4QFNA

Crystal structure of dipeptide binding protein from pseudoalteromonas sp. sm9913 in complex with gly-glu
Total Genus 154
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
154
sequence length
507
structure length
507
Chain Sequence
b'QGLVYCAEANPVSFNPQVTTTGSTIDIIANQLYDRLISIDPVTAEFKSELATDWKISKDGKSVTFTLRKGVKFHTTAYFTPTREFNADDVIFTFSRLFDVYNPYHFVGDANYPYFQSVGIDQLIRKIVRVSDHQVRFELFNAESSFLANMATDFAVVLSKEYAMALKANNQENLFDQYPVGTGPYIYKEYRRDHLVRFYKNADYWKHEVALEQLVYDITPNGTTRIAKILTKECDVTAHPSSAQLSILAQRDDINVERETNLNIGYWAFNTERPPFDNLKVRQALVHAIDIEKIMQAVYYGNGLRARSILPPTSWAFEPQKNMPIFDPQLAKKLLTEAGYEKGFDMSIWAMPVSRIYNPNARKMAELMQSDLRKIGVNVNIVEYEWNTFIQRIGEHRHDSVLLGWAADTPDPDNFFSPLLSCTATFSGKNPANWCNPEFDLLLTKALDTTDLNLRKQYYDAAQSMIIEQLPLYPIAHGMRFQASSADVEGITLGPFGAISLANARKK'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural insights into the multispecific recognition of dipeptides of deep-sea gram-negative bacterium Pseudoalteromonas sp. strain SM9913
pubmed doi rcsb
molecule keywords ABC transporter periplasmic peptide-binding protein
source organism Pseudoalteromonas
molecule tags Peptide binding protein
total genus 154
structure length 507
sequence length 507
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-05-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4qfnA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4qfnA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4qfnA02
3TTNA 1HSLA 3OSRA 3O97A 5ISUA 2O68A 4U4XA 2XXIA 1OQGA 1MM7A 1XVXA 4R2FA 4PP0A 4ELRA 1DMBA 2REGA 2PMSA 1ZJLA 2H4IA 4GL0A 4YZZA 4F22A 3S4UA 3ODBA 1ZBMA 1FCKA 3KJTA 4IB2A 4R2BA 1SW5A 4FORA 5H8HA 2VD3A 3BKIB 3KBRA 3U72A 2V25A 4OEVA 1N0TA 1ZKBA 3SEUA 3QIMA 3K02A 3KN7A 3CG3A 2Q9TA 4KQPA 1B3EA 1NKXA 5B70A 5JEIA 4X1BA 1N84A 3OXNA 1NNKA 3FV2A 