4QFNA

Crystal structure of dipeptide binding protein from pseudoalteromonas sp. sm9913 in complex with gly-glu
Total Genus 154
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
154
sequence length
507
structure length
507
Chain Sequence
QGLVYCAEANPVSFNPQVTTTGSTIDIIANQLYDRLISIDPVTAEFKSELATDWKISKDGKSVTFTLRKGVKFHTTAYFTPTREFNADDVIFTFSRLFDVYNPYHFVGDANYPYFQSVGIDQLIRKIVRVSDHQVRFELFNAESSFLANMATDFAVVLSKEYAMALKANNQENLFDQYPVGTGPYIYKEYRRDHLVRFYKNADYWKHEVALEQLVYDITPNGTTRIAKILTKECDVTAHPSSAQLSILAQRDDINVERETNLNIGYWAFNTERPPFDNLKVRQALVHAIDIEKIMQAVYYGNGLRARSILPPTSWAFEPQKNMPIFDPQLAKKLLTEAGYEKGFDMSIWAMPVSRIYNPNARKMAELMQSDLRKIGVNVNIVEYEWNTFIQRIGEHRHDSVLLGWAADTPDPDNFFSPLLSCTATFSGKNPANWCNPEFDLLLTKALDTTDLNLRKQYYDAAQSMIIEQLPLYPIAHGMRFQASSADVEGITLGPFGAISLANARKK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Peptide binding protein
molecule keywords ABC transporter periplasmic peptide-binding protein
publication title Structural insights into the multispecific recognition of dipeptides of deep-sea gram-negative bacterium Pseudoalteromonas sp. strain SM9913
pubmed doi rcsb
source organism Pseudoalteromonas
total genus 154
structure length 507
sequence length 507
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-05-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4qfnA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4qfnA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4qfnA02
3JZJA 4HS7A 1JW4A 4LZ8A 3V8XB 4FEBA 3IJOB 1RKMA 1US5A 1MXVA 4ELPA 1GR2A 3TEPA 4LZ7A 4NF4B 4LZ5A 4F1YA 1WODA 4R6KA 3HO7A 1Y1MA 1QUKA 3TCHA 1I6AA 1BIYA 4F2QA 4IO6A 1OQHA 3MBPA 3WAFA 3S2VA 3QXMA 4YB5A 3UA8A 2DE2A 2NWJA 4AQ4A 3PPNA 1ZLQA 1D3KA 2WOLA 4N6PA 3T9XB 2DWAA 1XVXA 5DVJA 2QMWA 5ICTA 3FZVA 4XTCQ 4PQJA 3PGFA 1JQFA 1IZ1A 1S9TA 