3IX1A

Periplasmic n-formyl-4-amino-5-aminomethyl-2-methylpyrimidine binding protein from bacillus halodurans
Total Genus 91
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
301
structure length
301
Chain Sequence
ALETVEVMLDWYPNAVHTFLYVAIENGYFAEEGLDVDIVFPTNPTDPIQLTASGAIPLALSYQPDVILARSKDLPVVSVASVVRSPLNHVMFLAEQDFDSPADLVGLTVGYPGIPVNEPILKTMVEAAGGDYEQVHLMDVGFELGASIVSGRADAVVGTYINHEYPVLKHEGHDISYFNPVDYGVPEYDELVLISNEAYVEESGEVLAAFWRAALKGYEWMVENPDEALNVLLTNQDEANFPLIQEVEEESLSILLEKMENPNGPFGGQDAESWEEVISWLDAHDWLEQPVVAEDAFSSIT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords N-formyl-4-amino-5-aminomethyl-2-methylpyrimidine binding pr
publication title HMP Binding Protein ThiY and HMP-P Synthase THI5 Are Structural Homologues.
pubmed doi rcsb
source organism Bacillus halodurans c-125
molecule tags Biosynthetic protein
total genus 91
structure length 301
sequence length 301
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-09-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF09084 NMT1 NMT1/THI5 like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ix1A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ix1A01
2REJA 2RCBA 1H44A 1Z7ME 3GLBA 2XXRA 4POXA 2DE2A 3I3VA 3HHFA 2ONRA 4ESWA 3VV5A 3USDA 1UTHB 3FASA 4I62A 1JVXA 5TPAB 2Z8EA 1R9LA 1SW4A 2HZKA 3VLVA 1A8EA 1XS5A 1HSLA 1MQDA 5L9SA 2FNCA 4OQOA 1IXIA 3IORA 3H6TA 4MBPA 5AA2B 4NF4B 5I56A 3CRBA 3FUZA 1R9QA 4Z0IA 4O3AA 5H8NA 4OZ9A 2V25A 3MWBA 4KHZE 1TFAA 3RNNA 4FATA 1B4ZA 2XX8A 4X9TA 4X1BA 3IB1A 1ZMGA 3H4ZA 3O2AA 2OBGA 4FEBA 2F8DA 4C1TA 3M3FA 5DVJA 2R6GE 3K6XA 2UYEA 5I2NB 4LUBA 4H8JA 3S4UA 3VE1B 3IO4A 2XX7A 3G3KA 4U1ZA 3IR1A 3TPAA 1PDAA 4NTLA 1DPEA 2XXTA 2B3FA 3EHUA 3FXUA 1B32A 4GL8A 1XC1A 4OVJA 3DP4A 1JVYA 4JWYA 5EHSA 3I5OA 4QSEA 1J1NA 1D9YA 1CE2A 1DOTA 4GIZA 5H8FB 3O9PA 5LOMA 1B58A 3R26A 3T9VA 4MF3A 4QFOA 1Y9UA 2E1SA 1N76A 3CIJA 1M5CA 1ZBMA 2REGA 4H5GA 2DQVA 3FATA 1B3EA 4G8MA 2ZNSA 1VR5A 3FJGA 2RINA 4OETA 1B40A 4XXUA 1P1QA 2I3VA 1PC3A 4R75A 5DTBA 3E13X 1B3GA 2V3UA 2DYXA 2OJTA 3KJTA 1UTHA 3W9WA 4PQJA 4ESXA 