3IX1A

Periplasmic n-formyl-4-amino-5-aminomethyl-2-methylpyrimidine binding protein from bacillus halodurans
Total Genus 91
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
301
structure length
301
Chain Sequence
ALETVEVMLDWYPNAVHTFLYVAIENGYFAEEGLDVDIVFPTNPTDPIQLTASGAIPLALSYQPDVILARSKDLPVVSVASVVRSPLNHVMFLAEQDFDSPADLVGLTVGYPGIPVNEPILKTMVEAAGGDYEQVHLMDVGFELGASIVSGRADAVVGTYINHEYPVLKHEGHDISYFNPVDYGVPEYDELVLISNEAYVEESGEVLAAFWRAALKGYEWMVENPDEALNVLLTNQDEANFPLIQEVEEESLSILLEKMENPNGPFGGQDAESWEEVISWLDAHDWLEQPVVAEDAFSSIT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords N-formyl-4-amino-5-aminomethyl-2-methylpyrimidine binding pr
publication title HMP Binding Protein ThiY and HMP-P Synthase THI5 Are Structural Homologues.
pubmed doi rcsb
source organism Bacillus halodurans c-125
molecule tags Biosynthetic protein
total genus 91
structure length 301
sequence length 301
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-09-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF09084 NMT1 NMT1/THI5 like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ix1A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ix1A01
4YB7A 2R71A 1QUJA 2QJEA 4H6DA 2X7PA 4YMBA 4OERA 3OXNA 3OO7A 2OCUA 4PETA 2ONSA 5I2KB 5I2NA 2O1MA 3EHSA 2B3BA 4RK2A 2HZLA 4OFJA 2DVZA 1XS5A 3VVDA 4H5GA 4R75A 4UA8A 1MQJA 2DS9A 3IB2A 4PFUA 3Q27A 4O3CA 5I59A 5EHSA 3FXQA 1S9TA 4KCCA 2NVUB 4ZEBA 2IA4A 3H06B 3K6VA 3RTFB 3EF7A 1IZ1A 4F2OA 5ISUA 2DWHA 1TT1A 1SW4A 1LFHA 3MVZA 3SEYA 1N04A 4KI0E 1B4ZA 4C1UA 3CIJA 3IAZA 3KG2A 3FATA 4RK9A 5BUUA 1B40A 3FJGA 3S9MC 4ESXA 1B7ZA 1N0TA 3CFXA 1BLFA 2DQVA 3SEWA 1SDXA 3H6VA 4H65A 1PBPA 2YLNA 3KGCA 2RF1A 3QIMA 1PB8A 1UTHB 2UXAA 4M4GA 4POWA 3M3FA 1ZJLA 1JETA 3H6TA 1B5HA 3FGSA 1XC1A 5B7DA 3GZGA 5I2KA 1DPPA 3U92A 4NF4B 4XKQA 4DE8A 4RXLA 5CRYA 3S9EA 1B7UA 3FZVA 4GXSB 4GLIA 