3IX1A

Periplasmic n-formyl-4-amino-5-aminomethyl-2-methylpyrimidine binding protein from bacillus halodurans
Total Genus 91
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
301
structure length
301
Chain Sequence
b'ALETVEVMLDWYPNAVHTFLYVAIENGYFAEEGLDVDIVFPTNPTDPIQLTASGAIPLALSYQPDVILARSKDLPVVSVASVVRSPLNHVMFLAEQDFDSPADLVGLTVGYPGIPVNEPILKTMVEAAGGDYEQVHLMDVGFELGASIVSGRADAVVGTYINHEYPVLKHEGHDISYFNPVDYGVPEYDELVLISNEAYVEESGEVLAAFWRAALKGYEWMVENPDEALNVLLTNQDEANFPLIQEVEEESLSILLEKMENPNGPFGGQDAESWEEVISWLDAHDWLEQPVVAEDAFSSIT'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords N-formyl-4-amino-5-aminomethyl-2-methylpyrimidine binding pr
publication title HMP Binding Protein ThiY and HMP-P Synthase THI5 Are Structural Homologues.
pubmed doi rcsb
source organism Bacillus halodurans c-125
molecule tags Biosynthetic protein
total genus 91
structure length 301
sequence length 301
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-09-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF09084 NMT1 NMT1/THI5 like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ix1A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ix1A01
1GVCA 2H25A 3KOTA 3ZKKA 3R26A 3KGCA 4GL0A 2H9BA 4BDLA 4YKJA 2H5YA 4ELOA 1M5FA 2OWSA 3ZKLA 4WKMA 3A3UA 2ZYNA 2XXVA 1SW5A 1B0HA 1LBBA 2VHAA 5KZTA 2QRYA 5I56A 3B6TA 5A5XB 1ZMGA 2LAOA 3K4UA 3G3HA 3OMBA 1S50A 4C1TA 4YAHX 4PFYA 3B6QA 1D9YA 1PB7A 1CB6A 4LUBA 2DWIA 4AB6A 2KLFA 4GFRA 4FE8A 4PP0A 4NF4A 1SQYA 3C9HA 1LAXA 1LSTA 1UIVA 4F29A 5B70A 4IY6A 1B3EA 2XX7A 4BDRA 3VDFA 5H8SA 3RY3A 5ELVA 3FJ7A 4PE5B 4QSEA 3OO8A 2YPNA 3LBSA 2OJTA 4ZECA 2DVZA 4LATA 1O64A 3LSWA 4GL8A 1SW1A 2YJPA 3EN3A 4MLQA 3S4UA 3BFTA 1MG1A 1P1OA 1NL5A 5J1DA 5JK4A 2ZNTA 4RPNA 4HCYA 1Q35A 4KI0E 2F7CA 1EZOA 4BDMA 3M8UA 1JNFA 4NEDA 3H6WA 1AOVA 1TFDA 1EU8A 3TYHA 5A5XA 2D5WA 4I9DA 5M2VA 