3IX1A

Periplasmic n-formyl-4-amino-5-aminomethyl-2-methylpyrimidine binding protein from bacillus halodurans
Total Genus 91
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
301
structure length
301
Chain Sequence
ALETVEVMLDWYPNAVHTFLYVAIENGYFAEEGLDVDIVFPTNPTDPIQLTASGAIPLALSYQPDVILARSKDLPVVSVASVVRSPLNHVMFLAEQDFDSPADLVGLTVGYPGIPVNEPILKTMVEAAGGDYEQVHLMDVGFELGASIVSGRADAVVGTYINHEYPVLKHEGHDISYFNPVDYGVPEYDELVLISNEAYVEESGEVLAAFWRAALKGYEWMVENPDEALNVLLTNQDEANFPLIQEVEEESLSILLEKMENPNGPFGGQDAESWEEVISWLDAHDWLEQPVVAEDAFSSIT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title HMP Binding Protein ThiY and HMP-P Synthase THI5 Are Structural Homologues.
pubmed doi rcsb
source organism Bacillus halodurans c-125
molecule tags Biosynthetic protein
molecule keywords N-formyl-4-amino-5-aminomethyl-2-methylpyrimidine binding pr
total genus 91
structure length 301
sequence length 301
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-09-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF09084 NMT1 NMT1/THI5 like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ix1A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ix1A01
4YB5A 3OXNA 4MLVA 4U4SA 1VFDA 2GH9A 3T22A 5ITPA 2Q8JA 3CRBA 4BDMA 3IO6A 4YMBA 3C31A 4FJPA 4AQ4A 5AA4B 1N3XA 4I62A 4FECA 1PDAA 4GVOA 2F34A 4IO2A 1MS7A 1DMBA 1YAEA 3R7XA 1LB8A 4OENA 4MH5A 4N07A 3USDA 4TLMB 2DE2A 3G3GA 3IR1A 3TDJA 3T9HB 3RUMA 2O69A 3FV2A 5IKBA 1FQBA 1QW0A 2F78A 4OFLA 3TCGA 1LAGE 1FQEA 1I6BA 3A3CA 1S9TA 1B4HA 2Z8EA 1B1HA 4DDDA 4ZEDA 2PBWA 1AH5A 3EQ1A 2F6GA 3SETA 5B70A 1I6AA 4F22A 4QHQA 3K02A 3M3KA 4YB7A 4FE8A 4DZ1A 2ZNUA 2V25A 3G7WA 2CZLA 1KWHA 2DE3A 2Q2AA 5DT6A 5TP9A 3SESA 3VVDA 4FAJA 1P1OA 3IB0A 2A5SA 2DOJA 5K2YA 2Y7KA 3GBBA 1SD3A 3SEVA 4NTLA 2QMXA 3TCFA 2ZXTA 1USYH 1QULA 2GHBA 3MVZA 3GLBA 5TPAA 3MP6A 4OESA 3K6VA 4ZEIA 2VD3A 