3N26A 3OO6A 2AL5A 4MLQA 3U94A 2RC7A 1ZTYA 4F2OA 2F7AA 3KSXA 2ONSA 4NF4A 3G3HA 1GTKA 1IEJA 2AYSA 4RPNA 1POTA 4F19A 1H76A 2DS9A 4E0WA 4XKQA 1MY1A 2O6AA 1LFIA 1MXVA 3PUXE 3MW0A 3OSQA 4H6DA 4F2QA 1BIYA 4F1YA 5AA3A 1N84A 2ZNUA 3IB0A 2RC9A 2QS1A 3EHTA 4F3PA 1QKBA 1B3HA 2DWAA 2PBWA 3G7WA 4YU0A 4NWDA 4OYVA 4KYDA 3OO7A 4RXLA 4G8HA 5I2NA 4RK9A 1UTBA 4RNSA 4P0IA 3CR9A 4JBZA 3E4RA 4P11A 1AL3A 3U92A 5I57A 2V84A 2NVUB 3T66A 1FQDA 2F5XA 2QS3A 4JB7A 1MPBA 5JEIA 5TU0A 3SEUA 3MP8A 1EU8A 4PFUA 2QS4A 3C35A 1IITA 3DP8A 3KBRA 5ITOA 1SDXA 1FQAA 5JTYB 4ZEKA 3U1OA 4AB6A 4LA9A 4GOTA 1MXXA 1MXZA 4R6YA 5CI5A 2A5TB 2GFEA 4UACA 3Q29A 1AIVA 1MG1A 2XXHA 2V3TA 4DZ1A 1H3DA 3TODA 3QXMA 1DSNA 3RY3A 1UQWA 4TLMB 2F97A 5I58B 3EN3A 2YPNA 2PT2A 3H03A 2R9JA 3TTKA 3SEYA 3I6VA 4O3BA 5IAIA 2B3BA 2ZMBA 5JK4A 4YB6A 1PB7A 1Y3NA 1B5IA 1Y4CA 4YMBA 3FJ7A 3IB2A 4P0GA 1DTGA 2XXVA 3FVKA 4MFIA 4QSCA 4ZEDA 4EF1A 3ILTB 4QSDA 3T93B 1MXUA 3VLUA 4LATA 5ISUA 3FV2A 1F9BA 3QUJA 3PPQA 4YAHX 3KN7A 4WEPA 1RYXA 3OMBA 1B0LA 3KZGA 1OIBA 2VD3A 4QFKA 3FVNA 4YKKA 1JW1A 2ESNA 4I1DA 3RT8A 3V8XB 4QFNA 1A99A 3GBAA 1YAEA 1H45A 1MPCA 1NMUA 4F3GA 3TYHA 2XXXA 5DVIA 3R6UA 4NF5B 2NUVA 2PMSA 4UA8A 4KYEA 5H8NB 3RN8A 4KCDA 4XKNA 4NWCA 3TTRA 3IO6A 1NNFA 4FORA 2VHAA 4EUOA 3T96B 2NXOA 4LVQA 2P1SA 3QUFA 3M8UA 3JZJA 2A5TA 1T0KA 1KWHA 3HO7A 2O68A 4U2RA 4MLVA 4XKPA 1JETA 5I58A 1NNTA 2HZLA 4DXUA 2PYYA 4G4PA 3E3KA 2D21A 5B7DA 1SI0A 4HTGA 4EQ9A 3V83A 2XX9A 1LAGE 2G29A 3S2VA 3H6VA 3TQLA 2Q88A 1OMPA 3IAZA 3ECRA 1NNKA 3RQTA 1RYOA 5AE4A 3VFJA 4R2FA 2HQ0A 1EH3A 4PP0A 2ZYOA 2X26A 1FQEA 1TT1A 1B3FA 3MZBA 5CMMA 4F39A 2THIA 3QSLA 4GLIA 1SVXB 3GZGA 4IGTA 1O63A 3Q25A 5K2XA 3VXBA 5M2VA 3W15C 1N3XA 2LAOA 3PPNA 4M4GA 1DPPA 1A55A 4R72A 1D9VA 1GGGA 1MY2A 3M3KA 1O64A 1EZPA 3TEPA 2GHBA 2XD3A 2HAUA 4OESA 5TP9B 1MQJA 2W7YA 1IXCA 5J1DA 5FHMA 4LQ5A 5DEXB 4NF5A 4XKRA 1N7XA 4QFPA 4PFTA 2F6GA 4BLAA 4F3SA 1Q35A 3BBRA 4BDOA 4L17A 3Q27A 1SW2A 2VOZA 5I59B 3QYTA 4C0RA 3O6GA 1VFDA 3SKPA 2XXYA 3D4GA 1N7WA 2DWHA 1M5DA 1LLSA 4FE8A 1LAXA 1R1NA 4ZZAA 1S50A 3KOTA 1MQHA 1SD3A 1N0TA 4R9FA 3V5AA 