2GRVA

Crystal structure of lpqw
Total Genus 153
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
153
sequence length
575
structure length
516
Chain Sequence
APTQIIMAIDSIGPGFNPHLLSDQSPVNAAIASLVLPSSFRPVPDPTSPTGSRWELDTTLLESAEVTQENPFTVTYKIRPEAQWTDNAPIAADDYWYLWRQMVSQPGVVDPAGYDLITGVQSVEGGKQAVVTFSQPYPAWRELFNDILPAHIVKDIPGGFGAGLARAMPVTGGQFRVETIDPQRDEILLARNDRFWSVPAKPDLVLFRRGGAPAALADSIRNGDTQVAQVHGGAATFAQLSAIPDVRTARIVTPRVMQLTLRAQQPKLADPQVRKAILGLIDVDLLASVGAGDDNTVTLAQAQVRSPSDPGYVPTAPPAMTRDDALELLRDAGYVSEPVPPPRERIVKDGVPLTIVLGVASNDPTSVAVANTAADQLRNVGIDASVLALDPVALYGDALVNNRVDAVVGWRQAGGDLATVLASRYGCRALEAQAPSNITGICDRSIQPRIDAALDGTDDIADVIQAVEPRLWNMATVLPILQDTTIVAAGPSVQNVSLTGAVPVGIVGDAGDWTKT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Hijacking of a Substrate-binding Protein Scaffold for use in Mycobacterial Cell Wall Biosynthesis
pubmed doi rcsb
molecule keywords LpqW
molecule tags Biosynthetic protein
source organism Mycobacterium smegmatis str. mc2 155
total genus 153
structure length 516
sequence length 575
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-04-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 2grvA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2grvA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 2grvA02
1LB8A 2DE2A 3VFJA 3IOVA 2I4BA 3KN3A 1SW5A 4C1TA 5JTYB 1FQCA 5BWJA 3CRBA 4OFJA 4OENA 3OMBA 2DXYA 3DELB 1ZIUA 3RLFE 3M3KA 1AIVA 1PC3A 3S9MC 3PPRA 4P0GA 4LATA 5DVFA 3R7XA 4H6DA 3TTKA 4JWXA 4RK2A 1SI0A 4NF4B 5I59A 4K3FA 5TP9B 2VD3A 2V25A 1YTVA 2RF1A 3ZSFA 5FHOA 3OSRA 4WXJA 3M3LA 4R6HA 4Q0CA 5I58B 1SDXA 3ZS6A 3FATA 3BFUA 4U21A 2P0SA 5CI5A 4NF6A 2O68A 5CMCA 5AA2B 4POXA 1MXVA 3MP1A 1USYH 4PP0A 4EDPA 1N7XA 3N5LA 3VLUA 3TCGA 3RUMA 4I9DA 3HSTA 3K00A 3O29A 