2HZLA

Crystal structures of a sodium-alpha-keto acid binding subunit from a trap transporter in its closed forms
Total Genus 124
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
124
sequence length
334
structure length
334
Chain Sequence
VTWRLASSFPKSLDTIFGGAEVLSKMLSEATDGNFQIQVFSAGELVPGLQAADAVTEGTVECCHTVGYYYWGKDPTFALAAAVPFSLSARGINAWHYHGGGIDLYNEFLSQHNIVAFPGGNTGVQMGGWFRREINTVADMQGLKMRVGGFAGKVMERLGVVPQQIAGGDIYPALEKGTIDATEWVGPYDDEKLGFFKVAPYYYYPGWWEGGPTVHFMFNKSAYEGLTPTYQSLLRTACHAADANMLQLYDWKNPTAIKSLVAQGTQLRPFSPEILQACFEAANEVYAEMEASNPAFKKIWDSIKAFRSEHYTWAQIAEYNYDTFMMVQQNAGKL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ligand binding, transport protein
source organism Rhodobacter sphaeroides 2.4.1
publication title Crystal structures of an Extracytoplasmic Solute Receptor from a TRAP transporter in its open and closed forms reveal a helix-swapped dimer requiring a cation for alpha-keto acid binding.
pubmed doi rcsb
molecule keywords TRAP-T family sorbitol/mannitol transporter, periplasmic bin
total genus 124
structure length 334
sequence length 334
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-08-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03480 DctP Bacterial extracellular solute-binding protein, family 7
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2hzlA02
3.40.190.170 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 2hzlA01
3BFTA 4KYDA 2XXVA 3MJNA 2M8CA 1MXVA 2F5XA 5ITOA 1UTBB 4BDRA 4P56A 4QF9A 2RINA 4H6DA 1NNPA 3LR1A 3SESA 4MNCA 4YAHX 2DXYA 4C1TA 2XXRA 4F2OA 1GV8A 3MBPA 4LA9A 1QUIA 3DP6A 3UORA 3E4RA 5AA2B 1B40A 4YKPA 4U4SA 1DMBA 2REGA 1MY3A 4KCCA 4R2BA 3VVFA 1OVBA 2VP1A 2XXTA 4FAJA 1MM7A 3D4GA 3FIRA 4XF5A 3CFXA 2PT2A 3KN8A 3IB2A 1I6QA 2X26A 4NF6B 4F1UA 3KBRA 4R72A 1ELJA 1B05A 1FQCA 3QUFA 3PMWA 4QFNA 4EQ7A 2XD2A 4QRZA 3OMBA 4NF8B 2NWJA 