3Q27A

Cyrstal structure of human alpha-synuclein (32-57) fused to maltose binding protein (mbp)
Total Genus 126
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
126
sequence length
396
structure length
390
Chain Sequence
MKIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTNSSVLYVGSKTKEGVVHGVATVA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Sugar binding protein, protein fibril
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein/alpha-synuclein chimeric
publication title Structures of segments of alpha-synuclein fused to maltose-binding protein suggest intermediate states during amyloid formation
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 126
structure length 390
sequence length 396
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-12-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3q27A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3q27A01
2CZLA 5DVFA 5DEXB 3GLBA 1B3LA 1SYHA 1LB8A 4KR5A 5FTHA 4IO2A 2ONKE 5ITOA 1IITA 4YKJA 2V3UA 1FQEA 1WVJA 4AQ4A 4GQOA 4RJZA 4ZEFA 3N26A 1USYH 2HZLA 5I56B 3O28A 1R1NA 5I59B 4N07A 4ESWA 1B0HA 2PVUA 4Z7EA 1H43A 1CB6A 3CSBA 1ELJA 5I58B 4F22A 4GL0A 1UTBB 3S9LC 4IO6A 2QRYA 1FTKA 3DP8A 1MXYA 3K01A 2V84A 3G3JA 3T22A 3EHSA 4H6DA 4WEDA 5DEXA 2QS2A 4GF8A 4JSOA 3N6UA 3G3IA 1B7UA 2G29A 3QUJA 4QSCA 1QW0A 1QVSA 1B3EA 3FXUA 4NMYA 1MPBA 1MXXA 4YICA 3OEMA 3LC8A 4IGRA 3TCGA 3DELB 3TEPA 3H6TA 2OZZA 4XKQA 3OO8A 2XXYA 3TZAA 2HCAA 5I56A 5I59A 1JW1A 5L9OA 1MPDA 5EYFA 5BWJA 1D9YA 4OQOA 4LATA 4YB6A 5I58A 4XKPA 4BDMA 4I62A 4GFRA 1UTBA 3V5AA 2ZYNA 1JVXA 1B5IA 3SESA 3L6GA 1P1WA 1OQGA 2X26A 3IORA 1FTMA 3MPLA 3E9XA 3RN8A 2F36A 3H6VA 4IB2A 1SYIA 4F2OA 4RYAA 3UORA 1LBCA 4EQBA 5KZTA 2OLBA 1J1NA 2HZKA 4R72A 2I58A 3OO7A 4QHQA 5A5XB 1MM6A 5H8HB 1EZOA 5FHOA 1RYXA 1MY4A 5B70A 1WDNA 2Z8DA 1XHYA 3CG3A 4WKMA 4LZ7A 2DXYA 1O63A 2CMOA 2ZYOA 1A55A 3HPIA 1NMUA 1SW5A 1N0TA 1B32A 3OXNA 4P0GA 3PPPA 3N6TA 3PUXE 4EF1A 4GOTA 3V8XB 2DWIA 4G68B 4POWA 2HAUA 1DPPA 1LFGA 2ZXTA 1SW2A 2O51A 2XXTA 