2REGA

Abc-transporter choline binding protein in complex with choline
Total Genus 105
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
105
sequence length
290
structure length
290
Chain Sequence
EPESCGTVRFSDVGWTDITATTATATTILEALGYETDVKVLSVPVTYTSLKNKDIDVFLGNWMPTMEADIAPYREDKSVETVRENLAGAKYTLATNAKGAELGIKDFKDIAAHKDELDGKIYGIEPGNDGNRLIIDMVEKGTFDLKGFEVVESSEQGMLAQVARAEKSGDPIVFLGWEPHPMNANFKLTYLSGGDDVFGPNYGGATVHTNVRAGYTTECPNVDKLLQNLSFSLQMENEIMGKILNDGEDPEKAAAAWLKDNPQSIEPWLSGVATKDGGDGLAAVKAALGL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords PUTATIVE GLYCINE BETAINE-BINDING ABC TRANSPORTER PROTEIN
publication title Crystal structures of the choline/acetylcholine substrate-binding protein ChoX from Sinorhizobium meliloti in the liganded and unliganded-closed states.
pubmed doi rcsb
source organism Rhizobium meliloti
molecule tags Transport protein
total genus 105
structure length 290
sequence length 290
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-09-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04069 OpuAC Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2regA01
3.40.190.100 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Glycine betaine-binding periplasmic protein; domain 2 2regA02
1XC1A 2W7YA 3CG1A 5I56A 3JZJA 4OXVA 3QAXA 4M1VA 5EHSA 4ZZEA 3RT6B 2PMSA 5FTHA 1TWYA 1QUKA 3N94A 2GRVA 1IXGA 4NF6A 1PBQA 3W9WA 4MLQA 1B51A 2B3BA 3OMBA 2IEEA 3MW0A 4GXSB 3K6WA 4LZ7A 3MVZA 2DYXA 2FYIA 1ZIUA 3EHUA 4F1VA 3VXCA 3UP9A 1GGGA 4N13A 4E0XA 3O6HA 3IAZA 2ONSA 4R72A 1UIUA 5J1DA 1O64A 3AXFA 4JWOA 4F39A 5FHOA 3H6TA 4IY6A 5ITOA 4XXUA 5TPAB 4ZE8A 4O3BA 2Q88A 3S2VA 4XTCQ 1SYHA 1PEBA 5AA2A 1MY4A 2HCAA 2CZLA 3PUWE 3T9UA 4F31B 5BWJA 4I9DA 4ZEIA 1MPBA 2I4CA 3RT8A 2VD3A 3RN8A 1B4ZA 2DS9A 3HPIA 4K3FA 4C1UA 2F6GA 2Y7KA 3F11A 1D3KA 3TCGA 4U2RA 1O7TA 4HW8A 1D9VA 2UVIA 3B6TA 5IAIA 1MQGA 1ZLQA 2RC8A 3TCFA 3O29A 1UQWA 4XKQA 4I8CA 4G4PA 4ZEKA 3PD9A 4LZ8A 3ZKKA 1MM7A 4TLMB 2HAUA 1ATGA 2A5SA 4NF8B 1D4NA 5I58B 1EZ9A 1JEUA 2F5XA 4RY1A 5I2NB 1SDXA 1KWHA 1B7UA 4U23A 4WEPA 2ZYOA 3OEKA 2GHAA 1ZU0A 