1XC1A

Oxo zirconium(iv) cluster in the ferric binding protein (fbp)
Total Genus 109
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
109
sequence length
309
structure length
309
Chain Sequence
DITVYNGQHKEAAQAVADAFTRATGIKVKLNSAKGDQLAGQIKEEGSRSPADVFYSEQIPALATLSAANLLEPLPASTINETRGKGVPVAAKKDWVALSGRSRVVVYDTRKLSEKDLEKSVLNYATPKWKNRIGYVPTSGAFLEQIVAIVKLKGEAAALKWLKGLKEYGKPYAKNSVALQAVENGEIDAALINNYYWHAFAREKGVQNVHTRLNFVRHRDPGALVTYSGAAVLKSSQNKDEAKKFVAFLAGKEGQRALTAVRAEYPLNPHVVSTFNLEPIAKLEAPQVSATTVSEKEHATRLLEQAGMK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Assembly of an Oxo-Zirconium(IV) Cluster in a Protein Cleft
pubmed doi rcsb
source organism Neisseria gonorrhoeae
molecule tags Metal transport
molecule keywords periplasmic iron-binding protein
total genus 109
structure length 309
sequence length 309
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H, I
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-08-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1xc1A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1xc1A01
4EQ9A 4GF8A 3FVNA 3OENA 1Y3QA 4F19A 5FHOA 1FQFA 2DWIA 3DP4A 4JBZA 3D4CA 4XKNA 4Z0IA 1M5CA 3SEXA 3TELA 3TQWA 3T9XB 3OO7A 1MH4A 2RCAA 4RPNA 1IXCA 2PBWA 4OETA 2H4IA 4OMBA 3UP9A 4EUOA 1P1UA 2F6PA 1Y4TA 4KD5A 4ZZAA 1GV8A 5H8HB 4EXKA 2V93A 1MDP1 2GFEA 3OSRA 1NH8A 3Q29A 3K1PA 3TEPA 3CG3A 3O28A 4GL0A 2I4BA 3CIJA 3EHUA 4LP2B 2Q88A 3LBSA 1B3GA 5CM6A 1D9VA 1DSNA 1IITA 3C9HA 1VSOA 1M5BA 1IEJA 3FVGA 3PV0E 3R6UA 1SW4A 3PPQA 4O3AA 3VVDA 2X7PA 3CI8A 4R6KA 3PMWA 2XX9A 4YKIA 2XXXA 2HAVA 3S4UA 4Q8RA 3TQLA 4F2OA 1P99A 2CZLA 4LATA 3TFLA 3VLWA 2I0CA 2XXYA 4R72A 3MZBA 3MZ9A 4OZ9A 1TXFA 4U21A 2IA4A 3LSWA 4U2RA 2QS1A 1BLFA 5ITPA 1LAFE 2DE3A 2KLFA 3IOUA 1A8EA 1FQCA 3QYTA 3ZS6A 4AQ4A 2GRVA 4KYSA 1URDA 3ECRA 4OFLA 5A5XB 1LFGA 1M5FA 3MBPA 1B51A 2E0SA 1ZIUA 3OEMA 4KHZE 4XKQA 3GZGA 1SI0A 4ZE8A 1N7XA 1NFTA 4U1ZA 1N0TA 4GWOA 3C32A 3M3LA 1UQWA 3U93A 4YZZA 4OQOA 3I3VA 1JQFA 4OESA 3K00A 2DE4A 3L6HA 1RYXA 4F3SA 1EZPA 1IZ1A 4JSOA 1LAGE 1NNKA 2XXPA 4YKJA 