4R9FA

Cpmnbp1 with mannobiose bound
Total Genus 116
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
116
sequence length
402
structure length
402
Chain Sequence
KQVVLTLWYPWAGPDGDAVVSLAKEYSKTHPNVQIKAQMVSGAGIAATQGGGQGKFLSAVAAGNPPDLVLYWGQDALPGLADQGAIIPLDDYLKDVDTSKFFEAAYNAMKYKGKIYGLPEMVNVRVLFWNKDLFKQAGLDPNTPPKTIAELDQMAAKLTKTKNGTIEQMGFIPWIGQGVPHVMAGVFGTSLVDSNGNPILSPDKNPQLLNLLKWEVSYSDKYGAMNINKFIAGMSQNSSQANDPFVLGKVAMMISGEWQINANKQYNPKLNFGVGPIPQAPGGKPMPSLMDGNTWMIPKGSKHPQEAMDFIKWTMDPQRIADTADKVYNIAPIVEAAKIQKLNNDPYFKEVLNVAQKGSIYYTPAAKGMLSTETAANNAFQAAQYKKSTPEQALKNAQAEAE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural and Biochemical Basis for Mannan Utilization by Caldanaerobius polysaccharolyticus Strain ATCC BAA-17.
pubmed doi rcsb
molecule keywords MBP1
source organism Caldanaerobius polysaccharolyticus
molecule tags Sugar binding protein
total genus 116
structure length 402
sequence length 402
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-09-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4r9fA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4r9fA01
3VDFA 3PUWE 3R7XA 2M8CA 2QL3A 1PB9A 5IAIA 2V3UA 3N5LA 3U8QA 2XXRA 4H65A 4R72A 3OD7A 2QS4A 4IO2A 4ONYA 2Q88A 5H8SA 5I59A 4YB5A 1IUDA 2AIXA 1Y1ZA 3BFTA 4QFLA 1T0KA 5KZTA 4I1DA 1B5IA 3LUYA 3FV2A 2I48A 4ZE8A 3CG3A 2H99A 4TLLB 1SD3A 5CC2A 3H03A 3IB0A 3TTKA 4LATA 3RTFB 5I56B 1IXGA 4H1XA 3K2DA 4TLMB 4F1UA 4N6PA 5DVIA 2I58A 3S9MC 1AMFA 4OXVA 4AB6A 3UN6A 5CMMA 1N3WA 5DT6A 3FXUA 1N84A 3MW0A 3MVXA 2I3WA 4PQJA 3FATA 5KDTB 4G68C 4PFUA 5AA1A 1SYIA 4G68A 4DE8A 1MQHA 4R73A 3A3UA 2XD3A 2PYYA 2UVJA 3IO4A 3QXMA 4QSDA 4IB2A 1PC3A 3O2AA 2I3VA 1F9BA 1D9YA 1B40A 2XX7A 1QUKA 2DE2A 3LSXA 3MP1A 4H8JA 2HCAA 5I57B 1A8FA 1TXFA 4L17A 2O68A 1XHYA 1RYXA 4PFYA 2UVGA 2HZLA 3FUZA 4HTGA 2H98A 4OEVA 4ZEBA 1FTKA 5FHMA 4G2ZA 2HQ0A 3LR1A 4U1ZA 2F36A 1P1NA 4BDOA 1IITA 3B6QA 5F1QA 3OO9A 4MLQA 1M5FA 1UTBB 2O1LA 2RC8A 3EF7A 2VD3A 4PE5B 5H8NA 3SKPA 3FJ7A 2DOJA 3FASA 4EF1A 4PP0A 1CE2A 3JYRA 1BLFA 3HCQA 3W9WA 3Q26A 3VXBA 5A5XA 3T9HB 