4DCXA

X-ray structure of nika in complex with fe(1r,2r)-n,n'-bis(2-pyridylmethyl)-n,n'-dicarboxymethyl-1,2-cyclohexanediamine
Total Genus 161
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
161
sequence length
497
structure length
497
Chain Sequence
PDEITTAWPVNVGPLNPHLYTPNQMFAQSMVYEPLVKYQADGSVIPWLAKSWTHSEDGKTWTFTLRDDVKFSNGEPFDAEAAAENFRAVLDNRQRHAWLELANQIVDVKALSKTELQITLKSAYYPFLQELALPRPFRFIAPSQFKNHETMNGIKAPIGTGPWILQESKLNQYDVFVRNENYWGEKPAIKKITFNVIPDPTTRAVAFETGDIDLLYGNEGLLPLDTFARFSQNPAYHTQLSQPIETVMLALNTAKAPTNELAVREALNYAVNKKSLIDNALYGTQQVADTLFAPSVPYANLGLKPSQYDPQKAKALLEKAGWTLPAGKDIREKNGQPLRIELSFIGTDALSKSMAEIIQADMRQIGADVSLIGEEESSIYARQRDGRFGMIFHRTWGAPYDPHAFLSSMRVPSHADFQAQQGLADKPLIDKEIGEVLATHDETQRQALYRDILTRLHDEAVYLPISYISMMVVSKPELGNIPYAPIATEIPFEQIKP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The structure of the periplasmic nickel-binding protein NikA provides insights for artificial metalloenzyme design.
pubmed doi rcsb
molecule tags Metal transport
source organism Escherichia coli
molecule keywords Nickel-binding periplasmic protein
total genus 161
structure length 497
sequence length 497
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-01-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4dcxA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4dcxA01
3KN7A 4EQBA 3Q28A 4JSOA 4YKKA 2DE2A 1LGBC 2THIA 4H0WA 4RYAA 3LC8A 5K2XA 3CI8A 3V8XB 5L9MA 3TELA 3C35A 4C1UA 4KYSA 2PMSA 3OMBA 1NH8A 1GR2A 3ZKKA 2DWJA 3PMXA 5H8HB 3FXUA 1Y1ZA 5FTIA 3SEUA 4FIMA 4G8HA 1IITA 2ZNSA 2R6GE 4G8NA 1D4NA 2REJA 5AA2B 3G7WA 3LBSA 3MPKA 3CRBA 4O3AA 1MS7A 2UYFA 4KYEA 2F7BA 2Q8JA 1B3HA 5AA3A 3FXRA 1LB8A 3RY3A 4O3CA 3UP9A 2I58A 2P1SA 4JWOA 4YMAA 1SDXA 3RYBA 3O97A 3RLFE 4ESWA 3CR9A 4WXJA 2X26A 3USDA 