4QFNA

Crystal structure of dipeptide binding protein from pseudoalteromonas sp. sm9913 in complex with gly-glu
Total Genus 154
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
154
sequence length
507
structure length
507
Chain Sequence
QGLVYCAEANPVSFNPQVTTTGSTIDIIANQLYDRLISIDPVTAEFKSELATDWKISKDGKSVTFTLRKGVKFHTTAYFTPTREFNADDVIFTFSRLFDVYNPYHFVGDANYPYFQSVGIDQLIRKIVRVSDHQVRFELFNAESSFLANMATDFAVVLSKEYAMALKANNQENLFDQYPVGTGPYIYKEYRRDHLVRFYKNADYWKHEVALEQLVYDITPNGTTRIAKILTKECDVTAHPSSAQLSILAQRDDINVERETNLNIGYWAFNTERPPFDNLKVRQALVHAIDIEKIMQAVYYGNGLRARSILPPTSWAFEPQKNMPIFDPQLAKKLLTEAGYEKGFDMSIWAMPVSRIYNPNARKMAELMQSDLRKIGVNVNIVEYEWNTFIQRIGEHRHDSVLLGWAADTPDPDNFFSPLLSCTATFSGKNPANWCNPEFDLLLTKALDTTDLNLRKQYYDAAQSMIIEQLPLYPIAHGMRFQASSADVEGITLGPFGAISLANARKK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Peptide binding protein
molecule keywords ABC transporter periplasmic peptide-binding protein
publication title Structural insights into the multispecific recognition of dipeptides of deep-sea gram-negative bacterium Pseudoalteromonas sp. strain SM9913
pubmed doi rcsb
source organism Pseudoalteromonas
total genus 154
structure length 507
sequence length 507
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-05-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4qfnA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4qfnA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4qfnA02
4KYEA 1GR2A 3SEYA 3C9HA 1ZTYA 4AQ4A 4ZEDA 4GWOA 2ONKE 5AA1A 3E3KA 4ND9A 5I2NA 2ZNUA 1LAHE 1B7HA 2RINA 3GXAA 4NF8B 4X9TA 1MY2A 4KYDA 1PB7A 2DOJA 2F6GA 2DE4A 2F35A 5ICTA 3TQLA 3QIMA 1Q1KA 5H8SA 2WOPA 1B51A 3T22A 1OMPA 4X1BA 2PYYA 3ZSFA 5L9MA 5L9SA 4NF6A 4RPOA 2XXWA 1LFHA 3CSGA 2G29A 2RCBA 1B3FA 1NNKA 2VD2A 3TUSA 4FORA 2ZMBA 3G3JA 3FV1A 3PUYE 3DLNA 3IO6A 4QSDA 4RK2A 4GLIA 1P1OA 4H8IA 3OO6A 5DVFA 3F11A 4YU0A 4FJPA 1B52A 4MLVA 2QRYA 4EQ9A 2O84X 2RC7A 3MP8A 3KSJA 