2Q9TA

High-resolution structure of the ding protein from pseudomonas fluorescens
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
sequence length
374
structure length
374
Chain Sequence
MDINGGGATLPQALYQTSGVLTAGFAQYIGVGSGNGKAAFLNNDYTKFQAGVTNKNVHWAGSDSKLSATELSTYASAKQPTWGKLIQVPSVGTSVAIPFNKSGSAAVDLSVQELCGVFSGRINTWDGISGSGRTGPIVVVYRSESSGTTELFTRFLNAKCNAETGNFAVTTTFGTSFSGGLPAGAVAATGSQGVMTALAAGDGRITYMSPDFAAPTLAGLDDATKVARVGKNVATNTQGVSPAAANVSAAIGAVPVPAAADRSNPDAWVPVFGPDNTAGVQPYPTSGYPILGFTNLIFSQCYADATQTTQVRDFFTKHYGASNNNDAAITANAFVPLPTAWKATVRASFLTASNALSIGNTNVCNGIGRPLLEH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Unknown function
molecule keywords DING
publication title Structure-function relationships in a bacterial DING protein.
pubmed doi rcsb
source organism Pseudomonas fluorescens
total genus 118
structure length 374
sequence length 374
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF12849 PBP_like_2 PBP superfamily domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2q9tA02
3.40.190.260 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 2q9tA01
1ZJLA 4EF1A 3MW0A 2Y7WA 3I5OA 2XX7A 3Q26A 4QSDA 2QRYA 3B7DA 3T66A 1M5EA 1EU8A 3T9XB 4RXLA 1JW5A 2GRVA 5ISUA 3K02A 3R7XA 5FTIA 3S4UA 4IO3A 2OWTA 4MLQA 4JWOA 4ESWA 3T22A 3M8UA 1FW0A 1H76A 1EZ9A 4ND9A 3MVXA 3B6WA 2XD3A 2UXAA 2NXOA 1SBPA 1YTVA 5CMMA 3RTFB 2XD2A 2OZZA 3CG1A 1QUIA 4GWOA 3TTRA 4OYVA 3B6QA 1DPPA 3LBSA 3PGFA 1FQFA 3HN0A 1A8EA 5I56B 1F9BA 3IB1A 3TCGA 1TFDA 4DE8A 3C31A 1O63A 3MPLA 3VXCA 1EZOA 2DE4A 1NH8A 3U8QA 4NF4A 1LLSA 1UTBA 5HM4B 4F3PA 2QMXA 3G3KA 1ZLQA 3S9LC 2RC8A 3I3VA 1MQDA 2WKYA 5TPAA 2RC7A 2F78A 1EZPA 2DVCA 4OTEA 5BWJA 3MWBA 3PUZE 3HHGA 2QL3A 2RF1A 3K1PA 2DXYA 4IGTA 3TTLA 3IJXB 3O2AA 4YB5A 3VLUA 2OBGA 4LONB 4H0WA 1MXVA 3G3HA 4BLAA 1AMFA 4F2OA 2PT1A 3CFLA 5EYFA 2AL4A 3GBBA 