2REGA

Abc-transporter choline binding protein in complex with choline
Total Genus 105
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
105
sequence length
290
structure length
290
Chain Sequence
EPESCGTVRFSDVGWTDITATTATATTILEALGYETDVKVLSVPVTYTSLKNKDIDVFLGNWMPTMEADIAPYREDKSVETVRENLAGAKYTLATNAKGAELGIKDFKDIAAHKDELDGKIYGIEPGNDGNRLIIDMVEKGTFDLKGFEVVESSEQGMLAQVARAEKSGDPIVFLGWEPHPMNANFKLTYLSGGDDVFGPNYGGATVHTNVRAGYTTECPNVDKLLQNLSFSLQMENEIMGKILNDGEDPEKAAAAWLKDNPQSIEPWLSGVATKDGGDGLAAVKAALGL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of the choline/acetylcholine substrate-binding protein ChoX from Sinorhizobium meliloti in the liganded and unliganded-closed states.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Rhizobium meliloti
molecule keywords PUTATIVE GLYCINE BETAINE-BINDING ABC TRANSPORTER PROTEIN
total genus 105
structure length 290
sequence length 290
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-09-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04069 OpuAC Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2regA01
3.40.190.100 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Glycine betaine-binding periplasmic protein; domain 2 2regA02
1OVTA 1B40A 3IOWA 2HAVA 3SEUA 5FTHA 2UXAA 1SYIA 2Q89A 4F1UA 3A3UA 2I48A 4QFLA 2RC8A 3RN8A 3VXBA 4U1ZA 3VXCA 1N0TA 3IK6B 2DWAA 1LAXA 3RLFE 4O3AA 1B4ZA 5DVIA 5ICTA 1HSJA 2HZKA 2Y7PA 3LSFB 4H67A 1B7HA 3BFUA 3IOTA 4ZE9A 3I5OA 1DPPA 1B4HA 3DP6A 2O84X 3V8XB 5K2XA 3MW0A 5BWJA 1FQFA 3K1NA 4OHNA 5DVJA 5FHMA 2QS4A 3MPLA 3G3IA 1HSLA 3ILTB 5AA2A 1FQEA 4PFTA 5I2NA 1Y4TA 4F3SA 1MXVA 2D3IA 4U4SA 3FXRA 1II5A 2VHAA 1A8FA 3TQLA 2HCAA 3JYRA 4JXIA 3KJTA 1D9YA 4I1DA 1ZMGA 2AIXA 1IXCA 3E3KA 3QAXA 3RNNA 3MAMA 3QXMA 1ZBMA 2Q8JA 2Y7KA 4OESA 5EHSA 1TFAA 3H4ZA 3FV1A 3RTWB 4BLAA 1DMBA 3TUSA 4DXUA 3H6WA 1LGBC 4WEDA 3PD9A 2Q88A 