1XC1A

Oxo zirconium(iv) cluster in the ferric binding protein (fbp)
Total Genus 109
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
109
sequence length
309
structure length
309
Chain Sequence
DITVYNGQHKEAAQAVADAFTRATGIKVKLNSAKGDQLAGQIKEEGSRSPADVFYSEQIPALATLSAANLLEPLPASTINETRGKGVPVAAKKDWVALSGRSRVVVYDTRKLSEKDLEKSVLNYATPKWKNRIGYVPTSGAFLEQIVAIVKLKGEAAALKWLKGLKEYGKPYAKNSVALQAVENGEIDAALINNYYWHAFAREKGVQNVHTRLNFVRHRDPGALVTYSGAAVLKSSQNKDEAKKFVAFLAGKEGQRALTAVRAEYPLNPHVVSTFNLEPIAKLEAPQVSATTVSEKEHATRLLEQAGMK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Metal transport
molecule keywords periplasmic iron-binding protein
publication title Assembly of an Oxo-Zirconium(IV) Cluster in a Protein Cleft
pubmed doi rcsb
source organism Neisseria gonorrhoeae
total genus 109
structure length 309
sequence length 309
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H, I
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-08-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1xc1A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1xc1A01
3PMVA 4OFJA 2Y7IA 3C31A 2ESNA 1LB9A 3FXQA 1PB9A 2PMSA 3MVWA 2Z8EA 2O1LA 1B6HA 1H45A 3E13X 5L9SA 1QUJA 3TAJA 5AA3A 4GLIA 4M1VA 3VVFA 4NWCA 2B65A 1B4HA 3KBRA 3TUSA 4RY1A 4Q0CA 3CG1A 4OFOA 2I4CA 1MS7A 4F3GA 1MXZA 1LFIA 4UA8A 4ELQA 2F6PA 1BIYA 3T9XB 3HHGA 1VE4A 3MQ9A 4KFQA 3TELA 5KZTA 1O7TA 1OLCA 3O6GA 1ANFA 1PB7A 1DSNA 1LAGE 2RC8A 3LSXA 3VE1B 4IO7A 3OXNA 2I48A 4XKRA 1ATGA 4RK9A 2I3WA 4R72A 1MPCA 1DTZA 3OENA 4XIGQ 4KHZE 3SEUA 3BFUA 4R6HA 2X7PA 1NH8A 2PYYA 3IOVA 4N07A 4RK2A 1IUDA 2F7AA 3RPWA 1GVCA 3I3VA 4PETA 5CI5A 2X7QA 4AQ4A 3H6WA 2XD2A 4O3AA 2REGA 5EHSA 1BKAA 3CG3A 1LLSA 2THIA 3FV1A 3KJTA 1LB8A 3N5LA 4NF4B 2PX1A 3K02A 4LONB 3CSGA 3IB1A 4THIA 2UVHA 4ZZEA 4GXSB 4MLQA 4ZEFA 4ZE9A 1WODA 4OTEA 2H25A 4JSDA 1LGBC 1N76A 2XX8A 5FHOA 3K2DA 3ZKLA 1MY0A 3OO7A 1POY1 4X1BA 5DYHA 4X1DA 1TXFA 2Q8JA 2XXQA 4BDMA 1LBCA 3K0VA 3EHTA 1TFAA 2HQ0A 3MP6A 3RNNA 1IXIA 3S9EA 3A3CA 5CMMA 4OEUA 4KCCA 1B3HA 3GLBA 4OFLA 3LBSA 2Y7RA 1OVTA 3BFTA 1CE2A 