4DCXA

X-ray structure of nika in complex with fe(1r,2r)-n,n'-bis(2-pyridylmethyl)-n,n'-dicarboxymethyl-1,2-cyclohexanediamine
Total Genus 161
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
161
sequence length
497
structure length
497
Chain Sequence
PDEITTAWPVNVGPLNPHLYTPNQMFAQSMVYEPLVKYQADGSVIPWLAKSWTHSEDGKTWTFTLRDDVKFSNGEPFDAEAAAENFRAVLDNRQRHAWLELANQIVDVKALSKTELQITLKSAYYPFLQELALPRPFRFIAPSQFKNHETMNGIKAPIGTGPWILQESKLNQYDVFVRNENYWGEKPAIKKITFNVIPDPTTRAVAFETGDIDLLYGNEGLLPLDTFARFSQNPAYHTQLSQPIETVMLALNTAKAPTNELAVREALNYAVNKKSLIDNALYGTQQVADTLFAPSVPYANLGLKPSQYDPQKAKALLEKAGWTLPAGKDIREKNGQPLRIELSFIGTDALSKSMAEIIQADMRQIGADVSLIGEEESSIYARQRDGRFGMIFHRTWGAPYDPHAFLSSMRVPSHADFQAQQGLADKPLIDKEIGEVLATHDETQRQALYRDILTRLHDEAVYLPISYISMMVVSKPELGNIPYAPIATEIPFEQIKP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Metal transport
molecule keywords Nickel-binding periplasmic protein
publication title The structure of the periplasmic nickel-binding protein NikA provides insights for artificial metalloenzyme design.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 161
structure length 497
sequence length 497
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-01-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4dcxA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4dcxA01
4OERA 3DRFA 4IB2A 1FQCA 2O69A 3O28A 4LQ2A 2X26A 2NOOA 2G29A 4X1DA 1F9BA 5H8FA 3KJ7A 1FQFA 1BP5A 2O7IA 4RA1A 4FJPA 3ZS6A 4U22A 1XT8A 3DRIA 1P1NA 3SEWA 1USYH 1LCFA 1XS5A 5ICTA 3K02A 4PETA 5I58A 2DVCA 4KYEA 4YKIA 4F22A 4E0XA 4TOZA 4DZ1A 4OETA 3K1PA 3IB1A 4OWDA 5LOMA 1JVYA 5H8HB 1B7UA 1MXVA 3OSQA 3U94A 3JV9A 2XXUA 3W9WA 4OXVA 5BWJA 1H43A 2DSFA 1MY4A 3K0VA 4WKMA 1FQEA 3HHFA 1VFDA 1SW5A 5F1QA 4DDDA 3DLNA 3TPAA 4YB7A 4RJZA 