1XC1A

Oxo zirconium(iv) cluster in the ferric binding protein (fbp)
Total Genus 109
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
109
sequence length
309
structure length
309
Chain Sequence
DITVYNGQHKEAAQAVADAFTRATGIKVKLNSAKGDQLAGQIKEEGSRSPADVFYSEQIPALATLSAANLLEPLPASTINETRGKGVPVAAKKDWVALSGRSRVVVYDTRKLSEKDLEKSVLNYATPKWKNRIGYVPTSGAFLEQIVAIVKLKGEAAALKWLKGLKEYGKPYAKNSVALQAVENGEIDAALINNYYWHAFAREKGVQNVHTRLNFVRHRDPGALVTYSGAAVLKSSQNKDEAKKFVAFLAGKEGQRALTAVRAEYPLNPHVVSTFNLEPIAKLEAPQVSATTVSEKEHATRLLEQAGMK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Metal transport
source organism Neisseria gonorrhoeae
publication title Assembly of an Oxo-Zirconium(IV) Cluster in a Protein Cleft
pubmed doi rcsb
molecule keywords periplasmic iron-binding protein
total genus 109
structure length 309
sequence length 309
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H, I
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-08-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1xc1A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1xc1A01
1NH8A 1RYXA 3VVEA 4OTEA 5I57A 4OFOA 1ZMGA 5HPQA 2XD2A 5CMCA 3OO6A 1JETA 2F36A 3FZVA 1QUIA 1I69A 2XXWA 4FORA 1MPBA 1B7UA 2O1LA 3ODBA 1LFGA 2I3VA 4AQ4A 1HSLA 1PDAA 1A54A 2PMSA 2QJEA 1NNTA 2XXVA 4NF5A 2NUVA 2H99A 2ZYNA 4UA8A 5I59B 5FHNA 1A7LA 2QS4A 3DP6A 1PB8A 4OXVA 5TPAB 4BDNA 4BDOA 1EH3A 2DWHA 3EHTA 3RTFB 3KN8A 2DVCA 3IR1A 3UA8A 3IL1B 3TTMA 3ZSFA 4U4SA 2QS2A 2ZNUA 3C35A 1MXVA 2ZYOA 4ELQA 2DE2A 1AMFA 2O84X 3GZGA 2THIA 3KN7A 5DYHA 5JEIA 4PP0A 3FATA 3VXBA 2GHAA 2OZZA 4XTCQ 4AB6A 2VP1A 3PUZE 1LFHA 3FD3A 3PPOA 3CSGA 3UGWA 3ZKLA 3TTNA 4OZ9A 4RPNA 3M8UA 3PU5A 3FJMA 3TPAA 2DXYA 2Z8FA 3TZAA 3VDFA 3K02A 1SW1A 2H25A 4HW8A 5I2NB 1S7YA 3PPRA 4GFRA 2Z22A 4X9TA 3O97A 2DYXA 1AOVA 1NKXA 3SETA 3M3KA 1R1NA 2Y7PA 3CG3A 3CVGA 2XXRA 