5L9OA

Crystal structure of agrobacterium tumefaciens c58 strain pbp soca in complex with glucopine
Total Genus 73
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
73
sequence length
241
structure length
241
Chain Sequence
DNPLGLIDPTTISVGTMGDAKPYAFTTADGNFTGFDIELFLNVAGRLGFKKEQVVFTGQEFSALMPSVANGRFDVAAAAIGTTAKRKETVDFSDGYLAGFLSVLTSEAGITDAAGLKGKRLGVVQGTLQEIYAEKNFAGTDLVKFPDNNSAVSALNNGTVDAHFLDFEAAKDYSARYPALKIAVNIPSFDAPAGFVIRKGNDALRNALDKGLKEAMQDGTWKKLHEKWFPGTPMPAAYLPK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural Basis for High Specificity of Amadori Compound and Mannopine Opine Binding in Bacterial Pathogens.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Agrobacterium fabrum (strain c58 / atcc 33970)
molecule keywords Deoxyfructosyl-amino Acid Transporter Periplasmic Binding Pr
total genus 73
structure length 241
sequence length 241
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-06-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5l9oA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5l9oA02
3U93A 3OEKA 3SKPA 5I56A 3V89B 4U22A 4YAHX 3OMBA 3S9MC 2V25A 3TFLA 3ZS6A 4OHNA 3T93B 1FTOA 3PUVE 3H4ZA 3VV5A 1JETA 5FTHA 3BFUA 3KOSA 4EXLA 2DXRA 4G8NA 1MXVA 3TTMA 2AL4A 2XXQA 4Z0IA 3C34A 3MW0A 3FATA 4GVOA 1FTLA 5F1QA 3GBAA 2UVJA 3RTFB 3UORA 4FATA 1A99A 1N7WA 3B6TA 1USYH 1MDP1 2Z8FA 4RJZA 1Q1KA 4IO4A 2Z8EA 1QUIA 4POXA 4ZEIA 3JZJA 5L9OA 2GRVA 3SEWA 4FECA 1MY4A 2ZYKA 1UQWA 5ITPA 4X1BA 1QJMA 3OSRA 4Q30B 4GXAA 1POTA 1NNPA 3IR1A 1VFDA 4BDLA 2QL3A 3V5AA 1FQBA 4OFLA 4TLLB 1PB7A 3KGCA 5TU0A 3KN3A 3CRBA 3ZKKA 3V8XB 4LUBA 1H76A 1MQJA 4KYEA 5BUUA 5I59A 1B5IA 2OK2A 3KSXA 2Z22A 1B3LA 1TFDA 3TYHA 4ZEFA 3O6GA 2XXRA 3VE1B 3CSBA 4OESA 4C0RA 1QKAA 3ILTB 5DEXA 1N76A 1B1HA 2F36A 4PQJA 5CMKA 3KBRA 2A5TB 4XXUA 1B5HA 3FVGA 4PE5B 3VXCA 4H8JA 1NFTA 4GFRA 3Q29A 3PD8A 2O1MA 2XD2A 1MRPA 2H99A 1B6HA 2OBGA 3H06B 2PBWA 5HM4B 4PP0A 3RPWA 1B0HA 5KCJA 4Z7EA 1IXIA 3U72A 3MVYA 5H8FB 1XHYA 5AA1A 3OO9A 1OVBA 1MXXA 2HAVA 4JBZA 2R9JA 3AXFA 5A5XA 3M3KA 1R9QA 3VXBA 1MY2A 