2F8DA 4R9GA 2GHAA 5I57B 3S9LC 4C0RA 3VXCA 5JTYB 3LSXA 5H8SA 2DP8A 4BDOA 1B3EA 2F7AA 5DVFA 4DXUA 5A5XB 2AYSA 2UVJA 1XOCA 2B3FA 2VD2A 3S9MC 4IO7A 1ZU0A 1S7YA 3UK4A 2OCUA 1CE2A 1F9BA 2O1MA 3I5OA 2Z8DA 1MXWA 3G3JA 4G68A 2ZYKA 3JV9A 4RJZA 4WEDA 3S2VA 2O7UA 1SYHA 1ZJLA 3DM0A 1MQDA 1N7WA 2R9JA 3EHUA 3K1MA 4PFTA 1MRPA 4BDQA 5A5XA 1R9LA 5JTYA 4QF9A 3KBRA 4TQUQ 2QS3A 2W7YA 3MJNA 2V84A 1IXGA 4K3FA 5I57A 5KCJA 3C35A 3W15C 1DPPA 1SW5A 3K4UA 4F19A 4EXLA 1B0HA 2F7CA 1PB8A 3ZSFA 1Z7ME 3C33A 3ECRA 3RTFB 3HPIA 3U93A 4KD5A 1MXVA 3FVKA 1B32A 2I4CA 4F29A 5KDTB 1P99A 1DTGA 4RY1A 2NUVA 3DLNA 4NF4A 4XKPA 3OEMA 2Y84A 3SKPA 2RC8A 1M5FA 2RF1A 2Q88A 3VVEA 1WVJA 3IB2A 2IA4A 4IO6A 3FZVA 4QSDA 3MP1A 1NNPA 3JZJA 4U22A 1SVXB 1XC1A 3B6WA 1Y20A 3ILUB 1N04A 3TZAA 3CFZA 1URSA 5DVIA 4UA8A 3TUSA 3FATA 2V3TA 3C4MA 5L9OA 1MY4A 1B5HA 1MQGA 2GFEA 3FUZA 3U8QA 2D5WA 3MPKA 3N26A 4F3SA 1M5EA 4LQ2A 4XXUA 1I69A 1LGBC 2PMSA 3CR9A 4JWYA 3QAXA 2PX1A 3CI8A 3OO6A 3ZS6A 5JEIA 2VOZA 4R2BA 1SW1A 3GZGA 1GTKA 4EQ9A 1NH8A 5I56B 2I3WA 2PT2A 2I49A 4KHZE 2AIXA 5L8DA 4BDLA 5I56A 2REJA 1FQAA 2F35A 2OBGA 3KSXA 3V8XB 5I2NB 4H65A 4IO5A 3UA8A 3IJXB 1M5DA 3TQLA 2V3QA 4NF5B 2CMOA 3FVOA 4R9FA 5FHNA 3TAJA 1ATGA 1JEUA 2DQVA 2O6AA 1MPCA 3MC2A 3GBAA 3TELA 3H4ZA 1NL5A 1TT1A 1MXZA 3PUWE 3WAFA 4OQOA 5F1QA 3T9VA 2UXAA 4OMBA 4F39A 4QFLA 1D9YA 3U1OA 1B5IA 4HS7A 3G3HA 2PT1A 3QXMA 1MQJA 1JEVA 5LOMA 1OVBA 4R75A 1RYXA 1B6HA 4Q0CA 3D4GA 4ZE8A 1N76A 3B6QA 2QPQA 1BTJA 1CB6A 4LP2B 3QUFA 3C34A 3H03A 4AB5A 2OK2A 4BDNA 4GIZA 4F2QA 5ISUA 4GXAA 4Q30B 1HSJA 1Z7NE 4ESWA 3A3UA 3PU5A 5HM4B 3OO8A 1EZPA 3I3VA 2Q2CA 4JDFA 1LAHE 2ZNTA 3K6WA 2DS9A 3SEXA 3R6UA 1B51A 1A40A 2HAVA 4JB7A 4KCDA 4KCCA 4DCYA 1A55A 2XD2A 1QJMA 2Q9TA 4H1XA 2HCAA 4LONB 5H8QA 5CMKA 3CG1A 3M3FA 4FEDA 4THIA 4QFNA 3FVGA 1N0TA 4OERA 3MP8A 1LFGA 3MBPA 4MBPA 5FHOA 3MZBA 4GFRA 2E1SA 2F97A 4OTEA 