4NMYA

Crystal structure of the thiamin-bound form of substrate-binding protein of abc transporter from clostridium difficile
Total Genus 103
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
103
sequence length
299
structure length
299
Chain Sequence
SKKVTMVLDWTPNTNHTGLFVALDKGYYKEEGLDVEIVQPPESGAETLVATGKADFGISYQEQVTYAKTSEDPLPIKAVATVIQHNTSGFASPKEKNITTAKDFEGKTYGGWGSPSEEAVFKAVMKKNRADFNKLKIVNTGQDDFFAAMKTVDFAWIFEGWDAVKADLIGYDLNFIPVKDLDERLDYYTPLIISNETVLKDNPELAKKFLKATTKGYEYAIKNPEESAKILVKHAPEVDEKLALKSQEYLASKYKDDAPRWGEMKDSVWNNYTSFLKEYKLIDKDMKASDAYTNEFLPQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of the Thiamin-bound form of Substrate-binding Protein of ABC Transporter from Clostridium difficile
rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Clostridium difficile
molecule keywords ABC-type transport system, extracellular solute-binding prot
total genus 103
structure length 299
sequence length 299
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-11-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF09084 NMT1 NMT1/THI5 like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4nmyA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4nmyA01
5BWJA 5TPAB 3JV9A 3OSQA 1XVYA 4JSOA 2ESNA 3PUWE 4ELRA 2I0BA 1EZ9A 2G29A 4OHNA 3K00A 1MXZA 1IXHA 4QSEA 1QVSA 3IJOB 3UK4A 4RPOA 4FAJA 4X1DA 5KDTB 3T9VA 3PPPA 2I48A 2NWJA 3H03A 4HTGA 3PUXE 1GVCA 2NOOA 5DT6A 3M3FA 1IIWA 3QUJA 2FA7A 1FQBA 3T66A 3MC2A 5FTHA 4E0WA 3R7XA 3V89B 2QS2A 2XXHA 5TP9A 4WEPA 4YB6A 1DPEA 3Q28A 4NWCA 1T0KA 3QSLA 3UIFA 1MG1A 2GFEA 4PFTA 3RY3A 1EZOA 4U22A 2PVUA 4ZDMA 2DWIA 4MBPA 3RT6B 4OERA 3MZ9A 1YAEA 5AE4A 4G4PA 5I57A 4KI0E 3S9EA 4QFKA 4WKMA 4LQ2A 5CC2A 4YB7A 4XIGQ 3TFLA 1VSOA 1XS5A 3FJMA 2RCAA 1N0TA 4OEUA 4GL8A 3PPNA 3C31A 4H67A 2PYYA 3K6XA 3TQLA 2DWAA 1EU8A 3K1MA 4H8JA 3R6UA 1B52A 4IGRA 2Y7KA 1FQAA 5L8DA 3EN3A 4ZE8A 4OWDA 1QUJA 4ZS9A 1D9VA 3VVDA 2YPNA 3IOVA 2CMOA 4KPTA 1B51A 2XXIA 2LAOA 1SYHA 1B1HA 4F19A 1SQYA 4GXAA 1MY4A 3EPEA 1ZIUA 4Q8RA 3FD3A 1MXYA 2QL3A 2XXWA 1Y3NA 3LSXA 1VR5A 3KGCA 1MS7A 