3B6WA

Crystal structure of the glur2 ligand binding core (s1s2j) t686s mutant in complex with glutamate at 1.7 resolution
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
258
structure length
258
Chain Sequence
KTVVVTTILESPYVMMKKNHEMLEGNERYEGYCVDLAAEIAKHCGFKYKLTIVGDGKYGARDADTKIWNGMVGELVYGKADIAIAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLSKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVFDKMWTYMRSAEPSVFVRTSAEGVARVRKSKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSSLGNAVNLAVLKLNEQGLLDKLKNKWWYDKGEC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural and single-channel results indicate that the rates of ligand binding domain closing and opening directly impact AMPA receptor gating.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutamate receptor 2
molecule tags Membrane protein
source organism Rattus norvegicus
total genus 85
structure length 258
sequence length 258
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-10-29
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3b6wA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3b6wA02
3LBSA 5I57B 3W9WA 2DP8A 4I1DA 5IAIA 2O7UA 1Y4CA 2Y84A 3OD7A 3C35A 2P0SA 1QW0A 4EQ7A 1EZ9A 5K2XA 1S7YA 1URGA 1QUJA 4O3BA 1ZTYA 1ZU0A 1F9BA 1FQAA 1Z7ME 2ABHA 3VVDA 1GR2A 3H6WA 4OFJA 5I57A 3G3IA 4DIGA 1LSTA 1B7HA 1Q1KA 1JVYA 4XKQA 1MH3A 4ZZAA 4THIA 3MP6A 2IA4A 3KN3A 5TP9B 1UIVA 3T96B 1B3EA 3RT8A 3K02A 4U4SA 2Z23A 4JWXA 2I3VA 2HAVA 2OK2A 5M2VA 4OENA 2D21A 3C36A 3FVNA 3OMBA 2ZNTA 2H25A 4U1ZA 1US4A 4F18A 4MF3A 1UTHB 1WODA 1I6QA 1B7UA 3U94A 3UIFA 3IOTA 4FECA 3EHTA 5I58B 1A40A 4KR5A 5IKBA 4JBZA 3BFTA 3I6VA 1B58A 3VXBA 5AA2D 2H4IA 2UVJA 3A3CA 3T9VA 5KCJA 3M3KA 5H8HA 1IUDA 4QSCA 5JTYA 1B1XA 2PYYA 2ZMBA 3DLNA 5I58A 2DSFA 2V3UA 3ODBA 1OMPA 2H99A 4IO3A 3R7XA 2P2AA 2QPQA 2OCUA 3FIRA 2QSXA 