4LZ5A 4NWDA 4F31B 3TCFA 2E1SA 2DSFA 4MFIA 4GL0A 1B1XA 4ZE9A 3RYAA 2UVHA 2QMWA 2PYYA 3G3HA 1TXFA 2ANJA 2X26A 2REJA 1B5IA 3PPQA 3TQWA 1XOCA 1ZJLA 2QSXA 1FTMA 3MP8A 4GFRA 3KN7A 1EU8A 2LAOA 2O51A 2F7BA 3CIJA 1MRPA 2THIA 5H8QB 2ZNUA 5EHSA 3FUZA 3V83A 3H4ZA 2UVIA 3VVFA 4KCDA 4F3BA 3MVYA 4GWOA 1NNFA 4IO7A 4C1UA 5CMBA 1US5A 2RC7A 4YB6A 4IY6A 1S50A 1CE2A 5AA3A 4FE8A 2F97A 3R26A 1MXXA 1MY2A 4LVQA 4LQ2A 1MH3A 2PT2A 4BDOA 1AMFA 4IO4A 3U93A 4ZDMA 1MY1A 1FCKA 4RXLA 3H6UA 1SQYA 4LZ7A 1UTBB 1D9VA 3KZGA 3C31A 5AA2D 3A3CA 3TAJA 4HCWA 2XXXA 2DVZA 3DRJA 5ITPA 2OJTA 3PV0E 3HPIA 1UQWA 1P1QA 2NXOA 3LVUA 2RINA 4NF8B 1B40A 3N26A 4QFKA 1LFGA 5ICQA 5CC2A 1QKAA 3RN8A 1B0HA 4R9FA 2HAUA 4F2OA 1LCFA 3O66A 1B7UA 3HCQA 1Y4CA 1QJMA 4KQPA 1FQDA 2O84X 2QS3A 3T22A 4G77A 4U1ZA 2QRYA 2AYSA 1SW1A 4U1OA 5H8NA 1SW4A 3K0VA 2NUVA 4QFPA 2R6GE 4JSOA 4AQ4A 4BDMA 3FTOA 4BDLA 4QFLA 4I62A 4P0IA 1S7YA 4GQOA 5TPAB 1IIWA 5JK4A 1Y20A 5KCJA 3PUWE 3O6HA 2Y84A 2DVCA 1B7HA 4H5FA 2DWIA 3TTNA 3T9UA 3LSLA 4OVJA 4DZ1A 4R2FA 5HBCA 5I2NB 1SD3A 5ICTA 3G3JA 4QF9A 3DM0A 4YZZA 2AL4A 3CSBA 3C34A 1P1OA 1MM7A 2H25A 3CG1A 3FV2A 3FIRA 3KSJA 2NWJA 1TT1A 2X7QA 3GLBA 4F3PA 4OZ9A 3EHSA 4GXAA 3TZAA 4KHZE 3QSLA 4KYSA 3VVEA 1IZ1A 1N84A 1USYE 2Z8FA 4FAJA 3DP6A 4DXBA 3E3KA 2ABHA 2H9BA 4H5GA 2VOZA 3IB0A 3W9WA 4JDFA 3TPAA 3THIA 1QW0A 3FASA 2UXAA 3IJOB 1B2HA 2B4MA 1SW2A 1A99A 3IO6A 2XX8A 1N04A 4R72A 5AA1A 4RY1A 1FTLA 1LFIA 2ZMBA 3C36A 2PX1A 4ZEIA 1Y1ZA 2OCUA 4OETA 1B05A 1LBBA 1QULA 1ANFA 4Q8RA 1ATGA 4LP2B 3MBPA 1FTJA 2ZYNA 4XKRA 3GBBA 2HZLA 4YU0A 3T93B 1Y3PA 3LBSA 3VXBA 2D3IA 5FTIA 4N07A 3V8XB 2XX7A 1OLCA 1R1NA 3T9HB 3B6QA 1MPBA 4DXCA 1N7WA 2I0CA 3MZBA 3RTWB 2OWTA 1PBPA 3SETA 1ZLQA 3TEPA 3H6TA 1MH4A 1N0TA 4NEDA 3D4GA 4OFOA 1MPDA 3LSWA 4GD5A 1MXWA 2F6PA 