4YMBA 1N76A 5I56A 2HEUA 4RK9A 1UTHA 4IGTA 3SDFA 2UVIA 4HS7A 1I6AA 3C32A 4U2RA 5H8SA 3PU5A 4OYVA 1Y3PA 2F34A 4EQ9A 2AL5A 4JB7A 1B3FA 2QJEA 3VLWA 1JNFA 3RT8A 1YCJA 5H8FB 1M5DA 1IQ7A 3CVGA 4R9FA 1MH4A 4ISUA 4OERA 1AOVA 4DCYA 3N6TA 1S7YA 2D21A 4ZZAA 3HCQA 1YAEA 1MXZA 3TTNA 4QSEA 3U92A 3C9HA 3OD7A 5HBCA 3MUQA 1A40A 2CMOA 2I0CA 3BKIB 2UYEA 3PPQA 2ANJA 3KGCA 4KYSA 1HSEA 5CMBA 2YPNA 4ZZEA 1P99A 5TP9A 3K01A 3FD3A 4R74A 3FVKA 2RKMA 4QFNA 3PUVE 1ANFA 3EQ1A 3VVEA 1URSA 4H5GA 2F36A 5CI5A 2DE3A 1OMPA 1MXYA 3USDA 4PP0A 4NTLA 4KI0E 2H9BA 1USYH 3PGFA 4ZEFA 4IO6A 1FQBA 2VGQA 1FQAA 3OSQA 4R75A 1MXWA 1MY2A 3EPEA 1P1WA 1AMFA 4QFOA 3SEYA 2RC9A 4G8MA 1MQHA 2ZNTA 4U23A 3HHFA 3M3KA 1EZ9A 2OJTA 3OEMA 2OWTA 4TLLB 2B65A 2GH9A 1ZU0A 3IOUA 4GXSB 1MY0A 3S4UA 4Z7EA 3IO6A 4BDNA 4BDMA 4ELOA 1LAGE 2P2AA 3KN8A 5CBRA 2REGA 3SETA 3UIFA 5I2KA 4ZEIA 1MY1A 2V93A 3CFZA 1OIBA 4QSDA 2O6AA 4OEUA 1CB6A 2H25A 3C4MA 3BBRA 2RCAA 4ELQA 4R2BA 1MPDA 1FQCA 2DOJA 2QL3A 5I59B 3TAJA 5TU0A 5CRYA 2REJA 3TFLA 3O6IA 1GV8A 1AL3A 4NF6A 5AA4A 1UTBA 4O3CA 3CFXA 3TMGA 5KDTA 3LC8A 3IB2A 1URDA 3HHGA 3I3VA 3HN0A 1EZPA 5DTBA 2V3TA 5KZTA 4PQJA 1MPBA 4G68B 4IO2A 5TPAB 5DVFA 2XXXA 4LA9A 4RYAA 2O68A 3TCGA 4ZEBA 1L5TA 4Q5TA 2X7QA 4FORA 3U93A 1ZIUA 3E13X 3JZJA 4NF8A 2DWIA 1URGA 5HPQA 2O7IA 2OZZA 4RY1A 2PMSA 3MC2A 4LONB 4MLVA 5L9OA 4JDFA 1B5IA 2VD2A 3MQ9A 4QFKA 3EF7A 5CC2A 3PMWA 3VDFA 4G8NA 4YKIA 1B46A 3OENA 1M5BA 1D4NA 1O63A 3FXQA 4ELPA 4Q0CA 4AB5A 4G2ZA 4OZ9A 1GR2A 3CG1A 5ELVA 1Y9UA 3G3GA 3VE1B 3GBBA 1BIYA 3OMBA 4HCWA 1MXXA 1FQDA 1JW5A 4LP2B 5AA3A 5K2YA 4PFUA 2I4BA 3K0VA 4YKKA 3B6TA 4NF5A 2DSFA 3VVFA 3U94A 2FA7A 1JVXA 3A3CA 3WAEA 3H6UA 3L6HA 1DSNA 2DE2A 1US5A 1PBQA 2Y84A 3IB1A 1TWYA 3GZGA 2XXHA 3G7WA 1WODA 3IX1A 4HW8A 2DXYA 1IUDA 3K1PA 1LFIA 1BLFA 3UGWA 5L8DA 2O7UA 4BDOA 3MBPA 3ILUB 5ITPA 1H45A 4BDQA 1DTZA 1MY3A 1SW4A 1YPNA 3OO8A 4GXAA 4TLMB 