3IX1A

Periplasmic n-formyl-4-amino-5-aminomethyl-2-methylpyrimidine binding protein from bacillus halodurans
Total Genus 91
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
301
structure length
301
Chain Sequence
ALETVEVMLDWYPNAVHTFLYVAIENGYFAEEGLDVDIVFPTNPTDPIQLTASGAIPLALSYQPDVILARSKDLPVVSVASVVRSPLNHVMFLAEQDFDSPADLVGLTVGYPGIPVNEPILKTMVEAAGGDYEQVHLMDVGFELGASIVSGRADAVVGTYINHEYPVLKHEGHDISYFNPVDYGVPEYDELVLISNEAYVEESGEVLAAFWRAALKGYEWMVENPDEALNVLLTNQDEANFPLIQEVEEESLSILLEKMENPNGPFGGQDAESWEEVISWLDAHDWLEQPVVAEDAFSSIT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Biosynthetic protein
molecule keywords N-formyl-4-amino-5-aminomethyl-2-methylpyrimidine binding pr
publication title HMP Binding Protein ThiY and HMP-P Synthase THI5 Are Structural Homologues.
pubmed doi rcsb
source organism Bacillus halodurans c-125
total genus 91
structure length 301
sequence length 301
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-09-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF09084 NMT1 NMT1/THI5 like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ix1A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ix1A01
2H25A 4U1OA 3PUWE 2X26A 2G29A 4LQ5A 1A55A 4C1TA 4HS7A 3PPOA 4ZE9A 4ZEDA 1JW5A 1II5A 4JWOA 2PMSA 1URDA 1NL5A 2UVIA 1PBQA 4N6PA 5JTYA 1ZTYA 1AH5A 5EYFA 3IO6A 4XXUA 1P1UA 4JXIA 3I3VA 1B40A 5TP9A 3H6VA 1L5TA 4BLAA 1D9VA 1MM6A 3FVGA 1JVXA 3MPLA 3R26A 5HM4B 2F78A 5I58B 1LFHA 3MZBA 3SKPA 3C4MA 1LAFE 4X1DA 3PPQA 2RC9A 4R9FA 4RYAA 3VLWA 1JEVA 4F1YA 3FZVA 3JV9A 5EHMA 4PETA 4NTLA 5DVIA 1SVXB 5AA1A 4KD5A 3HN0A 1POTA 3B6TA 2QRYA 4GF8A 1F9BA 1R6ZA 1NNFA 3G3GA 3EHSA 4IGTA 3C9HA 1SW5A 4U4SA 1MM7A 3IJOB 4RJZA 4ZEFA 3FV1A 3Q27A 3G3FA 3ZKLA 3AXFA 3K6UA 1IXIA 3FUZA 1BLFA 2QPQA 2XXIA 2OBGA 3E4RA 4U4XA 1EZPA 1FTOA 2GHBA 2I48A 4EXLA 3Q26A 2AL5A 1OIBA 4YU0A 4MBPA 1HSJA 