1OVBA 5L9SA 2CMOA 2OWSA 4FECA 4BDNA 5HPQA 1B58A 2XXHA 3B7DA 2H9BA 4WKMA 1OQGA 3G3GA 3JV9A 1P1UA 5H8HA 3T9XB 2VGQA 2ZYMA 3MUQA 1S7YA 1BIYA 3HO7A 1H76A 2O7IA 4NF4A 3H7MA 4LP2B 3HHFA 3Q27A 1VFEA 1YPNA 2Y7WA 3FXQA 3VLVA 4GVOA 1M5CA 4ESXA 3K02A 4Q30B 3VDFA 3R7XA 1QULA 2Y84A 2XX9A 3HN0A 3OOAA 1PB8A 1NKXA 3TEPA 3MP6A 3VV5A 1TFAA 4FJPA 5I59B 1P1OA 4LQ5A 5I57A 2DWIA 4X1DA 2ZYKA 4DXCA 4OZ9A 2DWAA 1FTLA 3FXUA 3D4GA 5H8QA 1MM6A 3KN3A 1B3GA 1S9TA 3S9EA 4THIA 2F8DA 3A3CA 1CB6A 3GBBA 3V8XB 4RYAA 3FVOA 3ZKLA 3M8UA 1LSTA 3C31A 2QSXA 5HM4B 2UYFA 4XKNA 4DLDA 1GVCA 1M5DA 2QPQA 3EHTA 2REJA 3ILUB 3S4UA 2QS4A 5ICQA 4EQBA 1N04A 5CMBA 2UXAA 4PFYA 3UA8A 3MVWA 4GLIA 3S9NC 1JQFA 1ZJLA 2X26A 3H4ZA 3N6UA 4PFWA 1LBCA 3M3FA 4QFKA 4KQPA 4DCYA 4FIMA 4NWCA 5H8FB 1NNPA 2Z8FA 3IOUA 3KEIA 1DPPA 4PFUA 2RKMA 2XXUA 1N7XA 1OIBA 5TU0A 3IB2A 1WVJA 4NWDA 4EF2A 2WKYA 5I2KB 3FGSA 2RCAA 1QW0A 3IX1A 1MS7A 2I48A 2DQVA 3SEUA 1SW1A 3D4CA 3H3GA 1LFIA 1XT8A 3Q25A 4ZE9A 4GD5A 3FXRA 1S50A 1PC3A 2DVZA 2P1SA 3C32A 4YU0A 3K1PA 3RQTA 1TFDA 3T93B 1R9LA 3TZAA 1FTOA 4YKIA 5H8SA 4OENA 4H5FA 1N3XA 1MXZA 3OEMA 3PUXE 3LSLA 4GFRA 4LONB 3H6UA 3BFTA 5AA4A 3OENA 3CFZA 3MPKA 4ELOA 3E4RA 2ZYNA 3EQ1A 2DOJA 2OZZA 4R9FA 5LOMA 3LR1A 4ELQA 3K2DA 1OVTA 2QS2A 5CBSA 1R9QA 1HSEA 2XXWA 5AA2D 4OWDA 1UIVA 3MVXA 5CMCA 4OETA 2NVUB 3CRBA 4RK9A 3G7WA 4G8NA 3I6VA 2DXRA 2QS3A 2I0CA 2D3IA 4ZS9A 4AB6A 4IB2A 1B0HA 2QMXA 2DSFA 4F18A 4KPTA 4OFLA 1IXCA 3T9HB 3QXMA 2H98A 1JW1A 4NF5B 1H45A 2F7BA 5F1QA 1IQ7A 3PD8A 4IO3A 3GBAA 4NTLA 1FTKA 3UK4A 2O69A 3O6GA 2OBGA 3IJXB 4R74A 1NL5A 3KOSA 1R1NA 4DCXA 1LB8A 3PV0E 5TP9B 1XVXA 4H8JA 3DLNA 1MXWA 4IO6A 1T0KA 4RXLA 5H8FA 3RUMA 4EF1A 4F3GA 1SBPA 1M5BA 4DE8A 3O9PA 4GOTA 3BBRA 2VD2A 4R2BA 3WAFA 2DXYA 3K01A 1MPCA 3PUVE 4X1BA 2F7CA 2ZXTA 5BUUA 3CSGA 3MP1A 4BDRA 2H5YA 1XVYA 1I6QA 3BFUA 3K6VA 4O3CA 5I2KA 3IOTA 2F35A 3EN3A 4F1UA 5FHNA 3A3UA 4RPOA 2R6GE 3K1NA 2D21A 1A55A 1SD3A 1B3EA 2LAOA 3M3KA 2A5TB 4WEDA 1HSLA 1M5EA 3GLBA 2Q9TA 4QSDA 1LGBC 3O6IA 4H67A 1FQFA 3OSRA 1URSA 3MZ1A 3PMXA 4F22A 3HCQA 2FNCA 4GL8A 1Y3PA 1MG1A 1N7WA 2XXPA 4IO5A 4U21A 1QKBA 