3K0VA

Removal of sugars and sugars-like molecules from the solution by c-lobe of lactoferrin: crystal structure of the complex of c-lobe with beta-d-glucopyranosyl-(1->4)-beta-d-galactopyranosyl-(1->4)-alpha-d-glucopyranose at 1.9 a resolution
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lactotransferrin
publication title Specific interactions of C-terminal half (C-lobe) of lactoferrin protein with edible sugars: binding and structural studies with implications on diabetes.
pubmed doi rcsb
total genus 108
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2009-09-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3k0vA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3k0vA02
1D4NA 4O3AA 1FQAA 5L9OA 5FHMA 5KCJB 2HQ0A 5AA2A 2I58A 4QRZA 4PP0A 4DXUA 1POTA 2D5WA 3C4MA 3MW0A 1B1XA 4LQ2A 1J1NA 1B5IA 2Q88A 1I69A 5H8HA 2H5YA 1MPBA 2XXXA 2RC9A 1ZJLA 1AIVA 3FV2A 3OEKA 3RQTA 4Q0CA 1QULA 5I58A 3OSRA 2GH9A 1MG1A 5I59B 4UACA 1WVJA 4GFRA 4ZEIA 1P1UA 4H1XA 3CRBA 4I62A 2DE2A 1MQIA 1P1QA 1NNFA 3H6WA 4Q5TA 3QSLA 4LQ5A 3KSJA 1QW0A 2YJPA 3KOTA 1B46A 1BLFA 1QUJA 2I48A 4X48A 2XXYA 4YMAA 3OMBA 3TTMA 3H4ZA 4EQ9A 1NNPA 2QRYA 4I1DA 4TLMB 3HSTA 4MLQA 3K1MA 4YICA 4U2RA 4M4GA 1QKAA 3RGYA 1XOCA 5H8QA 4ZZAA 2XXQA 3JYRA 1SYIA 5J1DA 1EZPA 4NMYA 3U1OA 5K2XA 1B51A 1B32A 2P2AA 3T22A 4C1TA 2AL5A 2UXAA 2R6GE 2F36A 3E13X 4G8NA 2Q2CA 3T9HB 4ELPA 4BLAA 2H25A 2PYYA 4G8MA 2UVHA 3EHTA 1JW1A 5DEXA 1DMBA 4EXKA 3CVGA 3IB0A 4F1VA 2F34A 2I0CA 4ZE9A 3A3UA 1LFHA 2H4IA 2QJEA 3VFJA 3VXBA 2H98A 4ELOA 1A54A 3LR1A 4HS7A 1ATGA 3UN6A 4LZ8A 4HW8A 4IY6A 3R26A 1MXWA 2BJJX 1MH4A 4GD5A 2DVZA 4R9FA 5I84A 4DCYA 4GXAA 3OO8A 3FGSA 1NFTA 3FXUA 2Y7WA 2XHDA 3LBSA 2O1LA 1Y20A 1Y4TA 3V5AA 5EHMA 3K6XA 1IXGA 2ZNSA 5L8DA 3W9VA 4IGTA 