4WKMA

Ampr effector binding domain from citrobacter freundii bound to udp-murnac-pentapeptide
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
197
structure length
197
Chain Sequence
QEKLKIGVVGTFAIGCLFPLLSDFKRSYPHIDLHISTHNNRVDPAAEGLDYTIRYGGGAWHDTDAQYLCSALMSPLCSPTLASQIQTPADILKFPLLRSYRRDEWALWMQTVGEAPPSPTHNVMVFDSSVTMLEAAQAGMGVAIAPVRMFTHLLSSERIVQPFLTQIDLGSYWITRLQSRPETPAMREFSRWLTGVL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The beta-Lactamase Gene Regulator AmpR Is a Tetramer That Recognizes and Binds the d-Ala-d-Ala Motif of Its Repressor UDP-N-acetylmuramic Acid (MurNAc)-pentapeptide.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LysR family transcriptional regulator
source organism Citrobacter freundii atcc 8090 = mtcc 1658
molecule tags Transcription
total genus 53
structure length 197
sequence length 197
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-10-02
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4wkmA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4wkmA02
1DPEA 4EUOA 3N26A 3IO6A 3FD3A 2QJEA 1N76A 1O64A 3MP6A 2YPNA 4POWA 3MQ9A 4HS7A 2ONRA 5JEIA 3FATA 5AA2B 2H9BA 2Y7WA 4BDQA 4E0XA 2HZLA 1S50A 4DXUA 3TQLA 5H8SA 4KHZE 4E0WA 5DVFA 1PEBA 4QFLA 2O51A 3PV0E 3TYHA 1MG1A 2I4CA 2FA7A 1P99A 3T9UA 2XXUA 1SW1A 2QRYA 3O97A 2XX9A 5A5XB 1S7YA 3MW0A 4MFIA 2O6AA 3UK4A 1JVXA 1FTOA 1VSOA 1UIVA 3U72A 1B5IA 2G29A 3KOTA 3EQ1A 2PX1A 1SI1A 3OOAA 3Q25A 4DXCA 5CBRA 4PFUA 3HV1A 4FEDA 2DXYA 3MZ9A 1HSEA 4FE8A 3PPPA 1ANFA 2RC8A 1H76A 3FV2A 3EHUA 2VOZA 3RLFE 1PDAA 3FUZA 3O29A 4H8JA 2ONKE 3W9VA 3HHFA 3T22A 2YJPA 2H99A 4YAHX 4GOTA 4BDNA 5H8NA 4QFNA 1M5DA 3EHTA 1YTVA 4AB5A 1MY1A 3KSJA 3TZAA 3OSQA 5IKBA 1QJMA 4I1DA 4BDRA 3SEWA 2OCUA 1OMPA 2H25A 3TKDA 5DEXA 4U4SA 5ISUA 4IY5A 4OFLA 4ND9A 4OFJA 4L17A 4RNSA 1IXGA 2OLBA 2HQ0A 