5BWJA 3TYHA 1MH3A 4HCYA 4H1XA 4F29A 3THIA 4U4XA 2OK2A 4Q8RA 1PDAA 3KSJA 2RC9A 2QMXA 3KN3A 4M1VA 3C34A 5H8QA 1SD3A 2HXWA 3K2DA 1DTZA 4X9TA 3I3VA 3TCGA 1OVBA 1MXUA 4GD5A 4KD5A 3PPQA 4ELRA 4ZEIA 5AA3A 4Q5TA 3E3KA 3RQTA 1MXVA 4KFQA 5CMKA 3OO9A 2RCAA 3RT8A 4P11A 4H8IA 4LZ8A 2I3WA 3C31A 3PUYE 1B7HA 3QSLA 3PUXE 3B7DA 5EHMA 3EN3A 1SW1A 2W7YA 4IO6A 1P1NA 2F6GA 4XKRA 1D4NA 4YAHX 4FEDA 2XXUA 1VSOA 3W9WA 4U1OA 5ICTA 2F34A 4HS7A 3CFZA 4H0WA 3MVYA 3CSBA 3O28A 3CSGA 2O1LA 1EZ9A 3E4RA 2X26A 4DZ1A 4R6YA 1Y9UA 3ODBA 3T22A 5KDTA 3TODA 3VE1B 1A99A 4ZEDA 1MY2A 4F3SA 3FJ7A 3B6WA 1A54A 1A40A 4E0WA 1YTVA 4ECFA 3QXMA 4G68A 4F18A 1D9YA 2UVJA 4QFLA 1IXIA 2V3UA 2D3IA 3B6QA 3PMWA 4Q0CA 1EZOA 2XXHA 4G8NA 3MZBA 1LBCA 5L9OA 2HFBA 1RYOA 3AXFA 3SETA 3TEPA 5DVIA 1BTJA 1SYIA 1LSTA 4F19A 2DXYA 1HSJA 4FEBA 5A5XA 1YCJA 1FQAA 1ELJA 2Y7KA 4ZEFA 1M5CA 3PPOA 1SW5A 2RC7A 3ECRA 4P0IA 1LCFA 4EXLA 1LAHE 1HSLA 4ESWA 2I4CA 4QFNA 2O51A 3UIFA 1XOCA 4YU0A 3R26A 5ITOA 1B46A 3C35A 2Z23A 2PBWA 4KPTA 2WKYA 4O3AA 3PUZE 4GVOA 4MBPA 2R6GE 1Y4TA 1TWYA 3MW0A 4TQUQ 2E1SA 5DVFA 3PD9A 1Q1KA 2Q2AA 5TPAB 2DE2A 3TPAA 3JZJA 2VOZA 3FV1A 3TTMA 3Q29A 3QUJA 4F1VA 3Q28A 3H4ZA 5DEXA 3TMGA 4LATA 1N7XA 4QFOA 1SI1A 1GTKA 3SEVA 1IUDA 3VVFA 2AL4A 1QUIA 1B3EA 3IO6A 2B3FA 2B65A 3U1OA 1JEVA 1FTJA 3DM0A 4NF5B 3N94A 3LSWA 1MY1A 3CVGA 5DVJA 4FE8A 2QSXA 3IO4A 3VLUA 4EUOA 3JYRA 4H8JA 1RYXA 2XD3A 4YMAA 1OVTA 4OEUA 4GF8A 4TOZA 3G3KA 4X48A 1FQDA 2UYEA 2FYIA 3KFMA 1NNTA 2KLFA 4ONYA 3L6GA 2GRVA 4EF1A 1URDA 3MP6A 3D4CA 3KOTA 1Z7NE 1NL5A 4NMYA 3VFJA 5I2NB 2ALUA 1B58A 3FVOA 2O7UA 4OESA 1M5EA 4KYDA 1NMUA 3ZSFA 3HO7A 3ILTB 3K1MA 1B05A 5TPAA 1UQWA 1ZIUA 1D3KA 4RPOA 1N84A 2E0SA 1SI0A 4OENA 1POY1 1YPNA 1R9QA 3O9PA 2H98A 3UGWA 3VLWA 2I48A 4DIGA 3SERA 3CI8A 1R1NA 3O6HA 3HV1A 3O66A 1FCKA 1MY3A 5HPQA 3TTLA 2DVCA 3A3CA 4H5FA 1I6QA 5L9MA 2XXQA 3U72A 2OLBA 