3OO7A 5H8HA 4OFOA 1DTGA 1FTJA 2XX8A 4ZE8A 3M8UA 1FTMA 3LSXA 2RC9A 4ZDMA 4X48A 2XXVA 1B52A 3BFTA 2HEUA 5AA2A 4NMYA 3U94A 5I2KB 4YKJA 3K00A 2Y7IA 5CMMA 4PFTA 4ELPA 1ZLQA 3LSLA 3VVDA 4EDPA 5TP9B 3VLVA 1O7TA 3VVEA 3LR1A 2PT2A 3PMWA 5CMCA 3G3FA 2VHAA 3VLWA 3GXAA 3DRKA 1B4HA 4F29A 3Q25A 3T96B 1AL3A 5FHNA 3C31A 3N6TA 4JSDA 4NF8A 4GD5A 3O66A 1NNFA 2Z23A 1MXZA 3PAMA 5TPAB 1O64A 2P0SA 4LZ8A 4F3BA 4N6PA 1LFHA 2H5YA 2H9BA 1LAGE 2F8DA 2WOPA 1QW0A 3O6IA 5DT6A 2PT1A 4OHNA 1ZJLA 1Q35A 1M5FA 5JTYA 1MXWA 3OENA 3OXNA 1A54A 5I2KA 4DZ1A 1MXVA 1NNTA 3VXBA 5H8QA 1EU8A 5TP9A 3TDJA 2V3QA 3B7DA 4NF4A 3UORA 4IO3A 1MY4A 3OO6A 4BDOA 2DE3A 3EF7A 4G2ZA 5ELVA 2AL5A 4R6KA 3RPWA 2V25A 3T22A 3FJ7A 4U23A 1TT1A 3BBRA 3RUMA 1Y9UA 5AA1A 1PB8A 3RTWB 5JK4A 3G3KA 4DCYA 3U1OA 2DVCA 3HCQA 3CSGA 2V84A 3N6UA 4EF1A 1MY2A 3FIRA 3TTRA 4ESXA 2PYYA 4G68A 4LZ7A 4P0GA 3H7MA 3I3VA 2UVIA 1MPDA 5EYFA 3O6HA 2X7QA 4ZEFA 2CZLA 2AL4A 2O6AA 3QIMA 4EF2A 4H8JA 3ODBA 2VGQA 3EHSA 3B6QA 2XXUA 2OK2A 2OZZA 1FTOA 4ZEKA 3A3CA 2E0SA 4ONYA 1JEVA 4DE8A 4MBPA 3IK6B 2H99A 3U8QA 1NL5A 2XXTA 3E9XA 2A5SA 4THIA 3MP6A 4LQ5A 4LATA 5ITOA 1JVXA 1MM7A 1EZOA 2QS1A 2WKYA 2F5XA 4LA9A 1SW2A 3IB2A 2XX9A 4ZS9A 4QFLA 1Q1KA 1BKAA 4JB7A 5HBCA 3PUXE 2IA4A 1LAFE 1DPPA 4NWDA 1B0HA 4KI0E 1A8EA 4H67A 3R26A 3KG2A 5I2NA 2RINA 1B2HA 4KFQA 2ZYKA 2H25A 5FTHA 3K1NA 4H8IA 1DSNA 3OEMA 2RKMA 2QMWA 3IOUA 4LZ5A 1ZU0A 4R6YA 1L5TA 1RKMA 4XIGQ 1MQHA 3DRFA 3K6WA 1Z7NE 4Q8RA 4NEDA 3HSTA 2XXHA 4GIZA 4GQOA 1Y3PA 1YTVA 3CFXA 3CG1A 3THIA 2REGA 1SQYA 2DWIA 2NWJA 4ZEDA 3VDFA 2Q9TA 4I1DA 4OFLA 3MC2A 3QK6A 5LOMA 2F34A 1FQAA 1P1UA 1HSJA 3IB0A 1VE4A 3U72A 4AB5A 4ECFA 3IOWA 1FCKA 1XOCA 2ZMBA 2D21A 3RYAA 3I5OA 1JQFA 4QSCA 4ZEBA 2I4BA 2QMXA 3H6WA 1NMUA 3TFLA 4HW8A 1ZBMA 4F1UA 5ICTA 1AH5A 3DRHA 1I6QA 