5KCJA 2UXAA 5DVIA 3B6WA 1VSOA 4ESXA 1MY1A 4JXIA 5KDTB 5K2XA 1SYIA 3GZGA 2DVZA 4RY1A 4NF8B 3HN0A 4TQUQ 4MH5A 4KFQA 4HCYA 5H8QB 2XXHA 2KLFA 3B6QA 3RYAA 1ZTYA 3DP6A 2H25A 3A3UA 3HPIA 2GRVA 4FAJA 4O3CA 3O29A 3MAMA 3FD3A 1B46A 4OERA 5HM4B 4ESWA 2F6PA 3I5OA 4R6HA 3MVZA 1P99A 1M5EA 3W9WA 2WKYA 4I9DA 4NE4A 2P0SA 4KYDA 1T0KA 2I58A 2O69A 3GBBA 1SW2A 1A7LA 2V3TA 1AOVA 1I6AA 3N94A 4DXBA 1BP5A 3D4CA 4F31B 3HO7A 4X1DA 1B5IA 4R72A 4YMBA 2X7QA 3ZSFA 1QUJA 1B58A 3ZS6A 2HZLA 3MJNA 1NH7A 4H5FA 4LZ5A 2XXUA 3ONMA 2XX8A 2ZMBA 4R9FA 1LB8A 3VVDA 2O51A 3CSBA 1LCTA 2HZKA 4NTLA 4F19A 4QHQA 3JV9A 4AB6A 3K1MA 3KOTA 4IO2A 3R7XA 1TFAA 4KHZE 1S7YA 3T9HB 2YPNA 4O3AA 4N07A 4NF5A 5A5XA 4ZEIA 2PVUA 2YLNA 4YAHX 3QSLA 1LAFE 4DXUA 3PPOA 2Q2AA 4IY5A 2AL5A 3FVNA 2ANJA 1JVXA 3PPPA 3MC2A 4QFLA 5ICQA 2WOKA 3ECRA 3C32A 1P1UA 2ONRA 4RK2A 1B9JA 4YKIA 1MPCA 4ZZAA 4PETA 4EF1A 2QJEA 3CR9A 1LFHA 1US4A 3KOSA 3TAJA 2Q88A 1D4NA 4R75A 2GHBA 2OBGA 4OFJA 1SDXA 3TCHA 1PB7A 3PAMA 4F2OA 1JNFA 1LBBA 2ABHA 1NNFA 3THIA 1MY0A 2NXOA 1ZLQA 4RK9A 1OIBA 4OETA 4GOTA 3DP8A 4DCXA 4O3BA 5H8NA 3EQ1A 4PQJA 1YTVA 3CI8A 1ZMGA 3V89B 3H03A 2XX9A 4JWXA 4ND9A 5FHMA 3QUJA 5H8QA 3CHGA 2OWTA 1EZPA 4XKRA 3IB1A 4H1XA 4DLDA 5I2KA 3A3CA 1URDA 3I6VA 5BWJA 5I56A 4JSOA 1Q35A 1SW4A 2QS2A 2NUVA 4YB5A 3FVOA 1N3XA 3KG2A 1MXVA 2QS4A 3IO6A 3IB0A 5L9MA 4MFIA 4BDOA 2OCUA 1H76A 4H8JA 4IY6A 4HTGA 1N7WA 2RINA 3RLFE 1JETA 4BLAA 1JEUA 4FEBA 1B52A 2H99A 3E9XA 2UYFA 3MP6A 2Y7RA 3UN6A 2F97A 4ELOA 4QRZA 2VP1A 4M1VA 1VFEA 2W7YA 1FQFA 3K6VA 5FTIA 4EXLA 5EYFA 3CFXA 3DM0A 3PMVA 3C33A 2ZXTA 2HEUA 2IEEA 2F36A 4TOZA 3CSGA 4RPNA 1JEVA 1QKAA 3DELB 4EXKA 4LATA 1LB9A 1DSNA 1NNTA 1UQWA 3UIFA 3RTWB 1QUIA 2F34A 4GWOA 5KCJB 1R9LA 4P11A 1SBPA 1BLFA 5CI5A 3UA8A 5I59A 2LAOA 1PBQA 1B1XA 3G3IA 3MVWA 3KSJA 3IR1A 4OESA 