1PB9A 4H8JA 1CE2A 3IAZA 5I2KB 3BBRA 4LZ5A 1N7XA 2I49A 2OJTA 2I6EA 3CG1A 4I62A 5FHNA 1B9JA 1Z7NE 5JTYB 3BKIB 1LAHE 1B52A 1B32A 1MXYA 3G3IA 4EDPA 5TP9B 3VLVA 4EUOA 1QKAA 1MXVA 3TQLA 5I56A 2PBWA 2F6GA 1B05A 1YPNA 3T93B 3M3FA 1M5DA 3I6VA 4R2FA 4YKIA 2R9JA 2P2AA 1ELJA 3MP8A 2RCBA 2VD3A 3LC8A 3BFTA 3PPRA 4NMYA 2HQ0A 4JSDA 4OERA 3B7DA 1S50A 2V3QA 1LB9A 2F36A 2QL3A 3LSLA 3E3KA 3TTMA 3PMXA 3BFUA 3EHUA 3H03A 1SDXA 1B0HA 1ZKBA 4ELRA 4TLLB 1A8EA 4OXVA 4P11A 2ZNSA 3CFZA 4IY6A 1EZOA 4O3BA 5DEXB 2RINA 4F31B 5AA3A 4F3PA 4H67A 2QMXA 3HSTA 3UA8A 3TTRA 3MVZA 4OTEA 4C1UA 2O7UA 3ILTB 4G68A 4O3CA 1OQGA 5I56B 1OLAA 4POXA 4DCXA 3CI8A 3MVXA 4FEBA 2ALUA 3OD7A 2UXAA 4RK2A 2ONKE 3OSQA 3N5LA 1YTVA 3EN3A 5EHSA 4EF2A 4ELPA 1IITA 2M8CA 2I4BA 1B58A 3N94A 4I8CA 3OXNA 1IEJA 5CMMA 4X9TA 1Y4CA 4F1UA 2DS9A 4LA9A 4YKPA 3RNNA 2XXRA 2NVUB 4KFQA 2ANJA 1PC3A 2XXXA 4GL8A 1ZLQA 3T9XB 3LSFB 1P1WA 4I1DA 4N13A 1VE4A 1JVYA 5CMCA 5AA2B 2DE3A 5DTBA 4XIGQ 3MBPA 3C31A 3PMVA 1ZIUA 1NNPA 1UIUA 3O6GA 3V83A 2KLFA 3QIMA 4RY1A 4R6KA 2O84X 1J1NA 1ZMGA 2DE4A 2O69A 3PGFA 1Y3PA 5H8HA 1R9QA 3TCGA 1FQBA 1PB8A 1H45A 3V8XB 2F7AA 1MY3A 3TYHA 4LQ2A 1D9YA 2FYIA 1MXXA 4E0XA 2DP8A 3O2AA 3K0VA 4NWDA 4X48A 4F1VA 5I59A 4X1BA 1LFGA 1LAXA 2OCUA 3N6UA 4MLQA 3EQ1A 3H6TA 1NMUA 4PQJA 4F2QA 1SI0A 3I5OA 5F7VA 4BDLA 1TT1A 1RYOA 3OOAA 1A7LA 1N3WA 3B6WA 4PFYA 1B3HA 1PBPA 3FXUA 4YAHX 3K01A 4IO4A 1UTHB 4N07A 4YKKA 4XTCQ 1EH3A 1PB7A 2VD2A 4WXJA 1FTLA 5TPAA 2RKMA 4R72A 1B7ZA 1UQWA 3ILUB 1Y1ZA 3FASA 5F1QA 3O97A 1MXUA 4MLVA 2DQVA 1O7TA 4BDOA 3K1NA 3KN3A 3HV1A 1FTJA 2O6AA 5JK4A 2PT1A 1UTBB 5H8HB 1CB6A 4XKRA 4YMAA 3OO9A 5LOMA 1A40A 2DWIA 3THIA 1DTGA 1B6HA 2R71A 1RYXA 4ESWA 2Y84A 2OWSA 4NF8A 3DP8A 4HCYA 5CRYA 2XX7A 1M5EA 4GXSB 3KJTA 3IORA 4IO7A 3TCFA 4AB5A 4BDRA 4OZ9A 4R6YA 4ND9A 2XXUA 1FQFA 3CSBA 5FTIA 4K3FA 1A8FA 1A54A 5AE4A 3TFLA 3VV5A 1IIWA 