3IX1A

Periplasmic n-formyl-4-amino-5-aminomethyl-2-methylpyrimidine binding protein from bacillus halodurans
Total Genus 91
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
301
structure length
301
Chain Sequence
ALETVEVMLDWYPNAVHTFLYVAIENGYFAEEGLDVDIVFPTNPTDPIQLTASGAIPLALSYQPDVILARSKDLPVVSVASVVRSPLNHVMFLAEQDFDSPADLVGLTVGYPGIPVNEPILKTMVEAAGGDYEQVHLMDVGFELGASIVSGRADAVVGTYINHEYPVLKHEGHDISYFNPVDYGVPEYDELVLISNEAYVEESGEVLAAFWRAALKGYEWMVENPDEALNVLLTNQDEANFPLIQEVEEESLSILLEKMENPNGPFGGQDAESWEEVISWLDAHDWLEQPVVAEDAFSSIT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Biosynthetic protein
source organism Bacillus halodurans c-125
publication title HMP Binding Protein ThiY and HMP-P Synthase THI5 Are Structural Homologues.
pubmed doi rcsb
molecule keywords N-formyl-4-amino-5-aminomethyl-2-methylpyrimidine binding pr
total genus 91
structure length 301
sequence length 301
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-09-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF09084 NMT1 NMT1/THI5 like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ix1A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ix1A01
4ZZEA 2XX9A 4NF4A 1JEUA 3T96B 1PBPA 4GL8A 3CFXA 3MZ9A 1XHYA 1POY1 3KN3A 4PFTA 4GD5A 2DQVA 3QUJA 4HCWA 3FXQA 4H67A 3CI8A 4YU0A 2VHAA 2NUVA 3MP6A 1F9BA 3B6TA 2V93A 2QMWA 4X9TA 3CRBA 4GFRA 1PB9A 3FV2A 4GXSB 3VVFA 3PPOA 4GOTA 5I56B 1QVSA 3WAEA 4KCCA 1OVBA 4PQJA 4GVOA 3CFZA 2PVUA 1CB6A 1JETA 5FTHA 2OCUA 4IY5A 1FQFA 4XKNA 1LSTA 5H8FB 4KYEA 3OEKA 1IUDA 3LSWA 3C33A 3V89B 4QRZA 1HSLA 2XD2A 1P1QA 2CMOA 3S4UA 3MVXA 1JVYA 3TMGA 2DE2A 1GTKA 2F7CA 3MC2A 1TXFA 2DWHA 2HFBA 4YICA 5H8QA 2I58A 2PYYA 3FJ7A 2UVJA 1MDP1 3EF7A 4NWDA 1II5A 3C32A 1SDXA 1OQHA 2F8DA 3W15C 1US5A 4F1UA 3GBBA 1N0TA 4HCYA 4OYVA 3KG2A 3OD7A 3PMXA 3S9EA 5CMMA 2X26A 4ZS9A 4LP2B 4ZEBA 1MQIA 3QUFA 