4QFNA

Crystal structure of dipeptide binding protein from pseudoalteromonas sp. sm9913 in complex with gly-glu
Total Genus 154
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
154
sequence length
507
structure length
507
Chain Sequence
QGLVYCAEANPVSFNPQVTTTGSTIDIIANQLYDRLISIDPVTAEFKSELATDWKISKDGKSVTFTLRKGVKFHTTAYFTPTREFNADDVIFTFSRLFDVYNPYHFVGDANYPYFQSVGIDQLIRKIVRVSDHQVRFELFNAESSFLANMATDFAVVLSKEYAMALKANNQENLFDQYPVGTGPYIYKEYRRDHLVRFYKNADYWKHEVALEQLVYDITPNGTTRIAKILTKECDVTAHPSSAQLSILAQRDDINVERETNLNIGYWAFNTERPPFDNLKVRQALVHAIDIEKIMQAVYYGNGLRARSILPPTSWAFEPQKNMPIFDPQLAKKLLTEAGYEKGFDMSIWAMPVSRIYNPNARKMAELMQSDLRKIGVNVNIVEYEWNTFIQRIGEHRHDSVLLGWAADTPDPDNFFSPLLSCTATFSGKNPANWCNPEFDLLLTKALDTTDLNLRKQYYDAAQSMIIEQLPLYPIAHGMRFQASSADVEGITLGPFGAISLANARKK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords ABC transporter periplasmic peptide-binding protein
publication title Structural insights into the multispecific recognition of dipeptides of deep-sea gram-negative bacterium Pseudoalteromonas sp. strain SM9913
pubmed doi rcsb
source organism Pseudoalteromonas
molecule tags Peptide binding protein
total genus 154
structure length 507
sequence length 507
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-05-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4qfnA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4qfnA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4qfnA02
5I59B 3EHUA 5I56B 3LSXA 3PMVA 3PPOA 3E13X 4L17A 4YKKA 1DPPA 3FVNA 1B3FA 1FTMA 4OYVA 3O6PA 4R2BA 1XC1A 1MQHA 3C31A 4EQ7A 2F34A 4PFWA 3G3IA 2IA4A 3HHGA 4JXIA 3IJOB 1MXZA 1QULA 1VR5A 5FHNA 5AA2D 2REGA 2PX1A 1B3EA 4YB5A 2V3UA 4F19A 2XD2A 3LC8A 2DYXA 2QS3A 4OZ9A 4EXLA 2Q2CA 2VD3A 3ECRA 1ZMGA 1LFIA 1RYOA 5L8DA 3MW0A 5LOMA 1R9QA 3OD7A 