1R6ZA 5A5XA 4H5FA 5CRYA 3ZKLA 3EF7A 3VE1B 4IO4A 3S9MC 3GXAA 3KOTA 2Y7RA 4FJPA 5FHMA 3A09A 2F7AA 1GVCA 1OVTA 2ONRA 3L6HA 3TTKA 4RXLA 1B4ZA 1URSA 4X1BA 4C1TA 4KI0E 2WKYA 1URGA 4HW8A 3MC2A 3PMXA 4NF5B 4MLQA 4X9TA 3PD8A 2XXIA 1AH5A 4FE8A 1PB7A 3FXRA 5L9MA 3CI8A 4ZEBA 4QFKA 4RA1A 1VSOA 1OVBA 2Z23A 4YB5A 1B3HA 2PT1A 2O69A 3U92A 4NE4A 3OEKA 1Z7ME 4MLVA 1Y4TA 4AB5A 4R74A 2Q88A 3MJNA 4NTLA 4GVOA 4EXLA 3WAFA 4YU0A 2VOZA 2QS3A 2DE3A 4NF5A 3TQLA 3A3CA 1UIVA 1BTJA 2F5XA 1Y3PA 5I2KB 3VLVA 2GFEA 3RUMA 3R7XA 3CSGA 4JWOA 3OO6A 3TUSA 2A5SA 1SQYA 1LFHA 3FVNA 3FVGA 4U1ZA 2PX1A 3T9UA 5TP9B 3PUYE 4KHZE 3IX1A 5F1QA 1H44A 3KEIA 4ZS9A 2XXQA 1BIYA 4RK2A 5F7VA 4G77A 2Y7PA 3ZSFA 3N94A 1ANFA 4KQPA 1Y9UA 2F8DA 4G8MA 1Q35A 5JTYB 4EQ9A 1JW5A 1MG1A 3IOUA 4QF9A 4JBZA 1UIUA 5I2KA 1NH7A 3BFTA 5L9SA 3PV0E 2B3FA 3TTRA 3K6WA 3IR1A 4OETA 1BP5A 1I69A 1O64A 3CRBA 5TP9A 1M5FA 3TTLA 3LBSA 1GR2A 3CIJA 2REJA 2DS9A 4OYVA 2P1SA 4BDOA 4JWYA 3GZGA 2XX8A 2YLNA 3FZVA 1SBPA 3KN3A 5HM4B 1LGBC 5JTYA 4FAJA 1ZJLA 1Y1ZA 2A5TB 2RC8A 3UIFA 2UVJA 4F3PA 3SEXA 4R73A 4NEDA 2XXPA 2QJEA 4O3CA 1B58A 2P2AA 1Z7NE 4I9DA 4DZ1A 3G3HA 3ZKKA 5KCJB 1MH4A 3UK4A 1JQFA 3OOAA 4EQ7A 3E4RA 1AMFA 3B6TA 4ELQA 1II5A 2ZMBA 3PUZE 3TPAA 3TMGA 4H0WA 1R9LA 3THIA 2G93A 1NNFA 3LSLA 2LAOA 3EQ1A 3T9VA 1QJMA 1USYE 2OJTA 4F29A 3ILTB 4EXKA 1B40A 5BUUA 2A5TA 2DE2A 5H8NB 4XTCQ 4ZEIA 4HCYA 2RCBA 4FATA 4C0RA 1SDXA 3B6WA 3TCFA 4F3SA 1B5JA 1TFDA 3OELA 3GBAA 1P1UA 3E3KA 4Q5TA 2B65A 1FTLA 3W9WA 3P7IA 2DWHA 2ZYKA 1MXZA 2Y7WA 4O3AA 2RKMA 3H7MA 1B4HA 3LR1A 5KDTB 1MY1A 1US5A 3FV2A 5H8FA 2KLFA 2Z8EA 3H06B 1YAEA 3F11A 1MPCA 5H8NA 2W7YA 4EUOA 5AA1A 4ECFA 3EHTA 4BDNA 1FTJA 1JW4A 3UGWA 2D5WA 1SVXB 2D3IA 3FXQA 2RF1A 3C32A 4PFTA 1JEVA 4G8NA 3BBRA 2F7BA 1FQFA 3K1PA 4ZZEA 1MM7A 3C4MA 1Y4CA 3AXFA 1A40A 2Y84A 1B1XA 3MUQA 5KDTA 4Q0CA 4F1UA 3GBBA 4DCYA 2ZYMA 3MVWA 3FVOA 4G8HA 3TDJA 4YAHX 4JB7A 3HHFA 1MQHA 1B9JA 3C33A 1B3GA 1MY3A 2ABHA 3FGSA 3JYRA 1N84A 4AB6A 2Z22A 4F39A 2UYFA 3UP9A 3VXCA 4RNSA 3CFZA 3I6VA 4C1UA 1EU8A 1PBQA 1FQDA 