1MXXA 5KDTB 2D5WA 1PEBA 3TYHA 1B5HA 2A5TA 3DP4A 1FQBA 4GRKA 1B1HA 5JEIA 1BP5A 4GL8A 1O63A 3MJNA 4H65A 5ITPA 1VFEA 3KGCA 3TUSA 1JEUA 3L6HA 3ODBA 4XKRA 2DWHA 1MS7A 2I3VA 3KSJA 3WAEA 1R6ZA 3IX1A 2Y7WA 1FQEA 5HPQA 1MPBA 1SI0A 3G3GA 1SW5A 4OERA 4RJZA 1DPPA 1IITA 4OFOA 1N3WA 4HW8A 2ALUA 4NEDA 3H6UA 4U1ZA 1FQAA 2Z8EA 4KPTA 1JW5A 3W9WA 4MBPA 2I6EA 3KSXA 4ESXA 4OYVA 2X26A 5A5XB 3TZAA 1MQIA 3KFMA 3H6TA 4L17A 1HSLA 4RK2A 1XC1A 3CFLA 3KZGA 3Q26A 1O7TA 4LQ5A 3DRGA 3VXBA 2G29A 5KCJB 3O97A 3Q25A 4BDRA 2YJPA 1ZU0A 3EF7A 3FTOA 1B7UA 1MQJA 3T9VA 3MAMA 4HCYA 3ECRA 1LGBC 1LCFA 3IL1B 3MP8A 1II5A 2O1LA 1M5FA 3I5OA 1FQDA 4KYEA 4OEVA 2F34A 3EQ1A 4ND9A 1GTKA 3HN0A 4YB7A 2OK2A 1N7WA 1SD3A 4UACA 2I0BA 3PPPA 2DP8A 4R6HA 2RKMA 2PYYA 1UTHB 3FVGA 4RK9A 4OVJA 2ANJA 2O68A 1JETA 1ZBMA 5I57A 2LAOA 3ZSFA 2F6PA 3DP8A 1NL5A 2VGQA 1USYE 3K1PA 4DE8A 2HXWA 2XX9A 4KFQA 3EN3A 4JSOA 1USYH 3V5AA 2DXYA 2OJTA 1OLCA 4HCWA 3TELA 3SEUA 4TQUQ 2I58A 2PT1A 4NF4A 4EQ7A 4JSDA 4PFYA 2O69A 5L9SA 1D9VA 4GQOA 1B51A 2UVHA 3W15C 1SDXA 2H9BA 2ONRA 3MZ1A 1IIWA 4QSCA 3IB2A 3C9HA 4QSDA 1LFGA 4QFPA 4POWA 5F1QA 4GVOA 1MPCA 4YKKA 1Y4TA 4QFLA 1PB7A 3GBBA 1P1QA 1A99A 3Q29A 3H6VA 2F8DA 1IXCA 1CE2A 2OWSA 3UIFA 3MW0A 3CFZA 3TQWA 3KOTA 1EZPA 2HCAA 3FGSA 1FTOA 5FHOA 4H5GA 2GRVA 1B32A 2ZYOA 4F19A 3MUQA 4WEDA 2GHBA 3K6VA 5KDTA 3PMXA 4RYAA 4NWCA 4AB5A 1TFDA 1Y1ZA 3TMGA 4X48A 5I56B 3O9PA 1NMUA 2O6AA 1T0KA 3G3HA 1N3XA 4C1UA 4NTLA 1VE4A 3RT8A 1QUIA 3CRBA 3B6QA 2QS2A 5H8QB 3OSRA 3PU5A 5JTYB 3T22A 1GVCA 1NNPA 5J1DA 4ESWA 2DOJA 4QFNA 1O64A 5BWJA 4FAJA 4E0XA 1SYIA 2AL4A 4G4PA 2VD3A 5AA1A 5CBSA 4JDFA 1RYOA 1HSEA 4KI0E 3KBRA 5JK4A 3PUVE 1Y9UA 5DEXB 4H8JA 2ZYKA 2AYSA 5A5XA 1OVBA 1A40A 3GZGA 5KZTA 1M5CA 3PAMA 5I58B 1URSA 1FTJA 3KN8A 4F3SA 4Q8RA 1Z7NE 4R74A 3ZS6A 1ZKBA 1M5EA 1IEJA 