4QFNA

Crystal structure of dipeptide binding protein from pseudoalteromonas sp. sm9913 in complex with gly-glu
Total Genus 154
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
154
sequence length
507
structure length
507
Chain Sequence
QGLVYCAEANPVSFNPQVTTTGSTIDIIANQLYDRLISIDPVTAEFKSELATDWKISKDGKSVTFTLRKGVKFHTTAYFTPTREFNADDVIFTFSRLFDVYNPYHFVGDANYPYFQSVGIDQLIRKIVRVSDHQVRFELFNAESSFLANMATDFAVVLSKEYAMALKANNQENLFDQYPVGTGPYIYKEYRRDHLVRFYKNADYWKHEVALEQLVYDITPNGTTRIAKILTKECDVTAHPSSAQLSILAQRDDINVERETNLNIGYWAFNTERPPFDNLKVRQALVHAIDIEKIMQAVYYGNGLRARSILPPTSWAFEPQKNMPIFDPQLAKKLLTEAGYEKGFDMSIWAMPVSRIYNPNARKMAELMQSDLRKIGVNVNIVEYEWNTFIQRIGEHRHDSVLLGWAADTPDPDNFFSPLLSCTATFSGKNPANWCNPEFDLLLTKALDTTDLNLRKQYYDAAQSMIIEQLPLYPIAHGMRFQASSADVEGITLGPFGAISLANARKK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structural insights into the multispecific recognition of dipeptides of deep-sea gram-negative bacterium Pseudoalteromonas sp. strain SM9913
pubmed doi rcsb
source organism Pseudoalteromonas
molecule tags Peptide binding protein
molecule keywords ABC transporter periplasmic peptide-binding protein
total genus 154
structure length 507
sequence length 507
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-05-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4qfnA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4qfnA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4qfnA02
3HN0A 4OTEA 3U92A 3H3GA 3TTKA 2O51A 3EF7A 1R9QA 2OCUA 1LCFA 1AIVA 2RINA 1IXHA 4HCYA 4WEDA 2V3UA 1F9BA 1Y3PA 3BFTA 3K6UA 4R2FA 4F2QA 3TPAA 3PAMA 1HSJA 3RT6B 1A40A 4F39A 3N6TA 4JDFA 1YPNA 1XS5A 1B52A 3A3CA 3FZVA 3T96B 2VHAA 4R73A 2ONRA 1L5TA 5CI5A 3LBSA 2O1MA 3U94A 2UVGA 2F6PA 1Y4CA 5ISUA 3TUSA 3FV2A 2V84A 3FVOA 1IXIA 4ND9A 4EF1A 