4QFNA

Crystal structure of dipeptide binding protein from pseudoalteromonas sp. sm9913 in complex with gly-glu
Total Genus 154
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
154
sequence length
507
structure length
507
Chain Sequence
QGLVYCAEANPVSFNPQVTTTGSTIDIIANQLYDRLISIDPVTAEFKSELATDWKISKDGKSVTFTLRKGVKFHTTAYFTPTREFNADDVIFTFSRLFDVYNPYHFVGDANYPYFQSVGIDQLIRKIVRVSDHQVRFELFNAESSFLANMATDFAVVLSKEYAMALKANNQENLFDQYPVGTGPYIYKEYRRDHLVRFYKNADYWKHEVALEQLVYDITPNGTTRIAKILTKECDVTAHPSSAQLSILAQRDDINVERETNLNIGYWAFNTERPPFDNLKVRQALVHAIDIEKIMQAVYYGNGLRARSILPPTSWAFEPQKNMPIFDPQLAKKLLTEAGYEKGFDMSIWAMPVSRIYNPNARKMAELMQSDLRKIGVNVNIVEYEWNTFIQRIGEHRHDSVLLGWAADTPDPDNFFSPLLSCTATFSGKNPANWCNPEFDLLLTKALDTTDLNLRKQYYDAAQSMIIEQLPLYPIAHGMRFQASSADVEGITLGPFGAISLANARKK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Peptide binding protein
source organism Pseudoalteromonas
publication title Structural insights into the multispecific recognition of dipeptides of deep-sea gram-negative bacterium Pseudoalteromonas sp. strain SM9913
pubmed doi rcsb
molecule keywords ABC transporter periplasmic peptide-binding protein
total genus 154
structure length 507
sequence length 507
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-05-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4qfnA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4qfnA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4qfnA02
3OMBA 1A99A 1MY1A 4JBZA 2HAVA 3SERA 5I58A 3HO7A 5H8HB 3QUJA 1M5FA 3K6VA 2H4IA 3T93B 1UIUA 2OJTA 3KSXA 4F1UA 2O68A 3FIRA 2I58A 3MUQA 3BFTA 3AXFA 2D3IA 1B51A 2QJEA 2V25A 4FORA 1RYXA 4HW8A 5I58B 3USDA 1ZJLA 4QFOA 3IJXB 3FXUA 3MVYA 4ESXA 2ABHA 1A55A 2DOJA 3IOVA 3DLNA 3MZBA 3IK6B 1M5EA 5DVJA 3CFZA 2XXTA 2ZYOA 3N6TA 4U1OA 4QFNA 1MDP1 