4WKMA

Ampr effector binding domain from citrobacter freundii bound to udp-murnac-pentapeptide
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
197
structure length
197
Chain Sequence
QEKLKIGVVGTFAIGCLFPLLSDFKRSYPHIDLHISTHNNRVDPAAEGLDYTIRYGGGAWHDTDAQYLCSALMSPLCSPTLASQIQTPADILKFPLLRSYRRDEWALWMQTVGEAPPSPTHNVMVFDSSVTMLEAAQAGMGVAIAPVRMFTHLLSSERIVQPFLTQIDLGSYWITRLQSRPETPAMREFSRWLTGVL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords LysR family transcriptional regulator
publication title The beta-Lactamase Gene Regulator AmpR Is a Tetramer That Recognizes and Binds the d-Ala-d-Ala Motif of Its Repressor UDP-N-acetylmuramic Acid (MurNAc)-pentapeptide.
pubmed doi rcsb
source organism Citrobacter freundii atcc 8090 = mtcc 1658
molecule tags Transcription
total genus 53
structure length 197
sequence length 197
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-10-02
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4wkmA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4wkmA02
1M5EA 5AA1A 5BWJA 3FUZA 4MFIA 4RYAA 2DXRA 1ZIUA 3MPKA 4IY6A 4DCYA 5AE4A 4JWOA 1MY0A 4OMBA 2Y7IA 5B70A 4GL0A 1Y1ZA 1B7UA 2QSXA 5TP9A 2E0SA 1Y4TA 5CBSA 2QS1A 1SYHA 1UIVA 1SW2A 1JETA 1MRPA 1NNFA 3KN8A 1B51A 2DOJA 3S9MC 4FORA 1B3EA 1PC3A 3CFLA 5FHMA 1JW1A 4QRZA 1O63A 2OK2A 5AA2B 3MZBA 2XXYA 1II5A 1LBBA 3K1PA 5H8HA 4G68C 5EHMA 4X9TA 4YICA 4AQ4A 3U72A 3MW0A 2ABHA 4G4PA 1MH3A 4H0WA 3EPEA 4EF2A 2B3BA 2XXVA 3EF7A 4IO2A 1QVSA 3PV0E 2PX1A 4RPOA 1H3DA 4U1OA 3B6TA 3QK6A 4DZ1A 1ZU0A 4I1DA 3TTRA 4JDFA 1ANFA 2FA7A 3PPRA 3HCQA 2YLNA 4DXCA 2HFBA 3DELB 4N13A 1UTHA 2XXHA 2UXAA 3QYTA 5CMKA 2I4CA 2DSFA 3OMBA 3Q28A 3HO7A 1B2HA 3FZVA 3ILUB 3K6WA 3LBSA 3QUJA 3KG2A 3KGCA 4NF6B 2A5TA 5CMBA 3QSLA 3DP6A 1Z7ME 1MQIA 4EXKA 1P99A 3S9NC 1S7YA 4THIA 2F36A 1B6HA 1FTOA 1LAFE 1KWHA 