4M1VA 3KGCA 4DIGA 3HN0A 4IGTA 1ZKBA 2H9BA 3V83A 4ZDMA 4PFUA 2OK2A 4OESA 5H8QB 2XXHA 4OTEA 2NXOA 3WAEA 1PBPA 4E0XA 3TCHA 3O6GA 3FIRA 2HXWA 2HAVA 3K02A 4QFLA 1JEUA 4MF3A 2NWJA 3RT6B 2Q8JA 4THIA 3JV9A 1XVYA 4BDRA 2DQVA 5CC2A 3T66A 5CMBA 4H8JA 3DP6A 3OSRA 1B5HA 1TT1A 2RINA 2X7QA 3TQWA 5AA2A 2F34A 3Q27A 3JZJA 1O7TA 2YJPA 1YCJA 5H8QA 4QSEA 3C31A 2O7IA 4H67A 1ZU0A 5K2XA 3G3FA 2NVUB 4QFNA 3G7WA 1LAFE 3VXBA 3ILUB 5HBCA 4ELPA 1EH3A 1PB9A 2I6EA 3RY3A 2H5YA 1OQHA 4LUBA 2HEUA 1LCTA 4ONYA 3SEWA 3KFMA 1UTHB 1D4NA 3IJOB 3T9XB 4Q30B 3K2DA 1OMPA 2DVCA 3K4UA 3QIMA 1QKAA 2ZNUA 3IB0A 3VFJA 3ZS6A 1B46A 4PQJA 4LZ8A 4NF6B 1P1QA 2ZNSA 3KOSA 1NFTA 1IXGA 4KCDA 1IXCA 4QFPA 2V3QA 4OVJA 4MH5A 4FIMA 1SD3A 4NWDA 2RCAA 5DYHA 5AA3A 4F1VA 2O7UA 3TYHA 2RC7A 3KN7A 4F18A 1I6AA 2O84X 3HCQA 1PDAA 3KJTA 3OO9A 3K1MA 5DVIA 4GWOA 1P1OA 3HSTA 2QMXA 3QXMA 3IAZA 4G4PA 4XXUA 3TODA 3MZBA 1P1NA 1HSJA 3RLFE 1Y3QA 3M3KA 1N76A 1LAGE 3CFXA 3O29A 1UTHA 2GRVA 1XVXA 2AIXA 4YKIA 2I49A 1MDP1 3MQ9A 5ICTA 3USDA 4NF6A 3RTFB 3PUWE 2E0SA 3SDFA 1ZBMA 5DVJA 3MVXA 4UA8A 5DTBA 3O9PA 4GD5A 2VHAA 3PD9A 5EHSA 1VFEA 1YTVA 2OCUA 3M3FA 4XKRA 1ZMGA 2Y7KA 3SEVA 3C34A 1XT8A 5B7DA 3Q26A 3KZGA 3MP6A 3KG2A 3C35A 5DT6A 4M4GA 4KCCA 3B7DA 1A7LA 4ESXA 2XD3A 3C9HA 4N6PA 4ZE9A 5LOMA 2AL4A 2V3TA 2DWJA 2QSXA 3PMVA 1T0KA 1GGGA 1VR5A 2XHDA 3IOTA 1FCKA 5I57B 3S9NC 2PBWA 3MZ1A 4IY6A 1VE4A 3V89B 3PPRA 3K6XA 4OFJA 2DOJA 4U21A 2H98A 4F31B 3TTMA 4OEVA 3VDFA 3PUVE 3I3VA 4N13A 1N7WA 5HPQA 5IKBA 5J1DA 3U94A 5TU0A 2UVGA 4U22A 1MXUA 3U93A 4G68C 3MVYA 3PGFA 3KN8A 5CMKA 5ITPA 3FASA 1B1HA 3EPEA 2ONSA 1MY0A 1IXHA 3H6UA 1POTA 4JXIA 1B52A 3RT8A 2GHBA 3C36A 1H76A 4KYEA 4DXCA 2XXUA 4OMBA 2THIA 4F1YA 3D4CA 3G3GA 5CM6A 5I57A 2I0BA 2P0SA 5ISUA 4TOZA 2O6AA 3FUZA 3RGYA 3SKPA 3OENA 4GIZA 2F78A 3U1OA 1MXVA 1QULA 3A3UA 2AYSA 2VD3A 4RY1A 4I1DA 2XXXA 3FJGA 5H8FB 1MQJA 5CBSA 1ZTYA 4YMAA 4DLDA 1IUDA 3EN3A 4F2QA 1M5EA 4MBPA 1ZLQA 2OWTA 1MXWA 1SW1A 3OD7A 1FTOA 1DOTA 3Q25A 3MP1A 1CE2A 2Q2AA 4U4XA 2F97A 4Z0IA 4WEPA 3RTWB 1SW4A 3O97A 2H4IA 