2GRVA

Crystal structure of lpqw
Total Genus 153
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
153
sequence length
575
structure length
516
Chain Sequence
APTQIIMAIDSIGPGFNPHLLSDQSPVNAAIASLVLPSSFRPVPDPTSPTGSRWELDTTLLESAEVTQENPFTVTYKIRPEAQWTDNAPIAADDYWYLWRQMVSQPGVVDPAGYDLITGVQSVEGGKQAVVTFSQPYPAWRELFNDILPAHIVKDIPGGFGAGLARAMPVTGGQFRVETIDPQRDEILLARNDRFWSVPAKPDLVLFRRGGAPAALADSIRNGDTQVAQVHGGAATFAQLSAIPDVRTARIVTPRVMQLTLRAQQPKLADPQVRKAILGLIDVDLLASVGAGDDNTVTLAQAQVRSPSDPGYVPTAPPAMTRDDALELLRDAGYVSEPVPPPRERIVKDGVPLTIVLGVASNDPTSVAVANTAADQLRNVGIDASVLALDPVALYGDALVNNRVDAVVGWRQAGGDLATVLASRYGCRALEAQAPSNITGICDRSIQPRIDAALDGTDDIADVIQAVEPRLWNMATVLPILQDTTIVAAGPSVQNVSLTGAVPVGIVGDAGDWTKT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Hijacking of a Substrate-binding Protein Scaffold for use in Mycobacterial Cell Wall Biosynthesis
pubmed doi rcsb
source organism Mycobacterium smegmatis str. mc2 155
molecule tags Biosynthetic protein
molecule keywords LpqW
total genus 153
structure length 516
sequence length 575
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-04-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 2grvA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2grvA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 2grvA02
1IXIA 2ZNUA 3V8XB 4OTEA 1CE2A 1JETA 1VFDA 3IL1B 5I2NA 3PAMA 4GL8A 5F7VA 3K6VA 2GHBA 2Z8FA 4MLQA 4WEDA 4H67A 4NF8A 3C35A 1H44A 1Y4TA 4NF4B 4QF9A 4P11A 1SW5A 2OWSA 3HHFA 4K3FA 3DRIA 1US5A 3MP8A 4KR5A 4PETA 3SETA 3FUZA 1I6AA 2F7AA 3N26A 5I84A 5LOMA 2PBWA 3LSLA 4NMYA 5H8NB 3T66A 1SI1A 3O6HA 4QSEA 5AA2A 1B46A 3PMXA 4GF8A 1CB6A 3FJMA 4RK9A 5H8HB 2NVUB 3C36A 3PUWE 1POY1 3UA8A 5CM6A 4OVJA 3PUZE 2ZMBA 3TTNA 3DM0A 2CZLA 4E0WA 4FAJA 2FNCA 1B3HA 2WKYA 3C32A 