2UVHA 5H8NB 2F8DA 3OENA 4OENA 5I58B 3MP1A 3UORA 1PC3A 4JDFA 2RC7A 2UYEA 3TAJA 4OETA 3FV2A 1H45A 5DTBA 1A55A 1OQHA 5BWJA 3PU5A 3T9VA 5CI5A 4ELPA 1IUDA 1Y4TA 3PV0E 2X26A 3FIRA 1Q1KA 2Q89A 3FD3A 4KCCA 4RPOA 1B4ZA 4QHQA 3H6TA 1P99A 2I4BA 3IR1A 3LSFB 2UXAA 2ESNA 2F7AA 1B32A 3D4GA 1B3HA 1DPPA 4U2RA 1OLCA 1N84A 2ZMBA 5CMMA 3PUZE 3QUJA 2Q88A 3UGWA 5CRYA 3CIJA 3K01A 2Y7PA 1N04A 2XXQA 4R2FA 3TELA 3FVOA 1B7ZA 1B2HA 4IB2A 4KYSA 3KSXA 1A7LA 4XXUA 1ZJLA 5AA2B 4H5GA 4ZE8A 4DZ1A 2XXXA 4POXA 2THIA 3QIMA 2V25A 2XX9A 5H8NA 5FHOA 5I58A 4NF8B 1B40A 3G3GA 4R75A 1MXUA 1B5HA 2ZYMA 4P0IA 4PFUA 2H99A 1LCTA 3H06B 4DXBA 1MPCA 4BDQA 3HHFA 1YTVA 1F9BA 3EHTA 4QF9A 4QFPA 2ONRA 1MXZA 1II5A 4TLMB 3TCHA 3N26A 1R9LA 3K6WA 3TQWA 3G3FA 3W9WA 2PMSA 3K6VA 5ISUA 1XT8A 5I2NB 3RT6B 3O97A 4QFOA 1FQEA 1SBPA 3Q26A 4N13A 3FXQA 4BDNA 4FATA 5DVJA 5AA2D 1GV8A 2Z22A 3O66A 3H4ZA 4MH5A 2V84A 3JV9A 1IXGA 1B4HA 4KHZE 4IO6A 2R6GE 3EF7A 4RA1A 5AA2A 2QL3A 1PDAA 2Q2AA 3SETA 3LR1A 3I3VA 4LP2B 4FORA 1ELJA 2DWHA 2I6EA 3CVGA 5DEXB 3TUSA 1BLFA 4RNSA 4NF8A 3CR9A 3CFLA 3K02A 3T9XB 5F1QA 3U1OA 3Q27A 3IJOB 3DP8A 4H8IA 2O51A 3MVYA 3N6UA 4HTGA 4XIGQ 1MY4A 4Q0CA 1ZU0A 3WAEA 4HW8A 2Y7IA 2Z23A 3E9XA 3A09A 3OELA 3V8XB 3BFUA 4LQ2A 1JQFA 3OXNA 4ZS9A 1VR5A 4R74A 3VLVA 1ZTYA 3RGYA 3IB2A 3CRBA 3GBBA 4U4XA 1M5EA 4GVOA 4NE4A 3VVDA 3IJXB 2F34A 1I6AA 2DXYA 1RKMA 3S9EA 1OQGA 5I2NA 4C1UA 4F1VA 2XXHA 4O3CA 1ZBMA 5HBCA 3T9HB 2GFEA 3OEKA 3UIFA 3LSXA 3GXAA 3OD7A 1JETA 3VFJA 2XD3A 3K1NA 1AL3A 1FTLA 2PT2A 3JZJA 4Z0IA 4OEVA 4KYDA 5DEXA 1B58A 1OVBA 4F3PA 3MVWA 2NOOA 4OFJA 3KG2A 3MZ1A 3QYTA 1IXHA 1NH7A 2IEEA 4THIA 3ZSFA 3OSQA 3IO6A 3MJNA 4GXAA 1YCJA 5FTHA 1B51A 4X48A 3LC8A 3U8QA 3FATA 1ZKBA 1H43A 3K0VA 3MVZA 2UYFA 2I0CA 3IX1A 3VXCA 5CM6A 2A5TB 3MBPA 2QS3A 2HAVA 3TZAA 1US5A 4IO5A 1LGBC 3THIA 2UVJA 3TTNA 3T66A 5HM4B 1POY1 4RY1A 3QK6A 3RTWB 5H8FB 2XXRA 