3R6UA

Crystal structure of choline binding protein opubc from bacillus subtilis
Total Genus 97
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
97
sequence length
272
structure length
272
Chain Sequence
QTIKIGAQSMSESEIIASMLGQLIEHHTDLKTTTIKNLGSNAVQQQALMNGEIDIAATRYTGDALTGTLRMEPEKDPDKALALTQREFKKRYDLKWYDSYGFDNTYAFTVSKELADQYHLETVSDVKKWAPQLKLGVDNYWMKLKGNGYQDFTKTYGMTFGGTYPMQIGLVYDAVKSGKMDIVLAYSTDGRIKSYGLKMLKDDKQFFPPYDCSPVVPEKVLKEHPELEGIIKKMLGKIDTATMQELNYEVDGNLKEPSVVAKEYLEKHRYFE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Choline-binding protein
publication title The Crystal Structure of the Substrate-Binding Protein OpuBC from Bacillus subtilis in Complex with Choline.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
total genus 97
structure length 272
sequence length 272
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-03-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04069 OpuAC Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3r6uA01
3.40.190.120 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Osmoprotection protein (prox); domain 2 3r6uA02
3EHSA 5ICQA 3SESA 2I0CA 1KWHA 4HW8A 2PT1A 5HBCA 2AYSA 4H67A 1B1HA 2DE3A 4U4SA 3DP6A 3FXUA 1ELJA 3R26A 2NUVA 1FQEA 3V83A 1UTHA 1H3DA 1IIWA 4F22A 4YU0A 3BFTA 4LZ7A 2V3QA 3IOWA 1P99A 2AL4A 1B5HA 1D4NA 3E3KA 1QKAA 4RA1A 5CBSA 2HAUA 3E13X 2V93A 1O64A 3N6TA 5I57B 1A40A 3IOUA 1VFDA 2H9BA 4OEVA 2REJA 4X9TA 3K1NA 2G29A 5KCJB 4GVOA 3KBRA 3FXRA 5CMCA 3CG1A 3KOSA 4OWDA 2VP1A 3AXFA 4G68C 1MM6A 3O29A 3WAFA 1LBCA 1ZKBA 2F78A 1US4A 3DM0A 3RNNA 2QSXA 1JETA 3MPKA 1MDP1 1CB6A 4F1VA 2OWSA 1IXCA 3MQ9A 2AIXA 2CZLA 4H0WA 1PEBA 1P1OA 4KYDA 4FAJA 4LP2B 3TODA 4QHQA 3MBPA 2FYIA 3SERA 4NF5A 3EHTA 3RLFE 5DVJA 5KCJA 1JEVA 3VXCA 1VR5A 1B2HA 2QPQA 4NTLA 2OWTA 1B1XA 3KG2A 4JXIA 3ILTB 2O7UA 3VVEA 4JWXA 1H76A 4ZEIA 