1LB8A 4H0WA 5TPAA 1ZMGA 1QUKA 3CSBA 1XS5A 2PBWA 5AA4B 2HEUA 1A99A 3O28A 3RN8A 4RPNA 2G93A 3A09A 3U8QA 3T9HB 5B70A 1MPCA 4NGUA 3LSXA 4OANA 5H8FB 1FQEA 3K0VA 2ZZVA 4G68C 4G8HA 3RNNA 1B7ZA 2XWOA 3MZ1A 2CMOA 3FVNA 5LTCA 2DOJA 4KHZE 4R6KA 5CMMA 2Y7RA 1O64A 2P1SA 3CIJA 2Q89A 1A7LA 4WEPA 2HQ0A 4JWYA 4YB6A 3U93A 4PAKA 2QPQA 4IO7A 4FEBA 4NG7A 4XEQA 3PD9A 2HPGA 4RK2A 4NE4A 2FYIA 1N76A 3M3KA 1PBQA 1Y4TA 3G3KA 2HZKA 1ZIUA 4XKQA 1IZ1A 4BDQA 2ANJA 1JVYA 1EU8A 3QIMA 4MLVA 4G4PA 2UVIA 1JW4A 1N04A 3FXBA 1LAFE 2RCBA 2VD3A 1B9JA 4F19A 3C35A 2NUVA 1MM6A 4FECA 3SKPA 3PUXE 5EHMA 1FQAA 4GXAA 4ESWA 3TQWA 4GLIA 3FZVA 4EDPA 4EQBA 1LBBA 2I3WA 2IA4A 2WX9A 1B1HA 5K2XA 5CRYA 2QS2A 2XXHA 4FEDA 4OA4A 1H44A 2ONKE 3BFUA 2AYSA 3K6VA 3TTMA 1DTGA 3T22A 2VOZA 1FTOA 3PV0E 1P1QA 3GBAA 1AOVA 2PX1A 1B3HA 4R9GA 2ZYKA 4NF5A 4OYVA 2F6GA 2Y7KA 3CI8A 3I6VA 1S9TA 2YJPA 3PPNA 1OLAA 3EF7A 4R6HA 4GRKA 3GXAA 1LFGA 1UTHA 1EZOA 3KZGA 5H8NB 2XA5A 2ZYOA 1Q35A 4P0GA 3K6XA 3IOVA 3HSTA 4N8GA 4RA1A 2XHDA 2VPNA 5TP9B 5ISUA 1JW1A 1MY0A 3SERA 2Z22A 5TU0A 3EHUA 1PB9A 4FATA 1P99A 1NNTA 3TTNA 4BDMA 4EXLA 3CRBA 4JXIA 3I3VA 4O8MA 4ELQA 3S9MC 2WYPA 1MDQA 1FQDA 1URGA 3M8UA 4OQOA 1MY2A 1BLFA 2OLBA 4UACA 4IB2A 2F7CA 4OVPA 2VD2A 2XXXA 4OEVA 1ZJLA 3THIA 3S9EA 1SYIA 1Y3NA 5I56B 3RTFB 3V89B 1NNFA 1SQYA 4OFJA 5JTYA 1VR5A 4PFWA 4QFLA 3G3JA 4O3BA 1NKXA 3ZSFA 4LQ5A 3CG1A 1LAHE 1S7YA 2X7QA 2Q88A 4N15A 4JWXA 3MVYA 2ZYMA 2XXPA 3GYYA 2O1MA 3OO7A 2QSXA 5CI5A 3MPKA 3IJXB 1FTMA 4GFRA 3CG3A 1A54A 3LBSA 3IOUA 3RT8A 4RJZA 2DSFA 3VXCA 3USDA 4ZEIA 4N07A 4O7MA 1JVXA 4F3SA 1B32A 4YKJA 4DXUA 3V5AA 4ESXA 3IL1B 3EHSA 1M5EA 1GGGA 2E0SA 3O2AA 4OMBA 5IKBA 5ICQA 2DE4A 5H8SA 3JYRA 4NN3A 1DTZA 1Y1MA 3E3KA 2GFEA 2YLNA 4N13A 1PB7A 3MVWA 4GXSB 4XKNA 1NH8A 1B2HA 2F7BA 3AXFA 1IITA 2OZZA 4OTEA 1UQWA 1NMUA 2X7PA 4QFPA 1B7UA 4DIGA 4NWCA 3KG2A 3SETA 1LAGE 1Y9UA 3SEUA 5CMCA 3RGYA 2NOOA 