5KCJA 3FJGA 1I6BA 3FVNA 5H8HB 5CMMA 4DDDA 2ZYNA 2VOZA 5H8FB 1B58A 3UP9A 3L6GA 2Z8FA 5I2KB 4U22A 2WOKA 2F78A 4ZZEA 3VFJA 2WKYA 3VLVA 4ONYA 1YCJA 1B52A 4FJPA 4G77A 3BFUA 1UTHA 1MPDA 2V93A 1J1NA 1H43A 1B7HA 3RN8A 5FHNA 5CMBA 3OEMA 4OHNA 3U1OA 1N04A 3M8UA 3F11A 1MQGA 3ILTB 4GXAA 4JWXA 4LUBA 3Q27A 3OO8A 2FA7A 3DLNA 1IXHA 2XXHA 4OFLA 3TFLA 1MY1A 4EUOA 3H7MA 3O6HA 1LAXA 3A3CA 3JYRA 4F2OA 1S50A 3M3FA 3G3IA 3PMVA 3LBSA 3SEYA 3MVZA 3KJ7A 1IXGA 1FW0A 5TPAB 4F22A 4XKQA 1SQYA 4YKJA 4OETA 3ZKKA 3ZKLA 3SKPA 2M8CA 2VD2A 1LAGE 3RTFB 3O2AA 2FNCA 3N5LA 3OO7A 2DS9A 2O7IA 3MQ9A 4EXLA 3R26A 2UVJA 3RUMA 2E0SA 4QFOA 1VFDA 3C32A 1AOVA 3DRHA 4F1VA 1JVYA 4RXLA 3I6VA 3C4MA 5AA4B 3T9UA 2PBWA 3IOVA 1MH4A 1PBQA 2XXPA 5I56A 3SEVA 3M3KA 4P11A 2QL3A 5EHSA 3VE1B 3BBRA 4X1DA 1ZMGA 5DT6A 1PC3A 2IA4A 1D9YA 5AA2B 4IO4A 4LVQA 5ITOA 1XS5A 4BDLA 2DVZA 2ESNA 5CI5A 2Q2AA 1LB9A 4P0IA 3OENA 4K3FA 2B4LA 2XXYA 3CG1A 1XVYA 2VHAA 3THIA 1XT8A 1EZ9A 2G93A 3K00A 1DTZA 3EPEA 4OXVA 4FECA 1B3FA 3S9MC 3AXFA 3G7WA 2ONSA 3GXAA 5L8DA 3MVXA 3RNNA 2NXOA 3PUXE 4G8HA 3VDFA 4PFTA 5H8NB 2X7QA 5AA2D 1SW4A 1I6QA 1B05A 1QJMA 5I2NB 4NF8A 2UXAA 2V3QA 2RC8A 1S7YA 1TXFA 4XXUA 2I4CA 5F7VA 4QFKA 4GL0A 5H8HA 4THIA 1NH7A 2DQVA 2O51A 5I2KA 4POXA 3VXCA 4F31B 1B3LA 4DXUA 4C1TA 2XD2A 4DCXA 1Z7ME 1AIVA 3PPQA 4PE5B 1SYHA 3LVUA 2QS4A 3MPKA 3K0VA 2O1MA 3FUZA 3GBAA 2PX1A 1B5IA 5DYHA 4G68B 3K01A 3PUZE 2I3WA 4NE4A 4ZEKA 2I49A 1MH3A 3G3FA 1Q35A 1JW1A 2DWJA 1Y4CA 1LAHE 2H4IA 3PD8A 3FV2A 3UGWA 1F9BA 5CM6A 1Q1KA 1PB8A 2R9JA 3PUYE 3U72A 4E0WA 3K1NA 2H99A 5B7DA 4O3AA 4KYDA 4UA8A 3R6UA 4I62A 2PVUA 3MP1A 2Q8JA 1B2HA 3TODA 4OTEA 1UIVA 2UYEA 3H03A 3S9LC 3TCFA 4GF8A 5K2YA 4FATA 2QRYA 3A09A 2OCUA 5M2VA 3RGYA 2B4MA 2PMSA 1NKXA 4RPOA 2ZXTA 3KN7A 3FD3A 4WEPA 4R75A 3VLWA 2YPNA 4U2RA 3PV0E 5AA4A 2Y7PA 