4O3AA 1R9LA 1IXGA 1B6HA 3VVEA 2G93A 4KYEA 3MVZA 2H99A 4G8MA 3R26A 4JBZA 1ZKBA 4LZ8A 2F97A 4R72A 4ZE9A 1MS7A 1GTKA 3C4MA 3OOAA 4FE8A 4G4PA 1A8FA 5IAIA 1FTOA 2H98A 1PDAA 1MQIA 4G2ZA 1JNFA 1MM7A 4LATA 4GF8A 1M5DA 1MPCA 3U72A 2OZZA 3DP6A 3B6TA 1MG1A 3DLNA 3RNNA 3MQ9A 1B51A 1N0TA 2E1SA 3N94A 1IIWA 4F19A 3K1PA 4LZ7A 4KFQA 4N13A 1MH3A 3Q26A 4NF5A 1AMFA 1B7UA 2HEUA 3MZ9A 1PBPA 3H6VA 3IOWA 1XVYA 3UA8A 1M5BA 5ITPA 1B3LA 4PQJA 2FA7A 2OWTA 4QFPA 4U4XA 3C9HA 4GOTA 2DS9A 1GGGA 2IEEA 4GRKA 1OLCA 4NF6A 3K0VA 4IO2A 4LA9A 3SEWA 4Q30B 3S2VA 2HZLA 4RXLA 3VFJA 1LBCA 2B3BA 2PVUA 4YAHX 3TTLA 4NF8A 3HCQA 1B0HA 1B3GA 4NMYA 1FTJA 2VD2A 1LB8A 1PEBA 3EHTA 3HV1A 1S7YA 2ZYOA 2O1LA 4IO5A 4M1VA 4LONB 3PMXA 4OHNA 4YMAA 4P0GA 5AA3A 5I58B 1FQEA 3OEKA 5FTIA 4JWOA 3MPKA 2HQ0A 1QVSA 3MJNA 1P1OA 2M8CA 1TFDA 1LFHA 2H25A 1MDQA 3KN3A 3O6IA 4TLLB 4TLMB 1BTJA 1FQBA 4Q8RA 1A7LA 3PPRA 3THIA 1R6ZA 3OELA 3KG2A 3MUQA 3OD7A 5FHOA 1SW4A 2QJEA 1B5HA 5FHNA 4C1TA 2F36A 2QRYA 3DRIA 4P0IA 3TQLA 1N04A 1SW2A 3C36A 1B4ZA 3MBPA 3K02A 4DLDA 4R6YA 2RC7A 1O7TA 1M5CA 4RY1A 1LGBC 4PP0A 3VV5A 4KR5A 3G3GA 2FNCA 1QKAA 3PUXE 1FTMA 3W15C 3GZGA 2ZNTA 3PMWA 3PUYE 4MBPA 5TP9B 2Y7RA 3W9WA 5FTHA 1MPDA 1USYH 3RUMA 4OFLA 2H4IA 2XD2A 3T66A 2CZLA 3K1MA 4IGTA 1NNPA 4LQ5A 3E13X 4XIGQ 5H8NA 4NF6B 3UN6A 1JQFA 2A5TA 2GFEA 4MLQA 4F3GA 3S9NC 3C31A 1MH4A 5KDTA 1VFDA 2I3VA 2QS2A 1MRPA 5I57B 2Z8EA 2DVZA 2DWHA 1N3WA 3P7IA 4OVJA 4DCYA 1VFEA 4GD5A 4IO7A 4EF2A 3E9XA 3HHGA 4I1DA 1TT1A 2BJJX 1P1NA 1ZU0A 2V3TA 1H43A 4G77A 3DELB 5I56B 3TCGA 3OSQA 3L6HA 1J1NA 2NWJA 3FVKA 1NFTA 3KJTA 4XTCQ 1LFIA 5CRYA 1OQGA 3TTNA 3VE1B 4OEVA 3VVDA 1OVBA 5BUUA 5K2XA 2YLNA 1SQYA 1B7HA 1LBBA 4I8CA 5KCJA 1Y1ZA 4PETA 2DSFA 4OQOA 2V93A 3PD8A 1Q35A 4I9DA 4YICA 5TU0A 1YAEA 3G3FA 1N84A 4KHZE 5HPQA 3KN7A 2HXWA 2XD3A 2O7UA 