4GXSB 2ONKE 2NVUB 4YB7A 2YLNA 3PUWE 3B7DA 2FA7A 2UVGA 3Q29A 1A8FA 2DP8A 1QVSA 4WEPA 1IIWA 3MP6A 3OOAA 4IY5A 1MH4A 4OTEA 5JEIA 3N5LA 3D4CA 3K1MA 4E0XA 5CMKA 1NH8A 1AH5A 1QKBA 2QS2A 1QW0A 4NWDA 3F11A 4R72A 4UACA 2XHDA 1US4A 2F6GA 3AXFA 2ZNSA 4R9FA 1LBCA 3PPPA 3PPQA 1JW4A 4QFLA 4FECA 4AQ4A 3FVNA 3FV1A 3CI8A 3O6GA 2A5TA 3E3KA 1NNTA 3O6IA 4G77A 1NFTA 4XKQA 3TDJA 4ZEBA 4DDDA 4BDOA 1PBPA 1JEUA 5L8DA 4WXJA 5H8FA 4ISUA 5FTIA 1B3FA 1MXWA 4G68B 1EZPA 3QAXA 4XKPA 1SDXA 1MDP1 4G2ZA 4DCYA 4NTLA 4QFNA 3C34A 3N94A 4F2OA 3O28A 1GTKA 2VD3A 3CG3A 1BKAA 4OZ9A 1RYOA 1BP5A 3CSBA 1UTHB 1B52A 1Y1ZA 4OMBA 2PYYA 3FJMA 5EHMA 1OVTA 1GGGA 2IA4A 5FHMA 2HFBA 2HAUA 2O6AA 3TCFA 1SVXB 2XXTA 4YU0A 2GHBA 3CFZA 4GLIA 4H6DA 3ILTB 2F78A 1S9TA 1MH3A 3T9UA 1OIBA 3SEYA 2F6PA 3UP9A 1UTBB 3FXRA 1A54A 3MPLA 1CE2A 3TTRA 4JWYA 4EQ9A 3BBRA 2DE4A 1PBQA 1NKXA 1URGA 1UIUA 1TXFA 4JB7A 1HSLA 5LOMA 5TPAB 3MC2A 4G68A 1NNKA 1AIVA 1EZ9A 3QXMA 1MS7A 2OLBA 4N07A 1SD3A 2P2AA 3L6GA 1IQ7A 4ECFA 4YB6A 4LQ5A 2ABHA 4EXLA 3HHGA 1XHYA 2DWAA 4ZE9A 1L5TA 1MY1A 1JW5A 3SDFA 1Y9UA 3K6XA 2FNCA 2BJJX 3RLFE 1SW4A 1MRPA 2W7YA 1UTHA 2OWTA 4RK2A 2DQVA 3FJGA 4YKPA 3K1PA 4G4PA 1SI1A 2HQ0A 2O1MA 1Z7NE 2RCAA 1MQJA 1SYHA 2AYSA 2XD2A 1N3XA 2Y7WA 4ZEIA 3ODBA 1LFGA 3RUMA 3KEIA 3PMXA 2Y7RA 2I4CA 1UTBA 4X1BA 3TODA 1D3KA 3V83A 5CMCA 2VGQA 4H1XA 4NF5B 1YAEA 2V93A 1ZIUA 4Q30B 4DLDA 3QUFA 3GLBA 1URDA 2B65A 1N7XA 3W9VA 4DXUA 5TPAA 2REJA 4G8MA 3CG1A 4MBPA 4YMAA 1TT1A 5AA1A 2CZLA 1USYE 1FQCA 1B3LA 5I59A 3B6WA 5EHSA 4EF1A 1VFEA 3M3LA 3V89B 2HZKA 2G93A 2PX1A 4DIGA 5ICTA 1B9JA 1QKAA 3T93B 3IOVA 1B6HA 4G8NA 3PGFA 1MY2A 1AMFA 1B3GA 1QUIA 1LB9A 4F1UA 4EF2A 2DVCA 3K6UA 4M1VA 2O68A 4H8JA 2CMOA 4NMYA 4IO7A 1Y3QA 3MP8A 5EYFA 4I1DA 2F35A 2V3TA 4NF5A 1MXYA 3KJ7A 4FEBA 1DOTA 4EQ7A 3HCQA 2G29A 3U93A 3N6TA 3SERA 5H8HB 5IKBA 1A8EA 4R6YA 1MQDA 4EUOA 4OFOA 1R9QA 1FTOA 