1JQFA 3A09A 1A8FA 1MPDA 2D21A 3FIRA 2ZYOA 3GLBA 3QSLA 4IO6A 3VVEA 1MDQA 1M5FA 4WXJA 3U92A 4EF2A 1URGA 5I59A 5FHMA 2OLBA 3E4RA 4OVJA 1N76A 3C36A 1UTBA 4F19A 3TYHA 3LSFB 3KOTA 2P2AA 1NMUA 5ISUA 3FV2A 2Z8DA 1H43A 4WKMA 5EYFA 3FGSA 1EZPA 3MAMA 2CMOA 3G3GA 2XD2A 1LB9A 1QULA 3IX1A 5ELVA 5CBRA 4F3GA 3MZ1A 4YKKA 5DVIA 2DS9A 1Y4CA 1IEJA 4OEVA 2E0SA 2DYXA 2GH9A 4ZEFA 4IGRA 1VFDA 1R9LA 4L17A 4EXLA 1DTZA 1USYH 3DM0A 1UQWA 3CI8A 2IA4A 3CIJA 3L6GA 3MP1A 3ODBA 4ESWA 2HXWA 4NWDA 3GZGA 4MF3A 3RN8A 1IXIA 3TCHA 4QFKA 2XXTA 3TZAA 3G3FA 2RCAA 1MDP1 4ISUA 1LB8A 1UIUA 3KG2A 4OENA 5I2KB 3IJXB 4NF8A 1AL3A 3MVYA 5ITOA 1OQGA 4XKPA 3KFMA 3V89B 2PT1A 2O7IA 4E0WA 4TOZA 1ZIUA 3CFZA 3RYBA 3PUWE 1XC1A 2WKYA 3U93A 1UIVA 1B3EA 1IXGA 4HCYA 3BFUA 3IB0A 4ELOA 3PGFA 5IKBA 2H25A 4QFNA 3WAEA 5CM6A 4DXUA 1CB6A 3S2VA 3UIFA 3OENA 3M8UA 4KD5A 3W15C 4GOTA 3IL1B 1RYXA 1YPNA 4R2BA 2XXYA 2GFEA 1EH3A 4DCYA 3N94A 4QRZA 4JXIA 3MZ9A 5LOMA 3O29A 4JB7A 1FTLA 3N6UA 1SYHA 1B0HA 1B4HA 4G8NA 3T9XB 3KN7A 4ONYA 2Y84A 5K2YA 4R9GA 3MQ9A 2X26A 1GVCA 5CMKA 5L9OA 4JDFA 3QYTA 1QUKA 3VFJA 2HEUA 1MQJA 3PPOA 4R6YA 2H9BA 3FJ7A 3TFLA 3TKDA 2DSFA 1Q35A 4U4XA 2XHDA 3VE1B 4ESXA 1I6QA 2DP8A 5HM4B 4BLAA 2OJTA 3RTFB 2I3WA 3KSXA 1BP5A 4F39A 1UTHB 2I48A 4RJZA 5CRYA 1B5JA 1DPPA 1PBQA 2OWTA 2LAOA 4YB6A 1MY3A 1TT1A 5DT6A 1MXVA 1FQEA 1ZMGA 3IR1A 5F7VA 3QXMA 3SEXA 3RLFE 2GRVA 1WODA 3IOWA 1PBPA 3FVGA 1MXXA 4ZECA 4HCWA 2F7CA 2Q9TA 1S7YA 1R6ZA 3IO4A 5I2KA 4G68C 4XTCQ 3W9VA 2ONSA 4DIGA 2H98A 1POY1 4GQOA 5DEXB 4M1VA 2XXXA 4LUBA 1B6HA 1AIVA 2OWSA 1DTGA 2HQ0A 5CBSA 2UXAA 3ONMA 4YMAA 4FATA 4PQJA 2H4IA 4EQBA 4ECFA 1SW1A 1MXUA 4PFYA 1HSEA 3KN8A 1IITA 2A5TA 1B05A 3SEWA 3MVXA 1A8EA 2XXVA 3QUFA 3PMWA 4PE5B 3B6WA 3DP4A 4MFIA 3O6HA 3B6QA 1SW5A 2Y7RA 4R75A 1POTA 1RKMA 4MH5A 1M5EA 1ZLQA 1TFDA 3EPEA 1UTBB 3T66A 4DDDA 1NNFA 2B4LA 3HHFA 1R9QA 4I62A 2Z8FA 5KDTB 3MZBA 1Z7ME 4QF9A 4U2RA 1DSNA 4NEDA 5H8FB 1LAFE 4EQ7A 2DXYA 4PP0A 3VLVA 