LBBA 2Z22A 2THIA 5I84A 5CBRA 2H98A 4JB7A 3PUYE 3K6UA 1Y4CA 5I58B 4NF6B 3O2AA 5TPAA 4EF1A 3IO6A 3OMBA 4IY6A 4JWYA 3TQWA 3QXMA 1YTVA 3HPIA 1A8EA 2GHBA 4WEPA 1ZLQA 5HBCA 1MXZA 3G3FA 3FASA 4U22A 4ZEKA 1FW0A 4F29A 3CIJA 3MVZA 3MUQA 4ECFA 2R71A 2HAVA 1QW0A 3UP9A 2V3UA 2CZLA 5ELVA 3ZSFA 3LSWA 1PC3A 2ZYOA 3FIRA 3SEVA 5AA2B 1N7XA 3MP1A 5F7VA 2NUVA 5CRYA 2ONRA 4ZEDA 1MH4A 2I3WA 3EF7A 4H67A 1B0HA 1MY2A 1B7UA 1AL3A 4GVOA 3U8QA 4UACA 1LBCA 1XOCA 4ZEBA 4F2QA 3O6GA 4GIZA 3Q28A 2Y7WA 2I58A 4F3PA 4H1XA 5H8QB 2XXVA 1IQ7A 4L17A 1A8FA 2F7CA 3MQ9A 3IX1A 4OYVA 2X26A 3RN8A 1TT1A 3RLFE 1N7WA 3VFJA 3T96B 1US4A 1B1XA 1CB6A 3MJNA 1M5FA 1BKAA 3O66A 3H4ZA 5ITPA 3CFLA 5TPAB 1N76A 3EHSA 1QVSA 2ABHA 2F6PA 4JWOA 1I6AA 3TUSA 1ZTYA 4RPOA 1L5TA 4C0RA 3KN8A 1N84A 3H6TA 4NE4A 2FA7A 4I62A 2QRYA 4F3GA 4Z7EA 2DS9A 1B3HA 1AIVA 2LAOA 3MC2A 3A3UA 3FVNA 2RF1A 3W15C 2NOOA 1H43A 4F39A 4MH5A 3FXQA 3TZAA 4Q30B 2OZZA 2BJJX 4R6KA 4HW8A 5AA3A 4OFJA 2H4IA 4DXCA 2Y7RA 2ONKE 4UA8A 1R9LA 3C34A 4KPTA 3CI8A 2PMSA 1JQFA 3UORA 1HSJA 3IJXB 1RKMA 1FTKA 2F7BA 2UYFA 3HCQA 1R1NA 4EUOA 1MS7A 2VHAA 3OELA 2NXOA 3EHUA 3IB0A 3VLVA 5FHMA 1QUJA 5HPQA 2O51A 3FVGA 3H06B 1B6HA 2B3BA 4R2BA 1OQHA 5JTYB 3F11A 1URDA 3SDFA 4GRKA 4YMAA 1DMBA 3IORA 1HSEA 3QAXA 4IO6A 5DT6A 2QS4A 1LB9A 5ITOA 1VSOA 2OCUA 4LATA 1LAGE 4X1DA 1MQHA 4EXKA 3KEIA 1UIUA 5JEIA 4QRZA 3IL1B 1NNKA 4ELOA 4YAHX 3GBAA 5FTHA 5H8SA 1H45A 2PBWA 1QUKA 3USDA 3PMWA 4QSDA 1O7TA 1II5A 1LCTA 1SVXB 5AA1A 1DOTA 2XXYA 3R26A 3MWBA 1O63A 3TQLA 4XXUA 3S9NC 3MPLA 1JVYA 3PPOA 5I56A 2XXRA 4DDDA 5CI5A 4NMYA 1ZKBA 4I9DA 1NH8A 1UTHA 3E3KA 2WKYA 3CG3A 4NF8A 2XD2A 3JYRA 1DTGA 3E9XA 2Q89A 5ICQA 4H8JA 2XXWA 4RY1A 4NF4A 1FQDA 2QS3A 4AQ4A 3DLNA 4TLLB 2Y7KA 5L9SA 3VVFA 3S4UA 3PGFA 4RJZA 2I6EA 3ZS6A 4NTLA 4ZEFA 3T9XB 4O3BA 3G3IA 3CSBA 1XT8A 2QMXA 3DM0A 3RT6B 3HV1A 2RCAA 4YU0A 1OQGA 4Q8RA 2F36A 2DSFA 4HCWA 3MBPA 5CC2A 2I48A 1IIWA 1N0TA 1VR5A 3FV2A 4ESXA 1GTKA 1ZU0A 2OWSA 2QJEA 5EHMA 2HQ0A 2DWAA 4GXSB 4XKRA 4PQJA 3PPPA 3L6HA 5I56B 3QUJA 4RA1A 2H99A 2RC8A 3PPRA 5KDTA 1GVCA 1B05A 1PB8A 4GL0A 3FJGA 1UTHB 4R9GA 4OFLA 1MM7A 4NF8B 3K1NA 2F5XA 3SESA 1LB8A 3GLBA 5HM4B 3G3GA 4F1VA 5FTIA 4NF4B 3VV5A 3H3GA 4MLVA 4JDFA 1D9YA 2YJPA 2FNCA 4U1ZA 1LFIA 5DYHA 2E0SA 3RGYA 2HZLA 1MQJA 3VLWA 1Y9UA 1P1UA 4G8HA 5AA2A 2VD2A 4OMBA 3ILUB 3M3LA 2D21A 4ELQA 1IXHA 3BFUA 1A7LA 1Q35A 1OMPA 4KYEA 3B6TA 1Z7ME 3U94A 3IAZA 1B58A 1UTBA 2VD3A 4QSEA 4M4GA 1SYHA 1PB7A 4H5FA 4MLQA 2ONSA 4TOZA 3TCFA 1JW5A 1JVXA 4G68C 2Q88A 2HEUA 3U93A 3VDFA 3U72A 4ZZAA 4XKNA 1US5A 4POXA 5TP9B 3UIFA 4GXAA 1D3KA 1B4HA 5L9MA 3IOTA 5B7DA 1DPPA 3TDJA 5KDTB 4JBZA 4PFTA 5KCJA 3G3KA 1MXUA 4KHZE 2HZKA 1QKBA 3PUXE 1QJMA 1OLAA 4MBPA 4WKMA 4YB5A 3IJOB 3ILTB 1MQIA 4PFUA 1B3FA 4GF8A 2NWJA 3WAEA 3GBBA 1JW1A 3QIMA 1MG1A 1Y3QA 1MPDA 3N6TA 1LCFA 1B3GA 1FQBA 1FCKA 1LSTA 3A09A 3VLUA 1FTLA 1QULA 3O29A 3MZBA 1UQWA 1UTBB 3G7WA 5J1DA 2AL5A 1JETA 1BTJA 4PFYA 3Q29A 3FV1A 3TCGA 4C1TA 4KCCA 2DOJA 2Q9TA 4IO3A 1FQAA 4OTEA 4FECA 2P2AA 1MM6A 3TTKA 3K0VA 2I3VA 3OEMA 5DVJA 2Q2AA 3CR9A 3M3FA 1EZPA 1RYOA 2XXQA 4G77A 3T9UA 3UGWA 4O3CA 3IK6B 2Q8JA 5K2XA 5I57B 5I2NA 5AA2D 5FHNA 5LOMA 2FYIA 1M5CA 5JTYA 3C9HA 1SBPA 1ZMGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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