3U92A 4AB5A 1JVYA 4ZEFA 3DM0A 3SESA 1BIYA 2XXPA 5B7DA 3T96B 3IO4A 4MFIA 3C4MA 2DE2A 1MM7A 4H5FA 2HZLA 5CBSA 3HSTA 3C32A 3H7MA 4ELQA 4KPTA 1WODA 2ZNUA 5CC2A 3IORA 4K3FA 3PD9A 3MVXA 1B7UA 1B7HA 4ND9A 4FAJA 4LZ5A 3PD8A 1VSOA 1S7YA 3MUQA 3TKDA 4YKKA 3PPNA 2WKYA 3MW0A 2XXIA 3K00A 4F19A 5I84A 2O69A 4U1ZA 5H8HA 1Y3NA 4U21A 3I6VA 3FXUA 2O7IA 2E0SA 3CSGA 5DT6A 3RTFB 2XXWA 4HCWA 2RCBA 3OO6A 3E13X 2VOZA 3PUYE 1DTGA 1MXVA 3MAMA 3IOTA 1JW1A 4F3GA 2QS1A 5BUUA 1LFIA 3KSJA 1DSNA 5TU0A 1OMPA 3LSLA 4ZZAA 1IEJA 1RYXA 2FYIA 3C35A 4OEUA 3V5AA 4O3BA 3OEMA 4H0WA 1IXIA 1DPEA 2B3BA 2Q8JA 1QUJA 2D21A 2PVUA 4Q5TA 5HPQA 4N6PA 3R6UA 4OQOA 1LAHE 4LONB 1LLSA 2DXRA 4H65A 1IZ1A 2I0BA 1XC1A 4C0RA 3UN6A 2X7QA 3KZGA 2GHAA 3PUVE 3RQTA 3A3CA 4U1OA 2H98A 3Q25A 4YKIA 4Q8RA 2ZYOA 1M5BA 2B3FA 2OCUA 3G3KA 2GRVA 2PBWA 4I8CA 4L17A 2D3IA 1NMUA 3U72A 5DVFA 3SEVA 4YB5A 1XOCA 5ITPA 3PMWA 1MXXA 1B1HA 2REGA 3ECRA 4OYVA 4RXLA 2ANJA 1FW0A 5L9OA 1B0LA 4KYEA 5ITOA 4ESXA 4FJPA 3UK4A 4YICA 2I3VA 1B5JA 3IOUA 1D4NA 4F22A 1ZLQA 5L9SA 1XS5A 4FEDA 2QS4A 3VVEA 3FZVA 2ONSA 1HSJA 1B5IA 2ZYKA 4IGRA 4POWA 3EHSA 4X1DA 3KBRA 4R2BA 3ILUB 2R71A 3S9NC 3L6HA 3VLWA 2F5XA 4BLAA 3VVFA 4IO2A 4ZEDA 4ESWA 4WEDA 4IGTA 2XX8A 2OK2A 3O6HA 4ZZEA 1URSA 1IXCA 2VD2A 3PPRA 4U22A 4F18A 3KN3A 1LFHA 1H76A 5KCJB 1B1XA 4GQOA 3RPWA 3G3IA 4PFWA 1M5CA 2QPQA 3IOWA 4GD5A 3W15C 3O29A 4KD5A 4LVQA 4JBZA 5CMBA 1Y20A 4LZ7A 1MM6A 1GR2A 4UA8A 2Y7KA 3FUZA 2F97A 2QSXA 4MLVA 1MQGA 4F2QA 3RT8A 5DYHA 1I6BA 4RJZA 4EQBA 4KR5A 4DCXA 1PEBA 1I69A 1R1NA 4PETA 1H44A 1PB9A 1KWHA 4IO4A 3M3FA 5I59B 2ZXTA 4MF3A 4P11A 4EXKA 3FVKA 3MZ9A 5AE4A 2XXYA 3EPEA 4U4SA 4NWCA 2X7PA 3C33A 4NF6B 3TCGA 3H03A 1UQWA 3HPIA 2HXWA 3DP4A 4QSCA 4PFTA 3VE1B 3UA8A 1N0TA 3C31A 1LAGE 1FTKA 1Y1MA 5KCJA 5KDTB 3RNNA 3KJTA 4XKRA 3S9MC 4XTCQ 3PUXE 5JTYB 3IB1A 4RK9A 1WVJA 5AA4B 3TEPA 4EDPA 2RF1A 1JEVA 2F36A 