3RNNA 1DTZA 4G68B 4FATA 2UYFA 1GR2A 2HEUA 4N13A 5FTHA 1UTBA 3VE1B 4F18A 1QUIA 1LB9A 2QRYA 2NOOA 1FTMA 1USYE 2FA7A 2I6EA 3DP8A 4H8IA 4RYAA 4EF1A 1A8FA 3RN8A 1FTOA 3T66A 3CVGA 4IO3A 3TCHA 1MY2A 1RKMA 5CBRA 2XXWA 3O9PA 3UIFA 3FVNA 4OFJA 5EHMA 5I59B 1MDP1 3MZ1A 4Z7EA 3IJOB 3ONMA 1MY1A 1WODA 1ZKBA 2A5TA 4ISUA 4JWOA 2DSFA 2XXYA 2AL5A 4YZZA 4WKMA 1Y4CA 2ONKE 5EYFA 2XXQA 3F11A 3IL1B 4LUBA 2GRVA 2YJPA 4KYDA 5TPAB 2H4IA 3RPWA 3TTLA 1XVYA 2P2AA 3O6IA 3ODBA 3C9HA 5KDTA 5L9SA 5I84A 3FJ7A 3LR1A 3KG2A 3K1PA 3B6TA 4MF3A 2PVUA 4ELQA 4O3BA 4U1ZA 3U94A 1LAFE 1PC3A 2UYEA 4ZDMA 1YCJA 1POTA 1LCFA 2I0CA 3W9WA 4JWXA 3W9VA 4JBZA 3MPLA 4M4GA 1RYOA 1TFAA 1QUJA 1Y9UA 5H8HB 3PD9A 2ALUA 4Q8RA 2DXRA 5AA2D 4XKRA 5CBSA 2B65A 1QKBA 3C32A 2ZNSA 4F1VA 3TEPA 3G3FA 1AOVA 3TKDA 1M5BA 1MPDA 2O1LA 4EDPA 3L6GA 3CFLA 3CFXA 1D3KA 2HXWA 3HSTA 5AA1A 5L9MA 2DVCA 3TTKA 3PD8A 1QVSA 1MY3A 4XIGQ 4YKPA 4Z0IA 4ZZAA 2V3UA 3V5AA 2KLFA 4F3BA 1LBBA 1JW1A 3EN3A 1JW4A 3QUJA 4I9DA 4YMAA 3FXRA 3IOUA 1OLCA 2I58A 4ND9A 1PBPA 3SEUA 2ZYOA 1JNFA 4TOZA 3BBRA 1P1UA 1B3FA 1SI0A 2M8CA 2DVZA 1MQIA 4WXJA 2XX9A 4X1BA 5H8HA 4GOTA 4ESXA 1NNTA 5K2XA 5KZTA 1TWYA 3FXUA 1EU8A 4ZEKA 5BUUA 1MM7A 3H6TA 4NF8B 4IGTA 5HBCA 2HAUA 5ICTA 3Q26A 3MZ9A 5ITOA 3HV1A 2B3BA 4LATA 2BJJX 3EHSA 4LZ5A 1MM6A 4KPTA 1B7HA 1BP5A 1A8EA 2XX7A 1NNFA 2P0SA 5FHMA 3U92A 3QYTA 2UVGA 3IAZA 5TP9B 3RT6B 1B2HA 4LVQA 4GQOA 3KN3A 4GF8A 2I0BA 3B7DA 1QKAA 4IGRA 2ABHA 3OENA 1H43A 4QFOA 1B3LA 4GD5A 4X1DA 4IY5A 4N6PA 5DYHA 1B0LA 1JETA 1IEJA 2DWJA 4RXLA 2VHAA 4LZ7A 4HW8A 1D4NA 2ESNA 2X7QA 3K01A 1ZLQA 1PBQA 3LSWA 3TFLA 2OWTA 4AB6A 4ONYA 4ZE9A 3O66A 1XVXA 1FTLA 2XXRA 3G3IA 5B7DA 4P11A 2OWSA 1A54A 1MY0A 2O7IA 2I4BA 3MUQA 1S50A 4I1DA 3DELB 5AA2A 1B52A 3TPAA 1IXHA 3KJTA 3KOSA 4F31B 5H8FA 3LBSA 5AA3A 1US4A 1ELJA 2OZZA 4HCWA 5DTBA 2QS1A 4WEPA 4XTCQ 3VV5A 3WAEA 2F36A 4DE8A 3I6VA 3VFJA 