2VOZA 3OO7A 5KZTA 1IXCA 1QULA 2QPQA 3PPNA 3FXUA 4R6YA 3ODBA 2W7YA 4NF4B 1AIVA 4F31B 3PUYE 4F2OA 3O9PA 4QSDA 2Y7KA 2H5YA 2DXYA 4Z7EA 4HS7A 3MJNA 1DPPA 3RTWB 4WEPA 2F7AA 5I2NA 3H06B 4WEDA 3FXQA 5I2KB 4GXAA 3MQ9A 3VVDA 1Z7NE 4QSEA 2Y7RA 5H8QB 1M5DA 3TDJA 1A55A 3KN7A 2X26A 2XD2A 3EHSA 2PMSA 1XS5A 3FJ7A 2ESNA 4HCWA 1JNFA 2DE2A 1B3FA 1NH8A 3O97A 2DVCA 3V89B 5CRYA 3VLUA 3ZSFA 4UACA 4YB5A 3LSFB 4XTCQ 3PMWA 4FEBA 2B65A 2ZMBA 1LB9A 5ICQA 1MDP1 4LONB 2ZYKA 3H4ZA 1SVXB 1MDQA 4R2FA 1SBPA 4YKKA 4XKNA 3G3IA 4DDDA 4UA8A 4RK9A 1OMPA 4F1YA 1RKMA 4F3GA 4IO7A 3OENA 3VLWA 1NH7A 1URGA 2V25A 1UTBB 4OESA 3CG1A 3A3CA 3IL1B 3MP8A 3SDFA 1OLAA 5CM6A 3UGWA 2H25A 4RJZA 3E4RA 4KYDA 4GWOA 2ZYNA 3U8QA 1ZLQA 1JVXA 2PT2A 3MP1A 4U21A 3QIMA 3OO8A 3LUYA 3T22A 3DM0A 3CG3A 1OVTA 4F3SA 3O2AA 4YKPA 4PETA 4YMBA 4XKPA 4ZEDA 4R9FA 3T96B 4F3BA 3IOVA 4X48A 2VD2A 2OWSA 4R72A 4K3FA 1YPNA 3TKDA 5I57A 3RT6B 1B3HA 2CMOA 3Q29A 2UVHA 3CFZA 4MLQA 2O6AA 3K6XA 1FTKA 2UYEA 2CZLA 3H03A 2D3IA 3M3FA 4ND9A 5DVJA 3H7MA 3SEXA 5AA4B 1Y20A 2GH9A 5J1DA 3SERA 2OBGA 2RC9A 3GBAA 4XIGQ 4OVJA 3BKIB 1B0HA 4BDMA 2RF1A 1YAEA 4RA1A 3MVXA 2RC7A 1I6BA 3LR1A 2O69A 3K00A 5L9OA 1FQAA 3L6GA 5CI5A 4Q8RA 1B46A 4NF8A 5L8DA 2REGA 1AOVA 5B7DA 2RINA 3I6VA 4O3AA 3TZAA 4X1BA 1H76A 2QL3A 1WODA 2UVJA 5K2XA 4Q30B 4HCYA 2DYXA 2XXWA 3A3UA 1SDXA 1TFDA 4LA9A 3MBPA 1N7XA 3TUSA 3MAMA 4IO6A 3KJ7A 1WDNA 1AH5A 3RUMA 1RYXA 4G8NA 2R9JA 2ZNSA 1B9JA 2F7BA 3TEPA 2OZZA 3PUXE 4PFUA 4GIZA 3N6TA 1Y3PA 4H1XA 2ALUA 1XT8A 4R73A 1A99A 5JTYB 2DE3A 1HSLA 2F35A 5L9MA 3H6UA 5TPAB 5AA2A 1IQ7A 1N76A 4LQ5A 4OHNA 2PYYA 4YAHX 4FJPA 2Q9TA 3K4UA 5BUUA 5TU0A 4YB6A 2O7UA 4OTEA 4G8MA 4WXJA 3LSLA 1A54A 3THIA 4AB5A 3KN3A 5IAIA 2OLBA 3CSBA 3T9XB 3TFLA 2Q8JA 4P0IA 2O51A 3OEKA 3VFJA 1POTA 1B7ZA 1F9BA 1LFGA 1GGGA 1NFTA 1N84A 5AA2D 1B4ZA 2ZXTA 1FW0A 3FD3A 1B58A 