4IY6A 5JK4A 3KBRA 3HHGA 3SERA 4OHNA 1R1NA 1WVJA 3T9VA 2F36A 1XVYA 3VVFA 4KCDA 4F3PA 4F3SA 3FASA 2F8DA 1MQIA 2ZXTA 4RY1A 1MH4A 2V3TA 3TTKA 4DCXA 1UTHA 3H7MA 4ZEIA 2KLFA 3DRHA 1FW0A 2REJA 4N6PA 3MVZA 3S9MC 4EUOA 3IJOB 4R6HA 1I6AA 3LBSA 2O1MA 1ATGA 1M5DA 1QW0A 4KR5A 4N07A 4F2OA 3UA8A 1A40A 1LLSA 1N3WA 3K1MA 2W7YA 1QJMA 4HS7A 5J1DA 3PD8A 3O9PA 3OO9A 4U21A 3DRFA 2P1SA 1JEVA 3FVOA 2WOKA 1NL5A 1BIYA 2PMSA 3OEMA 1ZBMA 2I0CA 3IOVA 2PBWA 1YTVA 2Y7IA 2Z23A 1H44A 5DEXA 2H99A 3DP8A 2Q88A 3MVWA 1M5BA 1MM6A 1A54A 2F97A 1D9YA 4RPNA 3BFTA 5JTYA 2UVIA 4IO4A 2QS3A 4G2ZA 4OYVA 5A5XB 3IORA 1CE2A 4OQOA 3TTMA 1SQYA 1NNPA 1GGGA 4E0XA 4JWXA 3ZKLA 4KPTA 1B4ZA 3UORA 1QKBA 2UVGA 2XX8A 1FQCA 3H06B 1D4NA 4O3BA 3KOSA 1P1UA 1GV8A 3O97A 4LATA 3OOAA 3B7DA 1A7LA 1XS5A 3H3GA 3Q25A 1SYIA 4Z0IA 1LSTA 3IOUA 4F18A 1MXWA 1URSA 1VFEA 3EHTA 3SDFA 4NWCA 1H3DA 3Q26A 3MP6A 3LSXA 2ONRA 3RY3A 3ZKKA 5KDTA 2XXIA 2GHAA 2QPQA 4Z7EA 5H8FA 5CMCA 2RKMA 2ZYMA 1B0LA 3RUMA 2F78A 1SI0A 2CZLA 4QSEA 4U1ZA 1WDNA 2DE2A 4G68A 1XHYA 1DOTA 3V83A 1S50A 3TDJA 3FUZA 4R2FA 3RNNA 3PAMA 4KI0E 1JEUA 4OWDA 1PC3A 3UN6A 2XXUA 2DE3A 1OIBA 1Y1MA 2XXPA 2O1LA 3FATA 3ILTB 3D4CA 1NFTA 3A3UA 3E13X 3USDA 3O2AA 4Q30B 4R72A 1IZ1A 4QFOA 4UA8A 2O7UA 2DVCA 1PDAA 2ZNTA 3TODA 4BDNA 2PX1A 3OELA 3O6PA 1Y1ZA 2UVHA 3THIA 4H0WA 4RYAA 3C35A 3K02A 4P0GA 3IAZA 4YZZA 4O3AA 1PB9A 1O63A 1XVXA 1GTKA 1M5CA 4GFRA 4P0IA 3RYAA 1VE4A 5AA2B 2Y7WA 2ZYNA 3A3CA 4OXVA 1VSOA 1EZ9A 1SBPA 4FEDA 2YPNA 2A5TB 4YAHX 2O6AA 1QUIA 2XX9A 3ILUB 3LVUA 4ELRA 2Q8JA 5A5XA 4FAJA 4FE8A 3V8XB 4QFPA 4ZEBA 3HSTA 4DE8A 3H6WA 1II5A 3LUYA 3EN3A 3HO7A 3CRBA 2ESNA 2NWJA 1FQFA 2X7QA 1FQBA 3JYRA 2QSXA 1J1NA 3K6WA 4H1XA 4BDQA 3QAXA 2DWIA 3N5LA 3H4ZA 1F9BA 3IB1A 1FQDA 2DWJA 4DZ1A 1FQAA 4JBZA 5HPQA 2Q89A 2OBGA 3HN0A 4YKIA 2X7PA 2I6EA 3FVKA 5BUUA 1ZU0A 2ABHA 1I69A 2YJPA 4TLMB 1MRPA 3BKIB 2Y7PA 1TXFA 2B4MA 4Q8RA 1JETA 4TLLB 2DXRA 3R7XA 3M3KA 5TPAB 1MM7A 4U1OA 1SDXA 1EU8A 