3IO4A 3CIJA 4G68C 5IAIA 5L9SA 1IEJA 4QHQA 4Z7EA 4IB2A 3OSRA 1B58A 3DRJA 4YICA 2XHDA 2PYYA 4TLLB 2P0SA 2DWHA 2F7CA 4Q0CA 5I59A 2DQVA 2NOOA 3KJTA 1MQHA 2HZLA 1ZMGA 4NEDA 2Y7PA 2V3UA 2AL5A 4PFYA 3H7MA 2V84A 4R2FA 3RY3A 1MQGA 4H8JA 4PP0A 5I59B 1MY2A 1H76A 1BLFA 4POXA 1JETA 3MVWA 2UXAA 1B3LA 4P11A 3PPPA 2NWJA 3KJ7A 3FJGA 3OD7A 3RGYA 2AIXA 2Q89A 2GHAA 1F9BA 4XKPA 2R71A 1Z7NE 3VFJA 3SEUA 3LSFB 1EZ9A 1UQWA 3IO6A 4KHZE 3R26A 3MP1A 3DM0A 3TFLA 2HEUA 2W7YA 4G8HA 3VXCA 1GGGA 3U1OA 4H8IA 4DDDA 1DMBA 1AH5A 1JW5A 1N84A 2G29A 2I6EA 3S9NC 4U4SA 3HSTA 4HCYA 5CMMA 4U21A 3IJOB 4LQ5A 3QUFA 4NWDA 3RTWB 4QSDA 4EQ9A 2UVIA 3UK4A 3RLFE 1P1UA 2XXHA 1B0HA 3S9LC 1I6QA 3KG2A 1N7WA 2DP8A 1FQEA 3FJMA 3I6VA 5EHMA 3TODA 1FW0A 1IZ1A 4JSDA 3SEWA 4DCYA 3PUWE 3M8UA 5CMKA 2O6AA 1QJMA 2HFBA 3UA8A 2H99A 2HZKA 2DE4A 3IORA 3IAZA 3K1MA 2XXPA 1FQBA 4C1TA 3EPEA 3RNNA 4MFIA 5I57A 1OLAA 2B4LA 3PU5A 3RUMA 4AB6A 4KFQA 1SW1A 5A5XA 2OCUA 1AL3A 1SQYA 3RQTA 1B5HA 1SW2A 3PUXE 3CG1A 4BDQA 5TPAB 4F3PA 4ONYA 1Z7ME 4ZZAA 2ZYNA 2DS9A 2WOPA 4THIA 1QUJA 1PEBA 2I0BA 3N26A 4AQ4A 5I57B 2XD3A 3TTLA 3E3KA 3R7XA 1R9QA 1XC1A 2DWIA 5M2VA 5CI5A 1JW1A 4H6DA 3O28A 3T9VA 3LSWA 4H65A 3E13X 1IIWA 1FTKA 3SKPA 1QUKA 1H44A 4GXSB 4GVOA 3G3KA 4ZE9A 2B4MA 3CHGA 2H5YA 2V93A 4LZ8A 3K1NA 1DTZA 3CRBA 1OVBA 4OFLA 5AA4A 3G7WA 5HBCA 4E0WA 4F19A 1JEVA 4X9TA 3C34A 4N07A 3PUYE 5DEXB 5J1DA 3DP4A 5TP9A 4IY6A 2ZNSA 1JVYA 4GXAA 1PBPA 4XKNA 3UIFA 4KI0E 4GL0A 5AA4B 3IR1A 5F7VA 2OWTA 4R73A 3SETA 5EYFA 3MVZA 1LCTA 1EU8A 5TP9B 1OQHA 1B3EA 5FHOA 3FJ7A 3OSQA 2ANJA 4DXUA 3H03A 3L6GA 3IOTA 3KEIA 3MPLA 2XXUA 1EH3A 1MQJA 2A5SA 3KN8A 3O6HA 1PDAA 3IB1A 4R9FA 4JDFA 1MRPA 2Z23A 3BBRA 1GTKA 4MH5A 3FV2A 1JQFA 1PB9A 5KCJA 2HAUA 4ZE8A 4Q30B 3KOSA 1UTHA 1MPBA 2QL3A 2E1SA 2OWSA 1NFTA 3FXQA 1LB8A 2O84X 1R9LA 