3MBPA 1MQIA 1FQAA 2IEEA 3O97A 2V3TA 4NF6A 5H8HA 3VV5A 1H45A 4OWDA 1IEJA 2XXIA 1B3FA 1IXHA 2O84X 4I62A 4FE8A 3K4UA 3TMGA 3SEUA 2DVZA 2I4BA 4OFOA 4MFIA 4ZZEA 4IO7A 3ODBA 5ELVA 3TFLA 4MBPA 3CG3A 4H5GA 4OENA 4DCYA 1N0TA 3IX1A 4IB2A 2QPQA 1YCJA 5DEXA 1P1UA 3K00A 1QUKA 1IITA 5H8QB 4AB5A 3Q25A 4XKQA 1M5DA 4IO6A 4G77A 2XXQA 4OZ9A 2XX9A 4H6DA 3VLVA 2QS4A 4QHQA 4PFUA 4XXUA 3LC8A 4LQ5A 3OMBA 1N04A 3SESA 2UYFA 2DYXA 2AL5A 2G93A 3G3IA 1O7TA 1LFIA 4HCYA 2QMWA 4ZECA 1ANFA 3QSLA 2Q89A 4F1UA 3CRBA 3FVNA 3DLNA 4GIZA 4P0GA 3EPEA 4DCXA 5H8SA 2ZNUA 1FTKA 4QFLA 5I2NA 1MY3A 4BDOA 5CMCA 1SD3A 1B0LA 4PQJA 2F6GA 2O6AA 1MDQA 4FJPA 4WEPA 5HBCA 4IY5A 3T9UA 4R75A 5AA1A 3MZBA 4JDFA 1VR5A 4ZEBA 3C4MA 3UORA 3G3JA 4NWCA 4O3BA 3KJ7A 4KR5A 4KD5A 1VSOA 1LCFA 3MVYA 4AQ4A 1UTHA 4G4PA 3AXFA 4F2QA 4Q0CA 1CE2A 5IAIA 2GHAA 3U94A 4TOZA 3O9PA 3ZS6A 4LATA 3C36A 3SKPA 5CRYA 1UTBB 4KQPA 4OESA 5JEIA 2BJJX 3TKDA 3PPOA 3UK4A 1UIUA 2Z8FA 2H25A 3EHUA 2REJA 3CSBA 4GXSB 1MPBA 3HSTA 4FEBA 1N84A 1OVBA 2Z22A 3R26A 1I6QA 4DDDA 3U92A 1XC1A 4RYAA 3O29A 5L9MA 3D4GA 4OETA 3THIA 3BFTA 3E3KA 3HPIA 3H03A 1B5IA 3K2DA 3RY3A 4H65A 1FTMA 4GQOA 4BDQA 3IOTA 3TODA 1P1WA 2O69A 4H8JA 1LFGA 3WAFA 3RT8A 3KN7A 3PPNA 2ANJA 3PUXE 3G7WA 4U4XA 3V83A 1FQCA 4G8NA 2ZNSA 4EF2A 1MH3A 1AIVA 4KCCA 3KN3A 1J1NA 2P2AA 5AA2A 4U21A 3RUMA 3CSGA 1XOCA 1NMUA 5H8NA 1S50A 5ITPA 2V93A 1O64A 5KDTA 4HW8A 2ONRA 4ISUA 1NNKA 1Y1ZA 3PUYE 1Y4CA 3UA8A 5I84A 1FCKA 4LZ7A 2XXHA 3SEXA 4KYEA 1MM7A 4KYSA 3OSRA 2RC9A 1OVTA 1MRPA 4RY1A 2R9JA 3R6UA 1MXWA 1XVXA 1RYOA 1B5HA 3CIJA 5AA4A 1XHYA 3T93B 4P11A 5I2NB 3TDJA 1FQBA 1LB9A 3E4RA 3HV1A 3OO7A 5JK4A 4HCWA 3UN6A 2HFBA 2XXPA 3KOTA 1H44A 2DWJA 2D3IA 3TZAA 5AE4A 3OEKA 2ZYKA 1BLFA 5B70A 3V5AA 1JETA 2D5WA 2M8CA 1SW1A 4ELRA 2I3WA 2F6PA 4WXJA 4AB6A 5K2YA 5DTBA 2HAUA 4JSDA 4F18A 3EN3A 3ZKLA 2V84A 4LZ5A 2YLNA 3C34A 3LSWA 