5CBSA 2ALUA 4IY5A 4F3SA 5HPQA 1UTHB 3MC2A 2HXWA 1GR2A 3Q27A 1MQIA 3IAZA 3CG3A 4RPOA 5JTYA 3TTLA 2G29A 1IUDA 3T9XB 2Y7KA 3SESA 3Q26A 4F19A 2RCAA 4ZEDA 4G8MA 1RKMA 2AL5A 4RPNA 1VFEA 3TCHA 1MS7A 4NTLA 2RC8A 1I6BA 4OEUA 1B3HA 3PU5A 4NF4A 1UIUA 3N6TA 5TP9A 1EZPA 1IXGA 3SEXA 2QS1A 2O6AA 1EZ9A 2F8DA 3O6GA 1HSJA 1H45A 3MQ9A 2HAVA 3S4UA 1KWHA 4GF8A 1QUJA 1MXUA 1I69A 2VGQA 4H0WA 5I58A 3EQ1A 3U72A 2B3FA 2FYIA 3DLNA 1ZKBA 1OVTA 3H06B 3OO6A 1Y4TA 2DOJA 3IOWA 1I6AA 3O97A 1B51A 1D4NA 4H1XA 1NKXA 5AA2A 3P7IA 3MPKA 5KDTB 1VSOA 3E13X 3EN3A 4XIGQ 5CMKA 5H8FB 3UIFA 3KGCA 3PUZE 4KR5A 5BUUA 3I3VA 2X7PA 4FECA 3SEYA 4HS7A 3BBRA 4U22A 4F1UA 4IO2A 4EF1A 4QSEA 5M2VA 5DVJA 2Q89A 2DQVA 1XS5A 4JXIA 3VXCA 5TU0A 3HV1A 4GL8A 5L8DA 3PPOA 3MZ9A 2O7UA 3IJXB 1UIVA 4RA1A 3RQTA 4F29A 3W15C 1LAHE 2V3TA 2YPNA 4G68C 1IITA 2OWSA 1SVXB 4WKMA 3TELA 3KSXA 3W9VA 4OEVA 3PAMA 1LGBC 3CFZA 5H8QA 3IOUA 5H8HB 2F35A 1JW1A 1H43A 3FJGA 3F11A 1LLSA 3TDJA 4BDQA 2V93A 5IKBA 2BJJX 4XKNA 3ODBA 4OYVA 3MVZA 4LQ5A 2ZYMA 3H7MA 2V3UA 2A5TB 1NFTA 4C0RA 3DRHA 1J1NA 3SKPA 1JVYA 1H76A 2ONKE 3QYTA 4XTCQ 4F22A 1POY1 3B6TA 1FTKA 1M5BA 1B3EA 1UTBA 3U92A 1ZMGA 3L6GA 3SEWA 2DS9A 2VD2A 1P1UA 3S9LC 3JZJA 5EYFA 4ISUA 3LSFB 2HCAA 1B0LA 4H67A 4DCXA 3PPNA 2WOLA 4Q5TA 2QMXA 2DE4A 4L17A 3GBAA 4NF8A 4ZZEA 4DE8A 2UYFA 4H8IA 2XHDA 4JWOA 4DLDA 4MF3A 4RK9A 5DVIA 5F1QA 2GHBA 1H44A 3KJTA 1Q35A 3ILUB 1O63A 3PUVE 4FIMA 3U8QA 1JEUA 4JBZA 4GVOA 3HHFA 1DOTA 4ZS9A 3QUFA 5HM4B 2Q2CA 1MXYA 1QKBA 5TPAA 3V5AA 3CR9A 2B65A 1MXZA 3FD3A 2ONSA 3QUJA 3TTMA 4R74A 1D9YA 2XXQA 4MH5A 3L6HA 3SEUA 1IXIA 1JW4A 3MP6A 2Y7WA 2I3WA 5I2NA 4QRZA 4U4XA 2O1LA 3OXNA 3CSGA 4OMBA 2Q8JA 3LR1A 3MW0A 2B4LA 1R9LA 2W7YA 3SDFA 4YB7A 3VLWA 3WAFA 2KLFA 4BDNA 1FW0A 4G8HA 4ECFA 3CHGA 3FVGA 2REGA 4BDRA 1PB8A 