4U4XA 1B51A 1H45A 3CFLA 4QFPA 5AA2B 1NL5A 1HSLA 3U92A 3G3IA 5I2KB 4ESXA 1B52A 3RT6B 5I84A 1OMPA 1DMBA 2RCBA 4QSEA 2I49A 3BKIB 2XXPA 3IB1A 3FVGA 3C31A 3TEPA 1II5A 3PD8A 2B3BA 2ZXTA 4F2QA 3SETA 1POTA 3EN3A 4F39A 2ONSA 2P1SA 1FQAA 2I0BA 5DEXB 3VLUA 1QKBA 2ONKE 1Y4CA 5AA2A 3H7MA 3VE1B 5I2KA 1P1UA 3O6GA 1MXYA 5CMMA 4ESWA 3KFMA 2Q2AA 4I8CA 1LLSA 3RT8A 4YICA 1TFAA 1B9JA 3KSJA 1LB8A 2DWIA 3W15C 2QS3A 1IITA 2I4CA 4ZDMA 2O69A 3KEIA 2R71A 4QF9A 1MY4A 1OQHA 5HPQA 1SYIA 4BDMA 1DOTA 1OVTA 4ONYA 4C1UA 4IO3A 2QJEA 1P1NA 4G8HA 1JNFA 1BIYA 3SEVA 4QSDA 3S4UA 1B3EA 1PDAA 3PPNA 1XT8A 4ZS9A 3MW0A 2RKMA 3TCFA 3PMVA 2H99A 4OXVA 1Q35A 4ELPA 3G3HA 4IGRA 4M1VA 3ECRA 4DXBA 3ONMA 2PBWA 1NFTA 2ZNTA 5ELVA 1Y3NA 1QULA 3KZGA 3TZAA 5FHMA 1MXUA 2Z8EA 5IKBA 2ZYMA 3K1MA 1DPPA 4G68A 1B4HA 4PETA 3SKPA 2VD2A 2XXWA 5FTHA 1N84A 1LFIA 4YKKA 3U8QA 4U1OA 2PVUA 2Z23A 1ZTYA 2GRVA 1PB9A 2LAOA 1AIVA 2QMXA 5TP9B 4R6HA 3O66A 4R9FA 3PUYE 2F36A 3PUXE 4ELRA 5H8HB 4FATA 4ZEKA 2P2AA 1IZ1A 4GIZA 3CG3A 1Y20A 2Z8FA 3MAMA 2H4IA 2D21A 4DCYA 3LBSA 2I58A 3OXNA 3Q28A 1SVXB 1ATGA 1B58A 2QRYA 3DELB 5EYFA 3JZJA 3FJMA 3K6XA 2O1LA 2B65A 4BDLA 4JSOA 3G7WA 4HS7A 1MPBA 3K1PA 5H8HA 3GZGA 3H06B 5JTYB 4DLDA 1OLAA 3FIRA 3QYTA 4EDPA 1B46A 3EF7A 1JW1A 4F3GA 4YKIA 3KJTA 4QFOA 1D9YA 1VSOA 1WDNA 3L6GA 4H8IA 1N7XA 3CIJA 3O6IA 2O1MA 3UP9A 1LFGA 2REGA 1L5TA 3OSQA 1LAHE 1MRPA 2O68A 2ZNUA 3RTFB 4F1UA 4NF4B 1OQGA 3OSRA 2Q8JA 4N13A 3U72A 4Z0IA 5CC2A 5JTYA 5KZTA 4KPTA 1PB7A 3FZVA 5H8FA 2D3IA 1XOCA 3DLNA 3OELA 5I58B 4RNSA 3PD9A 3K0VA 3TUSA 1M5DA 2XXUA 4EUOA 2XHDA 4GQOA 4I62A 4NE4A 3TQWA 1OVBA 3SEXA 2F7BA 2F97A 1I6QA 2KLFA 3KJ7A 4BDQA 3HN0A 3VLWA 3FJ7A 4XKRA 1DPEA 1USYH 4LONB 4YB6A 1RKMA 3KGCA 2RINA 4IO6A 1P1WA 4KCCA 1D3KA 5TPAB 3K6WA 3K4UA 4EXKA 1FTLA 3N26A 3TTMA 2XXXA 4JWOA 2DSFA 2YPNA 3GLBA 1AH5A 1B5IA 2ZNSA 4JWYA 4YMBA 4R73A 4X1DA 