4R9FA

Cpmnbp1 with mannobiose bound
Total Genus 116
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
116
sequence length
402
structure length
402
Chain Sequence
b'KQVVLTLWYPWAGPDGDAVVSLAKEYSKTHPNVQIKAQMVSGAGIAATQGGGQGKFLSAVAAGNPPDLVLYWGQDALPGLADQGAIIPLDDYLKDVDTSKFFEAAYNAMKYKGKIYGLPEMVNVRVLFWNKDLFKQAGLDPNTPPKTIAELDQMAAKLTKTKNGTIEQMGFIPWIGQGVPHVMAGVFGTSLVDSNGNPILSPDKNPQLLNLLKWEVSYSDKYGAMNINKFIAGMSQNSSQANDPFVLGKVAMMISGEWQINANKQYNPKLNFGVGPIPQAPGGKPMPSLMDGNTWMIPKGSKHPQEAMDFIKWTMDPQRIADTADKVYNIAPIVEAAKIQKLNNDPYFKEVLNVAQKGSIYYTPAAKGMLSTETAANNAFQAAQYKKSTPEQALKNAQAEAE'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords MBP1
publication title Structural and Biochemical Basis for Mannan Utilization by Caldanaerobius polysaccharolyticus Strain ATCC BAA-17.
pubmed doi rcsb
source organism Caldanaerobius polysaccharolyticus
molecule tags Sugar binding protein
total genus 116
structure length 402
sequence length 402
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-09-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4r9fA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4r9fA01
1L5TA 1B4ZA 4F22A 4PP0A 5H8FA 4RYAA 4DLDA 3HSTA 4WEPA 2VOZA 1JW1A 1MH4A 2ZYKA 4JDFA 4JBZA 1B32A 2Q2AA 5TP9B 5J1DA 4GVOA 1ZMGA 4Z7EA 1IXIA 3MQ9A 5DVJA 3RN8A 3PMXA 5KDTA 4HS7A 3O6HA 1IUDA 2HCAA 3PPOA 4H8IA 3EHUA 2KLFA 3ZS6A 4U2RA 3O97A 2I4CA 2F7BA 4F18A 5CI5A 5HM4B 4EQ7A 1XVXA 4F2QA 1FQBA 2NVUB 3T93B 1USYE 3IL1B 1MY1A 3PPPA 3DM0A 4FEDA 1D4NA 4FECA 3RPWA 3AXFA 3FV1A 2I0BA 2ZYMA 4ZDMA 1QKBA 1LAFE 1GR2A 4NF8A 2F34A 4G8MA 3RGYA 4YKKA 2ONRA 5I57B 1HSLA 2D5WA 5JEIA 2Z23A 4F3BA 1ZJLA 3VVDA 3I5OA 5K2XA 1OLAA 3VLUA 1TFAA 2H99A 4P11A 2O68A 2F7AA 3KSXA 1JVYA 5HBCA 3LBSA 5FHNA 3M3FA 3DP6A 3SDFA 4ZECA 3M3KA 2DE3A 4OYVA 1SW2A 3PGFA 2Q9TA 5DYHA 3HHFA 4GQOA 5I56A 4R9GA 1P1OA 1N7WA 1MQDA 1EH3A 2AYSA 2F36A 4YMAA 2GH9A 3SKPA 3R7XA 3Q28A 4GD5A 3H03A 4R74A 2PX1A 1VSOA 4EF1A 2OLBA 4EDPA 3GXAA 4M4GA 4ZE8A 2RC8A 1DPEA 4GIZA 4ECFA 4NF5B 2XXQA 3OEMA 3DP8A 4ESWA 1XC1A 1US5A 3K02A 1Z7ME 4R75A 1MDP1 5CMCA 