3PUZE 1XT8A 1B7ZA 4GXAA 4K3FA 1I6BA 4N6PA 4QFLA 5FHMA 2O68A 2RF1A 1POTA 3SKPA 1PBQA 3TUSA 1B32A 5I56B 3EPEA 2PMSA 2REJA 3PUVE 2PVUA 5L9OA 4ZEKA 3IOVA 4M4GA 1IEJA 1MXWA 2I49A 3FXUA 2GH9A 3KJTA 4F1VA 3FJMA 1PB8A 5DVJA 4R73A 2B65A 5L8DA 1QUIA 3S2VA 5I56A 4GF8A 4H5GA 1R1NA 1J1NA 4ZEDA 2QL3A 4RY1A 1VSOA 1N04A 4ONYA 3PUWE 3TYHA 3SETA 1BTJA 3C34A 2I4BA 3MWBA 1B46A 2Y7RA 2F6GA 3U93A 1VFEA 1D4NA 1B3FA 4XKNA 4EQBA 5TU0A 1NKXA 3MQ9A 1ZJLA 3MP8A 4GIZA 3KFMA 3V5AA 5DYHA 3IOWA 3ZSFA 4U22A 3F11A 3T9UA 1N84A 3WAEA 1SVXB 1A55A 2Y7PA 4R2BA 2UYEA 1TFAA 3KGCA 2UVIA 3OENA 1TXFA 3UK4A 3H6TA 3GBBA 5KZTA 1US5A 1MRPA 1AH5A 1IXGA 3TFLA 1SD3A 3PUXE 3OSRA 4POXA 1QKAA 3CRBA 3FZVA 4IY6A 1EU8A 3JYRA 3O9PA 1Y20A 3C4MA 4Q5TA 5CRYA 2DWAA 4F1UA 3FXRA 2VP1A 3IO6A 4U1OA 3OEKA 3OELA 3G3FA 1IXCA 3GXAA 3MVWA 4XTCQ 1GTKA 4NF6A 4N07A 2Q2CA 1SBPA 5CMCA 3K6XA 3TKDA 1R9QA 4YICA 1YAEA 4DE8A 2ZXTA 4P0IA 2KLFA 2ZYKA 4WEDA 1FTJA 1S50A 4R6KA 3KG2A 3RTFB 2DWJA 3PMXA 3S9EA 2XXUA 1LFGA 4LZ5A 2QS2A 1SYHA 1VE4A 4I62A 4G68A 3ZS6A 1MPDA 4RJZA 5JK4A 2HQ0A 1B4ZA 2W7YA 4FATA 2I58A 2VD2A 3UA8A 1IXIA 1MQGA 4TOZA 4U4XA 4C1TA 3HPIA 4ZEFA 4DZ1A 4NF8B 3Q29A 4JWOA 1B6HA 2REGA 5B7DA 5H8FA 1POY1 1SW4A 3BKIB 2BJJX 4H6DA 4X48A 4ND9A 3TMGA 1ATGA 2ALUA 1JW1A 3TTKA 2ONSA 4MFIA 1JNFA 3VVFA 2VOZA 2Y7KA 3CIJA 3A3UA 3MW0A 4O3CA 2RC8A 3TTNA 2F34A 3FXQA 1LB9A 1LB8A 1AOVA 1FQFA 4OQOA 1TWYA 1A99A 1MXZA 3EHSA 1B9JA 2P1SA 1NNKA 3DP8A 3IL1B 3GZGA 3RNNA 5FHOA 2XD2A 4ZE8A 3TCHA 2DQVA 4FAJA 1MQIA 2GHBA 1DPPA 1M5DA 1N3WA 4OXVA 1SYIA 4AB6A 2ZYNA 3H6VA 1H43A 3IX1A 2IEEA 1M5EA 2V93A 3USDA 1NMUA 4H67A 1B5JA 4QHQA 3MVXA 3U8QA 3PMWA 5HBCA 1OLAA 5F1QA 2PT2A 4EDPA 3G7WA 4R9GA 2ONKE 2QJEA 4IO4A 3MBPA 4YB6A 1PDAA 2D3IA 3L6HA 2O51A 1DTZA 1OQGA 3RY3A 2OLBA 4OESA 4C1UA 4NMYA 3U92A 3K2DA 1HSEA 3D4CA 5JEIA 1H76A 4FJPA 3S9NC 4JSOA 3PPOA 2DE2A 3UORA 