2HZLA

Crystal structures of a sodium-alpha-keto acid binding subunit from a trap transporter in its closed forms
Total Genus 124
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
124
sequence length
334
structure length
334
Chain Sequence
VTWRLASSFPKSLDTIFGGAEVLSKMLSEATDGNFQIQVFSAGELVPGLQAADAVTEGTVECCHTVGYYYWGKDPTFALAAAVPFSLSARGINAWHYHGGGIDLYNEFLSQHNIVAFPGGNTGVQMGGWFRREINTVADMQGLKMRVGGFAGKVMERLGVVPQQIAGGDIYPALEKGTIDATEWVGPYDDEKLGFFKVAPYYYYPGWWEGGPTVHFMFNKSAYEGLTPTYQSLLRTACHAADANMLQLYDWKNPTAIKSLVAQGTQLRPFSPEILQACFEAANEVYAEMEASNPAFKKIWDSIKAFRSEHYTWAQIAEYNYDTFMMVQQNAGKL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords TRAP-T family sorbitol/mannitol transporter, periplasmic bin
publication title Crystal structures of an Extracytoplasmic Solute Receptor from a TRAP transporter in its open and closed forms reveal a helix-swapped dimer requiring a cation for alpha-keto acid binding.
pubmed doi rcsb
source organism Rhodobacter sphaeroides 2.4.1
molecule tags Ligand binding, transport protein
total genus 124
structure length 334
sequence length 334
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-08-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03480 DctP Bacterial extracellular solute-binding protein, family 7
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2hzlA02
3.40.190.170 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 2hzlA01
4O7MA 1B5IA 4ELPA 3G3KA 5ITOA 3FVOA 4LP2B 2DP8A 1ZKBA 1QVSA 1D3KA 4RK2A 1N3WA 3KSXA 5JEIA 1F9BA 4KD5A 4BLAA 2I6EA 3Q25A 3M3LA 3T9XB 1N76A 1XS5A 4DZ1A 2QRYA 1BKAA 3H6TA 4R9GA 5DVJA 1BLFA 2Z8FA 4PE5B 1LFHA 1B7HA 1N0TA 3TTNA 3TFLA 5LOMA 2F7CA 3UORA 5K2YA 1LB9A 4R72A 4NE4A 4EXKA 3FVNA 4GFRA 2I3VA 4OMBA 4WXJA 2DXYA 1IEJA 4NF6A 1NNTA 1MQDA 3K6UA 1IXCA 4MIJA 1RYOA 2Z8EA 4KI0E 1TFAA 4PFUA 4ZEKA 3RNNA 1A8EA 4GIZA 3FGSA 4EUOA 3SDFA 1YTVA 3OSRA 2HAVA 5I7IA 3HPIA 2P2AA 4F39A 2P1SA 1LSTA 2PT1A 3PUXE 3B6QA 3KN8A 5DVIA 4DDDA 3RLFE 5IZZA 1JEVA 3K1MA 4N15A 3FVGA 1O63A 3PUYE 3EHTA 