3IOWA 3TTMA 4DCYA 2P0SA 1UTBB 3ZKLA 2QL3A 4ELPA 4ZDMA 3MP6A 4GVOA 4HW8A 3F11A 3S9LC 4JXIA 4KFQA 3TAJA 4QFLA 3THIA 4GF8A 3V89B 5I57B 4LP2B 3HSTA 2ALUA 3KGCA 2WKYA 4PFYA 5BWJA 2F78A 1MS7A 1D3KA 2D5WA 1Y3PA 5KDTA 1JEUA 1XT8A 4EF2A 4DXCA 3ODBA 3OSRA 1L5TA 4F22A 4DLDA 3ZKKA 4BDNA 4JWOA 4OFLA 1QULA 3OOAA 4LQ2A 1N3WA 1P99A 1P1UA 3L6HA 4KI0E 3QIMA 2DWIA 4GQOA 4RA1A 4RPOA 5ELVA 1SYIA 3PPPA 5BUUA 1B52A 2UVIA 4YZZA 3MVXA 4BDLA 4ZECA 2ZYKA 2F35A 5AA2D 1NFTA 4NMYA 4GXAA 4FIMA 3A3CA 3VDFA 2Y7WA 4YMAA 5FTHA 1WVJA 1IUDA 2H99A 5TP9A 5KCJA 3HN0A 1URDA 3VVFA 4JSDA 4NF6A 5DEXA 1ATGA 2DSFA 5CBRA 3MUQA 3MZ1A 1XVYA 4N07A 2Z22A 2A5SA 3IL1B 1I6QA 1MQIA 1ZLQA 4DCXA 1BTJA 3TELA 1FW0A 3CFXA 5I59A 1ZKBA 1US5A 4H1XA 3SETA 3LR1A 3O6HA 2DOJA 2Y7IA 1VSOA 3UN6A 4NF8B 4C1UA 4E0XA 3OELA 1OQGA 2VGQA 2V93A 3OEMA 3KG2A 3MAMA 2D3IA 2DVZA 2I0CA 1BKAA 4G77A 4EQ7A 1M5BA 4GRKA 4G68A 1ELJA 4F1VA 2O51A 4G8NA 1B7UA 1USYH 4OFOA 4X1DA 3KJ7A 4U4XA 1IXGA 2O1MA 3TCFA 4TOZA 4WXJA 1XOCA 4F29A 2Y7RA 1FQCA 1SW5A 4RYAA 4BDMA 2Z23A 1B05A 1MXWA 3U72A 4QHQA 3UK4A 1QUIA 4KD5A 4OERA 4R74A 3O29A 3K1NA 4I9DA 2QS2A 3R7XA 2Y84A 3JYRA 3BKIB 4ZEIA 3PUYE 1LCFA 3EF7A 3K00A 4NEDA 1S9TA 2I0BA 4I8CA 1Y1MA 1JW5A 1SI1A 3CFLA 1TWYA 4N13A 4H65A 5H8QB 1B51A 3K6WA 4X48A 3DP6A 3MVYA 1IZ1A 3A3UA 2B65A 4H5FA 1NNPA 2Z8DA 1OLCA 2M8CA 1B6HA 1M5EA 4DXBA 2HCAA 2DVCA 4Z7EA 3KOSA 4PETA 2X7QA 1BP5A 1Y1ZA 1US4A 2ZNTA 1D4NA 4YB7A 4NF8A 3C32A 2QMWA 1YTVA 3LUYA 4GFRA 1JQFA 3C36A 2F7BA 2QRYA 1Z7NE 4R6KA 2OK2A 4R6HA 3PV0E 1QKAA 3RTWB 1GV8A 3LC8A 3FJMA 3U93A 4AB5A 2Y7KA 4KQPA 1MPDA 3M3LA 3FVGA 2CMOA 2CZLA 3FIRA 2XXWA 1OQHA 4ELRA 4H67A 3K1PA 1XHYA 3H7MA 3C9HA 3KEIA 1M5FA 3SDFA 3AXFA 3GBBA 2KLFA 4IO3A 5CMBA 1FTOA 1IXHA 1B5HA 2AL4A 5CRYA 3K6VA 4EXLA 3RGYA 5CMKA 3H3GA 3KN3A 1LGBC 2X7PA 3N94A 4LONB 3UORA 3CSGA 4LZ5A 3PMWA 3KSJA 3K02A 4KPTA 1JW4A 4EXKA 4IO7A 4F3BA 4YKJA 2RC8A 4PFWA 3SEXA 4FAJA 3OO9A 2H98A 2FYIA 5AA4B 2UXAA 1FTJA 3HHGA 4OWDA 4OEUA 3FXRA 5DYHA 4K3FA 2QMXA 3PGFA 3O66A 1TFDA 2I6EA 5I2KB 1B46A 3PU5A 3IOUA 2I4CA 2Q2AA 1II5A 4JSOA 3QK6A 2XXIA 1B3LA 4O3CA 