3KFMA 4F1YA 5F7VA 3O97A 1A54A 4NF8B 3UORA 3ZKKA 3CVGA 1PB8A 4F18A 1EZPA 3MZBA 2F34A 4RYAA 2GHBA 2RCBA 3PMVA 1MY0A 1PB7A 1RYXA 3JZJA 1NMUA 5DVJA 5CBRA 2XXVA 3Q28A 2X26A 2I4BA 1WDNA 1IQ7A 4POXA 4NE4A 2XHDA 4F3PA 4H0WA 1LLSA 2WKYA 1JW1A 5EYFA 3K2DA 4EQ9A 4WEPA 1B58A 2D5WA 3DRJA 3PPOA 4Z0IA 3T93B 1ELJA 3H6WA 3HO7A 1JW5A 4JWYA 4ZEFA 2F6GA 4ZZEA 4TQUQ 2DXYA 1DTZA 3FXUA 4YB6A 5TPAB 2OLBA 3E4RA 4PFWA 1D4NA 4H8IA 5CMCA 4ZS9A 3SEVA 3CI8A 3IB1A 1UQWA 1LAFE 1M5FA 5H8FB 4JSOA 2I0BA 3D4CA 3G3JA 4FORA 4EXLA 5CM6A 4QFNA 3S4UA 2W7YA 1URDA 5H8FA 3ZS6A 1USYE 1FW0A 1N7WA 3CHGA 2ONKE 3MPLA 4NF4B 2Z23A 1UTHB 3MAMA 1H45A 2ANJA 1RYOA 2DE3A 2D21A 4QF9A 1QUJA 2Y7KA 3IOUA 4RPNA 3VLWA 4ELQA 3O9PA 2ZXTA 2DP8A 1B4HA 2PT1A 2UVIA 3KOSA 5EHSA 4AQ4A 3QK6A 1B9JA 3K01A 3LVUA 1VR5A 3QUFA 3BKIB 4H67A 1R1NA 3N6UA 4U2RA 1MY4A 4N6PA 5ELVA 2NOOA 1H76A 1VE4A 2AIXA 2Q89A 2XXYA 3PUVE 2ESNA 2F35A 1QULA 1JETA 4OERA 3PU5A 3FUZA 3QYTA 4YKJA 2V25A 4G68A 1RKMA 4E0XA 2XXWA 5AA2D 5L8DA 1M5EA 2Q8JA 1DPPA 1BP5A 2OJTA 2Z8FA 2ONSA 2ALUA 3GXAA 3FTOA 3HPIA 3OENA 1B05A 2DXRA 1POY1 2REJA 1MQHA 3T9VA 4ECFA 3IOVA 2DQVA 3A3UA 4FAJA 3PPNA 4XKPA 2ZYKA 3K6WA 2Y84A 4HCWA 3RTWB 3OO9A 3SEYA 3UGWA 4F2OA 4OZ9A 4BDLA 3FD3A 2XX9A 4ELOA 3ECRA 4HTGA 3U8QA 2QS3A 3H4ZA 4LVQA 1IUDA 2DWJA 5F1QA 4H1XA 3TCFA 3L6GA 3I3VA 3SDFA 5I58A 3LSFB 4BDNA 5DEXB 4DCXA 4IB2A 3FVNA 4X1BA 1JEUA 5KZTA 4QFLA 4R74A 2O69A 2B3FA 2G29A 5LOMA 1XVXA 4KD5A 1MQGA 1MQJA 2PMSA 3ODBA 4U4SA 1EZ9A 4OYVA 1FQCA 3LR1A 4NF5B 4C0RA 2E0SA 3T22A 3O6GA 2XXUA 4PFUA 3OO8A 4GL0A 2XX7A 4QSDA 4F3BA 3FV1A 2NUVA 3FASA 2RC8A 4PE5B 4R2BA 5H8NB 1POTA 3IK6B 2XXIA 2I0CA 1SI0A 3FATA 2WOLA 1SI1A 1NH7A 2D3IA 2Y7WA 3AXFA 4IO6A 4U1ZA 3T9UA 3DRHA 5AA2A 5B70A 2GHAA 1AOVA 3CG1A 2XXXA 2LAOA 4K3FA 1DSNA 5DTBA 2OWSA 4HS7A 4I62A 5EHMA 