1IITA 1FTJA 3VLUA 3CG3A 4U4XA 2I3VA 4QFLA 2QS1A 4IO7A 1YTVA 5DEXB 5CM6A 3I5OA 1QJMA 1Y3QA 4QFNA 4KCDA 2ZNUA 3T9VA 2I3WA 4IY5A 3DP8A 4P0GA 3UORA 4OMBA 1B2HA 1LAHE 3MVYA 3M3LA 3S9MC 4JB7A 2PYYA 1NFTA 1A54A 3G3KA 1OLAA 4X48A 5A5XB 3FV2A 4R9GA 4NF5A 4BDMA 1RYXA 2Y7IA 3FUZA 2I49A 5CMKA 4H65A 2V3TA 4I62A 3CFLA 4FEDA 1POTA 4YKKA 1MXUA 4OFJA 4L17A 1ZMGA 2VOZA 4ZEBA 3KSXA 3W9VA 4R73A 4DIGA 3IB1A 4G68B 4KD5A 5M2VA 3THIA 3MP8A 3LBSA 2OLBA 1P1WA 2XXQA 3RY3A 3TTNA 4IGRA 3LUYA 4ONYA 1MY1A 3MZBA 4KYSA 2G29A 1WODA 3PMWA 1MXXA 2I4BA 5KCJB 4HS7A 1MQHA 3Q29A 4MLVA 4GQOA 3HSTA 3MC2A 1VR5A 1ZBMA 3FIRA 4G8MA 1DSNA 5ICTA 2F36A 4POXA 3IO4A 2XXTA 1EH3A 3DP6A 1LAGE 3CI8A 5CI5A 4TQUQ 1Q35A 2A5TA 1JNFA 3O28A 5FHMA 4RPNA 3FATA 1FW0A 1MXYA 3VVEA 5TPAA 4OERA 4KYEA 4U1ZA 1FQDA 4OYVA 4NE4A 1MXVA 5K2YA 1P1QA 3C34A 1B3HA 3TDJA 1RKMA 3MJNA 1R6ZA 2RC9A 4YMAA 1MY0A 3SETA 1LCFA 4F3SA 3VFJA 4XIGQ 2Q8JA 1B52A 4BDOA 1BTJA 1SI1A 2UVGA 3IO6A 5KDTB 3UGWA 1B6HA 2ANJA 1JVYA 4KHZE 1YAEA 1UTHB 4HCWA 1ZTYA 3PUYE 1P1NA 3CFXA 3L6HA 3E13X 3SESA 1H3DA 2NUVA 1Y1ZA 3DM0A 5DT6A 2PBWA 4ECFA 2Y7PA 2GFEA 1Y1MA 3OO9A 3V5AA 1NH7A 4DZ1A 4M4GA 1BLFA 4RA1A 1EU8A 1NNKA 3S9LC 2QJEA 3I3VA 3K6UA 4NF8A 5I58A 3Q28A 3PPQA 5I2NA 1SW4A 1DTZA 2GHBA 3OSQA 2H99A 5I56B 3E9XA 3MAMA 4R6KA 1IZ1A 4F1YA 1VSOA 3KN7A 1FQEA 1N3WA 3FZVA 3ONMA 1AIVA 3T66A 4G68A 4U4SA 4NF6B 1N84A 1II5A 4ZEFA 3KJ7A 3PGFA 4RK2A 3TMGA 3FV1A 1Z7NE 1Y4CA 3QUFA 2O68A 3RTWB 5IKBA 2AYSA 4MF3A 2XXXA 3QK6A 3V89B 3FVGA 4G8HA 4EDPA 5KCJA 1US5A 3G3IA 3USDA 2GH9A 4POWA 4F3BA 5CMMA 2OJTA 2THIA 1Y9UA 3SDFA 4YMBA 4Q5TA 1DPEA 2H25A 5DVJA 5B7DA 5I59A 2ONRA 2Q89A 1XS5A 3CR9A 4PE5B 1XOCA 1B0LA 4ZDMA 2O1MA 2XHDA 1AMFA 3RLFE 1B46A 5L8DA 2XX8A 1B05A 2E0SA 2XD3A 4ELRA 2OWTA 2V25A 4X9TA 1LBBA 4LUBA 5AA2B 4ZEDA 3K1MA 1MDQA 2Z23A 3FD3A 1AOVA 1A8FA 1M5FA 4F29A 3V83A 2O51A 4GL0A 3B6WA 2ZMBA 4OEUA 1B1HA 3IL1B 3U1OA 4N6PA 4UA8A 5AA3A 1VE4A 4JWYA 3WAEA 3U72A 3G3JA 2NOOA 2KLFA 3TQLA 5EYFA 2P0SA 2DE2A 3HV1A 3CIJA 3LSFB 5KDTA 3SEXA 4JSOA 2B3FA 2RINA 2DVCA 3R6UA 2HZLA 4Z7EA 3PMVA 3PPOA 2XXYA 2F6PA 4ESWA 3RNNA 1B5HA 2DWHA 