4I9DA 3SETA 3I6VA 3KEIA 4RPOA 4P3LA 1MH3A 4NF6B 3IO6A 3FVKA 3A09A 1P1NA 3LSWA 1BTJA 1LLSA 1MXXA 1GV8A 2ONRA 3MPKA 4R6YA 3U72A 3ZKKA 4R75A 1B5JA 3THIA 4IO4A 3T9VA 4XKRA 4DI4B 1DPEA 4MLVA 2F5XA 3MP1A 2O84X 4RJZA 1Y1MA 4PFTA 3PPNA 3PMVA 1MH4A 4PF6A 3TTRA 3G3IA 1Y3QA 1Z7ME 3FV1A 1A99A 3F11A 4ESWA 4G68A 3RTFB 3G3FA 3C34A 4NN3A 1H76A 2PYYA 4PBQA 3IK6B 3UA8A 5KCJA 4C1UA 4OESA 5K2XA 4IGRA 3B6WA 1B3GA 2VPNA 2H98A 3FIRA 2XXPA 1O7TA 3CG3A 2E1SA 3TYHA 4KPTA 3MJNA 3T9UA 4YMBA 4P56A 4PBHA 1MY0A 3SEUA 4EQBA 3ONMA 1B4HA 4F18A 3MBPA 4G68B 4ND9A 3C35A 3CR9A 3PUWE 1FTMA 2PBWA 4FEDA 3SEVA 3H7MA 2H5YA 3M8UA 1QULA 4F1UA 1QUIA 2IEEA 2RC9A 4F31B 2ESNA 4BDNA 4DCXA 4XFEA 5CC2A 2DYXA 4RA1A 4IO2A 3OO6A 2CZLA 4POXA 4JWYA 3VLVA 4I1DA 4ZDMA 3H6WA 2E0SA 4R6KA 1B3FA 4O3CA 4OETA 1JVXA 3O28A 1VSOA 4YKJA 4FORA 3R6UA 2Q9TA 3KOTA 3HO7A 1T0KA 3R26A 3EPEA 2RC7A 1Y4CA 4BDRA 2UVGA 5CI5A 5DT6A 4KCDA 3TAJA 2Y7RA 5L9MA 3I3VA 4G8HA 5I59B 2OWSA 3MVWA 2DWHA 3O6GA 2O69A 3IR1A 2XWKA 2QSXA 2YJPA 1AOVA 4JB7A 4EXLA 1CB6A 1B3EA 2DWAA 2UYFA 3S4UA 4HTGA 4PAFA 4DXUA 4NF0A 1Y3NA 1XOCA 2XHDA 5TP9A 3BKIB 3N26A 3CFXA 1B40A 2XA5A 1M5FA 3P7IA 4NF4A 3FZVA 3H6UA 2O7UA 3PV0E 3IB0A 1SW2A 4DE8A 4IY6A 1SDXA 3TKDA 2V25A 5IGAA 2Y7IA 3CRBA 2P0SA 4KR5A 3EN3A 4X8RA 1MY2A 5M2VA 2WYKA 1ZLQA 3MZBA 2WX9A 3SEXA 1QUKA 2UYEA 1D4NA 5ICQA 4MCOA 1P1WA 5H8HA 2B3FA 3Q28A 1PBPA 4IO6A 1IIWA 3MZ9A 2HCAA 3MPLA 4I8CA 1GR2A 4NF4B 2G93A 3H03A 3U8QA 1FQFA 4X9TA 3IO4A 3Q27A 4KYDA 4Q0CA 4KCCA 4XEQA 1PEBA 1NNFA 1S7YA 5HBCA 2I3WA 4FIMA 1VFEA 3RPWA 5JTYA 3QXMA 1B3LA 4OQOA 1RKMA 1OLAA 1P1QA 1IITA 2GRVA 4NWDA 2R6GE 1OQHA 5I58A 3CIJA 4P1EA 1EZPA 4PAIA 2REJA 4ZEIA 2H9BA 2XD3A 3V89B 1N7WA 1QUJA 2QJEA 3VDFA 4OFJA 4MMPA 2ONSA 4G4PA 1GTKA 5I56A 3O9PA 4YKIA 3PUVE 2XXWA 4BDMA 2PFZA 3T22A 1LAGE 5H8FB 1XVXA 2F36A 1SYHA 5TU0A 4LQ2A 4EF1A 2CMOA 4OENA 2HEUA 1JETA 1XVYA 3OSQA 3CFZA 1LFIA 5I58B 3CFLA 1M5BA 1UQWA 1P1UA 3OD7A 5F1QA 3IL1B 4H8JA 1JQFA 3C33A 3TEPA 2ZZWA 3Q26A 5I56B 3VV5A 3FJGA 3OO8A 1Y1ZA 2OJTA 3PPRA 1BIYA 3E4RA 3MQ9A 4OTEA 