4ZE9A 5TPAA 1ZIUA 5L9SA 4F31B 4U22A 1SW1A 1B6HA 1SW2A 4PFTA 3MZ1A 2UVHA 4DIGA 3VFJA 3K6UA 1LB9A 3S9NC 1Y9UA 1MY3A 4G77A 4P0IA 2PMSA 2Q9TA 2XXRA 3TDJA 4H8JA 3CVGA 1SYHA 2I4BA 1BTJA 5L8DA 2I3WA 4Z7EA 4KFQA 1FQCA 1QJMA 3G3FA 1LCFA 4QFKA 1H44A 3N6UA 3PPOA 1MM7A 4NF8B 2DE4A 1Y1ZA 4MH5A 1AOVA 4IO2A 4IY5A 4RXLA 4N6PA 1NH8A 4KHZE 2GHBA 3UA8A 2XX8A 1PC3A 4HCYA 4WEPA 1BP5A 1TXFA 1SI1A 4GL0A 3PUWE 1FTJA 3ZKKA 3ILUB 4MLVA 3PUZE 2XX7A 4OETA 3TYHA 3IB2A 3C33A 4NF8A 2HAVA 4NF5B 2DVZA 4ZEBA 4BDRA 2E0SA 4OESA 1DTGA 2XXIA 4UACA 1MQJA 2BJJX 2DWHA 1PB8A 3ODBA 1MG1A 1NNFA 3LSXA 4MBPA 3CSBA 3T66A 2XXQA 4GOTA 1LGBC 1TFDA 4PQJA 3H4ZA 3B6TA 2QMWA 3FVOA 3H6TA 3RPWA 4JDFA 3RUMA 3MC2A 3IL1B 3IO6A 3PMWA 3H3GA 3B6QA 4AB6A 4OFLA 3BBRA 1EU8A 4X48A 4YKPA 3VXBA 1WODA 4XKPA 3UGWA 2F8DA 3O28A 2I6EA 4H6DA 1LAFE 3QUFA 4I9DA 3TELA 1JW4A 3C4MA 3GBBA 4IO5A 2UXAA 3UK4A 2Y7KA 1MH3A 2XXHA 2O6AA 2UVIA 4NWCA 1QVSA 1B5JA 3HO7A 1QUIA 3MP1A 1VFEA 4OFJA 4PFWA 1SW4A 3Q29A 4Q5TA 2Z22A 4FIMA 5AA3A 1IXIA 1LSTA 5K2YA 2F35A 4OMBA 4LA9A 3ZS6A 3MP8A 1I6BA 1JQFA 2XXYA 3UIFA 2DWAA 3HSTA 3S2VA 3S9MC 1MPCA 3VLVA 1B3GA 1BKAA 4M4GA 2ONRA 1IQ7A 4OVJA 3W9WA 1J1NA 4K3FA 1SD3A 1N04A 3IB0A 2RC9A 2GFEA 4QFLA 3MP6A 4TOZA 4BDOA 1SQYA 4OFOA 5LOMA 1MY1A 4JB7A 3C35A 3LSWA 5EHMA 4XKQA 1YTVA 4G68B 2VHAA 2XXVA 1FTKA 1FQDA 3OO8A 1MY0A 3LSFB 1B3HA 5A5XB 4OTEA 4ELQA 2THIA 2D5WA 3DP8A 2UVJA 4KD5A 1B32A 2HXWA 2F34A 3C34A 4ELOA 1IXGA 1EZPA 3D4CA 2DQVA 1A55A 2GHAA 3M3FA 3FATA 3GBAA 3HPIA 3USDA 3RGYA 3FD3A 3QIMA 5A5XA 5I59B 3CFXA 1POY1 4ISUA 3IR1A 3UN6A 1IEJA 3A09A 1SDXA 1NNPA 4R75A 5CI5A 4C0RA 4H1XA 2G93A 4OHNA 4IB2A 3TTNA 2DOJA 3F11A 3H6VA 3H03A 2DE2A 4U2RA 1HSJA 2AL5A 4NF6B 1RYOA 3KN7A 4OQOA 5I59A 3T9VA 1LAXA 4GXAA 4EF2A 3QAXA 4R6YA 4YB5A 4RK2A 1YPNA 1T0KA 1N3WA 3RY3A 2Q2CA 5CMBA 4XIGQ 3M3LA 4KQPA 5H8FB 3MZBA 2OZZA 3EHUA 4WKMA 