4WKMA

Ampr effector binding domain from citrobacter freundii bound to udp-murnac-pentapeptide
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
197
structure length
197
Chain Sequence
QEKLKIGVVGTFAIGCLFPLLSDFKRSYPHIDLHISTHNNRVDPAAEGLDYTIRYGGGAWHDTDAQYLCSALMSPLCSPTLASQIQTPADILKFPLLRSYRRDEWALWMQTVGEAPPSPTHNVMVFDSSVTMLEAAQAGMGVAIAPVRMFTHLLSSERIVQPFLTQIDLGSYWITRLQSRPETPAMREFSRWLTGVL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The beta-Lactamase Gene Regulator AmpR Is a Tetramer That Recognizes and Binds the d-Ala-d-Ala Motif of Its Repressor UDP-N-acetylmuramic Acid (MurNAc)-pentapeptide.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transcription
source organism Citrobacter freundii atcc 8090 = mtcc 1658
molecule keywords LysR family transcriptional regulator
total genus 53
structure length 197
sequence length 197
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-10-02
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4wkmA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4wkmA02
3L6GA 1DTZA 3MVWA 1DOTA 4IO3A 2UVHA 4DXUA 2D5WA 3FVKA 4X9TA 1XS5A 1B3GA 1A55A 3MZ9A 5I56A 1JNFA 3F11A 3V89B 3KSXA 1MQDA 4OMBA 3TFLA 2B3BA 4BDNA 3MUQA 3IR1A 1TFAA 1LCTA 3D4CA 3QUFA 1MPCA 4QSEA 1EZ9A 3V83A 1LFIA 1CB6A 4DZ1A 2OWSA 2QL3A 5L9MA 2IA4A 4WEPA 3VLVA 4IB2A 3N94A 3K0VA 4U22A 3G7WA 2ZMBA 3R26A 2F6PA 4WKMA 4E0XA 3S9EA 4O3BA 4H65A 3CI8A 1B51A 3QK6A 5AA4A 3PUVE 4RYAA 1EZOA 2G93A 4LONB 3FXQA 3TCFA 1MXVA 1M5DA 4QFOA 4TLLB 4KPTA 3RT6B 2O84X 3O66A 3HHFA 3E13X 4G77A 2XX7A 4XKPA 5CMBA 4N6PA 4IO5A 4X48A 2AL4A 2UVGA 4O3CA 4GVOA 4NMYA 4AB5A 2REJA 4TLMB 1VFDA 1SW5A 5TU0A 1H3DA 3T22A 3FVGA 2QS4A 3H4ZA 4JBZA 4KHZE 3PD9A 1DSNA 3SEVA 1N3XA 1D9VA 2Q88A 3CIJA 1PB7A 3K1NA 3FJGA 3O29A 3FV2A 4F2OA 3O2AA 3LC8A 4ESXA 3E3KA 5M2VA 5LOMA 1LFHA 3ZKKA 1B58A 