1ZU0A 1FQEA 1XT8A 5IAIA 2Z23A 3D4CA 4EQ7A 5I2KB 3KZGA 2O68A 3S9NC 3U92A 5AA4A 4JWXA 4KD5A 1LB8A 4ESWA 4NMYA 1OLAA 3MZ1A 1GTKA 1P1QA 1VFEA 2GRVA 1PB7A 3MJNA 2XD2A 1ATGA 3G3FA 4X1BA 1P1WA 3QIMA 4O3BA 2XXIA 1Y4TA 5I58A 2XXQA 2UVGA 4MLVA 3OD7A 3DP6A 4NWCA 2I0BA 3RTFB 3LSWA 1MPCA 1I6AA 3KN8A 4X9TA 3RUMA 3E4RA 4HCYA 4KPTA 1MQDA 2I48A 1FQDA 2F6GA 4EF2A 4ZECA 3VLWA 1IIWA 3DLNA 1LAXA 4R2FA 1JQFA 1EZPA 4F18A 4XKPA 5HBCA 2ABHA 1CB6A 1OIBA 4C1UA 4G2ZA 3UGWA 5FHNA 1JEVA 5DT6A 4ECFA 3MVYA 4LQ2A 4FEBA 3TTKA 4ZE9A 1MXYA 4P11A 2FNCA 2DVCA 3H6WA 1VE4A 4RJZA 3PPNA 4PP0A 1M5FA 1DTZA 4K3FA 5H8NB 3UIFA 1N84A 2V84A 5B70A 3SEVA 1PBPA 3G7WA 1D3KA 4NEDA 4G68C 1A40A 3HSTA 2RCAA 2Y84A 5AA1A 3RT8A 2OBGA 2QS1A 1LLSA 4YB6A 5B7DA 3K01A 1BP5A 4IO6A 2G93A 3SEUA 4KCCA 3H06B 5CMBA 1B9JA 5DEXB 4DZ1A 3QXMA 3TCGA 4MLQA 4RY1A 2VGQA 4ELPA 5DVJA 1SYIA 4I62A 3RQTA 5H8HA 1ZLQA 1TXFA 2PVUA 5I2NA 3LBSA 2XXWA 4M1VA 1II5A 4U23A 5L9MA 1IUDA 4LQ5A 1RKMA 3IOUA 4O3AA 3IB0A 3MC2A 5DVIA 4KYEA 3L6HA 5AA4B 3O6HA 1LSTA 3FJMA 4OQOA 2F8DA 2FYIA 1Z7NE 2M8CA 5ITPA 1B3LA 2HEUA 4WKMA 3V8XB 1M5CA 1AH5A 1QKAA 1ZBMA 2NOOA 3MVZA 4Q30B 2ZNSA 4YU0A 2XXHA 3CG1A 1Y4CA 3E13X 1B3FA 1PB8A 2XX7A 5L9OA 3B6WA 3OXNA 4R9FA 3TMGA 4ZEIA 3K4UA 4U1OA 2ZNUA 1NH7A 1B32A 4XKRA 4XKNA 3KN3A 1B05A 2X7QA 4PE5B 4I8CA 3W15C 2F5XA 3CRBA 4OEVA 3HPIA 5CI5A 4HCWA 4DLDA 4X1DA 1B7HA 1NH8A 3UA8A 1MS7A 5FTHA 3O66A 3S2VA 1FTLA 2VD3A 3PUZE 4N6PA 3I6VA 3EN3A 4F22A 3V83A 3O6IA 3PMVA 4ZEBA 3Q28A 4YMAA 1IXCA 2O69A 3UP9A 3BBRA 2XXXA 2LAOA 5K2YA 4R72A 3IL1B 4IGRA 5ELVA 2RC9A 1MM7A 1Y9UA 2KLFA 2ZNTA 2Q88A 2R71A 2ZYKA 3ZSFA 2O7UA 1ZMGA 1N3WA 3C34A 3N6UA 1L5TA 4OZ9A 5I59A 4Q0CA 3TAJA 1QVSA 2F7AA 2F34A 3QSLA 1MH3A 3V5AA 3OEKA 3OO6A 3TODA 4GRKA 4F1VA 1XS5A 4YB5A 4FAJA 4H67A 1B4HA 4Q8RA 4HW8A 3R26A 1LBCA 2F36A 3CSBA 4NF5A 2DE3A 2Q8JA 2REJA 3C32A 