2ONKE 1B3LA 3MVZA 1M5BA 4TOZA 2PBWA 2RC8A 3M3LA 1IXGA 4G77A 3O29A 1BIYA 4OERA 4H65A 3VXCA 3TCGA 4OYVA 2I6EA 3Q25A 4HW8A 3ONMA 4KYSA 3EN3A 4H5FA 4QFOA 2DWJA 1PB7A 3C4MA 5DTBA 4ELQA 2D21A 3HV1A 2F5XA 3UIFA 2Q89A 1MQGA 1XVYA 2DWIA 4JWYA 3SKPA 3VDFA 1PB9A 4NF6A 2UVIA 2Z8FA 3G3KA 1SQYA 5M2VA 1SI1A 2XXXA 4OFLA 2V3QA 3G3HA 3VXBA 2QS4A 3QUFA 4PP0A 4ZEBA 2F7CA 3SEWA 3N5LA 3SEYA 4EDPA 1D4NA 3IJOB 1SD3A 3GBBA 4FECA 1TWYA 3OEMA 2NVUB 5H8FB 4JBZA 2VD3A 4GVOA 2IA4A 2P0SA 4NF4A 1A8EA 2O84X 4ZZEA 2ONSA 3L6HA 1LGBC 4LZ7A 4ESWA 3TELA 2REJA 4ELOA 3RPWA 1PB8A 3SETA 2H9BA 4KFQA 2PVUA 3TQLA 1UIUA 3R6UA 1QKBA 1FTJA 4OQOA 5I2KA 3O6GA 2QRYA 4ESXA 3H6TA 1QKAA 3V5AA 3KEIA 5H8QA 2FYIA 4P0GA 1ELJA 1SYIA 2XXRA 1I69A 2THIA 3FGSA 4I8CA 4C1UA 3G3GA 3VVFA 1BKAA 3PPPA 1VFEA 1FTLA 1ZKBA 2NUVA 2Z8EA 1OQGA 4O3BA 4FIMA 2X7QA 4YKIA 4AB6A 2DWAA 1PBPA 1H44A 3K1MA 2HCAA 2KLFA 1IXIA 2I58A 3IORA 2F6GA 3OD7A 3T93B 2A5TB 3TCFA 5F7VA 2QMXA 4OWDA 4RPNA 1Q35A 3RNNA 1LCFA 4JXIA 2ZYMA 5JEIA 1NKXA 4LZ5A 2NWJA 2ZYOA 4F2QA 2RCBA 4GL8A 3O28A 3PMVA 2PT1A 4R6KA 4JSDA 4KQPA 1MXVA 1JVYA 2XX7A 1MQHA 3PUZE 1R1NA 5ELVA 3W15C 2F97A 1DTGA 2Z23A 5CBRA 4OXVA 3IB1A 1MPDA 5H8NB 3IOWA 1O7TA 5KDTB 1UTBA 2DS9A 3U1OA 5KCJB 1US4A 1CB6A 4G68B 1QW0A 1B4HA 3BBRA 4IGRA 2OJTA 3P7IA 3C33A 3PPQA 1JEUA 4NWDA 1Y3NA 1SI0A 4GF8A 4N07A 1D9VA 3TTKA 3C36A 1ZBMA 1GR2A 1ZTYA 1P1WA 3N94A 1PBQA 1MQDA 4RK2A 4EQBA 2O68A 4H8JA 4DXBA 4YU0A 4TLLB 4NF5B 3OELA 3R7XA 2O1LA 4OENA 2XHDA 4IY5A 2F8DA 4ZECA 3RTFB 3JYRA 2ANJA 3B7DA 4IO3A 2IEEA 2V3TA 3MZ9A 1B32A 5DYHA 2ZNTA 5ICTA 3C35A 4ECFA 4MLVA 4QFNA 1LLSA 3O6IA 1R6ZA 3N26A 1BP5A 2Y7PA 2I48A 3OO6A 2UYFA 1H43A 1SW5A 3C34A 4WKMA 1B52A 2WKYA 2QJEA 3LC8A 3WAEA 1URDA 1MM6A 3KSJA 5I59B 2LAOA 1P1NA 4ELPA 1FCKA 3FVOA 2HEUA 2NXOA 3E3KA 1NNKA 1IZ1A 2O1MA 2XXQA 1DMBA 4I9DA 3MVYA 4O3CA 1B0LA 5AA4A 