4ZZAA 1SQYA 2QSXA 3PMXA 3G3HA 3MZ9A 3TDJA 4H8JA 3MPLA 2OWTA 3N94A 1LAHE 2RCAA 1FTKA 1SVXB 3B6QA 3IJOB 1A54A 5TP9B 3N26A 1RYXA 5JTYB 4N13A 4IO4A 1P1UA 5CMCA 4NF8B 4R75A 3OSQA 3RN8A 4MBPA 4GFRA 1LAXA 3B7DA 3RGYA 4POXA 4DIGA 4U22A 1CB6A 5I2NB 3MC2A 3DLNA 4H65A 4POWA 1P99A 1XT8A 1B1HA 5FHMA 1XVYA 1MDP1 1YPNA 1I6QA 4XXUA 4E0XA 4H5FA 2H9BA 5H8SA 3FV2A 3ZSFA 1Y3QA 2HZLA 2A5TA 3HCQA 1NMUA 2H99A 4G8NA 3PUXE 1FCKA 4DZ1A 3ILUB 1M5CA 3SESA 2HAVA 4JDFA 4I1DA 3IO6A 3T66A 1WVJA 1XS5A 4F18A 2Y7KA 3A09A 4F2OA 3PD9A 2ALUA 3W15C 4QFNA 2FYIA 4JB7A 3IAZA 3HHFA 1FQCA 1IITA 4U4SA 4EXKA 1D9YA 3V89B 3ILTB 1LFGA 1OQGA 4C1TA 5B7DA 3T9VA 3ZKKA 3IR1A 3IOTA 1BP5A 4NF5A 1AMFA 5AA4A 4H0WA 2OBGA 3QUFA 2IA4A 3VXCA 4RYAA 4MH5A 1FTLA 3EHSA 4Q5TA 1JEVA 1Y3NA 1B9JA 2Q88A 3BKIB 3K01A 5H8HA 2ONKE 4GL0A 3FASA 4I8CA 4MFIA 1M5FA 3L6GA 2UYEA 4YU0A 5AA2A 2OCUA 3KZGA 3K6WA 5AA2D 2DWIA 3B6TA 1B1XA 3K1PA 4ND9A 1MQJA 4LQ2A 1GGGA 2H98A 4U1OA 3KSXA 4AB5A 4LZ5A 2DXYA 3EHUA 4ZE8A 4KR5A 1NNTA 3FGSA 4U23A 1Q35A 1PBQA 2XXHA 1JEUA 5I2KA 1R6ZA 3KOSA 4YZZA 2QS1A 4OQOA 1USYE 2DSFA 2F36A 4F1VA 3PUYE 4KD5A 1MPDA 2P1SA 1B58A 4DXCA 3OSRA 1YAEA 4IB2A 4XKPA 4RPOA 4R9GA 3UA8A 4OWDA 2GHAA 3TCFA 2XXWA 3U92A 1JQFA 4H67A 1FQDA 2I3VA 5BWJA 1NNPA 5CBSA 3PGFA 3OD7A 4G8HA 3H3GA 3TTMA 4GL8A 2O7UA 5I58B 4OZ9A 2QS4A 1MRPA 2R9JA 3OELA 2R6GE 4F39A 4R74A 4NF6A 3TZAA 1D4NA 3PPPA 4FE8A 1NH7A 4LUBA 4LQ5A 1H3DA 2B3BA 5CRYA 1IXCA 1Y9UA 1M5BA 2ZMBA 2H4IA 1IIWA 4ZS9A 4ECFA 4LZ7A 1JW1A 1O64A 1UTBA 2I4BA 2UYFA 4KYSA 4NMYA 5TPAA 3Q29A 4PFUA 1N3XA 3O97A 1MXVA 1AOVA 3KN3A 3BBRA 2OWSA 3DM0A 3G3JA 4IO5A 1LBBA 5K2XA 1A8EA 4GF8A 1H76A 3QIMA 4DXBA 3O28A 4IGTA 4IY5A 5CC2A 3LSFB 3QYTA 4OERA 1II5A 5CMKA 1MM7A 1UIUA 4GIZA 1B4ZA 3C32A 1B3EA 4DCYA 4EF2A 4QSEA 1LCTA 2F7CA 3DELB 1B0LA 3FUZA 5LOMA 2AIXA 4P0GA 3QUJA 4NE4A 3MP8A 3VLWA 2DS9A 5ICTA 1VSOA 1DTGA 2F5XA 3GXAA 1O63A 3VV5A 3G3FA 2PT1A 2DWJA 5A5XA 3TMGA 2BJJX 2XXUA 4G68A 3HPIA 1HSLA 1TFDA 1ZMGA 2DVCA 3MUQA 3RTFB 1EZ9A 4C1UA 3M3KA 2GH9A 2HCAA 4ESWA 1MQHA 4FEDA 4HTGA 1S7YA 2I6EA 3FJMA 4BDNA 