3EQ1A 4MF3A 3D4GA 3TYHA 5H8HB 2ZMBA 4EQBA 3LC8A 5B7DA 5CM6A 3GBBA 3G7WA 3E4RA 4X1BA 4MFIA 1QJMA 4U1OA 4THIA 2DP8A 2AIXA 3CFZA 3KN7A 3K1NA 4DZ1A 3N26A 5CRYA 3W9WA 2X26A 1B5JA 3DP4A 1M5EA 3PPQA 4LZ8A 3VDFA 4Q30B 4FORA 1O7TA 1P1WA 2REGA 3FJMA 1MPBA 4NF4B 3G3HA 5H8NB 3TELA 3UORA 3B7DA 4PFTA 3U8QA 1URSA 4YMBA 2F35A 4JB7A 1ZTYA 1LSTA 5K2YA 1B52A 4BDQA 5H8QA 1SW5A 4PFUA 4Z0IA 3V8XB 4ZS9A 4WXJA 2QSXA 3SEVA 1OIBA 1LB9A 1O64A 2V93A 3IOVA 3HCQA 4QSCA 4KYSA 3O66A 5TP9A 5I84A 1NNTA 4OHNA 3U93A 3ZKKA 1LCFA 3QIMA 1NNFA 2QMXA 1BKAA 3W15C 1QUJA 1M5CA 2XHDA 1FTJA 1SQYA 4H8JA 4YZZA 1IZ1A 4PQJA 3SETA 4PETA 3CRBA 1QULA 1FTMA 2NWJA 2FYIA 4QFOA 1P99A 2HEUA 3RY3A 2H4IA 2F78A 3G3IA 3RT8A 1TXFA 4AB6A 4ESXA 4IO6A 1XT8A 1R9LA 4G8HA 5FTIA 3W9VA 5KCJB 1EZ9A 4MLVA 1SI1A 4ELPA 4FE8A 2O1MA 1FTOA 3BBRA 5EHMA 4XXUA 4F19A 2QMWA 1LAHE 3TTLA 1DTZA 2R9JA 3I3VA 2M8CA 1TT1A 2XX7A 4ELOA 3L6HA 4IO3A 1MM7A 4Q0CA 4OEVA 1NH8A 2PMSA 1ELJA 4GRKA 1UTHB 4NWDA 1OMPA 1RKMA 3QUFA 4AQ4A 1S50A 4GXSB 3KFMA 5ICQA 3IB1A 4OVJA 4NF5A 5ITOA 3TUSA 3LSWA 1AH5A 4G2ZA 1YCJA 3A09A 3FATA 1P1NA 3IK6B 1N3WA 3IB2A 4OETA 2G93A 1POTA 3MAMA 1Z7NE 3FZVA 2I58A 1Y1MA 5H8HA 3WAEA 4TLLB 3ODBA 4KYEA 4F3GA 1CE2A 4QFPA 3RNNA 4KI0E 4LONB 3B6QA 3QSLA 3S4UA 1XOCA 5H8SA 3E9XA 4WKMA 3QAXA 4JWOA 4C1TA 3FD3A 1UTBB 2H9BA 4G68C 3O9PA 3LSFB 4ISUA 3KGCA 2XXIA 3MVZA 1II5A 2Y84A 5L9OA 4NF4A 2GHBA 5H8NA 4U4SA 4E0XA 2O1LA 1RYOA 3BKIB 1D9YA 3DELB 3RUMA 3S9MC 2XX8A 5CC2A 2XXRA 4ELRA 3HO7A 1JEVA 1JQFA 5DEXB 4DIGA 3C35A 3T9VA 4FIMA 5TPAB 1AMFA 5AA2B 4HTGA 4RNSA 2ONSA 3OSQA 3SEYA 3FVOA 5A5XA 4I62A 1NH7A 1GV8A 4HCYA 2OWTA 4ZE9A 1PC3A 2QS3A 4O3CA 3PMWA 1XVYA 4O3BA 2R6GE 4YKIA 1QW0A 1SBPA 3VV5A 1MDQA 3Q27A 4IGRA 1B4HA 1AOVA 5AA2D 3IOWA 4UACA 4QFKA 1H44A 2DWJA 3H6WA 3I6VA 1GTKA 4JSOA 2UVIA 1DTGA 2RC7A 5AA4B 2V3QA 3FJ7A 5M2VA 4PFYA 4I9DA 4TOZA 3O6GA 2A5SA 2ANJA 4F31B 2DQVA 5DT6A 2ZNTA 3H6UA 2ZXTA 4DDDA 2DSFA 4NWCA 1AL3A 1SDXA 4QSDA 3O28A 3U94A 3BFTA 3M8UA 4L17A 3PV0E 3Q25A 4AB5A 5BUUA 3JYRA 2V3TA 3T9XB 1S7YA 1IIWA 1KWHA 1SW4A 2DE2A 2XXWA 4NE4A 4QF9A 3TPAA 