5I2KA 1MXXA 4H0WA 3TELA 4F1YA 1XOCA 2I0BA 2F7AA 5CM6A 2Q88A 3VXCA 2I0CA 3QUJA 3IOUA 3RGYA 4X9TA 2DVCA 1HSLA 4Z7EA 1MDQA 4DDDA 5B70A 4F2OA 4N13A 3M8UA 4KYDA 4KCCA 3LSXA 3CSBA 1SW2A 2XXHA 5AA3A 1MY4A 2UYFA 1P99A 2AL5A 4ZS9A 4ELRA 2OZZA 5DEXA 4U23A 3SEUA 1UTBA 3QIMA 3E3KA 2THIA 2F5XA 3OO6A 1P1WA 2QRYA 4H65A 5DVFA 2O84X 1KWHA 2UVHA 1LAFE 2I48A 4LQ2A 4DLDA 1JW5A 5KCJB 3MC2A 4LP2B 4EUOA 5H8HB 3G3HA 3O28A 5EHSA 3A09A 2QS3A 5JTYB 4EF2A 3MZBA 3BBRA 4U21A 3Q27A 3IR1A 1EH3A 4QSEA 3U72A 4F19A 3E9XA 4PFYA 2O7IA 1MXVA 4FORA 1I6AA 2RC7A 4BLAA 3SERA 1URSA 4F2QA 5CMKA 1B5HA 2G93A 1I69A 1A8FA 3T66A 3M3FA 3MVYA 3I3VA 4YKKA 3SEYA 3ILTB 2R6GE 3MPLA 4IO6A 1MS7A 2RCAA 4LATA 2GFEA 4OFOA 4NEDA 5CBRA 1EZOA 2HEUA 1QJMA 1LGBC 2XXWA 3ZKKA 2XXQA 4IO5A 2HFBA 4LZ7A 1DTGA 4NWDA 3PMVA 2HAUA 2ESNA 4FEDA 3S4UA 4BDOA 5I59A 4RNSA 5FHNA 2AYSA 3RQTA 3H03A 1FQEA 3K01A 4KYEA 1MQHA 1B3LA 2Z8EA 3MAMA 1O64A 4WKMA 3TEPA 3SEWA 5H8SA 3LSFB 1N76A 2VGQA 3JV9A 2UXAA 2O1MA 3B6QA 1BIYA 1MQJA 2V25A 2B3BA 3RLFE 4YAHX 4RXLA 3VVEA 4PFTA 3KOSA 2DWIA 1P1NA 4I9DA 5DT6A 3PPQA 4RPNA 3Q26A 1NNFA 3KEIA 2DXRA 3IJXB 3RUMA 3SESA 1DSNA 1B5IA 3OSQA 2QMWA 3KSJA 4KYSA 1N3XA 3SEVA 4YKIA 4ISUA 2Q9TA 1MXUA 2QMXA 2HZLA 1Y9UA 4EXKA 4F3PA 1L5TA 1DPEA 4LA9A 4ELOA 2F7CA 3C9HA 1FW0A 2Q2AA 4GXSB 2DWHA 2UVGA 4NF4B 5H8NA 4R2FA 1OQHA 4ZE9A 4NF6B 3HSTA 1IQ7A 2HZKA 3N6TA 4KHZE 3MUQA 3RT6B 4NE4A 1IXHA 2XHDA 5KDTA 1NFTA 3KN7A 3CVGA 4UACA 4XKPA 3GLBA 2Y7IA 2M8CA 2O69A 3MPKA 2DVZA 5FTIA 4NF4A 3TDJA 4OHNA 5H8QA 2H9BA 1N7WA 4OZ9A 1MM7A 3FATA 4NTLA 4G68B 5CMBA 3K00A 3KSXA 4R6HA 1BP5A 1PB7A 1FCKA 2PT1A 3RN8A 4GLIA 4L17A 3IO4A 3PD8A 1XC1A 4PFWA 1T0KA 1QULA 3K6VA 3Q28A 4AQ4A 4YZZA 4FE8A 4LQ5A 2V3TA 3PUYE 5H8FB 4ECFA 3DELB 1SI1A 1H45A 2OWSA 3O6GA 1OVBA 1SW5A 1S9TA 3FD3A 1GVCA 2H5YA 2NOOA 3AXFA 2F7BA 3TCFA 4QF9A 4BDRA 2RCBA 1MDP1 1USYH 4NF5A 3K6WA 