3EPEA 3MP1A 1OMPA 5CC2A 3Q28A 4GQOA 3PPQA 2ZYMA 5J1DA 1Y4TA 4Q5TA 1FW0A 2GH9A 3KJ7A 2HXWA 5M2VA 2VD2A 1UTHA 5I57B 1PEBA 3G7WA 2DQVA 3TTLA 3SEVA 3N26A 3PD9A 3S9NC 2H5YA 5I84A 2Q2CA 1IUDA 3TKDA 3G3JA 3C34A 3V5AA 1SYHA 1AL3A 4UA8A 2V93A 2THIA 1M5FA 1SVXB 3FTOA 1BKAA 1CE2A 3TTKA 2A5TB 3FGSA 2Z23A 3UP9A 1Y1ZA 3TTMA 1USYH 1TXFA 1D9YA 4JBZA 4OZ9A 3H4ZA 3C36A 3K0VA 3VE1B 4YB6A 4U21A 1DTGA 1B3HA 2OJTA 3UK4A 1PDAA 1UTBB 4PFYA 3GBAA 4NF5B 5A5XB 3HHFA 2B3BA 4UACA 1OLCA 3OD7A 4LUBA 4NWDA 2XXRA 1B7UA 4GIZA 5CMCA 1MQGA 3MW0A 2QSXA 2Y7PA 5I2NA 4LZ8A 1O7TA 4IO3A 1JW4A 2ZYKA 3DRFA 4HCWA 1A55A 3FASA 3RT6B 4ECFA 1DOTA 3LC8A 3U1OA 2G93A 3S2VA 3K6WA 3T96B 1A8FA 1MQDA 4OEUA 3N6TA 4OFLA 2I4CA 3VLUA 5AE4A 5CBSA 2XD3A 4X48A 1WDNA 5H8NB 3C35A 1M5DA 4WEDA 1MM6A 2DVCA 3O2AA 1SD3A 3ZKKA 3CIJA 4I8CA 1F9BA 1MDP1 3TEPA 2UVHA 4F2QA 1B0HA 5H8SA 5EHMA 1RKMA 3LSWA 3RQTA 2O84X 1MPDA 3W9VA 3C4MA 5F1QA 2HAVA 5ITOA 5I2KB 3R6UA 5I58B 1TWYA 2DXRA 3FVKA 4G77A 2PBWA 3SESA 5I56B 4DCYA 2Q89A 5I57A 3PMXA 4FATA 4PFWA 2XXPA 4Q8RA 1HSEA 3K6XA 1LSTA 3USDA 3MZBA 1H43A 3CFLA 4AB5A 3U92A 2Z22A 3LSLA 3WAEA 1OLAA 2A5TA 5JTYA 5LOMA 2P2AA 4C1UA 1KWHA 1B1HA 1B40A 4ZEBA 4G68A 1B51A 3Q27A 4DDDA 4JB7A 3RTFB 3PV0E 1VR5A 1URGA 1B5HA 1JVYA 2D5WA 1M5CA 3PD8A 2DE4A 1USYE 3SETA 4QFOA 2RC9A 1MG1A 1XOCA 1UTBA 3MPLA 3VV5A 2ZYNA 2R71A 3KN8A 2OLBA 2UYEA 4YKPA 2X7PA 1BTJA 2DS9A 4PFUA 3OO8A 4OQOA 4Z0IA 1P1OA 1MXUA 3IOVA 2A5SA 4RXLA 2PT1A 3K1NA 1MRPA 5CMKA 1B3FA 4Q30B 4XKPA 3FXRA 5DT6A 1I6QA 1EH3A 1AIVA 2Y7WA 3Q26A 5AA4B 3OELA 4BDRA 4H67A 2H98A 3TFLA 5I59B 2Z8DA 1RYXA 4GL8A 3S9EA 4F18A 1SQYA 1IIWA 3T66A 2RF1A 3PUYE 4U4SA 2REJA 3H6VA 2M8CA 1YAEA 3EHUA 3SEYA 1WODA 3T93B 4ZE9A 2D21A 4DIGA 5EHSA 5FHNA 3O28A 1GR2A 1UTHB 3IOTA 1S9TA 5CMMA 3TCFA 2Q8JA 4L17A 4Z7EA 3D4GA 3IJXB 