2HFBA

Crystal structure of selenomethionine-labelled rafe from streptococcus pneumoniae
Total Genus 119
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
119
sequence length
383
structure length
383
Chain Sequence
TVTIEYFNQKKEMTKTLEEITRDFEKENPKIKVKVVNVPNAGEVLKTRVLAGDVPDVVNIYPQSIELQEWAKAGVFEDLSNKDYLKRVKNGYAEKYAVNEKVYNVPFTANAYGIYYNKDKFEELGLKVPETWDEFEQLVKDIVAKGQTPFGIAGADAWTLNGYNQLAFATATGGGKEANQYLRYSQPNAIKLSDPIMKDDIKVMDILRINGSKQKNWEGAGYTDVIGAFARGDVLMTPNGSWAITAINEQKPNFKIGTFMIPGKEKGQSLTVGAGDLAWSISATTKHPKEANAFVEYMTRPEVMQKYYDVDGSPTAIEGVKQAGEDSPLAGMTEYAFTDRHLVWLQQYWTSEADFHTLTMNYVLTGDKQGMVNDLNAFFNPMK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of selenomethionine-labelled RafE from Streptococcus pneumoniae
rcsb
molecule tags Sugar binding protein
source organism Streptococcus pneumoniae
molecule keywords Sugar ABC transporter, sugar-binding protein
total genus 119
structure length 383
sequence length 383
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-06-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2hfbA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2hfbA02
3UORA 1I6QA 2HQ0A 2XD2A 4U21A 3IOWA 1AL3A 4ELRA 3H06B 3PUZE 4PFWA 3HHFA 3M3LA 3S9LC 3AXFA 3TDJA 2O6AA 3LSXA 1QKBA 2D3IA 2P2AA 1MM7A 2QMWA 4MLQA 4Z7EA 4ELOA 5CC2A 4HCYA 5CMMA 1A99A 5EHMA 4P0IA 1NNFA 4LUBA 1R6ZA 3GZGA 1JEVA 4ZDMA 3PPNA 5H8NA 3MZ1A 3SEXA 4F3PA 1QKAA 4C1TA 4FATA 3VLUA 4RPNA 4OERA 2E0SA 2Z23A 5ICQA 1I6BA 3KOSA 3DP6A 1IITA 3OXNA 1MY2A 3FJ7A 4G68A 4IO2A 2RC7A 4GL0A 4GRKA 2I3VA 3OOAA 5I2KB 3HV1A 3V89B 1US5A 1UTBB 2KLFA 3V5AA 4BDOA 3W15C 2XXTA 5H8QB 3PD9A 3K6WA 1ZLQA 1QUKA 4H6DA 3PV0E 3VDFA 1MXYA 4JWXA 3T9VA 1B0LA 5F1QA 1B1HA 3CSGA 2QS2A 1FQCA 4R2BA 3WAFA 1PB8A 2DQVA 2Y7IA 4KI0E 4GF8A 4QSDA 1AH5A 3C36A 4GXSB 4RA1A 1I6AA 3VXBA 5HPQA 1LFGA 1YTVA 4F22A 4GQOA 3LSWA 4JWOA 4YAHX 2I49A 4UA8A 3R26A 1MQIA 4NF4A 1P99A 3RY3A 3MW0A 2CZLA 4GVOA 1LCTA 4GWOA 4KPTA 1VFDA 1MPCA 4IB2A 3BKIB 2F36A 4YKKA 5L8DA 1MQHA 2PMSA 4POWA 4Q5TA 1A55A 5B7DA 1DPPA 5TU0A 3MZ9A 3FD3A 3LBSA 1F9BA 4G8NA 1FQFA 