4FECA 4P11A 3DP6A 1SVXB 3MUQA 3E4RA 3R26A 4RJZA 2HXWA 3F11A 2ESNA 2UVGA 1AOVA 2Y84A 1YAEA 3BBRA 5CRYA 1QUKA 4FEBA 3T93B 4JWXA 3HV1A 4FAJA 4GL8A 2OLBA 4HW8A 2XD3A 3FGSA 1B5IA 4YKPA 1VFEA 2R6GE 1S7YA 3TTMA 3VDFA 4QFKA 2ZXTA 4NF6B 3H03A 1GTKA 1B1HA 1UTBB 2I6EA 2A5TB 3SDFA 1PBQA 1LFHA 1BIYA 3SEVA 4JSDA 5HBCA 1UIVA 1M5EA 2RKMA 3K0VA 2PX1A 2R9JA 4RK2A 4RYAA 3VE1B 2G93A 1FCKA 3FVKA 1XHYA 2W7YA 2P2AA 4LZ8A 3TPAA 2DSFA 5H8QA 1QVSA 3QUFA 4M1VA 3FIRA 1USYE 4XIGQ 4BDMA 5AA2A 1A7LA 3PUVE 3V89B 2B3FA 2V3UA 3M3KA 4NF5B 5TP9B 4WEPA 3MW0A 1B5HA 1MM7A 1MXYA 3DM0A 3H6UA 3CFZA 4X9TA 3UIFA 4YMBA 3TTLA 3Q28A 1A55A 1MRPA 4GLIA 4TOZA 1MY3A 1B3EA 5FTIA 1MH3A 2OZZA 4I62A 5FHMA 4MBPA 4O3CA 4BDNA 2Q2CA 5EHSA 3FXQA 1HSJA 4PP0A 3V5AA 3KOTA 2WKYA 3T9VA 2QPQA 1URGA 3E9XA 2B65A 4OTEA 1I6BA 3MWBA 1YTVA 1M5DA 3K1MA 4H6DA 1NNFA 1PBPA 2Z8DA 3IX1A 1SYHA 4FEDA 4MLVA 1GVCA 1FQBA 3V8XB 2Y7RA 2HQ0A 4RA1A 1S9TA 1UTBA 2FNCA 2O84X 2VOZA 3TAJA 1B32A 3LSFB 3TCGA 4QFLA 3IJXB 2O69A 1MQIA 3O6GA 5FHNA 3OSQA 4RXLA 3T9HB 3SETA 4DLDA 3IR1A 4QF9A 1B58A 3OOAA 1ZBMA 5I2KA 1NMUA 1H45A 4FATA 3KJTA 5ICQA 5H8FB 2QL3A 4RNSA 5FTHA 2LAOA 3U92A 5KZTA 3OMBA 4KR5A 2QS4A 4EF1A 3KN8A 4JXIA 4G68C 1IXGA 3ONMA 1SYIA 5IAIA 2VHAA 3IB0A 2VD3A 3KZGA 4KI0E 1LBCA 1FQDA 1Y9UA 1EZ9A 1Y1MA 3HN0A 4NF5A 4I1DA 5I59A 4PQJA 1UTHA 2O51A 3KN3A 3B6QA 4GIZA 3U72A 1B6HA 5BWJA 4IY6A 4YICA 5I56A 1YCJA 3HO7A 1QULA 3OXNA 5I56B 3B6WA 3H6VA 4L17A 4BDRA 1POTA 2A5TA 2Y7PA 2I3WA 3U94A 1I6AA 2I0BA 4OVJA 2I49A 4RK9A 2Z8EA 4UA8A 4DXUA 2NOOA 2THIA 3PU5A 1IXIA 4OERA 4XTCQ 4FORA 3Q25A 3RQTA 3UGWA 4DIGA 4PFUA 1QKAA 1JW4A 1MQGA 2DYXA 2IEEA 4OENA 1FQAA 5JK4A 1B1XA 4NF4B 2XXVA 4GOTA 2GHBA 4G8NA 1LGBC 5CMCA 3IB1A 1HSLA 1VE4A 3P7IA 1DTZA 1H76A 3TZAA 4DCXA 2QS2A 4ND9A 3G3KA 4F31B 4NMYA 4R2FA 3H4ZA 3B7DA 2I3VA 4LZ5A 2F8DA 3HPIA 4ZZEA 5I2NA 3OD7A 4QFOA 1HSEA 2DWJA 1B0LA 3PMVA 3TYHA 4EQ7A 4F3PA 5L9OA 1MPBA 2QRYA 3DLNA 4ZS9A 1XVYA 1B3HA 3CSBA 3OEKA 4HTGA 4U4XA 2H9BA 4Q30B 4MF3A 2GH9A 1US4A 4NE4A 2D3IA 5CMMA 3FASA 3H6WA 4DE8A 3IOTA 1FW0A 3S9MC 1B52A 1RKMA 1LBBA 