3OELA 4DCYA 3E3KA 3GBAA 1R6ZA 2DWJA 3TCFA 3E9XA 1BLFA 2QL3A 4NF8B 1QUKA 4JSOA 5CBSA 3KSXA 3QK6A 2QPQA 1FQCA 2VHAA 1F9BA 4HTGA 5K2XA 4OVJA 1MY2A 1YPNA 5CMKA 4F2OA 1NMUA 4R75A 4BDMA 3VDFA 3TPAA 3EHSA 3B6QA 1NFTA 5FHOA 3T9HB 3MPLA 2V93A 4H1XA 4NWDA 2NUVA 3W9WA 3IAZA 4C0RA 1B2HA 2QS2A 5TU0A 4G4PA 3R7XA 3PMWA 3G3IA 3HO7A 4OTEA 4PFWA 4GXSB 2V25A 2E1SA 1UIUA 4QSDA 4ELQA 3P7IA 3VXCA 4OXVA 1R1NA 3KGCA 3PPQA 2P0SA 1Z7ME 3TDJA 3USDA 1DTGA 3IX1A 2XD3A 2A5TB 3PD9A 4Q5TA 1JETA 4JWOA 5I59B 4R74A 1IQ7A 1SQYA 3PMXA 5KCJA 3F11A 2HAUA 1US5A 3FVOA 3I5OA 5AE4A 5H8QA 3HN0A 3KFMA 4U1ZA 4UA8A 3A3CA 3C4MA 3H03A 4I9DA 2Q89A 1GV8A 2CMOA 4LA9A 2DE4A 4IO2A 1B51A 1EU8A 1A8EA 4EQBA 2H5YA 3K1MA 2RC7A 3B7DA 3CVGA 4XKQA 3HHGA 4JWYA 2B3FA 2DWAA 4DIGA 2DOJA 4EXKA 5AA3A 3DP8A 1WVJA 3ILTB 4EF1A 2VD2A 2DSFA 2XXRA 3K1PA 2RF1A 4ZEKA 1A7LA 1QULA 4RYAA 3BFUA 4TLMB 3IOVA 3FVGA 1HSJA 2OWTA 3VXBA 5CMCA 2R6GE 4OHNA 5EHSA 1FTMA 4IGTA 2W7YA 2Z8DA 3K00A 3FIRA 2V3QA 3TCHA 4FJPA 5HM4B 1MDQA 4NF6A 1EH3A 1B5JA 3PD8A 2HZKA 4DE8A 1VFDA 1B7UA 3EPEA 5I84A 4F2QA 3TTNA 1URGA 3H6VA 3A09A 1Q35A 3VVFA 3B6TA 4TLLB 3FGSA 1A8FA 3MPKA 3U94A 2V3UA 2GFEA 4U22A 2BJJX 5I57A 3ZKLA 1XVYA 2GHBA 4WEPA 3MP1A 4RPOA 1FTJA 1B7ZA 1Y3PA 3KN7A 3ECRA 4WXJA 2DVZA 2ANJA 3FV1A 1N04A 4GL0A 1JNFA 4JBZA 1DPPA 1AL3A 1MXUA 3ONMA 3S9LC 1NNTA 1B4ZA 1SW5A 3SESA 2XX8A 1T0KA 1R9QA 2ZYMA 1XOCA 3TFLA 2XXPA 3QYTA 2F7CA 2HFBA 1NKXA 1TWYA 2H4IA 1N0TA 1UQWA 2ONSA 2XXVA 2Y7RA 2QS4A 1AIVA 3BFTA 4KFQA 5TP9A 2F78A 1Q1KA 3GBBA 2NXOA 4IO4A 4LZ7A 5JK4A 5FHMA 1XVXA 4N07A 4C1TA 1RYXA 2ZYOA 3FXQA 3SERA 2PT1A 5KDTA 1QKBA 3N5LA 1OLCA 4ZEDA 4EQ9A 1MQJA 3OSRA 5LOMA 2DP8A 4U4XA 3T96B 3Q27A 4F1YA 5TPAA 1YAEA 2OZZA 2UYEA 3ODBA 5CRYA 3C35A 1FCKA 2GH9A 3FASA 4GL8A 2VP1A 3JV9A 2DYXA 4KI0E 2OJTA 4YKJA 1TFDA 4GQOA 4QF9A 3PPOA 3PPRA 1UTBA 2THIA 2B3BA 4ZE8A 