1N76A 5ICTA 3E3KA 1B3GA 3OEMA 4TQUQ 2P1SA 4NF8B 3C31A 4JWYA 1P1UA 1IUDA 3PD9A 3S9MC 3PUWE 4KYDA 4FEBA 4R75A 2CZLA 1ATGA 4ZZAA 4R2FA 3KG2A 3FXQA 2Q9TA 1VR5A 3G3KA 1ZTYA 2HFBA 4HTGA 4LZ7A 4GRKA 4Z7EA 1OQGA 1QW0A 4KR5A 4TLMB 1IITA 4ISUA 1MPCA 1I6BA 1N84A 4IO7A 4DIGA 5KDTB 3RTWB 3KEIA 1HSJA 3PMWA 2AL5A 4DDDA 4G4PA 3WAEA 3MP1A 1GVCA 2NXOA 2RINA 1SW2A 3MPKA 1S50A 1IXGA 5H8QA 2DP8A 3W15C 1ELJA 4GD5A 3CI8A 3KFMA 4IO6A 4OETA 3E4RA 5FHMA 2O7IA 1B32A 1QUKA 3VV5A 3U72A 1BTJA 2ANJA 4JBZA 3RY3A 4LP2B 3GXAA 5I2KA 3UN6A 3RNNA 1H3DA 3OELA 1Y20A 3MBPA 3S2VA 2RCBA 1FTMA 3WAFA 4R6KA 2I4BA 1FTOA 4LVQA 3SEVA 3O6IA 2XXTA 3PMXA 4U1ZA 5FTHA 4BDQA 2RF1A 4U4XA 1UIUA 4ZEKA 2XXQA 4YAHX 2WKYA 4DXBA 4X1DA 4LQ2A 4X48A 4GL8A 1SYHA 3IB2A 1NNKA 4KQPA 4EQ9A 5AA3A 4KYEA 5ITOA 1LAHE 1D9YA 4FAJA 1FQDA 5JK4A 5L8DA 3CRBA 1A99A 2M8CA 1ZU0A 1XT8A 1USYH 1M5CA 5ITPA 1Y3PA 3H6UA 2A5SA 1XS5A 3LSFB 3MVYA 3TUSA 1B1XA 1S9TA 3QAXA 3K01A 1MQJA 2Z8EA 1OVTA 4P11A 3IK6B 3KGCA 4H1XA 2DQVA 3CR9A 2I48A 3LSXA 4ZE8A 4WXJA 3Q28A 1PEBA 3QIMA 2RC8A 3VVFA 2OJTA 4F3SA 2VD3A 3Q29A 3C9HA 1Z7ME 2Q2CA 2OK2A 1MM6A 2PYYA 2F78A 1YTVA 2O69A 5H8FB 3MVZA 2F35A 2P0SA 1QULA 3MC2A 4H5FA 1BP5A 2F7AA 4MFIA 5H8NA 1SD3A 3HSTA 3L6HA 3T93B 3TYHA 2F8DA 3OMBA 1B3LA 3FASA 4FE8A 4MH5A 3TCFA 1FQAA 2REJA 4H6DA 2CMOA 2A5TB 3CIJA 5I56B 4IB2A 3H4ZA 1MXYA 3IJOB 3D4CA 4O3CA 3KSXA 1M5EA 5DVFA 1AL3A 4KCDA 4GLIA 4NF4B 2D5WA 1QJMA 1H76A 3OENA 1URSA 1L5TA 5DVIA 4U1OA 5AE4A 3G3FA 4DLDA 3V89B 3OXNA 1Y4CA 3D4GA 1MH3A 5I58B 1B0LA 4YB7A 2G29A 5TP9A 5B7DA 1URGA 5JTYA 3VE1B 3S9EA 1MDQA 4N6PA 2ZNTA 1SI0A 4ZE9A 4IGRA 4XKRA 3C36A 4RJZA 3ECRA 1SDXA 3V83A 5DEXA 2UVJA 3MUQA 5M2VA 3OD7A 3IJXB 3IOTA 2ABHA 2I58A 1B3FA 1B9JA 4YMBA 2RKMA 4OESA 1B6HA 1MY2A 3S9LC 3R7XA 4ECFA 1B40A 4GXAA 2H4IA 4AB5A 3TODA 4BLAA 1H45A 1WVJA 1OMPA 2DE3A 3O29A 3PUYE 4QSEA 3TCHA 