1VFEA 5HBCA 5HPQA 4M1VA 4LZ7A 1YCJA 2Y7PA 1B58A 2QS4A 3V89B 5ITPA 1QUIA 3PU5A 3MZ9A 2QSXA 2O84X 2E0SA 4RJZA 1MDQA 1SI1A 1N84A 2ONRA 2DSFA 1KWHA 2FNCA 4KFQA 5I57B 2F8DA 2OWTA 4FIMA 2DS9A 1Y9UA 4F22A 1PBPA 5KZTA 1P1OA 3CFZA 5ELVA 1FW0A 3MJNA 3FVKA 5CBSA 3O66A 5KDTB 3WAEA 3CIJA 1DTZA 4AB5A 1SBPA 3BKIB 2Q2AA 4GOTA 4OYVA 3H06B 3L6HA 4RK9A 1LBBA 5JEIA 1OLAA 4YMBA 1S7YA 2X7QA 3G3JA 1EH3A 3MZBA 2XXPA 2OWSA 4FEDA 1N7XA 4F1YA 1XT8A 4RY1A 1Q1KA 2ABHA 2R9JA 4C1UA 1IEJA 1B7UA 2VGQA 3AXFA 4FAJA 3EPEA 3H6TA 1IIWA 1JW5A 1AL3A 2XXTA 1PB9A 5AA2B 4R2BA 3VVFA 5FHOA 5K2YA 1LB9A 1LAGE 1USYH 1DPEA 4KI0E 2REGA 3PUVE 3FXRA 1B52A 3RN8A 2HZLA 4DCXA 4NF5A 5I58B 3DP8A 4NF4A 4XTCQ 4BDLA 3TEPA 2V3TA 2QS2A 1LAXA 3G3KA 4N07A 2M8CA 4RPNA 1TWYA 1FCKA 4QSCA 3KEIA 1L5TA 2ZNTA 4ONYA 3ONMA 5CM6A 3LC8A 3FXQA 1GR2A 4BDNA 3SERA 4YKJA 3DP4A 3S2VA 3VE1B 2YPNA 1M5FA 3TUSA 5AA3A 2E1SA 2QS3A 5A5XA 1B2HA 4GLIA 3C33A 1SVXB 3O6IA 3PPRA 3TTLA 5H8QB 4Q30B 1UIVA 3OXNA 5FHNA 3HHGA 3E3KA 1I6AA 4RYAA 4H8JA 3O2AA 4ESXA 1PEBA 3RLFE 2VD2A 4GXSB 1B4HA 3CR9A 2Y7KA 4ZE8A 1SQYA 2UYFA 3JZJA 4X9TA 1VE4A 4P0GA 3CSGA 3IK6B 3VVDA 3MQ9A 3TYHA 3IJOB 5EHSA 2I49A 4R2FA 4ZEFA 3DLNA 3FIRA 3IL1B 4NTLA 4ZEDA 1R1NA 3PUZE 5DEXB 1XVXA 4FATA 3C31A 3OOAA 1EU8A 1B4ZA 3G3FA 3HCQA 1MQHA 1MXVA 4LA9A 4KHZE 4IY5A 2OJTA 1N0TA 4OHNA 1DOTA 4OETA 2WKYA 3K6WA 3JV9A 3KJ7A 4OESA 3C35A 4G68C 3KZGA 3C36A 2G29A 1RYXA 1ZBMA 2UVJA 4OENA 1SW4A 2I3WA 2Y84A 4H5GA 2QS1A 4MH5A 4XXUA 4GQOA 3RTWB 5JK4A 3UP9A 4ELQA 3UGWA 1B6HA 4U1ZA 4I9DA 3TKDA 3O6HA 4YZZA 4G8HA 3O6GA 3SEWA 1FQCA 1FTKA 4ZDMA 3VLUA 5I2NA 2DWHA 1Q35A 3HPIA 4GF8A 1UIUA 5DTBA 3PUWE 3QYTA 1FTOA 4U4SA 3CI8A 3SESA 3EHSA 1JETA 4PQJA 1IITA 4XKQA 4Z0IA 2I6EA 4JXIA 4ZEBA 3HV1A 3FATA 1USYE 3QK6A 2Q89A 1NL5A 4U23A 3K01A 