4FIMA 1MG1A 4GFRA 1MDP1 4NMYA 3KOTA 3PMXA 3MP6A 3OEKA 3H4ZA 3KN3A 3TQWA 1NL5A 1P1UA 3RUMA 4JBZA 4P0IA 4MLVA 1FW0A 3D4CA 1Z7ME 1DOTA 1I69A 1ZLQA 5I58B 3H6WA 2IEEA 1OQHA 2B3FA 3VVEA 4KI0E 4FAJA 4G8HA 2NOOA 2DVCA 3SEYA 3E9XA 4THIA 5DEXA 3DP8A 3DM0A 1N3XA 4WEPA 2Y7PA 1LAFE 3C9HA 4NF5B 1B3LA 2W7YA 3FXRA 3K02A 4NWCA 1QJMA 2F6PA 1MM7A 4AQ4A 2QMXA 5BWJA 3UGWA 4KYSA 1MXZA 4F18A 2AYSA 1S50A 1TFDA 2DE3A 4O3CA 4JSDA 2XXQA 1Y3QA 2NUVA 4KR5A 3N6TA 3PUYE 1HSLA 4F39A 1MQIA 1FTMA 3LSFB 3ODBA 4GD5A 3KG2A 1WDNA 1SW5A 4PFTA 3OEMA 4XTCQ 4YICA 1MY1A 1D9VA 3O6GA 2E0SA 4RK2A 3M3LA 1ZMGA 1WVJA 3MPKA 3OO6A 3IOVA 3V89B 3M3FA 1NNPA 4OTEA 5TPAA 4H8IA 4I8CA 4WKMA 3R6UA 4BDMA 4X48A 1P1QA 3KOSA 4GLIA 4ESWA 4KYDA 4TOZA 2VOZA 1OLCA 4JXIA 1LBBA 3EN3A 2Y84A 2F34A 5H8HB 1DTZA 4IO7A 4LZ7A 1LFHA 2PVUA 1ZIUA 4X9TA 3PMVA 1EZPA 4JWXA 3S9EA 4C0RA 3C34A 4DIGA 3BBRA 2BJJX 4F3PA 3HHGA 4R9FA 4WEDA 5ICQA 3PGFA 4H67A 4O3AA 1MH3A 3ZKLA 1IXHA 1BIYA 1POTA 1R1NA 4KCCA 3KSJA 2I49A 4P0GA 2NWJA 3MZBA 4P11A 4EQ9A 4HCWA 3H6TA 4FE8A 4U21A 3VVFA 5HBCA 2QS3A 4MF3A 1A7LA 1H43A 2CMOA 1R6ZA 5F7VA 1D3KA 3FV1A 4OMBA 4YAHX 2HEUA 1B9JA 2V93A 4ZDMA 2F8DA 4FECA 3T66A 1LFIA 2X26A 4H5FA 4YZZA 2RINA 4NF6B 2R6GE 4EDPA 4ISUA 1N7WA 1N7XA 4EXLA 3SETA 3DLNA 1NKXA 5I59B 1YCJA 4FATA 3HO7A 4QHQA 4GL0A 1Y20A 4RNSA 1XC1A 4U2RA 3TZAA 5ISUA 1M5CA 3K01A 2XXUA 4QF9A 1PB7A 3IOTA 2THIA 2UVIA 4OQOA 1MPBA 1Z7NE 1IQ7A 1II5A 4OFJA 3FVNA 4F1YA 1B5HA 3ILUB 2XXYA 3HSTA 2ZNUA 1N04A 1EH3A 3SEXA 1ANFA 1B5JA 3HPIA 1LAGE 5TP9A 2XXPA 1Y3PA 3CG1A 2O69A 1MXUA 4X1BA 2NXOA 1HSEA 4U1OA 1H45A 4XKQA 4EQ7A 2DE4A 3C31A 1ZBMA 3IR1A 1NH7A 3ZKKA 3RT6B 1FQFA 2X7QA 3V83A 2HAUA 2Y7KA 1LCTA 3TKDA 5JTYA 4IGRA 4Z0IA 3IK6B 4OEUA 1JW5A 3EHUA 1QKAA 3I6VA 5K2XA 3W15C 2PT1A 2UYEA 3MJNA 1ELJA 5EHMA 4KQPA 3N6UA 2XX9A 1VSOA 3U94A 2HAVA 4NF4A 4KCDA 1M5EA 3SEUA 1H3DA 4ZS9A 1N76A 2GH9A 2V3TA 2FA7A 1Q1KA 1LSTA 1I6QA 4ELOA 1US4A 2E1SA 4N07A 1SI1A 2XD2A 4QFNA 1RYOA 2OJTA 4ELQA 4C1TA 2A5TA 1RKMA 4EF2A 1FTLA 1GR2A 4RPNA 1B32A 1UIUA 3PPNA 1A40A 4BDRA 5A5XB 1OIBA 4ZZEA 3QIMA 5ELVA 1MS7A 