1MQDA 3OXNA 5KZTA 5EHMA 4KCCA 3GBAA 3C32A 1HSLA 1SD3A 4M4GA 5L8DA 3K6VA 5FTIA 3TEPA 4ZZEA 5DTBA 1YAEA 3QUJA 3S4UA 4H5GA 4YB5A 1N3XA 2I4CA 3U1OA 4G77A 1XT8A 3TMGA 1Y4TA 1Y3QA 2B65A 4OFLA 1LAGE 3Q27A 4QHQA 1B1HA 4RK9A 3TAJA 2F6PA 1QKAA 2D3IA 1B2HA 3CVGA 4PFUA 3K01A 4JWYA 3EF7A 1NKXA 5I57B 1FTJA 2NXOA 3FXRA 5IAIA 3UGWA 3I6VA 2UVJA 3MW0A 5AA3A 1LFIA 4TQUQ 4LP2B 5B70A 4F1VA 4F22A 4I1DA 5JTYB 4YKPA 3UK4A 3U94A 3PD9A 2G93A 3DRKA 5AA2A 4JSOA 3TCGA 2DWHA 2ALUA 4Q5TA 3VVDA 3K4UA 2VP1A 4IY5A 4BDLA 1L5TA 4IGTA 3CHGA 3RT6B 3OD7A 3SEVA 4PETA 3MBPA 3W9WA 1KWHA 2HAUA 3FD3A 1NH7A 2I49A 3SESA 3I5OA 4IO7A 1B58A 4O3CA 5CC2A 4IO2A 2V3UA 1Y3NA 2Y7KA 4LZ5A 3K1NA 3TTLA 4PFTA 1US5A 4GVOA 4R73A 3BBRA 3VXBA 3PPRA 5AA4B 5H8NA 3MC2A 3B6TA 3IB2A 3Q29A 1LBCA 4IO3A 4KFQA 3CR9A 4JSDA 4G68B 1JW5A 3N26A 4F2QA 2O69A 2B3BA 3IK6B 4ZS9A 5TPAA 4XKRA 1OLCA 1PEBA 2QS1A 4F31B 1LFGA 4FIMA 1MG1A 1LAXA 2F7BA 4NE4A 3OEKA 2H5YA 5KCJA 1URDA 3V5AA 4EF1A 2V84A 4RXLA 1MQHA 2IEEA 1N84A 1DMBA 4OFOA 4JWOA 5I84A 2OK2A 5EHSA 5I56B 5FTHA 1MQGA 3PUVE 1XOCA 1AOVA 2AL5A 2ZNSA 3T9HB 4DLDA 3VXCA 3H6VA 1LCFA 5CI5A 3DRJA 3M3LA 2AIXA 1IXHA 3MPKA 3FJMA 3PUXE 4OTEA 4POXA 4KQPA 3KGCA 5I57A 4H5FA 4H8JA 4LZ8A 4ZDMA 1LCTA 4C1UA 2I3VA 3SEUA 3M3FA 3DP6A 4X1DA 3K1PA 1TWYA 1B5IA 3S9NC 1FTMA 3OSQA 4ZE8A 4GXSB 1O7TA 3AXFA 3OO8A 3U72A 4GRKA 3FTOA 3T93B 3MUQA 3LC8A 4IB2A 3R26A 4X48A 5DYHA 3L6HA 2DWAA 1D9VA 4GD5A 1N7XA 2PT2A 5FHNA 2D5WA 1P99A 4POWA 1HSJA 2XXRA 4GIZA 3EHUA 2AYSA 3ECRA 1MY4A 1AMFA 3C4MA 4U22A 5AA2D 4NF4B 3O28A 2F5XA 5AA4A 2VGQA 1ELJA 5CMMA 5H8HB 2GHBA 1OVBA 2UYEA 4GF8A 3JV9A 3PPPA 2F34A 2B3FA 2I0BA 4ELQA 3DRGA 4DXCA 5H8QB 4KHZE 2V25A 1IIWA 2QMWA 4F1UA 2QS2A 4R9FA 5FHOA 3KJTA 4HW8A 1MS7A 2R6GE 1P1QA 3LSWA 5DVJA 4LONB 2Z22A 1I6BA 1JW4A 1P1WA 1ZJLA 3C31A 3O6GA 2YLNA 5I58A 4GXAA 1H76A 3CG3A 3PMVA 4N13A 4KYSA 2HCAA 1T0KA 3FXQA 5I56A 3SETA 4XKQA 4XIGQ 3RT8A 4RA1A 1DPEA 3N6TA 2DVZA 3HV1A 2Q2CA 3CSBA 