1JNFA 3LC8A 4Q5TA 2V3QA 3S9NC 5AA1A 3GBBA 2HZKA 5TPAB 3SEUA 4G8MA 4GQOA 2I4CA 4JDFA 2Q8JA 3S2VA 4KFQA 2ONSA 3H3GA 4IO2A 1POY1 3G3FA 5L9MA 1XOCA 1DPPA 4G8HA 4EQBA 3TTKA 1MXZA 3RNNA 2V25A 3RGYA 3ILTB 3KFMA 4JB7A 4ZEDA 1UIUA 3C34A 2ZYNA 3RT8A 1JW1A 1Y3NA 4NF8B 4GVOA 4I8CA 3G3JA 4O3BA 3RTWB 2F7AA 3RLFE 5AA4B 3I5OA 4YKKA 3W9WA 1USYH 4H1XA 4OXVA 5H8FA 2M8CA 3A09A 5H8HA 1LFIA 3VXCA 1IXHA 1Y20A 3MVWA 2NWJA 4ELPA 2F36A 3PPOA 1ZJLA 3KG2A 3MAMA 3C33A 3W15C 4IY5A 4R9FA 2H99A 3FUZA 3IO4A 2BJJX 1AH5A 2HEUA 4HS7A 3IB2A 3MVYA 4IO7A 3OO9A 4E0WA 3UN6A 4GD5A 1B0HA 3D4GA 4THIA 5CI5A 2VD2A 4BDQA 1B4ZA 2XHDA 5B70A 2OWSA 2UVJA 1NH7A 3IOWA 1TT1A 1A40A 1OLAA 1EU8A 2AYSA 3QUJA 4ONYA 4ZEFA 3MC2A 4BLAA 1B7UA 3VVFA 4ZEKA 3V83A 2OCUA 3CFXA 2QMXA 4NTLA 3MVXA 4WXJA 2HCAA 3A3UA 4KYDA 2QJEA 4IGRA 2RC8A 4AB6A 4DZ1A 4E0XA 4R74A 1N3XA 1O64A 2D5WA 1TFDA 4FIMA 1P1NA 3O29A 2DVZA 1DMBA 1P1QA 1SD3A 3OO6A 4U23A 2XXIA 4YB7A 3VLUA 2H5YA 4F1VA 1ZU0A 3ZSFA 2NXOA 3SKPA 2Q89A 1LSTA 5AA4A 1D3KA 4OFOA 1QW0A 4I9DA 3VLVA 1FTMA 2ONKE 2QS3A 2UVHA 4NEDA 5H8NB 2O1MA 4F3BA 3LUYA 4GFRA 1FTLA 2UYEA 3C4MA 3FJ7A 1OIBA 4C1UA 2RF1A 1OLCA 3N6TA 3O6HA 3E13X 5DVFA 1OQGA 2AL5A 4IGTA 4TQUQ 4C1TA 5CC2A 3Q27A 2ABHA 4KPTA 3QIMA 4OEUA 4QHQA 2Y7WA 1B40A 3K2DA 4DXBA 3IK6B 2CMOA 2D21A 1LB9A 2NVUB 4JWYA 4QSEA 1MQDA 3PD8A 4LONB 2XX8A 3WAFA 1P1OA 1RYOA 3CR9A 3IORA 2DXRA 1A8FA 4AB5A 5I58B 1TFAA 5DEXB 5AA2D 2PT2A 4G2ZA 4IO6A 3EHSA 4POWA 4Z7EA 2O68A 3EQ1A 3H6TA 4F1YA 3S9LC 3G7WA 4BDOA 4H8JA 3TMGA 1WVJA 1I69A 4QFNA 5A5XA 5AE4A 1B3LA 5ELVA 2O7IA 5I59B 1BTJA 1Y3PA 2I48A 3C35A 4G68B 3TKDA 3PD9A 3MP6A 3O6IA 5TU0A 1YPNA 4R9GA 2F78A 3GLBA 4R2BA 3O2AA 2F5XA 1FQEA 4KYEA 4OYVA 3FV2A 4DDDA 1ELJA 1NNPA 1XVXA 1OVBA 2RC7A 1ZTYA 3G3GA 3TTRA 2ZNTA 1H43A 2VGQA 4ZEIA 5DVIA 4YB5A 3O9PA 3T66A 3MZ1A 5B7DA 5LOMA 2HFBA 1US5A 2PYYA 3HCQA 3ILUB 4MFIA 4X1BA 2R71A 1R9QA 3LR1A 2H25A 3MPKA 3MQ9A 5CMKA 3PGFA 2XXTA 3RPWA 1B3FA 4PETA 2O7UA 4YU0A 3IJOB 2HAUA 2O1LA 3LSLA 1N7WA 2ZYMA 1FTKA 3TCHA 3K4UA 4K3FA 1AIVA 1QKBA 4P0GA 4R75A 3TCFA 4YAHX 4KQPA 3TUSA 2OWTA 