5I57B 4OXVA 2Q9TA 3T9XB 4F22A 4G4PA 3FIRA 3MUQA 3O6IA 2F97A 2ZYKA 4KQPA 2QS1A 2THIA 3K6XA 1AH5A 1OLAA 1VR5A 4F3PA 3E13X 3T9VA 5I58A 4FAJA 4ZE8A 4RNSA 2VGQA 3U8QA 5DTBA 2F6PA 5AA1A 4DCXA 4N13A 3LUYA 4U22A 1VFDA 3IK6B 3G3HA 5H8FB 3VVEA 3BBRA 4XKNA 3O6GA 3DLNA 4BDNA 2X7QA 5M2VA 4U23A 4EXKA 3U94A 3C4MA 3ZKLA 3IOUA 2Z22A 2GH9A 2QL3A 4GOTA 1F9BA 4I9DA 4LZ5A 1LLSA 1JVYA 3OEMA 4FECA 1Z7ME 2DE4A 1LAXA 1MY4A 1FQCA 5IAIA 5H8QB 1PEBA 1QVSA 1XT8A 4IO4A 4HCWA 3G3JA 4PP0A 5I57A 3UN6A 4THIA 1URSA 3FJMA 1FTOA 3S2VA 2DYXA 3BFUA 3IL1B 3G3FA 1ATGA 2G93A 3QAXA 4RPNA 1LGBC 4OVJA 2YPNA 1LFIA 1B3LA 1AMFA 3H6WA 2QS3A 4TLLB 1OLCA 2F7BA 3BFTA 5I56B 1B5JA 1ZMGA 3KN8A 1B6HA 1T0KA 3K02A 4ZS9A 3QUFA 4R9GA 4NEDA 4NWDA 1LAGE 5H8FA 1IXCA 2Y7WA 3MP8A 1N7WA 3EQ1A 2UYFA 2I0BA 3IOVA 1BP5A 2XXRA 3RPWA 5KDTB 4QSCA 2PT1A 1P99A 4GL0A 1MM6A 4G8MA 4GWOA 1UIUA 4IO5A 2GHAA 3CG1A 4G68B 1USYE 3R6UA 4DXUA 4ZECA 1MPBA 3K1PA 4ELPA 4ISUA 1GV8A 4QSDA 1ANFA 3I5OA 2A5TA 2XX8A 5ITPA 4XTCQ 3TAJA 2XXPA 2DSFA 1WODA 1TFDA 4KYEA 3K00A 5ELVA 5A5XB 1AL3A 3CR9A 4NF8B 3H6UA 2HAVA 1PC3A 1US4A 5JEIA 1QUKA 4GIZA 2I3VA 1AOVA 3E9XA 4C1TA 2BJJX 2OJTA 5I56A 2ONRA 1O63A 3V5AA 2LAOA 3KSXA 4KHZE 3GBBA 3RGYA 3TCHA 1DOTA 3V8XB 2V84A 4F31B 1ZTYA 4U2RA 1MQIA 4R2BA 1FTLA 1NH8A 2F36A 3TDJA 1MQGA 3K6UA 2IEEA 1A7LA 2I4BA 4GFRA 3OD7A 3DP8A 4OYVA 4OEVA 2OBGA 2HAUA 3FVKA 3SEXA 3O29A 4FORA 1OQGA 1PBQA 4I1DA 2Y7RA 1ZU0A 1FQEA 1N3XA 4MLVA 5J1DA 1JQFA 1OQHA 3TTNA 3N26A 3R7XA 3FXRA 3OELA 4EQ9A 3PUWE 5DEXB 2GHBA 2ONKE 4JDFA 5DT6A 2O69A 4GQOA 2ESNA 3U93A 3QK6A 2ZYMA 5L9SA 1MXYA 3CFLA 2XXIA 4NF8A 4IO2A 1FQFA 1R9LA 2H5YA 3RNNA 2GFEA 1SBPA 1ZLQA 2XXTA 2ZYNA 1MPDA 3M3LA 3USDA 4OFOA 4E0XA 4WXJA 2ZMBA 3PU5A 4H67A 4U21A 3UORA 3SESA 1JW5A 5FHOA 2DP8A 1SW2A 1CB6A 4JXIA 4XIGQ 2PVUA 4IGRA 5TP9B 4F3BA 3IJXB 2Y7PA 1NH7A 1JEUA 3MJNA 2ZNTA 5JK4A 5KCJA 3WAFA 4IY6A 