3MC2A 1LLSA 3TEPA 3PUYE 5ITOA 3TKDA 1QUJA 1SW5A 4POXA 2DYXA 5I2NA 2PT1A 3TPAA 4NF5B 4OFJA 3EHTA 5H8HA 1RKMA 2RINA 3DP8A 4ZE9A 1HSLA 3A09A 4EF2A 5J1DA 2RF1A 3MJNA 2V93A 3HSTA 3PD8A 3R6UA 4LVQA 4ZEIA 1UTHA 1PEBA 3U94A 1HSEA 2ALUA 3G7WA 4RPOA 5EHSA 3JZJA 2HXWA 5CMKA 3DP4A 4XIGQ 2O69A 1D9VA 3UN6A 1Q1KA 2YLNA 4JB7A 4WEPA 2ZYMA 1S7YA 1M5CA 4C0RA 1SVXB 1WVJA 1FTKA 5I56B 4E0XA 1II5A 3VLVA 1J1NA 3E9XA 1MXWA 5L9OA 5FHNA 3PMXA 1QUIA 1EU8A 3T96B 2XXUA 4YICA 3U1OA 1LB9A 1N04A 2QJEA 1YAEA 1MXUA 2HCAA 4M1VA 1NH8A 3MP6A 3CR9A 4G68C 5ICTA 4PETA 3T9XB 2OBGA 3DELB 4WKMA 4DZ1A 4YU0A 1O7TA 1GV8A 4LZ8A 1B40A 1TT1A 3OMBA 4NTLA 2B3BA 1JEUA 5ELVA 3D4GA 1USYH 5AA2A 3TAJA 4F1UA 3MVXA 3MWBA 3SESA 1FQDA 2NOOA 3O66A 4I8CA 1LAGE 4NWCA 4U23A 3VLWA 5TPAA 4IO3A 4QFLA 4G4PA 4FORA 2ZYKA 3G3JA 3TTRA 3UIFA 4ZEKA 5BWJA 4X48A 3B6QA 1URGA 3ZKLA 4FE8A 1ZBMA 5HBCA 4TLMB 5KCJA 4F39A 2RCBA 1B3GA 1MG1A 3VFJA 2GFEA 3T66A 5F7VA 1UTBA 4DXUA 2OWTA 2NXOA 3EF7A 3TMGA 4GL8A 2QPQA 4ZEBA 2A5TB 4JDFA 3IOVA 2DP8A 4ESXA 2QS1A 1MQGA 3GLBA 2OJTA 3HN0A 4OXVA 4XTCQ 3ONMA 1P1QA 3S9NC 3H03A 5ISUA 2F7BA 5A5XB 1D3KA 1B7HA 1QVSA 1FTLA 1IXCA 5FHOA 4LP2B 3EN3A 3FJMA 1B3HA 3K6XA 5HM4B 2ANJA 1H44A 2F6GA 1ZU0A 2ZMBA 4H8JA 1ANFA 2Y7PA 1UIUA 5I57A 3FATA 4LONB 3RPWA 2I0BA 3PPPA 1D9YA 3QAXA 4X1DA 2PYYA 1VFEA 5JTYB 3K1MA 3O6HA 4EQ7A 5DEXB 5DYHA 2I6EA 4ECFA 2H98A 1AMFA 5KDTA 2F6PA 4ZEFA 5CM6A 3U92A 1MY4A 1LGBC 4R6HA 5AA2D 2AL4A 1BTJA 4PE5B 1JVXA 1DTGA 1N7XA 3M3KA 4EXLA 4FIMA 1MH3A 3FV2A 3O6GA 4NF6B 4BDNA 3G3IA 3DLNA 4LZ5A 2XXXA 4QSEA 2VP1A 2W7YA 3FUZA 3JYRA 1MQDA 5I58B 3N26A 1IZ1A 1XT8A 1EH3A 3TYHA 2UVJA 4KR5A 1DMBA 4C1UA 3PGFA 2Q9TA 5I59B 5CBSA 1M5FA 1OLAA 3THIA 2AIXA 4ISUA 1H43A 2GHBA 1NNPA 2ZXTA 3PMVA 4OEUA 1DTZA 5DTBA 4KCDA 4GIZA 2LAOA 1SW2A 1MQJA 1SW1A 3TELA 3K6UA 3L6HA 4ZZAA 3A3UA 4F1YA 4MBPA 1GTKA 3BFUA 4PP0A 2QS3A 3S2VA 3MP1A 3RGYA 1I69A 3GBBA 4MF3A 3FVGA 1R9QA 4ND9A 4H8IA 1P1WA 1LCFA 1XOCA 2OCUA 1OQHA 4IO7A 3UA8A 3TFLA 1NMUA 1NL5A 1POTA 3N6UA 1WODA 4F2OA 4EQ9A 4G8MA 4OZ9A 2XXYA 4RK2A 3O2AA 1MY3A 1N0TA 3VVEA 1WDNA 4YMAA 