1I69A 3VXBA 4JB7A 4H5GA 1NNKA 3DP4A 3TCHA 1B1XA 3ONMA 1QUIA 5FHMA 1D3KA 2WOPA 2ZYNA 3G3HA 5H8HB 2UXAA 1MXZA 2Z8DA 2DWAA 2HZKA 4XKRA 1XC1A 3BFUA 1LB9A 1SYIA 5IKBA 3TQWA 4ZEDA 2WOKA 3KN8A 1OLAA 4ELRA 4YKPA 3KZGA 5AA4B 4ESWA 3LC8A 1B5JA 1GVCA 1Z7ME 3PPQA 2QS1A 2QMXA 3IORA 3EN3A 4MFIA 5JEIA 1QKBA 3OSRA 1A55A 3QAXA 4KYDA 4RK9A 5CBSA 5I2NA 3RY3A 3JYRA 3VLUA 1Y3NA 1SD3A 2QL3A 2VD3A 3I5OA 3IR1A 4FEBA 4JWXA 4P11A 4AB6A 5J1DA 3IO6A 3QUJA 3IJXB 3SERA 1UTBA 2XXTA 4LP2B 1B40A 1US5A 1ZJLA 2I48A 2Y7IA 4R9FA 4BDRA 1ZMGA 2QMWA 3LUYA 3C35A 1A99A 1D9YA 1SDXA 4WKMA 1ZLQA 3FJ7A 3TKDA 1B3HA 1BKAA 1QW0A 2A5SA 4GWOA 3EPEA 1FTLA 4KCCA 1PB9A 1Y3QA 5I2KB 2R71A 2RF1A 2UYFA 3ILTB 1HSEA 1YTVA 3FJMA 3Q27A 5H8HA 1QJMA 3GBAA 4R75A 3TZAA 3EHSA 4U22A 3M3FA 1N7XA 2UVJA 1BLFA 3CSBA 1JW4A 3A09A 3CR9A 4QRZA 2XXHA 2I49A 1P99A 4OEUA 4MLVA 3VLVA 1Z7NE 1SW1A 1O63A 3OEMA 4X9TA 1S9TA 3PPPA 3CIJA 5TPAA 1N3XA 1US4A 3TEPA 2AL5A 3K6XA 5DEXA 1IZ1A 4QHQA 5CMBA 4ZDMA 3DRGA 3TMGA 4GL8A 2PT2A 3B6WA 3C34A 3K6VA 1WVJA 1D9VA 3B6QA 4ZZAA 3G7WA 3CRBA 1T0KA 3OMBA 3WAEA 3RGYA 1MXVA 4YZZA 5I2KA 5L9OA 1DTGA 1XHYA 3Q29A 1IEJA 4ZE8A 1SYHA 1EU8A 2OK2A 3FVGA 4IGRA 3N26A 4G8HA 1O64A 3TFLA 2B65A 4EQBA 3G3KA 3W9VA 5HM4B 1IITA 3MVXA 1MXXA 1MY3A 4PFTA 3PV0E 4FIMA 4H5FA 4IO3A 3RLFE 5I2NB 4THIA 5DVFA 3UIFA 4H8JA 5AA1A 3H03A 1SVXB 1YCJA 2HFBA 5DYHA 3U93A 2P2AA 4ZEIA 2REGA 2F7BA 4GXAA 4F1VA 5A5XA 1MM6A 2I3WA 3IX1A 4OWDA 4QFKA 2NVUB 5L9MA 1H3DA 4TOZA 4N07A 4E0WA 3O6PA 1TWYA 2XXQA 3LSLA 4NWDA 4LZ5A 3LSWA 1B46A 5H8SA 4F29A 3VXCA 1B0LA 3JV9A 4XKNA 4YMBA 3IOTA 4MH5A 1H44A 1LSTA 2UYEA 3PUZE 4GIZA 3SKPA 4AB5A 1VSOA 3K00A 1FCKA 1JEVA 2B4LA 1AL3A 1UTHA 2P0SA 3FGSA 3IL1B 4DXCA 3ZKLA 2Q2CA 4RPOA 4G68C 4BDOA 5JTYA 1NL5A 3MP6A 5ICQA 4FJPA 1UIUA 3TELA 2PX1A 2VOZA 2QSXA 1I6BA 1LAGE 