3KN7A 4XKRA 4ELRA 1Q1KA 2NUVA 4X1DA 5BUUA 1MY2A 2XD2A 3JV9A 1B7HA 5I2KB 1BKAA 1CE2A 1LAXA 1H3DA 4F2QA 3AXFA 5HM4B 4IO5A 1LLSA 1OQHA 3EN3A 5EYFA 1R9LA 1QUIA 3C36A 3CRBA 5H8NA 4F3GA 3S9EA 2DS9A 1H44A 2AL4A 4WKMA 3JZJA 3VFJA 1IIWA 2ZYKA 1S50A 3FZVA 3K01A 1XS5A 3O97A 1BP5A 1MQHA 4IO4A 4KCCA 3BKIB 3K6WA 3CFLA 4DCYA 2YJPA 4HCWA 1IUDA 3IL1B 4EF2A 2P0SA 3H06B 1IQ7A 1DOTA 1OVTA 2GHAA 3C31A 3RT6B 4H5FA 4BDLA 4PE5B 1SW1A 2B3BA 5CBRA 5I58A 4MH5A 3K6XA 5JEIA 4MLQA 3HHGA 5DEXA 2DWAA 1QJMA 4X48A 2YPNA 2VP1A 2I58A 2ZNUA 1GR2A 2V84A 3FXUA 4OWDA 3FXRA 1JETA 1MM6A 3T22A 3THIA 1SDXA 1ZLQA 4IB2A 1B46A 3GBAA 3KOSA 4R6YA 4ZE9A 5AA2B 3HSTA 1N04A 1L5TA 2H98A 1TWYA 4PFYA 5DYHA 4EDPA 4GXSB 3RY3A 3HHFA 1MS7A 1LCFA 1B2HA 1MPDA 3KEIA 2UXAA 3TTNA 3K1NA 3VXBA 1WODA 2RC9A 2YLNA 3BFTA 2Y7IA 4H0WA 5IKBA 4ELQA 2OBGA 3USDA 1MDQA 3PPPA 1LB8A 4EXLA 1LAHE 2RCBA 3IOVA 2ZNSA 5CMBA 1MQJA 4H5GA 3G3HA 4F22A 3PUZE 4RPOA 3O66A 1A54A 4QRZA 1CB6A 4IO3A 3E3KA 2XXQA 3G3IA 1FTOA 2F7BA 3QAXA 4QSCA 3U8QA 2XXWA 3R7XA 3WAEA 1KWHA 1SW2A 4NF6A 5F7VA 4WEDA 2Y7KA 1XT8A 4C0RA 5HPQA 1ZMGA 3KJ7A 4YB6A 4NF8A 5F1QA 1DPEA 4NWDA 5KCJB 1XC1A 1N76A 3UK4A 3K6VA 4NF4A 3ODBA 4JWOA 1T0KA 1B5JA 3T9UA 1Q35A 1MXWA 2ALUA 3CVGA 3M3FA 3EHTA 1PEBA 3UA8A 3MJNA 5H8QB 3EPEA 1UTHB 3IO6A 3JYRA 1JVYA 3DP8A 4LUBA 3RN8A 1D4NA 5AA3A 1WDNA 3FJGA 4OEVA 5J1DA 5L9SA 2E1SA 3W9VA 5I2NB 1D9YA 3QSLA 4F29A 2DE2A 1NKXA 3K02A 5ITOA 2XX7A 4PFTA 4HCYA 1B4HA 1JVXA 3QXMA 1AMFA 3MVZA 3KSXA 4ZEBA 2F97A 1MY1A 2QSXA 2Z23A 1B7ZA 1OMPA 1URSA 3PPNA 3PUYE 4FJPA 4G77A 3K6UA 3EF7A 3LSXA 4R6HA 1MY0A 1VR5A 1F9BA 2X26A 5TPAA 5DT6A 4ECFA 2QMWA 3T96B 2V3TA 3KSJA 3KGCA 5DTBA 1EH3A 1MXUA 2ANJA 3FJMA 3VV5A 5JTYA 4LQ5A 3I6VA 5KDTB 4ZECA 2Z22A 3GXAA 5JTYB 1II5A 1SI1A 1ZKBA 3BFUA 2A5SA 3MP1A 2DVCA 1ATGA 2REGA 1VFDA 3MP8A 4M4GA 3N94A 4F18A 1JW5A 4ESXA 4OHNA 1I6QA 1N3WA 3N26A 4TLLB 3FD3A 4H8IA 3N5LA 4F1UA 2REJA 1PC3A 3PUWE 1O63A 2ZYOA 4GRKA 1SQYA 1EZOA 1FTJA 4RY1A 2PMSA 4H65A 4LQ2A 4UACA 5DVJA 4QFPA 3RTFB 2Z8FA 3L6GA 3CG1A 1PB8A 2XXHA 2RINA 2UYFA 3FVOA 1JEUA 1Z7ME 