1N84A 4EXKA 4NF4A 1GR2A 1H45A 3I6VA 1B1XA 5I2KA 4NF6B 3K6VA 5I2NB 3BBRA 4IY6A 2DWJA 2P2AA 4OWDA 4G68B 3D4CA 2QS3A 2GHAA 3F11A 2Y7KA 2IEEA 1NNTA 4ZEDA 2H9BA 4OZ9A 2B3FA 2Q88A 1BLFA 4LATA 1URGA 4NF5A 4U2RA 2REJA 3T9XB 3C9HA 3LC8A 1EZ9A 3N26A 1NMUA 1JW1A 4IB2A 3JV9A 1M5CA 2NOOA 3K1MA 2V3TA 4NEDA 1NNFA 2DVZA 4F29A 4GWOA 3EHSA 4MLVA 2QMWA 3KOTA 4U21A 5ELVA 4DDDA 1ZLQA 3K2DA 1SD3A 4C1UA 3W15C 3FV2A 4LQ5A 4WXJA 3O6HA 1JVXA 2RKMA 5H8HA 1QKBA 4TOZA 3PPNA 4QFNA 4H8IA 4IY5A 3EN3A 1SYIA 4F19A 4KQPA 3MWBA 4KFQA 3FASA 3EF7A 2ESNA 2VHAA 1A55A 2X7QA 1MS7A 1QULA 4OTEA 2REGA 4KYDA 4QFPA 4RK2A 3PUYE 1BP5A 4QFLA 2QS4A 1MXUA 2PT1A 3KSJA 1MPBA 5CMCA 1VFEA 3CIJA 3PUZE 3K0VA 4ND9A 3G7WA 1XVXA 4MH5A 3H03A 2PVUA 5IKBA 1LB9A 2I3WA 4OEUA 3QXMA 2RC9A 1SYHA 5F7VA 4OFOA 1II5A 4AQ4A 3M3FA 2QSXA 3EQ1A 3N6UA 1URSA 3E3KA 4U4XA 1YCJA 2DE3A 1Q35A 4DZ1A 4ONYA 2XXUA 1J1NA 2GH9A 1ZU0A 1GGGA 5AE4A 5KDTA 2F6PA 1HSJA 3G3HA 1MG1A 4GQOA 1UTHB 1I6BA 3B7DA 3IAZA 4R9GA 4HCYA 1MXWA 1B52A 3H6UA 4MF3A 1GV8A 3PV0E 1US4A 1MM6A 4THIA 1ZJLA 1LBBA 1MDQA 2V84A 4EQBA 4X1DA 1OQGA 2X26A 2M8CA 1FTJA 2D5WA 1Y20A 5BWJA 5I57B 3WAEA 3S2VA 1TFAA 4RY1A 1YPNA 4YU0A 3LSXA 5TPAA 4KI0E 4PFTA 1XVYA 1LFHA 3RT6B 5L8DA 5ICTA 2ONKE 1MH3A 4PETA 3MZ1A 3VDFA 3FXQA 3UGWA 1ZIUA 1A40A 4WKMA 1XS5A 1LSTA 4PFWA 1D9YA 3VVFA 1ZBMA 3HN0A 1WVJA 3KG2A 4MBPA 4F3BA 2DVCA 2DOJA 2QMXA 4GD5A 3T22A 3LSFB 2GHBA 4GLIA 1DMBA 2YLNA 2KLFA 3HO7A 2UVIA 2D21A 1IIWA 2A5SA 1JEVA 2HQ0A 5AA4B 4FJPA 5CRYA 4P0GA 4G8MA 3PD9A 1B4HA 1D3KA 1DTZA 2ABHA 3ODBA 3FGSA 3M3LA 3C35A 3IOVA 4NWDA 3MVXA 1NNKA 1QUKA 2O1LA 4FEBA 3VLUA 2W7YA 2Z23A 5TP9A 5FHOA 1MQGA 2Q2CA 3PMVA 1NH7A 3TAJA 2I0BA 4FE8A 1T0KA 2OJTA 2DE2A 4HTGA 2F8DA 2XD3A 1R1NA 1B9JA 5CBRA 4I8CA 1R6ZA 2Y7PA 5CI5A 1MM7A 4RXLA 4TQUQ 3QUFA 2P1SA 3RGYA 4RNSA 2VD2A 2H25A 4F1UA 3PPQA 4O3BA 2ZNUA 3IOTA 3O28A 2VD3A 4F3PA 2ONSA 3PGFA 3O29A 5EHSA 3EPEA 1Z7ME 4L17A 2OLBA 3L6HA 3RUMA 2I58A 2OCUA 1XT8A 1PBPA 1AL3A 1P99A 5CMMA 4LQ2A 3VFJA 5JK4A 1SI1A 4RPNA 3TUSA 4GL0A 3MUQA 4YB5A 4POWA 3USDA 2QRYA 3LSWA 5B7DA 3PPOA 