4EQBA 2VD3A 1MPDA 2DWIA 3TYHA 1US4A 2Z8DA 1NFTA 5F1QA 4R73A 4YKIA 1WVJA 2QS1A 4YAHX 3PPQA 4BDMA 3G3GA 2H5YA 2I49A 1JVXA 5A5XB 3GXAA 1LAHE 3Q29A 2OCUA 1FTJA 1GVCA 1B4HA 3VVFA 2ESNA 2ZXTA 1MXZA 3FVOA 1TFAA 4YMAA 1QVSA 1N7XA 2O7IA 2PT2A 1VFEA 3VXBA 4F3SA 2H99A 2VGQA 1MDP1 3VVEA 3KFMA 4N13A 2RINA 1RYXA 5JTYA 2I6EA 5J1DA 4EQ9A 2HXWA 1ZIUA 5I59B 3TTKA 4RK2A 1A8FA 3KN8A 4RPNA 3EHTA 4R9GA 3O6IA 1SQYA 5I57A 1BP5A 2VP1A 3W9VA 2LAOA 1WODA 2F7CA 3ECRA 2E1SA 2HQ0A 3N6TA 4NF5A 4GRKA 4U2RA 4N6PA 3C35A 2H4IA 3SERA 4LUBA 5CBSA 3QUJA 3B6TA 3IB2A 1MXUA 3Q27A 1URDA 4RNSA 4PE5B 2HEUA 2ZYMA 4ZEKA 4Q30B 4G2ZA 1JVYA 4O3CA 3N5LA 4F22A 3MQ9A 3TTMA 1I6AA 5AA2B 1Y3QA 3FASA 4ESXA 3K1NA 2XXVA 1DSNA 4OERA 3U1OA 4JSOA 4YB7A 1HSJA 5TP9B 1IXGA 1H3DA 1MQHA 3LR1A 1XT8A 1I6BA 1OQHA 4QF9A 4GD5A 1QJMA 3K01A 1IZ1A 4Z7EA 4MLVA 3S9EA 2B3FA 1OLAA 4RPOA 3IOUA 4IY6A 5AA4B 3TPAA 3VE1B 5ITOA 4R2BA 1XS5A 3L6HA 4FORA 1D9YA 1MG1A 2I58A 4R2FA 3PPRA 1URGA 1H43A 5CI5A 4TQUQ 3RLFE 5HPQA 4YB6A 2HZKA 3OENA 2DQVA 3S9NC 1MS7A 1UIVA 2DS9A 2Q8JA 4ECFA 4UA8A 5FHMA 4M1VA 3BFUA 2O1LA 2PX1A 2QJEA 4G68A 1GR2A 4C1TA 3IOVA 4OMBA 3K0VA 1QW0A 1SW2A 3BKIB 4NE4A 3KGCA 4GL0A 2ZNTA 3CR9A 2XXUA 1GV8A 3CVGA 4XKPA 2NWJA 1WDNA 4KPTA 2XXWA 2IA4A 3OXNA 1MY1A 1DTGA 2XHDA 3K6WA 3IORA 4JWXA 1TT1A 4POWA 4ELOA 4OEUA 4DXUA 3F11A 4QFNA 1YPNA 4L17A 2I0BA 4C1UA 3C33A 3H6WA 4R74A 3QK6A 3PV0E 2HCAA 3RQTA 1BIYA 3FGSA 3QAXA 1PB9A 4XIGQ 1PB8A 3PU5A 2YPNA 1MM6A 2G29A 3N94A 1ZKBA 1NL5A 3PD9A 3U72A 1OQGA 2DOJA 3HCQA 2THIA 3MUQA 3PMVA 1B7ZA 2B65A 3OO8A 3H6VA 4GXAA 3PUVE 4H5FA 4U22A 4GVOA 1SYHA 3OD7A 1SW4A 1NKXA 3Q28A 3MP1A 4OFJA 2F5XA 3O6GA 1B7HA 3K1MA 1D9VA 5KZTA 1NNFA 3MJNA 5I57B 2DP8A 1LAFE 2ABHA 2RCAA 4GLIA 2ZYOA 2XXYA 2UVHA 1R6ZA 4NF4B 2QSXA 5L9OA 4YZZA 4HTGA 1M5FA 1B05A 3KEIA 3IJOB 5I58A 4KHZE 4ONYA 1B1XA 4NF8A 5TPAB 4YMBA 3RNNA 2Y7PA 