5A5XB 4QSCA 3C35A 2OLBA 3EHUA 1SW5A 3TFLA 4EXLA 1B4HA 1Q35A 1BLFA 3MQ9A 5CBRA 3PUWE 3AXFA 3PUVE 4BDMA 1B51A 4ONYA 5AA2D 3C9HA 3CSGA 4EUOA 2B3BA 1A8EA 2IA4A 3PUZE 2DWIA 1FQBA 3MBPA 3EHSA 1KWHA 1FTOA 1M5FA 1N76A 2QS3A 3PPPA 4DLDA 5B7DA 1O7TA 3S9LC 2I3VA 1FW0A 3SKPA 1R9LA 1N3WA 4I1DA 4YKKA 5CI5A 2ZMBA 2XXIA 1UTBB 4NF5B 3KEIA 1XT8A 2OWTA 4O3BA 2Q2CA 1H3DA 4EQ7A 2GFEA 1D4NA 3IR1A 4ZDMA 1Y4CA 3I3VA 4H1XA 3FASA 2XX8A 3MVZA 3S2VA 3PPRA 1QULA 4GF8A 4OEVA 4RYAA 1A7LA 1XVYA 5ICTA 4KD5A 3IJXB 1MY2A 4IO6A 3T93B 4MF3A 3RGYA 3T9XB 3VXBA 2ZNTA 4JSDA 3T66A 3PPQA 4QSDA 5I58A 2DE3A 4P0GA 4IB2A 3SEWA 5F7VA 4WEDA 1MPCA 2FA7A 3EHTA 4GXAA 2H5YA 1LBCA 1B3HA 1NNKA 1JW1A 4KCDA 1B5IA 3VVDA 4N6PA 3TQWA 3UP9A 3MPLA 3CG3A 1P1NA 2CZLA 1TFAA 5DTBA 3JYRA 1OVTA 3FJMA 4OTEA 4R74A 1TT1A 3WAFA 3Q27A 4MBPA 3VLWA 4OWDA 3PUYE 1EU8A 2THIA 4OHNA 1QKAA 1MS7A 1AOVA 1QUIA 1XVXA 3MW0A 3ZKLA 2I4BA 3DP6A 3KGCA 3G7WA 3R6UA 3LSLA 3K6UA 1GGGA 4LA9A 2Y7RA 3RPWA 3LR1A 3VLVA 3IAZA 2Z8DA 1DPEA 1SW1A 2NWJA 4YB6A 4F3GA 2XXUA 4OFLA 2ONKE 4H8JA 2ZXTA 1IXIA 3B7DA 4LZ7A 3JZJA 3H6TA 4G77A 3HCQA 3LBSA 4P0IA 4O3CA 1SYHA 4KI0E 1SD3A 2E1SA 2VP1A 1SQYA 1B5JA 3UIFA 3TYHA 1BP5A 1HSJA 2O68A 2P1SA 3IB1A 1O64A 4PFUA 4HTGA 4IGTA 4ZE8A 3T9VA 1B32A 1MY4A 1RYOA 3MP1A 3N5LA 2I0BA 4LZ5A 3U72A 3EN3A 1Z7ME 1IXGA 3RTWB 2UVGA 3VV5A 1XC1A 3OEMA 3D4CA 1A54A 5KDTA 3G3KA 1B05A 4EQ9A 4Z7EA 3B6QA 1POTA 2RINA 3IOUA 3K2DA 4DXBA 5JTYA 3TELA 3TTLA 4N07A 1R6ZA 4PFYA 5AE4A 5H8HB 1MPBA 3MJNA 2X7QA 3IX1A 3FVKA 4G8NA 1TFDA 1UTHA 1OLCA 4NWCA 3KSJA 2FNCA 3Q25A 2H25A 1EZ9A 2R6GE 4OETA 3KZGA 1N84A 3RUMA 1JW5A 4RXLA 1S50A 4OZ9A 4LVQA 2VGQA 4XKPA 4YKJA 5AA1A 5ELVA 4IO4A 1VFEA 5I2KA 3LSFB 4RA1A 5TP9A 3CVGA 1O63A 2I49A 1ATGA 4M4GA 1Y3NA 3TODA 1P99A 3W9VA 1QJMA 2D5WA 3L6GA 4BDNA 4FIMA 3RQTA 2YJPA 3JV9A 1FCKA 4KQPA 1SW4A 1MM7A 2B3FA 3O29A 1B7HA 3ZSFA 5EHSA 