1B5HA 4X1DA 1LCFA 1MDP1 2CMOA 2XXIA 2I4CA 4DLDA 3OO9A 1OMPA 1JEUA 1LFGA 2QL3A 4E0XA 1MRPA 1JNFA 5L9MA 2D3IA 4JSDA 3IOUA 1IXIA 4OQOA 4PE5B 3Q28A 3MAMA 4OMBA 4F3SA 3CSBA 2IEEA 3HHFA 4H65A 1MQDA 3V83A 1N3WA 2QMWA 1Z7ME 3KN8A 4KCDA 5AA4A 2DE4A 4NF8A 1B3EA 3H6VA 3MVXA 4OTEA 2GFEA 4PETA 1XS5A 4KYEA 3G7WA 1B1HA 1ANFA 3SETA 5B7DA 2O69A 3IO4A 3RT8A 3MC2A 2I3VA 3D4GA 1S50A 3MP8A 5H8FA 5I56B 3H3GA 5H8NA 1QVSA 2UVGA 4R6KA 1VSOA 4N6PA 5CMKA 1OQGA 3IO6A 4NF5B 5LOMA 4NF4B 5I2KA 4WKMA 1JQFA 1O64A 1OQHA 4L17A 4IB2A 1IZ1A 2XXRA 2AIXA 1LCTA 4ESWA 1TFAA 3MVWA 2ZYOA 4EF1A 3CFLA 3GBAA 3PMXA 1Y3NA 4F39A 2Y7IA 1GV8A 4F19A 2Z22A 4U22A 3TELA 2DXYA 4WEPA 3K1NA 1A8FA 3FVNA 4GRKA 4KYSA 1VR5A 3F11A 1MY1A 1SD3A 2Z8EA 2HAUA 3FJMA 5A5XB 4KD5A 2ZYMA 2VP1A 2NOOA 5DYHA 3PPNA 3PPQA 4NWDA 3H03A 3E4RA 2ZYNA 3O97A 3LUYA 4DZ1A 1B05A 3ZSFA 1XHYA 1MY0A 1SI0A 4NEDA 1OVTA 4ND9A 4YB6A 2Z8DA 4ELRA 1GTKA 3I5OA 5DVJA 3WAFA 1QJMA 2ZXTA 1O63A 2F6GA 5JTYA 4ZEKA 4G4PA 1LAHE 3QUFA 3OENA 4HTGA 1N7WA 2F35A 3U72A 2O6AA 4QFKA 1NKXA 3B6QA 3LSXA 1OIBA 4DE8A 3FJGA 1P99A 1WDNA 3DELB 1MM7A 4H67A 2OZZA 1S9TA 3OELA 3N6UA 4F31B 3L6GA 2Q9TA 2ONKE 2RKMA 2HCAA 3PUYE 2V3UA 3VLVA 4H8IA 1CB6A 2GHBA 1UTBA 2FA7A 4FEBA 4O3BA 3TAJA 4AB6A 3TQWA 1PB7A 4EUOA 1HSLA 1R9LA 3C9HA 1FTLA 4P11A 3TTRA 1MQGA 3PV0E 3K2DA 2H9BA 2O51A 3TFLA 3MWBA 5TU0A 1POY1 2THIA 3RT6B 3W9WA 1H76A 5F7VA 3TCHA 1ZIUA 4GVOA 1MM6A 4DDDA 3SKPA 2F5XA 2PBWA 1RKMA 1EZ9A 1BKAA 2PMSA 1URSA 4LUBA 1MQJA 1M5DA 1R9QA 2XXVA 3KOSA 2REJA 5H8SA 2ESNA 1UTHA 2X26A 3I3VA 3W15C 3IOWA 2OBGA 3ILUB 4JWOA 4IO2A 4F3BA 3Q29A 3N6TA 5ISUA 3LSWA 3VLWA 4FECA 4IO7A 1SW2A 2NXOA 1PB8A 4UA8A 1A7LA 3KN3A 2HFBA 5H8HB 3IAZA 1DSNA 4OERA 2UVIA 2F7CA 3PD9A 5CI5A 4IGRA 4XKPA 2HZKA 1UQWA 3T66A 2DYXA 1MXYA 3OO6A 3TMGA 