2O51A 2B3BA 3AXFA 3IB2A 4YB6A 2GRVA 5CI5A 4GOTA 2ZYKA 3C35A 3SDFA 4OZ9A 3GLBA 3C32A 1UQWA 4JWOA 4RA1A 1LLSA 3K0VA 5I2KA 1MY3A 1JW1A 3T9VA 1ZJLA 3UK4A 2WKYA 4F19A 2QSXA 3BKIB 1B51A 3TTNA 3K6XA 2V3QA 1JNFA 1UIVA 1JQFA 1B0LA 5DEXB 3T93B 5KCJA 2ONRA 4KHZE 3HN0A 5TU0A 3MZ9A 3K6UA 3MP8A 2Z8DA 3VV5A 5I2NB 3P7IA 3V5AA 1NMUA 2DWIA 3G3HA 1LGBC 3M3KA 4YKJA 4LVQA 5J1DA 3MQ9A 3KJ7A 5DVFA 1MDQA 5CBSA 4GWOA 3MVWA 3B7DA 4G77A 4U22A 3G3IA 3I3VA 4KD5A 3CFXA 1FQCA 2VHAA 3FVGA 1S7YA 2V84A 3MWBA 2XXHA 2A5SA 3B6WA 4TQUQ 4F1VA 5I56A 2RF1A 3VFJA 4R2FA 1LCFA 3PPRA 3ONMA 4ZZAA 1MXVA 1PB8A 1B4ZA 3SERA 3IX1A 1B1XA 3H06B 4K3FA 3TMGA 4RXLA 4LQ2A 4YMBA 5H8FB 1Y4CA 1DMBA 3IAZA 3S4UA 4BLAA 1EZOA 5CMCA 4LONB 4ECFA 5KDTA 4IY6A 4OFLA 4Q8RA 2PT2A 3TCGA 3O97A 1QULA 1VE4A 1UTHB 4EQBA 2O7IA 4DXCA 4R6YA 3KFMA 4PETA 2R71A 4Q5TA 4POWA 1JEUA 3GBAA 1MQGA 3FXQA 3MUQA 4G8NA 2HFBA 2Q9TA 3RN8A 3I5OA 3CSGA 2QPQA 5I57A 4GVOA 2ESNA 5B7DA 2VP1A 5AA2D 2OLBA 2PMSA 3ZSFA 5L9MA 2DP8A 1HSJA 2DSFA 3QAXA 3CVGA 3MBPA 3OXNA 2H4IA 1BKAA 1M5BA 1QVSA 1UTBA 1O63A 2PBWA 4N13A 1GTKA 3H6UA 1OVBA 5B70A 1SW2A 4IY5A 1B7ZA 3K1PA 4LUBA 3LBSA 3EPEA 4JDFA 2RC9A 4IO5A 1D4NA 2H25A 2F5XA 3Q28A 3OO8A 2X7PA 3LSWA 3O66A 4IGTA 1AOVA 2OBGA 5H8QA 1O7TA 4OHNA 1NNFA 4U4XA 5HM4B 3DP6A 1YTVA 1ZTYA 2PX1A 3QUFA 1TFAA 2UVHA 3USDA 5I84A 4ZE9A 4NF8B 4I62A 3VVDA 4E0XA 1MH4A 4U23A 5FHNA 2F7AA 1A99A 3UP9A 1USYH 1MY4A 1GV8A 1FQBA 3G3GA 1NFTA 3K6VA 3S9LC 1Y9UA 2H9BA 3A3CA 4RJZA 4NF5A 1A55A 1BP5A 5EHSA 1URGA 3PV0E 2Q2CA 3TODA 5CM6A 3QUJA 3OENA 3CFZA 3FD3A 5AA2A 4Q0CA 1GGGA 3PPOA 4FJPA 2REGA 4LP2B 2Y7IA 1LBCA 2OWSA 3UORA 5LOMA 3O9PA 2AL5A 3N26A 4G8MA 2GFEA 3TFLA 3OELA 3MZ1A 4H0WA 5DVJA 4EUOA 1AIVA 1WODA 4MH5A 2I0BA 5DYHA 2YLNA 1NNKA 4YKKA 2Q8JA 3K00A 3K4UA 1N0TA 1DSNA 1XVYA 3VE1B 1P1OA 3G3KA 4R75A 4YB7A 3SEVA 3DP4A 2DS9A 3VXCA 3JZJA 4LA9A 4XXUA 4ELRA 4ZEKA 1SDXA 3N94A 3QSLA 3WAFA 2UYFA 4MBPA 3TTRA 3MC2A 2Q2AA 4AB5A 2F7BA 4H5GA 3L6HA 1QW0A 4OVJA 1JVYA 3T96B 4NTLA 4XKNA 3B6TA 4OENA 5H8HA 2F7CA 3OO7A 3GZGA 1LFGA 1M5DA 4MFIA 1I6BA 2G93A 3Q29A 3RT8A 1B0HA 