2I48A 1LAXA 1MXVA 1B4ZA 1MDQA 3SEVA 3ZS6A 3OXNA 3HPIA 3EQ1A 1B5HA 3IOWA 1Y20A 4R73A 2O84X 2PX1A 1MXZA 4C0RA 4WEPA 1PB7A 4NF6A 2P0SA 4XXUA 3O6IA 1ZIUA 1L5TA 3K01A 4OFOA 5L9MA 5CRYA 3K1PA 3B6WA 2UVHA 2QJEA 2G93A 1LFHA 3ILTB 5KCJA 4QF9A 3RT6B 2Q2AA 2ZYKA 4QFOA 1CE2A 2D21A 3FUZA 3KOSA 2H4IA 4WKMA 2QS4A 2V3UA 5DEXB 5K2XA 3I6VA 1YCJA 4JSOA 1DOTA 4GRKA 4BDOA 4R6HA 2M8CA 1VE4A 2V3QA 4RY1A 4U22A 4ZEFA 2RC8A 1OQGA 4F19A 2ZYOA 2V3TA 1PEBA 4GL0A 4YKIA 4TLMB 3U1OA 4YMBA 1FQEA 1FTMA 3IO6A 3OSQA 5M2VA 1OMPA 1H45A 3C34A 3LC8A 3SEYA 3HSTA 3OO9A 4F29A 2V25A 4NF8B 3N6UA 4C1TA 4XIGQ 5DVJA 4X48A 4YAHX 3Q29A 3TQLA 3SEUA 1I6BA 2GHAA 5CC2A 1QKBA 1YAEA 1R1NA 5FHOA 3DELB 3N6TA 1VSOA 4POWA 1LGBC 1P1WA 1YPNA 1MXYA 3FV1A 4XKQA 1B1HA 3G3JA 5AA4A 4G68A 5CBSA 3TZAA 1LFIA 5EYFA 3KOTA 4U1OA 3KBRA 4BDLA 2XXWA 5H8NB 2RC7A 1FQDA 1H76A 1B0LA 1LAHE 1MH3A 2RCBA 4ECFA 4NF4B 4HW8A 5I84A 3L6HA 4QFKA 1Y9UA 4X1DA 2Y7WA 3OELA 4LQ2A 4EXKA 1S7YA 3VLUA 1ZBMA 3RN8A 4H5FA 3ECRA 4PE5B 4M1VA 2H98A 1OLAA 3Q28A 2ALUA 4KHZE 1NL5A 3PV0E 3LSXA 4IO7A 4BDRA 4WXJA 2GH9A 2ONSA 4IO5A 3RT8A 4RK9A 2E0SA 4XTCQ 3OOAA 2QS2A 3TCHA 3UORA 5ICQA 1PC3A 3K6XA 3K4UA 1BTJA 3FIRA 2AL4A 4GIZA 1P1UA 1NKXA 2I0CA 2PMSA 3S9NC 2YLNA 3G3HA 4R2BA 3T9UA 4ZEDA 4ELPA 4L17A 4NEDA 1LCFA 5CM6A 3PD8A 4AQ4A 5H8QB 2A5TA 1USYE 4LUBA 3VDFA 4JWXA 5B70A 3DM0A 3BFUA 3PUXE 3ILUB 3UGWA 4R6YA 3E13X 3N94A 1QUJA 4FATA 3T22A 3BBRA 1ELJA 2HCAA 3TDJA 1SYIA 4OQOA 4JWOA 2ZNSA 4I9DA 1B40A 3FVNA 3K6WA 4ESWA 5L8DA 2OWSA 2ONRA 5I2NA 4F2QA 1SI0A 3C4MA 1A55A 4H0WA 4QFPA 1QW0A 2A5SA 4ELRA 1FQAA 2Q89A 4OENA 1LAFE 5LOMA 3M3KA 2G29A 1M5EA 1IZ1A 4F39A 3RLFE 1FTKA 4EDPA 4FAJA 3SERA 1A8FA 3G3FA 2Q8JA 3U94A 3TTNA 3HO7A 4ZEKA 4EF2A 3SETA 2KLFA 5CMCA 2VD3A 4FEBA 1YTVA 1JW4A 4H6DA 1IIWA 3K1MA 4YB7A 2X7PA 2XXRA 3D4GA 3VXCA 2F7BA 3K00A 2UVIA 2GHBA 1DTZA 1XOCA 1B2HA 1TWYA 2QS1A 3IOVA 