4R75A 2V84A 2F78A 2QMXA 4ZS9A 2QRYA 1IXGA 5H8NB 2P0SA 1NL5A 4OENA 3F11A 2Q9TA 3PD8A 5IAIA 1US5A 4XKPA 1MS7A 4F19A 3E9XA 2ZXTA 2V3TA 4OEUA 4OYVA 1SYIA 3SESA 4NE4A 2HZKA 1A55A 4C0RA 4R74A 1SVXB 1Z7NE 3GLBA 3FJMA 4H6DA 4KI0E 3HN0A 2AL4A 3FVOA 3VXCA 3GBAA 1FTOA 5J1DA 1D3KA 1YCJA 1UTBB 1FQBA 5CM6A 4Q8RA 2DS9A 5A5XA 4G2ZA 3CHGA 1WVJA 1NH7A 1MH3A 5KCJA 4JXIA 4DXCA 4GLIA 2DVZA 2DXYA 4H67A 1HSLA 3H06B 4Q30B 4RK9A 1A8FA 3H6WA 4FEDA 3CI8A 5L9SA 4RPNA 5HPQA 1MPBA 3O6HA 3RPWA 4PFWA 4U1ZA 3G3KA 2XXVA 1LLSA 4I8CA 4R6HA 3E13X 3K2DA 1AH5A 5L9MA 2R71A 3Q29A 3CRBA 3B6QA 3DM0A 2Y7KA 2NVUB 3LUYA 1IXIA 1QVSA 5CI5A 2FA7A 4OTEA 1Y4TA 4X48A 3A3CA 3OO7A 4KHZE 2PX1A 2BJJX 3MW0A 5L8DA 1JEUA 4WXJA 3PMVA 4P11A 3RLFE 3LC8A 1AIVA 4YZZA 3TTMA 3MAMA 1Q35A 1AL3A 5HM4B 4H0WA 3OOAA 2DWJA 1QUKA 1A7LA 4MLVA 5JTYA 2PMSA 3K6UA 4LZ5A 3FJ7A 1SD3A 3EHSA 3U93A 4NF5A 5K2YA 2O6AA 3N6TA 3H03A 3B7DA 2ZYKA 3CIJA 3TAJA 4F18A 5TP9B 3BFTA 1A54A 2OCUA 3MP1A 3Q26A 4JB7A 3DP6A 1QULA 1Z7ME 5TPAA 5DVIA 3LVUA 3IORA 4U4XA 3K6VA 2PBWA 3DP8A 2O51A 2XD2A 2O1MA 1XVYA 2DQVA 2XX8A 3SKPA 4THIA 3TDJA 1MH4A 2O68A 3K4UA 3FXQA 5I57A 5B70A 4BDNA 4G8NA 3R26A 1FTLA 3K6XA 3PD9A 4ZECA 1URGA 1MXZA 3GZGA 3LBSA 3K1MA 4GOTA 4EDPA 4BDOA 2DWAA 2B4MA 1Y3PA 4LP2B 2H99A 5DEXB 5DYHA 4ZE9A 2UVGA 2QS2A 3IJXB 5JEIA 2I6EA 4G8HA 4LZ8A 3RTWB 2X7QA 3OELA 4C1UA 1DPPA 4GVOA 4F39A 2XXXA 2F7AA 1JNFA 3VDFA 5ELVA 1OLAA 3PUZE 4TQUQ 1XHYA 1TFAA 2PVUA 1MRPA 4I9DA 1UTHB 3G3FA 4ISUA 4IGRA 2YJPA 5AA2A 2DP8A 2B3BA 3DELB 3Q25A 2CMOA 4G68C 3TYHA 4F29A 1B6HA 4C1TA 4OHNA 2RCAA 2D3IA 2LAOA 2F7BA 3H6VA 3KSXA 3S4UA 3JYRA 5M2VA 3V89B 1IZ1A 2RC9A 3QSLA 3EF7A 4NWDA 1B5HA 5KDTA 4XKQA 4R73A 1LAGE 5DVFA 4ELPA 1JVXA 1JW4A 4QSCA 2O84X 3IL1B 5CMKA 3QYTA 3PMXA 4BDLA 1NH8A 4RNSA 2XHDA 3EN3A 1LB8A 5EHSA 