3K6XA 4XKNA 3KN7A 1PEBA 1MPBA 1DOTA 5H8QB 1I6BA 1XS5A 2I4CA 4ECFA 1VFEA 3KOSA 1FQDA 1NNTA 5ICTA 2CMOA 5TPAB 4BDMA 2H9BA 5DYHA 4QFPA 2B65A 4GOTA 1TFAA 1JNFA 3K4UA 1M5FA 3U8QA 1B4ZA 2H4IA 1NKXA 4MH5A 3C33A 5KZTA 2Q89A 1ATGA 1QUJA 2F7CA 4NF5A 3IK6B 1UIVA 3O66A 1OVTA 3TAJA 1US5A 3KSJA 1MDP1 1B5JA 2XXWA 5KCJB 4RPOA 1IXHA 3DLNA 2HCAA 3MW0A 3MVYA 4NF8B 4M4GA 1USYE 2I3VA 4ZEBA 4LUBA 3T96B 1GR2A 2HZKA 3N6TA 1MQGA 1FW0A 3IB2A 4JBZA 5FTHA 3WAFA 2ZNTA 3K6VA 3MAMA 4F2OA 4NF6A 4NEDA 2DWJA 1SW4A 3E13X 2Y7PA 2D3IA 1DMBA 1BP5A 2AL4A 2X7QA 1OLCA 1P1OA 4GXAA 4WEPA 1B1XA 4HCWA 1B46A 1Y4TA 2GRVA 5ISUA 4HW8A 3SERA 3G3HA 2GH9A 1JW4A 3W15C 2VGQA 4QFOA 1LSTA 3U93A 5AA4A 5I2NA 2UYFA 2RC8A 3IOUA 4GQOA 2RCAA 2F97A 4WEDA 3SEYA 3GZGA 4DCYA 5ICQA 2I58A 4R9GA 3IL1B 3QUJA 1GV8A 3FV2A 4H8IA 4THIA 2B3FA 3S9EA 2PYYA 1MXZA 3W9WA 4G8HA 3IO4A 2XX9A 2RF1A 3LUYA 5H8FA 5L9OA 2F8DA 1MXWA 4GIZA 4BDNA 3JZJA 3IR1A 3DELB 1H44A 2DWHA 4Q8RA 2VP1A 3IOTA 2ZYMA 3IB1A 2NWJA 2V3TA 3UN6A 1N84A 3QK6A 2CZLA 4F3SA 2A5SA 2YPNA 5CC2A 2A5TA 3ZSFA 1FTKA 2DE2A 3RUMA 2XXHA 4F3BA 4FEDA 3TPAA 3FJGA 4M1VA 4F22A 1SBPA 3TTKA 4UACA 3V89B 2XXQA 2F34A 1M5CA 2ZYNA 4DLDA 3K6WA 1H3DA 4ESXA 3PPPA 4F18A 2LAOA 4OETA 2NUVA 2XXVA 2Z8DA 4Q0CA 1XVYA 3SETA 3K1PA 1AOVA 5AA4B 4IGRA 3Q28A 2DSFA 3W9VA 4LATA 3H4ZA 3D4CA 2F6PA 2Z8FA 2Z23A 4IO5A 2H99A 2O51A 5KDTA 1IUDA 2ONRA 3GBBA 4DE8A 2F7BA 1IXGA 1B1HA 3RT6B 1SQYA 4OVJA 1Z7ME 2PVUA 1LGBC 3MWBA 4XKPA 3L6GA 2REJA 5BUUA 3GXAA 4ZDMA 4IO6A 3VE1B 1AL3A 3FGSA 3CRBA 4WKMA 1WVJA 4DXUA 1B2HA 2THIA 4FIMA 2A5TB 4KPTA 1P99A 5BWJA 3VVDA 1ZU0A 2UVJA 2Q9TA 5A5XA 1DPPA 5M2VA 1A99A 2OK2A 2XHDA 2HXWA 1MY4A 3G7WA 4NF4A 4QFLA 2X7PA 5JEIA 4UA8A 1JQFA 3FXRA 4AQ4A 4GD5A 3KOTA 2V3UA 4H65A 5K2YA 4ZECA 4EQ7A 2O1MA 2ZYKA 1WDNA 2BJJX 1HSEA 1MY2A 2HAUA 2I0BA 4G2ZA 1R9LA 2Z8EA 3U92A 1POY1 4JB7A 5CMBA 4G68C 3IB0A 2W7YA 5KDTB 