4K3FA 3FIRA 1LFHA 4LVQA 4YMAA 2B3FA 4ELOA 1YTVA 2XXRA 3FVKA 3C35A 2P0SA 2F34A 4KCDA 1B3LA 4BDRA 1OIBA 4ZDMA 1JETA 1R9QA 4EQ7A 2GFEA 3H6VA 2WKYA 5KCJA 1AIVA 4NTLA 5M2VA 5K2YA 4HW8A 1A99A 1R1NA 3H4ZA 4L17A 3S9LC 2Z8FA 4YKJA 3TCGA 1B46A 2X26A 3HSTA 2E1SA 3R7XA 3U72A 2Z8DA 1US5A 2V3QA 2W7YA 2KLFA 5JK4A 3FD3A 3LUYA 4KI0E 2R71A 2DOJA 1ZJLA 2ZNTA 1N3WA 2I0CA 3TPAA 1OVBA 2PVUA 3T22A 4H6DA 4QFKA 4R2BA 4TOZA 2DXRA 2XXIA 3V83A 3O66A 3VVDA 2ZNUA 3EF7A 4PFWA 1MXUA 5AA4B 4FATA 1Q1KA 3KGCA 4ZEBA 1HSJA 3DP6A 5H8NB 4U4XA 3SEYA 3MPKA 3PPNA 4Z0IA 3TFLA 1MXXA 3IOWA 3U93A 1A55A 1ZU0A 5H8HB 5L9OA 2DWAA 5AA2B 2RC9A 3LSWA 1UTHA 3C36A 2CZLA 1D3KA 3FXUA 3FZVA 4R2FA 2ZXTA 4JXIA 3SDFA 5CM6A 4TLMB 3SEVA 3PU5A 2QJEA 2Q2AA 3O6HA 3T96B 3TQWA 4E0WA 1P1NA 2VGQA 4HCWA 4QFOA 1XOCA 3MVXA 2D5WA 2Y84A 1H44A 2F6GA 1I6BA 1P1WA 3ECRA 5I2KB 3O29A 4OVJA 4X48A 3KG2A 1B7UA 1R9LA 1MQDA 3TCHA 2F7BA 2Y7PA 2HFBA 2XXYA 3MZ1A 1S50A 3H6TA 5F1QA 3RY3A 1DPPA 3UK4A 4AB6A 5EHMA 1PBPA 4F3BA 2HAUA 4DLDA 1B32A 3TTKA 4NWDA 4Q8RA 1US4A 1QW0A 3CR9A 4IO2A 4PFTA 3P7IA 5ISUA 4BDQA 2AYSA 4P11A 4TLLB 3T9HB 2NXOA 4WXJA 1EH3A 2I49A 1B2HA 3E4RA 3IJXB 1URDA 3PPRA 4QRZA 5I56B 4YKPA 3FVOA 3MZBA 3KOTA 2UXAA 3MW0A 5IAIA 3H06B 3PUZE 2I58A 3F11A 1B05A 4TQUQ 4GXAA 3KSJA 4NF6B 4OENA 5I59A 1GR2A 3QSLA 3M8UA 2G93A 3D4GA 3RT6B 3WAEA 2RCBA 3W9VA 2XXTA 1MY1A 2YPNA 1EU8A 3W9WA 1MQGA 3UGWA 1DOTA 1HSEA 4FJPA 1AH5A 3PPQA 1FQEA 2G29A 5AA1A 5DTBA 1SYIA 4R9FA 1UTBB 2VD2A 5TPAB 1EZPA 3C34A 3IORA 2Q2CA 4MF3A 3VLVA 5CMBA 5L8DA 4QFLA 3OMBA 3UN6A 3EQ1A 5HPQA 4EDPA 5B70A 3LSLA 1SDXA 5ITOA 1D9VA 3VLUA 1Z7ME 3O9PA 4UACA 1FTMA 4YMBA 4RPNA 4XKNA 3HV1A 1XHYA 3IL1B 1OLAA 3E3KA 2ONRA 4JSOA 3K1NA 4PQJA 4OHNA 2XX9A 4EQBA 3MAMA 3AXFA 3Q26A 1B51A 3KJ7A 3DP4A 4QFPA 4F1UA 5A5XB 4NEDA 1I69A 1H43A 4G68B 5L9MA 2DE3A 2V84A 1Y1ZA 4PFYA 4BDOA 4QSDA 4RNSA 3KFMA 3QXMA 3PPOA 1SYHA 4OMBA 4U21A 1Y3PA 3H03A 4YB6A 2RF1A 3Q25A 1B5IA 3G3IA 3K1MA 3IB2A 4N6PA 2XXPA 4F29A 3V8XB 2NVUB 4DDDA 2DE2A 3CSBA 1N7XA 1PC3A 1MH3A 4F31B 1MDQA 3K6XA 5BUUA 2ZYMA 4GVOA 2O69A 3FVNA 1POTA 