4JWYA 5DEXB 5JEIA 1MQGA 3WAEA 3Q29A 5ELVA 3RTFB 4X1DA 1MQDA 1D3KA 5FTHA 1MM6A 3CI8A 1JEVA 3FXUA 1R6ZA 3DRGA 2XXHA 2O7IA 4OQOA 1EZOA 3OELA 1A8EA 3PMWA 4TOZA 3FJ7A 1M5DA 5B70A 4EUOA 3UK4A 2XXVA 1A7LA 4R75A 2RKMA 3IORA 1JNFA 1B3FA 3RPWA 5I57B 4P11A 4M4GA 3EPEA 3SERA 1OLAA 1IXCA 3O9PA 2OLBA 4NF5B 3KFMA 1LAXA 1O7TA 3MZ1A 4YB5A 1DPPA 4LUBA 1I6QA 1O64A 4FATA 4QSCA 1YPNA 3C9HA 4FEDA 1NNTA 2NOOA 1N3WA 4X1BA 3CFXA 2YJPA 2H99A 3JV9A 5F7VA 1LAFE 1SYIA 3USDA 5A5XB 1Y3NA 4RJZA 4TLMB 3JYRA 1AOVA 3VV5A 2OZZA 4FJPA 1OQHA 3PUYE 3I6VA 3TMGA 4KCCA 3TUSA 2F5XA 3DRIA 2D21A 2Q88A 3N6UA 4BLAA 1GV8A 1SI1A 1BTJA 1VE4A 4PFWA 3KG2A 4H65A 5AE4A 3ILTB 5I56B 3TKDA 2H5YA 3MPLA 2R9JA 3U1OA 2PVUA 3O28A 1TWYA 3K6UA 4LA9A 1URDA 2Z8DA 1PEBA 2O69A 4YAHX 3UGWA 1SYHA 3IX1A 4KYDA 2CMOA 4O3AA 1B58A 3MJNA 3S9NC 5CRYA 5I84A 4ZEFA 2F34A 5FHNA 3S2VA 3LUYA 4OHNA 2QPQA 1IQ7A 1RYXA 1PBQA 1DSNA 2P1SA 3T9VA 3C32A 3FVOA 1R9QA 5L9MA 1GVCA 4AB6A 4ZE8A 4GXSB 3TYHA 3VE1B 3FXRA 1MDQA 1OMPA 4JSDA 4KD5A 3H03A 1JQFA 5DT6A 1F9BA 2GHAA 2Y7RA 4IGTA 3RNNA 4ND9A 5KDTA 3RT8A 3MAMA 3B6WA 4G68B 5H8FA 3FZVA 1LSTA 4U23A 3OO8A 4R73A 4RNSA 1Z7ME 3EHUA 4GRKA 2D5WA 3DP4A 4R6YA 4RYAA 4F39A 4EF2A 4XXUA 3A09A 4UA8A 4ONYA 1FTOA 1SBPA 2UVJA 2DP8A 3TFLA 2I49A 3K01A 2I4CA 2F36A 5J1DA 3K2DA 3I5OA 1B3LA 3FVNA 1LAGE 2FA7A 1A8FA 4IGRA 5ITOA 2GH9A 1FQAA 2M8CA 2XXUA 3LSXA 5DYHA 3RT6B 1M5CA 1WVJA 4X48A 1NNPA 2E0SA 2WKYA 4IO5A 5CMMA 3KEIA 1PDAA 3DP8A 4R2BA 3OEKA 1DTGA 4EXLA 5AA4B 3K1PA 1A54A 2HQ0A 2R71A 3MVXA 3FJMA 1MY3A 1VFDA 5H8HA 3IK6B 2H98A 3EHTA 1Y9UA 1NH7A 1Y3QA 1URGA 2ONRA 1Q1KA 2V84A 4ELPA 4FEBA 3RY3A 1PB7A 1LB9A 3RGYA 3UA8A 2PBWA 4AB5A 2ZYOA 2F6GA 4ELRA 1B3GA 2A5TA 4JB7A 3VLVA 2GFEA 3PD8A 3QAXA 4OWDA 1NNKA 2WOPA 3OSQA 1BLFA 4QSDA 3UN6A 3ZKLA 1FQBA 