5I2KA 1FQBA 1AH5A 3IK6B 3K1PA 3R7XA 4DCYA 4GXSB 2HCAA 1IQ7A 1UTBA 3OELA 5FHNA 4P0GA 3TTLA 2ONKE 2XHDA 1TFDA 2RINA 3JYRA 3V5AA 3KJ7A 2VGQA 1O7TA 1US4A 2Y7WA 4JSDA 4F2QA 4YMBA 1ZIUA 1ANFA 1OMPA 2V3UA 1B3FA 3DM0A 2I58A 4IY5A 3TMGA 3TELA 1MQJA 3I5OA 1MY1A 3CSGA 4QSDA 4G68A 3UK4A 2OZZA 2Z8FA 3PPOA 5ITPA 3EN3A 3N6UA 1S50A 3FJ7A 2GHBA 1N04A 3RPWA 1OVTA 1MDQA 4BDRA 3QXMA 4F3SA 3THIA 1BIYA 1MY0A 1B46A 3PUZE 4R73A 4GWOA 4XKNA 4HW8A 3SEXA 5I2KB 2WKYA 1B7ZA 4BLAA 4H0WA 4HTGA 3HSTA 1M5BA 2NXOA 3CSBA 3IO4A 5J1DA 3VVEA 4F3GA 2YPNA 4MFIA 3FUZA 4XKQA 2Y84A 5FHOA 1NFTA 3PD8A 3CFLA 5I59A 4HCWA 3U8QA 1OQGA 1P1NA 2XXUA 1OLCA 5IAIA 2M8CA 2XXRA 2Q8JA 2XX8A 4QFPA 3UA8A 3LR1A 4IY6A 3EQ1A 1NNKA 4OFLA 4OWDA 1MXXA 4POWA 1WVJA 3VFJA 1Q35A 1QW0A 4LQ2A 2ZNSA 3H03A 2V25A 3SDFA 3Q29A 4OEVA 1A7LA 5BUUA 1WODA 1MG1A 2QPQA 4F22A 3OO8A 3VE1B 2I49A 4LVQA 4PQJA 4EUOA 1FQFA 3OOAA 4OZ9A 4QSCA 1MDP1 2P1SA 2F78A 3MW0A 1NNPA 3K6WA 3PUYE 3AXFA 1RYXA 3A09A 1P1WA 3FV1A 2F7BA 4RA1A 1HSJA 1QUKA 3W15C 2DSFA 1Y3PA 2OBGA 1I69A 4DIGA 3VDFA 1VR5A 4IO2A 3HCQA 2DYXA 3U92A 3RNNA 4QRZA 4IGRA 5K2XA 4EXLA 4ELRA 2Z23A 5I59B 2GFEA 3OO7A 1P1OA 5ITOA 2ESNA 1B1XA 3FATA 1B40A 4FE8A 4EQ7A 3G3IA 2Y7IA 1ZJLA 4KD5A 5EHMA 1SDXA 1GGGA 2PX1A 4RPOA 4G8HA 3CVGA 1MXUA 3M3LA 3C31A 3MAMA 2H99A 1Q1KA 4PFUA 1JEUA 1B9JA 3P7IA 2O68A 4JWYA 5CBSA 2UYEA 5ICQA 3TQLA 1FW0A 1Y1MA 2YJPA 2RCBA 5HM4B 2REGA 2QS2A 3IORA 4N13A 5I84A 2PMSA 4ZDMA 3ZS6A 4F1UA 4OXVA 3O6GA 5TPAB 3GBAA 3BFTA 5CMMA 1XHYA 3PPQA 1FQAA 2QS3A 3U1OA 2H98A 3N5LA 2XXPA 2VD3A 2B3FA 4O3AA 4P0IA 2UVIA 4EF1A 4TOZA 3IOUA 4ZE8A 3HV1A 4ELOA 4MH5A 4LP2B 4NF4B 3M8UA 2QSXA 1MY4A 1JETA 3GBBA 2O1LA 4BDOA 3MPLA 4N07A 3FVNA 2G29A 4XKRA 1A8EA 5DVJA 3KN8A 3ONMA 4PP0A 5H8QB 1H45A 1MS7A 2H4IA 2CZLA 4C0RA 4IO6A 5CM6A 1AMFA 3M3FA 1MH4A 1PBPA 3IO6A 3PUXE 1MY3A 5CC2A 1LSTA 5FTIA 