2GRVA

Crystal structure of lpqw
Total Genus 153
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
153
sequence length
575
structure length
516
Chain Sequence
APTQIIMAIDSIGPGFNPHLLSDQSPVNAAIASLVLPSSFRPVPDPTSPTGSRWELDTTLLESAEVTQENPFTVTYKIRPEAQWTDNAPIAADDYWYLWRQMVSQPGVVDPAGYDLITGVQSVEGGKQAVVTFSQPYPAWRELFNDILPAHIVKDIPGGFGAGLARAMPVTGGQFRVETIDPQRDEILLARNDRFWSVPAKPDLVLFRRGGAPAALADSIRNGDTQVAQVHGGAATFAQLSAIPDVRTARIVTPRVMQLTLRAQQPKLADPQVRKAILGLIDVDLLASVGAGDDNTVTLAQAQVRSPSDPGYVPTAPPAMTRDDALELLRDAGYVSEPVPPPRERIVKDGVPLTIVLGVASNDPTSVAVANTAADQLRNVGIDASVLALDPVALYGDALVNNRVDAVVGWRQAGGDLATVLASRYGCRALEAQAPSNITGICDRSIQPRIDAALDGTDDIADVIQAVEPRLWNMATVLPILQDTTIVAAGPSVQNVSLTGAVPVGIVGDAGDWTKT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Hijacking of a Substrate-binding Protein Scaffold for use in Mycobacterial Cell Wall Biosynthesis
pubmed doi rcsb
molecule keywords LpqW
source organism Mycobacterium smegmatis str. mc2 155
molecule tags Biosynthetic protein
total genus 153
structure length 516
sequence length 575
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-04-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 2grvA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2grvA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 2grvA02
3C32A 4JBZA 2ZYKA 3TCFA 3FXQA 5DEXA 3V89B 1USYE 3K1NA 1MM7A 3KN3A 3GBAA 1J1NA 3DP6A 4DXUA 3TPAA 3MBPA 1EU8A 3K1PA 2ONRA 1UIUA 5HPQA 3QK6A 3CIJA 4YMBA 2QJEA 1S50A 3RT6B 1B9JA 2REGA 4GQOA 1R1NA 3IX1A 2DYXA 4F1VA 3H06B 4WXJA 3OSRA 1MY2A 1MXUA 5AA3A 3N6UA 1B51A 4GWOA 3FIRA 3TUSA 1OIBA 4G4PA 3KZGA 4P11A 2HZLA 4HTGA 1Y3QA 3R7XA 3IOWA 3I3VA 3LR1A 1A40A 2X26A 2O6AA 3O97A 1MY3A 3M3FA 1Y3PA 3QUJA 4WEDA 4LVQA 1POY1 4HCWA 3U1OA 3PD9A 1AOVA 4Q0CA 3U92A 1QJMA 1FW0A 1ELJA 3MPLA 3CFZA 4OENA 1IXCA 1Y3NA 3H6UA 1I69A 2F8DA 3VVDA 3RUMA 2UVHA 3L6GA 3MWBA 2DWJA 1JQFA 1B4ZA 4LATA 2QS2A 3QSLA 4ZEFA 