3K6XA 1B46A 4POWA 4Q30B 3KGCA 1OQHA 3TTNA 4BDQA 3KSJA 5CBSA 1H3DA 2HFBA 1A55A 1HSEA 3PD9A 3H3GA 2DYXA 2HZLA 1RYOA 2XD2A 1PEBA 3B6TA 3K6VA 2R71A 3CHGA 2I3WA 1USYH 1O63A 1T0KA 2GRVA 3ZS6A 5HM4B 1I6AA 3HPIA 1FW0A 3IX1A 2DXRA 4QF9A 2VOZA 1SW4A 1BLFA 4F3GA 3PPPA 2E1SA 4IB2A 4BDRA 4U4XA 1URSA 2VD3A 3MP8A 5CMKA 3M3FA 4PFYA 3K1PA 4I62A 4BDLA 3HN0A 3T9XB 4XKQA 3BFUA 3FJGA 4FORA 2DWAA 3TTMA 4XTCQ 1B3LA 4RNSA 4F3PA 1H44A 3V83A 3GLBA 4NE4A 4G68C 1N04A 2UVJA 2YLNA 4EUOA 1FTLA 3MWBA 4IO2A 4HTGA 4IY6A 1B4ZA 1OVBA 1B1HA 2XD3A 2XXQA 1XS5A 3N94A 3N26A 1DPEA 3PV0E 1R9QA 1GGGA 4ELRA 3L6HA 1N0TA 3FV1A 2BJJX 5JEIA 2Z22A 4Z7EA 3UGWA 2I4CA 5K2YA 4GXAA 4MF3A 5H8FA 1IQ7A 4OWDA 1GV8A 1CB6A 2QL3A 1MM6A 1B0LA 1MH4A 1N76A 1Y4CA 3FJMA 2NVUB 3DRJA 3KZGA 4DIGA 4ELQA 3TCFA 5KZTA 1PDAA 4KCCA 1H76A 4JBZA 3O6GA 4IO4A 4K3FA 4R2FA 2GHBA 4LP2B 4ELOA 3PUWE 3DP6A 2W7YA 3FD3A 1IUDA 1BIYA 4NF8B 3TTKA 3RNNA 3C34A 2NOOA 1B58A 2Y7RA 2UYEA 2OWSA 3TQLA 1ZIUA 1QVSA 1MPBA 1LAHE 3T9VA 1B3EA 1LFIA 1B7HA 2VP1A 4PQJA 3SEVA 4C0RA 1FTKA 4RJZA 3R7XA 3TCHA 3OSQA 3UK4A 3KEIA 5JTYB 3WAEA 1BP5A 4R75A 3UA8A 5H8QB 2F7AA 4G4PA 1I6BA 5AA2D 1NKXA 4JWYA 4R2BA 4NF4B 5ICQA 2RCBA 4NWCA 4R72A 1XVXA 1QUJA 3T66A 4IO5A 1GVCA 1LCFA 1PC3A 2VD2A 4FECA 2UVHA 4MLQA 3Q26A 1QULA 3IR1A 4Q0CA 1JVYA 1MQDA 3OO8A 4PE5B 4RK2A 2Q2CA 3G3HA 5DTBA 1UTHA 2ALUA 4G68B 4POXA 3T9HB 1OIBA 1FQCA 1ZKBA 3EPEA 3IJXB 3D4GA 3PUVE 1BTJA 1MY1A 1P1QA 3ECRA 2FYIA 3EN3A 1J1NA 3W9VA 4TOZA 2O51A 1M5BA 4EXKA 5ITPA 1MDP1 1MQIA 1XHYA 4QFPA 4YAHX 1DTZA 1B3GA 1IEJA 4GL0A 3W9WA 2QJEA 3MPLA 2ANJA 3IL1B 4OENA 1OQGA 3RQTA 1M5DA 1JNFA 3UN6A 3CFZA 4R9FA 4IGTA 4ZE9A 5H8SA 4H1XA 5IAIA 4M4GA 5CRYA 4GOTA 3FVNA 3TYHA 2F6GA 3SEWA 2QRYA 1AOVA 3BKIB 2KLFA 4GWOA 5I2NB 2UVGA 2CMOA 5I56A 3S9EA 3T9UA 3KJ7A 5CMBA 