3TZAA 4YMAA 4THIA 4WEPA 3QXMA 4KYEA 4ECFA 3UORA 5F1QA 4OESA 2ZYOA 2HCAA 4I62A 1NNFA 2F6GA 3MUQA 1ATGA 5EHSA 3FVOA 4NF5A 4IO3A 3P7IA 5ELVA 3RUMA 1MPDA 3QIMA 3JZJA 3LSLA 3O9PA 4GVOA 2DWIA 2WOPA 4KR5A 3G3KA 1IXHA 1POY1 3ZKLA 1TXFA 1Y1ZA 3C9HA 1R6ZA 3DELB 1TFDA 1IUDA 3KG2A 5JEIA 1Y3PA 2O1LA 4EQ9A 3HV1A 1Z7ME 4UA8A 4DE8A 3BFUA 4ZE9A 3THIA 4TOZA 2OJTA 4LUBA 2Z23A 1MM6A 4NMYA 4ZECA 1MY2A 3BFTA 1Q35A 3SEXA 3HHFA 4PP0A 2F36A 4Q8RA 1SYIA 5AA4A 3EPEA 1ELJA 2B3FA 1R9LA 3QUFA 3SEYA 1SW5A 4R6YA 2Q8JA 3HN0A 3H6WA 2ZNUA 1D9VA 2DXRA 3TPAA 1URSA 3AXFA 4DCXA 4ISUA 4XKRA 4P0GA 1SI1A 3F11A 2I48A 4H8JA 1IXCA 4FORA 1H76A 1N7XA 4G8HA 3MP6A 3ILUB 2ZMBA 3OEKA 1B5JA 1QUKA 2HZKA 1SW4A 4Q0CA 1N3XA 4RK9A 1M5CA 2DWAA 4IB2A 4EF1A 1OVTA 1GV8A 4IY5A 3TCGA 5TP9A 3PAMA 3RGYA 4EF2A 2RCBA 1PC3A 3OSRA 4BDNA 3U72A 4E0XA 1PB7A 3TTRA 2I6EA 3T9XB 4M4GA 3MBPA 1QW0A 2Y7RA 2RC7A 3BBRA 2NUVA 3LR1A 2AIXA 1H44A 1CE2A 4FIMA 2W7YA 4GIZA 2HFBA 1RKMA 2XD3A 5EHMA 3CFLA 1URGA 3S2VA 1A99A 3QAXA 3U8QA 4ELPA 2XXWA 3USDA 3CSBA 1JW5A 2O68A 4WEDA 4GXAA 1DMBA 2O69A 2HQ0A 4HCYA 1M5BA 3TTNA 4GF8A 5H8QA 4X9TA 2KLFA 2XX7A 4YICA 4X1DA 4BDQA 2Y7KA 4HCWA 2DS9A 3C34A 2RC9A 1WDNA 2H99A 3IOVA 3HO7A 3HCQA 5TP9B 4DLDA 3S9NC 1OQGA 2I4CA 1MQDA 2B4LA 4G68A 2XX9A 1MDP1 4BDMA 4DXBA 3KN8A 4LZ5A 1EH3A 1XHYA 1NKXA 3W9VA 2G29A 4Q5TA 4TQUQ 2X7QA 3DP6A 1LLSA 2D21A 1T0KA 4C1TA 4ESXA 1Y9UA 1FTJA 3EHSA 5ISUA 1ZKBA 1MY1A 1P1NA 3PGFA 1N84A 4O3AA 2FYIA 4NWDA 4ZZEA 4F3SA 4R6KA 5H8QB 1B5HA 1QVSA 3K4UA 3SEWA 1B5IA 3MZ1A 4P0IA 1B05A 4POWA 4IO7A 3VLWA 4H6DA 1XT8A 3DP4A 4WXJA 1FQAA 3Q26A 3V89B 1FQFA 3N6TA 1JW1A 3UN6A 4R2FA 3CG1A 3JV9A 4IO5A 4EXKA 1MQGA 4R73A 5BWJA 3TDJA 1GTKA 2V3TA 4NF8B 1IITA 2V84A 1DTZA 4KHZE 1S7YA 1ZIUA 4F2OA 3B6QA 3RY3A 3PUVE 4DZ1A 1P1QA 1N3WA 4RYAA 2XXXA 1US5A 3U94A 