3MW0A 1A7LA 1DOTA 1TXFA 2Q89A 1JVXA 4TLLB 3T9UA 3O29A 3Q27A 5CMMA 1SYIA 3RGYA 4H6DA 5I59A 4R2FA 4F3PA 1NMUA 1OIBA 1Y1MA 3KZGA 2XXXA 5I58B 4HCYA 4MLQA 4ELPA 4G77A 3QSLA 1B5JA 2H9BA 4OXVA 5CI5A 3S9EA 3LUYA 4KYEA 4O3CA 1VE4A 4POXA 3ZKKA 4ZECA 2R71A 5CC2A 3PPNA 4QFKA 3PV0E 4KFQA 4OWDA 1IIWA 1Y4TA 3CIJA 3K6XA 3ILTB 3OMBA 3OSQA 3T9XB 1N3WA 1NNKA 1Y3NA 3A09A 3TMGA 4NF4B 4GWOA 4H67A 1IXCA 5I58A 2AL4A 1OQGA 4P0GA 1B9JA 1ZMGA 3IB1A 3K6UA 3IOVA 4NWCA 3MWBA 5H8FB 4U1OA 1IQ7A 1L5TA 4G8MA 1TFDA 4NWDA 3JYRA 3R26A 3PPPA 4NF5A 5I2KA 5DVJA 3KSJA 2DWIA 2FYIA 5CRYA 3H06B 3MAMA 4OZ9A 5I2NA 2LAOA 2D3IA 3OELA 4GL8A 1QUKA 1DSNA 1LBCA 4LQ5A 3UORA 1FQCA 2RC9A 3DP4A 4RA1A 1N7XA 4H0WA 3S4UA 2OLBA 3E9XA 1ZIUA 4POWA 1N84A 2ZMBA 3HHFA 4OVJA 3PUYE 4C1UA 1Y1ZA 3C36A 3VLWA 3VVFA 1MH4A 4R6HA 1B3GA 1YPNA 1SQYA 4G8HA 1J1NA 1NKXA 1UTHA 4R6KA 3N5LA 2YPNA 3O6GA 2O84X 1SDXA 3L6HA 3OD7A 2V93A 3HCQA 3KN7A 1EZOA 1POY1 1FTJA 1GV8A 4NE4A 1EH3A 2DWHA 2UVIA 3LSFB 4YICA 3SERA 4DXBA 3LC8A 1PB9A 1B58A 2IEEA 2XXIA 4IB2A 4EF2A 2G93A 2H98A 1B46A 3PUZE 5CMBA 1R9QA 3RQTA 4QSEA 4RK9A 4DIGA 1PEBA 1VSOA 4DXCA 4ELRA 4KR5A 1AMFA 1FQFA 2PYYA 2F7BA 4G8NA 3N6UA 4ZEFA 3TTMA 3AXFA 3VLVA 4U21A 4NF8A 3K2DA 2RCBA 4EQBA 5AA2B 1NFTA 1VFEA 1D9VA 1YTVA 2DWAA 2Y7PA 3E3KA 4O3AA 2NXOA 3O2AA 1MDQA 4RNSA 1AL3A 3N6TA 1P1NA 2XD3A 3HHGA 2UVHA 3CSGA 4QSCA 5H8NB 4OFOA 4Q5TA 4DCXA 2G29A 2I48A 2VGQA 3M3LA 4X9TA 1O64A 5J1DA 4QRZA 3IK6B 4F2OA 2ONRA 3P7IA 4GL0A 4YAHX 3U72A 1UQWA 4LA9A 2F6PA 3K00A 4MFIA 5CM6A 3GXAA 3N94A 5ICQA 3FASA 1B05A 4UACA 5F7VA 4ZEBA 4PFWA 4G4PA 2Z22A 3H6VA 3MVYA 3TQWA 4E0XA 1UIUA 2XXUA 3EF7A 1IUDA 3EHTA 3H7MA 3K1NA 2XHDA 3KOTA 4YKIA 3THIA 2R6GE 2QSXA 3VXBA 2VP1A 1H44A 2HZLA 3LSLA 5H8QB 3PGFA 2O68A 1FQDA 2QJEA 3FIRA 4R72A 3T96B 1FW0A 5IAIA 1MXYA 4ZS9A 2XXPA 2HQ0A 1ANFA 1O7TA 1P1WA 5ELVA 1IITA 2HFBA 3SDFA 2A5TB 5BWJA 1SW4A 