5ELVA 3JV9A 4LZ7A 3FV2A 4X9TA 4PF8A 1TWYA 3DLNA 5FTIA 3UGWA 4R2FA 5L9OA 3H6UA 2WKYA 3LSLA 3IX1A 3QXMA 3O29A 3KN7A 3HPIA 4GOTA 3OEMA 4HCWA 2I4BA 2PMSA 4NF4A 4OEUA 3K6WA 1N7XA 2DE2A 3N5LA 4WEDA 2UVJA 4X04A 4IO3A 4F39A 2Y7WA 3ZKKA 4PAFA 1OVTA 4NWDA 4DCYA 2V25A 1MPDA 5I57A 5EHSA 4R6YA 1PB8A 4X48A 4ZECA 2XXIA 3TTRA 4P9KA 2I0CA 3GLBA 5IZZA 2F7AA 1OQHA 1QUJA 3OO8A 4LQ2A 3MW0A 5EYFA 4IGTA 2ESNA 1AL3A 3R7XA 4NMYA 4G2ZA 3FJ7A 4TOZA 3H6VA 3S9NC 1H3DA 4FJPA 3UIFA 4OHNA 1B4ZA 4EXKA 3Q28A 4KYEA 3PPOA 4YB7A 2V4CA 3MZBA 3CSGA 1WODA 3QAXA 5F1QA 1MQDA 4YB5A 3LUYA 5LOMA 2XXUA 3TFLA 4OVQA 3PD8A 3UA8A 2GHBA 3KN3A 3TCGA 2O7UA 3G7WA 4PQJA 2A5SA 3FVKA 3U1OA 2R9JA 2FA7A 3IOTA 3V83A 3KOSA 3M3FA 2I48A 4N6PA 4DCXA 4P11A 2QJEA 3B50A 3UP9A 1WDNA 3K1PA 4TLMB 4I62A 4R75A 3RLFE 1B52A 1R6ZA 3S4UA 3PMXA 4IO4A 1OLCA 4BDNA 5M2VA 4DI3D 1XVXA 1OQGA 3U94A 3H6WA 2VHAA 4GWOA 1P1UA 3C9HA 4WKMA 2RCAA 1MH3A 2DQVA 3MPLA 3A3UA 4MHFA 1POY1 5I2KB 4UA8A 2PT1A 4N4UA 1IEJA 4DZ1A 1XT8A 3VXBA 4G8NA 1FQBA 1Z7NE 4JDFA 3QSLA 3C34A 3FJMA 3UK4A 4N91A 1MRPA 4X1DA 2RF1A 2I3VA 3DM0A 4AQ4A 1I6AA 5AA1A 2ZZXA 1LFIA 4ZE8A 1XOCA 3MP6A 4E0XA 1AIVA 2R71A 4MMPA 1Y3PA 2DWHA 4GVOA 5J1DA 3TCFA 3KOTA 4RY1A 1LLSA 4ZS9A 2KLFA 4GQOA 4QSCA 1IQ7A 1TFDA 1B0LA 4N6KA 2O51A 4OFLA 1EZ9A 5KCJA 3MZ9A 1KWHA 3FJGA 2PYYA 4Q5TA 3KJTA 4U1OA 2NXOA 4QSDA 1A55A 1D4NA 2I58A 3OENA 4EQ9A 3VVDA 1URSA 3ZS6A 1MPBA 4MEVA 3TQLA 3DP4A 1M5CA 1N7WA 2F6PA 1LB9A 4BDOA 3E13X 3DELB 2QMXA 5DEXA 3MC2A 4ELPA 4GIZA 3G3IA 4N17A 3ONMA 3BKIB 2IEEA 1BIYA 1BKAA 4OZ9A 5I2NB 3M3LA 4ZZEA 1P1OA 1B5JA 4PBQA 3V8XB 1Y4CA 5I59A 5IAIA 3B6WA 3U65A 2DYXA 3WAEA 3T66A 4P1LA 3R26A 4NX1A 4FORA 4PFIA 4X8RA 4FIMA 4YKIA 3C31A 1SYHA 3PPQA 2G29A 2DWIA 1QKAA 5JK4A 5I7IA 1IIWA 3SEXA 4XTCQ 2QS4A 1B0HA 5I84A 1IXGA 4BDLA 2D3IA 5DT6A 4THIA 4OXVA 5H8HA 2OCUA 4MFIA 3FXQA 4H65A 1SW4A 4JB7A 4MF3A 4LUBA 4G68A 2P0SA 4YICA 