3MZ1A 2XD3A 4NF8B 4OEVA 3S9MC 3KGCA 5IKBA 4JSOA 3IB1A 3O28A 4O3CA 3Q26A 1GVCA 3EN3A 1MPDA 4F2OA 2LAOA 3KN7A 4HCWA 4EF2A 2DQVA 2ZNUA 3RPWA 1Z7NE 5H8FB 4R74A 4K3FA 5H8NB 1HSJA 3OO7A 4R73A 4DXBA 1IUDA 5FTHA 4QHQA 4THIA 5ICTA 4WEDA 1II5A 5AE4A 4HCYA 4G2ZA 1AH5A 5I2KB 4MBPA 1XC1A 3GBBA 4JB7A 2PVUA 4NF6A 3IORA 2V84A 4F3GA 2XX7A 3QUJA 2XX9A 4OFJA 4R6YA 3FVGA 3MVZA 2RCBA 1TFDA 2F97A 3K4UA 1YAEA 5ITOA 3VV5A 4ECFA 1T0KA 4GL8A 3C34A 3Q25A 3S4UA 1N04A 1LGBC 3DP6A 3LSLA 4ISUA 3PPOA 4GL0A 1Y1MA 3TDJA 5CMBA 1FQBA 3R7XA 1LBCA 2O1MA 4JWXA 3K02A 2CZLA 1US5A 4QSDA 5CC2A 1N76A 2YLNA 3CG3A 1WODA 4U4XA 1NNKA 1MH3A 1IXCA 1FTJA 3QXMA 4KYDA 2DE3A 3ZS6A 1AMFA 3O9PA 1B3FA 2H99A 3P7IA 3FV1A 3QIMA 1MXZA 4R9GA 5JTYB 4DIGA 4MF3A 4GIZA 2ONSA 5CRYA 2DWIA 3IB2A 3GXAA 2XXUA 4EDPA 4KPTA 3THIA 2Y7RA 3IX1A 5TP9A 1TXFA 3MBPA 3PMWA 2DP8A 4POXA 2B65A 1B9JA 2ZMBA 2F7BA 1UTBB 1Y3PA 3MP1A 1N3XA 4Q8RA 5L9SA 2V3QA 2DVCA 4R6HA 1CE2A 1NMUA 1OVBA 3PGFA 3FD3A 1A8EA 4IO3A 3ECRA 1O7TA 1B3HA 4OZ9A 4OFOA 3T9UA 2G93A 2NUVA 1FQDA 2FYIA 2VD3A 3UIFA 3SDFA 3GZGA 2O68A 3U93A 4PFUA 3MUQA 4RA1A 3G3HA 2XD2A 4OFLA 2PX1A 3OSQA 3S9NC 3IOVA 1B7ZA 3LSFB 4KQPA 1A40A 3B7DA 4EXLA 2O7UA 3MPKA 4RXLA 1UTHB 2W7YA 4LATA 3USDA 3EF7A 1GGGA 3CFXA 3PUXE 1HSEA 1FTMA 4JWYA 4QF9A 1B3LA 3T93B 2B3BA 3IJXB 3TPAA 3FASA 4FORA 4U1OA 3M3FA 1IXHA 1EZOA 2OCUA 2UYEA 1BP5A 3PD8A 4QFLA 1B0LA 2I4BA 1B40A 4LVQA 1OLCA 1H43A 1NH8A 3Q27A 5CMMA 1FQFA 3PMVA 3TZAA 3A3CA 3TTKA 1MS7A 1QUKA 1SDXA 4QFPA 3R6UA 3VDFA 5F1QA 4F29A 2AL4A 3BFUA 1B0HA 4XKRA 1D3KA 5M2VA 3SEXA 4EQBA 4C0RA 2GHAA 1LFIA 2XX8A 4LONB 4DXCA 3IOTA 3QAXA 3M3LA 3G3IA 4F2QA 2ALUA 4NF6B 2Q8JA 3RUMA 2AYSA 2GRVA 3C32A 2O7IA 3FUZA 3ODBA 3SEVA 2DXRA 2VHAA 4YB7A 2PT2A 3SEUA 2V93A 2RC7A 1MY2A 4IO5A 5TPAA 4PFYA 1H45A 