4N07A 1R6ZA 1SW5A 2ONRA 3SESA 2DOJA 3ZKKA 2XXUA 2P1SA 3U1OA 2F34A 3KBRA 1Z7NE 3PPRA 3OO8A 1AL3A 3IAZA 1O7TA 1PB9A 2ZMBA 4N6PA 2FYIA 3TODA 5ISUA 2O6AA 4KCDA 4P0IA 5ICTA 3CSGA 3FV1A 4NWCA 5K2YA 5L8DA 5CBSA 1SBPA 2X7QA 4ZDMA 1Y1ZA 2G29A 5KCJA 4POXA 4U4SA 1MXXA 4H67A 4G68A 2F7CA 2FA7A 4PFWA 1MG1A 3MPLA 3N6UA 4LZ7A 4G4PA 3PUXE 4Q0CA 2OK2A 5TP9A 3M8UA 5M2VA 1PDAA 1Y4CA 5I84A 5H8SA 4QSDA 1B9JA 4OFJA 3OELA 5I57A 3ZKLA 2Q2AA 3Q26A 2OJTA 2DQVA 1QUJA 1MXVA 5EHMA 3TDJA 3DELB 5I57B 3A3CA 1NL5A 1GGGA 1B05A 3SEYA 4U22A 4YMAA 1ANFA 3SERA 2DXYA 4LVQA 2HZLA 2AIXA 4U1OA 4TLMB 1PB7A 2PVUA 3H7MA 3RUMA 4DXCA 3UORA 3FATA 4LA9A 2Q9TA 3SEWA 4R73A 1DTGA 3PMXA 2UVIA 4XXUA 1JEVA 4N13A 1A99A 1P1WA 4XKPA 4ISUA 3VVEA 2DP8A 4F39A 1R1NA 1MPCA 2DWHA 2PT1A 1MY4A 4FE8A 2XXRA 1NNTA 3QK6A 4GXAA 2F6GA 5K2XA 4ELOA 2F35A 3B6TA 4ESWA 1N84A 5KDTA 1J1NA 1LCTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2CEXA 1MH4A 4EUOA 1P1UA 2WYPA 4HXVA 2ZZXA 4KD5A 2CZKA 2B4LA 1MDP1 2V93A 3EHUA 2Q88A 5CM6A 1D9VA 3BIGA 3RYDA 2X7PA 3TQLA 4F2OA 3VLWA 3MZ9A 4OZ9A 2IA4A 1BLFA 1A8EA 2GRVA 1URDA 4O94A 5A5XB 3OEMA 1ZIUA 1UQWA 4YZZA 3BIHA 1JQFA 4OESA 1Q9DA 1LAGE 1NNKA 2KQZA 4HE0A 4N8YA 1SVXB 3MUQA 4I3EA 5CRYA 4FEBA 1FPEA 4GL8A 2OLBA 2XD3A 1G0IA 1VFEA 4QFKA 2ZXTA 1LFHA 3SDFA 1BIYA 3SEVA 5HBCA 2PX1A 1NV0A 2CZHA 1FCKA 2W7YA 4LZ8A 2DSFA 1QVSA 4XIGQ 5AA2A 1XI6A 5TP9B 1LBZA 3Q28A 1A55A 1MY3A 4I62A 4O3CA 4BDNA 2Q2CA 5ET5A 4PP0A 3V5AA 2QPQA 3FBPA 4XFEA 4MLVA 1FPIA 1S9TA 1UTBA 1B32A 4RXLA 3OOAA 5EYHA 5ICQA 2LAOA 3U92A 4KXPA 3KN8A 4JXIA 1IXGA 1SYIA 2QFLA 2VD3A 4KI0E 1EZ9A 2F3DA 4PQJA 2O51A 3KN3A 3U72A 5BWJA 4P9KA 3H6VA 4L17A 1FPGA 2I3WA 4UA8A 2I49A 3RQTA 1K9ZA 3Q25A 1MQGA 4PAFA 4NF4B 4ND9A 3G3KA 3H4ZA 1SPIA 2I3VA 2QRYA 1XVYA 4U4XA 2GH9A 1US4A 5CMMA 3E79A 1FW0A 1B52A 2V3QA 5DW8A 5AA1A 3GBBA 4JVDA 4JDFA 3S2VA 4IO2A 4G8HA 4EQBA 3ILTB 4JB7A 1Y3NA 4I8CA 2F7AA 3I5OA 5H8FA 2M8CA 3VXCA 1Y20A 2NWJA 2F36A 3MAMA 2P3NA 4R9FA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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