5AA4B 4XKPA 4YMBA 3TTNA 4ZZAA 4QRZA 2Z8EA 4F3BA 1POY1 1POTA 1LAGE 5I59A 2REGA 2RCBA 3TTMA 4NF5A 4PQJA 2F7CA 1R9LA 2E1SA 5TU0A 4ZEKA 2P0SA 3PMXA 1ZKBA 3R26A 3BKIB 3TCFA 2VHAA 2UVGA 3MWBA 4YICA 1EZPA 3K6WA 4G8HA 2UYFA 4DDDA 2ONRA 2DE2A 1WDNA 3CG1A 2B3FA 2WKYA 1B7ZA 2AL5A 3ILUB 1DTZA 2I0CA 2V84A 4OETA 1O63A 3IK6B 3SESA 2ZYNA 1CB6A 3TMGA 4PFYA 3ZKLA 4HS7A 1MPBA 1OQHA 3E3KA 2KLFA 2V3TA 3G3GA 1OMPA 1GR2A 5CI5A 2H99A 1B4ZA 4XXUA 5ITOA 2DWJA 4RA1A 3Q26A 4YAHX 2HCAA 1D9YA 3RLFE 2HXWA 2REJA 1MXUA 1NH7A 4N6PA 3IOWA 3O2AA 5TPAA 1QULA 1QJMA 3GBBA 2Y7RA 4EF1A 3FXUA 4KHZE 1ZLQA 4MLQA 2H4IA 3SEXA 5ELVA 3O6GA 3BFUA 1AOVA 4OZ9A 3WAFA 3U94A 5LOMA 2DWHA 3IOUA 2I3VA 3OO8A 1J1NA 3KBRA 3A09A 3MVYA 2NXOA 2R71A 4I8CA 3G3IA 2Y7IA 4R6HA 3T96B 1XVXA 2I49A 2DVZA 4I62A 2H25A 3FIRA 4F1VA 1A8EA 4JXIA 1RYOA 3CVGA 4X9TA 4ZE9A 5FHMA 1PC3A 2D5WA 4IO2A 5L9MA 3W15C 4EQ9A 3S9MC 4EXKA 4EQ7A 4ZEBA 3FATA 3KEIA 4KYDA 4IO7A 3A3UA 2OLBA 1WODA 1A7LA 3OEMA 5DEXA 5CBRA 2IEEA 4TLMB 4OFOA 1I6BA 3PU5A 2V3UA 3K1NA 2DE3A 4OXVA 3PGFA 5CM6A 4JBZA 3TTKA 3FV1A 3FXRA 1ZBMA 3CIJA 3MQ9A 3EHSA 4R2FA 3CRBA 5HBCA 1XOCA 3LSFB 3O97A 4H0WA 2XXQA 4FJPA 4C0RA 2B3BA 1FQEA 4QFPA 4XKQA 2F7BA 1I6QA 3PD9A 3IO6A 4JWOA 1MQIA 2DE4A 2ZNTA 3TYHA 1FTMA 4MLVA 4DXCA 3O9PA 1H76A 4NF4B 4FE8A 1BKAA 1P1NA 3EHTA 1N7WA 5I58A 4RK2A 3LC8A 3RT8A 1BP5A 1URSA 2UXAA 4H1XA 4IB2A 3N26A 1IXIA 5FHNA 1B4HA 2Z8FA 4HCWA 3MJNA 4RY1A 3VVFA 4IO6A 5AA4A 3C32A 3VLVA 3RUMA 4FECA 1IXCA 2XHDA 4TLLB 1PDAA 1B7UA 3IB1A 3L6HA 1LCTA 4QF9A 3T22A 1US4A 5BUUA 3TCHA 2I4BA 2RINA 3O28A 5H8FB 1IUDA 5HPQA 4RPNA 5CMKA 3G7WA 4ISUA 1B9JA 4G68C 1ATGA 2XXYA 4JDFA 4R75A 2I6EA 3F11A 4ESWA 3FVGA 2ZYKA 5A5XA 5DYHA 4DXUA 3VE1B 1NFTA 2VOZA 1Q1KA 2XXPA 1GTKA 4U2RA 4IO5A 3MPLA 3S9LC 2XXTA 2QMWA 2HAVA 3KG2A 1ANFA 3B6QA 2QMXA 3VLUA 5B7DA 4UACA 3UORA 4OTEA 2PX1A 4F29A 4F1YA 2HQ0A 3FJGA 4ONYA 3N6UA 1BLFA 2THIA 4F2QA 1ZMGA 4HCYA 3SEYA 2DQVA 1AMFA 4YU0A 4O3CA 3TODA 5DVIA 4MF3A 2Z23A 4KQPA 4JWYA 4FEDA 4LZ7A 4BDOA 3VXBA 3TTLA 1R9QA 3SEUA 1B0HA 3BFTA 2O69A 2GHAA 4F3GA 4AB5A 1B1XA 3CR9A 3LBSA 2E0SA 