2VP1A 1URDA 2ZYMA 2Q8JA 3RPWA 5ICTA 1LAHE 3FV1A 3PMWA 3L6HA 3OO8A 4BDNA 3TUSA 4C1TA 2I58A 3IX1A 4GIZA 5TPAB 1OIBA 3MUQA 3U8QA 1RYXA 4IGTA 3RTWB 2RCAA 1SYIA 5DTBA 3DRHA 1JW5A 3QSLA 3LVUA 4HS7A 4RY1A 5FHOA 2HZLA 4DIGA 3JV9A 3CVGA 3SKPA 1OVTA 3G3GA 3FD3A 4R6YA 3HO7A 1MY2A 2I49A 2QSXA 3DLNA 4LZ5A 4F1YA 3K02A 3C9HA 4EF2A 2B3BA 3RT6B 4BDMA 3IB0A 1Y9UA 3CFZA 3KEIA 5DVIA 4DCYA 4ISUA 1T0KA 5DYHA 1MXVA 2XX7A 1IXHA 1A8EA 4WEPA 4XTCQ 3U1OA 2RF1A 1EZPA 3H03A 4POXA 1MDQA 4FIMA 2DXRA 1USYH 1NFTA 1MH4A 5K2XA 4ONYA 4JXIA 5FHNA 1JVYA 3KSXA 1MXZA 1DMBA 4R9GA 2ZNTA 4FEBA 4BDRA 5I2KA 2H99A 3TTMA 4F31B 2XD3A 2F36A 1R9QA 4ND9A 3SERA 4BLAA 4ZEIA 2O7IA 1AMFA 1B1XA 1BIYA 2QMXA 3AXFA 3MPLA 3PMVA 3S9LC 1MXYA 2Z8EA 3PPPA 1UQWA 1LFIA 2REJA 4LQ5A 4DE8A 4FJPA 3PGFA 4TQUQ 1XT8A 1EZOA 1ZKBA 4QFOA 1NNPA 1SDXA 2F6GA 1SBPA 2XXPA 3O28A 4PFUA 2OLBA 1B7HA 4QFKA 3ZS6A 1B7UA 3O66A 4I62A 4HCWA 4ELOA 4YMBA 4EQ7A 1ELJA 3C34A 3KN8A 3RTFB 1DSNA 5KZTA 1SD3A 3TAJA 2FYIA 3HHGA 4G8NA 4WXJA 3TELA 3LUYA 2O6AA 2ONSA 4OFJA 2ZNSA 1OQHA 2DE2A 4RYAA 4YKJA 2RCBA 4ZEFA 1UTHA 1WODA 2DE4A 4NF4A 5CRYA 3TKDA 4G68C 5AA4A 3I5OA 3RQTA 2RC9A 3B7DA 3PD8A 3MJNA 1Y3NA 1N84A 5DVFA 4Z7EA 1HSJA 1LAGE 4U4XA 1P1NA 3E4RA 4UA8A 4XIGQ 1A99A 4X1DA 2BJJX 4MH5A 1B9JA 4XXUA 1S50A 3TDJA 4OENA 1P1UA 2VD2A 4YKIA 1XVXA 1M5FA 2RINA 5BWJA 1B0LA 3M3LA 4XKNA 5H8QB 2PMSA 3K6XA 3T9VA 3ODBA 3MVZA 1M5DA 4XKQA 4LUBA 3T93B 1NH7A 1MPCA 3R7XA 3Q28A 5KCJB 1Z7ME 3W9VA 1N04A 3MVXA 4G4PA 4OYVA 2PT2A 3MZBA 1B58A 4GFRA 1JW4A 3GBAA 3K0VA 5L9SA 2IEEA 2O1MA 2THIA 4KCDA 5L9MA 3G3HA 1XHYA 2HFBA 2YJPA 2ONKE 5M2VA 3SESA 3KZGA 4NF8B 3K00A 3QUJA 2F7BA 4ZE9A 3A3CA 3OXNA 1PBPA 4OFLA 3EQ1A 3FVGA 3MAMA 4YB7A 4EXLA 2V93A 4U4SA 1SYHA 2X26A 3GBBA 4P0GA 3SEXA 2I3WA 5FTHA 2RC8A 3KN3A 4U23A 