4TQUQ 2V3TA 5I2NA 2HAVA 1HSLA 4IO4A 3CG3A 4ZEIA 4R6YA 3TYHA 1MXWA 3E4RA 1IITA 4RPNA 1IEJA 1Z7NE 2O7IA 4C1TA 5AA3A 2UYFA 2FA7A 3MVZA 5AA2D 5KDTB 4YB6A 2X26A 4OTEA 2F34A 3U72A 2IEEA 2DWJA 1XVXA 4P11A 3KJTA 1LCFA 1R6ZA 3USDA 2I4BA 4XXUA 3HN0A 4GIZA 3RY3A 3DP4A 4R6KA 4YB5A 1Y20A 1EH3A 3TUSA 4THIA 1IUDA 4YZZA 3G3JA 3IOWA 3RGYA 3K2DA 4X1DA 4FECA 3DLNA 1IXGA 2NVUB 4F29A 4U21A 1SW2A 4Q30B 3ODBA 4NEDA 3JV9A 3M3KA 1UTHB 2CMOA 3PMXA 2HQ0A 4LATA 2E0SA 3FASA 3H3GA 4GL8A 2PBWA 4OYVA 1UQWA 4YB7A 5I2NB 1B3EA 4DE8A 4ZZAA 4F31B 2A5SA 4I62A 3BBRA 1P1UA 1PDAA 3B6TA 4FIMA 4KYSA 1M5CA 4R2BA 4BDLA 3KEIA 4ZECA 1MQHA 3RTFB 3K01A 3VVFA 4YMAA 2V84A 2RF1A 3RT8A 2AL5A 1Y4CA 2R71A 2Z22A 4LZ8A 2KLFA 1B2HA 3IJXB 2THIA 3O9PA 1LAFE 3SEYA 2ONSA 3QIMA 3C36A 3H06B 3C4MA 1H43A 1SQYA 1GVCA 3K1MA 4M1VA 3KBRA 4HCYA 1ZU0A 2P0SA 2VP1A 3MQ9A 1AL3A 2NOOA 3V8XB 3LSWA 4KR5A 4Z0IA 4YICA 4F1YA 4H6DA 2QRYA 3CR9A 2XXYA 4POXA 1D4NA 2XXHA 2F8DA 4JXIA 1XT8A 2DE2A 1B7UA 1RKMA 4WXJA 3EHUA 3KOSA 1HSEA 1H44A 4RY1A 3I6VA 4H67A 5AE4A 4F18A 3FD3A 3A3CA 4FATA 5L8DA 3ILUB 2ZNTA 4G2ZA 2H25A 4GLIA 3G3HA 4K3FA 2QMXA 3ECRA 1AOVA 1XVYA 3H6UA 2VD2A 4NE4A 1VSOA 2RC7A 2NWJA 2DOJA 1O64A 4DLDA 4H8IA 1YAEA 3VLUA 3S9LC 4QFKA 2XXTA 2UXAA 1VFEA 1MXYA 3K6UA 3OEMA 2O51A 1MM7A 4PETA 3KN3A 1B7HA 1USYH 1J1NA 3VXCA 3DP8A 4OFJA 1PC3A 1PBQA 2NUVA 3OSQA 2I0CA 1QKBA 2A5TA 3TDJA 3KGCA 1QUIA 5EYFA 2W7YA 3H6WA 3U94A 5A5XA 3H6VA 2HXWA 2H9BA 5HPQA 4I9DA 1NNTA 3CRBA 4F39A 2O69A 4PFTA 3T9VA 1QUJA 1LGBC 1N0TA 4HS7A 3KFMA 2R6GE 2RC9A 1B3HA 1OIBA 1H76A 3MP6A 1GV8A 1A8FA 3N6TA 3K02A 4BDMA 5KCJA 3Q28A 5F1QA 2AIXA 1LBBA 3OO6A 4H5GA 1SI1A 1P1QA 1SI0A 1GTKA 3R6UA 4DXCA 2PYYA 1RYOA 1B0LA 1EU8A 1ZMGA 4JB7A 3SEUA 3GLBA 5TPAA 2V93A 2HZLA 1B0HA 1SBPA 3Q27A 3S9NC 3ZKLA 2HFBA 2DE3A 1LFGA 2XXXA 1Y1ZA 4EQBA 3K4UA 2ALUA 4R74A 4OQOA 1L5TA 4QFLA 