1YTVA 3OO8A 2VD2A 3CFLA 4BLAA 3TTRA 5I58B 1UTHA 2H5YA 4UA8A 4OWDA 4C0RA 2OJTA 1NFTA 2OK2A 3KJTA 1R6ZA 2I48A 3EF7A 2ZYOA 3QUJA 4XKQA 3FUZA 4IO5A 3MP6A 4I8CA 4KHZE 4F3PA 3FXRA 2P0SA 2RF1A 4QFNA 4ZEBA 3OOAA 4N13A 4QFLA 4POXA 2WKYA 5HPQA 2B65A 1LB8A 1WVJA 2Z8DA 4POWA 3CSGA 4XKPA 1ZKBA 2DWAA 1SD3A 2GFEA 2O7UA 1B1XA 3UK4A 5FHMA 2XXXA 4XIGQ 2A5TB 4F1YA 5FTHA 5CMMA 1URDA 1UIVA 3PD8A 3OO7A 5FHOA 3FVKA 2I3WA 4MLQA 1WODA 1MQHA 1ZLQA 2ESNA 3ECRA 4DXUA 4RK9A 5B70A 2DWHA 3RT6B 1Y3PA 4GWOA 1EZPA 3MPKA 1WDNA 3SEUA 2NOOA 2RCBA 1SW1A 5ITPA 4EF2A 5EHSA 3TQLA 5AA2A 4LZ5A 3N6UA 2PT1A 5L9SA 4IY6A 4PE5B 1N3XA 3CFXA 1PDAA 1VFDA 1NNPA 4FATA 1Y20A 4BDRA 3OO6A 1MXWA 1UQWA 2Z22A 1FTLA 4H0WA 4KFQA 3IOTA 5I2KB 3GBAA 2DOJA 2I4BA 1B0LA 1FTKA 3FGSA 2O7IA 3MP1A 1IXGA 3MZ1A 5CMBA 4IO2A 4GFRA 4NTLA 2F8DA 4EXKA 2YPNA 4ONYA 3FXQA 4RPOA 2GRVA 2IA4A 5JTYB 4DE8A 2F97A 3FV2A 3V5AA 4P0IA 1MQIA 1MH3A 4X1DA 3VVEA 3OENA 2QS1A 4R2FA 1PB7A 4JSDA 1B51A 1MPDA 3KOTA 3SEWA 3MPLA 2Y7RA 1LGBC 2RKMA 4ZEFA 4DCXA 5I2NB 4PFWA 5JK4A 1IEJA 3PUZE 1GVCA 3MJNA 5TU0A 4EXLA 3EHTA 2O51A 2Q88A 4LATA 2FA7A 3MZ9A 3UIFA 2B3BA 2Q8JA 1FQEA 5I58A 3HV1A 5I57A 4LA9A 1AIVA 1B0HA 1H76A 4YU0A 1H43A 1LLSA 4YB6A 3K00A 3N94A 1B58A 4KPTA 3N5LA 1B7UA 4XKRA 2XD3A 4IY5A 4R2BA 1EU8A 3K6XA 4H5GA 1BTJA 3PD9A 1NL5A 2VD3A 3C4MA 2H98A 3TKDA 1MXUA 3S9EA 1A54A 1ZIUA 1P1UA 4G77A 2DYXA 3FVNA 4MH5A 4JWXA 4DXBA 4MBPA 4R6YA 4IO7A 2VGQA 5L8DA 1BIYA 2DWIA 3G3KA 3KJ7A 4TQUQ 1USYH 3OMBA 1IXCA 4R9FA 1MXYA 3SERA 3VVFA 3TFLA 2PBWA 1H3DA 4XTCQ 1I6QA 4U22A 3KN8A 1MY2A 2A5TA 4M1VA 3M3LA 3KN3A 3BFUA 5F1QA 2PT2A 5L9MA 3TCHA 2V84A 1A7LA 3E3KA 2DVCA 3K01A 2I3VA 5I56B 3THIA 3LSLA 1VFEA 2E1SA 3UP9A 3IB0A 3TAJA 5EYFA 5I59B 4C1UA 3FJGA 3FIRA 3FVGA 1OLCA 4QHQA 1B3GA 4KQPA 3DLNA 1M5BA 1I6AA 2F5XA 3QYTA 1QKAA 2Z8EA 3LSXA 3O2AA 3MVWA 4X48A 3MWBA 4Q8RA 1PBQA 4YKJA 2DXYA 2QPQA 2UVJA 3OSRA 4KCCA 3KG2A 4G68B 3MW0A 3ONMA 4GL0A 5I2KA 2Z8FA 2CZLA 3MP8A 4HCWA 2XX9A 1Y3NA 2OZZA 3K6UA 4NF6B 4R6HA 2DVZA 3TDJA 2THIA 2Y7PA 1B9JA 1SYHA 3E13X 3G3JA 3U72A 4H67A 1DMBA 3P7IA 4OENA 4ZEKA 4GXAA 