3WAEA 4PFYA 1B0LA 3VVEA 1M5EA 2DE2A 1B3GA 1HSLA 1P99A 3T96B 5I59A 4ZDMA 5I56A 2QRYA 3KGCA 3PMXA 4RPNA 1B46A 3GBAA 1ZU0A 3C36A 3N6UA 3MVYA 3E9XA 4F3PA 4G8MA 1KWHA 3N5LA 1M5DA 5I58B 3OELA 3S9MC 5KCJA 1LBCA 2GH9A 3MVWA 3SEUA 3IB2A 1LFHA 2VOZA 5JK4A 3IB1A 1ANFA 3GLBA 2REJA 3B7DA 3KFMA 3K6WA 1AOVA 2D5WA 3C32A 2F6PA 1UQWA 5CMCA 5CM6A 4OERA 3O66A 2AYSA 3TQLA 1A8FA 4OENA 2H5YA 4PFTA 2NXOA 2ONKE 1MDQA 4N13A 3FJMA 3VDFA 1WVJA 1DTGA 3TODA 2WOLA 1WODA 2V3QA 3O6GA 1VSOA 4N6PA 1SDXA 2QMWA 2VD2A 4LZ7A 4DXCA 1IXGA 4KFQA 2I3WA 4OTEA 2OLBA 2QS2A 3KOTA 3KJ7A 5DT6A 1O7TA 1MQIA 3DRKA 4HTGA 4FJPA 1MG1A 5KCJB 4OFLA 1MXWA 2Y7IA 3O6IA 3FV1A 5CI5A 1P1UA 3IL1B 4H67A 3KN7A 4GL0A 4O3BA 4GOTA 3C33A 1OIBA 3G3FA 2P2AA 4F1UA 3K00A 1FTKA 4ELQA 1H43A 3FGSA 1S9TA 3FIRA 3EHTA 2F5XA 3FTOA 2ONSA 1GGGA 2R9JA 4IY6A 3A3UA 1JNFA 4LQ2A 1MPCA 4IO6A 3OO9A 3FV2A 3TEPA 2O51A 3CHGA 1D9YA 4KYDA 4F29A 3PPNA 2V25A 1GVCA 3OOAA 1HSEA 1OQHA 5HM4B 3CSGA 3ILTB 3UP9A 2F8DA 5IAIA 2I0CA 3PD9A 3FVKA 4OVJA 2OWTA 4QFKA 1MH3A 5FHOA 3VXCA 2Z8EA 2RKMA 3RYBA 1PB8A 4KD5A 1MY4A 3OMBA 3OO7A 1LB9A 4GFRA 3CVGA 4F18A 5ITPA 2GHBA 4R9FA 3PPPA 1B40A 2VHAA 3FZVA 2WOKA 2XXIA 5H8HA 1DSNA 1B2HA 3CR9A 5ICTA 1NL5A 1YTVA 3R7XA 4NE4A 3ZKKA 2O1MA 1IZ1A 3MPLA 1SD3A 1SYHA 3L6GA 2H9BA 3RN8A 3KN3A 3IOWA 1L5TA 4K3FA 2WKYA 1QJMA 3R6UA 3L6HA 4YB7A 4AB6A 4FECA 3E3KA 1UTHA 2DOJA 4YKPA 2AL5A 4F1YA 4OXVA 4QSEA 3PUYE 4R6HA 3KZGA 2XXTA 1B32A 2OBGA 2DVCA 2FA7A 2F78A 3ONMA 4JDFA 3LSWA 5K2YA 1MXXA 1II5A 1ZJLA 3H7MA 2XHDA 1Y3NA 3TAJA 3T22A 5H8HB 3G3JA 4JWOA 3QUJA 2I0BA 5I84A 2DVZA 3H6TA 1LSTA 4G77A 5CMKA 3BKIB 3FJGA 4YB6A 1ZTYA 2ABHA 2QS1A 4KPTA 2UYFA 2Z22A 3U1OA 5TU0A 1Z7NE 2M8CA 3PMWA 2ZYMA 2Y84A 3B6TA 1UTHB 2RF1A 5M2VA 3IORA 2F35A 4LZ8A 1B58A 4JSOA 2CMOA 2P0SA 2GHAA 3OSQA 4WKMA 4ZEIA 1YPNA 2OZZA 