1H3DA 3OOAA 2DXRA 5I2KB 3BFTA 1B52A 2I3VA 2O1MA 3H6WA 4MLVA 1L5TA 3TTRA 3CFLA 2DWJA 1Z7NE 4EQBA 4F18A 3V89B 2AIXA 1B9JA 1NH8A 1B7ZA 5H8SA 3EF7A 4UACA 2IA4A 2B3BA 4ZEKA 1MPCA 1DPEA 1QUKA 1GGGA 4IO3A 4QFOA 3C4MA 5EHMA 4Z0IA 3E9XA 4HTGA 1QVSA 1P1WA 2DWHA 1N3XA 3OO9A 2OK2A 1ELJA 1JW5A 3DRFA 1A40A 3T96B 4DCYA 1ZTYA 2QJEA 4OTEA 4YKPA 2XX9A 4IB2A 3FGSA 4EQ9A 1B4HA 4GIZA 4ELOA 4F1YA 4F3GA 3PMVA 1URSA 1NL5A 1ZU0A 3FXQA 1DTZA 5I59B 1M5FA 1Y1MA 3C35A 3E4RA 1NMUA 1M5EA 2I58A 4KPTA 4G4PA 4GOTA 4QFNA 3IB2A 2I0BA 1JETA 2VP1A 1IEJA 2Q9TA 1XVYA 1VR5A 4NMYA 5DEXA 1MY0A 1P99A 3Q25A 1B4ZA 4THIA 3OEMA 3IOTA 1MDP1 4YMBA 4YICA 4WEDA 1MG1A 3A3UA 1MQJA 4R6KA 4NF6B 2XXRA 2RC9A 4G2ZA 3VVDA 5L9SA 1P1NA 4G8NA 2A5SA 2F7AA 3N94A 2I48A 4EQ7A 2ZYKA 5I57A 2Y7IA 3R6UA 4NWCA 3TODA 2OBGA 3TQLA 3IB1A 3LC8A 2UVGA 1TFAA 1DMBA 4NF5A 2Z8EA 4WEPA 2Z23A 2PMSA 4OESA 3MVWA 1OQGA 1LFHA 5KZTA 4LZ8A 4YKJA 2F78A 1B32A 2H4IA 1JVXA 2I6EA 5A5XA 2XD2A 4I1DA 5DTBA 4XKQA 4U4SA 3OD7A 4HW8A 5CBRA 3FV1A 3PUXE 1FQFA 1B5JA 4I8CA 3PGFA 3M3FA 5LOMA 1XVXA 3MUQA 5I56A 2PT1A 4ZZAA 3D4CA 1T0KA 4FORA 1LCTA 1B5HA 4ZECA 4ESWA 1EH3A 5FHMA 3GZGA 1S9TA 1QUIA 3G3GA 1LBCA 4DDDA 3O6PA 4O3BA 3HN0A 3HHGA 1US4A 3K1NA 4DXUA 3IR1A 1AH5A 2FNCA 2CZLA 5IAIA 3KJ7A 4M1VA 4YKIA 3K6WA 1YCJA 3QIMA 1A55A 3CVGA 3VDFA 3UORA 2YLNA 1GTKA 4PETA 3AXFA 4F2QA 4ZEBA 1UTHA 2QL3A 3GXAA 4N13A 4G68A 3IO4A 5ISUA 2QS2A 3U94A 2ZXTA 1MQHA 1WODA 4R9GA 2HFBA 3O2AA 1RYOA 2XXPA 5H8NB 3DRKA 2V3QA 3C33A 4U2RA 1POTA 4O3CA 3OENA 4MBPA 3Q28A 1XC1A 3T66A 2UYEA 1PB9A 4E0XA 1OIBA 1IXHA 2DYXA 5KCJB 4OERA 1B6HA 4E0WA 4N6PA 3G3KA 3K6VA 5K2XA 4QHQA 2G93A 3SEVA 4Z7EA 3H6VA 2VHAA 4PFUA 3QK6A 4YKKA 3PMXA 3S9EA 5AA4A 3IL1B 4XKPA 2ZNTA 4PQJA 3BKIB 1FQEA 1BKAA 3UP9A 2XD3A 2XXWA 2RCBA 5B7DA 3K02A 