2THIA 3KZGA 2UYFA 1LFIA 2A5SA 5I84A 1VFEA 3O2AA 5I56B 4QFKA 3V5AA 1PBPA 4DCXA 4OVJA 2OWSA 4RXLA 4G68B 4HCWA 2E0SA 2DWIA 3MZ9A 2B65A 3IX1A 2HEUA 4GL0A 2V25A 3H6UA 2XD3A 3TTRA 1P1OA 4BLAA 1SDXA 1SW2A 1SW4A 1IQ7A 2Y84A 1YAEA 4GQOA 2GH9A 1O7TA 1IIWA 2H4IA 3FGSA 3FJGA 1MXUA 2ONSA 4YKKA 3QXMA 5BUUA 3C33A 1SI0A 3THIA 3MVZA 3CG3A 1DTGA 3IR1A 3RT6B 4WEPA 4F2QA 2UVJA 1D9YA 1ZU0A 3KSJA 5CC2A 2ZYMA 1LAFE 2F97A 4U21A 3S9NC 4IO5A 2I58A 4DCYA 3MQ9A 3IJOB 3R7XA 3MJNA 1B58A 3OXNA 3TMGA 1OQGA 3S2VA 2QS1A 4EXKA 1MXWA 3FVGA 3U72A 2G93A 1M5EA 4JDFA 3BBRA 4OQOA 4BDQA 1SW1A 2RINA 3VLVA 4E0WA 1EZ9A 2UVHA 4WEDA 3N6UA 3OO9A 4OEVA 4ELRA 3RNNA 5F7VA 1URSA 2GHBA 3FASA 5CMMA 3RGYA 4BDRA 3N5LA 4O3CA 3HHGA 3TQWA 4Z0IA 1AMFA 1PB8A 1TWYA 5B7DA 3AXFA 1B4ZA 4MH5A 1QKAA 1MY3A 1PB7A 2XX7A 2Z8EA 1QUJA 4PFUA 1D9VA 1A40A 4IO4A 3OEKA 3QUJA 2Z8DA 1MDQA 3G3HA 3MBPA 2P2AA 2PT2A 2GHAA 2VD2A 3S9EA 3KG2A 4Q5TA 3PAMA 2Q89A 4GIZA 1OQHA 4X1BA 4EF2A 4KYSA 3C31A 4F1UA 4OFJA 1QKBA 1M5FA 3SEXA 2ESNA 1UIUA 3RYBA 1GR2A 1US4A 5I59B 4K3FA 2GRVA 1MXXA 1II5A 2VP1A 4FE8A 4P0IA 4KPTA 3SDFA 3N94A 5IKBA 3TELA 2F34A 5I2KA 3PGFA 1B3HA 1IXCA 2I0BA 4YKPA 1TXFA 1B0HA 1GV8A 3MVYA 1LCTA 1N7XA 1CE2A 3MZBA 2DYXA 3TQLA 1MY1A 3TEPA 2Z22A 5EYFA 3ZKKA 4GXSB 4H8IA 4RY1A 4PP0A 3CFLA 3ZSFA 4BDMA 5H8FB 1B7HA 3O6GA 2B4LA 2W7YA 3BFUA 4PQJA 3QAXA 4MBPA 3ECRA 1B1HA 1QW0A 3D4CA 4LUBA 2UXAA 4KD5A 1NFTA 1LB9A 2I0CA 1J1NA 4R6KA 4IY6A 4M4GA 1Q1KA 1GVCA 5I58B 4NF4A 2KLFA 3FATA 3SEVA 2XXHA 2AL5A 1B2HA 3A3UA 4QFNA 1OLCA 1HSJA 2A5TA 3TCGA 1NMUA 4HS7A 3OO6A 4NWCA 3K01A 1B5IA 4ZZAA 1POY1 1M5CA 4FATA 4JSOA 1B3FA 1NKXA 1ATGA 2H25A 1EU8A 1MY2A 4OZ9A 4ZDMA 2YLNA 1MM7A 3O6PA 1EH3A 1MDP1 1BTJA 2QS4A 3E4RA 4YICA 3D4GA 3O97A 5HBCA 4H8JA 1R6ZA 1B7ZA 5CRYA 3TUSA 4X9TA 4KQPA 1JETA 