5I58A 3TZAA 4WEDA 3MC2A 3SEXA 5DYHA 2I49A 3RTWB 3U1OA 3KN8A 1SW5A 3PPRA 4OVJA 1UTBA 1PEBA 1JEUA 3ZKLA 2O7UA 1LAHE 3IO6A 3Q28A 4YB6A 3O66A 5H8QB 4H1XA 4R2FA 5DT6A 3HV1A 3U8QA 1JNFA 2Q8JA 4KCCA 1A7LA 4MFIA 1B7ZA 5ISUA 5H8NA 1FTMA 4YB7A 2P0SA 5IAIA 3MJNA 4F2OA 3VLWA 2F5XA 3R7XA 2Y84A 1B2HA 1ELJA 1I69A 4GF8A 5AA2B 3IL1B 1OVTA 5FHMA 4R6YA 2VGQA 4IO6A 2PT2A 1BTJA 5AA2D 3ILUB 2UYFA 1DPPA 1B5JA 3CG1A 3WAFA 2OWSA 2LAOA 1A8EA 3PUXE 2XXIA 4YMBA 4I1DA 2XXTA 2O51A 1SVXB 1DTGA 4K3FA 3JYRA 2RCBA 4QSCA 3HHFA 4DCXA 4BDOA 3R26A 2NWJA 2UVHA 1EU8A 3QAXA 5CBSA 3RNNA 2UYEA 4DE8A 1OIBA 1B05A 3SEYA 3I3VA 2Q9TA 1N3XA 4HCWA 3KJTA 3TODA 4I62A 3OENA 2XX9A 3IOWA 3CVGA 3KFMA 4RPOA 4F1YA 3IORA 2Y7RA 1Z7NE 4E0XA 5AA4A 5JTYB 2PMSA 1POY1 4U23A 4KHZE 1IXHA 4AB6A 3FVNA 5I56B 1URDA 4I9DA 1WDNA 2HZKA 3Q25A 3Q27A 3P7IA 3THIA 3H6TA 3OOAA 4YKKA 4G77A 2FA7A 3DP8A 2Y7WA 4ZDMA 2F35A 4ZECA 3TTLA 5ICQA 2F7CA 2XXYA 3FXUA 2QPQA 2XX7A 2BJJX 2I3VA 3LSLA 3EHTA 1N0TA 5J1DA 1MY3A 3IJOB 3S9NC 1N3WA 1SDXA 4G68C 3O2AA 1H44A 4EQ7A 1QVSA 4M4GA 2ZYOA 1M5FA 1AH5A 4G8HA 1D9VA 3TDJA 4XTCQ 1SW1A 3IJXB 4JSDA 1QW0A 3H7MA 3HPIA 1BKAA 4DCYA 1B51A 4C1TA 3CI8A 1YAEA 4QFOA 3G3KA 4P0IA 4KCDA 4X48A 1HSEA 4ELPA 3EHUA 1H43A 1SW2A 3L6GA 4ZEBA 3MZBA 4UACA 2XXWA 3MP1A 3N5LA 3W9VA 4ZS9A 3OEMA 2QS1A 2Q2AA 4EQ9A 4WEPA 3U94A 1IEJA 2CZLA 4X9TA 1FQCA 4HW8A 1O64A 1Y3NA 5K2YA 4ELRA 2A5TA 4N07A 3TKDA 3G3FA 2E1SA 3RT8A 1LBCA 3IB1A 4AB5A 2UVGA 5DEXB 3FVKA 1Y3QA 1XC1A 2I48A 4LONB 3BKIB 3G3JA 3S9EA 4ECFA 5H8FA 3GXAA 3MAMA 4Q0CA 2HCAA 4JWXA 1B4ZA 3C36A 1XOCA 4H6DA 1UIVA 5KCJB 1FCKA 3PUWE 4Q8RA 3GLBA 1VSOA 5I84A 3IOUA 3H3GA 3MPKA 3O9PA 4OQOA 3DM0A 3S9LC 4H65A 3TQLA 1LGBC 3ONMA 5FHNA 4NF6A 5I2NA 5EHMA 2PYYA 4GXSB 1NH8A 3FV1A 1HSLA 2DSFA 3G3IA 4G68A 4NF4B 1JW5A 2Z8DA 3FVOA 4ZE8A 3KN7A 4R6KA 1Y3PA 1MXYA 4GRKA 5I2KB 3KEIA 2WKYA 3FD3A 2XXXA 1JVYA 3DELB 2XXPA 3UP9A 5DVIA 1RYXA 3MQ9A 2R71A 4ZEKA 3FJ7A 4F1VA 1KWHA 3T9VA 4EDPA 4NF5B 1OMPA 2ZYNA 3QSLA 1P1WA 1USYE 1FQDA 4MLQA 2RC7A 1EZOA 4F2QA 3DP4A 4NE4A 4DXUA 4ELOA 2OWTA 4G2ZA 3SESA 1P1UA 