1NH7A 3SEWA 1HSEA 1A55A 1RKMA 2ZMBA 1AH5A 3G3GA 1VFDA 1EZOA 5ICQA 1YCJA 3HHFA 5L9OA 3BFUA 3A3UA 2XX7A 4IO5A 4OERA 1A8FA 3MZ9A 4Q30B 4QFLA 3KZGA 1B0HA 4IO2A 1LCFA 4KI0E 5EHMA 3HCQA 5IAIA 1SQYA 4YMAA 1USYE 3KJTA 1IXCA 5K2XA 5KCJA 4YKKA 4H8IA 5AA4B 3GBAA 4ZECA 2ZNSA 5CMBA 1GTKA 1WODA 4PE5B 4QFOA 4JSDA 3E13X 1B3EA 2Q2AA 3ZKKA 2XXUA 2Y7KA 5KZTA 3QUFA 4M4GA 1MDP1 3V5AA 5BUUA 4TLLB 2F7CA 3C4MA 1TT1A 1URDA 4EQ7A 3U1OA 1IXHA 3TAJA 3VFJA 4ELPA 4LATA 3RN8A 2DE4A 1M5DA 3N94A 1VE4A 4FATA 5I59A 4QSCA 5EYFA 4KFQA 2YPNA 3N5LA 3EN3A 1DPEA 4YKIA 2XX8A 2KLFA 1OVBA 4PETA 3R6UA 4RK2A 1GGGA 1O63A 1T0KA 4F22A 5I84A 4I62A 1DSNA 3JZJA 2E1SA 1LAXA 2UVIA 4OFLA 4F1VA 3ONMA 1XVXA 1IIWA 2HZKA 3C33A 3V8XB 3I3VA 2UVGA 3SERA 4YKJA 1ZBMA 2UXAA 4GL0A 4THIA 4FIMA 3N6UA 4NF6B 2YLNA 3FGSA 2O7UA 5CM6A 4ZDMA 3RQTA 1OLAA 4ONYA 1FCKA 1O64A 1ZKBA 4ZS9A 4LUBA 1R9QA 2F7BA 3FXRA 5J1DA 5I2NA 3VLWA 2F6GA 4N13A 1B7ZA 2P2AA 1N7XA 1MXZA 5AA2D 3O2AA 1MY3A 1P1OA 3FV1A 4L17A 2F6PA 3IORA 4NF8A 4ESWA 3OEKA 3CFZA 3F11A 1B4ZA 1BIYA 1FTJA 1YPNA 3C32A 3B6TA 2X7QA 2HEUA 3FVNA 3UIFA 2QS3A 4OHNA 1EU8A 3FVGA 4U21A 4RY1A 3IOWA 1IXIA 1N0TA 1XOCA 2AL4A 3S9NC 4OYVA 3KN3A 1LGBC 2R71A 4NWCA 3G3HA 3T9VA 1QUJA 1B3HA 4MF3A 1NNFA 3MZBA 4LQ5A 2RCAA 4XKQA 2Y7WA 2GRVA 1PBQA 1EZ9A 2V3UA 5KDTA 1IEJA 1M5FA 4UACA 4F1YA 2PBWA 2V25A 3K1NA 4LZ5A 2V3QA 1FTLA 1P1QA 1LBCA 4U2RA 3KOSA 4G77A 5DVJA 2I49A 1Y3QA 1POTA 3HPIA 3LUYA 1JEVA 3H6VA 2QS1A 4F3PA 1BLFA 4LONB 4G8MA 4EUOA 1KWHA 4I1DA 1ZLQA 5CMKA 3H6WA 2H98A 2Q8JA 1MQHA 4NTLA 4DXUA 1ZJLA 1JQFA 3R26A 5FTIA 2Y84A 4PFTA 4YICA 2QRYA 1PB7A 4Q8RA 2FYIA 1B4HA 1MY4A 5H8HA 5H8SA 3G7WA 1QKBA 1Q35A 1GV8A 3SEYA 2B3FA 3PV0E 2F5XA 3PD8A 2NWJA 4R72A 4YU0A 2DWAA 3KJ7A 4NWDA 1R9LA 4JWXA 4KD5A 1JVYA 3RT8A 3OOAA 5A5XB 4H8JA 3K6XA 1R6ZA 3LSLA 1SI1A 5CI5A 1UTBB 3PPNA 2DWJA 1SW5A 3TELA 1ZIUA 1TFDA 