2REGA

Abc-transporter choline binding protein in complex with choline
Total Genus 105
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
105
sequence length
290
structure length
290
Chain Sequence
EPESCGTVRFSDVGWTDITATTATATTILEALGYETDVKVLSVPVTYTSLKNKDIDVFLGNWMPTMEADIAPYREDKSVETVRENLAGAKYTLATNAKGAELGIKDFKDIAAHKDELDGKIYGIEPGNDGNRLIIDMVEKGTFDLKGFEVVESSEQGMLAQVARAEKSGDPIVFLGWEPHPMNANFKLTYLSGGDDVFGPNYGGATVHTNVRAGYTTECPNVDKLLQNLSFSLQMENEIMGKILNDGEDPEKAAAAWLKDNPQSIEPWLSGVATKDGGDGLAAVKAALGL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords PUTATIVE GLYCINE BETAINE-BINDING ABC TRANSPORTER PROTEIN
publication title Crystal structures of the choline/acetylcholine substrate-binding protein ChoX from Sinorhizobium meliloti in the liganded and unliganded-closed states.
pubmed doi rcsb
source organism Rhizobium meliloti
molecule tags Transport protein
total genus 105
structure length 290
sequence length 290
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-09-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04069 OpuAC Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2regA01
3.40.190.100 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Glycine betaine-binding periplasmic protein; domain 2 2regA02
5IAIA 4KFQA 4Q5TA 1YAEA 3RGYA 1Y20A 1ZMGA 3PMXA 4N13A 4TQUQ 3IR1A 1Q35A 2A5TB 3KEIA 3IORA 4KR5A 3E4RA 4MF3A 1FQDA 4BDMA 3TTRA 4HCYA 4MLVA 1D4NA 1POTA 4RK2A 5TP9A 1MXVA 1B4ZA 2P2AA 3CI8A 1B4HA 5CI5A 4OEVA 1P1NA 3S9MC 3TAJA 5IKBA 2Q88A 1PB7A 2O6AA 2QMXA 3KJTA 5B70A 4OYVA 3M3KA 3TTNA 5AE4A 3B7DA 4O3BA 4EQ7A 4P0GA 2HFBA 1JW1A 1Y4CA 2XXXA 3TDJA 4LA9A 4QSDA 2F36A 5JTYB 2UXAA 2FNCA 1EZOA 4GIZA 3VE1B 3EN3A 1FTKA 4PFWA 3OO6A 3TELA 3EQ1A 2QS3A 1B1XA 4THIA 5ISUA 1BIYA 2PYYA 1JVXA 5CMCA 1B3EA 4FIMA 5TP9B 1HSEA 1MY0A 2O1MA 2I3WA 2F7BA 4TOZA 2ABHA 1MPBA 1IQ7A 5FHNA 5I56A 1GR2A 4R72A 