4FJPA 2HEUA 4F39A 4U22A 3FXQA 3KN8A 1P1NA 1B3GA 5H8NA 4JSOA 3CFXA 4H5GA 3T22A 3MQ9A 4ZZEA 3EPEA 4RK9A 4G68B 1DTZA 4XKQA 3TDJA 3H7MA 3G3KA 1FTMA 3M3LA 5ITPA 3OEMA 4KCDA 2GHAA 2NXOA 3C36A 2UYEA 3ONMA 1XC1A 3ODBA 3M3KA 3CFLA 3MJNA 4OESA 2ZNUA 2NOOA 3VFJA 3PD9A 4KYDA 4JWXA 1N76A 4LP2B 2FA7A 4I9DA 1TFDA 4OEUA 5I57A 4G77A 2YLNA 2DWAA 5ELVA 4H0WA 1NFTA 1HSLA 1URGA 4U1ZA 1MY0A 1LLSA 2DYXA 1LB8A 2O1LA 3T9VA 1SW1A 2Q2CA 3QXMA 1QVSA 4F29A 3RTWB 2XD3A 1LFIA 2P1SA 2Y7RA 2B3BA 5DVFA 3TZAA 3OENA 3S2VA 4TLMB 1H76A 1RKMA 3KGCA 1IZ1A 3USDA 3QAXA 4U21A 4GL0A 1B51A 3LSWA 2OZZA 3MZ1A 1MQIA 5I59B 1OMPA 4LVQA 4GRKA 3PUXE 1NH7A 3O6HA 3Q29A 1XVXA 5I58A 1P1QA 1Y3QA 2Y7WA 2UVGA 3H06B 4OFJA 3TTNA 3IJXB 3FJ7A 3HO7A 5B7DA 1MPDA 1BIYA 3K00A 1H43A 3PU5A 2Z22A 3HHFA 1Q35A 4QFKA 1LCFA 2Y7KA 1B0LA 3H3GA 3QSLA 3D4GA 1MQJA 3S4UA 1B3FA 2ZYOA 3RY3A 1QKBA 4BDQA 3CVGA 3JYRA 3VXBA 3LSXA 4PFWA 3ZS6A 1XHYA 3K1MA 3DP4A 5CMKA 5I2KA 1GTKA 3T9UA 2QS1A 4IO2A 1USYH 5IKBA 3MUQA 5H8SA 1S9TA 3CIJA 4RXLA 3SEXA 1FQCA 1M5BA 4RNSA 1IQ7A 1B4HA 4F3GA 2Q8JA 3PV0E 2PX1A 1Q1KA 3F11A 3KG2A 4OENA 1B7UA 1AMFA 2V25A 5DT6A 4KCCA 3U94A 1I69A 1SW2A 5CBRA 1AIVA 4O3AA 4YMBA 3MP6A 2DXYA 3OO7A 4DXBA 2I3WA 3TQWA 1YAEA 1JEUA 4DZ1A 2HAVA 2V93A 4ONYA 1PDAA 3CR9A 4QSEA 5AA2D 4KQPA 3QUFA 4IB2A 3OMBA 3EF7A 4Q30B 4IO3A 1MQHA 1R1NA 3MP1A 3FVKA 4DXCA 3LBSA 3RPWA 4POWA 1SI1A 3FVOA 5CI5A 4R75A 3R6UA 3KEIA 4TOZA 4QHQA 3IOVA 4NF5B 1B3EA 5B70A 3EHTA 3VXCA 5K2XA 4OHNA 5DEXA 4L17A 2DOJA 4EXKA 2ZXTA 4MFIA 3PPNA 3P7IA 4QFNA 1N7WA 2OWTA 1QUKA 2QMWA 3H6UA 3KJ7A 3S9MC 3K02A 4ISUA 1MH3A 3G3JA 2ABHA 2F5XA 3TMGA 3KZGA 4ZZAA 4C0RA 3B6QA 3DP6A 1OQHA 3M8UA 2Q88A 3A09A 4MF3A 3KSXA 3MC2A 4JWYA 4YB6A 4NF6B 2PT2A 4QSDA 4OQOA 3FATA 1QULA 2QJEA 2DVCA 1D4NA 2QS3A 1EZ9A 1SD3A 2DVZA 2O68A 4G8MA 1VR5A 4KHZE 4QRZA 4KYEA 1LAGE 3FIRA 4OMBA 3VVFA 4PP0A 4YB5A 3TTLA 2I0CA 