1H45A 1R1NA 2OWSA 4ZEIA 1PEBA 5IAIA 1D3KA 2ZMBA 4H5GA 3B6WA 1MXWA 3HO7A 1DTGA 4DXBA 4YB5A 1MPDA 3CSGA 4Q0CA 1IITA 4OESA 1AIVA 4POWA 4ELPA 4JSDA 1JQFA 2XXXA 2O6AA 5DEXB 4LATA 4EUOA 1Y4CA 1IXGA 2GH9A 2GRVA 3OO6A 4IGTA 1KWHA 4DZ1A 1M5EA 4LVQA 1P1OA 1LCFA 3FXQA 3JZJA 2OK2A 4F3SA 2Q2CA 3H6UA 3DELB 2ONSA 3H7MA 3TELA 3C36A 3K1PA 3LSWA 3CG3A 3GXAA 2V93A 4H6DA 3PUYE 4F18A 1S7YA 1N3WA 3RTFB 1FCKA 2QJEA 3PMVA 1US5A 1YPNA 1QUIA 1UTHB 3E13X 2F8DA 4NF4A 4YKKA 4GD5A 4OFLA 5I58B 3VDFA 2F35A 2GHBA 2I4CA 1S9TA 3TEPA 5I84A 3H6VA 2DXYA 2Y84A 2Z22A 4JWXA 2Q2AA 1JW1A 3OO9A 3OENA 3UA8A 4ECFA 3U8QA 1B40A 4EXLA 1LBCA 4X48A 4IY6A 3N94A 4R9FA 4NF8A 2O84X 4LZ5A 4RJZA 4R6YA 3U93A 1QKBA 4FORA 1TFAA 2HAUA 3MVZA 4E0XA 1FQFA 1FTLA 1Y20A 4PP0A 3VVEA 4RXLA 3G3HA 5H8FA 3C34A 2FNCA 5CMMA 1XC1A 4GOTA 4QFOA 1TXFA 3TTRA 5A5XB 5HM4B 1JNFA 1OVBA 4ELQA 2O51A 2XX8A 3IB2A 2M8CA 2Q8JA 1H43A 2ZNSA 4EDPA 4FEBA 4L17A 3KSXA 1P1UA 3UN6A 4KYEA 4OFJA 5EYFA 2ZYMA 2F97A 2ANJA 1SW1A 1PB7A 3T9HB 5FHOA 1M5CA 4KFQA 2QSXA 4YKPA 5JEIA 4F22A 3H4ZA 3OOAA 3G3FA 4BDRA 3EQ1A 2DVCA 3HSTA 1LAXA 2HZKA 5AA2B 3HV1A 1TT1A 2RC9A 2CZLA 4P0IA 3M3KA 2O7UA 1MH3A 4Q5TA 5ICQA 3D4CA 1A54A 3ODBA 4I1DA 4QFLA 3KN3A 3KSJA 3IX1A 4ZECA 1TWYA 4FIMA 4GLIA 1QUKA 2RKMA 1A55A 3T9UA 4RK9A 1FQCA 3MW0A 4NWDA 3SKPA 2H5YA 4R73A 3MPKA 3I5OA 1B3FA 2XXRA 1HSLA 1JVYA 5AA2D 2P2AA 1P1WA 2ONKE 3D4GA 4YKIA 5H8NB 2OZZA 3K2DA 4FATA 1I69A 2Q9TA 4MH5A 3L6GA 1XT8A 3K6UA 4ZZEA 2DP8A 4U4XA 3M8UA 1DPPA 1NNKA 3QXMA 3SERA 1UTBA 4LZ8A 2X7QA 5KZTA 1MDQA 3QYTA 1OVTA 3THIA 1MY2A 4THIA 1LAHE 1B5JA 5I56B 1Y1MA 3RGYA 4HW8A 1LFIA 1NKXA 1B5HA 3CFZA 2XX7A 1OLAA 3E4RA 3OSRA 3V83A 3DM0A 3TCGA 3Q29A 4YKJA 5EHSA 4DCXA 1UIVA 2I3WA 1SDXA 4BDNA 1GGGA 4QSCA 3IB0A 5CRYA 2HFBA 1IQ7A 3IJXB 3BBRA 1UTHA 4U23A 1D4NA 1LB8A 5H8SA 1AH5A 2DYXA 2A5TB 3QIMA 4OVJA 5DVFA 3U1OA 4POXA 3VFJA 3O29A 1YCJA 4O3BA 1MY0A 4NF8B 1FTOA 4ELOA 3MP1A 1FTJA 5JTYB 2RC7A 3B7DA 4GRKA 3FASA 3ECRA 3HCQA 1Y4TA 2ALUA 4R74A 1MDP1 1MM7A 3RQTA 3KZGA 4M1VA 1M5BA 1I6AA 4R72A 3PD8A 1SW5A 4GVOA 2AYSA 3PPRA 1SI1A 1SYIA 4GL0A 2ZYOA 3RN8A 