2DP8A

Carbohydrate recognition by lactoferrin: crystal structure of the complex of c-terminal lobe of bovine lactoferrin with trisaccharide at 2.5 a resolution
Total Genus 109
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
109
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Metal binding protein
molecule keywords Lactotransferrin
publication title Carbohydrate recognition by lactoferrin: Crystal structure of the complex of C-terminal lobe of bovine lactoferrin with trisaccharide at 2.5 A resolution
rcsb
total genus 109
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2006-05-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2dp8A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2dp8A02
4H6DA 2I58A 2RC9A 1QULA 4LONB 5JEIA 1TFDA 3VE1B 4YICA 4F19A 4PFTA 3C32A 1SD3A 1SQYA 2O6AA 2XXXA 2YLNA 1I6AA 2O84X 4H1XA 3KN8A 4DXCA 2OWTA 1MY0A 4IGRA 5ITPA 1D3KA 2QS2A 1JW1A 5AA4A 4FEBA 1DOTA 3PUYE 4Q5TA 2O7IA 4G2ZA 1IITA 4NF5A 3VLWA 3FJ7A 4XKPA 1B3HA 2DS9A 3SESA 4OVJA 2XXHA 3OEKA 3PMXA 3DM0A 3BKIB 4DCYA 4NWDA 5CMMA 3EF7A 1SDXA 2V25A 3SKPA 2D3IA 1NKXA 3VXCA 1MQJA 4RA1A 3MUQA 3KSJA 2HAUA 3EHSA 4IGTA 2AYSA 1WODA 4PQJA 3CFZA 2VGQA 3MZ1A 3QIMA 4ZEFA 1P1WA 3S4UA 1MQDA 3T22A 4M1VA 2XD2A 1A54A 4KD5A 4AB5A 3SEVA 3GXAA 4WXJA 3TTMA 1SI1A 4IO6A 1VFDA 4ZEDA 4YKKA 3H03A 3UP9A 2UVJA 1AMFA 3UGWA 4G8HA 1B4HA 1B7UA 1NNKA 3AXFA 2Z8EA 4KI0E 3KJTA 1LSTA 5AA2B 4R6YA 3UN6A 5DVIA 1R9QA 5DT6A 4GF8A 4MH5A 4R6HA 1QJMA 4KCCA 4O3BA 2KLFA 1ZMGA 3K4UA 3DP4A 4JDFA 3MW0A 5I56B 3RUMA 2NVUB 4THIA 2E1SA 1PDAA 1MDQA 3SEUA 3R7XA 1N7WA 4XKNA 1B05A 3PUWE 1Y20A 3FUZA 1NH7A 1YCJA 2R9JA 4LZ8A 3SEYA 3ECRA 3LC8A 4YKPA 1QUKA 3OXNA 4QHQA 3GLBA 4X9TA 3G3JA 1I6QA 4F2QA 4DLDA 2I4CA 4Q8RA 4FATA 1VSOA 2F5XA 1EZOA 1D4NA 