1TXFA 3LC8A 3C9HA 2G29A 4G77A 4EDPA 3CG3A 4XKPA 3MVWA 3GXAA 1A55A 1JNFA 1B32A 3PMXA 4QHQA 1II5A 1Y20A 3TUSA 2UVGA 5AE4A 4UACA 1MG1A 2UVIA 1USYH 4XXUA 2Q89A 3A3UA 1N3WA 1UTBB 4DXCA 3FVGA 3K6WA 4F39A 4BLAA 2DWAA 4ZE9A 1IITA 3MBPA 3DP4A 3TELA 5IKBA 1I69A 4YB6A 1QKBA 3N6UA 4MF3A 1AIVA 2Y84A 4LUBA 2OZZA 3OENA 5L8DA 3KN7A 4IGTA 5F7VA 4BDQA 3T9UA 4EQ7A 3LBSA 4LONB 1MRPA 3OO6A 4POXA 3IR1A 5I58B 3ZKKA 1HSEA 2VD3A 1SYHA 1GVCA 4PQJA 4R6KA 3ONMA 5TP9A 1URGA 4ZZEA 4YKPA 4FATA 1LB9A 3S9LC 2O68A 2Z8EA 2VD2A 3UK4A 5HM4B 3L6HA 3T66A 1JW1A 5AA4B 3GBAA 4KCDA 2FNCA 2UVHA 3MPKA 3F11A 3K01A 1FW0A 1YAEA 3MWBA 5KZTA 4DCYA 4F3GA 5ICQA 3KZGA 2F7AA 3FVNA 2HCAA 1RKMA 2F78A 1P1OA 1B4HA 4DDDA 3KEIA 5B70A 1Y3QA 1P1UA 1I6AA 5H8HB 3A09A 1NNFA 3Q26A 3TCFA 3IJOB 3VLVA 1PB9A 5H8SA 1QJMA 5EYFA 4JWOA 4L17A 4NF6B 2P0SA 2AYSA 1UTBA 2O7IA 1IXGA 3DELB 3TFLA 3VDFA 3VXCA 1EU8A 3PPRA 5H8NB 4YKKA 3PV0E 5CI5A 2Z8DA 2R9JA 1B52A 3ILUB 4LA9A 3UP9A 3ZS6A 4AB6A 4I62A 1BKAA 3KJTA 2YJPA 3KOSA 3HHFA 2Z8FA 2H25A 1B3GA 2QRYA 3KJ7A 2NUVA 1MXWA 2ANJA 2V3QA 5AA2A 1WVJA 4DXBA 4ELQA 1DSNA 3K0VA 2ZNUA 4QFPA 4LQ5A 5CMCA 3S9NC 4OWDA 4BDLA 4G2ZA 4Z7EA 1XVXA 1Y3PA 5AA4A 3EHTA 4GRKA 3EPEA 3KBRA 3K4UA 4OETA 2Q8JA 5TU0A 3IORA 4Q30B 4PFYA 3H03A 2REJA 2NWJA 4YZZA 2NXOA 5CBSA 2FA7A 1QULA 4FIMA 5H8HA 5DYHA 1JVXA 3LSXA 4YKIA 4R72A 2I6EA 1A8FA 2DWJA 4NF6A 4GXAA 1ZBMA 2Q88A 4IO7A 2A5TB 4F1UA 5H8NA 3M3KA 3HCQA 2P1SA 3VV5A 3H3GA 2V3TA 4LZ7A 1XVYA 2QMWA 4QF9A 3HSTA 3BKIB 3TKDA 1NNKA 2F8DA 3QYTA 4JWXA 1NFTA 2HEUA 1UIVA 3SKPA 5K2YA 2RINA 2XXVA 4NE4A 4NWCA 3W15C 4FJPA 5FHNA 1R6ZA 4WEPA 3LSFB 2DOJA 4OHNA 3G3GA 4F1YA 5JTYA 2CZLA 3TZAA 3FV2A 3OSRA 4LQ2A 4F2QA 1H43A 3MC2A 1VFEA 4BDRA 3MZ1A 3MVXA 1TFAA 3PMVA 4YB5A 4JSDA 1QKAA 3RLFE 2XXYA 3O2AA 1S50A 4P0GA 4G68C 3TQLA 3HN0A 2Q2CA 1L5TA 2AL5A 3IB1A 3V83A 3OMBA 3S4UA 1LB8A 1POTA 2CMOA 1IEJA 3FXUA 