4LUBA 2OWTA 4P0GA 2NVUB 4KYSA 4LA9A 1F9BA 4U1ZA 5K2YA 4H65A 4WXJA 5K2XA 4BDQA 1R6ZA 1H3DA 4JB7A 4G77A 3N6TA 2O7IA 1URGA 3QK6A 3USDA 3TAJA 3FGSA 1IEJA 3EF7A 4BDMA 2F78A 4YZZA 3IO4A 1LSTA 3SEWA 1PB9A 4GIZA 4F1UA 2BJJX 3A3CA 5J1DA 1Y3QA 3MP6A 3G3KA 3ZSFA 4G2ZA 3SETA 1LLSA 3PV0E 3TQWA 1BIYA 3AXFA 1MPCA 1MH4A 2F36A 1ZU0A 3H6WA 1B7HA 1L5TA 1USYH 5AA2A 1NNTA 3S9NC 3ZKKA 2RF1A 1IZ1A 4O3AA 1NNPA 1MQJA 1O7TA 1RYXA 3MUQA 3QAXA 1EH3A 1JW4A 5L9SA 2DSFA 3N5LA 3TDJA 3MAMA 1SW4A 2F34A 2XX9A 3TKDA 2ZXTA 1LFGA 4ND9A 1FQDA 1UQWA 2QS4A 3FVOA 2HEUA 4OENA 2NUVA 3PPOA 4WEDA 1MY3A 3FUZA 2AIXA 3GLBA 4Q30B 3QUFA 2VD3A 3MZ1A 2YJPA 5H8NA 2Y7PA 4PE5B 3OEKA 1N3XA 3I3VA 3U92A 3OELA 2B65A 3ONMA 1B3EA 2P1SA 1SW2A 1WVJA 4XKRA 4DIGA 1MXXA 1UTBB 5ITPA 1B6HA 3C33A 3K4UA 3HHGA 2DOJA 1XHYA 1H44A 5I2NA 2F7AA 5I56A 4BLAA 5M2VA 3Q27A 1B5IA 4RNSA 4TOZA 1JEUA 2XD3A 3W9WA 4KD5A 2RC8A 2UVIA 4RYAA 1DOTA 4OYVA 3V5AA 4U21A 4IY5A 1VFDA 5KCJB 1QW0A 1M5FA 1B3GA 1TFDA 4YMAA 3FJ7A 3H3GA 3LSLA 3JYRA 4MFIA 3KOTA 1II5A 1Z7NE 4F2OA 3S2VA 1LBBA 1LGBC 2PT1A 4G68A 3SDFA 3RPWA 4IO3A 3O6HA 2DS9A 2A5TA 5ICTA 1MM6A 5H8QA 1NH8A 3G3JA 4OEVA 5I2KB 1O64A 3MVXA 1B58A 2QRYA 1JW5A 3OD7A 3PUVE 4F3PA 2VP1A 3DLNA 2X7PA 1FTKA 3CFLA 5JTYA 3DP8A 2F6GA 4NEDA 3ILTB 3PMWA 1MQDA 1Z7ME 4AQ4A 4GQOA 3VV5A 1MRPA 3Q25A 2X26A 3GZGA 1JETA 5CMCA 4NF6B 2YLNA 1OQGA 1Q35A 2A5SA 4OMBA 4QFNA 5F7VA 3U72A 3T9XB 3K0VA 1P99A 3IL1B 1B0LA 1YTVA 4Z7EA 2XD2A 3TUSA 3UP9A 1ZTYA 3TZAA 3W9VA 4ZEFA 1ELJA 2UVHA 4GXSB 1B3HA 4PFWA 4PFUA 4KR5A 1LFHA 4K3FA 2O68A 5H8HB 1LAFE 1P1QA 2H98A 3FVKA 4H8IA 3MBPA 1MY1A 3KN8A 2ABHA 1B32A 3MZBA 2W7YA 2VGQA 4DCYA 2QS3A 1M5DA 3LR1A 3DP4A 2QS1A 3FZVA 4X1BA 3KJTA 3KJ7A 4UA8A 5B70A 5JK4A 4H5FA 4G8MA 5AA3A 1QKAA 4IO4A 1MXVA 1AL3A 4LP2B 4F39A 4DE8A 3TPAA 3MP8A 2XXVA 1MQGA 1SI0A 2OCUA 4PETA 1MQHA 1A99A 3C9HA 5AA1A 3H06B 1NMUA 3VXCA 3PPQA 4R9GA 3IAZA 2Z8DA 1GV8A 3O66A 4BDLA 3OMBA 3M3LA 2I58A 3P7IA 1OIBA 4QHQA 5KDTA 2H9BA 3OO7A 2Q88A 3I6VA 3WAEA 1A40A 5IKBA 5TP9B 4R2BA 4LQ5A 3PUZE 1B3LA 3V8XB 3T93B 3HPIA 4GF8A 5DVJA 5I2NB 1ZJLA 1UIUA 3K01A 1DMBA 