3EF7A 4GWOA 1QKBA 1M5BA 1FTOA 1LCFA 1LAGE 2ZYOA 4YMBA 1JEVA 3IB1A 4FIMA 3DM0A 3S9MC 1MY2A 1B1HA 4UA8A 4YKJA 3WAFA 2XD3A 4ZEIA 2ZNUA 1JETA 4G68C 1Y3NA 2X7QA 3B6WA 1TFDA 1LCTA 3ONMA 3GBAA 2F36A 3G3GA 3O6HA 2XX9A 4EF1A 4E0XA 4PE5B 2DOJA 4P0GA 3QUFA 5ICTA 1AL3A 1ZLQA 2XXYA 5AE4A 5DVIA 1SW1A 2ZYMA 2WKYA 3R6UA 4G2ZA 5L9MA 4HTGA 3N26A 3RPWA 1SI0A 2YJPA 4HCYA 4QRZA 3UN6A 1FQCA 3ECRA 3VV5A 3T9XB 3Q25A 3VLUA 4POWA 1EZPA 3E13X 4XXUA 1B0HA 4F29A 4TLMB 1NNTA 3O29A 4R72A 2R9JA 1D9VA 2X26A 4G77A 4GVOA 1XS5A 3H06B 3OO7A 1NH8A 1OIBA 3VFJA 4JWYA 5I2KB 2PBWA 1NNPA 2O1LA 1NL5A 3MVZA 3IJOB 3G3JA 4DXBA 5ITPA 4XIGQ 4R9FA 3TTLA 2XXRA 5CMMA 4ELQA 4O3AA 5TPAB 3O66A 1M5CA 4P11A 1FQBA 1URDA 3I5OA 5CI5A 4FEBA 4ESXA 2A5TA 2NVUB 2O6AA 1GGGA 3TTRA 2DYXA 1MY1A 1VR5A 3KBRA 3OO8A 3TTMA 1LBCA 3FVOA 3QSLA 2HXWA 1A8EA 3QAXA 3TPAA 1FTMA 1IITA 1UIUA 3MJNA 2NXOA 3FJ7A 3C32A 4LUBA 5TPAA 1YCJA 3K1NA 4YB5A 1ANFA 1DOTA 4BDMA 1RYXA 4M1VA 5DEXB 3HCQA 1UTBB 4TQUQ 4OYVA 1A54A 3MZ1A 4IY5A 3IORA 5I2NA 4LZ8A 1B40A 5A5XB 3N94A 1R6ZA 1N0TA 3PU5A 3O97A 1Y3QA 3CR9A 4TLLB 1WVJA 5BUUA 3N6UA 1JEUA 4C0RA 1SQYA 1P1OA 4GFRA 5K2YA 2OJTA 4G8MA 3B7DA 1MPBA 3CG1A 4YMAA 3KZGA 5A5XA 1LLSA 2AIXA 2QS4A 5I84A 1B05A 4KPTA 2RINA 4PQJA 1M5FA 4DCXA 3K1MA 1USYE 3PPRA 3VLVA 2YLNA 4YU0A 3S9LC 3FGSA 4IO2A 4XKRA 1ELJA 3O6IA 2V3QA 1LBBA 1R9LA 1CE2A 3PPPA 4F31B 3PV0E 4EXLA 1H44A 1PEBA 5CC2A 2XXXA 4YKPA 5TP9A 1SDXA 4H1XA 5AA4B 1AIVA 4OTEA 3V8XB 4GD5A 3W9VA 3IK6B 3T22A 4JSDA 1MPCA 1ZBMA 5HM4B 5J1DA 1B2HA 3MZ9A 1B52A 5F7VA 4BDNA 2Y7WA 4X1DA 4GQOA 4Q0CA 1VFDA 1H3DA 4KCDA 4EQ9A 5I59B 5AA4A 1UTHA 2G29A 1IZ1A 2X7PA 4ZZEA 4RK2A 1D3KA 2AL4A 4RA1A 3CSGA 4HS7A 2ANJA 4IGRA 4IGTA 1Y1ZA 2RC9A 2H98A 4OFLA 2Z8DA 2I4CA 2F35A 4AB5A 1MY3A 1B3GA 3FUZA 5ELVA 3SDFA 3TAJA 1LAXA 2Q89A 4QFKA 2V84A 3VLWA 1MQDA 1Q35A 2LAOA 4QSDA 3MP1A 2CMOA 3LSWA 1A7LA 