3TTNA 4YKJA 4WEPA 3MWBA 4BDMA 4QFLA 2XD3A 4ZZAA 3K6XA 2OCUA 4K3FA 3MPLA 4IO5A 2FYIA 1S9TA 3C33A 3EQ1A 1NNTA 2HZKA 3C34A 4G8HA 1B40A 4AB6A 1MH3A 2M8CA 3TTRA 3PPNA 3O6IA 4UACA 1MPBA 4I8CA 3SKPA 3MJNA 2UYFA 2RF1A 3RTWB 3HPIA 2I4BA 1P1NA 1B9JA 1OLAA 5TP9B 1FTKA 2QS4A 2VOZA 1A55A 3TPAA 3HCQA 1Y3PA 2REGA 2FA7A 2AL4A 4R74A 3UP9A 4OETA 3H03A 1OVTA 1AH5A 1YCJA 4H67A 1B5HA 2R9JA 4HTGA 1BLFA 1MXZA 4NF5B 3FVNA 1IUDA 3I3VA 3R6UA 1BKAA 4U23A 5ICQA 5H8NB 3Q28A 4NF4A 4MLQA 3OSRA 1B46A 1JVXA 1FCKA 3PPQA 5H8HA 4YB7A 2O68A 1SW2A 3KZGA 5ITPA 1ANFA 4GL0A 2O51A 1NH8A 1H45A 3G3HA 4G4PA 3TELA 1EZOA 4U4SA 3RQTA 1OQHA 5HBCA 4OFJA 1O64A 3OO7A 5H8QA 2DQVA 4C0RA 2P0SA 3LR1A 4LQ5A 4MBPA 4H6DA 5KCJB 3S9LC 4OMBA 4Q0CA 1A99A 2FNCA 3P7IA 3IOTA 1IQ7A 3OMBA 5CMBA 2V3QA 5M2VA 3T9UA 1JNFA 1TFAA 3VDFA 3PV0E 4F3BA 4ELPA 4NMYA 2XX7A 2ANJA 4QSCA 2WOLA 3VLWA 5BWJA 2RC8A 3WAFA 3DELB 3H6TA 3CFXA 4LQ2A 2XXHA 3D4GA 4OESA 4H65A 1IXCA 3PU5A 4OERA 1QVSA 4PFWA 5I2NB 2ZYKA 1JVYA 3TQWA 2I58A 2QL3A 4YMBA 3TCFA 3T96B 4AB5A 4BDRA 2Q2AA 4LA9A 1RYOA 4C1TA 2NOOA 4I9DA 3O66A 4OZ9A 5AE4A 3GBBA 5JEIA 1B1XA 3VV5A 4XXUA 5TU0A 4NF6B 4P11A 2XXQA 4EDPA 4GL8A 1Y20A 2HZLA 4LVQA 3JZJA 2V93A 4XKNA 1B7UA 4FEBA 5TP9A 1MPCA 1ZKBA 1Y9UA 3FXUA 4BDOA 1Z7NE 3FZVA 4F29A 1SVXB 1FTOA 1SI1A 2NVUB 3RGYA 4G8MA 3U8QA 2Z8EA 2OZZA 4ZE9A 5F1QA 1BTJA 1LGBC 1MY0A 3KN3A 3H6UA 3KEIA 4OEUA 3S9EA 4WEDA 3RPWA 4LZ7A 3G7WA 5I59B 3CG1A 3E9XA 1USYE 1MY1A 4NF5A 4THIA 1N04A 2QJEA 4R6KA 3LSLA 1D3KA 5B7DA 3G3KA 1QUJA 1LBBA 2A5SA 3K6UA 1N7WA 3K0VA 1B3LA 4ZEKA 3PUZE 2HAVA 1B3GA 2NUVA 2E1SA 3PMXA 1N0TA 4YICA 3ZS6A 3KJ7A 1B3HA 3DRIA 2F7AA 1PB8A 5K2XA 4DXBA 2QMXA 4FECA 1JW1A 2THIA 3G3IA 2PVUA 3K2DA 2BJJX 1VR5A 4NTLA 3QK6A 5I58B 2R71A 1SW4A 1B32A 2VHAA 2HFBA 3VLUA 4F1YA 2VD3A 3CFLA 4RNSA 1B7ZA 1US4A 4EXKA 1MXYA 2RC9A 3FJGA 3EHSA 3K00A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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