2F97A 5I5PA 4OVPA 4MH5A 1B58A 2OWTA 4C0RA 3EQ1A 4MBPA 1LCTA 3H6VA 3HN0A 4P1LA 2THIA 2OCUA 3TTKA 3MC2A 1B0HA 4C1TA 2XXRA 4O94A 4H65A 4F1YA 4GWOA 1SBPA 4ZE8A 1S50A 1ZMGA 4GD5A 3E9XA 3KN7A 3PPOA 5I84A 3GBBA 3OEMA 3OO7A 2RCAA 3B50A 1VE4A 4GQOA 2XWIA 1B7ZA 2PX1A 4HCWA 4JWXA 2R71A 3ECRA 2D5WA 3HCQA 3UN6A 2ALUA 4O3AA 4EF2A 3TPAA 3LSLA 2H99A 4U21A 4XIGQ 4QFLA 2QPQA 2XXQA 3TMGA 1N84A 3K01A 4YAHX 1MS7A 3WAFA 1AIVA 1MQJA 3R7XA 2XXYA 4N8GA 1URSA 4OANA 4Z7EA 1B05A 1FQDA 3VXCA 3LR1A 4NQ8A 4BDQA 5IKBA 2V3QA 1MRPA 3K6XA 2VPOA 4N91A 3VVEA 2DVCA 1A8FA 4OHNA 5CMCA 1IQ7A 3IORA 3DM0A 4YU0A 2ZZVA 4OA4A 4FAJA 2DSFA 2XXVA 1ZJLA 1AMFA 4O3BA 4ZZAA 2DS9A 3RGYA 2O1LA 4QSDA 5AA4A 4QFKA 3DP6A 3TUSA 5J1DA 5AE4A 4OEUA 4MNCA 4LONB 1P1OA 2Q88A 1B46A 4QSCA 4DIGA 1MXUA 5AA2A 3E13X 2QL3A 1FTLA 4UA8A 1XC1A 4PDDA 3SKPA 3MUQA 3MVYA 1GGGA 1MM6A 3HHGA 2ZZXA 4E0WA 1N7XA 1MDP1 1SYIA 4PF8A 4QSEA 1ZBMA 3IJXB 1MXZA 3RT6B 1DPPA 1SVXB 4MLQA 2O51A 5CMKA 2F7BA 5AA4B 4U4XA 4F22A 2F35A 2FNCA 4ELOA 1BP5A 1P99A 3KJTA 3T66A 2AYSA 3MVXA 1NKXA 1N04A 1US5A 2WKYA 2OZZA 4RXLA 5AA2B 1QKBA 3IX1A 2NOOA 4X48A 1Q35A 3DP8A 4H5FA 4M1VA 2RKMA 2PFYA 4NTLA 1YAEA 1WODA 2Y84A 3GXAA 1MY3A 5EHMA 4YICA 3N5LA 2QS1A 3FATA 3CG1A 1TFDA 2HPGA 5LTCA 4GL8A 3U94A 4N8YA 4P0GA 1UTHA 1MQHA 2FA7A 3K2DA 4P47A 2O7IA 1IXIA 1I69A 3KZGA 4H8IA 3QAXA 1PC3A 1NMUA 4POWA 1TWYA 4AQ4A 4EQ7A 4KQPA 1B52A 3ODBA 5AA3A 1MXWA 2Y7KA 2ZNTA 3VFJA 1EH3A 5IM2A 2H25A 2OBGA 3TQWA 4KYSA 3TCGA 1R1NA 3CVGA 4YB7A 2ZYMA 1B1XA 2F8DA 1UTHB 4EQ9A 2IA4A 1VFDA 2ANJA 1NNKA 5HM4B 2H4IA 5I59A 3S2VA 1ATGA 3W9WA 4QRZA 2ZNUA 2CEYA 3VVFA 5FHNA 1WVJA 5I2KB 4DXCA 1LAXA 5H8SA 4OVSA 4DLDA 5L9SA 2NXOA 3OENA 3MWBA 3MAMA 2HFBA 5I2NB 2Y7PA 4Q5TA 4FEBA 1J1NA 2QMWA 3EF7A 4MX6A 4NAPA 2ZYNA 3OELA 1PBQA 3RTWB 3GZGA 4ZZEA 1NH8A 5CM6A 2XWVA 3K1NA 3K6VA 2XXKA 3BFTA 2G29A 1MDQA 3GLBA 3UK4A 1R9LA 1R6ZA 5KDTA 3TCHA 4G2ZA 4PFYA 4IY5A 1LGBC 2XXXA 2AL5A 4Z0IA 4E0XA 2LAOA 3FD3A 1JW1A 3KFMA 4YKKA 5H8NA 4TLLB 4PAKA 4GVOA 1Q1KA 4ISUA 1IXGA 1KWHA 2V93A 1UIVA 2ZYKA 4HCYA 2V3UA 