2O68A 3H6TA 3FTOA 5FTIA 2XXYA 1EZ9A 1QW0A 1B40A 3E3KA 3B6TA 1I6QA 2HCAA 4OXVA 3MPKA 3VFJA 3W15C 3N6UA 5JTYA 2O1LA 4BDQA 4F3BA 5TPAA 1A40A 1BKAA 2GFEA 3H4ZA 3VXBA 1TFAA 5I58B 5H8FA 2I6EA 3CFXA 4R6HA 4GWOA 4KYEA 1A55A 2B65A 2F35A 3IAZA 3OO7A 2PVUA 2XXHA 3PD9A 3PPNA 2B4LA 4NTLA 4YAHX 1NNFA 2O7UA 2W7YA 4YICA 1PB8A 1JEUA 1MH3A 3ECRA 5DEXB 1LFGA 3R6UA 4R75A 4Z0IA 4BDOA 1M5EA 2R9JA 4FATA 1AOVA 2D5WA 2Z23A 1EU8A 1LAXA 3KOSA 3RUMA 1MY4A 4ESWA 1QJMA 2X7PA 3V83A 4AB6A 4N6PA 1B52A 1B7ZA 2D21A 1B2HA 3H6WA 5ISUA 2OBGA 2XX9A 1TXFA 1DTGA 3EF7A 3H3GA 2H9BA 3MP1A 3OOAA 1QUKA 2Q2AA 5DT6A 3TTRA 3VLUA 4ELRA 4F2QA 1FQDA 1SW4A 3LSXA 3PUXE 5I2NB 3I6VA 1MXXA 3KSJA 5DVJA 1PBQA 5CBRA 1FQBA 1MS7A 2ABHA 1LSTA 3QUFA 1B1HA 1D3KA 3ONMA 3BFTA 1LCTA 2AL4A 3QYTA 3FASA 5KDTA 3F11A 3FXUA 1B4HA 5L8DA 2NWJA 1URGA 2D3IA 3OO6A 5I59B 4GVOA 4M4GA 2ONRA 3IJOB 3VLVA 2QL3A 5JK4A 1WVJA 4RPOA 3K6WA 1PEBA 3K01A 4KFQA 1SQYA 1UTHB 2V3QA 4PP0A 2FA7A 3EPEA 2HXWA 2ESNA 2PX1A 4JWYA 3P7IA 3DELB 4KCCA 3DRFA 1MQJA 3LR1A 3LSFB 3IR1A 2HAVA 4F1VA 5ELVA 1TT1A 2NUVA 1JEVA 1LAFE 1PDAA 1AIVA 1I69A 1XC1A 4R6KA 1GV8A 5AA2D 4MBPA 1Y3QA 3M8UA 2OK2A 2ANJA 2QS1A 4DLDA 3LBSA 3OENA 2HEUA 1Y1MA 2KLFA 4NF5A 1IUDA 2XX8A 4KYSA 5K2YA 3TTKA 1OLCA 1LGBC 5AA3A 2UVGA 2VD3A 4EUOA 3ZKLA 1ZLQA 3A3UA 3MP6A 4Q8RA 1MM7A 1GGGA 4LP2B 2DVZA 4LQ2A 1ANFA 2UYFA 3CRBA 3HPIA 3KG2A 3N6TA 2PYYA 4LVQA 4WKMA 4OESA 2HZKA 4TLMB 5HM4B 4HW8A 2WOLA 1GTKA 2DP8A 3IORA 1B3FA 1I6BA 2DWHA 2XXIA 3BFUA 4AB5A 3T9UA 4DXCA 3K1MA 4H0WA 4U1ZA 4OERA 3EHSA 3O29A 2AL5A 3VV5A 3FXRA 4F19A 1B05A 3EHTA 4QSDA 1IQ7A 3BKIB 3Q25A 2UXAA 5EYFA 2UVIA 1NKXA 3CI8A 3TTLA 2AYSA 2I4BA 3JZJA 2P2AA 2Q9TA 3CSGA 3G3JA 3FGSA 1VSOA 4I1DA 4R2BA 1LFHA 1MDP1 2QS2A 4AQ4A 4IO2A 3CG3A 3VLWA 2A5SA 1N7XA 1NMUA 4YKKA 4Q5TA 