4HW8A 5AA4B 1JVXA 3DP8A 2Z8DA 4R2BA 3T9VA 4R2FA 1UQWA 3N94A 2CZLA 4U4XA 1OQHA 1N76A 4GD5A 3R26A 2Y84A 4QFKA 4QSDA 2ZYKA 5ELVA 5H8QA 4Q0CA 4RPNA 1HSLA 2XXTA 2O7UA 4RPOA 1R9LA 1GTKA 2QS4A 4QFNA 3IB2A 4ONYA 2HFBA 3HHGA 3PD8A 1BKAA 3PUXE 3Q26A 4DIGA 4HS7A 1PC3A 5I2NA 1H3DA 2A5TA 3UA8A 3ZSFA 3CRBA 1IZ1A 1OVBA 1OVTA 2HAVA 4F31B 5KZTA 1QKAA 1MXXA 3I5OA 1XHYA 3QK6A 1JNFA 3PU5A 1NFTA 1YTVA 2GHAA 3C4MA 1FCKA 5BUUA 2XHDA 5CBSA 2CMOA 4G8NA 3TKDA 2XX8A 3QYTA 2G29A 3QAXA 4POWA 5H8FA 5AA2D 3Q27A 3Q29A 4R9GA 1MQGA 2RINA 4YU0A 1FQFA 4N6PA 1XT8A 4H0WA 1T0KA 3G3KA 4Z7EA 1SW2A 3K6XA 1MXVA 1B1XA 3V8XB 3FV2A 3V5AA 2BJJX 1N3XA 5DVJA 1B3LA 3MP6A 4OTEA 3IB0A 5L8DA 2M8CA 1UTBA 1LCFA 3SDFA 4ELRA 2Y7IA 1MXZA 5CBRA 4N07A 1SI0A 1MPDA 3FVNA 1RYOA 4LZ5A 4DE8A 5H8HA 4RXLA 4C1UA 4U2RA 3LSLA 2V84A 1QUJA 1A40A 1US4A 5J1DA 4U23A 1D9YA 4OXVA 3VVDA 5M2VA 5H8QB 2E0SA 3RT6B 4H5GA 3T9HB 1KWHA 3LSWA 2QPQA 1LAGE 1BLFA 4OENA 4R6KA 1Y3PA 3IOWA 1NNPA 3R6UA 5I2NB 1ZJLA 3CSBA 2F7CA 3MVXA 5KCJB 3G3IA 3PGFA 3PPQA 1Q35A 1ZTYA 1FTLA 2QMXA 3GBAA 4YB6A 2V3TA 2DYXA 4F39A 1ZU0A 2HEUA 2F6PA 4OERA 4QF9A 4DXUA 4O3AA 1IIWA 1II5A 3C34A 1QVSA 2Q8JA 3LSFB 4KQPA 2DWAA 4F3BA 1OQGA 1P1NA 2OWSA 5H8FB 3H3GA 5TP9A 3ZKKA 5CRYA 2I3VA 1EH3A 4PFWA 4NWCA 3Q25A 4HCWA 3C36A 5I84A 4X1DA 3IORA 3HN0A 4XTCQ 3FJGA 4PFYA 4MLQA 2REJA 3OELA 1J1NA 3O2AA 4MLVA 4RYAA 2G93A 1I69A 4QSEA 1PB8A 4LP2B 5HPQA 1BTJA 1AH5A 2UYFA 5AE4A 2P2AA 3A3UA 3TQLA 4C1TA 1UTBB 2H25A 2THIA 3ONMA 3VLVA 3TAJA 1GR2A 3Q28A 1LAXA 3K6VA 3K02A 2REGA 3K01A 4IO7A 1XVXA 3KOSA 5H8HB 1PB9A 2NWJA 1A8EA 1JEUA 5F1QA 2VD3A 3OD7A 1LFHA 4RY1A 3O28A 4EDPA 2FA7A 3UORA 3RQTA 1FQCA 4ND9A 3TCFA 5I57A 2I0CA 4LATA 4P0IA 3RT8A 3TTNA 5ISUA 1MRPA 3MQ9A 3WAFA 1WDNA 4KFQA 4LQ2A 5L9SA 3M3FA 4OETA 3PMWA 1VR5A 1Y1ZA 