4G68C 4OEUA 1JQFA 5JK4A 4PETA 5FTIA 1UTHB 1LAXA 2RINA 1VR5A 2DXYA 1OVTA 1B7ZA 1H45A 4PE5B 2NWJA 3RT8A 4JSDA 1B3HA 2ANJA 1PB7A 1LSTA 3K0VA 4H8JA 2HZKA 2QS4A 4H5FA 2P1SA 3OSRA 3BFUA 3O97A 1A99A 4JXIA 1MH3A 4E0WA 4U4XA 3G3KA 4HTGA 2F5XA 3H3GA 4I8CA 1B4ZA 1MPBA 2XXTA 1GGGA 3CSBA 2X7PA 3OO7A 4IO4A 2Y7WA 4PQJA 3UP9A 4NEDA 4ECFA 1JW5A 2QL3A 3CG3A 1XS5A 1LCTA 1ZTYA 5H8NA 4XKQA 4F1YA 1B1XA 2XXVA 3IOTA 1Y3PA 2XX8A 3KGCA 3FV1A 3BFTA 1LFHA 2DE4A 3PPOA 3ZKLA 3Q28A 4EQ7A 3RY3A 4G2ZA 2E0SA 1OLAA 3PMVA 1OQHA 4BDRA 2THIA 1BIYA 1Q1KA 3QK6A 4YKKA 3FGSA 3PPRA 1R1NA 3M8UA 1IXIA 3O6HA 3OOAA 4NF6A 1H3DA 4F3GA 1URDA 2ONSA 4OEVA 2Z23A 3IORA 4OHNA 4RPOA 5DEXA 5AA4A 3Q29A 3KN8A 3PUXE 4BLAA 1SI1A 4FORA 3DP6A 4QFPA 5HPQA 2H99A 4U23A 3O28A 2Z8FA 3E4RA 3OEKA 3PUVE 4FEBA 3RTWB 2XXHA 3UGWA 2QS2A 3MVXA 3MVWA 1JVYA 2Y7RA 3EPEA 1MXXA 4FIMA 3IO4A 4F1UA 5TU0A 3TTNA 4L17A 3UN6A 3FJGA 4YB6A 2NVUB 3FJMA 4R74A 4IY6A 3SEWA 1LLSA 3QIMA 1R6ZA 2D21A 3HO7A 3PPQA 3HN0A 3H6WA 4ZZEA 4XKNA 5EHSA 3T93B 1XT8A 1HSLA 1US5A 1UTBB 1SW2A 4H5GA 4R73A 1URGA 1SBPA 4YU0A 1GVCA 5DEXB 1T0KA 2ZYMA 4NF6B 2FNCA 3Q25A 4GLIA 3RLFE 4ELOA 1H76A 4RPNA 1II5A 2ZYNA 1NH7A 1IZ1A 2YLNA 4JSOA 3TODA 2RKMA 5I2KB 4PFYA 2REGA 3PMWA 1I6QA 2QMWA 4KI0E 1UIVA 2X26A 4NMYA 5KCJB 3OO9A 1P1QA 4RK2A 4EXKA 3V83A 2DYXA 1MQHA 4C1TA 1ZBMA 3E13X 3MQ9A 1MXUA 1FTKA 2O51A 3V89B 1WDNA 4KQPA 3VLUA 3IX1A 1EZ9A 1OMPA 2OJTA 2H25A 1LFIA 2WKYA 3BKIB 4DLDA 4EUOA 5CMCA 5M2VA 4YKJA 3FXQA 3SEYA 1BKAA 1HSEA 1B40A 3PMXA 4GXSB 3KFMA 4PFUA 1Y3QA 4M1VA 4X48A 1AIVA 3FD3A 1Q35A 2Y7IA 3KEIA 4U2RA 4P0IA 2H5YA 4GRKA 4PP0A 1FCKA 2RC7A 3IOWA 3TYHA 4LZ8A 1B7UA 3TTRA 5AE4A 4R6YA 2RCAA 3D4CA 1DPEA 1MG1A 2I3VA 3KJ7A 4KYSA 1O63A 3H6UA 1M5CA 4OETA 1XHYA 3VDFA 4OYVA 1BLFA 3S9NC
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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