1RYOA 4YMAA 1ELJA 3PPPA 3A3UA 5AA4B 4YAHX 4ELPA 4H67A 2AL4A 2E0SA 4OTEA 2V3QA 3DELB 2D5WA 2ZMBA 4JWYA 1DTZA 1YCJA 4Q0CA 2I3VA 4X48A 1PB9A 4YKKA 3K1NA 4LQ5A 3Q28A 4OFJA 2HEUA 1MPDA 5ELVA 2H99A 1DOTA 4ZEFA 3T9HB 3MUQA 3WAEA 4OETA 3K4UA 2NWJA 3SEWA 1O7TA 5TPAB 3GZGA 2O84X 3FJMA 1Y1ZA 3QUJA 4LUBA 3TCGA 3EPEA 1ZTYA 4FEDA 3V89B 3MZ9A 3FATA 1VFEA 3SEVA 3OO7A 3O97A 1NKXA 1OIBA 2Q9TA 4HTGA 1A8FA 3IOVA 2I4CA 2DE2A 3G3JA 4IO4A 4FAJA 1PB8A 2WKYA 1PDAA 2V84A 2DXYA 3HN0A 3M8UA 5CC2A 4U2RA 3O66A 2YLNA 3KBRA 3EHSA 3UA8A 1MDQA 2Z8EA 5DVFA 3K6WA 4PQJA 1UQWA 1YPNA 3IO6A 5LOMA 3MVWA 3G3HA 3H06B 4EXKA 1PC3A 2ZNUA 3CFZA 5FTIA 1XC1A 1B6HA 3LR1A 4XTCQ 2PT2A 1JETA 3QK6A 4R6YA 1ATGA 1XS5A 1ANFA 3PUYE 4RK9A 2HCAA 4DDDA 4RPOA 4ZS9A 1GTKA 4YB7A 1P99A 3R26A 1I69A 3TTMA 4LP2B 2QL3A 1Y3PA 5K2YA 4NWCA 1I6BA 4NF6B 5AA2D 2W7YA 1SW5A 2NUVA 4E0WA 3T93B 3OOAA 3TZAA 2RINA 3TODA 1MDP1 3IOTA 2RKMA 4C1UA 1GVCA 1B40A 1EZ9A 3RY3A 4R9GA 3TKDA 1QJMA 2OZZA 4FECA 5JEIA 3GXAA 1VR5A 4F2QA 1EZPA 1H45A 1N84A 5TU0A 2O69A 2UVJA 4ZE8A 2XXTA 3TEPA 2I6EA 3FVNA 2D21A 4F1YA 1ZLQA 4ZZEA 2AYSA 3GBBA 2DVZA 3LSWA 1NNPA 4DCYA 4Z7EA 2DSFA 3USDA 2DP8A 2FA7A 1Y1MA 3RQTA 2B65A 3U93A 3N6UA 2I48A 3TMGA 2DWHA 2F34A 3K1PA 3RN8A 1JW4A 1DPEA 1MXZA 5I57A 3RT6B 1BP5A 1FQFA 2LAOA 4HCWA 1NFTA 2G29A 4JWXA 4H0WA 2Y7RA 1N04A 4U1ZA 1B32A 1US4A 2DWJA 2ONSA 1QULA 2RF1A 3CFLA 3PMWA 1A55A 5BWJA 1XT8A 2V3UA 4ZECA 4YB6A 3OD7A 4KCDA 4F31B 1S50A 1IXCA 1M5EA 3FGSA 1MY1A 1P1QA 1N7XA 3S9NC 1JEVA 3OSRA 2QS4A 2I4BA 4ZE9A 1BLFA 3MW0A 4F39A 4NF5A 1NNKA 3K6XA 3OENA 1NH8A 2O7IA 3G7WA 1OQHA 3H6WA 4FEBA 4F2OA 3ONMA 4NEDA 3FVGA 1UTBA 5A5XA 3H6UA 2VP1A 4F29A 1LGBC 4GF8A 5KZTA 3O9PA 3N6TA 2FYIA 4PFTA 5H8HB 3S9LC 1FQCA 2UYFA 4F3SA 1QUJA 3BKIB 4GWOA 2H98A 4G68C 5L8DA 3TTLA 2F35A 2YJPA 1SYIA 2V25A 3FASA 3IB0A 4DIGA 5EYFA 4KI0E 4YMBA 1NMUA 1LFIA 3TPAA 4QF9A 1D9VA 3Q26A 3KFMA 4H5GA 