2DP8A

Carbohydrate recognition by lactoferrin: crystal structure of the complex of c-terminal lobe of bovine lactoferrin with trisaccharide at 2.5 a resolution
Total Genus 109
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
109
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Carbohydrate recognition by lactoferrin: Crystal structure of the complex of C-terminal lobe of bovine lactoferrin with trisaccharide at 2.5 A resolution
rcsb
molecule keywords Lactotransferrin
molecule tags Metal binding protein
total genus 109
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2006-05-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2dp8A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2dp8A02
3I5OA 1P1OA 2QS2A 3ZKLA 5AA2D 3CIJA 1ZKBA 1D9YA 2F97A 1T0KA 4BDLA 1FQCA 2Z23A 4LATA 2GHAA 4P11A 4R6YA 3TKDA 2XXWA 3VFJA 1SI1A 3D4CA 5ITPA 3CRBA 4IO2A 1RYXA 3LC8A 4OWDA 1JVYA 3OEKA 3PPNA 4FEDA 4EQBA 3C35A 3M3FA 4ND9A 3G3HA 5CI5A 3SERA 1MXWA 1WODA 4BDQA 2QMXA 2DVCA 1P1WA 3OOAA 2QPQA 4F39A 1SW2A 4OFLA 3RTWB 4NWDA 4NF4B 4Q0CA 1URDA 4F19A 3IL1B 4YU0A 4QSEA 4BLAA 4EQ7A 1CB6A 4GIZA 4R2BA 3QUJA 4MLVA 1AH5A 1VFEA 1NFTA 1IZ1A 4U22A 1UTBB 3CSBA 3MBPA 2WKYA 4R9GA 5DEXB 1MPCA 1FQAA 2DWJA 4GWOA 3UIFA 2RKMA 3HPIA 4G77A 3QK6A 3K1MA 1P1UA 4F3BA 2V3UA 2HZKA 1VSOA 3SKPA 1LSTA 1MY3A 1B7UA 4HS7A 4YB6A 2H9BA 4F18A 2DE2A 3LSLA 2HXWA 3FASA 4XKRA 1DTGA 5FTHA 2DE3A 4G68B 4IGRA 3H6TA 1GVCA 1B7HA 4YZZA 1P99A 5IKBA 5TP9B 1Z7NE 3IO6A 1IXCA 1EH3A 1A8FA 2ZYMA 1F9BA 1A8EA 1M5BA 1N7WA 3AXFA 1QUIA 3O66A 1ZJLA 3USDA 3TTMA 4I62A 2OCUA 3TELA 3RGYA 3A09A 3C31A 3KJTA 4PE5B 3VXBA 3TPAA 2Q2CA 3Q28A 3PD9A 4OTEA 3D4GA 2Q89A 5L9MA 2VGQA 3TTRA 2VOZA 4WEDA 3K0VA 3IJXB 2QS4A 3CG3A 1DMBA 2UYEA 4E0XA 2DWIA 5CMKA 4NWCA 3PGFA 