1PC3A 5H8QA 3KJ7A 3KFMA 4RYAA 4NEDA 4DI4B 2CZLA 5A5XA 1JNFA 1BP5A 3H4ZA 3MUQA 3Q26A 2UVGA 4U23A 3TPAA 3FGSA 2F34A 4QHQA 3B6TA 4PGNA 3FV1A 1DOTA 1POTA 5TPAB 2QS1A 4LN5A 3C4MA 4H1XA 4P3LA 1JW5A 2ABHA 3MVZA 1NH7A 4KI0E 4X1BA 4I9DA 4U22A 3WAFA 1BTJA 2A5TA 4GD5A 4YMAA 3PGFA 2B3FA 1Y20A 1ZTYA 4LZ8A 5AE4A 4P8BA 3O6HA 1YAEA 4Q30B 3KEIA 1P1WA 3VLWA 3T9VA 2HZLA 3IK6B 3PUVE 4L17A 1PDAA 2ZXTA 3GBBA 4O94A 3K1MA 5JEIA 5KDTA 5L9SA 4EF1A 2I0BA 2XXQA 1JETA 4H8IA 1OMPA 4YZZA 2PVUA 4KPTA 1B46A 1ZBMA 4WXJA 1DSNA 4N6DA 4YKKA 1R9LA 4KCDA 1A8FA 3TAJA 1NFTA 3IORA 2V3UA 1UTBA 2O1LA 1QJMA 3N94A 3H06B 1LCTA 4U21A 1LGBC 3BBRA 4U4XA 3MVXA 3SEWA 1RYOA 3FXUA 2D21A 3K02A 1UIUA 2CEXA 4OWDA 3IO4A 4F22A 3OSRA 1Q1KA 2XXKA 1B3GA 4TLLB 5AA2A 4QFOA 3VDFA 2HAUA 4MH5A 3TEPA 3VLUA 3T96B 4F1VA 2ONSA 1B4HA 5HPQA 2F97A 3H6TA 1N3XA 3MWBA 4LVQA 2O7IA 1H43A 3HO7A 2ALUA 4NF6A 3C32A 4LATA 4NF5B 1USYH 2ZYNA 2DVZA 2WYKA 3KSXA 4LP2B 4ZEDA 4POXA 3O6GA 2W7YA 2XWKA 4H8JA 4NHBA 2DWAA 2DWJA 2I6EA 3B6QA 3IO6A 1QKBA 4NF8A 5DTBA 1VFEA 1UTHB 4YU0A 2AIXA 5AA4A 4Z0IA 2V3QA 1XHYA 3FVOA 3W9WA 3EHTA 4H67A 2DS9A 4XXUA 2CEYA 4EUOA 1HSEA 1SBPA 4G68B 1AH5A 3TKDA 5H8FA 3FASA 4F29A 3TTLA 1F9BA 1TXFA 4ZEKA 1TFAA 1D3KA 3OO9A 4OVJA 1RYXA 4HS7A 4PETA 4F3BA 2VGQA 1SI1A 2O84X 2Z23A 3G3FA 1SW1A 1CB6A 3LC8A 1N3WA 3RUMA 2BJJX 4PBHA 1EZPA 3TTKA 1MXXA 3K00A 4XKPA 2UXAA 3UN6A 1II5A 3FATA 4RK9A 3E9XA 4ND9A 4OETA 3W9VA 2LAOA 4BLAA 5JTYB 3FD3A 4NF0A 4XFEA 4KYSA 3P7IA 3K4UA 1B58A 5IGAA 3K1NA 2ZMBA 1JQFA 1M5BA 4IO6A 3Q25A 1MQHA 4EF2A 5B7DA 5K2YA 1ANFA 5DVIA 4I1DA 2I4CA 1FTKA 3VVEA 3G3GA 2D5WA 1Y3QA 3TELA 4AB5A 2DXRA 4E0WA 1SVXB 4KQPA 4O3CA 1R1NA 2QRYA 1M5DA 4HTGA 3TUSA 4ZEFA 1D9VA 4U1ZA 2ONRA 3FUZA 2Q8JA 4Q8RA 4PFYA 2Z8FA 1GVCA 2Y7PA 3HV1A 4JSOA 4TQUQ 3TODA 1UIVA 2OJTA 2XX7A 3B7DA 1XVYA 2V93A 1B3FA 3D4CA 5CM6A 4MIJA 1IXIA 5F7VA 2QL3A 3SEVA 2FNCA 3PMVA 4RXLA 1GR2A 