1SDXA 2Y7RA 3G3HA 2DE2A 3IOVA 2RCBA 1RYOA 4OVJA 4GRKA 1B4HA 5HM4B 2DWIA 3IL1B 5CMBA 2V25A 1XVXA 2XD2A 4XIGQ 4X48A 4QSDA 4NF4A 5I57A 5I2NA 1N76A 3THIA 3DP4A 2DXRA 4KCDA 4R74A 3SERA 4O3BA 4GF8A 3N5LA 5JTYB 3LSXA 1SW4A 3QAXA 4FECA 2GH9A 3OENA 1SW1A 5ITOA 3HV1A 2DQVA 2WOKA 1AL3A 1B7ZA 3SETA 3UN6A 1P1WA 3DRGA 4LA9A 2GHAA 4ZEKA 3W9VA 5L8DA 1JW1A 2O1LA 5H8QA 2O1MA 5B70A 3F11A 3MP6A 4PFYA 1P1NA 4JSDA 5I2KB 5M2VA 1H76A 3O6HA 3PMWA 4YKKA 1MY0A 4F19A 4QHQA 4K3FA 1XS5A 3TTKA 1CE2A 3HN0A 3FJGA 4G2ZA 3LUYA 1EZPA 2F7AA 5TPAB 2F35A 1LFIA 5BWJA 3DRJA 3PUWE 4N07A 2X7QA 1SQYA 4KHZE 2VD2A 2QMWA 2F97A 3FD3A 4H5FA 5A5XB 3OMBA 1US4A 4AQ4A 4GFRA 1HSJA 1YAEA 1URDA 4OEUA 4NF5B 4LONB 5I58B 2FA7A 1LAFE 3FJ7A 2PT1A 3G3IA 1MS7A 4C0RA 2RINA 2I0BA 3OO7A 4O3AA 4KQPA 1ZIUA 4FEBA 5EHMA 4FORA 2B3FA 1NH7A 3LSLA 2XXYA 2D5WA 4NWCA 3D4CA 1FQDA 5ICQA 2V84A 3K1MA 3DM0A 1N0TA 3ILTB 1BP5A 5KCJA 5H8NA 1Y4TA 4YB6A 1SI0A 2QRYA 1MQDA 2NXOA 2XXRA 2D3IA 1B3EA 2I48A 3RYBA 1JVYA 1T0KA 4RPNA 3KOSA 4QFLA 3ZSFA 4YKIA 3EF7A 4EQBA 4H67A 1DSNA 3PAMA 3KN7A 4LZ7A 1YCJA 2OZZA 1DTZA 4F39A 2HFBA 3V8XB 5EHSA 3IJOB 2D21A 1MXXA 4NF6B 1TT1A 1JVXA 3CSBA 4F3SA 3MP8A 4Q30B 1MQHA 4ZEBA 1RYXA 5CMKA 1N3WA 2R6GE 1M5FA 1H3DA 2QS1A 3K00A 3O28A 4G8NA 3TODA 4QFPA 3K02A 1JW4A 4LQ5A 3PV0E 4U1ZA 3FJMA 3IJXB 3O2AA 2R9JA 2XXIA 1JEUA 1FQCA 2UXAA 1LB9A 3T22A 1FTLA 3O9PA 3FV2A 1URSA 3HHGA 4IO7A 1TXFA 3OSQA 4ZZAA 1NFTA 1B2HA 3H3GA 4ZEDA 3C35A 5CBSA 1ZBMA 3KEIA 3M3KA 2IEEA 1IITA 5TP9B 2PVUA 3T96B 3VVEA 3ODBA 2R71A 2GFEA 4KYSA 3G3JA 1GTKA 5DVIA 3TFLA 4NE4A 1FTOA 4F3PA 3OO8A 1MXWA 3RYAA 1LBCA 3E3KA 1A54A 4M1VA 4QFNA 1LBBA 2HQ0A 3C34A 2NVUB 3RPWA 4LZ8A 2DXYA 3IB2A 3AXFA 3FZVA 4ELPA 4RA1A 3KN8A 3MUQA 1SD3A 1WDNA 4IO2A 2YLNA 1UTHA 3MVYA 3TTMA 1SW2A 1P1QA 4RK9A 3HHFA 1IQ7A 1FTJA 3U94A 2G29A 3UA8A 4G77A 4X1DA 4JB7A 1B46A 1B3HA 1QUJA 3QIMA 1XHYA 3PPQA 3MZ1A 2B4MA 1H44A 5KDTA 3SESA 5FHOA 5I56A 