1LBCA 1Y1MA 3PUYE 4U2RA 3A3CA 3RN8A 4F19A 5I2NB 4YZZA 1O63A 2IEEA 3SDFA 3H6WA 2ESNA 4EQBA 4YKJA 5AA2A 3DM0A 3RGYA 4PFUA 4FAJA 1MG1A 2HZLA 1ZJLA 1VSOA 5FHMA 3VDFA 2F35A 1US4A 3N26A 1OVBA 2QSXA 5H8FB 1JW1A 1D3KA 3UORA 2DXRA 1URSA 4DDDA 1JETA 3T66A 5L9MA 1Y9UA 1QUIA 5TU0A 3CSGA 2WKYA 4R74A 3FJMA 1VFDA 4P0GA 1B5IA 1YCJA 3U72A 4OFLA 4RPNA 1LCTA 4R73A 5HPQA 3PD8A 2D5WA 3SEUA 1QJMA 1S7YA 3HHGA 3IOWA 1GVCA 3S9LC 2IA4A 2VOZA 4ELQA 1DPEA 3KFMA 4YICA 2ZMBA 4IY5A 3V5AA 4ZE8A 2G93A 5L8DA 2ONSA 2O7IA 3LR1A 2OLBA 3PUZE 1T0KA 3TELA 4GVOA 1NNKA 4OYVA 3E9XA 1DSNA 2P0SA 3S9NC 4G4PA 1MY1A 1GGGA 1I6AA 2E1SA 3C32A 3T9HB 3O6IA 1UTHA 3HPIA 2UVHA 1FCKA 2XD2A 1B5HA 1N04A 1N3XA 3TCHA 4FECA 3RLFE 5CBSA 4GLIA 3VLUA 4LONB 4LZ8A 3L6HA 3QYTA 4YB7A 4NWCA 3TODA 3Q25A 3GBAA 1TXFA 3A3UA 3MZ9A 1BKAA 3R7XA 4KR5A 3ZKKA 3UIFA 1UTBA 4TQUQ 1MH4A 3KBRA 2Q2AA 1ZBMA 2FNCA 4OFOA 1BTJA 1O64A 2AIXA 5HBCA 3SEWA 4ZEIA 3O29A 4H1XA 3CG3A 2QS4A 3RQTA 3UGWA 4PFTA 2H98A 5FHOA 5A5XB 3HCQA 3OSRA 4U23A 2Y7IA 4HTGA 4NF4B 1ANFA 5J1DA 3PMWA 2RC7A 3WAEA 5IAIA 1KWHA 2H5YA 5CM6A 3GLBA 1Y3NA 3C35A 3UP9A 4EQ9A 1N0TA 3O9PA 4NE4A 3UK4A 2AYSA 4ELOA 3C34A 5H8QA 4Z7EA 2V84A 4DIGA 1IXCA 4FE8A 2XXTA 3OO6A 3SEVA 5ITOA 1FQAA 4H5FA 2REGA 4PE5B 5I84A 4KI0E 3RT8A 1XOCA 3VVEA 4GFRA 5L9SA 3TUSA 4R2BA 5DVJA 4R6HA 3RTFB 1B7HA 2XXPA 5H8NB 3MPKA 3ECRA 3OEKA 3OELA 1MPCA 1SYHA 1MQDA 1XT8A 5KCJA 4QF9A 2D21A 4Z0IA 4LZ7A 2E0SA 1SYIA 1MS7A 3TKDA 2HFBA 4G8NA 1TWYA 4OWDA 2XXYA 4QSCA 4FATA 4KYSA 3PUVE 4FORA 3TEPA 2XX8A 4GWOA 3U1OA 1MRPA 3SESA 1B3LA 4ZEKA 1NH8A 4OEVA 5I57B 4AB6A 2QS2A 1WODA 3MVWA 1FQEA 2YJPA 2VHAA 1QW0A 1EU8A 3FD3A 3FVNA 4H6DA 1Y20A 4JDFA 3K2DA 3IX1A 4RA1A 1LBBA 2R6GE 1I6QA 4P0IA 4EF1A 2GFEA 4ZS9A 3O28A 1MDQA 4Q5TA 3OO8A 4E0WA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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