1OVBA 3LSLA 1NNPA 4YZZA 3VFJA 3CIJA 4F3BA 3LC8A 3M3KA 5I58B 4ZDMA 1JVYA 4LATA 3ZS6A 4F29A 2GHAA 3IO4A 1I6QA 2Q2AA 1MXWA 4G77A 1VR5A 4H5FA 5JTYA 1M5BA 4H8IA 4F3GA 1A99A 1OQHA 3THIA 2ZXTA 1Y1MA 4JDFA 1BIYA 1MRPA 5I57B 4OYVA 3CFZA 4G68A 1MM6A 3VLVA 2I3VA 3VE1B 4UACA 1IITA 2Z22A 3LR1A 4YKKA 4ZEFA 3MVXA 4O3CA 5AA2A 1Y3NA 3H4ZA 4KCDA 3MVWA 1HSLA 1KWHA 2F6PA 3KBRA 4POXA 3MBPA 3C9HA 4JSDA 3K02A 1LFHA 3PUWE 1FTKA 1ZTYA 2A5SA 3SDFA 2PYYA 2E0SA 1POTA 2DS9A 4YICA 2QSXA 1JEUA 4LUBA 3IR1A 4ZS9A 3C33A 5H8HB 1MXVA 5I2NB 3JYRA 3MP8A 3G3HA 1ZIUA 4LONB 1LBBA 2O7IA 3M8UA 2Z8EA 3OO7A 1USYH 1D9YA 1IXHA 1IEJA 2Y7KA 1TFAA 1I69A 4OEUA 1N7WA 4RA1A 1B3HA 5BWJA 1JW5A 3TQWA 4PQJA 3WAEA 1H43A 3K6XA 4LP2B 1UTBB 3FJGA 4R6KA 2Q9TA 2HXWA 1WODA 2R9JA 3D4GA 1GR2A 4G8HA 3PU5A 3RT6B 3AXFA 4AB6A 1P1NA 2UVJA 1WDNA 3O6GA 1B46A 3RPWA 1NNKA 4U21A 4QFPA 4QFOA 3FXRA 4ZZAA 1B0LA 1MPDA 2V3TA 5JTYB 4LZ5A 4OWDA 3RN8A 3H6UA 4RPNA 4M4GA 1FQAA 1MY4A 4G68B 4H6DA 4DXBA 1RYOA 3TUSA 4WEDA 1LGBC 1GGGA 4FIMA 3KG2A 2Y7IA 1QUIA 1B40A 2X7PA 3T9VA 3KEIA 4G8MA 2Q2CA 5CC2A 3LUYA 3N6TA 1FQBA 3R6UA 1O63A 4OMBA 3DM0A 1EZ9A 2D5WA 1ELJA 3C36A 1LCTA 1OVTA 5I2KA 2RCBA 2DE2A 3K6UA 1MDP1 3TEPA 1XHYA 4QSEA 4F31B 1QW0A 2I4BA 1MY3A 4IO5A 1BTJA 4THIA 3OEMA 1FW0A 4MBPA 4GXAA 1US4A 1MPBA 2QMXA 2UYFA 2AYSA 2ALUA 3OO9A 4Z7EA 3GLBA 1JW1A 3VVEA 4OERA 2NWJA 3IB1A 4JB7A 2F7BA 5L9SA 1LCFA 1O7TA 3TELA 5FTIA 2CZLA 1I6BA 1Y3QA 3FVKA 2REGA 1CE2A 1D4NA 2RKMA 1Y20A 3MUQA 3EF7A 4GFRA 5EHMA 3M3FA 2F35A 4KQPA 3PUXE 1TT1A 3TTLA 1A55A 3C31A 4NTLA 2I0CA 2UXAA 1PBQA 4NF5B 3PUYE 5CMMA 4RK9A 2B65A 4BDLA 3RGYA 1OQGA 2IEEA 5ICQA 3OENA 2QMWA 3QAXA 3CI8A 4R2BA 2AL4A 4JXIA 2DWHA 4MF3A 1P1UA 3U8QA 4F39A 3K6WA 4DCXA 1SW4A 3LSXA 4ELOA 1BKAA 5H8FA 1SBPA 4IB2A 3TTMA 2I6EA 2P1SA 3GXAA 3V89B 3FZVA 3IJOB 2AL5A 3U93A 1B52A 3H7MA 4QHQA 2UVIA 4TQUQ 