3OEKA 5EYFA 1B3LA 4RA1A 1XVXA 3QYTA 1NKXA 1H44A 4EXLA 1MH3A 3TTMA 1XHYA 4NWDA 4XKPA 1I6BA 4Q30B 4QF9A 3T93B 4O3BA 4DXBA 2UVJA 1FTOA 3MVYA 3KN3A 1M5EA 5I2NB 3ZSFA 4G8HA 5ICQA 1PEBA 1Z7ME 3O29A 3EHSA 5FTIA 3RY3A 3K6XA 5KCJA 3MP6A 4P0IA 4F3PA 4AQ4A 2XD3A 3CR9A 1FW0A 2IA4A 4UA8A 1Y3QA 4JWYA 3PPNA 3O2AA 4TQUQ 4LQ2A 3HPIA 4JWXA 3PUWE 5H8NB 2RC7A 4F1YA 3E9XA 3CSGA 1MRPA 1IITA 3IORA 2E0SA 1PB8A 2DQVA 3QK6A 2GHAA 4GOTA 3PMXA 4DIGA 2XX8A 4MFIA 3DLNA 3FGSA 3UORA 3FXUA 3H6TA 1T0KA 2UVGA 3LSWA 1H76A 4OFJA 4GIZA 5JTYA 3FJGA 4C1TA 1B5JA 1NNPA 3D4CA 3OO7A 1LB9A 5DEXA 4F3BA 2I58A 1QUKA 1LAFE 4H1XA 5I58B 2YLNA 1S50A 4OEVA 3C35A 2THIA 4QFPA 4THIA 2H4IA 1B3HA 3EN3A 3LR1A 3TTKA 2Z8EA 2AYSA 3W15C 3GLBA 1XOCA 5I57A 4FAJA 4G77A 3KG2A 1CE2A 1MPCA 1I69A 4GL0A 3K00A 3PPOA 1MQDA 1LB8A 4NF4B 2B3FA 1J1NA 3DP8A 3K6UA 4M4GA 4OVJA 3QUJA 2KLFA 1XC1A 1JETA 4RPOA 5F1QA 2NXOA 2A5TA 1OQGA 4ND9A 4GLIA 4HTGA 1YTVA 3TCFA 3MZBA 2NOOA 3IOVA 1M5CA 4GRKA 4R72A 2GFEA 1QULA 5JEIA 3PV0E 4LZ8A 3WAFA 4FJPA 4IO4A 4X1BA 4WKMA 4GVOA 1EZOA 4KFQA 4H65A 3HSTA 1A7LA 4POWA 4WEPA 4RNSA 3VLVA 2QS3A 3KOTA 1MM6A 1N3XA 5DYHA 2PT2A 3O28A 1WDNA 2HFBA 3SEVA 2XXTA 4KCDA 1VFEA 1Y1ZA 2XXPA 1BTJA 3LSLA 4XKRA 3K02A 4G68C 3T9VA 3MJNA 1WVJA 2GHBA 1MS7A 5AE4A 1NH8A 1D9VA 4ELRA 4F18A 3Q27A 3T9UA 4RXLA 4R6HA 3C36A 3M3LA 1QUIA 1IEJA 1MDP1 5H8QB 3PPPA 3TPAA 1MM7A 2UYFA 5EHMA 3O97A 4NE4A 1TT1A 4F2OA 2XXVA 4KHZE 5F7VA 3D4GA 1GVCA 1SQYA 1A55A 3FUZA 1OLAA 3PPRA 3K6VA 2ZNUA 1B2HA 4F3GA 4R6YA 5KDTB 3Q29A 2I6EA 3UP9A 1R6ZA 1US4A 2HXWA 3A09A 1XT8A 2G29A 2Q2CA 2QS1A 4H6DA 1A99A 3F11A 4ZE8A 3OELA 3MVWA 2P1SA 2DE4A 2W7YA 2AL4A 2O51A 3U1OA 1P1UA 3TDJA 3S9MC 1EU8A 2F6GA 5CM6A 1JVYA 3N6UA 2LAOA 3SKPA 4NEDA 3W9WA 3PUZE 4Z0IA 4F29A 2F7CA 1LBCA 2Z22A 1Z7NE 1SI0A 1JQFA 3RUMA 3I6VA 4QRZA 4YZZA 1USYE 3MWBA 5AA2D 2FNCA 3IR1A 3ODBA 4FEBA 2YJPA 3FASA 4DLDA 1S9TA 