4YAHX 4FAJA 2P0SA 3UK4A 3P7IA 3TYHA 3B6QA 2RCBA 5H8NA 4G8MA 2O1MA 4LZ7A 4QFOA 5FTIA 4R72A 1DPPA 4H65A 1F9BA 2I6EA 3H4ZA 4YMBA 1VE4A 3OSQA 4UACA 2X7QA 3B6WA 1WVJA 3U93A 3LR1A 4PE5B 1JW5A 1YPNA 4IY6A 2ZMBA 4ECFA 4OFOA 2X7PA 3MVZA 5DEXA 3MWBA 5CC2A 2I3WA 1MY2A 3TDJA 4GRKA 2Y7RA 4P11A 3VDFA 4GFRA 1SBPA 3G3HA 1Y1MA 4GQOA 3RLFE 4JSDA 3M3LA 4N13A 5TU0A 2DWIA 5TP9B 2DXYA 4PFUA 5ICQA 1MH4A 2VP1A 3C35A 5B7DA 1ELJA 1B5JA 4XKQA 3ZKLA 2OZZA 3MPKA 4Q30B 3DP6A 3N26A 2OBGA 3CG1A 3ILTB 1S50A 3S9NC 3KN3A 4OYVA 3MBPA 1B5IA 1OMPA 3TPAA 2PT2A 3H7MA 4TLLB 2QL3A 3JYRA 3RY3A 1MQHA 4Z0IA 4BDRA 1SVXB 1LB8A 4YKJA 1EU8A 1TFAA 2XXIA 3W9WA 2NUVA 2XXVA 1B6HA 4IY5A 5K2YA 3FASA 1XS5A 5JTYA 2GRVA 2W7YA 5A5XA 4BLAA 3I6VA 2Q88A 3EHTA 2HCAA 4MFIA 1FQEA 5FHOA 4NE4A 3K1PA 4WKMA 4JB7A 4EUOA 3IL1B 4G68C 2R6GE 2DP8A 4BDNA 5I57B 4OWDA 1OLAA 3IOUA 4TLMB 4KYEA 4EQBA 1FQDA 3W15C 3PUZE 3H6TA 4JXIA 1JW4A 4ZE9A 3GBBA 3HCQA 1MY1A 3KZGA 3FXQA 5H8NB 2RCAA 3TTKA 3S2VA 2OCUA 4H8IA 4IO4A 4P0GA 4ELOA 4K3FA 4R74A 3S9LC 1DPEA 4GOTA 5IKBA 5AA3A 2OK2A 4F3GA 3E13X 2PBWA 1FQBA 3SERA 3KBRA 4PETA 4G77A 5DEXB 4F29A 2ONSA 3RGYA 1ZKBA 2O69A 4NF5B 4U22A 2XXUA 4YMAA 3CR9A 1N04A 1O63A 3K2DA 2LAOA 3IJXB 1FQAA 1S9TA 2V93A 3TQWA 3ODBA 4MF3A 4QSCA 1MY4A 5CMCA 4YZZA 1B3GA 4IB2A 4KYSA 3DLNA 2DXRA 2DE4A 3S9MC 1QUIA 2HXWA 4QFLA 3BFUA 3OSRA 4UA8A 2P1SA 4LUBA 3U8QA 2O1LA 2ZNTA 3PUVE 2ABHA 1SYHA 4GXAA 1IXHA 1NL5A 1PEBA 4OMBA 3SEXA 2ZYOA 1GV8A 2DVZA 3U94A 3EN3A 3B7DA 4HCYA 4X1BA 1B52A 2Y7KA 3TCGA 2I4BA 2ZYNA 4ZEIA 1MG1A 3OO7A 4BDQA 3LSXA 3O6HA 1R1NA 3JV9A 4C0RA 5DVFA 3ZS6A 5CM6A 2F97A 5I59A 3PPNA 3QXMA 4GVOA 4H8JA 2VHAA 5JTYB 2Z22A 3WAEA 5A5XB 1B46A 4E0XA 1VFEA 2QS3A 3F11A 2H5YA 1FTOA 4EQ9A 1AL3A 4I62A 3OEMA 3TZAA 3LUYA 3VV5A 1D9VA 3MVYA 3W9VA 4GIZA 1B4ZA 