1DPPA 1USYE 5H8NA 4C1UA 2UYFA 3TDJA 3PUWE 4F3PA 1JEVA 4Z7EA 3RY3A 3CR9A 3IR1A 5TP9A 4NTLA 4MNIA 5CMKA 4GL0A 3FVGA 1B7HA 3VFJA 4UABA 3IJOB 3LSFB 5IM2A 4GL8A 3SEYA 3EQ1A 5DVFA 4F1YA 1H45A 1MG1A 3VV5A 1I69A 3O66A 1PBPA 3PUYE 2OK2A 5I58A 4XIGQ 5AA2D 4NF4B 1RKMA 4OVTA 4PDHA 5CC2A 4PF6A 1N0TA 3TYHA 5I56A 5L9MA 4PGPA 5FHMA 3N6UA 3ILUB 5I57B 2XWIA 4DXBA 1Y1ZA 1B3LA 3H7MA 1QW0A 4QSEA 2Q9TA 4JBZA 3KSJA 4N8YA 3FXRA 4KR5A 2DVCA 1SD3A 3O97A 3OELA 2H9BA 1VE4A 1MDP1 4ISUA 2YPNA 4DE8A 4MNPA 1HSLA 4G8MA 4DDDA 4LONB 5DVJA 1B5HA 3HHFA 3VE1B 1Z7ME 3DP8A 2V3TA 1T0KA 4H5GA 3ECRA 2HXWA 3MP8A 3T9UA 1QVSA 2Y84A 3VLVA 1DPEA 4PE5B 4HCYA 4RNSA 4GF8A 5DYHA 4PFRA 2E1SA 3I5OA 1O63A 1IUDA 5CBSA 2RC9A 2Z8DA 3N26A 4DLDA 1HSJA 2OWSA 4PE3A 2H25A 1R9QA 3TZAA 2XX9A 2F78A 2Q2AA 3KGCA 4LZ5A 1LFHA 4R9FA 4PFTA 2H4IA 3F11A 4PFUA 2PFZA 4NAPA 2V84A 2F8DA 3ODBA 2THIA 4G77A 4IY5A 1NNKA 2Z8EA 4K3FA 3OSQA 1B51A 5FHOA 3HCQA 2XXWA 4PP0A 3ILTB 4IY6A 2RC8A 1A40A 3Q29A 1MS7A 2NVUB 2OWTA 4MBPA 2O6AA 1FQFA 2DE3A 3QK6A 1AMFA 4MCOA 3MQ9A 3IB1A 4XKRA 5KZTA 4OERA 3Q27A 1YTVA 1I6BA 4OVRA 3C36A 1D9YA 2HFBA 3H3GA 3CFZA 5HBCA 2QS3A 1FCKA 3IB0A 2QMWA 4R74A 2ZNTA 1ZU0A 1NL5A 1SW5A 5L8DA 1ZLQA 3IAZA 1MQIA 1TT1A 3RQTA 3PU5A 4JSDA 2XX8A 3A3CA 1J1NA 3IOWA 5I58B 5BUUA 4KD5A 4ZDMA 2VPOA 3JZJA 2F36A 4OESA 3S2VA 4ZEBA 4F31B 3RPWA 1XC1A 4IO5A 2HAVA 3CFLA 1M5FA 3T9XB 1SI0A 4I8CA 2XWVA 4OVSA 1OIBA 5KCJB 3TMGA 3SDFA 3N6TA 1FTLA 3EPEA 4U2RA 2Q2CA 2REJA 5I5PA 3EN3A 1P1NA 1B3EA 3O9PA 4ONYA 4MAGA 3OXNA 1L5TA 5FHNA 5ITPA 4PC9A 4HW8A 3U92A 4AB6A 4JWOA 2Y7IA 1MXUA 4ELOA 1MXZA 3G3HA 4FE8A 2ZNUA 1JEUA 2RKMA 3CVGA 1MY4A 2R6GE 4MLQA 4NQ8A 3ZKLA 4RPOA 1YPNA 2AL4A 5DEXB 4IGRA 1GTKA 4IO2A 2RC7A 1VSOA 1CE2A 2GH9A 4KFQA 1MXYA 5ICTA 3MAMA 5I2KA 1WVJA 1O7TA 4POWA 2I49A 4OENA 3K01A 5I59B 2PFYA 3MP1A 1H76A 4PFBA 1B5IA 3W15C 4MX6A 4PDDA 1SW2A 2F35A 2H99A 1LBCA 2UVHA 3R6UA 