1A8FA 1LAGE 1P1WA 3MZ1A 5L8DA 2X7QA 1OVTA 5KCJB 3TQLA 5HM4B 3CSBA 4NF4A 4F2QA 1UTHB 2XXIA 2RC8A 3EHTA 5B7DA 3Q27A 5JK4A 2A5TA 3M3LA 4JXIA 2WOLA 3THIA 5CRYA 4R72A 1R1NA 4ZEIA 4F3SA 3O66A 4NF4B 4UA8A 1Y3QA 4U22A 1MH4A 1MY3A 1B0LA 3N6UA 3TAJA 3HHFA 1NL5A 5EHSA 1LCFA 2A5TB 1USYH 4NE4A 1WDNA 3TYHA 4ISUA 4H1XA 4FEBA 3TCFA 4YB7A 5I84A 2I3VA 5DTBA 4QF9A 4PFWA 1YCJA 3W9WA 2Y7WA 4F1YA 4X48A 1PB8A 2QRYA 3LBSA 3Q26A 2PMSA 1DPEA 2FNCA 1D3KA 4LATA 1TWYA 3U8QA 4F31B 4KYSA 2ALUA 4OERA 3VV5A 2XXYA 1B7UA 1RYOA 1MPCA 2OZZA 3VVDA 2NVUB 1EZOA 4EUOA 2ONKE 3QIMA 3HN0A 3C9HA 3WAEA 1NNTA 5IKBA 4QSCA 4HTGA 3U72A 2HXWA 5JTYA 3OO7A 2OLBA 3VE1B 3GLBA 5CMBA 1YAEA 4U1ZA 2UVHA 1URSA 4HCWA 4LZ7A 1YTVA 3ILUB 3D4CA 4OESA 1NMUA 5KDTA 3C4MA 2DXRA 1B1XA 3H3GA 5K2YA 3S4UA 3IOWA 1Y4CA 4ELOA 2QSXA 3OEMA 4X1BA 4YAHX 1IUDA 1MH3A 5JTYB 3HV1A 2XXVA 4O3AA 3FVGA 2O7IA 4ZS9A 3DRFA 1B1HA 5H8FA 5KDTB 1XS5A 3DELB 1LAHE 1SI1A 2V3QA 3GZGA 3UGWA 4MLQA 4P0IA 4OYVA 1PB7A 4YKKA 5DYHA 4RXLA 2I48A 3G3JA 1QW0A 4RPOA 3H6WA 2VHAA 1HSEA 2RCBA 3FXRA 3ZKLA 4GF8A 1LFGA 1IXCA 3OEKA 3FGSA 5H8FB 1MM7A 3RYAA 4YMAA 3PPOA 4YKJA 1WVJA 1MY0A 3VDFA 3ONMA 1I69A 1B46A 2O7UA 2BJJX 3PD8A 4BDLA 2GRVA 1CB6A 1UTBA 2DYXA 1LBCA 1M5CA 5AA3A 2OK2A 5BUUA 1AMFA 4EF2A 4EQ7A 4U23A 4YB5A 3JV9A 4N13A 1N7XA 3O6IA 1PC3A 3ZKKA 2KLFA 3K2DA 1B2HA 3MJNA 2F6PA 2O69A 4FJPA 2DE3A 1YPNA 1UTBB 3SESA 4QFLA 4FECA 4U2RA 3H6UA 4ZDMA 2B3BA 1B52A 2FA7A 3PAMA 4QRZA 2O1LA 4ELRA 3CSGA 3DRHA 1GVCA 3DRGA 4RA1A 3LR1A 3CVGA 1ZKBA 2R6GE 4I62A 3D4GA 3Q29A 4TQUQ 4BDOA 5CC2A 2IEEA 3VVEA 2XXQA 3O6GA 3PMVA 1NH7A 1USYE 4GL8A 2P1SA 3H6VA 5H8QA 2F36A 3TELA 2F8DA 1MQIA 1S9TA 3MW0A 1MQDA 3RT8A 3GBBA 1ANFA 5ITPA 2O1MA 2F7BA 4F39A 3T9XB 5CMCA 3VLWA 3LSLA 1URGA 4YKIA 3LVUA 4IY5A 3K01A 3V83A 5H8QB 1N04A 3K02A 2H25A 3V89B 3QSLA 