2HQ0A 2G29A 4GF8A 4KQPA 5I58A 1QKBA 3E4RA 1SBPA 2Y7WA 4BDNA 4U1OA 4OEUA 2B65A 1TWYA 4YKIA 2X7PA 4L17A 3GBBA 1YAEA 2DQVA 3ZSFA 2Y7PA 4F18A 2QSXA 3SKPA 2I49A 4YZZA 1SW1A 2F35A 2ZNTA 3O9PA 2A5TA 3G3JA 4RK9A 3KOTA 2F6PA 4GVOA 1D9YA 1B6HA 4F3SA 1PB7A 3P7IA 2ONKE 3TTLA 2XX7A 1IXCA 2V3TA 1M5CA 4YB5A 1KWHA 3DP4A 3ZKLA 3PU5A 3RTFB 4WEDA 1YCJA 2Z8EA 1FQBA 4RY1A 4MH5A 2O1LA 3QAXA 4QFKA 1WVJA 2YJPA 1CE2A 1US5A 4OETA 2FNCA 1M5EA 3PD8A 3MW0A 1VFEA 1MDQA 4OESA 3OD7A 4U22A 1ANFA 4F1VA 4H5FA 3FV2A 3TMGA 3MUQA 3C36A 3AXFA 1URDA 3FZVA 4XKRA 4F22A 1UTBA 2RC7A 3H6TA 1JETA 4FE8A 5M2VA 5F1QA 2ZNUA 4BDMA 3TPAA 5A5XA 2ZYNA 4TLMB 5CC2A 4OVJA 2Y84A 2O1MA 4YKPA 3RT8A 5HPQA 3TZAA 1DMBA 2GHAA 2DXYA 1ZTYA 3IB1A 1Y3QA 2Z8DA 4O3BA 4MFIA 2D5WA 1VR5A 4KD5A 2LAOA 3SEYA 4IO6A 1URGA 4LVQA 1N7XA 3CSBA 2I0BA 3Q29A 1N7WA 1WDNA 3E13X 4GLIA 3H06B 1IZ1A 4BLAA 4R74A 4P11A 2R9JA 3G3GA 4LUBA 3ILUB 4YB7A 4U4SA 1SVXB 3EQ1A 5CM6A 2ONRA 3V5AA 3M3KA 1LFGA 3JV9A 2RC8A 4F1YA 5DVJA 5EHMA 1B05A 3SERA 4U2RA 3LUYA 5BWJA 1RYXA 4XKPA 1FQEA 3IO6A 4N13A 3Q27A 2ZYOA 3FVKA 3IOVA 5H8FB 3PUZE 2XHDA 2O84X 3OSRA 4NTLA 2XXIA 3EHTA 3FATA 1TFDA 3RT6B 4OEVA 5I84A 5KDTA 4RA1A 3IOTA 1ATGA 1YPNA 3S4UA 3MVZA 1SYHA 3CIJA 1A7LA 2WOKA 1LB9A 1N84A 1DOTA 1IXIA 3C4MA 1WODA 3H6UA 4FEDA 4RXLA 4I8CA 1A99A 4WEPA 1B5JA 2DE4A 4GRKA 2Q88A 2ONSA 2YPNA 2I3VA 4NF6A 1I69A 1S9TA 1NH7A 2XXYA 1MXUA 4H65A 3H03A 1GTKA 1ELJA 2QPQA 4EQ9A 4OZ9A 4KYDA 3VVFA 1D3KA 3VFJA 5IKBA 4AB6A 3K1MA 1B40A 3OOAA 1TXFA 2OJTA 2XXWA 3OELA 4IY5A 4JWXA 3TUSA 2I48A 4ZEIA 3DELB 4MLVA 3MVWA 3DRIA 1NNKA 3CFLA 5J1DA 3OEKA 1A8FA 3DP8A 3PPRA 4KHZE 4ISUA 2DVZA 1HSLA 3B6WA 4PP0A 2HAUA 3TQWA 5CI5A 3O28A 4X9TA 1QKAA 3GBAA 1UIVA 4OXVA 3KSXA 1MXXA 3SESA 2F7CA 1B51A 1JW4A 3QXMA 3DLNA 2B4MA 1UTHB 2V93A 3KN3A 