2OWSA 2GH9A 3IB2A 4U1OA 2XD2A 3O6IA 1QKBA 4LP2B 1FW0A 2AL5A 3HV1A 4BDQA 4BDLA 4OHNA 2X7PA 1SI0A 4LA9A 4R9GA 1A99A 1TXFA 3VLUA 1ATGA 3H3GA 1B7HA 4P0IA 2DXRA 1MRPA 4TLMB 5I2NB 4GRKA 2I3WA 4XIGQ 1RYOA 1N04A 1US4A 1YPNA 2I0CA 3HO7A 3I5OA 3TAJA 2ZNTA 3QUFA 1ZIUA 4R6YA 1N3XA 3Q29A 1N7XA 2E1SA 3PPNA 3VVDA 4KYSA 3DM0A 4OFOA 5IAIA 2DE4A 3S9EA 4K3FA 2YPNA 4R75A 5FTIA 1GV8A 4ZE8A 1GTKA 2H99A 5CI5A 3BFUA 1PEBA 1PC3A 4IO7A 2GHAA 1B3FA 3RQTA 4QRZA 4F3GA 3CG1A 5ELVA 3TFLA 3IOVA 3IK6B 3S4UA 4ZECA 1URDA 4KFQA 3G3KA 4KD5A 3KBRA 2I3VA 4NWCA 2PMSA 5I2NA 3H6WA 4H8IA 1L5TA 4KPTA 5CMMA 2DYXA 1MQIA 3IOWA 3DP4A 4H65A 1S50A 2V93A 1Y3NA 2BJJX 1A8FA 4O3BA 2UVIA 3FV1A 4GL8A 3LSWA 3N5LA 3VLWA 5I84A 5AA2D 1LAHE 3MW0A 2Q2CA 2DVZA 4FEBA 2R9JA 5AA2B 1M5CA 1NH8A 1B2HA 4YKKA 2F35A 3OMBA 1NKXA 4YMBA 3K6UA 4G2ZA 3TTNA 1LB9A 4FORA 3PPOA 4R2FA 1LSTA 4LONB 1XS5A 3SEYA 1B0LA 4OWDA 2FYIA 4EF2A 4UACA 3MAMA 2Z8FA 1A8EA 1LFIA 4FEDA 4EDPA 1FQCA 4ELOA 3IL1B 5M2VA 3B6QA 5EHMA 5K2YA 3K6VA 4MFIA 4TQUQ 4F19A 1IEJA 4F3BA 4IO3A 4U4SA 3BKIB 1Q1KA 2UYEA 3FJMA 3CR9A 2XXWA 1IZ1A 1QUKA 3O66A 1RKMA 1I6BA 2QS4A 2NOOA 1MQGA 4PETA 4DDDA 2XX9A 5L8DA 4LVQA 4E0WA 1NNTA 1XOCA 3MBPA 2PT2A 2F7CA 1FQAA 2F6PA 4WXJA 4ND9A 5H8HA 2F6GA 2XXRA 4POXA 2M8CA 3M8UA 4X48A 1VFDA 2DP8A 4QSDA 3MVZA 4JSDA 1AL3A 2XX7A 3IO4A 4OZ9A 4DXBA 1M5BA 4GXAA 2QPQA 4RPNA 1A54A 2HFBA 5CBRA 3TELA 5AA4B 3H03A 3RPWA 2Q9TA 2H25A 1MY2A 1FQBA 1MH3A 3W15C 3UN6A 1S9TA 3T9HB 3KJ7A 4ZEDA 5H8SA 2HQ0A 3TKDA 4G68A 1I6QA 3OSQA 3SERA 3K0VA 2OBGA 2RC9A 1IIWA 3LSFB 5CMCA 2ANJA 1DTGA 1NNKA 4OEUA 4X1DA 1POY1 3T93B 4U2RA 1Y1MA 4RPOA 3R26A 2I48A 4R2BA 4LZ5A 2ALUA 1NNPA 2VGQA 4H5GA 1UQWA 2DSFA 4H1XA 4LQ2A 4DXUA 2B3BA 1B6HA 2IEEA 1MQDA 4LQ5A 3H4ZA 1H45A 3W9VA 5AA4A 3UA8A 4HCWA 1IQ7A 3Q28A 2QS1A 3SETA 2REGA 2O1LA 3MZ9A 4HS7A 3O6HA 1IXIA 2PYYA 3LUYA 3IJXB 3O2AA 2O1MA 4YB7A 1H3DA 1D3KA 1DPEA 1LBBA 2ESNA 5TPAB 3KSJA 4KYDA 1DTZA 3LSXA 4NF8B 1NL5A 3S2VA 5AE4A 1QUIA 3DLNA 4R6KA 1B7ZA 1B05A 4YZZA 1JVYA 3RNNA 4JWXA 1HSLA 4U23A 3PMWA 2I4BA 4QFOA 