1HSEA 4KYEA 4KFQA 2ESNA 2P2AA 3ONMA 2HEUA 1XT8A 1WDNA 2Y7PA 2IEEA 2GRVA 3M8UA 2QS4A 4OXVA 4IO6A 4ESXA 3K6XA 4YMAA 2XXIA 1ZBMA 5L9OA 3KN8A 3O6IA 1OVBA 3KBRA 3K1MA 4LONB 4NE4A 1B1HA 3KOTA 1TFDA 2F7CA 3PD9A 4PE5B 2XXYA 1II5A 4MLQA 1AL3A 3G7WA 4X9TA 2DE3A 4OFLA 1CB6A 3K4UA 4PFYA 3PPPA 4KI0E 2Z22A 1XHYA 4TQUQ 4ELQA 5K2YA 3FVKA 2ZNSA 3QXMA 4PFTA 3HO7A 4DIGA 2NVUB 3ZKKA 4Q30B 3KOSA 2Q2AA 1BIYA 5I2KA 4F1VA 2WOKA 1B46A 4H8JA 3OO7A 3G3IA 2DWAA 3RYBA 1BP5A 4TLLB 1YAEA 5CM6A 4POWA 3G3FA 3MWBA 2XXTA 1MY4A 3ECRA 4GLIA 4HCYA 1N76A 3B7DA 3H3GA 2HZKA 1HSLA 4EXKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LB8A 2DE2A 4N15A 3IOVA 3VFJA 2I4BA 3KN3A 1SW5A 4C1TA 4PAKA 5JTYB 1FQCA 5BWJA 2KQZA 3CRBA 4OFJA 4NF0A 4OENA 3OMBA 2DXYA 3DELB 1ZIUA 3E79A 3RLFE 3M3KA 3KC1A 1AIVA 1PC3A 3S9MC 3PPRA 4P0GA 4LATA 2HXRA 5DVFA 3R7XA 4H6DA 3TTKA 4JWXA 4RK2A 1SI0A 4NF4B 5I59A 4K3FA 5TP9B 2VD3A 2V25A 2OWZA 1YTVA 2KR0A 2RF1A 3ZSFA 5FHOA 5EQ7A 3OSRA 4MAGA 4WXJA 1YZ0A 3M3LA 4R6HA 4Q0CA 5I58B 1SDXA 1FTAA 1FJ9A 3ZS6A 3FATA 3U65A 3BFUA 4U21A 2P0SA 5CI5A 4NF6A 2O68A 5CMCA 1NUZA 5AA2B 4POXA 1MXVA 3MP1A 1RDXA 1USYH 4PP0A 4EDPA 1N7XA 3N5LA 3VLUA 4GWXA 3TCGA 1DK4A 3RUMA 4I9DA 3HSTA 3K00A 3O29A 4LZ5A 4NWDA 4F31B 3TCFA 4N17A 2E1SA 2DSFA 4MFIA 1LBZA 4MHFA 4GL0A 1B1XA 4ZE9A 3RYAA 2UVHA 2QMWA 2PYYA 3G3HA 5T3JA 4UABA 1TXFA 2ANJA 2X26A 2REJA 1B5IA 3PPQA 3TQWA 1XOCA 1ZJLA 2QSXA 1FTMA 2VPNA 3MP8A 4GFRA 3KN7A 1EU8A 2LAOA 4OVRA 2O51A 2F7BA 3CIJA 1MRPA 4HE1A 2THIA 1G0IA 5H8QB 2ZNUA 5EHSA 3FUZA 3V83A 3H4ZA 2VT5A 2XWIA 2UVIA 3VVFA 1D9QA 4KCDA 4F3BA 3MVYA 4GWOA 1NV5A 1NNFA 4IO7A 4C1UA 5CMBA 1US5A 2RC7A 4YB6A 4IY6A 1S50A 1CE2A 5AA3A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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