1PBQA 3QIMA 1B0LA 3FATA 2I0CA 3Q26A 3B6TA 1EU8A 4OETA 3K6XA 1MH3A 4ESWA 2I0BA 3OSRA 1FQEA 5FTIA 5DEXA 1JW1A 3S9EA 2O1MA 2D21A 4YKKA 2RC8A 4R75A 5EYFA 2REJA 4OFJA 1R6ZA 3U92A 2ALUA 1LAGE 4KQPA 1B51A 3PUZE 1FQBA 3KJ7A 3TQWA 4F1VA 3C9HA 3IB2A 5I58A 1US4A 1GV8A 3K1NA 2O51A 4LONB 1EZPA 5KCJA 4NE4A 1AOVA 2Y7WA 4PP0A 5JK4A 1H45A 4EUOA 3IR1A 1SD3A 2AIXA 2DQVA 1B4ZA 4ISUA 3FJMA 4JBZA 2HAVA 3FJGA 1IUDA 4G68A 1B3HA 4H8IA 2A5TB 5I57B 1YTVA 4K3FA 2I3VA 4LZ7A 4U23A 5AA4A 1GTKA 3MJNA 4GXAA 2V3QA 1H76A 1WDNA 1HSJA 3VVDA 1FTKA 1DPEA 4R6KA 5KZTA 3O2AA 5DTBA 5CC2A 3BFTA 4AB6A 2I6EA 4KFQA 1QW0A 1PEBA 2VD3A 5I59B 4YAHX 3S9NC 2HAUA 4R9FA 2HQ0A 3EHSA 3LSWA 2F7AA 2IEEA 5K2YA 1MXVA 4YKPA 1LFIA 3FVKA 3SEUA 4GOTA 1MQHA 3RT8A 1R9LA 1II5A 1N04A 2IA4A 1USYH 3OD7A 5DYHA 3DELB 3IO4A 1QUJA 3MUQA 3TDJA 2UXAA 3KN8A 3E3KA 3G7WA 4EQ9A 1JW5A 2E0SA 4WEPA 2Y84A 1UTHB 1A7LA 3IOTA 5L8DA 1MM6A 2VP1A 3PPPA 4GF8A 1B5HA 1PB9A 3W15C 2XXXA 4OHNA 1NNPA 4ZEFA 2PX1A 2V84A 1ZLQA 3S9MC 1B32A 1IXIA 3KG2A 4Z7EA 4FEBA 4HTGA 3PMWA 5DVJA 5DT6A 3LUYA 1JQFA 1TWYA 4DIGA 2RINA 4F1YA 2O7IA 1RYOA 1KWHA 4BDNA 4RK2A 2RCBA 2A5TA 1A55A 4G2ZA 3T9HB 1B6HA 2HCAA 5H8HA 3G3KA 2PT2A 3PU5A 3CVGA 4EDPA 4DXBA 4Q5TA 5CBRA 2ONKE 1LLSA 4QFKA 1M5EA 2Z8DA 3VLWA 1QVSA 3B6QA 2GFEA 4GRKA 4X1BA 1FTJA 4QSCA 5I2NA 1MS7A 2F34A 1UQWA 3TFLA 4I1DA 3EHTA 2V93A 2GH9A 2Y7RA 3PPRA 1HSEA 3OO8A 3THIA 1R1NA 5HBCA 2G29A 1MQIA 4NF8B 1MXYA 2DE4A 3O28A 1N76A 1WVJA 2NVUB 1JEVA 2XXHA 2I58A 4KCDA 1P1NA 5A5XB 1UTHA 4QHQA 3HN0A 4M1VA 1B0HA 1BLFA 5HM4B 2XX9A 3VVEA 3C34A 4GL0A 2RF1A 3ZS6A 4U2RA 3FUZA 2PVUA 4KHZE 3K6UA 4KPTA 1YPNA 4G8NA 4YB7A 3SDFA 1LCFA 3E13X 2REGA 4Q30B 1B3LA 3N6TA 1Q35A 2ZXTA 2OJTA 2THIA 5L9OA 2GRVA 2ZNSA 1IXHA 3TAJA 4PFYA 3MPLA 3O6IA 1MPDA 4IB2A 1FQDA 1URGA 