1P1OA 4OYVA 4M4GA 3EHSA 3R7XA 4PQJA 1XHYA 2HFBA 1SYHA 3PUXE 4R9GA 5M2VA 3JV9A 4E0WA 1TFDA 3KN7A 4U4SA 4OESA 3IX1A 4TQUQ 2XXRA 3OEKA 4R6YA 4JXIA 4N6PA 1DOTA 2A5TA 4RY1A 1ZIUA 2AL5A 2F34A 1KWHA 2G29A 4PFYA 4ZZEA 3B6WA 4WXJA 5TP9A 1B5IA 4QF9A 1ELJA 2PX1A 4F3SA 2DWJA 1OLCA 1MPDA 4I62A 1A8EA 5K2YA 3TTMA 1ZMGA 2DXYA 1DPEA 2I0CA 2UYFA 1VR5A 2H99A 2ZNUA 3ECRA 3I6VA 2Y7KA 4Q30B 3H6UA 2XXWA 5AA1A 1M5BA 2V3QA 2Z8EA 5L9SA 2V25A 3I3VA 1B46A 4H5FA 1JQFA 3KBRA 4RXLA 3TCGA 3OENA 5DEXA 1EZPA 3KN8A 2WKYA 1PB9A 2FA7A 2RCAA 3E13X 1B3EA 1B0HA 2XD3A 3ILUB 1NNKA 1ATGA 3IB2A 5ITPA 1LSTA 1BP5A 2X7QA 4PFTA 3ODBA 4U1ZA 3FVKA 4R73A 5H8FA 2UVIA 1VSOA 3IO4A 3QSLA 2O7IA 2ZYNA 3H3GA 4FJPA 1GVCA 4NEDA 4ESWA 3LSLA 4DE8A 1LAFE 3MVWA 3PPOA 1A7LA 5DVFA 3RN8A 1US4A 2DXRA 1N3XA 2XXVA 1MXZA 4R75A 3O29A 3TTNA 1B5JA 1LAHE 4GFRA 4F1VA 4OFLA 3TCHA 5AA4A 2M8CA 1SBPA 2RC9A 1B3LA 2FYIA 3KGCA 3S4UA 3RUMA 3MVYA 4AB5A 1AIVA 3FIRA 2R9JA 1OIBA 1Y1ZA 2I4CA 3V83A 4OHNA 2O84X 2DE2A 4DCXA 4DLDA 1Z7ME 3KSXA 3MP8A 2Q2CA 1MXVA 2VHAA 1MH4A 3LC8A 2UYEA 5DT6A 1B7ZA 4F2QA 1MS7A 3SERA 2VOZA 3MUQA 3BFTA 4FEDA 3HCQA 2D5WA 3G3GA 1XS5A 5FTIA 2Z22A 4QFKA 4KQPA 2O1LA 4GXAA 2QS4A 5JEIA 2UXAA 3MQ9A 2V84A 3KJTA 1GR2A 3OSQA 4RNSA 2NVUB 1HSJA 4H65A 3VXCA 5JK4A 3PU5A 3OEMA 1TWYA 1Y4TA 3OELA 3UP9A 1ZJLA 3CRBA 4L17A 4NE4A 3GBAA 2Q2AA 1B9JA 4U22A 3FV1A 1SI0A 4XXUA 2Q89A 2QSXA 4R9FA 1LFIA 4QRZA 1URSA 1IEJA 1Y4CA 4G8HA 1O64A 2ONSA 4U2RA 1MDQA 2XX9A 4RJZA 3C31A 5I2KA 3TQLA 3A3CA 4FECA 2Y7RA 2XXQA 1MXXA 4R6KA 4HW8A 2H4IA 1TFAA 1IXHA 3HO7A 2X7PA 1S50A 5H8QA 3WAEA 1Y1MA 3H6TA 3K01A 2ONRA 5K2XA 3H6WA 5IKBA 4G68B 3VV5A 3CFXA 4BDMA 2NWJA 1S9TA 3CSBA 1N3WA 1NKXA 1NH7A 1H45A 2OZZA 2F5XA 2B65A 4XKNA 3G3FA 3QK6A 4R2FA 4KYEA 3MPKA 4ZEDA 2F78A 3HPIA 3PUVE 1Y20A 1B52A 3ZKKA 4YKJA 2Q8JA 2VD3A 3G3HA 3M3FA 4JWYA 4DDDA 5KZTA 4BDLA 4KD5A 4LQ5A 5CI5A 3IJOB 4I1DA 3PPRA 4F31B 3VE1B 4Z0IA 2RC8A 2XXHA 3RTWB 1M5DA 3GXAA 2HAUA 3SEWA 1QW0A 4LATA 4NF4B 3QXMA 1N84A 3EHUA 1BIYA 3PMWA 4QSCA 4NF5A 1XVXA 2Q88A 1FQEA 3EPEA 4EQBA 3W9VA 4AQ4A 2F35A 2Y84A 1L5TA 3FASA 