3FV1A 4DE8A 2GFEA 4HTGA 3UN6A 5FHMA 2UYEA 2H5YA 3S9LC 2HXWA 4POWA 2QL3A 5KZTA 1GTKA 4YMBA 1BLFA 2WOKA 2F6PA 3UGWA 1N84A 4LZ7A 3HO7A 3DP4A 4QRZA 4JBZA 4F3PA 4N13A 3BKIB 5FTIA 4H5FA 3HV1A 4LQ5A 4QF9A 5A5XB 1FCKA 3G3JA 1B9JA 3PMWA 5KCJB 3T22A 1USYE 3M8UA 1PEBA 3G3GA 3U1OA 1IEJA 4HW8A 3IOTA 2F35A 4DLDA 3I3VA 1PC3A 3PPRA 4JWYA 4H65A 1B46A 1I69A 4NMYA 3UORA 4OFLA 1FTMA 2ONKE 3M3FA 2I3VA 3VFJA 5I2NA 4QFPA 3GBBA 1FQDA 4GFRA 4IY5A 3RQTA 1S50A 1OIBA 3MWBA 1A99A 4IGTA 1IXHA 2OBGA 3U8QA 1FQAA 3ODBA 1MPDA 2XXPA 4DIGA 3HSTA 2YPNA 2F6GA 4RPOA 3MC2A 4XKNA 2O1LA 5JK4A 3VLUA 4QHQA 4ESXA 4LATA 1VSOA 5AA3A 4N07A 4YU0A 1FTJA 3FXUA 4LONB 1H76A 4M1VA 4F1YA 4FAJA 3WAEA 1MQIA 4EUOA 3FUZA 2E1SA 5JTYB 4NF6A 1O63A 2QPQA 3PU5A 4GRKA 3FVKA 1NNKA 4NF5B 2WOLA 4ONYA 3C9HA 2ALUA 4FECA 4NF8A 1OMPA 4KR5A 5FTHA 2ZYNA 1FTKA 3TTLA 4DXBA 3E3KA 5ISUA 3VVEA 4EQBA 2XXIA 5TPAB 4EQ7A 3H7MA 3T93B 2P1SA 4ELOA 2D21A 3M3LA 3IB0A 4GL8A 1QUIA 5I57B 1I6BA 3EPEA 4F2OA 4F3GA 4JWXA 1BKAA 1DTZA 1M5BA 2WOPA 1SI1A 2I48A 2DE2A 1L5TA 3MUQA 3LSXA 2IA4A 4U4SA 3PUYE 1ZIUA 1DSNA 1A8EA 5EHMA 3IO4A 4ZE8A 3I6VA 3EQ1A 5FHOA 1XOCA 5CMCA 2OK2A 1B3GA 2ZNTA 4KCDA 3FD3A 3K00A 1POTA 2ZYOA 3KN3A 3RY3A 2RKMA 1YTVA 1SBPA 1M5DA 3O66A 2REJA 4ELQA 1IITA 4UA8A 1D4NA 3Q27A 5H8SA 2V3UA 3CSGA 1B32A 5H8HA 5AA2B 3TZAA 3TTNA 2Z23A 2ZNUA 4Z7EA 3LSLA 3O29A 3SERA 1I6QA 1I6AA 1H45A 1VE4A 3HCQA 3KN7A 3CVGA 3K1NA 2CZLA 1Y1ZA 2D5WA 2RC7A 1CB6A 1ZJLA 1B3EA 3SEUA 1JEVA 5KDTB 4ZEDA 2I4CA 3OMBA 1H3DA 4ZEKA 4IO6A 4RYAA 3MPLA 3R6UA 1LAXA 5H8NA 3B6TA 3UP9A 2F5XA 2WKYA 4LA9A 3EHUA 3DRKA 1OVBA 3V83A 3IK6B 2R9JA 4F3BA 2V93A 4XIGQ 4G8MA 1Y4CA 1WDNA 4NEDA 3PPPA 3CFXA 3FV2A 1BIYA 1MM6A 3IB2A 1LGBC 1VR5A 1P1UA 3KEIA 4L17A 2HAVA 4U23A 2XXWA 2I3WA 4XTCQ 1R9LA 1NNPA 1UTBA 3RN8A 2ONRA 