1Q1KA 4TLLB 4QFOA 4OMBA 2D3IA 4F22A 1EZOA 3N6UA 4ZE9A 3KGCA 1I69A 3VE1B 3CFLA 1A40A 3S2VA 2QS1A 4ZEBA 4YMAA 4H1XA 3IK6B 3H3GA 4DCXA 4N07A 4HCYA 3N5LA 1J1NA 5BWJA 3SEXA 4DE8A 5AA1A 2NOOA 4I8CA 1A99A 1Y4CA 1PDAA 4JWXA 3A3UA 4POXA 5I2KB 1PB8A 3FVGA 1BTJA 4RY1A 4GXSB 3G3JA 2ZYNA 3OEMA 2PMSA 3UORA 2O1LA 5B70A 3EPEA 2DSFA 2Q8JA 4L17A 4NF8A 1Y4TA 1B58A 1OQGA 4NF5B 2B3BA 4PFUA 4MF3A 1D9VA 5F7VA 2VHAA 4F2QA 2ZNTA 4M4GA 4GQOA 3MVZA 5CMMA 2V3TA 3S4UA 4FIMA 4IO7A 4BDRA 1VE4A 3JV9A 3FJ7A 1ZMGA 2OWTA 4EF1A 2FYIA 1OMPA 4KD5A 3K6VA 1LFHA 1NH7A 4F2OA 3M8UA 1RKMA 5HPQA 5TPAB 3PD8A 3TEPA 5H8NB 4ZEDA 3FD3A 3RY3A 5J1DA 3RNNA 4ECFA 1N3WA 3CR9A 1Y3PA 3O29A 2FA7A 4O3CA 3IORA 1DTZA 2DOJA 3FIRA 4NF6B 4LUBA 4POWA 3TCFA 2R9JA 1MY0A 1AMFA 1LCTA 3ONMA 1ANFA 4Z0IA 5EHMA 4KYDA 2QL3A 3PUXE 4NF4A 2XXQA 4MFIA 3OSQA 2RC9A 1UIUA 1FW0A 3GBBA 1N7XA 2UVIA 1UTBA 2Q9TA 1BIYA 2Y7PA 3ECRA 4F3SA 1B4HA 4QRZA 4OFOA 4KR5A 3C36A 3MC2A 5I56B 3F11A 4OESA 4DLDA 3T96B 3RQTA 4NEDA 3K00A 3RTFB 4X1DA 1JETA 1OIBA 1P1QA 3T22A 5IAIA 3GLBA 2DS9A 4LP2B 4U4XA 3V5AA 4F31B 4P0IA 1Y3QA 2P0SA 4XKNA 5AA2B 1H43A 1L5TA 2H99A 2DXRA 1OVBA 5CMBA 3MP1A 2HEUA 5TP9A 3TCHA 1YAEA 1NMUA 1B1HA 3C4MA 3H4ZA 1Z7ME 3QUFA 3IB0A 3OMBA 1XC1A 2DYXA 5LOMA 3ODBA 4UA8A 4RJZA 3BBRA 1S7YA 3MZ1A 3L6HA 5TPAA 2ZNUA 4XXUA 2Z22A 1LAHE 4E0WA 1B1XA 4RYAA 2O68A 1SVXB 4OEUA 3OXNA 2F8DA 2XXPA 4NF6A 1SW1A 1LB9A 5L9SA 3MP8A 3V83A 5TU0A 2AL5A 4ZECA 2I49A 3TCGA 4QFLA 2OBGA 3UN6A 2NUVA 4JWYA 4DDDA 2YLNA 2GHBA 1Y20A 3G3FA 2QJEA 4H5GA 1NL5A 3TODA 4G68C 4IO5A 4KCCA 3SEWA 4GVOA 3MP6A 4MH5A 2A5SA 4XKQA 5H8FB 3RPWA 3TZAA 3EN3A 1MY1A 2PYYA 2F6PA 3TTLA 4QFPA 4C1UA 3GXAA 2E1SA 4DCYA 3UK4A 3K6WA 4PFWA 4F3GA 5ICQA 4U21A 3I3VA 4WXJA 4OXVA 2QSXA 5ITOA 3SETA 3FVNA 5I57A 2ZMBA 3RT6B 3DP6A 1URSA 