3RT8A 3KOTA 3W9WA 1YCJA 3MQ9A 4JBZA 1Y3PA 4R2FA 3TEPA 3B6QA 1LBBA 3G3KA 3O2AA 4I8CA 1OVBA 4OHNA 1S7YA 1FTLA 4LONB 4U21A 3MBPA 4U1OA 3VXCA 1IIWA 3U92A 1PB9A 4TOZA 2DWAA 3VVFA 4GQOA 2Y7PA 1M5BA 1N0TA 3TCFA 2E0SA 3K4UA 4IY5A 3S2VA 4YMAA 5A5XA 1TFDA 2M8CA 3TCGA 4H8JA 4Q30B 2H98A 2QJEA 4RXLA 1H76A 3E13X 1PB7A 2R71A 3GZGA 4H5FA 4NF6B 4QSCA 4YU0A 3MW0A 3SDFA 1A54A 3A09A 1JW1A 1P1WA 4R74A 3S9EA 1NH8A 4KHZE 3TFLA 5ICQA 4KYDA 3USDA 3IOVA 5CMBA 1ZMGA 4O3CA 1USYE 5I57A 4R72A 3UP9A 1H3DA 4EQBA 4IO4A 2O84X 1P99A 2I0BA 4YB5A 5AA4B 1XS5A 1XVYA 2E1SA 3LSWA 2V84A 1NL5A 4F29A 2QS4A 3GLBA 4DXBA 1FTKA 3SEYA 4F22A 1O63A 3S9NC 1MXUA 3DRKA 3B6WA 3ILUB 4FORA 1QULA 1N3XA 5BUUA 1S9TA 4QFNA 1IITA 3KGCA 4DZ1A 3CHGA 3T9HB 1MQIA 1B3LA 4YKPA 1OQGA 3Q26A 4JWXA 3FJGA 2LAOA 3OEMA 4RPNA 2REGA 2GHAA 5JEIA 3G7WA 1FQFA 3IJXB 5H8HA 3IOTA 4OQOA 3BBRA 1MPDA 2DWJA 4I9DA 4F39A 2Q88A 1MY3A 2PT1A 3CR9A 3PUYE 1MM6A 1R6ZA 1Y20A 1DTZA 4X9TA 3ZSFA 3FATA 4BDLA 5CMMA 4ELQA 3S4UA 5B70A 1QUIA 1R1NA 4KQPA 3RYBA 4F3SA 2H5YA 3OSRA 5EHMA 3G3FA 4RA1A 2Y7WA 5KCJA 5IKBA 3N5LA 2OCUA 3FZVA 1MY1A 4KPTA 4NWCA 1OMPA 3SEWA 2Y7KA 1AL3A 4DDDA 3CFLA 4GXSB 5B7DA 4JSDA 3PU5A 4PQJA 3K6UA 3E9XA 3Q27A 1URSA 3KN7A 5AA1A 3UGWA 4E0XA 4OEUA 2F5XA 4ELPA 1SW2A 4ZEDA 5HBCA 1B5JA 1ZU0A 4OEVA 2ZYNA 3DP4A 3VVDA 2GH9A 3DRGA 1HSLA 2V25A 3MZ1A 1MG1A 3PUVE 3TQWA 4EF1A 2V3UA 1O7TA 1JVXA 2Y84A 3MVWA 4OFOA 1POTA 5EHSA 2OJTA 2VHAA 3KFMA 3T96B 4THIA 4NF6A 1N76A 3C4MA 4ZECA 3PPRA 3S9MC 4NF5B 2DQVA 3ZKKA 3QIMA 2O69A 3PPQA 4MF3A 1M5CA 2DSFA 3KJ7A 4OMBA 1ZJLA 3H6UA 4ZS9A 5H8FB 5HPQA 2OZZA 1A8FA 2F97A 5L9OA 2CMOA 4JDFA 4POWA 4QRZA 1FQCA 2DYXA 1B3EA 4ZEKA 3N94A 3RNNA 1QVSA 1UTBA 1RYOA 4IO5A 3TODA 4G77A 1JNFA 2F7CA 2I0CA 2UYEA 4HTGA 1IEJA 4X1BA 1FQAA 2IA4A 1B0HA 2H4IA 