4FORA 1MQDA 1QULA 4OEUA 2ABHA 3TTRA 3K4UA 1EU8A 1OMPA 3OO6A 1MXYA 1QKAA 4G8MA 1EZOA 2O84X 4I8CA 1XHYA 3PPOA 1YPNA 2HFBA 1MM6A 2ZYMA 4R9GA 3HCQA 5AA2A 2H98A 3IORA 1WDNA 4N07A 5CMCA 5DTBA 3IOWA 4TLLB 1SBPA 1A54A 3IB0A 3TTKA 4DXBA 2OBGA 4XKPA 3LSFB 2HZLA 3KN3A 3O66A 2AL5A 3TDJA 3N6UA 2YLNA 4GWOA 3OEKA 3UN6A 4PFWA 1NFTA 2RC9A 2Y7KA 3HSTA 4NF6B 2RCBA 2REGA 3ONMA 1YTVA 1FCKA 3O28A 1LBCA 1RYXA 1H44A 4IO2A 4H8IA 2V3UA 4GD5A 1DTGA 5AA3A 1CB6A 3MZBA 3T93B 1EH3A 3OMBA 1MG1A 2XXTA 4NF5B 3RPWA 4XIGQ 4P0GA 1R9QA 1I69A 4O3CA 5H8NA 4JWOA 2NOOA 5ELVA 3SERA 1Y3QA 2F35A 2H5YA 5I2NA 4OZ9A 3DP6A 5I59B 2QSXA 1OVTA 1MY4A 3FJMA 3IK6B 3N94A 2Q89A 3C33A 3T9HB 4ELQA 2CZLA 1NNKA 5AE4A 1FTKA 4Z0IA 3O6IA 1POY1 3R7XA 3K6UA 2OLBA 4ZECA 2IEEA 1WVJA 1VSOA 4EXKA 1JVXA 1B5JA 3KEIA 3K1MA 1FTLA 3K6XA 4G68A 2RF1A 2XX8A 1LBBA 4QF9A 2F97A 1ATGA 4OENA 3C36A 3USDA 1PB9A 3SEWA 4YB6A 3FV1A 1B4ZA 3IB1A 3LR1A 2B3FA 3H6WA 3I3VA 1TFAA 2CMOA 4IO7A 1N7XA 4OESA 5TU0A 3TTMA 1B3HA 1PBPA 1B4HA 5K2XA 4U21A 2OZZA 3HHGA 1H3DA 4F29A 2GFEA 3OO9A 2R71A 2ZNTA 4LA9A 3EHSA 4MFIA 1MXUA 3TTLA 4ZEDA 4Q5TA 1MM7A 3VLUA 4OFJA 2F36A 2F5XA 1AMFA 3S9NC 1LB8A 5EHMA 2V3TA 4OWDA 3DRFA 2NUVA 1MY3A 3IR1A 1BKAA 3IOUA 4I9DA 3TTNA 4F1UA 3CHGA 3IOTA 3VV5A 5B70A 1GV8A 4YMAA 1LSTA 3G3KA 4H5FA 1DSNA 2E1SA 1MDP1 2ZNUA 4KQPA 4LQ2A 3SETA 1FQFA 5I84A 1MXZA 2DWIA 4GXSB 2RINA 1DOTA 3W9VA 1A8FA 2V84A 3TCGA 4RY1A 3V89B 1MY0A 3FIRA 2DE4A 2WOPA 3FASA 1OIBA 3H4ZA 1DPEA 1N0TA 2V25A 1SW1A 1N76A 2A5SA 2THIA 5EYFA 3BFTA 3DRIA 4PETA 4R6YA 5LOMA 4BDMA 2XXVA 4NF5A 2F7BA 3JV9A 1YAEA 3DRKA 1B1XA 1MRPA 3SDFA 4R72A 1ZIUA 3PMWA 3K02A 1H76A 1UQWA 4ZEFA 4DLDA 4ELOA 5H8QA 2Z23A 2F6GA 3IAZA 5JTYA 2GH9A 2D3IA 5DVFA 2XXUA 4R73A 5I59A 4IB2A 1SI1A 2XD3A 3O6PA 1MY2A 1LFHA 4C0RA 2F7AA 3U8QA 3QUJA 3E3KA 3M3LA 