3C33A 2M8CA 4F19A 1SYIA 3MBPA 1N3WA 4HCYA 3O6PA 2ESNA 5I59B 2F36A 2NUVA 2UXAA 3VE1B 1OLAA 5H8NB 3CVGA 3DM0A 3C9HA 4FJPA 4E0XA 3MZ1A 2Y7KA 1MG1A 3N5LA 4IGRA 2HAVA 1SI0A 4OQOA 4F2QA 1UIUA 4KPTA 2F97A 2WOLA 3MJNA 3H4ZA 1QUKA 1Z7ME 3MP1A 3K2DA 1Y20A 5DEXB 3HV1A 3UIFA 1EZ9A 1LBBA 1XT8A 2QS3A 1VFDA 1FQDA 2ABHA 3VLUA 4DCXA 4ZZAA 2O69A 5I57B 1MRPA 5AE4A 3S9LC 2GH9A 4ND9A 4EXLA 5I59A 1B9JA 5AA4B 3R6UA 3IAZA 4DLDA 4ZECA 5I56B 1FQFA 5H8NA 4HCWA 3PGFA 3K01A 5ISUA 4IO7A 2OLBA 3C32A 2DSFA 5I58B 3S2VA 4YB6A 1B1XA 2B3BA 1NNPA 1MH3A 4NF5B 3S9NC 4GFRA 2G93A 3FXQA 3KFMA 2GFEA 5DEXA 2Q2AA 1JW1A 4R9GA 5FHMA 3H6VA 2DP8A 3TCGA 1R9LA 3W15C 4DXUA 2A5TB 4JDFA 1XC1A 2V3UA 1PBQA 4PFUA 4YICA 3MZBA 3RN8A 4GXSB 4OERA 3PPOA 3SDFA 4F2OA 3OO9A 4U1ZA 5I57A 2Q89A 4OTEA 2AIXA 4QSEA 4I9DA 2O7UA 5TPAA 4DDDA 1Y3NA 5AA4A 4Q5TA 4XKNA 4H5GA 1PB9A 2DWHA 2XXPA 1B7ZA 3ONMA 2PVUA 3LSWA 3IO4A 2DS9A 1A40A 5EHSA 4JXIA 3HHFA 4TLLB 5L9OA 1JEUA 3FUZA 1S7YA 3A3UA 2QS4A 3SETA 3T93B 1MQJA 3FVOA 4H6DA 4NF5A 4PFWA 4P0IA 1AIVA 3TODA 4QFOA 2HCAA 1POTA 4TQUQ 3FGSA 5F7VA 2RF1A 3QUJA 1OLCA 3FVGA 3K6UA 4WKMA 1B5HA 1OVTA 3K02A 3TEPA 1XVYA 5KCJB 3PUYE 1Y4TA 1P1WA 3KOSA 1LCTA 2HZKA 4AQ4A 1IXGA 4PETA 1UTBB 1II5A 1TFAA 1SW5A 3MQ9A 3U92A 5A5XB 2PX1A 3MVYA 1P1OA 3K0VA 3SEXA 1F9BA 3JZJA 2B3FA 3HHGA 5BUUA 2NXOA 3E3KA 3IORA 2P2AA 4OMBA 1ZMGA 3PPQA 1D9VA 3O2AA 2B4LA 4KR5A 4FAJA 1QUIA 2ZYMA 4F39A 5CBRA 1SI1A 1R1NA 2XXRA 2F78A 3PPNA 1H45A 1MPCA 2FA7A 2H98A 3A09A 2H4IA 1Y1MA 3F11A 3TKDA 2O68A 4UACA 5KCJA 3CG3A 5DYHA 1USYE 3QUFA 1VSOA 4OFJA 1LLSA 1H43A 4LONB 3WAFA 4X1DA 4QRZA 3G3IA 5B70A 4UA8A 4HS7A 4U21A 3JYRA 5FHOA 3VV5A 3DRGA 3U93A 1QJMA 4QFNA 4DXCA 2PBWA 1S50A 1B3FA 2HXWA 1JW5A 3KBRA 1LBCA 1US4A 3LVUA 3KJTA 1LAXA 5DVFA 1B7UA 3D4CA 3IJOB 3HO7A 3QSLA 4E0WA 