3FATA 4XTCQ 5H8FA 1URSA 3ODBA 5KCJB 4F1YA 1NKXA 4F3PA 2Z23A 1RKMA 3SETA 4LZ8A 2XX7A 2NWJA 2VP1A 4FECA 1VFDA 2F8DA 3RT8A 1NFTA 3RTWB 5HBCA 4IO6A 3CVGA 4EXLA 3R6UA 1RYOA 2DYXA 4ELRA 3HO7A 4ESXA 1A7LA 2XD3A 1YCJA 1SW5A 2O84X 1ZTYA 4I62A 4XKQA 4G4PA 3GBBA 1MM6A 1ZIUA 2OK2A 4GD5A 2XHDA 2NOOA 3UIFA 4LA9A 5I57A 3RUMA 4RJZA 3CFXA 2F78A 5DEXA 4JBZA 3SERA 2RC7A 1OMPA 5DT6A 3SEWA 1Y1MA 3KEIA 4X9TA 1LCFA 2V93A 3K6VA 3S4UA 4G68C 2Z22A 4ZEDA 5FHNA 3IOUA 1UTHB 2A5SA 1SI0A 2VOZA 3E9XA 3OO6A 1T0KA 4PP0A 2ONSA 3OO9A 5I58A 4IO3A 3I6VA 3D4CA 4OYVA 3RQTA 2F35A 1SI1A 4F2QA 3JV9A 1Y20A 4ONYA 1B0HA 1A8FA 1AL3A 1NNFA 3QK6A 3U94A 3ZS6A 3TQLA 3MBPA 4H1XA 1SD3A 4M4GA 1IEJA 4DCXA 3G7WA 3K00A 2XXXA 1FQAA 1Y4CA 2A5TB 2ANJA 1QKAA 4JWXA 4ELPA 4ISUA 1BLFA 2DWHA 1DPEA 3TTRA 1LAFE 2VHAA 3MP1A 3C9HA 5KDTA 2O68A 3FVGA 3N6UA 4C0RA 1B5JA 4O3BA 2ZYNA 3HN0A 4QSCA 1GTKA 4RXLA 1I6AA 1MG1A 1KWHA 1MY3A 4ZEKA 3IX1A 3IO4A 3GBAA 2O51A 5J1DA 5H8QA 4YKKA 4QHQA 4RA1A 4R6KA 4FIMA 4KYDA 4FEBA 3MJNA 5IKBA 3FXRA 1XVXA 4NF5B 5I59B 3M3LA 3K4UA 4YAHX 2AL5A 5FTHA 2CMOA 2QS2A 2O7IA 2DP8A 2F97A 2FA7A 5ITPA 1WDNA 2HZKA 1M5EA 1XC1A 2DE4A 1B3FA 3EPEA 1FTOA 4R6YA 2FNCA 1VFEA 4WKMA 5DVJA 3TYHA 4PE5B 1SW1A 1F9BA 2GRVA 1MXYA 1N04A 1TWYA 3M3FA 3TODA 1UQWA 3PV0E 5AE4A 2XXVA 3MWBA 1JNFA 2VD3A 4HCYA 1B40A 3TTLA 4FORA 3GZGA 3WAFA 1USYH 4WEDA 3VDFA 3KN8A 4JWYA 3JZJA 3S9MC 1PDAA 1UIVA 1ZLQA 2E0SA 1MPBA 2V3UA 1FTJA 5DVFA 3T9UA 3U8QA 1N84A 1JVXA 3L6HA 3H7MA 2UVJA 3VVEA 4WEPA 1L5TA 1ZBMA 3KN7A 2P2AA 4R73A 3USDA 3G3KA 2QMWA 1QULA 2Y7WA 3TKDA 1MH4A 1QKBA 2ABHA 1MQIA 3JYRA 2O6AA 1PEBA 2D3IA 2DVZA 1FQFA 3C4MA 4NF4A 1PB8A 4U2RA 4H8IA 4KYEA 4BLAA 5EYFA 4KPTA 4EF1A 1JVYA 4OETA 3R26A 1A40A 2UVIA 5ICQA 5I84A 4YB5A 5CBRA 1M5DA 5H8NA 4DXUA 4H5GA 1B3GA 1P1OA 4Q30B 3N6TA 2LAOA 2Q89A 4LATA 3ONMA 2YJPA 2ZYOA 1DMBA 5H8FB 2M8CA 4ZEIA 1JW5A 3G3GA 1B52A 1IXHA 4OXVA 3C33A 1QUIA 3B6WA 1GV8A 1NNKA 3MVYA 1EZOA 4GWOA 1URGA 3DP8A 3CRBA 1QJMA 4EQ9A 1NL5A 1IQ7A 3CFZA 5TP9A 4ZECA 5JTYA 3V5AA 3PMWA 1LSTA 4NF8A 3OO8A 1MY4A 3PUWE 2AL4A 4EUOA 3OEMA 4GRKA 