1OLAA 2I0CA 3C34A 4F3PA 4TOZA 1M5DA 3B7DA 5FTIA 1TT1A 1QUJA 3O29A 4FE8A 2XXRA 4IY5A 2HEUA 2QS3A 5ISUA 5DEXA 4U1OA 2Q88A 2Q9TA 3PD9A 4DZ1A 1R1NA 3C31A 5I58A 4U4SA 2UYFA 1H45A 3QSLA 3T66A 3FJ7A 4G68C 1FQCA 3RY3A 3MP6A 4Q30B 4H0WA 3E9XA 3O6GA 3CG3A 1OQGA 3TAJA 3B6TA 3CIJA 4MLVA 1QW0A 4LP2B 5H8FA 4IO3A 2H25A 4JWYA 4DXCA 2R6GE 3HPIA 4F3GA 5DVIA 1VR5A 2HZKA 3G3JA 3HHFA 4H67A 3CR9A 1POTA 4R9FA 4WKMA 1TWYA 2Q2CA 3GLBA 1ELJA 3RYAA 1Y20A 4I1DA 3IO6A 3RLFE 4IGTA 2VP1A 3H06B 4G8NA 4YICA 4QRZA 4U4XA 2REJA 1UIUA 4F18A 4JB7A 1GGGA 3LSXA 1B9JA 3DM0A 3EHUA 4ZS9A 3D4CA 1BTJA 2B3BA 4PP0A 1A8EA 4YKPA 1UTBB 2Z8DA 3IJXB 4BDNA 4HTGA 3RYBA 5TPAA 1AL3A 2XXWA 2DSFA 3FVKA 5CBRA 4RNSA 2P1SA 1IUDA 5IKBA 3SEXA 2XXQA 3OOAA 2W7YA 2F7CA 2XX7A 2Y84A 4WXJA 1MDQA 4NWDA 2ZNSA 3FVOA 1B3GA 2X7PA 4ZEBA 1MXWA 3Q28A 1IXIA 4YKIA 3MZ9A 4NMYA 1P99A 2XXXA 1IQ7A 2D21A 3HV1A 1NNFA 2PT2A 3UORA 5TP9B 1P1WA 3S4UA 3RT6B 3EHTA 4ZEIA 3KJTA 5L9MA 3LSLA 4Z7EA 2P2AA 3DELB 3CI8A 1A7LA 2DVCA 2B65A 3TQLA 3LSWA 3UK4A 4EF2A 4R2BA 3KOSA 2DYXA 3T96B 4YMBA 3C35A 1XOCA 4ZE8A 5HBCA 4KYSA 4FIMA 3MVYA 2HQ0A 1ZTYA 4U23A 4ZZAA 4EF1A 2AIXA 4TLMB 4Q0CA 1KWHA 1B7ZA 4ZDMA 2QS1A 1URGA 4QSEA 2XXIA 2QJEA 4KD5A 1SW2A 4O3BA 1R9LA 2DE3A 4X9TA 1B3EA 3E4RA 1HSJA 1P1OA 4YAHX 3SESA 4GOTA 3FXQA 1N84A 2HAVA 4LATA 2GHAA 5CC2A 3RTWB 5CRYA 3VVFA 1QVSA 1URDA 1Y3NA 2QPQA 4BDOA 3FATA 2I4BA 3QUFA 2I48A 4FEDA 1B0LA 3U94A 3VVDA 4IY6A 4PFUA 4JBZA 4IO5A 4H6DA 3CVGA 3QK6A 5FHMA 3DRJA 2QMXA 1US4A 2RC7A 1LCTA 4BDQA 4RPNA 2HAUA 4F39A 3FXUA 1D4NA 5BUUA 2UVIA 1LFIA 1P1NA 4N13A 3K2DA 5H8SA 4R2FA 3MVWA 3H3GA 4AB6A 4MH5A 1DMBA 4MLQA 1PDAA 4DIGA 1B40A 1L5TA 3B6WA 3PPRA 3VVEA 3OXNA 4KCCA 2A5TB 3D4GA 4KHZE 1ANFA 4GFRA 1B0HA 4IGRA 4MF3A 1UTBA 4G2ZA 3U92A 3LUYA 3CSGA 2OWTA 4ISUA 1QKBA 2BJJX 3S9EA 1LLSA 4NF8B 