3K1PA 1URDA 3TQWA 3KEIA 4U1OA 4XKRA 1A8FA 3C4MA 4F29A 3MPLA 4MLVA 1PBQA 2DVCA 2YJPA 3KOTA 5I2NB 4Q8RA 2DOJA 4KCCA 2DWIA 4UACA 4YKIA 3Q28A 4R72A 4BDQA 3KJ7A 2IEEA 3OO6A 3QYTA 1P1NA 4H5GA 4AB6A 1A54A 2V3TA 3RQTA 5I56A 2DWHA 3LUYA 2RKMA 4GOTA 2GH9A 1Q35A 3E3KA 4THIA 2IA4A 2BJJX 2DWAA 1FCKA 3EQ1A 4OENA 4QFNA 2O7UA 4KYDA 3SEYA 3IOTA 4FAJA 4F3GA 3KZGA 1B1XA 3T22A 4MH5A 1FW0A 1JW5A 2ZNSA 3UGWA 1SDXA 4FEBA 2I58A 3U8QA 1MY0A 2DSFA 2OLBA 4KHZE 3Q29A 1OMPA 1SD3A 1IXIA 1IXGA 3FXUA 3B6TA 5EYFA 2F7AA 1BKAA 2D21A 2HEUA 4G2ZA 4IGRA 2HZLA 5AA2B 1NNTA 2REJA 2UVGA 3CG3A 3SKPA 4GD5A 2QRYA 2XHDA 1FTMA 5L9MA 2F8DA 2ONKE 1B32A 4DXBA 3V8XB 3U93A 3E4RA 3H7MA 3FXQA 5TPAB 3K6VA 3I5OA 5CRYA 3TUSA 1Y3PA 4HTGA 5CBRA 3FGSA 2V3UA 4LQ2A 2O51A 1AOVA 3F11A 3RLFE 4H1XA 3Q26A 4R74A 2Z8DA 5KCJB 2B3FA 4Q0CA 3OO8A 4O3BA 3LSFB 4EDPA 5IAIA 4NF8B 4DCYA 1H76A 5A5XA 3T93B 4QFPA 4DIGA 1GGGA 3CIJA 4YB7A 4N07A 2H9BA 1NFTA 4OMBA 3Q25A 5FTHA 3IO6A 4EXKA 3HHGA 1UQWA 4N13A 3QIMA 1SQYA 3H4ZA 3O28A 1LBBA 1B5HA 3S9MC 3CVGA 1MPBA 1QJMA 3FVNA 4H67A 1POY1 1P1UA 5JTYA 4IGTA 2THIA 1MDP1 1B2HA 1JW4A 2UVHA 4BDRA 1B51A 1Z7NE 1YPNA 4QHQA 1USYE 4P11A 2VGQA 3C33A 3MVZA 5I57B 2PVUA 5I84A 1A40A 2ZNTA 1RYXA 3O97A 4ZS9A 2XX8A 2QMXA 3FJGA 2GRVA 2OK2A 1N7WA 4I9DA 4OQOA 3TTLA 3KFMA 4IO4A 1MY1A 4ELQA 4NF6A 4JBZA 1JNFA 2HZKA 3T9UA 5KDTB 3FXRA 1B4HA 4YZZA 2GHAA 5AE4A 1CE2A 2VD2A 1D4NA 3Q27A 5I58A 2PBWA 2H25A 2AYSA 3BBRA 4YMBA 1PDAA 1B4ZA 3TODA 5I59A 4OEVA 4X9TA 3N6TA 1OVBA 4ELPA 3IOUA 3G3KA 2FNCA 2XXIA 3MZBA 3OO9A 1EZ9A 4EF1A 2ABHA 1B3FA 4OTEA 2O68A 3M8UA 4GLIA 3OSRA 4TOZA 3SETA 2REGA 1H3DA 2R71A 1UIVA 1XC1A 3USDA 4JSDA 3K00A 1B05A 1R1NA 2ESNA 1T0KA 2X26A 3S9EA 3K02A 4IO6A 1JETA 2YPNA 3UK4A 3PUWE 1M5EA 1OVTA 3VVDA 4KFQA 1PC3A 2R6GE 4NMYA 4OWDA 1Y3NA 5FHMA 3K0VA 3SDFA 4HCWA 3CFZA 3P7IA 3OD7A 3CG1A 1B7UA 3KSJA 1JVYA 3IB1A 4WEDA 3FZVA 4F18A 2P0SA 4MFIA 2A5SA 3QUFA 2I4BA 4BLAA 3DM0A 4JSOA 4QFOA 5H8NB 3RTFB 1IIWA 1N76A 2XX7A 3CI8A 4YKPA 4HS7A 2O1MA 3SEVA 3B7DA 4KYSA 3O6IA 4YB5A 2HAVA 4IO5A 3TZAA 2G93A 2DE3A 4RYAA 3RT6B 1DSNA 4EUOA 1RYOA 