4MLQA 1IQ7A 2DE4A 3H06B 3DP8A 3TTRA 1UIUA 4U23A 3UK4A 1MY3A 1LLSA 3MVYA 3RTFB 4EQBA 3FXRA 3IORA 4U2RA 1LBBA 4QHQA 2HAVA 2FYIA 2O1LA 1IXCA 3U93A 5BWJA 3EPEA 5I58B 2XXTA 1T0KA 2GRVA 1MM6A 1MQDA 1MQHA 3FD3A 4U21A 3E9XA 1I6AA 2DVCA 3UA8A 2PT1A 3MUQA 1NH7A 3C31A 1BKAA 2O6AA 1Y1MA 4AB5A 3LUYA 1MH4A 2Q88A 4F3BA 5I59A 3V83A 1MXUA 4HS7A 1UIVA 5KZTA 3IJOB 4RNSA 1B3GA 1IXHA 2DP8A 4KFQA 2AL5A 4QFLA 4JDFA 4DDDA 2P2AA 4G4PA 3H6WA 3THIA 3K6VA 1MQGA 4LONB 3U8QA 4Q8RA 4XKRA 4DCXA 3GXAA 3G3IA 2DWJA 1ZJLA 4YZZA 4FE8A 3H03A 3TTMA 4F3SA 4Z0IA 5DYHA 2F35A 4UACA 3M3LA 4MFIA 4R9GA 1M5DA 2F34A 4PP0A 1D3KA 3HV1A 5I56A 1MRPA 1H43A 1JNFA 1FTJA 1OIBA 2HAUA 4F31B 3TUSA 2QRYA 3MZBA 4LZ8A 3SESA 1MXXA 3P7IA 2QSXA 3MPKA 3QXMA 5KDTB 4IY6A 1B0HA 3C36A 3PU5A 1Z7NE 4G8MA 1S9TA 3UN6A 2XXYA 2ZYNA 3BFTA 3A09A 5JTYB 1NMUA 2R71A 3MAMA 1DMBA 4LATA 4PETA 3TTKA 1ZTYA 3RNNA 1WVJA 3TCFA 2HZKA 3T9HB 1JEVA 2RF1A 1UTHB 2XX7A 4TLLB 1PBQA 2DYXA 1B7UA 3KSXA 3O2AA 5FTIA 4NE4A 1URGA 5DVFA 4TOZA 1ZMGA 1M5BA 5A5XA 3O28A 1DSNA 4R2FA 1LAGE 5I2KB 1EZOA 2H99A 2DWAA 3IOTA 3TEPA 4H5GA 5TP9B 1LB9A 4R6KA 4Q5TA 3QAXA 4YB5A 3OO6A 4ISUA 4X1BA 3M8UA 2VD2A 4OESA 1NFTA 5BUUA 4ELOA 2QL3A 2OBGA 3OENA 4FJPA 3R7XA 3SDFA 4KR5A 3F11A 4FECA 1UTBA 3OMBA 4NF5A 4OEUA 3TPAA 5FHMA 3OO7A 3QSLA 2F5XA 2H9BA 3V8XB 3IL1B 1I69A 5JEIA 2ESNA 3HHGA 4JB7A 4G68C 2W7YA 2AYSA 3FXUA 4NF6B 2D3IA 1MG1A 2F97A 3O97A 3K02A 3ODBA 3VE1B 3PD9A 2XXXA 3I5OA 2QMXA 4Q0CA 1JQFA 1B3LA 3MP8A 4P11A 3GZGA 4U1ZA 5J1DA 4I8CA 4F18A 3FATA 4OXVA 4N13A 3O9PA 1B6HA 5KCJB 5L9SA 1Y3QA 4DZ1A 3MZ1A 4F3PA 3HN0A 4ESXA 4BDQA 1VR5A 2F6GA 1FQCA 4F1YA 4NMYA 1AL3A 1B52A 5L9OA 1DPPA 1N7XA 4GLIA 1EZPA 3CG1A 2DOJA 3OSRA 4G8HA 3CSBA 3VFJA 4E0XA 4MLVA 1ANFA 2F78A 2OK2A 1UQWA 2XXHA 5IKBA 3TKDA 3K1NA 2AIXA 3FZVA 3QYTA 2XHDA 4IO2A 1B3EA 4ND9A 4R9FA 2R9JA 4U4XA 2Y7IA 3IK6B 1IEJA 2Y7PA 3IB0A 1URDA 