1TFDA 4F3PA 3TZAA 1LFIA 1B6HA 2UVJA 4NF6B 5IKBA 4GFRA 3IOUA 4ZECA 3CRBA 4DXCA 1I6BA 3VDFA 1OVTA 4RPOA 1N3WA 1UIVA 1NFTA 2DWIA 1B7ZA 4LONB 1MH3A 4POWA 4BDNA 4OTEA 3PMWA 4NF4A 3KGCA 1H3DA 4G8NA 1Z7NE 3IORA 1IXIA 4I62A 2QRYA 5I58A 3G3HA 5ELVA 1YPNA 5TP9B 3RUMA 4R74A 1O64A 5JK4A 2Z8EA 4U1OA 2RCBA 3L6GA 4Q0CA 2AIXA 1Y3QA 3H7MA 3UGWA 3KEIA 2HQ0A 3TUSA 5DTBA 3LBSA 2O1MA 3FIRA 1AMFA 2XXXA 4G4PA 2I3VA 3C9HA 3TQWA 3LR1A 1N7XA 2XXVA 4QSEA 1POY1 5I2NB 5FTHA 3UORA 5AA1A 1QKBA 3FV1A 5IAIA 5AA2D 3ILTB 2DWAA 4KCCA 2ZNSA 2B4LA 4H0WA 1ANFA 1MY2A 2Y7IA 3QK6A 4R73A 1XVYA 2XX7A 3ZKLA 4C1TA 3LSFB 3ILUB 4DE8A 4OXVA 1QW0A 4EDPA 3I3VA 1SI1A 3TYHA 3RY3A 3RYBA 4IO7A 2DSFA 4F29A 4H6DA 2DE3A 3IJOB 5BUUA 3T9VA 3FXUA 1LLSA 3OENA 5AA4A 3RN8A 3RPWA 4KYEA 2XXWA 3SKPA 1CB6A 3H6TA 3LVUA 1L5TA 2HFBA 1QJMA 2XXYA 1R1NA 2B4MA 3OEMA 2YJPA 2DP8A 1VFDA 1SW1A 1IXHA 4EQ9A 4U22A 3TQLA 4R9GA 2NOOA 3O6IA 3U8QA 1NH8A 4YU0A 3KFMA 3LUYA 1Y4CA 3G3GA 1IEJA 4EUOA 3RNNA 3DRKA 2DWJA 4POXA 4OVJA 2O6AA 4NF6A 2WOPA 3LSXA 1QVSA 2QS1A 3MUQA 1FTMA 3K4UA 1IZ1A 1R9QA 1MXWA 4KR5A 1QULA 4G68C 2Y84A 4LVQA 5JTYB 2XXQA 1B05A 1FQEA 2F5XA 5TPAB 3DRJA 5ITPA 1D9VA 3MZ1A 2QS3A 1LBCA 2F8DA 5TP9A 4WXJA 4G68B 4N6PA 4KD5A 2CZLA 3OMBA 4MLQA 3N5LA 1QUKA 2ZNUA 3OOAA 4F1YA 5DYHA 4PE5B 1N04A 2E1SA 4X9TA 4U2RA 2OK2A 3H6UA 5CBRA 2PT2A 1LFGA 2O7UA 2QMWA 1I69A 4KYSA 1LAXA 3H6WA 4ZZEA 3KSXA 2NVUB 3Q25A 4C0RA 4BDMA 1MQHA 1D3KA 4IGTA 4ELPA 4F3GA 2X26A 2DWHA 1HSJA 2I0BA 1MXZA 1LGBC 3H3GA 4I1DA 1OQHA 3EHSA 1PB9A 3VXCA 3TELA 3MQ9A 4QF9A 3MWBA 2B65A 2VOZA 3PUZE 2I6EA 4ELQA 5L9OA 1DPEA 4ISUA 1J1NA 2ONKE 4NWCA 2Y7KA 2V3QA 4LP2B 3BBRA 3K2DA 2DE2A 3K01A 5DVFA 1ZIUA 1B0LA 1Y3PA 3MVYA 1YCJA 4QFPA 1IXCA 3GXAA 2ONSA 5AA2A 4N13A 1H45A 3T22A 3R26A 3U93A 5CRYA 3MPKA 2ZNTA 2I49A 3DRHA 3FJ7A 4ZEKA 