3PV0E 2A5TB 4C1UA 5EHSA 3PMWA 5CBRA 2Q2AA 3MJNA 1POTA 5A5XB 4R72A 2YLNA 4NF4A 1MQIA 3IB0A 1PB9A 2PT1A 1B3LA 4WEDA 2GH9A 4MBPA 5AA2B 5H8QA 2ZYMA 5ELVA 4R9FA 2DP8A 3CFZA 4DCXA 1ZBMA 4GD5A 4JDFA 5KCJB 2Y7KA 3UIFA 2DWAA 1IIWA 1FQEA 2Q2CA 1LB9A 4KI0E 3TCGA 2GRVA 4U1ZA 1ATGA 2F35A 5KDTA 4F19A 4G8NA 3QUJA 4RK2A 1B4HA 5ISUA 1LAXA 1S9TA 1SYIA 3UN6A 1I6QA 2HZKA 1JW5A 1B5JA 2I0BA 1MPDA 4FEDA 2F6GA 1DPPA 5CRYA 3T96B 3TPAA 1JEVA 2RKMA 3PPPA 4KYEA 3MC2A 4AB6A 4RJZA 1OLAA 3T66A 4YKJA 1S7YA 1SW4A 4Q0CA 2O1MA 4KQPA 1Y3NA 4G4PA 4X1BA 4XTCQ 1FTJA 3VV5A 4OERA 3C35A 1D9YA 3FVOA 3IAZA 3IOTA 4YKKA 1UTHA 4NF5B 4EF2A 4KFQA 3G3FA 1OQHA 1A54A 3PPNA 5I58B 4I1DA 1NH7A 3BFUA 3T9HB 1NNFA 4LZ5A 2DS9A 2I3WA 3MZ1A 4Q5TA 3EPEA 1URGA 1I6AA 1FQCA 5DEXA 3FXUA 3SESA 4JWOA 4OVJA 3MVYA 3BKIB 2DXRA 4NF8B 3OENA 4QHQA 2FNCA 4JWXA 4G8MA 2O7UA 1LLSA 3B6QA 4U2RA 3SKPA 2DWIA 2F7CA 3KG2A 3OO9A 3K6VA 3K6XA 4YKPA 4U23A 2XXQA 1DPEA 5I57A 3IOVA 4GRKA 4L17A 4GXAA 1N3WA 3GXAA 2F97A 2I3VA 5B70A 3SERA 5IKBA 4FAJA 5JEIA 3LSFB 4LZ7A 5TP9A 3MZBA 3DP6A 1D3KA 2V3QA 2X7PA 4G68C 2F36A 3TTMA 3RTWB 3WAEA 4H1XA 1B52A 1JW1A 3FIRA 2ABHA 2ANJA 3OD7A 3U93A 1YTVA 3G3GA 1SW1A 1TXFA 3IX1A 2DXYA 3MP1A 4NF6A 4GL0A 2XD3A 2ZNUA 1FQDA 2Y7PA 4OFOA 5F7VA 4R75A 4ND9A 3HPIA 4GF8A 4DXBA 5DEXB 3PU5A 2HAUA 3B6WA 3W9VA 3LSXA 4UA8A 2PVUA 1A40A 3N26A 2OK2A 3MVXA 4GOTA 3SETA 4NTLA 1ZLQA 3PPRA 1BTJA 1F9BA 3FGSA 5H8HA 3OMBA 3TZAA 4GFRA 2XXWA 5I57B 3TEPA 3CG1A 4EQ9A 2ONRA 3CFXA 4U1OA 5L9OA 5I56B 4RK9A 4Z7EA 5TP9B 4GQOA 4ESWA 1N84A 5BWJA 3E9XA 2I4CA 1MM6A 1B5HA 2D3IA 1N7XA 1MXZA 3TQWA 3QSLA 1FTMA 2Q89A 3OEKA 1LBCA 4OETA 3TKDA 4DDDA 4FORA 1MY2A 4E0WA 3IB1A 2Z8DA 4RNSA 4ZEKA 4NF6B 1LAHE 4ZZEA 1FTOA 4R2FA 3B7DA 1YPNA 1ELJA 1II5A 2X7QA 1M5EA 3MPKA 4QFNA 1WDNA 5AA4B 1A99A 3Q25A 4M4GA 4RXLA 3QAXA 1POY1 1B05A 1I6BA 2OWTA 2DVZA 