1N3XA 1B40A 1USYE 2VHAA 4JWXA 3H6VA 3K01A 3CIJA 3LSWA 1ZJLA 4LUBA 3CI8A 1MPBA 3RY3A 3IOUA 1MG1A 4EXLA 1H45A 1MXZA 3JZJA 1OVBA 3OSQA 3UK4A 2XX9A 1BLFA 1VE4A 1EZ9A 4FAJA 1EZPA 2I0BA 1POY1 4XXUA 3HHFA 3OXNA 3MVWA 3KFMA 1YTVA 4EQ7A 2ZNUA 3U94A 4QF9A 4KR5A 2XX8A 4NMYA 3T9VA 1JEVA 4KHZE 4R6HA 2D5WA 3O6HA 5A5XB 4RY1A 3TTLA 1ZMGA 1I6QA 3MPLA 3C31A 4E0WA 4BDLA 1SW1A 3MZ1A 4BDOA 5I56B 3HPIA 3O66A 1VSOA 1NNTA 4HTGA 3PPOA 5HM4B 5JTYA 4FE8A 1D9YA 4H67A 3FVNA 4XKQA 5DEXB 3IJXB 1LBCA 5CMMA 1TXFA 1GV8A 3S4UA 3ILTB 1QUKA 4BDNA 3F11A 3TODA 1VR5A 2HAUA 1LAXA 1Y9UA 4P11A 2B3FA 2I3WA 3FV2A 5I58B 3R26A 3HHGA 4LZ8A 3AXFA 4C0RA 4ZS9A 5HBCA 1R9LA 5F1QA 4M4GA 1FQBA 1MY3A 4GOTA 2H4IA 4C1TA 1GTKA 5ITPA 4ZDMA 1EH3A 1IXHA 2DE4A 2XXPA 4ZEKA 3TYHA 3D4GA 2GHBA 3FJMA 4XKRA 3FJGA 4ELRA 3IOTA 1MM7A 1US5A 4MF3A 5AA3A 3HN0A 3RT8A 3CFXA 1VFDA 1DOTA 1OQHA 1Y4CA 2X7PA 3V83A 1SW4A 2HZKA 1B5JA 2P2AA 3PUVE 3IX1A 4BDRA 1L5TA 1MXUA 2HQ0A 3GXAA 1XHYA 5ISUA 4KCDA 4U4XA 4R9GA 3E9XA 3MP6A 1B5IA 4MH5A 1USYH 3MUQA 1S50A 5LOMA 4PQJA 1N0TA 2Q2AA 4LVQA 4U22A 3RN8A 3DLNA 3IB0A 2E1SA 3T9UA 2M8CA 3TCHA 5H8FA 4DCXA 4G2ZA 3FATA 3U93A 3B6QA 1NL5A 5TP9B 4ZZAA 4MBPA 4BDQA 4PFWA 4X1DA 2R6GE 3QXMA 3PUWE 1B3GA 5JK4A 2P1SA 3MWBA 4FEDA 4DXUA 3I5OA 3LSXA 3H3GA 2GRVA 4R75A 3IB2A 2AIXA 4DIGA 3OSRA 4YMAA 4LQ2A 3KSXA 2V3UA 1EZOA 1MXWA 1QJMA 3M8UA 2AYSA 4KI0E 1M5CA 5H8HB 2F78A 4U2RA 3GLBA 3K6UA 1FQFA 3G3FA 3BFTA 4OFOA 2BJJX 1IIWA 2HZLA 4JB7A 3SEUA 3KZGA 4NE4A 1NNPA 4E0XA 4QSCA 4EQ9A 1B7HA 2YJPA 2DVZA 1XC1A 4KD5A 4GXSB 3S9LC 2I0CA 3K0VA 3ECRA 3N6UA 4F3PA 2AL4A 1JW5A 4F18A 3PD8A 4H5GA 3JV9A 1O64A 4POXA 3E13X 1DPEA 1UTHB 4RNSA 4NTLA 4Q5TA 4NWCA 1MH4A 4H6DA 3V8XB 2HAVA 4F22A 3C32A 1IUDA 3I3VA 2R71A 3SEVA 1XVXA 5H8NA 4G8HA 3SESA 4TLMB 4PFTA 1MXXA 4U23A 3G7WA 3UP9A 3VLVA 2O7IA 5KDTA 5KCJA 4G68A 1BTJA 3PD9A 