3EF7A 2Y7PA 3MAMA 3RYAA 3RLFE 1USYE 1URDA 1UTBB 4QHQA 2B65A 1QUIA 2O84X 1OLAA 1BLFA 4X48A 3DRJA 2XXPA 4ZEFA 1SVXB 2E0SA 4I9DA 2DE3A 5B70A 2B3BA 4H1XA 3PUWE 1I6QA 2DQVA 5B7DA 5HBCA 4F1VA 1XVXA 4X1BA 1B51A 1EZPA 1FQBA 1LB8A 1MS7A 4U21A 1PBQA 1F9BA 1VFEA 4FE8A 2ZNSA 4JSDA 5AA2A 3IR1A 4TLMB 1OVBA 3M8UA 3RNNA 1YCJA 4YMBA 3TTKA 3N94A 4NF8A 2HZLA 4BDRA 3CI8A 4EDPA 4H5FA 1LAFE 2XXVA 2UYEA 3ZS6A 1A8EA 1P1WA 3SERA 3TTMA 4F22A 4MLQA 4ZEBA 4KCDA 5DYHA 4NF6A 2DWHA 1MM7A 1PEBA 2H4IA 2XXHA 3QK6A 3ZSFA 1NFTA 5F7VA 2NWJA 2X26A 4JBZA 1P1OA 3FATA 3PV0E 1DOTA 2H25A 1O63A 1JEVA 2NOOA 3FJ7A 2YLNA 5I58A 2OWSA 4TLLB 1N76A 3T93B 5ICQA 3TELA 1FQCA 3E4RA 3OXNA 3O6HA 1FW0A 4UACA 3FASA 4JWXA 1JW4A 5AA2B 1VFDA 3HSTA 1IXIA 2QPQA 5DEXB 3RT6B 1GR2A 3FXRA 4FEDA 4KCCA 4ND9A 5JTYB 3SKPA 2XXRA 2FNCA 1SW2A 1MXVA 3DM0A 2IEEA 2RINA 4NEDA 4LONB 3DLNA 3H6VA 5AE4A 3UGWA 1R1NA 4NF6B 5FTIA 3K1PA 2YJPA 3U93A 4FATA 3M3LA 2O6AA 4U4XA 2PT2A 4H0WA 1B1HA 1ZBMA 4KYSA 1UIUA 1N0TA 2QS4A 1AL3A 4HW8A 3MWBA 4DDDA 1LGBC 4RJZA 1BP5A 1I6AA 5CMBA 5I57A 3K6VA 3D4CA 1MXUA 1B6HA 1D4NA 3V83A 2HEUA 5CC2A 2Q9TA 5KDTA 4XTCQ 3TCFA 2R71A 1AIVA 3OENA 3H03A 5AA3A 4GL8A 4RY1A 4R72A 3UK4A 1NH8A 4QFOA 5FHMA 3A09A 4F39A 1PBPA 3IO6A 3UA8A 1PDAA 1N7WA 1EU8A 1MPBA 4QSDA 4OQOA 2I58A 4BLAA 3TCHA 4Z0IA 5AA1A 3EN3A 1LAGE 3Q28A 3TYHA 4KI0E 1CB6A 3DRFA 3UIFA 2ZXTA 4G2ZA 3WAFA 4RK2A 1LAHE 1BTJA 3K2DA 4JB7A 5I57B 2PVUA 4R75A 3IK6B 3A3CA 4P11A 2Q2AA 2XXQA 4G8NA 4ELOA 4QFPA 4M1VA 1I6BA 1MQJA 2CZLA 3C4MA 3KOSA 5KDTB 4EQBA 3O29A 2LAOA 5ITOA 4NF4A 4EUOA 3VVFA 2QSXA 4R74A 3MP8A 4U4SA 3O2AA 3TTLA 1PB9A 3IB0A 2UXAA 4RNSA 4OETA 4H8IA 3LSFB 5BUUA 4HS7A 1POTA 4ESWA 5I2NA 1IQ7A 5L9OA 3K0VA 3CIJA 4OEUA 3FXQA 2UVJA 1N04A 4Z7EA 4OEVA 3V5AA 3S9LC 5IKBA 2B4MA 4MFIA 3PUZE 4DXUA 3I6VA 1B3HA 5H8FA 