4M1VA 5ITOA 3RLFE 2A5TA 5J1DA 1BTJA 1Y1ZA 3IOUA 4R73A 4QFLA 3IK6B 3MC2A 1J1NA 3PPOA 2UVHA 3TPAA 2DS9A 2ZYKA 2F78A 4O3AA 4PE5B 4RNSA 3K1NA 3HV1A 2V3TA 4PFYA 3EHUA 2UVJA 1VR5A 5A5XB 1IZ1A 5IAIA 2P1SA 3RN8A 1FTJA 2G29A 1US4A 2RC7A 1YPNA 2HQ0A 3HSTA 3OMBA 2DXYA 1II5A 4ZE8A 1P1QA 4GRKA 3PV0E 4H5GA 5CI5A 5FHMA 4ZZAA 4Q0CA 3TQLA 1QKAA 5KDTB 2NXOA 2DE3A 1SW1A 1QUJA 4JB7A 1TWYA 2XHDA 3TZAA 4O3BA 4UACA 4G8HA 3K2DA 1EH3A 1KWHA 1MQHA 1Y4CA 1RKMA 2F34A 2P0SA 2Y7IA 3VVEA 4EQ9A 1XOCA 2NOOA 4ZEBA 1GR2A 3H7MA 4IGRA 4IO3A 2I48A 4NEDA 4ZDMA 2X7QA 3C33A 3M3KA 2H25A 3H06B 4GXAA 3DP8A 3LC8A 1NNTA 2R6GE 4OZ9A 3EN3A 3FIRA 1VFEA 3K1PA 1FW0A 4GL0A 3SEUA 3TYHA 4F1UA 3ILTB 3O6PA 4H8IA 4ZZEA 4FECA 4PFWA 4YB6A 1DPPA 3O97A 1LCFA 4KD5A 4N13A 3KBRA 5AA2B 1D9YA 1FTOA 3SEVA 3WAFA 1NNKA 1F9BA 1OLAA 3FV2A 4H65A 5CMCA 2I4CA 3TMGA 3HN0A 4MFIA 3V5AA 5JTYB 4X48A 5AE4A 1BP5A 3H6VA 2B4MA 3U93A 2XXRA 1ZIUA 1MY0A 4GLIA 1YAEA 3Q29A 4RK2A 1A7LA 1Q1KA 2Q89A 4IO6A 3FVNA 3DP6A 3QK6A 1MXWA 4DXUA 2O51A 3HCQA 4NE4A 1HSEA 4ECFA 3CIJA 3V89B 3O9PA 3OELA 1R9LA 2QPQA 1UIVA 2XXQA 5ITPA 2QS3A 1LB9A 2YPNA 1D4NA 2XD2A 4L17A 5CC2A 1FTMA 2F6PA 1UIUA 4N07A 3MZ9A 2XXVA 2ZXTA 3IO6A 2XXWA 3MWBA 1L5TA 3UN6A 2QMWA 3U94A 4MLVA 2RKMA 4H6DA 4U2RA 4LZ7A 3OEKA 2XXTA 1N7WA 2Y7RA 4GOTA 2XXXA 3IB1A 3JYRA 5TP9B 2QRYA 2WOPA 4QHQA 3FVKA 4JSOA 2Z8DA 2G93A 4IY6A 4YZZA 4OETA 1PC3A 4EDPA 5CMKA 2A5TB 3MVYA 1BLFA 3IOWA 2F8DA 5I56B 1B3GA 1H43A 4F3GA 4ESXA 2AIXA 3G3IA 1ZBMA 2HAUA 3O6IA 5TP9A 3GXAA 5F1QA 2YLNA 1LLSA 4IB2A 3FJ7A 2I3VA 4LA9A 5DEXA 3VDFA 3R26A 1MQDA 3WAEA 3UIFA 3RYAA 4RJZA 3OSQA 2DVCA 4G68B 4H1XA 1FQEA 4P0IA 1B5IA 3U72A 4GD5A 3TCHA 1MQGA 4U22A 3OO9A 4FEDA 4XKRA 1Q35A 3FXQA 2B3FA 3T9XB 3RGYA 1IXCA 2Z22A 3CSBA 4G2ZA 1JQFA 3IO4A 1ATGA 1IXGA 5H8QA 3I3VA 