2DWHA 2P0SA 1Y1MA 2OCUA 2FNCA 4FEDA 2HZKA 2VD2A 2ONSA 3IJXB 3K1NA 1Q35A 2B65A 1LAHE 3G3JA 1SYHA 1XS5A 2XXIA 3VLWA 1PBQA 3T9UA 2DWAA 4G68B 1SBPA 3TTLA 3TDJA 1L5TA 2Y7WA 2V25A 2QJEA 2HXWA 3MVZA 2ZNSA 1MXXA 5EYFA 1FTJA 3HHFA 2FYIA 1AH5A 2D3IA 3K1MA 1DPPA 4M4GA 3FGSA 4GQOA 3QK6A 3PPPA 1MRPA 3O6HA 1JETA 4QSCA 4RY1A 4IO6A 3KN7A 4QFKA 3EHSA 2ABHA 2QS2A 3TCHA 4NF6A 1IXIA 2P1SA 5IKBA 4BDNA 3JV9A 1SQYA 3Q25A 1ATGA 2I0CA 3KGCA 3CI8A 3RNNA 3E13X 2XXVA 5H8NB 1NNTA 4JSOA 1MXYA 1ZU0A 5FHOA 4LQ5A 3IORA 3U92A 2D5WA 3ZS6A 3IO6A 5AA4A 3T9XB 2CZLA 5ICTA 3LC8A 4ND9A 1DPEA 3UA8A 2O1MA 5DTBA 5CMKA 2REJA 4H6DA 1YPNA 1LB8A 2OK2A 3U1OA 1J1NA 3H3GA 1O64A 2XX8A 3KJTA 3KSXA 4BDLA 1Y4TA 1TWYA 3A09A 1QKBA 3OSQA 3E3KA 1B6HA 2O7UA 3CSBA 2O84X 1GVCA 1NH8A 1JEVA 1PEBA 3SEWA 1POY1 1QUIA 2NVUB 4OESA 4RYAA 2OZZA 1PBPA 3TCFA 1YAEA 1SI0A 2DVZA 4ZECA 1LAXA 2KLFA 4R9GA 3OMBA 4NE4A 1EU8A 4YKPA 2QMWA 3KZGA 3PUZE 4DLDA 3TQLA 1AL3A 2YPNA 4LZ5A 1TT1A 1XOCA 5L9OA 3CRBA 4GRKA 3U93A 4OETA 4XKPA 3CIJA 5L8DA 3TUSA 2VGQA 1MY2A 3VLVA 4ELPA 1B7HA 1B46A 3G7WA 2ZYOA 1MPCA 3EHTA 5TPAB 2I4BA 1B3FA 3DELB 3MPLA 3E4RA 2ZYMA 4F3SA 2DXRA 1OMPA 1URDA 1IIWA 1A54A 5CBRA 1B3EA 3MAMA 3T22A 4ZEDA 1B52A 1MQJA 4R74A 3FJGA 5H8QB 2R9JA 5M2VA 2Z23A 3FZVA 3G3FA 3C4MA 4Q30B 2ONKE 3SESA 1MY0A 1SW1A 4XIGQ 4YKIA 5CRYA 1OLAA 3IL1B 1EZ9A 1IXCA 2XXTA 2IA4A 5ITOA 3O28A 3LSLA 2QRYA 3QYTA 2QS1A 3FVKA 4DCYA 1DTGA 5L9SA 4GIZA 3CFLA 1QUJA 4OYVA 1ZKBA 4QFPA 4F3BA 4U4SA 4YMAA 1XT8A 3TYHA 2G29A 3M8UA 4FORA 3K6WA 1MQDA 5I2NA 1B3GA 2XHDA 4HS7A 4F31B 3RLFE 3R26A 5FTIA 5AA2B 4M1VA 4F22A 2F78A 1LB9A 1USYE 1OQGA 1PDAA 4OERA 3KBRA 3C36A 4NWDA 4QSEA 4G4PA 1CB6A 2F97A 4C1UA 1B1HA 2Z8FA 4ZEIA 2DXYA 3VLUA 1B05A 1R9LA 4EXKA 2F35A 3WAEA 5BUUA 1IEJA 2LAOA 1P99A 2UXAA 2XXXA 1S9TA 4X1DA 4UACA 4DDDA 1VFEA 1P1WA 4I9DA 4DZ1A 3GXAA 3UIFA 4F2QA 4GXAA 2P2AA 1US5A 5H8FA 1OVTA 3TPAA 3S9NC 4LZ8A 2ANJA 5I58A 3PMWA 3ECRA 4O3BA 1FQDA 3PU5A 2XXWA 4KFQA 3RY3A 4GXSB 5JEIA 1UTHA 5JK4A 4JWYA 1H76A 4ESXA 1FQEA 4KYEA 4ZEFA 2GHBA 2O6AA 4XKRA 4DXBA 3TTMA 2Z22A 5TP9B 2ZYNA 1H44A 