3MZBA 1FCKA 1B4ZA 4MH5A 3IJXB 4JWYA 5I2KA 2DP8A 1NMUA 3K01A 1OMPA 1B0HA 4XXUA 2ZYKA 4GLIA 4PFUA 1XVYA 3PPRA 3KSXA 2UVHA 4QSCA 3SEVA 2PBWA 1NNKA 4OHNA 4MBPA 3TFLA 1IEJA 3RTFB 4NF4B 3CFZA 2QMXA 3SETA 3QYTA 3PD8A 3D4GA 4MLVA 3U92A 1LBBA 3GXAA 5I2NB 4YKIA 4LATA 5DTBA 2BJJX 4F2QA 2DWJA 1MRPA 2Z8DA 1Q1KA 3GBBA 2A5TA 3LVUA 3LUYA 3KJTA 3VE1B 5K2XA 3GZGA 3OO6A 5H8FB 3I3VA 3G7WA 5CRYA 3CFXA 5I2KB 1A7LA 2ANJA 1H45A 3VV5A 2XX8A 2RCAA 3FD3A 3I5OA 2F7AA 4Q30B 1MY0A 2UVGA 4GQOA 1DPEA 2DXYA 3TUSA 3VLVA 4PETA 4NTLA 3VFJA 5DVJA 5L9SA 3VVDA 2D3IA 1NNPA 1B9JA 3IO4A 4NWCA 2NVUB 1EZ9A 3V8XB 4GWOA 4H5GA 4ZZAA 4F3BA 4G68C 2PYYA 3LBSA 1QUJA 4LQ5A 3QSLA 2QJEA 1JEUA 4NF5B 1A55A 3FVGA 3K6UA 2O7IA 4ELRA 3K02A 1TWYA 2A5TB 4RXLA 4DCYA 1UTBA 3IAZA 4QF9A 2XXUA 1SBPA 2ONRA 1AH5A 2Z8FA 3MVXA 3TQWA 4GD5A 4BDOA 3VLUA 4OFOA 2GRVA 1NH7A 2P1SA 4YAHX 3K1NA 1AMFA 2F97A 3M3FA 4XKQA 4GXSB 3K1MA 3DP8A 3HPIA 4LVQA 3MPKA 1S50A 3DRGA 3OEMA 1B7ZA 4KQPA 1LAXA 1FQEA 2XXYA 1TFAA 3TKDA 3FUZA 4I8CA 2OK2A 3R26A 5AA4B 4ONYA 1LFGA 3MZ9A 3RT8A 3OO8A 2ZNTA 4RA1A 1NNTA 1OLCA 1Y3QA 3Q25A 2UVIA 3K6XA 3JYRA 2PMSA 1SI0A 3H4ZA 4OMBA 1USYH 2A5SA 2F7BA 1LCTA 3KEIA 4YU0A 4QRZA 2DE4A 3RPWA 1B3LA 2Q89A 2O7UA 2E1SA 3H06B 4XIGQ 3W15C 3KSJA 1ZLQA 2I4BA 3PU5A 4O3CA 2G93A 3N26A 4C1UA 4C0RA 5H8NA 5DEXA 1MH4A 3SDFA 3O28A 2R6GE 2PT1A 1FTLA 4F3GA 5A5XA 3Q29A 5JTYA 4IO2A 4PQJA 5CBSA 3C35A 3PUXE 2RC8A 2DSFA 1B4HA 3MJNA 5CMMA 3ODBA 3G3HA 3G3GA 4F31B 3S4UA 1A54A 4I1DA 4U1OA 4ZE8A 1HSJA 2F7CA 3DRIA 4PE5B 1JVYA 4QFLA 1RYXA 1IIWA 1B7HA 2I3VA 3SESA 4IGRA 3IOUA 5HPQA 2OCUA 3IOTA 3RTWB 4OWDA 4ZEKA 5H8SA 4LP2B 3S9EA 1H3DA 2VP1A 1Y20A 2ESNA 4BDLA 2HAUA 3B6WA 4FAJA 2H98A 3PPQA 3KBRA 5H8NB 1US4A 4XKNA 2QL3A 1BIYA 3VXBA 3T9VA 4LA9A 5A5XB 4G68B 5DVIA 1D3KA 5TPAA 1QKBA 2HAVA 3MP1A 4OFJA 5KZTA 