4NMYA 3N94A 4F2QA 4ZS9A 3H7MA 3G3FA 3FATA 3TELA 1UIVA 4L17A 4DXCA 4JSDA 4EQBA 1MY4A 3MP1A 4ZEKA 3SERA 2O69A 3T9XB 3MZ1A 3THIA 3O66A 1IZ1A 4OFOA 1ZJLA 4IO3A 2ABHA 1P1NA 1SD3A 2XXYA 3SEXA 5CBSA 2ONKE 4RJZA 3C34A 5L9SA 4XIGQ 1IXHA 3C31A 4KD5A 4YB6A 3RQTA 2QMXA 4GWOA 1SYHA 4DDDA 2R9JA 2RF1A 1NMUA 1PC3A 1MQIA 3P7IA 1QKBA 4MLQA 4KPTA 4F19A 4PFWA 2DVCA 4E0XA 4PE5B 2QSXA 5CMMA 3Q25A 1LCFA 2DXRA 1B6HA 1Q35A 1QKAA 3LSXA 4XKQA 3H06B 2UVHA 3FVNA 3R6UA 3KOSA 1QUJA 3B6QA 4OQOA 5ISUA 5KCJB 2BJJX 4PFYA 3G3JA 4YICA 1IXIA 2ZNSA 3LUYA 1B32A 1B5HA 3K4UA 4I62A 3OO9A 4R9GA 3CSBA 4H5FA 3N5LA 1MG1A 3H03A 2FYIA 5HM4B 1A8EA 4KYDA 1XS5A 2A5SA 3IAZA 4X9TA 1NL5A 4GFRA 4N07A 5I84A 4EF1A 5JTYB 5FHOA 2QPQA 3QUFA 1LBBA 1GGGA 4PETA 2PBWA 3RPWA 1LAHE 1R1NA 3VLUA 2ONSA 4LQ5A 4IY5A 2I3VA 4LUBA 4ZEDA 3PUYE 3TTRA 4AB6A 3E4RA 3HV1A 2ZMBA 1FCKA 1POY1 4FATA 5AA2B 3KSXA 3VV5A 1ZTYA 1B52A 2F5XA 2Z8DA 3TTLA 4M1VA 2GRVA 2ZYOA 4C1UA 4YAHX 3K1MA 2ZYMA 1OVBA 2XXIA 1B1HA 1NNFA 4EUOA 4BDLA 3TODA 3PD8A 1KWHA 2DP8A 2XXRA 1P1QA 3V5AA 4XXUA 3CFLA 5A5XA 2Y7IA 3SEWA 5M2VA 3T22A 2OK2A 2F35A 2G93A 3DP4A 3OXNA 3IL1B 2A5TB 4KR5A 3U8QA 3S9NC 4YKJA 2IEEA 2X26A 1DTGA 5I56B 4IGRA 1B9JA 2QS2A 4OXVA 1Y3NA 1UTHB 2I49A 3S9EA 3OOAA 1B0HA 1FTLA 5LOMA 1A54A 2HQ0A 3S9LC 3B6WA 4N13A 2HAUA 4KCCA 3O6GA 2ONRA 5J1DA 2XD2A 1MQGA 1SVXB 2XXUA 5AA1A 1I6QA 3TZAA 2ESNA 3FJMA 2HZLA 4IO5A 3EHUA 1RYXA 2V3QA 1SBPA 4K3FA 3MVZA 3R26A 2DWHA 1P1OA 1GTKA 1B3GA 3TKDA 3MVXA 3FZVA 4NWCA 5BUUA 5H8HA 3QIMA 1DPEA 4I9DA 2F7BA 3IJXB 4ESXA 2V3UA 2OBGA 3UN6A 4GQOA 5ITOA 1B58A 2H99A 5TP9B 2ALUA 1UQWA 3K2DA 3T96B 4U4XA 4DZ1A 2PYYA 1QW0A 3IB0A 2Q9TA 3UA8A 1AH5A 4JWOA 5H8NA 3KSJA 4EF2A 3VVDA 2QMWA 4MBPA 4GD5A 3DM0A 4MF3A 3OSRA 1XVYA 1Y4CA 2XX7A 5CMCA 4ZECA 5JK4A 2Z23A 2H98A 3MZ9A 3GBAA 1IIWA 1LLSA 3AXFA 4JSOA 2VOZA 1N84A 3ECRA 2OWSA 4ONYA 3K6WA 4R2FA 4Q8RA 5I58A 1MXUA 4QHQA 