2I4CA 2RCAA 3IOWA 4FEBA 3OSRA 2OWTA 2ZXTA 1SVXB 1VR5A 3BFUA 3KEIA 3MVYA 1Y3NA 4Z7EA 5JTYB 1B7UA 3Q27A 2Y7RA 3U72A 4UA8A 1B2HA 4QFOA 4NEDA 2I6EA 4QRZA 4E0WA 3GBBA 3RQTA 2DQVA 2ALUA 3KN8A 4NF4B 1B58A 4IO3A 3D4GA 4PFWA 3IJOB 3TAJA 1B4HA 3IOUA 2YJPA 1KWHA 4JB7A 2ZMBA 5HPQA 1JVXA 5AE4A 1FQAA 2GHAA 5CMBA 3C33A 1MM6A 4GF8A 3RTWB 4R2BA 4HCYA 1A8EA 3RGYA 3FVOA 3PUVE 4F29A 1FCKA 4OFOA 2H5YA 3H6VA 4OWDA 5AA3A 1FTOA 3O29A 2D21A 1IZ1A 4NF8A 4R6HA 4RK9A 2A5TB 1R9QA 3PD9A 4BDQA 5ITPA 3RPWA 5AA4B 2ZNTA 3L6GA 2RKMA 4RPOA 1XVXA 3OOAA 2RC7A 4DCXA 1BTJA 3TELA 3TEPA 1MPDA 3FIRA 1SW4A 4YU0A 2F6GA 4R6KA 2AL4A 3EQ1A 4WXJA 2Q89A 3S2VA 1I6AA 4POXA 5I2KB 4HW8A 1URSA 3PUXE 3F11A 1MXWA 3THIA 3CR9A 3PPQA 3FJMA 1JW4A 1B3HA 5K2YA 3IB1A 2DYXA 2DWJA 4F3GA 4F2OA 2RCBA 3ILTB 3PD8A 2Z8EA 3HV1A 3O6IA 4DXUA 5FTHA 3H7MA 3W9VA 4IO4A 3V8XB 5KCJB 4KPTA 1VFDA 4GL8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3VDFA 3PUWE 1BK4A 3R7XA 5ET8A 2M8CA 2QL3A 1PB9A 5IAIA 2V3UA 4OVPA 3N5LA 3E79A 3U8QA 1FJ6A 2XXRA 4H65A 1VDWA 4R72A 4N6KA 3OD7A 2QS4A 4IO2A 4ONYA 2Q88A 5H8SA 5I59A 2KQZA 4YB5A 1IUDA 2AIXA 1Y1ZA 3BFTA 4QFLA 1T0KA 5KZTA 4I3YA 2QFLA 4I1DA 1B5IA 2PFYA 3LUYA 3FV2A 2I48A 4ZE8A 3CG3A 2H99A 4HE2A 4TLLB 1SD3A 5CC2A 3H03A 3IB0A 5IM2A 3TTKA 4LATA 3RTFB 5I56B 1IXGA 4H1XA 3K2DA 4TLMB 4F1UA 4N6PA 5DVIA 2I58A 3S9MC 1AMFA 4OXVA 4AB6A 3UN6A 5CMMA 1N3WA 5DT6A 3FXUA 1N84A 3MW0A 3MVXA 2I3WA 4PQJA 3FATA 4PBHA 5KDTB 1FPDA 4GWSA 4G68C 4PFUA 5AA1A 1SYIA 4G68A 4DE8A 1MQHA 4R73A 5ET5A 3A3UA 2XD3A 2PYYA 2UVJA 3IO4A 3QXMA 4QSDA 4IB2A 2MKZA 1PC3A 3O2AA 2I3VA 4AS5A 1F9BA 1D9YA 4PGPA 1B40A 2XX7A 1QUKA 2DE2A 3LSXA 3MP1A 4H8JA 4PDHA 2HCAA 5I57B 1A8FA 1TXFA 4P56A 4L17A 2O68A 1XHYA 1RYXA 4MAGA 4PFYA 5EYHA 2UVGA 1FBGA 2HZLA 3FUZA 4HTGA 3A29A 2H98A 4OEVA 4ZEBA 1FTKA 5FHMA 4G2ZA 2HQ0A 4X8RA 1LEVA 3LR1A 4U1ZA 2F36A 4MNIA 1P1NA 4BDOA 1IITA 3B6QA 5F1QA 3OO9A 4MLQA 1M5FA 1UTBB 2O1LA 2RC8A 4PE3A 3EF7A 4GBVA 2VD3A 4PE5B 5I7IA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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