4IY6A 1B05A 1FTMA 3ILUB 4FATA 2O7UA 1SDXA 3K1PA 3KSJA 2AL4A 3LSFB 1SW4A 4F1UA 4LA9A 4XKPA 4THIA 2D5WA 2ABHA 5H8QB 5ICTA 5DVFA 3MAMA 2DXYA 3PUYE 2YJPA 3DLNA 4ZZEA 3FVOA 2Q2AA 4U4SA 3R7XA 2ZYKA 1B7ZA 4C1TA 2DWHA 5I59A 4O3AA 1I6AA 1JVXA 1TFDA 4N6PA 1B3EA 1MH4A 3HO7A 3TYHA 4PETA 2XXTA 1LBBA 3N26A 3DP4A 4BDMA 3KSXA 3P7IA 4GD5A 5EHSA 1AIVA 1TT1A 4MLQA 4DXCA 3Q29A 2XXYA 3OO6A 3TTKA 3FXQA 2F5XA 4XTCQ 2Y7KA 3OO9A 1BP5A 4TQUQ 3U93A 4QSDA 3KOSA 1XVYA 3CFZA 1AL3A 1HSLA 1H44A 3GZGA 3RUMA 5M2VA 4F29A 3KEIA 1IITA 4H5FA 1MDP1 2P1SA 4JSDA 1YCJA 1I6BA 5K2XA 3GBAA 2QRYA 2YPNA 1B3FA 3HCQA 3QAXA 4F3PA 3N94A 1NNFA 1B2HA 2O84X 3H6VA 1B9JA 2X26A 2XD2A 2UVJA 4R72A 2Z8EA 3MQ9A 4OENA 3MZBA 3FV2A 4LZ5A 3V89B 2F35A 4FAJA 3CG1A 4GFRA 4OVJA 4JWOA 3FGSA 1MY4A 4P0GA 4ESXA 3VLVA 4I9DA 3SESA 3HSTA 4JSOA 5H8QA 4IO4A 4G8HA 1XOCA 3IAZA 5F1QA 2QS3A 3H7MA 1MQJA 1JEUA 4MBPA 3UP9A 3V8XB 4R73A 3SEVA 3B7DA 3HV1A 1O7TA 4DXUA 2X7PA 3MWBA 4R74A 1B40A 3WAEA 1VFDA 4TOZA 3PMVA 2I4BA 1M5FA 3EHUA 3T9VA 2Z8FA 1SI0A 2ZYOA 2R6GE 1LFGA 2NWJA 3TTNA 2VD2A 4EF2A 2DWAA 1SYIA 1LAXA 1MQGA 1QKBA 2F6GA 4RA1A 3MVYA 2ANJA 3RLFE 3C32A 3FXRA 3H6UA 2V25A 4RXLA 4YICA 5FHOA 4C0RA 3PPQA 1IIWA 1SQYA 1DPPA 1EZ9A 2KLFA 2BJJX 5JEIA 1D4NA 1LAFE 2OZZA 3DM0A 5ISUA 3U94A 5A5XA 4EXLA 1UIVA 3KOTA 4ONYA 4YKJA 3T9UA 2O6AA 4OEVA 3R26A 4GLIA 5I58B 1N0TA 5KCJB 3IOUA 4LQ5A 1MXUA 3KBRA 3O97A 1I6QA 3MZ9A 2XD3A 2W7YA 4NTLA 3FV1A 4LVQA 1FTOA 3CFXA 1QKAA 1XT8A 1PC3A 3FXUA 3PV0E 4JB7A 1NH8A 5I84A 3WAFA 3KZGA 3CSGA 2F7CA 1VR5A 2XX8A 5AA4B 3HHFA 3KN7A 3VDFA 1PBPA 5CRYA 1XS5A 2O69A 1MM7A 1ZTYA 1SBPA 1ZIUA 1A54A 2Y7IA 3EQ1A 2QMWA 4ELQA 1PB7A 1M5DA 4PQJA 1JW4A 1FQFA 3K01A 2RC7A 2DVZA 3H6WA 1MG1A 3W9VA 1BKAA 5AE4A 1Y9UA 3OELA 1OLCA 1LBCA 1MXZA 3H03A 2H4IA 1NNKA 5DVIA 3KFMA 