4JDFA 1TWYA 1HSEA 1LAXA 1LLSA 2Q89A 5JK4A 1PB8A 3CVGA 4OFLA 4ELRA 1AIVA 4GLIA 1EZPA 2I4CA 2FA7A 4IO5A 5FHNA 2XXVA 4R6HA 4DE8A 4OXVA 1M5DA 2R71A 1N3WA 4HTGA 5TPAA 1OIBA 3FATA 4DCXA 2VD2A 3PU5A 3KSXA 2O68A 4NF8A 2Y7IA 2FNCA 3ECRA 1LCFA 2UVHA 3CFLA 1EZ9A 1B51A 1DMBA 4OERA 4NF4B 1OLCA 4PP0A 1R9QA 5ICQA 1F9BA 4BLAA 1MS7A 3QAXA 2V25A 2QL3A 1XC1A 1BLFA 4RK9A 3FVKA 3K1NA 3E13X 3T96B 3QSLA 4ZEKA 3IO6A 2NUVA 1D9VA 2VP1A 3SEUA 4FECA 1QUJA 2R6GE 3QK6A 4R9FA 3FD3A 2QMWA 4YKPA 3D4GA 2IA4A 3ODBA 1MDQA 3K00A 1Y20A 3U72A 4OENA 4P11A 1TFAA 1DSNA 3QYTA 3U8QA 3VVEA 1SI1A 4NF4A 1KWHA 2UXAA 3HHGA 3ONMA 3MWBA 1OLAA 1JETA 3FJ7A 3VVFA 4TLLB 4PFYA 2D21A 4L17A 1BKAA 1JNFA 4GXSB 4Q8RA 2DWAA 4ISUA 3MPKA 1P99A 3R6UA 1AOVA 4PE5B 3VV5A 3EHUA 1WODA 4XKNA 3IB1A 4PFWA 3PPQA 5JEIA 5KCJA 3M3LA 4IY5A 4I8CA 1S7YA 3MP8A 4ZZAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5ESYA 2CZLA 5DVFA 5DEXB 1IMCA 3GLBA 1B3LA 2OWZA 1SYHA 1LB8A 2FIEA 4KR5A 5FTHA 1KZ8A 4IO2A 2ONKE 2WX9A 5ITOA 1IITA 4YKJA 2V3UA 1FQEA 1WVJA 4AQ4A 3D1RA 4GQOA 4RJZA 4ZEFA 1RDZA 3N26A 1USYH 2HZLA 5I56B 3O28A 1R1NA 5I59B 4N07A 4ESWA 1B0HA 2PVUA 4Z7EA 1H43A 1FBFA 1CB6A 2VPNA 3NOHA 3CSBA 1ELJA 5I58B 4F22A 2WBDA 4GL0A 1UTBB 3S9LC 4IO6A 5EQ8A 2QRYA 3RYDA 3B50A 1FTKA 5I7IA 3DP8A 1MXYA 4NAPA 3K01A 1NI9A 2V84A 3G3JA 3T22A 3EHSA 4H6DA 1YYZA 4PE3A 4WEDA 5DEXA 2QS2A 4GF8A 4JSOA 3N6UA 3G3IA 1B7UA 2G29A 3QUJA 4QSCA 1QW0A 1QVSA 1B3EA 3FXUA 4NMYA 1MPBA 1MXXA 4YICA 4P1EA 4NGUA 3OEMA 3LC8A 4IGRA 3TCGA 3DELB 3TEPA 3H6TA 1FPIA 2OZZA 4XKQA 3OO8A 2XXYA 3TZAA 2HCAA 5I56A 5I59A 1JW1A 5L9OA 1MPDA 5EYFA 5BWJA 1D9YA 4OQOA 4LATA 4YB6A 5I58A 1IMBA 4XKPA 4BDMA 4I62A 4GFRA 1UTBA 3V5AA 1LBZA 2ZYNA 1JVXA 1B5IA 3SESA 3L6GA 1P1WA 1OQGA 2X26A 3IORA 1FTMA 3MPLA 5EQAA 3E9XA 3RN8A 2F36A 3H6VA 4IB2A 1FSAA 2WEFA 1SYIA 4F2OA 4RYAA 4GWYA 1IMDA 4MHFA 3UORA 1LBCA 4EQBA 5KZTA 4I3YA 2OLBA 4I40A 1J1NA 2HZKA 4R72A 2I58A 3OO7A 1LBVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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