3EHUA 1N3WA 3Q28A 3O9PA 3OO9A 5H8QB 3C36A 3TFLA 1QJMA 4F3BA 2UVIA 3KN7A 2F7BA 4YZZA 1LB8A 4OESA 1P1WA 4R73A 3MZBA 4TLLB 4E0WA 4ELRA 2VP1A 3ZS6A 1VFDA 4TOZA 2QMWA 3RN8A 2Q2CA 2DS9A 4GRKA 1QULA 2I3WA 4O3AA 3TTKA 1PB8A 4GIZA 2DOJA 2QMXA 2XXUA 2NWJA 4GF8A 4QFKA 4F39A 3I5OA 1MPBA 1QUKA 4I62A 4ZEKA 2V3QA 4NF6A 1NNFA 4DXCA 2Z8EA 1Y3PA 2M8CA 2O1LA 1B46A 3PPOA 4HS7A 2RINA 2OBGA 1FQAA 2RC8A 4X9TA 1N7WA 1MY0A 2AL5A 5KDTA 4OXVA 3TTLA 2E1SA 4OFLA 1A40A 1LCFA 4RYAA 3TPAA 5JTYA 4ZDMA 3TQLA 2DSFA 1J1NA 3ONMA 5AA4A 2HCAA 3FGSA 1OLAA 2H4IA 2V3UA 1TFAA 5H8QA 4GWOA 1DTZA 4OHNA 1MPDA 1ANFA 4G8HA 1FQFA 4QSDA 3M3KA 1MQHA 1N76A 4F31B 5TP9B 1DMBA 2Y84A 4OERA 1NNPA 3VLUA 1I6QA 1TWYA 3HV1A 5FHNA 1B05A 1Z7ME 3LUYA 4JSOA 3KFMA 3SKPA 3FVGA 1P1UA 1POTA 3MQ9A 1A99A 3EQ1A 1XVYA 1FQDA 3E4RA 1JVXA 4LA9A 4IO3A 2HEUA 2QJEA 2Q9TA 4JSDA 3G3JA 2P0SA 3T22A 1ATGA 3G7WA 1IITA 2I49A 1USYH 2AL4A 4JWXA 4LZ8A 5K2XA 3KOSA 2NUVA 3TMGA 3IL1B 3DELB 1YPNA 3GBAA 3IAZA 3R7XA 1SI0A 1FTMA 1O63A 5I2KB 5ICQA 3H3GA 1MDQA 2Z8DA 3VV5A 3H6VA 2R9JA 1M5DA 4R9GA 4F3SA 3QSLA 3IB0A 2O84X 1SW2A 3SEUA 3DP6A 1BTJA 1XVXA 2DYXA 4DE8A 4TQUQ 2P1SA 2OZZA 1FTJA 2Z8FA 4F1YA 5L9MA 2RKMA 1MY3A 5TP9A 5CBRA 1Y4CA 5I57B 3FASA 4G68C 4JWOA 2NXOA 3MWBA 1D9VA 3OO7A 4R6KA 3OSRA 4U23A 4KFQA 1EH3A 1LAFE 3BKIB 5K2YA 4ONYA 5AA3A 4KQPA 3CFXA 3H6UA 4FIMA 3DLNA 3O2AA 4GOTA 1P1QA 4R6HA 3VXBA 1T0KA 2A5SA 5DVIA 4XKNA 4OWDA 4Z7EA 5I56B 3S9LC 1O7TA 4QRZA 3SEXA 2I48A 3P7IA 2ALUA 4H67A 1SYIA 3IK6B 4OVJA 2GH9A 2I58A 4KCDA 1HSEA 1WDNA 4P0GA 4YMBA 3MPKA 5I2KA 3HN0A 3S2VA 5IAIA 3WAFA 3HO7A 3TTMA 4NF4B 3USDA 3U94A 4M4GA 3KN8A 2AIXA 2DWJA 1R6ZA 1FQBA 3JYRA 1H3DA 1VE4A 3SEWA 3K2DA 2DE3A 3GZGA 5I57A 2PT1A 3PMVA 5F7VA 4JXIA 1MQIA 1P1NA 1FCKA 2RC9A 2O7UA 4PQJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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