3RNNA 5EHMA 2PBWA 4P11A 3KOSA 5L9OA 2HZLA 5FTIA 3ZS6A 1LB9A 2OBGA 1OLCA 1Y1ZA 1B05A 3RTWB 1S50A 3E9XA 4LONB 1HSJA 2O1LA 3MVWA 5I57B 1SD3A 3KN7A 4R6KA 3CFXA 4GFRA 3O6IA 4KCDA 3CI8A 2F6PA 3CSBA 2F5XA 2D21A 2DXRA 5KCJA 4XKNA 4EQBA 1SVXB 1N04A 2FYIA 1PB8A 3IR1A 3LUYA 1JVXA 1CE2A 3S4UA 4G68B 3IOTA 4F31B 3KFMA 5H8QB 1PBPA 1HSEA 5ISUA 3DP6A 5CMBA 4OQOA 4EF2A 5I2KA 1NL5A 2XXUA 2UYEA 5F1QA 5DTBA 4TQUQ 1DSNA 3VLWA 2OJTA 4ZEDA 4GWOA 3FV2A 3B6TA 2R6GE 4ESXA 3OXNA 4G8NA 3C4MA 3HN0A 5I59B 1VFEA 2V3QA 1SBPA 3EHUA 4NF5B 4KCCA 4I9DA 1URDA 3GBAA 4NF6A 4C1UA 2ZNUA 5CBSA 1VE4A 1FW0A 3K6VA 1A8FA 2PMSA 4C1TA 2Y7WA 4N07A 4U4SA 1B2HA 1N76A 1N84A 2D3IA 2PT2A 4QSDA 1Y3PA 2VD2A 2UVJA 3K02A 1B46A 4N13A 4Z0IA 2QPQA 1JEVA 4NE4A 4DLDA 4M4GA 1USYE 1RKMA 3SEVA 4NMYA 3UGWA 1NNFA 2O1MA 2V25A 4XTCQ 5H8HA 1PBQA 2Q89A 3FVNA 4NTLA 2IA4A 3H6TA 1N7XA 4AB6A 2G93A 1BTJA 3HHFA 3C35A 2AL4A 4U1OA 3IORA 2R9JA 1Y9UA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5BWJ A;  5TPA B;  3JV9 A;  3OSQ A;  1XVY A;  2ZZX A;  4JSO A;  2ESN A;  3PUW E;  4ELR A;  2I0B A;  1EZ9 A;  2G29 A;  4OHN A;  3K00 A;  1MXZ A;  1IXH A;  4QSE A;  1QVS A;  3IJO B;  3UK4 A;  4RPO A;  4FAJ A;  4X1D A;  5KDT B;  3T9V A;  3PPP A;  2I48 A;  2NWJ A;  3H03 A;  4HTG A;  3PUX E;  1GVC A;  2NOO A;  3LV0 A;  3NOH A;  5DT6 A;  3M3F A;  1IIW A;  3QUJ A;  2FA7 A;  1FQB A;  3T66 A;  3MC2 A;  5FTH A;  4E0W A;  3R7X A;  3V89 B;  2QS2 A;  2XXH A;  4PBQ A;  4WEP A;  4YB6 A;  5TP9 A;  1DPE A;  3Q28 A;  4NWC A;  1T0K A;  3QSL A;  2CZK A;  3UIF A;  1MG1 A;  1FJ6 A;  2GFE A;  4PFT A;  3RY3 A;  1EZO A;  4U22 A;  2PVU A;  4ZDM A;  2DWI A;  4MBP A;  3RT6 B;  4OER A;  3MZ9 A;  4NQ8 A;  5F24 A;  1YAE A;  5AE4 A;  4G4P A;  5LTC A;  5I57 A;  4KI0 E;  3S9E A;  1NV7 A;  4QFK A;  2FVZ A;  3SZP A;  4WKM A;  2P3V A;  4LQ2 A;  5CC2 A;  4YB7 A;  4XIG Q;  2WEF A;  4O7I A;  3TFL A;  1VSO A;  1XS5 A;  3FJM A;  2RCA A;  1N0T A;  4JVI A;  4OEU A;  4GL8 A;  3PPN A;  3C31 A;  4H67 A;  2PYY A;  3K6X A;  5IZ3 B;  2DWA A; 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