3OSQA 3IX1A 2Q89A 3T9XB 3U92A 4N07A 1NMUA 2HAVA 4WKMA 2XXXA 5ISUA 3H6TA 2H5YA 3TMGA 3T9UA 2D21A 5IKBA 5AA2B 2OBGA 3RUMA 4OEVA 4Q5TA 4Q0CA 4FEDA 2UYFA 4QRZA 2O51A 1B52A 2YJPA 2BJJX 1MXXA 3ILTB 2FA7A 2OWSA 1Z7NE 3IAZA 3LC8A 3K6WA 4ESXA 4NMYA 1H44A 3EF7A 3PUXE 3N6TA 4KCCA 4E0XA 4DCYA 4XXUA 3KBRA 3MJNA 3OO9A 3SESA 3M3LA 3USDA 3AXFA 5H8FA 1MRPA 4G68A 3Q25A 3N26A 4QSDA 2HCAA 3HHGA 3O6GA 2HXWA 2LAOA 2X26A 3U8QA 2IEEA 2I6EA 4IY5A 4JWOA 2QMXA 1IQ7A 4R6HA 2R9JA 2I3WA 4C1UA 2A5TA 3K0VA 5I56A 2REGA 4NEDA 3I6VA 4IO4A 4BDMA 2ZXTA 2D3IA 3U93A 1D4NA 2O6AA 5DEXB 3IB0A 1US5A 3VLVA 2XXHA 1DOTA 4NF4A 4EXLA 3CFLA 3MQ9A 2Z23A 1FQBA 3H7MA 1B5JA 4YZZA 2F97A 4IGTA 3LR1A 1B46A 1SBPA 4JXIA 1MPDA 3TQLA 3QUJA 3O28A 4DE8A 3Q27A 2VHAA 4M1VA 3PMVA 4FJPA 3FVOA 1JVXA 3GBBA 3H3GA 1Y1ZA 1SVXB 2V84A 1JEUA 3HN0A 1MQDA 1Y1MA 2XX9A 2Z8DA 4GWOA 1OLCA 3LBSA 3A3CA 5FHOA 1UQWA 4E0WA 1MY1A 4DXCA 1LSTA 1UTHB 1RYOA 3THIA 3TTKA 1FQEA 4BDRA 3EHUA 4QHQA 1ANFA 4PQJA 1D3KA 4OVJA 4RYAA 5I57B 4OWDA 3T96B 4F2OA 1JW4A 4DCXA 3K00A 4R6YA 3K6VA 4GQOA 2ZYMA 5TU0A 3HV1A 1N7WA 3MP6A 4KYSA 5CC2A 2DVZA 2W7YA 1VFEA 5EHSA 1Y3NA 4NF5B 1XHYA 3EHSA 5LOMA 2PT1A 4GXSB 4ELRA 4ZEBA 1B2HA 3A09A 2XHDA 1FQCA 2DOJA 3JYRA 2I4CA 4R9FA 5AA4A 2ONSA 1O7TA 3M3FA 4F29A 1PB9A 3TEPA 1JNFA 2GH9A 4P0IA 3BBRA 1B5HA 4QF9A 3T66A 5K2YA 2DSFA 2AIXA 3JV9A 4FECA 1LLSA 4LZ8A 1TFAA 2XXIA 5TPAA 4F18A 1LFIA 2ESNA 3K1PA 3O66A 3CG1A 2ALUA 4H5GA 4U22A 2VGQA 5AA1A 2V3TA 1J1NA 1MH4A 3IB1A 1CE2A 3OO8A 4MBPA 1GR2A 3UORA 1FW0A 4EF2A 4F39A 4G8HA 3B6WA 4RNSA 2DWIA 1OIBA 4R73A 1US4A 4MLQA 3H03A 3K4UA 5L9SA 3B6QA 1F9BA 3IO6A 2OCUA 3TTRA 3GLBA 4H65A 4POWA 1MQIA 4HCWA 1CB6A 2HQ0A 2ZYKA 3TTLA 1N3WA 1MG1A 3T9HB 3VVDA 1JW5A 2RC9A 4Z0IA 3W9VA 3OSRA 4YB5A 2XXPA 5HBCA 4LA9A 4EQBA 1SW4A 3TKDA 2O1MA 5L9MA 4O3AA 1P1NA 5CBRA 3QK6A 2O68A 4NF6A 5ELVA 4I9DA 