1MXWA 5BWJA 1QULA 2UYEA 4P1EA 2GRVA 5FTHA 2GHAA 5HM4B 3PPPA 5H8HB 4F3GA 1MQJA 1US5A 1ATGA 1MY1A 3S9LC 3TCHA 2O69A 4ECFA 5H8QB 4QFKA 3K2DA 4ZE9A 2H5YA 1B6HA 5A5XB 4O3AA 2DP8A 1VFDA 1US4A 3PUZE 2B65A 2XXYA 3QYTA 5AA3A 1LCFA 4PAIA 1URDA 3K6UA 3QUJA 4H5FA 4F2QA 4OFOA 3HN0A 3O6IA 1YCJA 4F18A 2AL5A 3RTWB 4P47A 3U72A 5CMBA 1B1XA 4P0IA 3T93B 3GZGA 2ZNSA 2B3BA 4M1VA 4M4GA 2A5TB 1ZKBA 3L6GA 1LSTA 3LSWA 3OOAA 2ZZWA 4ZZAA 1EH3A 1PEBA 1N84A 1MQGA 4PCDA 4DXCA 4R73A 2HCAA 2XD3A 3OD7A 3L6HA 5CBRA 3OO6A 1A8EA 3OEKA 3HHGA 3RT6B 1FTJA 2P2AA 4C0RA 1IXHA 2H98A 1LAXA 2O68A 4YMBA 5I2NA 5KDTB 1IXCA 2OBGA 3C33A 3H03A 1SDXA 4Q0CA 1MH4A 4ELRA 3PPRA 1FW0A 1S50A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3BFT A;  4KYD A;  2XXV A;  3MJN A;  2M8C A;  1IMF A;  1MXV A;  2F5X A;  5ITO A;  1LBX A;  1UTB B;  4BDR A;  4P56 A;  4QF9 A;  2RIN A;  4H6D A;  1NNP A;  3LR1 A;  1FBC A;  3SES A;  4MNC A;  4YAH X;  2DXY A;  4C1T A;  2XXR A;  4F2O A;  1GV8 A;  3MBP A;  4LA9 A;  1QUI A;  3FBP A;  3DP6 A;  3UOR A;  3E4R A;  5AA2 B;  1B40 A;  4YKP A;  4U4S A;  1FTA A;  1DMB A;  2REG A;  1MY3 A;  4KCC A;  4R2B A;  3VVF A;  1OVB A;  2VP1 A;  2XXT A;  4FAJ A;  1MM7 A;  3D4G A;  3FIR A;  4XF5 A;  3CFX A;  2PT2 A;  3KN8 A;  3IB2 A;  1I6Q A;  2X26 A;  4NF6 B;  4F1U A;  3KBR A;  4R72 A;  1ELJ A;  1B05 A;  1FQC A;  3QUF A;  3PMW A;  4QFN A;  4EQ7 A;  2XD2 A;  4QRZ A;  3OMB A;  4NF8 B;  2NWJ A;  1LB8 A;  4H0W A;  5TPA A;  2FHY A;  1QUK A;  1ZMG A;  1LBY A;  3CSB A;  1XS5 A;  2PBW A;  5AA4 B;  2HEU A;  1A99 A;  3O28 A;  3RN8 A;  1YXI A;  4RPN A;  4GWZ A;  2G93 A;  3A09 A;  3U8Q A;  3T9H B;  5B70 A;  1MPC A;  4NGU A;  3LSX A;  4OAN A;  1FPB A;  1FQE A;  5H8F B;  3K0V A;  2ZZV A;  5F24 A;  4G68 C;  4G8H A;  3IFA A;  3RNN A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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