3PUXE 3VVFA 4EF1A 2R6GE 2VGQA 3IOWA 3TUSA 1MH3A 2GHBA 4EF2A 2Y7IA 4QFOA 3SERA 1Z7ME 2ZXTA 4N07A 1Y4TA 2ONKE 3UGWA 4NF8A 4KQPA 5FHMA 1S7YA 3T9VA 3ZSFA 1H43A 1RYXA 3W15C 4YB5A 5JTYA 3C31A 2XXVA 1JNFA 5ITPA 4WXJA 1Y3NA 4BDNA 5I2NB 2G93A 4G4PA 3HHGA 3V5AA 4O3CA 1B7UA 5HBCA 3FXUA 1B7HA 1TFAA 1UTHB 1N0TA 4LQ2A 3PD8A 3EHUA 1USYE 2VD3A 4AB5A 3R6UA 4ISUA 4DXUA 2Y84A 1A8EA 1SI1A 5L9MA 1MXYA 2UVHA 1B5IA 4LZ7A 4NF8B 3KN8A 5L9SA 1PBPA 5I84A 1T0KA 4NF4A 2OWSA 5H8NB 1JVYA 1MQGA 4OXVA 1FTLA 3MP6A 5AA4A 1OQGA 2DVCA 3VVDA 1TT1A 3MZ1A 1O63A 4JSDA 2OK2A 4U21A 1LSTA 3E9XA 4ELQA 4WEDA 3PPQA 4JBZA 3GBAA 4JSOA 4HW8A 4DCXA 4GFRA 4R2FA 1PBQA 4X1DA 3T96B 1LFHA 3IB2A 3WAFA 1DSNA 2XD2A 4R6KA 3O2AA 2NOOA 4UACA 1N76A 3E3KA 1DMBA 4PP0A 3DM0A 4OQOA 3K0VA 5TPAA 4NF4B 2HAUA 3KOTA 2GH9A 3W9VA 4IGRA 4O3AA 4ZEBA 3THIA 5CM6A 2OCUA 1QUKA 3FXQA 3MP8A 4NTLA 3K01A 1QKBA 3H03A 3O6HA 4NWDA 4OMBA 2OWTA 3CVGA 3IB1A 2O51A 2QRYA 3HCQA 3HV1A 2DQVA 2PVUA 4MBPA 1ZBMA 1MQJA 2F6PA 3PMVA 4GXSB 3IAZA 4OFLA 4IO3A 1B58A 2Q8JA 3PU5A 4X1BA 1D3KA 2XXIA 3D4CA 3BFTA 2XHDA 4R75A 2ZNTA 1I6QA 1FTMA 4YKIA 1FQAA 1I6AA 1B0HA 2ZYOA 4XKPA 1DPPA 2Y7WA 1R6ZA 4LZ8A 2ONRA 2XXQA 3FD3A 1A99A 2I0CA 3N26A 3HHFA 4M4GA 3R7XA 3BBRA 5KCJB 1JQFA 1QW0A 2Z8FA 4U1OA 3KZGA 4KHZE 5I2KB 4ZEIA 4RNSA 3VFJA 4GOTA 3MQ9A 1IZ1A 2F6GA 1VFDA 2O1LA 1WODA 2I58A 5CMKA 5CMMA 2REJA 4BDOA 1S9TA 3CG1A 3UN6A 1N7WA 3RTWB 1UIUA 4IO6A 4H8IA 4ND9A 1OLAA 2XXRA 2XXHA 3GLBA 1NNFA 4NF6A 2X7PA 3AXFA 5EHSA 2PT1A 2QPQA 3S4UA 4PFUA 5CBSA 4G68B 1LAHE 4LONB 2QMWA 3LSFB 3FV2A 1VSOA 1AIVA 1FTJA 3V83A 5KDTB 1SI0A 1XVYA 3VLUA 3I3VA 4F19A 1Y9UA 5DT6A 2D3IA 1MPCA 4YKJA 3C9HA 5L9OA 2RC9A 1AL3A 4XKNA 3KG2A 3KGCA 4QFKA 3S2VA 2V93A 2GRVA 3JZJA 4KYEA 3U94A 1NNTA 3QSLA 2REGA 1B9JA 3P7IA 3MWBA 3VXBA 3Q29A 4OESA 1SD3A 3LSLA 2M8CA 2THIA 3B6QA 3HPIA 1BTJA 3TFLA 1FCKA 1JW5A 1SYHA 2ZNSA 2H9BA 1QUIA 4JXIA 3H3GA 