2DQVA 3CIJA 3PD8A 1B7ZA 3VFJA 2V25A 2REJA 5I2NA 1N0TA 3O6IA 4KQPA 4IGRA 1TT1A 2D21A 1SW2A 4O3CA 3S9NC 2HXWA 4JWOA 5I57B 3K6UA 5DEXB 3A3UA 4YKIA 2YLNA 5TU0A 4GQOA 4DE8A 2V3TA 4Z7EA 3MVZA 2PBWA 2UVGA 1J1NA 2PT2A 4MLVA 4I9DA 1QVSA 1MXWA 1Z7NE 2OZZA 1FW0A 3OOAA 4OESA 4F3SA 3EN3A 2I0BA 2ZYKA 3Q27A 2OLBA 3TEPA 2IEEA 3O2AA 4FAJA 2QRYA 3IB0A 5I56A 1SW4A 3CI8A 4P0IA 1N7WA 1ZKBA 1FQBA 1OQHA 2RINA 3I5OA 1MY2A 4U1ZA 5FTIA 5HM4B 2QL3A 4G8MA 3CFLA 2QS3A 4HS7A 3OEKA 3TTNA 4G77A 3LC8A 4YICA 3S2VA 2H5YA 3UORA 4IY6A 1Y4TA 3LR1A 2Q9TA 3U1OA 4GOTA 5DVIA 4LP2B 1BTJA 4BDLA 4QF9A 1IZ1A 2QMXA 3FJGA 2ZNSA 4G2ZA 4F19A 3SKPA 2NUVA 1S9TA 5F7VA 2OJTA 5KDTB 4F22A 2RKMA 3IK6B 1QUKA 3QAXA 5JEIA 1B5HA 3FJ7A 3Q28A 1VR5A 4YB7A 1JW4A 2O1MA 1IXGA 3PUVE 5H8QB 5ELVA 3SEXA 2QPQA 3VXBA 1ELJA 2GHBA 1B7HA 1P1QA 3UP9A 3THIA 3H6UA 2HEUA 4OEVA 3RLFE 3T93B 1SBPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3PMVA 4OFJA 2Y7IA 3C31A 2ESNA 1LB9A 3FXQA 4N15A 1PB9A 4GWSA 2PMSA 3MVWA 2Z8EA 4XEQA 2O1LA 4X8RA 1B6HA 1H45A 3E13X 5L9SA 1QUJA 3TAJA 5AA3A 4GLIA 4M1VA 3VVFA 5EQ8A 4NWCA 2B65A 1B4HA 3KBRA 4N81A 4QBAA 3TUSA 4RY1A 4Q0CA 3D1RA 3CG1A 4N91A 1IMFA 2B4LA 4PF6A 4OFOA 2I4CA 1MS7A 4F3GA 1G0HA 1MXZA 1LFIA 4UA8A 4ELQA 2F6PA 2XA5A 1BIYA 3T9XB 3HHGA 1VE4A 3MQ9A 4KFQA 3TELA 5KZTA 1O7TA 2Q74A 4PE3A 1OLCA 3O6GA 2MKZA 1ANFA 1PB7A 2Y5KA 1DSNA 3T0JA 1LAGE 2RC8A 3LSXA 3VE1B 4IO7A 3GYYA 2CZIA 3OXNA 2I48A 4XKRA 1ATGA 4PDDA 4RK9A 2I3WA 4R72A 1MPCA 3E79A 1DTZA 3OENA 4XIGQ 4KHZE 3SEUA 2JJKA 3BFUA 4R6HA 2X7PA 1NH8A 2PYYA 3IOVA 4N07A 4RK2A 1IUDA 2F7AA 1IMDA 3RPWA 1GVCA 3I3VA 1CNQA 1BK4A 4PETA 5CI5A 2X7QA 4AQ4A 3H6WA 2XD2A 4O3AA 2REGA 5LDZA 5EHSA 1BKAA 3CG3A 1LLSA 2THIA 3FV1A 3KJTA 1LB8A 3N5LA 4NF4B 2PX1A 3K02A 4LONB 3CSGA 3IB1A 4THIA 2UVHA 4ZZEA 5FBPA 4GXSB 4MLQA 4ZEFA 4ZE9A 1WODA 4OTEA 2H25A 4JSDA 1LGBC 1N76A 2XX8A 5FHOA 5DW8A 3K2DA 3ZKLA 1MY0A 3OO7A 3T93B 1POY1 4X1BA 1NV3A 5DYHA 4X1DA 1TXFA 2Q8JA 2XXQA 4BDMA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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