1MQIA 2WKYA 4E0WA 1M5DA 1US5A 3GZGA 4F3GA 2PMSA 1IIWA 1ZJLA 1CB6A 3BFUA 3CG3A 4R9FA 4YMAA 2DSFA 4U23A 1SI1A 1B6HA 4R72A 1A8FA 1BTJA 4R6YA 1PB7A 3TEPA 1SYHA 3TMGA 3PMVA 4MH5A 4MFIA 2Z23A 4YKPA 4UACA 4YICA 2WOPA 2VHAA 5AA2A 4OTEA 4O3CA 2I4CA 1BLFA 4NWDA 4G68A 4M4GA 4ZZEA 3CRBA 1QUKA 4FJPA 1P99A 4G8MA 3CFLA 3TELA 4U4SA 1B3LA 1B52A 2H5YA 3FUZA 3MZBA 4N6PA 1S7YA 3MP1A 5DVJA 3EN3A 1B3GA 4ESXA 2Y84A 1LAXA 3DP8A 1MRPA 5CRYA 1O64A 4FIMA 1Z7NE 4YKJA 3RTFB 3DRHA 1ZKBA 2QL3A 1N3XA 4EXKA 2HCAA 1A7LA 3D4GA 4U1OA 4H65A 2I49A 3PD8A 3V5AA 2NOOA 4OFOA 2P1SA 4EXLA 5FHMA 2Z8DA 3IO6A 4H8IA 2XXHA 1B5IA 3PUVE 4G8HA 2Q8JA 4IY5A 3K4UA 5F7VA 3ZKLA 4R73A 3HPIA 5IAIA 2G93A 1UIVA 4EUOA 2P2AA 5I59B 4JWOA 3RTWB 1ZMGA 1N7WA 2PT2A 5CI5A 2OWTA 3PMXA 4H0WA 1NNPA 1LLSA 4OHNA 1EZOA 1URGA 1UTBB 3BBRA 3KGCA 5TP9A 3S9NC 4U22A 4I62A 4F1YA 3RNNA 2VGQA 1S9TA 2F36A 1R6ZA 5AA4A 3E4RA 3KFMA 2XXTA 1OLCA 2Y7KA 3MVZA 1LCFA 3FVNA 4WEPA 3LC8A 2O69A 3TYHA 4RNSA 3TAJA 4ISUA 4IY6A 1IZ1A 1MY1A 4U4XA 2KLFA 4ZDMA 1N84A 5ITPA 1MQGA 2UVGA 3UK4A 3MVXA 4MBPA 1OQHA 3O29A 4GVOA 3OO6A 2CMOA 1B58A 3WAEA 4DIGA 1LAHE 4ND9A 3VLVA 4ONYA 4H5GA 4Z0IA 3PUZE 1R9LA 4OEVA 4ZE8A 1MXZA 4BDLA 3RLFE 3LVUA 4YAHX 3CHGA 2F5XA 3VLUA 1IXHA 1QKBA 4ZE9A 3U93A 4KFQA 1QVSA 4TQUQ 5L9MA 3SEWA 1D9VA 3T93B 4F22A 3Q28A 2F7CA 3SEVA 3G3KA 4IO4A 1FQEA 2ZYNA 3CVGA 2M8CA 2Q2AA 1VR5A 3T66A 3C33A 3T9HB 3PU5A 3K0VA 3VXCA 2ZNTA 1LSTA 4RY1A 4QFOA 3RN8A 3JV9A 4KI0E 2OLBA 1GV8A 4F1UA 3DRFA 1JETA 1DTGA 2E1SA 3MPKA 2Y7WA 4ELRA 3IAZA 4E0XA 3CR9A 4C1TA 2ZYOA 1B1XA 1MXVA 3M8UA 4ECFA 4PQJA 3K2DA 4NMYA 1R9QA 1SVXB 1AIVA 1XVYA 4RPOA 2CZLA 1P1OA 3DRIA 3VE1B 2XXWA 4IGRA 4Z7EA 1B7HA 5I84A 5DTBA 2F7BA 4IO5A 1UQWA 4DCYA 1LB8A 3KSXA 2YPNA 3VLWA 4R9GA 3MW0A 3CSGA 3OO9A 4N13A 2FYIA 1DOTA 2XX8A 4F29A 3B7DA 3ZS6A 2B65A 2XXPA 2HZKA 3ZKKA 3EHSA 4XKRA 3C9HA 3UIFA 5FTIA 2HAUA 1MDP1 5F1QA 4GL0A 1B5HA 2ONKE 1B5JA 2QS4A 2UVJA 