4R2FA 5ICQA 3WAFA 4PFYA 2O7UA 1EZOA 4ESWA 1T0KA 3TCFA 3S9MC 3W15C 5L9OA 3UIFA 3EHTA 3KJTA 2VOZA 1Y1MA 4RK2A 3PPOA 4OFOA 3ILUB 3U92A 3M3KA 1EZPA 2Q8JA 4JSDA 3Q28A 1MPCA 1SYHA 2ZNSA 4MFIA 3OSRA 1ZMGA 3T9XB 1ZTYA 3OD7A 3T9HB 3A09A 4I1DA 4MF3A 3KOTA 1B05A 3KN8A 1KWHA 2QMWA 5CBSA 2Z8FA 1RKMA 1B5JA 4IO7A 4GWOA 3C36A 2Q2CA 1TT1A 3C35A 3K6WA 2ZMBA 3DRGA 1MQDA 1LAHE 3B6WA 4F1VA 2XXRA 1Y3NA 4OESA 1N3XA 3VLWA 4R9GA 3VVFA 3KFMA 1PDAA 4ND9A 4TLMB 2OLBA 4IO3A 4Q0CA 3ILTB 2FYIA 2R6GE 3G3IA 1XVXA 1PBQA 4GD5A 5TP9A 1JW5A 4GF8A 1LFHA 2XX9A 1S9TA 1ELJA 1N76A 2NWJA 4HCYA 2Y7RA 4QFLA 2I4BA 5DT6A 3MVXA 2DE4A 3QK6A 4GXAA 3V8XB 2XXYA 3UA8A 2PYYA 1B40A 3LSFB 2AYSA 1MG1A 2QSXA 1B1XA 4H1XA 4U2RA 2DOJA 2RF1A 3G7WA 4PE5B 1N7WA 3FXRA 5DTBA 1MQGA 4H5GA 1XC1A 3RUMA 4G77A 5DEXA 1R1NA 1YPNA 4O3BA 5I2KB 2XXTA 2HCAA 2DXRA 3T66A 3GXAA 3PV0E 2V3QA 3USDA 3H3GA 5DVJA 5AE4A 3FZVA 3OO8A 1MQHA 3PPQA 1DPEA 4XXUA 1B0LA 1WODA 1GGGA 3H6TA 1UTHA 2X7PA 4P0GA 3DRHA 1R9QA 3CR9A 3OENA 1O64A 1S7YA 3FVNA 1LSTA 3JZJA 2Q88A 3TODA 1P1WA 1LFGA 3UK4A 2I49A 4ZEIA 1ZLQA 1FW0A 4OMBA 2HQ0A 2B3FA 2H9BA 1ANFA 4NF4B 1HSEA 1N3WA 4AB6A 3VVDA 4LVQA 4TLLB 2A5TB 3IOUA 1URDA 1DMBA 3CG1A 2PT1A 3MZ1A 1QJMA 2F8DA 4DXUA 1B51A 2IEEA 2RC8A 4R72A 1JW1A 5I56A 2F7CA 1MY0A 3P7IA 4G68A 3RTFB 3ONMA 3KBRA 1H44A 3KGCA 4R9FA 2ABHA 4F31B 3PPNA 4I62A 2H98A 4JWOA 4NTLA 3PUVE 2REGA 1N04A 4YB5A 2HAUA 3VV5A 4MLQA 2FNCA 3N26A 4FORA 3CFZA 4IO2A 2M8CA 2NXOA 5ITOA 3MP6A 4FIMA 3IO6A 4YKJA 3C32A 4POXA 5H8QA 4QSDA 2ANJA 1N0TA 1AOVA 4KYDA 3MVWA 1MXYA 3I5OA 1B52A 3W9VA 2QS3A 4N6PA 2OZZA 3RT8A 4QSEA 4R2BA 5AA4A 2HZLA 4QFOA 5CBRA 3SEYA 3FTOA 2AIXA 1Y9UA 3T9UA 2VD3A 5AA1A 3DRJA 3VE1B 1P99A 4R6YA 3O9PA 1B4HA 1JQFA 3PUXE 4G4PA 1P1QA 3L6GA 3IOVA 2Y7WA 4YB6A 1TFDA 4AQ4A 3C4MA 3L6HA 3QIMA 