5KDTB 1B1XA 3EQ1A 5H8QA 2O1LA 1WODA 1VE4A 1B1HA 2UVGA 1A40A 1EZ9A 3BFUA 2F34A 2Q2CA 1B7HA 2NWJA 3SESA 2OWSA 3B7DA 4FJPA 2F36A 1LB9A 3EPEA 3W9VA 1Y20A 1QUKA 2GH9A 2I48A 3PUZE 2I49A 4MH5A 3A09A 2Q9TA 1A8FA 3OEKA 2GRVA 5ICTA 4GXSB 4F1UA 2IA4A 4G68C 3TKDA 3LSWA 1NKXA 1PEBA 3HCQA 5HPQA 3K2DA 5FHNA 5HBCA 3K4UA 3FGSA 2VD2A 3RT6B 5H8SA 1FTMA 1ZU0A 2OWTA 5KCJB 3MC2A 4NF6B 3SERA 1MDP1 2XXUA 3PUVE 4PE5B 3D4CA 1MQGA 1HSEA 1I6BA 4R9GA 5A5XA 3T22A 1LBBA 4OFJA 4KYSA 1JEVA 2PVUA 5ITPA 2XHDA 3HPIA 2G93A 5HM4B 1LAFE 4WEDA 3B6TA 3KN8A 2UVJA 1PB8A 1SBPA 4BDQA 4ZE9A 3K0VA 3UA8A 2HEUA 5B70A 1UIVA 1I69A 4IO4A 1FQBA 3C33A 1B9JA 2Y7PA 3IJXB 3EHSA 1LFHA 3TZAA 3N5LA 3G3FA 4IY5A 2R71A 1SYHA 3C31A 3S9NC 3K1MA 1QJMA 1NH7A 3L6GA 3UGWA 2I58A 4XIGQ 3HV1A 2YLNA 3MQ9A 2F7CA 3O28A 5AA4A 3CVGA 2XXPA 1RKMA 2DWJA 3TTNA 3IOVA 4POWA 1NL5A 3B6WA 1MY0A 2VP1A 3IX1A 4G68B 4IB2A 2NOOA 1N04A 5I2KA 4YKIA 1B7ZA 3OD7A 2RF1A 3O97A 5L9MA 4EQBA 4G2ZA 1ZIUA 4KCCA 4GWOA 3S9MC 3B6QA 3DM0A 3MVZA 2QSXA 1GR2A 2HAVA 3IJOB 1MDQA 3TTLA 3K6UA 4OXVA 4IGRA 3ILUB 5AA1A 5DT6A 1P1NA 2V3QA 1UIUA 1AOVA 2O69A 3TMGA 1URSA 3VLWA 2Q8JA 1MY4A 5K2YA 2GHAA 3IOTA 3G3GA 4JWXA 3H6UA 5H8HB 3VVEA 1JNFA 1LBCA 1FCKA 2OZZA 4HCWA 4IO6A 1PB9A 1OVTA 3N6UA 4HS7A 5KZTA 3ZS6A 4ELOA 1OVBA 4Q30B 4U1OA 3LBSA 5TPAA 4ND9A 2FA7A 3TCGA 2DXYA 1H43A 4FEDA 3MVWA 2H4IA 5L8DA 1AH5A 2O7IA 4ZE8A 2ZXTA 1A54A 5AA2A 4IO5A 3QAXA 1URGA 1TXFA 2O7UA 2H5YA 2IEEA 3P7IA 3UP9A 3PPOA 4U22A 3SEVA 4IY6A 3MPLA 3MJNA 1FTKA 3KFMA 3H6WA 3T9UA 2XD2A 3DELB 1LAHE 4F31B 4RJZA 3TFLA 2YJPA 1USYE 4WKMA 3VXCA 1MH3A 3U8QA 1MY3A 2DE3A 1QUJA 4OHNA 5L9OA 4R2BA 1LSTA 1B2HA 4YB5A 2P2AA 2I4BA 1LCTA 1YPNA 4DIGA 1LB8A 3RPWA 5EYFA 3O6IA 3PMXA 2RCAA 3FD3A 4OTEA 1PBPA 1P1OA 5FHOA 3MP1A 1MM6A 3PD9A 4FECA 1NH8A 1VFEA 4YKPA 2H25A 2Z8FA 4LZ8A 5IKBA 4TLLB 3MZ9A 5CC2A 3LSXA 5CMCA 5H8FA 3OO8A 3TUSA 2Q89A 1A7LA 2ABHA 1OLAA 2PT1A 4U21A 3RLFE 3DLNA 3FZVA 4OEVA 1R6ZA 3Q28A 5H8HA 3LSFB 1S7YA 3OXNA 5F7VA 4DE8A 4THIA 1ANFA 4QF9A 3WAFA 1Y3QA 2RKMA 3MPKA 4R73A 1GVCA 3C4MA 5EHMA 2QJEA 1IQ7A 2XXQA 2ANJA 3CSBA 3GXAA 