1D9YA 3IX1A 2XXWA 3K00A 3OO9A 1II5A 3G3IA 4KPTA 3B6TA 3G3FA 3O29A 3KOSA 3C33A 2Z22A 2VD2A 2X7QA 3FVOA 3JV9A 1LB9A 3CG3A 3IJOB 3L6HA 3VXCA 1MQDA 4ZZAA 3UK4A 3UP9A 4G8HA 2P1SA 1ZIUA 2AL5A 5DYHA 1M5DA 1O64A 4RA1A 2HXWA 2VOZA 4QRZA 4GLIA 4I9DA 3D4GA 3MZBA 3FZVA 4R6HA 3H6VA 2IEEA 2DYXA 1ZU0A 2ALUA 3OEKA 4OVJA 3DP8A 1LAXA 1B3HA 1HSLA 2Q89A 4QHQA 4OFOA 1CB6A 5H8HA 2R71A 4QFLA 4G2ZA 4YU0A 4EQBA 2F97A 2RCAA 1B3GA 2V3TA 4GQOA 3C36A 4ELOA 3I5OA 3ZKLA 4R9FA 1ZJLA 4LVQA 2DE3A 4E0XA 3PPRA 2NXOA 4RJZA 4IO2A 1URGA 3KN3A 4DZ1A 3MAMA 2Z23A 2XX9A 3G3KA 1GGGA 1A40A 3CSBA 3SEXA 4IY6A 4G8NA 4F3BA 1KWHA 1B1HA 4R74A 3KSJA 1OLCA 3SESA 5HM4B 4F1VA 1B05A 2GFEA 5H8SA 3MJNA 2XXYA 3PPOA 4PFYA 4ZDMA 3MVZA 2A5SA 5DVIA 5F1QA 4IO7A 3MVYA 1N3XA 1DTGA 3RPWA 4FJPA 1LBCA 1YTVA 2HZKA 3LBSA 4P11A 5I59B 3PV0E 4RPNA 3VLVA 2IA4A 3Q25A 3O28A 5I2NA 2HZLA 5ITOA 3CR9A 1MXUA 3QAXA 1AMFA 4Q30B 1UTHA 4YKPA 3C32A 1N3WA 4ESXA 1MXWA 1URSA 3C35A 1USYH 3UORA 3H4ZA 1B51A 5JK4A 5H8FB 4NMYA 3LUYA 2XD3A 3U8QA 4IO5A 2F5XA 2QS1A 1Y3QA 4GVOA 4KYSA 1R9QA 4K3FA 5EHMA 3MBPA 5H8NA 2PBWA 3SEUA 5AA3A 5CRYA 1TWYA 1XHYA 2Y7PA 3T9XB 2CMOA 4WEPA 1SQYA 3LSXA 3FVKA 4IY5A 2ZYNA 4XIGQ 3CSGA 2O7UA 2ESNA 1H3DA 2ZYKA 1R1NA 3RUMA 3C4MA 2GHAA 1CE2A 2PMSA 3ILTB 2OBGA 2F8DA 3KSXA 3S9EA 3M3LA 4F3PA 3L6GA 3CFXA 4X9TA 2DE4A 3ILUB 4RXLA 1AOVA 3F11A 3H7MA 4H6DA 4MFIA 4QSCA 5DEXA 1MY3A 4XXUA 3DP4A 2O68A 4U4SA 1OVBA 1SVXB 5HPQA 4BDRA 1IIWA 1LFGA 4R73A 2RCBA 3SETA 2Y7KA 2H5YA 4GL0A 4NE4A 2RC8A 2XX7A 4M1VA 3Q27A 1LLSA 3OELA 2KLFA 1B5JA 1FW0A 4H65A 4L17A 5BUUA 1LCFA 3O6GA 1P1UA 3SEYA 1GV8A 2OLBA 2P0SA 4ECFA 5DTBA 5ICQA 2R9JA 4GL8A 1IEJA 1B52A 4F1UA 3K2DA 1ZKBA 3H6TA 4BDQA 1H76A 1IUDA 1B3FA 3SDFA 1Z7NE 4HS7A 1SDXA 2UVIA 4R2BA 4U23A 4YZZA 5DEXB 4GD5A 3FUZA 3K1MA 1MG1A 3C34A 4TLLB 3ZKKA 5KCJA 4QFNA 3E13X 2CZLA 1A7LA 3TCHA 3K6UA 4BDLA 5I2KA 2QSXA 4I62A 3QYTA 4P0IA 4ONYA 