2RKMA 4JWYA 1US4A 4GQOA 5AA3A 2B65A 1I6QA 1D9VA 2VOZA 3ZKKA 1B58A 2DS9A 3TCGA 1B9JA 2NXOA 3IB2A 3QK6A 1B3FA 4RPOA 4MH5A 4DXCA 5F1QA 4FEDA 1NNPA 3K0VA 2F7AA 3DLNA 4F1VA 5AA4B 4G68B 1VFDA 5DT6A 2F36A 4JBZA 5AA2A 3ONMA 2OZZA 2O7IA 4OERA 4I62A 1R9QA 4UA8A 2REGA 4RPNA 3W9WA 2RC9A 4JXIA 1HSEA 4GWOA 1SI1A 2XXPA 3MWBA 1NH8A 1URSA 1JVXA 2XXVA 4QSEA 2DXYA 2I6EA 1Y3PA 4E0WA 3E4RA 4KYDA 4IO3A 3N26A 1P1OA 4LQ5A 4FORA 2YPNA 2ABHA 1N3XA 1LFGA 2WKYA 5H8HA 2ZYMA 3QIMA 3MVWA 1MPDA 4DXUA 2HQ0A 3KJ7A 1LB8A 3H6UA 5CMKA 5HM4B 4POXA 4OVJA 3S9MC 4QFNA 1BIYA 1RYXA 2UXAA 2DVZA 4PFWA 3PPNA 2Y84A 4IGRA 3CR9A 1D9YA 3DP4A 4K3FA 4Q30B 5ITPA 4RJZA 1A99A 5TPAA 3GBAA 3O6HA 4OFJA 1FTLA 1WODA 1N7WA 2UYFA 2OJTA 4F2OA 3R26A 2HEUA 1N04A 2A5TB 1PB8A 1EH3A 4ZECA 1Q1KA 2DSFA 3HHFA 5ISUA 3FVGA 2I3WA 2Z22A 3M3FA 1AH5A 3FJGA 1ZKBA 1GV8A 5AA2B 3E3KA 5CMBA 2XXQA 4THIA 1J1NA 5I2NB 5DVIA 1MXWA 3SEXA 4ZEIA 2QPQA 2O69A 2DXRA 3A3UA 1Y4TA 2XD3A 3H7MA 1SBPA 5HBCA 1QUKA 5HPQA 3KJTA 2UYEA 3U92A 3Q26A 1DTGA 5I57A 2NVUB 3PGFA 2Y7KA 3CIJA 5FHNA 5K2YA 2PT2A 2Z8FA 3A3CA 1AMFA 4BLAA 1H44A 5JK4A 2ZNUA 1ZLQA 1GR2A 4YMAA 2HXWA 1NNFA 5DEXA 4R72A 3CFLA 2NOOA 1GVCA 1WDNA 5TPAB 1MY0A 4DE8A 5H8SA 1ZU0A 4R75A 3VVEA 1IITA 1B1XA 4OMBA 1SW2A 1USYH 2BJJX 4ZE9A 3GLBA 1XS5A 4O3AA 1LCTA 5ITOA 2O51A 4F22A 3KN8A 4ELQA 1MQJA 2F6PA 3O66A 4H65A 3H3GA 4RK2A 4KYSA 1PDAA 4U4SA 4AB6A 5H8FA 4KPTA 1Y1ZA 2Z23A 3G3GA 2LAOA 4G2ZA 4H8IA 3TAJA 2REJA 3V5AA 3USDA 2Z8EA 5IAIA 3IO4A 4YKPA 2IEEA 3PMWA 4C1UA 4ZZAA 4NF8A 2ANJA 3FVOA 2Q9TA 1MY1A 1RKMA 3H4ZA 5EHMA 1NNTA 3O6GA 4NTLA 2HZLA 2V84A 3PMVA 4TQUQ 1B7ZA 5TU0A 3RY3A 4EF1A 2I4CA 1A40A 1AIVA 3KN7A 4DIGA 1B46A 3OO8A 5I59B 3H6VA 5I57B 2PBWA 1M5CA 3KFMA 5H8NA 2RCAA 4DCYA 3FGSA 2O1MA 3BKIB 2O7UA 1SVXB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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