3TCFA 1IUDA 1D4NA 3OO6A 4EQ7A 1OMPA 3KJTA 4U1OA 4EUOA 4H1XA 2X7PA 3FD3A 4OQOA 5DVJA 1IXCA 1P1OA 1AOVA 4LP2B 3S9MC 2RKMA 3HO7A 3TAJA 1URSA 1LBBA 4P0IA 1B0HA 1LAXA 5I56A 4FAJA 1N7WA 1ZU0A 3TEPA 2UVIA 3MVZA 5DYHA 5ICQA 4R72A 4IGRA 4NF6B 5H8HB 3TTNA 4XKRA 3O6HA 1B40A 2Y7RA 5DVFA 1M5CA 2F97A 1JW4A 1IIWA 2FA7A 4IO2A 2NVUB 1B7UA 3H7MA 1ZTYA 2DSFA 4PP0A 4BDRA 2XXRA 3PUWE 2H9BA 2B3BA 1R9QA 1POY1 2XXXA 3FJ7A 4E0XA 2KLFA 5DEXB 4ZDMA 1MXYA 5I2KA 3RTWB 5AA3A 1KWHA 4PFWA 4KYDA 3FVKA 3QXMA 3SDFA 2O1MA 1PB7A 3MZ9A 3DELB 3EQ1A 1A40A 1DMBA 5KCJA 1AL3A 1LAGE 1Y9UA 3CFXA 4G68B 1EH3A 4LVQA 5DVIA 3SETA 2O7UA 4YKKA 4EXKA 1RKMA 2DE2A 1MPCA 2NUVA 2Y84A 3KSXA 3FJGA 4H67A 1T0KA 3QIMA 4POXA 4OXVA 3H6TA 1R9LA 3T96B 1Z7NE 3W15C 5LOMA 2FYIA 1QKAA 1B32A 1A99A 5CMBA 2A5SA 4WEDA 4ELQA 3ILUB 1B2HA 3IAZA 2E0SA 4E0WA 1D3KA 5H8QA 1ELJA 1FTLA 3MPKA 4LA9A 1R1NA 1Q35A 1N3WA 3TQLA 3CFZA 1SI1A 1LFHA 5EHSA 4XKNA 3V89B 5B7DA 1P1QA 1JEVA 2P0SA 2Q88A 2W7YA 5FTHA 4THIA 3EHSA 3VVDA 3FXUA 1B51A 3C32A 3K6XA 3N6UA 2OJTA 1B3GA 3OEMA 4F1VA 1UTHB 1VE4A 1SI0A 2I4CA 1HSLA 1ZMGA 2UVJA 4F39A 3E13X 3CI8A 3KZGA 4PFTA 1TXFA 5CM6A 5ICTA 1MQJA 2O68A 2Y7KA 1B52A 4ZEIA 5EHMA 3DP8A 4U1ZA 2NOOA 2F34A 3GZGA 1B6HA 3PMXA 5BUUA 5TU0A 5I58B 4OHNA 3OELA 1IXIA 3PPPA 4NF8B 2FNCA 2GHBA 2RCBA 4QRZA 4M4GA 3TCHA 4LQ2A 4X1BA 4RJZA 3VLWA 2Q2CA 1SVXB 1P99A 3A3UA 4FEDA 4G8MA 4NWDA 3W9WA 3DM0A 3OO9A 4YKPA 4I1DA 1AH5A 1MXXA 2HAVA 3PMWA 3LUYA 4WKMA 2PVUA 1LB8A 3KSJA 2V25A 4X9TA 4QSCA 2AYSA 3MC2A 3U93A 4F3BA 1ATGA 3LSLA 3KBRA 1BTJA 3FVGA 4NMYA 3TELA 2F36A 3FV1A 3ZSFA 1S7YA 4EXLA 4RA1A 1LCTA 4X48A 2R71A 2I48A 1DTZA 5I2KB 2OLBA 1Y4TA 3OSQA 4H8IA 1NNPA 5H8NB 1SDXA 5K2XA 5KDTB 3DP6A 3JYRA 1PEBA 4ZEDA 3FXRA 3FXQA 3SEWA 2A5TA 2ZMBA 1A55A 3UIFA 5KCJB 1B3HA 1LSTA 3DP4A 4O3AA 4OFLA 2DWAA 2PBWA 2Y7IA 2I3VA 4I9DA 4R6HA 1DOTA 1JEUA 1QULA 3ONMA 