1B6HA 2VHAA 1B7ZA 3H6VA 3EPEA 3N6TA 4H1XA 1B2HA 5AE4A 4F2OA 4BDOA 3OELA 3JV9A 3KZGA 3UGWA 3T22A 2E0SA 3SEXA 4IB2A 3WAFA 4ZZAA 3C36A 3TTMA 1SI0A 3F11A 1JVXA 3K0VA 3VXBA 4OFJA 3CR9A 2QS4A 4IGTA 1OQGA 3H6TA 3T66A 3C33A 3TQWA 3KSJA 1B3LA 4OEUA 2UVGA 1MS7A 1N0TA 2ZYNA 5I2NA 3RQTA 5LOMA 3PPRA 5AA3A 3U92A 3LUYA 1M5DA 3R6UA 3OD7A 2RC9A 5KCJA 4LVQA 5BWJA 2UXAA 1EZOA 5CBRA 1SYIA 1VE4A 4LZ7A 1NNKA 3T9HB 4FEBA 2VP1A 5CMKA 1HSEA 3CI8A 1I69A 3JZJA 1MY0A 3G3FA 3QXMA 4N6PA 4F1VA 4F3SA 1PBPA 2XXPA 1ZBMA 4NMYA 1B46A 4IO4A 1Y9UA 4RK2A 3TMGA 1GGGA 2DS9A 1RYXA 3CG1A 3FASA 2YLNA 1FW0A 3K6VA 4BDNA 4F39A 2PYYA 4Q5TA 4ZZEA 3TZAA 4OMBA 4RXLA 2PVUA 2I0CA 2CMOA 2B3FA 4LP2B 2BJJX 4KR5A 3KBRA 3PMVA 1B5HA 1LAGE 2QRYA 3IO6A 2V25A 2X7PA 4R72A 1B5IA 2NUVA 3S9LC 3QK6A 3A3UA 1US4A 2UVHA 2XD2A 4OERA 2XXYA 4WEDA 1D3KA 5DVIA 4EQ9A 1P1QA 2GHAA 2O69A 3V83A 2W7YA 5I59A 2AL5A 3RLFE 3RTFB 1YAEA 3TCGA 4F29A 1LFGA 5ICTA 3TTNA 2G29A 4FAJA 1LCTA 1MM6A 1QUIA 1ATGA 4XKNA 4ZEDA 3O6IA 2XXUA 1B7HA 2YJPA 4TLMB 3U1OA 1UTBA 4H65A 3K1MA 4OTEA 3PUVE 1D9VA 3SESA 1I6BA 2H25A 5IAIA 1H45A 3EN3A 4JXIA 3V89B 1JNFA 1B3HA 1DSNA 4OFLA 4OESA 1PB8A 2ABHA 2X7QA 3B6TA 4BDMA 4E0WA 4G68A 2RCAA 2XXHA 3K2DA 2Q89A 4YB7A 3PUYE 2F6PA 5DEXA 4NF6A 3OO9A 4BDLA 1TWYA 1QUKA 3S9NC 5TPAA 1FQAA 4LQ2A 3UN6A 2XXTA 1TFDA 4RY1A 3HN0A 2O84X 4P0GA 1MRPA 3R26A 1MG1A 3IO4A 3IJXB 4O3AA 3IOUA 3D4CA 3PU5A 3H4ZA 2ZNUA 1URGA 1ANFA 1BLFA 3KOSA 1MQGA 1A40A 2HQ0A 2AL4A 3G3GA 4U23A 1FQFA 1SVXB 3C34A 4JWYA 2QL3A 1LAXA 3L6GA 1YPNA 1Q35A 3VXCA 3MVYA 3C31A 1POY1 1IXHA 3IJOB 5AA1A 3OXNA 3K4UA 2HXWA 3B6WA 2Y7WA 5AA4A 3VFJA 3MVXA 2HAVA 4G8NA 2I49A 2ONKE 2OWSA 4H6DA 5DVFA 3FXUA 1Y4TA 4K3FA 5A5XB 3PPNA 3HPIA 4OFOA 1B1HA 3EHSA 1O63A 2I6EA 4OQOA 3PUXE 3ZSFA 3TODA 1LBBA 1MY3A 1PEBA 4ND9A 3IAZA 4G4PA 5H8FB 2HZKA 3KEIA 3MBPA 1CB6A 1A99A 3CIJA 2UYFA 1XS5A 2FNCA 2UYEA 2HFBA 4RJZA 1LBCA 4GLIA 5CBSA 4KD5A 3H3GA 5F7VA 1JETA 1UIUA 1PB9A 3CVGA 3C9HA 4I1DA 4N07A 5KDTB 1N04A 1FQCA 3CG3A 2HZLA 1Q1KA 2D21A 4GF8A 3GZGA 4U1ZA 3OEKA 3PUWE 2D3IA 2IEEA 3TCFA 2REJA 3IORA 1MY4A 4GL8A 