4F29A 5FTHA 4BDRA 3G3HA 1Y1ZA 4EXKA 3K1PA 1ZBMA 4XKQA 1LBBA 3U94A 1P1OA 2ZXTA 1ZTYA 5F1QA 2WKYA 3EHSA 3DRKA 3PPNA 3FVKA 5A5XB 1B05A 1M5BA 3C31A 3MWBA 1BKAA 3V5AA 4JWXA 3RT6B 4I8CA 3QXMA 2F34A 4ZEFA 1MXYA 1FTOA 4R6YA 3IX1A 1GV8A 1CE2A 4H67A 4MBPA 2F6GA 2PT1A 1OMPA 5L9OA 2DE2A 3EF7A 5CBSA 1POTA 3IB0A 4P0GA 3CI8A 3DP6A 1NNPA 4YU0A 1N3WA 3SEVA 5AA2A 3PPQA 4RYAA 1JEUA 1QKAA 1LB9A 1NNFA 3TMGA 3TCHA 3C35A 1HSJA 4XKRA 5H8SA 1Y20A 3U93A 1JNFA 1IQ7A 4YB6A 5ICQA 4EF1A 3G3IA 4KYDA 3KGCA 3OENA 2UYEA 2RCAA 5AA2B 1BTJA 3ZS6A 3HPIA 2RC7A 2AYSA 4FIMA 4F22A 1AIVA 4DXBA 3WAFA 3T9HB 2XD2A 5I2KA 2I3WA 1BP5A 1H43A 3MVXA 4OETA 1Y4TA 1US4A 3VLVA 1II5A 2PX1A 1TT1A 5DVIA 3FVNA 1VSOA 3IB2A 3OO8A 4LUBA 1DOTA 1H45A 5AA1A 4R2BA 1SW5A 1SVXB 4GQOA 4PQJA 1B6HA 4GIZA 2F7AA 4NMYA 2V3TA 1FQAA 4KCDA 1N76A 4LVQA 3MZ9A 3W15C 4BDNA 2GHBA 4L17A 1A40A 4Z0IA 4GWOA 1T0KA 4JB7A 4OFJA 3IOUA 2F78A 2LAOA 3JZJA 1D9YA 2I0CA 4NF5A 1XVXA 4FATA 1URDA 3EN3A 3FATA 3H6TA 2XX9A 1Y3NA 4FEDA 1Y9UA 3B6QA 1KWHA 4NWCA 2GH9A 1LGBC 4JWOA 4ZZEA 1N3XA 4OVJA 3QAXA 4PFTA 4KYEA 4WXJA 1A8EA 2ZMBA 4GLIA 1MXVA 2QS4A 1OQGA 4NF5B 1P99A 2CZLA 2F35A 5FHMA 1VFEA 1IXHA 3RYBA 4OEUA 3TTKA 4OEVA 3FV1A 3KN3A 1QVSA 2I49A 3M3FA 2ONRA 4AB5A 5H8HA 4F2OA 3TPAA 1I6BA 3K0VA 3S2VA 4OENA 1SI0A 3GXAA 1B5JA 1MY4A 1LFIA 1PBQA 3G3FA 1HSLA 1P1NA 3VLUA 1P1QA 2OBGA 4OFOA 4UACA 4R9GA 5CBRA 4EXLA 1AOVA 2G93A 4DE8A 3HHGA 4G68A 3CG3A 2Z22A 3IL1B 1J1NA 4IGRA 4F3BA 5BWJA 5DT6A 1B9JA 4F3GA 3F11A 4IO7A 2ZYMA 2RC9A 3PUVE 1Q35A 1FQCA 3CFLA 1QULA 1OLCA 1H3DA 2HCAA 3PUZE 1GR2A 4R75A 2M8CA 3PMWA 4C1UA 1NNKA 3OO6A 4RJZA 1TFAA 3MP8A 4G68B 1O64A 3TEPA 2Q2CA 1BIYA 3O6PA 1JW4A 3MQ9A 4RPNA 3N94A 4RNSA 3G3GA 2NUVA 1I6AA 2H98A 1LAFE 2DVCA 1B32A 1ZLQA 4O3CA 2IA4A 1XT8A 2ZYKA 5CM6A 3T96B 3A3UA 1MXWA 4QSEA 1MM6A 