5ICQA 1ZJLA 3ILUB 4M4GA 2FYIA 3OELA 4KR5A 1M5BA 3TKDA 4QHQA 3K6WA 3OD7A 4LONB 1JEVA 4EQBA 2KLFA 3V83A 1BLFA 3E13X 4ZE9A 3N6TA 3LC8A 4JXIA 2XHDA 3PUWE 5IAIA 3RQTA 3P7IA 4YZZA 1FTMA 2ONKE 4GLIA 4DCYA 1AH5A 3QYTA 1B46A 5CMKA 3QIMA 5TP9A 4EQ9A 2DXRA 3N26A 4YU0A 4BLAA 2Y7IA 3FXRA 1Y3PA 1NNTA 5L9OA 3BKIB 4OQOA 2RCAA 2Z22A 1JNFA 4XKNA 4EDPA 1SVXB 3CFXA 3MWBA 1B6HA 1NH8A 2UVGA 2Y7RA 4ELRA 5FTHA 1A55A 2ZMBA 4X1BA 3OSQA 1LAFE 1P1UA 2O7UA 3MC2A 4KCDA 5HM4B 4F3BA 3IO4A 3MPLA 3TPAA 4ECFA 4NF6A 4RA1A 4M1VA 2NVUB 3A3UA 3KG2A 5I57B 3QAXA 4GIZA 2P0SA 3U93A 1MQHA 3CSBA 4OMBA 4H1XA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2XWIA 5ET5A 1NV5A 3JZJA 4HS7A 1JW4A 4LZ8A 3V8XB 4FEBA 3D1RA 3IJOB 1RKMA 1US5A 1MXVA 5EQAA 4ELPA 1GR2A 3GYYA 4LZ7A 4NF4B 3TEPA 2F3DA 4LZ5A 4F1YA 1WODA 4R6KA 3HO7A 3HFUA 1Y1MA 1QUKA 3TCHA 1I6AA 1BIYA 4F2QA 4IO6A 1OQHA 3MBPA 3WAFA 3S2VA 3QXMA 4YB5A 1NV6A 3UA8A 2DE2A 2NWJA 4AQ4A 3PPNA 3QMFA 4IR8A 1ZLQA 1D3KA 2WOLA 4N6PA 3T9XB 2DWAA 1XVXA 5DVJA 2QMWA 5ICTA 3FZVA 4XTCQ 4PQJA 3PGFA 5A5LA 1JQFA 1IZ1A 1S9TA 1MXXA 5KDTB 2D5WA 5I3SA 1PEBA 3TYHA 1B5HA 2A5TA 3DP4A 1FQBA 4GRKA 1B1HA 5JEIA 1BP5A 4GL8A 1O63A 4PDHA 3MJNA 4H65A 5ITPA 1VFEA 4O7IA 4XFEA 3KGCA 4OVRA 3TUSA 1JEUA 4AS4A 2QVRA 3L6HA 3ODBA 4P1LA 4XKRA 2DWHA 1MS7A 2I3VA 3KSJA 3WAEA 1R6ZA 4H45A 3IX1A 2Y7WA 1FQEA 5HPQA 1MPBA 1SI0A 3G3GA 1SW5A 3KC1A 4OERA 4RJZA 1DPPA 4N8GA 1IITA 4OFOA 1N3WA 4HW8A 2ALUA 4NEDA 3H6UA 4U1ZA 1FJ9A 1FQAA 2Z8EA 4KPTA 1FPIA 1JW5A 3W9WA 4MBPA 4GBVA 2I6EA 3KSXA 4ESXA 4OYVA 2X26A 2CZIA 2QVUA 4N81A 5A5XB 3TZAA 4FBPA 1MQIA 3KFMA 3H6TA 1DCUA 4L17A 1HSLA 4RK2A 1XC1A 3CFLA 3KZGA 1FBGA 3Q26A 1O7TA 4LQ5A 2VPNA 3DRGA 3VXBA 2G29A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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