4L17A 1MS7A 3H6WA 1P1UA 2PX1A 2AL4A 2GHBA 2ESNA 3CFLA 3CI8A 3MJNA 3CIJA 4G4PA 2DWHA 1MXWA 5HBCA 4F18A 1NNFA 1PBQA 4WEPA 3O6IA 3FJMA 3IR1A 4ELPA 4YB7A 4JSOA 3CSGA 4ELQA 4BDOA 1P1OA 2H4IA 2DE3A 1GVCA 1B1HA 3KSXA 3FZVA 4LVQA 4X48A 1Y3QA 3HSTA 4EXLA 2X26A 1LB9A 3G7WA 4GXSB 4I9DA 4OZ9A 1POY1 1SW5A 2FNCA 3M8UA 2B3BA 2Z23A 4RJZA 3H6UA 4I8CA 2OLBA 2AIXA 3RNNA 4XKRA 1DMBA 4BDLA 4E0WA 2AL5A 5FHNA 2A5TB 4RNSA 1B0HA 2F8DA 3M3KA 3QUJA 3S9EA 1BIYA 4YKIA 1OLCA 1Y4CA 3THIA 3IK6B 3JZJA 4AQ4A 2H99A 1LBCA 2UXAA 4XIGQ 5EHMA 1RYXA 5AA1A 4EF2A 3CFXA 2FYIA 5H8SA 2DVCA 1FTMA 3TEPA 3N5LA 3FXUA 5I59B 2F7AA 4IO5A 3MZBA 3K0VA 4NF8A 1Y4TA 1CE2A 1M5EA 3HO7A 1P1QA 3MZ9A 4GLIA 4HTGA 3MC2A 2F6GA 2ONKE 1IXIA 3A09A 1IXGA 3PPRA 1MM6A 4TOZA 3CG3A 1QKBA 4EF1A 1LCTA 4QFPA 2YJPA 1B5HA 4EQ7A 1H76A 5B70A 4U1ZA 3IOVA 3T9XB 1LFGA 3LBSA 3K6UA 4DZ1A 5L9OA 2QRYA 2PVUA 2VOZA 1DTGA 5F7VA 2DWJA 3T93B 4DCXA 2GH9A 1FTJA 3TCHA 3FV1A 3RPWA 3VLUA 3D4GA 3EHUA 4OESA 2F35A 1JVYA 3RN8A 4WEDA 4BDMA 5EHSA 1B51A 5DTBA 1TXFA 1A8FA 1NMUA 3EQ1A 1LBBA 2IA4A 2ZYMA 4OFLA 4NEDA 3D4CA 3KJ7A 4F22A 5IAIA 1B32A 3TUSA 2ZNSA 1GGGA 5TPAA 2Q9TA 1TT1A 2O68A 3BFTA 3RTWB 2I0BA 4ZDMA 3RTFB 2H9BA 1MXUA 3IB1A 2F7BA 5ITOA 3QSLA 4OEVA 2ONRA 3KEIA 2XXPA 1N0TA 4R9FA 3C31A 4OEUA 3T9UA 2UVGA 1IUDA 1UIVA 3O6GA 3O9PA 1Z7NE 1HSJA 2F34A 2XD3A 4FECA 2WKYA 4NF8B 4R75A 3T96B 5CMBA 2ALUA 4G68A 1LFIA 2XX9A 2Q2CA 3E9XA 1H43A 2PYYA 2NOOA 2RF1A 4MBPA 2O51A 3PMVA 4NTLA 5HM4B 1DSNA 4U4SA 3IO6A 1Y9UA 3T66A 4AB6A 4KPTA 2D21A 3G3FA 1IEJA 3K1MA 3DELB 3OOAA 4H5FA 4TQUQ 2DQVA 1NH8A 4NF4A 2HZLA 2OJTA 2I48A 1LAHE 2ZNUA 4M4GA 3MAMA 3TELA 4RK2A 1LAFE 3C9HA 1B0LA 2RC7A 1R6ZA 3V89B 1A99A 1ZLQA 3B6TA 3BBRA 3L6GA 4QRZA 5FHMA 2HZKA 3SETA 3TFLA 1H45A 4JWOA 3H6VA 3MVWA 1B9JA 2RKMA 2Z8FA 3HHFA 