2REGA

Abc-transporter choline binding protein in complex with choline
Total Genus 105
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
105
sequence length
290
structure length
290
Chain Sequence
EPESCGTVRFSDVGWTDITATTATATTILEALGYETDVKVLSVPVTYTSLKNKDIDVFLGNWMPTMEADIAPYREDKSVETVRENLAGAKYTLATNAKGAELGIKDFKDIAAHKDELDGKIYGIEPGNDGNRLIIDMVEKGTFDLKGFEVVESSEQGMLAQVARAEKSGDPIVFLGWEPHPMNANFKLTYLSGGDDVFGPNYGGATVHTNVRAGYTTECPNVDKLLQNLSFSLQMENEIMGKILNDGEDPEKAAAAWLKDNPQSIEPWLSGVATKDGGDGLAAVKAALGL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transport protein
molecule keywords PUTATIVE GLYCINE BETAINE-BINDING ABC TRANSPORTER PROTEIN
publication title Crystal structures of the choline/acetylcholine substrate-binding protein ChoX from Sinorhizobium meliloti in the liganded and unliganded-closed states.
pubmed doi rcsb
source organism Rhizobium meliloti
total genus 105
structure length 290
sequence length 290
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-09-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04069 OpuAC Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2regA01
3.40.190.100 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Glycine betaine-binding periplasmic protein; domain 2 2regA02
2ONSA 1FQFA 3EHUA 4C0RA 1HSLA 2REJA 1N0TA 5DVJA 1H43A 2P1SA 3ZS6A 1A54A 4NTLA 1URGA 2Y7WA 5DT6A 4LATA 1N7WA 2Z22A 4N13A 1JW4A 4R9FA 2QS2A 2ZNTA 5CMMA 2DSFA 2H25A 2HXWA 3W9VA 3KN7A 3QUFA 3TTKA 5B7DA 1BP5A 3OELA 2QPQA 1FQEA 3UORA 5ISUA 1I69A 1ZJLA 2UVGA 1BKAA 1H3DA 3U8QA 1Y4CA 3C33A 2D5WA 1M5FA 1RYXA 4E0XA 2F6PA 3PPQA 3O9PA 3VLUA 2H4IA 3H06B 4NF8B 4WEPA 1I6BA 3C9HA 4KQPA 1FTKA 2VHAA 2UVIA 1QKAA 3TTMA 2Q88A 3MVXA 1JNFA 1MPDA 3H6VA 1HSEA 4G8NA 3H4ZA 4X9TA 2P0SA 1AH5A 1SDXA 3V8XB 1LAFE 3SERA 5ICTA 3IB0A 4EF2A 2DXRA 4F19A 4NF8A 5AA3A 1B3GA 4YKIA 2OK2A 2ZXTA 1DSNA 5IAIA 4ZECA 