3IOTA 5ITPA 2OK2A 3K00A 2WYPA 4NEDA 5KDTB 4ZE9A 4PDHA 4RK9A 3TDJA 3CSGA 1JVYA 5TPAB 4ESXA 3G3GA 2V4CA 1L5TA 1PB9A 1A40A 4OERA 2Z23A 4IO7A 5H8NB 2Q2CA 1DTZA 1PDAA 1D9VA 1I6QA 4F3BA 4PC9A 2Z22A 4NF8A 2HZKA 3IOUA 1HSLA 4GL0A 1FTOA 4DCYA 3SESA 3CSBA 3PMXA 5H8FA 1LBBA 3KN3A 3IB2A 3TCFA 3UGWA 2RF1A 4WEDA 3D4CA 1ANFA 3OOAA 1NH7A 3FXUA 2B3BA 2O68A 2XD2A 4YB6A 2XXIA 3KOSA 1HSJA 1B0LA 1D9YA 3SEWA 2XXTA 4NF8B 1XT8A 3C31A 3N94A 4PE3A 2UVJA 2X26A 5ELVA 2NWJA 2NUVA 4TLMB 3OO9A 5EYFA 2ZYOA 1ZIUA 4OXVA 4OVRA 4YKPA 3SEYA 3M3KA 5DYHA 4MNIA 3H06B 3ILTB 1A54A 5BWJA 5H8QA 4F29A 1SW4A 4NGUA 2M8CA 2X7QA 2VGQA 4ZECA 2QS2A 3MP6A 3VXBA 1LFGA 4N17A 4F1VA 3O2AA 1Y20A 4GRKA 2I0CA 2REGA 1A7LA 3PGFA 3USDA 4YZZA 3Q29A 1OVBA 4GXSB 1MXYA 2OLBA 3HHFA 1HSEA 3K4UA 1FCKA 3PD8A 3L6GA 2ZMBA 3TZAA 3KG2A 3IJOB 4DXBA 1MXVA 3LSFB 4F3PA 1Y3PA 2QMXA 1OQGA 3QSLA 4N6PA 5H8QB 2RC8A 4OYVA 1H45A 5I57A 1B5HA 2VP1A 4N07A 1OIBA 4FE8A 4H0WA 4QFPA 4ZEBA 4R74A 4XKQA 5EHSA 4IGTA 1SI1A 1IXHA 3MW0A 3OMBA 3B7DA 3SERA 2I49A 4R2FA 4LQ5A 1DMBA 1MY1A 3JV9A 2PT2A 1M5CA 3K02A 2VOZA 3LC8A 4MNPA 4EDPA 4BDLA 3H4ZA 1OVTA 3A3UA 4LVQA 5I57B 3FJMA 3PPQA 1FQBA 4MHFA 2D21A 1QW0A 1LBCA 1URGA 5HPQA 3TTLA 5A5XA 1IUDA 3DLNA 3FV2A 4XXUA 2V3TA 5AA1A 3TTMA 1LAFE 1H44A 1FW0A 3L6HA 1OMPA 1B6HA 4GXAA 2A5TB 4RY1A 1UIUA 3IB1A 4IO5A 3BBRA 3TELA 3UP9A 4FATA 3BFUA 2D3IA 5IAIA 4XF5A 1TT1A 2DOJA 2HZLA 1LAHE 1RYXA 1URDA 4OVJA 4LATA 2PMSA 3FXQA 3B6TA 1JW4A 5FHOA 3KGCA 2HAUA 4XKPA 2GHAA 5A5XB 4L17A 2GFEA 4ZEDA 5CRYA 4U23A 4PCDA 3IAZA 4K3FA 3G3HA 4U4SA 3S9MC 4THIA 2X7PA 4N6KA 4JSDA 5DEXA 4G77A 1MG1A 4P11A 2I4CA 4XTCQ 3N6TA 1N3XA 1M5EA 4ZEFA 1EZ9A 5ISUA 4X1BA 3HV1A 4Q30B 4WEPA 1FTJA 4F2OA 4IO3A 3A3CA 3C4MA 3AXFA 3WAEA 3MZ1A 4P9KA 3T96B 2DWJA 4G68C 4MAGA 1SQYA 1EZOA 3JYRA 4H1XA 1DTGA 5L9OA 3C32A 3PU5A 1MQIA 2BJJX 5DEXB 1PB7A 2DQVA 4RYAA 1MQGA 2UVHA 1I6BA 4UACA 3IOVA 4ONYA 4PP0A 4LZ7A 4UABA 3QIMA 3FXBA 4X04A 1AH5A 4PFWA 3RY3A 2V84A 3W9VA 1B1HA 1DSNA 3ZS6A 3EHUA 4JWOA 3O97A 2VD3A 1Z7NE 2DE2A 3FXRA 3O29A 4GOTA 4U2RA 4N6DA 