4R6YA 2RC7A 4H5GA 4LA9A 1B40A 2F34A 4FORA 4YKPA 3SEYA 1B32A 3T22A 4EUOA 4N07A 3BKIB 2IA4A 1SYIA 3N6TA 3OD7A 3C35A 2F97A 1DTGA 2OCUA 4KI0E 5ITPA 4C1TA 2HQ0A 4E0WA 4PFTA 1CE2A 2Z8EA 1XHYA 4OQOA 1NMUA 4U22A 1A99A 3MWBA 4LVQA 4NMYA 5H8HB 4ZZAA 1BP5A 2HZKA 1MQJA 3T96B 1EZOA 3OELA 4NF4B 3EPEA 1YCJA 3LSXA 4O3AA 1IXIA 4ELPA 1MDP1 5DVIA 1WDNA 1JVXA 2ESNA 4AB5A 4EQ7A 3PUZE 5JTYB 3C9HA 3KJTA 2V84A 4G68C 1PB7A 1LB9A 5K2XA 1IUDA 2X7QA 2VP1A 4QSEA 1P99A 3U93A 1H43A 3TTMA 5I57B 1AL3A 1B3FA 3IB0A 3K00A 5JK4A 4Q0CA 2E1SA 3PPRA 3P7IA 4R75A 4GIZA 1POY1 1MQDA 3K0VA 1J1NA 1Y4TA 3PU5A 4PETA 4YZZA 1GTKA 5H8QB 4OESA 1LCTA 1B7HA 2F7AA 1I6BA 5ELVA 5L9OA 3TKDA 1LFGA 2V3UA 3O2AA 3FVKA 4BDQA 3U8QA 5B70A 5HBCA 2RCBA 3H6WA 3EF7A 4JXIA 2QMWA 2H4IA 1IIWA 3L6GA 3RPWA 2R9JA 1RYOA 1O63A 1JW5A 4HCYA 5DVFA 3FJMA 1GV8A 1B4HA 3OO7A 1MY3A 4BDLA 4YKJA 2NXOA 1MPDA 3O66A 1NH8A 3LC8A 5KZTA 4TLLB 2XX7A 3FJGA 2FA7A 4H0WA 1B1XA 3PPNA 1MH4A 3TTKA 2QL3A 3H6VA 4RJZA 1SI0A 3E3KA 5AA1A 2O7UA 5TP9A 4U1OA 3IOWA 3TCHA 4EXKA 5DYHA 3MQ9A 4TOZA 3IORA 4FE8A 3ODBA 3QUJA 1B3LA 1QUIA 4JBZA 1ZKBA 1US4A 3RGYA 1QUJA 5AE4A 2VHAA 2DE4A 3C33A 1IXHA 1SW5A 4YAHX 2PT2A 1DMBA 2R71A 1QKAA 1SVXB 3IR1A 2I6EA 1Q1KA 3SEWA 3JYRA 1FCKA 3ZS6A 1FTMA 1SQYA 4F2QA 4F2OA 3TELA 3DELB 5JEIA 2AIXA 2HAVA 3EHSA 1QVSA 2ALUA 3FASA 3W15C 3N26A 1NNFA 3IJOB 1A8EA 4OTEA 3ILTB 5JTYA 3G3HA 4GWOA 3GXAA 4KR5A 4KFQA 4WXJA 2OK2A 2PX1A 5EHMA 3MBPA 4LQ2A 1LAFE 1N0TA 1URGA 3KN8A 3KOTA 2Z8DA 3U92A 2HEUA 4MBPA 3U94A 4ND9A 2F78A 3ECRA 4R6HA 4JDFA 4QFPA 4C0RA 5AA4B 1FQBA 2Y7RA 1A40A 2I58A 4IO4A 1LFHA 5H8NB 2ONKE 4GF8A 4YB6A 5DEXA 2HFBA 3K4UA 1PB9A 4G2ZA 4P0IA 4IO2A 3KSJA 4OHNA 3SERA 1PDAA 2HXWA 2ABHA 3FJ7A 2DP8A 3CSBA 1GR2A 4GXAA 3TQWA 2Z22A 3FVNA 4YB7A 4Z0IA 1TT1A 2M8CA 2O1LA 2G93A 2O84X 4FEBA 2PVUA 4LATA 2V3QA 2PT1A 3KBRA 1I69A 5CBRA 3OXNA 3R26A 1MH3A 4AQ4A 3MPLA 4ZECA 1JEVA 3OO8A 5A5XA 1UTBB 2BJJX 4ISUA 3B6QA 4QF9A 1USYE 3QIMA 2X7PA 4PQJA 4PP0A 2UVHA 2XXIA 2YLNA 1B9JA 1D9YA 3TTRA 3O97A 1PBPA 2XXRA 3A09A 4YB5A 1SW2A 1TXFA 2XD2A 2DWJA 1URDA 3QSLA 1I6AA 3HHGA 4RNSA 3G3FA 4UACA 4H8IA 