3OENA 1FQFA 1WDNA 1AMFA 2QPQA 2ONKE 2HXWA 3CG3A 5FTIA 1YCJA 4IO2A 4XTCQ 1MRPA 4DDDA 3K01A 4LZ7A 3FVOA 2DE4A 4M1VA 4ZZEA 2UYFA 3PPRA 1P1WA 1POY1 3G3JA 1FTLA 4KR5A 3ZSFA 1XVXA 4JDFA 1ZJLA 3PMVA 3T9XB 5CBSA 4H0WA 3SEWA 3FXQA 3WAEA 1O7TA 1EZOA 1SQYA 4RY1A 2OCUA 2O84X 4QRZA 4ONYA 1B0HA 5I84A 2E0SA 4Q0CA 3JV9A 3TCHA 3CI8A 3S9EA 2DP8A 4ZEBA 2BJJX 3E9XA 2ZYNA 4H8IA 3MBPA 1BLFA 4AQ4A 4BDRA 3RUMA 2F6PA 2ZYMA 1QW0A 3VVDA 5A5XB 3Q26A 3CFZA 1CB6A 1MXYA 1Q1KA 4N6PA 4EDPA 5I56B 3TDJA 3FV1A 4Q5TA 3N6TA 3ONMA 4GD5A 1DTZA 3CG1A 3BFTA 3C34A 1DMBA 4HCYA 3TQWA 1SW1A 4TQUQ 5JTYA 2UVHA 4YICA 1B4HA 1LFGA 5DVFA 5CM6A 2OLBA 1MM7A 2DXRA 2HFBA 3PUWE 1MH4A 4ECFA 4F18A 1Y4TA 4U23A 4GL0A 2AIXA 3RTFB 3PD8A 3IK6B 2H9BA 4U4SA 3T9HB 4RK2A 4NE4A 1B5JA 3H06B 3LSLA 4ISUA 3G3IA 5F1QA 1IIWA 4OMBA 4ZEFA 1QVSA 1I6AA 2I3WA 4Q8RA 4ZS9A 3UIFA 4OENA 1HSJA 2PX1A 1PBQA 5ICQA 4ELQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2REJA 2RCBA 1H44A 1Z7ME 3GLBA 2P3VA 2XXRA 4POXA 2DE2A 3I3VA 3HHFA 2ONRA 3E79A 4ESWA 1IMCA 3VV5A 4N8GA 3USDA 1UTHB 3FASA 3EKIA 4I62A 1JVXA 5TPAB 2Z8EA 1NUYA 1R9LA 1SW4A 2HZKA 3VLVA 1A8EA 1XS5A 1HSLA 1MQDA 5L9SA 1NV5A 2FNCA 4OQOA 1IXIA 3IORA 3H6TA 4MBPA 5AA2B 4NF4B 5I56A 3A29A 3CRBA 3FUZA 1R9QA 4Z0IA 4O3AA 5H8NA 1YXIA 4I40A 4OZ9A 4P1EA 2V25A 3MWBA 4KHZE 1TFAA 3RNNA 3BIGA 4FATA 1B4ZA 4JVCA 2XX8A 4X9TA 4GWZA 4X1BA 3IB1A 1ZMGA 3H4ZA 3O2AA 2OBGA 4FEBA 2F8DA 2WBDA 1NV7A 4C1TA 3M3FA 5DVJA 2R6GE 3K6XA 2UYEA 5I2NB 4LUBA 4H8JA 4N6KA 3S4UA 3VE1B 5ET6A 3IO4A 2XX7A 3G3KA 4U1ZA 3IR1A 1KA1A 3TPAA 1PDAA 4NTLA 1DPEA 2XXTA 2B3FA 3EHUA 3FXUA 1B32A 4PE3A 4GL8A 1XC1A 1FPIA 4OVJA 3DP4A 1JVYA 1IMBA 4JWYA 5EHSA 3I5OA 4QSEA 1J1NA 1D9YA 1CE2A 1DOTA 4GIZA 1CNQA 2OX3A 5H8FB 3O9PA 5LOMA 1B58A 3R26A 4GWYA 3T9VA 4MF3A 4QFOA 1FBPA 1KA0A 1Y9UA 2E1SA 1N76A 3CIJA 1M5CA 1ZBMA 2REGA 4H5GA 2DQVA 3FATA 1B3EA 1LBXA 4G8MA 2ZNSA 1VR5A 3FJGA 2RINA 4OETA 3T1BA 1B40A 4XXUA 4PF8A 1P1QA 2I3VA 1PC3A 4R75A 5DTBA 3E13X 1B3GA 2V3UA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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