3RQTA 1JETA 1JVXA 1B52A 2X7PA 3IX1A 1B7UA 1MY3A 2I49A 4U22A 4U1ZA 5EYFA 1LCFA 1Y4TA 1B1XA 4MF3A 1J1NA 4AB5A 4AQ4A 4IO4A 1TT1A 3H6UA 3EQ1A 3DRHA 3M3KA 3O97A 3CG3A 4FEBA 3W9WA 4ZEDA 1SW1A 5J1DA 3MVZA 4YZZA 2V93A 3T9HB 5CBRA 1XS5A 4U23A 1A40A 2AL4A 4GRKA 3MC2A 2THIA 3MQ9A 1XOCA 3TMGA 4U2RA 5DVFA 3H3GA 2ZYNA 4E0WA 1FTOA 2Q88A 1BKAA 2YPNA 3CRBA 1I69A 1Y1MA 1VE4A 3T66A 4ZS9A 1M5FA 5TPAB 3Q27A 4XKPA 4G4PA 5FTHA 2VGQA 2Y7WA 1MXYA 5L9MA 1SQYA 4IGTA 1FQDA 1JQFA 2ALUA 4R9GA 4N07A 1EZOA 3FXUA 4POXA 1Y4CA 4DIGA 3T9UA 1QKAA 1UIVA 2HXWA 4QFNA 4RPOA 1O64A 2GFEA 4H65A 1YAEA 4YKJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5EQ7A 5I59B 4MHFA 3EHUA 3LV0A 1LBWA 5I56B 3LSXA 4P3LA 3PMVA 3PPOA 3E13X 4L17A 4X8RA 3GYYA 4YKKA 1DPPA 3FVNA 1B3FA 1FTMA 4OYVA 3O6PA 4R2BA 1XC1A 1MQHA 3ISPA 2WYPA 3C31A 4EQ7A 2F34A 4PFWA 3G3IA 2IA4A 3HHGA 4JXIA 3IJOB 4MIJA 1MXZA 1QULA 1VR5A 5FHNA 5AA2D 2REGA 2PX1A 1B3EA 4YB5A 2V3UA 4F19A 2XD2A 3LC8A 2DYXA 1NV3A 2QS3A 4OZ9A 4EXLA 2Q2CA 2OWZA 5IZZA 2VD3A 3ECRA 1ZMGA 1IMEA 1LFIA 1RYOA 5L8DA 5T3JA 3MW0A 5LOMA 1R9QA 4O8MA 3OD7A 4PF8A 3TZAA 4YMAA 4THIA 4WEPA 3QXMA 4KYEA 4ECFA 3UORA 5F1QA 4OESA 4GWWA 2ZYOA 2HCAA 4I62A 5LDZA 1NNFA 2F6GA 3MUQA 1ATGA 5EHSA 3FVOA 4NF5A 4IO3A 3P7IA 5ELVA 3RUMA 1MPDA 3QIMA 3JZJA 3LSLA 3O9PA 2MKZA 4GVOA 2DWIA 4FBPA 2WOPA 4KR5A 3G3KA 1IXHA 1POY1 3ZKLA 1TXFA 1Y1ZA 3C9HA 1R6ZA 3DELB 1TFDA 1IUDA 3KG2A 5JEIA 1Y3PA 1FBFA 1FPBA 2O1LA 4EQ9A 3HV1A 2Q74A 1Z7ME 4UA8A 4DE8A 3BFUA 4ZE9A 3THIA 4TOZA 4JVIA 2OJTA 4LUBA 2Z23A 1MM6A 4NMYA 4ZECA 1MY2A 3BFTA 1Q35A 3SEXA 3HHFA 4PP0A 2F36A 4Q8RA 1SYIA 5AA4A 3EPEA 1ELJA 4PAIA 2B3FA 1R9LA 3QUFA 3SEYA 1SW5A 4R6YA 2Q8JA 3HN0A 4PGNA 3H6WA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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