1B3FA 3S4UA 2DVZA 2AL4A 5JEIA 4ZS9A 2HAVA 4FE8A 2O7IA 2V3TA 2V93A 2PX1A 3FVKA 1OVTA 5CMMA 2OWSA 4TLMB 3IO4A 2UVIA 5FTHA 3VFJA 1MXYA 2V3UA 4HCYA 3N6TA 1PC3A 4KR5A 3SDFA 3PPPA 3O6GA 4R6KA 4XKPA 4FEDA 3KG2A 5J1DA 4JDFA 3CG1A 1JEVA 2Z8EA 3H6WA 4DZ1A 4U21A 3EQ1A 1O7TA 1A99A 1LFHA 3Q26A 3FATA 5ELVA 1POTA 2BJJX 4JSOA 1N04A 4LP2B 3FVOA 2ZMBA 5JTYA 3WAFA 3SEUA 4EF1A 2O7UA 3RY3A 1MQJA 4THIA 4FATA 1DPEA 3TDJA 4GIZA 1FQAA 4LUBA 3I6VA 4R2BA 2XXVA 2QS3A 4F18A 5H8HB 5DYHA 3RT8A 4R2FA 3SKPA 1QULA 3E9XA 1FQBA 2UYFA 5BUUA 4NF4B 5I57B 5AE4A 5I2NB 1ATGA 5I2KA 3PPRA 1Z7ME 2I3VA 3DELB 3B6WA 5H8SA 4DCXA 2H9BA 4X9TA 1MH3A 5H8FB 1SW5A 2Y7PA 3R26A 2VD3A 4BDOA 3H6VA 3MC2A 3FV1A 2XX9A 3W9WA 3ONMA 5TPAA 4KYDA 3UORA 5IKBA 3VXBA 2A5TB 3FASA 5A5XA 4BLAA 2GRVA 3IOTA 3JZJA 3G3FA 4OQOA 4BDMA 1XT8A 4NF5A 4IO3A 3FTOA 1F9BA 4XKQA 4U2RA 5EYFA 5I58A 1ZLQA 4YB5A 4IO6A 4KYEA 1Y20A 4QRZA 3IB1A 1MPCA 4XKNA 5DVFA 4OFLA 3S9MC 3I5OA 3K6VA 3A3UA 3PPNA 2Z8FA 5JK4A 1AMFA 1MH4A 1USYH 1RKMA 1ZTYA 1EZ9A 2HEUA 2LAOA 3KSJA 3R6UA 2AYSA 1TFDA 2I4BA 4GXAA 2ANJA 1TWYA 3TCHA 3E13X 2I0CA 4R6HA 3TTRA 1NNFA 2AL5A 3ILUB 4QSEA 4KD5A 3TZAA 4R75A 1VSOA 4AB6A 1PBPA 1WODA 4QF9A 4NF6A 1DPPA 1QUIA 2ZXTA 2YJPA 1SYIA 2Q2CA 1PB8A 2QSXA 5KCJB 3QYTA 4EF2A 5H8NB 4KCCA 1YTVA 4EDPA 1Y9UA 3FXUA 4RXLA 3CI8A 4F3BA 1IXGA 1GR2A 2XD3A 3MQ9A 2O84X 1B40A 4XXUA 5KZTA 1ANFA 2UYEA 1EH3A 4IGTA 1Y1MA 2DP8A 1BKAA 3KJTA 5CC2A 3U72A 3S9EA 4OFJA 2REJA 2DWHA 3O6IA 3LBSA 4RYAA 2QPQA 4ZEIA 5L9OA 4PFWA 2H25A 3K6UA 3KJ7A 1H45A 4NEDA 1B7UA 4YB7A 2FNCA 4HS7A 2XXQA 3FVGA 4ZECA 3A09A 5DT6A 4H1XA 2ABHA 3Q29A 1IUDA 3PPOA 3USDA 5ISUA 1MG1A 1XC1A 1D4NA 2P0SA 1HSEA 3LSFB 2XXXA 2O68A 4YU0A 1PEBA 1I6QA 2XX7A 3W15C 2ESNA 1PB9A 5H8HA 3S9LC 4NTLA 2PBWA 4DDDA 5K2XA 4KPTA 3Q27A 1Q35A 1OVBA 4I9DA 3MVWA 1A8EA 4F2QA 2A5SA 1VFEA 2DOJA 2Q9TA 2OK2A 3B6TA 3MAMA 4TLLB 3K6WA 2B4LA 1OQGA 4GL8A 3S2VA 5H8FA 1SBPA 3HSTA 1Q1KA 