1OQHA 2P2AA 1FQAA 4NEDA 3UN6A 2AL5A 3H06B 1AH5A 4DXBA 1Y20A 1Y3NA 4MFIA 4QSCA 2NWJA 3MZ9A 3TAJA 3VVFA 1Z7ME 4EXLA 1HSJA 2D5WA 1L5TA 3KFMA 2V93A 4IGTA 1N76A 3VE1B 3Q26A 4OFOA 1LAXA 4MH5A 1VFDA 3KG2A 5DTBA 3VXBA 2ZNSA 4OEVA 4H1XA 4QHQA 4DDDA 5L9MA 4G77A 3PPPA 1BKAA 1MQIA 3CVGA 4HTGA 4FAJA 3TODA 3TTLA 2XXVA 3OO6A 4DXUA 4JSDA 3GZGA 3SKPA 1ELJA 2O6AA 1B7ZA 3ZSFA 4KYDA 2UVJA 3IK6B 3KZGA 3QYTA 1EZPA 4LZ5A 1USYH 3TFLA 1MY2A 3VLWA 5I84A 4XKRA 3TUSA 2Q2AA 3C36A 3LSWA 4OVJA 2AL4A 2B65A 5H8NA 4EQ9A 1LLSA 3C4MA 4R2FA 2UYEA 5F7VA 2ZNTA 2REGA 1F9BA 1FQCA 1MRPA 1DOTA 1H44A 1OMPA 2Q2CA 4H6DA 5CRYA 2DE3A 4FATA 2YPNA 4GRKA 1UTHA 1ANFA 2QRYA 1JW4A 1NNTA 2RF1A 3DP4A 4KCCA 4F3PA 1B5IA 3SEVA 3TPAA 3N5LA 1IEJA 5FTIA 5CC2A 2YJPA 3UIFA 3TYHA 4QRZA 4YICA 1JETA 5ISUA 3VVDA 1OLCA 4Q8RA 1A7LA 3KGCA 4I1DA 3IOVA 4P11A 4F19A 4JWXA 4QFOA 3RTFB 1UTBA 4BLAA 2I0BA 1B5JA 3H03A 4XKPA 3K6XA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1XC1A 4O8MA 2W7YA 3CG1A 5I56A 3JZJA 4OXVA 3QAXA 4M1VA 5EHSA 4ZZEA 3RT6B 2PMSA 5FTHA 3U65A 1TWYA 1QUKA 3N94A 2GRVA 1K9ZA 1IXGA 4NF6A 1PBQA 3W9WA 2VPNA 4MLQA 1B51A 2B3BA 3OMBA 2IEEA 3MW0A 4GXSB 3K6WA 4LZ7A 3LV0A 3MVZA 1IMDA 2DYXA 2FYIA 1ZIUA 3EHUA 4F1VA 3VXCA 3UP9A 4PDHA 1GGGA 4N13A 4E0XA 3O6HA 3IAZA 5EYHA 2ONSA 4R72A 1UIUA 5J1DA 1O64A 4X04A 3AXFA 4JWOA 5ET7A 4F39A 5FHOA 3H6TA 4IY6A 5ITOA 4XXUA 5TPAB 4ZE8A 4O3BA 4JVDA 2V4CA 2Q88A 3S2VA 3MSTA 4XTCQ 1SYHA 1PEBA 5AA2A 1MY4A 2HCAA 2CZLA 3PUWE 4N81A 3T9UA 4F31B 5BWJA 4I9DA 4ZEIA 1MPBA 5EYGA 2I4CA 2KR0A 3RT8A 4MNIA 2VD3A 4XF5A 3RN8A 1B4ZA 4N6DA 2DS9A 3HPIA 4K3FA 4C1UA 2F6GA 2Y7KA 3F11A 1D3KA 3TCGA 4U2RA 2HXRA 1IMAA 1QGXA 1O7TA 4HW8A 1D9VA 2UVIA 3B6TA 5IAIA 1MQGA 4PBHA 1ZLQA 2RC8A 3TCFA 3O29A 1UQWA 4XKQA 4I8CA 4G4PA 4ZEKA 3PD9A 4LZ8A 1FBHA 3ZKKA 1MM7A 5A5LA 4TLMB 2HAUA 1KA0A 1ATGA 2A5SA 4NF8B 1D4NA 5I58B 1EZ9A 1JEUA 2F5XA 4RY1A 5I2NB 1SDXA 1KWHA 1B7UA 4U23A 4WEPA 2ZYOA 3OEKA 2GHAA 1ZU0A 4MMPA 1OVBA 5L9SA 2CMOA 2OWSA 2FHYA 4FECA 1G0HA 4BDNA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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