2XXTA 3FVKA 4WXJA 1B05A 3A3UA 4R6KA 4F3PA 3UORA 5I56B 4NF6A 2PX1A 3JV9A 2GH9A 4GWOA 2XX9A 4OERA 3SEYA 1LBBA 3HV1A 3M3KA 4R72A 2H5YA 3JYRA 3N5LA 3U94A 4LZ8A 3MVYA 4THIA 2DWJA 3DP4A 5AA1A 3TTLA 4F18A 4ND9A 1Y3PA 2B3FA 2DYXA 2XD3A 5I56A 1MY2A 2OJTA 4R2BA 3IK6B 1AMFA 2QS1A 3K2DA 2F7CA 3L6HA 4WEDA 3T9HB 1M5BA 1UIVA 1RYXA 5KDTA 3D4GA 4Q0CA 5DYHA 5B7DA 4EF1A 4G4PA 2ABHA 2QS4A 5L9OA 3SDFA 1XHYA 1QW0A 2F6PA 5TU0A 3K02A 5CBRA 4YB7A 2PYYA 1I69A 3VVDA 3T96B 1PBPA 1O7TA 4ECFA 1XS5A 1XVXA 1A99A 2VOZA 3FV2A 5H8SA 3BFUA 3I6VA 4F3SA 4ZEFA 3EQ1A 4E0XA 1URGA 3T93B 3TCGA 1JVYA 1TWYA 3OEKA 1UTBA 4RK9A 1EH3A 4AQ4A 3HCQA 3I3VA 2NWJA 4JBZA 3O97A 4G2ZA 3LSLA 2I3VA 4F19A 2ANJA 3U1OA 4TLMB 3FJGA 3U93A 2HCAA 4H5GA 3OO9A 4GL8A 5DTBA 3ZSFA 1JW5A 4KYEA 1ZJLA 3IAZA 5ICTA 1R1NA 5AA2D 3QXMA 1B40A 3PMXA 1MXXA 3IORA 3O6HA 4BLAA 3VVFA 4F1YA 3OD7A 1B7HA 1B7UA 1NNTA 5I2NB 1B3FA 5BUUA 1O63A 1S7YA 1NNKA 3KOTA 3Q25A 1ZU0A 1ZMGA 5FHOA 4R2FA 3MVWA 2OLBA 4QRZA 3RTWB 3TTKA 5DT6A 3M8UA 1FTMA 4KCDA 2Y7IA 3SEUA 2ZYOA 3GXAA 4I1DA 1ZBMA 4L17A 2OK2A 3C9HA 4GXSB 1FCKA 3O2AA 1URSA 3PPRA 1N76A 4UA8A 4FEBA 4IO4A 5I2NA 1H43A 3Q26A 2Q89A 4G8NA 3CR9A 1MQIA 1A8EA 1JVXA 4OENA 4U21A 1FW0A 3Q27A 2A5TA 5JK4A 3LC8A 4Q8RA 1MH4A 1NH7A 4DCXA 3TQLA 4OYVA 2RCAA 1UQWA 4RPOA 3KN8A 2RF1A 1S50A 1F9BA 1EZOA 3RN8A 3IO4A 4ZE8A 1OLCA 4P11A 2X7QA 3CI8A 5B70A 1YCJA 3HHFA 2ZYKA 4N07A 4MLQA 5I57A 3G3KA 5AA4B 3TFLA 1Q1KA 4O3CA 3MJNA 1R9QA 5F7VA 1M5CA 1MQHA 3V5AA 1UIUA 3K01A 3I5OA 1MQDA 2IEEA 5FHNA 1AL3A 2Y84A 3PPPA 2RC8A 2Z8DA 3V8XB 2ESNA 2H98A 2M8CA 4PE5B 3OO7A 2HFBA 4XXUA 2CMOA 4MFIA 5AA4A 5JEIA 2Y7WA 3S9LC 4GLIA 3ZKLA 4LVQA 2XD2A 3IOTA 1IUDA 4QFNA 4EQ7A 4OEUA 1MXVA 4ZZEA 3TMGA 4X1BA 1GTKA 2QL3A 1LCTA 3K6VA 1QUJA 3TAJA 4F2OA 1Y1MA 2ALUA 4GD5A 2E1SA 4XKNA 1ANFA 1GV8A 1MQGA 2NXOA 3CFZA 4G8MA 5CMKA 2A5SA 4YKJA 5CM6A 4IGTA 1DTZA 