2RC9A 5DYHA 1B5HA 4YKKA 1B51A 2DXYA 3SEYA 4ZZEA 4Q30B 3FVGA 1MPBA 3DP6A 2XXWA 3GBBA 4EUOA 1MXZA 1SQYA 1UIUA 1LGBC 3K4UA 2ANJA 4DXBA 5FHMA 1ZU0A 1TWYA 1P1WA 3TMGA 4JBZA 4DZ1A 4GOTA 4XTCQ 4BLAA 1MQDA 2O7IA 1A55A 3M3LA 3OO6A 3UK4A 1B40A 1JEVA 2ZYOA 3MPKA 1B46A 2Y7PA 3GBAA 3N94A 2HQ0A 4LVQA 3IOUA 2G93A 4R73A 5B70A 4HW8A 3RY3A 1B4HA 2F78A 2HAUA 2XXHA 3TQWA 1GR2A 4P11A 3FJGA 4U21A 2PX1A 3KG2A 1QUIA 2I0BA 3V83A 1XHYA 2VOZA 3HCQA 4H5FA 1EZ9A 3DLNA 4NF6A 3RT6B 3MZBA 1LAGE 4Z0IA 1YPNA 1A99A 3C31A 3PGFA 4NF5B 5DTBA 3M3FA 2F5XA 4BDRA 4DCXA 4N6PA 2D3IA 4BDQA 4H0WA 3CVGA 3DM0A 3Q28A 3C36A 3BKIB 3N6UA 4JWYA 4JDFA 3KSXA 2XXYA 3H03A 4O3BA 4F3SA 3CIJA 3HHFA 4NE4A 2RCAA 3RN8A 1H76A 4NF5A 3QXMA 2O1MA 4KFQA 4Q5TA 3C4MA 5EYFA 3FV2A 2FA7A 1SVXB 4LQ5A 2DWAA 2ABHA 3T9HB 4NMYA 4QSEA 1PB9A 5IKBA 4ZDMA 4F1YA 3DP4A 3BBRA 1TFAA 4ZEBA 3IJXB 3IB2A 5DVIA 3PPOA 3VVDA 2R71A 3ZSFA 4PFYA 3CSBA 4JWXA 5CMBA 1FTMA 1A40A 1YAEA 3PMXA 2I0CA 1DTGA 5ITOA 1SI1A 3FUZA 3FVOA 4AQ4A 4Q0CA 1QVSA 2D21A 3MJNA 4PFWA 3EHTA 3OOAA 4F39A 4ZEFA 1OQHA 1IEJA 1SBPA 1US4A 3H3GA 1ANFA 4FJPA 4RK9A 1AIVA 3BFTA 3QK6A 4YU0A 4I1DA 4FORA 3QUJA 2NUVA 1O7TA 2QRYA 3MZ9A 2YPNA 2HAVA 4KD5A 1WDNA 2OWSA 3D4GA 2PYYA 1DPEA 5H8HA 3KFMA 3THIA 4RNSA 1AL3A 1M5BA 3S9MC 1PBPA 3PUYE 4U4XA 4FEBA 3PPNA 5KDTB 4F1UA 2I58A 2QS3A 5K2XA 4EXKA 1B4ZA 4G4PA 4BDOA 4GD5A 3PMVA 1JVYA 3FD3A 2DYXA 1NNKA 4G8HA 4HTGA 4LZ8A 3Q26A 2V93A 4YB7A 4AB5A 1ATGA 3ZKKA 5LOMA 5KCJB 1P1QA 1P1OA 4GQOA 5FHNA 4XKQA 3M8UA 5KDTA 4Z7EA 2RINA 1S7YA 3RT8A 1LAXA 3MVYA 4QFOA 4U23A 1N3WA 3TPAA 2I3WA 2P2AA 2PMSA 5KCJA 4FECA 4R2BA 4POXA 3PUZE 3PV0E 4O3AA 4LZ5A 4IB2A 1URSA 1PC3A 3S9EA 4YB6A 3GZGA 4MFIA 1MDQA 3MBPA 4K3FA 4NWCA 3FV1A 1NKXA 4R75A 4RK2A 1SW2A 2ZNUA 4I62A 3SEXA 3N5LA 3KJ7A 4L17A 2V3TA 3EPEA 3G3KA 3D4CA 4YKJA 2DQVA 3E4RA 3PPPA 2NXOA 1XVXA 3U92A 4H65A 1UTHB 1Y4TA 4IO4A 1ZBMA 4EF1A 2YLNA 4F3PA 