1MPCA 2R71A 1ZLQA 1LAFE 1MXXA 3FJ7A 4KR5A 4LP2B 2A5SA 3EHUA 1QKBA 1TT1A 4TOZA 2PT1A 5CMCA 4Z7EA 3U92A 3B6TA 4YB5A 2Z8FA 1P1NA 3D4CA 1I6QA 3DM0A 3A09A 3K6VA 4JBZA 4RNSA 2HXWA 4OVJA 3OEMA 3K00A 3H7MA 4N13A 4JDFA 4G68A 2A5TA 2RC8A 4R72A 3KSXA 1SW5A 3MP6A 2Z23A 4F1UA 1ZU0A 4RK2A 3S9LC 1M5EA 2NWJA 1ZKBA 4U21A 4ZECA 1YPNA 2DOJA 5TP9B 3MPLA 1M5CA 4ZZEA 5I2NB 1PDAA 1F9BA 1A99A 4PFTA 4YKIA 5KCJA 3VXCA 2D21A 2I0BA 4EQ7A 3OD7A 1VFDA 3M3KA 3O29A 1SW1A 4WXJA 2OK2A 3TODA 5I59A 3PPPA 3U94A 3RTFB 4H5FA 3G3GA 2NVUB 4QFOA 1LSTA 3FVOA 3ZKLA 3MVYA 1ZMGA 1B7HA 1D9YA 4I8CA 4NWCA 4MFIA 3V8XB 4KCCA 4P0IA 1BTJA 1H44A 1I6BA 5I56A 3RNNA 1PC3A 3N94A 4OWDA 4XKNA 5DVFA 4R75A 5DT6A 4BDQA 5AA4B 2X7PA 1D9VA 4YKKA 3VVEA 2ZYKA 2ANJA 2RCAA 1NH7A 1URDA 3UORA 2OLBA 2KLFA 4OEUA 4X1BA 1RYOA 1A55A 4BDRA 5AA2D 3IR1A 5DVIA 3TTNA 3KJTA 3TCGA 4QFNA 5IAIA 1FQEA 4GWOA 3UA8A 3HN0A 1NNTA 1R6ZA 2XXWA 2IA4A 3BBRA 3KBRA 2XXHA 5BUUA 1US4A 4OXVA 2P1SA 2HAVA 1MXUA 3KG2A 3K0VA 5FTIA 4IO6A 1LB8A 3ILTB 3I6VA 3T96B 5HM4B 3ZKKA 2P0SA 3N5LA 3KFMA 4YU0A 4IO4A 4XIGQ 4H0WA 3EQ1A 3CG1A 5ICQA 5EYFA 1SYHA 1BIYA 1MY3A 4BDOA 1B5JA 3BFTA 5B70A 4F3PA 1JVYA 3B6WA 3T9VA 2QMXA 2F78A 1Y3QA 1LLSA 2RF1A 4RPOA 4PFWA 1H3DA 5AA1A 2DWAA 1Y4CA 4YAHX 1URGA 3K1PA 3GLBA 3UK4A 3M8UA 2V25A 4F18A 1YTVA 4AQ4A 4LZ5A 1P1WA 1DPPA 1Y1ZA 4FE8A 5TPAB 2F7AA 4H6DA 3TCFA 3H6UA 1B3GA 5I57A 3HO7A 2B3FA 1IQ7A 4TQUQ 1ELJA 3S9EA 5CBRA 2RINA 1XVYA 1PBQA 2F6PA 3N26A 5KDTA 3U8QA 1ZTYA 3E9XA 2VOZA 3RY3A 4FJPA 4BDMA 4YKPA 4G77A 1JVXA 1MY4A 4NE4A 3T9XB 3TQLA 1JEVA 2QPQA 3K6UA 4MLVA 1M5BA 4G68B 2A5TB 1JW4A 4QSEA 4ZS9A 3FZVA 4E0WA 1DTGA 4POWA 2DWJA 5BWJA 1AOVA 2HEUA 4TLLB 3SEYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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