2GFEA 3MP8A 1A8EA 4NF4B 4JWYA 4YKKA 4KI0E 1AH5A 1A40A 4RNSA 4XTCQ 5HPQA 4BDLA 3H06B 3RT8A 3SERA 2HAUA 3TMGA 3VVEA 5TU0A 2O1LA 3O66A 1FQDA 1GVCA 2OZZA 4U1ZA 2UVGA 3PUWE 4F39A 2R6GE 4ZS9A 1B5JA 3TCGA 3BFUA 1Y3NA 4QFNA 4EQ7A 4OWDA 4IO6A 3SDFA 3OO6A 4BDQA 1LAHE 4U23A 4OMBA 1R6ZA 1Z7ME 1LCFA 4RA1A 4R6YA 1FTOA 5TPAA 3F11A 4QFKA 3P7IA 3RGYA 4R6KA 1MQIA 1EU8A 3W15C 2ALUA 1NNPA 1JW5A 1XC1A 1MXYA 5H8FB 3M3LA 3S9MC 3JYRA 1FQAA 4AQ4A 4MF3A 2V84A 4FIMA 1SI0A 1URSA 3IK6B 2F7CA 4PFTA 2QMXA 4ZEFA 3MZ9A 1B3LA 3QYTA 3MBPA 4ZEDA 5DEXB 3TPAA 3OSQA 4JDFA 4E0WA 1B2HA 3C31A 1O63A 1MY3A 2XHDA 1B32A 4M4GA 4FE8A 4LA9A 3OO9A 4G2ZA 3E4RA 4LQ2A 5CM6A 1FTLA 2F35A 1ATGA 3FXQA 1MQJA 2RC7A 3CG1A 1XT8A 3EHTA 3PU5A 3MVXA 3HSTA 3QUFA 4XIGQ 1XS5A 3O6PA 4K3FA 2I48A 3B6TA 1VE4A 1P1NA 3EF7A 5L9SA 4HS7A 2GHAA 2VGQA 2I4BA 4WEPA 1IITA 2O7IA 4H8IA 2WOLA 4RJZA 2I0CA 3Q29A 1DPPA 3IB2A 2V3UA 3V8XB 4HW8A 4OYVA 3VLWA 1Y9UA 4TLMB 1MXXA 4GXSB 1P1WA 1TT1A 4YICA 1XHYA 3CFZA 5L8DA 3QAXA 1EZ9A 1POTA 3CVGA 1UIUA 3V83A 3IAZA 1Y20A 1IXGA 2R9JA 4GLIA 2DXYA 3K1PA 5CMBA 1DTZA 4EQBA 5KDTA 3IL1B 4NF8A 1B4HA 3DRIA 4OFOA 4IO4A 3FJMA 1P1QA 2FNCA 4ZE8A 3T9UA 2IA4A 5HBCA 5KZTA 4LZ7A 1PC3A 2PYYA 4FECA 3A09A 1M5BA 3VXBA 2F7BA 1JW1A 2F6GA 2XXTA 2AL4A 4YB7A 3O6HA 1B3GA 4EF2A 4ONYA 1US5A 3PPRA 3S9LC 3PPNA 3IX1A 2OWSA 2HCAA 1IQ7A 4GXAA 3FUZA 3KZGA 3HCQA 1MY4A 1II5A 3L6HA 3E13X 4OHNA 3DP4A 4GD5A 4NMYA 3PGFA 3JZJA 4XKNA 2I3WA 3VFJA 3IOWA 3G3FA 3FATA 4F3BA 5ICTA 1MS7A 2RCAA 1RYOA 1H44A 3SEWA 1FTJA 2ESNA 3OO7A 4P0IA 4IO5A 3B7DA 5H8FA 4G8MA 1S50A 2F7AA 3QXMA 1NL5A 3E3KA 2FA7A 4GRKA 2FYIA 4MBPA 3FVGA 2AYSA 2PX1A 3FJGA 3WAFA 1Y1MA 1WVJA 1B7HA 5DEXA 5H8HB 3IO4A 3HV1A 1PBPA 3SEXA 2RC8A 3OEKA 4THIA 1MPBA 4ZDMA 4YKJA 2BJJX 4F3SA 3KN3A 4KPTA 5AA2B 1FTKA 3N6UA 1EZOA 2RKMA 3DRGA 4H5GA 