4KYSA 3TCFA 3QIMA 2DWIA 4KR5A 3TCHA 4DCYA 1IXCA 4G8MA 4YB5A 5I59B 2Y84A 5M2VA 2E1SA 2A5TA 3ILUB 1Y1ZA 3S2VA 3L6HA 3PU5A 3WAFA 3LR1A 3SEUA 1UTHA 2Q8JA 2Z23A 4M1VA 2X7QA 1PDAA 1H44A 3KBRA 3UGWA 2NVUB 3MAMA 1XC1A 4OFJA 3U94A 4XIGQ 3L6GA 3SEWA 1SW1A 1PEBA 3PPRA 1B7ZA 4ZEDA 2E0SA 5I59A 3H6TA 3G3HA 3KOTA 5HM4B 1LCTA 3CSGA 3FJ7A 1JETA 1EU8A 3K1PA 3IB1A 2DE3A 2F36A 4RXLA 5JEIA 2F7BA 1AOVA 1AMFA 1QKBA 3F11A 5DEXA 5AA4A 2FYIA 1S9TA 3G3JA 5CI5A 3R7XA 3FVNA 5EHSA 1VR5A 2DE2A 4R6HA 2NOOA 3LSXA 3IO4A 1GV8A 2QL3A 3TAJA 3TTNA 4E0WA 1MY2A 3FGSA 4OENA 3FZVA 4DE8A 5L8DA 1VFDA 2AYSA 3RQTA 3T93B 1JEUA 3SEVA 2RC8A 1B52A 4LQ2A 2DP8A 2XX9A 3O6GA 3K01A 4YMBA 1M5DA 1IXHA 1FTLA 4QRZA 1USYH 4F22A 4F29A 4NWDA 3IO6A 3IL1B 1MQHA 3RNNA 4ESWA 3K0VA 4OZ9A 2KLFA 1L5TA 5A5XB 2DE4A 3FASA 4U4SA 5FTIA 3S9LC 3BFUA 1OVBA 3VXCA 2V25A 2I49A 1MXVA 3R6UA 4KI0E 4OXVA 3TTRA 3FXRA 1LCFA 4TOZA 4ZEKA 2O84X 3O29A 2B3FA 1MH3A 5A5XA 1LB8A 4F2OA 3JZJA 2I48A 3FATA 4XKPA 1PBQA 2R6GE 3AXFA 3USDA 3VV5A 3TKDA 3K2DA 5JTYA 5K2YA 1LFIA 4X1DA 4F3GA 3K6XA 2AL4A 3OO7A 3VE1B 3VDFA 4NF6B 2NWJA 1NNFA 3ECRA 3S9NC 1SW5A 1LBBA 1FCKA 4I8CA 3KEIA 1US5A 4G68B 3U72A 4WEDA 1XOCA 2GH9A 3TDJA 1LAHE 3U93A 3VVEA 2AIXA 2XXPA 2V3QA 3MVZA 4IO5A 3CG1A 4YMAA 2QMXA 4ELRA 1TFDA 1ZTYA 2Y7KA 3UN6A 2OCUA 1B0LA 4IO3A 1P1NA 4G68A 1FTOA 1KWHA 4ISUA 2WKYA 4YAHX 4KYEA 2CMOA 1QJMA 4WKMA 4OFLA 3KGCA 5KZTA 1USYE 2ZYKA 4EQBA 4OETA 2XHDA 3G3IA 3LC8A 4MLVA 1JQFA 4ONYA 1T0KA 3KSJA 3K02A 4LONB 2QMWA 3IOWA 5EHMA 4ZEIA 2THIA 3E9XA 3W15C 2RF1A 1ZIUA 3EN3A 4FATA 3T9XB 4OEVA 4FEDA 4ND9A 4OTEA 3ZKLA 3CG3A 1QW0A 1VE4A 1Y3NA 3RTFB 5TPAA 2ONRA 4R2FA 5HBCA 1B3EA 1Q35A 3B6WA 3KJTA 2Y7IA 4M4GA 2HCAA 4ECFA 1MXUA 1MXXA 2DVCA 2F7CA 1YTVA 3B7DA 4N07A 5CBRA 5CBSA 1J1NA 3G3GA 1IITA 4X1BA 4PFUA 5H8HB 3B6TA 1OLAA 1H45A 3Q25A 2Z8EA 3MP6A 2I4BA 1B1HA 2IA4A 3O97A 1SI0A 4YKPA 1Y9UA 4EQ9A 4U1OA 3TFLA 