2NVUB 1POTA 1BKAA 1MQJA 3OO6A 2PT1A 4I8CA 5I2KB 4POXA 3O6HA 4FEDA 1NNKA 4LZ5A 1PB9A 3Q26A 3RGYA 3UK4A 2F6PA 4GF8A 1NFTA 4U21A 4FIMA 1SI1A 3PMVA 2O1MA 5IKBA 2D5WA 4NF4A 1OLCA 1ELJA 3Q28A 2Q2AA 2R6GE 4X1DA 4G4PA 3QSLA 4NF6B 5AA4B 1UTBB 4DE8A 4FECA 5DT6A 1VE4A 2ZXTA 3KN7A 3H3GA 1JEUA 1O64A 1QJMA 2V84A 3LBSA 4X48A 3KFMA 2M8CA 4H8IA 1H3DA 1FTMA 1VR5A 1B51A 1BP5A 1LCTA 1R9QA 4OETA 4OWDA 2I3WA 1ZLQA 3BFTA 4NF8B 2I0BA 3RT6B 3V89B 1RKMA 2F97A 1ZKBA 5H8FA 4IY6A 1OQHA 3MPKA 4IB2A 5IAIA 3IJOB 3JV9A 3FIRA 4P11A 2RINA 1NH7A 4P0GA 4QSCA 2OCUA 4IO7A 4GL8A 2Y7WA 2PX1A 2F78A 1IXGA 1JW4A 4OENA 1B3EA 3G3HA 2WKYA 3H6VA 4E0WA 1N04A 4LZ7A 5H8QA 2I4CA 4N6PA 4NF5B 5B70A 3HO7A 2P0SA 4LATA 1PBPA 4H0WA 1FTJA 4BDRA 3RTFB 4YKPA 4F31B 2XXQA 4FE8A 4C0RA 4U1OA 3FV2A 1NNTA 3N26A 1B05A 3CI8A 1PB7A 1SW2A 2O1LA 1LFHA 4H8JA 3KJ7A 4UACA 4F1VA 1JW1A 3VFJA 3C33A 4WXJA 2RCBA 4EXKA 1PDAA 1JEVA 4DCXA 1R9LA 1Q1KA 3M8UA 2CZLA 3ONMA 3V83A 4U22A 2NUVA 4ESWA 2PVUA 3SESA 1VFDA 3O9PA 3CG3A 4KQPA 1B1XA 2X7PA 4R6KA 1QVSA 3MP8A 2E1SA 3T9HB 3ZS6A 3KEIA 3PUXE 1ATGA 4ECFA 4JBZA 1Y1MA 2DVZA 3FJ7A 5L9MA 2XX9A 3EHTA 1TFDA 3G3KA 2F7AA 3TEPA 2Z8FA 1N7XA 2DS9A 2ZYNA 2F8DA 3ZKLA 5A5XB 5I59A 2V25A 4XKNA 1Y20A 1B0LA 2B3BA 2NWJA 3L6GA 4XTCQ 4EQ7A 2XHDA 3U72A 3KZGA 2XXWA 2QRYA 2OLBA 3B7DA 4MH5A 4HCYA 3KBRA 3TCHA 3DELB 1MDQA 5FHNA 3W9VA 1SDXA 4OFLA 1M5FA 4G68A 3R7XA 4EDPA 5TPAA 4RPNA 2R71A 2VP1A 3FVOA 4YB5A 4F22A 5DEXB 4F39A 2H5YA 1D3KA 2DWJA 4ZDMA 3CRBA 4YB7A 1LFGA 4OTEA 1N3WA 4OMBA 1B7ZA 1EH3A 5CMKA 1TXFA 4KYEA 1B7UA 1UIUA 3TQWA 3GXAA 2Y7RA 3ZKKA 4YMAA 4YU0A 4LVQA 1H43A 2ZYKA 1VSOA 1RYOA 5I57B 1LSTA 3TYHA 4RK2A 5H8HB 3FVGA 1FTKA 4TOZA 1SW5A 3IO4A 4R73A 1SW1A 3S2VA 3CIJA 1N7WA 1O7TA 2VD3A 1AIVA 5B7DA 1F9BA 3M3FA 1DOTA 3T66A 2DYXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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