1NL5A 3U1OA 1EZOA 1MXZA 4NE4A 2XHDA 3T66A 5AA2D 3O9PA 4R6YA 4GWOA 1POY1 3G3JA 2AIXA 2NVUB 1DOTA 1R9LA 4U2RA 1PB9A 4PETA 3MAMA 1B1HA 1UTHA 4YKPA 1ZKBA 3IJXB 4F3SA 3GZGA 2D21A 4LVQA 2DXRA 4H65A 2RINA 1SDXA 1B6HA 3KJ7A 4BDOA 3SEXA 3L6GA 4X48A 2ESNA 2HCAA 4OETA 3S9EA 3K1NA 3FVNA 5KCJB 2Z8FA 3IK6B 4IO3A 1FQFA 1SD3A 3SEYA 2F97A 3T9XB 1SW2A 5H8QB 1USYE 4RK2A 1N7XA 4F3PA 2PBWA 1MQIA 4KR5A 1URSA 3OO8A 4YB7A 1MH4A 3FJ7A 4R9GA 3RY3A 5DYHA 5I56A 1B3GA 3K2DA 2XXTA 3I3VA 3WAFA 1IZ1A 3PUVE 1DMBA 1URDA 3VVDA 4ESXA 4IO7A 4P0IA 3T93B 1JW4A 4NF4A 1B1XA 1QUJA 1AOVA 5H8FB 2O1MA 2QS3A 4PFTA 4R6HA 1B3EA 5M2VA 2IA4A 4GIZA 3S4UA 3CFLA 1ZJLA 5F1QA 4EXLA 3IB2A 2OWSA 1AMFA 3SKPA 2I49A 2P2AA 4GD5A 1GVCA 4RXLA 4IY6A 3PGFA 3RNNA 1MY0A 1SYHA 1LFGA 3CFXA 4AQ4A 5KZTA 4MH5A 4EDPA 3H6TA 1LB9A 3QUFA 4NF6B 4F19A 1B58A 4XTCQ 3CG3A 1UTHB 3MWBA 4XXUA 1B5HA 1M5EA 3DP4A 3VLUA 4FORA 1SVXB 2H98A 4ONYA 4ZZEA 3MZBA 2PT2A 3CR9A 5HPQA 2ZYNA 3UN6A 1IXIA 4NF8A 1XC1A 4DDDA 3DELB 2DQVA 3O28A 3K6VA 3KOSA 2UVHA 3LSFB 1NNFA 3S9MC 5CM6A 2O84X 3OMBA 1P1OA 4TOZA 1H3DA 1N3XA 2O1LA 1MQGA 3IOWA 3O2AA 2OK2A 4G8NA 4ELRA 2X26A 3M3LA 4KYDA 2I58A 2WKYA 4Z0IA 2DWIA 2I3WA 4N13A 3QUJA 4OENA 2XXYA 2Y7PA 4GVOA 4F1UA 3VV5A 5ITOA 1H44A 1LAFE 5I56B 1MXXA 3KJTA 3ZKKA 1S9TA 5TP9B 1D9VA 4GLIA 4QSCA 5A5XA 3K0VA 3Q29A 5BUUA 2YLNA 3H3GA 4NF4B 4QRZA 2PMSA 3HCQA 3IOTA 1LFIA 5ICTA 4LZ8A 4R73A 3TTRA 1B0HA 5KDTB 1Y1ZA 3CSGA 3SETA 5DTBA 5EYFA 5F7VA 2ZMBA 4YMBA 3IORA 3Q26A 4KYSA 4FATA 5TPAB 3ILUB 2A5TA 2D3IA 3FXUA 4ISUA 1LAHE 3UORA 1YCJA 4XIGQ 1PC3A 1A54A 4PFYA 3N94A 4P0GA 4YKIA 3G3GA 1DSNA 2HAVA 4H0WA 5L8DA 4H5GA 4FECA 3RTWB 1J1NA 4GF8A 4OESA 3A3UA 4OFOA 4BLAA 3G3KA 4QFKA 1SI0A 1H45A 5J1DA 1MQHA 3BKIB 1LAGE 3JZJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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