2RKMA 4KYDA 1SYHA 4WXJA 2O6AA 4IO7A 4PFTA 5TU0A 1NH7A 4ZS9A 2UVHA 1SW4A 1B0HA 3PD8A 4MBPA 3QYTA 4OESA 4YZZA 3FJMA 1ZLQA 2F97A 4DXCA 4PETA 5FTHA 4DDDA 4ZE9A 4R6KA 2XXXA 5I84A 1OMPA 3E3KA 5TP9B 1Y3QA 3IR1A 4QF9A 4HCWA 4TQUQ 4EQ7A 1MQGA 1B3HA 5L9SA 1MY0A 3UA8A 2XX8A 4YICA 3JV9A 5F1QA 1B5IA 1SD3A 4ELOA 4JWOA 4U2RA 4UACA 3TQLA 2Z8FA 3CFZA 4LA9A 2DOJA 2XXIA 1B2HA 3OSQA 5I2NA 2ZYMA 5TP9A 2QSXA 2Q89A 5BWJA 3S4UA 1N76A 2AL5A 4F1VA 1IXGA 3P7IA 4GWOA 5HPQA 2PBWA 3O28A 3KN3A 3IK6B 1B1XA 3MC2A 2R9JA 1A8EA 3MVWA 2HEUA 4H5GA 2A5TB 3OEMA 4GLIA 1MM7A 3RLFE 3N26A 2ONKE 1D4NA 4G2ZA 2IEEA 4H1XA 3HO7A 3ONMA 4C1UA 3KZGA 5BUUA 3HV1A 3Q27A 4RJZA 4HS7A 4AB6A 1M5CA 3O6IA 4H8IA 1LLSA 3LSLA 1IIWA 1M5EA 5I56B 2GFEA 4DIGA 5AE4A 2QS1A 2O69A 1D9VA 1ELJA 4OYVA 1MS7A 3OEKA 3TEPA 1EZPA 3HHGA 4ZZAA 4OQOA 1POTA 5DEXB 5ITPA 5AA4B 3MPLA 2XD3A 1NNPA 3VXBA 4F31B 2BJJX 1XS5A 4FAJA 5L9OA 5I56A 3OD7A 1Y20A 2VD3A 4R72A 3SETA 1BIYA 3MW0A 5H8NB 4IGTA 1RYOA 1FQDA 1MDP1 4HCYA 2I4CA 3KN8A 3RPWA 1P99A 4IY5A 3CFXA 2F7AA 3OSRA 5H8QB 1URDA 3E13X 2GHAA 4H67A 4H8JA 4LZ7A 2DS9A 1DPPA 4C1TA 4XKRA 3PUXE 1B58A 1MXWA 2H9BA 3O6HA 4P0GA 5H8NA 3EQ1A 3VLVA 4P0IA 1FQBA 1WODA 4QSDA 1B5JA 1BLFA 2VD2A 3EF7A 3K00A 4QFPA 5H8QA 5F7VA 1SYIA 4PP0A 1GTKA 3A3CA 3C35A 2Q9TA 3TZAA 3U1OA 4F3BA 1UIVA 4RYAA 1MY4A 1PB8A 4FIMA 1B3FA 1NH8A 3WAEA 5I2KB 1Q1KA 3HN0A 1MQJA 2HZLA 2DVZA 1OQGA 3IOTA 2LAOA 1YCJA 3MUQA 4UA8A 3HPIA 1D9YA 4O3CA 5JTYB 2YJPA 1B3LA 4R9GA 4BDNA 2I3VA 2HFBA 4IO6A 1DOTA 3LBSA 1FTJA 4I9DA 1NMUA 3H6WA 4QSCA 5I2KA 1GVCA 3FXQA 1XT8A 4F2QA 4GVOA 3V89B 3PD9A 3PMWA 4OERA 2VP1A 1QUKA 4GRKA 5H8SA 2F35A 4IO2A 1PB7A 4XKNA 4JSDA 3CI8A 3C34A 4OEUA 1A8FA 1MY3A 4GXAA 2X26A 5ELVA 3MP8A 5CC2A 4RPNA 3ILTB 4TLLB 2XD2A 5I58B 3I5OA 3LUYA 4ELPA 5JK4A 2CZLA 3O2AA 2I6EA 1LB9A 3VLWA 2ALUA 1OVTA 4IGRA 2A5SA 3LSWA 4QFLA 4RA1A 1HSJA 3IAZA 3I6VA 3V5AA 2REGA 3HSTA 4EDPA 