5AA2D 2OWTA 1UIVA 1NNFA 2Y7IA 3OEMA 1SQYA 2RCBA 5TU0A 2DWHA 4PFTA 5I2NB 4ZZEA 3MPKA 1Y20A 4O3AA 1PB9A 3TCHA 3IOWA 1Y3QA 4UACA 1B3LA 3ZKLA 3CSBA 2VHAA 3T96B 2F36A 5FHNA 2HFBA 4YMAA 1ZBMA 1DOTA 2NUVA 1MQJA 1UQWA 1ZKBA 4F3SA 4ZEFA 4ECFA 1LBBA 4ZEBA 3MP8A 4AB5A 3LR1A 5H8QB 3TTKA 4EQ9A 2Q2AA 2QJEA 3C34A 1RYXA 1OVTA 4EF1A 5ITPA 3QUFA 2OJTA 4NF6B 3TKDA 4U1OA 4XKRA 2DE3A 2UVIA 4KCCA 3O6IA 1RYOA 5CMBA 5I59A 3IAZA 5AA4B 2VGQA 4NF8B 3HPIA 2XXQA 3KOSA 3RYAA 2Y7PA 1NNTA 3T9VA 3LSWA 3FIRA 3H4ZA 4YAHX 4EXLA 3VXBA 1LBCA 3PUWE 4FEBA 3TFLA 1IUDA 3SETA 4KFQA 5K2XA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4PGNA 4OERA 1FBHA 3DRFA 4IB2A 1FQCA 2O69A 5ET7A 3O28A 1SPIA 4LQ2A 2X26A 3HFUA 2NOOA 2G29A 2FBPA 4X1DA 1F9BA 5H8FA 3KJ7A 1FQFA 4P56A 5DW8A 1BP5A 2O7IA 4RA1A 4FJPA 3ZS6A 1LBZA 5ET5A 4U22A 1RDZA 1XT8A 3DRIA 1P1NA 4O94A 3SEWA 1USYH 1LCFA 1XS5A 5I3SA 3E79A 5ICTA 3K02A 4PETA 5I58A 2DVCA 4P8BA 4KYEA 4YKIA 4F22A 4E0XA 3T1BA 4TOZA 4DZ1A 4OETA 3K1PA 4MNPA 3T0JA 3IB1A 4OWDA 5LOMA 1JVYA 5H8HB 1B7UA 1MXVA 3OSQA 3U94A 3JV9A 2XXUA 3W9WA 4OXVA 5BWJA 1H43A 2P3VA 2DSFA 1MY4A 1IMFA 3K0VA 4WKMA 1FQEA 3HHFA 1VFDA 4NG7A 1SW5A 5F1QA 4DDDA 3DLNA 3TPAA 4YB7A 2QVVA 4RJZA 4R75A 2V84A 2F78A 2QMXA 4ZS9A 2QRYA 1IXGA 5H8NB 1FPLA 2P0SA 2FIEA 1NL5A 4OENA 3F11A 2Q9TA 3FXBA 3PD8A 5IAIA 1US5A 4XKPA 3NOHA 5IGAA 1MS7A 3BIHA 4F19A 3E9XA 2ZXTA 4MIJA 2QVUA 2V3TA 4OEUA 4OYVA 1SYIA 3SESA 4NE4A 2OX3A 5EQ9A 2HZKA 1A55A 4C0RA 4R74A 1SVXB 1Z7NE 3GLBA 3FJMA 4H6DA 4KI0E 3HN0A 2AL4A 3FVOA 1KA0A 3VXCA 3GBAA 1FTOA 4NAPA 5J1DA 1D3KA 1YCJA 4GWUA 4OVPA 1UTBB 1FQBA 4MCOA 5CM6A 4Q8RA 1FPDA 2DS9A 5A5XA 4G2ZA 3CHGA 1WVJA 1NH7A 1MH3A 5KCJA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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