4ZEFA 4MLQA 4I8CA 3TTRA 3I3VA 1PB8A 1DTGA 5ICTA 3O28A 2Z8EA 3T9UA 2PT2A 1MH3A 5HBCA 5H8HB 2VOZA 1SD3A 4H5FA 1ZKBA 1QULA 3TODA 1NL5A 3VXBA 3O6IA 4ZEBA 2XXIA 3FJMA 2P2AA 1NKXA 1P99A 1B4ZA 3PGFA 4LUBA 1JVYA 5AA1A 2Y7RA 2R9JA 1US5A 1B6HA 3TCHA 3GZGA 2ZXTA 1YCJA 1SVXB 3S2VA 3MWBA 4XIGQ 4JSOA 2DWHA 4MLVA 1NMUA 5DVIA 3KZGA 4IGTA 2UVJA 4UACA 3PMVA 5K2YA 4ONYA 4EXKA 1T0KA 4ELQA 1TT1A 3D4GA 2Q9TA 2XX9A 1B32A 1UTBB 2B65A 4R6HA 4U4XA 4FJPA 4KCDA 3LBSA 5FTHA 2VHAA 2OCUA 3L6HA 2LAOA 4F1VA 4F3BA 3H7MA 3UP9A 3KSJA 1FCKA 5AA2A 4MF3A 4FEBA 1R1NA 3S9MC 3T9XB 2BJJX 1MPBA 3FXRA 5JTYA 1PEBA 3O6HA 1LB8A 3A3UA 3DELB 1EZPA 3KN7A 1JQFA 1URSA 4F3PA 2ZYNA 2DE4A 4BDQA 3IB2A 1Y4TA 4G68B 4KYDA 2RC8A 1OVBA 1N76A 4ISUA 3MP8A 3IJOB 4AQ4A 3TTNA 3Q26A 1UIVA 5DVFA 2DVCA 1Y3QA 4IO7A 4H8JA 4OENA 1AIVA 4NWDA 3FZVA 4U4SA 4ZS9A 5H8FA 5L9SA 5DTBA 2FYIA 1NH8A 1SYHA 2OLBA 3LUYA 4KCCA 5CI5A 1B1HA 4OEUA 3TTKA 1BLFA 1JW4A 2F7AA 2H5YA 3K00A 2ZYOA 5H8NA 1QVSA 2D21A 4PE5B 3TAJA 1MRPA 4OHNA 1UIUA 1KWHA 5DT6A 4LA9A 5CMCA 5DYHA 1CE2A 3C9HA 3MBPA 1IXHA 4ZEDA 1FTLA 1USYE 4R9GA 4NF5A 1M5FA 5JTYB 1BP5A 5KZTA 3G3KA 1XOCA 5I58A 1LAGE 4YKIA 3H6TA 2O6AA 4PFYA 4PFWA 3C32A 3O97A 3WAFA 2GHAA 4YAHX 1DMBA 2DQVA 1O63A 3ZSFA 2I48A 3HO7A 4YU0A 3SEWA 4NF8A 2HEUA 1JVXA 2QS1A 2F5XA 1IZ1A 3EHSA 1TWYA 5H8FB 1VE4A 2ZYKA 2OJTA 1B5IA 4EDPA 3JZJA 4QF9A 3C33A 3EHTA 3RUMA 1N7WA 1GR2A 1MQGA 3PUWE 3VLWA 3RLFE 1IXCA 3QYTA 1Y9UA 2E1SA 2RCAA 1R9QA 4Q8RA 5H8NB 3C34A 1QJMA 1FTKA 3RN8A 1IXIA 4OESA 5H8SA 1BKAA 3S4UA 3T93B 3EF7A 1Z7ME 4ZE9A 3LSLA 3UGWA 2AYSA 3KOTA 3W9WA 2QJEA 5B7DA 2XD2A 1QKAA 5JK4A 3ILTB 5FHMA 2QMWA 3OSRA 1R9LA 4LQ5A 3UORA 5CMKA 4ELPA 3RQTA 3VVDA 3HHGA 2XXVA 1URDA 4ECFA 3IL1B 2I6EA 3OXNA 4NWCA 1XC1A 1ZTYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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