3IB2A 1A8FA 4LZ5A 1JQFA 4NF8B 1B32A 3MP6A 4EUOA 5L9SA 5FTIA 5CMBA 2ONRA 4OYVA 4TLMB 3H6VA 4LZ8A 1IITA 3PMWA 4OETA 1MQDA 3T66A 4F3GA 3TQWA 3SDFA 1CE2A 2ZNTA 2B65A 1H3DA 1GTKA 2O69A 1MXZA 2ALUA 3T9UA 5H8HB 3O6IA 4IGTA 3N6TA 2QS2A 4EF2A 2THIA 2XXVA 3TCFA 4ZZAA 3ZSFA 1QUJA 2HEUA 3K4UA 4KR5A 4N6PA 1PDAA 1ANFA 1LCFA 1JW4A 4R75A 4QFKA 4YKPA 4ESWA 3CSGA 3N94A 1Y1MA 1S7YA 1D4NA 4R72A 3K6XA 3SERA 4IO7A 3RLFE 2GFEA 2I6EA 2E0SA 2H98A 2DWHA 2G93A 4YKIA 4E0WA 1SI0A 1ZTYA 3FJGA 2F7AA 3TMGA 1DPEA 1P1OA 1AIVA 1PBQA 2YPNA 2V93A 1S50A 2ANJA 4NMYA 3IX1A 4IGRA 4LA9A 1Y9UA 3UA8A 2IA4A 1VR5A 3T96B 4IO3A 5AA3A 3O97A 3M8UA 1DOTA 1EH3A 1RYOA 1R9LA 4P11A 3UK4A 2RC8A 2O6AA 1SBPA 1FQEA 2V3QA 4O3AA 1AMFA 3OO6A 3FXRA 4N13A 1Y1ZA 1MQIA 3UIFA 1M5EA 3K02A 1B40A 4NTLA 1UTHA 3VVEA 3FUZA 3KZGA 2ZNSA 4YICA 3TEPA 1B3GA 4R2BA 3CFXA 5DTBA 3DP6A 4OENA 3S4UA 1B0LA 3TELA 5KDTB 1LAXA 1NKXA 4GOTA 4ESXA 1LAGE 4DXCA 1I6QA 2I4CA 1MPCA 1O7TA 4U4SA 5CC2A 2DWAA 2HAUA 4RYAA 3TPAA 3B6QA 4QRZA 1MY1A 2NUVA 3RN8A 1WODA 2ZYMA 3D4GA 5I57A 3QUJA 4LVQA 3RQTA 4QSEA 2HFBA 1I6AA 2Q89A 4RA1A 3TTKA 1BIYA 3PMXA 3K1NA 3U92A 1SQYA 3HHGA 2NVUB 1IZ1A 5HPQA 4OERA 2F34A 2AL5A 1DSNA 2ZMBA 3C32A 3SEUA 4JWYA 3G3GA 3OELA 2FYIA 1GVCA 3E13X 3K00A 2XHDA 4XKRA 2V3UA 5TPAB 1Y4CA 1FW0A 3DLNA 4LZ7A 1TXFA 2ZXTA 4JXIA 3TCHA 3BFTA 3GBBA 2R6GE 3MPLA 1N7XA 1PB8A 3TCGA 4XIGQ 3TTNA 3CG3A 5H8SA 2G29A 4DXBA 4ZZEA 4DIGA 3OSQA 4GIZA 3V83A 3LBSA 3SEVA 1S9TA 2I0CA 1MY0A 4BDMA 1UIUA 2H4IA 3C31A 4F31B 1B7UA 4F22A 2F6GA 3RY3A 4NF8A 3K6WA 1B3EA 4FIMA 5ITOA 4XKPA 4FORA 4YKJA 5LOMA 2H5YA 2XX8A 5B70A 3QYTA 4JWOA 3KJ7A 4U1ZA 4OEVA 3CFLA 2CMOA 3FJMA 4H67A 1US5A 4XKQA 3A09A 4OXVA 4F39A 3MVZA 2DQVA 3C33A 2RINA 3A3CA 4BDQA 4RK9A 1LFGA 1M5DA 4PFUA 4Q5TA 2AIXA 5EYFA 4DLDA 1FQFA 3HSTA 2DYXA 1IXCA 5JEIA 4JB7A 4FEDA 5TP9B 4GL8A 3SETA 1AOVA 3K01A 3LUYA 1FTKA 1TWYA 1LFIA 1TT1A 1L5TA 3OD7A 5K2XA 2I4BA 2D3IA 3E9XA 3HCQA 3IO4A 4YZZA 3PPPA 4NWCA 4ELQA 3ECRA 1OQHA 1MQHA 2VOZA 4H5GA 3VVDA 1PC3A 1ATGA 1RKMA 4ISUA 3K6UA 3CR9A 4QF9A 2DE4A 3I5OA 1MPDA 3QK6A 2NXOA 3IK6B 