5FTHA 4QSEA 1B2HA 4ESWA 3PUVE 4LZ5A 2PX1A 4AB6A 1F9BA 3U72A 1FQEA 1LAFE 4MH5A 4AQ4A 3A09A 3VV5A 3ECRA 3QUFA 1JEUA 3RLFE 3RNNA 4IB2A 1NH7A 4DXBA 3JYRA 3M3FA 4JWOA 4I8CA 3O6IA 5F7VA 3V8XB 1MM6A 2NVUB 1RKMA 4H8JA 4G68A 2QS2A 2DWIA 5B7DA 4RY1A 4KD5A 5KDTA 3A3CA 3FJ7A 4GXAA 3QIMA 3CRBA 4G77A 1IXGA 5I56B 2F7CA 1MY4A 3T66A 3MPKA 1H44A 3PGFA 2X26A 5M2VA 3SKPA 3UIFA 1MQIA 3DP6A 3I6VA 1URDA 1XOCA 4PETA 2YPNA 3MVXA 4XKRA 1MXXA 1P1OA 3EHTA 1OMPA 2F7AA 5H8QA 2HQ0A 3T9UA 4MLQA 2Q2AA 1QVSA 4UA8A 2H25A 4C1TA 3HO7A 1TXFA 3FXRA 4KYDA 1P1WA 2DWAA 5FHOA 4QFPA 5AA2A 2ANJA 4POWA 4ZEDA 4JDFA 4OZ9A 4Q8RA 1US5A 2XXUA 2H4IA 1AH5A 4G8MA 4OENA 3TCFA 5I58A 4GRKA 1MS7A 2DS9A 3QXMA 2F78A 4F18A 2VHAA 1FQBA 3PUWE 1B5HA 3U1OA 4DXCA 3OEMA 1LCTA 3B6WA 1EU8A 5ICTA 1WDNA 1J1NA 3FIRA 5H8QB 2I0BA 3N94A 1PEBA 3TQWA 3VLWA 4LATA 1SW2A 4XKQA 1M5FA 3LC8A 1POY1 3EF7A 3IJXB 2ZYMA 5AA2B 3RT8A 4H1XA 1SW4A 4WKMA 3W9WA 1MY2A 1B7ZA 5CBRA 5DVJA 1XVXA 1M5CA 4U4XA 1EH3A 5I58B 3K02A 4OEUA 4EUOA 2B3BA 2QJEA 2I49A 3TYHA 3TTKA 4OHNA 1HSJA 3ODBA 2AIXA 1M5BA 2HAVA 4EXLA 2DOJA 1FTOA 1LAGE 4ZEKA 1L5TA 4DE8A 4FATA 5I59A 3HSTA 3VVEA 5J1DA 3PUZE 4DLDA 1B46A 3FV1A 3OXNA 4BLAA 1B3LA 1SBPA 1TFDA 4FE8A 1MQHA 4EDPA 3K6VA 3ZS6A 1SW1A 1QKAA 4F22A 3T22A 3N5LA 4PE5B 4H5FA 4OERA 5H8FA 4U22A 5AA1A 1UIVA 2XX8A 1IXHA 2OJTA 3IO4A 4N6PA 1OVTA 3IK6B 4IGTA 1WVJA 1MM7A 4C0RA 1MRPA 4TLMB 3MP1A 1MH4A 4F3GA 2UYEA 3MPLA 1A54A 3KN7A 3RTFB 3TQLA 2RC7A 4I1DA 4KCCA 4Z0IA 3VDFA 3OMBA 3CIJA 4EQ9A 5I57B 2UVGA 2A5TA 3KJ7A 5K2XA 1LB8A 4OWDA 3DLNA 1NL5A 3OO8A 4JB7A 1Q1KA 1IITA 2B3FA 4ELRA 3PD9A 3MC2A 2E1SA 4POXA 3FJGA 4YICA 1IXIA 3U92A 1VE4A 4FORA 2DXRA 3IL1B 3BFUA 4NF5B 1LBBA 2Z8DA 3G3GA 5CMBA 4RYAA 2BJJX 1BKAA 3IOUA 2XXPA 1R9LA 1UTBB 3OSQA 2Q2CA 5A5XB 3PPNA 1B0LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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