4FE8A 1UTBB 2DWIA 3QXMA 1VE4A 2XXUA 1DPEA 4QFPA 3UORA 1MRPA 3QAXA 1GVCA 4PFTA 2ZYOA 1B4ZA 2OWTA 3VE1B 3DRJA 4F3PA 4NWDA 3IB2A 5I58A 1ZTYA 1D9VA 3M3FA 2DOJA 1B32A 2VGQA 5H8NA 3FVOA 3L6GA 3RY3A 5H8SA 4G68A 1O64A 1P1OA 1Z7NE 5I59A 4DCXA 1DOTA 4IO7A 4XKPA 5TU0A 1SI0A 1FCKA 1B5HA 1LBCA 4C1UA 1WDNA 3D4CA 3UK4A 1B51A 1YTVA 3D4GA 3C31A 4KI0E 3T22A 4R9FA 5I2KB 5CBSA 3CG1A 4G8MA 2VOZA 4F18A 5I57B 3OD7A 3THIA 5I56A 4JWOA 4HCYA 4EXKA 1QKBA 2ALUA 4TLLB 4LZ8A 2WOKA 3KJTA 1B6HA 4OWDA 4F2OA 1N3WA 1SVXB 4LATA 1LB8A 1MPBA 1AH5A 4C0RA 3O6GA 2Q2CA 1H45A 2GRVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1IXIA 1VFDA 4GL8A 5I7IA 4WEDA 3C35A 1H44A 4QF9A 4K3FA 4PETA 1US5A 3SETA 4KR5A 3FUZA 5LOMA 3LSLA 5H8NB 2FVZA 3O6HA 4QSEA 5FBPA 4GF8A 1CB6A 4RK9A 2ZMBA 4E0WA 1FPBA 2WKYA 5ICTA 4N81A 2I58A 4GIZA 3MUQA 1FBFA 1JW5A 4DIGA 3FD3A 3HO7A 1MY2A 2I49A 2QSXA 4G61A 4F1YA 2B3BA 3KEIA 4DCYA 4ISUA 1FPIA 4PFRA 5ET6A 2RF1A 1EZPA 4POXA 4FIMA 2MKZA 1USYH 4R9GA 2ZNTA 2H99A 3TTMA 4F31B 2XD3A 3SERA 3RPLA 3PPPA 4LQ5A 2PFYA 4MCOA 3ZS6A 4EQ7A 2FBPA 3FBPA 3HHGA 1DCUA 2ZNSA 1OQHA 2DE2A 2RCBA 5CRYA 1WODA 3I5OA 2RC9A 1Y3NA 1N84A 4Z7EA 4UA8A 2BJJX 3TDJA 2P3NA 4OENA 2VD2A 2RINA 1B0LA 5IM2A 4O8MA 3K6XA 3T9VA 1RDYA 4XKQA 1MPCA 3R7XA 1Z7ME 3W9VA 1B58A 5L9MA 3G3HA 4PFIA 2YJPA 3SESA 3KZGA 4ZE9A 3A3CA 3FVGA 4YB7A 4EXLA 1SYHA 2X26A 4P0GA 3SEXA 1NUZA 3FTOA 5FTIA 3E3KA 4N8GA 4PF8A 5TPAA 3ISPA 3VXBA 5H8FA 2GQ1A 2B65A 3PD9A 4NTLA 1KZ8A 1PB8A 1DBZA 4BDOA 2R9JA 1LBZA 1AOVA 1EU8A 1MY4A 4ESWA 2X7PA 4N6PA 3H6WA 2D21A 1B2HA 3EF7A 3MP1A 4F2QA 5EYHA 3PUXE 5I2NB 3I6VA 2WYKA 5DVJA 5CBRA 2ABHA 4UABA 1LCTA 5KDTA 3F11A 3FXUA 1FTAA 5L8DA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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