1JW1A 4YB6A 4NF8A 5CMCA 5DVJA 5LOMA 1Y3QA 3IJXB 3VVFA 2I48A 3O9PA 1OQGA 3PPQA 5DVIA 1YCJA 3ILTB 2QL3A 2F7CA 3D4CA 5AA3A 3IL1B 4OVJA 1SW4A 4OFOA 4U4XA 3TTKA 4RK9A 3H6VA 3C32A 1R9LA 4X1BA 4ONYA 4XKQA 4F3BA 5BUUA 4P0GA 5TP9B 3N94A 2CMOA 5B70A 2ZYOA 2NUVA 2P1SA 2Y7WA 4NWDA 1IQ7A 3C9HA 4G77A 3IAZA 1FTJA 2DE4A 3L6GA 3KN3A 4PFUA 4IY6A 4IY5A 1ZTYA 1SYIA 4O3CA 1Y9UA 3IR1A 4ZECA 1PBPA 1LBCA 3ZS6A 1FQBA 5CMBA 3CFLA 3C34A 1MRPA 1XVYA 3MAMA 3N5LA 4H0WA 2XXPA 1O63A 2DVZA 1FTOA 3QUJA 4XKPA 3K2DA 1B6HA 1FQAA 1PB7A 3K4UA 3FVOA 1B58A 3TCFA 1MM6A 5H8HB 2I3WA 5H8FB 4DXCA 3SEUA 3T9HB 1SI1A 2PT2A 3MBPA 4F19A 1EZOA 1CB6A 3ZSFA 3RNNA 2DS9A 4K3FA 3KG2A 1UTHB 2H5YA 3K1NA 1LAXA 2Z8FA 4LA9A 3RT8A 3LR1A 2F97A 1IUDA 1QULA 1LB8A 3IB0A 3U72A 1VE4A 4TLLB 3W9WA 2E1SA 2OWSA 5AA4B 1LFHA 1TXFA 4OETA 4ZE8A 1ZKBA 3C35A 3OO7A 4LZ7A 1BLFA 4O3AA 3IORA 3IK6B 5H8SA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3UORA 1I6QA 4GWYA 2HQ0A 2XD2A 4U21A 3IOWA 1AL3A 4ELRA 3H06B 3PUZE 4PFWA 4OVTA 3HHFA 1FJ9A 3M3LA 3S9LC 3AXFA 3TDJA 2O6AA 3LSXA 1QKBA 1NI9A 1EYIA 2D3IA 5LDZA 2P2AA 1MM7A 2QMWA 4MLQA 4Z7EA 4ELOA 5CC2A 4HCYA 2GQ1A 5CMMA 1A99A 5EHMA 4P0IA 3B8BA 1DK4A 1NNFA 4LUBA 1R6ZA 3GZGA 1JEVA 4ZDMA 3PPNA 5H8NA 3MZ1A 3SEXA 4F3PA 1QKAA 4C1TA 4FATA 3VLUA 4PDHA 4RPNA 4OERA 2E0SA 4XF5A 2Z23A 5ICQA 1I6BA 3KOSA 4PF8A 3DP6A 1IITA 3OXNA 1MY2A 3FJ7A 4OVPA 4G68A 4IO2A 2RC7A 4GL0A 4GRKA 2WX9A 1JP4A 2CZKA 4MNPA 2I3VA 3OOAA 5I2KB 3HV1A 3V89B 1US5A 1UTBB 2HXRA 2KLFA 3V5AA 4BDOA 2VPNA 3W15C 2XXTA 5H8QB 3PD9A 3K6WA 1ZLQA 1QUKA 4H6DA 4P47A 3PV0E 3RYDA 3VDFA 1NUYA 1MXYA 4JWXA 3T9VA 1B0LA 5F1QA 1B1HA 3CSGA 1CNQA 2QS2A 1FQCA 4X8RA 4R2BA 3WAFA 4GX4A 1PB8A 2DQVA 2Y7IA 4KI0E 4GF8A 4QSDA 1AH5A 3C36A 4GXSB 4RA1A 1I6AA 3VXBA 5HPQA 1LFGA 1YTVA 4F22A 4GQOA 1FBCA 3LSWA 4JWOA 4YAHX 2I49A 4UA8A 3R26A 1MQIA 4NF4A 4MIJA 1P99A 4GWWA 3RY3A 3MW0A 1LBVA 2CZLA 4GVOA 1LCTA 4GWOA 4KPTA 1VFDA 1NUXA 1MPCA 4IB2A 3BKIB 2F36A 1IMFA 4YKKA 5L8DA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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