3T93B 2AIXA 4N13A 1MY4A 2Q8JA 3ILUB 5I2KA 3JZJA 5DVFA 4PFIA 1LCFA 4U1OA 1R9QA 2VD2A 3GYYA 4GF8A 4F3GA 1FQCA 3U1OA 4R2BA 4OEVA 1MPBA 3C36A 5I2NA 3QYTA 4PETA 4G8MA 4JSOA 2Y7WA 2I0BA 3KSJA 3PUZE 2O6AA 4PFRA 1SW1A 4OFOA 3U93A 3C9HA 4BDOA 4MEVA 2GH9A 3I5OA 2RINA 2B65A 4QFOA 2QS4A 3U65A 3FJ7A 3DP4A 1WDNA 1B32A 4XKNA 5KCJB 3S9LC 4I62A 2DWIA 3O6IA 1PB8A 4QHQA 1NNPA 1OLCA 2UVIA 4X1DA 2Z8DA 1Y4TA 4FJPA 1I6AA 3G3JA 2Q2AA 2XX9A 4TOZA 4NHBA 4NG7A 3U92A 3MVZA 1NFTA 2O1MA 1SW5A 4HW8A 4IB2A 4KHZE 4OFLA 4LN5A 5KZTA 2F78A 3K1PA 5CBRA 3ZSFA 4O8MA 2DE4A 4JDFA 1SI0A 2XWOA 1MM7A 5FHMA 1M5DA 1H3DA 3EHSA 3RQTA 3W15C 1QJMA 4KFQA 5TPAA 1FQEA 4U1ZA 3V5AA 5FTHA 4YB5A 4ZS9A 4RNSA 3G7WA 2YPNA 3ZKLA 3OEKA 1CE2A 2F6PA 1MPCA 3V83A 4PGPA 4DI3D 2PVUA 4OVTA 4MFIA 1POY1 3S9EA 3PPPA 1YPNA 2R9JA 5CMBA 3LUYA 3D4GA 4F19A 4QFNA 3M3FA 1ELJA 5AA2D 3QUJA 4AB5A 3TODA 3V8XB 2DXRA 4LUBA 3S9NC 4M4GA 4PGNA 3QK6A 1MPDA 2HQ0A 2VHAA 1LB8A 1FQAA 2XX7A 4LZ5A 5B7DA 3PD9A 5TP9B 4KYEA 1IZ1A 1B3HA 3VE1B 1B9JA 4JBZA 3RN8A 3KJ7A 4LZ8A 3RUMA 2F7AA 1POTA 1USYH 1XHYA 4ECFA 4N4UA 3HSTA 2ZNSA 1JW5A 2W7YA 2I4BA 1SD3A 4U22A 4R9FA 4NF5A 2I58A 4MF3A 2XX8A 1AL3A 4WKMA 1YCJA 3FUZA 2XXUA 1US4A 4NMYA 2Q89A 4PFBA 1B51A 1UTBA 3K6WA 1II5A 5H8HB 4H67A 2F6GA 4Q8RA 1FTKA 2RCBA 3VVDA 3RT8A 3O66A 3O6HA 4TQUQ 4R73A 4P0IA 3CI8A 4P8BA 3UIFA 4QF9A 3T9HB 3PMWA 1H43A 5JK4A 2A5SA 2HXWA 5JTYB 4NF5B 4ELRA 2F34A 4H5GA 4RPNA 3KBRA 3QUFA 2YLNA 1B7UA 3DELB 3E3KA 2ABHA 4G8NA 4AB6A 1UTBB 1ZU0A 1JNFA 5CMMA 5ICTA 4YMAA 4NX1A 1USYE 1DOTA 1VR5A 1GVCA 4ELQA 2CEXA 3LBSA 4HS7A 4OVQA 3VLWA 1Y9UA 1S9TA 4GLIA 3VLUA 4JXIA 1QKAA 2QS3A 3MP8A 2GHBA 1NL5A 2FYIA 3LSXA 1O64A 1B2HA 2DE3A 4FECA 4H6DA 3N6UA 4PQJA 2ONKE 3H3GA 1TXFA 3GBAA 5F7VA 4NWCA 5L8DA 1A55A 5B70A 4F3SA 2ZXTA 4LA9A 2DVZA 5DTBA 5FTIA 3TQLA 1ZTYA 4OZ9A 2NVUB 1B4ZA 2A5TA 5BUUA 2XXHA 2I48A 1EU8A 3OXNA 3FASA 4F2QA 5CBSA 2UXAA 4R6HA 2AL4A 4OWDA 3IOWA 3K0VA 1JEUA 2KLFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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