1FQAA 1B9JA 2H98A 4GXSB 1JVXA 5CMCA 3FVKA 5I58A 1CB6A 5AA2D 4LUBA 4QHQA 2XXRA 2M8CA 1II5A 1N84A 4NEDA 5L9MA 1BTJA 1B6HA 2B65A 1N04A 1N3XA 3T66A 1IUDA 3R26A 2UXAA 5TPAB 1N7XA 3GLBA 2OWTA 5CM6A 4FE8A 2OBGA 2F8DA 4KCDA 4THIA 1I6AA 3TUSA 3A3UA 2DWJA 1R9QA 1UQWA 3SESA 1ZMGA 3TYHA 2O1LA 4R74A 4GFRA 4DXUA 3CFLA 3IJOB 1B7HA 3GXAA 2Z8DA 4JB7A 5H8FB 5DVFA 4MLQA 3OO9A 3TODA 3CRBA 3IOVA 3T22A 3W9WA 3SDFA 2OLBA 5I57B 1D3KA 2W7YA 1B7UA 4GL0A 2FNCA 3T9UA 4OHNA 1P1UA 4G77A 4OMBA 3MQ9A 1B05A 5H8FA 5J1DA 1JW1A 3KOSA 3QSLA 1A7LA 2PT2A 3T96B 3RUMA 1EH3A 1IQ7A 1CE2A 3I3VA 3N6TA 3VFJA 3RGYA 4X48A 5I57A 1DMBA 2V3UA 3EHSA 2DWHA 1O63A 3IORA 3K6WA 3K6UA 5FHOA 1EZOA 3UP9A 3G3FA 4TLMB 2B3BA 3B6QA 4OFOA 3K1NA 1QUJA 1XVYA 4PQJA 3MP1A 1OLCA 4EXLA 4IY6A 1WVJA 4GL8A 2X7PA 3TTLA 4KCCA 5CRYA 3PUVE 5ICQA 4R6YA 4NF4B 3OXNA 4DLDA 2XXUA 4RPOA 3G7WA 1IZ1A 1JW5A 2OZZA 3PUWE 3RTWB 4Q8RA 3QAXA 4F18A 2XXQA 1FQCA 2Y7RA 3MWBA 3OO8A 4JXIA 5I2NB 2O68A 4POWA 2PT1A 1MG1A 3MZ1A 3H7MA 4QFKA 1VFEA 3C32A 2XXVA 3LSFB 5CMKA 3K6VA 5AA2B 4QFNA 1MRPA 4NF4A 3A09A 2O51A 1FW0A 2ZNSA 2RCBA 4RY1A 2ZYNA 3M3KA 3UIFA 2GHBA 2V84A 1DTZA 4MH5A 4GIZA 1QULA 1LFGA 2Q2CA 3TELA 1RKMA 2XX7A 1MPCA 2UVJA 4OVJA 3OENA 1TXFA 2G29A 2H99A 2ZMBA 3OMBA 1MM6A 1TT1A 5AA2A 1B32A 1VSOA 4ELQA 1R1NA 2QJEA 4XXUA 2GRVA 3DP8A 1LSTA 1OIBA 2OJTA 2PVUA 3O66A 2Q2AA 5AA1A 4OWDA 1MH4A 1S50A 1R9LA 4G68C 4MF3A 4KHZE 1MY1A 1MXYA 3ODBA 1UTBB 1MQIA 4ESXA 2HZKA 4H6DA 3FXUA 2F6GA 1IXIA 2XXTA 3H6UA 1ZKBA 2F34A 4BDMA 3TCGA 1LBCA 2ESNA 3JYRA 1POY1 4GF8A 3CR9A 1UTBA 1NFTA 3SKPA 3FIRA 1I6QA 2UYEA 4ZE8A 1NNTA 2RC7A 1LFHA 2VGQA 4PE5B 1O64A 3VVFA 1NL5A 3IX1A 4LP2B 3DELB 3Q29A 4KPTA 2UYFA 4BDLA 1R6ZA 2H5YA 1Y3PA 1Z7ME 4U22A 2O7UA 1Y1MA 1GGGA 2QS4A 3T9VA 1F9BA 4U1ZA 1Z7NE 3K1MA 4JSOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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