3B7DA 3G3JA 2GHBA 4K3FA 2F34A 3IO4A 3QYTA 3KSJA 1MXWA 3G3IA 5CRYA 4RPOA 2OWTA 4QFNA 4QFPA 3IOUA 3CSBA 1DTGA 5H8QB 3LSWA 4O3BA 3MZ1A 4HS7A 2I0BA 4YB6A 3PGFA 3K6UA 2UYEA 3MW0A 4ZEIA 2Q88A 3FJGA 3O6HA 3ILUB 5I2KB 1DTZA 4WEPA 3QXMA 3OO7A 3O9PA 2RC7A 1MQGA 2VD2A 4XKPA 4JB7A 3CFXA 1MXUA 1NL5A 3VLUA 3W9WA 4R74A 3MWBA 3DP4A 3SDFA 2PX1A 4WEDA 5BWJA 1UIVA 2NVUB 1Q1KA 4R9GA 4KPTA 4F19A 2QSXA 4H67A 1MS7A 2NOOA 3FJ7A 4YKPA 5H8HB 2Y7IA 5CBSA 4PFWA 1FQFA 1YAEA 4HCYA 4H0WA 3FIRA 4MLVA 1POY1 2VOZA 3UK4A 1QVSA 3KOTA 2DXRA 1TXFA 3SKPA 2IA4A 1WDNA 4ZEFA 4PFUA 2G93A 3U94A 4GIZA 4TOZA 5B70A 3RPWA 4XIGQ 3DP8A 3K2DA 4C1TA 1I6AA 2X7PA 2QPQA 1N04A 1B58A 1PBPA 3EPEA 1P1WA 3MAMA 1FTKA 1OQHA 2XXYA 4G2ZA 1H43A 4RXLA 1EZPA 4G68C 3Q26A 3ZS6A 3IOVA 3MVXA 1D9VA 2XD3A 4GVOA 4JDFA 5DT6A 1I6QA 1M5BA 1QKAA 3H06B 2HZLA 3DM0A 1B1HA 3FVKA 5F7VA 5A5XA 5H8NB 2Y7RA 4JSOA 1UTBA 4F3GA 1P99A 3MPLA 4KHZE 4XKNA 3BFTA 4OMBA 4OEUA 3S4UA 2ONKE 4POXA 1NNPA 3RT6B 1XVYA 1DPPA 1N3XA 4G68B 4ND9A 4ZEDA 4G8NA 5AA2A 2PT2A 3FV2A 3PPQA 3DELB 3TDJA 1B05A 2PVUA 4P0GA 4F1UA 1PC3A 1SYIA 5DTBA 4EXKA 4ZZEA 1IZ1A 2H9BA 2FNCA 3K1MA 5CMMA 5TP9B 3BKIB 4I8CA 1II5A 1LBBA 2UVHA 5JTYB 2QL3A 3QSLA 1A40A 4U23A 4EF1A 3C34A 1Y9UA 1Y4TA 3T22A 5F1QA 3VXCA 3DLNA 4C0RA 3UP9A 1A8EA 3RLFE 4F2QA 4F31B 4QFKA 3TFLA 3E9XA 1NFTA 3L6GA 3RGYA 4OENA 4F3BA 3P7IA 5I58A 3PUVE 4OFJA 1B7HA 4ELOA 4IY6A 4PFYA 4GOTA 2E0SA 4NE4A 2OLBA 3MVWA 2DS9A 1LAFE 2ONRA 4BDLA 1B51A 4OQOA 1LB9A 3SEUA 2QMWA 3EQ1A 1VSOA 4R2BA 3PPPA 1LCTA 2GFEA 4RK9A 5HM4B 1AIVA 4DZ1A 1MY0A 3FUZA 2HAUA 2AYSA 1XC1A 2I0CA 3TCGA 5KCJB 4IO3A 4X1BA 2B65A 2V93A 3HO7A 2B3BA 3SEXA 1BKAA 2R6GE 1DMBA 1B5IA 1UTHA 3MP8A 3TQWA 1LAGE 4RA1A 1MM7A 4EDPA 4GF8A 1JW1A 3I5OA 3FXUA 1LB8A 1TWYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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