1FCKA 4NF6A 3W9VA 2E0SA 4ZECA 4KQPA 2Z8FA 3TTMA 4DXCA 4MLVA 3KSJA 3SEYA 3TKDA 4DLDA 3ODBA 5JEIA 3MAMA 2DWAA 2PVUA 3T9UA 2UVJA 4XXUA 3OXNA 2REGA 5FTIA 3OOAA 3FD3A 3B6TA 3CR9A 4G8MA 4G8NA 4QFPA 3B6WA 4NF6B 1FTJA 1B40A 1SDXA 4OWDA 1L5TA 3TTNA 5HPQA 4X1DA 4KD5A 4H5FA 3FTOA 2ZNUA 3PV0E 2O51A 1O63A 2RKMA 4RK9A 4N6PA 1N0TA 2YJPA 1TXFA 2I4BA 4KCCA 4GOTA 4GFRA 1VFDA 4QFKA 3KN7A 1LSTA 3TZAA 2Q9TA 4Q8RA 4PETA 3HCQA 3OO9A 3VVFA 5KZTA 1NKXA 3UP9A 4HS7A 4DZ1A 1SYIA 3V8XB 4LA9A 1FQDA 1LAXA 3RN8A 2VD2A 5I2NA 4YMBA 3RPWA 3R6UA 3B7DA 3MC2A 3QYTA 1Y3PA 3TDJA 2B65A 5DVFA 1MXUA 3A3CA 1LFHA 2Y84A 2F97A 4ELPA 2F5XA 1DPPA 4TOZA 3TTRA 3O2AA 4IO3A 2PT2A 2Y7KA 1A54A 1M5DA 5I2NB 4OXVA 1B7ZA 1NH8A 3N5LA 4IO2A 4IGTA 2DVZA 1SW4A 3K6UA 3S9EA 3CFXA 2H9BA 5ELVA 5TU0A 4C0RA 3FASA 5K2XA 1B3FA 1MS7A 4IO4A 5FHNA 4ZEKA 4JSOA 5AA2D 2NXOA 2X7PA 4H5GA 5TPAA 2I4CA 1FTLA 1A7LA 2UVGA 1QUIA 3GBAA 2Q2AA 3SEXA 3O29A 1VR5A 3FZVA 4G2ZA 4NF8A 2ESNA 5ICTA 1QKBA 2Q88A 4XTCQ 1XOCA 2D21A 3ILTB 2YPNA 2XXXA 3A09A 3K6XA 3M3KA 1O7TA 2PBWA 1UIVA 1B4HA 3SDFA 1MDQA 2QPQA 3TUSA 4M4GA 3FUZA 4IO6A 4NF8B 1B4ZA 3LC8A 2UYFA 1JVXA 3KOTA 3S9MC 2RF1A 4WKMA 3BFUA 4LQ2A 1B3GA 4FE8A 5DEXA 4K3FA 1VE4A 4F18A 3KBRA 3O97A 2XXRA 2Y7IA 1MG1A 4O3BA 4YZZA 1ZU0A 2VOZA 4RY1A 1EZPA 3DRIA 3C32A 1SYHA 4OMBA 2AL4A 2DWJA 5LOMA 4BDMA 3E9XA 4PFUA 1POY1 1D9VA 3MBPA 4RK2A 1FQFA 2HQ0A 1IXGA 1OIBA 4XIGQ 3PGFA 4OZ9A 2WOKA 3PD9A 4U4XA 4DCXA 3K4UA 1ATGA 1S50A 1B5IA 3DP8A 2DXYA 1MXZA 4ZEDA 3QK6A 3K00A 3ECRA 2VGQA 3TCGA 3UORA 2XXWA 2THIA 4ND9A 3O9PA 3I3VA 4E0XA 4WEPA 4GRKA 4PE5B 2P2AA 4ELQA 1US5A 1TFDA 4FAJA 1Y1MA 1ELJA 2YLNA 2QMWA 3LUYA 1FTMA 3KFMA 1Q1KA 4GD5A 4OQOA 4POWA 3MP6A 3H06B 3EHUA 2B3FA 3E4RA 5I2KB 2VP1A 1D4NA 5L9MA 3K6WA 4TLMB 1RKMA 3PPRA 4YKPA 4H0WA 5I56A 4DIGA 4G77A 2R9JA 3ZSFA 1SD3A 