3MC2A 3T9HB 4F19A 4QFPA 3BFUA 3UORA 2Q2CA 5EHSA 1OLCA 2XXUA 3OOAA 3C9HA 3FVGA 2A5SA 3TPAA 4ISUA 1Y1MA 1MPCA 1MY1A 2VP1A 3ZS6A 3OO9A 3PGFA 1LSTA 4NF5A 2NOOA 1LCTA 1MY4A 3IR1A 4YB7A 3IK6B 2I49A 3ZKKA 4R74A 2DP8A 3PMXA 1AL3A 2F34A 2H98A 4TQUQ 4F1UA 4IGTA 4N6PA 1N3WA 4GLIA 5I84A 4Z0IA 4KYEA 5HPQA 1JW4A 1CE2A 3DP4A 3IO6A 2UVGA 1N7WA 5I2NB 4M1VA 3HSTA 3W9VA 1URSA 1ATGA 3U92A 3K02A 3TAJA 4OETA 1AMFA 1D3KA 5I59A 1R9QA 2H99A 4ZE8A 4RXLA 4QHQA 1DTZA 4F1VA 1HSEA 3KJTA 3FASA 3VV5A 2QS2A 3FIRA 2G93A 1J1NA 4H8IA 4POWA 5DVFA 2OWTA 3ZKLA 1DSNA 4DLDA 3Q27A 3GZGA 1TT1A 3T66A 1JQFA 5CC2A 5H8SA 3FVKA 1B05A 3RQTA 4R2BA 4F29A 1QUJA 1B5HA 4FATA 2QMWA 3H6WA 1MQJA 4ZE9A 3KBRA 2DQVA 1HSJA 4KCCA 4ONYA 4L17A 4ZEIA 3A09A 4JSOA 1MXYA 1RYOA 4Q0CA 3K1NA 3RLFE 2Q88A 4U4SA 3G3JA 3W9WA 4GFRA 4OZ9A 1Y3QA 4BLAA 1YCJA 3PU5A 4IO4A 1P1QA 4LATA 1T0KA 3KOTA 3Q26A 1PDAA 4OEVA 2DWHA 2ONRA 3CVGA 5A5XA 5FTHA 2GFEA 2Z8DA 2XD3A 2G29A 1QUIA 1LAHE 2V84A 1Q1KA 3S2VA 1IITA 2I3VA 2XXIA 3FV1A 3DP8A 1EU8A 4I62A 5I56A 5FHNA 1XOCA 5FTIA 3VVEA 4YKJA 1I6AA 1N04A 1LFIA 1B1HA 1MY2A 2QS3A 5IKBA 5DEXA 2RKMA 1LAGE 1LB8A 5DVIA 5ITOA 1MS7A 4EUOA 5FHOA 3EHTA 4PE5B 3M3KA 3VE1B 3S9EA 2Y7WA 4YZZA 1M5FA 3B6WA 3WAFA 2Z22A 1OIBA 2RCAA 3RGYA 3KOSA 1TFAA 5I57B 5I58A 1GVCA 3TMGA 1B1XA 3TTMA 2GHAA 4OEUA 3CRBA 3QAXA 1A8FA 2AL5A 4PFYA 1FQDA 1P1OA 5CMCA 2V93A 2I4BA 3CSGA 3TQWA 5TPAA 4IO5A 3CR9A 5DT6A 1A7LA 1FQEA 1IEJA 4KPTA 4EF1A 3EQ1A 1LFHA 4F39A 2FNCA 1A40A 2Y84A 4IB2A 4U1ZA 4DE8A 3USDA 4GRKA 3D4CA 4QFKA 3UN6A 3UA8A 1FQCA 4LP2B 3FXRA 2YPNA 2VGQA 2OCUA 3TTNA 4NF8B 5K2YA 3K6VA 1FTMA 3IAZA 1UQWA 5L9SA 2XXTA 1S9TA 1WVJA 3K2DA 3EHUA 4QFLA 4NEDA 4ZEFA 2F6PA 1NMUA 2HXWA 1PEBA 5EYFA 4GQOA 1P1UA 4OFJA 3IO4A 4GD5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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