3H3GA 1IIWA 4F22A 2E0SA 3JZJA 3RTWB 1Y4TA 3LSLA 4MH5A 4YB7A 4IB2A 3N5LA 3HV1A 3EN3A 3TQWA 3H7MA 3PPNA 4F3GA 2A5SA 4DXUA 3VE1B 4R75A 5DTBA 2GRVA 4DXCA 4OETA 3V83A 3QK6A 4H8JA 1XVXA 1P1UA 4F39A 4G8NA 3DP4A 2I6EA 3FV1A 3D4GA 4HCWA 3W15C 5EYFA 2RKMA 4ESWA 4G4PA 3G3KA 4G8HA 4PETA 4I8CA 1LFHA 1FTLA 3L6GA 3CFLA 5H8NB 2XX7A 1Y1MA 4QFOA 1B0LA 4OMBA 2DXYA 1B51A 3TZAA 2VD3A 5KDTB 3EQ1A 1RYOA 5BWJA 4BDQA 5ISUA 3KOTA 3OO9A 4QFPA 1LFIA 3KJ7A 4MLVA 4JB7A 4QFNA 2DE4A 3CFZA 2ONRA 5H8QB 3CI8A 2F6PA 3KN8A 1OVTA 2FYIA 1QVSA 4JXIA 1Z7NE 1HSJA 4OWDA 3ILUB 3HHFA 3B6TA 5AA1A 1GV8A 2D5WA 1ZIUA 1B4HA 2FA7A 4RYAA 5FTHA 3ZKLA 4E0WA 3FASA 4OEUA 4RPOA 1UQWA 1XVYA 1YTVA 2CZLA 1O7TA 4NWCA 1MY0A 1JW4A 1FQDA 1DMBA 1II5A 1Y3PA 3H4ZA 4HW8A 2F97A 4H5FA 2XX8A 1AMFA 1MXYA 1PBPA 3LUYA 3C33A 4NF5B 4Z0IA 2VHAA 3OXNA 2XXIA 1CB6A 1OLCA 3U1OA 5AA2B 4KD5A 3QYTA 3CG3A 3HO7A 1XHYA 3LR1A 4MLQA 1N7XA 2Q8JA 4GOTA 3H6UA 3TQLA 3K1PA 3UP9A 1ZKBA 4DCYA 4RK9A 2PX1A 3EHUA 1MM6A 1JQFA 1NH7A 2GHAA 2F8DA 3TCGA 4Q8RA 3THIA 5AA2A 4OVJA 1MG1A 1WDNA 4GL0A 3HHGA 1BLFA 4KFQA 5CBSA 4X1BA 3UGWA 2Z22A 2ZNSA 3CFXA 3LC8A 4ZECA 3HN0A 5ITOA 2OWTA 3R26A 2B3FA 2R71A 2NUVA 3O2AA 5EHMA 4OERA 2E1SA 3PGFA 3M3LA 4U2RA 1B3HA 2I3WA 3E4RA 3K4UA 2XXTA 4WXJA 2DE3A 2XXPA 4ZDMA 2NWJA 4Q30B 3K6UA 4NF8A 4BDLA 2HCAA 4WEPA 3FVKA 2FNCA 4GRKA 4LVQA 2DS9A 5LOMA 3P7IA 4PFUA 4LONB 1LAHE 4F3BA 1RKMA 4R74A 5L9SA 3DP6A 4R6YA 1YPNA 4ELPA 3T9HB 1MH4A 2OBGA 2A5TB 2F78A 3QXMA 3BFUA 3IB0A 3OOAA 1PC3A 3FV2A 1FTKA 4JDFA 1O63A 1ZMGA 3TODA 2YPNA 1JVXA 1TT1A 4MBPA 3K0VA 1QUKA 3IB2A 3T93B 1P1QA 1D9YA 3SEXA 3V89B 4IO7A 4H8IA 3IAZA 3PD9A 3OEMA 3FVGA 4F3SA 4GL8A 5I2NB 1BKAA 5HPQA 2XXVA 2QS1A 1PB9A 4KQPA 3FJGA 3VDFA 3C31A 4OEVA 4ZEBA 4PP0A 5ICQA 4KI0E 2Z8FA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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