3V89B 1HSEA 2V25A 4XTCQ 1I6AA 2V3TA 3PGFA 2F6GA 4LQ2A 1WVJA 1MXZA 4IY6A 3PUVE 3MUQA 1FQBA 4POWA 3MZ9A 1MXWA 4FJPA 4JSDA 5DEXA 5ITPA 5ITOA 3CRBA 3QSLA 3OMBA 3TPAA 1GGGA 4PFUA 1M5EA 5H8NB 4E0WA 1LAGE 4U23A 1NKXA 4QSCA 1OIBA 4EXLA 1N3XA 3G3JA 2NOOA 4LUBA 1CE2A 5DVFA 1XC1A 4FORA 1GR2A 2UYEA 4GRKA 1TT1A 1DSNA 1MS7A 1IXHA 1P1QA 2DXYA 5FTIA 3QUJA 3TCHA 4MF3A 3C36A 1NMUA 4GF8A 4NEDA 1USYE 4H5FA 2V84A 2HEUA 1S9TA 3S9EA 2O84X 5H8NA 2HQ0A 2X26A 2UVGA 1Y4TA 4H65A 4LATA 2H25A 2O51A 4BDNA 1Z7ME 3IX1A 5K2XA 5BWJA 4O3AA 2UYFA 4LQ5A 3MVXA 2R9JA 1N7WA 5IAIA 1R6ZA 3VV5A 4ZECA 3QK6A 4FEDA 3SEWA 4HCWA 1GVCA 4POXA 3PV0E 3K00A 3HHGA 2OCUA 2WKYA 1LFHA 5M2VA 2Q88A 2ZMBA 2ZYNA 4EQBA 3FVNA 1Y3QA 4IO7A 3IJXB 4DDDA 4TQUQ 1A7LA 3LR1A 2OBGA 4YMAA 3FV1A 4YAHX 4C1TA 2DP8A 2O7IA 5TP9A 4KI0E 1B0HA 3H6WA 4RJZA 4AB5A 3FXQA 4ZZAA 5H8QB 5ISUA 3LUYA 3FGSA 4RYAA 3G3GA 3OENA 2W7YA 2FNCA 4R74A 3WAEA 3O9PA 2HZLA 3OOAA 2Y7PA 3EPEA 4NMYA 4DZ1A 3MVZA 3A3CA 2NVUB 3H6UA 3THIA 5KDTB 4RPNA 4NWDA 3RQTA 1QUKA 4FE8A 2VGQA 3PU5A 4ZEDA 1R9LA 5H8QA 2V3UA 2I48A 3B6WA 4O3BA 3TKDA 3FASA 2PT2A 4F29A 1B3LA 2FA7A 1JEUA 1PBQA 2R6GE 4P0GA 1SI0A 4PP0A 1MDQA 5J1DA 1Z7NE 3MPLA 2P0SA 1FTOA 2HZKA 3OO6A 2YJPA 4F3BA 1A8FA 3IJOB 1SW5A 3KSXA 4EQ9A 1UTBB 1URDA 3E9XA 2IA4A 4NF4A 5HM4B 4DXUA 5DVIA 2VD3A 3E4RA 3N94A 2RC7A 1B4ZA 3PPQA 4R9GA 1N0TA 5I58A 1XVYA 2F7AA 1US5A 3VDFA 3B7DA 1SBPA 5F1QA 4GFRA 2X7PA 2F5XA 4DXCA 1FQFA 4LZ5A 4OZ9A 4YZZA 1B7ZA 3KN3A 1ZLQA 1VE4A 4HTGA 2DXRA 4PFYA 1B0LA 1YAEA 3C32A 2DS9A 5EHSA 3T9XB 2DVCA 4DE8A 4KR5A 2YLNA 4U1ZA 3R6UA 5CRYA 4Q30B 2Y7RA 3P7IA 4RY1A 1MPDA 5AE4A 3W9VA 3CSGA 1D9VA 1UTHB 3MWBA 1A54A 4TLLB 2QS2A 3IOVA 1M5FA 3OEMA 4KYSA 1EZ9A 1BLFA 3FUZA 4FECA 3TTRA 3T9UA 2A5TB 5L9MA 3R7XA 3T22A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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