4M1VA 3T9HB 1LB8A 4FAJA 4R74A 3W9WA 2XXHA 2O7IA 3OXNA 1O63A 5I59B 2Y7IA 2VP1A 2YJPA 4UA8A 2QJEA 1OLCA 3IB0A 4G4PA 3E4RA 5I58B 2RF1A 3H6WA 2DS9A 1ZMGA 5H8QA 5L9MA 2HXWA 2B3BA 1CB6A 1PB9A 4PFYA 4OMBA 1UTBB 1IQ7A 1Y4TA 2O84X 5DVFA 4H0WA 1B58A 3UN6A 1A54A 3LR1A 4F18A 1F9BA 1B7HA 4JSOA 4XKNA 1VE4A 1LLSA 5AA2A 1IXGA 4KD5A 4IO5A 3R6UA 5H8NB 2DXYA 5DVJA 3VLVA 4O3CA 1M5BA 3FIRA 1FQAA 4BDRA 2PX1A 4OFJA 5KZTA 3GZGA 4LP2B 1ZKBA 1B3FA 5A5XB 1NL5A 2F7BA 1B3HA 1SW4A 4BLAA 2UXAA 4QSDA 1IUDA 2HZLA 4EF1A 1YTVA 2F78A 3K1PA 1LCTA 3OO8A 2DP8A 4KYSA 4R73A 3FZVA 2X7PA 3MBPA 4JDFA 4R9FA 4KPTA 3A3UA 3CFZA 2DWIA 1P1QA 4ZE9A 5CM6A 3Q26A 4H5FA 4U1OA 4R6HA 3MP8A 3PU5A 3MVWA 1P1NA 1B46A 1N04A 1OLAA 1MH4A 3QIMA 3C4MA 4IO2A 1LAFE 3MZ9A 4YMAA 2RCAA 4BDNA 5HBCA 2O68A 2FNCA 4F3SA 4QHQA 5M2VA 2AYSA 3OO7A 3B6WA 4HS7A 2F97A 1EZPA 5JTYA 3TTRA 2OZZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3U93A 5ET8A 3OEKA 3SKPA 1NV6A 5I56A 3V89B 4U22A 4YAHX 1LEVA 3OMBA 3S9MC 2V25A 3TFLA 3ZS6A 4OHNA 4NX1A 3T93B 4AS4A 1FTOA 3PUVE 4N8YA 3H4ZA 4NQ8A 1DBZA 5J16A 3VV5A 1JETA 5FTHA 3BFUA 3KOSA 4DI4B 4EXLA 2DXRA 2CEXA 4G8NA 1MXVA 3TTMA 4HXVA 2AL4A 2XXQA 5ESYA 5I7IA 4Z0IA 3C34A 3MW0A 4PDDA 3FATA 4GVOA 1FTLA 4OVTA 5F1QA 3GBAA 2UVJA 4NF0A 3RTFB 3UORA 4FATA 1A99A 1N7WA 3B6TA 1USYH 1MDP1 2CZKA 2Z8FA 4RJZA 1Q1KA 4PGNA 4IO4A 2Z8EA 1QUIA 4POXA 4ZEIA 3JZJA 5L9OA 2GRVA 3SEWA 4FECA 1MY4A 2ZYKA 1UQWA 5ITPA 4X1BA 1QJMA 3OSRA 4Q30B 4GXAA 4QXDA 1POTA 1NNPA 3IR1A 1VFDA 4BDLA 2QL3A 1EYJA 2FIXA 3V5AA 1FQBA 4OFLA 4TLLB 1JP4A 4NAPA 4MEVA 1PB7A 3KGCA 5TU0A 5I5PA 3KN3A 1IMAA 3LV0A 3CRBA 2Q8MA 3ZKKA 3V8XB 4LUBA 2FVZA 1NV2A 1H76A 1NUXA 5LDZA 1MQJA 2OX3A 4KYEA 5BUUA 5I59A 1B5IA 1FPJA 2OK2A 3KSXA 2Z22A 1B3LA 4P8BA 1TFDA 3TYHA 4ZEFA 3O6GA 2XXRA 3VE1B 3CSBA 4OESA 4C0RA 1QKAA 5ET7A 3ILTB 5DEXA 4GWZA 1N76A 1B1HA 2F36A 4PQJA 5CMKA 3KBRA 2A5TB 4XXUA 1B5HA 3FVGA 4PE5B 3VXCA 4H8JA 1NFTA 5LTCA 4GFRA 3Q29A 3PD8A 1YYZA 2O1MA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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