4FATA 4YU0A 4YMBA 1OMPA 5KDTB 1NFTA 3FASA 3O29A 2IEEA 3VXCA 4N07A 3LSFB 3M3LA 4QHQA 4X1BA 5L9SA 2ZXTA 1AMFA 2OWTA 1MY3A 4Z0IA 4G8MA 1EH3A 4M1VA 1IIWA 2I6EA 4G77A 2AYSA 4KCDA 4QSDA 4ZZEA 4F31B 4RPNA 5B7DA 2DOJA 1B5IA 4NF6B 3L6GA 3MAMA 2D3IA 4R6HA 5L8DA 1SD3A 1MXYA 4DXBA 2I0CA 5TU0A 3MVXA 3I6VA 3TAJA 3V89B 5DVIA 3ILTB 3RGYA 3EHUA 1B32A 3PMVA 4LQ2A 3MZ9A 4R73A 3K4UA 2Z8FA 4OYVA 2QS2A 3QYTA 1EZPA 3S9MC 1POY1 2OBGA 2O7IA 1LSTA 4EQ7A 1IXHA 1MQGA 1P99A 1P1NA 4XXUA 2XXXA 4FEBA 4RPOA 3KN8A 2OCUA 2RCAA 1N3XA 1PBPA 3FTOA 4GL8A 1UQWA 4C1TA 1MY0A 1R6ZA 3GZGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3KN7A 4EQBA 3Q28A 4JSOA 4YKKA 2DE2A 1LGBC 2THIA 4H0WA 4RYAA 3LC8A 5K2XA 3CI8A 3V8XB 4I3EA 4O7IA 2F3BA 4PFBA 5L9MA 3D1RA 3TELA 3C35A 2XWIA 4C1UA 4KYSA 2PMSA 3OMBA 1NH8A 1GR2A 3ZKKA 2DWJA 3PMXA 5H8HB 3FXUA 1Y1ZA 2PFYA 5FTIA 3SEUA 4FIMA 4G8HA 1IITA 2CZHA 2ZNSA 2R6GE 4G8NA 1D4NA 2REJA 5AA2B 3G7WA 3LBSA 3MPKA 3CRBA 3BIGA 4O3AA 1MS7A 2UYFA 4KYEA 2F7BA 2Q8JA 1B3HA 3FXBA 5AA3A 3FXRA 1LB8A 3RY3A 4O3CA 3UP9A 2I58A 2P1SA 4JWOA 4YMAA 1SDXA 3RYBA 2VT5A 3KC1A 3O97A 3RLFE 4ESWA 3CR9A 3IFAA 4N15A 4WXJA 2X26A 3USDA 4UABA 4MJOA 3OO7A 5H8HA 4OFOA 1DTGA 4G61A 1FTJA 2XX8A 4ZE8A 3M8UA 1KA0A 1FTMA 4PGPA 3LSXA 2RC9A 4ZDMA 4X48A 2XXVA 1B52A 3BFTA 2HEUA 3FBPA 1FBDA 5AA2A 4NMYA 3U94A 5I2KB 4YKJA 4MIJA 3K00A 2Y7IA 2ZZVA 5CMMA 4PFTA 4ELPA 1ZLQA 3LSLA 3VVDA 4EDPA 5TP9B 3VLVA 2GQ1A 1O7TA 3VVEA 3LR1A 2PT2A 3PMWA 5CMCA 3G3FA 2VHAA 3VLWA 3GXAA 3DRKA 1B4HA 4F29A 3Q25A 1KZ8A 4NF0A 3T96B 1AL3A 5FHNA 4PC9A 3C31A 3N6TA 4P3LA 4JSDA 4NF8A 4GD5A 3O66A 1NNFA 2Z23A 1MXZA 3PAMA 5TPAB 1O64A 2P0SA 4LZ8A 4F3BA 4N6PA 5IZ1A 1LFHA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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