4DLDA 4R6HA 3CRBA 4OMBA 4OQOA 4EQBA 1O64A 3T93B 4N6PA 1B0HA 2Y7IA 4RA1A 4BDOA 1WDNA 1H76A 1LCTA 4PFTA 1MH4A 1OIBA 3MZ9A 2F7CA 4G8HA 1P1WA 3O97A 4OFLA 1M5DA 1B5IA 1S7YA 2P2AA 4Z0IA 1FQBA 3Q25A 4TLMB 4JWYA 1CE2A 1BIYA 4HTGA 2HQ0A 4ELOA 3T9HB 1GR2A 1Q35A 2QS2A 5LOMA 1SQYA 2XXWA 1MY0A 3C33A 4X1BA 4ZEKA 3MPLA 1MQDA 3PPPA 1D9VA 1UTHA 1MXZA 1PB7A 1IXHA 4MFIA 3MP1A 3PPNA 3DP6A 4NF4A 1B0LA 2H9BA 5KCJB 2PYYA 1Y1ZA 3FASA 2XX7A 3VXBA 3G3IA 3PGFA 4PFWA 4LP2B 4K3FA 2M8CA 3LR1A 3RTWB 4OZ9A 3MAMA 2RC8A 3FD3A 3D4GA 2I0CA 4KYSA 1FTKA 5HBCA 1EH3A 4R9FA 5AA2D 1Y4CA 3B6TA 1B3FA 1B1HA 1JW4A 2O84X 3TTKA 2DWIA 2VHAA 1Y1MA 5F1QA 2XD2A 2QS4A 3H7MA 3C36A 2ABHA 1B2HA 1SVXB 3OOAA 1J1NA 2RKMA 4AQ4A 4YKJA 2I58A 3M8UA 1M5BA 3MQ9A 4ZDMA 2DE3A 4R73A 5FTIA 4MLQA 4JB7A 3UA8A 2PMSA 2D21A 4WEDA 1B3HA 1LAFE 2H99A 4KR5A 3RN8A 2F5XA 3P7IA 1DPEA 4ZZAA 1US5A 4WKMA 1DTGA 4IO3A 2HZKA 5I84A 3JV9A 1M5FA 1ZKBA 3G7WA 3LSLA 3EHUA 2V93A 4NTLA 1N76A 5FHMA 4U1ZA 4U4SA 3C32A 4AB5A 1LBBA 4GL8A 2XHDA 2NOOA 2O6AA 2XX9A 5FTHA 1H44A 3RT6B 1VE4A 3K1NA 4X1DA 4RYAA 2QPQA 3OO8A 4PE5B 4C0RA 4IY5A 3TTRA 5CMMA 4MH5A 1LFGA 1I6BA 4HW8A 2ZNSA 1H45A 3IOTA 1MXXA 3HPIA 1B1XA 3OEKA 1MPCA 4EF2A 1P1QA 1NNPA 3GLBA 1B51A 5AA2B 3SDFA 2RCBA 3FUZA 3PUVE 4RJZA 3N6TA 1MDP1 3SEUA 4QFKA 4IB2A 3RUMA 4R74A 3IOWA 4R2FA 3W9VA 2PT2A 3I6VA 4QRZA 4N07A 3RY3A 2PX1A 4OTEA 1GGGA 1B9JA 3V89B 1EZPA 2ZXTA 3PD8A 3WAEA 2OWTA 3T96B 4JBZA 1A8EA 1QW0A 1H3DA 5I59B 2ZYOA 1O7TA 1Y3NA 2V25A 3N5LA 2VP1A 2DXRA 2XXXA 5CMBA 1MS7A 5CM6A 1IIWA 2F35A 1DMBA 4I8CA 1XHYA 1NKXA 2OWSA 1IQ7A 1KWHA 2H4IA 4YICA 3IX1A 2A5SA 1MQHA 3TQWA 5K2XA 4JSOA 2D5WA 3IB0A 4NF5A 2I49A 1MDQA 5CC2A 4BDMA 3OSQA 4QSEA 4ND9A 1MM7A 4RY1A 1FTMA 4LVQA 4O3BA 5CBRA 2AIXA 2REGA 5JTYB 1OMPA 3HHGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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