2B65A 1OLAA 4AB5A 3G3GA 1POY1 4H8JA 4ZEKA 4KI0E 1LB8A 5I2KA 3BKIB 2UVHA 1GGGA 5FHMA 4IO3A 2PBWA 1O63A 3U8QA 1NKXA 2I4CA 4TLMB 4UACA 4U1ZA 3BFUA 4H0WA 4RNSA 4N13A 4OYVA 5JTYB 1M5CA 1MRPA 1TXFA 4Q8RA 4NF5A 4PFTA 2XXIA 4KYEA 2HFBA 2OLBA 3MVWA 5ELVA 1TFAA 3Q27A 4H65A 4HCWA 1XVXA 1DSNA 3OO7A 1GR2A 2G93A 3FZVA 4QF9A 5H8SA 2XX7A 3UA8A 3E9XA 4BDOA 5B7DA 2RCAA 5FHNA 3R6UA 4WKMA 4YKIA 3DP8A 1IXGA 1R9QA 1FCKA 3PUVE 4H6DA 5AA3A 3PUWE 2ONSA 3RN8A 2X7QA 5CBSA 1MPBA 1N84A 2H5YA 5H8HB 1IEJA 1D3KA 2CMOA 2XHDA 3IX1A 5KDTB 5H8NA 3MW0A 1CE2A 3QXMA 5BUUA 3I6VA 1S9TA 2H98A 2PT1A 3TQLA 1IQ7A 3K02A 2UYFA 4GL8A 2M8CA 1SW5A 4X9TA 1OQHA 3ZSFA 3VVFA 4O3BA 1NNTA 4KYSA 3E4RA 4EXKA 1ZU0A 3T9XB 3MVXA 3T93B 2NXOA 3O9PA 3PMXA 1MDQA 4ZE8A 5I2NB 3U1OA 3U72A 4YMBA 4ZDMA 1B46A 1OVTA 2ESNA 4FECA 3S9LC 4R2FA 3SEYA 4HW8A 2F36A 3IOVA 3A3CA 4RPOA 1LGBC 1USYE 5I56A 4IY5A 1B52A 5JTYA 4QFNA 2I3WA 4U1OA 2HZLA 1Y3NA 3H06B 4X48A 3QYTA 4FJPA 2DP8A 3JYRA 3LR1A 3K4UA 3B6WA 1US5A 1B5JA 3OENA 3M3LA 4G4PA 3Q25A 4DZ1A 5AA2A 4LZ8A 4IGTA 3M3KA 1ELJA 2LAOA 2F7BA 2CZLA 1B5IA 1ATGA 4OZ9A 4LQ2A 1MY2A 3O6GA 1SYHA 1QUKA 2FNCA 2AYSA 5CM6A 2B3FA 3UGWA 1POTA 4G8MA 4IO6A 4RK9A 3QSLA 1ZBMA 2ONRA 3EF7A 1Y1MA 1O64A 2XXVA 3LBSA 2I48A 4ZEIA 3TMGA 5KDTA 3KN3A 3O6HA 4AQ4A 2UVGA 4JXIA 3HHGA 4ELOA 3T66A 3CI8A 4ELRA 3IB1A 3PPOA 3L6GA 1QJMA 3LSXA 2P2AA 5CMCA 3C33A 3G3IA 3ZKKA 3VV5A 1S50A 1MXXA 4FORA 3VLUA 1XHYA 3TUSA 3ILTB 2XXUA 1Y1ZA 2H25A 4XIGQ 4ZS9A 2OK2A 4YB5A 3MPKA 1MQDA 4H67A 3VXCA 4OQOA 4ZZAA 1N3XA 4R6HA 1DOTA 1QULA 2Q88A 5H8FA 2F78A 2OWSA 4FE8A 1FTLA 3IOWA 4ELPA 4NMYA 1JNFA 3K2DA 3W9WA 2XXRA 1H3DA 3JZJA 4JDFA 4OERA 2R71A 3IJOB 1B3GA 4RPNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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