3IR1A 3H03A 1HSLA 4POWA 3T9VA 1KWHA 2PYYA 2F6GA 1MDQA 2I3WA 3O66A 3UP9A 3OEKA 2A5TA 4JXIA 2AIXA 3EHTA 4AB5A 4DE8A 3T9UA 3TQWA 4ESWA 1B32A 3IK6B 1Y4CA 2QMXA 3C36A 3MJNA 5AA2D 4F31B 3C4MA 1DMBA 1B1HA 2Q89A 4DXBA 3FXRA 2NUVA 2X7PA 4OWDA 3IORA 3VVFA 4DLDA 1UTHB 3BFTA 3B6QA 1LGBC 3RGYA 4HW8A 4RJZA 4NF8B 5CMCA 2E0SA 3OEMA 1YPNA 2XHDA 2GHBA 3DRKA 4G68C 3Q25A 3QXMA 4JWXA 1O63A 3N26A 5KDTB 4MLQA 5L9SA 1NMUA 4WKMA 2RC9A 4Q5TA 1NNTA 5I56B 2V3QA 2Y7IA 1XOCA 2VOZA 2DE3A 2NWJA 5CBRA 4QFKA 1FQFA 2OJTA 4OXVA 1PBQA 5ICTA 3PGFA 1JNFA 2THIA 1AH5A 4P0GA 3OXNA 3HCQA 4MF3A 1GGGA 3RQTA 4OETA 4I1DA 5DEXB 4H6DA 4POXA 3K6XA 3HO7A 3G7WA 3N94A 1PDAA 1VE4A 1MPBA 5AA2B 1LAGE 2DE4A 2I6EA 2Q88A 4XTCQ 3H4ZA 2VP1A 3EPEA 1ZU0A 4G68B 5K2YA 3O6PA 3ECRA 5CM6A 1JW5A 4EQ9A 5HBCA 3V83A 1NKXA 3M3LA 1M5CA 3U8QA 5I59A 1BIYA 3VDFA 1QKAA 2IA4A 3TTNA 2ZNUA 1FTKA 1IXIA 1D3KA 2WOLA 3K01A 3C31A 2DWAA 4DXCA 1UTBA 4PFTA 4Q8RA 2XXUA 3L6HA 3BKIB 4PP0A 1N7XA 3A3CA 3SEYA 2ALUA 4GD5A 4OMBA 4MLVA 3GXAA 4LQ2A 2F78A 3EHUA 1FTMA 4L17A 3IOUA 4RK2A 3T9XB 3P7IA 1FCKA 1IEJA 4OYVA 2H4IA 4C1UA 3PUYE 4IB2A 1NNKA 2OCUA 1D9YA 3H7MA 3KOTA 3OD7A 4PETA 4FAJA 4QSCA 4PFUA 3TQLA 2RCAA 1OLAA 5TU0A 1H43A 2ZYMA 3LSWA 1GVCA 4BDNA 4YZZA 5AA4B 4UA8A 4JWYA 4H8JA 1A55A 3SEXA 3TTLA 2RKMA 3JYRA 1I6AA 1MY4A 2Z22A 4P0IA 4GOTA 1QW0A 1VFDA 3OELA 2RF1A 5AA1A 3TKDA 4EQ7A 3CFXA 3OOAA 3IB0A 4OZ9A 2OBGA 1MPDA 2RC8A 4F2OA 2RC7A 1LFGA 3DLNA 2F34A 3PUXE 1WVJA 1II5A 2DVCA 4X1BA 1M5BA 5FHNA 3QUFA 3G3GA 1L5TA 2H98A 3GBBA 1MM6A 1I6BA 1NH8A 4OERA 3FGSA 4TOZA 1M5EA 1B0HA 3VV5A 3UGWA 1TFAA 5H8QB 1OMPA 3TCGA 4BDRA 2DS9A 4GXSB 4GLIA 1B0LA 4NF8A 1LCTA 3H6TA 2O51A 2ZNSA 3MZ9A 5LOMA 4LZ5A 2B3BA 4ELQA 4PE5B 2HXWA 4I8CA 4BDQA 2ONSA 4OESA 4ELOA 5B7DA 2I58A 1P1UA 2W7YA 2F6PA 1Y1ZA 2H99A 1NL5A 3KBRA 3GLBA 1B05A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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