4LQ5A 5TPAB 3IOTA 4FJPA 5I2KA 1LGBC 4IO3A 4RK9A 3PD9A 4KYDA 4FE8A 1POTA 3TTLA 2IEEA 3FVOA 4F1UA 1PB7A 3OO9A 1Q1KA 4ESXA 4KCDA 3L6HA 3QUFA 3MP1A 4YB5A 3KG2A 3O29A 3H06B 1AOVA 2H98A 4POXA 2DE2A 1SYIA 1USYE 3EPEA 2V3QA 3K6WA 4G68B 3KOTA 4ZECA 4GL8A 2I49A 2XXRA 3FIRA 2PT1A 4XXUA 1A55A 1ZBMA 4ZS9A 5KDTA 1M5FA 2RC8A 1P99A 2B3FA 3GZGA 1B58A 3I3VA 4FIMA 1RKMA 2XXQA 1M5CA 2UYEA 5KCJA 4NF4B 1TWYA 3KN7A 4FORA 3E4RA 1NNTA 3FVGA 4NF6A 1UTHA 3U72A 1PBPA 1MPBA 1M5BA 1I6BA 3FD3A 5I58A 5LOMA 3PV0E 3HPIA 3OO8A 4OQOA 1MM7A 2XXWA 1AIVA 5BWJA 3TODA 3OMBA 2ZXTA 1FW0A 4JBZA 4JWYA 1B7ZA 2XXYA 3FGSA 3U1OA 1B3FA 3VXBA 5DYHA 1OIBA 1JETA 1EZPA 1MPCA 1IXCA 2QMWA 4OHNA 1CB6A 4F3SA 1US5A 2NXOA 4F3PA 5I2KB 4DDDA 1B40A 1LLSA 4O3CA 4ZZEA 3ILUB 2QSXA 2QJEA 2UVIA 3HV1A 1B3EA 3A3CA 3USDA 3IAZA 2Y7PA 1B7HA 5ICTA 1URSA 2F78A 1Y3NA 3KFMA 1Z7ME 4EXKA 3IO4A 4ZEKA 1IQ7A 4FEDA 3OO6A 4ZEBA 2Q2AA 4U1OA 4KR5A 2Q89A 5KDTB 4I1DA 2HQ0A 4ZZAA 2Y7WA 1URDA 3VVEA 3G3GA 3IJOB 1EZ9A 3MP8A 1JQFA 2UVHA 2DOJA 1M5DA 1SW4A 1URGA 3C33A 1N84A 3TTRA 1ATGA 1HSEA 3K00A 2QS1A 3N6UA 1O7TA 1USYH 3K1NA 3U92A 1MDP1 3IX1A 2A5SA 4LA9A 3V83A 2V3UA 3VFJA 3E3KA 5CMKA 4IO2A 1S7YA 4NF6B 1UTHB 4DXBA 1XOCA 4ZE8A 3SEWA 2ANJA 4GL0A 4H67A 3CVGA 3FXRA 3OENA 3PPOA 5I58B 2PMSA 3KGCA 5EYFA 1XVYA 1A7LA 1XC1A 2VD2A 5FTHA 1N7XA 3FVKA 3O97A 1MY3A 2DSFA 1JEVA 2B65A 1SW1A 5CI5A 3VVFA 1B2HA 3O66A 4KHZE 3FATA 4GWOA 2GFEA 4JWXA 1MXYA 2YPNA 1H44A 4NMYA 2XX7A 3N6TA 3PPPA 1BP5A 4ESWA 5JK4A 4F2OA 1MH3A 1ANFA 1FTKA 1ZIUA 1O64A 4PP0A 1DTZA 3MPLA 2D5WA 4OFJA 2F36A 5AA2A 3UIFA 1MQIA 4U21A 5L9MA 1UIUA 1YAEA 1QW0A 1N3WA 4R73A 4ISUA 3TMGA 2R71A 4F1VA 5I56A 1L5TA 4F1YA 5K2XA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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