1UQWA 1PC3A 3VDFA 1MY4A 3UGWA 1SW5A 4R9FA 1B3EA 2R6GE 1N76A 4XTCQ 3I6VA 4U23A 2D21A 4ELPA 3H3GA 3GLBA 2ONKE 1B3LA 5DT6A 3MZ1A 3UP9A 1Z7ME 1A7LA 4PFYA 1MQGA 1BKAA 3EF7A 4HS7A 3T9VA 2VOZA 2AIXA 2YJPA 3IOWA 2CZLA 3H4ZA 4Z0IA 5IKBA 4R6YA 2Q2AA 3N26A 1QUJA 1NNTA 1II5A 2V3UA 3P7IA 4QFPA 4KI0E 1I69A 4GFRA 4GOTA 2ONSA 3JV9A 2DE3A 1MY0A 1CB6A 2H98A 2Z8EA 1LBCA 1USYH 4YKJA 4LZ8A 1N3XA 1JQFA 2GFEA 5AA2D 4RK9A 2F7AA 1P1NA 3H6UA 3O66A 1Y3NA 4YU0A 2F7BA 2CMOA 4R6KA 2VD2A 3FATA 1B4ZA 3RT6B 3RGYA 5JTYB 4JB7A 1ZBMA 5H8FA 3TQWA 4Q5TA 1B58A 3V8XB 3H06B 3ILTB 4QFKA 5F7VA 3FV2A 2F35A 4NF5B 1OLCA 2REGA 4ZS9A 4DZ1A 3A09A 4DXBA 1FQDA 1Y1MA 5A5XA 3K6UA 5L9SA 3IO4A 3SEVA 4QFOA 3KOSA 4TLMB 3C9HA 1MY2A 1US5A 3IL1B 4MF3A 5L8DA 4OVJA 5FHOA 1OIBA 4IO5A 2XXTA 1PDAA 4ZEFA 3SEYA 2X7QA 2OWSA 3TUSA 4YICA 4NEDA 3L6GA 2VHAA 5CC2A 3LSFB 2QS2A 1HSEA 3IK6B 5I59A 4KFQA 3PD8A 3A3CA 4JWYA 3D4CA 4Q8RA 4JXIA 2A5TB 3E9XA 4F1YA 1B1HA 3MP6A 3GBAA 4I8CA 4FATA 1M5BA 1B5JA 3OOAA 4G68C 3FUZA 4ZZAA 2UVGA 4FIMA 1POTA 4BDNA 1PBPA 4ZE9A 3WAEA 1B9JA 4PETA 2UYEA 4EDPA 2DXRA 2HZLA 2I0CA 2Q9TA 2QS3A 4F19A 3K6VA 2GH9A 2ALUA 2ZYNA 4C0RA 3MAMA 2PMSA 4ZE8A 4U4SA 2P1SA 2XX8A 4KCDA 2X26A 4K3FA 5CMKA 3VFJA 5TP9A 4F31B 1NH7A 1GGGA 1IQ7A 3FZVA 1SYIA 3LSXA 3M3FA 1FQEA 1YAEA 1JNFA 1Y3PA 1PBQA 1A54A 1FTOA 2OK2A 1L5TA 5CBRA 1USYE 4N07A 5FHNA 5M2VA 3KG2A 1JW1A 4TLLB 1QKBA 4DLDA 1TWYA 1VFDA 4IO4A 1LGBC 2V3QA 3G3FA 3HHFA 3USDA 4DIGA 2F8DA 4JBZA 3MP8A 3IR1A 4UACA 3RPWA 3FJMA 4BDLA 1DPEA 4G8HA 3BBRA 3M3KA 1B46A 3T9HB 4NTLA 3RN8A 4F29A 1Q1KA 3JZJA 3ZKKA 1S9TA 3O28A 4QSEA 4OEVA 4DXCA 3QUFA 4GL8A 3QYTA 3FIRA 1MH4A 2DWHA 2PYYA 4F3GA 3IO6A 2Z23A 4GF8A 3IB0A 1GTKA 5H8FB 1XVYA 1Y20A 3MVWA 4X1DA 3S2VA 2O51A 4FECA 3M3LA 4MH5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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