3HSTA 3SESA 1JVYA 5AA2B 1LCTA 3FJGA 2ZMBA 2XX8A 3RN8A 3F11A 1EH3A 4OESA 2AL4A 3IB0A 3IAZA 1B2HA 3G3IA 2F8DA 4O3CA 3RPWA 3DRFA 2I58A 3D4GA 2ZYMA 1DPEA 4X1DA 2GH9A 3S9EA 2RC9A 5ITOA 2RKMA 4QFOA 2HCAA 2DWIA 3RQTA 1XT8A 4ISUA 3CFLA 4R6HA 4YKIA 3WAFA 4F31B 1B7ZA 3VDFA 1BIYA 2I4CA 3M3LA 2QPQA 3ILUB 3MP1A 3OO6A 4OMBA 2F7AA 1UIVA 1MY2A 1S50A 4OFJA 2DE4A 4NTLA 5K2YA 4EUOA 1MXWA 4Q0CA 4L17A 3S9MC 1N76A 1LAXA 3RYBA 1SBPA 1UTBB 2I6EA 1ZTYA 3QXMA 4JSDA 1TXFA 1MXUA 3GLBA 3C33A 5B7DA 5L9SA 1ATGA 4ZEKA 1MDP1 4U23A 3H6UA 4IY6A 4ZECA 4G68B 1MXYA 3O6HA 3IO4A 4F22A 2O84X 3QSLA 3CFXA 3OXNA 4KYSA 4GFRA 4RJZA 4RK2A 4UACA 4IY5A 5DVIA 3FIRA 3KJ7A 2F5XA 4QSEA 5DT6A 1DMBA 4F1UA 5I56A 3KGCA 3VVFA 3O29A 2ABHA 4POWA 5ICTA 1JVXA 4HW8A 3HHFA 4ZEBA 1CE2A 3K1NA 3N5LA 1Y20A 2CMOA 4YB7A 1B32A 2DYXA 4JXIA 1B3EA 2PYYA 5KCJB 2XXPA 4O3BA 3UP9A 2O7IA 3OO7A 4OXVA 3IJOB 4DZ1A 5I57A 2KLFA 4YKKA 4GQOA 2UVHA 5AE4A 1II5A 1URGA 4X48A 1OMPA 2IA4A 4YB5A 2V3QA 4ELPA 1FTKA 2B4MA 4OFOA 4U21A 1LAHE 1MQDA 1FQDA 2HAUA 2DOJA 3R7XA 2R9JA 5I59A 3MWBA 3M8UA 4PFYA 1MY1A 3TAJA 3Q25A 4BDMA 4BLAA 4FATA 4Q5TA 1B1HA 1P1QA 1Y1MA 2AYSA 2DVCA 4G8NA 4OENA 2P1SA 1GV8A 4EXKA 2A5TB 5CMMA 1AH5A 1Q1KA 2X7PA 3MW0A 1OQHA 3TYHA 4F3SA 5CMKA 4UA8A 3TDJA 3BBRA 2RCAA 3O66A 1DOTA 3KSXA 4XKQA 2ZNSA 3V89B 2QS4A 3V8XB 3GBBA 4GVOA 5TP9A 4C1UA 1CB6A 1URSA 2FYIA 1I6AA 4XXUA 1ANFA 1I6QA 2Q2AA 4DXUA 2THIA 3LSXA 4LUBA 4ESXA 3CFZA 1A8EA 3CSGA 3H06B 3K4UA 3MC2A 3O28A 1NNFA 4FECA 4GXSB 5HBCA 3QIMA 3CG3A 1P1UA 1HSLA 1PC3A 4KCDA 4DE8A 5CC2A 5I84A 3SEUA 5AA4A 1SW5A 1B5IA 4EDPA 5A5XB 4BDQA 4NWCA 3EHUA 3IB2A 1B3FA 1FQFA 3C32A 2OBGA 4M4GA 2YPNA 4R9GA 3DRKA 1P1WA 3B7DA 3H7MA 4GLIA 2HAVA 2X7QA 4R6KA 3V83A 3U1OA 3R6UA 3KSJA 4H6DA 1EZOA 4ONYA 2GRVA 3TTMA 2VP1A 1Y4TA 4Z7EA 4NEDA 4FEDA 2XXRA 1TFAA 3RTFB 