4I9DA 4M1VA 1IXIA 3C36A 4JWYA 3PMXA 2XX8A 4NTLA 2DSFA 4R74A 2GFEA 3P7IA 4MF3A 3JYRA 2REJA 4KPTA 3KZGA 5I56B 4ZEBA 4G4PA 1S7YA 4F1VA 2RINA 4IO5A 3FVOA 5ITOA 4R6HA 1XHYA 5ISUA 2CMOA 4R6KA 2QS2A 2FYIA 3TQWA 1B7HA 2Z8EA 2QMXA 4Q5TA 5H8NA 2XX7A 4BLAA 1R6ZA 4KR5A 1MPDA 3UN6A 4ESWA 2Z8DA 1MXXA 4EDPA 3OELA 2D5WA 2X26A 5B70A 3T22A 1IITA 3MPKA 4WEDA 2VD3A 3L6HA 1WODA 3LSXA 3BKIB 3VXBA 4OTEA 1SBPA 2ONSA 3U92A 5H8NB 4LP2B 1B3HA 2Y7RA 3RTFB 2QS3A 1ZIUA 5AE4A 1XVYA 2Q8JA 4LZ5A 1DSNA 4I1DA 3T66A 4OHNA 4EQBA 3I5OA 1DTGA 3Q28A 2ZNTA 2QS1A 3EQ1A 1LLSA 3Q25A 3H4ZA 3C33A 4ECFA 4LONB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3OMBA 1A99A 1MY1A 4JBZA 2HAVA 4N8GA 3SERA 5I58A 3HO7A 5H8HB 3QUJA 1M5FA 3K6VA 2H4IA 3T93B 1UIUA 2OJTA 4XFEA 3KSXA 4F1UA 4KXPA 2O68A 4GX6A 3FIRA 2I58A 3MUQA 3BFTA 3AXFA 3NOHA 2D3IA 1B51A 2Q74A 2QJEA 2V25A 4FORA 1RYXA 4HW8A 5I58B 3USDA 1ZJLA 4QFOA 3IJXB 3FXUA 3MVYA 1NV4A 4ESXA 2ABHA 1QGXA 1A55A 2DOJA 4O7MA 3IOVA 3DLNA 3MZBA 2CEYA 3IK6B 1M5EA 5DVJA 2PFZA 3CFZA 2XXTA 1D9QA 1G0HA 2ZYOA 2ZZXA 3N6TA 4U1OA 4QFNA 1MDP1 3IO4A 4MEVA 3CIJA 4G68C 4AS4A 5IAIA 5L9SA 1IEJA 4QHQA 4Z7EA 4IB2A 3OSRA 5T3JA 1B58A 2CZKA 3DRJA 4YICA 2XHDA 2PYYA 4TLLB 2P0SA 1EYKA 2DWHA 2F7CA 4Q0CA 3KBZA 4H46A 5I59A 2DQVA 2NOOA 3A29A 3KJTA 1MQHA 2HZLA 1ZMGA 4NEDA 2Y7PA 2V3UA 5FBPA 2AL5A 3KC0A 4PFYA 3H7MA 4MJOA 2V84A 4R2FA 2XA5A 3RY3A 1MQGA 1NV5A 1VDWA 4H8JA 4PP0A 4N17A 5I59B 1MY2A 1H76A 1BLFA 4POXA 1JETA 4PAIA 4GWSA 3MVWA 2UXAA 1B3LA 4P11A 5IZ3A 3PPPA 2NWJA 3KJ7A 3FJGA 3OD7A 3RGYA 2AIXA 4PAKA 1FPGA 2Q89A 2GHAA 3D1RA 3IFCA 1F9BA 4XKPA 2R71A 1Z7NE 3VFJA 3SEUA 1YXIA 3LSFB 1EZ9A 1UQWA 3IO6A 1IMCA 4KHZE 3R26A 3MP1A 3DM0A 3TFLA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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