2D3IA 2E0SA 3HHGA 2UVIA 2VHAA 1A99A 4OENA 3VVFA 4QSDA 4F1UA 1JQFA 2F78A 4H65A 1ZU0A 4YMAA 3O6GA 5B7DA 3O9PA 1GGGA 3FZVA 4RYAA 4WKMA 1FQBA 4QSCA 5F7VA 4IGRA 3PUXE 3K00A 2G29A 4JWOA 1BIYA 1PB8A 3M3KA 5K2YA 1ELJA 1LAGE 2B3FA 4GVOA 4NEDA 4MLVA 3EN3A 1OVBA 3K6UA 3TODA 2P1SA 4KCDA 3GLBA 2DYXA 3AXFA 4FJPA 3M8UA 1NMUA 4P0GA 1MH4A 4E0XA 2QL3A 3TDJA 4LQ5A 5FHOA 2Z8FA 3U94A 4FEDA 4GF8A 1GV8A 4TLLB 4JSDA 4XKQA 2XD2A 3PUVE 1N76A 3BFTA 3DLNA 3G3KA 4F1VA 1A54A 1Q1KA 4G8HA 3M3FA 5DVJA 2DOJA 2QPQA 2H9BA 3T9XB 4DZ1A 1GTKA 2ZYOA 2CMOA 4XXUA 3TTRA 1FQCA 1B4ZA 3VLVA 1MDQA 2NWJA 5AA3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4GWZA 2PCRA 3TTNA 1HSLA 3OSRA 4MAGA 3O97A 4GWWA 5ISUA 2O68A 4U4XA 2XXIA 1FBGA 1OQGA 5A5LA 1MM7A 1XVXA 4R2FA 4PP0A 1LBVA 4ELRA 1DMBA 2REGA 5IM2A 2PMSA 1ZJLA 2H4IA 4GL0A 4HE2A 4PDDA 4YZZA 4F22A 3S4UA 3ODBA 1ZBMA 1FCKA 3KJTA 1BK4A 4IB2A 4R2BA 4I3YA 1SW5A 4FORA 5H8HA 2VD3A 3BKIB 4PE3A 3KBRA 3U72A 2V25A 4OA4A 4OEVA 1N0TA 1ZKBA 4O7IA 3SEUA 5LTCA 3QIMA 3K02A 3KN7A 3CG3A 2Q9TA 4KQPA 1B3EA 1NKXA 2HXRA 5B70A 1JP4A 5JEIA 4X1BA 1N84A 3OXNA 1NNKA 3FV2A 5ET6A 5KCJA 2UXAA 3MSTA 5DVIA 3B6WA 1VSOA 4ESXA 1MY1A 4JXIA 5KDTB 5K2XA 1SYIA 3GZGA 2DVZA 4NF8B 4RY1A 3HN0A 4TQUQ 5ET8A 4MH5A 4KFQA 4HCYA 5H8QB 2XXHA 2KLFA 3B6QA 3RYAA 1ZTYA 3DP6A 2H25A 3A3UA 3HPIA 2GRVA 4FAJA 4O3CA 3O29A 3MAMA 3FD3A 1B46A 4OERA 5HM4B 4ESWA 2F6PA 2FIXA 3I5OA 4R6HA 4LN5A 3MVZA 1P99A 1M5EA 3W9WA 2WKYA 4I9DA 4NE4A 2P0SA 4XEQA 4KYDA 1T0KA 2I58A 2O69A 3GBBA 1SW2A 1A7LA 2V3TA 1AOVA 1I6AA 3N94A 4DXBA 1BP5A 3D4CA 4F31B 3HO7A 4X1DA 1B5IA 4R72A 4YMBA 2X7QA 3ZSFA 1QUJA 3BIGA 1B58A 3ZS6A 1DCUA 1XI6A 2HZLA 4OANA 3MJNA 1NH7A 4H5FA 4LZ5A 2XXUA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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