4OXVA 4LUBA 4NEDA 1NMUA 4F1UA 5DTBA 1FQDA 4RA1A 2Q2CA 3ZKLA 3MUQA 1NKXA 1XHYA 4U4XA 3T9UA 4NF8B 4R6KA 3UA8A 4U21A 5ISUA 2F7CA 3H7MA 1Y4CA 2LAOA 4RPNA 2ZNSA 1S9TA 1R9QA 2QS2A 1DPPA 2O6AA 2P2AA 1HSJA 3MC2A 3TTKA 4X9TA 3T96B 3VLWA 3VE1B 3ILUB 1Y3QA 2Y7IA 3K1PA 3GLBA 3IR1A 1R1NA 2V3UA 3ILTB 1JEUA 3A3CA 4FJPA 4YICA 1MXZA 3MZBA 2P1SA 3Q26A 4HW8A 1JW5A 1N7XA 4LQ5A 3VLVA 1MXXA 2ALUA 3LR1A 4DCYA 1B3FA 1Y1ZA 1IITA 2DE4A 2OBGA 4ZEIA 2NXOA 4YAHX 1ZU0A 4KYDA 1OVTA 3USDA 1JW4A 3C32A 2F6GA 4QRZA 1DOTA 1B05A 1N76A 4H5FA 2Y7KA 1LFHA 1A8FA 2QJEA 4QSEA 2RINA 1F9BA 5IKBA 1MPCA 3TEPA 3H06B 4YKPA 4R73A 2R71A 3K6WA 5JTYA 4DXCA 2DXRA 1A8EA 5KZTA 3Q29A 2XXVA 2OCUA 1LFIA 3CSBA 1T0KA 1B3EA 1J1NA 1M5FA 4OZ9A 1BP5A 4YB5A 1VR5A 1MQJA 2HAUA 4KCDA 4ELQA 4EUOA 1IQ7A 3HHGA 5ELVA 1OVBA 3IX1A 1FCKA 1MXVA 3S2VA 1OQHA 1A55A 3RTWB 1N84A 1QVSA 3O29A 5H8QB 1B40A 4GOTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L5TA 1B4ZA 4F22A 4PP0A 5H8FA 4RYAA 4N91A 2CZHA 4MCOA 4DLDA 3HSTA 4MHFA 4WEPA 1LBWA 2VOZA 1JW1A 1MH4A 2ZYKA 4JDFA 2CZKA 4JBZA 1B32A 2WEFA 2Q2AA 4P8BA 5TP9B 5J1DA 4GVOA 1ZMGA 1K9YA 1IXIA 4Z7EA 3MQ9A 4JVIA 5DVJA 3RN8A 3PMXA 4I40A 5KDTA 4HS7A 1FPKA 3O6HA 1QGXA 1IUDA 2HCAA 3PPOA 4H8IA 4GBWA 3EHUA 2KLFA 3ZS6A 4N15A 4U2RA 3O97A 2I4CA 2F7BA 4F18A 5CI5A 5HM4B 4EQ7A 1XVXA 4F2QA 1FQBA 2NVUB 3T93B 1USYE 1XI6A 4P3LA 3IL1B 1MY1A 3PPPA 3DM0A 1CNQA 4FEDA 1D4NA 4FECA 3RPWA 3AXFA 3FV1A 2I0BA 2ZYMA 4ZDMA 1QKBA 1LAFE 1GR2A 4NF8A 2F34A 4G8MA 3RGYA 4YKKA 2ONRA 5I57B 1HSLA 2D5WA 5JEIA 2Z23A 4F3BA 1ZJLA 3VVDA 3I5OA 5I3SA 5K2XA 1OLAA 3VLUA 1TFAA 2H99A 4P11A 2O68A 2F7AA 3KSXA 1JVYA 5HBCA 3LBSA 2HXRA 5FHNA 3M3FA 3T1BA 3DP6A 3SDFA 4ZECA 2F3DA 3M3KA 2DE3A 4OYVA 1SW2A 3PGFA 2Q9TA 5DYHA 3HHFA 4GQOA 1FBEA 5I56A 4R9GA 1P1OA 4H46A 1N7WA 1MQDA 1EH3A 1NUXA 2AYSA 2F36A 4HXVA 4YMAA 2GH9A 3SKPA 4UABA 3R7XA 2WX9A 4OVQA 3Q28A 4GD5A 3H03A 4R74A 4PF6A 2PX1A 1VSOA 4EF1A 2OLBA 4EDPA 3GXAA 4M4GA 4ZE8A 2RC8A 1DPEA 4GIZA 4ECFA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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