3TTRA 3MVWA 2ZNUA 1Y9UA 4DXBA 4MF3A 2PBWA 3PGFA 3M3KA 1MPBA 3MVYA 4OETA 1OIBA 4KI0E 1QUKA 5H8QB 4KQPA 1GR2A 3DM0A 3V5AA 4EQ7A 1FQAA 2O6AA 3E3KA 4DIGA 3RT8A 2F7CA 1ZBMA 3DP8A 2NXOA 3H6TA 4U1OA 5JK4A 3S9LC 4YU0A 2Y7PA 5BWJA 3MZ1A 3I6VA 3KEIA 5M2VA 1IXCA 2YJPA 2DE2A 4IO4A 1NKXA 2Z22A 1OVTA 5H8QA 4DDDA 5I59B 4KPTA 2O68A 2R6GE 4WXJA 2H5YA 4NF4A 3UK4A 1NH8A 1ZIUA 3RYAA 3USDA 3TODA 1NNTA 2H9BA 2F78A 3SETA 2Q88A 1LFGA 4RNSA 2VGQA 1PBQA 3MP8A 3O2AA 4RA1A 3FXQA 4LQ2A 5JTYB 3SEXA 3KBRA 3ZSFA 3EQ1A 3T9HB 3PD9A 3FXRA 3PUWE 1XOCA 1WODA 2Q9TA 3KOTA 4H65A 5KDTB 4QSCA 3T9XB 1KWHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2FIEA 4HCYA 2V3UA 4R2FA 3RT6B 1A40A 2Y5KA 3N6TA 4OVSA 3T96B 5CI5A 2O1MA 2BJIA 4PAFA 4JBZA 1KA0A 2F97A 1MS7A 1GTKA 4FE8A 5IAIA 1A8FA 2H98A 4LATA 1JNFA 2OZZA 1MG1A 3MQ9A 1B51A 2E1SA 1IIWA 3K1PA 4KFQA 1AMFA 2CZKA 3IOWA 3H6VA 1XVYA 2OWTA 4QFPA 4U4XA 1GGGA 4NF6A 4P1EA 4IO2A 4YAHX 3ZKKA 4LONB 5AA3A 3OEKA 3MPKA 3KN3A 1A7LA 2Y5LA 3OD7A 5FHOA 2QJEA 4P0IA 3C36A 4DLDA 3K02A 4N15A 1MPDA 2F3BA 2XD2A 2A5TA 2QS2A 1MRPA 4UABA 2DWHA 4OVJA 4DCYA 4I1DA 1ZU0A 2Q8MA 2V3TA 1J1NA 3FVKA 4XTCQ 4OEVA 3VVDA 1OVBA 1SQYA 4P8BA 4YICA 3G3FA 1NV3A 2HXWA 4NF8B 4XFEA 4F18A 3MZBA 2F34A 3PMVA 5DVJA 5CBRA 2WBDA 1IQ7A 1QGXA 4F3PA 2WKYA 4EQ9A 3T93B 5EQAA 4JWYA 4TQUQ 4I40A 2OLBA 3E4RA 3IB1A 1UQWA 1M5FA 2I0BA 4FORA 4EXLA 4QFNA 3S4UA 3ZS6A 1USYE 1N7WA 5TPAB 3CHGA 2ONKE 3UN6A 2Z23A 1UTHB 1RYOA 1SPIA 4RPNA 3IOUA 3VLWA 1NV1A 3O9PA 2PT1A 1B9JA 3LVUA 1H76A 2Q89A 1JETA 4YKJA 2Q8JA 3GXAA 1B05A 1POY1 3IOVA 3A3UA 4XKPA 1DK4A 2Y84A 3OO9A 4F2OA 4PF6A 4NN3A 3FD3A 4OVTA 4GWYA 4N91A 3FVNA 2B3FA 1XVXA 4KD5A 4U4SA 4OYVA 1FQCA 4NF5B 3T22A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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